RU2542459C1 - Early diagnostic technique for duodenal ulcer in khakass caucasians by molecular genetic testing - Google Patents
Early diagnostic technique for duodenal ulcer in khakass caucasians by molecular genetic testing Download PDFInfo
- Publication number
- RU2542459C1 RU2542459C1 RU2013144061/15A RU2013144061A RU2542459C1 RU 2542459 C1 RU2542459 C1 RU 2542459C1 RU 2013144061/15 A RU2013144061/15 A RU 2013144061/15A RU 2013144061 A RU2013144061 A RU 2013144061A RU 2542459 C1 RU2542459 C1 RU 2542459C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- genotype
- risk
- duodenal ulcer
- polymorphism
- ulcer
- Prior art date
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к области медицины, а именно к иммунологии и гастроэнтерологии, касается способа раннего прогнозирования риска развития язвенной болезни у европеоидов Хакасии и может быть использовано для выявления патологии до появления органических изменений в виде язвенной болезни. В эпидемиологическом исследовании язвенной болезни у жителей Хакасии установлено, что у европеоидов в сравнении с хакасами в два раза выше распространенность этого заболевания и более тяжелое клиническое течение.The invention relates to medicine, namely to immunology and gastroenterology, relates to a method for early prediction of the risk of peptic ulcer development in Khakassia Caucasians and can be used to identify pathology before the appearance of organic changes in the form of peptic ulcer. An epidemiological study of peptic ulcer among residents of Khakassia found that Caucasians compared to Khakasses have twice the prevalence of this disease and a more severe clinical course.
Язвенная болезнь - полиэтиологическое и патогенетически неоднородное заболевание, лидирующее в структуре патологии органов пищеварительной системы. Среди факторов, повышающих риск развития язвенной болезни, важное место занимает наследственность [5]. В настоящее время доказаны три этиологических фактора язвенной болезни: относительная гиперсекреция соляной кислоты, инфекция Helicobacter pylori, прием нестероидных противовоспалительных препаратов [2, 3].Peptic ulcer is a polyetiological and pathogenetically heterogeneous disease, leading in the structure of the pathology of the digestive system. Among the factors that increase the risk of developing peptic ulcer disease, heredity occupies an important place [5]. Currently, three etiological factors of peptic ulcer have been proven: relative hypersecretion of hydrochloric acid, Helicobacter pylori infection, and the use of non-steroidal anti-inflammatory drugs [2, 3].
Конвенционными факторами риска язвенной болезни принято считать мужской пол, курение, пубертатный возраст, наличие сопутствующих заболеваний.Conventional risk factors for peptic ulcer are considered to be male gender, smoking, puberty, the presence of concomitant diseases.
Известен способ прогнозирования риска развития язвенной болезни (патент RU 2231794 C2), включающий исследования желудочных проб, основанный на измерении скорости диффузии ионов водорода через слой слизи, покрывающей слизистой оболочки желудка, путем введения в желудок тестового 0,1 H раствора соляной кислоты и исследования динамики проникновения ионов водорода в слизистой оболочки путем эвакуации содержимого желудка, тем самым определяют риск развития язвенной болезни.A known method for predicting the risk of developing peptic ulcer disease (patent RU 2231794 C2), including the study of gastric samples, based on measuring the diffusion rate of hydrogen ions through the layer of mucus covering the mucous membrane of the stomach, by introducing into the stomach a test 0.1 H hydrochloric acid solution and studying the dynamics penetration of hydrogen ions into the mucous membrane by evacuating the contents of the stomach, thereby determining the risk of developing peptic ulcer.
Недостатком этого способа является сложность выполнения, которая заключается в многократной эвакуации содержимого желудка и введении в желудок большого количества соляной кислоты.The disadvantage of this method is the difficulty of execution, which consists in the multiple evacuation of the contents of the stomach and the introduction into the stomach of a large amount of hydrochloric acid.
Известен способ «Способ прогнозирования тяжести течения кислотозависимых заболеваний ЖКТ у детей» (патент RU 2231068 C1), где прогноз течения язвенной болезни ведется с учетом коэффициента относительной гомозиготности, рассчитанного по числу выявленных рецессивных фенотипов изучаемых менделирующих признаков. В способ включен перечень, состоящий из 41 признака (ямочки на щеках, щель между зубами, способность свертывать язык трубочкой, группа крови и др.).The known method "A method for predicting the severity of acid-dependent gastrointestinal diseases in children" (patent RU 2231068 C1), where the prognosis of peptic ulcer disease is carried out taking into account the coefficient of relative homozygosity, calculated by the number of detected recessive phenotypes of the studied characterizing characters. The method includes a list of 41 signs (dimples on the cheeks, a gap between the teeth, the ability to coagulate the tongue with a tube, blood type, etc.).
Этот способ дает возможность прогнозировать развитие язвенной болезни на основе расчета коэффициента относительной гомозиготности. Способ, по мнению авторов, может использоваться в условиях поликлиники в качестве маркера для отбора детей в группу риска по кислотозависимым заболеваниям органов пищеварения.This method makes it possible to predict the development of peptic ulcer based on the calculation of the coefficient of relative homozygosity. The method, according to the authors, can be used in a clinic as a marker for selecting children at risk for acid-dependent diseases of the digestive system.
Недостатками метода является то, что он используется для прогнозирования тяжести течения часто встречающихся заболеваний ЖКТ, риска развития осложнений и рецидивов у больных с уже имеющейся кислотозависимой патологией, а также ограниченность группы детским возрастом.The disadvantages of the method are that it is used to predict the severity of frequently occurring gastrointestinal diseases, the risk of complications and relapses in patients with an already existing acid-dependent pathology, as well as the group’s limited age.
Известен способ «Способ прогнозирования вероятности возникновения язвенной болезни двенадцатиперстной кишки» (патент RU 2143684 C1), учитывающий генетическую составляющую риска язвенной болезни двенадцатиперстной кишки (антигены системы АВО, типы гаптоглобулина, трансферрина, кислой фосфатазы и т.д.).The known method "A method for predicting the likelihood of peptic ulcer" (patent RU 2143684 C1), taking into account the genetic component of the risk of peptic ulcer of the duodenum (antigens of the ABO system, types of haptoglobulin, transferrin, acid phosphatase, etc.).
Недостатком данного метода является игнорирование генетических особенностей развития воспалительной реакции при Helicobacter pylori-инфекции. Так как генетическая детерминированность иммунного ответа патогенетически значима в развитии язвенной болезни двенадцатиперстной кишки и соответствует концепции воспалительной теории ульцерогенеза [1].The disadvantage of this method is the neglect of the genetic characteristics of the development of the inflammatory response in Helicobacter pylori infection. Since the genetic determination of the immune response is pathogenetically significant in the development of duodenal ulcer and corresponds to the concept of the inflammatory theory of ulcerogenesis [1].
Кроме того, все перечисленные способы не являются превентивными и не учитывают этно-популяционные характеристики населения, включая адаптационно-генетические аспекты взаимодействия человека с микроорганизмом и внешней средой, которые необходимы для формирования предпосылок персонализированной медицины.In addition, all of the above methods are not preventive and do not take into account the ethno-population characteristics of the population, including the adaptation and genetic aspects of human interaction with the microorganism and the environment, which are necessary for the formation of the prerequisites for personalized medicine.
Задача предлагаемого способа - раннее прогнозирование развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у европеоидов (пришлого населения) Республики Хакасия.The objective of the proposed method is the early prediction of the development of peptic ulcer of the duodenum in Caucasians (alien population) of the Republic of Khakassia.
Технический результат заявляемого способа состоит в повышении точности прогноза развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки, а достигается тем, что устанавливают факторы риска на основе клинико-лабораторного исследования больного.The technical result of the proposed method consists in increasing the accuracy of the prognosis of the development of duodenal ulcer, and is achieved by the fact that establish risk factors based on clinical and laboratory research of the patient.
Отличие способа заключается в том, что определяют полиморфизмы в генах цитокинов и генотип микроорганизма, а установленным факторам риска присваивают градации (A1-A2) и числовые значения, гдеThe difference between the method lies in the fact that polymorphisms in the genes of cytokines and the genotype of the microorganism are determined, and gradations (A1-A2) and numerical values are assigned to the established risk factors, where
A1 - генотип полиморфизма C+3953Т гена IL-1β: TT=0,44, TC=0,51, CC=2,63;A1 is the genotype of the C + 3953T polymorphism of the IL-1β gene: TT = 0.44, TC = 0.51, CC = 2.63;
A2 - генотип полиморфизма гена IL-1Ra VNTR: R2R2=1,74, R2R3=8,08, R2R4=1,33, R3R3=1,59, R3R4=0,30, R4R4=0,51.A2 - ILN-1Ra VNTR gene polymorphism genotype: R2R2 = 1.74, R2R3 = 8.08, R2R4 = 1.33, R3R3 = 1.59, R3R4 = 0.30, R4R4 = 0.51.
После чего определяют прогностические коэффициенты P1, P2 по формуламThen determine the prognostic coefficients P1, P2 according to the formulas
P1=-1,54+0,57*A1+0,53*A2, гдеP1 = -1.54 + 0.57 * A1 + 0.53 * A2, where
P1 - вероятность отнесения к группе с низким риском ЯБ;P1 - the probability of being assigned to a group with a low risk of ulcer;
A1 - генотип полиморфизма C+3953Т гена IL-1β;A1 is the genotype of C + 3953T polymorphism of the IL-1β gene;
A2 - генотип полиморфизма гена IL-1Ra VNTR;A2 is the genotype of polymorphism of the IL-1Ra VNTR gene;
0,57, 0,53 - численные значения, являются коэффициентами в прогностической модели;0.57, 0.53 - numerical values, are coefficients in the predictive model;
-1,54 - константа для пациентов с низким риском развития ЯБ.-1.54 - constant for patients with a low risk of developing ulcer.
P2=0,21+1,77*А1+1,70*А2, гдеP2 = 0.21 + 1.77 * A1 + 1.70 * A2, where
P2 - вероятность отнесения к группе с высоким риском ЯБ;P2 - the probability of being assigned to a group with a high risk of ulcer;
A1 - генотип полиморфизма C+3953Т гена IL-1β;A1 is the genotype of C + 3953T polymorphism of the IL-1β gene;
A2 - генотип полиморфизма гена IL-1Ra VNTR;A2 is the genotype of polymorphism of the IL-1Ra VNTR gene;
1,77, 1,70 - численные значения, являются коэффициентами в прогностической модели;1.77, 1.70 - numerical values, are coefficients in the predictive model;
0,21 - константа для пациентов с высоким риском развития ЯБ.0.21 is a constant for patients with a high risk of developing ulcer.
При P1>P2 прогнозируют низкий риск, а при P1<P2 прогнозируют высокий риск развития ЯБ.With P1> P2, a low risk is predicted, and with P1 <P2, a high risk of developing ulcer is predicted.
Данные формулы были получены на основании исследования 35 пациентов, относящихся к европеоидной популяции Хакасии, страдающих язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки.These formulas were obtained on the basis of a study of 35 patients belonging to the Caucasian population of Khakassia suffering from duodenal ulcer.
Отбор пациентов язвенной болезнью делали на основании клинических, эндоскопических и морфологических данных. Обязательным критерием включения в группу исследования было наличие у пациентов HP. Присутствие бактерий подтверждалось одним из четырех методов: быстрый уреазный тест, серологический, гистобактериоскопическое исследование биоптатов слизистой оболочки желудка или метод полимеразной цепной реакции (ПЦР).Patients with peptic ulcer were selected on the basis of clinical, endoscopic and morphological data. A mandatory criterion for inclusion in the study group was the presence of HP in patients. The presence of bacteria was confirmed by one of four methods: rapid urease test, serological, histobacterioscopic examination of biopsy specimens of the gastric mucosa or polymerase chain reaction (PCR) method.
В исследование не включались пациенты с сочетанной патологией.The study did not include patients with combined pathology.
Пациентам, включенным в исследование, в предшествующие шесть месяцев не проводилось лечение антибактериальными и нестероидными противовоспалительными препаратами, ингибиторами протонной помпы, глюкокортикоидами, а также эрадикационная терапия. Возраст всех обследованных пациентов от 18 до 55 лет. Обязательным условием было информированное согласие на участие в исследовании.In the previous six months, patients included in the study were not treated with antibacterial and non-steroidal anti-inflammatory drugs, proton pump inhibitors, glucocorticoids, as well as eradication therapy. The age of all examined patients is from 18 to 55 years. A prerequisite was informed consent to participate in the study.
Новым является то, что для осуществления способа рассчитывают прогностические индексы, учитывающие генетические факторы (C+3953T IL1β и IL1RA VNTR) и этническую принадлежность - европеоиды.New is that for the implementation of the method, prognostic indices are calculated taking into account genetic factors (C + 3953T IL1β and IL1RA VNTR) and ethnicity - Caucasians.
Данные отличительные признаки не известны в научно-медицинской и патентной литературе. Таким образом, предложенный способ соответствует критерию «новизна».These distinguishing features are not known in the medical and patent literature. Thus, the proposed method meets the criterion of "novelty."
Совокупность отличительных признаков не вытекает явным образом для специалиста из уровня техники. Таким образом, предлагаемый способ соответствует критерию «изобретательский уровень».The combination of distinctive features does not follow explicitly for a specialist from the prior art. Thus, the proposed method meets the criterion of "inventive step".
Данный способ прошел клинические испытания на клинической базе Хакасского государственного университета им. Н.Ф. Катанова - Республиканской клинической больнице им. Г.Я. Ремишевской. Таким образом, данное техническое решение соответствует критерию изобретения «промышленно применимо».This method has been clinically tested at the clinical base of Khakass State University. N.F. Katanova - Republican Clinical Hospital named after G.Ya. Remishevskaya. Thus, this technical solution meets the criteria of the invention "industrially applicable".
Способ осуществляют следующим образом.The method is as follows.
Способ решения задачи заключается в том, что при амплификации специфического участка гена IL-1β и рестрикции ферментом Taq I определяют наличие аллеля C в гомозиготном состоянии в положении C+3953T, а также при выявлении гомозиготности по числу тандемных повторов соответствующих 2R при амплификации IL-1Ra VNTR у пациентов, инфицированных vacA-штаммом Helicobacter pylori, прогнозируют ранний риск развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки.The way to solve the problem is that upon amplification of a specific section of the IL-1β gene and restriction by Taq I enzyme, the presence of the C allele in the homozygous state at the C + 3953T position is determined, as well as when homozygosity is determined by the number of tandem repeats of the corresponding 2Rs during IL-1Ra amplification VNTR in patients infected with the vacA strain of Helicobacter pylori predict an early risk of developing duodenal ulcer.
Кровь для выделения ДНК собирают из локтевой вены в пробирку с ЭДТА. ДНК экстрагируют из лейкоцитов. В работе использовали полиморфные маркеры генов C+3953T IL1β и IL1RA VNTR [4, 6]. Реакции проводились в термостате для проведения ПЦР-амплификации (ТПЧ-ПЦР-01 - «Терцик» ЗАО НПФ ДНК-технология, Москва).Blood for DNA isolation is collected from the ulnar vein in a tube with EDTA. DNA is extracted from white blood cells. We used polymorphic markers of the C + 3953T genes IL1β and IL1RA VNTR [4, 6]. Reactions were carried out in a thermostat for PCR amplification (TPC-PCR-01 - “Tertsik” ZAO NPF DNA-technology, Moscow).
Фрагменты ПЦР денатурировали при температуре 92°C в течение 90 с - денатурация, затем 40 циклов (60°C - отжиг праймеров 30 с, 74°C - элонгация 30 с, 92°C денатурация 30 с), затем 72°C 10 мин наработка продукта.PCR fragments were denatured at 92 ° C for 90 s - denaturation, then 40 cycles (60 ° C - annealing of primers 30 s, 74 ° C - elongation 30 s, 92 ° C denaturation 30 s), then 72 ° C 10 min operating time of the product.
Рестрикция: к амплификату добавляли смесь для рестрикции: 0,15 мкл фермента, содержащего 3 ед., 0,15 мкл BSA, 1,5 мкл буфера из расчета на 1 пробу. Инкубировали при +37°C либо при +65°C в течение 12 ч.Restriction: a restriction mixture was added to the amplification: 0.15 μl of the enzyme containing 3 units, 0.15 μl of BSA, 1.5 μl of buffer per sample. Incubated at + 37 ° C or at + 65 ° C for 12 hours
Детекцию продуктов амплификации проводили в 4% агарозном геле с содержанием 0,1% водного раствора бромистого этидия («Sigma», США). В качестве маркера размера ДНК использовали плазмиду pUC19, расщепленную рестриктазой MspI («Сибэнзим», г. Новосибирск).Amplification products were detected on a 4% agarose gel containing 0.1% aqueous solution of ethidium bromide (Sigma, USA). Plasmid pUC19 digested with restriction enzyme MspI (Sibenzyme, Novosibirsk) was used as a marker of DNA size.
Определяют полиморфизмы/мутации в генах цитокинов и генотип микроорганизма. Установленным факторам риска присваивают градации (A1-A2) и числовые значения. После чего определяют прогностические коэффициенты P1, P2, сравнивают их числовые характеристики между собой и оценивают риск развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. При P1>P2 прогнозируют низкий риск, а при P1<P2 прогнозируют высокий риск развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки.Polymorphisms / mutations in the genes of cytokines and the genotype of the microorganism are determined. Established risk factors are assigned gradations (A1-A2) and numerical values. After that, prognostic coefficients P1, P2 are determined, their numerical characteristics are compared with each other, and the risk of developing duodenal ulcer is assessed. With P1> P2, a low risk is predicted, and with P1 <P2, a high risk of developing duodenal ulcer is predicted.
Предложенный способ прогнозирования язвенной болезни поясняется примерами конкретного выполнения.The proposed method for predicting peptic ulcer is illustrated by examples of specific performance.
Пример 1.Example 1
Пациентка М., европеоидного происхождения, 39 лет, с синдромом язвенной диспепсии. В анамнезе - язвенная болезнь двенадцатиперстной кишки у отца пациентки. Методом ПЦР биоптата слизистой оболочки желудка выявлен генотип возбудителя - s1m1 vacA Helicobacter pylori, a методом ПДРФ - анализа определены генотипы ТТ+3953 IL-1β и R3R3 IL-1RaVNTR.Patient M., Caucasian origin, 39 years old, with ulcerative dyspepsia syndrome. A history of duodenal ulcer in the patient’s father. The genotype of the pathogen, s1m1 vacA Helicobacter pylori, was detected by PCR biopsy of the gastric mucosa, and the genotypes TT + 3953 IL-1β and R3R3 IL-1RaVNTR were determined by RFLP analysis.
Интерпретация результатов:Interpretation of results:
P1=-1,54+0,57*0,44+0,53*1,59=-1,54+0,2508+0,8427=-0,4465P1 = -1.54 + 0.57 * 0.44 + 0.53 * 1.59 = -1.54 + 0.2508 + 0.8427 = -0.4465
P2=0,21+1,77*0,44+1,70*1,59=0,21+0,7788+2,703=3,6918P2 = 0.21 + 1.77 * 0.44 + 1.70 * 1.59 = 0.21 + 0.7788 + 2.703 = 3.6918
P1 меньше Р2 (-0,4465<3,6918). Следовательно, у данной пациентки определен высокий риск развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. При повторном обследовании в 2012 г. диагностирована язвенная болезнь - прогноз подтвердился.P1 is less than P2 (-0.4465 <3.6918). Therefore, this patient has a high risk of developing duodenal ulcer. Upon repeated examination in 2012, peptic ulcer was diagnosed - the prognosis was confirmed.
Пример 2.Example 2
Пациент В., европеоидного происхождения, 47 лет, клинические проявления диспепсии. Методом ПЦР биоптата слизистой оболочки желудка выявлен - s1s2 vacA штамм Helicobacter pylori, методом ПДРФ-анализа - генотипы CC+3953 IL-1β и R2R2 IL-1Ra VNTR.Patient V., Caucasian origin, 47 years old, clinical manifestations of dyspepsia. The s1s2 vacA strain of Helicobacter pylori was detected by PCR biopsy of the gastric mucosa, and the genotypes CC + 3953 IL-1β and R2R2 IL-1Ra VNTR were detected by RFLP analysis.
Интерпретация результатов:Interpretation of results:
P1=-1,54+0,57*2,63+0,53*1,74=-1,54+1,4991+0,9222=0,8813P1 = -1.54 + 0.57 * 2.63 + 0.53 * 1.74 = -1.54 + 1.4991 + 0.9222 = 0.8813
P2=0,21+1,77*2,63+1,70*1,74=0,21+4,6551+2,958=7,8231P2 = 0.21 + 1.77 * 2.63 + 1.70 * 1.74 = 0.21 + 4.6551 + 2.958 = 7.8231
P1 меньше P2 (0,8813<7,8231). Следовательно, у данного пациента определен высокий риск развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. При повторном обследовании в 2013 г. методом ФГС выявлена язвенная болезнь, то есть прогноз подтвердился.P1 is less than P2 (0.8813 <7.8231). Therefore, this patient has a high risk of developing duodenal ulcer. A repeated examination in 2013 using the FGS method revealed a peptic ulcer, that is, the prognosis was confirmed.
Оценка эффективности предполагаемого способа прогнозирования проводилась в экспериментальной группе (n=26 пациентов с диспепсией) и в контрольной группе (n=38 доноров добровольцев без клинических и инструментальных признаков язвенной болезни). Группу контроля наблюдали в течение 3-х лет, в период с 2009 по 2013 годы, в этой группе язвенная болезнь была выявлена у 4 больных. Точность прогноза - 97,7%.Evaluation of the effectiveness of the proposed forecasting method was carried out in the experimental group (n = 26 patients with dyspepsia) and in the control group (n = 38 volunteer donors without clinical and instrumental signs of peptic ulcer disease). The control group was observed for 3 years, from 2009 to 2013, in this group peptic ulcer was detected in 4 patients. The forecast accuracy is 97.7%.
Таким образом, новый способ обладает достаточно высокой чувствительностью (100%), специфичностью (50%) и точностью (75%) в оценке риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки, что позволит проводить целенаправленные и ранние профилактические мероприятия распространенного заболевания.Thus, the new method has a fairly high sensitivity (100%), specificity (50%) and accuracy (75%) in assessing the risk of developing duodenal ulcer, which will allow targeted and early preventive measures of a common disease.
Источники информацииInformation sources
1. Особенности цитокинового профиля у пациентов с хроническим H. pylori - ассоциированным гастритом и язвенной болезнью [Текст] / Э.А. Кондрашина, Н.М. Калининина, Н.И. Давыдова [и др.] // Цитокины и воспаление. - 2002. - Т.1, №4. - С.3-11.1. Features of the cytokine profile in patients with chronic H. pylori - associated gastritis and peptic ulcer [Text] / E.A. Kondrashina, N.M. Kalininina, N.I. Davydova [et al.] // Cytokines and inflammation. - 2002. - T.1, No. 4. - C.3-11.
2. Штыгашева О.В. Распространенность инфекции Helicobacter pylori и частота диспептических жалоб у населения Хакасии [Текст] / О.В. Штыгашева, В.В. Цуканов // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии и колопроктологии. - 2004. - №2. - С.33-36.2. Shtygasheva OV The prevalence of Helicobacter pylori infection and the frequency of dyspeptic complaints in the population of Khakassia [Text] / O.V. Shtygasheva, V.V. Tsukanov // Russian Journal of Gastroenterology, Hepatology and Coloproctology. - 2004. - No. 2. - S.33-36.
3. Ющук Н.Д. Иммунный ответ при инфекции, вызванной Helicobacter pylori [Текст] / Н.Д. Ющук, И.В. Маев, К.Г. Гуревич // Журнал Микробиологии. - 2003. - №6. - С.86-91.3. Yushchuk N. D. The immune response in Helicobacter pylori infection [Text] / N.D. Yushchuk, I.V. Mayev, K.G. Gurevich // Journal of Microbiology. - 2003. - No. 6. - S.86-91.
4. Association of IL-1B and IL-1 receptor antagonist haplotypes with rate of decline in lung function in smokers [Text] / L. Joos, L. McIntyre, J. Ruan [et al.] // Thorax. - 2001. - Vol.56. - P.863-866.4. Association of IL-1B and IL-1 receptor antagonist haplotypes with rate of decline in lung function in smokers [Text] / L. Joos, L. McIntyre, J. Ruan [et al.] // Thorax. - 2001. - Vol. 56. - P.863-866.
5. Ethnic difference of Helicobacter pylori gastritis: Korean and Japanese gastritis is characterized by male- and antrum-predominant acute foveolitis in comparison with American gastritis [Text] / I. Lee, H. Lee, M. Kim [et al.] // World Journal of Gastroenterology. - 2005. - Vol.11 (1). - P.94-98.5. Ethnic difference of Helicobacter pylori gastritis: Korean and Japanese gastritis is characterized by male- and antrum-predominant acute foveolitis in comparison with American gastritis [Text] / I. Lee, H. Lee, M. Kim [et al.] / / World Journal of Gastroenterology. - 2005 .-- Vol. 11 (1). - P.94-98.
6. The Mouthwash: A Non-Invasive Sampling Method to Study Cytokine Gene Polymorphisms [Text] / M.L. Laine, M.A. Farre, J.B.A. Crusius [et al.] // Periodontol. - 2000. - Vol.71, №8. - P.1315-1318.6. The Mouthwash: A Non-Invasive Sampling Method to Study Cytokine Gene Polymorphisms [Text] / M.L. Laine, M.A. Farre, J.B.A. Crusius [et al.] // Periodontol. - 2000. - Vol. 71, No. 8. - P.1315-1318.
Claims (1)
установленным факторам риска присваивают градации (А1-А2) и числовые значения; после чего определяют прогностические коэффициенты P1, P2 по формулам
P1=-1,54+0,57*A1+0,53*A2,
P2=0,21+1,77*A1+1,70*A2,
где A1 - генотип полиморфизма С+3953Т гена IL-1β: TT=0,44, TC=0,51, CC=2,63;
A2 - генотип полиморфизма гена IL-1Ra VNTR: R2R2=1,74, R2R3=8,08, R2R4=1,33, R3R3=1,59, R3R4=0,30, R4R4=0,51;
при P1>P2 прогнозируют низкий риск, а при P1<P2 прогнозируют высокий риск развития ЯБ. A method for early prediction of duodenal ulcer development in Caucasians of the Republic of Khakassia involves the extraction of DNA from venous blood lymphocytes and the detection of the CC AA genotype of the +3953 polymorphism of the IL-1β gene by restriction fragment length polymorphism and R2R2 IL-1Ra VNTR in patients carrying s1s2 vacAoriob genotype polymerase chain reaction method;
established risk factors are assigned gradations (A1-A2) and numerical values; then determine the prognostic factors P1, P2 according to the formulas
P1 = -1.54 + 0.57 * A1 + 0.53 * A2,
P2 = 0.21 + 1.77 * A1 + 1.70 * A2,
where A1 is the genotype of the C + 3953T polymorphism of the IL-1β gene: TT = 0.44, TC = 0.51, CC = 2.63;
A2 - ILN-1Ra VNTR gene polymorphism genotype: R2R2 = 1.74, R2R3 = 8.08, R2R4 = 1.33, R3R3 = 1.59, R3R4 = 0.30, R4R4 = 0.51;
with P1> P2, a low risk is predicted, and with P1 <P2, a high risk of developing ulcer is predicted.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2013144061/15A RU2542459C1 (en) | 2013-09-30 | 2013-09-30 | Early diagnostic technique for duodenal ulcer in khakass caucasians by molecular genetic testing |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2013144061/15A RU2542459C1 (en) | 2013-09-30 | 2013-09-30 | Early diagnostic technique for duodenal ulcer in khakass caucasians by molecular genetic testing |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2542459C1 true RU2542459C1 (en) | 2015-02-20 |
Family
ID=53289027
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2013144061/15A RU2542459C1 (en) | 2013-09-30 | 2013-09-30 | Early diagnostic technique for duodenal ulcer in khakass caucasians by molecular genetic testing |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2542459C1 (en) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2652275C2 (en) * | 2016-07-27 | 2018-04-25 | Ольга Анатольевна Курамшина | Method for predicting early development of duodenal ulcer |
| RU2782304C1 (en) * | 2022-02-11 | 2022-10-25 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Method for predicting the risk of developing duodenal ulcer based on molecular genetic testing |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2150705C1 (en) * | 1999-07-07 | 2000-06-10 | Васильева Лариса Ивановна | Method for predicting gastroduodenal pathology development course severity |
-
2013
- 2013-09-30 RU RU2013144061/15A patent/RU2542459C1/en active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2150705C1 (en) * | 1999-07-07 | 2000-06-10 | Васильева Лариса Ивановна | Method for predicting gastroduodenal pathology development course severity |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| Garcia-Gonzalez MA. No allelic variant associations of the IL-1 and TNF gene polymorphisms in the susceptibility to duodenal ulcer disease. Int J Immunogenet. 2005 Oct;32(5):299-306. Найдено в БД PubMed, PMID:16164697. Qiao W. et al. cagA and vacA genotype of Helicobacter pylori associated with gastric diseases in Xi'an area. World J Gastroenterol. 2003 Aug;9(8):1762-6. Найдено в БД PubMed, PMID:12918116. Габбасова Л.В. КЛИНИКО-ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ЯЗВЕННОЙ БОЛЕЗНИ ДВЕНАДЦАТИПЕРСТНОЙ КИШКИ. Автореф. дисс. к.м.н., Ижевск, 2013 * |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2652275C2 (en) * | 2016-07-27 | 2018-04-25 | Ольга Анатольевна Курамшина | Method for predicting early development of duodenal ulcer |
| RU2782304C1 (en) * | 2022-02-11 | 2022-10-25 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Method for predicting the risk of developing duodenal ulcer based on molecular genetic testing |
| RU2782496C1 (en) * | 2022-02-16 | 2022-10-28 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Method for predicting the risk of developing h. pylori-positive duodenal ulcer using data on mmp-9 gene polymorphism |
| RU2819776C1 (en) * | 2023-10-26 | 2024-05-24 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Method for prediction of risk of helicobacter pylori-positive gastric ulcer and duodenal ulcer on basis of molecular-genetic testing |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Dei-Cas et al. | Metagenomic analysis of gut microbiota in non-treated plaque psoriasis patients stratified by disease severity: development of a new Psoriasis-Microbiome Index | |
| Henckaerts et al. | Genetic risk profiling and prediction of disease course in Crohn's disease patients | |
| US9902998B2 (en) | Non-invasive diagnostic method for diagnosing bladder cancer | |
| JP2020162615A (en) | Diagnostic for sepsis | |
| US20100015156A1 (en) | Diagnosis of inflammatory bowel disease in children | |
| Wapenaar et al. | The interferon gamma gene in celiac disease: augmented expression correlates with tissue damage but no evidence for genetic susceptibility | |
| Zilbauer et al. | Intestinal alpha-defensin expression in pediatric inflammatory bowel disease | |
| Chung et al. | Dual-priming oligonucleotide-based multiplex PCR using tissue samples in rapid urease test in the detection of Helicobacter pylori infection | |
| Sikander et al. | Association of serotonin transporter promoter polymorphism (5-HTTLPR) with microscopic colitis and ulcerative colitis | |
| Nelson et al. | The impact of NOD2 genetic variants on the gut mycobiota in Crohn’s disease patients in remission and in individuals without gastrointestinal inflammation | |
| Hnatyszyn et al. | Association of c. 802C> T polymorphism of NOD2/CARD15 gene with the chronic gastritis and predisposition to cancer in H. pylori infected patients | |
| Wurm et al. | Qualitative and quantitative DNA-and RNA-based analysis of the bacterial stomach microbiota in humans, mice, and gerbils | |
| Chung et al. | Dual-priming oligonucleotide-based multiplex PCR using tissue samples from the rapid urease test kit for the detection of Helicobacter pylori in bleeding peptic ulcers | |
| Xiong et al. | Epigenetic alterations of a novel antioxidant gene SLC22A3 predispose susceptible individuals to increased risk of esophageal cancer | |
| Liu et al. | IBD-associated Atg16L1T300A polymorphism regulates commensal microbiota of the intestine | |
| EP3250710B1 (en) | Host dna as a biomarker of crohn's disease | |
| US20140342919A1 (en) | Markers related to age-related macular degeneration and uses therefor | |
| Hussein | A study of Helicobacter pylori outer-membrane proteins (hom) A and B in Iraq and Turkey | |
| US20060003350A1 (en) | Methods and compositions to detect bacteria using multiplex PCR | |
| Vilaichone et al. | Gastric mucosal cytokine levels in relation to host interleukin-1 polymorphisms and Helicobacter pylori cagA genotype | |
| Elling et al. | The FUT2 variant c. 461G> A (p. Trp154*) is associated with differentially expressed genes and nasopharyngeal microbiota shifts in patients with otitis media | |
| RU2542459C1 (en) | Early diagnostic technique for duodenal ulcer in khakass caucasians by molecular genetic testing | |
| Diederen et al. | Detection and quantification of Legionella pneumophila DNA in serum: case reports and review of the literature | |
| Bachtiar et al. | ACE2 expression in saliva of patients with COVID-19 and its association with Candida albicans and Aggregatibacter actinomycetemcomitans | |
| KR20220162647A (en) | Composition for predicting or diagnosing colon cancer comprising strain detection agent of Lactobacillus murinus and Bacteroides vulgatus |