RU2667124C2 - Способ проведения пцр-пдрф-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену rps3a - Google Patents
Способ проведения пцр-пдрф-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену rps3a Download PDFInfo
- Publication number
- RU2667124C2 RU2667124C2 RU2017105590A RU2017105590A RU2667124C2 RU 2667124 C2 RU2667124 C2 RU 2667124C2 RU 2017105590 A RU2017105590 A RU 2017105590A RU 2017105590 A RU2017105590 A RU 2017105590A RU 2667124 C2 RU2667124 C2 RU 2667124C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- pcr
- genotyping
- rps3a
- sec
- rflp analysis
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 12
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 title claims abstract description 11
- 101150112591 Rps3a gene Proteins 0.000 title claims abstract description 10
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 title claims abstract description 8
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 title claims abstract description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 4
- 102100022600 40S ribosomal protein S3a Human genes 0.000 claims 2
- 101000679249 Homo sapiens 40S ribosomal protein S3a Proteins 0.000 claims 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 abstract description 6
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 abstract description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 3
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 2
- 208000024556 Mendelian disease Diseases 0.000 description 2
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010058298 Argininosuccinate synthetase deficiency Diseases 0.000 description 1
- 201000011297 Citrullinemia Diseases 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 208000028782 Hereditary disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
- C12Q1/683—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области генетики и селекции сельскохозяйственных животных. Предложен способ проведения ПЦР-ПДРФ-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A. Изобретение обеспечивает эффективную идентификацию искомых генотипов (NN, NF) по фрагментам с длинами 185 bp, 103 bp и 82 bp. 2 табл., 1 ил.
Description
Изобретение относиться к области генетики и селекции сельскохозяйственных животных, в частности к оценке наследственного заболевания цитруллинемия (ВС) крупного рогатого скота молекулярно-генетическим методом исследования.
Существуют различные способы проведения ПЦР-ПДРФ (полимеразная цепная реакция - полиморфизм дины рестрикционных фрагментов) для генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A.
Так в способе, предложенном 
R. и др. (2006) [ R., Georgescu S.E., Kevorkian Steliana, Manea Maria Adina, Rebedea Mariana, Dinischiotu Anca, Tesio C.D., Costache Marieta - "Citrullinemia diagnostication on cattle breed", 
Zootehnie 
Biotehnologii, Vol. 39(1), 2006, pp. 127-130.], используются праймеры:
F 5'-GGGCCAAAAAGGTGTTCATTGAGGACATC-3';
R 5'-CAAGTATGTGTCTCACGGCGCCGCCACAGGAA-3',
инициирующие амплификацию локуса RPS3A-гена длиной 200 bp, с последующим эндонуклеазным расщеплением рестриктазой Ava II, для генерации и интерпретации образующихся генотип-спецефических фрагментов (генотип NN=112/88 bp).
ПЦР-программа:
x1: 95°С - 5 мин
х35: 95°С - 30 сек, 57°С - 30 сек, 72°С - 1 мин
х1: 72°С - 10 мин
Цель изобретения - разработка эффективного способа генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A на основе ПЦР-ПДРФ-анализа.
Сущность способа проведения ПЦР-ПДРФ-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A, отличающийся тем, что на этапе ПЦР используются праймеры:
Используется режим амплификации:
x1: 94°C - 5 мин
х30: 94°C - 30 сек, 55°C - 30 сек, 72°C - 30 сек
x1: 72°C - 10 мин
Условия проведения реакции
Экстракция нуклеиновой кислоты из ушных выщипов крупного рогатого скота, осуществлялась перхлоратным методом с двойной очисткой (Методические рекомендации по проведению ДНК-тестирования племенных животных субъектов племенного животноводства на устойчивость к наследственным заболеваниям, утвержденные на НТС Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь №22 от 20.02.2016 г.).
ПЦР-ПДРФ выполняли согласно протоколу, представленному в табл. №1.
Праймеры:
Режим амплификации
х1: 94°С - 5 мин
х30: 94°С - 30 сек, 55°С - 30 сек, 72°С - 30 сек
х1: 72°С - 10 мин
Хранение 4-8°С
ПЦР-продукт = 200 bp
Инкубация при 37°С в течение ночи
ПЦР-ПДРФ-фрагменты:
Генотип NN = 103/82 bp,
Генотип NF = 185/103/82 bp,
Электрофорез в 3% агарозном геле
Краткое описание графических материалов
Пояснение к фиг. 1. - Электрофореграмма технического результата предложенного способа проведения ПЦР-ПДРФ-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A
Обозначения:
М - ДНК-маркер 50bp (ОДО «Праймтех», Беларусь)
1-5 - генотип NN,
PCR - амплификация локуса RPS3A-гена длиной 198 bp
Детекцию результатов ПЦР-ПДРФ осуществляли методом горизонтального электорофореза в 3% агарозном геле в ТВЕ буфере при УФ-свете с использованием бромистого этидия.
Размеры фрагментов ДНК оценивали по подвижности в сравнении со стандартными ДНК-маркерами (ОДО «Праймтех», Беларусь).
Заключение
По результатам практических исследований, направленных на апробацию разработанного нами способа проведения ПЦР-ПДРФ-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A, нами получен обеспечиваемый заявленным способом технический результат, выраженный в эффективной идентификации искомых генотипов (NN, NF) ввиду корректной интерпретации генерируемых генотип-спецефических фрагментов (NN=103/82 bp, NF=185/103/82 bp), где ПЦР-ПДРФ-фрагменты с длинами 185 bp, 103 bp и 82 bp являются идентификационными.
Источник информации
1. 
R., Georgescu S.E., Kevorkian Steliana, Manea Maria Adina, Rebedea Mariana, Dinischiotu Anca, Tesio C.D., Costache Marieta - "Citrullinemia diagnostication on cattle breed", 
Zootehnie 
Biotehnologii, Vol. 39(1), 2006, pp. 127-130.
Claims (7)
- Способ проведения ПЦР-ПДРФ-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену RPS3A, отличающийся тем, что на этапе ПЦР используют праймеры:
- RPS3A 1:5' - GGC CAG GGA CCG TGT TCA TTG AGG АСА ТС - 3'
- RPS3A 2: 5' - ТТС CTG GGA ССС CGT GAG АСА CAT ACT TG - 3', и
- режим амплификации:
- x1: 94°C - 5 мин
- х30: 94°C - 30 сек, 55°C - 30 сек, 72°C - 30 сек
- x1: 72°C - 10 мин.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2017105590A RU2667124C2 (ru) | 2017-02-20 | 2017-02-20 | Способ проведения пцр-пдрф-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену rps3a |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2017105590A RU2667124C2 (ru) | 2017-02-20 | 2017-02-20 | Способ проведения пцр-пдрф-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену rps3a |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017105590A3 RU2017105590A3 (ru) | 2018-08-20 |
| RU2017105590A RU2017105590A (ru) | 2018-08-20 |
| RU2667124C2 true RU2667124C2 (ru) | 2018-09-14 |
Family
ID=63177101
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017105590A RU2667124C2 (ru) | 2017-02-20 | 2017-02-20 | Способ проведения пцр-пдрф-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену rps3a |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2667124C2 (ru) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2276690C2 (ru) * | 2000-11-16 | 2006-05-20 | Данмаркс Йордбругсфорскнинг Министериет Фор Фэдеварер Ландбруг Ог Фискери | Генетический тест для идентификации носителей рецессивного гена комплексных вертебральных мальформаций у крупного рогатого скота |
| RU2528743C1 (ru) * | 2013-01-29 | 2014-09-20 | Рамиль Ришадович Вафин | Способ проведения пцр-пдрф для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1 |
-
2017
- 2017-02-20 RU RU2017105590A patent/RU2667124C2/ru not_active IP Right Cessation
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2276690C2 (ru) * | 2000-11-16 | 2006-05-20 | Данмаркс Йордбругсфорскнинг Министериет Фор Фэдеварер Ландбруг Ог Фискери | Генетический тест для идентификации носителей рецессивного гена комплексных вертебральных мальформаций у крупного рогатого скота |
| RU2528743C1 (ru) * | 2013-01-29 | 2014-09-20 | Рамиль Ришадович Вафин | Способ проведения пцр-пдрф для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| VATASESCU R. et al. Citrullinemia diagnostication on cattle breed. Lucrari stiintifice Zootehnie si Biotehnologii. 2006; 39(1): 127-130. * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2017105590A3 (ru) | 2018-08-20 |
| RU2017105590A (ru) | 2018-08-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Tsai et al. | Annotation of the Affymetrix. | |
| CN109852719B (zh) | 一种用于检测抗赤霉病QTL Qfhb.hbaas-5AL的分子标记及使用方法 | |
| Tanpure et al. | PCR-SSCP analysis of leptin gene and its association with milk production traits in river buffalo (Bubalus bubalis) | |
| Deb et al. | Molecular markers and their application in livestock genomic research | |
| Sabir et al. | Applying molecular tools for improving livestock performance: From DNA markers to next generation sequencing technologies | |
| Farhadian et al. | Polymorphisms in the ovine myostatin gene are associated with birth weight but not with weight gain in Iranian Makoei sheep | |
| RU2667124C2 (ru) | Способ проведения пцр-пдрф-анализа для генотипирования крупного рогатого скота по гену rps3a | |
| RU2528743C1 (ru) | Способ проведения пцр-пдрф для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и к гена dgat1 | |
| Kaplan et al. | The determination of prolactin gene polymorphism using PCR-RFLP method within indigenous Anatolian Water Buffalo and Brown Swiss | |
| Dai et al. | Correlation between the methylation of the FUT1 promoter region and FUT1 expression in the duodenum of piglets from newborn to weaning | |
| Koshiishi et al. | Development of 49 novel microsatellite markers from Next-generation sequencing data and a robust method for parentage tests in the emu (Dromaius novaehollandiae) | |
| Susilorini et al. | Polymorphism of Growth Hormone Gene in Selecting Etawah Crossbred (PE) Goats | |
| Shah et al. | Molecular analysis of callipyge gene mutation (C. 267A> G) in Kajli, Lohi and Thalli sheep breeds of Pakistan | |
| Wang et al. | Haplotype analysis of TLR4 gene and its effects on milk somatic cell score in Chinese commercial cattle | |
| CN1680599A (zh) | 鉴别显著影响断奶仔猪水肿与腹泻抗性的a1,2－岩藻糖转移酶基因单核苷酸多态位点及应用 | |
| Lazar et al. | Identification of myostatin gene polymorphism using PCR-RFLP for improving carcass meat evaluation of Teleorman Black Head lambs | |
| RU2703396C2 (ru) | Способ диагностики полиморфизма генов AGRN, ISG15 и HES4, обуславливающего летальный генетический дефект множественного артрогрипоза крупного рогатого скота мясных пород | |
| Liu et al. | Novel variants in the HMGA2 gene are associated with withers height in Debao pony | |
| Zhang et al. | Assessment of homozygosity levels in the mito-gynogenetic torafugu (Takifugu rubripes) by genome-wide SNP analyses | |
| JP6856928B2 (ja) | 遺伝子型を利用した犬の選抜及び行動特性を判定する方法 | |
| Sharma et al. | Polymorphism study of BMPR-1B and BMP-15 genes in Berari goats | |
| RU2639510C2 (ru) | Способ диагностики полиморфизма smc2, ассоциированного с гаплотипом фертильности нн3 крупного рогатого скота | |
| Mahajan et al. | Association of polymorphic variants of KAP 1.3 gene with wool traits in Rambouillet sheep | |
| Kulikova et al. | The characteristic of Tuvan Short-Fat Tailed sheep (Ovis aries) populations by GDF9 gene polymorphism | |
| Gim et al. | Development of an Economic-trait genetic marker by applying next-generation sequencing technologies in a whole genome |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20200221 |