RU2772912C1 - Способ анализа митохондриальной ДНК для неинвазивного пренатального тестирования - Google Patents
Способ анализа митохондриальной ДНК для неинвазивного пренатального тестирования Download PDFInfo
- Publication number
- RU2772912C1 RU2772912C1 RU2021110710A RU2021110710A RU2772912C1 RU 2772912 C1 RU2772912 C1 RU 2772912C1 RU 2021110710 A RU2021110710 A RU 2021110710A RU 2021110710 A RU2021110710 A RU 2021110710A RU 2772912 C1 RU2772912 C1 RU 2772912C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- mtdna
- mitochondrial
- coverage
- sample
- level
- Prior art date
Links
- 229920000460 Mitochondrial DNA Polymers 0.000 title claims abstract description 81
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 title claims abstract description 64
- 238000009598 prenatal testing Methods 0.000 title abstract description 8
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 29
- 210000002381 Plasma Anatomy 0.000 claims abstract description 15
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims abstract description 15
- 230000002438 mitochondrial Effects 0.000 claims abstract description 11
- 239000000463 material Substances 0.000 claims abstract description 9
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 9
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 8
- 238000011109 contamination Methods 0.000 claims abstract description 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims abstract description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 claims abstract description 3
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 claims abstract description 3
- IOSROLCFSUFOFE-UHFFFAOYSA-L 2-nitro-1H-imidazole;platinum(2+);dichloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Pt+2].[O-][N+](=O)C1=NC=CN1.[O-][N+](=O)C1=NC=CN1 IOSROLCFSUFOFE-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims abstract 3
- 230000001717 pathogenic Effects 0.000 claims abstract 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 4
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 claims description 3
- 238000001914 filtration Methods 0.000 claims description 3
- 238000007374 clinical diagnostic method Methods 0.000 abstract description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 4
- 238000004642 transportation engineering Methods 0.000 abstract description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 230000001605 fetal Effects 0.000 description 10
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 7
- 231100001075 aneuploidy Toxicity 0.000 description 6
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 5
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 4
- 238000009609 prenatal screening Methods 0.000 description 4
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N edta Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000000034 method Methods 0.000 description 3
- 230000001575 pathological Effects 0.000 description 3
- 210000000601 Blood Cells Anatomy 0.000 description 2
- 210000000349 Chromosomes Anatomy 0.000 description 2
- 229920002248 Nuclear DNA Polymers 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 230000004059 degradation Effects 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic Effects 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 2
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 201000003533 Leber congenital amaurosis Diseases 0.000 description 1
- 208000003269 Mitochondrial Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000007610 Optic Atrophy, Hereditary, Leber Diseases 0.000 description 1
- 238000010222 PCR analysis Methods 0.000 description 1
- 238000007622 bioinformatic analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 1
- 238000011030 bottleneck Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 230000032686 female pregnancy Effects 0.000 description 1
- 239000006101 laboratory sample Substances 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
Images
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ анализа митохондриальной ДНК для неинвазивного пренатального тестирования, в котором путем массового параллельного секвенирования внеклеточной ДНК плазмы крови матери при помощи полупроводниковой технологии получают bam-файлы с выравниванием чтений на геном человека. При этом используют дополнительные модули анализа, использующие чтения митохондриальной ДНК, в которых производят извлечение митохондриальных чтений из общего объема секвенированных данных, подсчет доли мтДНК в образце по формуле
Для последующего выявления уровня контаминации образца материнским материалом и определения образца в группу повышенного риска по получению ложноотрицательного результата НИПТ в случае получения значения доли мтДНК, превышающего 0,0005 (5×10-4), подсчет процента покрытия мтДНК по формуле
Фильтрацию bam-файлов с покрытием мтДНК ниже 50% как непригодных для митохондриального анализа, поиск вариантов мтДНК, а именно инделов и однонуклеотидных замен, и их аннотацию для выявления патогенных и условно патогенных вариантов ClinVar, полный до уровня отдельных клад в случае достаточного уровня покрытия не менее 80% митохондриальной ДНК или ориентировочный до уровня суперклады для образцов с покрытием мтДНК ниже 80% анализ гаплогрупп мтДНК. Изобретение решает задачу расширения функциональных возможностей НИПТ и повышения качества диагностики путем введения этапов контроля контаминации и качества транспортировки образцов. Изобретение позволяет проводить более полный анализ данных массового параллельного секвенирования внеклеточной ДНК плазмы крови, включая анализ гаплогрупп мтДНК и поиск нуклеотидных вариантов. 2 ил.
Description
Изобретение относится к области медицины, и может быть использовано для расширения возможности неинвазивного пренатального тестирования (НИПТ) с помощью биоинформатического анализа митохондриальной ДНК (мтДНК). Изобретение позволяет напрямую анализировать чтения мтДНК из секвенированных данных НИПТ и не требует дополнительных лабораторных этапов пробоподготовки.
В настоящий момент существует два основных метода получения данных для проведения НИПТ: таргетное секвенирование, направленное на отдельные локусы, и массовое параллельное секвенирование всей доступной внеклеточной ДНК плазмы крови матери.
В ходе массового параллельного секвенирования мы получаем большое количество секвенированного материала, что позволяет не ограничиваться анализом фетальной фракции для выявления анеуплоидий плода и использовать данные в дополнительных модулях анализа. Однако, внеклеточная ДНК плазмы крови фрагментарна, поэтому при секвенировании всей внеклеточной ДНК плазмы мы не получаем полного покрытия всего генома, что не мешает поиску анеуплоидий, основанном на подсчете фракций чтений, картируемых на каждую из хромосом, но в то же время затрудняет использование полученного секвенированного материала в других тестах. В то же время, несмотря на неполное покрытие хромосом, в секвенированных образцах внеклеточной ДНК плазмы крови наблюдается полное покрытие митохондриальной ДНК, что обеспечивается ее небольшой длиной (16568 п.н) и высокой копийностью. Таким образом, в ходе массового параллельного секвенирования внеклеточной ДНК плазмы крови пациенток для проведения НИПТ мы получаем полное прочтение мтДНК, что открывает дорогу к разработке дополнительных диагностических модулей НИПТ.
Целесообразность использования анализа митохондриальной ДНК как дополнительного модуля НИПТ обусловлена рядом факторов:
• Прежде всего, повышенный уровень митохондриальной ДНК может быть индикатором контаминации образца материнским материалом (Meagan Smith, Kimberly М. Lewis, Alexandrea Holmes, Jeannie Visootsak, "A Case of False Negative NIPT for Down Syndrome-Lessons Learned", Case Reports in Genetics, vol. 2014, Article ID 823504, 3 pages, 2014. https://doi.org/10.1155/2014/823504), что может затруднить оценку фетальной фракции и, следовательно, привести к ложноотрицательным результатам. Одной из причин такой контаминации может быть деградация клеток крови матери с высвобождением ДНК в плазму в ходе долгой транспортировки образцов. Мы показали, что при долгой транспортировке возрастает содержание мтДНК в образцах (фиг. 1А), что, в свою очередь, ассоциировано со снижением показателей фетальной фракции (фиг. 1Б). Таким образом, разработанный модуль особенно актуален для качественной работы с образцами, поставляемыми из удаленных регионов.
• Кроме того, при наличии достаточного количества митохондриального материала (покрытие мтДНК более 80%), возможно проведение анализа гаплогрупп мтДНК, обычно проводимого в виде отдельных генетических тестов.
• Также, митохондриальная ДНК может использоваться для поиска нуклеотидных вариантов - SNPs, инсерции и делеции. Клиническое применение таких тестов ограничено ввиду их низкой предсказательной силы, связанной с проблемой гетероплазмии, эффектом бутылочного горлышка и текущим состоянием баз данных о клинически значимых мутациях. Тем не менее, наша методика позволяет выявлять патологические мутации в данных. Обычно для выявления таких вариантов используют таргетное секвенирование и ПЦР-диагностику как описано в патенте (CN 201510116090 20150317, C12Q 1/68, опубл. 15.07.2015) посвященному диагностике болезни Лебера на основе ПНР-анализа варианта Т3394С. Этот и другие потенциально патологические варианты митохондриальной ДНК могут быть выявлены в ходе предлагаемой методики без дополнительных этапов лабораторного анализа, основываясь только на данных массового параллельного секвенирования внеклеточной ДНК плазмы, выполняемого в рамках неинвазивного пренатального скрининга. Методики поиска митохондриальных вариантов, ассоциированных с заболеваниями, использующие данные массового параллельного секвенирования известны, например, описанная в патенте 2013 года (CN 201310257788 20130626, C12Q 1/68, опубл. 18.09.2013), однако все они включают этап амплификации ДНК, тогда как в нашей методике мы работаем с неамплифицированной внеклеточной ДНК, выделенной из плазмы крови. Впрочем, реальное клиническое значение обнаруживаемых вариантов требует, проверки другими методами анализа, а потому предложенный метод несет не диагностический, а лишь скрининговый характер.
Метод скрининга и предсказания физиологических и патологических состояний на основе подсчета соотношения митохондриальной и ядерной ДНК в плазме крови был предложен в патентах 2015 (CN 201510126196 20150320, С12М 1/34, опубл. 10.06.2015) и 2017 года (CN 20168005411 20160113, C12Q 1/68, опубл. 26.09.2017), однако численный показатель относительного количества мтДНК является в данных методиках самостоятельным и единственным диагностическим признаком. Ранее мы проверяли возможность использования показателя уровня мтДНК в диагностике, исследуя его связь с различными акушерскими патологиями, однако не обнаружили значимой взаимосвязи. В связи с этим, в предлагаемой нами методике показатель соотношения митохондриальной и ядерной ДНК используется лишь косвенно для контроля качества образцов, тогда как в модуле митохондриального анализа проводится качественный, а не количественный анализ митохондриальной ДНК.
Данное изобретение решает задачу расширения диагностических возможностей неинвазивного пренатального тестирования, основанного на массовом параллельном секвенировании внеклеточной ДНК плазмы матери, и повышения качества проводимой диагностики. В данном изобретении для достижения обозначенной задачи мы предлагаем использовать митохондриальную ДНК, входящую в состав фракции внеклеточной ДНК и секвенируемую в составе образца НИПТ.
Решение поставленной задачи обеспечивается тем, что в методе неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода путем массового параллельного секвенирования при помощи полупроводниковой технологии, получают bam-файлы с выравниванием чтений на геном человека (hg19), как описано в прошлом патенте, раскрывающем способ неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода (RU 2712175, опубл. 24.01.2020), после чего извлекают из общего файла чтения митохондриальной ДНК (chrM), подсчитывают их долю относительно общего количества чтений в barn-файлах по формуле
и процент покрытия митохондриальной ДНК по формуле
Изобретение поясняется фиг. 1, на которой показано влияние времени транспортировки на показатели уровня мтДНК (А) и зависимость уровня фетальной фракции, нормированной на срок гестации, от уровня мтДНК (р=0.007) (Б), фиг. 2, на которой приведено распределение показателей процента покрытия (А) мтДНК и доли мтДНК относительно общего числа чтений (Б) в данных секвенирования образцов, обрабатываемых в пробирках различных типов (EDTA и STRECK).
Мы показали, что процент покрытия мтДНК значительно выше в секвенированных образцах из пробирок Streck, что делает такие образцы более пригодными для проведения дальнейшего анализа, однако образцы, обрабатываемые в пробирках с ЭДТА также потенциально интересны для анализа, несмотря на более низкие значения уровня и покрытия мтДНК (фиг. 2).
На основе анализа распределения показателей уровня мтДНК и процента покрытой мтДНК для Streck и EDTA выбраны пороговые значения уровня мтДНК в 1.5×10-4 и значение покрытия мтДНК в 50% для фильтрации bam-файлов мтДНК, пригодных для дальнейшего анализа.
После этого проводят поиск нуклеотидных вариантов (однонуклеотидных замен, инсерций и делеций), отбрасывают варианты, локализованные в гомополимерных регионах, при этом гомополимерным вариант считается, если ему предшествуют 2 и более одноименных нуклеотида, проводят на фильтрованном наборе обнаруженных вариантов анализ гаплогрупп мтДНК и аннотацию вариантов для выявления мутаций с потенциальной клинической значимостью.
Изобретение осуществляется следующим образом.
Процесс биоинформатического анализа результатов секвенирования включает следующие стадии.
А) Предобработка образцов
Предобработка образцов осуществляется согласно протоколу, описанному в патенте, раскрывающем способ неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода (RU 2712175, опубл. 24.01.2020).
Б) Отбор чтений митохондриальной ДНК
Отбор чтений митохондриальной ДНК из общего количество чтений секвенированного образца внеклеточной ДНК из плазмы крови матери. Отбор проводится после выравнивания чтений в формате bam-файлов на референсный геном человека (сборка hg19). Чтения с выравниванием на митохондриальную ДНК (chrM) отбираются для последующего анализа.
В) Подсчет доли чтений мтДНК
Подсчет количества чтений в полученных в шаге Б bam-файлах и чтений митохондриальной ДНК и в общих bam-файлах осуществлялся с помощью программы Samtools (Li, Н.; Handsaker, В.; Wysoker, A.; Fennell, Т.; Ruan, J.; Homer, N.; Marth, G.; Abecasis, G.; Durbin, R.; 1000 Genome Project Data Processing Subgroup.The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics 2009, 25, 2078-2079, doi:10.1093/bioinformatics/btp352.), уровень мтДНК вычислялся как соотношение чтений, приходящихся на мтДНК (chrM) к общему числу чтений в bam-файле по формуле
Увеличение доли мтДНК (mtDNA Rate) в образце является косвенным признаком контаминации образца материнским материалом, а потому образцы с повышенным содержанием мтДНК должны быть отнесены к группе повышенного риска получения ложноотрицательного результата НИПТ. По результатам статистического анализа было выбрано значение порога фильтрации для доли мтДНК, отклоняющееся от среднего значения на величину одного стандартного отклонения (1а), в нашей выборке равное 0.0005 (5×10-4), при котором в группу повышенного риска ложноотрицательного результата теста попадают образцы, превышающие пороговое значение содержания мтДНК.
Г) Анализ уровня покрытия мтДНК
Процент покрытия вычислялся для каждого bam-файла как процент позиций с ненулевым покрытием. Для получения информации по покрытию мтДНК в каждой из позиций в полученных в шаге Б bam-файлах использовался инструмент Samtools depth. Процент покрытой мтДНК вычислялся по формуле
Мы показали, что 500 чтений мтДНК достаточно, чтобы получить покрытие митохондриального генома, превышающее 90%. Для покрытия выше 95% требуется как минимум 600-700 чтений.
Для дальнейшего анализа отбирались образцы с уровнем покрытия, превышающим 50% (не менее 125 чтений мтДНК).
Д) Поиск и аннотация вариантов мтДНК
Поиск инделов и однонуклеотидных замен (SNPs) с использованием программ MuTect от GATK (McKenna, A.; Hanna, М.; Banks, Е.; Sivachenko, А.; Cibulskis, К.; Kernytsky, A.; Garimella, K.; Altshuler, D.; Gabriel, S.; Daly, M.; et al. The Genome Analysis Toolkit: A MapReduce Framework for Analyzing next-Generation DNA Sequencing Data. Genome Res. 2010, 20, 1297-1303, doi:10.1101/gr.107524.110.) в режиме анализа митохондриальной ДНК (MITOCHONDRIA).
Для минимизации влияния ошибок секвенирования проводился поиск вариантов, локализованных в гомополимерных регионах. Поиск осуществлялся с помощью программы VCFPolyX (Lindenbaum, P. JVarkit: Java-Based Utilities for Bioinformatics. 2015, doi:10.6084/m9.figshare.1425030.v1.), вычисляющей для каждого варианта показатель PolyX - количество одноименных нуклеотидов, предшествующих варианту. Варианты с показателем PolyX более 2 отсеивались как гомополимерные..
Аннотация вариантов проводилась с использованием модуля VariantAnnotator от GATK и баз данных ClinVar и dbSNP.
Е) Анализ гаплогрупп мтДНК
Анализ проводился на основе набора обнаруженных вариантов с использованием программы HAPLOGREP (Weissensteiner, Н.; Pacher, D.; 
, A.; Forer, L.; Specht, G.; Bandelt, H.-J.; Kronenberg, F.; Salas, A.; 
, S. HaploGrep 2: Mitochondrial Haplogroup Classification in the Era of High-Throughput Sequencing. Nucleic Acids Res 2016, 44, W58-W63, doi:10.1093/nar/gkw233.): определение суперклады мтДНК и более точное определение клады (при покрытии мтДНК выше 80%). Фильтрация результатов по показателю качества определения гаплогруппы (более 0.5), формирование отчета с полной гаплогруппой для образцов с показателем выше 0.8 и суперкладой для остальных образцов.
Предложенный способ анализа митохондриальной ДНК приложим к пренатальному тестированию следующим образом:
1) обнаружение мутаций мтДНК может быть использовано в качестве предварительного скрининга митохондриальных патологий Например, обнаружение с помощью нашего метода анализа точечной мутации, ассоциированной с тем или иным митохондриальным заболеванием, может стать для врача основанием к назначению дополнительных (традиционных) диагностических тестов для проверки отсутствия/наличия патологии, что будет способствовать повышению диагностической мощности пренатального тестирования.
2) обнаружение избытка митохондриального материала (равное избытку материнского материала), препятствующего корректной диагностике патологий плода, позволит снизить вероятность ложноотрицательных результатов (и тем самым повысить качество и точность неинвазивного пренатального теста). 'Избыток материнского материала чаще всего обнаруживается в образцах в случае длительной транспортировки вследствие деградации клеток крови и высвобождения их ДНК в плазму крови, а также у пациенток с высоким индексом массы тела (ИМТ). В таких случаях при неинвазивном пренатальном тестировании анеуплодии плода могут показывать значения из диапазона нормальных (часто пограничные значения), что приведет к ложноотрицательному результату теста. Количественный анализ митохондриальной ДНК в данном случае даст возможность выделить группу риска образцов с высоким содержанием митохондриальной ДНК и, соответственно, высокой вероятностью ложноотрицательного результата. Получение на таких образцах значений, попадающих в диапазон нормальных, однако превышающих среднестатистические, может служить основанием для проверки результата с помощью повторного неинвазивного/инвазивного тестирования. Дополнительным приложением может быть также анализ гаплогруппы мтДНК (анализ родословной по материнской линии), что не имеет непосредственной диагностической ценности, но является интересной и новой опцией в рамках неинвазивного пренатального тестирования.
Claims (5)
- Способ анализа митохондриальной ДНК для неинвазивного пренатального тертирования, в котором путем массового параллельного секвенирования внеклеточной ДНК плазмы крови матери при помощи полупроводниковой технологии получают bam-файлы с выравниванием чтений на геном человека, включающим дополнительные модули анализа, использующие чтения митохондриальной ДНК, в которых производят извлечение митохондриальных чтений из общего объема секвенированных данных, подсчет доли мтДНК в образце по формуле
-
- для последующего выявления уровня контаминации образца материнским материалом и определения образца в группу повышенного риска по получению ложноотрицательного результата НИПТ в случае получения значения доли мтДНК, превышающего 0.0005 (5×10-4), подсчет процента покрытия мтДНК по формуле
-
- фильтрацию bam-файлов с покрытием мтДНК ниже 50% как непригодных для митохондриального анализа, поиск вариантов мтДНК, а именно инделов и однонуклеотидных замен, и их аннотацию для выявления патогенных и условно патогенных вариантов ClinVar, полный до уровня отдельных клад в случае достаточного уровня покрытия не менее 80% митохондриальной ДНК или ориентировочный до уровня суперклады для bam-файлов с покрытием мтДНК ниже 80% анализ гаплогрупп мтДНК.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2772912C1 true RU2772912C1 (ru) | 2022-05-27 |
Family
ID=
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20140065621A1 (en) * | 2012-09-04 | 2014-03-06 | Natera, Inc. | Methods for increasing fetal fraction in maternal blood |
| RU2543155C1 (ru) * | 2014-02-03 | 2015-02-27 | Закрытое акционерное общество "Геноаналитика" | Способ неинвазивной диагностики анеуплоидий плода методом секвенирования |
| RU2627673C2 (ru) * | 2015-12-22 | 2017-08-09 | Закрытое акционерное общество "Геноаналитика" | Способ неинвазивной пренатальной диагностики анеуплоидий плода |
| RU2633752C2 (ru) * | 2015-12-17 | 2017-10-17 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта" (БФУ им. И. Канта) | Способ молекулярной диагностики митохондриальных патологий на основе технологии пиросеквенирования |
| RU2712175C1 (ru) * | 2019-11-14 | 2020-01-24 | Общество с ограниченной ответственностью "НИПТ" (ООО "НИПТ") | Способ неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода |
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20140065621A1 (en) * | 2012-09-04 | 2014-03-06 | Natera, Inc. | Methods for increasing fetal fraction in maternal blood |
| RU2543155C1 (ru) * | 2014-02-03 | 2015-02-27 | Закрытое акционерное общество "Геноаналитика" | Способ неинвазивной диагностики анеуплоидий плода методом секвенирования |
| RU2633752C2 (ru) * | 2015-12-17 | 2017-10-17 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта" (БФУ им. И. Канта) | Способ молекулярной диагностики митохондриальных патологий на основе технологии пиросеквенирования |
| RU2627673C2 (ru) * | 2015-12-22 | 2017-08-09 | Закрытое акционерное общество "Геноаналитика" | Способ неинвазивной пренатальной диагностики анеуплоидий плода |
| RU2712175C1 (ru) * | 2019-11-14 | 2020-01-24 | Общество с ограниченной ответственностью "НИПТ" (ООО "НИПТ") | Способ неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| AU2021202149B2 (en) | Detecting repeat expansions with short read sequencing data | |
| US20200005895A1 (en) | Analysis of fragmentation patterns of cell-free dna | |
| JP5938484B2 (ja) | ゲノムのコピー数変異の有無を判断する方法、システム及びコンピューター読み取り可能な記憶媒体 | |
| TR201904345T4 (tr) | Genetik Varyasyonları Non-İnvazif Değerlendirme Yöntemi | |
| JP7067896B2 (ja) | 品質評価方法、品質評価装置、プログラム、および記録媒体 | |
| KR101614471B1 (ko) | 유전체 서열분석을 이용한 태아 염색체 이수성의 진단 방법 및 장치 | |
| EA017966B1 (ru) | Диагностика фетальной хромосомной анэуплоидии с использованием геномного секвенирования | |
| JP2021505977A (ja) | 体細胞突然変異のクローン性を決定するための方法及びシステム | |
| CN105143466A (zh) | 通过大规模平行rna测序分析母亲血浆转录组 | |
| JP2020529648A (ja) | 既知又は未知の遺伝子型の複数のコントリビューターからのｄｎａ混合物の分解及び定量化のための方法並びにシステム | |
| JP2022522565A (ja) | 短タンデム反復領域の変動を決定するための配列グラフ系ツール | |
| JP2023552507A (ja) | ゲノムの反復領域内のショートリードを可視化するための方法及びシステム | |
| AU2018244815A1 (en) | Method of detecting a fetal chromosomal abnormality | |
| EP3977459A1 (en) | Limit of detection based quality control metric | |
| RU2772912C1 (ru) | Способ анализа митохондриальной ДНК для неинвазивного пренатального тестирования | |
| US11869630B2 (en) | Screening system and method for determining a presence and an assessment score of cell-free DNA fragments | |
| KR102519739B1 (ko) | 2단계 Z-score에 기반한 비침습적 산전 검사 방법 및 장치 | |
| RU2712175C1 (ru) | Способ неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода | |
| CN116497106B (zh) | 一种产前诊断中母源污染的鉴别方法 | |
| Retnomawarti et al. | The Bioinformatics Application in Detecting Germline and Somatic Variants towards Breast Cancer using Next Generation Sequencing | |
| GB2564846A (en) | Prenatal screening and diagnostic system and method |