RU2559873C2 - Mimetics of poly (adp-ribose) and process for producing thereof - Google Patents
Mimetics of poly (adp-ribose) and process for producing thereof Download PDFInfo
- Publication number
- RU2559873C2 RU2559873C2 RU2011116534/04A RU2011116534A RU2559873C2 RU 2559873 C2 RU2559873 C2 RU 2559873C2 RU 2011116534/04 A RU2011116534/04 A RU 2011116534/04A RU 2011116534 A RU2011116534 A RU 2011116534A RU 2559873 C2 RU2559873 C2 RU 2559873C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- residue
- ribofuranosyl
- benzoyl
- nucleoside
- adenine
- Prior art date
Links
- 0 CC*[C@@](P(O)(OC[C@](CC1)O[C@@]1OC([*+])=O)=O)P(O)(OC[C@]([C@@]1O)O[C@](C)[C@]1O[C@]1O[C@](COP(C(C)(C)P(O)(OC[C@]([C@@]2O)O[C@](C(C)C*)[C@]2O[C@]2C3([C@](C4O)O[C@](COP(O)OP(O)OC[C@]([C@@]5O)O[C@@](C)C5O*)C4O*)O[C@](COP(O)(OP(O)(OC[C@]4O[C@](C)C(*C)[C@]4O)=O)=O)CC2O3)=O)(O)=O)CC1*)=O Chemical compound CC*[C@@](P(O)(OC[C@](CC1)O[C@@]1OC([*+])=O)=O)P(O)(OC[C@]([C@@]1O)O[C@](C)[C@]1O[C@]1O[C@](COP(C(C)(C)P(O)(OC[C@]([C@@]2O)O[C@](C(C)C*)[C@]2O[C@]2C3([C@](C4O)O[C@](COP(O)OP(O)OC[C@]([C@@]5O)O[C@@](C)C5O*)C4O*)O[C@](COP(O)(OP(O)(OC[C@]4O[C@](C)C(*C)[C@]4O)=O)=O)CC2O3)=O)(O)=O)CC1*)=O 0.000 description 2
- DFPAKSUCGFBDDF-UHFFFAOYSA-N NC(c1cnccc1)=O Chemical compound NC(c1cnccc1)=O DFPAKSUCGFBDDF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Abstract
Description
Изобретение относится к молекулярной биологии, медицинской химии, биохимии и биотехнологии, конкретно к средствам регуляции метаболизма поли(ADP-рибозы) (ПАР), представляющим собой полимерные производные дисахаридных нуклеозидов и их аналогов, включая их линейные и разветвленные сополимеры с нуклеозидами и их производными.The invention relates to molecular biology, medical chemistry, biochemistry and biotechnology, specifically to means for regulating the metabolism of poly (ADP-ribose) (PAR), which are polymer derivatives of disaccharide nucleosides and their analogues, including their linear and branched copolymers with nucleosides and their derivatives.
Дисахаридным нуклеозидом называют нуклеозид с присоединенным дополнительным углеводным остатком. Дополнительный остаток соединен с пентафуранозным циклом нуклеозида О-гликозидной связью. Аналоги дисахаридных нуклеозидов, представленные в настоящем изобретении, представляют собой нуклеозиды, модифицированные по 2′, 3′ или 5′ положению О-гидроксиалкильными, О-гидроксиалкилоксиметильными, N-гидроксиалкилкарбоксамидными, О-гидроксиалкил(тио)фосфорильными или O-полиалкиленгликоль(тио)фосфорильными фрагментами.A disaccharide nucleoside is a nucleoside with an additional carbohydrate residue attached. An additional residue is connected to the pentafuranose cycle of the nucleoside by an O-glycosidic bond. The disaccharide nucleoside analogs of the present invention are nucleosides modified at the 2 ′, 3 ′ or 5 ′ position with O-hydroxyalkyl, O-hydroxyalkylmethyl, N-hydroxyalkylcarboxamide, O-hydroxyalkyl (thio) phosphoryl or O-polyalkylene glycol (thio) phosphoryl fragments.
Поли-ADP-рибозилирование - посттрансляционная модификация белков в эукариотических клетках. Процесс катализируется поли(ADP-рибозо)полимеразами (ПАРП). Эти ферменты осуществляют превращение никотинамидадениндинуклеотида (NAD+) в поли(ADP-рибозу) (ПАР) с высвобождением никотинамида.Poly-ADP-ribosylation is a post-translational modification of proteins in eukaryotic cells. The process is catalyzed by poly (ADP-ribose) polymerases (PARP). These enzymes convert nicotinamide adenine dinucleotide (NAD + ) to poly (ADP-ribose) (PAR) with the release of nicotinamide.
В обзорах (D.D′ Amours, et al. Biochem J. 342, 249-268 1999; P.O.Hassa, et al., Microbiol. Mol. Biol. Rev. 70, 789-829, 2006) рассмотрена многообразная биологическая роль этого полимера. К настоящему времени механизм реакции поли(ADP-рибозил)ирования детально не изучен. Активный центр фермента достаточно протяженный, в нем связывается субстрат NAD+ и ′′праймер′′ поли(ADP-рибоза), присоединенный к белку. Ключевой стадией является образование О-гликозидной связи, с образованием никотинамида. Многоточечная фиксация NAD+ по остаткам никотинамида, пирофосфатного остатка и аденозина ориентирует 2′-O-гидроксильную группу для присоединения к С′-1 атому углерода с высвобождением никотинамида (Фиг. 1).The reviews (D.D ′ Amours, et al. Biochem J. 342, 249-268 1999; P.O. Hassa, et al., Microbiol. Mol. Biol. Rev. 70, 789-829, 2006) examined the diverse biological role of this polymer. To date, the reaction mechanism of poly (ADP-ribosylation) has not been studied in detail. The active center of the enzyme is quite extended, it binds the NAD + substrate and the “primer” poly (ADP-ribose) attached to the protein. The key stage is the formation of an O-glycosidic bond, with the formation of nicotinamide. Multipoint fixation of NAD + on nicotinamide, pyrophosphate, and adenosine residues orientes the 2′-O-hydroxyl group to attach to the C′-1 carbon atom to release nicotinamide (Fig. 1).
Известно, что ПАР вовлечен в процессы модуляции структуры хроматина, репликации, транскрипции, репарации ДНК и дифференцировки клеток. Детальное изучение внутриклеточных функций поли(ADP-рибозы) продолжается и в настоящее время. Молекулы полимера, как выделенные из природных источников, так и синтезированные in vitro с использованием поли(ADP-рибозо)полимеразы, могут содержать более 200-300 мономерных звеньев. Линейные участки длиной 20-50 звеньев чередуются с разветвленными фрагментами, которые, по-видимому, стабилизируют конформацию поли(ADP-рибозы). Структура поли(АDР-рибозы) была установлена с помощью ЯМР-спектроскопии и ферментативного гидролиза фосфодиэстеразой змеиного яда и щелочной фосфатазой, который приводил к дифосфату α-D-рибофуранозил-(1′′→2′)-аденозина и соответствующему дисахаридному нуклеозиду α-RibAdo, структуру которых установили с помощью ЯМР-спектроскопии (A.M. Ferro, N.J.Oppenheimer Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 75, 809-813, 1978). Структура трисахаридного нуклеозида, расположенного в месте разветвления, также подтверждена физико-химическими методами (T. Sugimura, M. Miwa Mol. Cell. Biochem. 138, 5-12, 1994).PAR is known to be involved in the modulation of chromatin structure, replication, transcription, DNA repair and cell differentiation. A detailed study of the intracellular functions of poly (ADP-ribose) continues to this day. Polymer molecules, both isolated from natural sources and synthesized in vitro using poly (ADP-ribose) polymerase, can contain more than 200-300 monomeric units. Linear sections with a length of 20-50 units alternate with branched fragments, which, apparently, stabilize the conformation of poly (ADP-ribose). The structure of poly (ADP-ribose) was determined by NMR spectroscopy and enzymatic hydrolysis with snake venom phosphodiesterase and alkaline phosphatase, which led to diphosphate α-D-ribofuranosyl- (1 ″ → 2 ′) adenosine and the corresponding disaccharide nucleoside α- RibAdo, the structure of which was determined by NMR spectroscopy (AM Ferro, NJOppenheimer Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 75, 809-813, 1978). The structure of the trisaccharide nucleoside located at the branching point is also confirmed by physicochemical methods (T. Sugimura, M. Miwa Mol. Cell. Biochem. 138, 5-12, 1994).
В процессе деградации поли(ADP-рибозы) участвуют ADP-рибозилпротеинлиаза и поли(ADP-рибозо)-гликогидролаза (ПАРГ). ADP-рибозилпротеинлиаза ответственна за гидролиз связи между белком и ближайшим остатком ADP-рибозы. ПАРГ, обладающая экзо- и эндогликозидазной активностью, расщепляет связи между аденозином и рибофуранозным остатком с образованием ADP-рибозы (D′Amours D., et al Biochem J. 342, 249-268, 1999), поэтому в клетке присутствуют ковалентно связанный с белком ПАР и свободный полимер. Недавно было показано, что свободный ПАР, попадая из ядра в цитоплазму, является токсичным и может вызывать смерть клеток (Y. Wang, V.L. Dawson, Т.М. Dawson. Exp Neurol. 218, 193-202, 2009).The degradation of poly (ADP-ribose) involves ADP-ribosylprotein lyase and poly (ADP-ribose) -glycohydrolase (SAR). ADP-ribosylprotein lyase is responsible for hydrolysis of the bond between the protein and the nearest residue of ADP-ribose. PARG, with exo- and endoglycosidase activity, cleaves the bonds between adenosine and the ribofuranose residue to form ADP ribose (D'Amours D., et al Biochem J. 342, 249-268, 1999), therefore, the protein is covalently bound to the cell STEAM and free polymer. Recently, it was shown that free PAR, entering the cytoplasm from the nucleus, is toxic and can cause cell death (Y. Wang, V.L. Dawson, T.M. Dawson. Exp Neurol. 218, 193-202, 2009).
Поли(ADP-рибозил)ирование белков катализируется несколькими полимеразами, которые постоянно и в значительном количестве имеются в клетке. Все они используют в качестве субстрата NAD+ и переносят ADP-рибозу на остатки глутамата и лизина в составе белков. В клетках эукариот найдены ПАРП-2, ПАРП-3, а также танкиразы 1 и 2 и др. (R. Krishnakumar and W.L. Kraus. Molecular Cell 39, 6-24, 2010). Из ферментов, осуществляющих поли(ADP-рибозил)ирование, ПАРП-1 является основным, и именно он ответственен за синтез 90% поли(ADP-рибозы) в клетке. Этот фермент специфично узнает разрывы в ДНК, активируется и осуществляет синтез ПАР, ковалентно присоединенной к некоторым белкам, причем главным акцептором является сам фермент. Поли(ADP-рибозил)ирование белков рассматривается как главный механизм, обеспечивающий формирование внуктриклеточного сигнала о повреждении ДНК и модулирование функций белков в ответ на генотоксические воздействия. Чрезмерная активация ПАРП при массированных разрывах ДНК, сильно снижая содержание внутриклеточного NAD+, ведет к подавлению гликолиза и митохондриального дыхания и вызывает гибель клетки по варианту некроза. (М.В. Суханов, О.И. Лаврик, С.Н. Ходырева, Мол. биол. 38, 834-847, 2004).Poly (ADP-ribosylation) proteination is catalyzed by several polymerases, which are constantly and in significant quantities in the cell. All of them use NAD + as a substrate and transfer ADP-ribose to glutamate and lysine residues in proteins. PARP-2, PARP-3, as well as
До настоящего времени не разработано химических методов синтеза поли(ADP-рибозы) (Е.В. Ефимцева, И.В. Куликова, С.Н. Михайлов, Молекулярная биология, 43, 327-338, 2009) и только недавно синтезирован ее структурный элемент 2′-O-α-D-рибофуранозиладенозин (S.N. Mikhailov et al Tetrahedron, 64, 2871-2876, 2008). На основе дисахаридных нуклеозидов могут быть созданы новые эффективные регуляторы биосинтеза ПАР.To date, no chemical methods for the synthesis of poly (ADP-ribose) have been developed (E.V. Efimtseva, I.V. Kulikova, S.N. Mikhailov, Molecular Biology, 43, 327-338, 2009) and only recently synthesized its
Возможны несколько путей регуляции метаболизма поли(ADP-рибозы), связанных с подавлением (ингибирование ПАРП, активация ПАРГ) или, наоборот, с активацией ее биосинтеза (активация ПАРП, ингибирование ПАРГ). В последние годы ведутся активные поиски ингибиторов поли(ADP-рибозо)полимераз (ПАРП), которые рассматриваются как перспективные ферменты-мишени для создания лекарственных препаратов при лечении инсульта, ишемии, диабета, артритов, колитов и других воспалительных заболеваний. Ингибиторы ПАРП также могут использоваться как потенциальные противораковые и противовирусные агенты (P. Jagtap, C. Szabo, Nature Rev. Drug Discovery, 4, 421-440, 2005). Основное внимание исследователей сосредоточено на аналогах никотинамида. Было показано, что 3-аминобензамид ингибирует ПАРП в концентрациях 10-6 М. Дальнейшие исследования привели к обнаружению мощных ингибиторов гетероциклической природы с наномолярными константами ингибирования. Ряд перспективных соединений проходят клинические испытания: в комбинации с алкилирующими агентами в противоопухолевой терапии, а также для лечения инфаркта (D.V. Ferraris. J. Med. Chem. 53, 4561-4584, 2010). Применение алкилирующих агентов в химиотерапии онкологических заболеваний приводит к повреждению ДНК как в опухолевых, так и нормальных клетках, при этом активируется система репарации ДНК. Использование ингибиторов ПАРП в комплексной химиотерапии позволит снизить концентрацию алкилирующих агентов и, следовательно, понизить общую токсичность лечения. Также проводится поиск ингибиторов поли(ADP-рибозо)-гликогидролазы (ПАРГ), фермента ответственного за гидролиз ПАР в клетке и определяющего его уровень (D.W. Koh, et al. J. Med. Chem. 46, 4322-4332, 2003).There are several ways to regulate the metabolism of poly (ADP-ribose) associated with suppression (inhibition of PARP, activation of PARG) or, conversely, with the activation of its biosynthesis (activation of PARP, inhibition of PARG). In recent years, there has been an active search for poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors, which are considered promising target enzymes for creating drugs in the treatment of stroke, ischemia, diabetes, arthritis, colitis and other inflammatory diseases. PARP inhibitors can also be used as potential anticancer and antiviral agents (P. Jagtap, C. Szabo, Nature Rev. Drug Discovery, 4, 421-440, 2005). The main attention of researchers is focused on nicotinamide analogues. It was shown that 3-aminobenzamide inhibits PARP at concentrations of 10 -6 M. Further studies have led to the discovery of potent heterocyclic inhibitors with nanomolar inhibition constants. A number of promising compounds are undergoing clinical trials: in combination with alkylating agents in antitumor therapy, as well as for the treatment of heart attack (DV Ferraris. J. Med. Chem. 53, 4561-4584, 2010). The use of alkylating agents in chemotherapy of cancer leads to DNA damage in both tumor and normal cells, and the DNA repair system is activated. The use of PARP inhibitors in complex chemotherapy will reduce the concentration of alkylating agents and, therefore, reduce the overall toxicity of the treatment. A search is also being made for poly (ADP-ribose) -glycohydrolase (PARH) inhibitors, an enzyme responsible for the hydrolysis of PAR in the cell and determining its level (DW Koh, et al. J. Med. Chem. 46, 4322-4332, 2003).
В настоящее время клинические испытания проходят семь гетероциклических ингибиторов ПАРП, которые являются аналогами никотинамида (D.V. Ferraris. J. Med. Chem. 53, 4561-4584, 2010). К недостаткам существующих ингибиторов ПАРП-1 в первую очередь следует отнести плохую растворимость гетероциклических соединений в воде, а также небольшое время жизни их в организме.Currently, seven heterocyclic PARP inhibitors, which are analogues of nicotinamide, are undergoing clinical trials (D.V. Ferraris. J. Med. Chem. 53, 4561-4584, 2010). The disadvantages of existing PARP-1 inhibitors include, first of all, the poor solubility of heterocyclic compounds in water, as well as their short lifetime.
В ряду нуклеозидов ингибиторами ПАРП являются 2′-дезоксинуклеозиды (A.D. Pivazyan et al., Biochem. Pharm., 44, 947-953, 1992; Preiss et al., FEBS Lett., 19, 244-246, 1971) и дисахаридные нуклеозиды (С.Η. Ходырева, О.И. Лаврик, А.Л. Захаренко, С.Н. Михайлов, И.В. Куликова, Е.В. Ефимцева. Средство для ингибирования фермента поли(АДФ-рибозо)полимеразы 1 человека. Патент РФ 2411948). Природные 2′-дезоксинуклеозиды являются структурными элементами нуклеиновых кислот и участвуют в многочисленных процессах в клетке, что исключает специфичность их воздействия на определенный фермент. Дисахаридные нуклеозиды являются более мощными ингибиторами ПАРП-1 с IC50 0.20 - 0.05 mM, однако очевидно, что и тот уровень ингибирования не является достаточным для создания на их основе лекарственных препаратов.In the series of nucleosides, PARP inhibitors are 2′-deoxynucleosides (AD Pivazyan et al., Biochem. Pharm., 44, 947-953, 1992; Preiss et al., FEBS Lett., 19, 244-246, 1971) and disaccharide nucleosides (S.Η. Khodyreva, O. I. Lavrik, A. L. Zakharenko, S. N. Mikhailov, I. V. Kulikova, E. V. Efimtseva. Means for inhibiting the enzyme poly (ADP-ribose)
Второй путь регуляции метаболизма ПАР - это активация ее биосинтеза. В ядре клетки фермент ПАРП активируется, связываясь с повреденной ДНК. Связывание поли(ADP-рибозы) с доменом автомодификации ПАРП (AMD-PARP) обеспечивает регуляцию каталитической активности фермента (R. Krishnakumar et al. Molecular Cell., 39, 8-24, 2010). Одноцепочечные олигодезоксинуклеотиды обладают разнообразной биологической активностью, не связанной с образованием комплементарных комплексов с нуклеиновыми кислотами (М. Markosian and R.Μ. Hyde, Antiviral Chem. Chemotherapy 16, 91-102, 1995). Одноцепочечные гуанозин-богатые олигодезоксинуклеотиды вызывают гибель клеток, по механизму активации каспаз (US Patent Application 2009/0312399), обладают выраженной анти-ВИЧ активностью (US Patent 6323185, US Patent 6355785). Олигонуклеотиды, содержащие тиофосфатные группы, препятствуют проникновению вирусов через клеточную мембрану (D.I. Bernstein et al, Antimicrob.Agents Chemotherapy, 52, 2727-2733, 2008; Т. Matsumara et al, Gastroenterology, 137, 673-681, 2009). Описаны полимеры, в которых 1,2-диоксипропильные производные нуклеиновых оснований связаны фосфодиэфирными связями (US Patent 6448373). Однако в этих соединениях формальные расстояния между мономерными остатками существенно меньше, чем в ПАР.The second way to regulate PAR metabolism is to activate its biosynthesis. In the cell nucleus, the PARP enzyme is activated by binding to damaged DNA. The binding of poly (ADP-ribose) to the PARP self-modification domain (AMD-PARP) provides regulation of the catalytic activity of the enzyme (R. Krishnakumar et al. Molecular Cell., 39, 8-24, 2010). Single-stranded oligodeoxynucleotides have diverse biological activity unrelated to the formation of complementary complexes with nucleic acids (M. Markosian and R.Μ. Hyde,
Задачей изобретения является получение миметиков ПАР, обладающих следующими отличительными свойствами:The objective of the invention is to obtain mimetics of PAR having the following distinctive properties:
1. В модифицированных ПАР сохраняются все основные функциональные группы и расстояния между ними, что необходимо для обеспечения потенциальных взаимодействий с белками; согласно расчетным данным поли(ADP-рибоза) и ее миметики обладают значительной конформационной подвижностью и формальные расстояния между С1′-С1′ в двух соседних нуклеозидных остатках составляет 12-14 Å.1. In modified PAR, all the main functional groups and the distances between them are retained, which is necessary to ensure potential interactions with proteins; According to the calculated data, poly (ADP-ribose) and its mimetics have significant conformational mobility and the formal distances between C1'-C1 'in two adjacent nucleoside residues are 12-14 Å.
2. Перспективным является получение миметиков ПАР, в которых пирофосфатная группа заменена на фосфатный остаток. В этом случае можно использовать модифицированную технологию автоматического олигонуклеотидного синтеза с использованием фосфорамидитных производных. Эта технология позволяет включать коммерчески доступные фосфорамидитные производные нуклеозидов, а также остатки этиленгликоля, пропан- и бутандиолов, гидрофобные и флуоресцентные группы для увеличения стабильности и эффективной доставки аналогов ПАР в клетку. При этом один или несколько модифицированных остатков могут быть расположены в заданном положении ОН цепи.2. It is promising to obtain PAH mimetics in which the pyrophosphate group is replaced by a phosphate residue. In this case, you can use the modified technology of automatic oligonucleotide synthesis using phosphoramidite derivatives. This technology allows the inclusion of commercially available phosphoramidite derivatives of nucleosides, as well as residues of ethylene glycol, propane and butanediols, hydrophobic and fluorescent groups to increase stability and efficient delivery of PAR analogues to the cell. In this case, one or more modified residues can be located in a given position of the OH chain.
3. Защитные группы, используемые при синтезе дисахаридных нуклеозидов и их производных, должны сочетаться с группами, применяемыми для автоматического синтеза, что существенно сократит время получения миметиков ПАР; селективное блокирование пяти гидроксильных групп (две первичные и три вторичные группы) в 2′-O-α-D-рибофуранозиладенозине и его аналогах, является важным этапом получения фосфорамидитных производных.3. The protective groups used in the synthesis of disaccharide nucleosides and their derivatives should be combined with the groups used for automatic synthesis, which will significantly reduce the time to obtain PAR mimetics; selective blocking of five hydroxyl groups (two primary and three secondary groups) in 2′-O-α-D-ribofuranosyladenosine and its analogs is an important step in the preparation of phosphoramidite derivatives.
4. Для увеличения стабильности миметиков ПАР к ПАРГ предлагается изменить конфигурацию О-гликозидной связи в остатках 2′-O-α-D-рибофуранозиладенозина или использовать его производные, такие как 2′-O-пентафуранозиладенозин и 2′-O-гидроксиалкоксиметилнуклеозиды. Также возможно получение различных сополимеров на основе этих соединений.4. To increase the stability of PAR mimetics to PARH, it is proposed to change the configuration of the O-glycosidic bond in the residues of 2′-O-α-D-ribofuranosyladenosine or use derivatives thereof, such as 2′-O-pentafuranosyladenosine and 2′-O-hydroxyalkoxymethyl nucleosides. It is also possible to obtain various copolymers based on these compounds.
Миметики ПАР, связываясь с ПАРП и активируя его, могут замещать ПАР в различных клеточных процессах (модуляция структуры хроматина и репарция поврежденной ДНК, транскрипция, дифференцировка клеток и др.) и представляют заметный интерес как прототипы новых препаратов для молекулярной медицины, а также в качестве новых объектов при исследованиях в молекулярной биологии, медицинской химии и биохимии. Важно отметить, что к настоящему времени структурные миметики ПАР не описаны в литературе и не используются в промышленности.PAR mimetics, binding to PARP and activating it, can replace PAR in various cellular processes (modulation of chromatin structure and repair of damaged DNA, transcription, cell differentiation, etc.) and are of significant interest as prototypes of new drugs for molecular medicine, as well as new objects in research in molecular biology, medical chemistry and biochemistry. It is important to note that to date, structural PAR mimetics are not described in the literature and are not used in industry.
Задача получения миметиков ПАР с указанными характеристиками решена тем, что в качестве заявляемых соединений предлагаются линейные и (или) разветвленные полимеры общей формулыThe task of obtaining mimetics PAR with the specified characteristics is solved by the fact that as the claimed compounds are proposed linear and (or) branched polymers of the general formula
где в качестве концевых фрагментов Υ, Ζ могут быть использованы рибо- и 2′-дезоксирибонуклеозиды, присоединенные к полимеру фосфодиэфирной связью (Υ: дезоксиаденозин-5′-ил, дезоксигуанозин-5′-ил, дезоксицитидин-5′-ил, дезокситимидин-5′-ил; Ζ: аденозин-3′-ил, гуанозин-3′-ил, цитидин-3′-ил, уридин-3′-ил), аминопроизводное разветвленного алифатического соединения (С7-6-амино-(2-гидроксиметил)-гексан-1-ил), производные трифенилметана (Tr - трифенилметил, MMTr - 4-метокситрифенилметил, DMTr - 4,4′-диметокситрифенилметил) флуоресцентные красители трифенилметанового ряда (флуоресцеин, эозин, родамин), связанные с миметиком сложноэфирной связью, либо амидной связью с линкером С7, присоединенным к миметику. Общая длина главной цепи полимера (k+1)*m может варьироваться от 1 до 100, а фосфодиэфирные группы (X=О) могут сочетаться или быть полностью заменены на тиофосфорильные (X=S). В качестве мономерных звеньев R1 и R2 могут быть использованы дисахаридные нуклеозиды 2′-O-β-D-рибофуранозиладенозин или 2′-О-β-D-рибофуранозилгуанозин или 2′-O-β-D-рибофуранозилцитидин или 2′-O-β-D-рибофуранозилуридин или 2′-O-α-D-арабинофуранозиладенозин или 2′-O-α-D-арабинофуранозилгуанозин или 2′-O-α-D-арабинофуранозилцитидин или 2′-O-α-D-арабинофуранозилуридин или 2′-O-α-L-арабинофуранозиладенозин или 2′-O-α-L-арабинофуранозилгуанозин или 2′-O-α-L-арабинофуранозилцитидин или 2′-O-α-L-арабинофуранозилуридин или 2′-O-α-D-рибофуранозиладенозин или 2′-O-α-D-рибофуранозилгуанозин или 2′-O-α-D-рибофуранозилцитидин или 2′-O-α-D-рибофуранозилуридин или 2′-O-β-D-глюкопиранозиладенозин или 2′-O-β-D-глюкопиранозилгуанозин или 2′-O-β-D-глюкопиранозилцитидин или 2′-O-β-D-глюкопиранозилуридин, соединенные между собой 5′-5′′-фосфодиэфирными связями, или их аналоги общей формулы:where ribo- and 2′-deoxyribonucleosides attached to the polymer by a phosphodiester bond (Υ: deoxyadenosin-5′-yl, deoxyguanosin-5′-yl, deoxycytidin-5′-yl, deoxythymidine- can be used as terminal fragments Υ,
где В=Ade (аденин-9-ил); В=Ura (урацил-1-ил); В=Cyt (цитозин-1-ил); В=Gua (гуанин-9-ил).where B = Ade (adenine-9-yl); B = Ura (uracil-1-yl); B = Cyt (cytosin-1-yl); B = Gua (guanine-9-yl).
Также в качестве мономерных звеньев R1 и R2 могут быть использованы фрагменты общей формулы -((CH2)nO)m-(P=X(OH))O-N-, где n=1-6, m=1-6, а N = остаток нуклеозида, или общей формулыAlso, fragments of the general formula - ((CH 2 ) n O) m - (P = X (OH)) ON-, where n = 1-6, m = 1-6, can be used as monomer units R 1 and R 2 , and N = the remainder of the nucleoside, or the General formula
где N = остаток нуклеозида. where N = nucleoside residue.
В главную цепь полимеров - миметиков ПАР могут быть введены разветвители R3 общей формулыR 3 splitters of the general formula can be introduced into the main chain of polymers - mimetics PAR
где N′ остаток дисахаридного нуклеозида - 2′-O-β-D-рибофуранозиладенозина или 2′-O-β-D-рибофуранозилгуанозина или 2′-O-β-D-рибофуранозилцитидина или 2′-O-β-D-рибофуранозилуридина, соединенного с основной цепью миметика фосфодиэфирными связями по 3' и 5′ положениям аденозинового фрагмента, и с боковой цепью по 5′′-гидроксильной группе β-D-рибофуранозного остатка; или where N ′ is the residue of a disaccharide nucleoside - 2′-O-β-D-ribofuranosyladenosine or 2′-O-β-D-ribofuranosylguanosine or 2′-O-β-D-ribofuranosylcytidine or 2′-O-β-D-ribofuranosyluridine connected to the main chain of the mimetic by phosphodiester bonds at the 3 ′ and 5 ′ positions of the adenosine moiety, and to the side chain at the 5 ′ ′ hydroxyl group of the β-D-ribofuranose residue; or
(нуклеозидные звенья соединены между собой 3′-5′-фосфодиэфирной связью, боковая цепь миметика присоединена к основной цепи через ациклический фрагмент - (СН2)n) Представленные мономерные звенья вводятся в состав полимера в виде фосфорамидитных производных.(nucleoside units are interconnected by a 3′-5′-phosphodiester bond, the side chain of the mimetic is attached to the main chain through an acyclic moiety - (CH 2 ) n ) The monomer units shown are introduced into the polymer as phosphoramidite derivatives.
Для получения полимеров используются фосфорамидитные синтоны с монометокситритильной (MMTr) или диметокситритильной (DMTr) защитными группами. Соединения 1-6, где В=AdeBz (Н6-бензоиладенин-9-ил); В=Ura (урацил-1-ил); В=CytBz (N4-бензоилцитозин-1-ил); В=GuaiBu (N2-изобутироилгуанин-9-ил). R=MMTr или DMTr, были получены исходя из дисахаридных нуклеозидов (Фиг. 2). To obtain polymers, phosphoramidite synthons with monomethoxytrityl (MMTr) or dimethoxytrityl (DMTr) protective groups are used. Compounds 1-6, where B = Ade Bz (H 6 -benzoyladenin-9-yl); B = Ura (uracil-1-yl); B = Cyt Bz (N 4 -benzoylcytosin-1-yl); B = Gua iBu (N 2 -isobutyroylguanin-9-yl). R = MMTr or DMTr were obtained from disaccharide nucleosides (Fig. 2).
В случае соединения 1 монометокситритильная группа блокирует 5′′-гидроксильную группу дополнительного 2′-O-β-D-рибофуранозного остатка. Также были получены изомерные фосфорамидитные производные 2, в которых ди(моно)метокситритильная группа блокирует 5′-ОН остатка аденозина. В этом случае гликозилирование осуществлялось 1,2,3-три-O-бензоил-5-O-левулинил-O-рибофуранозой (S.N. Mikhailov et al. Chemistry & Biodiversity, 2, 1153-1163, 2005), что позволило существенно сократить количество стадий и увеличить общий выход продуктов 2. Для синтеза полимеров были использованы фосфорамидитные производные с монометокситритильной и диметокситритильной группами, для защиты экзоциклических групп гетероциклических оснований использовали ацильные группы: бензоильную (ΒZ) и изобутироильную (iBu) группы.In the case of
Были синтезированы фосфорамидитные производные на основе 2′-O-гидроксиалкоксинуклеозидов 7-9, где В=AdeBz, Ura, CytBz, GuaiBu, R=MMTr или DMTr, n=2-4 (Фиг 3).Phosphoramidite derivatives based on 2′-O-
Наряду с дисахаридными нуклеозидами и их производными для получения миметиков ПАР был использован ряд коммерчески доступных фосфорамидитных синтонов 10-14, где В=AdeBz, Ura, CytBz, GuaiBu (Фиг.4).Along with disaccharide nucleosides and their derivatives, a number of commercially available phosphoramidite synthones 10-14 were used to obtain PAR mimetics, where B = Ade Bz , Ura, Cyt Bz , Gua iBu (Figure 4).
Для получения разветвленных полимеров использовали синтоны 15 и 16, где В=AdeBz, Ura, CytBz, GuaiBu, n=2-4 (Фиг. 5).To obtain branched polymers,
Фосфорамидитные синтоны включались в состав миметиков ПАР с использованием технологии автоматизированного олигонуклеотидного синтеза (Фиг. 6, 11) Phosphoramidite synthons were included in PAR mimetics using automated oligonucleotide synthesis technology (Fig. 6, 11)
После синтеза полимера на полимерном носителе проводили селективное удаление левулинильной группы (Lev=С(O)СН2СН2С(O)СН3) гидразин гидратом. Последующее наращивание цепи и удаление цианэтильной и ацильных защитных групп приводило к разветвленным миметикам ПАР (Фиг.6).After the synthesis of the polymer on a polymer carrier, the levulinyl group (Lev = C (O) CH 2 CH 2 C (O) CH 3 ) hydrazine hydrate was selectively removed. Subsequent chain extension and removal of the cyanethyl and acyl protecting groups led to branched PAH mimetics (Figure 6).
Синтез миметиков ПАР осуществляется с использованием описанных выше фосфорамидитных блоков 1-16 в автоматическом режиме на нерастворимом силикатном, полистирольном или полиакрилатном носителе методами олигонуклеотидной химии при температуре 20°C. В ходе автоматического синтеза происходит последовательное присоединение мономерных блоков к 5′- или 5′′-концу синтезируемого олигомера до получения полимера необходимой длины. Каждый цикл присоединения состоит из 4 стадий:The synthesis of PAR mimetics is carried out using the above-described phosphoramidite blocks 1-16 in automatic mode on an insoluble silicate, polystyrene or polyacrylate carrier by oligonucleotide chemistry at a temperature of 20 ° C. In the course of automatic synthesis, monomer units are sequentially attached to the 5′- or 5 ′ ′ end of the synthesized oligomer until a polymer of the required length is obtained. Each attachment cycle consists of 4 stages:
1. Деблокирование (удаление трифенилметильной (MMTr или DMTr) защитной группы с 5′ гидроксильной группы олигонуклеотидной цепи трихлоруксусной кислотой).1. Release (removal of the triphenylmethyl (MMTr or DMTr) protective group from the 5 ′ hydroxyl group of the oligonucleotide chain with trichloroacetic acid).
2. Конденсация (присоединение амидофосфитного блока в присутствии катализатора -1H-тетразола или 2-этилтиотетразола).2. Condensation (addition of an amidophosphite block in the presence of a catalyst of -1H-tetrazole or 2-ethylthiotetrazole).
3. Кэпирование (ацетилирование непрореагировавших гидроксильных групп смесью пропионового ангидрида и пиридина в соотношении от 1:1 до 1:3 в тетрагидрофуране).3. Capping (acetylation of unreacted hydroxyl groups with a mixture of propionic anhydride and pyridine in a ratio of 1: 1 to 1: 3 in tetrahydrofuran).
4. Окисление (превращение межнуклеотидного фосфита в фосфотриэфир или тиофосфодиэфир).4. Oxidation (conversion of internucleotide phosphite to phosphotriether or thiophosphodiester).
На заключительном этапе синтеза полимерных миметиков ПАР проводят удаление ацильных защитных групп в стандартных условиях (конц. водный аммиак, 6 часов, 55°C).At the final stage of the synthesis of polymer mimetics, PAR removes the acyl protecting groups under standard conditions (conc. Aqueous ammonia, 6 hours, 55 ° C).
Рассмотренные ранее модифицированные фосфорамидиты различаются между собой как по реакционной способности амидофосфитной группы, так и по типу тритильной защиты на гидроксильной группе.The previously considered modified phosphoramidites differ from each other both in the reactivity of the amidophosphite group and in the type of trityl protection on the hydroxyl group.
Наиболее реакционноспособными являются синтоны с амидофосфитом на первичной гидроксильной группе.The most reactive are synthons with amidophosphite on the primary hydroxyl group.
Стандартной защитной группой по 5′ положению амидофосфитных блоков является 4,4′-диметокситритильная. Помимо этого может быть использована монометокситритильная защитная группа. Скорость удаления ее стандартным деблокирующим раствором (3% трихлоруксусная кислота в хлористом метилене) ниже по сравнению с диметокситритильной группой. Ее применение целесообразно при синтезе набора олигомеров, различающихся между собой одним мономерным звеном: Ν, Ν-1, Ν-2 и т.д. При этом в конечном наборе каждый олигомер будет содержать монометокситритильную защитную группу.The standard protecting group at the 5 ′ position of amidophosphite blocks is 4,4′-dimethoxytrityl. In addition, a monomethoxytrityl protecting group may be used. Its removal rate with a standard deblocking solution (3% trichloroacetic acid in methylene chloride) is lower compared to the dimethoxytrityl group. Its use is advisable in the synthesis of a set of oligomers that differ among themselves by one monomer unit: Ν, Ν-1, Ν-2, etc. Moreover, in the final set, each oligomer will contain a monomethoxytrityl protective group.
Стандартные подходы в олигонуклеотидной химии позволяют вводить как фосфодиэфирные, так и тиофосфорильные межнуклеотидные связи. Таким образом, могут быть получены тиофосфорильные производные олигомерных миметиков ПАР.Standard approaches in oligonucleotide chemistry allow the introduction of both phosphodiester and thiophosphoryl internucleotide bonds. Thus, thiophosphoryl derivatives of oligomeric PAR mimetics can be obtained.
Автоматический синтез олигомерных миметиков ПАР позволяет получать не только линейные, но и разветвленные олигомеры. Это достигается благодаря использованию соответствующих коммерчески доступных амидофосфитных блоков, например дендримерных фосфорамидитов.Automatic synthesis of oligomeric Mimetic PARs allows you to get not only linear but also branched oligomers. This is achieved through the use of appropriate commercially available amidophosphite blocks, for example dendrimer phosphoramidites.
Функциональность рассмотренных миметиков ПАР может быть существенно расширена за счет введения реакционноспособных групп, флуоресцентных меток, тушителей флуоресценции, фрагментов, обеспечивающих транспорт олигомеров к мишени. В качестве реакционноспособных групп могут выступать аминогруппы, альдегидные, тиольные, фосфатные группы, биотин, фрагмент ЭДТА. В олигомеры также могут быть введены флуоресцентные репортерные фрагменты на основе производных флуоресцеина, цианиновых красителей, акридина, фенантрена, пирена, а также тушители флуоресценции, например, на основе производных азобензола.The functionality of the considered PAR mimetics can be significantly expanded by introducing reactive groups, fluorescence labels, fluorescence quenchers, fragments that ensure the transport of oligomers to the target. Amino groups, aldehyde, thiol, phosphate groups, biotin, and an EDTA fragment can act as reactive groups. Fluorescence reporter fragments based on fluorescein derivatives, cyanine dyes, acridine, phenanthrene, pyrene, as well as fluorescence quenchers, for example, based on azobenzene derivatives, can also be introduced into oligomers.
Наличие гидрофобной диметокситритильной группы на 5′ конце синтезированного олигомера существенно облегчает хроматографическое выделение целевого полноразмерного продукта. Благодаря этому, олигомерные миметики ПАР могут быть получены с высокой степенью очистки при использовании обращенно-фазной ВЭЖХ.The presence of a hydrophobic dimethoxytrityl group at the 5 ′ end of the synthesized oligomer significantly facilitates the chromatographic isolation of the desired full-sized product. Due to this, PAR oligomeric mimetics can be obtained with a high degree of purification using reverse-phase HPLC.
Разработанная методология позволяет получить регулярные и нерегулярные структуры со степенью полимеризации до 100 мономерных звеньев, что сравнимо с природными ПАР. Число (k+1)·m определяется техническими возможностями ОН-синтезатора. Разработанная технология позволяет синтезировать полимеры на основе диэфиров фосфорной кислоты с повторяющимся мономерным звеном, полимеры с регулярной структурой с повторяющимися несколькими звеньями, а также нерегулярные полимеры с несколькими мономерными звеньями. Отличительной чертой данной технологии является получение полимеров с заданным молекулярным весом, а следовательно с определенными свойствами.The developed methodology allows one to obtain regular and irregular structures with a degree of polymerization of up to 100 monomer units, which is comparable to natural PAIRs. The number (k + 1) · m is determined by the technical capabilities of the OH synthesizer. The developed technology allows synthesizing polymers based on diesters of phosphoric acid with a repeating monomer unit, polymers with a regular structure with repeating several units, as well as irregular polymers with several monomer units. A distinctive feature of this technology is the production of polymers with a given molecular weight, and therefore with certain properties.
Настоящее изобретение проиллюстрировано примерами синтеза фосфорамидитных блоков и миметиков ПАР, имеющих на концах полимерной цепи и в середине цепи различные функциональные и репортерные группы.The present invention is illustrated by examples of the synthesis of phosphoramidite blocks and PAH mimetics with different functional and reporter groups at the ends of the polymer chain and in the middle of the chain.
Структура заявленных соединений подтверждена методами УФ-, ЯМР- и масс-спектрометрии. ЯМР-спектры регистрировали на спектрометре Bruker АМХ400 (Германия). Химические сдвиги (δ) измерены относительно внутреннего стандарта - тетраметилсилана (δ 0 м.д.) и приведены в миллионных долях. Величины констант спин - спинового взаимодействия (J) измерены в герцах. При описании спектров 1H-ЯМР приняты следующие сокращения: с - синглет, уш. с - уширенный синглет, д - дублет, т - триплет, м - мультиплет. Модифицированные олигонуклеотиды были получены на автоматическом синтезаторе Applied Biosystems (США). Тонкослойную хроматографию проводили на пластинках Kieselgel 260 F (Merck), пятна проявляли в ультрафиолетовом свете (λ=254 нм). Колоночную хроматографию проводили на силикагеле Kieselgel 60 (0.063-0.200 мм, Merck). Очистку растворителей проводили по стандартным методикам.The structure of the claimed compounds was confirmed by UV, NMR and mass spectrometry. NMR spectra were recorded on a Bruker AMX400 spectrometer (Germany). Chemical shifts (δ) are measured relative to the internal standard tetramethylsilane (
Пример 1. Синтез N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D)-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]аденина (1, В=AdeBz, R=MMTr. Фиг. 7).Example 1. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D) -ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O - (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine (1, B = Ade Bz , R = MMTr. Fig. 7).
а) N6-Бензоил-9-[2-O-(β-D)-рибофуранозил)-3,5-O(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил]аденин.a) N 6 -benzoyl-9- [2-O- (β-D) -ribofuranozil) -3,5-O (1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) -β-D- ribofuranosyl] adenine.
Раствор 1.66 г (1.56 ммоль) N6-бензоил-9-[2-O-(2,3,5-три-O-бензоил-β-D-рибофуранозил)-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D)-рибофуранозил]аденина (S.N. Mikhailov et al J. Carbohydr. Chem. 16, 75-92, 1997) в 0.15 Μ растворе метилата натрия в сухом метаноле (42 мл) выдерживали 40 мин. при 20°C, добавляли 10% уксусную кислоту в метаноле до рН 7.0, упаривали в вакууме досуха. Остаток растворяли в 100 мл дихлорметана и последовательно промывали 30 мл насыщенного раствора бикарбоната натрия и водой (2×30 мл). Органический слой сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали и упаривали досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 35 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1.5% этанол/дихлорметан (500 мл). Фракции, содержащие продукт, объединяли и упаривали в вакууме досуха. Выход 680 мг (58% пена). Rƒ 0.28 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 9.28 уш. с (1Н, NH), 8.76 с (1Н, Н-8), 8.43 с (1Н, Н-2), 8.03 д (2Н, Bz), 7.60 т (1H, Bz), 7.52 т (2H, Βz), 6.11 с (1H, Н-1′ Ado), 5.33 с (1H, Н-1′ Rib), 4.76 дд (1H, J3′,2′=4.6, J3′,4=7.6, Η-3′ Rib), 4.50 дд (1H, J3′,2′ 4.2, J3′,4=9.2, H-3′ Ado), 4.47 д (1H, H-2′ Ado), 4.29 д (1H, J5′a5′b=- 13.2, Η-5′а Ado), 4.17 м (2H, Η-2′ Rib, Η-4′ Ado), 4.03 м (3H, H-4′,5′a Rib, Η-5′b Ado), 3.76 д (1H, J5′b,5′a=-10.7, Η-5′b Rib), 1.14-0.95 м (28H, i-Pr). 13С-ЯМР (CDCl3): 164.58 (C=O), 152.17 (C-2), 149.89 (C-6), 149.66 (C-4), 140.55 (C-8), 132.73, 128.72, и 127.85 (Bz), 123.65 (C-5), 106.11 (С-1′, Rib), 89.17 (С-1′, Ado), 83.79, 81.67 (C-4′), 76.62, 75.49 (C-2′), 68.98, 68.91 (C-3′), 60.21 (C-5′, Rib), 59.42 (C-5′, Ado), 17.32, 17.25, 17.15, 17.07, 16.89, 13.27, 12.78, 12.78 и 12.57 (i-Pr).A solution of 1.66 g (1.56 mmol) of N 6- benzoyl-9- [2-O- (2,3,5-tri-O-benzoyl-β-D-ribofuranosyl) -3,5-O- (1,1, 3,3-tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl) -β-D) ribofuranosyl] adenine (SN Mikhailov et al J. Carbohydr. Chem. 16, 75-92, 1997) in a 0.15 Μ solution of sodium methylate in dry methanol ( 42 ml) was held for 40 minutes. at 20 ° C, 10% acetic acid in methanol was added to pH 7.0, evaporated to dryness in vacuo. The residue was dissolved in 100 ml of dichloromethane and washed successively with 30 ml of a saturated solution of sodium bicarbonate and water (2 × 30 ml). The organic layer was dried over anhydrous sodium sulfate, filtered and evaporated to dryness. The residue was chromatographed on a column containing 35 g of silica gel. The material was eluted with 1.5% ethanol / dichloromethane (500 ml). The fractions containing the product were combined and evaporated to dryness in vacuo. Yield 680 mg (58% foam). R ƒ 0.28 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 1 H-NMR (CDCl 3 ): 9.28 br. s (1H, NH), 8.76 s (1H, H-8), 8.43 s (1H, H-2), 8.03 d (2H, Bz), 7.60 t (1H, Bz), 7.52 t (2H, Βz) , 6.11 s (1H, H-1 ′ Ado), 5.33 s (1H, H-1 ′ Rib), 4.76 dd (1H, J 3 ′ , 2 ′ = 4.6, J 3 ′, 4 = 7.6, Η-3 ′ Rib), 4.50 dd (1H, J 3 ′, 2 ′ 4.2, J 3 ′, 4 = 9.2, H-3 ′ Ado), 4.47 d (1H, H-2 ′ Ado), 4.29 d (1H, J 5′a5′b = - 13.2, Η-5′a Ado), 4.17 m (2H, Η-2 ′ Rib, Η-4 ′ Ado), 4.03 m (3H, H-4 ′, 5′a Rib, Η-5′b Ado), 3.76 d (1H, J 5′b, 5′a = -10.7, Η-5′b Rib), 1.14-0.95 m (28H, i-Pr). 13 C-NMR (CDCl 3 ): 164.58 (C = O), 152.17 (C-2), 149.89 (C-6), 149.66 (C-4), 140.55 (C-8), 132.73, 128.72, and 127.85 (Bz), 123.65 (C-5), 106.11 (C-1 ′, Rib), 89.17 (C-1 ′, Ado), 83.79, 81.67 (C-4 ′), 76.62, 75.49 (C-2 ′) , 68.98, 68.91 (C-3 ′), 60.21 (C-5 ′, Rib), 59.42 (C-5 ′, Ado), 17.32, 17.25, 17.15, 17.07, 16.89, 13.27, 12.78, 12.78 and 12.57 (i -Pr).
б) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил]аденин.b) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3,5-O- (1,1,3 , 3-tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine.
Получали из 518 мг (0.7 ммоль) N6-Бензоил-9-[2-О-(β-D-рибофуранозил)-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил]аденина по стандартной методике введения тритильной защитной группы с последующим ацилированием. Продукт подвергали хроматографической очистке на колонке, содержащей 30 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1.5% этанол/дихлорметан. Фракции, содержащие продукт, объединяли и упаривали в вакууме досуха. Выход 640 мг (83% пена). Rƒ0.41 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 8.98 уш. с (1Н, NH), 8.59 с (1Н, Н-8), 8.02-7.15 м (18Н, Н-2, Bz, Ph), 6.74 д (2Н, Ph), 5.76 с (1H, Н-1′ Ado), 5.73 дд (1H, J3′,2′ 3.3, J3′,4′ 6.9, Η-3′ Rib), 5.54 с (1H, Н-1′ Rib), 5.53 д (1H, Η-2′ Rib), 5.11 дд (1H, J3′,2′ 4.8, J3′,4′ 8.8, H-3′ Ado), 4.87 д (1H, H-2′ Ado), 4.27 ддд (1H, J4′,5′a 4.8, J4′,5′b 3.7, H-4′ Rib), 4.05 м (3H, H-4′,5′a,5′b Ado), 3.73 с (3H, OMe), 3.36 дд (1H, J5′a,5′b - 10.3, Η-5′а Rib), 3.23 дд (1H, Η-5′b Rib), 2.09 с (3H, Ac), 2.03 с (3H, Ac), 1.11-1.04 м (28H, i-Pr). 13С-ЯМР (CDCl3): 169.75, 169.42, 164.56 (C=O), 158.70 (Ph), 152.63 (C-2), 150.60 (C-6), 149.42 (C-4), 142.44 (C-8), 135.06, 132.75, 130.45, 128.90, 128.47, 128.38, 127.81 и 127.02 (Bz, Ph), 123.36 (C-5), 113.03 (Ph), 105.45 (С-1′, Rib), 88.84 (С-1′, Ado), 86.17 (Ph3C), 81.22, 79.82 (C-4′), 78.64, 74.97 (C-2′), 71.36, 69.96 (C-3′), 62.95 (C-5′, Rib), 59.85 (C-5′, Ado), 55.15 (OMe), 20.46 и 20.37 (Ac), 17.33, 17.28, 17.18, 17.00, 16.82, 13.23, 12.95, 12.84 и 12.60 (i-Pr).Prepared from 518 mg (0.7 mmol) of N 6- Benzoyl-9- [2-O- (β-D-ribofuranosyl) -3,5-O- (1,1,3,3-tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl ) -β-D-ribofuranosyl] adenine according to the standard procedure for the administration of a trityl protective group followed by acylation. The product was chromatographed on a column containing 30 g of silica gel. The substance was eluted with a 1.5% ethanol / dichloromethane system. The fractions containing the product were combined and evaporated to dryness in vacuo. Yield 640 mg (83% foam). R ƒ 0.41 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 1 H-NMR (CDCl 3 ): 8.98 br. s (1H, NH), 8.59 s (1H, H-8), 8.02-7.15 m (18H, H-2, Bz, Ph), 6.74 d (2H, Ph), 5.76 s (1H, H-1 ′ Ado), 5.73 dd (1H, J 3 ′, 2 ′ 3.3, J 3 ′, 4 ′ 6.9, Η-3 ′ Rib), 5.54 s (1H, H-1 ′ Rib), 5.53 d (1H, Η- 2 ′ Rib), 5.11 dd (1H, J 3 ′, 2 ′ 4.8, J 3 ′, 4 ′ 8.8, H-3 ′ Ado), 4.87 d (1H, H-2 ′ Ado), 4.27 ddd (1H, J 4 ′, 5′a 4.8, J 4 ′, 5′b 3.7, H-4 ′ Rib), 4.05 m (3H, H-4 ′, 5′a, 5′b Ado), 3.73 s (3H, OMe), 3.36 dd (1H, J5′a, 5′b - 10.3, Η-5′a Rib), 3.23 dd (1H, Η-5′b Rib), 2.09 s (3H, Ac), 2.03 s ( 3H, Ac), 1.11-1.04 m (28H, i-Pr). 13 C-NMR (CDCl 3 ): 169.75, 169.42, 164.56 (C = O), 158.70 (Ph), 152.63 (C-2), 150.60 (C-6), 149.42 (C-4), 142.44 (C- 8), 135.06, 132.75, 130.45, 128.90, 128.47, 128.38, 127.81 and 127.02 (Bz, Ph), 123.36 (C-5), 113.03 (Ph), 105.45 (C-1 ′, Rib), 88.84 (C- 1 ′, Ado), 86.17 (Ph 3 C), 81.22, 79.82 (C-4 ′), 78.64, 74.97 (C-2 ′), 71.36, 69.96 (C-3 ′), 62.95 (C-5 ′, Rib), 59.85 (C-5 ′, Ado), 55.15 (OMe), 20.46 and 20.37 (Ac), 17.33, 17.28, 17.18, 17.00, 16.82, 13.23, 12.95, 12.84 and 12.60 (i-Pr).
в) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденин.c) N 6 -Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine.
К раствору 324 мг (0.29 ммоль) N6-бензоил-9-[2-О(2,3-ди-О-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил]аденина в тетрагидрофуране (4 мл) добавляли 280 мг (0.88 ммоль) тетрабутиламмоний фторида тригидрата в тетрагидрофуране (3 мл). Реакция протекает в течение 15 мин при 20°C. Реакционную смесь упаривали в вакууме, а затем переупаривали с хлороформом (2×10 мл). Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 30 г силикагеля, элюируя вещество системой 1.5% этанол/дихлорметан. Фракции, содержащие продукт, объединяли и упаривали в вакууме досуха. Выход 230 мг (92% в виде пены), Rƒ0.30 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 9.11 ус (1Н, NH), 8.77 с (1Н, Н-8), 8.01-7.28 м (18Н, Н-2, Bz, Ph), 6.88 д (2Н, PhOMe), 5.90 д (1Н, J1′,2′=7.0, Н-1′ Ado), 5.42 дд (1Н, J3′,2′ =5.0, J3′,4′=5.2, Η-3′ Rib), 5.35 дд (1H, J2′,1′=2.2, Η-2′ Rib), 5.01 дд (1H, J2′,3′=4.8, H-2′ Ado), 4.81 д (1H, Н-1′ Rib), 4.64 дд (1H, J3′,4′=1.1, H-3′ Ado), 4.29 д (1H, H-4′ Ado), 4.04 ддд (1H, J4′,5′a=3.6, J4′,5′b=4.2, H-4′ Rib), 3.96 д (1H, J5′a,5′b-=13.2, H-5′a Ado), 3.73 с (3H, OMe), 3.70 д (1H, Η-5′b Ado), 3.32 дд (1H, J5′a5′b=-10.6, H-5′a Rib), 3.23 дд (1H, Η-5′b Rib), 2.05 с (3H, Ac), 2.02 с (3Н, Ac). 13С-ЯМР (CDCl3): 169.90, 164.53 (C=O), 158.92 (Ph), 152.12 (C-2), 150.36 (C-6), 149.78 (C-4), 141.42 (C-8), 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 и 127.32 (Bz, Ph), 124.16 (C-5), 113.39 (Ph), 106.62 (С-1′, Rib), 89.72 (С-1′, Ado), 86.93 (Ph3C), 86.83 (C-4′), 81.04, 76.36 (C-2′), 75.00, 72.02 (C-3′), 71.14 (C-5′, Rib), 63.01 (C-5′, Ado), 55.21 (OMe), 20.43, 19.87 (Ac).To a solution of 324 mg (0.29 mmol) N 6- benzoyl-9- [2-O (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3,5-O- ( 1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine in tetrahydrofuran (4 ml) was added 280 mg (0.88 mmol) of tetrabutylammonium fluoride trihydrate in tetrahydrofuran (3 ml). This reaction takes place for 15 minutes at 20 ° C. The reaction mixture was evaporated in vacuo and then reevaporated with chloroform (2 × 10 ml). The residue was chromatographed on a column containing 30 g of silica gel, eluting with 1.5% ethanol / dichloromethane. The fractions containing the product were combined and evaporated to dryness in vacuo. Yield 230 mg (92% as a foam), R ƒ 0.30 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 1 H-NMR (CDCl 3 ): 9.11 g (1H, NH), 8.77 s (1H, H-8), 8.01-7.28 m (18H, H-2, Bz, Ph), 6.88 d (2H, PhOMe) , 5.90 d (1H, J 1 ′, 2 ′ = 7.0, H-1 ′ Ado), 5.42 dd (1H, J 3 ′, 2 ′ = 5.0, J 3 ′, 4 ′ = 5.2, Η-3 ′ Rib ), 5.35 dd (1H, J 2 ′, 1 ′ = 2.2, Η-2 ′ Rib), 5.01 dd (1H, J 2 ′, 3 ′ = 4.8, H-2 ′ Ado), 4.81 d (1H, H -1 ′ Rib), 4.64 dd (1H, J 3 ′, 4 ′ = 1.1, H-3 ′ Ado), 4.29 dd (1H, H-4 ′ Ado), 4.04 ddd (1H, J 4 ′, 5 ′ a = 3.6, J 4 ′, 5′b = 4.2, H-4 ′ Rib), 3.96 d (1H, J 5′a, 5′b - = 13.2, H-5′a Ado), 3.73 s (3H , OMe), 3.70 dd (1H, Η-5′b Ado), 3.32 dd (1H, J 5′a5′b = -10.6, H-5′a Rib), 3.23 dd (1H, Η-5′b Rib), 2.05 s (3H, Ac), 2.02 s (3H, Ac). 13 C-NMR (CDCl 3 ): 169.90, 164.53 (C = O), 158.92 (Ph), 152.12 (C-2), 150.36 (C-6), 149.78 (C-4), 141.42 (C-8) , 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 and 127.32 (Bz, Ph), 124.16 (C-5), 113.39 (Ph), 106.62 (C-1 ′, Rib), 89.72 (C-1 ′ , Ado), 86.93 (Ph 3 C), 86.83 (C-4 ′), 81.04, 76.36 (C-2 ′), 75.00, 72.02 (C-3 ′), 71.14 (C-5 ′, Rib), 63.01 (C-5 ′, Ado), 55.21 (OMe), 20.43, 19.87 (Ac).
г) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-5-O-трет-бутилдифенилсилил-β-D-рибофуранозил]аденин.d) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -5-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D- ribofuranosyl] adenine.
К раствору 370 мг (0.43 ммоль) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденина и имидазола 35 мг (0.51 ммоль) в сухом пиридине (4 мл) добавляли 0.19 мл (0.75 ммоль) трет-бутилдифенилсилилхлорида, выдерживали 48 ч при 20°C. Смесь упаривали досуха, остаток растворяли в хлороформе (20 мл) и промывали водой (10 мл), насыщенным раствором бикарбоната натрия (10 мл), а затем водой (10 мл). Органический слой сушили безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали досуха, переупаривали с толуолом (2×10 мл). Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 20 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1% этанол/дихлорметан (400 мл). Фракции, содержащие продукт, объединяли и упаривали в вакууме досуха. Выход 420 мг (88%, пена). Rƒ 0.37 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1Н-ЯМР (CDCl3): 9.21 ус (1Н, NH), 8.60 с (1Н, Н-8), 8.04-7.18 м (28Н, Н-2, Bz, Ph), 6.83 д (2Н, PhOMe), 6.13 д (1Н, J1′,2′=2.8, Н-1′ Ado), 5.49 дд (1H, J3′,2′ 5.0, J3′,4′=5.2, Η-3′ Rib), 5.46 дд (1H, J2′,1′=2.4, H-2′ Rib), 5.20 д (1H, Н-1′ Rib), 4.95 дд (1H, J2′,3′=5.6, H-2′ Ado), 4.76 дд (1H, J3′,4′=5.9, H-3′ Ado), 4.22 д (1H, H-4′ Rib), 4.05 ддд (1H, J4′,5′a=3.6, J4′,5′b=3.4, Η-4′ Ado), 4.03 д (1H, J5′a,5′b-=11-2, Η-5′а Ado), 3.86 д (1H, Η-5′b Ado), 3.74 с (3H, OMe), 3.36 дд (1H, J5′a,5′b=-9.9, Η-5′а Rib), 3.30 дд (1H, Η-5′b Rib), 2.09 с (3H, Ac), 2.06 с (3H, Ac), 1.04 с (9H, t-Bu). 13С-ЯМР (CDCl3): 165.94, 162.53 (C=O), 157.92 (Ph), 151.12 (C-2), 151.26 (C-6), 148.76 (C-4), 143.41 (C-8), 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 и 127.32 (Bz, Ph), 124.16 (C-5), 113.39 (Ph), 107.42 (С-1′, Rib), 88.41 (С-1′, Ado), 87.05 (Ph3C), 84.42, 81.52 (C-4′), 81.29, 76.36 (C-2′), 75.00, 71.80 (C-3′), 71.14 (C-5′, Rib), 63.08 (C-5′, Ado), 55.34 (OMe), 26,97 (t-Bu), 20.43, 19.43 (Ac).To a solution of 370 mg (0.43 mmol) N 6 -benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine and imidazole 35 mg (0.51 mmol) in dry pyridine (4 ml) was added 0.19 ml (0.75 mmol) of tert-butyldiphenylsilyl chloride, kept for 48 h at 20 ° C. The mixture was evaporated to dryness, the residue was dissolved in chloroform (20 ml) and washed with water (10 ml), saturated sodium bicarbonate solution (10 ml) and then with water (10 ml). The organic layer was dried with anhydrous sodium sulfate, filtered, evaporated to dryness, re-evaporated with toluene (2 × 10 ml). The residue was chromatographed on a column containing 20 g of silica gel. The substance was eluted with 1% ethanol / dichloromethane (400 ml). The fractions containing the product were combined and evaporated to dryness in vacuo. Yield 420 mg (88%, foam). R ƒ 0.37 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 1 H-NMR (CDCl 3 ): 9.21 us (1H, NH), 8.60 s (1H, H-8), 8.04-7.18 m (28H, H-2, Bz, Ph), 6.83 d (2H, PhOMe) , 6.13 d (1H, J 1 ′, 2 ′ = 2.8, H-1 ′ Ado), 5.49 dd (1H, J 3 ′, 2 ′ 5.0, J 3 ′, 4 ′ = 5.2, Η-3 ′ Rib) , 5.46 dd (1H, J 2 ′, 1 ′ = 2.4, H-2 ′ Rib), 5.20 d (1H, H-1 ′ Rib), 4.95 dd (1H, J 2 ′, 3 ′ = 5.6, H- 2 ′ Ado), 4.76 dd (1H, J 3 ′, 4 ′ = 5.9, H-3 ′ Ado), 4.22 d (1H, H-4 ′ Rib), 4.05 ddd (1H, J 4 ′, 5′a = 3.6, J 4 ′, 5′b = 3.4, Η-4 ′ Ado), 4.03 d (1H, J 5′a, 5′b - = 11-2, Η-5′a Ado), 3.86 d ( 1H, Η-5′b Ado), 3.74 s (3H, OMe), 3.36 dd (1H, J 5′a, 5′b = -9.9, Η-5′a Rib), 3.30 dd (1H, Η- 5′b Rib), 2.09 s (3H, Ac), 2.06 s (3H, Ac), 1.04 s (9H, t-Bu). 13 C-NMR (CDCl 3 ): 165.94, 162.53 (C = O), 157.92 (Ph), 151.12 (C-2), 151.26 (C-6), 148.76 (C-4), 143.41 (C-8) , 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 and 127.32 (Bz, Ph), 124.16 (C-5), 113.39 (Ph), 107.42 (C-1 ′, Rib), 88.41 (C-1 ′ , Ado), 87.05 (Ph 3 C), 84.42, 81.52 (C-4 ′), 81.29, 76.36 (C-2 ′), 75.00, 71.80 (C-3 ′), 71.14 (C-5 ′, Rib) 63.08 (C-5 ′, Ado), 55.34 (OMe), 26.97 (t-Bu), 20.43, 19.43 (Ac).
д) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-трет-бутилдифенилсилил-β-D-рибофуранозил]аденин.d) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O-tert- butyl diphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl] adenine.
К раствору 350 мг (0.32 ммоль) N6-бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-5-O-трет-бутилдифенилсилил-β-D-рибофуранозил]аденина в сухом пиридине (20 мл) добавляли 50 мкл (0.5 ммоль) уксусного ангидрида и выдерживали 2 ч при 20°C, после чего добавляли 0.3 мл метанола, и выдерживали 30 мин. Реакционную смесь упаривали в вакууме. Остаток растворяли в хлороформе (30 мл), промывали 10% водным раствором бикарбоната натрия (15 мл), водой (2×10 мл). Органический слой сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали, а затем упаривали с толуолом (2×10 мл), Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 20 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1.5% этанол/дихлорметан. Фракции, содержащие продукт, объединяли и упаривали в вакууме досуха. Выход 277 мг (76% пена). Rƒ 0.40 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 9.06 ус (1Н, NH), 8.54 с (1H, Н-8), 8.04-7.18 м (28Н, Н-2, Bz, Ph), 6.76 д (2Н, PhOMe), 6.10 д (1Н, J1′,2′=3.8, Н-1′ Ado), 5.43 дд (1H, J3′,2′=4.9, J3′,4′=5.3, H-3′ Ado), 5.34 дд (1H, J3′,2′ 4.2, J3′,4′=5.6, H-3′ Rib), 5.32 дд (1H, J2′,1′=1.4, H-2′ Rib), 5.09 д (1H, J1′,2′=3.8, Н-1′ Ado), 4.99 д (1H, Н-1′ Rib), 4.28 д (1H, H-4′ Ado), 4.10 ддд (1H, J4′,5′a=3.6, J4′,5′b=3.4, H-4′ Rib), 3.96 д (1H, J5′a,5′b-=11.2, Η-5′а Ado), 3.86 д (1H, Η-5′b Ado), 3.73 с (3H, OMe), 3.36 м (2H, Η-5′а, Η-5′b Rib), 2.11 с (3H, Ac), 2.05 с (3H, Ac), 2.02 с (3H, Ac), 1.05 с (9H, t-Bu). 13C-ЯМР (CDCl3): 165.94, 162.53 (C=O), 157.92 (Ph), 151.12 (C-2), 151.26 (C-6), 148.76 (C-4), 143.41 (C-8), 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 и 127.32 (Bz, Ph), 124.16 (C-5), 113.39 (Ph), 107.42 (С-1′, Rib), 88.41 (С-1′, Ado), 87.05 (Ph3C), 84.42, 81.52 (C-4′), 81.29, 76.36 (C-2′), 75.00, 71.80 (C-3′), 71.14 (C-5′, Rib), 63.08 (C-5′, Ado), 55.34 (OMe), 26.97 (f-Bu), 20.43, 20.87, 19.43 (Ac).To a solution of 350 mg (0.32 mmol) of N 6- benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -5-O-tert- butyldiphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl] adenine in dry pyridine (20 ml) was added 50 μl (0.5 mmol) of acetic anhydride and kept for 2 h at 20 ° C, after which 0.3 ml of methanol was added and kept for 30 min. The reaction mixture was evaporated in vacuo. The residue was dissolved in chloroform (30 ml), washed with 10% aqueous sodium bicarbonate solution (15 ml), water (2 × 10 ml). The organic layer was dried over anhydrous sodium sulfate, filtered, evaporated, and then evaporated with toluene (2 × 10 ml). The residue was chromatographed on a column containing 20 g of silica gel. The substance was eluted with a 1.5% ethanol / dichloromethane system. The fractions containing the product were combined and evaporated to dryness in vacuo. Yield 277 mg (76% foam). R ƒ 0.40 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 1 H-NMR (CDCl 3 ): 9.06 g (1H, NH), 8.54 s (1H, H-8), 8.04-7.18 m (28H, H-2, Bz, Ph), 6.76 d (2H, PhOMe) , 6.10 d (1H, J 1 ′, 2 ′ = 3.8, H-1 ′ Ado), 5.43 dd (1H, J 3 ′, 2 ′ = 4.9, J 3 ′, 4 ′ = 5.3, H-3 ′ Ado ), 5.34 dd (1H, J 2 ′ , 4 ′ = 5.6, H 3 ′ Rib), 5.32 dd (1H, J 2 ′, 1 ′ = 1.4, H-2 ′ Rib ), 5.09 d (1H, J- 1 ′, 2 ′ = 3.8, H-1 ′ Ado), 4.99 d (1H, H-1 ′ Rib), 4.28 d (1H, H-4 ′ Ado), 4.10 ddd ( 1H, J 4 ′, 5′a = 3.6, J 4 ′, 5′b = 3.4, H-4 ′ Rib), 3.96 d (1H, J 5′a, 5′b - = 11.2, Η-5 ′ a Ado), 3.86 d (1H, Η-5′b Ado), 3.73 s (3H, OMe), 3.36 m (2H, Η-5′a, Η-5′b Rib), 2.11 s (3H, Ac ), 2.05 s (3H, Ac), 2.02 s (3H, Ac), 1.05 s (9H, t-Bu). 13 C-NMR (CDCl 3 ): 165.94, 162.53 (C = O), 157.92 (Ph), 151.12 (C-2), 151.26 (C-6), 148.76 (C-4), 143.41 (C-8) , 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 and 127.32 (Bz, Ph), 124.16 (C-5), 113.39 (Ph), 107.42 (C-1 ′, Rib), 88.41 (C-1 ′ , Ado), 87.05 (Ph 3 C), 84.42, 81.52 (C-4 ′), 81.29, 76.36 (C-2 ′), 75.00, 71.80 (C-3 ′), 71.14 (C-5 ′, Rib) 63.08 (C-5 ′, Ado), 55.34 (OMe), 26.97 (f-Bu), 20.43, 20.87, 19.43 (Ac).
е) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3-О-ацетил-β-D-рибофуранозил]аденин.f) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-β-D-ribofuranosyl] adenine.
К раствору 250 мг (0.22 ммоль) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-трет-бутилдифенилсилил-β-D-рибофуранозил]аденина в тетрагидрофуране (5 мл) добавляли 105 мг (0.33 ммоль) тетрабутиламмоний фторида тригидрата в тетрагидрофуране (5 мл) и выдерживали 15 мин при 20°C. Реакционную смесь упаривали в вакууме, переупаривали с хлороформом (2×10 мл). Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 20 г силикагеля. Вещество элюировали системой 5% этанол/дихлорметан (500 мл). Фракции, содержащие продукт, объединяли и упаривали в вакууме досуха. Выход 177 мг (89% пена). Rƒ0.34 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H ЯМР (CDCl3): 9.31 ус (1Н, NH), 8.87 с (1Н, Н-8), 8.01-7.28 м (18Н, Н-2, Bz, Ph), 6.79 д (2Н, PhOMe), 5.83 д (1Н, J1′,2′=5.2, Н-1′ Ado), 5.45 дд (1Н, J2′,1′=2.2, Η-2′ Rib), 5.32 дд (1H, J3′,2′=5.0, J3′,4′=4.2, Η-3′ Rib), 5.21 д (1H, Н-1′ Rib), 5.06 дд (1H, J2′,3′=6.8, H-2′ Ado), 4.75 дд (1H, J3′,4′=3.1, H-3′ Ado), 4.29 д (1H, H-4′ Rib), 4.04 ддд (1H, J4′,5′a=2.6, J4′,5′b=3.2, H-4′ Ado), 3.96 д (1H, J5′a,5′b-=11.2, Η-5′а Ado), 3.84 д (1H, Η-5′b Ado), 3.73 с (3H, OMe), 3.35 дд (1H, J5′a,5′b=-10.2, Η-5′а Rib), 3.28 дд (1H, Η-5′b Rib), 2.11 с (3H, Ac), 2.07 с (3H, Ac), 2.01 с (3Н, Ac). 13С-ЯМР (CDCl3): 169.90, 167.57, 164.53 (C=O), 158.92 (Ph), 153.12 (C-2), 151.36 (C-6), 148.78 (C-4), 141.35 (C-8), 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 и 127.32 (Bz, Ph), 123.15 (C-5), 113.43 (Ph), 106.72 (С-1′, Rib), 88.76 (С-1′, Ado), 87.95 (Ph3C), 81.88 (C-4′), 81.04, 76.36 (C-2′), 75.00, 72.02 (C-3′), 71.14 (C-5′, Rib), 63.01 (C-5′, Ado), 55.76 (OMe), 21.15, 20.46, 19.97 (Ac).To a solution of 250 mg (0.22 mmol) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl- 5-O-tert-butyldiphenylsilyl-β-D-ribofuranosyl] adenine in tetrahydrofuran (5 ml) was added 105 mg (0.33 mmol) of tetrabutylammonium fluoride trihydrate in tetrahydrofuran (5 ml) and kept for 15 min at 20 ° C. The reaction mixture was evaporated in vacuo, re-evaporated with chloroform (2 × 10 ml). The residue was chromatographed on a column containing 20 g of silica gel. The material was eluted with 5% ethanol / dichloromethane (500 ml). The fractions containing the product were combined and evaporated to dryness in vacuo. Yield 177 mg (89% foam). R ƒ 0.34 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 1 H NMR (CDCl 3 ): 9.31 cf (1H, NH), 8.87 s (1H, H-8), 8.01-7.28 m (18H, H-2, Bz, Ph), 6.79 d (2H, PhOMe), 5.83 d (1H, J 1 ′, 2 ′ = 5.2, H-1 ′ Ado), 5.45 dd (1H, J 2 ′, 1 ′ = 2.2, Η-2 ′ Rib), 5.32 dd (1H, J 3 ′ , 2 ′ = 5.0, J 3 ′, 4 ′ = 4.2, Η-3 ′ Rib), 5.21 dd (1H, H-1 ′ Rib), 5.06 dd (1H, J 2 ′, 3 ′ = 6.8, H- 2 ′ Ado), 4.75 dd (1H, J 4 ′, 4 ′ = 3.1, H-3 ′ Ado), 4.29 d (1H, H-4 ′ Rib), 4.04 ddd (1H, J 4 ′, 5′a = 2.6, J 4 ′, 5′b = 3.2, H-4 ′ Ado), 3.96 d (1H, J 5′a, 5′b - = 11.2, Η-5′a Ado), 3.84 d (1H, Η-5′b Ado), 3.73 s (3H, OMe), 3.35 dd (1H, J 5′a, 5′b = -10.2, Η-5′a Rib), 3.28 dd (1H, Η-5 ′ b Rib), 2.11 s (3H, Ac), 2.07 s (3H, Ac), 2.01 s (3H, Ac). 13 C-NMR (CDCl 3 ): 169.90, 167.57, 164.53 (C = O), 158.92 (Ph), 153.12 (C-2), 151.36 (C-6), 148.78 (C-4), 141.35 (C- 8), 134.79, 132.94, 130.48, 128.96, 128.47, 128.11, 127.87 and 127.32 (Bz, Ph), 123.15 (C-5), 113.43 (Ph), 106.72 (C-1 ′, Rib), 88.76 (C- 1 ′, Ado), 87.95 (Ph 3 C), 81.88 (C-4 ′), 81.04, 76.36 (C-2 ′), 75.00, 72.02 (C-3 ′), 71.14 (C-5 ′, Rib) 63.01 (C-5 ′, Ado), 55.76 (OMe), 21.15, 20.46, 19.97 (Ac).
ж) N6-Бензоил-9-[2-O(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]аденин (1, B=AdeBz, R=MMTr).g) N 6- Benzoyl-9- [2-O (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O- (2- cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine (1, B = Ade Bz , R = MMTr).
К раствору 150 мг (0.17 ммоль) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-β-D-рибофуранозил]аденина в 10 мл дихлорэтана, добавляли диизопропилэтиламин (0.08 мл, 0.5 ммоль) и 2-цианоэтил-Ν,Ν-диизопропилхлорофосфорамидит (0.07 мл, 0.35 ммоль). Через 2 часа добавляли 10% водный раствор гидрокарбоната натрия (3 мл), перемешивали 10 мин. Добавляли раствор гидрокарбоната натрия (20 мл) и дихлорметан (20 мл). Органический слой отделяли, промывали водой (2×20 мл), сушили безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой этилацетат/гексан/триэтиламин (70/29/1).To a solution of 150 mg (0.17 mmol) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl- β-D-ribofuranosyl] adenine in 10 ml of dichloroethane, diisopropylethylamine (0.08 ml, 0.5 mmol) and 2-cyanoethyl-Ν, Ν-diisopropylchlorophosphoramidite (0.07 ml, 0.35 mmol) were added. After 2 hours, a 10% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (3 ml) was added, and stirred for 10 minutes. A solution of sodium bicarbonate (20 ml) and dichloromethane (20 ml) were added. The organic layer was separated, washed with water (2 × 20 ml), dried with anhydrous sodium sulfate, filtered, evaporated to dryness. The residue was chromatographed on a column containing 15 g of silica gel. The material was eluted with ethyl acetate / hexane / triethylamine (70/29/1).
Фракции, содержащие продукт, объединяли, упаривали в вакууме досуха. Выход 140 мг (74% пена). Rƒ0.42 в системе 5% этанол/дихлорметан. 31Р-ЯМР (CDCl3): 151.47, 150.12.The fractions containing the product were combined, evaporated to dryness in vacuo. Yield 140 mg (74% foam). R ƒ 0.42 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 31 P-NMR (CDCl 3 ): 151.47, 150.12.
Пример 2. Синтез N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]аденина (1, B=AdeBz, R=DMTr).Example 2. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine (1, B = Ade Bz , R = DMTr).
Вещество получали аналогично примеру 1 с суммарным выходом 17%. Rƒ0.44 в системе 5% этанол/дихлорметан. 31Р-ЯМР (CDCl3): 151.45, 150.11.The substance was obtained analogously to example 1 with a total yield of 17%. R ƒ 0.44 in the 5% ethanol / dichloromethane system. 31 P-NMR (CDCl 3 ): 151.45, 150.11.
Пример 3. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (2, B=AdeBz, R=DMTr. Фиг. 8).Example 3. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] - 3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (2, B = Ade Bz , R = DMTr. Fig. 8).
а) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил- β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил]аденин.a) N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl] adenine.
Из 595 мг (0.73 ммоль) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденина (S.N. Mikhailov et al Chemistry & Biodiversity, 2, 1153-1163, 2005) получали N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил]аденин по стандартной методике тритилирования-ацилирования. N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил]аденин без предварительной хроматографической очистки растворяли в 10 мл пиридина, охлаждали до 0°C и добавляли 1.89 мл (33 ммоль, 45 эквивалентов по отношению к исходному N6-Бензоил-9-[2-(9-(2,3-ди-O-бензоил-5-О-левулинил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденину) уксусной кислоты. Далее при 0°C прикапывали 0.214 мл (4.41 ммоль, 6 эквивалентов по отношению к исходному N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденину) гидразина моногидрата и выдерживали в течение 40 мин при 0°C. Реакционную смесь разбавляли этилацетатом (30 мл) и промывали последовательно насыщенным водным раствором бикарбоната натрия (20 мл) и водой (4×20 мл). Органический слой сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали и упаривали под вакуумом. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой этилацетат/гексан/триэтиламин (66/33/1 по объему). Выход продукта на 3 стадии 578 мг (75%) в виде белой пены. Rƒ0.26 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (49/49/2 по объему). 1H- ЯМР (DMSO-D6): 11.29 ус (1Н, ΝΗ), 8.68 с (1Η, H-8), 8.65 с (1Н, Н-2), 8.10-7.20 м (24Н, Bz, Ph), 6.88 д (2Н, J=3.5, mPhOMe), 6.86 д (2Н, J=3.3, mPhOMe), 6.40 д (1Н, J1′,2′=5.4, Н-1′ Ado), 5.59 дд (1H, J2′,3′=6.0, J3′,4′=4.6, H-3′ Ado), 5.56-5.54 м (2H, Η-2′, H-3′ Rib), 5.46 дд (1H, J1′,2′=5.4, J2′,3′=6.0, H-2′ Ado), 5.31 д (1H, J4′,3′a=1.2, Н-1′ Rib), 5.12 т (1H, J5′,OH=5.2, 5′-OH), 4.37 ддд (1H, J4′,5′a=4.3, J5′a,5′b=-9.0, Η-5′а Ado), 4.35-4.30 м (1H, Η-5′b Ado), 3.79 с (6H, OMe), 3.42-3.38 м (2H, Η-4′ Ado, Η-4′ Rib), 3.36-3.32 м (2H, Η-5′а, Η-5′b Rib), 2.07 с (3Н, Ac). 13С-ЯМР (DMSO-D6): 170.15 (C=O-Ac), 166.19, 165.28, 164.81 (C=O-Bz), 158.44 (Ph), 152.25 (С-2), 152.01 (С-6), 150.73 (С-4), 144.94 (С-8), 144.23, 135.69, 135.62, 134.28, 134.14, 133.56, 132.95, 130.02, 129.50, 129.09, 128.91, 128.77, 128.16, 127.93, 127.14 (Bz, DMTr), 126.04 (С-5), 113.48 (m-MeOPh), 105.60 (С-1′, Rib), 87.52 (Ph3C), 86.10 (С-1′, Ado), 82.59, 81.19 (С-41), 76.89, 75.14 (С-2′), 72.40, 71.15 (С-3′), 63.09, 61.24 (С-5′, Ado), 55.34 (OMe), 20.58 (Ас).From 595 mg (0.73 mmol) N 6 -Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine (SN Mikhailov et al Chemistry & Biodiversity, 2, 1153-1163, 2005) obtained N 6 -Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl] adenine according to the standard tritylation-acylation method. N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β- Without preliminary chromatographic purification, D-ribofuranosyl] adenine was dissolved in 10 ml of pyridine, cooled to 0 ° C and 1.89 ml (33 mmol, 45 equivalents with respect to the starting N 6 -Benzoyl-9- [2- (9- (2, 3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine) acetic acid Next, 0.214 ml (4.41 mmol, 6 equivalents to the starting material) were added dropwise at 0 ° C. N 6 -benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulinyl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] adenine) g Drazine monohydrate and kept for 40 min at 0 ° C. The reaction mixture was diluted with ethyl acetate (30 ml) and washed successively with saturated aqueous sodium bicarbonate (20 ml) and water (4 × 20 ml). The organic layer was dried over anhydrous sodium sulfate, filtered and evaporated in vacuo. The residue was chromatographed on a column containing 15 g of silica gel. The material was eluted with ethyl acetate / hexane / triethylamine (66/33/1 by volume). The product yield in 3 stages 578 mg (75%) as a white foam. R ƒ 0.26 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (49/49/2 by volume). 1 H-NMR (DMSO-D 6 ): 11.29 ss (1H, ΝΗ), 8.68 s (1Η, H-8), 8.65 s (1H, H-2), 8.10-7.20 m (24H, Bz, Ph) , 6.88 d (2H, J = 3.5, mPhOMe), 6.86 d (2H, J = 3.3, mPhOMe), 6.40 d (1H, J 1 ′, 2 ′ = 5.4, H-1 ′ Ado), 5.59 dd (1H , J 2 ′, 3 ′ = 6.0, J 3 ′, 4 ′ = 4.6, H-3 ′ Ado), 5.56-5.54 m (2H, Η-2 ′, H-3 ′ Rib), 5.46 dd (1H, J 1 ′, 2 ′ = 5.4, J 2 ′, 3 ′ = 6.0, H-2 ′ Ado), 5.31 d (1H, J 4 ′, 3′a = 1.2, Н-1 ′ Rib), 5.12 t ( 1H, J 5 ′, OH = 5.2, 5′-OH), 4.37 ddd (1H, J 4 ′, 5′a = 4.3, J 5′a, 5′b = -9.0, Η-5′a Ado) , 4.35-4.30 m (1H, Η-5′b Ado), 3.79 s (6H, OMe), 3.42-3.38 m (2H, Η-4 ′ Ado, Η-4 ′ Rib), 3.36-3.32 m (2H , Η-5′a, Η-5′b Rib), 2.07 s (3H, Ac). 13 C-NMR (DMSO-D 6 ): 170.15 (C = O-Ac), 166.19, 165.28, 164.81 (C = O-Bz), 158.44 (Ph), 152.25 (C-2), 152.01 (C-6 ), 150.73 (С-4), 144.94 (С-8), 144.23, 135.69, 135.62, 134.28, 134.14, 133.56, 132.95, 130.02, 129.50, 129.09, 128.91, 128.77, 128.16, 127.93, 127.14 (Bz, DMTr) 126.04 (C-5), 113.48 (m-MeOPh), 105.60 (C-1 ′, Rib), 87.52 (Ph 3 C), 86.10 (C-1 ′, Ado), 82.59, 81.19 (C-41) , 76.89, 75.14 (С-2 ′), 72.40, 71.15 (С-3 ′), 63.09, 61.24 (С-5 ′, Ado), 55.34 (OMe), 20.58 (Ac).
б) N6-Бензоил-9-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}аденин (2, B=AdeBz, R=DMTr).b) N 6- Benzoyl-9- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] -3- O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (2, B = Ade Bz , R = DMTr).
К раствору 500 мг (0.47 ммоль) N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-О-бензоил-β-D-рибофуранозил)-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил]аденина и 36 мг (0.52 ммоль) 1H-тетразола в 6 мл смеси ацетонитрил/пиридин (5/1 по объему) прикапывали 0.254 мл (0.80 ммоль) 2-цианоэтил-N,N,N′,N′-тетраизопропилфосфорамидита. Реакцию проводили в инертной атмосфере азота. Через 1 ч добавляли 10% водный раствор гидрокарбоната натрия (3 мл), перемешивали 10 мин. Добавляли раствор гидрокарбоната натрия (20 мл) и этилацетат (20 мл). Органический слой отделяли, промывали водой (2×20 мл), сушили безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). Фракции, содержащие продукт, объединяли, упаривали в вакууме досуха. Выход 502 мг (85% пена). Rƒ0.66 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.92, 150.69.To a solution of 500 mg (0.47 mmol) of N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-β-D-ribofuranosyl) -3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl- β-D-ribofuranosyl] adenine and 36 mg (0.52 mmol) of 1H-tetrazole in 6 ml of acetonitrile / pyridine (5/1 by volume) were added dropwise 0.254 ml (0.80 mmol) of 2-cyanoethyl-N, N, N ′, N '-Tetraisopropylphosphoramidite. The reaction was carried out in an inert atmosphere of nitrogen. After 1 h, a 10% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (3 ml) was added, and stirred for 10 minutes. A solution of sodium bicarbonate (20 ml) and ethyl acetate (20 ml) were added. The organic layer was separated, washed with water (2 × 20 ml), dried with anhydrous sodium sulfate, filtered, evaporated to dryness. The residue was chromatographed on a column containing 15 g of silica gel. The material was eluted with ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). The fractions containing the product were combined, evaporated to dryness in vacuo. Yield 502 mg (85% foam). R ƒ 0.66 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.92, 150.69.
Пример 4. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил)-N,N-диизопропиламидофосфинил-β-D-рибофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (2, B=AdeBz, R=MMTr).Example 4. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl) -N, N-diisopropylamidophosphinyl-β-D-ribofuranosyl] - 3-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (2, B = Ade Bz , R = MMTr).
Вещество было получено согласно примеру 3, исходя из N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-О-левулинил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденина. Общий выход продукта на четыре стадии составляет 67%. Rƒ0.65 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.91, 150.67.The substance was obtained according to example 3, starting from N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl ] adenine. The total yield of the product in four stages is 67%. R ƒ 0.65 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.91, 150.67.
Пример 5. Синтез 1-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}урацила (2, B=Ura, R=DMTr).Example 5. Synthesis of 1- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] -3-O-acetyl -5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} uracil (2, B = Ura, R = DMTr).
Вещество было получено согласно примеру 3, исходя из 1-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]урацила. Общий выход продукта на четыре стадии составляет 71%. Rƒ0.75 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.90, 150.65.The substance was obtained according to example 3, starting from 1- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] uracil. The total yield of the product in four stages is 71%. R ƒ 0.75 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.90, 150.65.
Пример 6. Синтез 1-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-β-D-рибофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}урацила (2, B=Ura, R=MMTr).Example 6. Synthesis of 1- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -β-D-ribofuranosyl] -3-O-acetyl -5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} uracil (2, B = Ura, R = MMTr).
Вещество было получено согласно примеру 3, исходя из 1-[2-О(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-β-D-рибофуранозил]урацила. Общий выход продукта на четыре стадии составляет 77%. Rƒ0.75 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.87, 150.61.The substance was obtained according to example 3, starting from 1- [2-O (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl] uracil. The total yield of the product in four stages is 77%. R ƒ 0.75 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.87, 150.61.
Пример 7. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-α-D-арабинофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (3, B=AdeBz, R=DMTr).Example 7. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -α-D-arabinofuranosyl] - 3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (3, B = Ade Bz , R = DMTr).
Вещество было получено согласно примеру 3, исходя из N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-О-левулинил-α-D-арабинофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденина. Общий выход продукта на четыре стадии составляет 63%. Rƒ0.67 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.90, 150.70.The substance was obtained according to example 3, starting from N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-α-D-arabinofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl ] adenine. The total yield of the product in four stages is 63%. R ƒ 0.67 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.90, 150.70.
Пример 8. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-α-D-арабинофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (3, Β=ΑdeΒz, R=MMTr).Example 8. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -α-D-arabinofuranosyl] - 3-O-acetyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (3, Β = Αde Βz , R = MMTr).
Вещество было получено согласно примеру 3, исходя из N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-α-D-арабинофуранозил)-β-D-рибофуранозил]аденина. Общий выход продукта на четыре стадии составляет 63%. Rƒ0.67 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.90, 150.71.The substance was obtained according to example 3, starting from N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-α-D-arabinofuranosyl) -β-D-ribofuranosyl ] adenine. The total yield of the product in four stages is 63%. R ƒ 0.67 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.90, 150.71.
Пример 9. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[2,3-ди-O-бензоил-5-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-α-D-рибофуранозил]-3-O-ацетил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (5, B=AdeBz, R=DMTr).Example 9. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O- [2,3-di-O-benzoyl-5-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -α-D-ribofuranosyl] - 3-O-acetyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (5, B = Ade Bz , R = DMTr).
Вещество было получено исходя из 2′-O-α-D-рибофуранозиладенозина (S.N. Mikhailov et al Tetrahedron, 64, 2871-2876, 2008). Rƒ0.70 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.87, 150.68.The substance was obtained from 2′-O-α-D-ribofuranosyladenosine (SN Mikhailov et al Tetrahedron, 64, 2871-2876, 2008). R ƒ 0.70 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.87, 150.68.
Пример 10. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксипропокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (7, B=AdeBz, R=MMTr, n=3. Фиг. 9).Example 10. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(3- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxypropoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β- D-ribofuranosyl} adenine (7, B = Ade Bz , R = MMTr, n = 3. Fig. 9).
а) 9-{2-O-[(3-Ацетоксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденин.a) 9- {2-O - [(3-Acetoxypropoxy) methyl] -3,5-O- (1,1,3,3-tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl) -β-D-ribofuranosyl} adenine.
К раствору, содержащему 1.02 г (2 ммоль) 9-[3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил]аденина и 0.76 г (4 ммоль) 3-(гидроксиметокси)пропан-1-ол диацетата в 10 мл 1,2-дихлорэтана в атмосфере азота при перемешивании и охлаждении до -10°C добавляли 0.749 мл (6.4 ммоль) тетрахлорида олова. Раствор выдерживали 40 минут при -10°C. К раствору добавляли 20 мл насыщенного раствора бикарбоната натрия и 30 мл дихлорметана, перемешивали 20 минут и фильтровали через Hyflo Super-cel (целит). Органический слой отделяли, промывали водой (2×50 мл), высушивали над безводным сульфатом натрия, фильтровали и упаривали в вакууме досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 35 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1.5% этанол/дихлорметан. Выход 0.73 г (56%) в виде белой пены. Rƒ0.23 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1Н-ЯМР (CDCl3): 8.30 с (1H, Н-8), 8.12 с (1H, Н-2), 6.05 с (1Н, Н-1′), 5.66 с (2Н, NH2), 4.98 с (2Н, OCH2O), 4.73 дд (1H, J3′,2′=4.4, J3′,4′=9.3, Η-3′), 4.50 д (1Н, Н-2′), 4.23 д (1H, J5′a,5′b=-13.2, Η-5′а), 4.12-4.04 м (3Н,
б) 9-{2-O-[(3-Гидроксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденин.b) 9- {2-O - [(3-Hydroxypropoxy) methyl] -3,5-O- (1,1,3,3-tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl) -β-D-ribofuranosyl} adenine.
9-{2-O-[(3-Ацетоксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденин (1.38 г, 2.16 ммоль) обрабатывали 15 мл 4М раствора метиламина в этаноле (MeNH2/EtOH) и оставляли на сутки при комнатной температуре. Через 24 часа содержимое колбы упаривали под вакуумом, переупаривали с дихлорметаном (2×15 мл) и наносили на колонку, содержащую 30 г силикагеля. Вещество элюировали системой 5% этанол/дихлорметан. Выход 1.10 г (85% пена). Rƒ0.19 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1Н-ЯМР (CDCl3): 8.27 с (1H, Н-8), 8.22 с (1Н, Н-2), 6.33 с (2Н, NH2), 6.08 с (1Н, Н-1′), 5.00 д (1H, J=-7.0,
в) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-гидроксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденин.c) N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(3-hydroxypropoxy) methyl] -3,5-O- (1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) -β-D ribofuranosyl} adenine.
К суспензии 9-{2-O-[(3-Гидроксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденина (0.75 г, 1.26 ммоль) в сухом пиридине (30 мл) добавляли триметилхлорсилан (0.8 мл, 6.33 ммоль). Суспензию перемешивали при комнатной температуре 40 мин. Добавляли бензоилхлорид (0.8 мл, 6.89 ммоль), оставляли при 20°C и перемешивании на 2 ч. Реакционную смесь охлаждали до 0°C, добавляли воду (10 мл), через 5 мин добавляли 25% раствор водного аммиака (10 мл). Выдерживали смесь 30 мин при 20°C и упаривали под вакуумом. Упаривали с толуолом (2×15 мл). Остаток растворяли в этилацетате (50 мл), полученный раствор промывали последовательно насыщенным раствором бикарбоната натрия (20 мл), водой (2×20 мл), сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали в вакууме досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 30 г силикагеля. Вещество элюировали системой 2% этанол/дихлорметан. Выход 0.64 г (72%) в виде белой пены. Rƒ0.30 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 9.32 ус (1Н, NHBz), 8.77 с (1Н, Н-8), 8.38 с (1Н, Н-2), 8.03-7.42 м (5Н, Bz), 6.14 с (1Н, Н-1′), 5.02 д (1H, J=-6.9,
г) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-3,5-(9-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденин.g) N 6 -Benzoyl-9- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -3,5- (9- (1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) -β- D-ribofuranosyl} adenine.
К раствору, содержащему 0.64 г (0.92 ммоль) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-гидроксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденина, 0.27 г (2.3 ммоль) левулиновой кислоты в 15 мл 1,2-дихлорэтана при 20°C добавляли 0.76 г (3.6 ммоль) N,N′-дициклогексилкарбодиимида. Раствор выдерживали 1.5 ч. при 20°C. Выпавший осадок отфильтровывали. Органический слой отделяли, промывали водой (2×50 мл), сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали и упаривали под вакуумом. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 35 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1.5% этанол/дихлорметан. Выход 0.57 г (78%) в виде белой пены. Rƒ0.34 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1Н-ЯМР (CDCl3): 9.41 ус (1Н, NHBz), 8.72 с (1H, Н-8), 8.31 с (1H, Н-2), 8.01-7.44 м (5Н, Bz), 6.10 с (1H, Н-1′), 4.96 д (1H, J=-6.7,
д) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-β-D-рибофуранозил}аденин.d) N 6 -Benzoyl-9- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -β-D-ribofuranosyl} adenine.
1.42 г (1.78 ммоль) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}аденина обрабатывали 2.5 мл 0.5 Μ раствора тетрабутиламмоний фторида тригидрата в тетрагидрофуране и выдерживали 10 мин при 20°C. Реакционную смесь упаривали под вакуумом, переупаривали с хлороформом (2×10 мл). Остаток хроматографировали на колонке содержащей 30 г силикагеля. Вещество элюировали системой 4% этанол/дихлорметан. Выход 803 мг (81%) в виде белой аморфной пены R/ 0.35 в системе 10% этанол/дихлорметан. 1Н- ЯМР (CDCl3): 9.53 ус (1Н, NHBz), 8.76 с (1Н, Н-8), 8.22 с (1Н, Н-2), 8.03-7.48 м (5Н, Bz), 6.03 д (1Н, J1′,2′=7.2, Н-1′), 4.94 дд (1Н, J2′,3′=4.7, Η-2′), 4.67 д (1Н, J=-6.5,
е) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-гидроксипропокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденин.e) N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(3-hydroxypropoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine.
Раствор 450 мг (0.81 ммоль) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-β-D-рибофуранозил}аденина и 426 мг (1.38 ммоль)монометокситритилхлорида в сухом пиридине (5 мл) выдерживали 16 ч при 20°C. Реакционную смесь охлаждали до 0°C и при перемешивании приливали 0.140 мл (1.21 ммоль) бензоилхлорида. Бензоилирование проводили при 0°C, контролируя протекание реакции по ТСХ до полного исчезновения исходного вещества. Затем к реакционной смеси добавляли метанол (2 мл) и выдерживали в течение 30 мин при комнатной температуре, после чего разбавляли дихлорметаном (20 мл) и промывали последовательно насыщенным водным раствором бикарбоната натрия (20 мл) и водой (2×20 мл). Органический слой сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали. Остаток растворяли в 10 мл пиридина, охлаждали до 0°C и добавляли 2.08 мл (36.4 ммоль, 45 эквивалентов по отношению к N6-Бензоил-9-{2-О-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-β-D-рибофуранозил}аденину)уксусной кислоты. Далее приливали 0.236 мл (4.86 ммоль, 6 эквивалентов по отношению к исходному нуклеозиду) гидразина моногидрата и выдерживали в течение 1 ч при 0°C. Реакционную смесь разбавляли этилацетатом (30 мл) и промывали последовательно насыщенным водным раствором бикарбоната натрия (20 мл), водой (4×20 мл). Органический слой сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали и упаривали под вакуумом. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой 2% этанол/дихлорметан. Выход на 3 стадии 406 мг (60%) в виде белой пены. Rf0.35 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 9.31 ус (1H, NHBz), 8.73 с (1Н, Н-8), 8.30 с (1Н, Н-2), 8.12-7.22 м (22Н, Ph), 6.81 д (2Н,
ж) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксипропокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденин (7, B=AdeBz, R=MMTr, n=3).g) N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(3- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxypropoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D- ribofuranosyl} adenine (7, B = Ade Bz , R = MMTr, n = 3).
К раствору 400 мг (0.48 ммоль) N6-Бензоил-9-{2-O-[(3-гидроксипропокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина и 37 мг (0.53 ммоль) 1Н-тетразола в 6 мл смеси ацетонитрил/пиридин (5/1 по объему) прикапывали 0.229 мл (0.72 ммоль) 2-цианоэтил-N,N,N′,N′-тетраизопропилфосфорамидита. Реакцию проводили в инертной атмосфере азота. Через 30 мин добавляли 10% водный раствор гидрокарбоната натрия (3 мл), перемешивали 10 мин. Добавляли раствор гидрокарбоната натрия (20 мл) и этилацетат (20 мл). Органический слой отделяли, промывали водой (2×20 мл), сушили безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). Фракции, содержащие продукт, объединяли, упаривали в вакууме досуха. Выход 303 мг (61% пена). Rƒ0.35 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (CDCl3): 150.68, 149.31.To a solution of 400 mg (0.48 mmol) N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(3-hydroxypropoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine and 37 mg (0.53 mmol) of 1H-tetrazole in 6 ml of a mixture of acetonitrile / pyridine (5/1 by volume) was added dropwise 0.229 ml (0.72 mmol) of 2-cyanoethyl-N, N, N ′, N′-tetraisopropylphosphoramidite. The reaction was carried out in an inert atmosphere of nitrogen. After 30 minutes, a 10% aqueous solution of sodium hydrogen carbonate (3 ml) was added, and stirred for 10 minutes. A solution of sodium bicarbonate (20 ml) and ethyl acetate (20 ml) were added. The organic layer was separated, washed with water (2 × 20 ml), dried with anhydrous sodium sulfate, filtered, evaporated to dryness. The residue was chromatographed on a column containing 15 g of silica gel. The material was eluted with ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). The fractions containing the product were combined, evaporated to dryness in vacuo. Yield 303 mg (61% foam). R ƒ 0.35 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (CDCl 3 ): 150.68, 149.31.
Пример 11. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[(2-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксиэтокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (7, B=AdeBz, R=MMTr, n=2).Example 11. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(2- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxyethoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β- D-ribofuranosyl} adenine (7, B = Ade Bz , R = MMTr, n = 2).
Вещество было получено аналогично примеру 10 с суммарным выходом 9.8%. Rƒ0.34 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.18, 150.14.The substance was obtained analogously to example 10 with a total yield of 9.8%. R ƒ 0.34 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.18, 150.14.
Пример 12. Синтез 1-{2-O-[(2-(2-цианоэтил-N,N- диизопропиламидофосфинил)оксиэтокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}урацила (7, B=Ura, R=MMTr, n=2).Example 12. Synthesis of 1- {2-O - [(2- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxyethoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} uracil (7, B = Ura, R = MMTr, n = 2).
Вещество было получено аналогично примеру 10 с суммарным выходом 16%. Rƒ0.71 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29.5/1.5). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.17, 150.12.The substance was obtained analogously to example 10 with a total yield of 16%. R ƒ 0.71 in the ethyl acetate / hexane / triethylamine system (69 / 29.5 / 1.5). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.17, 150.12.
Пример 13. Синтез 1-{2-O-[(2-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксиэтокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}урацила (7, B=Ura, R=DMTr, n=2).Example 13. Synthesis of 1- {2-O - [(2- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxyethoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} uracil (7, B = Ura, R = DMTr, n = 2).
Вещество было получено аналогично примеру 10 с суммарным выходом 14%. Rƒ0.74 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29.5/1.5). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 150.15, 150.09.The substance was obtained analogously to example 10 with a total yield of 14%. R ƒ 0.74 in the ethyl acetate / hexane / triethylamine system (69 / 29.5 / 1.5). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 150.15, 150.09.
Пример 14. Синтез N6-Бензоил-9-{2-O-[(4-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксибутокси)метил]-3-O-бензоил-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (7, B=AdeBz, R=MMTr, n=4).Example 14. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-O - [(4- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxybutoxy) methyl] -3-O-benzoyl-5-O-monomethoxytrityl-β- D-ribofuranosyl} adenine (7, B = Ade Bz , R = MMTr, n = 4).
Вещество было получено аналогично примеру 10 с суммарным выходом 8%. Rƒ0.50 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29.5/1.5). 31Р-ЯМР (DMSO-D6): 149.10.The substance was obtained analogously to example 10 with a total yield of 8%. R ƒ 0.50 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69 / 29.5 / 1.5). 31 P-NMR (DMSO-D 6 ): 149.10.
Пример 15. Синтез N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-3-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}цитозина (15, B=CytBz, R=MMTr, n=3. Фиг. 10).Example 15. Synthesis of N 4- Benzoyl-1- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -3-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -5-O-monomethoxytrityl-β-D -ribofuranosyl} cytosine (15, B = Cyt Bz , R = MMTr, n = 3. Fig. 10).
а) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}цитозин.a) N 4- Benzoyl-1- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -3,5-O- (1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) -β-D ribofuranosyl} cytosine.
К раствору, содержащему 0.80 г (1.18 ммоль) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-гидроксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}цитозина (G.V. Bobkov et al. Tetrahedron, 64, 6238-6251, 2008) и 0.27 г (2.36 ммоль) левулиновой кислоты в 15 мл диоксана при 20°C добавляли 11 мг (0.091 ммоль) Ν,Ν-диметиламинопиридина (ДМАП) и 0.48 г (2.36 ммоль) Ν,Ν-дициклогексилкарбодиимида. Раствор выдержали в течение 1.5 ч. при 20°C. Выпавший белый осадок Ν,Ν′-дициклогексилмочевины отфильтровывали. Органический слой отделяли, промывали водой (2×50 мл), сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали и упаривали под вакуумом. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 30 г силикагеля. Вещество элюировали системой 1.5% этанол/дихлорметан. Выход 0.75 г (82%) в виде белой пены. Rƒ0.43 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 10.20 ус (1Н, NHBz), 8.34 д (1H, J6,5=7.5, Н-6), 7.97-7.45 м (6Н, Bz, Н-5), 5.83 с (1Н, Н-1′), 5.07 д (1H, J=-6.5,
б) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-β-D-рибофуранозил}цитозин.b) N 4- Benzoyl-1- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -β-D-ribofuranosyl} cytosine.
0.75 г (0.98 ммоль) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-3,5-O-(1,1,3,3-тетраизопропилдисилоксан-1,3-диил)-β-D-рибофуранозил}цитозина обрабатывали 6 мл 0.1 Μ раствора тригидрата фторида тетрабутиламмония в тетрагидрофуране и выдерживали 10 мин при 20°C. Реакционную смесь упаривали под вакуумом, переупаривали с хлороформом (2×10 мл). Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 30 г силикагеля. Вещество элюировали системой 5% этанол/дихлорметан. Выход 0.37 г (71%) в виде белой аморфной пены. Rƒ0.20 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1H-ЯМР (CDCl3): 10.20 ус (1Н, NHBz), 8.46 д (1H, J6,5=7.5, Н-6), 7.93-7.44 м (6Н, Bz, Н-5), 5.90 д (1Н, J1′2′=2.5, Н-1′), 5.00 д (1H, J=-6.5,
в) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}цитозин.c) N 4- Benzoyl-1- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} cytosine.
Раствор 0.37 г (0.69 ммоль) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-β-D-рибофуранозил}цитозина и 0.36 мг (1.17 ммоль) монометокситритилхлорида в сухом пиридине (10 мл) выдерживали в течение 16 ч. при 20°C. К реакционной смеси добавляли метанол (2 мл) и выдерживали в течение 30 мин при комнатной температуре, после чего упаривали. Остаток разбавляли дихлорметаном (20 мл) и промывали последовательно насыщенным водным раствором бикарбоната натрия (20 мл) и водой (20 мл). Органический слой сушили над безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали под вакуумом. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой 2% этанол/дихлорметан. Выход 0.5 г (90%) в виде белой пены. Rƒ0.41 в системе 5% этанол/дихлорметан. 1Н-ЯМР (CDCl3): 10.20 ус (1H, NHBz), 8.47 д (1Н, J6,5=7.5, Н-6), 8.00-7.10 м (17Н, Bz, Н-5, MMTr), 6.86 д (2Н, J=9.0, m-PhOMe), 5.99 с (1Н, Н-1′), 5.15 д (1H, J=-6.5,
г) N4-Бензоил-1- {2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-3-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}цитозин (15, B=CytBz, R1=MMTr, n=3).d) N 4- Benzoyl-1- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -3-O- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) -5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl } cytosine (15, B = Cyt Bz , R 1 = MMTr, n = 3).
К раствору 500 мг (0.62 ммоль) N4-Бензоил-1-{2-O-[(3-левулинилоксипропокси)метил]-5-O-монометокситритил-β-D-рибофуранозил}цитозина в 10 мл дихлорэтана, добавляли диизопропилэтиламин (0.32 мл, 1.86 ммоль) и 2-цианоэтил-N,N-диизопропилхлорофосфорамидит (0.28 мл, 1.24 ммоль). Через 2 часа добавляли 10% водный раствор гидрокарбоната натрия (3 мл), перемешивали 10 мин. Добавляли раствор гидрокарбоната натрия (20 мл) и дихлорметан (20 мл). Органический слой отделяли, промывали водой (2×20 мл), сушили безводным сульфатом натрия, фильтровали, упаривали досуха. Остаток хроматографировали на колонке, содержащей 15 г силикагеля. Вещество элюировали системой этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). Фракции, содержащие продукт, объединяли, упаривали в вакууме досуха. Выход 405 мг (65% пена). Rƒ0.54 в системе дихлорметан/метанол/гексан (9:1:10). 31Р-ЯМР (DMSO-d6): 152.48, 151.03.To a solution of 500 mg (0.62 mmol) of N 4- Benzoyl-1- {2-O - [(3-levulinyloxypropoxy) methyl] -5-O-monomethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} cytosine in 10 ml of dichloroethane was added diisopropylethylamine ( 0.32 ml, 1.86 mmol) and 2-cyanoethyl-N, N-diisopropylchlorophosphoramidite (0.28 ml, 1.24 mmol). After 2 hours, a 10% aqueous sodium hydrogen carbonate solution (3 ml) was added, and stirred for 10 minutes. A solution of sodium bicarbonate (20 ml) and dichloromethane (20 ml) were added. The organic layer was separated, washed with water (2 × 20 ml), dried with anhydrous sodium sulfate, filtered, evaporated to dryness. The residue was chromatographed on a column containing 15 g of silica gel. The material was eluted with ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). The fractions containing the product were combined, evaporated to dryness in vacuo. Yield 405 mg (65% foam). R ƒ 0.54 in the dichloromethane / methanol / hexane system (9: 1: 10). 31 P-NMR (DMSO-d 6 ): 152.48, 151.03.
Пример 16. Синтез N6-Бензоил-9-[2-O-(2,3-ди-O-бензоил-5-O-левулинил-β-D-рибофуранозил)-3-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил]аденина (16, B=AdeBz).Example 16. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- [2-O- (2,3-di-O-benzoyl-5-O-levulininyl-β-D-ribofuranosyl) -3-O- (2-cyanoethyl-N , N-diisopropylamidophosphinyl) -5-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl] adenine (16, B = Ade Bz ).
Вещество было получено согласно литературным данным (S.N. Mikhailov et al. Chemistry & Biodiversity, 2, 1153-1163, 2005). Белый порошок. Rƒ0.43 в системе гексан/ацетон/триэтиламин (49/49/2). 31Р-ЯМР: 150.94, 150.81.The substance was obtained according to published data (SN Mikhailov et al. Chemistry & Biodiversity, 2, 1153-1163, 2005). White powder. R ƒ 0.43 in the hexane / acetone / triethylamine system (49/49/2). 31 P-NMR: 150.94, 150.81.
Пример 17. Синтез N6-Бензоил-9-{2-дезокси-2-[2-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксиэтил-1-карбоксамидо]-3-O-трет-бутилдиметилсилил-5-О-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}аденина (9, B=AdeBz, R=DMTr, n=2). Example 17. Synthesis of N 6- Benzoyl-9- {2-deoxy-2- [2- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxyethyl-1-carboxamido] -3-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} adenine (9, B = Ade Bz , R = DMTr, n = 2).
Получали из 2′-амино-2′-дезоксиаденозина. Rƒ0.31 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (CDCl3): 150.63, 149.29.Received from 2′-amino-2′-deoxyadenosine. R ƒ 0.31 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (CDCl 3 ): 150.63, 149.29.
Пример 18. Синтез N2-Изобутироил-9-{2-дезокси-2-[2-(2-цианоэтил-N,N-диизопропиламидофосфинил)оксиэтил-1-карбоксамидо]-3-О-трет-бутилдиметилсилил-5-O-диметокситритил-β-D-рибофуранозил}гуанина (9, B=GuaiBu, R=DMTr, n=2) Получали из 2′-дезокси-2′-аминогуанозина. Rƒ0.30 в системе этилацетат/гексан/триэтиламин (69/29/2). 31Р-ЯМР (CDCl3): 150.40, 149.10.Example 18. Synthesis of N 2 -Isobutyroyl-9- {2-deoxy-2- [2- (2-cyanoethyl-N, N-diisopropylamidophosphinyl) hydroxyethyl-1-carboxamido] -3-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O -dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl} guanine (9, B = Gua iBu , R = DMTr, n = 2) Received from 2′-deoxy-2′-aminoguanosine. R ƒ 0.30 in the system ethyl acetate / hexane / triethylamine (69/29/2). 31 P-NMR (CDCl 3 ): 150.40, 149.10.
Пример 19. Синтез олигомерного миметика ПАР C7H16NO2-(5′′pAraAdo5′)11 (Фиг. 11)Example 19. Synthesis of an oligomeric mimetic VAP C 7 H 16 NO 2 - (5′pAraAdo5 ′) 11 (Fig. 11)
Твердофазный синтез олигомера проводили на автоматическом синтезаторе ABI 3400 (Applied Biosystems, USA) с использованием в качестве твердого носителя стекла с контролируемым размером пор (500Å) с ковалентно пришитым защищенным аминолинкером С-7. Температурный режим синтеза - 20°C. Масштаб синтеза составлял 0,2 мкмоль. Использовалась стандартная программа синтеза. Цикл присоединения одного мономерного звена состоял из 4 стадий (Фиг. 11):Solid-phase synthesis of the oligomer was carried out on an ABI 3400 automatic synthesizer (Applied Biosystems, USA) using glass with a controlled pore size (500 Å) as a solid support with covalently sewn protected C-7 aminolinker. The synthesis temperature is 20 ° C. The synthesis scale was 0.2 μmol. A standard synthesis program was used. The cycle of joining one monomer unit consisted of 4 stages (Fig. 11):
1. Конденсация (присоединение амидофосфитного блока, растворенного в ацетонитриле или дихлорметане в концентрации 0.5-0.05М, в присутствии 1H-тетразола), осуществляли с использованием амидофосфита дисахаридного нуклеозида 3 при 20°C (стадия i). Время конденсации устанавливалось равным 300 сек.1. Condensation (addition of an amidophosphite block dissolved in acetonitrile or dichloromethane at a concentration of 0.5-0.05 M in the presence of 1H-tetrazole) was carried out using amidophosphite disaccharide nucleoside 3 at 20 ° C (stage i). The condensation time was set equal to 300 seconds.
2. Кэпирование (стадия ii - ацилирование непрореагировавших гидроксильных групп смесью пропионового ангидрида и пиридина в соотношении от 1:1 до 1:3 в тетрагидрофуране) - 20-60 сек при 20°C.2. Capping (stage ii - acylation of unreacted hydroxyl groups with a mixture of propionic anhydride and pyridine in a ratio of 1: 1 to 1: 3 in tetrahydrofuran) - 20-60 sec at 20 ° C.
4. Окисление 0.05-0.1 Μ раствором иода в смеси тетрагидрофуран-пиридин-вода (стадия iii - превращение межнуклеотидного фосфита в фосфотриэфир, Х=O)-15-20 сек при 20°C. Фосфордитиоаты олигонуклеотидов (стадия iii, X=S) получают по реакции межнуклеотидных фосфитов с 3-((диметиламинометилен)амино)-3Н-1,2,4-дитиазол-3-тионом в смеси тетрагидрофуран-пиридин (концентрация сульфирующего реагента 0.05-0.1М, время реакции - 360-600 сек при 20°C).4. Oxidation of 0.05-0.1 Μ with iodine solution in a mixture of tetrahydrofuran-pyridine-water (stage iii - conversion of internucleotide phosphite to phosphotriether, X = O) -15-20 sec at 20 ° C. Oligonucleotide phosphordithioates (stage iii, X = S) are prepared by the reaction of internucleotide phosphites with 3 - ((dimethylaminomethylene) amino) -3H-1,2,4-dithiazole-3-thione in a tetrahydrofuran-pyridine mixture (concentration of sulfonating reagent 0.05-0.1 M, the reaction time is 360-600 sec at 20 ° C).
5. Деблокирование (стадия iv - удаление тритильной защитной группы с 5' гидроксильной группы олигонуклеотидной цепи 2-5% раствором ди- или трихлоруксусной кислоты) - 60 сек при 20°C. Удаление монометокситритильной защиты (MMTr) перед стадией конденсации производилось в ручном режиме с использованием функции ′′Hold′′.5. Release (stage iv — removal of the trityl protecting group from the 5 'hydroxyl group of the oligonucleotide chain with a 2-5% solution of di- or trichloroacetic acid) - 60 sec at 20 ° C. The removal of monomethoxytrityl protection (MMTr) before the condensation step was carried out manually using the function '' Hold ''.
Последовательное присоединение звеньев проводили, повторяя стадии i-iv (Фиг 11). Последнюю MMTr группу не удаляли. Удаление ацетильных защитных групп и отщепление олигомера с носителя проводили в стандартных условиях (конц. водный аммиак, 6 часов, 55°C, стадия v, AraAdo - обозначение дисахаридного нуклеозида, Tfa-трифторацетил, CEt - β-цианоэтил, pr (сокр. protecting groups)-защитные группы, подлежащие удалению). Частично деблокированный олигомер выделяли с помощью обращенно-фазной ВЭЖХ (Hypersil С18, 5mkm, 4.6×250 mm) в 0.05 Μ ТЕАА и градиенте ацетонитрила (10-50% за 30 мин). После удаления MMTr защитной группы 80% водной уксусной кислотой в течение 30 мин при комнатной температуре (стадия vi) проводили повторную очистку олигомера в указанном буфере и градиенте ацетонитрила от 0 до 25% (30 мин). Выход олигомера после выделения составил 20 о.е. (260 нм).Sequential attachment of the links was carried out repeating steps i-iv (FIG. 11). The last MMTr group was not removed. Removal of acetyl protective groups and cleavage of the oligomer from the support was carried out under standard conditions (conc. Aqueous ammonia, 6 hours, 55 ° C, stage v, AraAdo - designation of a disaccharide nucleoside, Tfa-trifluoroacetyl, CEt - β-cyanoethyl, pr (abbr. Protecting groups) -protected groups to be deleted). A partially unblocked oligomer was isolated by reverse phase HPLC (Hypersil C18, 5mkm, 4.6 × 250 mm) at 0.05 Μ TEAA and an acetonitrile gradient (10-50% in 30 min). After the MMTr of the protective group was removed with 80% aqueous acetic acid for 30 min at room temperature (step vi), the oligomer was re-purified in the indicated buffer and a gradient of acetonitrile from 0 to 25% (30 min). The yield of oligomer after isolation was 20 p.u. (260 nm).
Пример 20. Синтез олигомерного миметика ПАР Эозин-C7H16NO2-(5′′pAraAdo5′)11.Example 20. Synthesis of oligomeric mimetic PAR Eosin-C 7 H 16 NO 2 - (5′pAraAdo5 ′) 11 .
Олигомер C7H16NO2-(5′′pAraAdo5′)11 (2 о.е.) растворяли в 50 мкл 0.1 Μ Na-бикарбонатного буфера (рН 9) и добавляли при 0°C 50 мкл раствора сукцинимидного эфира эозина (1 мг) в безводном ДМФА. Смесь оставляли на 16 ч при 4°C. Затем доводили объем раствора до 1 мл и экстрагировали непрореагировавший краситель бутанолом до конечного объема водной фазы 100 мкл. Олигомер высаживали 2% LiClO4 в ацетоне. Конъюгат выделяли с помощью обращеннофазной ВЭЖХ (Hypersil С18, 5mkm, 4.6×250 mm) в 0.05 Μ ТЕАА и градиенте ацетонитрила (10-50% за 30 мин). Выход олигомера после выделения составил 1 о.е. (260 нм).The oligomer C 7 H 16 NO 2 - (5′′pAraAdo5 ′) 11 (2 pu) was dissolved in 50 μl of 0.1 Μ Na-bicarbonate buffer (pH 9) and 50 μl of a solution of eosin succinimide ether (0 ° C) was added at 0 ° C ( 1 mg) in anhydrous DMF. The mixture was left for 16 hours at 4 ° C. Then, the solution volume was adjusted to 1 ml and the unreacted dye was extracted with butanol to a final volume of the aqueous phase of 100 μl. The oligomer was planted with 2% LiClO 4 in acetone. The conjugate was isolated by reverse phase HPLC (Hypersil C18, 5mkm, 4.6 × 250 mm) at 0.05 Μ TEAA and an acetonitrile gradient (10-50% in 30 min). The yield of oligomer after isolation was 1 p.u. (260 nm).
Пример 21. Синтез разветвленного олигомерного миметика ПАР 3′-dAdo(5′′pAraAdo5′)5-X-[(5′′pAraAdo5′)5]2, Х = несимметричный разветвитель).Example 21. The synthesis of a branched oligomeric mimetic PAR 3′-dAdo (5′′pAraAdo5 ′) 5 -X - [(5′′pAraAdo5 ′) 5 ] 2 , X = asymmetric splitter).
Синтез олигомера проводили по стандартной схеме, как описано в примере 19, с незначительными изменениями. В качестве твердого носителя использовали стекло с контролируемым размером пор (1000Å) и ковалентно пришитым защищенным дезоксиаденозином. Время конденсации амидофосфита несимметричного разветвителя устанавливали равным 15 мин. По завершении синтеза основной ветви олигомера, MMTr защитную группу удаляли и ацилировали свободную гидроксильную группу кэпирующей смесью 30 мин при 20°C. Затем удаляли Fmoc защиту разветвителя 1М DBU в безводном MeCN 5 мин при комнатной температуре. Затем проводили синтез боковой цепи олигомера. Выход олигомера после выделения составил 10 о.е. (260 нм).The oligomer synthesis was carried out according to the standard scheme as described in example 19, with minor changes. Glass with a controlled pore size (1000 Å) and covalently attached protected deoxyadenosine was used as a solid support. The condensation time of the amidophosphite of an asymmetric splitter was set to 15 minutes. Upon completion of the synthesis of the main branch of the oligomer, the MMTr protecting group was removed and the free hydroxyl group was acylated with a caper mixture for 30 min at 20 ° C. Then, the Fmoc protection of the 1M DBU splitter in anhydrous MeCN was removed 5 min at room temperature. Then, the oligomer side chain was synthesized. The yield of oligomer after isolation was 10 p.u. (260 nm).
Пример 22. Активация ПАРП-1 миметиками ПАР.Example 22. Activation of PARP-1 with PAR mimetics.
К 40 мкл раствора НАД+ в ПАРП-буфере (50 мМ Трис-HCl (рН 8.0), 2 мМ MgCl2) добавляли 20 мкл миметика ПАР (1-10 мкМ) или активированной ДНК, 20 мкл воды или раствора ингибитора (при использовании ингибитора в качестве контроля), 1 мкл ПАРП-1 в 19 мкл ПАРП-буфера и инкубировали при 20°C в течении 30 мин. После инкубации добавляли по 40 мкл растворов 2М КОН и ацетофенона (20% в спирте), встряхивали и выдержали 10 мин при 4°C. Затем добавляли 180 мкл 88% раствора муравьиной кислоты, перемешивали на вортексе и выдержали 10 мин при температуре 110°C. Разбавляли полученную смесь до 1500 мкл ПАРП-буфером и измеряли флуоресценцию раствора при 440 нм. Флуоресценция раствора в отсутствии ингибитора ПАРП-1 соответствовала минимальному содержанию остаточного НАД+ и максимальной активности фермента. Флуоресценция раствора, не содержавшего фермента, ингибитора и активированной ДНК соответствует максимальному содержанию НАД+ и нулевой активности фермента. Для целей калибровки проводили измерение флуоресценции растворов с содержанием НАД+, в 2, 10 и 100 раз меньшим, чем указано выше. Специфическая активность ПАРП-1 составляла не менее 600 ед/мг. Одна единица ПАРП-1 представляет собой количество фермента, необходимое для синтеза 1 нмоль поли(АDР-рибозы) в минуту при 25°C и рН 7.5. Концентрация фермента составляла 1 мг/мл в соответствии с сертификатом продукции.To 40 μl of a solution of NAD + in a PARP buffer (50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 2 mM MgCl 2 ) was added 20 μl of a mimetic PAR (1-10 μM) or activated DNA, 20 μl of water or an inhibitor solution (when using inhibitor as a control), 1 μl PARP-1 in 19 μl PARP buffer and incubated at 20 ° C for 30 min. After incubation, 40 μl of 2M KOH and acetophenone solutions (20% in alcohol) were added, shaken, and incubated for 10 min at 4 ° C. Then 180 μl of 88% formic acid solution was added, vortexed and incubated for 10 min at 110 ° C. The resulting mixture was diluted to 1500 μl with PARP buffer and the fluorescence of the solution was measured at 440 nm. Fluorescence of the solution in the absence of a PARP-1 inhibitor corresponded to the minimum content of residual NAD + and maximum enzyme activity. Fluorescence of a solution containing no enzyme, inhibitor, and activated DNA corresponds to the maximum NAD + content and zero enzyme activity. For calibration purposes, we measured the fluorescence of solutions with NAD +
Claims (2)
где Y представляет собой остаток нуклеозида, такого как дезоксиаденозин, дезоксигуанозин, аденозин, гуанозин, цитидин, уридин; аминопроизводного линейного или разветвленного алифатического соединения С7, такого как 6-амино-(2-гидроксиметил)-гексан-1-ил, флуоресцентного красителя, такого как флуоресцеин или эозин,
где Z представляет собой остаток нуклеозида, такого как дезоксиаденозин, дезоксигуанозин, аденозин, гуанозин, цитидин, уридин, необязательно с присоединенным по 5′-гидроксильной группе остатком монометокситритила или диметокситритила,
(k+1)·m=1-200; X представляет собой О или S;
R1 и R2 представляют собой остаток дисахаридного нуклеозида, который является нуклеозидом с присоединенным дополнительным углеводным остатком, соединенным с пентафуранозным циклом нуклеозида О-гликозидной связью, или остаток формул
n=2-6; или n=2-6; или n=1-4 или -((CH2)nO)m-(P=X(OH))O-N-, где n=2-6, m=1-6, или
где N=остаток нуклеозида, такого как дезоксиаденозин, дезоксигуанозин, аденозин, гуанозин, цитидин, уридин,
R3 представляет собой разветвитель где N′- остаток дисахаридного нуклеозида; n - число мономерных звеньев со степенью полимеризации до 100 мономерных звеньев, или остаток одной из формул
n=2-6; или n=2-6; или n=1-4
где В=аденин-9-ил, В=урацил-1-ил, В=цитозин-1-ил, В=гуанин-9-ил.1. PAI mimetics of the general formula
where Y is a nucleoside residue such as deoxyadenosine, deoxyguanosine, adenosine, guanosine, cytidine, uridine; an amino derivative of a linear or branched aliphatic compound C7, such as 6-amino (2-hydroxymethyl) hexan-1-yl; a fluorescent dye, such as fluorescein or eosin,
where Z is a nucleoside residue such as deoxyadenosine, deoxyguanosine, adenosine, guanosine, cytidine, uridine, optionally with a 5′-hydroxyl group attached to the residue of monomethoxytrityl or dimethoxytrityl,
(k + 1) m = 1-200; X represents O or S;
R 1 and R 2 are a disaccharide nucleoside residue which is a nucleoside with an additional carbohydrate residue attached to the pentafuranose nucleoside cycle of an O-glycosidic bond, or a residue of the formulas
n is 2-6; or n is 2-6; or n = 1-4 or - ((CH 2 ) n O) m - (P = X (OH)) ON-, where n = 2-6, m = 1-6, or
where N = residue of a nucleoside such as deoxyadenosine, deoxyguanosine, adenosine, guanosine, cytidine, uridine,
R 3 is a splitter where N′ is the residue of a disaccharide nucleoside; n is the number of monomer units with a degree of polymerization of up to 100 monomer units, or the remainder of one of the formulas
n is 2-6; or n is 2-6; or n = 1-4
where B = adenin-9-yl, B = uracil-1-yl, B = cytosin-1-yl, B = guanine-9-yl.
где R=MMTr, DMTr, В=N6-бензоиладенин-9-ил, N2-изобутироилгуанин-9-ил, N4-бензоилцитозин-1-ил, урацил-1-ил, n=2-6 для амидофосфитов 7-8, n=1-4 для амидофосфита 9, в ручном или автоматическом режиме, где каждый реакционный цикл включает в себя: 1) деблокирование 2-5% раствором ди- или трихлоруксусной кислоты в дихлорметане, 2) стадию конденсации с использованием 0,05-0,5 М раствора амидофосфита в ацетонитриле или дихлорметане; 3) ацилирование непрореагировавших гидроксильных групп смесью пропионового ангидрида и пиридина в соотношении от 1:1 до 1:3 в тетрагидрофуране; 4) окисление полученного на предыдущей стадии межнуклеотидного фосфита в фосфотриэфир 0,05-0,1 М раствором иода в смеси тетрагидрофуран-пиридин-вода; с последующим деблокированием полученного миметика в стандартных условиях водным аммиаком и очисткой продукта с использованием обращенно-фазной ВЭЖХ. 2. A method for producing PAR mimetics described in Clause 1 on an insoluble silicate, polystyrene or polyacrylate carrier at a temperature of 20-40 ° C with sequential addition of amidophosphite monomer blocks 1-16 in the course of synthesis to obtain the polymer of the required length:
where R = MMTr, DMTr, B = N 6 -benzoyladenin-9-yl, N 2 -isobutyroylguanin-9-yl, N 4 -benzoylcytosin-1-yl, uracil-1-yl, n = 2-6 for amidophosphites 7 -8, n = 1-4 for amidophosphite 9, in manual or automatic mode, where each reaction cycle includes: 1) the release of a 2-5% solution of di- or trichloroacetic acid in dichloromethane, 2) a condensation step using 0, 05-0.5 M solution of amidophosphite in acetonitrile or dichloromethane; 3) acylation of unreacted hydroxyl groups with a mixture of propionic anhydride and pyridine in a ratio of 1: 1 to 1: 3 in tetrahydrofuran; 4) the oxidation of the internucleotide phosphite obtained in the previous stage to phosphotriether with a 0.05-0.1 M solution of iodine in a mixture of tetrahydrofuran-pyridine-water; followed by the release of the resulting mimetic under standard conditions with aqueous ammonia and purification of the product using reverse phase HPLC.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2011116534/04A RU2559873C2 (en) | 2011-04-27 | 2011-04-27 | Mimetics of poly (adp-ribose) and process for producing thereof |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2011116534/04A RU2559873C2 (en) | 2011-04-27 | 2011-04-27 | Mimetics of poly (adp-ribose) and process for producing thereof |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2011116534A RU2011116534A (en) | 2012-11-10 |
RU2559873C2 true RU2559873C2 (en) | 2015-08-20 |
Family
ID=47321766
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2011116534/04A RU2559873C2 (en) | 2011-04-27 | 2011-04-27 | Mimetics of poly (adp-ribose) and process for producing thereof |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2559873C2 (en) |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008137673A1 (en) * | 2007-05-03 | 2008-11-13 | Accumetrics, Inc. | Methods of measuring inhibition of platelet aggregation by thrombin receptor antagonists |
EP2260852A2 (en) * | 2001-04-10 | 2010-12-15 | MBC Pharma, Inc. | Bisphosphonate conjugates and methods of making and using the same |
RU2411948C1 (en) * | 2009-10-19 | 2011-02-20 | Учреждение Российской академии наук Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН (ИХБФМ СО РАН) | Medication for inhibiting human enzyme poly(adp-ribose)polymerase-1 |
-
2011
- 2011-04-27 RU RU2011116534/04A patent/RU2559873C2/en not_active Application Discontinuation
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2260852A2 (en) * | 2001-04-10 | 2010-12-15 | MBC Pharma, Inc. | Bisphosphonate conjugates and methods of making and using the same |
WO2008137673A1 (en) * | 2007-05-03 | 2008-11-13 | Accumetrics, Inc. | Methods of measuring inhibition of platelet aggregation by thrombin receptor antagonists |
RU2411948C1 (en) * | 2009-10-19 | 2011-02-20 | Учреждение Российской академии наук Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН (ИХБФМ СО РАН) | Medication for inhibiting human enzyme poly(adp-ribose)polymerase-1 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
Kulikova Irina V. et al, Collection Symposium Series, 2008, 155-158. Mikhailova E.S. et al, Doklady Akademii Nauk SSSR, 1966, 167(2), 444-447. * |
Ma Peng et al, Aizheng, 2006, 25(4), 438-442. * |
Michailov Sergey N et al, Tetrahedron, 2008, 64 (12), 2871-2876. * |
Nauwelaerts Koen et al, Nucleic Acids Research, 2003, 31(23), 6758-6769. * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2011116534A (en) | 2012-11-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US5561225A (en) | Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages | |
US5658731A (en) | 2'-O-alkylnucleotides as well as polymers which contain such nucleotides | |
US6150510A (en) | Modified oligonucleotides, their preparation and their use | |
US5844106A (en) | Modified oligonucleotides, their preparation and their use | |
US6140496A (en) | Precursors for deoxyribonucleotides containing non-standard nucleosides | |
US8153365B2 (en) | Oligonucleotide analogues | |
US6066720A (en) | Modified oligonucleotides, their preparation and their use | |
US6320035B1 (en) | C-nucleoside derivatives and their use in the detection of nucleic acids | |
JP5342881B2 (en) | 6-modified bicyclic nucleic acid analogues | |
US5446139A (en) | Purine analog nucleoside and nucleotide compounds | |
US8138330B2 (en) | Process for the synthesis of oligonucleotides | |
US20030134808A1 (en) | Oligonucleotide analogues | |
KR20020013515A (en) | L-Ribo-LNA analogues | |
CA2215176C (en) | C-nucleoside derivatives and their use in the detection of nucleic acids | |
JP2002521310A (en) | Oligonucleotide analogues | |
MXPA00011473A (en) | Novel nucleosides having bicyclic sugar moiety. | |
CA2089668A1 (en) | Oligo (alpha-arabinofuranosyl nucleotides) and alpha-arabinofuranosyl precursors thereof | |
JP2009536955A (en) | 5 'modified bicyclic nucleic acid analogs | |
JP7263236B2 (en) | Novel bicyclic nucleosides and oligomers prepared therefrom | |
JP2835630B2 (en) | Nucleoside derivatives that can be used in the synthesis of targeted oligonucleotides, oligonucleotides derived from these derivatives, and their synthesis | |
US8614312B2 (en) | Method for preparing nucleotides and related analogues by synthesis on soluble substrate, and biological tools thus prepared | |
JP2000515382A (en) | Method for amplifying target nucleic acid sequence | |
Hrdlicka et al. | Synthesis and biological evaluation of nucleobase-modified analogs of the anticancer compounds 3′-C-ethynyluridine (EUrd) and 3′-C-ethynylcytidine (ECyd) | |
RU2559873C2 (en) | Mimetics of poly (adp-ribose) and process for producing thereof | |
Bogucka et al. | Facile preparation of the oxetane-nucleosides |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20130318 |
|
FZ9A | Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal) |
Effective date: 20140206 |