RU2770803C1 - Method for detecting the dna of the bacterium mycobacterium tuberculosis for the diagnosis of tuberculosis - Google Patents
Method for detecting the dna of the bacterium mycobacterium tuberculosis for the diagnosis of tuberculosis Download PDFInfo
- Publication number
- RU2770803C1 RU2770803C1 RU2021123618A RU2021123618A RU2770803C1 RU 2770803 C1 RU2770803 C1 RU 2770803C1 RU 2021123618 A RU2021123618 A RU 2021123618A RU 2021123618 A RU2021123618 A RU 2021123618A RU 2770803 C1 RU2770803 C1 RU 2770803C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- tuberculosis
- dna
- mycobacterium tuberculosis
- primers
- probe
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/70—Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
- C12N15/72—Expression systems using regulatory sequences derived from the lac-operon
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
Abstract
Description
Изобретение относится к области молекулярной биологии и диагностической медицины и может быть использовано для индикации М. tuberculosis в образце ДНК.The invention relates to the field of molecular biology and diagnostic medicine and can be used to indicate M. tuberculosis in a DNA sample.
Уже в течение нескольких столетий туберкулез (ТВ) входит в число самых сложных для лечения и летальных инфекционных заболеваний. Всемирная Организация Здоровья сообщает о почти 53-х миллионах умерших с 2000 по 2016 годы. Своевременная диагностика туберкулеза абсолютно необходима как для эффективного лечения, так и для карантинных мероприятий, разрывающих пути передачи этого контагиозного заболевания.For several centuries, tuberculosis (TB) has been among the most difficult to treat and lethal infectious diseases. The World Health Organization reports nearly 53 million deaths between 2000 and 2016. Timely diagnosis of tuberculosis is absolutely essential both for effective treatment and for quarantine measures that cut off the transmission of this contagious disease.
Классическими лабораторными методами диагностики комплекса Mycobacterium tuberculosis (МТВ) являются микроскопический анализ мазков мокроты, окрашенных по Цилю-Нильсену или с помощью флуоресцентно-меченных антител, специфичных к М. tubeculosis, а также изоляция микобактерий с помощью культуральных микробиологических методов [1-5]. Культуральные методы диагностики ТВ сегодня являются золотым стандартом, однако требуют много времени (до 12 недель) и организационных мероприятий для поддержания адекватного лабораторного пространства.Classical laboratory methods for diagnosing the Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) are microscopic analysis of sputum smears stained by Ziehl-Neelsen or using fluorescently labeled antibodies specific for M. tubeculosis, as well as isolation of mycobacteria using cultural microbiological methods [1-5]. Cultural methods for diagnosing TB are today the gold standard, but require a lot of time (up to 12 weeks) and organizational measures to maintain an adequate laboratory space.
Актуальной задачей является разработка более быстрых молекулярно-генетических тестов с целью выявления присутствия микобактерий туберкулеза в клинических образцах. Сегодня к ним также добавляются тесты для определения лекарственной резистентности.An urgent task is to develop faster molecular genetic tests to detect the presence of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. Today, tests to determine drug resistance are also being added to them.
Известен способ выявления микобактерий туберкулеза путем ПЦР-амплификации фрагмента размером 383 п.о. гена, кодирующего антиген с молекулярным весом около 65 кД (groEL шаперон), общий для микобактерий, с последующим определением вида путем гибридизации с внутренним специфичным радиоактивно меченным олигонуклеотидом [6].A known method for detecting Mycobacterium tuberculosis by PCR amplification of a 383 bp fragment. a gene encoding an antigen with a molecular weight of about 65 kDa (groEL chaperone), common to mycobacteria, followed by species identification by hybridization with an internal specific radioactively labeled oligonucleotide [6].
Известны разработки подобных тест-систем диагностики туберкулеза в России [6]. В последующие несколько лет разными авторами другие гены были предложены в качестве мишени для диагностического выявления микобактериальной ДНК [7]. Однако наиболее значимым и интересным для клинической практики является открытие мобильного генетического элемента IS6110 и дальнейшее его использование в качестве мультикопийной мишени для ПЦР с повышенной чувствительностью в отношении выявления микобактерий туберкулеза [8, 9]. Мобильный элемент (фрагмент) IS6110 (GenBank no. Х52471) является специфичной для туберкулезного комплекса микобактерий инсерционной последовательностью. Практически сразу после его открытия в 1990 году были разработаны олигонуклеотидные праймеры для выявления последовательности IS6110 с помощью ПЦР, которые были описаны в патенте [10]. Фрагмент IS6110 был в дальнейшем также использован в качестве гибридизационной пробы для молекулярно-эпидемиологического анализа изолятов микобактерий туберкулеза, получив широкое распространение [11-14]. Несмотря на расширение списка генетических мишеней для диагностики ТВ с помощью различных методов амплификации ДНК: Mtb64 [15, 16], rRNA [17], МТВ65 [18] и другие [19-21], фрагмент IS6110 остается наиболее часто используемой мишенью для диагностических целей ввиду его специфичности и мультикопийности в большинстве описанных к настоящему моменту изолятов М. tuberculosis.There are known developments of similar test systems for diagnosing tuberculosis in Russia [6]. In the next few years, other genes were proposed by various authors as targets for the diagnostic detection of mycobacterial DNA [7]. However, the most significant and interesting for clinical practice is the discovery of the mobile genetic element IS6110 and its further use as a multicopy target for PCR with increased sensitivity to the detection of Mycobacterium tuberculosis [8, 9]. Mobile element (fragment) IS6110 (GenBank no. X52471) is a specific insertion sequence for the tuberculosis complex of mycobacteria. Almost immediately after its discovery in 1990, oligonucleotide primers were developed to detect the IS6110 sequence using PCR, which were described in the patent [10]. The IS6110 fragment was later also used as a hybridization probe for molecular epidemiological analysis of Mycobacterium tuberculosis isolates and became widely used [11–14]. Despite the expansion of the list of genetic targets for diagnosing TB using various DNA amplification methods: Mtb64 [15, 16], rRNA [17], MTB65 [18] and others [19–21], the IS6110 fragment remains the most frequently used target for diagnostic purposes. due to its specificity and multicopy in most of the M. tuberculosis isolates described so far.
Несмотря на важное практическое значение выявления нуклеотидной последовательности фрагмента IS6110, лишь небольшое число работ было посвящено исследованию консервативности его структуры [11, 22, 23]. Более того, в литературе также описаны изоляты микобактерий без фрагмента IS6110 [24, 25].Despite the great practical importance of revealing the nucleotide sequence of the IS6110 fragment, only a small number of works have been devoted to the study of the conservation of its structure [11, 22, 23]. Moreover, the literature also describes isolates of mycobacteria without the IS6110 fragment [24, 25].
Сегодня огромный пласт информации о структуре генома тысяч изолятов микобактерий туберкулеза, публично доступный в международных базах данных, дает уникальную возможность анализа особенностей копийности и консервативности отдельных регионов генома МТВ in silico для оценки их потенциала в качестве мишеней для дизайна молекулярно-диагностических систем (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/). Таким образом, используя новые данные о структурах геномов М. tuberculosis становится возможным повышение чувствительности существующих ПЦР-тест-систем по выявлению данного патогена с помощью амплификации участка фрагмента IS6110 посредством конструирования праймеров и зондов на участки, которые наиболее часто присутствуют в геномах М. tuberculosis, а также имеют наименьшее нуклеотидное разнообразие.Today, a huge amount of information on the genome structure of thousands of Mycobacterium tuberculosis isolates, publicly available in international databases, provides a unique opportunity to analyze the copy number and conservatism of individual regions of the MTB genome in silico to assess their potential as targets for the design of molecular diagnostic systems (https:/ /www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/). Thus, using new data on the structures of the genomes of M. tuberculosis, it becomes possible to increase the sensitivity of existing PCR test systems for the detection of this pathogen by amplifying the site of the IS6110 fragment by designing primers and probes for the sites that are most often present in the genomes of M. tuberculosis, and also have the least nucleotide diversity.
Наиболее близким к заявленному способу - прототипом, является способ выявления ДНК бактерии Mycobacterium tuberculosis, включающий выделение ДНК из образца, проведение ПЦР с детекцией сигнала в режиме реального времени, с использованием набора олигонуклеотидных праймеров и зонда длиной 5-40 нуклеотидов, комплементарных одному из участков с 1300-го по 2100-й нуклеотид в последовательности IS6110 (GenBank Accession № AJ 242908) [26].Closest to the claimed method - prototype, is a method for detecting DNA of the bacterium Mycobacterium tuberculosis, including DNA extraction from a sample, PCR with real-time signal detection, using a set of oligonucleotide primers and a probe 5-40 nucleotides long, complementary to one of the sections with
Недостатком данного способа является низкая клиническая чувствительность способа ввиду того, что праймеры и зонд комплементарны неконсервативным участкам или участкам, редко представленным в геномах данного патогена.The disadvantage of this method is the low clinical sensitivity of the method due to the fact that the primers and the probe are complementary to non-conservative regions or regions rarely present in the genomes of this pathogen.
Задачей изобретения является создание нового способа выявления ДНК бактерии Mycobacterium tuberculosis с помощью ПЦР-амплификации консервативного района фрагмента IS6110.The objective of the invention is to create a new method for detecting the DNA of the bacterium Mycobacterium tuberculosis using PCR amplification of the conservative region of the IS6110 fragment.
Технический результат: повышение клинической и аналитической чувствительности способа.EFFECT: increased clinical and analytical sensitivity of the method.
Поставленная задача достигается предлагаемым способом, заключающимся в следующем.The task is achieved by the proposed method, which consists in the following.
Из полученного биологического образца выделяют ДНК любым из известных способов (например, сорбцией на магнитных частицах), затем с последней проводят ПЦР, используя один из двух разработанных наборов праймеров и флуоресцентного зонда, представленных в таблице 1. Зонд может содержать любую из подходящих пар флуорофор-тушитель (например, HEX и BHQ). ПЦР проводят в амплификаторе с детекцией сигнала в режиме реального времени (например, Bio-Rad CFX96) по программе, позволяющей проводить такую амплификацию. Например, для полимеразы с горячим стартом возможно использование следующей программы: 96°С - 15 минуты, (96°С - 10 секунд, 60°С - 30 секунд с детекцией сигнала) - 40 циклов. Параллельно с исследуемым образцом анализируют отрицательный контроль. В случае, если кривая накопления сигнала для исследуемого образца выходит на экспоненциальный рост до кривой для отрицательного контроля, образец считают содержащим ДНК М. tuberculosis.From the resulting biological sample, DNA is isolated by any of the known methods (for example, by sorption on magnetic particles), then PCR is performed on the latter using one of the two developed sets of primers and a fluorescent probe presented in Table 1. The probe can contain any of the appropriate pairs of fluorophore- extinguisher (eg HEX and BHQ). The PCR is carried out in an amplifier with real-time signal detection (for example, Bio-Rad CFX96) using a program that allows such amplification. For example, for a hot start polymerase, the following program can be used: 96°C - 15 minutes, (96°C - 10 seconds, 60°C - 30 seconds with signal detection) - 40 cycles. In parallel with the test sample, a negative control is analyzed. If the signal accumulation curve for the test sample rises exponentially to the curve for the negative control, the sample is considered to contain M. tuberculosis DNA.
Для конструирования праймеров и зондов были использованы последовательности геномов из базы данных GenBank, также были определены наиболее часто встречающиеся и консервативные участки мобильного элемента IS6110 (фиг. 1), на которые были сконструированы два набора праймеров и зондов (таблица 1). Используя все доступные геномы, было проведено сравнение с известными тест-системами сконструированных наборов праймеров in silico. На фиг. 2 представлено сравнение праймеров и зондов, предлагаемых в данном изобретении, и тест-систем из литературы по числу последовательностей IS6110 (А) и числу геномов (Б), для которых предсказано in silico, что система их будет детектировать. Для обоих сконструированных наборов процент геномов, с которыми праймеры взаимодействовали, превосходил существующие олигонуклеотидные праймеры, следовательно, они будут иметь большую клиническую чувствительность (фиг. 2). Предсказанная чувствительность для двух наборов праймеров и зондов из Таблицы 1 составила 99,1 и 98,4%, соответственно. В то же время, для праймеров из литературы теоретическая чувствительность была в пределах от 95,3 до 97,7%. Кроме того, предлагаемые праймеры и зонды способны связываться и с большим числом различных последовательностей IS6110, что приводит к повышению аналитической чувствительности такого теста.To design primers and probes, genome sequences from the GenBank database were used, and the most common and conserved regions of the IS6110 mobile element were determined (Fig. 1), on which two sets of primers and probes were designed (Table 1). Using all available genomes, a comparison was made with known test systems of the designed in silico primer sets. In FIG. 2 shows a comparison of the primers and probes of this invention and test systems from the literature in terms of the number of IS6110 sequences (A) and the number of genomes (B) predicted in silico that the system will detect them. For both sets designed, the percentage of genomes that the primers interacted with exceeded existing oligonucleotide primers, hence they would have greater clinical sensitivity (FIG. 2). The predicted sensitivity for the two sets of primers and probes from Table 1 was 99.1% and 98.4%, respectively. At the same time, for primers from the literature, the theoretical sensitivity ranged from 95.3 to 97.7%. In addition, the proposed primers and probes are able to bind to a large number of different IS6110 sequences, which leads to an increase in the analytical sensitivity of such a test.
Определяющим отличием заявляемого способа, по сравнению с прототипом, является использование новых сконструированных праймеров и зондов, комплементарных консервативным участкам мобильного элемента геномов Mycobacterium - IS6110, которые присутствуют у большинства известных геномов М. tuberculosis, что позволяет повысить чувствительность предлагаемого способа.The defining difference of the proposed method, in comparison with the prototype, is the use of new designed primers and probes that are complementary to the conservative regions of the mobile element of the Mycobacterium genomes - IS6110, which are present in most known M. tuberculosis genomes, which makes it possible to increase the sensitivity of the proposed method.
Разработанный способ может быть использован клиническими лабораториями для исследования образцов ДНК, выделенных из биологического материала различного происхождения (например, мокроты).The developed method can be used by clinical laboratories to study DNA samples isolated from biological material of various origins (for example, sputum).
Изобретение иллюстрируется следующими примерами конкретного выполнения.The invention is illustrated by the following specific examples.
Пример 1. Исследование образцов ДНК, выделенных из мокроты человека.Example 1. Study of DNA samples isolated from human sputum.
Образец мокроты центрифугируют 5 мин при 6,000 g. ДНК выделяют из полученного осадка с использованием набора реагентов QIAGEN QIAamp DNA mini kit (QIAGEN, Valencia, CA). Далее с выделенным образцом ДНК проводят количественную ПЦР в амплификаторе CFX 96 (Bio-Rad Laboratories, США) в объеме 20 мкл, содержащем 1 × буфер для ПЦР (65 мМ Tris-HCl рН 8,9, 24 мМ (NH4)2SO4, 0,05% Tween 20, 2,5 мМ MgCl2), по 0,3 мкМ каждого праймера из набора №1 и 0,1 мкМ зонда из набора №1 (таблица 1), 1 е.а. Taq-полимеразы (Биосан; Россия) и образец ДНК. Амплификацию проводят согласно следующей программе: денатурация при температуре 95°С в течение 3 мин; 45 циклов со следующими стадиями: денатурация при температуре 95°С в течение 10 с; отжиг и элонгация при температуре 60°С в течение 40 с, съем сигнала флуоресценции по каналу HEX на длине волны 556 нм. Параллельно с исследуемым образцом проводят амплификацию отрицательного и положительного образцов. Кривая накопления сигнала, построенная программным обеспечением CFX Manager (Bio-Rad), для исследуемого образца выходит на экспоненциальный рост до кривой накопления сигнала для отрицательного образца, следовательно в исследуемом образце присутствует ДНК бактерии М. tuberculosis.The sputum sample is centrifuged for 5 min at 6,000 g. DNA was isolated from the resulting pellet using the QIAGEN QIAamp DNA mini kit (QIAGEN, Valencia, CA). Next, a quantitative PCR was performed with the isolated DNA sample in a CFX 96 amplifier (Bio-Rad Laboratories, USA) in a volume of 20 μl containing 1 × PCR buffer (65 mM Tris-HCl pH 8.9, 24 mM (NH 4 ) 2 SO 4 , 0.05% Tween 20, 2.5 mM MgCl 2 ), 0.3 μM of each primer from set No. 1 and 0.1 μM of probe from set No. 1 (Table 1), 1 u.a. Taq polymerase (Biosan; Russia) and DNA sample. Amplification is carried out according to the following program: denaturation at a temperature of 95°C for 3 min; 45 cycles with the following stages: denaturation at 95°C for 10 s; annealing and elongation at a temperature of 60°C for 40 s, pick up the fluorescence signal through the HEX channel at a wavelength of 556 nm. In parallel with the test sample, amplification of the negative and positive samples is carried out. The signal accumulation curve plotted by the CFX Manager software (Bio-Rad) for the test sample rises exponentially to the signal accumulation curve for the negative sample, therefore DNA of the bacterium M. tuberculosis is present in the test sample.
Пример 2. Исследование образцов ДНК, выделенных из мокроты человека, с помощью набора праймеров и зонда №2.Example 2. Study of DNA samples isolated from human sputum using a set of primers and probe No. 2.
Все процедуры проводили аналогично примеру 1, за исключением того, что в ПЦР используют набор праймеров и зонда №2 из таблицы 1. Кривая накопления сигнала, построенная программным обеспечением GFX Manager (Bio-Rad), для исследуемого образца выходит на экспоненциальный рост до кривой накопления сигнала для отрицательного образца, следовательно в исследуемом образце присутствует ДНК бактерии М. tuberculosis.All procedures were carried out similarly to example 1, except that the primer set and probe No. 2 from Table 1 were used in PCR. signal for a negative sample, therefore DNA of the bacterium M. tuberculosis is present in the test sample.
Пример 3. Исследование образцов ДНК, выделенных из мокроты человека, с помощью набора праймеров и зонда №1 на приборе LightCycler96.Example 3. Study of DNA samples isolated from human sputum using a set of primers and probe No. 1 on the LightCycler96 instrument.
Все процедуры проводят аналогично примеру 1, за исключением того, что ПЦР-амплификацию проводят на приборе LightCycler96 (Roche). Кривая накопления сигнала, построенная программным обеспечением CFX Manager (Bio-Rad), для исследуемого образца выходит на экспоненциальный рост до кривой накопления сигнала для отрицательного образца, следовательно в исследуемом образце присутствует ДНК бактерии М. tuberculosis.All procedures are carried out analogously to example 1, except that PCR amplification is carried out on a LightCycler96 instrument (Roche). The signal accumulation curve generated by the CFX Manager software (Bio-Rad) for the test sample rises exponentially to the signal accumulation curve for the negative sample, therefore M. tuberculosis DNA is present in the test sample.
Таким образом, разработанный новый способ выявления ДНК бактерии М. tuberculosis обладает большей чувствительностью по сравнению с существующими способами, (из чего это видно, привести доказательство)Thus, the developed new method for detecting the DNA of the bacterium M. tuberculosis is more sensitive than existing methods (from which it can be seen, provide proof)
Источники информацииInformation sources
1. Лискова Е.А., Слинина К.Н., Берус М.В., Гришина Н.В. Способ первичной идентификации микобактерий комплекса М. tuberculosis от нетуберкулезных микобактерий //2015.1. Liskova E.A., Slinina K.N., Berus M.V., Grishina N.V. A method for the primary identification of mycobacteria of the M. tuberculosis complex from non-tuberculous mycobacteria //2015.
2. Лазовская А.Л., Рачкова О.Ф., Фокина Е.И., Ильина Е.А. Способ идентификации микобактерий М. bovis и М. tuberculosis // 1992.2. Lazovskaya A.L., Rachkova O.F., Fokina E.I., Ilyina E.A. Method for identification of mycobacteria M. bovis and M. tuberculosis // 1992.
3. Нуратинов Р.А., Агамагомедовна, Вердиева Э. Способ идентификации возбудителей туберкулеза бычьего (М. bovis) и человеческого (М. tuberculosis) видов // 2012.3. Nuratinov R.A., Agamagomedovna, Verdieva E. A method for identifying causative agents of bovine (M. bovis) and human (M. tuberculosis) tuberculosis species // 2012.
4. Жемков В.Ф., Ермаков И.И., Мельтрегер Б.И. Способ диагностики туберкулеза// 1995.4. Zhemkov V.F., Ermakov I.I., Meltreger B.I. A method for diagnosing tuberculosis // 1995.
5. Мордовской Г.Г., Мальцева А.С. Способ выявления микобактерий туберкулеза из резецированной ткани легкого // 2009.5. Mordovskoy G.G., Maltseva A.S. A method for detecting Mycobacterium tuberculosis from resected lung tissue // 2009.
6. Мальков И.Г. Способ индикации возбудителей туберкулеза М. tuberculosis и М. bovis // 1996.6. Malkov I.G. Method of indication of causative agents of tuberculosis M. tuberculosis and M. bovis // 1996.
7. Tiwari R.P., Hattikudur N.S., Bharmal R.N., Kartikeyan S., Deshmukh N.M., Bisen P.S. Modern approaches to a rapid diagnosis of tuberculosis: Promises and challenges ahead // Tuberculosis. - 2007. - V. 87. - No. 3. - P. 193-201.7. Tiwari R.P., Hattikudur N.S., Bharmal R.N., Kartikeyan S., Deshmukh N.M., Bisen P.S. Modern approaches to a rapid diagnosis of tuberculosis: Promises and challenges ahead // Tuberculosis. - 2007. - V. 87. - No. 3. - P. 193-201.
8. Eisenach K.D., Cave M.D., Bates J.H., Crawford J.T. Polymerase chain reaction amplification of a repetitive DNA sequence specific for Mycobacterium tuberculosis // J. Infect. Dis. - 1990. - V. 161. - No. 5. - P. 977-981.8. Eisenach K.D., Cave M.D., Bates J.H., Crawford J.T. Polymerase chain reaction amplification of a repetitive DNA sequence specific for Mycobacterium tuberculosis // J. Infect. Dis. - 1990. - V. 161. - No. 5. - P. 977-981.
9. Thierry D., Brisson-Noel A., Vincent-Levy-Frebault V., Nguyen S., Guesdon J.L., Gicquel B. Characterization of a Mycobacterium tuberculosis insertion sequence, IS6110, and its application in diagnosis // J. Clin. Microbiol. - 1990. - V. 28. - No. 12. - P. 2668-2673.9. Thierry D., Brisson-Noel A., Vincent-Levy-Frebault V., Nguyen S., Guesdon J.L., Gicquel B. Characterization of a Mycobacterium tuberculosis insertion sequence, IS6110, and its application in diagnosis // J. Clin . microbiol. - 1990. - V. 28. - No. 12. - P. 2668-2673.
10. Guesdon J.-L., Thierry D., Ullmann A., Gicquel В., Brisson-Noel A. Fragments of nucleic acids derived from an appropriate mycobacteria genome, their applications in the diagnosis of mycobateria infections and plasmides containing said fragments // 1990.10. Guesdon J.-L., Thierry D., Ullmann A., Gicquel B., Brisson-Noel A. Fragments of nucleic acids derived from an appropriate mycobacteria genome, their applications in the diagnosis of mycobateria infections and plasmides containing said fragments // 1990.
11. Cave M.D., Eisenach K.D., McDermott P.F., Bates J.H., Crawford J.T. IS6110: Conservation of sequence in the Mycobacterium tuberculosis complex and its utilization in DNA fingerprinting // Mol. Cell. Probes. - 1991. - V. 5. - No. l. - P. 73-80.11. Cave M.D., Eisenach K.D., McDermott P.F., Bates J.H., Crawford J.T. IS6110: Conservation of sequence in the Mycobacterium tuberculosis complex and its utilization in DNA fingerprinting // Mol. cell. Probes. - 1991. - V. 5. - No. l. - P. 73-80.
12. Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Вязовая А.А., Вишневский Б.И., Нарвская O.B. Способ выявления микобактерий туберкулеза генотипа Beijing // 2008.12. Mokrousov I.V., Otten T.F., Vyazovaya A.A., Vishnevsky B.I., Narvskaya O.V. Method for detecting Mycobacterium tuberculosis of Beijing genotype // 2008.
13. Мокроусов И.В., Вязовая А.А., Оттен Т.Ф., Вишневский Б.И., Растоп: Н., Нарвская О.В. Способ выявления микобактерий туберкулеза генотипа Beijing в режиме реального времени // 2011.13. Mokrousov I.V., Vyazovaya A.A., Otten T.F., Vishnevsky B.I., Rastop: N., Narvskaya O.V. A method for detecting Mycobacterium tuberculosis of the Beijing genotype in real time // 2011.
14. Мокроусов И.В., Вязовая А.А., Журавлев В.Ю., et al. Способ выявления микобактерий туберкулеза генетического кластера Beijing B0/W148 // 2014.14. Mokrousov I.V., Vyazovaya A.A., Zhuravlev V.Yu., et al. Method for detecting Mycobacterium tuberculosis of the Beijing B0/W148 genetic cluster // 2014.
15. Shankar P., Manjunath N., Lakshmi R., Aditi В., Seth P., Shriniwas. Identification of Mycobacterium tuberculosis by polymerase chain reaction // Lancet. - 1990. - V. 335. - No. 8686. - P. 423.15. Shankar P., Manjunath N., Lakshmi R., Aditi B., Seth P., Shriniwas. Identification of Mycobacterium tuberculosis by polymerase chain reaction // Lancet. - 1990. - V. 335. - No. 8686. - P. 423.
16. Manjunath N., Shankar P., Rajan L., Bhargava A., Saluja S., Shriniwas. Evaluation of a polymerase chain reaction for the diagnosis of tuberculosis // Tubercle. - 1991. - V. 72. - No. l. - P. 21-27.16. Manjunath N., Shankar P., Rajan L., Bhargava A., Saluja S., Shriniwas. Evaluation of a polymerase chain reaction for the diagnosis of tuberculosis // Tubercle. - 1991. - V. 72. - No. l. - P. 21-27.
17. Boddinghaus В., Rogall Т., Flohr Т., Blocker H., Bottger E.C. Detection and identification of mycobacteria by amplification of rRNA // J. Clin. Microbiol. -1990.-V. 28.-No. 8.-P. 1751-1759.17. Boddinghaus B., Rogall T., Flohr T., Blocker H., Bottger E.C. Detection and identification of mycobacteria by amplification of rRNA // J. Clin. microbiol. -1990.-V. 28.-No. 8.-P. 1751-1759.
18. Kikuchi Y., Oka S., Kimura S., Mitamura K., Shimada K. Clinical Application of the Polymerase Chain Reaction for a Rapid Diagnosis of Mycobacterium tuberculosis Infection // Intern. Med. - 1992. - V. 31. - No. 8. -P. 1016-1022.18. Kikuchi Y., Oka S., Kimura S., Mitamura K., Shimada K. Clinical Application of the Polymerase Chain Reaction for a Rapid Diagnosis of Mycobacterium tuberculosis Infection // Intern. Med. - 1992. - V. 31. - No. 8.-P. 1016-1022.
19. Zhao J., Wang Y., Li D., et al. An efficient alternative marker for specific identification of Mycobacterium tuberculosis // World J. Microbiol. Biotechnol. - 2014. - V. 30. - No. 8. - P. 2189-2197.19. Zhao J., Wang Y., Li D., et al. An efficient alternative marker for specific identification of Mycobacterium tuberculosis // World J. Microbiol. Biotechnol. - 2014. - V. 30. - No. 8. - P. 2189-2197.
20. Алланд Д., Чакраворти С. Праймеры и зонды для полимеразной цепной реакции для обнаружения Mycobacterium tuberculosis //2015.20. Alland D., Chakravorty S. Primers and probes for polymerase chain reaction for the detection of Mycobacterium tuberculosis //2015.
21. Литвинов В.И., Мороз A.M., Скотникова О.И., Демкин В.В., Соболев А.Ю., Николаева Н.П. Способ диагностики туберкулеза // 1999.21. Litvinov V.I., Moroz A.M., Skotnikova O.I., Demkin V.V., Sobolev A.Yu., Nikolaeva N.P. A method for diagnosing tuberculosis // 1999.
22. Qin L., Gao S., Wang J., Zheng R., Lu J., Hu Z. The Conservation and Application of Three Hypothetical Protein Coding Gene for Direct Detection of Mycobacterium tuberculosis in Sputum Specimens // PLoS One. - 2013. - V. 8. -No. 9.-P. e73955.22. Qin L., Gao S., Wang J., Zheng R., Lu J., Hu Z. The Conservation and Application of Three Hypothetical Protein Coding Gene for Direct Detection of Mycobacterium tuberculosis in Sputum Specimens // PLoS One. - 2013. - V. 8. - No. 9.-P. e73955.
23. Dale J.W., Tang Т.Н., Wall S., Zainuddin Z.F., Plikaytis B. Conservation of IS6110 sequence in strains of Mycobacterium tuberculosis with single and multiple copies // Tuber. Lung Dis. - 1997. - V. 78. - No. 5-6. - P. 225-227.23. Dale J.W., Tang T.N., Wall S., Zainuddin Z.F., Plikaytis B. Conservation of IS6110 sequence in strains of Mycobacterium tuberculosis with single and multiple copies // Tuber. lung dis. - 1997. - V. 78. - No. 5-6. - P. 225-227.
24. Lok K.H., Benjamin W.H., Kimerling M.E., et al. Molecular differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains without IS6110 insertions // Emerg. Infect. Dis. -2002. - V. 8.-No. 11.-P. 1310-1313.24. Lok K.H., Benjamin W.H., Kimerling M.E., et al. Molecular differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains without IS6110 insertions // Emerg. Infect. Dis. -2002. - V. 8.-No. 11.-P. 1310-1313.
25. Hellyer T.J., Desjardin L.E., Assaf M.K., Bates J.H., Cave M.D., Eisenach K.D. Specificity of IS6110-based amplification assays for Mycobacterium tuberculosis complex // J. Clin. Microbiol. - 1996. - V. 34. - No. 11. - P. 2843-2846.25. Hellyer T.J., Desjardin L.E., Assaf M.K., Bates J.H., Cave M.D., Eisenach K.D. Specificity of IS6110-based amplification assays for Mycobacterium tuberculosis complex // J. Clin. microbiol. - 1996. - V. 34. - No. 11. - P. 2843-2846.
26. Sohyeon В., Seongyeol G., Haejun В., Hano В., Sangjin B. Primer and probe for diagnosing tuberculosis, a kit comprising the same and a tuberculosis-diagnosing method using the kit // 2010.26. Sohyeon B., Seongyeol G., Haejun B., Hano B., Sangjin B. Primer and probe for diagnosing tuberculosis, a kit comprising the same and a tuberculosis-diagnosing method using the kit // 2010.
Claims (1)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2021123618A RU2770803C1 (en) | 2021-08-05 | 2021-08-05 | Method for detecting the dna of the bacterium mycobacterium tuberculosis for the diagnosis of tuberculosis |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2021123618A RU2770803C1 (en) | 2021-08-05 | 2021-08-05 | Method for detecting the dna of the bacterium mycobacterium tuberculosis for the diagnosis of tuberculosis |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2770803C1 true RU2770803C1 (en) | 2022-04-21 |
Family
ID=81306253
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2021123618A RU2770803C1 (en) | 2021-08-05 | 2021-08-05 | Method for detecting the dna of the bacterium mycobacterium tuberculosis for the diagnosis of tuberculosis |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2770803C1 (en) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU94017389A (en) * | 1994-05-10 | 1996-06-10 | Индивидуальное частное предприятие - Фирма "ВЭНС" | Method of tuberculosis pathogen indication mycobacterium tuberculosis and mycobacterium bovis |
| WO2012002598A1 (en) * | 2010-07-02 | 2012-01-05 | (주)바이오니아 | Primer and probe for diagnosing tuberculosis, a kit comprising the same and a tuberculosis-diagnosing method using the kit |
-
2021
- 2021-08-05 RU RU2021123618A patent/RU2770803C1/en active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU94017389A (en) * | 1994-05-10 | 1996-06-10 | Индивидуальное частное предприятие - Фирма "ВЭНС" | Method of tuberculosis pathogen indication mycobacterium tuberculosis and mycobacterium bovis |
| WO2012002598A1 (en) * | 2010-07-02 | 2012-01-05 | (주)바이오니아 | Primer and probe for diagnosing tuberculosis, a kit comprising the same and a tuberculosis-diagnosing method using the kit |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| HELLYER T.J., et al, Specificity of IS6110-based amplification assays for Mycobacterium tuberculosis complex, J. Clin. Microbiol. - 1996. - V. 34. - No. 11. - p. 2843-2846. * |
| WO/2012/002598, 05.01.2012. HELLYER T.J., et al, Specificity of IS6110-based amplification assays for Mycobacterium tuberculosis complex, J. Clin. Microbiol. - 1996. - V. 34. - No. 11. - p. 2843-2846. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Nagesh et al. | Evaluation of polymerase chain reaction for detection of Mycobacterium tuberculosis in pleural fluid | |
| Dubosson et al. | Development of two real-time PCR assays for the detection of Mycoplasma hyopneumoniae in clinical samples | |
| Slack et al. | Evaluation of a modified Taqman assay detecting pathogenic Leptospira spp. against culture and Leptospira-specific IgM enzyme-linked immunosorbent assay in a clinical environment | |
| JP5299548B2 (en) | Primer and probe for detecting Mycobacterium intracellulare, and method for detecting Mycobacterium intracellulare using the same | |
| Pusterla et al. | Real‐time polymerase chain reaction: a novel molecular diagnostic tool for equine infectious diseases | |
| Khosravi et al. | Identification of Mycobacterium tuberculosis in clinical specimens of patients suspected of having extrapulmonary tuberculosis by application of nested PCR on five different genes | |
| US20130065231A1 (en) | Primer and Probe for Use In Detection of Mycobacterium Kansasii and Method for Detection of Mycobacterium Kansasii Using The Same | |
| EP2383349B1 (en) | Primer and probe for detection of mycobacterium avium and method for detection of mycobacterium avium using the same | |
| Kemp et al. | Routine ribosomal PCR and DNA sequencing for detection and identification of bacteria | |
| EP2853594B1 (en) | Primer and probe for detection of Mycobacterium intracellulare, and method for detection of Mycobacterium intracellulare using the primer or the probe | |
| RU2770803C1 (en) | Method for detecting the dna of the bacterium mycobacterium tuberculosis for the diagnosis of tuberculosis | |
| JP2017189166A (en) | Method for diagnosing chronic pyoderma and diagnostic kit for chronic pyoderma | |
| Kechin et al. | Selection of IS6110 conserved regions for the detection of Mycobacterium tuberculosis using qPCR and LAMP | |
| RU2776163C1 (en) | Method for identifying the dna of bacterium mycobacterium tuberculosis using isothermal loop-mediated amplification | |
| Haile et al. | Colorimetric microtitre plate hybridization assay for the detection of Mycobacterium leprae 16S rRNA in clinical specimens | |
| EP2251422A1 (en) | Primer and probe for detecting chlamydophilia caviae, as well as chlamydophilia caviae detection method using the same | |
| RU2809735C1 (en) | Method for identifying mycobacterium tuberculosis bacteria using loop isothermal amplification (lamp) | |
| CN110791579B (en) | Real-time fluorescent quantitative PCR (polymerase chain reaction) detection kit and detection method for identifying chlamydophila abortus | |
| KR100657866B1 (en) | Method of detection for spotted fever group rickettsiae using nested pcr assay | |
| Figueroa et al. | Principles and Applications of Genomic Diagnostic Techniques | |
| Loy | Development and application of molecular diagnostics and proteomics to bovine respiratory disease (BRD) | |
| Shan et al. | Overcoming the Challenges of Lyme Disease Diagnosis: The Role of Phage-based Testing | |
| WO2015083056A2 (en) | Genetic markers for diagnosis of tuberculosis caused by mycobacterium tuberculosis | |
| CN117904334A (en) | Primer composition, kit and detection method for detecting mycobacterium tuberculosis complex | |
| CN117025805A (en) | Brucella specific nucleic acid detection method |