RU2780629C1 - Method for producing multispecific antibodies - Google Patents
Method for producing multispecific antibodies Download PDFInfo
- Publication number
- RU2780629C1 RU2780629C1 RU2021116798A RU2021116798A RU2780629C1 RU 2780629 C1 RU2780629 C1 RU 2780629C1 RU 2021116798 A RU2021116798 A RU 2021116798A RU 2021116798 A RU2021116798 A RU 2021116798A RU 2780629 C1 RU2780629 C1 RU 2780629C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- antibody
- heavy chain
- light chain
- domain
- antigen
- Prior art date
Links
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 title claims abstract description 557
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 title claims abstract description 557
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title description 34
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 67
- 210000004962 mammalian cells Anatomy 0.000 claims abstract description 40
- 239000012535 impurity Substances 0.000 claims abstract description 14
- 239000001963 growth media Substances 0.000 claims abstract description 13
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 13
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims abstract description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract 3
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 162
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims description 160
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 121
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 104
- 108091007172 antigens Proteins 0.000 claims description 104
- 102000038129 antigens Human genes 0.000 claims description 104
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 59
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 57
- 238000001890 transfection Methods 0.000 claims description 49
- 230000035693 Fab Effects 0.000 claims description 39
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims description 30
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N (+)-methoprene Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 8
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 3
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 62
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 54
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 54
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 48
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 43
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 39
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 39
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 38
- 239000000047 product Substances 0.000 description 37
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 26
- 108010071919 Bispecific Antibodies Proteins 0.000 description 25
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 19
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 description 19
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 19
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 19
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 19
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 18
- 238000006011 modification reaction Methods 0.000 description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 description 17
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 15
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 15
- 229920001405 Coding region Polymers 0.000 description 13
- 102100008904 TFRC Human genes 0.000 description 13
- 230000001402 polyadenylating Effects 0.000 description 13
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 13
- 230000001976 improved Effects 0.000 description 12
- 230000001965 increased Effects 0.000 description 12
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 12
- 108010033576 Transferrin Receptors Proteins 0.000 description 11
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 11
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 11
- 238000005734 heterodimerization reaction Methods 0.000 description 11
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 11
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 10
- 239000002609 media Substances 0.000 description 10
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 9
- 108010045030 monoclonal antibodies Proteins 0.000 description 9
- 102000005614 monoclonal antibodies Human genes 0.000 description 9
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 9
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 8
- 102100009984 FAP Human genes 0.000 description 8
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M buffer Substances [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 8
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 8
- 230000002708 enhancing Effects 0.000 description 8
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 8
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 8
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 7
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 7
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 7
- 230000036541 health Effects 0.000 description 7
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 7
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 7
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 7
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 6
- 230000036809 Fabs Effects 0.000 description 6
- 102000018358 Immunoglobulins Human genes 0.000 description 6
- 108060003951 Immunoglobulins Proteins 0.000 description 6
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 6
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 6
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 6
- 102000003951 Erythropoietin Human genes 0.000 description 5
- 108090000394 Erythropoietin Proteins 0.000 description 5
- 229940065638 Intron A Drugs 0.000 description 5
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 5
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 description 5
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 5
- 229940105423 erythropoietin Drugs 0.000 description 5
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 5
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 5
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 5
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 description 5
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 4
- 101710004393 HAVCR2 Proteins 0.000 description 4
- 102100016384 HAVCR2 Human genes 0.000 description 4
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 4
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 4
- 108010006025 bovine growth hormone Proteins 0.000 description 4
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 4
- 238000007374 clinical diagnostic method Methods 0.000 description 4
- 230000000295 complement Effects 0.000 description 4
- 102000004419 dihydrofolate reductase family Human genes 0.000 description 4
- 108020001096 dihydrofolate reductase family Proteins 0.000 description 4
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 4
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 4
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 4
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 4
- 239000000710 homodimer Substances 0.000 description 4
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory Effects 0.000 description 4
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 3
- 101800001718 Amyloid-beta protein Proteins 0.000 description 3
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 3
- 210000004556 Brain Anatomy 0.000 description 3
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 3
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 description 3
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N D-Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 3
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 3
- 210000001672 Ovary Anatomy 0.000 description 3
- 108010033725 Recombinant Proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000007312 Recombinant Proteins Human genes 0.000 description 3
- 229920001785 Response element Polymers 0.000 description 3
- 239000006146 Roswell Park Memorial Institute medium Substances 0.000 description 3
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 3
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 3
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 3
- 229960000070 antineoplastic Monoclonal antibodies Drugs 0.000 description 3
- 230000000903 blocking Effects 0.000 description 3
- 239000006143 cell culture media Substances 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 3
- 238000010192 crystallographic characterization Methods 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 3
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 3
- 125000000404 glutamine group Chemical group N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)* 0.000 description 3
- 230000003899 glycosylation Effects 0.000 description 3
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 229960000060 monoclonal antibodies Drugs 0.000 description 3
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 3
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 3
- 101710034647 rI Proteins 0.000 description 3
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 3
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 3
- 230000001603 reducing Effects 0.000 description 3
- 239000003638 reducing agent Substances 0.000 description 3
- 239000012146 running buffer Substances 0.000 description 3
- 230000001052 transient Effects 0.000 description 3
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 3
- BKKWZCSSYWYNDS-JEDNCBNOSA-N 2-aminoacetic acid;(2S)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical group NCC(O)=O.NCCCC[C@H](N)C(O)=O BKKWZCSSYWYNDS-JEDNCBNOSA-N 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 206010001897 Alzheimer's disease Diseases 0.000 description 2
- 102000013455 Amyloid beta-Peptides Human genes 0.000 description 2
- 108010090849 Amyloid beta-Peptides Proteins 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N Bis-tris methane Chemical compound OCCN(CCO)C(CO)(CO)CO OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 2
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 2
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 2
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 2
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 2
- 241000388186 Deltapapillomavirus 4 Species 0.000 description 2
- 108010016626 Dipeptides Proteins 0.000 description 2
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- 108010000521 Human Growth Hormone Proteins 0.000 description 2
- 102000002265 Human Growth Hormone Human genes 0.000 description 2
- 239000000854 Human Growth Hormone Substances 0.000 description 2
- 241000701024 Human betaherpesvirus 5 Species 0.000 description 2
- 229940072221 IMMUNOGLOBULINS Drugs 0.000 description 2
- 108010025815 Kanamycin Kinase Proteins 0.000 description 2
- 210000000088 Lip Anatomy 0.000 description 2
- 210000004185 Liver Anatomy 0.000 description 2
- 239000007987 MES buffer Substances 0.000 description 2
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 2
- 102100000165 MS4A1 Human genes 0.000 description 2
- 101710010909 MS4A1 Proteins 0.000 description 2
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 description 2
- 239000012124 Opti-MEM Substances 0.000 description 2
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 2
- 239000012505 Superdex™ Substances 0.000 description 2
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 2
- 102000006646 aminoglycoside phosphotransferase family Human genes 0.000 description 2
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 2
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 2
- 230000003115 biocidal Effects 0.000 description 2
- 125000000837 carbohydrate group Chemical group 0.000 description 2
- 108091006028 chimera Proteins 0.000 description 2
- 230000004154 complement system Effects 0.000 description 2
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000000132 electrospray ionisation Methods 0.000 description 2
- 102000005396 glutamine synthetase family Human genes 0.000 description 2
- 108020002326 glutamine synthetase family Proteins 0.000 description 2
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N indole Chemical compound C1=CC=C2NC=CC2=C1 SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001155 isoelectric focusing Methods 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 230000000051 modifying Effects 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 2
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 108091008117 polyclonal antibodies Proteins 0.000 description 2
- 229920000023 polynucleotide Polymers 0.000 description 2
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 2
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000000644 propagated Effects 0.000 description 2
- 230000003248 secreting Effects 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 description 1
- QRBLKGHRWFGINE-UGWAGOLRSA-N 2-[2-[2-[[2-[[4-[[2-[[6-amino-2-[3-amino-1-[(2,3-diamino-3-oxopropyl)amino]-3-oxopropyl]-5-methylpyrimidine-4-carbonyl]amino]-3-[(2R,3S,4S,5S,6S)-3-[(2S,3R,4R,5S)-4-carbamoyl-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)- Chemical compound N=1C(C=2SC=C(N=2)C(N)=O)CSC=1CCNC(=O)C(C(C)=O)NC(=O)C(C)C(O)C(C)NC(=O)C(C(O[C@H]1[C@@]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)(C)O[C@H]1[C@@H]([C@](O)([C@@H](O)C(CO)O1)C(N)=O)O)C=1NC=NC=1)NC(=O)C1=NC(C(CC(N)=O)NCC(N)C(N)=O)=NC(N)=C1C QRBLKGHRWFGINE-UGWAGOLRSA-N 0.000 description 1
- LBCZOTMMGHGTPH-UHFFFAOYSA-N 2-[2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethoxy]ethanol Chemical compound CC(C)(C)CC(C)(C)C1=CC=C(OCCOCCO)C=C1 LBCZOTMMGHGTPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BHQCQFFYRZLCQQ-UMZBRFQRSA-N 4-[(3R,5S,7R,12S)-3,7,12-trihydroxy-10,13-dimethyl-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoic acid Chemical class C([C@H]1C[C@H]2O)[C@H](O)CCC1(C)C1C2C2CCC(C(CCC(O)=O)C)C2(C)[C@@H](O)C1 BHQCQFFYRZLCQQ-UMZBRFQRSA-N 0.000 description 1
- QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 4-[(4-anilino-5-sulfonaphthalen-1-yl)diazenyl]-5-hydroxynaphthalene-2,7-disulfonic acid Chemical compound C=12C(O)=CC(S(O)(=O)=O)=CC2=CC(S(O)(=O)=O)=CC=1N=NC(C1=CC=CC(=C11)S(O)(=O)=O)=CC=C1NC1=CC=CC=C1 QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- FVFVNNKYKYZTJU-UHFFFAOYSA-N 6-chloro-1,3,5-triazine-2,4-diamine Chemical group NC1=NC(N)=NC(Cl)=N1 FVFVNNKYKYZTJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020001143 ABCD Proteins 0.000 description 1
- ZTOJFFHGPLIVKC-CLFAGFIQSA-N ABTS Chemical compound S/1C2=CC(S(O)(=O)=O)=CC=C2N(CC)C\1=N\N=C1/SC2=CC(S(O)(=O)=O)=CC=C2N1CC ZTOJFFHGPLIVKC-CLFAGFIQSA-N 0.000 description 1
- 102100001249 ALB Human genes 0.000 description 1
- 102100011910 ASNS Human genes 0.000 description 1
- 229920001276 Ammonium polyphosphate Polymers 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N Ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 206010002022 Amyloidosis Diseases 0.000 description 1
- 206010002023 Amyloidosis Diseases 0.000 description 1
- 210000000628 Antibody-Producing Cells Anatomy 0.000 description 1
- 108010005130 Bence Jones Protein Proteins 0.000 description 1
- 229940093761 Bile Salts Drugs 0.000 description 1
- UUAGPGQUHZVJBQ-UHFFFAOYSA-N Bisphenol A bis(2-hydroxyethyl)ether Chemical compound C=1C=C(OCCO)C=CC=1C(C)(C)C1=CC=C(OCCO)C=C1 UUAGPGQUHZVJBQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010006654 Bleomycin Proteins 0.000 description 1
- 229960001561 Bleomycin Drugs 0.000 description 1
- 102000015081 Blood Coagulation Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010039209 Blood Coagulation Factors Proteins 0.000 description 1
- 229940019700 Blood coagulation factors Drugs 0.000 description 1
- 210000001218 Blood-Brain Barrier Anatomy 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000701822 Bovine papillomavirus Species 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 125000001433 C-terminal amino-acid group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004899 C-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 241000282465 Canis Species 0.000 description 1
- WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N Chloramphenicol Chemical compound ClC(Cl)C(=O)N[C@H](CO)[C@H](O)C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N 0.000 description 1
- 229960005091 Chloramphenicol Drugs 0.000 description 1
- 241000282552 Chlorocebus aethiops Species 0.000 description 1
- 108009000280 Complement Activation Proteins 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 229940095074 Cyclic AMP Drugs 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- GRRNUXAQVGOGFE-UHFFFAOYSA-N Destomysin Chemical compound OC1C(NC)CC(N)C(O)C1OC1C2OC3(C(C(O)C(O)C(C(N)CO)O3)O)OC2C(O)C(CO)O1 GRRNUXAQVGOGFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L Dipotassium phosphate Chemical compound [K+].[K+].OP([O-])([O-])=O ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- 102000018251 EC 2.4.2.8 Human genes 0.000 description 1
- 108010091358 EC 2.4.2.8 Proteins 0.000 description 1
- 108010070255 EC 6.3.1.1 Proteins 0.000 description 1
- 101710038747 EEF1A1 Proteins 0.000 description 1
- 101710038764 EEF1A1P5 Proteins 0.000 description 1
- 101710038745 EEF1A2 Proteins 0.000 description 1
- 102000033147 ERVK-25 Human genes 0.000 description 1
- 102100015545 FCGR2A Human genes 0.000 description 1
- 102100015541 FCGR3A Human genes 0.000 description 1
- 101710044656 FCGR3A Proteins 0.000 description 1
- 101700010580 FLO11 Proteins 0.000 description 1
- 108010021468 Fc gamma receptor IIA Proteins 0.000 description 1
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Natural products NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N HCl Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108020000017 Histidinol dehydrogenases Proteins 0.000 description 1
- 210000004408 Hybridomas Anatomy 0.000 description 1
- 229940097277 Hygromycin B Drugs 0.000 description 1
- 102000006496 Immunoglobulin Heavy Chains Human genes 0.000 description 1
- 108010019476 Immunoglobulin Heavy Chains Proteins 0.000 description 1
- 229920002459 Intron Polymers 0.000 description 1
- 239000007836 KH2PO4 Substances 0.000 description 1
- 210000000822 Killer Cells, Natural Anatomy 0.000 description 1
- 241000235058 Komagataella pastoris Species 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- ZQISRDCJNBUVMM-YFKPBYRVSA-N L-histidinol Chemical compound OC[C@@H](N)CC1=CNC=N1 ZQISRDCJNBUVMM-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 1
- 229920001320 Leader sequence (mRNA) Polymers 0.000 description 1
- 210000004072 Lung Anatomy 0.000 description 1
- 210000004698 Lymphocytes Anatomy 0.000 description 1
- 101710033910 MT-I Proteins 0.000 description 1
- 102100006037 MUC1 Human genes 0.000 description 1
- 101700052761 MUC1 Proteins 0.000 description 1
- 108090000157 Metallothionein Proteins 0.000 description 1
- 102000003792 Metallothionein Human genes 0.000 description 1
- 206010027476 Metastasis Diseases 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M Monopotassium phosphate Chemical compound [K+].OP(O)([O-])=O GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229960000951 Mycophenolic Acid Drugs 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000004473 OX40 Ligand Human genes 0.000 description 1
- 108010042215 OX40 Ligand Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N PUROMYCIN Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C[C@H](N)C(=O)N[C@H]1[C@@H](O)[C@H](N2C3=NC=NC(=C3N=C2)N(C)C)O[C@@H]1CO RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N 0.000 description 1
- 229950010131 PUROMYCIN Drugs 0.000 description 1
- 229940055729 Papain Drugs 0.000 description 1
- 108090000526 Papain Proteins 0.000 description 1
- 108091005771 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000010292 Peptide Elongation Factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010077524 Peptide Elongation Factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 239000001888 Peptone Substances 0.000 description 1
- 108010080698 Peptones Proteins 0.000 description 1
- 108010035235 Phleomycins Proteins 0.000 description 1
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 102000004088 Proprotein Convertase 2 Human genes 0.000 description 1
- 108090000545 Proprotein Convertase 2 Proteins 0.000 description 1
- 102000017975 Protein C Human genes 0.000 description 1
- 229960000856 Protein C Drugs 0.000 description 1
- 229940076788 Pyruvate Drugs 0.000 description 1
- 101700020165 RHOA Proteins 0.000 description 1
- 101700044616 RHOC Proteins 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 1
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- 210000000717 Sertoli cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000002966 Serum Anatomy 0.000 description 1
- 108010071390 Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 108020004459 Small Interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 239000004268 Sodium erythorbin Substances 0.000 description 1
- 241000256251 Spodoptera frugiperda Species 0.000 description 1
- 210000001744 T-Lymphocytes Anatomy 0.000 description 1
- 101700076150 TBP2 Proteins 0.000 description 1
- 101710005270 TEF1 Proteins 0.000 description 1
- 108020004440 Thymidine Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000006601 Thymidine Kinase Human genes 0.000 description 1
- HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K Trisodium citrate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 108010075344 Tryptophan Synthase Proteins 0.000 description 1
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 1
- 102400000757 Ubiquitin Human genes 0.000 description 1
- 230000036462 Unbound Effects 0.000 description 1
- 101700053022 VGC Proteins 0.000 description 1
- 208000007089 Vaccinia Diseases 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N Xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VBJHPXDIVMXHJU-UHFFFAOYSA-N Zeocin Chemical compound N=1C(C=2SC=C(N=2)C(=O)NCCCCN=C(N)N)CSC=1CCNC(=O)C(C(O)C)NC(=O)C(C)C(O)C(C)NC(=O)C(C(OC1C(C(O)C(O)C(CO)O1)OC1C(C(OC(N)=O)C(O)C(CO)O1)O)C=1[N]C=NC=1)NC(=O)C1=NC(C(CC(N)=O)NCC(N)C(N)=O)=NC(N)=C1C VBJHPXDIVMXHJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010084455 Zeocin Proteins 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000003213 activating Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 230000001154 acute Effects 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial Effects 0.000 description 1
- 102000025417 antigen binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091000829 antigen binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000003078 antioxidant Effects 0.000 description 1
- 239000012298 atmosphere Substances 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial Effects 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogens Species 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional Effects 0.000 description 1
- 239000003833 bile salt Substances 0.000 description 1
- 102000024070 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091007650 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O bleomycin A2 Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)NCCC=1SC=C(N=1)C=1SC=C(N=1)C(=O)NCCC[S+](C)C)[C@@H](O[C@H]1[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)O[C@@H]1[C@H]([C@@H](OC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)C=1N=CNC=1)C(=O)C1=NC([C@H](CC(N)=O)NC[C@H](N)C(N)=O)=NC(N)=C1C OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O 0.000 description 1
- 239000003114 blood coagulation factor Substances 0.000 description 1
- IVOMOUWHDPKRLL-KQYNXXCUSA-N cAMP Chemical compound C([C@H]1O2)OP(O)(=O)O[C@H]1[C@@H](O)[C@@H]2N1C(N=CN=C2N)=C2N=C1 IVOMOUWHDPKRLL-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000011089 carbon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 150000001733 carboxylic acid esters Chemical class 0.000 description 1
- 201000009030 carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000001925 catabolic Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000007813 chromatographic assay Methods 0.000 description 1
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007979 citrate buffer Substances 0.000 description 1
- 230000024203 complement activation Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000001808 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic Effects 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229910000396 dipotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019797 dipotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drugs Drugs 0.000 description 1
- 238000007823 electrophoretic assay Methods 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable Effects 0.000 description 1
- ANUSOIHIIPAHJV-UHFFFAOYSA-N fenticlor Chemical compound OC1=CC=C(Cl)C=C1SC1=CC(Cl)=CC=C1O ANUSOIHIIPAHJV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 1
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 102000034387 fluorescent proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006031 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000037240 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000002068 genetic Effects 0.000 description 1
- 239000003862 glucocorticoid Substances 0.000 description 1
- 101700022040 his-42 Proteins 0.000 description 1
- 229910000041 hydrogen chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000002991 immunohistochemical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- VBCVPMMZEGZULK-NRFANRHFSA-N indoxacarb Chemical compound C([C@@]1(OC2)C(=O)OC)C3=CC(Cl)=CC=C3C1=NN2C(=O)N(C(=O)OC)C1=CC=C(OC(F)(F)F)C=C1 VBCVPMMZEGZULK-NRFANRHFSA-N 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 230000004301 light adaptation Effects 0.000 description 1
- 239000003580 lung surfactant Substances 0.000 description 1
- 230000002934 lysing Effects 0.000 description 1
- 102000027675 major histocompatibility complex family Human genes 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic Effects 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 108060005018 mobB Proteins 0.000 description 1
- 229910000402 monopotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019796 monopotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- HPNSFSBZBAHARI-RUDMXATFSA-N mycophenolic acid Chemical compound OC1=C(C\C=C(/C)CCC(O)=O)C(OC)=C(C)C2=C1C(=O)OC2 HPNSFSBZBAHARI-RUDMXATFSA-N 0.000 description 1
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 1
- 101700080367 ner Proteins 0.000 description 1
- 230000000955 neuroendocrine Effects 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000003287 optical Effects 0.000 description 1
- 235000019834 papain Nutrition 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000000149 penetrating Effects 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 235000019319 peptone Nutrition 0.000 description 1
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- 231100000773 point of departure Toxicity 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting Effects 0.000 description 1
- 230000001902 propagating Effects 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M pyruvate Chemical compound CC(=O)C([O-])=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000003362 replicative Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 108091007521 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 1
- 101700065091 rho1 Proteins 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000003530 single readout Methods 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000004114 suspension culture Methods 0.000 description 1
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 1
- 230000002537 thrombolytic Effects 0.000 description 1
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 description 1
- 102000003995 transcription factors Human genes 0.000 description 1
- 108090000464 transcription factors Proteins 0.000 description 1
- 239000011778 trisodium citrate Substances 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cells Anatomy 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 229960005486 vaccines Drugs 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N β-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
Images
Abstract
Description
Область техники, к которой относится изобретениеThe field of technology to which the invention belongs
Настоящее изобретение относится к получению мультиспецифических антител, прежде всего таких мультиспецифических антител, которые содержат кроссовер доменов в одной из их цепей. В способе, указанном в настоящем описании, уровень экспрессии рекомбинантной клетки млекопитающего, секретирующей мультиспецифическое антитело, повышают путем интродукции дополнительной кассеты экспрессии для цепи с обмененными доменами в уже трансфектированную или трансдуцированную клетку.The present invention relates to the production of multispecific antibodies, especially those multispecific antibodies which contain a crossover of domains in one of their chains. In the method described herein, the level of expression of a recombinant mammalian cell secreting a multispecific antibody is increased by introducing an additional expression cassette for the domain-swapped chain into an already transfected or transduced cell.
Предпосылки создания изобретенияPrerequisites for the creation of the invention
В US №5958727 описан метод получения полипептида, включающий культивирование мутантной клетки в условиях, приводящих к производству полипептида, в котором мутантная клетка является родственной родительской клетке, содержащей первую ДНК-последовательность, которая кодирует полипептид, путем интродукции конструкции нуклеиновой кислоты в геном родительской клетки в локус, который не находится в первой ДНК-последовательности, не находится во второй ДНК-последовательности, кодирующей белок, который является отрицательным регулятором транскрипции, трансляции или секреции полипептида, и не находится в третьей ДНК-последовательности, которая кодирует протеазу, гидролизующую полипептид в данных условиях; и мутантная клетка продуцирует большее количество полипептида, чем родительская клетка при культивировании обоих клеток в данных условиях; и выделение полипептида.US No. 5,958,727 describes a method for producing a polypeptide, comprising culturing a mutant cell under conditions leading to the production of a polypeptide, in which the mutant cell is related to a parent cell containing a first DNA sequence that encodes a polypeptide, by introducing a nucleic acid construct into the genome of the parent cell in a locus that is not in the first DNA sequence is not in a second DNA sequence that codes for a protein that is a negative regulator of transcription, translation, or secretion of the polypeptide, and is not in a third DNA sequence that codes for a protease that hydrolyzes the polypeptide in data conditions; and the mutant cell produces more polypeptide than the parent cell when both cells are cultured under the given conditions; and isolation of the polypeptide.
Genzel Y. с соавторами установили, что замена глутамина на пируват снижает образование аммиака и ингибирует рост клеток млекопитающих (Biotechnol. Prog. 21, 2005, сс. 58-69). De la Cruz Edmonds M. С.с соавторами разработали протоколы трансфекции и высокопроизводительного скрининга для клеточной системы СНОК1 SV (Mol. Biotechnol. 34, 2006, сс. 179-190). В WO 2007/036291 описана улучшенная среда для культивирования клеток. В ЕР 1482031 описана бессывороточная среда для культивирования клеток млекопитающих и ее применение. Link Т. с соавторами разработали биологический процесс получения рекомбинантного слитого белка MUC1, экспрессируемого клетками СНО-К1 в безбелковой среде (J. Biotechnol. 110, 2004, сс. 51-62). В ЕР 0481791 описана культуральная среда для СНО-клеток и адаптированных клеток. В US 2007/161079 описаны рекомбинантные клеточные клоны, обладающие повышенной стабильностью, и методы их получения и применения. В ЕР 0659880 описан метод культивирования клеток животных или продуцирующих антитела клеток. У Butler М. с соавторами описана адаптация клеток млекопитающих к неаммониегенным средам (Cytotechnol. 15, 1994, сс. 87-94). Altamirano С.с соавторами описали улучшенный состав среды для культивирования СНО-клеток: а именно, одновременную замену глюкозы и глутамина (Biotechnol. Prog. 16, 2000, сс. 69-75).Genzel Y. et al. have found that replacing glutamine with pyruvate reduces ammonia production and inhibits the growth of mammalian cells (Biotechnol. Prog. 21, 2005, pp. 58-69). De la Cruz Edmonds M. C. et al have developed transfection and high throughput screening protocols for the CHOH1 SV cell system (Mol. Biotechnol. 34, 2006, pp. 179-190). WO 2007/036291 describes an improved cell culture medium. EP 1482031 describes a serum-free mammalian cell culture medium and its use. Link T. et al. have developed a biological process for producing a recombinant MUC1 fusion protein expressed by CHO-K1 cells in a protein-free medium (J. Biotechnol. 110, 2004, pp. 51-62). EP 0481791 describes a culture medium for CHO cells and adapted cells. US 2007/161079 describes recombinant cell clones with improved stability and methods for their preparation and use. EP 0659880 describes a method for culturing animal cells or antibody-producing cells. Butler M. et al. describe the adaptation of mammalian cells to non-ammoniogenic media (Cytotechnol. 15, 1994, pp. 87-94). Altamirano C. et al. have described an improved composition of CHO cell culture medium: namely, the simultaneous replacement of glucose and glutamine (Biotechnol. Prog. 16, 2000, pp. 69-75).
В ЕР 0569678 описаны двойные трансфектанты по генам ГКГС в качестве клеточных вакцин для иммунопрофилактики метастазов опухолей. В WO 97/08342 описан усовершенствованный метод измерения активности промоторной последовательности в клетке млекопитающего с использованием репортерного гена. Применение анти-RhoA и анти-RhoC siPHK для специфического ингибирования синтеза RhoA или RhoC описано в WO 2005/113770. Метод рекомбинантного производства или экспрессии эукариотического мутанта по щелочной фосфатазе в клетках дрожжей описан в US №7202072. В WO 2001/038557 описан метод скрининга многократно трансформированных клеток с помощью бицистронной экспрессии флуоресцентных белков. Метод получения рекомбинантных линий эукариотических клеток, которые экспрессируют множество представляющих интерес белков или РНК, описан в WO 1999/47647. Системы, включающие методы, композиции и наборы, для трансфекции клеток материалами для трансфекции с использованием кодируемых носителей описаны в WO 2003/076588. В US №5089397 описана экспрессионная система для рекомбинантного получения требуемого белка, включающая СНО-клетки, трансформированные ДНК-последовательностью, которая имеет кодирующую последовательность требуемого белка под контролем промотора человеческого металлотионеина-П. Метод получения рекомбинантных белков описан в US 2003/0040047. Lamango с соавторами (Lamango N.S. и др., Arch. Biochem. Biophys. 330, 1996, сс. 238-250) описали зависимость производства прогормона конвертазы 2 от присутствия нейроэндокринного полипептида 7 В2. Трансфекция экспрессионным вектором на основе BPV-1 клеток, несущих неинтегрированные реплицирующие BPV-1 геномы, описана у Waldenstroem М. и др., Gene 120, 1992, сс. 175-181. В US №4912038 описаны методы и векторы для получения альвеолярного сурфактантного белка 32К собак и человека.
В WO 89/10959 описаны технологии рекомбинантной ДНК и экспрессия полипептидов млекопитающих в созданных с помощью генной инженерии эукариотических клетках. Повторный совместный перенос экспрессионного вектора для человеческого гормона роста и экспрессионного вектора для гена маркера селекции описан в DD 287531. В WO 93/01296 описано производство антител в инфицированных вирусом коровьей оспы клетках. В WO 95/17513 описана повторная трансформация нитчатых грибов. В WO 89/00999 описана модульная сборка генов антител, полученные с ее помощью антитела и их применение. В US 2003/096341 описана экспрессия щелочной фосфатазы в дрожжах.WO 89/10959 describes recombinant DNA technologies and the expression of mammalian polypeptides in genetically engineered eukaryotic cells. The repeated co-transfer of a human growth hormone expression vector and a selection marker gene expression vector is described in DD 287531. WO 93/01296 describes the production of antibodies in vaccinia infected cells. WO 95/17513 describes the re-transformation of filamentous fungi. WO 89/00999 describes the modular assembly of antibody genes, the antibodies produced therewith, and their use. US 2003/096341 describes the expression of alkaline phosphatase in yeast.
В ЕР 1453966 описан метод получения рекомбинантного полипептида. В WO 03/046187 описан метод получения рекомбинантного полипептида. В US №5550036 описан метод совместной амплификации генов человеческого белка С в клетках человека. В ЕР0921194 описано семейство генов лиганда TNF. В ЕР 0319206 описана амплификация генов. У Lin F.K. с соавторами описаны клонирование и экспрессия гена человеческого эритропоэтина (Ргос.Natl. Acad. Sci. USA 82, 1985, сс. 7580-7584). В WO 00/28066 описаны клетки-хозяева, экспрессирующие рекомбинантный человеческий эритропоэтин. У Chen S. с соавторами описано производство рекомбинантных белков в клетках млекопитающих (в: Curr. Prot. Prot. Sci., 1998, 5.10.1-5.10.41).EP 1453966 describes a method for producing a recombinant polypeptide. WO 03/046187 describes a method for producing a recombinant polypeptide. US Pat. No. 5,550,036 describes a method for the co-amplification of human C protein genes in human cells. EP0921194 describes the TNF ligand gene family. EP 0319206 describes gene amplification. Lin F.K. et al. describe the cloning and expression of the human erythropoietin gene (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 1985, pp. 7580-7584). WO 00/28066 describes host cells expressing recombinant human erythropoietin. Chen S. et al. have described the production of recombinant proteins in mammalian cells (in: Curr. Prot. Prot. Sci., 1998, 5.10.1-5.10.41).
В WO 89/00605 описаны трансфектированные клетки, содержащие векторы, которые имеют гены, ориентированные в противоположных направлениях, и методы их получения. В US №5420019 описаны стабильныеWO 89/00605 describes transfected cells containing vectors that have genes oriented in opposite directions and methods for their preparation. US Pat. No. 5,420,019 describes stable
бактерицидные/повышающие проникновение белковые продукты и содержащие их фармацевтические композиции. В US №5639275 описаны биосовместимые изолированные от воздействия иммунной системы капсулы, содержащие генетически измененные клетки для доставки биологически активных молекул.bactericidal/penetrating protein products and pharmaceutical compositions containing them. US 5,639,275 describes biocompatible immune-isolated capsules containing genetically modified cells to deliver biologically active molecules.
Kemball-Cook G. с соавторами описали высокопродуктивное производство человеческих факторов коагуляции крови VII и XI с использованием нового экспрессионного вектора для клеток млекопитающих (Gene 139, 1994, сс. 275-279). В ЕР 1010758 описана система экспрессии для производства рекомбинантного человеческого эритропоэтина, метод очистки секретированного человеческого эритропоэтина и его применение.Kemball-Cook G. et al have described the highly productive production of human blood coagulation factors VII and XI using a novel mammalian cell expression vector (Gene 139, 1994, pp. 275-279). EP 1010758 describes an expression system for the production of recombinant human erythropoietin, a method for purifying secreted human erythropoietin and its use.
У Mulligan R.C. и Berg Р. описана селекция клеток животных, которые экспрессируют ген Escherichia coli, кодирующий ксантин-Mulligan R.C. and Berg R. described the selection of animal cells that express the Escherichia coli gene encoding xanthine-
гуанинфосфорибозилтрансферазу (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 1981, сс. 2072-2076). У Colosimo А. с соавторами описан перенос и экспрессия чужеродного гена в клетках млекопитающих (BioTechniques 29, 2000, сс. 314-331). У Maruyama К. с соавторами описаны трансфекция культивируемых клеток млекопитающих экспрессионными векторами для клеток млекопитающих (Meth. Nucleic Acids Res. 1991, сс. 283-305). У Wang D.Z. с соавторами описано лечение пациентов с острым инсультом с помощью внутривенного введения tPA (Stroke 31, 2000, сс. 77-81). Sakamoto Т. с соавторами описали предупреждение артериальной повторной окклюзии после тромболиза с помощью активированного белка С (Circulation 90, 1994, сс. 427-432). Lee G.M. с соавторами разработали бессывороточную среду для получения эритропоэтина с помощью суспензионной культуры рекомбинантных клеток яичника китайского хомячка с использованием статистического конструирования (J. Biotechnol. 69, 1999, сс. 85-93). У Lusky М. и Botchan M.R. описана характеризация поддерживающих последовательностей вектора вируса бычьей папилломы (Cell 36, 1984, сс. 391-401).guanine phosphoribosyltransferase (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 1981, pp. 2072-2076). Colosimo A. et al. have described the transfer and expression of a foreign gene in mammalian cells (BioTechniques 29, 2000, pp. 314-331). Maruyama K. et al. have described the transfection of cultured mammalian cells with mammalian cell expression vectors (Meth. Nucleic Acids Res. 1991, pp. 283-305). Wang D.Z. et al described the treatment of acute stroke patients with intravenous tPA (Stroke 31, 2000, pp. 77-81). Sakamoto T. et al have described the prevention of arterial re-occlusion after thrombolysis using activated protein C (
В US 2014/0242079 описано соотношение векторов 1:2:1:1 для векторов одной кассеты экспрессии, предназначенной для кратковременной экспрессии в клетках НЕК.US 2014/0242079 describes a vector ratio of 1:2:1:1 for vectors of a single expression cassette intended for transient expression in HEK cells.
В WO 2015/052230 описаны мультиспецифические антитела с обмененными доменами в общей вариабельной легкой цепи.WO 2015/052230 describes multispecific domain-swapped antibodies in a common variable light chain.
В WO 2012/023053 описаны методы создания мультиспецифических и многовалентных антител.WO 2012/023053 describes methods for generating multispecific and multivalent antibodies.
В WO 2005/072112 описаны методы получения и идентификации мультиспецифических антител.WO 2005/072112 describes methods for the production and identification of multispecific antibodies.
В WO 02/079255 описаны рекомбинантные антитела, совместно экспрессируемые с GnTIII.WO 02/079255 describes recombinant antibodies co-expressed with GnTIII.
В US 2002/06210 описан метод получения мультиспецифических антител, имеющих гетеромультимерные и общие компоненты.US 2002/06210 describes a method for producing multispecific antibodies having heteromultimeric and common components.
В US 2013/045888 описана мультикопийная стратегия для получения высоких титров высокоочищенных мультисубъединичных белков, таких как антитела, в трансформированных микробах, таких как Pichia pastoris.US 2013/045888 describes a multicopy strategy for producing high titers of highly purified multisubunit proteins such as antibodies in transformed microbes such as Pichia pastoris.
У Frenzel с соавторами в Front. Immunol. 4, 2013, статья 217 описана экспрессия рекомбинантных антител.Frenzel et al. at Front. Immunol. 4, 2013, article 217 describes the expression of recombinant antibodies.
Wurm с соавторами описали получение терапевтических средств в виде рекомбинантных белков в культивируемых клетках млекопитающих (Nat. Biotechnol. 22, 2004, сс. 1393-1398).Wurm et al. have described the production of therapeutic agents as recombinant proteins in cultured mammalian cells (Nat. Biotechnol. 22, 2004, pp. 1393-1398).
Краткое изложение сущности изобретенияBrief summary of the invention
Установлено, что для создания клеточных линий, предназначенных для производства гетеродимерных, т.е. мультиспецифических антител, целесообразно применять для трансфекции экспрессионный вектор, который содержит в качестве единственной кассеты экспрессии для цепи антитела кассету экспрессии для легкой цепи. Указанный вектор можно применять вместе с другими экспрессионными векторами для совместной трансфекции или отдельно на второй последующей стадии трансфекции. С помощью указанного подхода к производству можно получать клеточную линию, которая продуцирует гетеродимерное антитело с улучшенным профилем продукта, т.е. с увеличенным количеством продукта и пониженным количеством родственных продукту примесей.It has been established that in order to create cell lines intended for the production of heterodimeric, i.e. multispecific antibodies, it is expedient to use for transfection an expression vector which contains, as the only expression cassette for the antibody chain, the expression cassette for the light chain. This vector can be used together with other expression vectors for co-transfection or separately in a second subsequent transfection step. Using this manufacturing approach, it is possible to obtain a cell line that produces a heterodimeric antibody with an improved product profile, i.e. with an increased amount of product and a reduced amount of product-related impurities.
Одним из объектов настоящего изобретения является способ получения мультиспецифического антитела, которое содержит/состоит из/включает по меньшей мере три различных полипептида, который включает следующие стадии:One of the objects of the present invention is a method for obtaining a multispecific antibody that contains/consists of/includes at least three different polypeptides, which includes the following steps:
культивирование клетки млекопитающего в среде для культивирования (в условиях, пригодных для экспрессии мультиспецифического антитела), где клетка млекопитающего создана путемculturing the mammalian cell in a culture medium (under conditions suitable for expression of the multispecific antibody) wherein the mammalian cell is created by
а) трансфекции клетки млекопитающего (не экспрессирующей антитело) первым экспрессионным вектором и одним, двумя или тремя дополнительными экспрессионными векторами,a) transfection of a mammalian cell (not expressing the antibody) with the first expression vector and one, two or three additional expression vectors,
при этом первый экспрессионный вектор содержит строго одну нуклеотидную последовательность, которая кодирует полипептид мультиспецифического антитела, и один, два или три дополнительных экспрессионных вектора, каждый из которых содержит по меньшей мере две нуклеотидные последовательности, каждая из которых кодирует различные полипептидные цепи мультиспецифического антитела,wherein the first expression vector contains exactly one nucleotide sequence that encodes a polypeptide of a multispecific antibody, and one, two or three additional expression vectors, each of which contains at least two nucleotide sequences, each of which encodes different polypeptide chains of a multispecific antibody,
где строго одна нуклеотидная последовательность первого экспрессионного вектора представляет собой нуклеотидную последовательность, которая кодирует полипептид легкой цепи мультиспецифического антитела, где трансфекцию первым экспрессионным вектором осуществляют либо одновременно, либо до, либо после трансфекции одним, двумя или тремя дополнительными экспрессионными векторами, иwhere strictly one nucleotide sequence of the first expression vector is a nucleotide sequence that encodes a multispecific antibody light chain polypeptide, where transfection with the first expression vector is carried out either simultaneously, or before or after transfection with one, two or three additional expression vectors, and
б) отбор клетки (стабильно) трансфектированной на стадии а), которая растет в условиях селективного культивирования,b) selecting a cell (stably) transfected in step a) that grows under selective culture conditions,
выделение мультиспецифического антитела из клетки или среды для культивирования,isolating the multispecific antibody from the cell or culture medium,
и получение тем самым мультиспецифического антитела.and thereby obtaining a multispecific antibody.
Одним из объектов настоящего изобретения является способ создания/продуцирования/получения клетки млекопитающего (обладающей способностью к (стабильной) экспрессии мультиспецифического антитела, которое содержит/состоит по меньшей мере из трех различных полипептидов, включающий следующую стадию:One of the objects of the present invention is a method of creating/producing/obtaining a mammalian cell (having the ability to (stable) expression of a multispecific antibody that contains/consists of at least three different polypeptides, comprising the following step:
а) трансфекция клетки млекопитающего (не экспрессирующей антитело) первым экспрессионным вектором и одним, двумя или тремя дополнительными экспрессионными векторами,a) transfection of a mammalian cell (not expressing the antibody) with the first expression vector and one, two or three additional expression vectors,
при этом первый экспрессионный вектор содержит строго одну нуклеотидную последовательность, которая кодирует полипептид мультиспецифического антитела, и один, два или три дополнительных экспрессионных вектора, каждый из которых содержит по меньшей мере две нуклеотидные последовательности, каждая из которых кодирует различные полипептидные цепи мультиспецифического антитела,wherein the first expression vector contains exactly one nucleotide sequence that encodes a polypeptide of a multispecific antibody, and one, two or three additional expression vectors, each of which contains at least two nucleotide sequences, each of which encodes different polypeptide chains of a multispecific antibody,
где строго одна нуклеотидная последовательность первого экспрессионного вектора представляет собой нуклеотидную последовательность, которая кодирует полипептид легкой цепи мультиспецифического антитела, где трансфекцию первым экспрессионным вектором осуществляют либо одновременно, либо до, либо после трансфекции одним, двумя или тремя дополнительными экспрессионными векторами, иwhere strictly one nucleotide sequence of the first expression vector is a nucleotide sequence that encodes a multispecific antibody light chain polypeptide, where transfection with the first expression vector is carried out either simultaneously, or before or after transfection with one, two or three additional expression vectors, and
б) отбор клетки, трансфектированной на стадии а), которая растет в условиях селективного культивирования,b) selecting the cell transfected in step a) which grows under selective culture conditions,
и тем самым создание/продуцирование/получение клетки млекопитающего, которая (стабильно) экспрессирует мультиспецифическое антитело.and thereby creating/producing/obtaining a mammalian cell that (stably) expresses the multispecific antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, два из полипептидов мультиспецифического антитела содержат/имеют обмен (когнатными) доменами.In one embodiment of all aspects of the invention described herein, two of the multispecific antibody polypeptides contain/have an exchange of (cognate) domains.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, строго одна нуклеиновая кислота первого экспрессионного вектора кодирует полипептид легкой цепи с обменом доменами мультиспецифического антитела.In one embodiment of all aspects of the invention described herein, exactly one nucleic acid of the first expression vector encodes a multispecific antibody domain-exchange light chain polypeptide.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, стадия а) включает: совместную трансфекцию клетки млекопитающего (не экспрессирующей антитело) первым экспрессионным вектором и одним, двумя или тремя дополнительными экспрессионными векторами.In one embodiment of all aspects of the invention described herein, step a) comprises: co-transfecting a mammalian cell (not expressing the antibody) with the first expression vector and one, two or three additional expression vectors.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, стадия а) включает следующие стадии: I) трансфекция (одновременная или последовательная) клетки млекопитающего одним, двумя или тремя дополнительными экспрессионными векторами, необязательно II) отбор (стабильно) трансфектированной клетки, III) трансфекция клетки, указанной в подпункте I) или II), первым экспрессионным вектором и необязательно IV) отбор (стабильно) трансфектированной клетки.In one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, stage a) includes the following stages: I) transfection (simultaneous or sequential) of a mammalian cell with one, two or three additional expression vectors, optionally II) selection of a (stably) transfected cell, III) transfection of the cell specified in subparagraph I) or II) with the first expression vector and optionally IV) selection of the (stably) transfected cell.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, отбор основан на уровне экспрессии и/или количестве родственных продукту побочных продуктов/примесей.In one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, the selection is based on the level of expression and/or the amount of related by-products/impurities product.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, отбирают (стабильно)In one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, selected (stably)
трансфектированную(ые) клетку(и), которая(ые) продуцирует(ют) наименьшее количество (фракцию) родственных продукту побочных продуктов/примесей.the transfected cell(s) that produces(s) the least amount (fraction) of product-related by-products/impurities.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, отбирают (стабильно) трансфектированную(ые) клетку(и), которая(ые) продуцирует(ют) наименьшее количество (фракцию) родственных продукту побочных продуктов/примесей и характеризуется(ются) наибольшим выходом.In one of the embodiments of all objects of the invention specified in the present description, select (stably) transfection(s) cell(s), which(s) produces(s) the least amount (fraction) of related by-products/impurities and is characterized by ) with the highest yield.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, клетка млекопитающего стабильно экспрессирует мультиспецифическое антитело.In one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, the mammalian cell stably expresses a multispecific antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, клетка млекопитающего представляет собой СНО-клетку.In one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, the mammalian cell is a CHO cell.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, обмен доменами представляет собой CH1-CL-кроссовер или VH-VL-кроссовер.In one embodiment of all aspects of the invention described herein, the domain exchange is a CH1-CL crossover or a VH-VL crossover.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором вариабельные домены VL и VH второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, wherein the VL and VH variable domains of the second light chain and the second heavy chain are interchanged.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержит а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иIn one embodiment of all aspects of the invention described herein, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that comprises a) a first light chain and a first heavy chain of an antibody that specifically binds to a first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором константные домены CL и СН1 второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which the CL and CH1 constant domains of the second light chain and the second heavy chain are exchanged for each other.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, мультиспецифическое антитело представляет собой трехвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one of the embodiments of all the objects of the invention specified in the present description, the multispecific antibody is a trivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь полноразмерного антитела, которое специфически связывается с первым антигеном,a) the first light chain and the first heavy chain of a full-length antibody that specifically binds to the first antigen,
б) вторую тяжелую цепь полноразмерного антитела, которая при спаривании с первой легкой цепью специфически связывается с первым антигеном, иb) a second full-length antibody heavy chain that, when paired with the first light chain, specifically binds to the first antigen, and
в) Fab-фрагмент, который специфически связывается со вторым антигеном, слитый через пептидный линкер с С-концом одной из тяжелых цепей, указанных в подпункте а) или б), в котором константные домены CL и СН1 второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.c) A Fab fragment that specifically binds to a second antigen, fused via a peptide linker to the C-terminus of one of the heavy chains specified in a) or b), in which the CL and CH1 constant domains of the second light chain and the second heavy chain are replaced Each other.
Одним из объектов настоящего изобретения является (стабильно трансфектированная) клетка млекопитающего, полученная с помощью способа, представленного в настоящем описании.One object of the present invention is a (stably transfected) mammalian cell obtained using the method presented in the present description.
Одним из объектов настоящего изобретения является способ получения мультиспецифического антитела, который включает следующие стадии:One of the objects of the present invention is a method for obtaining a multispecific antibody, which includes the following steps:
культивирование (стабильно трансфектированной) клетки, указанной в настоящем описании, в среде для культивирования (в условиях, пригодных для экспрессии мультиспецифического антитела),culturing a (stably transfected) cell as defined herein in a culture medium (under conditions suitable for expression of a multispecific antibody),
выделение мультиспецифического антитела из клетки или среды для культивирования,isolating the multispecific antibody from the cell or culture medium,
необязательно очистка выделенного антитела с помощью одной или нескольких стадии(й) хроматографии,optional purification of the isolated antibody using one or more chromatography step(s),
и получение тем самым мультиспецифического антитела.and thereby obtaining a multispecific antibody.
Одним из объектов настоящего изобретения является способ получения препарата мультиспецифического антитела с низким/пониженным количеством родственных продукту примесей, который включает следующие стадии:One of the objects of the present invention is a method for obtaining a preparation of a multispecific antibody with a low/reduced amount of product-related impurities, which includes the following steps:
получение/продуцирование/создание (стабильно трансфектированной) клетки млекопитающего, которая (стабильно) экспрессирует мультиспецифическое антитело, с помощью способа, представленного в настоящем описании,obtaining / producing / creating a (stably transfected) mammalian cell that (stably) expresses a multispecific antibody using the method presented in the present description,
культивирование полученной/продуцированной/созданной клетки млекопитающего в среде для культивирования,culturing the resulting/produced/generated mammalian cell in a culture medium,
выделение препарата антитела из клетки или среды для культивирования,isolating the antibody preparation from the cell or culture medium,
необязательно очистка выделенного антитела с помощью одной или нескольких стадии(й) хроматографии,optional purification of the isolated antibody using one or more chromatography step(s),
и получение тем самым препарата мультиспецифического антитела с низким/пониженным количеством родственных продукту примесей.and thereby obtaining a multispecific antibody preparation with a low/reduced amount of product-related impurities.
Одним из объектов настоящего изобретения является применения способа, представленного в настоящем описании, для снижения количества родственных продукту примесей в препарате мультиспецифического антитела.One aspect of the present invention is the use of the method described herein to reduce the amount of product-related impurities in a multispecific antibody preparation.
В настоящем описании представлен способ получения мультиспецифического антитела, которое содержит по меньшей мере одну цепь с кроссовером доменов, в рекомбинантной клетке млекопитающего. Способ обеспечивает улучшенный процесс, где улучшение, среди прочего, представляет собой снижение количества родственных продукту побочных продуктов и повышение количества правильно уложенного/правильно собранного мультиспецифического антитела.The present description provides a method for producing a multispecific antibody that contains at least one domain crossover chain in a recombinant mammalian cell. The method provides an improved process, where the improvement is, among other things, a reduction in the amount of product-related by-products and an increase in the amount of correctly folded/correctly assembled multispecific antibody.
Одним из объектов настоящего изобретения является способ получения мультиспецифического антитела (содержащего по меньшей мере одну полипептидную цепь с кроссовером доменов), который включает следующие стадии:One object of the present invention is a method for producing a multispecific antibody (comprising at least one domain crossover polypeptide chain), which includes the following steps:
а) получение (стабильно трансфектированной) клетки млекопитающего, которая (стабильно) экспрессирует мультиспецифическое антитело,a) obtaining a (stably transfected) mammalian cell that (stably) expresses a multispecific antibody,
б) трансфекция клетки млекопитающего, указанной на стадии а), с помощью кассеты экспрессии, кодирующей полипептидную цепь мультиспецифического антитела, которая имеет кроссовер доменов,b) transfection of the mammalian cell indicated in step a) with an expression cassette encoding a polypeptide chain of a multispecific antibody that has a domain crossover,
в) культивирование клетки, указанной на стадии б), и выделение антитела из клетки или среды для культивирования и получение тем самым мультиспецифического антитела,c) culturing the cell indicated in step b) and isolating the antibody from the cell or culture medium and thereby obtaining a multispecific antibody,
г) необязательно очистка выделенного антитела с помощью одной или нескольких стадии(й) хроматографии.d) optionally purifying the recovered antibody by one or more chromatography step(s).
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения клетка млекопитающего, экспрессирующая мультиспецифическое антитело, стабильно экспрессирует мультиспецифическое антитело.In one embodiment of all aspects of the invention, a mammalian cell expressing the multispecific antibody stably expresses the multispecific antibody.
В одном из вариантов осуществления изобретения кассета экспрессии, указанная на стадии б), представляет собой экспрессионный вектор.In one embodiment, the expression cassette indicated in step b) is an expression vector.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения полипептидная цепь мультиспецифического антитела, которая имеет кроссовер доменов, представляет собой легкую цепь антитела.In one embodiment of all aspects of the invention, the polypeptide chain of the multispecific antibody that has the domain crossover is an antibody light chain.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения кроссовер доменов представляет собой CH1-CL-кроссовер или VH-VL-кроссовер.In one embodiment of all aspects of the invention, the domain crossover is a CH1-CL crossover or a VH-VL crossover.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело или трехвалентное биспецифическое антитело, или четырехвалентное биспецифическое антитело.In one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody, or a trivalent bispecific antibody, or a tetravalent bispecific antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения клетку млекопитающего, экспрессирующую мультиспецифическое антитело, получают путем трансфекции клетки млекопитающего одной или несколькими молекулой(ами) нуклеиновых(ой) кислоты(т), которая(ые) кодирует(ют) мультиспецифическое антитело, и отбирают стабильно трансфектированную клетку.In one embodiment of all aspects of the invention, a mammalian cell expressing a multispecific antibody is obtained by transfecting a mammalian cell with one or more nucleic acid(s) molecule(s) that encode(s) a multispecific antibody, and stably selected transfected cell.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором вариабельные домены VL и VH второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, wherein the VL and VH variable domains of the second light chain and the second heavy chain are interchanged.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором константные домены CL и СН1 второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which the CL and CH1 constant domains of the second light chain and the second heavy chain are exchanged for each other.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой триспецифическое или тетраспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a trispecific or tetraspecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь полноразмерного антитела, которое специфически связывается с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of a full-length antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую (модифицированную) легкую цепь и вторую (модифицированную) тяжелую цепь полноразмерного антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, иb) a second (modified) light chain and a second (modified) heavy chain of a full length antibody that specifically binds to a second antigen in which the VL and VH variable domains are swapped and/or the CL and CH1 constant domains are swapped, and
в) в котором один-два антигенсвязывающих пептидов, которые специфически связываются с одним или двумя дополнительными антигенами (т.е. с третьим и/или четвертым антигеном), слиты через пептидный линкер с С-или N-концом легких цепей или тяжелых цепей, указанных в подпунктах а) и/или б).c) wherein one or two antigen-binding peptides that specifically bind to one or two additional antigens (i.e. a third and/or fourth antigen) are fused via a peptide linker to the C- or N-terminus of the light chains or heavy chains, referred to in subparagraphs a) and / or b).
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое четырехвалентное антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bispecific tetravalent antibody that contains
а) две легкие цепи и две тяжелые цепи антитела, которое специфически связывается с первым антигеном (и содержит два Fab-фрагмента),a) two light chains and two heavy chains of an antibody that specifically binds to the first antigen (and contains two Fab fragments),
б) два дополнительных Fab-фрагмента антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором указанные дополнительные Fab-фрагменты оба слиты через пептидный линкер либо с С-, либо с N-концами тяжелых цепей, указанных в подпункте а),b) two additional Fab fragments of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which said additional Fab fragments are both fused via a peptide linker to either the C- or N-terminus of the heavy chains specified in subparagraph a),
иand
где в Fab-фрагментах осуществлены следующие модификации I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), или в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга,where the following modifications have been made in the Fab fragments: I) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), or both Fab fragments referred to in subparagraph b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and/or the constant domains CL and CH1 are replaced by each other,
илиor
II) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, иii) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other, and
в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, илиin both Fab fragments referred to in b), the VL and VH variable domains are exchanged, or the CL and CH1 constant domains are exchanged, or
III) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, иiii) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the variable domains VL and VH are exchanged for each other or the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other, and
в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, илиin both Fab fragments referred to in b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other, or
IV) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, илиiv) in both Fab fragments referred to in b), the VL and VH variable domains are exchanged for each other and in both Fab fragments referred to in b), the CL and CH1 constant domains are exchanged for each other, or
V) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), константные домены CL и СН1 заменены друг на друга и в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга.V) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other and in both Fab fragments indicated in subparagraph b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other.
В одном из вариантов осуществления изобретения в Fab-фрагментах осуществлены следующие модификацииIn one of the embodiments of the invention, the following modifications are made to the Fab fragments
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), или в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга.I) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), or in both Fab fragments referred to in subparagraph b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and/or the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое четырехвалентное антитело, которое содержит:In one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bispecific tetravalent antibody that contains:
а) (модифицированную) тяжелую цепь первого антитела, которое специфически связывается с первым антигеном и содержит первую доменную пару VH-CH1, где С-конец указанной тяжелой цепи слит с N-концом второй доменной пары VH-CH1 указанного первого антитела через пептидный линкер,a) a (modified) heavy chain of a first antibody that specifically binds to a first antigen and contains a first VH-CH1 domain pair, wherein the C-terminus of said heavy chain is fused to the N-terminus of a second VH-CH1 domain pair of said first antibody via a peptide linker,
б) две легкие цепи указанного первого антитела, указанного в подпункте а),b) two light chains of the specified first antibody specified in subparagraph a),
в) (модифицированную) тяжелую цепь второго антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном и содержит первую доменную пару VH-CL, где С-конец указанной тяжелой цепи слит с N-концом второй доменной пары VH-CL указанного второго антитела через пептидный линкер, иc) a (modified) heavy chain of a second antibody that specifically binds to a second antigen and contains a first VH-CL domain pair, where the C-terminus of said heavy chain is fused to the N-terminus of the second VH-CL domain pair of said second antibody via a peptide linker, and
г) две (модифицированные) легкие цепи указанного второго антитела, указанного в подпункте в), каждая из которых содержит доменную пару CL-СН1.d) two (modified) light chains of said second antibody of c), each containing a CL-CH1 domain pair.
Во всех объектах изобретения, представленных в настоящем описании, первая легкая цепь содержит VL-домен и CL-домен и первая тяжелая цепь содержит VH-домен, CH1-домен, шарнирную область, СН2-домен и СН3-домен.In all aspects of the invention presented herein, the first light chain contains a VL domain and a CL domain, and the first heavy chain contains a VH domain, a CH1 domain, a hinge region, a CH2 domain, and a CH3 domain.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения антитело, полученное способом, указанным в настоящем описании, представляет собой мультиспецифическое антитело, которое нуждается в гетеродимеризации по меньшей мере двух полипептидов тяжелых цепей.In one of the embodiments of all aspects of the invention, the antibody obtained by the method described in the present description is a multispecific antibody that requires heterodimerization of at least two heavy chain polypeptides.
В одном из вариантов осуществления изобретения полноразмерное антитело представляет собойIn one embodiment, the full length antibody is
а) полноразмерное антитело человеческого IgG1-подкласса,a) a full-length antibody of the human IgG1 subclass,
б) полноразмерное антитело человеческого IgG4-подкласса,b) a full-length antibody of the human IgG4 subclass,
в) полноразмерное антитело человеческого IgG1-подкласса с мутациями L234A, L235A и P329G,c) a full-length antibody of the human IgG1 subclass with mutations L234A, L235A and P329G,
г) полноразмерное антитело человеческого IgG4-подкласса с мутациями S228P, L235E и P329G,d) a full-length antibody of the human IgG4 subclass with mutations S228P, L235E and P329G,
д) полноразмерное антитело человеческого IgG1-подкласса с мутациями L234A, L235A и P329G в обеих тяжелых цепях и мутациями T366W и S354C или Y349C в одной тяжелой цепи и мутациями T366S, L368A, Y407V и Y349C или S354C в соответствующей другой тяжелой цепи,e) a full length antibody of the human IgG1 subclass with L234A, L235A and P329G mutations in both heavy chains and T366W and S354C or Y349C mutations in one heavy chain and T366S, L368A, Y407V and Y349C or S354C mutations in the corresponding other heavy chain,
е) полноразмерное антитело человеческого IgG4-подкласса с мутациями S228P и P329G в обеих тяжелых цепях и мутациями T366W и S354C в одной тяжелой цепи и мутациями T366S, L368A, Y407V и Y349C в соответствующей другой тяжелой цепи,f) a full-length human IgG4 subclass antibody with S228P and P329G mutations in both heavy chains and T366W and S354C mutations in one heavy chain and T366S, L368A, Y407V and Y349C mutations in the corresponding other heavy chain,
ж) полноразмерное антитело человеческого IgG1-подкласса с мутациями L234A, L235A, P329G, 1253А, Н310А и Н435А в обеих тяжелых цепях и мутациями T366W и S354C в одной тяжелой цепи и мутациями T366S, L368A, Y407V и Y349C в соответствующей другой тяжелой цепи, илиg) a full-length human IgG1 subclass antibody with mutations L234A, L235A, P329G, 1253A, H310A and H435A in both heavy chains and mutations T366W and S354C in one heavy chain and mutations T366S, L368A, Y407V and Y349C in the corresponding other heavy chain, or
з) полноразмерное антитело человеческого IgG1-подкласса с мутациями L234A, L235A, P329G, M252Y, S254T и Т256Е в обеих тяжелых цепях и мутациями T366W и S354C в одной тяжелой цепи и мутациями T366S, L368A, Y407V и Y349C в соответствующей другой тяжелой цепи.h) a full-length antibody of the human IgG1 subclass with mutations L234A, L235A, P329G, M252Y, S254T and T256E in both heavy chains and mutations T366W and S354C in one heavy chain and mutations T366S, L368A, Y407V and Y349C in the corresponding other heavy chain.
Одним из объектов изобретения, указанных в настоящем описании, является клетка, которая содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую биспецифическое антитело, которое получено с помощью способа, представленного в настоящем описании.One of the objects of the invention referred to in the present description is a cell that contains a nucleic acid encoding a bispecific antibody, which is obtained using the method presented in the present description.
Одним из объектов изобретения, указанных в настоящем описании, является способ получения мультиспецифического антитела, представленного в настоящем описании, который включает следующие стадии:One of the objects of the invention referred to in the present description is a method for obtaining a multispecific antibody presented in the present description, which includes the following steps:
а) культивирование клетки, указанной в настоящем описании, которая продуцирует /экспрессирует мультиспецифическое антитело, иa) culturing a cell as defined herein that produces/expresses a multispecific antibody, and
б) выделение мультиспецифического антитела из клетки или среды для культивирования,b) isolating the multispecific antibody from the cell or culture medium,
и получение тем самым мультиспецифического антитела, представленного в настоящем описании.and thereby obtaining a multispecific antibody presented in the present description.
Одним из объектов изобретения, указанных в настоящем описании, является антитело, которое получено способом, представленным в настоящем описании.One of the objects of the invention specified in the present description is an antibody, which is obtained by the method presented in the present description.
Одним из объектов изобретения, указанных в настоящем описании, является фармацевтическая композиция, которая содержит антитело, полученное способом, который представлен в настоящем описании, и фармацевтически приемлемый носитель.One of the objects of the invention referred to in the present description is a pharmaceutical composition that contains an antibody obtained by the method presented in the present description, and a pharmaceutically acceptable carrier.
Одним из объектов изобретения, указанных в настоящем описании, является антитело, полученное способом, который представлен в настоящем описании, для применения в качестве лекарственного средства.One of the objects of the invention referred to in the present description is an antibody obtained by the method, which is presented in the present description, for use as a drug.
Одним из объектов изобретения, указанных в настоящем описании, является применение биспецифического антитела, полученное способом, который представлен в настоящем описании, для приготовления лекарственного средства.One of the objects of the invention referred to in the present description is the use of a bispecific antibody obtained by the method presented in the present description, for the preparation of a medicinal product.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения биспецифическое антитело выбирают из группы биспецифических антител, которая состоит из антитела к белку А-бета/рецептору трансферрина, антитела к СО20/рецептору трансферрина, антитела к PD1/Tim3 и антитела к FAP/DR5.In one embodiment of all aspects of the invention, the bispecific antibody is selected from the group of bispecific antibodies that consists of an anti-Abeta protein/transferrin receptor antibody, an anti-CO20/transferrin receptor antibody, an anti-PD1/Tim3 antibody, and an anti-FAP/DR5 antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое четырехвалентное антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bispecific tetravalent antibody that contains
а) две легкие цепи и две тяжелые цепи антитела, которое специфически связывается с первым антигеном (и содержит два Fab-фрагмента),a) two light chains and two heavy chains of an antibody that specifically binds to the first antigen (and contains two Fab fragments),
б) два дополнительных Fab-фрагмента антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором каждый из указанных дополнительных Fab-фрагментов слит через пептидный линкер с индивидуальным С-концом одной из тяжелых цепей, указанных в подпункте а), иb) two additional Fab fragments of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which each of said additional Fab fragments is fused via a peptide linker to an individual C-terminus of one of the heavy chains specified in subparagraph a), and
в котором в дополнительных Fab-фрагментах осуществлены следующие модификации: в обоих дополнительных Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга,in which the following modifications are made in the additional Fab fragments: in both additional Fab fragments referred to in subparagraph b), the variable domains VL and VH are replaced with each other and/or the constant domains CL and CH1 are replaced with each other,
при этом I) первый антиген представляет собой DR5, а второй антиген представляет собой FAP или II) первый антиген представляет собой FAP, а второй антиген представляет собой DR5,wherein I) the first antigen is DR5 and the second antigen is FAP, or ii) the first antigen is FAP and the second antigen is DR5,
где две тяжелые цепи антитела, которое специфически связывается с первым антигеном, относятся к человеческому IgG1-подклассу с мутациями L234A, L235A и P329G.where the two heavy chains of the antibody that specifically binds to the first antigen are of the human IgG1 subclass with mutations L234A, L235A and P329G.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, где вариабельные домены VL и VH второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга,b) the second light chain and the second heavy chain of an antibody that specifically binds to the second antigen, where the variable domains VL and VH of the second light chain and the second heavy chain are replaced with each other,
при этом I) первый антиген представляет собой PD1, а второй антиген представляет собой Tim3 или II) первый антиген представляет собой Tim3, а второй антиген представляет собой PD1,wherein I) the first antigen is PD1 and the second antigen is Tim3 or ii) the first antigen is Tim3 and the second antigen is PD1,
где первая тяжелая цепь и вторая тяжелая цепь обе относятся к человеческому IgG1-подклассу с мутациями L234A, L235A и P329G и с мутацией T366W и необязательно S354C или Y349C в одной тяжелой цепи, и с мутациями T366S, L368A, Y407V и необязательно Y349C или S354C в соответствующей другой тяжелой цепи, при этом концевой глицин или глицин-лизиновый дипептид может отсутствовать,where the first heavy chain and the second heavy chain are both of the human IgG1 subclass with mutations L234A, L235A and P329G and with mutation T366W and optionally S354C or Y349C in one heavy chain, and with mutations T366S, L368A, Y407V and optionally Y349C or S354C in the corresponding other heavy chain, while the terminal glycine or glycine-lysine dipeptide may be absent,
в котором первая легкая цепь содержит в константном домене легкой цепи (CL) в положении 123 аминокислотный остаток аргинина (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка глутаминовой кислоты; мутация E123R) и в положении 124 аминокислотный остаток лизина (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка глутамина; мутация Q124K) (нумерация согласно Кэботу),wherein the first light chain contains in the light chain constant domain (CL) at position 123 an arginine amino acid residue (instead of the wild-type glutamic acid residue present in the molecule; E123R mutation) and at position 124 a lysine amino acid residue (instead of the wild-type glutamine residue present in the molecule ; mutation Q124K) (numbering according to Cabot),
в котором первая тяжелая цепь содержит в первом константном домене тяжелой цепи (СН1) в положении 147 остаток глутаминовой кислоты (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка лизина; мутация К147Е) и в положении 213 остаток глутаминовой кислоты (вместо присутствующего в молекуле дикого типа аминокислотного остатка лизина; мутация К213Е) (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).in which the first heavy chain contains in the first heavy chain constant domain (CH1) at position 147 a glutamic acid residue (instead of the wild-type lysine residue present in the molecule; mutation K147E) and at position 213 a glutamic acid residue (instead of the amino acid residue present in the wild-type molecule lysine; mutation K213E) (numbering according to Cabot's EU index).
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой трехвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a trivalent bispecific antibody that contains
а) две легкие цепи и две тяжелые цепи антитела, которое специфически связывается с первым антигеном (и содержит два Fab-фрагмента),a) two light chains and two heavy chains of an antibody that specifically binds to the first antigen (and contains two Fab fragments),
б) один дополнительный Fab-фрагмент антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором указанный дополнительный Fab-фрагмент слит через пептидный линкер с С-концом одной из тяжелых цепей, указанных в подпункте а),b) one additional Fab fragment of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which said additional Fab fragment is fused via a peptide linker to the C-terminus of one of the heavy chains specified in subparagraph a),
иand
в котором в дополнительном Fab-фрагменте осуществлены следующие модификации: вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, при этом I) первый антиген представляет собой А-бета, а второй антиген представляет собой рецептор трансферрина или II) первый антиген представляет собой CD20, а второй антиген представляет собой рецептор трансферрина.in which the following modifications are made in the additional Fab fragment: the variable domains VL and VH are replaced with each other and / or the constant domains CL and CH1 are replaced with each other, while I) the first antigen is A-beta, and the second antigen is a transferrin receptor; or II) the first antigen is CD20 and the second antigen is a transferrin receptor.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bispecific antibody that contains
а) одно полноразмерное антитело, содержащее две пары цепей, каждая из которых состоит из легкой цепи полноразмерного антитела и тяжелой цепи полноразмерного антитела, где сайты связывания, образованные каждой из пар, состоящих из полноразмерной тяжелой цепи и полноразмерной легкой цепи, специфически связываются с первым антигеном, иa) one full-length antibody containing two pairs of chains, each of which consists of a light chain of a full-length antibody and a heavy chain of a full-length antibody, where the binding sites formed by each of the pairs, consisting of a full-length heavy chain and a full-length light chain, specifically bind to the first antigen , and
б) один дополнительный Fab-фрагмент, где дополнительный Fab-фрагмент слит с С-концом одной из тяжелых цепей полноразмерного антитела, при этом сайт связывания дополнительного Fab-фрагмента специфически связывается со вторым антигеном,b) one additional Fab fragment, where the additional Fab fragment is fused to the C-terminus of one of the heavy chains of the full-length antibody, while the binding site of the additional Fab fragment specifically binds to the second antigen,
в котором каждая из легких цепей полноразмерного антитела содержит в константном домене легкой цепи (CL) в положении 123 аминокислотный остаток аргинина (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка глутаминовой кислоты; мутация E123R) и в положении 124 аминокислотный остаток лизина (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка глутамина; мутация Q124K) (нумерация согласно Кэботу),in which each of the light chains of the full-length antibody contains in the light chain constant domain (CL) at position 123 the amino acid residue of arginine (instead of the glutamic acid residue present in the wild-type molecule; mutation E123R) and at position 124 the amino acid residue of lysine (instead of type of glutamine residue; mutation Q124K) (numbering according to Cabot),
в котором каждая из тяжелых цепей полноразмерного антитела содержит в первом константном домене тяжелой цепи (СН1) в положении 147 остаток глутаминовой кислоты (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка лизина; мутация К147Е) и в положении 213 остаток глутаминовой кислоты (вместо присутствующего в молекуле дикого типа аминокислотного остатка лизина; мутация К213Е) (нумерация согласно EU-индексу Кэбота),in which each of the heavy chains of the full-length antibody contains in the first constant domain of the heavy chain (CH1) at position 147 a glutamic acid residue (instead of a lysine residue present in the wild-type molecule; mutation K147E) and at position 213 a glutamic acid residue (instead of present in the wild-type molecule type of lysine amino acid residue; mutation K213E) (numbering according to Cabot's EU index),
в котором дополнительный Fab-фрагмент, специфически связывающийся со вторым антигеном, содержит кроссовер доменов, такой как замена друг на друга константного домена легкой цепи (CL) и константного домена 1 тяжелой цепи (СН1), иwherein the additional Fab fragment specifically binding to the second antigen comprises a crossover of domains, such as an exchange of a light chain constant domain (CL) and a heavy chain constant domain 1 (CH1), and
где первый антиген представляет собой человеческий белок А-бета, а второй антиген представляет собой рецептор человеческого трансферрина.where the first antigen is the human A-beta protein and the second antigen is the human transferrin receptor.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a bispecific antibody that contains
а) одно полноразмерное антитело, содержащее две пары цепей, каждая из которых состоит из легкой цепи полноразмерного антитела и тяжелой цепи полноразмерного антитела, где связывания, образованные каждой из пар, состоящих из полноразмерной тяжелой цепи и полноразмерной легкой цепи, специфически связываются с первым антигеном, иa) one full-length antibody containing two pairs of chains, each of which consists of a light chain of a full-length antibody and a heavy chain of a full-length antibody, where the bindings formed by each of the pairs, consisting of a full-length heavy chain and a full-length light chain, specifically bind to the first antigen, and
б) один дополнительный Fab-фрагмент, где дополнительный Fab-фрагмент слит с С-концом одной из тяжелых цепей полноразмерного антитела, при этом сайт связывания дополнительного Fab-фрагмента специфически связывается со вторым антигеном,b) one additional Fab fragment, where the additional Fab fragment is fused to the C-terminus of one of the heavy chains of the full-length antibody, while the binding site of the additional Fab fragment specifically binds to the second antigen,
в котором каждая из легких цепей полноразмерного антитела содержит в константном домене легкой цепи (CL) в положении 123 аминокислотный остаток аргинина (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка глутаминовой кислоты; мутация E123R) и в положении 124 аминокислотный остаток лизина (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка глутамина; мутация Q124K) (нумерация согласно Кэботу),in which each of the light chains of the full-length antibody contains in the light chain constant domain (CL) at position 123 the amino acid residue of arginine (instead of the glutamic acid residue present in the wild-type molecule; mutation E123R) and at position 124 the amino acid residue of lysine (instead of type of glutamine residue; mutation Q124K) (numbering according to Cabot),
в котором каждая из тяжелых цепей полноразмерного антитела содержит в первом константном домене тяжелой цепи (СН1) в положении 147 остаток глутаминовой кислоты (вместо присутствующего в молекуле дикого типа остатка лизина; мутация К147Е) и в положении 213 остаток глутаминовой кислоты (вместо присутствующего в молекуле дикого типа аминокислотного остатка лизина; мутация К213Е) (нумерация согласно EU-индексу Кэбота),in which each of the heavy chains of the full-length antibody contains in the first constant domain of the heavy chain (CH1) at position 147 a glutamic acid residue (instead of a lysine residue present in the wild-type molecule; mutation K147E) and at position 213 a glutamic acid residue (instead of present in the wild-type molecule type of lysine amino acid residue; mutation K213E) (numbering according to Cabot's EU index),
в котором дополнительный Fab-фрагмент, специфически связывающийся со вторым антигеном, содержит кроссовер доменов, такой как замена друг на друга константного домена легкой цепи (CL) и константного домена 1 тяжелой цепи (СН1), иwherein the additional Fab fragment specifically binding to the second antigen comprises a crossover of domains, such as an exchange of a light chain constant domain (CL) and a heavy chain constant domain 1 (CH1), and
где первый антиген представляет собой человеческий CD20, а второй антиген представляет собой рецептор человеческого трансферрина.where the first antigen is human CD20 and the second antigen is the human transferrin receptor.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, указанных в настоящем описании, каждый полипептид находится в кассете экспрессии, каждая из которых содержит в направлении 5'-»3' промотор, структурный ген, кодирующий полипептид, последовательность полиаденилирования и необязательно терминирующую последовательность. В одном из вариантов осуществления изобретения все кассеты экспрессии имеют одинаковый промотор, одинаковый сайт полиаденилирования и необязательно одинаковую терминирующую последовательность. В одном из вариантов осуществления изобретения промотор представляет собой промотор человеческого CMV (цитомегаловирус). В одном из вариантов осуществления изобретения промотор CMV содержит интрон А. В одном из вариантов осуществления изобретения сайт полиаденилирования представляет собой сайт полиаденилирования BGH (бычий гормон роста). В одном из вариантов осуществления изобретения терминатор присутствует и представляет собой HGT (терминатор человеческого гормона роста). В одном из вариантов осуществления изобретения промотор представляет собой промотор CMV, необязательно содержащий интрон А, а сайт полиаденилирования представляет собой сайт полиаденилирования BGH. В одном из вариантов осуществления изобретения промотор представляет собой промотор CMV, необязательно содержащий интрон А, сайт полиаденилирования представляет собой сайт полиаденилирования BGH и терминатор представляет собой HGT.In one embodiment of all aspects of the invention described herein, each polypeptide is in an expression cassette, each of which contains in the 5'->3' direction a promoter, a structural gene encoding the polypeptide, a polyadenylation sequence, and optionally a termination sequence. In one embodiment, all expression cassettes have the same promoter, the same polyadenylation site, and optionally the same termination sequence. In one embodiment, the promoter is a human CMV (cytomegalovirus) promoter. In one embodiment, the CMV promoter contains intron A. In one embodiment, the polyadenylation site is a BGH (bovine growth hormone) polyadenylation site. In one embodiment, the terminator is present and is HGT (human growth hormone terminator). In one embodiment, the promoter is a CMV promoter, optionally containing intron A, and the polyadenylation site is a BGH polyadenylation site. In one embodiment, the promoter is a CMV promoter optionally containing intron A, the polyadenylation site is a BGH polyadenylation site, and the terminator is HGT.
В одном из вариантов осуществления изобретения дополнительный экспрессионный вектор содержит или каждый из дополнительных экспрессионных векторов содержит по меньшей мере две нуклеотидные последовательности, каждая из которых кодирует различные полипептидные цепи мультиспецифического антитела, при этом каждая нуклеиновая кислота присутствует/содержится строго один раз в соответствующем векторе.In one of the embodiments of the invention, the additional expression vector contains or each of the additional expression vectors contains at least two nucleotide sequences, each of which encodes different polypeptide chains of the multispecific antibody, with each nucleic acid present/contained exactly once in the corresponding vector.
Подробное описание изобретенияDetailed description of the invention
Модули для димеризации по типу «knobs-into-holes» («выступы во «впадины»») и их применение для создания антител описаны у Carter Р.; Ridgway J.В.В.; Presta L.G.: Immunotechnology, том 2, №1, февраль 1996 г., сс. 73-73(1).Modules for dimerization type "knobs-into-holes" ("protrusions in the "hollows"") and their use for the creation of antibodies are described in Carter R.; Ridgway J.W.B.; Presta L.G.: Immunotechnology, Vol. 2, No. 1, February 1996, pp. 73-73(1).
Общая информация, касающаяся нуклеотидных последовательностей легких и тяжелых цепей человеческих иммуноглобулинов, представлена у: Kabat Е.А. и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-ое изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991.General information regarding the nucleotide sequences of the light and heavy chains of human immunoglobulins is provided by: Kabat E.A. et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991.
В контексте настоящего описания аминокислотные положения всех константных областей и доменов тяжелой и легкой цепи пронумерованы согласно системе нумерации Кэбота, которая описана у Kabat и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-ое изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991, и обозначена в настоящем описании как «нумерация согласно Кэботу». В частности, систему нумерации Кэбота (см. сс. 647-660), описанную у Kabat и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-ое изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991, применяют для константного домена легкой цепи CL каппа-и лямбда-изотипа, а систему нумерации на основе EU-индекса Кэбота (см. сс. 661-723) применяют для константных доменов тяжелой цепи (СН1, шарнир, СН2 и СН3, которую в этом случае дополнительно уточняют с помощью обозначения «нумерация согласно EU-индексу Кэбота).For the purposes of this specification, the amino acid positions of all heavy and light chain constant regions and domains are numbered according to the Kabat numbering system as described in Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991, and is referred to herein as "numbering according to Cabot". In particular, the Cabot numbering system (see pp. 647-660) described in Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991, is used for the kappa and lambda isotype CL light chain constant domain, and the Cabot EU numbering system (see pp. 661-723) is used for the heavy chain constant domains (CH1, hinge, CH2, and CH3 , which in this case is additionally specified using the designation "numbering according to the Cabot EU-index).
Пригодные для осуществления настоящего изобретения методы и технологии описаны, например, в: Current Protocols in Molecular Biology, т. I-III, под ред. Ausubel F.M., 1997; DNA Cloning: A Practical Approach, т.I и II, под ред. Glover N.D. и Hames B.D., изд-во Oxford University Press, 1985; Animal Cell Culture - a practical approach, под ред. Freshney R.I., изд-во IRL Press Limited, 1986; Watson J.D. и др., Recombinant DNA, 2-ое изд., изд-во CHSL Press, 1992; Winnacker E.L., From Genes to Clones; изд-во N.Y., VCH Publishers, 1987; Cell Biology, под ред. Celis J., 20-е изд., изд-во Academic Press, 1998; Freshney R.I., Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 20-е изд., изд-во Alan R. Liss, Inc., N.Y., 1987.Methods and technologies suitable for the implementation of the present invention are described, for example, in: Current Protocols in Molecular Biology, vol. I-III, ed. Ausubel F.M., 1997; DNA Cloning: A Practical Approach, vol. I and II, ed. Glover N.D. and Hames B.D., Oxford University Press, 1985; Animal Cell Culture - a practical approach, ed. Freshney R.I., IRL Press Limited, 1986; Watson J.D. et al., Recombinant DNA, 2nd ed., CHSL Press, 1992; Winnacker E.L., From Genes to Clones; N.Y., VCH Publishers, 1987; Cell Biology, ed. Celis J., 20th ed., Academic Press, 1998; Freshney R.I., Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 20th ed., Alan R. Liss, Inc., N.Y., 1987.
Применение технологии рекомбинантной ДНК позволяет создавать производные нуклеиновой кислоты. Указанные производные, например, могут быть модифицированы в одном или нескольких нуклеотидных положениях путем замены, изменения, обмена, делеции или инсерции. Модификацию или дериватизацию можно, например, осуществлять методами сайтнаправленного мутагенеза. Указанные модификации может легко осуществлять специалист в данной области (см., например, Sambrook J. и др., Molecular Cloning: A laboratory manual, изд-во Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, 1999; Hames B.D. и Higgins S.G., Nucleic acid hybridization a practical approach, изд-во IRL Press, Oxford, England, 1985).The use of recombinant DNA technology makes it possible to create nucleic acid derivatives. These derivatives, for example, may be modified at one or more nucleotide positions by substitution, alteration, exchange, deletion or insertion. Modification or derivatization can, for example, be carried out using site-directed mutagenesis techniques. These modifications can easily be made by one skilled in the art (see, for example, Sambrook J. et al., Molecular Cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, 1999; Hames B.D. and Higgins S.G. , Nucleic acid hybridization a practical approach, IRL Press, Oxford, England, 1985).
ОпределенияDefinitions
«Мультиспецифическое антитело» означает антитело, обладающее связывающими специфичностями в отношении по меньшей мере двух различных эпитопов на одном и том же антигене или на двух различных антигенах. Мультиспецифические антитела можно получать в виде полноразмерных антител или фрагментов антител (например, биспецифические антитела типа F(ab')2) или их комбинаций (например полноразмерное антитело плюс дополнительные scFv- или Fab-фрагменты). Описаны сконструированные антитела с двумя, тремя или большим количеством (например, четырьмя) функциональных антигенсвязывающих сайтов (см., например, US 2002/0004587 А1)."Multispecific antibody" means an antibody having binding specificities for at least two different epitopes on the same antigen or on two different antigens. Multispecific antibodies can be prepared as full length antibodies or antibody fragments (eg F(ab') 2 type bispecific antibodies) or combinations thereof (eg full length antibody plus additional scFv or Fab fragments). Engineered antibodies with two, three, or more (eg, four) functional antigen-binding sites have been described (see, for example, US 2002/0004587 A1).
Понятие «правило уложенное /правильно собранное» в контексте настоящего описания означает, что антитело имеет правильную стехиометрию, т.е. содержит совместимое количество и копии индивидуальных /соответствующих легких и тяжелых цепей. Например, «нативное человеческое антитело IgG-типа» является» является правило уложенным/правильно собранным, когда выделенная молекула содержит два полипептида легких цепей и два полипептида тяжелых цепей. Например, если мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое нативное человеческое антитело IgG-типа, то оно является правило уложенным/правильно собранным, когда выделенная молекула состоит из первой пары когнатной первой легкой цепи и когнатной первой тяжелой цепи, связывающейся с первым антигеном, и второй пары когнатной второй легкой цепи и когнатной второй тяжелой цепи, связывающейся со вторым антигеном, т.е. состоит из четырех различных полипептидов. Все антитела, которые не являются правило уложенными/правильно собранными, т.е. которые содержат меньшее или большее количество по сравнению с требуемым количеством цепей и/или содержат неправильно ассоциированные цепи, т.е. не образующие когнатную пару тяжелой и легкой цепи, обозначают как «родственные продукту побочные продукты».The concept of "rule laid / correctly assembled" in the context of the present description means that the antibody has the correct stoichiometry, i.e. contains compatible amounts and copies of individual/relevant light and heavy chains. For example, a "native human IgG-type antibody" is "rule folded/correctly assembled" when the isolated molecule contains two light chain polypeptides and two heavy chain polypeptides. For example, if a multispecific antibody is a bivalent bispecific native human IgG-type antibody, then it is rule folded/correctly assembled when the isolated molecule consists of a first pair of a cognate first light chain and a cognate first heavy chain binding to the first antigen, and a second pair a cognate second light chain; and a cognate second heavy chain that binds to a second antigen, i. e. consists of four different polypeptides. All antibodies that are not normally folded/correctly assembled, ie. which contain fewer or more than the required number of strands and/or contain incorrectly associated strands, ie. those that do not form a heavy and light chain cognate pair are referred to as "product-related by-products".
Понятие «кроссовер доменов» в контексте настоящего описания означает, что в паре, состоящей из VH-CHl-фрагмента тяжелой цепи антитела и соответствующей когнатной легкой цепи антитела, т.е. в связывающем плече антитела (т.е в Fab-фрагменте), последовательность доменов отличается от встречающейся в естественных условиях последовательности тем, что по меньшей мере один домен тяжелой цепи заменен на соответствующий домен легкой цепи и наоборот.Существует три общих типа кроссовера доменов (I) кроссовер СН1- и CL-доменов, который приводит к кроссоверу доменов легкой цепи, которая содержит последовательность доменов VL-CH, и к кроссоверу доменов фрагмента тяжелой цепи, который содержит последовательность доменов VH-CL (или тяжелой цепи полноразмерного антитела, которая содержит последовательность доменов УН-СЬ-шарнир-СН2-СН3), (II) кроссовер доменов VH- и VL-доменов, который приводит к кроссоверу доменов легкой цепи, которая содержит последовательность доменов VH-CL, и к кроссоверу доменов фрагмента тяжелой цепи, который содержит последовательность доменов VL-CH1, и (III) кроссовер доменов полной легкой цепи (VL-CL) и фрагмента полной тяжелой цепи VH-CH1 («кроссовер, Cross-Fab»), который приводит к кроссоверу доменов легкой цепи, которая содержит последовательность доменов VH-CH1, и к кроссоверу доменов фрагмента тяжелой цепи, который содержит последовательность доменов VL-CL (все вышеуказанные последовательности доменов приведены в направлении от N-конца к С-концу).The concept of "domain crossover" in the context of the present description means that in a pair consisting of a VH-CHl fragment of the heavy chain of the antibody and the corresponding cognate light chain of the antibody, i. in the binding arm of an antibody (i.e., in a Fab fragment), the sequence of domains differs from the naturally occurring sequence in that at least one heavy chain domain is replaced with a corresponding light chain domain and vice versa. There are three general types of domain crossover (I ) CH1 and CL domain crossover, which results in a light chain domain crossover that contains the VL-CH domain sequence and a heavy chain fragment domain crossover that contains the VH-CL domain sequence (or full-length antibody heavy chain that contains the sequence of the VH-CH-Hinge-CH2-CH3 domains), (II) a crossover of the VH and VL domains, which results in a crossover of the light chain domains, which contains the sequence of VH-CL domains, and a domain crossover of the heavy chain fragment, which contains a sequence of VL-CH1 domains, and (III) a crossover of the full light chain domains (VL-CL) and a full heavy chain fragment of VH-CH1 (“crossover, Cross-Fab” ), which results in a light chain domain crossover that contains a VH-CH1 domain sequence and a heavy chain fragment domain crossover that contains a VL-CL domain sequence (all of the above domain sequences are in N-terminal to C-terminal direction) .
В контексте настоящего описания понятие «заменены друг на друга» касательно соответствующих доменов тяжелых и легких цепей относится к вышеописанным кроссоверам доменов. Так, когда СН1- и CL-домены «заменены друг на друга», то это относится к кроссоверу доменов, указанному в подпункте (I) и образованным таким путем последовательностям доменов тяжелой и легкой цепей. Соответственно, когда VH и VL «заменены друг на друга», то это относится к кроссоверу доменов, указанному в подпункте (II); и когда СН1- и CL-домены «заменены друг на друга» и VH1- и VL-домены «заменены друг на друга», то это относится к кроссоверу доменов, указанному в подпункте (III). Биспецифические антитела, включающие кроссоверы доменов, описаны, например, в WO 2009/080251, WO 2009/080252, WO 2009/080253, WO 2009/080254 и у Schaefer W. и др., Proc. Natl. Acad. Sci USA 108, 2011, сс. 11187-11192.In the context of the present description, the term "replaced for each other" in relation to the respective domains of heavy and light chains refers to the above-described domain crossovers. Thus, when the CH1 and CL domains are "replaced with each other", this refers to the domain crossover referred to in subparagraph (I) and the heavy and light chain domain sequences thus formed. Accordingly, when VH and VL are "replaced with each other", then this refers to the domain crossover referred to in subparagraph (II); and when CH1 and CL domains are "replaced with each other" and VH1 and VL domains are "replaced with each other", then this refers to the domain crossover referred to in subparagraph (III). Bispecific antibodies comprising domain crossovers are described, for example, in WO 2009/080251, WO 2009/080252, WO 2009/080253, WO 2009/080254 and Schaefer W. et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 108, 2011, p. 11187-11192.
Мультиспецифическое антитело, полученное способом, представленным в настоящем описании, главным образом содержат Fab-фрагменты, включающие кроссовер доменов СН1- и CL-доменов, указанный выше в подпункте (I), или кроссовер доменов VH- и VL-доменов, указанный выше в подпункте (II). Fab-фрагменты, специфически связывающиеся с одним(ими) и тем(и) же антигеном(ами) конструируют так, чтобы они имели одинаковую последовательность доменов. Таким образом, том в случае, когда более одного Fab-фрагмента с кроссовером доменов содержится в мультиспецифическом антителе, указанный(ые) РаЬ-фрагмент(ы) специфически связывается(ются) с одним и тем же антигеном.The multispecific antibody produced by the method described herein mainly contains Fab fragments comprising the CH1 and CL domain crossover as described in subparagraph (I) above or the VH and VL domain crossover as described in subparagraph above. (II). Fab fragments that specifically bind to the same(them) and the same(and) antigen(s) are designed so that they have the same sequence of domains. Thus, when more than one Fab fragment with a domain crossover is contained in a multispecific antibody, said Pab fragment(s) specifically bind(s) to the same antigen.
В контексте настоящего описания понятие «антитело» используется в его наиболее широком смысле, и оно относится к различным структурам антител, включая (но, не ограничиваясь только ими) моноклональные антитела, поликлональные антитела и мультиспецифические антитела (например, биспецифические антитела), при условии, что они обладают требуемой антигенсвязывающей активностью.In the context of the present description, the term "antibody" is used in its broadest sense, and it refers to various structures of antibodies, including (but not limited to) monoclonal antibodies, polyclonal antibodies and multispecific antibodies (for example, bispecific antibodies), provided, that they have the desired antigen-binding activity.
Понятие «фрагмент антитела» относится к молекуле, отличной от интактного антитела, которая содержит часть интактного антитела, обладающую способностью связываться с антигеном, с которым связывается интактное антитело. Примерами фрагментов антител являются (но, не ограничиваясь только ими) Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, димерные антитела (диабоди); линейные антитела; одноцепочечные молекулы антител (например, scFv); и мультиспецифические антитела, образованные из фрагментов антител.The term "antibody fragment" refers to a molecule, other than an intact antibody, which contains a portion of the intact antibody that has the ability to bind to the antigen to which the intact antibody binds. Examples of antibody fragments are (but not limited to) Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab') 2 , dimeric antibodies (diabodies); linear antibodies; single chain antibody molecules (eg scFv); and multispecific antibodies formed from antibody fragments.
Понятие «химерное» антитело относится к антителу, в котором часть тяжелой и/или легкой цепи происходит из конкретного источника или конкретного вида, а остальная часть тяжелой и/или легкой цепи происходит из другого источника или другого вида.The term "chimeric" antibody refers to an antibody in which part of the heavy and/or light chain is from a particular source or species, and the remainder of the heavy and/or light chain is from a different source or species.
Понятие «класс» антитела относится к типу константного домена или константной области, входящего/входящей в тяжелую цепь. Существует пять основных классов антител: IgA, IgD, IgE, IgG и IgM, а некоторые из них можно дополнительно подразделять на подклассы (изотипы), например, IgGi, IgG2, IgG3, IgG4, IgAi и IgA2. Константные домены тяжелых цепей, соответствующие различным классам иммуноглобулинов, обозначают как α, δ, ε, γ и μ соответственно.The term "class" of an antibody refers to the type of constant domain or constant region included/included in the heavy chain. There are five major classes of antibodies: IgA, IgD, IgE, IgG, and IgM, and some of these can be further subdivided into subclasses (isotypes), such as IgGi, IgG2, IgG3, IgG4, IgAi, and IgA2. The heavy chain constant domains corresponding to the various classes of immunoglobulins are referred to as α, δ, ε, γ, and μ, respectively.
Понятие «Fc-рецептор» в контексте настоящего описания относится к активирующим рецепторам, отличающимся присутствие цитоплазматической ITAM-последовательности, ассоциированной с рецептором (см., например,. Ravetch J.V. и Bolland S., Annu. Rev. Immunol. 19, 2001, сс. 275-290). Указанные рецепторы представляют собой FcγRI, FcγRIIA и FcγRIIIA. Понятие «не связывающееся с FcγR» означает, что у антитела, полученного способом, представленным в настоящем описании, в концентрации 10 мкг/мл связывание с NK-клетками составляет 10% или менее от связывания антитела к OX40L LC.001, которое описано в WO 2006/029879.The term "Fc receptor" in the context of the present description refers to activating receptors, characterized by the presence of a cytoplasmic ITAM sequence associated with the receptor (see, for example, Ravetch J.V. and Bolland S., Annu. Rev. Immunol. 19, 2001, ss 275-290). These receptors are FcγRI, FcγRIIA and FcγRIIIA. The term "not binding to FcγR" means that the antibody obtained by the method presented in the present description, at a concentration of 10 μg/ml, binding to NK cells is 10% or less of the binding of the antibody to OX40L LC.001, which is described in WO 2006/029879.
В то время как для IgG4 характерно пониженное связывание с FcR, антитела из других подклассов IgG отличаются сильным связыванием. Однако Pro238, Asp265, Asp270, Asn297 (утрата слитого с Fc углевода), Pro329 и 234, 235, 236 и 237, Ile253, Ser254, Lys288, Thr307, Gln311, Asn434 и His435 представляют собой остатки, которые при их изменении также снижают способность связываться с FcR (Shields R.L. и др., J. Biol. Chem. 276, 2001, сс. 6591-6604; Lund J. и др., FASEB J. 9, 1995, сс. 115-119; Morgan А. и др., Immunology 86, 1995, сс. 319-324; и ЕР 0307434).While IgG4 has reduced FcR binding, antibodies from other IgG subclasses have strong binding. However, Pro238, Asp265, Asp270, Asn297 (loss of Fc-fused carbohydrate), Pro329 and 234, 235, 236 and 237, Ile253, Ser254, Lys288, Thr307, Gln311, Asn434 and His435 are residues that, when altered, also reduce the ability bind to FcR (Shields R. L. et al., J. Biol. Chem. 276, 2001, pp. 6591-6604; Lund J. et al., FASEB J. 9, 1995, pp. 115-119; Morgan A. and et al., Immunology 86, 1995, pp. 319-324 and EP 0307434).
В одном из вариантов осуществления изобретения антитело, полученное способом, представленным в настоящем описании, относится к подклассу IgG1 или IgG2 и содержит мутацию PVA236, GLPSS331 и/или L234A/L235A. В одном из вариантов осуществления изобретения антитело, полученное способом, представленным в настоящем описании, относится к подклассу IgG4 и содержит мутацию L235E. В одном из вариантов осуществления изобретения антитело дополнительно содержит мутацию S228P.In one of the embodiments of the invention, the antibody obtained by the method presented in the present description belongs to the IgG1 or IgG2 subclass and contains a PVA236, GLPSS331 and/or L234A/L235A mutation. In one of the embodiments of the invention, the antibody obtained by the method presented in the present description belongs to the IgG4 subclass and contains the L235E mutation. In one embodiment, the antibody further comprises the S228P mutation.
Понятие «Fc-область» в контексте настоящего описания относится к С-концевой области тяжелой цепи иммуноглобулина, которая содержит по меньшей мере часть константной области. Понятие включает нативную последовательность Fc-областей и вариант Fc-областей. В одном из вариантов осуществления изобретения Fc-область тяжелой цепи человеческого IgG простирается от Cys226 или от Pro230 до карбоксильного конца тяжелой цепи. Однако С-концевой лизин (Lys447) Fc-области может либо присутствовать, либо отсутствовать. Если специально не указано иное, то нумерация аминокислотных остатков в Fc-области или константном участке соответствует системе EU-нумерации, которую называют также EU-индексом, описанной у Kabat и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-тое изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991. публикация NIH 91-3242.The term "Fc region" in the context of the present description refers to the C-terminal region of the heavy chain of an immunoglobulin, which contains at least part of the constant region. The term includes native sequence Fc regions and variant Fc regions. In one embodiment, the human IgG heavy chain Fc region extends from Cys226 or Pro230 to the carboxyl terminus of the heavy chain. However, the C-terminal lysine (Lys447) of the Fc region may either be present or absent. Unless otherwise noted, the numbering of amino acid residues in the Fc region or constant region follows the EU numbering system, also referred to as the EU index, as described in Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991. NIH Publication 91-3242.
Антитела, полученные способом, представленным в настоящем описании, содержат в качестве Fc-области в одном из вариантов осуществления изобретения Fc-область человеческого происхождения. В одном из вариантов осуществления изобретения Fc-область содержит все части человеческой константной области. Fc-область антитела принимает непосредственное участие в активации комплемента, связывании C1q, активации С3 и связывании Fc-рецептора. В то время как влияние антитела на систему комплемента зависит от определенных условий, связывание с C1q зависит от определенных сайтов связывания в Fc-области. Указанные сайты связывания известны в данной области и описаны у Lukas T.J. и др., J. Immunol. 127, 1981, сс. 2555-2560; Brunhouse R. и Cebra J.J., Mol. Immunol. 16, 1979, сс. 907-917; Burton D.R. и др., Nature 288, 1980, сс. 338-344; Thommesen J.E. и др., Mol. Immunol. 37, 2000, сс. 995-1004; Idusogie E.E. и др., J. Immunol. 164, 2000, сс. 4178-4184; Hezareh M. и др., J. Virol. 75, 2001, cc. 12161-12168; Morgan А. и др., Immunology 86, 1995, сс. 319-324; и ЕР 0307434. Указанные сайты связывания представляют собой, например, L234, L235, D270, N297, Е318, К320, К322, Р331 и Р329 (нумерация согласно EU-индексу Кэбота; если специально не указано иное, то нумерацию аминокислотных остатков в Fc-области или константной области осуществляют согласно системе EU-нумерации, которую обозначают также как EU-индекс, описанной у Kabat Е.А. и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-oe изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991. публикация NIH 91-3242). Антитела подклассов IgG1, IgG2 и IgG3, как правило, обладают способностью активировать комплемент, связываться с C1q и активировать С3, в то время как IgG4 не активируют систему комплемента, не связываются с C1q и не активируют С3. «Fc-область антитела» представляет собой понятие, хорошо известно специалисту в данной области, и ее определяют на основе расщепления антител папаином. В одном из вариантов осуществления изобретения Fc-область представляет собой человеческую Fc-область. В одном из вариантов осуществления изобретения Fc-область представляет собой Fc-область человеческого IgG4-подкласса, содержащую мутации S228P и/или L235E (нумерация согласно EU-индексу Кэбота). В одном из вариантов осуществления изобретения Fc-область представляет собой Fc-область человеческого IgG1-подкласса, содержащую мутации L234A и L235A (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).Antibodies obtained by the method presented in the present description, contain as the Fc region in one of the embodiments of the invention the Fc region of human origin. In one embodiment, the Fc region contains all parts of the human constant region. The Fc region of an antibody is directly involved in complement activation, C1q binding, C3 activation, and Fc receptor binding. While the effect of the antibody on the complement system depends on certain conditions, binding to C1q depends on certain binding sites in the Fc region. These binding sites are known in the art and are described by Lukas T.J. et al., J. Immunol. 127, 1981, pp. 2555-2560; Brunhouse R. and Cebra J.J., Mol. Immunol. 16, 1979, pp. 907-917; Burton D.R. et al., Nature 288, 1980, pp. 338-344; Thommesen J.E. and others, Mol. Immunol. 37, 2000, pp. 995-1004; Idusogie E.E. et al., J. Immunol. 164, 2000, pp. 4178-4184; Hezareh M. et al., J. Virol. 75, 2001, pp. 12161-12168; Morgan A. et al., Immunology 86, 1995, pp. 319-324; and EP 0307434. These binding sites are, for example, L234, L235, D270, N297, E318, K320, K322, P331 and P329 (numbering according to Cabot's EU index; unless specifically indicated otherwise, the numbering of amino acid residues in Fc- region or constant region is carried out according to the EU numbering system, which is also referred to as the EU index, described in Kabat, E. A. et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991. NIH Publication 91-3242). Antibodies of the IgG1, IgG2, and IgG3 subclasses generally have the ability to activate complement, bind to C1q, and activate C3, while IgG4 does not activate the complement system, does not bind to C1q, and does not activate C3. "Antibody Fc region" is a concept well known to one skilled in the art and is defined based on papain digestion of antibodies. In one embodiment, the Fc region is a human Fc region. In one embodiment, the Fc region is a human IgG4 subclass Fc region containing S228P and/or L235E mutations (numbered according to Cabot's EU index). In one embodiment, the Fc region is a human IgG1 subclass Fc region containing mutations L234A and L235A (numbered according to Cabot's EU index).
Понятия «полноразмерное антитело», «интактное антитело» и «цельное антитело» в контексте настоящего описания используют взаимозаменяемо для обозначения антитела, имеющего структуру, практически сходную со структурой нативного антитела, или имеющего тяжелые цепи, которые содержат указанную в настоящем описании Fc-область. «Полноразмерное антитело» представляет собой антитело, которое содержит антигенсвязывающую вариабельную область, а также константный домен легкой цепи (CL) и константные домены тяжелой цепи CH1, СН2 и СН3. Константные домены могут иметь нативную последовательность константных доменов (например, константные домены, имеющие человеческую нативную последовательность) или варианты ее аминокислотной последовательности. Более конкретно полноразмерное антитело содержит две легкие цепи антитела (каждая из которых содержит вариабельный домен легкой цепи и константный домен легкой цепи) и две тяжелые цепи антитела (каждая из которых содержит вариабельный домен тяжелой цепи, шарнирную область и константные домены CH1, СН2 и СН3 тяжелой цепи). С-концевые аминокислотные остатки К или GK могут присутствовать или отсутствовать независимо друг от друга в двух тяжелых цепях полноразмерного антитела.The terms "full-length antibody", "intact antibody", and "whole antibody" are used interchangeably herein to refer to an antibody having a structure substantially similar to that of a native antibody, or having heavy chains that contain the Fc region specified herein. A "full-length antibody" is an antibody that contains an antigen-binding variable region as well as a light chain constant domain (CL) and heavy chain constant domains CH1, CH2 and CH3. The constant domains may have a native sequence of constant domains (eg, constant domains having a human native sequence) or amino acid sequence variants thereof. More specifically, a full-length antibody contains two antibody light chains (each containing a light chain variable domain and a light chain constant domain) and two antibody heavy chains (each containing a heavy chain variable domain, a hinge region, and heavy chain CH1, CH2, and CH3 constant domains). chains). C-terminal amino acid residues K or GK may or may not be present independently of each other in the two heavy chains of a full-length antibody.
В контексте настоящего описания понятия «клетка-хозяин», «линия клеток-хозяев» и «культура клеток-хозяев» используются взаимозаменяемо, и они относятся к клеткам, в которые интродуцирована экзогенная нуклеиновая кислота, включая потомство указанных клеток. Клетки включают «трансформантов» и «трансформированные клетки», которые включают первичные трансформированные клетки, а также потомство, полученное из них, независимо от количества пересевов. Потомство может не быть строго идентичным родительской клетке по составу нуклеиновых кислот, а может содержать мутации. Под данное понятие подпадает мутантное потомство, которое обладает такой же функцией или биологической активностью, что и отобранная путем скрининга или селекции исходная трансформированная клетка.As used herein, "host cell", "host cell line", and "host cell culture" are used interchangeably and refer to cells into which exogenous nucleic acid has been introduced, including progeny of said cells. Cells include "transformants" and "transformed cells", which include primary transformed cells, as well as progeny derived from them, regardless of the number of passages. The offspring may not be strictly identical to the parent cell in terms of nucleic acid composition, but may contain mutations. This concept includes mutant progeny that have the same function or biological activity as the original transformed cell selected by screening or selection.
Понятие «гуманизированное» антитело относится к химерному антителу, которое содержит аминокислотные остатки из нечеловеческих HVR и аминокислотные остатки из человеческих FR. В некоторых вариантах осуществления изобретения гуманизированное антитело может содержать практически все из по меньшей мере одного и, как правило, двух вариабельных доменов, в которых все или практически все HVR (например, CDR) соответствуют участкам нечеловеческого антитела, а все или практически все FR соответствуют участкам человеческого антитела. Гуманизированное антитело необязательно может содержать по меньшей мере часть константной области антитела, происходящей из человеческого антитела. Понятие «гуманизированная форма» антитела, например, нечеловеческого антитела, относится к антителу, которое подвергнуто гуманизации.The term "humanized" antibody refers to a chimeric antibody that contains amino acid residues from non-human HVRs and amino acid residues from human FRs. In some embodiments, a humanized antibody may comprise substantially all of at least one, and typically two, variable domains in which all or substantially all of the HVRs (e.g., CDRs) correspond to regions of the non-human antibody and all or substantially all of the FRs correspond to regions human antibody. A humanized antibody may optionally contain at least a portion of an antibody constant region derived from a human antibody. The term "humanized form" of an antibody, such as a non-human antibody, refers to an antibody that has been humanized.
«Выделенное» антитело представляет собой антитело, которое отделено от компонента его естественного окружения. В некоторых вариантах осуществления изобретения антитело очищают до чистоты, превышающей 95% или 99% по данным, например, электрофоретических анализов (таких, например, как ДСН-ПААГ, изоэлектрическое фокусирование (ИЭФ), капиллярный электрофорез) или хроматографических анализов (таких, например, как ионообменная хроматография или ЖХВР с обращенной фазой). Обзор методов оценки чистоты антител см., например, у Flatman S. и др., J. Chrom. В 848, 2007, сс. 79-87.An "isolated" antibody is one that has been separated from a component of its natural environment. In some embodiments, the antibody is purified to greater than 95% or 99% purity as determined by, for example, electrophoretic assays (such as, for example, SDS-PAGE, isoelectric focusing (IEF), capillary electrophoresis) or chromatographic assays (such as, for example, as ion exchange chromatography or reverse phase HPLC). For a review of methods for assessing antibody purity, see, for example, Flatman S. et al., J. Chrom. In 848, 2007, pp. 79-87.
Понятие «моноклональное антитело» в контексте настоящего описания относится к антителу, полученному из популяции практически гомогенных антител, т.е. индивидуальные антитела, входящие в популяцию, идентичны и/или связываются с одним и тем же эпитопом, за исключением возможных вариантов антител, например, содержащих встречающиеся в естественных условиях мутации или возникающих в процессе производства препарата моноклонального антитела, указанные варианты, как правило, присутствуют в минорных количествах. В отличие от препаратов поликлональных антител, которые, как правило, включают различные антитела к различным детерминантам (эпитопам), каждое моноклональное антитело из препарата моноклонального антитела направлено против одной детерминанты антигена. Таким образом, прилагательное «моноклональный» определяет особенность антитела, характеризуя его как полученное из практически гомогенной популяции антител, а не сконструированное в соответствии с требованиями к получению антитела с помощью какого-либо конкретного метода. Например, моноклональные антитела, которые можно применять согласно настоящему изобретению, можно создавать с помощью различных технологий, включая (но, не ограничиваясь только ими) метод гибридом, методы рекомбинантной ДНК, методы фагового дисплея и методы на основе трансгенных животных, которые содержат все или часть локусов иммуноглобулина, указанные методы и другие, приведенные в качестве примера методы получения моноклональных антител, представлены в настоящем описании.The term "monoclonal antibody" in the context of the present description refers to an antibody obtained from a population of substantially homogeneous antibodies, i. individual antibodies in a population are identical and/or bind to the same epitope, with the exception of possible variants of antibodies, for example, containing naturally occurring mutations or arising during the production of a preparation of a monoclonal antibody, these variants are usually present in minor quantities. Unlike polyclonal antibody preparations, which typically include different antibodies to different determinants (epitopes), each monoclonal antibody in a monoclonal antibody preparation is directed against a single antigen determinant. Thus, the adjective "monoclonal" defines the characteristics of an antibody, characterizing it as derived from a substantially homogeneous population of antibodies, rather than being engineered to meet the requirements for producing an antibody by any particular method. For example, monoclonal antibodies that can be used according to the present invention can be created using various technologies, including (but not limited to) the hybridoma method, recombinant DNA methods, phage display methods, and transgenic animal methods that contain all or part immunoglobulin loci, these methods and other exemplary methods for obtaining monoclonal antibodies are presented in the present description.
Понятие «нативные антитела» относятся к встречающимся в естественных условиях молекулам иммуноглобулинов с различными структурами. Например, нативные антитела IgG-типа представляют собой гетеротетрамерные гликопротеины массой примерно 150000 Да, состоящие из двух идентичных легких цепей и двух идентичных тяжелых цепей, связанных дисульфидными мостиками. Каждая тяжелая цепь в направлении от N- к С-концу содержит вариабельную область (VH), которую называют также вариабельным тяжелым доменом или вариабельным доменом тяжелой цепи, за которой расположены три константных домена (CH1, СН2 и СН3), которые называют также константной областью тяжелой цепи. Аналогично этому каждая легкая цепь в направлении от N- к С-концу содержит вариабельную область (VL), которую называют также вариабельным легким доменом или вариабельным доменом легкой цепи, за которой расположен константный легкий (CL) домен. Легкая цепь может относиться к одному из двух типов, обозначенных как каппа (к) или лямбда (X), на основе аминокислотной последовательности ее константного домена. Антитело, «подобное нативному», имеет такую же структуру, что и «нативное антитело», но отличается специфичностью связывания.The term "native antibodies" refers to naturally occurring immunoglobulin molecules with different structures. For example, native IgG-type antibodies are heterotetrameric glycoproteins of approximately 150,000 Da, consisting of two identical light chains and two identical heavy chains linked by disulfide bridges. Each heavy chain in the direction from the N- to the C-terminus contains a variable region (VH), which is also called the variable heavy domain or heavy chain variable domain, followed by three constant domains (CH1, CH2 and CH3), also called the constant region heavy chain. Similarly, each light chain in the direction from the N - to the C-terminus contains a variable region (VL), which is also called a variable light domain or a light chain variable domain, followed by a constant light (CL) domain. A light chain can be one of two types, designated kappa (k) or lambda (X), based on the amino acid sequence of its constant domain. A "native-like" antibody has the same structure as a "native antibody" but differs in binding specificity.
В контексте настоящего описания понятие «вектор» относится к молекуле нуклеиновой кислоты, которая обладает способностью амплифицировать другую нуклеиновую кислоту, с которой она связна. Понятие относится к вектору как самореплицирующейся содержащей нуклеиновую кислоту структуре, а также к вектору, встроенному в геном клетки-хозяина, в которую интродуцирован вектор. Некоторые векторы обладают способностью контролировать экспрессию нуклеиновых кислот, с которым они функционально связаны. Такие векторы в контексте настоящего описания обозначают как «экспрессионные векторы».In the context of the present description, the term "vector" refers to a nucleic acid molecule that has the ability to amplify another nucleic acid with which it is associated. The term refers to a vector as a self-replicating structure containing a nucleic acid, as well as to a vector inserted into the genome of the host cell into which the vector is introduced. Some vectors have the ability to control the expression of nucleic acids to which they are operably linked. Such vectors are referred to herein as "expression vectors".
Понятие «кассета экспрессии» относится к конструкции, которая содержит необходимые регуляторные элементы, такие как промотор и сайт полиаденилирования, для экспрессии по меньшей мере содержащейся в ней нуклеиновой кислоты в клетке.The term "expression cassette" refers to a construct that contains the necessary regulatory elements, such as a promoter and a polyadenylation site, for the expression of at least the nucleic acid contained therein in a cell.
Понятие «экспрессионный вектор» означает нуклеиновую кислоту, содержащую все необходимые элементы для экспрессии содержащегося(ищся) в ней структурного(ых) гена(ов) в клетке. Как правило, экспрессионный вектор содержит плазмидную единицу для размножения прокариотического организма, например в Е. coli, содержащую сайт инициации репликации, маркер для селекции, эукариотический маркер для селекции и одну или несколько кассет экспрессии для экспрессии представляющего(их) интерес структурного(ых) гена(ов), каждая из которых содержит промоторную нуклеиновую кислоту, структурный ген и терминатор транскрипции, включающий сигнал полиаденилирования. Экспрессия гена, как правило, находится под контролем промоторной нуклеиновой кислоты, и такой структурный ген обозначают как «функционально связанный» с промоторной нуклеиновой кислотой. Аналогично этому, регуляторный элемент и коровая промоторная нуклеиновая кислота являются функционально связанными, если регуляторный элемент модулирует активность коровой промотрной нуклеиновой кислоты.The term "expression vector" means a nucleic acid containing all the necessary elements for the expression of the structural gene(s) it contains(s) in a cell. Typically, the expression vector contains a plasmid unit for propagating a prokaryotic organism, for example in E. coli, containing an origin of replication, a selection marker, a eukaryotic selection marker, and one or more expression cassettes for expression of the structural gene(s) of interest. (s), each of which contains a promoter nucleic acid, a structural gene and a transcription terminator, including a polyadenylation signal. Gene expression is typically under the control of a promoter nucleic acid, and such a structural gene is referred to as "operably linked" to the promoter nucleic acid. Similarly, a regulatory element and a core promoter nucleic acid are operably linked if the regulatory element modulates the activity of the core promoter nucleic acid.
Понятие «функционально связанные» означает взаимное расположение двух или большего количества компонентов, при котором указанные компоненты находятся во взаимосвязи, обеспечивающей им требуемую функцию. Например, промотор и/или энхансер являются функционально связанными с кодирующей последовательностью, если действует(ют) в цис-направлении касательно контроля или модуляции транскрипции сцепленной последовательности. Как правило, но необязательно, ДНК-последовательности, которые являются «функционально связанными», являются смежными и, если требуется соединять две кодирующие белки области, такие как секреторный лидер и полипептид, смежными и расположенными в рамке (считывания). Однако, хотя функционально связанный промотор, как правило, локализован в обратном направлении относительно кодирующей последовательности, не является необходимым, чтобы он был смежный с ней. Энхансер является функционально связанным с кодирующей последовательностью, если энхансер усиливает транскрипцию кодирующей последовательности. Функционально связанные энхансеры могут быть локализованы в обратном направлении, внутри кодирующих последовательностей или в прямом направлении относительно кодирующих последовательностей и на существенном расстоянии от промотора. Сайт полиаденилирования является функционально связанным с кодирующей последовательностью, если он локализован на находящемся в прямом направлении конце кодирующей последовательности, так, чтобы транскрипция происходила через кодирующую последовательность в последовательности полиаденилирования. Стоп-кодон трансляции является функционально связанным с последовательностью экзонной нуклеиновой кислоты, если он локализован в находящемся в прямом направлении конце (3'-конец) кодирующей последовательности, так, чтобы трансляция проходила через кодирующую последовательность до стоп-кодона и прекращалась на нем. Связывание осуществляют с помощью методов рекомбинации, известных в данной области, например, с использованием ПЦР-методологии и/или путем лигирования в пригодных сайтах рестрикции. Если пригодные сайты рестрикции не существуют, то применяют синтетические адапторы или линкеры в соответствии с принятой практикой.The concept of "functionally related" means the mutual arrangement of two or more components, in which these components are in a relationship that provides them with the desired function. For example, a promoter and/or enhancer is operably linked to a coding sequence if it acts(s) in the cis direction to control or modulate the transcription of the linked sequence. Typically, but not necessarily, DNA sequences that are "operably linked" are contiguous and, if two protein-coding regions such as a secretory leader and a polypeptide are to be joined, contiguous and in-frame (readouts). However, although an operably linked promoter is typically located upstream of a coding sequence, it is not necessary that it be adjacent to it. An enhancer is operably linked to a coding sequence if the enhancer enhances transcription of the coding sequence. Functionally linked enhancers can be located upstream, within coding sequences, or upstream of coding sequences and at a significant distance from the promoter. A polyadenylation site is operably linked to a coding sequence if it is located at the forward end of the coding sequence such that transcription occurs through the coding sequence in the polyadenylation sequence. A translation stop codon is operably linked to an exonic nucleic acid sequence if it is located at the forward end (3' end) of the coding sequence such that translation proceeds through the coding sequence to and terminates at the stop codon. Linking is carried out using recombination methods known in the art, for example using PCR methodology and/or by ligation at suitable restriction sites. If suitable restriction sites do not exist, then synthetic adapters or linkers are used in accordance with accepted practice.
Понятие «полипептид» означает полимер, состоящий из аминокислот, сцепленных пептидными связями, полученный либо в естественных условиях, либо путем синтеза. Полипептиды, состоящие менее чем из примерно 20 аминокислотных остатков, можно обозначать как «пептиды», в то время как молекулы, состоящие из двух или большего количества полипептидов или содержащие один полипептид, состоящий более чем из 100 аминокислотных остатков, можно обозначать как «белки». Полипептид может содержать также не относящиеся к аминокислотам компоненты, такие как углеводные группы, ионные металлов или эфиры карбоновых кислот. Не относящиеся к аминокислотам компоненты могут поставлять клеткой, в которой полипептид экспрессируется, и могут варьироваться в зависимости от типа клетки. В контексте настоящего описания полипептиды определяют в зависимости от структуры их аминокислотного каркаса или нуклеиновой кислоты, кодирующей их. Добавки, такие как углеводные группы, как правило, не указываются, но тем не менее они могут присутствовать.The term "polypeptide" means a polymer consisting of amino acids linked by peptide bonds, obtained either naturally or by synthesis. Polypeptides of less than about 20 amino acid residues may be referred to as "peptides", while molecules consisting of two or more polypeptides or containing a single polypeptide of more than 100 amino acid residues may be referred to as "proteins" . The polypeptide may also contain non-amino acid components such as carbohydrate groups, metal ions, or carboxylic acid esters. Non-amino acid components may be supplied by the cell in which the polypeptide is expressed and may vary depending on the cell type. In the context of the present description, polypeptides are defined depending on the structure of their amino acid backbone or nucleic acid encoding them. Additives such as carbohydrate groups are generally not specified, but may be present nonetheless.
Понятие «получение» означает экспрессию представляющего интерес структурного гена, встроенного в кассету экспрессии, в клетке. Понятие включает процессы транскрипции и трансляции нуклеиновой кислоты. Получение осуществляют в соответствующих прокариотических или эукариотических клетках, и экспрессированный, т.е. полученный полипептид, можно выделять из клеток после лизиса или из супернатанта культуры.The term "obtaining" means the expression of a structural gene of interest inserted into an expression cassette in a cell. The concept includes the processes of transcription and translation of a nucleic acid. The production is carried out in the appropriate prokaryotic or eukaryotic cells, and expressed, i. the resulting polypeptide can be isolated from the cells after lysis or from the culture supernatant.
Понятие «нуклеиновая кислота-промотор, нуклеотидный промотор» означает полинуклеотидную последовательность, которая контролирует транскрипцию гена/структурного гена или нуклеотидной последовательности, с которой она функционально связана. Нуклеотидный промотор включает сигналы для связывания РНК-полимеразы и инициации транскрипции. Применяемый нуклеотидный промотор должен быть функциональным в клетке, в которой предполагается экспрессия выбранного структурного гена. В данной области хорошо известно большое количество нуклеотидных промоторов, включая конститутивные, индуцибельные и репрессируемые промоторы из широкого разнообразия различных источников (и их можно идентифицировать в базах данных, таких как GenBank), и они доступны в виде или в составе клонированных полинуклеотидов (например, находящихся в депозитариях, таких как АТСС, а также в других коммерческих или индивидуальных источниках).The term "nucleic acid promoter, nucleotide promoter" means a polynucleotide sequence that controls the transcription of a gene/structural gene or nucleotide sequence to which it is operably linked. The nucleotide promoter includes signals for binding RNA polymerase and initiating transcription. The nucleotide promoter used must be functional in the cell in which the chosen structural gene is to be expressed. A large number of nucleotide promoters are well known in the art, including constitutive, inducible, and repressible promoters from a wide variety of different sources (and can be identified in databases such as GenBank), and are available as or as part of cloned polynucleotides (e.g., found depositories such as ATCC, as well as other commercial or individual sources).
Как правило, нуклеотидный промотор локализован в 5' некодирующей или нетранслируемой области гена, проксимально относительно сайта начала транскрипции структурного гена. Элементы последовательности в нуклеотидных промоторах, функция которых состоит в инициации транскрипции, часто характеризуются консенсусными нуклеотидными последовательностями. Эти элементы включают сайты связывания РНК-полимеразы, последовательности TATA, последовательности СААТ, специфические для дифференциации элементы (DSE), респондерные элементы циклического АМФ (CRE), сывороточные респондерные элементы (SRE), глюкокортикостероидные респондерные элементы (GRE) и сайты связывания других факторов транскрипции, таких как CRE/ATF, АР2, SP1, белок, связывающий респондерный элемент цАМФ (CREB) и октамерные факторы. Если нуклеотидный промотор представляет собой индуцибельный нуклеотидный промотор, то скорость транскрипции возрастает в ответ на индуцирующий агент, как в случае нуклеотидного промотора CMV, за которым следуют два сайта tet-оператора, нуклеотидных промоторов металлотионеина и белков теплового шока. Скорость транскрипции не регулируется индуцирующим агентом, если нуклеотидный промотор представляет собой конститутивно активный нуклеотидный промотор. Эукариотическими нуклеотидный промоторами, которые идентифицированы в качестве сильных нуклеотидных промоторов для экспрессии, являются нуклеотидный ранний промотор SV40, нуклеотидный главный поздний промотор аденовирусов, нуклеотидный промотор мышиного металлотионеина-I, длинный концевой повтор вируса саркомы Раусы, фактор элонгации 1 альфа китайского хомячка (CHEF-1), человеческий EF-1 альфа, убиквитин и главный немедленно-ранний нуклеотидный промотор человеческого цитомегаловируса (hCMV MIE).As a rule, the nucleotide promoter is located in the 5' non-coding or non-translated region of the gene, proximal to the transcription start site of the structural gene. Sequence elements in nucleotide promoters whose function is to initiate transcription are often characterized by consensus nucleotide sequences. These elements include RNA polymerase binding sites, TATA sequences, CAAT sequences, differentiation-specific elements (DSEs), cyclic AMP response elements (CREs), serum response elements (SREs), glucocorticosteroid response elements (GREs), and binding sites for other transcription factors. such as CRE/ATF, AP2, SP1, cAMP responder element binding protein (CREB), and octamer factors. If the nucleotide promoter is an inducible nucleotide promoter, then the rate of transcription increases in response to the inducing agent, as in the case of the CMV nucleotide promoter followed by two tet operator sites, metallothionein nucleotide promoters and heat shock proteins. The rate of transcription is not regulated by the inducing agent if the nucleotide promoter is a constitutively active nucleotide promoter. Eukaryotic nucleotide promoters that have been identified as strong nucleotide promoters for expression are the SV40 nucleotide early promoter, adenovirus nucleotide major late promoter, mouse metallothionein-I nucleotide promoter, Rousa sarcoma virus long terminal repeat, Chinese hamster elongation factor 1 alpha (CHEF-1 ), human EF-1 alpha, ubiquitin, and the human cytomegalovirus major immediate-early nucleotide promoter (hCMV MIE).
Понятие «маркер для селекции (селектирующий маркер)» означает нуклеиновую кислоту, которая обеспечивает специфическую селекцию клеток, которые его несут, в отношении или против присутствия соответствующего селектирующего агента (культивирование в условиях селективного культивирования). Как правило, селектирующий маркер может придавать устойчивость к лекарственному средству или компенсировать метаболический или катаболический дефект в клетке, в которую он интродуцирован. Селектирующий маркер может быть позитивным, негативным или бифункциональным. Ценным позитивным селектирующим маркером является ген устойчивости к антибиотикам, обеспечивающий отбор клеток, трансформированный им, в присутствии соответствующего селектирующего агента, например, антибиотика. Нетрансформированная клетка не может расти или выживать в селективных условиях, т.е. в присутствии селектирующего агента. Негативные селектирующие маркеры обеспечивают избирательную элиминацию клеток, несущих маркер. Применяемые для эукариотических клеток селектирующие маркеры включают, например, структурные гены, кодирующие аминогликозидфосфотрансферазу (АРН), такие, например, как маркеры для селекции по признаку устойчивости к гигромицину (hyg), неомицину (neo) и G418, кодирующие дигидрофолатредуктазу (DHFR), тимидинкиназу (tk), глутаминсинтетазу (GS), аспарагинсинтетазу, триптофансинтетазу (селектирующий агент индол), гистидинолдегидрогеназу (селектирующий агент гистидинол D), и нуклеиновые кислоты, придающие устойчивость к пуромицину, блеомицину, флеомицину, хлорамфениколу, зеоцину и микофеноловой кислоте.The term "marker for selection (selection marker)" means a nucleic acid that provides a specific selection of cells that carry it, in relation to or against the presence of the corresponding selection agent (culturing under selective culturing conditions). Typically, a selectable marker can confer drug resistance or compensate for a metabolic or catabolic defect in the cell into which it is introduced. The selection marker may be positive, negative, or bifunctional. A valuable positive selection marker is an antibiotic resistance gene that selects cells transformed by it in the presence of an appropriate selection agent, such as an antibiotic. An untransformed cell cannot grow or survive under selective conditions, ie. in the presence of a selective agent. Negative selection markers provide selective elimination of cells carrying the marker. Selection markers useful for eukaryotic cells include, for example, structural genes encoding aminoglycoside phosphotransferase (APH), such as markers for selection for resistance to hygromycin (hyg), neomycin (neo) and G418, encoding dihydrofolate reductase (DHFR), thymidine kinase (tk), glutamine synthetase (GS), asparagine synthetase, tryptophan synthetase (selection agent indole), histidinol dehydrogenase (selection agent histidinol D), and nucleic acids conferring resistance to puromycin, bleomycin, phleomycin, chloramphenicol, zeocin, and mycophenolic acid.
СпособыWays
Настоящее изобретение основано по меньшей мере частично на открытии того, что для создания клеточных линий для производства гетеродимерных антител целесообразно применять для трансфекции экспрессионный вектор, который содержит в качестве единственной кодирующей (антитело) полипептид нуклеиновой кислоты нуклеиновую кислоту, которая кодирует полипептид легкой цепи, т.е. вектор, содержащий в качестве единственной кассеты экспрессии полипептида антитела кассету экспрессии легкой цепи. Указанный вектор применяют в сочетании с дополнительными экспрессионными векторами для котрансфекции или трансфекции отдельно на второй последующей стадии. С помощью указанного подхода можно получать линию клеток-продуцентов, которые продуцируют гетеродимерное антитело с улучшенным профилем продукта, т.е. с повышенным количеством продукта и пониженным количеством родственных продукту примесей.The present invention is based at least in part on the discovery that, in order to establish cell lines for the production of heterodimeric antibodies, it is expedient to use for transfection an expression vector that contains, as the only nucleic acid encoding (antibody) polypeptide, a nucleic acid that encodes a light chain polypeptide, i.e. e. a vector containing, as a single expression cassette of the antibody polypeptide, a light chain expression cassette. The specified vector is used in combination with additional expression vectors for co-transfection or transfection separately in the second subsequent stage. Using this approach, it is possible to obtain a producer cell line that produces a heterodimeric antibody with an improved product profile, i.e. with an increased amount of product and a reduced amount of product-related impurities.
Один из подходов к созданию мультиспецифических антител известен как «технология CrossMab». Указанный подход базируется на кроссовере доменов между тяжелой и легкой цепями, что приводит тем самым к созданию различных расположений доменов в тяжелых цепях и легких цепях различной специфичности (см., например, в WO 2009/080251, WO 2009/080252, WO 2009/080253, WO 2009/080254, у Schaefer W. и др., Proc.Natl. Acad. Sci. USA 108, 2011, сс. 11187-11192 данные, касающиеся двухвалентных биспецифических антител IgG-типа с кроссовером доменов; в WO 2010/145792 и WO 2010/145792 данные, касающиеся четырехвалентных антигенсвязывающих белков с кроссовером доменов).One approach to the creation of multispecific antibodies is known as "CrossMab technology". This approach is based on crossover of domains between heavy and light chains, thereby leading to the creation of different arrangements of domains in heavy chains and light chains of different specificity (see, for example, WO 2009/080251, WO 2009/080252, WO 2009/080253 , WO 2009/080254, in Schaefer, W. et al., Proc. Natl, Acad. Sci. USA 108, 2011, pp. 11187-11192, for data concerning bivalent IgG-type bispecific antibodies with domain crossover, in WO 2010/145792 and WO 2010/145792 data concerning quadrivalent antigen-binding proteins with domain crossover).
Мультиспецифические антитела с заменой/обменом VH/VL в одном сайте связывания для предупреждения ошибочного спаривания легкой цепи (CrossMabVH-VL), которые описаны в WO 2009/080252 (см. также Schaefer W. и др., Proc.Natl. Acad. Sci. USA, 108, 2011, сс. 11187-11191, существенно снижали образование побочных продуктов, обусловленное ошибочным спариванием легкой цепи, которая связывается с первым антигеном, с «неправильной» тяжелой цепью, которая связывается со вторым антигеном (по сравнению с подходами, в которых не использован указанных обмен доменами). Однако их получение не полностью свободно от образования побочных продуктов. Основной побочный продукт образуется в результате взаимодействия бенс-джонсовского типа «неправильной» легкой цепи с тяжелой цепью с обмененными доменами (см. также Schaefer W. и др., Proc.Natl. Acad. Sci. USA, 108, 2011, сс. 11187-11191; на фиг. S11 в приложении).Multispecific antibodies with VH/VL substitution/exchange at one binding site to prevent light chain mismatch (CrossMabVH-VL), which are described in WO 2009/080252 (see also Schaefer W. et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 108, 2011, pp. 11187-11191, significantly reduced the by-product formation due to the mismatch of the light chain that binds to the first antigen with the "wrong" heavy chain that binds to the second antigen (compared to approaches in However, their preparation is not completely free from the formation of by-products. The main by-product is formed as a result of the interaction of the Bence-Jones type of the "wrong" light chain with the heavy chain with exchanged domains (see also Schaefer W. et al. ., Proc. Natl, Acad. Sci. USA, 108, 2011, pp. 11187-11191; Fig. S11 in the appendix).
В WO 2015/101588 А1 описаны модули шаттлов для гематоэнцефалического барьера. В WO2015/101588 А1 упомянуты двухвалентные биспецифические антитела с кроссовером VH/VL-доменов в одном из связывающих плечей с мутациями в поверхности раздела CH1/CL. В WO 2015/101588 А1 не описан технический эффект указанных мутаций.WO 2015/101588 A1 describes shuttle modules for the blood-brain barrier. WO2015/101588 A1 mentions bivalent bispecific antibodies with a VH/VL crossover in one of the binding arms with mutations at the CH1/CL interface. WO 2015/101588 A1 does not describe the technical effect of these mutations.
Известны различные методы создания клеточных линий для получения четырехцепочечных гомодимерных двухвалентных антител, т.е. антител типа нативных антител. Для повышения производительности (продуктивности) указанных клеточных линий некоторые из указанных методов основаны на так называемом подходе «супертрансфекции». При применении указанного подхода клетки трансфектируют по меньшей мере двукратно с селекцией промежуточной клеточной линии. Каждый из векторов, применяемых в указанном подходе супертрансфекции, как правило, содержит полную информацию для кодирования подлежащего экспрессии антитела, т.е. для легкой цепи и для тяжелой цепи. В некоторых специальных методах супертрансфекции применяют очень сходные или даже идентичные векторы, отличающиеся только селектирующим маркером для того, чтобы достигать тесной интеграции в геном в известной продуктивной области. Подобно методам амплификации генов с использованием DHFR методы супертрансфекции служат для повышения уровня (выхода) экспрессии путем повышения количества функциональных кассет экспрессии в клетках.There are various methods for creating cell lines for obtaining four-chain homodimeric divalent antibodies, i.e. antibodies such as native antibodies. To improve the performance (productivity) of these cell lines, some of these methods are based on the so-called "supertransfection" approach. Using this approach, the cells are transfected at least twice with the selection of the intermediate cell line. Each of the vectors used in this supertransfection approach typically contains complete information for encoding the antibody to be expressed, i.e. for the light chain and for the heavy chain. Some special supertransfection methods use very similar or even identical vectors, differing only in a selection marker, in order to achieve tight integration into the genome in a known productive region. Like DHFR gene amplification methods, supertransfection methods serve to increase the level (yield) of expression by increasing the number of functional expression cassettes in cells.
Для новых комплексных трехвалентных биспецифических форматов антител, содержащих гетеродимерную Fc-область и так называемый обмен доменами, которые оба интродуцированы для ограничения или даже исключения ошибочного спаривания цепей и тем самым повышения выхода правильно уложенного и собранного полученного мультиспецифического антитела, описана сложная процедура котрансфекции 3-4 векторами, каждый из который содержит одну кассету экспрессии, с использованием различных соотношений векторов (см., например, WO 2013/026833).For novel complex trivalent bispecific antibody formats containing a heterodimeric Fc region and a so-called domain swap, which are both introduced to limit or even eliminate mismatches and thereby increase the yield of a correctly folded and assembled resulting multispecific antibody, a complex co-transfection procedure has been described 3-4 vectors, each containing one expression cassette, using different ratios of vectors (see, for example, WO 2013/026833).
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере частично, на открытии того факта, что уровень экспрессии мультиспецифического антитела в рекомбинантной клетке можно повышать, если клетку повторно трансфектировать кассетой экспрессии для экспрессии легкой цепи указанного мультиспецифического антитела. Это является особенно ценным, если мультиспецифическое антитело содержит вариант тяжелой и легкой цепей с кроссовером доменов.The present invention is based at least in part on the discovery that the level of expression of a multispecific antibody in a recombinant cell can be increased if the cell is re-transfected with an expression cassette to express the light chain of said multispecific antibody. This is especially valuable if the multispecific antibody contains a crossover heavy and light chain variant.
Одним из объектов изобретения, представленных в настоящем описании, является способ получения мультиспецифического антитела (содержащего по меньшей мере один полипептид с кроссовером доменов), включающий следующие стадии:One of the objects of the invention presented in the present description is a method for producing a multispecific antibody (containing at least one domain crossover polypeptide), including the following steps:
а) получение клетки млекопитающего, которая экспрессирует антитело,a) obtaining a mammalian cell that expresses the antibody,
б) трансфекция клетки млекопитающего, указанной в подпункте а), экспрессионным вектором, который содержит кассету экспрессии, кодирующую полипептид антитела, которое имеет кроссовер доменов,b) transfection of a mammalian cell referred to in subparagraph a) with an expression vector that contains an expression cassette encoding an antibody polypeptide that has a domain crossover,
в) культивирование клетки, указанной в подпункте б), и выделение антитела из клетки или среды для культивирования и тем самым получение мультиспецифического антитела.c) culturing the cell referred to in b) and isolating the antibody from the cell or culture medium, thereby obtaining a multispecific antibody.
Модифицированные клетки, полученные с помощью способа, представленного в настоящем описании, «секретируют» в большем количестве мультиспецифическое антитело в правильно уложенной и собранной форме, и их обозначают в контексте настоящего описания как клетки, в которых количество правильно уложенного и правильно собранного мультиспецифического антитела, высвободившегося во внеклеточную среду, увеличено по сравнению с родительской клеткой. Анализ методом иммуноблоттинга, анализы биологической активности и методы физико-химического разделения можно применять для определения абсолютных количеств правильно уложенного и собранного мультиспецифического антитела, высвободившегося из модифицированной клетки по сравнению с родительской клеткой.The modified cells produced by the method presented herein "secrete" more of the multispecific antibody in a properly folded and assembled form and are referred to herein as cells in which the amount of correctly folded and correctly assembled multispecific antibody released into the extracellular environment, is increased compared to the parent cell. Western blot analysis, biological activity assays, and physicochemical separation methods can be used to determine the absolute amounts of correctly folded and assembled multispecific antibody released from the modified cell compared to the parent cell.
Одним из объектов изобретения, представленных в настоящем описании, является способ получения мультиспецифического антитела, включающий следующие стадии:One of the objects of the invention presented in the present description is a method for obtaining a multispecific antibody, which includes the following steps:
а) культивирование модифицированной клетки в условиях, пригодных /благоприятных для получения мультиспецифического антитела, при этомa) cultivation of the modified cell under conditions suitable / favorable for obtaining a multispecific antibody, while
I) модифицированная клетка является родственной родительской клетке, где родительская клетка содержит последовательности первой ДНК, кодирующей мультиспецифическое антитело, посредством интродукции нуклеиновой кислоты в геном родительской клетки в локус, который не находится в последовательностях первой ДНК; иI) the modified cell is related to the parent cell, where the parent cell contains the first DNA sequences encoding the multispecific antibody by introducing a nucleic acid into the genome of the parent cell at a locus that is not in the first DNA sequences; and
II) модифицированная клетка продуцирует большее количество мультиспецифического антитела, чем родительская клетка, когда обе клетки культивируют в одинаковых условиях; иii) the modified cell produces more multispecific antibody than the parent cell when both cells are cultured under the same conditions; and
б) выделение полипептида.b) isolation of the polypeptide.
Форматы антител с кроссовером доменовDomain Crossover Antibody Formats
Способ, представленный в настоящем описании, в целом пригоден для получения любого мультиспецифического антитела, которое содержит отдельно кодируемую тяжелую и легкую цепь.The method presented herein is generally suitable for the production of any multispecific antibody that contains a separately encoded heavy and light chain.
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержит а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иIn one embodiment, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that comprises a) a first light chain and a first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором вариабельные домены VL и VH второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, wherein the VL and VH variable domains of the second light chain and the second heavy chain are interchanged.
Антитело, указанное в подпункте а), не содержит модификацию, указанную в подпункте б), и тяжелая цепь и легкая цепь, указанные в подпункте а), представляют собой выделенные цепи.The antibody in a) does not contain the modification in b) and the heavy chain and light chain in a) are isolated chains.
В антителе, указанном в подпункте б),In the antibody referred to in subparagraph b),
в легкой цепиin the light chain
вариабельный домен легкой цепи VL заменен вариабельным доменом тяжелой цепи VH указанного антитела, иthe VL light chain variable domain is replaced by the VH heavy chain variable domain of said antibody, and
в тяжелой цепиin the heavy chain
вариабельный домен тяжелой цепи VH заменен вариабельным доменом легкой цепи VL указанного антитела.the VH heavy chain variable domain is replaced by the VL light chain variable domain of said antibody.
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором вариабельные домены VL и VH второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга и в котором константные домены CL и СН1 второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which the VL and VH variable domains of the second light chain and the second heavy chain are interchanged, and in which the CL and CH1 constant domains of the second light chain and the second heavy chain replaced with each other.
Антитело, указанное в подпункте а), не содержит модификацию, указанную в подпункте б), и тяжелая цепь и легкая цепь, указанные в подпункте а), представляют собой выделенные цепи.The antibody in a) does not contain the modification in b) and the heavy chain and light chain in a) are isolated chains.
В антителе, указанном в подпункте б),In the antibody referred to in subparagraph b),
в легкой цепиin the light chain
вариабельный домен легкой цепи VL заменен вариабельным доменом тяжелой цепи VH указанного антитела, и константный домен легкой цепи CL замен константным доменом тяжелой цепи СН1 указанного антитела; иthe light chain variable domain VL is replaced by the heavy chain variable domain VH of said antibody, and the light chain constant domain CL is replaced by the heavy chain constant domain CH1 of said antibody; and
в тяжелой цепиin the heavy chain
вариабельный домен тяжелой цепи VH заменен вариабельным доменом легкой цепи VL указанного антитела, и константный домен тяжелой цепи СН1 заменен константным доменом легкой цепи CL указанного антитела.the VH heavy chain variable domain is replaced by the VL light chain variable domain of said antibody, and the CH1 heavy chain constant domain is replaced by the CL light chain constant domain of said antibody.
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой двухвалентное биспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment, the multispecific antibody is a bivalent bispecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of an antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую легкую цепь и вторую тяжелую цепь антитела, специфически связывающегося со вторым антигеном, в котором константные домены CL и СН1 второй легкой цепи и второй тяжелой цепи заменены друг на друга.b) a second light chain and a second heavy chain of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which the CL and CH1 constant domains of the second light chain and the second heavy chain are exchanged for each other.
Антитело, указанное в подпункте а), не содержит модификацию, указанную в подпункте б), и тяжелая цепь и легкая цепь, указанные в подпункте а), представляют собой выделенные цепи.The antibody in a) does not contain the modification in b) and the heavy chain and light chain in a) are isolated chains.
В антителе, указанном в подпункте б),In the antibody referred to in subparagraph b),
в легкой цепиin the light chain
константный домен легкой цепи CL заменен константным доменом тяжелой цепи СН1 указанного антитела; иthe constant domain of the light chain CL is replaced by the constant domain of the heavy chain CH1 of the indicated antibody; and
в тяжелой цепиin the heavy chain
константный домен тяжелой цепи СН1 заменен константным доменом легкой цепи CL указанного антитела.the CH1 heavy chain constant domain is replaced by the CL light chain constant domain of said antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой триспецифическое или тетраспецифическое антитело, которое содержитIn one embodiment of all aspects of the invention, the multispecific antibody is a trispecific or tetraspecific antibody that contains
а) первую легкую цепь и первую тяжелую цепь полноразмерного антитела, которое специфически связывается с первым антигеном, иa) the first light chain and the first heavy chain of a full-length antibody that specifically binds to the first antigen, and
б) вторую (модифицированную) легкую цепь и вторую (модифицированную) тяжелую цепь полноразмерного антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или в котором константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, иb) a second (modified) light chain and a second (modified) heavy chain of a full-length antibody that specifically binds to a second antigen, in which the VL and VH variable domains are interchanged and/or in which the CL and CH1 constant domains are interchanged , and
в) в котором 1-4 антигенсвязывающих пептида, которые специфически связываются с одним или двумя дополнительными антигенами (т.е. с третьим и/или четвертым антигеном), слиты через пептидный линкер с С- или N-концом легких цепей или тяжелых цепей, указанных в подпунктах а) и/или б).c) wherein 1-4 antigen-binding peptides that specifically bind to one or two additional antigens (i.e. a third and/or fourth antigen) are fused via a peptide linker to the C- or N-terminus of the light chains or heavy chains, referred to in subparagraphs a) and / or b).
Антитело, указанное в подпункте а), не содержит модификацию, указанную в подпункте б), и тяжелая цепь и легкая цепь, указанные в подпункте а), представляют собой выделенные цепи.The antibody in a) does not contain the modification in b) and the heavy chain and light chain in a) are isolated chains.
В одном из вариантов осуществления изобретения триспецифическое или тетраспецифическое антитело содержит один или два антигенсвязывающих пептида, указанных в подпункте в), которые специфически связываются с одним или двумя дополнительными антигенами.In one of the embodiments of the invention trispecific or tetraspecific antibody contains one or two antigennegative peptides specified in subparagraph c), which specifically bind to one or two additional antigens.
В одном из вариантов осуществления изобретения антигенсвязывающие пептиды выбирают из группы, состоящей из scFv-фрагмента и scFab-фрагмента.In one embodiment, the antigen binding peptides are selected from the group consisting of an scFv fragment and a scFab fragment.
В одном из вариантов осуществления изобретения антигенсвязывающие пептиды представляют собой scFv-фрагменты.In one embodiment, the antigen-binding peptides are scFv fragments.
В одном из вариантов осуществления изобретения антигенсвязывающие пептиды представляют собой scFab-фрагменты.In one embodiment, the antigen-binding peptides are scFab fragments.
В одном из вариантов осуществления изобретения антигенсвязывающие пептиды слиты с С-концом тяжелых цепей, указанных в подпунктах а) и/или б).In one embodiment, the antigen-binding peptides are fused to the C-terminus of the heavy chains of a) and/or b).
В одном из вариантов осуществления изобретения триспецифическое или тетраспецифическое антитело содержит один или два, указанных в подпункте в), антигенсвязывающих пептида, которые специфически связываются с одним дополнительным антигеном.In one embodiment, the trispecific or tetraspecific antibody comprises one or two of the antigen-binding peptides listed in c), which specifically bind to one additional antigen.
В одном из вариантов осуществления изобретения триспецифическое или тетраспецифическое антитело содержит два идентичных антигенсвязывающих пептида, указанных в подпункте в), которые специфически связываются с третьим антигеном. В одном предпочтительном варианте осуществления изобретения два идентичных антигенсвязывающих пептида слиты оба через одинаковый пептидный линкер с С-концом тяжелых цепей, указанных в подпунктах а) и б). В одном предпочтительном варианте осуществления изобретения указанные два идентичных антигенсвязывающих пептида представляют собой либо scFv-фрагмент, либо scFab-фрагмент.In one of the embodiments of the invention trispecific or tetraspecific antibody contains two identical antigen-binding peptides specified in subparagraph c), which specifically bind to the third antigen. In one preferred embodiment of the invention, two identical antigen-binding peptides are both fused via the same peptide linker to the C-terminus of the heavy chains indicated in subparagraphs a) and b). In one preferred embodiment of the invention, said two identical antigen-binding peptides are either an scFv fragment or a scFab fragment.
В одном из вариантов осуществления изобретения триспецифическое или тетраспецифическое антитело содержит два антигенсвязывающих пептида, указанных в подпункте в), которые специфически связываются с третьи и четвертым антигеном.In one of the embodiments of the invention trispecific or tetraspecific antibody contains two antigen-binding peptides specified in subparagraph c), which specifically bind to the third and fourth antigen.
В одном из вариантов осуществления изобретения указанные два антигенсвязывающих пептида слиты оба через одинаковый пептидный коннектор с С-концом тяжелых цепей, указанных в подпунктах а) и б). В одном предпочтительном варианте осуществления изобретения указанные два антигенсвязывающих пептида представляют собой либо scFv-фрагмент, либо scFab-фрагмент.In one of the embodiments of the invention, these two antigen-binding peptides are both fused through the same peptide connector to the C-terminus of the heavy chains indicated in subparagraphs a) and b). In one preferred embodiment of the invention, said two antigen-binding peptides are either an scFv fragment or a scFab fragment.
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое четырехвалентное антитело, которое содержитIn one embodiment, the multispecific antibody is a bispecific tetravalent antibody that contains
а) две легкие цепи и две тяжелые цепи антитела, которое специфически связывается с первым антигеном (и содержит два Fab-фрагмента),a) two light chains and two heavy chains of an antibody that specifically binds to the first antigen (and contains two Fab fragments),
б) два дополнительных Fab-фрагмента антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором указанные дополнительные Fab-фрагменты оба слиты через пептидный линкер либо с С-, либо с N-концами тяжелых цепей, указанных в подпункте а),b) two additional Fab fragments of an antibody that specifically binds to a second antigen, in which said additional Fab fragments are both fused via a peptide linker to either the C- or N-terminus of the heavy chains specified in subparagraph a),
иand
где в Fab-фрагментах осуществлены следующие модификацииwhere the following modifications have been made in Fab fragments
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), или в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и/или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга,i) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), or in both Fab fragments referred to in subparagraph b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and/or the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other,
илиor
II) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, иii) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other, and
в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, илиin both Fab fragments referred to in b), the VL and VH variable domains are exchanged, or the CL and CH1 constant domains are exchanged, or
III) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга или константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, иiii) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the variable domains VL and VH are exchanged for each other or the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other, and
в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и константные домены CL и СН1 заменены друг на друга, илиin both Fab fragments referred to in b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other, or
IV) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга и в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), константные домены CL и СН1 заменены друг на друга,iv) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the variable domains VL and VH are exchanged for each other and in both Fab fragments indicated in subparagraph b), the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other,
илиor
V) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), константные домены CL и СН1 заменены друг на друга и в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменены друг на друга.V) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the constant domains CL and CH1 are exchanged for each other and in both Fab fragments indicated in subparagraph b), the variable domains VL and VH are exchanged for each other.
В одном из вариантов осуществления изобретения указанные дополнительные Fab-фрагменты слиты оба через пептидный линкер либо с С-концами тяжелых цепей, указанных в подпункте а), либо с N-концами тяжелых цепей, указанных в подпункте а).In one embodiment, said additional Fab fragments are both fused via a peptide linker to either the C-terminus of the heavy chains of subparagraph a) or the N-terminus of the heavy chains of subparagraph a).
В одном из вариантов осуществления изобретения указанные дополнительные Fab-фрагменты слиты оба через пептидный линкер с С-концами тяжелых цепей, указанных в подпункте а).In one of the embodiments of the invention, these additional Fab fragments are both fused via a peptide linker to the C-terminus of the heavy chains specified in subparagraph a).
В одном из вариантов осуществления изобретения указанные дополнительные Fab-фрагменты слиты оба через пептидный коннектор с N-концами тяжелых цепей, указанных в подпункте а).In one of the embodiments of the invention, these additional Fab fragments are both fused through a peptide connector to the N-terminus of the heavy chains specified in subparagraph a).
В одном из вариантов осуществления изобретения в Fab-фрагментах осуществляют следующие модификации:In one of the embodiments of the invention, the following modifications are made to the Fab fragments:
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), или в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменяют друг на друга,i) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), or in both Fab fragments referred to in subparagraph b), the variable domains VL and VH are replaced with each other,
и/илиand/or
константные домены CL и СН1 заменяют друг на друга.constant domains CL and CH1 are replaced with each other.
В одном из вариантов осуществления изобретения в Fab-фрагментах осуществляют следующие модификации:In one of the embodiments of the invention, the following modifications are made to the Fab fragments:
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), вариабельные домены VL и VH заменяют друг на друга и/илиi) in both Fab fragments referred to in subparagraph a), the variable domains VL and VH are substituted for each other and/or
константные домены CL и СН1 заменяют друг на друга.constant domains CL and CH1 are replaced with each other.
В одном из вариантов осуществления изобретения в Fab-фрагментах осуществляют следующие модификации:In one of the embodiments of the invention, the following modifications are made to the Fab fragments:
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте а), константные домены CL и СН1 заменяют друг на друга.I) in both Fab-fragments specified in subparagraph a), the constant domains CL and CH1 are replaced with each other.
В одном из вариантов осуществления изобретения в Fab-фрагментах осуществляют следующие модификации:In one of the embodiments of the invention, the following modifications are made to the Fab fragments:
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), вариабельные домены VL и VH заменяют друг на друга и/илиi) in both Fab fragments referred to in subparagraph b), the variable domains VL and VH are substituted for each other and/or
константные домены CL и СН1 заменяют друг на друга. В одном из вариантов осуществления изобретения в Fab-фрагментах осуществляют следующие модификации:constant domains CL and CH1 are replaced with each other. In one of the embodiments of the invention, the following modifications are made to the Fab fragments:
I) в обоих Fab-фрагментах, указанных в подпункте б), константные домены CL и СН1 заменяют друг на друга.I) in both Fab-fragments specified in subparagraph b), the constant domains CL and CH1 are replaced with each other.
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое четырехвалентное антитело, которое содержит:In one embodiment, the multispecific antibody is a bispecific tetravalent antibody that contains:
а) (модифицированную) тяжелую цепь первого антитела, которое специфически связывается с первым антигеном и содержит первую доменную пару VH-CH1, в котором с С-концом указанной тяжелой цепи слит через пептидный линкер N-конец второй доменной пары VH-CH1 указанного первого антитела,a) a (modified) heavy chain of a first antibody that specifically binds to a first antigen and contains a first VH-CH1 domain pair, in which the N-terminus of the second VH-CH1 domain pair of said first antibody is fused to the C-terminus of said heavy chain via a peptide linker ,
б) две легкие цепи указанного первого антитела, указанного в подпункте а),b) two light chains of the specified first antibody specified in subparagraph a),
в) (модифицированную) тяжелую цепь второго антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном и содержит первую доменную пару VH-CL, в котором с С-концом указанной тяжелой цепи слит через пептидный линкер N-конец второй доменной пары VH-CL указанного второго антитела, иc) a (modified) heavy chain of a second antibody that specifically binds to a second antigen and contains a first VH-CL domain pair, in which the N-terminus of the second VH-CL domain pair of said second antibody is fused to the C-terminus of said heavy chain via a peptide linker , and
г) две (модифицированные) легкие цепи второго антитела, указанного в подпункте в), каждая из которых содержит доменную пару CL-CH1.d) two (modified) light chains of the second antibody in c), each containing a CL-CH1 domain pair.
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое антитело, которое содержит:In one embodiment, the multispecific antibody is a bispecific antibody that contains:
а) тяжелую цепь и легкую цепь первого полноразмерного антитела, которое специфически связывается с первым антигеном, иa) the heavy chain and light chain of the first full-length antibody that specifically binds to the first antigen, and
в) тяжелую цепь и легкую цепь второго полноразмерного антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в котором N-конец тяжелой цепи соединен с С-концом легкой цепи через пептидный линкер.c) a heavy chain and a light chain of a second full-length antibody that specifically binds to a second antigen, in which the N-terminus of the heavy chain is connected to the C-terminus of the light chain via a peptide linker.
Антитело, указанное в подпункте а), не содержит модификацию, указанную в подпункте б), и тяжелая цепь и легкая цепь, указанные в подпункте а), представляют собой выделенные цепи.The antibody in a) does not contain the modification in b) and the heavy chain and light chain in a) are isolated chains.
Во всех объектах изобретения, представленных в настоящем описании, первая легкая цепь содержит VL-домен и CL-домен, а первая тяжелая цепь содержит VH-домен, CH1-домен, шарнирную область, СН2-домен и СН3-домен.In all aspects of the invention presented herein, the first light chain contains a VL domain and a CL domain, and the first heavy chain contains a VH domain, a CH1 domain, a hinge region, a CH2 domain, and a CH3 domain.
В одном из вариантов осуществления изобретения антитело, полученное способом, представленным в настоящем описании, представляет собой мультиспецифическое антитело, которое нуждается в гетеродимеризации по меньшей мере двух полипептидов тяжелых цепей.In one of the embodiments of the invention, the antibody obtained by the method presented in the present description is a multispecific antibody that needs heterodimerization of at least two heavy chain polypeptides.
Несколько подходов к СН3-модификациям, способствующих гетеродимеризации, описано, например, в WO 96/27011, WO 98/050431, ЕР 1870459, WO 2007/110205, WO 2007/147901, WO 2009/089004, WO2010/129304, WO 2011/90754, WO 2011/143545, WO 2012/058768, WO 2013/157954, WO 2013/096291, которые включены в настоящее описание в качестве ссылки. Как правило, в подходах, известных в данной области, СН3-домен первой тяжелой цепи и СН3-домен второй тяжелой цепи оба конструируют комплементарным образом, в результате чего тяжелая цепь, содержащая один из сконструированных СН3-доменов, не может более образовывать гомодимер с другой тяжелой цепью такой же структуры (например, первая тяжелая цепь со сконструированным СН3 не может более образовывать гомодимер с другой первой тяжелой цепью со сконструированным СН3; и вторая тяжелая цепь со сконструированным СН3 не может более образовывать гомодимер с другой второй тяжелой цепью со сконструированным СН3). Таким образом, у первой тяжелой цепи, которая содержит один сконструированный СН3-домен, усиливается способность к гетеродимеризации с другой тяжелой цепью, содержащей СН3-домен, сконструированный комплементарным образом. Согласно этому варианту осуществления изобретения СН3-домен первой тяжелой цепи и СН3-домен второй тяжелой цепи создают комплементарным образом с помощью аминокислотных замен, которые усиливают способность к гетеродимеризации первой тяжелой цепи и второй тяжелой цепи, в то время как первая тяжелая цепь и вторая тяжелая цепь более не могут образовывать гомодимер (например, из-за стерических препятствий).Several approaches to CH3 modifications promoting heterodimerization are described, for example, in WO 96/27011, WO 98/050431, EP 1870459, WO 2007/110205, WO 2007/147901, WO 2009/089004, WO2010/129304, WO 2011/ 90754, WO 2011/143545, WO 2012/058768, WO 2013/157954, WO 2013/096291, which are incorporated herein by reference. Typically, in approaches known in the art, the CH3 domain of the first heavy chain and the CH3 domain of the second heavy chain are both designed in a complementary fashion, whereby a heavy chain containing one of the designed CH3 domains can no longer form a homodimer with the other. a heavy chain of the same structure (e.g., a first CH3 engineered heavy chain can no longer homodimer with another first CH3 engineered heavy chain; and a second CH3 engineered heavy chain can no longer homodimer with another second CH3 engineered heavy chain). Thus, the first heavy chain, which contains a single designed CH3 domain, is enhanced in its ability to heterodimerize with another heavy chain, which contains a complementary designed CH3 domain. According to this embodiment, the CH3 domain of the first heavy chain and the CH3 domain of the second heavy chain are created in a complementary manner with amino acid substitutions that enhance the heterodimerization ability of the first heavy chain and the second heavy chain, while the first heavy chain and the second heavy chain can no longer form a homodimer (eg due to steric hindrance).
В данной области известны различные подходы, способствующие гетеродимеризации тяжелых цепей, которые процитированы и описаны выше, и они рассматриваются в качестве различных альтернатив, применяемых в мультиспецифическом антителе, предлагаемом в изобретении, которое содержит «нескрещенную Fab-область» из первого антитела, которое специфически связывается с первым антигеном, и «скрещенную Fab-область» из второго антитела, которое специфически связывается со вторым антигеном, в сочетании с конкретными аминокислотными заменами, описанными выше в изобретении.Various approaches are known in the art to promote heavy chain heterodimerization as cited and described above, and are considered as various alternatives for use in a multispecific antibody of the invention that contains an "uncrossed Fab region" from a first antibody that specifically binds with the first antigen, and a "crossed Fab region" from a second antibody that specifically binds to the second antigen, in combination with the specific amino acid substitutions described above in the invention.
СН3-домены мультиспецифического антитела, полученного с помощью способа, представленного в настоящем описании, можно изменять с использованием технологии «knob-into-holes» (взаимодействие по типу «выступ-во-впадину»), которая описана подробно с помощью нескольких примеров, например, в WO 96/027011, у Ridgway J.B. и др., Protein Eng 9, 1996, сс. 617-621 и Merchant A.M. и др., Nat Biotechnol 16, 1998, сс. 677-681. При осуществлении этого метода поверхности взаимодействия двух СН3-доменов изменяют с целью повышения гетеродимеризации обеих тяжелых цепей, содержащих два указанных СН3-домена. Каждый из двух СН3-доменов (двух тяжелых цепей) может содержать «выступ», а другой может содержать «впадину». Интродукция дисульфидного мостика дополнительно стабилизирует гетеродимеры (Merchant A.M. и др., Nature Biotech 16, 1998, сс. 677-681; Atwell S. и др., J. Mol. Biol. 270, 1997, сс. 26-35) и повышает выход.The CH3 domains of a multispecific antibody produced by the method described herein can be altered using the "knob-into-holes" technique, which is described in detail with several examples, e.g. , in WO 96/027011, Ridgway J.B. et al., Protein Eng 9, 1996, pp. 617-621 and Merchant A.M. et al., Nat Biotechnol 16, 1998, pp. 677-681. In this method, the interaction surfaces of the two CH3 domains are altered to increase the heterodimerization of both heavy chains containing the two said CH3 domains. Each of the two CH3 domains (two heavy chains) may contain a "ridge" and the other may contain a "trough". The introduction of a disulfide bridge additionally stabilizes heterodimers (Merchant A.M. et al., Nature Biotech 16, 1998, pp. 677-681; Atwell S. et al., J. Mol. Biol. 270, 1997, pp. 26-35) and increases exit.
В одном предпочтительном варианте осуществления изобретения мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутацию T366W в СН3-домене «цепи с «выступами» и мутации T366S, L368A, Y407V в СН3-домене «цепи с впадиной» (нумерация согласно EU-индексу Кэбота). Можно применять также дополнительный межцепочечный дисульфидный мостик между СН3-доменами (Merchant A.M. и др., Nature Biotech 16, 1998, сс. 677-681), например, путем интродукции мутации Y349C в СН3-домен «цепи с «выступами» и мутации Е356С или мутации S354C в СН3-домен «цепи с впадиной». Таким образом, согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутации Y349C и T366W в одном из двух СН3-доменов и мутации Е356С, T366S, L368A и Y407V во втором из двух СН3-доменов, или мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутации Y349C и T366W в одном из двух СН3-доменов и мутации S354C, T366S, L368A и Y407V во втором из двух СН3-доменов (дополнительная мутация Y349C в одном из СН3-доменов и дополнительная мутация Е356С или S354C в другом СН3-домене приводит к образованию межцепочечного дисульфидного мостика) (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).In one preferred embodiment of the invention, the multispecific antibody obtained using the method presented in the present description contains the T366W mutation in the "knob chain" CH3 domain and the T366S, L368A, Y407V mutations in the "gap chain" CH3 domain (numbering according to Cabot's EU index). An additional interchain disulfide bridge between CH3 domains can also be used (Merchant A.M. et al., Nature Biotech 16, 1998, pp. 677-681), for example, by introducing a Y349C mutation in the "knock chain" CH3 domain and an E356C mutation or an S354C mutation in the "gap chain" CH3 domain. Thus, according to another preferred embodiment of the invention, the multispecific antibody obtained using the method presented in the present description contains mutations Y349C and T366W in one of the two CH3 domains and mutations E356C, T366S, L368A and Y407V in the second of the two CH3 domains , or a multispecific antibody obtained using the method presented in the present description, contains mutations Y349C and T366W in one of the two CH3 domains and mutations S354C, T366S, L368A and Y407V in the second of the two CH3 domains (an additional Y349C mutation in one of CH3 domains and an additional E356C or S354C mutation in another CH3 domain leads to the formation of an interchain disulfide bridge) (numbering according to Cabot's EU index).
Однако в альтернативном или дополнительном варианте можно применять также другие варианты технологии «knobs-in-holes», представленные в ЕР 1870459А1. В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутации R409D и К370Е в СН3-домене «цепи с «выступами» и мутации D399K и Е357К в СН3-домене «цепи с впадиной» (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).However, in an alternative or additional embodiment, other variants of the "knobs-in-holes" technology presented in EP 1870459A1 can also be used. In one of the embodiments of the invention, the multispecific antibody obtained using the method presented in the present description, contains mutations R409D and K370E in the CH3 domain of the chain with "lumps" and mutations D399K and E357K in the CH3 domain of the "chain with a trough" (numbering according to Cabot's EU index).
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутацию T366W в СН3-домене «цепи с «выступами» и мутации T366S, L368A и Y407V в СН3-домене «цепи с впадиной» (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).In one of the embodiments of the invention, the multispecific antibody obtained using the method presented in the present description, contains the T366W mutation in the CH3-domain of the chain with "lumps" and mutations T366S, L368A and Y407V in the CH3-domain of the "trough chain" (numbering according to Cabot's EU index).
В одном из вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутации Y349C и T366W в одном из двух СН3-доменов и мутации S354C, T366S, L368A и Y407V во втором из двух СН3-доменов, или мультиспецифическое антитело, полученное с помощью способа, представленного в настоящем описании, содержит мутации Y349C и T366W в одном из двух СН3-доменов и мутации S354C, T366S, L368A и Y407V во втором из двух СН3-доменов и дополнительно содержит мутации R409D и К370Е в СН3-домене «цепи с «выступами» и мутации D399K и Е357К в СН3-домене «цепи с впадиной» (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).In one of the embodiments of the invention, a multispecific antibody obtained using the method presented in the present description contains mutations Y349C and T366W in one of the two CH3 domains and mutations S354C, T366S, L368A and Y407V in the second of the two CH3 domains, or multispecific the antibody obtained using the method presented in the present description contains mutations Y349C and T366W in one of the two CH3 domains and mutations S354C, T366S, L368A and Y407V in the second of the two CH3 domains and additionally contains mutations R409D and K370E in CH3- the “knob chain” domain and the D399K and E357K mutations in the “gap chain” CH3 domain (numbering according to Cabot's EU index).
Помимо технологии «knob-into-hole» в данной области известны другие технологии модификации СН3-доменов тяжелых цепей мультиспецифического антитела для усиления гетеродимеризации. Указанные технологии, прежде всего описанные в WO 96/27011, WO 98/050431, ЕР 1870459, WO 2007/110205, WO 2007/147901, WO 2009/089004, WO 2010/129304, WO 2011/90754, WO 2011/143545, WO 2012/058768, WO 2013/157954 и WO 2013/096291, рассматриваются в настоящем описании в качестве альтернативы технологии «knob-into-hole» касательно мультиспецифического антитела, полученного с помощью способа, указанного в настоящем описании.In addition to the "knob-into-hole" technology, other technologies are known in the art to modify the CH3 domains of the heavy chains of a multispecific antibody to enhance heterodimerization. These technologies are primarily described in WO 96/27011, WO 98/050431, EP 1870459, WO 2007/110205, WO 2007/147901, WO 2009/089004, WO 2010/129304, WO 2011/90754/143,545 WO 2012/058768, WO 2013/157954 and WO 2013/096291 are considered herein as an alternative to the "knob-into-hole" technique for a multispecific antibody produced by the method described herein.
В одном из вариантов всех объектов и вариантов осуществления изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое антитело или триспецифическое антитело. В одном из предпочтительных вариантов осуществления изобретения мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое антитело.In one embodiment of all objects and embodiments of the invention that are presented in the present description, multispecific antibody is a bispecific antibody or trispecific antibody. In one of the preferred embodiments of the invention, the multispecific antibody is a bispecific antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, антитело представляет собой двухвалентное или трехвалентное антитело. В одном из вариантов осуществления изобретения антитело представляет собой двухвалентное антитело.In one of the embodiments of all objects of the invention, which are presented in the present description, the antibody is a divalent or trivalent antibody. In one embodiment, the antibody is a divalent antibody.
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело имеет структуру константного домена, соответствующую антителу IgG-типа. В другом варианте осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG1-подклассу или человеческому IgG1-подклассу с мутациями L234A и L235A. В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgC2-подклассу. В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG3-подклассу. В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG4-подклассу или человеческому IgG4-подклассу с дополнительной мутацией S228P. В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG1-подклассу или человеческому IgG4-подклассу. В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG1-подклассу с мутациями L234A и L235A (нумерация согласно EU-индексу Кэбота). В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG1-подклассу мутациями L234A, L235A и P329G (нумерация согласно EU-индексу Кэбота). В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG4-подклассу с мутациями S228P и L235E (нумерация согласно EU-индексу Кэбота). В одном из дополнительных вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, мультиспецифическое антитело отличается тем, что указанное мультиспецифическое антитело относится к человеческому IgG4-подклассу с мутациями S228P, L235E и P329G (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).In one of the embodiments of all objects of the invention, which are presented in the present description, the multispecific antibody has a constant domain structure corresponding to an IgG-type antibody. In another embodiment of all aspects of the invention as provided herein, the multispecific antibody is characterized in that said multispecific antibody is of the human IgG1 subclass or human IgG1 subclass with the L234A and L235A mutations. In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgC2 subclass. In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG3 subclass. In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG4 subclass or human IgG4 subclass with an additional S228P mutation. In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG1 subclass or human IgG4 subclass. In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG1 subclass with mutations L234A and L235A (numbering according to Cabot's EU index). In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG1 subclass with mutations L234A, L235A and P329G (numbering according to Cabot's EU index). In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG4 subclass with mutations S228P and L235E (numbering according to Cabot's EU index). In one of the additional embodiments of all the objects of the invention that are presented in the present description, the multispecific antibody is characterized in that the specified multispecific antibody belongs to the human IgG4 subclass with mutations S228P, L235E and P329G (numbering according to Cabot's EU index).
В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, антитело, которое содержит тяжелую цепь, включающую СН3-домен, указанный в настоящем описании, содержит дополнительный С-концевой дипептид глицин-лизин (G446 и К447, нумерация согласно EU-индексу Кэбота). В одном из вариантов осуществления всех объектов изобретения, которые представлены в настоящем описании, антитело, которое содержит тяжелую цепь, включающую СН3-домен, указанный в настоящем описании, содержит дополнительный С-концевой остаток глицина (G446, нумерация согласно EU-индексу Кэбота).In one of the embodiments of all the objects of the invention, which are presented in the present description, an antibody that contains a heavy chain that includes the CH3 domain specified in the present description contains an additional C-terminal glycine-lysine dipeptide (G446 and K447, numbering according to EU- Cabot index). In one embodiment of all aspects of the invention as provided herein, an antibody that contains a heavy chain comprising the CH3 domain as defined herein contains an additional C-terminal glycine residue (G446, numbered according to Cabot's EU index).
Биспецифическое трехвалентное антитело к человеческому А-бета/рецептору человеческого трансферринаBispecific trivalent antibody to human A-beta/human transferrin receptor
Указанное антитело представляет собой биспецифическое антитело, состоящее из полноразмерного базового антитела и слитое с Fab-фрагментом, в котором определенные домены «крестообразно» обменены. Таким образом, образовавшееся биспецифическое антитело является несимметричным. Для этой цели биспецифическое антитело получали с использованием технологии гетеродимеризации, обозначенной как «knobs-into-holes», с применением первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию так называемых «выступов» (НС«выступ»), и второй тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию так называемых впадин (НС«впадина»).Said antibody is a bispecific antibody consisting of a full length base antibody and fused to a Fab fragment in which certain domains are cross-exchanged. Thus, the resulting bispecific antibody is asymmetric. For this purpose, a bispecific antibody was prepared using a heterodimerization technique referred to as “knobs-into-holes”, using a first heavy chain with mutations resulting in the formation of so-called “knobs” (HC “knob”) and a second heavy chain with mutations , leading to the formation of so-called depressions (HC "depression").
В этом примере применяли котрансфекцию.In this example, co-transfection was used.
Антитело 0012, антитело 0015, антитело 0020 и антитело 0024 описаны в WO 2017/055540 A1 (SEQ ID NO: 06-09, SEQ ID NO: 01-03 и SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11-13 и SEQ ID NO: 14-17 в WO 2017/055540 A1 соответственно). «выступа», слит через линкер VL-домен, где в Fab VH- и VL-домены обменены (кроссовер доменов VH-VL). Оба Fab без кроссовера доменов полноразмерного антитела были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.Antibody 0012, Antibody 0015, Antibody 0020 and Antibody 0024 are described in WO 2017/055540 A1 (SEQ ID NO: 06-09, SEQ ID NO: 01-03 and SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11-13 and SEQ ID NO: 14-17 in WO 2017/055540 A1 respectively). "ledge", fused via a linker VL-domain, where in the Fab VH- and VL-domains are exchanged (crossover of VH-VL domains). Both Fabs without full-length antibody domain crossover were modified to contain charges to aid in proper assembly.
Антитело 0015 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер VH-домен Fab, где в Fab CH1- и CL-домены обменены (кроссовер доменов CH-CL). Оба Fab без кроссовера доменов полноразмерного антитела были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.Antibody 0015 is a full-length antibody containing one heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough", and one heavy chain with mutations leading to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of " overhang" is fused via a Fab VH-domain linker where the CH1 and CL domains are exchanged in the Fab (CH-CL domain crossover). Both Fabs without full-length antibody domain crossover were modified to contain charges to aid in proper assembly.
Антитело 0020 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер VL-домен одноцепочечного Fab (отсутствие кроссовера доменов). Оба Fab без кроссовера доменов полноразмерного антитела были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.Antibody 0020 is a full-length antibody containing one heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough", and one heavy chain with mutations leading to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of " overhang" fused via a linker VL domain of a single stranded Fab (no domain crossover). Both Fabs without full-length antibody domain crossover were modified to contain charges to aid in proper assembly.
Антитело 0024 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер VH-домен Fab, где в Fab CH1- и CL-домены обменены (кроссовер доменов CH-CL).Antibody 0024 is a full-length antibody containing one heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough" and one heavy chain with mutations leading to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of " overhang" is fused via a Fab VH-domain linker where the CH1 and CL domains are exchanged in the Fab (CH-CL domain crossover).
Для рекомбинантного получения биспецифических антител применяли различное распределение/различную комбинацию соответствующих полипептидов в различных экспрессионных векторах, различные соотношения образовавшихся векторов и различные последовательности для трансфекции.For recombinant production of bispecific antibodies, different distributions/different combinations of the respective polypeptides in different expression vectors, different ratios of generated vectors and different transfection sequences have been used.
ЕС+НС«впадина»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «впадины», и легкую цепь.EC+HC pit: an expression vector that contains one expression cassette for a heavy chain with a pit mutation and a light chain.
LCcross+ HC«BbicTyn»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «выступа», и легкую цепь с кроссовером доменов.LCcross+ HC"BbicTyn": an expression vector that contains a single expression cassette for a heavy chain with a bud mutation and a light chain with a domain crossover.
LC: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для легкой цепи.LC: Expression vector that contains one light chain expression cassette.
LCcross: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для легкой цепи с кроссовером доменов.LCcross: An expression vector that contains a single crossover light chain expression cassette.
НС«выступ»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «выступа», и слитую с scFab.HC Overhang: An expression vector that contains a single heavy chain expression cassette with a overhang mutation fused to a scFab.
Ниже в таблице представлены результаты, полученные с использованием клеток СНО-К1.The table below shows the results obtained using CHO-K1 cells.
Биспецифические антитела получали в небольшом масштабе в клетках CHO-S и распределение побочного продукта анализировали после первой стадии очистки с использованием аффинной хроматографии на белке А и после второй стадии очистки с использованием препаративной гель-фильтрации. Результаты представлены ниже в таблице.Bispecific antibodies were generated on a small scale in CHO-S cells and by-product distribution was analyzed after a first purification step using protein A affinity chromatography and after a second purification step using preparative gel filtration. The results are presented in the table below.
При применении указанного подхода можно получать линию клеток-продуцентов, которая продуцирует гетеродимерное антитело с улучшенным профилем продуктов, т.е. с повышенным количеством продукта и пониженным количеством родственных продукту примесей.Using this approach, it is possible to obtain a producer cell line that produces a heterodimeric antibody with an improved product profile, i.e. with an increased amount of product and a reduced amount of product-related impurities.
Для создания стабильных линий клеток-продуцентов применяли котрансфекцию экспрессионной плазмидой, содержащей кассету экспрессии только для легкой цепи антитела.To create stable producer cell lines, co-transfection with an expression plasmid containing an expression cassette for the antibody light chain only was used.
Клетки СНО-К1 трансфектировли с использованием соотношения плазмид 1(LC): 1(LC+НС«впадина»):3(LCcross+НС«выступ»). Клетки со стабильной интегрированной в их геном чужеродной ДНК отбирали с помощью метотрексата. Стабильные клеточные линии выделяли и оценивали с использованием четырехдневной культуры с подпиткой в отношении качества продукта. Продукт выделяли с помощью аффинной хроматографии на белке А и анализировали с помощью КЭ-ДСН.CHO-K1 cells were transfected using the ratio of plasmids 1(LC): 1(LC+HC"trough"):3(LCcross+HC"trough"). Cells with stable foreign DNA integrated into their genome were selected using methotrexate. Stable cell lines were isolated and evaluated using a four-day fed-batch culture for product quality. The product was isolated by protein A affinity chromatography and analyzed by SDS-CE.
Биспецифическое трехвалентное антитело к человеческому СР20/ рецептору человеческого трансферринаBispecific trivalent antibody to human CP20/human transferrin receptor
Указанное антитело представляет собой биспецифическое антитело, состоящее из полноразмерного базового антитела и слитое с Fab-фрагментом, в котором определенные домены «крестообразно» обменены. Таким образом, образовавшееся биспецифическое антитело является несимметричным. Для этой цели биспецифическое антитело получали с использованием технологии гетеродимеризации, обозначенной как «knobs-into-holes», с применением первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию так называемых «выступов» (НС«выступ»), и второй тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию так называемых впадин (НС«впадина»).Said antibody is a bispecific antibody consisting of a full length base antibody and fused to a Fab fragment in which certain domains are cross-exchanged. Thus, the resulting bispecific antibody is asymmetric. For this purpose, a bispecific antibody was prepared using a heterodimerization technique referred to as “knobs-into-holes”, using a first heavy chain with mutations resulting in the formation of so-called “knobs” (HC “knob”) and a second heavy chain with mutations , leading to the formation of so-called depressions (HC "depression").
В этом примере применяли котрансфекцию.In this example, co-transfection was used.
Антитело 0039, антитело 0041, антитело 0040 и антитело 0042 описаны в WO 2017/055542 Al (SEQ ID NO: 06-09, SEQ ID NO: 01-03 и SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11-13 и SEQ ID NO: 22 и SEQ ID NO: 14-17 в WO 2017/055542 A1 оответственно).Antibody 0039, Antibody 0041, Antibody 0040 and Antibody 0042 are described in WO 2017/055542 Al (SEQ ID NO: 06-09, SEQ ID NO: 01-03 and SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11-13 and SEQ ID NO: 22 and SEQ ID NO: 14-17 in WO 2017/055542 A1, respectively).
Антитело 0038 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию ««выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер scFab. Оба плеча канонического Fab были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.Antibody 0038 is a full-length antibody containing one heavy chain with mutations that lead to the formation of a "trough", and one heavy chain with mutations that lead to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of "ledge", merged through the scFab linker. Both arms of the canonical Fab have been modified to contain charges to aid in proper assembly.
Антитело 0039 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию ««выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер VL-домен Fab, где в Fab VH- и VL-домены обменены (кроссовер доменов VH-VL). Оба Fab с неизмененными доменами были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.Antibody 0039 is a full-length antibody containing one heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough" and one heavy chain with mutations leading to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of "ledge", merged through the Fab VL-domain linker, where in the Fab the VH- and VL-domains are exchanged (VH-VL domain crossover). Both Fabs with unchanged domains have been modified to contain charges to aid in proper assembly.
Антитело 0041 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию ««выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер VH-домен, где в Fab CH1- и CL-домены обменены (кроссовер доменов CH-CL). Обе пары тяжелых и легких цепей полноразмерного антитела, также как Fab, были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке. Оба Fab с неизмененными доменами были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.Antibody 0041 is a full-length antibody containing one heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough", and one heavy chain with mutations leading to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of "ledge", fused through a linker VH-domain, where in the Fab CH1- and CL-domains are exchanged (crossover of CH-CL domains). Both heavy and light chain pairs of the full length antibody, as well as Fab, were modified to contain charges to aid in proper assembly. Both Fabs with unchanged domains have been modified to contain charges to aid in proper assembly.
Антитело 0040 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», и одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию ««выступа», в котором с С-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит через линкер VH Fab, где в Fab CH1- и CL-домены обменены (кроссовер доменов CH-CL).Antibody 0040 is a full length antibody containing one heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough" and one heavy chain with mutations leading to the formation of a "ledge", in which the C-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of overhang, fused via a VH Fab linker where CH1 and CL domains are exchanged in the Fab (CH-CL domain crossover).
Антитело 0042 представляет собой полноразмерное антитело, содержащее одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины», иAntibody 0042 is a full-length antibody containing a single heavy chain with trough mutations and
одну тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию ««выступа», в котором с N-концом тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «выступа», слит CH1 Fab, где в Fab VH- и VL-домены слитой тяжелой цепи обменены (кроссовер доменов VH-VL). Оба Fab с неизмененными доменами были модифицированы таким образом, чтобы они содержали заряды, что способствовало правильной сборке.one heavy chain with mutations leading to the formation of a "lip", in which the N-terminus of the heavy chain with mutations leading to the formation of a "lip" is fused with a CH1 Fab, where in the Fab the VH and VL domains of the fused heavy chain are exchanged ( crossover of VH-VL domains). Both Fabs with unchanged domains have been modified to contain charges to aid in proper assembly.
Для рекомбинантного получения биспецифических антител применяли различное распределение/различную комбинацию соответствующих полипептидов в различных экспрессионных векторах, различные соотношения образовавшихся векторов и различные последовательности для трансфекции.For recombinant production of bispecific antibodies, different distributions/different combinations of the respective polypeptides in different expression vectors, different ratios of generated vectors and different transfection sequences have been used.
ЕС+НС«впадина»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «впадины», и легкую цепь.EC+HC pit: an expression vector that contains one expression cassette for a heavy chain with a pit mutation and a light chain.
LCcross+HC«BbicTyn»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «выступа», и легкую цепь с кроссовером доменов.LCcross+HC"BbicTyn": an expression vector that contains one expression cassette for a heavy chain with a bud mutation and a light chain with a domain crossover.
LC: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для легкой цепи.LC: Expression vector that contains one light chain expression cassette.
LCcross: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для легкой цепи с кроссовером доменов.LCcross: An expression vector that contains a single crossover light chain expression cassette.
НС«выступ»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «выступа», и слитую с scFab.HC Overhang: An expression vector that contains a single heavy chain expression cassette with a overhang mutation fused to a scFab.
Для рекомбинантного получения биспецифических антител в НЕК-клетках применяли различное распределение/различную комбинацию соответствующих полипептидов в различных экспрессионных векторах, различные соотношения образовавшихся векторов и различные последовательности для трансфекции. Результаты представлены ниже в таблице.For recombinant production of bispecific antibodies in HEK cells, different distributions/different combinations of the respective polypeptides in different expression vectors, different ratios of generated vectors and different sequences for transfection were used. The results are presented in the table below.
Для рекомбинантного получения биспецифических антител в клетках СНО-К1 применяли различное распределение/различную комбинацию соответствующих полипептидов в различных экспрессионных векторах, различные соотношения образовавшихся векторов и различные последовательности для трансфекции. Результаты представлены ниже в таблице.For recombinant production of bispecific antibodies in CHO-K1 cells, a different distribution/different combination of the corresponding polypeptides in different expression vectors, different ratios of the resulting vectors and different sequences for transfection were used. The results are presented in the table below.
Биспецифические антитела получали в небольшом масштабе в клетках CHO-S и распределение побочного продукта анализировали после первой стадии очистки с использованием аффинной хроматографии на белке А и после второй стадии очистки с использованием препаративной гель-фильтрации. Результаты представлены ниже в таблице.Bispecific antibodies were generated on a small scale in CHO-S cells and by-product distribution was analyzed after a first purification step using protein A affinity chromatography and after a second purification step using preparative gel filtration. The results are presented in the table below.
Биспецифические антитела получали в различных клеточных линиях. Результаты представлены ниже в таблице.Bispecific antibodies were obtained in various cell lines. The results are presented in the table below.
При применении указанного подхода можно получать линию клеток-продуцентов, которая продуцирует гетеродимерное антитело с улучшенным профилем продуктов, т.е. с повышенным количеством продукта и пониженным количеством родственных продукту примесей.Using this approach, it is possible to obtain a producer cell line that produces a heterodimeric antibody with an improved product profile, i.e. with an increased amount of product and a reduced amount of product-related impurities.
Биспецифическое двухвалентное антитело к человеческому PD1/человеческому Tim3Bispecific bivalent antibody to human PD1/human Tim3
Указанное антитело представляет собой биспецифическое антитело, состоящее из полноразмерного антитела с мутациями «knob-into-hole» в Fc-области и искусственным дисульфидным мостиком между СН3-доменами, в котором в паре тяжелой и легкой цепи, образующей сайт связывания для PD1, VH- и VL-домены заменены друг на друга. Таким образом, образовавшееся биспецифическое антитело является несимметричным. Для этой цели биспецифическое антитело получали с использованием технологии гетеродимеризации, обозначенной как «knobs-into-holes», с использованием первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию так называемых «выступов» (НС«выступ»), и второй тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию так называемых впадин (НС«впадина»). Последовательности описаны в WO 2017/055404 А1The specified antibody is a bispecific antibody consisting of a full-length antibody with “knob-into-hole” mutations in the Fc region and an artificial disulfide bridge between the CH3 domains, in which in the pair of heavy and light chains that form the binding site for PD1, VH- and VL domains are replaced with each other. Thus, the resulting bispecific antibody is asymmetric. For this purpose, a bispecific antibody was prepared using a heterodimerization technique referred to as “knobs-into-holes”, using a first heavy chain with mutations leading to the formation of so-called “knobs” (HC “knob”) and a second heavy chain with mutations , leading to the formation of so-called depressions (HC "depression"). The sequences are described in WO 2017/055404 A1
В этом примере применяли котрансфекцию.In this example, co-transfection was used.
Для этого объединяли несколько версий экспрессионных плазмид с получением клеточной линии, экспрессирующей указанное выше антитело. Эти подходы отличались по комбинации плазмид, но не отличались полученными антителами.To do this, several versions of the expression plasmids were combined to obtain a cell line expressing the above antibody. These approaches differed in the combination of plasmids, but did not differ in the resulting antibodies.
Для получения антитела 0516 осуществляли совместную трансфекцию в соотношении 1:1 применяемым для трансфекции вектором 1, который содержит кассеты экспрессии для первой легкой цепи (LC-1) и первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «впадины» (НС-1-«впадина»), IgG1-подкласса, и вектором 2, который содержит кассеты экспрессии для второй легкой цепи с обменом доменов (CrossLC-2), и второй тяжелой цепи с обменом доменов с мутациями, приводящими к образованию «выступа» (CrossHC-2-«выступ»), IgG1-подкласса.To obtain antibody 0516, co-transfection was carried out in a 1:1 ratio with vector 1 used for transfection, which contains expression cassettes for the first light chain (LC-1) and the first heavy chain with mutations leading to the formation of a "hollow" (HC-1-" trough"), an IgG1 subclass, and
Для получения антитела 0517 осуществляли совместную трансфекцию в соотношении 1:1:1 применяемым для трансфекции вектором 1, который содержит кассеты экспрессии для первой легкой цепи (LC-1) и первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «впадины» (НС-1-«впадина»), IgG1-подкласса, вектором 2, который содержит кассеты экспрессии для второй легкой цепи с обменом доменов (CrossLC-2), и второй тяжелой цепи с обменом доменов с мутациями, приводящими к образованию «выступа» (CrossHC-2-«выступ»), IgG1-подкласса, и вектором 3, который содержит кассету экспрессии для второй легкой цепи с обменом доменов (CrossLC-2).To obtain antibody 0517, a 1:1:1 co-transfection was carried out with vector 1 used for transfection, which contains expression cassettes for the first light chain (LC-1) and the first heavy chain with mutations leading to the formation of a "hollow" (HC-1 - "trough"), IgG1 subclass,
Для получения антитела 0518 осуществляли совместную трансфекцию в соотношении 1:1 применяемым для трансфекции вектором 1, который содержит кассеты экспрессии для второй легкой цепи с обменом доменов (CrossLC-2) и первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «впадины» (НС- 1-«впадина»), IgG1-подкласса, и вектором 2, который содержит кассеты экспрессии для первой легкой цепи (LC-1) и второй тяжелой цепи с обменом доменов с мутациями, приводящими к образованию «выступа» (CrossHC-2-«выступ»), IgG1-подкласса.To obtain antibody 0518, a 1:1 co-transfection was carried out with the vector 1 used for transfection, which contains expression cassettes for the second light chain with domain exchange (CrossLC-2) and the first heavy chain with mutations leading to the formation of a "trough" (HC- 1-"trough"), IgG1-subclass, and
Для получения антитела 0519 осуществляли совместную трансфекцию в соотношении 1:1:1 применяемым для трансфекции вектором 1, который содержит кассеты экспрессии для второй легкой цепи с обменом доменов (CrossLC-2) и первой тяжелой цепи с мутациями, приводящими к образованию «впадины» (НС-1-«впадина»), IgG1-подкласса, вектором 2, который содержит кассеты экспрессии для первой легкой цепи (LC-1) и второй тяжелой цепи с обменом доменов с мутациями, приводящими к образованию «выступа» (CrossHC-2-«BbicTyn»), IgG1-подкласса, и вектором 3, который содержит кассету экспрессии для второй легкой цепи с обменом доменов (CrossLC-2). Результаты представлены ниже в таблице.To obtain antibody 0519, a 1:1:1 co-transfection was carried out with vector 1 used for transfection, which contains expression cassettes for the second light chain with domain exchange (CrossLC-2) and the first heavy chain with mutations leading to the formation of a "hollow" ( HC-1-"hollow"), IgG1-subclass,
Правильно собранное антитело имеет стехиометрию, соответствующую ABCD, где А обозначает вторую тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «выступа» (CrossHC-2-«BbicTyn»), IgG1-подкласса, В обозначает первую тяжелую цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины» (НС-1-«впадина»), IgG1-подкласс, С обозначает вторую легкую цепь с обменом доменов (CrossLC-2), a D обозначает первую легкую цепь (LC-1).A correctly assembled antibody has a stoichiometry corresponding to ABCD, where A denotes the second heavy chain with mutations that lead to the formation of a "ledge" (CrossHC-2-"BbicTyn"), IgG1 subclass, B denotes the first heavy chain with mutations that lead to the formation of " cavities" (HC-1-"cavity"), IgG1 subclass, C denotes the second light chain with an exchange of domains (CrossLC-2), and D denotes the first light chain (LC-1).
В основном образовавшиеся родственные соединению побочные продукты представляли собой неправильно собранные антитела. Два основных побочных продукта оба представляли собой четырехцепочечные антитела. Первое представляло собой гетеро-«впадина»-«выступ»-НС-димер, в котором скрещенная легкая цепь заменена нескрещенной легкой цепью (ABD2). Второе представляло собой гомо-«впадина»-«впадина»-димер полуантитела (B2D2).Most of the related compound by-products formed were misassembled antibodies. The two main by-products were both four chain antibodies. The first was a hetero-"hollow"-"protrusion"-HC-dimer, in which the crossed light chain is replaced by an uncrossed light chain (ABD2). The second was a homo-"cavity"-"cavity"-dimer semi-antibody (B2D2).
Установлено, что при применении для трансфекций дополнительной плазмиды, содержащей только кассету экспрессии для легкой цепи с обменом доменов, можно получать улучшенный результаты, т.е. снижение присутствия родственных продукту побочных продуктов (см. фиг. 1А-1Г).It has been found that when an additional plasmid containing only the domain-swapped light chain expression cassette is used for transfections, improved results can be obtained, ie. reducing the presence of product-related by-products (see FIGS. 1A-1D).
Как продемонстрировано на фиг. 1, можно снижать количество родственных продукту побочных продуктов, прежде всего побочного продукта ABD2. Это одновременно уменьшает потерю продукта в процессе последующих стадий очистки. Например, либо можно уменьшать количество необходимых стадий очистки, либо можно снижать потерю продукта, связанную с перекрыванием пиков и фракционированием (пики в большей степени разделены и их можно «вырезать» с уменьшенной потерей продукта), либо могут иметь место оба этих явления. Таким образом, можно увеличивать получаемый выход.As shown in FIG. 1, it is possible to reduce the amount of product-related by-products, especially the by-product ABD2. This simultaneously reduces product loss during subsequent purification steps. For example, either the number of purification steps needed can be reduced, or the product loss associated with peak overlap and fractionation can be reduced (the peaks are more separated and can be "cut out" with reduced product loss), or both. Thus, the output obtained can be increased.
При применении указанного подхода можно получать линию клеток-продуцентов, которая продуцирует гетеродимерное антитело с улучшенным профилем продуктов, т.е. с повышенным количеством продукта и пониженным количеством родственных продукту примесей.Using this approach, it is possible to obtain a producer cell line that produces a heterodimeric antibody with an improved product profile, i.e. with an increased amount of product and a reduced amount of product-related impurities.
Биспецифическое четырехвалентное антитело к человеческому FAP/DR5Bispecific quadrivalent antibody to human FAP/DR5
Биспецифические антитела к FAP-DR5 создавали путем слияния FAP-связывающего домена с тяжелой цепь анти-DRS IgG на С-конце через линкер (G4S)4. Соответствующая антителу к DR5 часть состояла из вариабельной легкой цепи (VL) и вариабельной тяжелой цепи (VH) дрозитумаба (см. US 2007/003141401) или новых антител к DR5, созданных с помощью фагового дисплея. Для минимизации количества побочных продуктов в виде неправильно спаренных легких цепей применяли CrossMab-технологию для кроссовера доменов. FAP-связывающий модуль создавали в виде скрещенного Fab, в котором VH-домен слит с константной легкой цепью (CL) и VL-домен слит с СН1-доменом (константная тяжелая цепь 1). Последовательности описаны в WO 2016/055432.Bispecific antibodies to FAP-DR5 were generated by fusion of the FAP-binding domain to the heavy chain of anti-DRS IgG at the C-terminus via a (G4S)4 linker. The corresponding DR5 antibody portion consisted of the variable light chain (VL) and variable heavy chain (VH) of drositumab (see US 2007/003141401) or novel anti-DR5 antibodies generated by phage display. CrossMab domain crossover technology was used to minimize mismatched light chain by-products. The FAP binding module was designed as a crossed Fab in which the VH domain is fused to the constant light chain (CL) and the VL domain is fused to the CH1 domain (constant heavy chain 1). The sequences are described in WO 2016/055432.
В этом примере применяли котрансфекцию.In this example, co-transfection was used.
Соответствующие полипептидам кассеты экспрессии распределяли в различные экспрессионные векторы.Expression cassettes corresponding to the polypeptides were distributed into various expression vectors.
ЕС+НС«впадина»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «впадины», и легкую цепь.EC+HC pit: an expression vector that contains one expression cassette for a heavy chain with a pit mutation and a light chain.
LCcross+HC«BbicTyn»: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для тяжелой цепи с мутацией, приводящей к образованию «выступа», и легкую цепь с кроссовером доменов.LCcross+HC"BbicTyn": an expression vector that contains one expression cassette for a heavy chain with a bud mutation and a light chain with a domain crossover.
LC: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для легкой цепи.LC: Expression vector that contains one light chain expression cassette.
LCcross: экспрессионный вектор, который содержит одну кассету экспрессии для легкой цепи с кроссовером доменов.LCcross: An expression vector that contains a single crossover light chain expression cassette.
Клон 131 получали с помощью стандартной трансфекции двумя плазмидами, каждая из которых содержала две кассеты экспрессии для экспрессии биспецифического антитела (полноразмерное антитело с каждым одним из CH1/CL cross-Fab, присоединенным к каждому из С-концов тяжелых цепей).
Этот клон продуцировал продукты следующего состава.This clone produced products of the following composition.
Указанный клон применяли в качестве основного клона для второй трансфекции с использованием плазмиды, которая содержала только скрещенную легкую цепь FAP-связывающего сайта.This clone was used as the master clone for the second transfection using a plasmid that only contained a crossed FAP binding site light chain.
Ниже в таблице в качестве примера представлены характеристики некоторых полученных клонов.The table below shows, by way of example, the characteristics of some clones obtained.
Результаты, полученные с помощью КЭ-ДСН (231=5/6 антитела; 242=мономер), представлены ниже в таблице и на фиг. 2.The results obtained by SDS-CE (231=5/6 antibody; 242=monomer) are shown in the table below and in FIG. 2.
При применении указанного подхода можно получать линию клеток-продуцентов, которая продуцирует гетеродимерное антитело с улучшенным профилем продуктов, т.е. с повышенным количеством продукта и пониженным количеством родственных продукту примесей.Using this approach, it is possible to obtain a producer cell line that produces a heterodimeric antibody with an improved product profile, i.e. with an increased amount of product and a reduced amount of product-related impurities.
Общие методы рекомбинации и композиции, применяемые для получения антителGeneral methods of recombination and compositions used to obtain antibodies
Антитела можно получать, используя методы рекомбинации и композиции, например, описанные в US №4816567. При осуществлении этих методов получают одну или несколько выделенную(ых) нуклеиновую(ых) кислоту(т), кодирующую(ие) антитело.Antibodies can be obtained using recombination and composition techniques such as those described in US No. 4,816,567. When implementing these methods, one or more isolated(s) nucleic acid(s) encoding(s) the antibody is obtained.
В случае нативного антитела или фрагмента нативного антитела требуется две нуклеиновые кислоты, она для легкой цепи или ее фрагмента и одна для тяжелой цепи или ее фрагмента. Указанная(ые) нуклеиновая(ые) кислота(ы) кодирует(ют) аминокислотную последовательность, содержащую VL, и/или аминокислотную последовательность, содержащую VH антитела (например, легкой(их) и/или тяжелой(ых) цепи(ей) антитела). Эти нуклеиновые кислоты могут находиться в одном экспрессионном векторе или в различных экспрессионных векторах.In the case of a native antibody or native antibody fragment, two nucleic acids are required, one for the light chain or fragment thereof and one for the heavy chain or fragment thereof. Said nucleic acid(s) encode(s) an amino acid sequence containing the VL and/or an amino acid sequence containing the VH of an antibody (for example, an antibody light(s) and/or heavy chain(s) ). These nucleic acids may be in the same expression vector or in different expression vectors.
В случае биспецифического антитела с гетеродимерными тяжелыми цепями требуется четыре нуклеиновые кислоты, одна для первой легкой цепи, одна для второй легкой цепи, которая содержит первый гетеромономерный полипептид Fc-области, одна для второй легкой цепи и одна для второй тяжелой цепи, которая содержит второй гетеромономерный полипептид Fc-области. Например, одна гетеродимерная тяжелая цепь содержит так называемые «мутации, приводящие к образованию «выступов»» (T366W и необязательно одна из S354C или Y349C), а другая содержит так называемые «мутации, приводящие к образованию «впадины» (T366S, L368A и Y407V и необязательно Y349C или S354C) (см., например, Carter Р. и др., Immunotechnol. 2, 1996, с. 73). Указанная(ые) нуклеиновая(ые) кислота(ы) кодирует(ют) аминокислотную последовательность, которая содержит первый VL, и/или аминокислотную последовательность, которая содержит первый VH, включающий первую гетеромономерную Fc-область, и/или аминокислотную последовательность, которая содержит второй VL, и/или аминокислотную последовательность,In the case of a heterodimeric heavy chain bispecific antibody, four nucleic acids are required, one for the first light chain, one for the second light chain, which contains the first heteromonomeric Fc region polypeptide, one for the second light chain, and one for the second heavy chain, which contains the second heteromonomeric Fc region polypeptide. For example, one heterodimeric heavy chain contains so-called "knob mutations" (T366W and optionally one of S354C or Y349C) and another contains so-called "trough mutations" (T366S, L368A and Y407V and optionally Y349C or S354C) (see, for example, Carter P. et al., Immunotechnol. 2, 1996, p. 73). Said nucleic acid(s) encode(s) an amino acid sequence that contains a first VL and/or an amino acid sequence that contains a first VH that includes a first heteromonomeric Fc region and/or an amino acid sequence that contains second VL, and/or amino acid sequence,
которая содержит второй VH, включающий вторую гетеромономерную Fc-область антитела (например, первую и/или вторую легкую и/или первую и/или вторую тяжелые цепи антитела). Указанные нуклеиновые кислоты могут находиться в одном экспрессионном векторе или в различных экспрессионных векторах, как правило, эти нуклеиновые кислоты локализованы в двух или трех экспрессионных векторах, т.е. один вектор может содержать более одной из указанных нуклеиновых кислот.Примерами таких биспецифических антител являются CrossMab и Т-клеточные биспецифические антитела.which contains a second VH, including a second heteromonomeric Fc region of the antibody (for example, the first and/or second light and/or the first and/or second heavy chains of the antibody). These nucleic acids can be located in one expression vector or in different expression vectors, as a rule, these nucleic acids are localized in two or three expression vectors, i. one vector may contain more than one of these nucleic acids. Examples of such bispecific antibodies are CrossMab and T-cell bispecific antibodies.
Одним из вариантов осуществления изобретения являются выделенные нуклеиновые кислоты, кодирующие антитело, которое применяют в способах, представленных в настоящем описании.One of the embodiments of the invention are selected nucleic acids encoding the antibody, which is used in the methods presented in the present description.
Следующим вариантом осуществления изобретения является(ются) один или несколько векторов (например, экспрессионных векторов), который(ые) содержит(ат) указанную(ые) нуклеиновую(ые) кислоту(ы).The following embodiment of the invention is(are) one or more vectors (eg, expression vectors), which(s) contains(at) the specified(s) nucleic acid(s).
Следующим вариантом осуществления изобретения является клетка-хозяин, содержащая указанную(ые) нуклеиновую(ые) кислоту(ы).The next embodiment of the invention is a host cell containing the specified(s) nucleic(s) acid(s).
В одном из указанных вариантов осуществления изобретения клетка-хозяин содержит (например, трансформирована):In one of these embodiments of the invention, the host cell contains (for example, transformed):
- в случае нативного антитела или фрагмента нативного антитела:- in the case of a native antibody or native antibody fragment:
(1) вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую VL антитела, и аминокислотную последовательность, содержащую VH антитела, или(1) a vector containing a nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing the VL of the antibody and an amino acid sequence containing the VH of the antibody, or
(2) первый вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую VL антитела, и второй вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую VH антитела;(2) a first vector containing a nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing an antibody VL and a second vector containing a nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing an antibody VH;
- в случае биспецифического антитела с гетеродимерными тяжелыми цепями:- in the case of a bispecific antibody with heterodimeric heavy chains:
(1) первый вектор, содержащий первую пару нуклеиновых кислот, которые кодируют аминокислотные последовательности одной из них, содержащей первый VL, и другой, содержащей первый VH антитела, и второй вектор, содержащий вторую пару нуклеиновых кислот, которые кодируют аминокислотные последовательности одной из них, содержащей второй VL, и другой, содержащей второй VH антитела, или(1) a first vector containing a first pair of nucleic acids that encode the amino acid sequences of one of them containing the first VL and the other containing the first VH of the antibody, and a second vector containing a second pair of nucleic acids that encode the amino acid sequences of one of them, containing a second VL and another containing a second VH antibody, or
(2) первый вектор, содержащий первую нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую один из вариабельных доменов (предпочтительно вариабельный домен легкой цепи), второй вектор, содержащий пару нуклеиновых кислот, которые кодируют аминокислотные последовательности одной из них, содержащей вариабельный домен легкой цепи, и другой, содержащей вариабельный домен первой тяжелой цепи, и третий вектор, содержащий пару нуклеиновых кислот, которые кодируют аминокислотные последовательности одной из них, содержащей соответствующий вариабельный домен легкой цепи, отличный от присутствующего во втором векторе, и другой их них, содержащей вариабельный домен второй тяжелой цепи, или(2) a first vector containing a first nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing one of the variable domains (preferably a light chain variable domain), a second vector containing a pair of nucleic acids that encodes the amino acid sequences of one of them containing a light chain variable domain , and the other containing the variable domain of the first heavy chain, and the third vector containing a pair of nucleic acids that encode the amino acid sequences of one of them containing the corresponding light chain variable domain different from that present in the second vector, and the other of them containing the variable domain second heavy chain, or
(3) первый вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую первый VL антитела, второй вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую первый VH антитела, третий вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую второй VL антитела, и четвертый вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, которая кодирует аминокислотную последовательность, содержащую второй VH антитела.(3) a first vector containing a nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing the first VL of an antibody, a second vector containing a nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing the first VH of an antibody, a third vector containing a nucleic acid that encodes an amino acid sequence containing the second VL of the antibody; and the fourth vector containing the nucleic acid that encodes the amino acid sequence containing the second VH of the antibody.
В одном из вариантов осуществления изобретения клетка-хозяин является эукариотической, например, представляет собой клетку яичника китайского хомячка (СНО) или лимфоидную клетку (например, Y0-, NS0-, Sp20-клетку). Одним из вариантов осуществления изобретения является способ получения анти-[PRO]] антитела, где способ включает культивирование клетки-хозяина, которая содержит нуклеиновые кислоты, кодирующие антитело, описанное выше, в условиях, пригодных для экспрессии антитела, и необязательно выделение антитела из клетки-хозяина (или среды для культивирования клетки-хозяина).In one embodiment, the host cell is eukaryotic, eg, a Chinese Hamster Ovary (CHO) cell or a lymphoid cell (eg, Y0-, NS0-, Sp20 cell). One embodiment of the invention is a method for producing an anti-[PRO]] antibody, wherein the method comprises culturing a host cell that contains nucleic acids encoding the antibody described above under conditions suitable for expressing the antibody, and optionally isolating the antibody from the cell. host (or medium for culturing the host cell).
Для рекомбинантного получения анти-[[PRO]] антитела нуклеиновые кислоты, кодирующие антитело, например, описанное выше, выделяют и встраивают в один или несколько векторов для дальнейшего клонирования и/или экспрессии в клетке-хозяине. Указанные нуклеиновые кислоты легко можно выделять и секвенировать с использованием общепринятых процедур (например, путем использования олигонуклеотидных зондов, которые обладают способностью специфически связываться с генами, кодирующими тяжелые и легкие цепи антитела), или получать методами рекомбинации, или получать с помощью химического синтеза.For recombinant production of anti-[[PRO]] antibodies, nucleic acids encoding an antibody, such as those described above, are isolated and inserted into one or more vectors for further cloning and/or expression in a host cell. These nucleic acids can be easily isolated and sequenced using conventional procedures (for example, by using oligonucleotide probes that have the ability to specifically bind to genes encoding antibody heavy and light chains), or obtained by recombination methods, or obtained by chemical synthesis.
Приемлемые клетки-хозяева для клонирования или экспрессии кодирующих антитело векторов включают прокариотические или эукариотические клетки, представленные в настоящем описании. Например, антитела можно получать в бактериях, в частности, когда не требуется гликозилирование и связанная с Fc эффекторная функция. Сведения об экспрессии фрагментов антител и полипептидов в бактериях см. например, в US №5648237, US №5789199 и US №5840523 (см. также у Charlton К.А. в: Methods in Molecular Biology, под ред. Lo В.К.С, изд-во Humana Press, Totowa, NJ, т.248, 2003, сс. 245-254 описание экспрессии фрагментов антител в Е. coli.) После экспрессии антитело можно выделять из пасты бактериальных клеток в виде растворимой фракции и можно дополнительно очищать.Suitable host cells for cloning or expression of antibody-encoding vectors include prokaryotic or eukaryotic cells as described herein. For example, antibodies can be produced in bacteria, particularly when glycosylation and Fc-related effector function are not required. For information on the expression of antibody fragments and polypeptides in bacteria, see, for example, US No. 5648237, US No. 5789199 and US No. 5840523 (see also Charlton K.A. in: Methods in Molecular Biology, edited by Lo B.K. C, Humana Press, Totowa, NJ, vol.248, 2003, pp. 245-254 for a description of the expression of antibody fragments in E. coli.) After expression, the antibody can be isolated from the bacterial cell paste as a soluble fraction and can be further purified .
Помимо прокариотических организмов в качестве хозяев, пригодных для клонирования или экспрессии векторов, которые кодируют антитела, можно использовать эукариотические микроорганизмы, такие как нитчатые грибы или дрожжи, включая штаммы грибов и дрожжей, пути гликозилирования которых были «гуманизированы», что позволяет получать антитело с частично или полностью человеческой схемой гликозилирования (см. Gerngross T.U., Nat. Biotech. 22, 2004, сс. 1409-1414 и Li Н. и др., Nat. Biotech. 24, 2006, сс. 210-215).In addition to prokaryotic organisms, eukaryotic microorganisms such as filamentous fungi or yeasts, including strains of fungi and yeasts whose glycosylation pathways have been "humanized" can be used as hosts suitable for cloning or expression of vectors that encode antibodies, which makes it possible to obtain an antibody with partially or a fully human glycosylation scheme (see Gerngross T.U., Nat. Biotech. 22, 2004, pp. 1409-1414 and Li H. et al., Nat. Biotech. 24, 2006, pp. 210-215).
Клетки-хозяева, которые можно использовать для экспрессии гликозилированного антитела, получают также из многоклеточных организмов (беспозвоночных и позвоночных животных). Примерами клеток беспозвоночных являются клетки насекомых, а также можно применять клетки растений. Были выявлены многочисленные штаммы бакуловирусов и соответствующие пригодные для них в качестве хозяев клетки насекомых, прежде всего для трансфекции клеток Spodoptera frugiperda.Host cells that can be used to express the glycosylated antibody are also obtained from multicellular organisms (invertebrates and vertebrates). Examples of invertebrate cells are insect cells, and plant cells can also be used. Numerous strains of baculoviruses and corresponding suitable insect cells as hosts have been identified, primarily for transfection of Spodoptera frugiperda cells.
В качестве хозяев можно применять также культуры растительных клеток (см., например, US №5959177, US №6040498, US №6420548, US №7125978 и US № 6417429 (описание технологии PLANTIBODIES™ для получения антител в трансгенных растениях)).Plant cell cultures can also be used as hosts (see, for example, US No. 5959177, US No. 6040498, US No. 6420548, US No. 7125978 and US No. 6417429 (a description of the PLANTIBODIES™ technology for producing antibodies in transgenic plants)).
В качестве хозяев можно применять также клетки позвоночных. Например, можно использовать клеточные линии млекопитающих, которые адаптированы к росту в суспензии. Другими примерами приемлемых линий клеток-хозяев млекопитающих являются линия клеток почки обезьяны CV1, трансформированная с помощью ОВ40 (COS-7); линия клеток почки эмбриона человека (НЕК 293-клетки или клетки линии 293, описанные, например, у Graham F.L. и др., J. Gen. Virol., 36, 1977, сс. 59-74); клетки почки детеныша хомяка (ВНК); клетки Сертоли мыши (ТМ4-клетки, описанные, например, у Mather J.P., Biol. Reprod., 23, 1980, сс. 243-251); клетки почки обезьяны (CV1); клетки почки африканской зеленой мартышки (VERO-76,); клетки карциномы шейки матки человека (HELA); клетки почки собаки (MDCK); клетки печени бычьей крысы (BRL 3А); клетки легкого человека (W138); клетки печени человека (Hep G2); клетки опухоли молочной железы мыши (ММТ 060562); клетки TRI, описанные, например, у Mather J.Р. и др., Annals N.Y. Acad. Sci., 383, 1982, сс. 44-68); клетки MRC 5 и клетки FS4. Другими ценными линиями клеток-хозяев млекопитающих являются клетки яичника китайского хомячка (СНО), включая DHFR -CHO-клетки (Urlaub G. и др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77, 1980, сс. 4216-4220); и клеточные линии миеломы, такие как Y0, NS0 и Sp2/0. Обзор конкретных линий клеток-хозяев млекопитающих, которые можно применять для производства антител, см., например, у Yazaki Р. и Wu A.M., в: Methods in Molecular Biology под ред. В.К.С. Lo, изд-во Humana Press, Totowa, NJ, т. 248, 2003, сс. 255-268.Vertebrate cells can also be used as hosts. For example, mammalian cell lines that are adapted to growth in suspension can be used. Other examples of suitable mammalian host cell lines are the CV1 monkey kidney cell line transformed with OB40 (COS-7); a human embryonic kidney cell line (HEK 293 cells or 293 cell line, described, for example, in Graham, F. L. et al., J. Gen. Virol., 36, 1977, pp. 59-74); baby hamster kidney cells (BHK); mouse Sertoli cells (TM4 cells described, for example, in Mather J.P., Biol. Reprod., 23, 1980, pp. 243-251); monkey kidney cells (CV1); African green monkey kidney cells (VERO-76); human cervical carcinoma (HELA) cells; dog kidney cells (MDCK); bovine rat liver cells (BRL 3A); human lung cells (W138); human liver cells (Hep G2); mouse mammary tumor cells (MMT 060562); TRI cells described, for example, in Mather J.P. et al., Annals N.Y. Acad. Sci., 383, 1982, pp. 44-68);
Краткое описание чертежейBrief description of the drawings
На чертежах показано:The drawings show:
на фиг. 1 результаты общей ионной ESI-MC после дегликозилирования антител для следующих вариантов:in fig. 1 total ionic ESI-MS results after antibody deglycosylation for the following options:
(A) трансфекция 0516;(A) transfection 0516;
(Б) трансфекция 0517;(B) transfection 0517;
(B) трансфекция 0518;(B) transfection 0518;
(Г) трансфекция 0519;(D) transfection 0519;
А: вторая тяжелая цепь с мутациями, приводящими к образованиюA: second heavy chain with mutations leading to the formation
«выступа» (CrossHC-2-«BbicTyn»), IgG1-подкласса; Б: первая тяжелая цепь с мутациями, приводящими к образованию «впадины» (НС-1-«впадина»), IgG1-подкласса; В: вторая легкая цепь с обменом доменов (CrossLC-2), Г: первая легкая цепь (LC-1);"protrusion" (CrossHC-2-"BbicTyn"), IgG1 subclass; B: the first heavy chain with mutations leading to the formation of a "hollow" (HC-1 - "hollow"), IgG1 subclass; B: second light chain with domain exchange (CrossLC-2), D: first light chain (LC-1);
на фиг. 2 относительное содержание мономера (А) и побочного продукта в виде 5/6 антитела (Б) при применении референс-клона 0131 и клонов, полученных с помощью способа, представленного в настоящем описании, по данным, полученным с помощью КЭ-ДСН.in fig. 2 relative content of monomer (A) and by-product in the form of 5/6 antibodies (B) when using the reference clone 0131 and clones obtained using the method presented in the present description, according to data obtained using CE-SDS.
ПримерыExamples
Ниже представлены примеры способов и композиций, предлагаемых в изобретении. Как должно быть очевидно, можно воплощать на практике различные другие варианты осуществления изобретения с учетом представленного выше описания изобретения в целом.The following are examples of the methods and compositions of the invention. As should be obvious, various other embodiments of the invention may be practiced in view of the above description of the invention as a whole.
Материалы и общие методыMaterials and General Methods
Общую информацию, касающуюся нуклеотидных последовательностей легких и тяжелых цепей человеческих иммуноглобулинов, см. у: Kabat Е.А. и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-е изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991. Аминокислоты цепей антител нумеровали и обозначали в соответствии с системой нумерации Кэбота (Kabat Е.А. и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-е изд., изд-во Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)For general information regarding the nucleotide sequences of human immunoglobulin light and heavy chains, see: Kabat E.A. et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991. Antibody chain amino acids were numbered and labeled according to the Kabat numbering system (Kabat E A. et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)
Методы рекомбинантной ДНКRecombinant DNA methods
Для манипуляций с ДНК использовали стандартные методы, описанные у Sambrook J. и др., Molecular cloning: A laboratory manual; изд-во Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989. Реагенты для молекулярной биологии применяли согласно инструкциям производителей.For DNA manipulation, standard methods were used as described in Sambrook J. et al., Molecular cloning: A laboratory manual; Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989. Molecular biology reagents were used according to the manufacturer's instructions.
Синтез геновGene synthesis
Требуемые сегменты генов создавали из олигонуклеотидов, полученных с помощью химического синтеза. Длинные сегменты генов, фланкированные единичными сайтами, распознаваемыми рестрикционными эндонуклеазами, собирали путем отжига и лигирования олигонуклеотидов, включая ПЦР-амплификацию и последующее клонирование через указанные сайты рестрикции. Последовательности ДНК субклонированных фрагментов генов подтверждали ДНК-секвенированием. Синтез фрагментов генов заказывали в соответствии с данными спецификациями на фирме Geneart (Регенсбург, Германия).The desired gene segments were created from oligonucleotides obtained by chemical synthesis. Long gene segments flanked by single sites recognized by restriction endonucleases were assembled by annealing and oligonucleotide ligation, including PCR amplification and subsequent cloning through the indicated restriction sites. The DNA sequences of the subcloned gene fragments were confirmed by DNA sequencing. Synthesis of gene fragments was ordered in accordance with these specifications from Geneart (Regensburg, Germany).
Определение последовательности ДНКDNA sequencing
Последовательности ДНК определяли путем секвенирования двух цепей, которое осуществляли на фирме MediGenomix GmbH (Мартинсрид, Германия) или на фирме SequiServe GmbH (Фатерштеттен, Германия).DNA sequences were determined by double strand sequencing, which was carried out by MediGenomix GmbH (Martinsried, Germany) or by SequiServe GmbH (Vaterstetten, Germany).
Анализ последовательностей ДНК и белков и обработка данных о последовательностяхAnalysis of DNA and protein sequences and processing of sequence data
Пакет программ GCG (фирма Genetics Computer Group, Мэдисон, шт. Висконсин), версия 10.2 и Infomax's Vector NT1 Advance suite, версия 8.0 применяли для создания, картирования, анализа, аннотирования и иллюстрации последовательностей.GCG (Genetics Computer Group, Madison, WI), version 10.2 and Infomax's Vector NT1 Advance suite, version 8.0 were used to create, map, analyze, annotate, and illustrate sequences.
Экспрессионные векторыExpression vectors
Для экспрессии описанных биспецифических антител можно применять экспрессионные векторы для кратковременной экспрессии (например, в НЕК293-клетках), основанные на структуре кДНК с промотором CMV, содержащим или несодержащим интрон А, или на геномной структуре с промотором CMV.Expression vectors for transient expression (eg, in HEK293 cells) based on a cDNA structure with a CMV promoter with or without intron A, or a genomic structure with a CMV promoter can be used to express the described bispecific antibodies.
Помимо кассеты экспрессии для антитела векторы содержат:In addition to the expression cassette for the antibody, the vectors contain:
сайт инициации репликации, который обеспечивает репликацию этого вектора в Е. coli, иan origin of replication that allows the vector to replicate in E. coli, and
ген р-лактамазы, который придает устойчивость к ампициллину Е. coli.p-lactamase gene, which confers ampicillin resistance in E. coli.
Транскрипционная единица гена антитела состоит из следующих элементов:The transcription unit of an antibody gene consists of the following elements:
уникальный(ые) сайт(ы) рестрикции на 5'-конце, немедленно-ранний энхансер и промотор из человеческого цитомегаловируса,unique restriction site(s) at the 5' end, immediate early enhancer and promoter from human cytomegalovirus,
последовательность интрона А в случае структуры на основе кДНК, 5'-нетранслируемая область из гена человеческого антитела, сигнальная последовательность тяжелой цепи иммуноглобулина, нуклеиновая кислота, кодирующая соответствующую цепь антитела либо в виде структуры кДНК, либо геномной экзон-интронной структурой, 3'-нетранслируемая область с последовательностью сигнала полиаденилирования и уникальный(ые) сайт(ы) рестрикции на 3'-конце.intron A sequence in the case of a cDNA-based structure, 5'-untranslated region from a human antibody gene, immunoglobulin heavy chain signal sequence, nucleic acid encoding the corresponding antibody chain either as a cDNA structure or genomic exon-intron structure, 3'-untranslated a region with a polyadenylation signal sequence and a unique restriction site(s) at the 3' end.
Слитые гены, кодирующие цепи антител, создавали с помощью ПЦР и/или синтеза генов и собирали с использованием известных методов и технологий рекомбинации путем соединения сегментов нуклеиновых кислот, например, используя уникальные сайты рестрикции в соответствующих векторах. Последовательности субклонированных нуклеиновых кислот подтверждали секвенированием ДНК. Для кратковременных трансфекций получали большие количества векторов с использованием препаратов векторов из трансформированных культур Е. coli (фирмы Nucleobond АХ, Macherey-Nagel).Fusion genes encoding antibody chains were generated by PCR and/or gene synthesis and assembled using known recombination techniques and techniques by joining nucleic acid segments, for example using unique restriction sites in appropriate vectors. The subcloned nucleic acid sequences were confirmed by DNA sequencing. For short term transfections, large numbers of vectors were prepared using vector preparations from transformed E. coli cultures (Nucleobond AX, Macherey-Nagel).
Для всех конструкций применяли технологию гетеродимеризации «выступ-во-впадину» с типичной заменой, приводящей к образованию «выступа» (T366W) в первом СН3-домене, и соответствующими заменами, приводящими к образованию «впадины» (T366S, L368A и Y407V) во втором СН3-домене (а также с двумя интродуцированными остатками цистеина S354C/Y349'C) (которые находились в соответствующих последовательностях тяжелых цепей (НС), указанных выше).All constructs used a trough-to-trough heterodimerization technique with a typical trough-forming substitution (T366W) in the first CH3 domain and corresponding trough-forming substitutions (T366S, L368A, and Y407V) at second CH3 domain (as well as two introduced cysteine residues S354C/Y349'C) (which were in the respective heavy chain (HC) sequences above).
Методики культивирования клетокCell culture techniques
Применяли стандартные методики культивирования клеток, описанные в: Current Protocols in Cell Biology, под ред. Bonifacino J.S., Dasso M., Harford J.В., Lippincott-Schwartz J. и Yamada K.M., изд-во John Wiley & Sons, Inc., 2000.Standard cell culture techniques were used as described in Current Protocols in Cell Biology, ed. Bonifacino J.S., Dasso M., Harford J.B., Lippincott-Schwartz J. and Yamada K.M., John Wiley & Sons, Inc., 2000.
Кратковременные трансфекции в системе HEK293-FShort-term transfections in the HEK293-F system
Биспецифические антитела получали путем кратковременной экспрессии. Для этой цели осуществляли трансфекцию соответствующими векторами, используя систему HEK293-F (фирма Invitrogen) согласно инструкции производителя. В целом, метод состоял в следующем: клетки HEK293-F (фирма Invitrogen), растущие в суспензии либо во встряхиваемой колбе, либо в ферментере с перемешиванием в бессывороточной среде для экспрессии FreeStyle™ 293 (фирма Invitrogen), трансфектировали смесью соответствующих экспрессионных векторов и 293fectin™ или фектина (фирма Invitrogen). При применении 2-литровой встряхиваемой колбы (фирма Corning) клетки HEK293-F высевали с плотностью 1,0х106 клеток/мл в 600 мл и инкубировали при 120 об/мин в атмосфере с 8% СО2. На следующий день клетки трансфектировали при плотности клеток примерно 1,5×106 клеток/мл, используя примерно 42 мл смеси А) 20 мл среды Opti-MEM (фирма Invitrogen), содержащей 600 мкг общей векторной ДНК (1 мкг/мл), и Б) 20 мл среды Opti-MEM, дополненной 1,2 мл 293fectin™ или фектина (2 мкл/мл). Из-за того, что имело место поглощение глюкозы, в процессе ферментации добавляли раствор глюкозы. Супернатант, содержащий секретированное антитело, собирали через 5-10 дней и антитела либо очищали непосредственно из супернатанта, либо супернатант замораживали и хранили. Определение белковBispecific antibodies were obtained by transient expression. For this purpose, transfection with the appropriate vectors was carried out using the HEK293-F system (Invitrogen) according to the manufacturer's instructions. In summary, the method was as follows: HEK293-F cells (Invitrogen) grown in suspension either in a shake flask or in a stirred fermenter in serum-free FreeStyle™ 293 expression medium (Invitrogen) were transfected with a mixture of the appropriate expression vectors and 293fectin ™ or Fectin (Invitrogen). Using a 2-liter shake flask (Corning), HEK293-F cells were seeded at a density of 1.0x10 6 cells/ml in 600 ml and incubated at 120 rpm in an atmosphere with 8% CO 2 . The next day, cells were transfected at a cell density of about 1.5×10 6 cells/ml using about 42 ml of mixture A) 20 ml of Opti-MEM (Invitrogen) containing 600 μg of total vector DNA (1 μg/ml), and B) 20 ml Opti-MEM supplemented with 1.2 ml 293fectin™ or Fectin (2 μl/ml). Due to the uptake of glucose, a glucose solution was added during fermentation. The supernatant containing the secreted antibody was collected after 5-10 days and the antibodies were either purified directly from the supernatant or the supernatant was frozen and stored. Protein definition
Концентрацию белка в очищенных антителах и производных определяли, измеряя оптическую плотность (ОП) при 280 нм, используя коэффициент молярной экстинкции, рассчитанный на основе аминокислотной последовательности, согласно Расе и др., Protein Science 4, 1995, сс. 2411-1423. Определение концентрации антител в супернатантах Концентрацию антител и их производных в супернатантах клеточных культур определяли с помощью иммунопреципитации с использованием белок А-агарозных гранул (фирма Roche Diagnostics GmbH, Маннгейм, Германия). Для этого 60 мкл белок А-агарозных гранул промывали трижды в TBS-NP40 (50 мМ Трис-буфер, рН 7,5, дополненный 150 мМ NaCl и 1% Nonidet-P40). Затем 1-15 мл супернатанта клеточной культуры наносили на белок А-агарозные гранулы, предварительно уравновешенные в TBS-NP40. После инкубации в течение 1 ч при комнатной температуре гранулы промывали на фильтрующей колонке Ultrafree-MC (фирма Amicon), однократно с использованием 0,5 мл TBS-NP40, дважды с использованием 0,5 мл 2-кратного забуференного фосфатом физиологического раствора (2хЗФР, фирма Roche Diagnostics GmbH, Маннгейм, Германия) и кратковременно 4 раза с использованием 0,5 мл ЮОмМ Na-цитратного буфера (рН 5,0). Связанное антитело элюировали, добавляя 35 мкл буфера для образца NuPAGE® LDS (фирма Invitrogen). Половину образца объединяли с восстановителем для образца NuPAGE® или оставляли без восстановления соответственно, и выдерживали в течение 10 мин при 70°С. Затем 5-30 мкл вносили в 4-12% NuPAGE® Бис-Трис-гель для ДСН-ПААГ (фирма Invitrogen) (с MOPS-буфером для ДСН-ПААГ без восстановителя и MES-буфером в качестве подвижного буфера для NuPAGE® с антиоксидантной добавкой (фирма Invitrogen) для ДСН-ПААГ с применением восстановителя) и окрашивали кумасси голубым.The protein concentration of the purified antibodies and derivatives was determined by measuring the optical density (OD) at 280 nm using the molar extinction coefficient calculated from the amino acid sequence according to Race et al.,
Концентрацию антител в супернатантах клеточных культур оценивали количественно с помощью аффинной ЖХВР-хроматографии. В целом, метод стоял в следующем: супернатанты клеточных культур, содержащие антитела, которые связывались с белком А, наносили на колонку Applied Biosystems Poros А/20 в буфере, содержащем 200 мМ KH2PO4, 100 мМ цитрат натрия, рН 7,4, и элюировали с помощью буфера, содержащего 200 мМ NaCl, 100 мМ лимонную кислоту, рН 2,5, в системе Agilent HPLC 1100. Количественно оценивали концентрацию элюированного антитела с использованием УФ-абсорбции и интегрирования площадей пиков. Очищенное стандартное антитело IgG1-подкласса служило в качестве стандарта.The concentration of antibodies in cell culture supernatants was quantified by HPLC affinity chromatography. In general, the method was as follows: cell culture supernatants containing antibodies that bind to protein A were applied to an Applied Biosystems Poros A/20 column in a buffer containing 200 mM KH 2 PO 4 , 100 mM sodium citrate, pH 7.4 , and eluted with a buffer containing 200 mM NaCl, 100 mM citric acid, pH 2.5, on an Agilent HPLC 1100 system. The eluted antibody concentration was quantified using UV absorption and peak area integration. A purified IgG1 subclass standard antibody served as a standard.
Альтернативно этому, концентрацию антител и их производных в супернатантах клеточных культур определяли с помощью сэндвич-IgG-ELISA. В целом, метод состоял в следующем: 96-луночные титрационные микропланшеты, отличающийся высокой способностью связываться со стрептавидином (StreptaWell High Bind Streptavidin А) (фирма Roche Diagnostics GmbH, Маннгейм, Германия), сенсибилизировали, используя 100 мкл/лунку молекулы биотинилированного захватывающего антитела к человеческому IgG F(ab')2<h-Fcy>BI (фирма Dianova) в концентрации 0,1 мкг/мл, в течение 1 ч при комнатной температуре или в альтернативном варианте в течение ночи при 4°С и затем промывали трижды, используя 200 мкл/лунку ЗФР, 0,05% Твин (ЗФР-Т, фирма Sigma). Затем добавляли в лунки из расчета 100 мкл/лунку серийные разведения в ЗФР (фирма Sigma) содержащих соответствующее антитело супернатантов клеточных культур и инкубировали в течение 1-2 ч на шейкере при комнатной температуре. Лунки промывали трижды, используя 200 мкл/лунку ЗФР-Т, и осуществляли детекцию связанного антитела с помощью 100 мкл F(ab')2<hFcγ>POD (фирма Dianova) в концентрации 0,1 мкг/мл в качестве идентифицирующего антитела, путем инкубации в течение 1-2 ч на шейкере при комнатной температуре. Несвязанное идентифицирующее антитело удаляли путем трехкратной промывки с использованием 200 мкл/лунку ЗФР-Т. Связанное идентифицирующее антитело выявляли путем добавления 100 мкл ABTS/лунку с последующей инкубацией. Определение абсорбции осуществляли с помощью спектрометра Tecan Fluor, осуществляя измерения при длине волны 405 нм (длина референс-волны 492 нм).Alternatively, the concentration of antibodies and their derivatives in cell culture supernatants was determined using a sandwich IgG-ELISA. In general, the method was as follows: 96-well microtiter plates with high binding ability to streptavidin (StreptaWell High Bind Streptavidin A) (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany) were sensitized using 100 μl/well of a biotinylated capture antibody molecule to human IgG F(ab') 2 <h-Fcy>BI (Dianova) at a concentration of 0.1 μg/ml, for 1 h at room temperature or alternatively overnight at 4°C and then washed three times, using 200 μl/well PBS, 0.05% Tween (PBS-T, Sigma). Then, serial dilutions in PBS (Sigma) containing the appropriate antibody cell culture supernatants were added to the wells at a rate of 100 μl/well and incubated for 1-2 hours on a shaker at room temperature. The wells were washed three times with 200 μl/well PBS-T, and the bound antibody was detected using 100 μl F(ab') 2 <hFcγ>POD (Dianova) at a concentration of 0.1 μg/ml as identifying antibody, by incubation for 1-2 h on a shaker at room temperature. Unbound identifying antibody was removed by washing three times with 200 μl/well PBS-T. Bound identifying antibody was detected by adding 100 μl ABTS/well followed by incubation. The absorbance determination was carried out with a Tecan Fluor spectrometer, measuring at a wavelength of 405 nm (
Препаративная очистка антителPreparative purification of antibodies
Антитела очищали из профильтрованных супернатантов клеточных культур согласно стандартному протоколу. В целом, метод состоял в следующем: антитела вносили в колонку с белок А-Сефарозой (фирма GE Healthcare) и промывали с помощью ЗФР. Элюцию белков осуществляли при значении рН 2,8, после чего немедленно проводили нейтрализацию образца. Агрегированные белки отделяли от мономерных антител с помощью гель-фильтрации (Супердекс 200, фирма GE Healthcare) в ЗФР или в 20 мМ гистидиновом буфере, содержащем 150 мМ NaCl (рН 6,0). Фракции мономерных антител объединяли, концентрировали (при необходимости), используя, например, центрифужный концентратор MILLIPORE Amicon Ultra (30 MWCO), замораживали и хранили при температуре -20°С или -80°С. Часть образцов использовали для последующего аналитического анализа белков и аналитической характеризации, например, с помощью ДСН-ПААГ, гель-фильтрации (SEC) или масс-спектрометрии.Antibodies were purified from filtered cell culture supernatants according to a standard protocol. In general, the method was as follows: antibodies were applied to a protein A-Sepharose column (GE Healthcare) and washed with PBS. Proteins were eluted at pH 2.8, after which the sample was immediately neutralized. Aggregated proteins were separated from monomeric antibodies by gel filtration (Superdex 200, GE Healthcare) in PBS or 20 mM histidine buffer containing 150 mM NaCl (pH 6.0). Monomeric antibody fractions were pooled, concentrated (if necessary) using, for example, a MILLIPORE Amicon Ultra centrifuge concentrator (30 MWCO), frozen and stored at -20°C or -80°C. Some of the samples were used for subsequent analytical analysis of proteins and analytical characterization, for example, using SDS-PAGE, gel filtration (SEC) or mass spectrometry.
ДСН-ПААГSDS-PAGE
Гелевую систему NuPAGE® Pre-Cast (фирма Invitrogen) применяли согласно инструкции производителя. В частности, применяли 10% или 4-12% гели NuPAGE® Novex® Bis-TRIS Pre-Cast (рН 6,4) и подвижный буфер NuPAGE® MES (восстановленные гели с антиоксидантной добавкой для подвижного буфера NuPAGE®) или MOPS (невосстановленные гели).NuPAGE® Pre-Cast Gel System (Invitrogen) was used according to the manufacturer's instructions. Specifically, 10% or 4-12% NuPAGE® Novex® Bis-TRIS Pre-Cast gels (pH 6.4) and NuPAGE® MES running buffer (reconstituted gels with an antioxidant supplement for NuPAGE® running buffer) or MOPS (unreduced gels).
КЭ-ДСНEC-DSN
Чистоту и целостность антител анализировали с помощью КЭ-ДСН с использованием микрофлюидной технологии Labchip (фирма PerkinElmer, США). Для этого 5 мкл раствора антитела подготавливали для КЭ-ДСН-анализа, используя набор реагентов для экспрессии белков НТ (Protein Express Reagent Kit) согласно инструкциям производителя, и анализировали с помощью системы LabChip GXII с использованием чипа НТ Protein Express. Данные анализировали с помощью программного обеспечения LabChip GX.The purity and integrity of the antibodies were analyzed by SDS-CE using Labchip microfluidic technology (PerkinElmer, USA). For this, 5 μl of the antibody solution was prepared for SDS-CE analysis using the HT protein expression reagent kit (Protein Express Reagent Kit) according to the manufacturer's instructions and analyzed using the LabChip GXII system using the HT Protein Express chip. Data was analyzed using LabChip GX software.
Аналитическая гель-фильтрацияAnalytical Gel Filtration
Гель-фильтрацию (SEC) для определения агрегированного и олигомерного состояния антител осуществляли с помощью ЖХВР-хроматографии. В целом, метод состоял в следующем: очищенные на белке А антитела вносили в колонку Tosoh TSKgel G3000SW в буфере, содержащем ЗООмМ NaCl, 50 мМ КН2РО4/К2НРО4 (рН 7,5), в системе Dionex Ultimate® (фирма Thermo Fischer Scientific) или в колонку Супердекс 200 (фирма GE Healthcare) в 2 х ЗФР в системе Dionex HPLC. Элюированные белки оценивали количественно с на основе УФ-абсорбции и интегрирования площадей пиков. В качестве стандарта служил BioRad Gel Filtration Standard 151 1901.Gel filtration (SEC) to determine the aggregated and oligomeric state of the antibodies was performed using HPLC chromatography. In general, the method was as follows: protein-A-purified antibodies were applied to a Tosoh TSKgel G3000SW column in buffer containing 300 M NaCl, 50 mM KH2PO4/K2HPO4 (pH 7.5), in a Dionex Ultimate® system (Thermo Fischer Scientific) or into a Superdex 200 column (GE Healthcare) in 2 x PBS in a Dionex HPLC system. Eluted proteins were quantified based on UV absorbance and integration of peak areas. BioRad Gel Filtration Standard 151 1901 served as the standard.
Масс-спектрометр ияMass spectrometer
В этом разделе описана характеризация биспецифических антител в отношении их правильной сборки. Ожидаемые первичные структуры анализировали с помощью масс-спектрометрии с использованием ионизация электроспреем (ESI-MC) дегликозилированного интактного антитела и в специальных вариантах дегликозилированного/ограничено расщепленного LysC антитела.This section describes the characterization of bispecific antibodies with respect to their correct assembly. Expected primary structures were analyzed by mass spectrometry using electrospray ionization (ESI-MS) of the deglycosylated intact antibody and, in special variants, the deglycosylated/limitedly cleaved LysC antibody.
Антитела дегликозилировали с помощью N-гликозидазы F в фосфатном или Трис-буфере при 37°С в течение вплоть до 17 ч с использованием белка в концентрации 1 мг/мл. Ограниченные расщепления LysC (фирма Roche Diagnostics GmbH, Маннгейм, Германия) осуществляли с использованием 100 мкг дегликозилированного антитела в Трис-буфере (рН 8) при комнатной температуре в течение 120 ч или при 37°С в течение 40 мин соответственно. Перед осуществлением масс-спектрометрии образцы обессоливали посредством ЖХВР на колонке Сефадекс G25 (фирма GE Healthcare). Общую массу определяли с помощью ESI-MC с использованием МС-системы maXis 4G UHR-QTOF (фирма Bruker Daltonik), снабженной источником TriVersa NanoMate (фирма Advion).Antibodies were deglycosylated with N-glycosidase F in phosphate or Tris buffer at 37° C. for up to 17 hours using 1 mg/ml protein. Limited digests of LysC (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany) were performed using 100 μg of deglycosylated antibody in Tris buffer (pH 8) at room temperature for 120 h or at 37° C. for 40 min, respectively. Prior to mass spectrometry, the samples were desalted by HPLC on a Sephadex G25 column (GE Healthcare). The total mass was determined by ESI-MS using a maXis 4G UHR-QTOF MS system (Bruker Daltonik) equipped with a TriVersa NanoMate source (Advion).
Пример 1Example 1
Экспрессия и очисткаExpression and purification
Биспецифические антитела получали согласно методу, описанному выше в разделе «Материалы и общие методы».Bispecific antibodies were obtained according to the method described above in the section "Materials and General Methods".
Биспецифические антитела очищали из супернатанта путем комбинации аффинной хроматографии на белке А и гель-фильтрации. Полученные продукты характеризовали в отношении их идентичности с помощью масс-спектрометрии и в отношении аналитических свойств, таких как чистота по данным КЭ-ДСН, содержание мономера и стабильность.Bispecific antibodies were purified from the supernatant by a combination of protein A affinity chromatography and gel filtration. The resulting products were characterized for their identity by mass spectrometry and for analytical properties such as SDS-CE purity, monomer content and stability.
Ожидаемые первичные структуры анализировали с помощью масс-спектрометрии с использованием ионизация электроспреем (ESI-MC) дегликозилированного интактного антитела и дегликозилированного/ расщепленного плазмином или в альтернативном варианте дегликозилированного/ограничено расщепленного LysC антитела согласно методу, описанному в разделе «Общие методы».Expected primary structures were analyzed by mass spectrometry using electrospray ionization (ESI-MS) of a deglycosylated intact antibody and a deglycosylated/plasmin-cleaved or alternatively deglycosylated/limitedly-cleaved LysC antibody according to the method described in the General Methods section.
Дополнительные аналитические методы (например, методы оценки термостабильности, масс-спектрометрию и функциональную оценку) применяли только после очистки с помощью белка А и SEC.Additional analytical methods (eg, thermostability methods, mass spectrometry, and functional evaluation) were used only after purification with protein A and SEC.
Пример 2Example 2
Определение связывания с фибриллами Apl-40 in vitro с помощью ELISA Связывание биспецифических антител с фибриллярным Ар оценивали с помощью анализа ELISA. В целом, метод состоял в следующем: планшеты Maxisorb сенсибилизировали с использованием Ар(1-40) в концентрации 7 мкг/мл в ЗФР в течение 3 дней при 37°С с получением фибриллярного белка Абета, а затем сушили в течение 3 ч при КТ. Планшет блокировали с помощью 1% CroteinC и 0,1% RSA (крысиный сывороточный альбумин) в ЗФР (блокирующий буфер) в течение 1 ч при КТ, затем однократно промывали буфером для промывки. Биспецифические антитела или контроли добавляли в концентрациях вплоть до 100 нМ в блокирующем буфере и инкубировали при 4°С в течение ночи. После четырех стадий промывки конструкции выявляли, добавляя античеловеческий-IgG-HRP (фирма Jackson Immunoresearch) в разведении 1:10000 в блокирующем буфере (1 ч, КТ), после чего осуществляли 6 промывок и инкубировали в ТМВ (фирма Sigma). Абсорбцию определяли при 450 ни после прекращения цветовой реакции с помощью 1н. HCl.Determination of Apl-40 fibril binding in vitro by ELISA Binding of bispecific antibodies to fibrillar Ap was assessed by ELISA assay. In general, the method was as follows: Maxisorb plates were sensitized using Ap(1-40) at a concentration of 7 μg/ml in PBS for 3 days at 37°C to obtain Abeta fibrillar protein, and then dried for 3 hours at RT . The plate was blocked with 1% CroteinC and 0.1% RSA (rat serum albumin) in PBS (blocking buffer) for 1 hour at RT, then washed once with wash buffer. Bispecific antibodies or controls were added at concentrations up to 100 nM in blocking buffer and incubated at 4° C. overnight. After four washings, constructs were detected by adding anti-human-IgG-HRP (Jackson Immunoresearch) at a 1:10,000 dilution in blocking buffer (1 h, RT), followed by 6 washes and incubation in TMB (Sigma). The absorbance was determined at 450 N after the color reaction was stopped with 1N. HCl.
Пример 3Example 3
Определение связывания с рецептором трансферрина in vitro Связывание биспецифических антител с рецептором мышиного трансферрина оценивали с помощью FACS-анализа с использованием клеток мышиной миеломы линии X63.AG8-563. Если в случае антител к А(3 установлена определенная тенденция к неспецифическому связыванию с AgS-клетками, то специфическое связывание можно оценивать количественно путем совместной инкубации с 20-кратным избытком антитела к мышиному TfR. Клетки собирали путем центрифугирования, промывали однократно ЗФР и 5хЮ4 клеток инкубировали с серийными разведениями от 1,5пМ до 10 нМ полипептидных слияний с добавлением или без добавления 200нМ антитела к мышиному TfR в 100 мкл RPMI/10% FCS в течение 1,5 ч на льду. После двух промывок RPMI/10% FCS клетки инкубировали с козьим античеловеческим IgG, сшитым с фикоэритрином (фирма Jackson Immunoresearch), в разведении 1:600 в RPMI/19% FCS в течение 1,5 ч на льду. Клетки вновь промывали, ресуспендировали в RPMI/10% FCS и измеряли флуоресценцию фикоэритрина с помощью устройства FACS-Array (фирма Becton-Dickinson).In Vitro Transferrin Receptor Binding Determination Binding of bispecific antibodies to the mouse transferrin receptor was assessed by FACS analysis using mouse myeloma cell line X63.AG8-563. If anti-A(3) antibodies show a definite tendency towards non-specific binding to AgS cells, then specific binding can be quantified by co-incubation with a 20-fold excess of anti-mouse TfR antibody. Cells were harvested by centrifugation, washed once with PBS and 5 x 104 cells. incubated with serial dilutions of 1.5 pM to 10 nM polypeptide fusions with or without addition of 200 nM anti-mouse TfR antibody in 100 µl RPMI/10% FCS for 1.5 h on ice After two washes with RPMI/10% FCS, cells were incubated with phycoerythrin-linked goat anti-human IgG (Jackson Immunoresearch) at a 1:600 dilution in RPMI/19% FCS for 1.5 h on ice. using a FACS-Array (Becton-Dickinson).
Пример 4Example 4
Анализ связывания с помощью поверхностного плазмонного резонанса для оценки взаимодействия человеческий TfR-антителоSurface Plasmon Resonance Binding Assay to Evaluate Human TfR-Antibody Interaction
Эксперимент по связыванию осуществляли с использованием устройства BIAcore В 4000 (фирма GE Healthcare), снабженного сенсорным чипом С1 (фирма GE Healthcare, каталожный №. BR1005-35), предварительно обработанным антителом к человеческому Fab (фирма GE Healthcare, каталожный №28-9583-25), используя стандартную химию на основе аминного сочетания согласно руководству поставщика.The binding experiment was performed using a BIAcore B 4000 device (GE Healthcare) equipped with a C1 sensor chip (GE Healthcare, cat. no. BR1005-35) pretreated with an anti-human Fab antibody (GE Healthcare, cat. no. 28-9583- 25) using standard amine coupling chemistry according to the supplier's manual.
Для кинетических измерений образец антитела иммобилизовывали, осуществляя контакт в течение 60 с, и используя скорость потока 10 мкл/мин в забуференном фосфатом физиологическом растворе (рН 7,4), дополненном 0,05% Твин 20, при 25°С.Рекомбинантный меченный His6 рецептор человеческого трансферрина (фирма R&D systems, каталожный №2474-TR-050) наносили в возрастающих концентрациях и осуществляли мониторинг сигнала в течение времени. Установлено, что при скорости потока 30 мкл/мин средняя продолжительность времени ассоциации составляла 150 с, а времени диссоциации 600 с. Данные аппроксимировали с использование модели связывания 1:1 (изотерма Лэнгмюра).For kinetic measurements, the antibody sample was immobilized by contacting for 60 s using a flow rate of 10 µl/min in phosphate buffered saline (pH 7.4) supplemented with 0.05
Пример 5Example 5
Окрашивание нативных человеческих Р-амилоидных бляшек в срезах головного мозга пациента с болезнью Альцгеймера с помощью непрямой иммунофлуоресценции с использованием биспецифического антитела, полученного с помощью способа, представленного в настоящем описанииStaining of Native Human P-Amyloid Plaques in Alzheimer's Patient Brain Sections by Indirect Immunofluorescence Using a Bispecific Antibody Produced by the Method Presented in this Description
Можно тестировать способность биспецифических антител окрашивать нативные человеческие (3-амилоидные бляшки с помощью иммуногистохимического анализа с использованием непрямой иммунофлуоресценции. Удалось продемонстрировать специфическое и чувствительное окрашивание подлинных человеческих (3-амилоидных бляшек. Криостатные срезы нефиксированной ткани из височной коры головного мозга, полученной после смерти пациентов с диагностированной болезнью Альцгеймера, метили для непрямой иммунофлуоресценции. Применяли двухстадийную инкубацию для обнаружения связанного биспецифического антитела, которое выявляли с помощью очищенного аффинной хроматографией козьего античеловеческого (GAH555) IgG (H+L), конъюгированного с красителем Alexa 555 (фирма Molecular Probes). Контроли включали неродственные человеческие антитела IgG1-подкласса (фирма Sigma) и индивидуально вторичное антитело, которые все дали отрицательные результаты.It is possible to test the ability of bispecific antibodies to stain native human (3-amyloid) plaques by immunohistochemical analysis using indirect immunofluorescence. It was possible to demonstrate specific and sensitive staining of genuine human (3-amyloid) plaques. Cryostat sections of unfixed tissue from the temporal cortex obtained after the death of patients diagnosed with Alzheimer's disease were labeled for indirect immunofluorescence A two step incubation was used to detect bound bispecific antibody which was detected with affinity purified goat anti-human (GAH555) IgG (H+L) conjugated with Alexa 555 dye (Molecular Probes). included unrelated human antibodies of the IgG1 subclass (Sigma) and an individually secondary antibody, all of which were negative.
Пример 6Example 6
In vivo выявление р-амилоидных бляшек биспецифическим антителом, полученным способом, представленным в настоящем описании, на мышиной модели болезни АльцгеймераIn vivo detection of p-amyloid plaques with a bispecific antibody obtained by the method presented in the present description in a mouse model of Alzheimer's disease
Биспецифическое антитело можно тестировать на двойной трансгенной мышиной модели APP/PS2, мышиной модели родственного AD амилоидоза (Richards J. Neuroscience, 23, 2003, сс. 8989-9003), в отношении способности осуществлять иммунное декорирование (выявление) р-амилоидных бляшек in vivo. Это позволяет оценивать степень проникновения в головной мозг и связывание с бляшками амилоида-р. Слитый полипептид можно вводить в различных дозах в сравнении с «голым» моноклональным антителом к Ар и через 6 дней осуществлять перфузию животных забуренным фосфатом физиологическим раствором, замораживать образцы головного мозга на сухом льду и подготавливать для получения криосрезов.The bispecific antibody can be tested in the dual transgenic mouse model APP/PS2, the mouse model of related AD amyloidosis (Richards J. Neuroscience, 23, 2003, pp. 8989-9003), for the ability to immune-decorate (detect) amyloid-beta plaques in vivo. . This allows assessing the degree of penetration into the brain and binding to plaques of amyloid-r. The fusion polypeptide can be administered at various doses compared to naked anti-Ap monoclonal antibody and, after 6 days, perfuse animals with phosphate-bored saline, freeze brain samples on dry ice, and prepare for cryosectioning.
Присутствие антител, связанных с р-амилоидными бляшками, можно оценивать с использованием нефиксированных криостатных срезов с помощью метода непрямой иммунофлуоресценции с одной меткой с применением козьего античеловеческого IgG (H+L), конъюгированного с красителем А1еха555 (GAH555) (фирма Molecular Probes), в концентрации 15 мкг/мл в течение 1 ч при комнатной температуре. Контрастное окрашивание амилоидных бляшек можно осуществлять путем инкубации с ВАР-2, мышиным моноклональным антителом против Ар, конъюгированным с Alexa 488, в концентрации 0,5 мкг/мл в течение 1 ч при комнатной температуре. Микроскопические препараты заливали флуоресцентной поддерживающей средой (S3023, фирма Dako) и визуализировали с помощью конфокального лазерного микроскопа.The presence of antibodies associated with amyloid-β plaques can be assessed using non-fixed cryostat sections using a single-label indirect immunofluorescence method using goat anti-human IgG (H+L) conjugated with Alexa555 (GAH555) dye (Molecular Probes), in concentrations of 15 µg/ml for 1 h at room temperature. Amyloid plaques can be counterstained by incubation with BAP-2, a mouse anti-Ap monoclonal antibody conjugated to Alexa 488, at a concentration of 0.5 μg/ml for 1 hour at room temperature. Microscopic preparations were embedded in fluorescent maintenance medium (S3023, Dako) and visualized using a confocal laser microscope.
Хотя выше описаны некоторые детали изобретения, приведенные с целью иллюстрации и примера для простоты понимания, описание и примеры не должны рассматриваться как ограничивающие объем изобретения. Описание всей процитированной патентной и научной литературы специально полностью включены в настоящее описание в качестве ссылки.Although some details of the invention have been described above, given for the purpose of illustration and example for ease of understanding, the description and examples should not be construed as limiting the scope of the invention. The description of all cited patent and scientific literature is expressly incorporated herein by reference in its entirety.
Пример 7Example 7
Трансфекция стабильной клеточной линии, экспрессирующей биспецифическое aHTH-DR5/FAP антитело, экспрессионным вектором, содержащим кассету экспрессии для легкой цепи с обменом доменамиTransfection of a stable cell line expressing a bispecific aHTH-DR5/FAP antibody with an expression vector containing a domain-swapped light chain expression cassette
Клон клеток 0131 трансфектировали экспрессионным вектором для CrossLC, содержащим одну кассету экспрессии для легкой цепи с кроссовером доменов. Трансфекции осуществляли с использованием линеаризированной ДНК в среде определенного химического состава с использованием нуклеофекции (фирма Атаха) и 0,6/1,2/2,4 пМ (общей) плазмиды, с получением 2×3 клеточных пулов, которые подвергали дифференцированной селекции.A 0131 cell clone was transfected with a CrossLC expression vector containing a single crossover light chain expression cassette. Transfections were carried out using linearized DNA in a chemically defined medium using nucleofection (Ataha) and 0.6/1.2/2.4 pM (total) plasmid, obtaining 2×3 cell pools, which were subjected to differential selection.
Пулы трансфектированных клонов отбирали в среде определенного химического состава, дополненной глутамином в концентрации 10 ммолей/л и 250нМ МТХ (для DHFR) плюс 500 нМ и 700 нМ гигромицином В. Через 3 недели пулы анализировали с помощью КЭ-ДСН и иммуногистохимии (ИГХ) в отношении уменьшения побочных пиков и повышения основного пика.Pools of transfected clones were selected in a chemically defined medium supplemented with glutamine at a concentration of 10 mmol/l and 250 nM MTX (for DHFR) plus 500 nM and 700 nM hygromycin B. After 3 weeks, the pools were analyzed by SDS-CE and immunohistochemistry (IHC) in in relation to the reduction of side peaks and the increase in the main peak.
На основе полученных результатов для серийного разведения (LD) отобрано три пула, для селекции которых использовали 250нМ МТХ и 700нМ HygB (0314, 0316, 0318), и каждый из них высевали в 3×384-луночных планшета со средой определенного химического состава, дополненной глутамином в концентрации 10 ммолей/л и МТХ в концентрации 250 нмолей/л и 700нМ HygB.Based on the results obtained, three pools were selected for serial dilution (LD), which were selected using 250nM MTX and 700nM HygB (0314, 0316, 0318), and each of them was sown in 3x384-well plates with a medium of a certain chemical composition, supplemented with glutamine at a concentration of 10 mmol/l and MTX at a concentration of 250 nmol/l and 700nM HygB.
Через 1 неделю супернатанты, полученные при использовании 3×384-луночных планшетов, тестировали в отношении связывания с DR5 и FAP с помощью методов ELISA и ELISA с (двойным) DR5-ЕАР-связыванием. Отобрано 158 клонов с высокими титрами и высокой реактивностью в отношении обоих антигенов и их размножали, начиная с использования 24-луночных планшетов, доходя до 6 лунок, в которых их оценивали в виде полученной в эксперименте четырехдневной партии («оценивали титры последовательно размножаемой культуры») в отношении связывания с мишенями с помощью ELISA и ELISA с двойным связыванием, рост, продуктивность и профиль побочных продуктов оценивали с помощью КЭ-ДСН. Из них 46 клонов с титрами, составляющими вплоть до 830 мкг/мл, и приемлемым качеством продукта дополнительно характеризовали в 14-дневных культурах с подпиткой с использованием системы Ambr15 и анализировали в отношении связывания с мишенями, особенностей роста и профиля побочных продуктов с помощью КЭ-ДСН и ИГХ. Из них 20 клонов отбирали и дополнительно оценивали с помощью масс-спектрометрии (МС). Из них 10 отобранных клонов культивировали во встряхиваемых колбах в среде определенного химического состава и хранили в виде PSB (бульон, содержащий пептон, сорбит и желчные соли).After 1 week, supernatants from 3×384 well plates were tested for binding to DR5 and FAP using ELISA and (double) DR5-EAP binding ELISA methods. 158 clones with high titers and high reactivity for both antigens were selected and propagated starting from 24-well plates up to 6 wells, in which they were evaluated in the form of a four-day batch obtained in the experiment (“estimated titers of sequentially propagated culture”) with respect to target binding by ELISA and double-binding ELISA, growth, productivity and by-product profile were assessed by SDS-CE. Of these, 46 clones with titers up to 830 μg/mL and acceptable product quality were further characterized in 14-day fed-batch cultures using the Ambr15 system and analyzed for target binding, growth characteristics, and by-product profile by CE- SDS and IHC. Of these, 20 clones were selected and further evaluated by mass spectrometry (MS). Of these, 10 selected clones were cultured in shake flasks in a defined chemical medium and stored as PSB (broth containing peptone, sorbitol and bile salts).
Claims (30)
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP17160415.0 | 2017-03-10 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2019131113A Division RU2750721C2 (en) | 2017-03-10 | 2018-03-07 | Method for the production of multi-specific antibodies |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2780629C1 true RU2780629C1 (en) | 2022-09-28 |
Family
ID=
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005072112A2 (en) * | 2003-12-31 | 2005-08-11 | Vaccinex, Inc. | Methods for producing and identifying multispecific antibodies |
WO2012023053A2 (en) * | 2010-08-16 | 2012-02-23 | Novimmune S.A. | Methods for the generation of multispecific and multivalent antibodies |
WO2015052230A1 (en) * | 2013-10-11 | 2015-04-16 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Multispecific domain exchanged common variable light chain antibodies |
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005072112A2 (en) * | 2003-12-31 | 2005-08-11 | Vaccinex, Inc. | Methods for producing and identifying multispecific antibodies |
WO2012023053A2 (en) * | 2010-08-16 | 2012-02-23 | Novimmune S.A. | Methods for the generation of multispecific and multivalent antibodies |
RU2013111533A (en) * | 2010-08-16 | 2014-09-27 | Новиммун С.А. | METHODS FOR PRODUCING MULTI-SPECIFIC AND MULTIVALENT ANTIBODIES |
WO2015052230A1 (en) * | 2013-10-11 | 2015-04-16 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Multispecific domain exchanged common variable light chain antibodies |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20230129340A1 (en) | Method for producing multispecific antibodies | |
JP5281097B2 (en) | Bivalent bispecific antibody | |
US9266967B2 (en) | Bivalent, bispecific antibodies | |
JP5281098B2 (en) | Bivalent bispecific antibody | |
US20200392253A1 (en) | Method for generating multispecific antibodies from monospecific antibodies | |
RU2780629C1 (en) | Method for producing multispecific antibodies | |
WO2015091130A1 (en) | Method for improving the recombinant production of soluble fusion polypeptides | |
US20220169731A1 (en) | Method for the generation of a multivalent, bispecific antibody expressing cell by targeted integration of multiple expression cassettes in a defined organization | |
CA3189520A1 (en) | Method for the expression of an antibody-multimer-fusion | |
US20200103413A1 (en) | Method for detecting multispecific antibody light chain mispairing | |
US20220169730A1 (en) | Method for the generation of a bivalent, bispecific antibody expressing cell by targeted integration of multiple expression cassettes in a defined organization | |
EP2832854A1 (en) | Method for improving the recombinant expression of a polypeptide by C-terminal fusion to human neprilysin |