RU2608505C1 - Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of ompa/motb of burkholderia pseudomallei - Google Patents
Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of ompa/motb of burkholderia pseudomallei Download PDFInfo
- Publication number
- RU2608505C1 RU2608505C1 RU2016103360A RU2016103360A RU2608505C1 RU 2608505 C1 RU2608505 C1 RU 2608505C1 RU 2016103360 A RU2016103360 A RU 2016103360A RU 2016103360 A RU2016103360 A RU 2016103360A RU 2608505 C1 RU2608505 C1 RU 2608505C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- motb
- ompa
- amplification
- polymerase chain
- chain reaction
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к области молекулярной биологии и биотехнологии. Предложен набор 5'-фосфорилированных олигонуклеотидных праймеров для амплификации методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) гена ompA/motB, кодирующего поверхностный протеин OmpA/MotB возбудителя мелиоидоза. Изобретение может быть использовано в молекулярной биологии и биотехнологии для амплификации полной кодирующей нуклеотидной последовательности гена ompA/motB поверхностного антигена В. pseudomallei.The invention relates to the field of molecular biology and biotechnology. A set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by the method of polymerase chain reaction (PCR) of the ompA / motB gene encoding the surface OmpA / MotB protein of the melioidosis pathogen is proposed. The invention can be used in molecular biology and biotechnology to amplify the complete coding nucleotide sequence of the ompA / motB gene of B. pseudomallei surface antigen.
Возбудитель особо опасной инфекции - мелиоидоза (Burkholderia pseudomallei) - аэробная грамотрицательная неферментирующая бактерия, принадлежащая к роду Burkholderia подкласса протеобактерий семейства Burkholderiaceae. В настоящее время род Burkholderia включает более 50 видов микроорганизмов и представляет собой довольно гетерогенную таксономическую группу, объединяющую сапрофиты, фитопатогены и патогены теплокровных животных.The causative agent of a particularly dangerous infection is melioidosis (Burkholderia pseudomallei), an aerobic gram-negative non-fermenting bacterium belonging to the genus Burkholderia of a subclass of the proteobacteria of the Burkholderiaceae family. Currently, the genus Burkholderia includes more than 50 species of microorganisms and is a rather heterogeneous taxonomic group combining saprophytes, phytopathogens, and pathogens of warm-blooded animals.
Мелиоидоз эндемичен для влажных тропических и субтропических регионов Юго-Восточной Азии, Северной Австралии, Западной Африки и Латинской Америки. В последнее время было отмечено довольно большое число спорадических случаев заболевания для ряда стран умеренного климатического пояса, связанных с заносом из эндемичных регионов.Melioidosis is endemic for the humid tropical and subtropical regions of Southeast Asia, Northern Australia, West Africa and Latin America. Recently, a rather large number of sporadic cases of the disease have been noted for a number of countries of the temperate climatic zone associated with drift from endemic regions.
В. pseudomallei относится к агентам II группы патогенности, все работы с которыми строго регламентированы СП 1.3.3118-13 «Безопасность работы с микроорганизмами I-II групп патогенности (опасности)».B. pseudomallei belongs to agents of the pathogenicity group II, all work with which is strictly regulated by SP 1.3.3118-13 “Safety of work with microorganisms of pathogenicity (hazard) I-II groups”.
Важной диагностической задачей следует считать точную и быструю индикацию вирулентных штаммов возбудителя мелиоидоза и их дифференциацию от генетически и иммунологически близких непатогенных сапрофитных представителей рода, широко распространенных в естественных биоценозах.An important diagnostic task should be considered accurate and quick indication of virulent strains of the causative agent of melioidosis and their differentiation from genetically and immunologically close non-pathogenic saprophytic representatives of the genus, which are widespread in natural biocenoses.
Успешная реализация вышеуказанных задач зависит прежде всего от выбора и детальной технологической проработки стратегии поиска и выявления биополимеров В. pseudomallei, перспективных для использования в качестве специфичных диагностических мишеней при конструировании иммуно- и генодиагностических систем нового поколения.The successful implementation of the above tasks depends primarily on the selection and detailed technological development of the search and identification strategy for B. pseudomallei biopolymers that are promising for use as specific diagnostic targets in the construction of new generation immuno-and diagnostic diagnostic systems.
На основании проведенного нами сравнительного in silico исследования последовательностей геномов В. pseudomallei был осуществлен выбор дифференцирующих групп кодирующих последовательностей поверхностных белков возбудителя мелиоидоза. В результате множественного выравнивания формально транслированных аминокислотных последовательностей были отобраны протеины, формировавшие наиболее гомогенные группы. Для каждого кластера белков исследованы потенциальные антигенные свойства и выделены линейные эпитопы. При этом наибольший интерес представляли протеины семейства OmpA, обладающие высокой потенциальной иммуногенностью. Использование приложения BLAST-protein показало, что белок MotB семейства OmpA видоспецифичен для В. pseudomallei. Следовательно, исследуемый протеин и кодирующий его регион могут являться перспективными диагностическими мишенями.Based on our comparative in silico study of the sequences of B. pseudomallei genomes, we selected differentiating groups of coding sequences of surface proteins of the melioidosis pathogen. As a result of multiple alignment of formally translated amino acid sequences, proteins were selected that formed the most homogeneous groups. Potential antigenic properties were studied for each protein cluster and linear epitopes were identified. In this case, the most interesting were the proteins of the OmpA family, which have high potential immunogenicity. Using the BLAST-protein application showed that the MotB protein of the OmpA family is species-specific for B. pseudomallei. Therefore, the studied protein and its coding region can be promising diagnostic targets.
Современной тенденцией совершенствования лабораторной диагностики мелиоидоза считают сочетанное применение двух методов: ПЦР и иммуноферментного анализа (ИФА). ИФА на основе моноклональных антител может быть использован для аналитических исследований, связанных с идентификацией видовой принадлежности микроорганизмов и анализом топографии биологически активных и диагностически значимых компонентов бактериальной клетки.The current trend in improving laboratory diagnosis of melioidosis is considered the combined use of two methods: PCR and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). ELISA based on monoclonal antibodies can be used for analytical studies related to the identification of species of microorganisms and analysis of the topography of biologically active and diagnostically significant components of a bacterial cell.
ПЦР является прямым методом выявления ДНК и обладает высокой специфичностью и чувствительностью. В основе метода ПЦР лежит природный процесс репликации ДНК - комплементарное достраивание ДНК матрицы, осуществляемое с помощью фермента ДНК-полимеразы. Процесс амплификации нуклеиновых кислот можно использовать для получения копий фрагментов ДНК, специфичных для конкретных определенных типов генетических последовательностей, например, генов мембранных протеинов микроорганизмов, в число которых входит и ген ompA/motB.PCR is a direct method for detecting DNA and has high specificity and sensitivity. The PCR method is based on the natural process of DNA replication - the complementary completion of the DNA matrix, carried out using the enzyme DNA polymerase. The nucleic acid amplification process can be used to obtain copies of DNA fragments specific for particular types of genetic sequences, for example, membrane protein genes of microorganisms, including the ompA / motB gene.
Для эффективного проведения ПЦР необходимы праймеры - синтетические олигонуклеотиды определенного размера, специфические для исследуемой генетической мишени. Праймеры комплементарны последовательностям ДНК на левой и правой границах детектируемого фрагмента и ориентированы таким образом, что достраивание новой цепи ДНК проходит только между ними. В результате ПЦР происходит многократное увеличение числа копий (амплификация) специфического участка гена, катализируемое ферментом ДНК-полимеразой. Выбор ДНК-мишени и подбор праймеров играет важнейшую роль в специфичности проведения амплификации.For effective PCR, primers are needed - synthetic oligonucleotides of a certain size, specific for the genetic target under study. The primers are complementary to the DNA sequences on the left and right borders of the detected fragment and are oriented in such a way that the completion of a new DNA chain passes only between them. As a result of PCR, there is a multiple increase in the number of copies (amplification) of a specific region of the gene, catalyzed by the DNA polymerase enzyme. The choice of target DNA and the selection of primers plays a crucial role in the specificity of amplification.
Близкими аналогами можно считать олигонуклеотидные затравки, использованные в нескольких работах для амплификации и последующего клонирования гена основного порина внешней мембраны BpsOmp38 (38 кДа) [Siritapetawee J., Prinz Н. et al. Expression and refolding of Omp38 from Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis, and its function as a diffusion porin // J. Biochem. - 2004. - P. 384] и гена цефалоспориназы (blaABPS) возбудителя мелиоидоза [Terence K.М. Cheung, P.L. Ho et al. Cloning and Expression of Class A β-Lactamase Gene blaABPS in Burkholderia pseudomallei // Antimicrob Agents Chemother. - 2002. - Vol. 46. - P. 1132-1135]. В данных работах были использованы праймеры, фланкирующие полную кодирующую последовательность соответствующих генов, для их клонирования в гетерологичных системах и функциональной характеристики рекомбинантных биополимеров.Close analogues can be considered oligonucleotide seeds used in several studies for amplification and subsequent cloning of the main porin gene of the external membrane BpsOmp38 (38 kDa) [Siritapetawee J., N. Prinz et al. Expression and refolding of Omp38 from Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis, and its function as a diffusion porin // J. Biochem. - 2004. - P. 384] and the cephalosporinase gene (blaA BPS ) of the causative agent of melioidosis [Terence K.M. Cheung, PL Ho et al. Cloning and Expression of Class A β-Lactamase Gene blaA BPS in Burkholderia pseudomallei // Antimicrob Agents Chemother. - 2002. - Vol. 46. - P. 1132-1135]. In these works, primers flanking the complete coding sequence of the corresponding genes were used for their cloning in heterologous systems and the functional characteristics of recombinant biopolymers.
Целью настоящего изобретения является разработка олигонуклеотидных праймеров для амплификации методом полимеразной цепной реакции полной кодирующей последовательности гена ompA/motB В. pseudomallei.An object of the present invention is to provide oligonucleotide primers for amplification by the polymerase chain reaction of the complete coding sequence of the B. pseudomallei ompA / motB gene.
Цель достигается конструированием специфичных олигонуклеотидов для амплификации методом полимеразной цепной реакции полной кодирующей последовательности гена ompA/motB В. pseudomallei.The goal is achieved by constructing specific oligonucleotides for amplification by the polymerase chain reaction of the complete coding sequence of the B. pseudomallei ompA / motB gene.
На основе геномных сиквенсов Burkholderia pseudomallei, представленных в общедоступных генетических базах данных (Genbank, EMBL, DDBJ), были подобраны 1 прямой и 2 варианта обратного (поскольку последовательность выбранной области отжига обратного праймера у проанализированных in silico геномов В. pseudomallei содержит SNP) праймеров, комплементарные фланкирующим последовательностям гена поверхностного протеина OmpA/MotB. Сконструированные олигонуклеотиды, структура которых указана в таблице 1, обладают активностью прямого (bps4255ricF) и обратных (bps4255ricR1, bps4255ricR2) праймеров в реакции амплификации. К специфической нуклеотидной последовательности прямого и обратных праймеров на 5'-конце добавлена фосфорилированная последовательность.Based on the genomic sequences of Burkholderia pseudomallei presented in publicly available genetic databases (Genbank, EMBL, DDBJ), 1 direct and 2 reverse variants were selected (since the sequence of the selected region for annealing the reverse primer of B. pseudomallei genomes analyzed in silico contains SNP primers) complementary to the flanking sequences of the OmpA / MotB surface protein gene. Designed oligonucleotides, the structure of which is shown in table 1, have the activity of direct (bps4255ricF) and reverse (bps4255ricR1, bps4255ricR2) primers in the amplification reaction. A phosphorylated sequence has been added to the specific nucleotide sequence of the forward and reverse primers at the 5'end.
Характеристика генетических мишеней для данных пар праймеров и ожидаемые размеры амплифицируемых фрагментов ДНК приведены в таблице 2.The characteristics of the genetic targets for these pairs of primers and the expected sizes of amplified DNA fragments are shown in table 2.
Примеры конкретного выполнения.Examples of specific performance.
Пример 1. Методика конструирования олигонуклеотидных праймеров для амплификации полной нуклеотидной последовательности гена ompA/motB, кодирующего высокоиммуногенный поверхностный протеин OmpA/MotB возбудителя мелиоидоза, методом ПЦР.Example 1. The method of designing oligonucleotide primers for amplification of the complete nucleotide sequence of the ompA / motB gene encoding the highly immunogenic surface protein OmpA / MotB of the melioidosis pathogen by PCR.
На основе сравнительного анализа in silico последовательностей геномов микроорганизмов рода Burkholderia с использованием ресурса Pathema (http://pathema.jcvi.org/Pathema/) были выбраны дифференцирующие группы кодирующих последовательностей поверхностных белков возбудителя мелиоидоза. Использование приложения BLAST-protein (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) показало, что наиболее перспективной диагностической мишенью является видоспецифичный для В. pseudomallei белок MotB семейства OmpA.Based on a comparative analysis of in silico sequences of the genomes of microorganisms of the genus Burkholderia using the Pathema resource (http://pathema.jcvi.org/Pathema/), differentiating groups of coding sequences of surface proteins of the melioidosis pathogen were selected. Using the BLAST-protein application (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) showed that the most promising diagnostic target is the species-specific Motb protein of the OmpA family for B. pseudomallei.
Были выбраны специфические участки ДНК, являющиеся консервативными фрагментами нуклеотидных последовательностей гена ompA/motB, к которым с помощью сервиса PrimerBLAST (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/tools/primer-blast) были подобраны комплементарные олигонуклеотиды, формирующие 2 пары праймеров. К специфической нуклеотидной последовательности прямого и обратного праймеров на 5'-конце добавлена фосфорилированная последовательность, позволяющая повысить эффективность клонирования амплифицированного фрагмента. Расчетная длина фрагмента ДНК, фланкируемого предлагаемыми праймерами, составила 1320 п.н. для пары bps4255ricF - bps4255ricR1 и 1310 п.н. для пары bps4255ricF - bps4255ricR2.Specific DNA regions were selected that are conserved fragments of the ompA / motB gene nucleotide sequences, to which complementary oligonucleotides forming 2 were selected using the PrimerBLAST service (http://www.ncbi.nlm.nih.gov / tools / primer-blast) pairs of primers. A phosphorylated sequence has been added to the specific nucleotide sequence of the forward and reverse primers at the 5'-end, which improves the cloning efficiency of the amplified fragment. The estimated length of the DNA fragment flanked by the proposed primers was 1320 bp for the bps4255ricF pair - bps4255ricR1 and 1310 bp for bps4255ricF pair - bps4255ricR2.
Праймеры были проанализированы с помощью компьютерной программы BLASTN (http://www.ncbi.nlm.mh.gov/BLAST/) для установления гомологии между ними и нуклеотидными последовательностями близкородственных буркхольдерий и гетерологичных микроорганизмов, присутствующих в базах данных (EMBL, GenBank, DDBJ). На момент проведения компьютерного анализа гомологии выявлено не было.The primers were analyzed using the BLASTN computer program (http://www.ncbi.nlm.mh.gov/BLAST/) to establish homology between them and the nucleotide sequences of closely related burkholderies and heterologous microorganisms present in the databases (EMBL, GenBank, DDBJ ) At the time of the computer analysis, no homology was detected.
Пример 2. Амплификация специфических фрагментов ДНК возбудителя мелиоидоза с помощью разработанных олигонуклеотидных праймеров.Example 2. Amplification of specific DNA fragments of the causative agent of melioidosis using the developed oligonucleotide primers.
Для выделения ДНК использовался метод протеиназного лизиса [Higuchi R. Rapid, efficient DNA extraction for PCR from cells or blood // Amplifications: A Forum for PCR Users. Perkin-Elmer, Norwalk, CT. - 1989. - Issue 2] с модификациями: 200 мкл свежеприготовленной бактериальной взвеси в стерильной бидистиллированной воде плотностью 2×109 м.к./мл смешивали с равным объемом лизирующего буфера (20 мМ трис-HCl, 100 мМ KCl, 5 мМ MgCl2, 0.2 мг/мл желатина, 0.9% Nonidet Р-40, 0.9% Твин 20, 150 мкг/мл протеиназы К), инкубировали при 60°С 120 мин, прогревали при 99°С 30 мин для инактивации фермента.Protein lysis was used to isolate DNA [Higuchi R. Rapid, efficient DNA extraction for PCR from cells or blood // Amplifications: A Forum for PCR Users. Perkin-Elmer, Norwalk, CT. - 1989. - Issue 2] with modifications: 200 μl of freshly prepared bacterial suspension in sterile bidistilled water with a density of 2 × 10 9 m.k./ ml was mixed with an equal volume of lysis buffer (20 mm Tris-HCl, 100 mm KCl, 5 mm MgCl 2 , 0.2 mg / ml gelatin, 0.9% Nonidet P-40, 0.9% Tween 20, 150 μg / ml proteinase K), were incubated at 60 ° C for 120 min, heated at 99 ° C for 30 min to inactivate the enzyme.
Для постановки ПЦР использовался ДНК-амплификатор С1000 (Bio-Rad, США) с 96-луночным реакционным блоком. Программа амплификации для обеих пар праймеров состояла из этапов начального прогрева проб 95°С 4 мин, 35 реакционных циклов (денатурация 94°С 40 с, отжиг праймеров 66.2°С 30 с, удлинение цепи 72°С 1 мин 20 с) и финальной элонгации 72°С 10 мин.For PCR, a C1000 DNA amplifier (Bio-Rad, USA) with a 96-well reaction block was used. The amplification program for both primer pairs consisted of the stages of initial heating of the samples at 95 ° C for 4 min, 35 reaction cycles (denaturation of 94 ° C for 40 s, annealing of the primers 66.2 ° C for 30 s, chain elongation of 72 ° C for 1 min 20 s) and final elongation 72 ° C for 10 minutes
Объем реакционной смеси на 1 пробу составлял 15 мкл. В состав реакционной смеси входили по 50 пМ прямого и обратного праймеров, 1.25 Ед. ДиаТак ДНК-полимеразы и 1×ПЦР-буфер с дНТФ и MgCl2 (ILS, Россия). Препараты геномной ДНК вносили в реакционную смесь в объеме 3 мкл.The volume of the reaction mixture per sample was 15 μl. The composition of the reaction mixture included 50 pM forward and reverse primers, 1.25 units. DiaTak DNA polymerase and 1 × PCR buffer with dNTP and MgCl 2 (ILS, Russia). Genomic DNA preparations were added to the reaction mixture in a volume of 3 μl.
Проводили электрофоретический анализ продуктов ПЦР в 1,5% агарозном геле и визуализировали ампликоны окрашиванием бромистым этидием. Размер ампликона оценивали, сравнивая его подвижность с подвижностью полос маркерных фрагментов ДНК. Электрофоретический анализ реакции амплификации гена ompA/motB возбудителя мелиоидоза, результаты которого приводятся на рисунке 1, показал наличие расчетных ампликонов размером 1320 п.н. с праймерами bps4255ricF/bps4255ricR1 и 1310 п.н. с праймерами bps4255ricF/bps4255ricR2 (дорожки 1 и 2 на электрофореграмме соответственно).An electrophoretic analysis of PCR products was carried out on a 1.5% agarose gel and amplicons were visualized by staining with ethidium bromide. The size of the amplicon was evaluated by comparing its mobility with the mobility of the bands of marker DNA fragments. An electrophoretic analysis of the amplification reaction of the ompA / motB gene of the causative agent of melioidosis, the results of which are shown in Figure 1, showed the presence of calculated amplicons of 1320 bp in size. with primers bps4255ricF / bps4255ricR1 and 1310 bp with bps4255ricF / bps4255ricR2 primers (
Таким образом, сконструированные праймеры позволяют получить в высокой концентрации фрагмент ДНК, несущий полную последовательность гена ompA/motB, кодирующего высокоиммуногенный поверхностный протеин OmpA/MotB возбудителя мелиоидоза, что позволит в перспективе осуществить клонирование в составе экспрессирующего вектора с целью накопления рекомбинантного антигена.Thus, the designed primers make it possible to obtain a DNA fragment in high concentration that carries the complete sequence of the ompA / motB gene encoding the highly immunogenic surface protein OmpA / MotB of the melioidosis causative agent, which will allow future cloning of the expression vector to accumulate the recombinant antigen.
Claims (2)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2016103360A RU2608505C1 (en) | 2016-02-02 | 2016-02-02 | Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of ompa/motb of burkholderia pseudomallei |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2016103360A RU2608505C1 (en) | 2016-02-02 | 2016-02-02 | Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of ompa/motb of burkholderia pseudomallei |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2608505C1 true RU2608505C1 (en) | 2017-01-18 |
Family
ID=58456044
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2016103360A RU2608505C1 (en) | 2016-02-02 | 2016-02-02 | Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of ompa/motb of burkholderia pseudomallei |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2608505C1 (en) |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2009009484A2 (en) * | 2007-07-06 | 2009-01-15 | The Arizona Board Of Regents, A Body Corporate Of The State Of Arizona Acting For And On Behalf Of Northern Arizona University | Burkholderia pseudomallei diagnostic genetic elements that predict mortality in melioidosis |
| CN102146478A (en) * | 2011-04-15 | 2011-08-10 | 中国人民解放军第三军医大学 | PCR kit for identifying burkholderia pseudomallei |
| RU2551208C1 (en) * | 2014-04-22 | 2015-05-20 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | SET OF OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS AND FLUORESCENTLY LABELLED PROBE FOR IDENTIFICATION OF Burkholderia mallei AND ITS DIFFERENTIATION FROM Burkholderia pseudomallei |
| US20150361435A1 (en) * | 2010-12-17 | 2015-12-17 | The Penn State Research Foundation | Identification of inhibitors of a bacterial stress response |
-
2016
- 2016-02-02 RU RU2016103360A patent/RU2608505C1/en not_active IP Right Cessation
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2009009484A2 (en) * | 2007-07-06 | 2009-01-15 | The Arizona Board Of Regents, A Body Corporate Of The State Of Arizona Acting For And On Behalf Of Northern Arizona University | Burkholderia pseudomallei diagnostic genetic elements that predict mortality in melioidosis |
| US20150361435A1 (en) * | 2010-12-17 | 2015-12-17 | The Penn State Research Foundation | Identification of inhibitors of a bacterial stress response |
| CN102146478A (en) * | 2011-04-15 | 2011-08-10 | 中国人民解放军第三军医大学 | PCR kit for identifying burkholderia pseudomallei |
| RU2551208C1 (en) * | 2014-04-22 | 2015-05-20 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | SET OF OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS AND FLUORESCENTLY LABELLED PROBE FOR IDENTIFICATION OF Burkholderia mallei AND ITS DIFFERENTIATION FROM Burkholderia pseudomallei |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Eremeeva et al. | Evaluation of a PCR assay for quantitation of Rickettsia rickettsii and closely related spotted fever group rickettsiae | |
| Jeffery et al. | Classification of Mycoplasma synoviae strains using single-strand conformation polymorphism and high-resolution melting-curve analysis of the vlhA gene single-copy region | |
| Nilsson et al. | Rickettsia helvetica in Ixodes ricinus ticks in Sweden | |
| Bowie et al. | Conservation of major surface protein 1 genes of Anaplasma marginale during cyclic transmission between ticks and cattle | |
| EP1891232A2 (en) | Pcr diagnostics of dermatophytes and other pathogenic fungi | |
| Zweygarth et al. | In vitro culture and structural differences in the major immunoreactive protein gp36 of geographically distant Ehrlichia canis isolates | |
| Cheng et al. | Molecular heterogeneity of Ehrlichia chaffeensis isolates determined by sequence analysis of the 28-kilodalton outer membrane protein genes and other regions of the genome | |
| Lange et al. | Development and validation of a multiplex real-time PCR for detection of Clostridium chauvoei and Clostridium septicum | |
| Peyraud et al. | A specific PCR for the detection of Mycoplasma putrefaciens, one of the agents of the contagious agalactia syndrome of goats | |
| Kanter et al. | Analysis of 16S rRNA and 51-kilodalton antigen gene and transmission in mice of Ehrlichia risticii in virgulate trematodes from Elimia livescens snails in Ohio | |
| EP2014775B1 (en) | Method for the detection of bacterial species of the genera Anaplasma/Ehrlichia and Bartonella | |
| WO2010062897A1 (en) | Methods and compositions to detect clostridium difficile | |
| RU2608506C1 (en) | Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of membrane protein ttss hrcv of burkholderia pseudomallei | |
| Pilet et al. | A new typing technique for the Rickettsiales Ehrlichia ruminantium: multiple-locus variable number tandem repeat analysis | |
| KR20130097974A (en) | Primers for molecular identification of staphylococcus aureus and method for identifying staphylococcus aureus using the same | |
| RU2608505C1 (en) | Set of 5'-phosphorylated oligonucleotide primers for amplification by polymerase chain reaction of complete coding sequence of ompa/motb of burkholderia pseudomallei | |
| Mamnoon et al. | Quality control of widely used therapeutic recombinant proteins by a novel real-time PCR approach | |
| Sano et al. | Detection of gp43 and ITS1-5.8 S-ITS2 ribosomal RNA genes of Paracoccidioides brasiliensis in paraffin-embedded tissue | |
| RU2751591C2 (en) | Method for detecting toxin genes by multiplex pcr with subsequent sequencing | |
| Harmal et al. | Simplex and triplex polymerase chain reaction (PCR) for identification of three medically important Candida species | |
| Andoh et al. | Comparison of Japanese isolates of Coxiella burnetii by PCR‐RFLP and sequence analysis | |
| Shivamallu et al. | Use of rpoB gene analysis for detection and identification of Leptospira species by direct sequencing | |
| RU2346045C1 (en) | OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS FOR IDENTIFYING Coccidioides posadasii | |
| KR20160075943A (en) | Primer for diagnosis of virus that cause diseases of allomyrina dichotoma and method for diagnosis using the same | |
| JP2016220651A (en) | Method for detecting powdery mildew fungus on strawberry and detection primer |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20180203 |