RU2765917C1 - Method for prediction of bacterial vaginosis recurrences - Google Patents
Method for prediction of bacterial vaginosis recurrences Download PDFInfo
- Publication number
- RU2765917C1 RU2765917C1 RU2021116883A RU2021116883A RU2765917C1 RU 2765917 C1 RU2765917 C1 RU 2765917C1 RU 2021116883 A RU2021116883 A RU 2021116883A RU 2021116883 A RU2021116883 A RU 2021116883A RU 2765917 C1 RU2765917 C1 RU 2765917C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- probability
- dna
- vaginalis
- recurrent
- genotypes
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
- G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
Abstract
Description
Изобретение относится к области медицины, а именно к клинической лабораторной диагностике, медицинской микробиологии, акушерству и гинекологии, и может быть использовано для прогнозирования рецидивов бактериального вагиноза (БВ). предназначено для врачей акушеров-гинекологов амбулаторного звена, занимающихся проблемами вагинальных инфекций, и для врачей клинической лабораторной диагностики и микробиологов, осуществляющих диагностику БВ.SUBSTANCE: invention relates to medicine, namely to clinical laboratory diagnostics, medical microbiology, obstetrics and gynecology, and can be used to predict relapses of bacterial vaginosis (BV). is intended for outpatient obstetrician-gynecologists who deal with problems of vaginal infections, and for clinical laboratory diagnostics doctors and microbiologists who diagnose BV.
БВ - это распространенное заболевание влагалища женщин репродуктивного возраста, которое может протекать как с развитием характерной симптоматики, так и бессимптомно. Примерно у 50% женщин может появиться неприятный запах из влагалища, выделения, зуд, а также повышение рН влагалища. БВ ассоциируют с целым рядом неблагоприятных исходов, связанных как с беременностью, так и с фертильностью [Leitich Н, Kiss Н., 2007; Mania-Pramanik J, Kerkar SC, Salvi VS, 2009]. БВ также может увеличить риск заражения многими возбудителями инфекций, передаваемых половым путем (ИППП), такими как вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), Neisseria gonorrheae (NG), Chlamydia trachomatis (CT), Trichomonas vaginalis (TV), вирус простого герпеса-2 (HSV-2) [Shipitsyna E, Khusnutdinova T et al., 2020]. В литературе также описывается связь между БВ и вирусом папилломы человека (HPV) [Schwebke JR, Desmond R., 2007].BV is a common disease of the vagina in women of reproductive age, which can occur both with the development of characteristic symptoms and asymptomatically. Approximately 50% of women may develop an unpleasant odor from the vagina, discharge, itching, and an increase in the pH of the vagina. BV is associated with a number of adverse outcomes associated with both pregnancy and fertility [Leitich H, Kiss H., 2007; Mania-Pramanik J, Kerkar SC, Salvi VS, 2009]. BV can also increase the risk of infection with many sexually transmitted infections (STIs), such as human immunodeficiency virus (HIV), Neisseria gonorrheae (NG), Chlamydia trachomatis (CT), Trichomonas vaginalis (TV), herpes simplex virus-2 ( HSV-2) [Shipitsyna E, Khusnutdinova T et al., 2020]. The literature also describes the relationship between BV and human papillomavirus (HPV) [Schwebke JR, Desmond R., 2007].
В большинстве случаев заболевание поддается лечению с использованием доступных препаратов, включая пероральный и интравагинальный метронидазол и/или клиндамицин, а также тинидазол, однако эти методы оказываются неэффективными в долгосрочной перспективе. Частота возникновения рецидивов после эпизодов БВ может достигать 80% через три месяца после эффективного лечения [Oduyebo ОО, Anorlu RI, Ogunsola FT., 2009]. До 50% женщин с БВ испытывают рецидив в течение 1 года после начала лечения от первичного эпизода [Sobel JD, Schmitt С et al., 1993; Bradshaw CS, Morton AN et al., 2006]. В ряде случаев причинами рецидива может быть нарушение режима терапии и прекращение приема препаратов пациентками, резистентность основных микроорганизмов-возбудителей БВ к метронидазолу или клиндамицину, а также развитие антибиотикоустойчивости БВ-ассоциированных микроорганизмов.In most cases, the disease is treatable with available drugs, including oral and intravaginal metronidazole and/or clindamycin, and tinidazole, but these methods are not effective in the long term. The recurrence rate after episodes of BV can reach 80% three months after effective treatment [Oduyebo OO, Anorlu RI, Ogunsola FT., 2009]. Up to 50% of women with VWD experience a relapse within 1 year of starting treatment from the initial episode [Sobel JD, Schmitt C et al., 1993; Bradshaw CS, Morton AN et al., 2006]. In some cases, the causes of relapse may be a violation of the therapy regimen and discontinuation of drugs by patients, resistance of the main pathogens of BV to metronidazole or clindamycin, as well as the development of antibiotic resistance of BV-associated microorganisms.
Кроме того, рецидив заболевания может развиться из-за образования биопленки, которая защищает бактерии, вызывающие БВ, от антимикробной терапии [Castro J, Alves Р et al., 2015; Swidsinski A, Loening-Baucke V et al., 2015].In addition, disease recurrence may develop due to the formation of a biofilm that protects the bacteria that cause BV from antimicrobial therapy [Castro J, Alves P et al., 2015; Swidsinski A, Loening-Baucke V et al., 2015].
БВ - это полимикробное заболевание, однако основным возбудителем БВ является Gardnerella vaginalis [Alves Р, Castro J et al., 2014]. Этот микроорганизм характеризуется исключительным фенотипическим и генотипическим разнообразием. На основании изучения биохимических свойств различают от 8 до 17 метаболических биотипов G. vaginalis [Piot Р et al., 1984; Benito R, Vazquez JA et. al., 1986].BV is a polymicrobial disease, but the main causative agent of BV is Gardnerella vaginalis [Alves P, Castro J et al., 2014]. This microorganism is characterized by exceptional phenotypic and genotypic diversity. Based on the study of biochemical properties, 8 to 17 metabolic biotypes of G. vaginalis are distinguished [Piot P et al., 1984; Benito R, Vazquez JA et. al., 1986].
Генотипическое разнообразие G. vaginalis было продемонстрировано с использованием молекулярных методов, таких как рестрикционный анализ амплифицированной рибосомальной ДНК. Используя этот метод, были идентифицированы три различных генотипа G. vaginalis, два из которых продуцировали сиалидазу. Хотя связь с продуцированием сиалидазы была показана для определенных генотипов ARDRA G. vaginalis, четкой связи между БВ и любым из генотипов ARDRA выявлено не было. В другом исследовании были описаны различные генетические варианты G. vaginalis, основанные на сравнительном геномном анализе, и сообщалось о существенных различиях в метаболическом и вирулентном потенциале между генотипами микроорганизма, но ассоциации с БВ установлено не было [Santiago GL, Deschaght Р et al., 2011; Paramel JT, Schellenberg JJ, Hill JE., 2012; Ahmed A, Earl J et al., 2012].The genotypic diversity of G. vaginalis has been demonstrated using molecular methods such as restriction analysis of amplified ribosomal DNA. Using this method, three different genotypes of G. vaginalis were identified, two of which produced sialidase. Although an association with sialidase production has been shown for certain G. vaginalis ARDRA genotypes, no clear association has been found between BV and any of the ARDRA genotypes. Another study described different genetic variants of G. vaginalis based on comparative genomic analysis and reported significant differences in metabolic and virulence potential between microorganism genotypes, but no association with BV was found [Santiago GL, Deschaght P et al., 2011 ; Paramel JT, Schellenberg JJ, Hill JE., 2012; Ahmed A, Earl J et al., 2012].
Описаны две формы существования гарднерелл - «рассеянная (dispersed))) форма G. vaginalis, рассредоточенная среди другой микрофлоры и «сцепленная (cohesive))) форма G. vaginalis, адгезированная на клетках эпителия и образующая «ключевые)) клетки. Дисперсная форма была обнаружена у 10-18% случайно отобранных женщин, 3-4% мужчин и 10% детей и не имела связи с сексуальными контактами. Сцепленная форма присутствовала у всех пациентов с подтвержденным БВ и их сексуальных партнеров, но не была выявлена ни у одного из здоровых людей или детей [Swidsinski A, Doerffel Y et al., 2010].Two forms of the existence of gardnerella are described - “scattered (dispersed))) form of G. vaginalis, dispersed among other microflora and “linked (cohesive))) form of G. vaginalis, adhered to epithelial cells and forming“ key)) cells. The dispersed form was found in 10-18% of randomly selected women, 3-4% of men and 10% of children and was not associated with sexual contact. The linked form was present in all patients with confirmed VWD and their sexual partners, but was not detected in any of the healthy people or children [Swidsinski A, Doerffel Y et al., 2010].
В более поздних исследованиях было подтверждено генетическое разнообразие гарднерелл, и с 2019 г. предложена принципиально новая таксономическая классификация, устанавливающая, что Род Gardnerella включает как минимум 13 отдельных видов. В дополнении к виду G.vaginalis были описаны три новых вида: G. piotii, G. swidsinskii и G. leopoldii, на основе сравнения полногеномных последовательностей, биохимических свойств и матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации с времяпролетной масс-спектрометрией (MALDI-TOF). Остальные 9 геномных видов не были названы и описаны, предположительно из-за отсутствия достаточного количества изолятов, чтобы иметь веские основания для их обозначения [Vaneechoutte М, Guschin A et al., 2019].In more recent studies, the genetic diversity of Gardnerella has been confirmed, and since 2019 a fundamentally new taxonomic classification has been proposed, establishing that the Genus Gardnerella includes at least 13 separate species. In addition to G. vaginalis, three new species have been described: G. piotii, G. swidsinskii, and G. leopoldii, based on comparisons of genome-wide sequences, biochemical properties, and matrix-assisted laser desorption/ionization with time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF). ). The remaining 9 genomic species have not been named and described, presumably due to the lack of a sufficient number of isolates to have good reasons for their designation [Vaneechoutte M, Guschin A et al., 2019].
Несмотря на получение новых знаний о генотипах и видах гарднерелл, до сих пор обсуждаются проблемы частого рецидивирования бактериального вагиноза, особенностях его диагностики и терапии [Faught ВМ, Reyes S., 2019]. Ключевую роль в развитии рецидивирующих форм БВ отводят образованию бактериальных пленок, которые чаще всего формируют корпоративные формы гарднерелл.Despite the acquisition of new knowledge about the genotypes and types of gardnerella, the problems of frequent recurrence of bacterial vaginosis, the features of its diagnosis and therapy are still being discussed [Faught BM, Reyes S., 2019]. A key role in the development of recurrent forms of BV is assigned to the formation of bacterial films, which most often form corporate forms of gardnerella.
Технический результат изобретения заключается в разработке способа прогнозирования рецидивов бактериального вагиноза, основанного на интегральной оценке количественных данных определенных генотипов G. vaginalis, высокая степень точности прогноза.The technical result of the invention is to develop a method for predicting the recurrence of bacterial vaginosis, based on an integral assessment of the quantitative data of certain G. vaginalis genotypes, a high degree of prediction accuracy.
Указанный технический результат достигается в способе прогнозирования рецидивов бактериального вагиноза, в котором исследуют вагинальный биотоп методом ГТЦР в реальном времени с помощью набора реагентов ДНК-сорб-АМ, определяют концентрации ДНК Gardnerella vaginalis генотипов 1,2,4, рассчитывают вероятность развития БВ по следующим формулам:This technical result is achieved in a method for predicting the recurrence of bacterial vaginosis, in which the vaginal biotope is examined by the GTCR method in real time using a set of DNA-sorb-AM reagents, the concentrations of DNA of Gardnerella vaginalis genotypes 1,2,4 are determined, the probability of developing BV is calculated using the following formulas :
Z - вероятность развития рецидивов БВ;Z is the probability of developing BV relapses;
Y - вероятность, что рецидивы БВ не разовьются;Y is the probability that BV relapses will not develop;
X1 - десятичный логарифм концентрации ДНК Gardnerella vaginalis-генотип 1,X 1 is the decimal logarithm of the concentration of DNA Gardnerella vaginalis-genotype 1,
Х2 - десятичный логарифм концентрации ДНК Gardnerella vaginalis-генотип 2,X 2 - decimal logarithm of the concentration of DNA Gardnerella vaginalis-genotype 2,
Х3 - десятичный логарифм концентрации ДНК Gardnerella vaginalis-генотип 4,X 3 - decimal logarithm of the concentration of DNA Gardnerella vaginalis-genotype 4,
Х4 - десятичный логарифм суммы концентрации ДНК всех выявленных генотипов Gardnerella vaginalis,X 4 - decimal logarithm of the sum of the DNA concentration of all identified genotypes of Gardnerella vaginalis,
при Z > Y прогнозируют развитие рецидивов бактериального вагиноза с вероятностью 84%. при Z < Y с вероятностью 95% рецидивирующий БВ не разовьется.at Z > Y, the development of relapses of bacterial vaginosis is predicted with a probability of 84%. at Z < Y, there is a 95% chance that recurrent BV will not develop.
Способ основан на результатах обследования 299 женщин репродуктивного возраста (от 18 до 54 лет), обратившихся в лечебные учреждения гинекологического профиля Санкт-Петербурга с жалобами на выделения из половых путей. Было сформировано две группы пациенток: I - женщины, у которых в вагинальном биотопе может быть обнаружена дисперсная форма G. vaginalis, и II - женщины с рецидивирующим БВ, у которых во влагалище наиболее часто выявляется сцепленная форма G. vaginalis. Клиническим материалом для исследования служило отделяемое влагалища, которое получали с помощью дакроновых тампонов. ДНК Gardnerella vaginalis из образцов клинического материала для исследования методом ПЦР в реальном времени выделяли с помощью набора реагентов ДНК-сорб-АМ (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва) в соответствии с инструкцией производителя.The method is based on the results of a survey of 299 women of reproductive age (from 18 to 54 years old) who applied to medical institutions of the gynecological profile of St. Petersburg with complaints of discharge from the genital tract. Two groups of patients were formed: I - women in whom the dispersed form of G. vaginalis can be found in the vaginal biotope, and II - women with recurrent BV, in whom the linked form of G. vaginalis is most often detected in the vagina. The clinical material for the study was vaginal discharge, which was obtained using Dacron tampons. DNA of Gardnerella vaginalis from samples of clinical material for real-time PCR was isolated using a DNA-sorb-AM reagent kit (Central Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor, Moscow) in accordance with the manufacturer's instructions.
Обнаружение ДНК четырех генотипов (1,2,3 и 4) G. vaginalis было выполнено с использованием мультиплексного ПЦР-анализа в реальном времени с ранее описанными праймерами и зондами [Balashov SV, Mordechai Е, Adelson ME, Gygax SE., 2014]. Для количественного определения амплифицированных ПЦР-фрагментов были сконструированы стандартные количественные образцы путем клонирования фрагментов ПЦР-генов-мишеней pGEM-T Vector Systems (Promega, Madison, USA). Концентрацию ДНК в плазмидных препаратах тестировали с использованием количественной ПЦР с теми же специфическими праймерами и зондами в цифровой системе ПЦР QX100 Droplet (BioRad, США). Стандартные кривые были получены путем тестирования количественных стандартных образцов (в двух повторениях) в концентрациях 103, 105, 107 и 109 геном эквивалент (ГЭ)/мл для всех мишеней. Концентрации экстракта ДНК в клинических образцах выражали в ГЭ/мл.DNA detection of four genotypes (1,2,3 and 4) of G. vaginalis was performed using multiplex real-time PCR analysis with previously described primers and probes [Balashov SV, Mordechai E, Adelson ME, Gygax SE., 2014]. To quantify amplified PCR fragments, standard quantitative samples were constructed by cloning fragments of PCR target genes from pGEM-T Vector Systems (Promega, Madison, USA). The DNA concentration in plasmid preparations was tested using quantitative PCR with the same specific primers and probes in a QX100 Droplet digital PCR system (BioRad, USA). Standard curves were generated by testing quantitative standards (in duplicate) at concentrations of 10 3 , 10 5 , 10 7 and 10 9 genome equivalent (GE)/mL for all targets. DNA extract concentrations in clinical specimens were expressed in GE/mL.
На основании полученных данных выстроена прогностическая модель вероятности развития рецидивирующего бактериального вагиноза по концентрации ДНК разных генотипов G. vaginalis в составе вагинального биотопа женщин репродуктивного возраста.Based on the data obtained, a predictive model for the likelihood of developing recurrent bacterial vaginosis was built based on the concentration of DNA of different G. vaginalis genotypes in the composition of the vaginal biotope of women of reproductive age.
Был проведен многофакторный анализ частоты встречаемости и концентрации ДНК различных генотипов Gardnerella vaginalis у женщин из двух сравниваемых групп - женщин, у которых в вагинальном биотопе может выявляться дисперсная форма G. vaginalis, не образующая биопленки, и женщин с рецидивирующим БВ, в вагинальном биотопе которых наиболее часто выявляется сцепленная форма G. vaginalis, образующая бактериальные пленки. Именно бактериальные пленки, сформированные G. vaginalis, поддерживают инфекционный процесс во влагалище, способствуют рецидивированию БВ, так как микроорганизмы в составе биопленки не доступны к воздействию антибактериальных препаратов. В результате анализа была составлена математическая модель вероятности развития рецидивирующего бактериального вагиноза путем подстановки значений концентраций ДНК различных генотипов Gardnerella vaginalis в следующие формулы:A multivariate analysis of the frequency of occurrence and DNA concentration of different genotypes of Gardnerella vaginalis was carried out in women from two compared groups - women in whom a dispersed form of G. vaginalis that does not form a biofilm can be detected in the vaginal biotope, and women with recurrent BV, in the vaginal biotope of which the most often the linked form of G. vaginalis forming bacterial films comes to light. It is the bacterial films formed by G. vaginalis that support the infectious process in the vagina, contribute to the recurrence of BV, since the microorganisms in the biofilm are not accessible to the effects of antibacterial drugs. As a result of the analysis, a mathematical model of the probability of developing recurrent bacterial vaginosis was compiled by substituting the values of DNA concentrations of various Gardnerella vaginalis genotypes into the following formulas:
где X1 - десятичный логарифм концентрации ДНК генотипа 1 Gardnerella vaginalis, Х2 - десятичный логарифм концентрации ДНК генотипа 2 Gardnerella vaginalis, Х3 - десятичный логарифм концентрации ДНК генотипа 4 Gardnerella vaginalis, Х4 - десятичный логарифм простой суммы концентрации ДНК всех выявленных генотипов Gardnerella vaginalis.where X 1 - logarithm of Gardnerella vaginalis genotype 1 DNA concentration, X 2 - logarithm of Gardnerella vaginalis genotype 2 DNA concentration, X 3 - logarithm of Gardnerella vaginalis genotype 4 DNA concentration, X 4 - logarithm of the simple sum of DNA concentration of all identified Gardnerella genotypes vaginalis.
При показателе Z > Y прогноз развития рецидивирующего БВ можно ожидать с вероятностью 84%. При значении Z < Y, с вероятностью 95% рецидивирующий БВ не разовьется.With Z > Y, the prognosis for the development of recurrent BV can be expected with a probability of 84%. With a value of Z < Y, with a probability of 95%, recurrent BV will not develop.
Способ подтверждается следующими клиническими примерами.The method is confirmed by the following clinical examples.
Пример 1. В образце женщины была обнаружена ДНК G. vaginalis следующих генотипов: генотип 1 - 50200000 (5×107) ГЭ/мл, генотип 2 - 12560000 (1,3×107) ГЭ/мл и генотип 4 - 943000 (9,4×105) ГЭ/мл. Простая сумма концентрации ДНК всех генотипов составила 63703000 (6,4×107) ГЭ/мл. Десятичные логарифмы этих значений, высчитанные с помощью калькулятора, - 7,7; 7,1; 5,98 и 7,8 соответственно.Example 1 G. vaginalis DNA of the following genotypes was detected in a female sample: genotype 1 - 50200000 (5×10 7 ) GE/ml, genotype 2 - 12560000 (1.3×10 7 ) GE/ml and genotype 4 - 943000 ( 9.4×10 5 ) GE/ml. The simple sum of the DNA concentration of all genotypes was 63703000 (6.4×10 7 ) GE/ml. The decimal logarithms of these values, calculated using a calculator, are 7.7; 7.1; 5.98 and 7.8 respectively.
Подставляем значения в формулы:We substitute the values in the formulas:
-12,58+0,49×7,7+1,04×7,1+0,95×5,98+0,78×7,8=10,358-12.58+0.49×7.7+1.04×7.1+0.95×5.98+0.78×7.8=10.358
-3,32-0,26×7,7-0,04×7,1+0,03×5,98+1,46×7,8=5,96-3.32-0.26×7.7-0.04×7.1+0.03×5.98+1.46×7.8=5.96
Получаем: 10,358>5,96.We get: 10.358>5.96.
Таким образом, с вероятностью в 84% разовьется рецидив заболевания.Thus, with a probability of 84%, a relapse of the disease will develop.
Пример 2. В образце женщины была обнаружена ДНК G. vaginalis следующих генотипов: генотип 1 - 3880 (3,9×103) ГЭ/мл и генотип 4 - 23300 (2,3×104) ГЭ/мл. Генотип 2 не был обнаружен. Простая сумма концентрации ДНК всех генотипов составила 27180 (2,7×104) ГЭ/мл. Логарифмы этих значений, высчитанные с помощью калькулятора, - 3,6; 4,37 и 4,34 соответственно.Example 2 G. vaginalis DNA of the following genotypes was detected in a female sample: genotype 1 - 3880 (3.9×10 3 ) GE/ml and genotype 4 - 23300 (2.3×10 4 ) GE/ml. Genotype 2 was not found. The simple sum of the DNA concentration of all genotypes was 27180 (2.7×10 4 ) GE/ml. The logarithms of these values, calculated using a calculator, are 3.6; 4.37 and 4.34 respectively.
Подставляем значения в формулы:We substitute the values in the formulas:
- 12,58+0,49×3,6+1,04×0+0,95×4,37+0,78×4,34= -3,28- 12.58+0.49×3.6+1.04×0+0.95×4.37+0.78×4.34= -3.28
- 3,32-0,26×3,6-0,04×0+0,03×4,37+1,46×4,34=2,2- 3.32-0.26×3.6-0.04×0+0.03×4.37+1.46×4.34=2.2
Получаем: -3,28<2,2.We get: -3.28<2.2.
Таким образом, с вероятностью в 95% рецидивирующий БВ не разовьется.Thus, with a probability of 95%, recurrent BV will not develop.
Способ позволяет прогнозировать рецидивы бактериального вагиноза с высокой степенью точности прогноза.The method allows to predict the recurrence of bacterial vaginosis with a high degree of prediction accuracy.
Claims (10)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2021116883A RU2765917C1 (en) | 2021-06-09 | 2021-06-09 | Method for prediction of bacterial vaginosis recurrences |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2021116883A RU2765917C1 (en) | 2021-06-09 | 2021-06-09 | Method for prediction of bacterial vaginosis recurrences |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2765917C1 true RU2765917C1 (en) | 2022-02-04 |
Family
ID=80214711
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2021116883A RU2765917C1 (en) | 2021-06-09 | 2021-06-09 | Method for prediction of bacterial vaginosis recurrences |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2765917C1 (en) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2810428C1 (en) * | 2023-07-13 | 2023-12-27 | Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное Учреждение Высшего Образования "Тюменский Государственный Медицинский Университет" Министерства Здравоохранения Российской Федерации | Method of predicting relapse of bacterial vaginosis in women infected with herpes viruses |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20190264263A1 (en) * | 2013-04-05 | 2019-08-29 | Wayne State University | Systems and methods to assess microbiomes and treatments thereof |
-
2021
- 2021-06-09 RU RU2021116883A patent/RU2765917C1/en active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20190264263A1 (en) * | 2013-04-05 | 2019-08-29 | Wayne State University | Systems and methods to assess microbiomes and treatments thereof |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| SHIPITSYNA E. et al. Quantitation of all Four Gardnerella vaginalis Clades Detects Abnormal Vaginal Microbiota Characteristic of Bacterial Vaginosis More Accurately than Putative G. vaginalis Sialidase A Gene Count. Mol Diagn Ther. 2019; 23(1): 139-147. * |
| КРЫСАНОВА А.А. Диагностическая и клиническая значимость выявления генотипов Gardnerella vaginalis. Проблемы медицинской микологии. 2020; 22(3): 93 - Тезисы. ИНСТРУКЦИЯ по применению набора реагентов для выявления ДНК Gardnerella vaginalis в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией "АмплиСенс(R) Gardnerella vaginalis-FL". Утверждена Приказом Росздравнадзора от 27.05.2010 г. N 4790-Пр/10. * |
| КРЫСАНОВА А.А. Диагностическая и клиническая значимость выявления генотипов Gardnerella vaginalis. Проблемы медицинской микологии. 2020; 22(3): 93 - Тезисы. ИНСТРУКЦИЯ по применению набора реагентов для выявления ДНК Gardnerella vaginalis в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией "АмплиСенс(R) Gardnerella vaginalis-FL". Утверждена Приказом Росздравнадзора от 27.05.2010 г. N 4790-Пр/10. SHIPITSYNA E. et al. Quantitation of all Four Gardnerella vaginalis Clades Detects Abnormal Vaginal Microbiota Characteristic of Bacterial Vaginosis More Accurately than Putative G. vaginalis Sialidase A Gene Count. Mol Diagn Ther. 2019; 23(1): 139-147. * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2810428C1 (en) * | 2023-07-13 | 2023-12-27 | Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное Учреждение Высшего Образования "Тюменский Государственный Медицинский Университет" Министерства Здравоохранения Российской Федерации | Method of predicting relapse of bacterial vaginosis in women infected with herpes viruses |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Winters et al. | Does the endometrial cavity have a molecular microbial signature? | |
| Behzadi et al. | Urinary tract infections (UTIs) or genital tract infections (GTIs)? It's the diagnostics that count | |
| Choe et al. | Performance of Anyplex™ II multiplex real-time PCR for the diagnosis of seven sexually transmitted infections: comparison with currently available methods | |
| Martin | The microbiota of the vagina and its influence on women’s health and disease | |
| Cohen et al. | Detection of Mycoplasma genitalium in women with laparoscopically diagnosed acute salpingitis | |
| Xiao et al. | Atypical microorganisms in expressed prostatic secretion from patients with chronic prostatitis/chronic pelvic pain syndrome: microbiological results from a case-control study | |
| Tosh et al. | Mycoplasma genitalium among adolescent women and their partners | |
| Zimba et al. | Aetiology of sexually transmitted infections in Maputo, Mozambique | |
| Kim et al. | The prevalence and clinical significance of urethritis and cervicitis in asymptomatic people by use of multiplex polymerase chain reaction | |
| Kim et al. | Effects of infections with five sexually transmitted pathogens on sperm quality | |
| Lokken et al. | Impact of preconception vaginal microbiota on women’s risk of spontaneous preterm birth: protocol for a prospective case-cohort study | |
| Okonko et al. | Prevalence of sexually transmitted infections (STIs) among attendees of lead city university medical centre in Ibadan, Southwestern Nigeria | |
| Gilligan et al. | Cases in medical microbiology and infectious diseases | |
| RU2765917C1 (en) | Method for prediction of bacterial vaginosis recurrences | |
| Afrakhteh et al. | The prevalence of Chlamydia trachomatis in patients who remained symptomatic after completion of sexually transmitted infection treatment | |
| Ajani et al. | The prevalence of, and risk factors for, mycoplasma genitalium infection among infertile women in Ibadan: A cross-sectional study | |
| Ford et al. | The Bali STD/AIDS Study: human papillomavirus infection among female sex workers | |
| Khattab et al. | Study of the prevalence and association of ocular chlamydial conjunctivitis in women with genital infection by Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium and Candida albicans attending outpatient clinic | |
| Yassin et al. | Comparison of two commercial multiplex PCR assays for the detection of sexually transmitted infections | |
| Belleti et al. | Cervicovaginal loads of Gardnerella spp. are increased in immunocompetent women with persistent high-risk human papillomavirus infection | |
| Eltai et al. | Urine tests for diagnosis of infectious diseases and antibiotic-resistant pathogens | |
| Asbill et al. | Detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis colonization of the gravid cervix | |
| Van Der Pol | Trichomonas vaginalis | |
| Msemwa et al. | Urogenital pathogens in urine samples of clinically diagnosed urinary tract infected patients in Tanzania: A laboratory based cross-sectional study | |
| MAEDA et al. | Failure to detect urethral Trichomonas vaginalis in Japanese men with or without urethritis |