RU2689800C1 - Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени - Google Patents

Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени Download PDF

Info

Publication number
RU2689800C1
RU2689800C1 RU2017142885A RU2017142885A RU2689800C1 RU 2689800 C1 RU2689800 C1 RU 2689800C1 RU 2017142885 A RU2017142885 A RU 2017142885A RU 2017142885 A RU2017142885 A RU 2017142885A RU 2689800 C1 RU2689800 C1 RU 2689800C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
beijing
tuberculosis
cluster
isolates
test
Prior art date
Application number
RU2017142885A
Other languages
English (en)
Inventor
Игорь Владиславович Мокроусов
Анна Александровна Вязовая
Екатерина Николаевна Черняева
Наталья Сергеевна Соловьева
Ольга Викторовна Нарвская
Вячеслав Юрьевич Журавлев
Original Assignee
федеральное государственное бюджетное учреждение "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Федеральное бюджетное учреждение науки "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by федеральное государственное бюджетное учреждение "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации, Федеральное бюджетное учреждение науки "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека filed Critical федеральное государственное бюджетное учреждение "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Priority to RU2017142885A priority Critical patent/RU2689800C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2689800C1 publication Critical patent/RU2689800C1/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56911—Bacteria
    • G01N33/5695—Mycobacteria

Abstract

Изобретение относится к области медицины, в частности к фтизиатрии, и предназначено для детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера. Выявляют наличие нуклеотидной замены G>A в гене sigE в позиции 294 с помощью ПЦР в формате реального времени с использованием олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов. Результаты ПЦР оценивают путем регистрации сигнала флуоресценции по HEX-каналу с длиной волны 555 нм и при экспоненциальном его накоплении судят о принадлежности штамма М. tuberculosis к Beijing 94-32-кластеру. При регистрации сигнала флуоресценции по контрольному FAM-каналу с длиной волны 510 нм судят о принадлежности штамма к другому генотипу М. tuberculosis. Изобретение обеспечивает быструю и надежную детекцию микобактерий туберкулеза генотипа Beijing 94-32-кластер. 3 ил., 3 пр.

Description

Изобретение относится к медицине, а именно к фтизиатрии, и может быть использовано для лабораторного определения микобактерий туберкулеза, относящихся к генотипу Beijing 94-32-кластер.
Возбудитель туберкулеза Mycobacterium tuberculosis характеризуется строго клональной структурой популяции, при этом, отдельные генотипы (семейства, сублинии, клональные кластеры) М. tuberculosis отмечены повышенной вирулентностью, трансмиссивностью, или способностью быстрого развития устойчивости к противотуберкулезным препаратам. Характерной особенностью структуры популяции возбудителя туберкулеза в России и других странах постсоветского пространства является доминирование резистентных штаммов генетического семейства Beijing (также называемого Пекинским генотипом). В свою очередь, популяция Beijing в странах бывшего СССР включает два крупных клональных кластера, Beijing В0 (также называемый успешным российским клоном) и Beijing 94-32 (который можно определить как российско-среднеазиатский генотип М. tuberculosis). Этот последний определяется как тип #94-32 согласно интернет-ресурсу MIRU-VNTRplus.org на основании генотипирования 24 локусов тандемных повторов MIRU-VNTR и имеет числовой профиль 244233352644425153353823 (каждая цифра соответствует количеству повторов в 24 локусах VNTR в порядке расположения по часовой стрелке на хромосоме М. tuberculosis). Геновариант 94-32 и родственные ему производные субтипы образуют дендрограмму со звездной филогенией и их определяют как единому кластеру Beijing 94-32-кластер (Фиг. 1).
Штаммы 94-32-кластера являются заметным компонентом структуры популяции М. tuberculosis в России составляя 40-50% популяции семейства Beijing (Vyazovaya et al., 2015) и преобладают в странах Средней Азии, например, до 90% штаммов Beijing в Казахстане (Skiba et al., 2015). Более того, эти штаммы выявляют у иммигрантов из стран бывшего СССР в странах Европейского Союза, например, в Греции и Испании (
Figure 00000001
et al., 2016; Ioannidis et al., 2017). Ранее было высказано предположении о происхождении предка генотипа Beijing 94-32 в северо-западном Китае (Yin et al., 2016).
Сравнение с фенотипическими данными показывает ассоциацию штаммов Beijing 94-32-кластера с лекарственной устойчивостью (Merker et al., 2016; Vyazovaya et al., 2015) и, принимая во внимание их распространение в результате глобальных и региональных миграционных потоков, определяет практическое значение разработки способа их быстрой детекции.
Известно определение штаммов Beijing 94-32-кластера на основании анализа 24 локусов VNTR с последующим сравнением с ресурсом www.MIRU-VNTRplus.org. Этот подход ограничен трудоемкостью выполнения анализа, требующего проведения 24 реакций ПЦР с последующим гель-электрофорезом или, при использовании капиллярного секвенатора, ограничен стоимостью оборудования и также страдает достаточной трудоемкостью, как и любой подход на основании мультилокусного VNTR-типирования. Таким образом, разработка быстрого и простого способа детекции эпидемиологически и клинически значимого варианта М. tuberculosis Beijing 94-32-кластер является актуальной задачей программы контроля туберкулеза в России и мире.
Проведенный нами биоинформационный и филогенетический анализ данных полногогеномного секвенирования штаммов Mycobacterium tuberculosis различных генотипов, включая штаммы семейства Beijing и варианта Beijing 94-32-кластер (файлы fastq и vcf) позволил выявить однонуклеотидный полиморфизм (мутация G>A в гене sigE кодон 98CTG>CTA, позиция в гене 294, что соответствует позиции 1364706 в полном геноме референтного штамма H37Rv NC_000962.3), характерный и уникальный для филогенетической ветви, содержащей только штаммы Beijing 94-32-кластера.
Задачей предлагаемого изобретения является разработка способа быстрой и надежной детекции микобактерий туберкулеза генотипа Beijing 94-32-кластер.
Задача реализуется за счет того, что определяют нуклеотидную замену G>A в гене sigE в позиции 294 с помощью ПЦР в формате реального времени для дискриминации дикого и мутантного аллелей с использованием олигонуклеотидных праймеров FOR (5'-GTCCTGGGATGAGCTGGTC), REV (5'-CGACCGGAACACCCTGATAA) и флуоресцентно-меченых зондов WT (FAM-5'-CGGCTGGCTTATCGGC-BHQ1) и MUT (НЕХ-5'-GTACCGGCTAGCTTATCG-BHQ2), с оценкой результатов ПЦР между 15-35 циклами путем регистрации сигнала флуоресценции по НЕХ-каналу с длиной волны 555 нм судят о принадлежности штамма к генотипу М. tuberculosis Beijing 94-32-кластер, а при регистрации экспоненциального роста сигнала флуоресценции по FAM-каналу с длиной волны 510 нм судят о принадлежности штамма М. tuberculosis к любому другому генотипу.
Аллель-специфическая ПЦР основана на использовании сконструированных нами двух праймеров - прямого и обратного (по отношению к специфической мутации для генотипа Beijing 94-32-кластер) и двух флуоресцентно-меченых зондов для выявления наличия аллеля дикого типа G или мутантного аллеля А в геномной позиции 1364706 G>A (согласно хромосоме референтного штамма H37Rv NC_000962.3). Преимущества предлагаемого способа: 1. быстрота (меньше одного дня от момента выделения ДНК); 2. простая и однозначная интерпретация результатов; 3. возможность быстрого анализа больших коллекций штаммов М. tuberculosis для оценки их принадлежности к кластеру Beijing 94-32 с диагностической целью и при популяционных исследованиях, 4. Возможность выявления контаминации и микс-инфекции.
Изобретение поясняется чертежами, где Фиг. 1 - Филогенетическое древо профилей 24-MIRU-VNTR штаммов М. tuberculosis на котором кластер Beijing 94-32 выделен серым фоном, Фиг. 2 - Схема ПЦР (не в масштабе), где тонкие стрелки - позиции праймеров и зондов в геноме референс-штамма H37Rv; а широкая стрелка обозначает позицию нуклеотидной замены G>A в гене sigE в позиция 294 (кодон 98). Фиг. 3 - накопление сигнала флуоресценции: (а) по специфическому (HEX) каналу детекции, на М. tuberculosis Beijing 94-32-кластер и (б) контрольному (FAM) каналу детекции, на штамм другого генотипа М. tuberculosis. Вода служит отрицательным контрольным образцом.
Способ осуществляется следующим образом. Выделение ДНК из культуры М. tuberculosis, выращенной на среде Левенштейна-Иенсена, проводят по van Embden et al. [1993]: суспендируют 1 стандартную бактериологическую петлю культуры в 400 мкл буфера ТЕ x1 и инкубируют 20 мин при 85°С. Дальнейшую обработку проводят с использованием лизоцима, протеиназы К, додецилсульфата натрия и цетилтриметиламмонийбромида. Полученный клеточный лизат обрабатывают смесью фенол-хлороформ-изоамиловый спирт (25:24:1), центрифугируют, осаждают изопропанолом, промывают 70% этанолом, осадок высушивают и растворяют в 30-50 мкл ТЕ x1.
Были использованы следующие сконструированные нами праймеры и зонды для ПЦР в реальном времени (Фиг. 2) для проведения реакции ПЦР и детекции флуоресценции по двум каналам в одной пробирке одновременно: FOR (5'-GTCCTGGGATGAGCTGGTC), REV (5'-CGACCGGAACACCCTGATAA) и флуоресцентно-меченых зондов WT (FAM-5'-CGGCTGGCTTATCGGC-BHQ1) и MUT (HEX-5'-GTACCGGCTAGCTTATCG-BHQ2).
Для детекции штамма генотипа Beijing 94-32-кластер служил зонд MUT (Фиг. 2), детекцию сигнала проводили по НЕХ-каналу детекции (длина волны 555 нм) (Фиг. 3а).
Для детекции штамма любого другого генотипа М. tuberculosis служил зонд WT (Фиг. 2); детекцию сигнала проводили по FAM-каналу (длина волны 510 нм) (Фиг. 3б).
Очищенная ДНК (0.1-0.5 мкл) добавляется к смеси ПЦР (конечный объем 30 мкл) содержащей 1,5 mM MgCl2, 1 U Taq ДНК полимеразы для ПЦР в реальном времени в режиме «горячего старта», 200 μМ каждого из дНТФ, праймеры и зонды (по 5 пмоль каждый). ПЦР проводили в термоциклере RotorGene6000 (Corbette Research) в следующих условиях: 95°С, 10 мин; далее 40 циклов 94°С, 15 с; 60°С, 40 с. Считывание сигнала флуоресценции - при 60°С по каналам 510 и 555 нм.
Оценка результатов.
Полученные данные - кривые накопления флуоресцентного сигнала между 15-35 циклом по двум каналам - анализируют с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ПЦР в формате реального времени. По каналу HEX (длина волны 555 нм) - регистрируется накопление продукта амплификации фрагмента ДНК, специфического для генотипа М. tuberculosis Beijing 94-32-кластер (Фиг. 3а), по каналу FAM (длина волны 510 нм) - фрагмента ДНК, специфического для любого другого генотипа М. tuberculosis (Фиг. 3б).
При отсутствии сигнала флуоресценции по обоим каналам (510 и 555 нм) делается вывод о недостаточном количестве и/или качестве ДНК или ингибировании реакции ПЦР и невозможности какого-либо вывода о наличии или отсутствии ДНК штамма Beijing 94-32-кластера в образце.
Обязательная амплификация одного или другого продукта ПЦР является контролем качества: при отсутствии сигнала судят о деградированной ДНК или ингибировании реакции, при наличии сигнала по обоим каналам делают вывод о микс-образце (контаминация на каком-либо из этапов исследования или выделение двух штаммов от одного больного).
Способ был апробирован на коллекциях ДНК клинических изолятов М. tuberculosis из коллекции лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН НИИЭМ им. Пастера, представляющих страны с различными популяциями возбудителя и различной долей штаммов Beijing и Beijing 94-32-кластер, что показано на примерах ниже. Все изоляты были ранее генотипированы методом мультилокусного VNTR-анализа позволяющим точно определить принадлежность штамма
Пример 1 Анализ ДНК изолятов М. tuberculosis из Северо-Запада России, региона с известным и достаточно высоким уровнем Beijing 94-32 в популяции (~50% от всех Beijing) (Vyazovaya et al., 2015).
Всего было проверено 80 образцов ДНК изолятов М. tuberculosis генотипа Beijing, выделенных от больных туберкулезным спондилитом, находившихся на лечении в Санкт-Петербургском НИИ фтизиопульмонологии в 2009-2012 годах. Все образцы ДНК М. tuberculosis были охарактеризованы методом 24-MIRU-VNTR типирования (Supply et al., 2006) с последующим сравнением с базой данных MIRU-VNTRplus.org. Далее ДНК всех штаммов была протестирована предлагаемым способом ПЦР в формате реального времени для выявления штаммов Beijing 94-32-кластера. В результате проведения ПЦР было установлено, что 35 изолятов относились к Beijing 94-32-кластеру, что полностью соответствовало результатам 24-MIRU-VNTR анализа.
Пример 2. Анализ ДНК изолятов М. tuberculosis из Казахстана, страны с известным доминированием варианта Beijing 94-32 (примерно 90% от всех Beijing и 47% от всей популяции) (Skiba et al., 2015).
Изучено 130 изолятов М. tuberculosis разных генотипов (Beijing, LAM, CAS, Ural, New-1) от больных туберкулезом легких из Казахстана. Все образцы ДНК М. tuberculosis были охарактеризованы методом сполиготипирования (Kamerbeek et al., 1997) и 24-MIRU-VNTR типирования (Supply et al., 2006) с последующим сравнением с базой данных MIRU-VNTRplus.org. Далее ДНК всех штаммов была протестирована предлагаемым способом ПЦР в формате реального времени для выявления штаммов Beijing 94-32-кластера. В результате проведения ПЦР было установлено, что 69 изолятов относились к Beijing 94-32-кластеру, что полностью соответствовало результатам 24-MIRU-VNTR анализа.
Пример 3. Анализ ДНК изолятов М. tuberculosis из Китая, страны с крайне незначительной долей российских и среднеазиатских вариантов М. tuberculosis Beijing 94-32 (Yin et al., 2016).
Изучено 67 изолятов M. tuberculosis генотипа Beijing от больных туберкулезом легких из северного Китая (Пекин и соседние провинции).
Все образцы ДНК М. tuberculosis были охарактеризованы методом сполиготипирования (Kamerbeek et al., 1997) и 24-MIRU-VNTR типирования (Supply et al., 2006) с последующим сравнением с базой данных MIRU-VNTRplus.org. Далее ДНК всех штаммов была протестирована предлагаемым способом ПЦР в формате реального времени для выявления штаммов Beijing 94-32-кластера. В результате проведения ПЦР, изолятов Beijing 94-32-кластера выявлено не было, что полностью соответствовало результатам 24-MIRU-VNTR анализа.
Литература
Ioannidis Р, van Soolingen D, Mokrousov I, et al. Multidrug-resistant/extensively drug-resistant tuberculosis in Greece: predominance of Mycobacterium tuberculosis genotypes endemic in the Former Soviet Union countries. Clin Microbiol Infect. 2017 Jul 8. pii: S1198-743X(17)30357-9. doi: 10.1016/j.cmi.2017.07.002. [Epub ahead of print]
Jiao WW, Mokrousov 1, Sun GZ, et al. Evaluation of new variable-number tandem-repeat systems for typing Mycobacterium tuberculosis with Beijing genotype isolates from Beijing, China. J Clin Microbiol. 2008; 46(3): 1045-9.
Kamerbeek J, Schouls L, Kolk A, et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol 1997; 35: 907-14.
Merker, M. Feuerriegel S., Cox H., et al. 2016. Anticipating the second-line antibiotic era: drug resistant tuberculosis strain drives epidemic in Central Asia. 37th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology. Scientific Program including Abstract. Agency KONSENS Ltd. p. 48-49.
Figure 00000001
L,
Figure 00000002
M,
Figure 00000003
S, et al. Urgent Implementation in a Hospital Setting of a Strategy To Rule Out Secondary Cases Caused by Imported Extensively Drug-Resistant Mycobacterium tuberculosis Strains at Diagnosis. J Clin Microbiol. 2016; 54(12):2969-2974.
Skiba Y, Mokrousov I, Ismagulova G, et al. Molecular snapshot of Mycobacterium tuberculosis population in Kazakhstan: a country-wide study. Tuberculosis (Edinb). 2015; 95(5):538-46.
Supply P, Allix C, Lesjean S, et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 2006; 44(12):4498-510.
Vyazovaya, A. Mokrousov I, Solovieva N, et al. Tuberculous spondylitis in Russia and prominent role of multidrug-resistant clone Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148. Antimicrob. Agents Chemother. 2015; 59: 2349-57.
Yin QQ, Liu HC, Jiao WW, Li QJ, Han R, Tian JL, Liu ZG, Zhao XQ, Li YJ, Wan KL, Shen AD, Mokrousov I. Evolutionary History and Ongoing Transmission of Phylogenetic Sublineages of Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype in China. Sci Rep.2016; 6:34353.

Claims (1)

  1. Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени, отличающийся тем, что выявляют наличие нуклеотидной замены G>A в гене sigE в позиции 294 с помощью ПЦР в формате реального времени с использованием олигонуклеотидных праймеров FOR (5'- GTCCTGGGATGAGCTGGTC), REV (5'-CGACCGGAACACCCTGATAA) и флуоресцентно-меченых зондов WT (FAM-5'-CGGCTGGCTTATCGGC-BHQ1) и MUT (HEX-5'-GTACCGGCTAGCTTATCG-BHQ2) и оценивают результаты ПЦР между 15-35 циклами путем регистрации сигнала флуоресценции по HEX-каналу с длиной волны 555 нм и при экспоненциальном его накоплении судят о принадлежности штамма М. tuberculosis к Beijing 94-32-кластеру, а при регистрации сигнала флуоресценции по контрольному FAM-каналу с длиной волны 510 нм судят о принадлежности штамма к другому генотипу М. tuberculosis.
RU2017142885A 2017-12-07 2017-12-07 Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени RU2689800C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2017142885A RU2689800C1 (ru) 2017-12-07 2017-12-07 Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2017142885A RU2689800C1 (ru) 2017-12-07 2017-12-07 Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2689800C1 true RU2689800C1 (ru) 2019-05-29

Family

ID=67037509

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017142885A RU2689800C1 (ru) 2017-12-07 2017-12-07 Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2689800C1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2743365C1 (ru) * 2020-05-12 2021-02-17 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБУ "СПб НИИФ" Минздрава России) Способ детекции филогенетических сублиний генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в формате реального времени

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003016562A2 (en) * 2001-08-14 2003-02-27 Institut Pasteur Compositions and methods for detecting multidrug resistant strains of m. tuberculosis having mutations in genes of the mutt family
CN101413021A (zh) * 2007-10-19 2009-04-22 复旦大学 快速鉴定结核分枝杆菌北京基因型菌株的方法
CN102154492A (zh) * 2011-03-09 2011-08-17 复旦大学 一种检测结核分枝杆菌北京基因型的方法
RU2547598C1 (ru) * 2013-12-12 2015-04-10 Автономная Некоммерческая Организация "Научно-исследовательский центр биотехнологии антибиотиков и других биотехнически активных веществ "БИОАН" СПОСОБ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ Mycobacterium tuberculosis

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003016562A2 (en) * 2001-08-14 2003-02-27 Institut Pasteur Compositions and methods for detecting multidrug resistant strains of m. tuberculosis having mutations in genes of the mutt family
CN101413021A (zh) * 2007-10-19 2009-04-22 复旦大学 快速鉴定结核分枝杆菌北京基因型菌株的方法
CN102154492A (zh) * 2011-03-09 2011-08-17 复旦大学 一种检测结核分枝杆菌北京基因型的方法
RU2547598C1 (ru) * 2013-12-12 2015-04-10 Автономная Некоммерческая Организация "Научно-исследовательский центр биотехнологии антибиотиков и других биотехнически активных веществ "БИОАН" СПОСОБ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ Mycobacterium tuberculosis

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ВЯЗОВАЯ А.А. и др. Молекулярная характеристика мультирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на северо-западе России. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016; 1: 30-33. *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2743365C1 (ru) * 2020-05-12 2021-02-17 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБУ "СПб НИИФ" Минздрава России) Способ детекции филогенетических сублиний генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в формате реального времени

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Neonakis et al. Molecular diagnostic tools in mycobacteriology
Siqueira Jr et al. PCR methodology as a valuable tool for identification of endodontic pathogens
Ushio et al. Digital PCR assay detection of circulating Mycobacterium tuberculosis DNA in pulmonary tuberculosis patient plasma
Saravanan et al. Review on emergence of drug-resistant tuberculosis (MDR & XDR-TB) and its molecular diagnosis in Ethiopia
Abebe et al. Tuberculosis drug resistance testing by molecular methods: opportunities and challenges in resource limited settings
Chin et al. DNA markers for tuberculosis diagnosis
Isola et al. A Pyrosequencing assay for rapid recognition of SNPs in Mycobacterium tuberculosis embB306 region
Marras et al. A molecular-beacon-based multiplex real-time PCR assay to distinguish Mycobacterium abscessus subspecies and determine macrolide susceptibility
Marsh et al. Genomic diversity in Mycobacterium avium: single nucleotide polymorphisms between the S and C strains of M. avium subsp. paratuberculosis and with M. a. avium
RU2405836C2 (ru) Способ выявления микобактерий туберкулеза генотипа beijing
Lyu et al. CRISPR-based biosensing is prospective for rapid and sensitive diagnosis of pediatric tuberculosis
RU2689800C1 (ru) Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени
RU2684314C2 (ru) Способ выявления микобактерий туберкулеза генотипа Beijing В0-кластер в формате реального времени
RU2619258C2 (ru) Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду
Srilohasin et al. Novel DNA chip based on a modified DigiTag2 assay for high-throughput species identification and genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex isolates
Havlicek et al. Rapid microarray-based assay for detection of pyrazinamide resistant Mycobacterium tuberculosis
Glennon et al. Detection and diagnosis of mycobacterial pathogens using PCR
Qin et al. Combined use of real-time PCR and nested sequence-based typing in survey of human Legionella infection
WO2018065830A1 (en) Multiplex realtime pcr kit for diagnosing multidrug resistance (mdr) and extensively drug resistance (xdr) tuberculosis
RU2768021C1 (ru) Способ детекции генотипа Mycobacterium tuberculosis Beijing 1071-32-кластер в формате реального времени
RU2743365C1 (ru) Способ детекции филогенетических сублиний генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в формате реального времени
RU2737775C1 (ru) Способ идентификации yersinia pestis и yersinia pseudotuberculosis и одновременной дифференциации yersinia pestis основного и центральноазиатского подвидов методом мультиплексной пцр
RU2735415C1 (ru) Способ выявления микобактерий туберкулеза Центрально-Азиатского эпидемического кластера генотипа Beijing
Suresh et al. Rapid detection of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis by in-house, reverse line blot assay
US10190176B2 (en) Primers, probes, and methods for mycobacterium tuberculosis specific diagnosis

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20191208