RU2789200C1 - Method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the znf177 and ccdc181 genes in small tumors - Google Patents

Method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the znf177 and ccdc181 genes in small tumors Download PDF

Info

Publication number
RU2789200C1
RU2789200C1 RU2022115074A RU2022115074A RU2789200C1 RU 2789200 C1 RU2789200 C1 RU 2789200C1 RU 2022115074 A RU2022115074 A RU 2022115074A RU 2022115074 A RU2022115074 A RU 2022115074A RU 2789200 C1 RU2789200 C1 RU 2789200C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
methylation
breast cancer
level
ccdc181
znf177
Prior art date
Application number
RU2022115074A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Алексей Михайлович Красный
Алсу Амировна Садекова
Диана Николаевна Кокоева
Влада Владимировна Кометова
Валерий Витальевич Родионов
Лев Андреевич Ашрафян
Всеволод Иванович Киселев
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации filed Critical Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Application granted granted Critical
Publication of RU2789200C1 publication Critical patent/RU2789200C1/en

Links

Abstract

FIELD: medicine.
SUBSTANCE: invention relates to medicine, namely to oncology, and can be used to diagnose breast cancer (BC) by the level of methylation of the ZNF177 and CCDC181 genes in small tumors. Tumors are differentiated from normal tissues and fibroadenomas according to the formula P=1/(1+e-z), where z=-20.27-0.324*X1-0.633*X2. In this case, X1 is the average value of the methylation level of six CpG sites of the CCDC181 gene located on chromosome 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 according to the assembly GRCh38.p14; X2 - the average value of the methylation level of seven CpG sites of the ZNF177 gene located on chromosome 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 according to the assembly GRCh38.p14. If P<0.582, then the sample is defined as breast cancer.
EFFECT: method allows to verify breast cancer with high diagnostic accuracy by the level of methylation of the CpG sites of the ZNF177 and CCDC181 genes in small tumors.
1 cl, 1 tbl, 2 ex

Description

Рак молочной железы (РМЖ) является наиболее актуальной проблемой современной онкологии, что в первую очередь обусловлено высокой заболеваемостью. Согласно данным GLOBOCAN (совместного проекта Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) и Международного агентства исследований рака (IARC)) в 2020 г. в мире зарегистрировано более 2,26 млн. больных РМЖ [1]. В целом четверть (25,2%) случаев злокачественных новообразований (ЗНО) у женщин представлена РМЖ [2]. В Российской Федерации в 2020 г. было выявлено 46 тыс новых случая РМЖ. Для своевременного лечения РМЖ является необходимой разработка новых маркеров позволяющих улучшить диагностику рака молочной железы.Breast cancer (BC) is the most urgent problem of modern oncology, which is primarily due to the high incidence. According to GLOBOCAN (a joint project of the World Health Organization (WHO) and the International Agency for Research on Cancer (IARC)) in 2020, more than 2.26 million patients with breast cancer were registered in the world [1]. In general, a quarter (25.2%) of cases of malignant neoplasms (MN) in women is represented by breast cancer [2]. In the Russian Federation in 2020, 46 thousand new cases of breast cancer were detected. For the timely treatment of breast cancer, it is necessary to develop new markers that can improve the diagnosis of breast cancer.

Широко признано, что на ранних стадиях развития рака, включая рак груди, наблюдаются изменения метилирования многих генов [3]. Метилирование ДНК происходит путем модификации ДНК выраженной в добавлении метальной группы в положение 5 'цитозина, предшествующего гуанину (CpG). CpG часто обнаруживаются в высокой плотности на «островках CpG», особенно в промоторных областях генов. Гиперметилирование CpG-островков может приводить к подавлению транскрипции генов-супрессоров опухолей при раке, тогда как гипометилирование CpG-островков может приводить к активации онкогенов, что также может способствовать возникновению и развитию РМЖ. Аберрантные уровни метилирования промоторов генов, связанных с опухолью (таких как гены репарации ДНК, гены, связанные с апоптозом, гены транспорта и метаболизма лекарств), могут влиять на чувствительность опухолевых клеток к химиотерапевтическим препаратам. Учитывая, что профиль метилирования ДНК опухолей может отличаться от такового в нормальной ткани, можно допустить, что определенные метилированные гены могут использоваться в качестве биомаркеров в неинвазивных тестах, тем самым расширяя диагностические возможности.It is widely recognized that changes in the methylation of many genes are observed in the early stages of cancer development, including breast cancer [3]. DNA methylation occurs by DNA modification expressed by the addition of a methyl group at position 5' of cytosine preceding guanine (CpG). CpGs are often found in high density on "CpG islands", especially in the promoter regions of genes. Hypermethylation of CpG islands can lead to the suppression of transcription of tumor suppressor genes in cancer, while hypomethylation of CpG islands can lead to the activation of oncogenes, which can also contribute to the onset and development of breast cancer. Aberrant methylation levels of promoters of tumor-associated genes (such as DNA repair genes, genes associated with apoptosis, genes for transport and drug metabolism) may affect the sensitivity of tumor cells to chemotherapy drugs. Considering that the DNA methylation profile of tumors may differ from that in normal tissue, it can be assumed that certain methylated genes can be used as biomarkers in non-invasive tests, thereby expanding diagnostic capabilities.

Аберрантное метилирование ДНК считается событием, связанным с ЗНО и характеристика опухолеспецифического метилома стала предметом многочисленных исследований [4]. Важно, что гипер- или гипометилирование ДНК является ранним событием в канцерогенезе молочной железы. Эти данные указывают на перспективность изучения уровня метилирования в малых опухолях как ранних маркеров РМЖ.Aberrant DNA methylation is considered an event associated with MN and the characterization of tumor-specific methyloma has been the subject of numerous studies [4]. Importantly, DNA hyper- or hypomethylation is an early event in breast carcinogenesis. These data point to the prospect of studying the level of methylation in small tumors as early markers of breast cancer.

Ранняя диагностика рака молочной железы (РМЖ) позволяет своевременно провести комплекс профилактических и лечебных мероприятий, что способствует снижению частоты рецидивов заболевания и существенному улучшению показателей отдаленной выживаемости.Early diagnosis of breast cancer (BC) allows timely implementation of a set of preventive and therapeutic measures, which helps to reduce the frequency of relapses of the disease and significantly improve long-term survival rates.

Изобретение относится к медицине, в частности к онкологии и предназначено для дифференциации опухолевых образований менее двух сантиметров. Благодаря недавним достижениям в диагностике и лечении рака молочной железы увеличилась частота обнаружения различных атипичных пролиферативных поражений и небольших карцином молочной железы, которые часто трудно диагностировать, особенно в небольших образцах тканей, полученных с помощью игольчатой биопсии. Предложенный анализ позволяет дифференцировать злокачественные опухоли от нормальных тканей и фиброаденом.The invention relates to medicine, in particular to oncology, and is intended for the differentiation of tumor formations less than two centimeters. Recent advances in the diagnosis and treatment of breast cancer have increased the incidence of various atypical proliferative lesions and small breast carcinomas, which are often difficult to diagnose, especially in small tissue samples obtained by needle biopsy. The proposed analysis makes it possible to differentiate malignant tumors from normal tissues and fibroadenomas.

Было проведено исследование уровня метилирования генов ZNF177 и CCDC181 в малых опухолях. В исследование были включены 48 пациентов с морфологически верифицированным инвазивным РМЖ и 24 пациентов с фиброаденомой молочной железы, у которых исследовался участок здоровой ткани и участок с доброкачественной опухолью-фиброаденомой.A study was made of the level of methylation of the ZNF177 and CCDC181 genes in small tumors. The study included 48 patients with morphologically verified invasive breast cancer and 24 patients with breast fibroadenoma, in which an area of healthy tissue and an area with a benign fibroadenoma tumor were examined.

Способ диагностики рака молочной железы по уровню метилирования генов ZNF177 и CCDC181 в малых опухолях отличается тем, что опухоли дифференцируют от нормальных тканей и фиброаденом по формуле Р=1/(1+е-z),The method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the ZNF177 and CCDC181 genes in small tumors differs in that tumors are differentiated from normal tissues and fibroadenomas according to the formula P=1/(1+e -z ),

где е - основание натурального логарифма,where e is the base of the natural logarithm,

z=-20,27-0,324*X1-0,633*X2,z=-20.27-0.324*X1-0.633*X2,

где X1 - Среднее значение уровня метилирования шести CpG-сайтов гена CCDC181, расположенных на хромосоме 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 согласно сборке GRCh38.p14where X1 is the average value of the methylation level of six CpG sites of the CCDC181 gene located on chromosome 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 according to the assembly GRCh38.p14

Х2 - Среднее значение уровня метилирования семи CpG-сайтов гена ZNF177, расположенных на хромосоме 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 согласно сборке GRCh38.p14,X2 - The average value of the methylation level of seven CpG sites of the ZNF177 gene located on chromosome 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 according to the assembly GRCh38.p14,

если Р<0.58188, то образец является раком молочной железы.if P<0.58188, then the sample is breast cancer.

Диагностическая точность описанного метода оценки уровня метилирования в малых опухолях составила 98%. Площадь под ROC-кривой составила 0,99, что классифицируется как предсказания отличного качества. Чувствительность метода - 97,9%. Специфичность метода - 95,8%.The diagnostic accuracy of the described method for assessing the level of methylation in small tumors was 98%. The area under the ROC curve was 0.99, which is classified as an excellent quality prediction. The sensitivity of the method is 97.9%. The specificity of the method is 95.8%.

ROC анализ был проведен с помощью SPSS STATISTICS 17.ROC analysis was performed using SPSS STATISTICS 17.

Способ оценки уровня метилирования генов ZNF177 и CCDC181 осуществляют следующим образом:The method for assessing the level of methylation of the ZNF177 and CCDC181 genes is carried out as follows:

Для проведения исследования ДНК из образцов ткани выделяют набором QIAamp DNA Mini Kit (Quiagen, USA). Бисульфитную конверсию проводят набором EpiJET Bisulfite Conversion Kit (Thermo Scientific, USA). ПЦР проводят с праймерами к фрагментам CpG-островков исследуемых генов (таблица 1), по следующей программе амплификации: 95°С - 5 мин; (95°С - 15 с., 50°С - 30 с., 72°С - 45 с.)×40.For DNA testing, tissue samples are isolated using the QIAamp DNA Mini Kit (Quiagen, USA). Bisulfite conversion is carried out using the EpiJET Bisulfite Conversion Kit (Thermo Scientific, USA). PCR is carried out with primers to fragments of CpG islands of the studied genes (table 1), according to the following amplification program: 95°C - 5 min; (95°C - 15 s., 50°C - 30 s., 72°C - 45 s.) × 40.

Figure 00000001
Figure 00000001

Figure 00000002
Figure 00000002

Для оценки среднего значения уровня метилирования генов CCDC181 и ZNF177 используют метод пиросеквенирования на приборе PyroMark Q48 в соответствии с инструкциями производителя.To assess the mean methylation level of the CCDC181 and ZNF177 genes, use the pyrosequencing method on a PyroMark Q48 instrument in accordance with the manufacturer's instructions.

Способ диагностики рака молочной железы по уровню метилирования генов ZNF177 и CCDC181 в малых опухолях отличается тем, что опухоли дифференцируют от нормальных тканей и фиброаденом по формуле Р=1/(1+е-z),The method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the ZNF177 and CCDC181 genes in small tumors differs in that tumors are differentiated from normal tissues and fibroadenomas according to the formula P=1/(1+e -z ),

где е - основание натурального логарифма,where e is the base of the natural logarithm,

z=-20,27-0,324*X1-0,633*X2,z=-20.27-0.324*X1-0.633*X2,

где X1 - Среднее значение уровня метилирования шести CpG-сайтов гена CCDC181, расположенных на хромосоме 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 согласно сборке GRCh38.p14where X1 is the average value of the methylation level of six CpG sites of the CCDC181 gene located on chromosome 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 according to the assembly GRCh38.p14

Х2 - Среднее значение уровня метилирования семи CpG-сайтов гена ZNF177, расположенных на хромосоме 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 согласно сборке GRCh38.p14,X2 - The average value of the methylation level of seven CpG sites of the ZNF177 gene located on chromosome 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 according to the assembly GRCh38.p14,

если Р<0.58188, то образец является раком молочной железы.if P<0.58188, then the sample is breast cancer.

Предложены способы ранней диагностики РМЖ:Methods for early diagnosis of breast cancer have been proposed:

Способ тройного теста, включает в себя тонкоигольное аспирационную биопсию (ТИАБ), клиническое обследование (пальпация) и маммографию. ТИАБ имеет диагностическую точность примерно 90%, клиническое обследование (пальпация) 70-90%, и маммография - 85-90%. Совокупная диагностическая точность всех 3 тестов достигает 90%.The triple test method includes fine needle aspiration biopsy (FNAB), clinical examination (palpation) and mammography. TIAB has a diagnostic accuracy of approximately 90%, clinical examination (palpation) of 70-90%, and mammography of 85-90%. The combined diagnostic accuracy of all 3 tests reaches 90%.

Недостатки метода: точность дифференциальной диагностики при использовании тройного теста снижается при уменьшении размера патологического образования в силу неспецифичности ряда признаков. Для выполнения маммографии и анализа ТИАБ требуется специальное дорогостоящее оборудование и реактивы. Стоимость исследования превышает 1,5-3 тыс. руб.Disadvantages of the method: the accuracy of differential diagnosis when using a triple test decreases with a decrease in the size of the pathological formation due to the non-specificity of a number of signs. To perform mammography and analysis of TIAB, special expensive equipment and reagents are required. The cost of the study exceeds 1.5-3 thousand rubles.

Способ магнитно-резонансной томографии (МРТ) с контрастированием. Чувствительность данного метода диагностики достигает 98%.The method of magnetic resonance imaging (MRI) with contrast. The sensitivity of this diagnostic method reaches 98%.

Недостатки метода: низкая специфичность (80%), высокая стоимость исследования (более 5 тыс. руб.) Не может быть использована в качестве основного метода исследования молочных желез на предмет ранней диагностики опухолевой патологии.Disadvantages of the method: low specificity (80%), high cost of research (more than 5 thousand rubles). It cannot be used as the main method for examining the mammary glands for early diagnosis of tumor pathology.

Способ ультразвукового исследования (УЗИ) молочных желез и региональных лимфатических узлов. Преимуществом этого метода является простота получения изображения, полная безвредность и возможность многократного повторения исследования, что важно для динамического наблюдения.The method of ultrasound examination (ultrasound) of the mammary glands and regional lymph nodes. The advantage of this method is the simplicity of image acquisition, complete harmlessness and the possibility of multiple repetitions of the study, which is important for dynamic observation.

Недостатки метода: недостаточная информативность в силу физических особенностей при ряде непальпируемых образований, что не позволяет использовать данный метод в качестве скринингового.Disadvantages of the method: insufficient information content due to physical features in a number of non-palpable formations, which does not allow using this method as a screening one.

Способ определения серологических опухолеассоциированных маркеров в сыворотке крови и других биологических жидкостях у онкологических больных. В клинической практике для пациенток РМЖ в основном применяются следующие опухолевые маркеры - СА 15-3, РЭА, СА 19-9, СА 72-4.A method for determining serological tumor-associated markers in blood serum and other biological fluids in cancer patients. In clinical practice, the following tumor markers are mainly used for breast cancer patients - CA 15-3, CEA, CA 19-9, CA 72-4.

Недостатки метода: чувствительность опухолеассоциированных маркеров для ранних стадий РМЖ крайне низка (<15-35%), что не позволяет использовать их в целях ранней диагностики, не смотря на относительно низкую стоимость методики (500-800 руб./1 маркер).Disadvantages of the method: the sensitivity of tumor-associated markers for early stages of breast cancer is extremely low (<15-35%), which does not allow their use for early diagnosis, despite the relatively low cost of the technique (500-800 rubles/1 marker).

Таким образом, в настоящее время нет лабораторного теста, который может быть рекомендован для скрининга рака молочной железы. Предложенный нами способ позволяет с высокой диагностической точностью верифицировать РМЖ по уровню метилирования в малых опухолях.Thus, there is currently no laboratory test that can be recommended for breast cancer screening. The proposed method allows us to verify breast cancer with high diagnostic accuracy by the level of methylation in small tumors.

Сущность заявляемого способа поясняется следующими примерами:The essence of the proposed method is illustrated by the following examples:

Пример №1.Example #1.

Пациентка Г., 36 лет поступила в стационар с диагнозом:Patient G., 36 years old, was admitted to the hospital with a diagnosis of:

Узловое образование правой молочной железы.Nodular formation of the right mammary gland.

Из анамнеза: Семейный анамнез не отягощен. При осмотре определялись узловые образования неправильной формы с четкими границами, размерами до 20 мм, в верхнем наружном квадрате молочной железы.From the anamnesis: Family history is not burdened. On examination, nodules of irregular shape with clear boundaries, up to 20 mm in size, were determined in the upper outer square of the mammary gland.

Выполнена core- биопсия узлового образования правой молочной железы под контролем УЗ.A core-biopsy of a nodular formation of the right breast was performed under ultrasound control.

По результатам иммуногистохимического анализа были получены следующие данные: 3 столбика ткани, длинной от 0,3 до 0,5 см, белесоватого цвета, с желтоватыми вкраплениями. При микроскопическое описании отмеечались фрагменты ткани молочной железы с фибросклерозом стромы, без атипии эпителия протоков и долек.According to the results of immunohistochemical analysis, the following data were obtained: 3 columns of tissue, 0.3 to 0.5 cm long, whitish in color, with yellowish patches. Microscopic description revealed fragments of breast tissue with stromal fibrosclerosis, without atypia of the epithelium of the ducts and lobules.

Получены следующие результаты:The following results are obtained:

Значение Р=0,99984, что больше 0,582.P value=0.99984, which is more than 0.582.

Таким образом, мы верифицировали доброкачественную опухоль, что было подтверждено результатами иммуногистохимического анализа. Выполнена секторальная резекция правой молочной железы.Thus, we verified a benign tumor, which was confirmed by the results of immunohistochemical analysis. Performed sectoral resection of the right mammary gland.

Пример №2.Example #2.

Пациентка С., 37 лет поступила в стационар с диагнозом:Patient S., 37 years old, was admitted to the hospital with a diagnosis of:

Рак правой молочной железы cT1N0M0, pT1cN0(sn)Cancer of the right breast cT1N0M0, pT1cN0(sn)

Из анамнеза: Семейный анамнез отягощен по материнской и отцовской линиям.From the anamnesis: Family history is burdened on the maternal and paternal lines.

Выполнена трепан-биопсия образования правой молочной железы.A trephine biopsy of the formation of the right mammary gland was performed.

По результатам иммуногистохимического анализа получены следующие данные: инвазивный апокриновый рак, Grade 3 (17×9 мм), с выраженным внутрипротоковым компонентом высокой степени злокачественности. В "хвосте" молочной железы - узел неинвазивного протоково-долькового рака (4×3 мм). В ткани молочной железы - множественные очаги внутрипротокового рака высокой степени злокачественности с апокринизацией клеток (DCIS high-grade), неинвазивного долького рака (LCIS), атипического аденоза. В 3-х подмышечных лимфатических узлах - без метастазов рака. pT1cNO(sn)(i-).According to the results of immunohistochemical analysis, the following data were obtained: invasive apocrine cancer, Grade 3 (17×9 mm), with a pronounced intraductal component of a high degree of malignancy. In the "tail" of the mammary gland - a node of non-invasive ductal-lobular cancer (4×3 mm). In the breast tissue, there are multiple foci of high-grade intraductal cancer with cell apocrinization (DCIS high-grade), non-invasive lobular cancer (LCIS), and atypical adenosis. In 3 axillary lymph nodes - no cancer metastases. pT1cNO(sn)(i-).

Иммунофенотип люминального В-подобного her2-позитивного подтипа рака молочной железы.Immunophenotype of luminal B-like her2-positive subtype of breast cancer.

Получены следующие результаты:The following results are obtained:

Значение Р=0,00001, что меньше или равно 0,582.P value=0.00001, which is less than or equal to 0.582.

Таким образом, мы верифицировали злокачественную опухоль, что было подтверждено результатами иммуногистохимического анализа. Пациентке была проведена радикальная подкожная мастэктомия справа с одномоментной маммопластикой большой грудной мышцей в комбинации с эндопротезом.Thus, we verified a malignant tumor, which was confirmed by the results of immunohistochemical analysis. The patient underwent radical subcutaneous mastectomy on the right with simultaneous mammoplasty of the pectoralis major muscle in combination with an endoprosthesis.

Список литературыBibliography

1. Sung Н., Ferlay J., Rebecca M.E.L., Siegel H., Laversanne M., Soerjomataram I., Jemal A., Bray F. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries // CA: A Cancer Journal for Clinicians - 2021. №71(3). - P. 209-249.1. Sung H., Ferlay J., Rebecca M.E.L., Siegel H., Laversanne M., Soerjomataram I., Jemal A., Bray F. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries // CA: A Cancer Journal for Clinicians - 2021. No. 71(3). - P. 209-249.

2. Злокачественные заболевания в России в 2020 году (заболеваемость и смертность) / под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой - М.: МНИОИ им. П.А.Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2021. - 252 с.2. Malignant diseases in Russia in 2020 (morbidity and mortality) / ed. HELL. Kaprina, V.V. Starinsky, A.O. Shakhzadova - M.: MNIOI im. P.A. Gertsen - branch of the Federal State Budgetary Institution "NMITs Radiology" of the Ministry of Health of Russia, 2021. - 252 p.

3. Esteller М. Epigenetics in cancer. // N Engl J Med. - 2008. - №358. P. 1148-59.3. Esteller M. Epigenetics in cancer. // N Engl J Med. - 2008. - No. 358. P. 1148-59.

4. Campoy E.M., Laurito S., Urrutia G., Branham M.T., Roqué M. Aberrant DNA Methylation in Breast Cancer Cells. 2013. Med Epigenet. №1(1): 88-924. Campoy E.M., Laurito S., Urrutia G., Branham M.T., Roqué M. Aberrant DNA Methylation in Breast Cancer Cells. 2013. Med Epigenet. #1(1): 88-92

Claims (6)

Способ диагностики рака молочной железы по уровню метилирования генов ZNF177 и CCDC181 в малых опухолях, отличающийся тем, что опухоли дифференцируют от нормальных тканей и фиброаденом по формуле Р=1/(1+е-z),A method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the ZNF177 and CCDC181 genes in small tumors, characterized in that tumors are differentiated from normal tissues and fibroadenomas according to the formula P=1/(1+e -z ), где е - основание натурального логарифма,where e is the base of the natural logarithm, z=-20,27-0,324*X1-0,633*Х2,z=-20.27-0.324*X1-0.633*X2, X1 - среднее значение уровня метилирования шести CpG-сайтов гена CCDC181, расположенных на хромосоме 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 согласно сборке GRCh38.p14,X1 - the average value of the methylation level of six CpG sites of the CCDC181 gene located on chromosome 1: 169460654, 169460652, 169460624, 169460616, 169460609, 169460587 according to the assembly GRCh38.p14, Х2 - среднее значение уровня метилирования семи CpG-сайтов гена ZNF177, расположенных на хромосоме 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 согласно сборке GRCh38.p14,X2 - the average value of the methylation level of seven CpG sites of the ZNF177 gene located on chromosome 19: 9362992, 9362998, 9363008, 9363012, 9363015, 9363020, 9363039 according to the assembly GRCh38.p14, если Р<0,582, то образец определяют как рак молочной железы.if P<0.582, then the sample is defined as breast cancer.
RU2022115074A 2022-06-03 Method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the znf177 and ccdc181 genes in small tumors RU2789200C1 (en)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2789200C1 true RU2789200C1 (en) 2023-01-31

Family

ID=

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117538544A (en) * 2023-11-22 2024-02-09 湛江中心人民医院 Application of reagent for detecting expression quantity of gene Ccdc181 in preparation of sperm abnormality diagnosis product

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2700088C2 (en) * 2012-08-31 2019-09-12 Нэшнл Дифенс Медикл Сентэ Methods of cancer screening
WO2019195268A2 (en) * 2018-04-02 2019-10-10 Grail, Inc. Methylation markers and targeted methylation probe panels
WO2019217537A1 (en) * 2018-05-08 2019-11-14 Taipei Medical University Methods for early prediction, treatment response, recurrence and prognosis monitoring of breast cancer

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2700088C2 (en) * 2012-08-31 2019-09-12 Нэшнл Дифенс Медикл Сентэ Methods of cancer screening
WO2019195268A2 (en) * 2018-04-02 2019-10-10 Grail, Inc. Methylation markers and targeted methylation probe panels
WO2019217537A1 (en) * 2018-05-08 2019-11-14 Taipei Medical University Methods for early prediction, treatment response, recurrence and prognosis monitoring of breast cancer

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
WANG S.-C. et al. Automatic Detection of the Circulating Cell-Free Methylated DNA Pattern of GCM2, ITPRIPL1 and CCDC181 for Detection of Early Breast Cancer and Surgical Treatment Response. Cancers. 2021; 13: 1375. *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117538544A (en) * 2023-11-22 2024-02-09 湛江中心人民医院 Application of reagent for detecting expression quantity of gene Ccdc181 in preparation of sperm abnormality diagnosis product

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Grotenhuis et al. Preoperative assessment of tumor location and station-specific lymph node status in patients with adenocarcinoma of the gastroesophageal junction
Masood et al. Is core needle biopsy superior to fine‐needle aspiration biopsy in the diagnosis of papillary breast lesions?
Rubini et al. Role of 18F-FDG PET/CT in diagnosing peritoneal carcinomatosis in the restaging of patient with ovarian cancer as compared to contrast enhanced CT and tumor marker Ca-125
Larsen et al. Endoscopic ultrasound, endoscopic sonoelastography, and strain ratio evaluation of lymph nodes with histology as gold standard
Evans et al. Shear wave elastography of breast cancer: sensitivity according to histological type in a large cohort
He et al. Eleven years of experience reveals that fine-needle aspiration cytology is still a useful method for preoperative diagnosis of breast carcinoma
You et al. Quantitative and qualitative evaluation of breast cancer prognosis: a sonographic elastography study
Huvos et al. Fine-needle aspiration cytology of tumors: diagnostic accuracy and potential pitfalls
Song et al. Diagnosis and treatment of Paget’s disease of the breast: an analysis of 72 cases
Taverna et al. Impact of real-time elastography versus systematic prostate biopsy method on cancer detection rate in men with a serum prostate-specific antigen between 2.5 and 10 ng/mL
RU2789200C1 (en) Method for diagnosing breast cancer by the level of methylation of the znf177 and ccdc181 genes in small tumors
Beatty et al. Contrast-enhanced breast magnetic resonance imaging: the surgical perspective
Kumar et al. Correlation of various prognostic factors in breast cancer
Karoumpalis et al. Endoscopic ultrasound staging and guided fine needle aspiration biopsy in patients with resectable pancreatic malignancies: a single-center prospective experience
You et al. Detection and Diagnosis of Breast Cancer
Larghi et al. Endoscopic ultrasound in the evaluation of pancreaticobiliary disorders
Abuoglu et al. Diagnostic Value of Frozen Section in Patients with Non-Palpable Breast Lesions
Dogan et al. What is the adequacy of biopsies for prostate sampling?
Tormo et al. Primary breast synovial sarcoma: a rare primary breast neoplasm
Şahin et al. Atypical metastasis to the head and neck region: an analysis of 11 patients
Watson et al. Pathways to personalized medicine for breast and prostate cancers: emerging diagnostic methods and prognostic biomarkers.
Kouskos et al. Metastatic intramammary lymph nodes as the primary presenting sign of breast cancer
Reig et al. Biomarkers, Prognosis, and Prediction Factors
CN113215251B (en) Methylation marker for assisting diagnosis of cancer
Shiomi et al. Optimal criteria for predicting lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma by anatomical location using preoperative computed tomography: a retrospective cohort study