RU2422523C1 - Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke - Google Patents

Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke Download PDF

Info

Publication number
RU2422523C1
RU2422523C1 RU2010115973/10A RU2010115973A RU2422523C1 RU 2422523 C1 RU2422523 C1 RU 2422523C1 RU 2010115973/10 A RU2010115973/10 A RU 2010115973/10A RU 2010115973 A RU2010115973 A RU 2010115973A RU 2422523 C1 RU2422523 C1 RU 2422523C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
stroke
snp41
allele
application
gene
Prior art date
Application number
RU2010115973/10A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Елена Александровна Бондаренко (RU)
Елена Александровна Бондаренко
Татьяна Викторовна Тупицына (RU)
Татьяна Викторовна Тупицына
Николай Анатольевич Шамалов (RU)
Николай Анатольевич Шамалов
Ирма Мухамедовна Шетова (RU)
Ирма Мухамедовна Шетова
Вероника Игоревна Скворцова (RU)
Вероника Игоревна Скворцова
Татьяна Васильевна Наседкина (RU)
Татьяна Васильевна Наседкина
Александр Сергеевич Заседателев (RU)
Александр Сергеевич Заседателев
Петр Андреевич Сломинский (RU)
Петр Андреевич Сломинский
Светлана Андреевна Лимборская (RU)
Светлана Андреевна Лимборская
Original Assignee
Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Российский государственный медицинский университет Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию (ГОУ ВПО РГМУ Росздрава)
Российская Федерация, От Имени Которой Выступает Министерство Образования И Науки Российской Федерации
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Российский государственный медицинский университет Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию (ГОУ ВПО РГМУ Росздрава), Российская Федерация, От Имени Которой Выступает Министерство Образования И Науки Российской Федерации filed Critical Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Российский государственный медицинский университет Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию (ГОУ ВПО РГМУ Росздрава)
Priority to RU2010115973/10A priority Critical patent/RU2422523C1/en
Application granted granted Critical
Publication of RU2422523C1 publication Critical patent/RU2422523C1/en

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

FIELD: medicine.
SUBSTANCE: invention refers to biotechnology, and concerns allele A SNP41 of gene PDE4D, and also its application as a diagnostic marker for estimation of individual propensity for stroke in the Russian population.
EFFECT: invention allows diagnosing propensity for stroke in the Russian population, and enables well-timed and adequate prescription of the required drugs.
4 cl, 1 tbl

Description

Изобретение относится к биотехнологии и касается аллеля гена PDE4D, а именно SNP41.The invention relates to biotechnology and relates to an allele of the PDE4D gene, namely SNP41.

Сосудистые заболевания головного мозга и, в частности, инсульт, - одна из наиболее важных и актуальных медицинских проблем нашего общества. Широкое распространение инсульта, высокий процент смертности и тяжелой инвалидизации определяют приоритетность исследований в области изучения патогенеза развития этого заболевания.Vascular diseases of the brain and, in particular, stroke, are one of the most important and urgent medical problems of our society. The widespread occurrence of stroke, a high percentage of mortality and severe disability determine the priority of research in the study of the pathogenesis of the development of this disease.

Инсульт - это острое нарушение мозгового кровообращения, приводящее к повреждению ткани головного мозга и расстройству его функций. Согласно международным эпидемиологическим исследованиям в мире от инсульта ежегодно умирают 4,7 миллионов человек. В нашей стране инсульт занимает второе место в структуре общей смертности, уступая лишь кардиоваскулярной патологии. Ежегодная смертность от инсульта в России - одна из самых высоких в мире (175 человек на 100 000 населения). 80% из выживших после инсульта больных становятся инвалидами, у 50% наступает повторный инсульт в последующие 5 лет жизни.Stroke is an acute violation of cerebral circulation, leading to damage to brain tissue and the disruption of its functions. According to international epidemiological studies in the world, 4.7 million people die every year from a stroke. In our country, stroke ranks second in the structure of total mortality, second only to cardiovascular pathology. The annual mortality from stroke in Russia is one of the highest in the world (175 people per 100,000 population). 80% of patients who survived after a stroke become disabled, 50% have a second stroke in the next 5 years of life.

В настоящее время в изучении генетической предрасположенности инсульта, равно как и других мультифакторных заболеваний, используется анализ генетических ассоциаций, с помощью которого проводится изучение кандидатных генов, участвующих в формировании основных факторов риска сосудистой патологии. В последние несколько лет анализ генетических ассоциаций используется и для изучения аспектов индивидуальной чувствительности мозга к ишемическому повреждению и возможному прогнозированию течения и исхода заболевания.Currently, in the study of the genetic predisposition of stroke, as well as other multifactorial diseases, an analysis of genetic associations is used, with the help of which the study of candidate genes involved in the formation of the main risk factors for vascular pathology is carried out. In the past few years, an analysis of genetic associations has also been used to study aspects of the individual sensitivity of the brain to ischemic damage and the possible prediction of the course and outcome of the disease.

Ген PDE4D кодирует фософодиэстеразу 4Д, которая относится к PDE4-семейству суперсемейства фосфодиэстераз и участвует в избирательном гидролизе цАМФ и цГМФ. Известно, что уменьшение уровня цАМФ приводит к усилению пролиферации и миграции сосудистых гладкомышечных клеток in vitro. Такие процессы, как известно, приводят к образованию фиброзной бляшки [Fukumoto S. и соавт., 1999; Houslay M.D. и соавт., 2003; Pan X. и соавт., 1994; Palmer D. и соавт., 1998].The PDE4D gene encodes 4D phosphosodiesterase, which belongs to the PDE4 family of the phosphodiesterase superfamily and is involved in the selective hydrolysis of cAMP and cGMP. It is known that a decrease in cAMP leads to increased proliferation and migration of vascular smooth muscle cells in vitro. Such processes are known to lead to the formation of fibrous plaque [Fukumoto S. et al., 1999; Houslay M.D. et al., 2003; Pan X. et al., 1994; Palmer D. et al., 1998].

Кроме того, на модельных животных было показано, что применение антагонистов PDE4 ингибирует пролиферацию данного типа клеток [Indolfi С. и соавт., 1997; Indolfi С. и соавт., 2000]. Ген PDE4D также экспрессируется в активированных макрофагах и, следовательно, PDE4D может принимать участие в процессе воспаления в атеросклеротической бляшке. Таким образом, фосфодиэстераза 4D может быть вовлечена или в процесс атерогенеза или нестабильности атеросклеротичекой бляшки, или в оба процесса [Lusis A.J. и соавт., 2000; Libby P., 2002; Naghavi М. и соавт., 2003].In addition, model animals have been shown that the use of PDE4 antagonists inhibits the proliferation of this type of cell [Indolfi C. et al., 1997; Indolfi S. et al., 2000]. The PDE4D gene is also expressed in activated macrophages and, therefore, PDE4D can be involved in the inflammation process in atherosclerotic plaque. Thus, phosphodiesterase 4D can be involved either in the process of atherogenesis or instability of the atherosclerotic plaque, or in both processes [Lusis A.J. et al., 2000; Libby P., 2002; Naghavi, M. et al., 2003].

Ген PDE4D размером 1600 тпн состоит из 22 экзонов и имеет, по крайней мере, 7 промоторов. В результате альтернативного сплайсинга или использования определенных промоторов этот ген может экспрессировать как минимум 8 функционально различных изоформ белка: 2 короткие формы (PDE4D1 и PDE4D2) и 6 длинных (PDE4D3,4,5,7,8 и 9) [Munshi A., Kaul S. Stroke genetics - focus on PDE4D gene // Int. J. Stroke. 2008. V.3. № 3. P.188-192]. Все изоформы имеют одинаковый С-концевой каталитический домен и отличаются по структуре N-концевого домена. Разные варианты PDE4D экспрессируются во многих типах клеток и тканей различных органов, включая мозг, легкие, почки, моноциты, В и Т лимфоциты и сосудистые гладкомышечные клетки [Szpirer С. и соавт., 1995; Bevan S. и соавт., 2004].The 1600 kb PDE4D gene consists of 22 exons and has at least 7 promoters. As a result of alternative splicing or the use of specific promoters, this gene can express at least 8 functionally different protein isoforms: 2 short forms (PDE4D1 and PDE4D2) and 6 long (PDE4D3,4,5,7,8 and 9) [Munshi A., Kaul S. Stroke genetics - focus on PDE4D gene // Int. J. Stroke. 2008. V.3. No. 3. P.188-192]. All isoforms have the same C-terminal catalytic domain and differ in the structure of the N-terminal domain. Different variants of PDE4D are expressed in many types of cells and tissues of various organs, including the brain, lungs, kidneys, monocytes, B and T lymphocytes and vascular smooth muscle cells [Szpirer C. et al., 1995; Bevan S. et al., 2004].

Ранее в уровне техники на линиях EBV-трансформированных В-лимфоцитов было показано, что у больных инсультом значительно понижен уровень тотальной мРНК PDE4D по сравнению с контрольной группой. Эта разница возникала вследствие более низкой экспрессии мРНК изоформ PDE4D1, PDE4D2 и PDE4D5 [Gretarsdottir S., Thorleifsson G., Reynisdottir S.T. et al. The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke // Nature Genetics. 2003. V.35. № 2. P.131-138]. Пока не выяснено, как пониженный уровень определенных изоформ фермента фосфодиэстеразы 4D участвует в патогенезе инсульта. По одной из гипотез снижение уровня экспрессии одной или нескольких изоформ фосфодиэстеразы 4D или изменение их баланса в результате нарушения регуляции экспрессии или сплайсинга увеличивает риск развития ишемического инсульта [Bersano A., Ballabio E., Bresolin N. et al. Genetic polymorphisms for the study of multifactorial stroke // Hum. Mutat. 2008. V.29. № 6. P.776-795}.Previously, in the prior art, on the lines of EBV-transformed B-lymphocytes, it was shown that in patients with stroke, the level of total PDE4D mRNA was significantly reduced compared with the control group. This difference occurred due to lower expression of mRNA isoforms PDE4D1, PDE4D2 and PDE4D5 [Gretarsdottir S., Thorleifsson G., Reynisdottir S.T. et al. The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke // Nature Genetics. 2003. V.35. No. 2. P.131-138]. It has not yet been clarified how a reduced level of certain isoforms of the phosphodiesterase 4D enzyme is involved in the pathogenesis of stroke. According to one hypothesis, a decrease in the expression level of one or more isoforms of phosphodiesterase 4D or a change in their balance as a result of dysregulation of expression or splicing increases the risk of developing ischemic stroke [Bersano A., Ballabio E., Bresolin N. et al. Genetic polymorphisms for the study of multifactorial stroke // Hum. Mutat. 2008. V.29. No. 6. P.776-795}.

В гене PDE4D было обнаружено 260 однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП). Gretarsdottir S. et al. определили 3 гаплоблока A, B и C, охватывающих первые 3 экзона гена PDE4D и прилежащие к ним участки: гаплоблок A (экзоны D7-3 и D7-2, 300 тпн, содержит 19 ОНП с MAF>20%), гаплоблок B (первый экзон D7-1, 200 тпн, содержит 22 ОНП с MAF>20%) и гаплоблок С (примыкает к гаплоблоку B, 60 тнп, содержит 25 ОНП с MAF>20%) [Gretarsdottir S., Thorleifsson G., Reynisdottir S.T. et al. The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke // Nature Genetics. 2003. V.35. № 2. P.131-138].In the PDE4D gene, 260 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected. Gretarsdottir S. et al. 3 haploblocks A, B and C were identified, covering the first 3 exons of the PDE4D gene and adjacent areas: haploblock A (exons D7-3 and D7-2, 300 bp, contains 19 SNPs with MAF> 20%), haploblock B (first exon D7-1, 200 bp, contains 22 SNPs with MAF> 20%) and haploblock C (adjacent to haploblock B, 60 bp, contains 25 SNPs with MAF> 20%) [Gretarsdottir S., Thorleifsson G., Reynisdottir ST et al. The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke // Nature Genetics. 2003. V.35. No. 2. P.131-138].

Положительные ассоциации между ОНП в гене PDE4D и инсультом были показаны на некоторых выборках из различных неевропейских стран, таких как США (для SNP56, гаплоблок B), Пакистан (для SNP83, гаплоблок A), Япония (для SNP83) и Австралия (для SNP83, SNP87 и SNP89, гаплоблок A). Эти результаты не удалось воспроизвести в Европе, где только van Rijn et al. сообщили о положительной ассоциации в небольшой популяции в Нидерландах (для SNP39 и SNP45, гаплоблок В) [Gulcher J.R., Gretarsdottir S., Helgadottir A. et al. Genes contributing to risk for common forms of stroke // Trends Mol. Med. 2005. V.11. № 5. P.217-224]. Gretarsdottir S. и др. показали, что SNP41 (гаплоблок B) и SNP87 (гаплоблок А) ассоциированы с кардиоэмболическим и атеросклеротическим инсультом в исландской популяции [Gretarsdottir S., Thorleifsson G., Reynisdottir S.T. et al. The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke // Nature Genetics. 2003. V.35. № 2. Р.131-138]. Кроме того, не было найдено ассоциаций между ОНП, входящих в состав гаплоблока C, с риском развития инсульта. Таким образом, имеются противоречивые данные об ассоциации гена PDE4D с риском развития данного заболевания.Positive associations between SNPs in the PDE4D gene and stroke have been shown in some samples from various non-European countries, such as the USA (for SNP56, haploblock B), Pakistan (for SNP83, haploblock A), Japan (for SNP83) and Australia (for SNP83, SNP87 and SNP89, hapoblock A). These results could not be reproduced in Europe, where only van Rijn et al. reported a positive association in a small population in the Netherlands (for SNP39 and SNP45, haploblock B) [Gulcher J.R., Gretarsdottir S., Helgadottir A. et al. Genes contributing to risk for common forms of stroke // Trends Mol. Med. 2005. V.11. No. 5. P.217-224]. Gretarsdottir S. et al. Showed that SNP41 (haploblock B) and SNP87 (haploblock A) are associated with cardioembolic and atherosclerotic stroke in the Icelandic population [Gretarsdottir S., Thorleifsson G., Reynisdottir S.T. et al. The gene encoding phosphodiesterase 4D confers risk of ischemic stroke // Nature Genetics. 2003. V.35. No. 2. R.131-138]. In addition, no associations were found between the SNPs that make up haploblock C with a risk of stroke. Thus, there is conflicting data on the association of the PDE4D gene with the risk of developing this disease.

В связи с этим представляет интерес анализ полиморфизма гена PDE4D у больных инсультом в остром периоде.In this regard, it is of interest to analyze the PDE4D gene polymorphism in patients with stroke in the acute period.

Задачей изобретения является идентификация аллеля гена PDE4D, который отвечает за предрасположенность к инсульту, и его применение для диагностики повышенного риска возникновения инсульта.The objective of the invention is the identification of the allele of the PDE4D gene, which is responsible for the susceptibility to stroke, and its use for the diagnosis of an increased risk of stroke.

Для решения поставленной задачи проводили анализ двух однонуклеотидных полиморфизмов - SNP41 (rsl52312) и SNP87 (rs2910829), которые относятся к разным гаплогруппам (гаплоблок А и гаплоблок В соответственно) у больных с острым инсультом (n=577, средний возраст 67±12,6) г. Москвы и в контрольной выборке (n=270, средний возраст 51,7±9,1), соответствующей ей по полу и этнической принадлежности. Подбор и клиническое обследование пациентов проводили на кафедре фундаментальной и клинической неврологии РГМУ на базе ГКБ № 31 г.Москвы. Взятие крови производилось на вторые или третьи сутки от момента наступления инсульта.To solve this problem, we analyzed two single nucleotide polymorphisms - SNP41 (rsl52312) and SNP87 (rs2910829), which belong to different haplogroups (haploblock A and haploblock B, respectively) in patients with acute stroke (n = 577, mean age 67 ± 12.6 ) in Moscow and in the control sample (n = 270, average age 51.7 ± 9.1), corresponding to it by gender and ethnicity. Selection and clinical examination of patients was carried out at the Department of Fundamental and Clinical Neurology of the Russian State Medical University on the basis of City Clinical Hospital No. 31 in Moscow. Blood was taken on the second or third day from the onset of the stroke.

Возможно экстраполировать результаты, полученные на московской субпопуляции на всю русскую популяцию, так как московская субпопуляция не является изолированной, а напротив, содержит в себе представителей всех русских субполуляций.It is possible to extrapolate the results obtained in the Moscow subpopulation to the entire Russian population, since the Moscow subpopulation is not isolated, but, on the contrary, contains representatives of all Russian subpopulations.

Для молекулярно-генетического анализа были использованы препараты ДНК, полученные из 3 мл венозной крови. ДНК выделяли при помощи AxyPrep™ Blood Genomic DNA Midiprep kit ("Axygen Biosciences", США). Полиморфные аллели гена PDE4D были исследованы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (технология TaqMan). ПЦР проводили на амплификаторе Мх3000р фирмы "Stratagene". Смесь для амплификации объемом 25 мкл содержала 2,5 мкл 10-кратного ПЦР буфера ("Синтол", Россия); 2,5 мкл 25 мМ MgCl2, 2,5 мкл 2,5 мМ раствора dNTPs (dATP, dCTP, dGTP, dTTP); 10 пМ каждого праймера; 4 пМ каждого зонда; 1,25 ед. HotTaq-полимеразы ("Синтол", Россия); 0,1-0,2 мкг геномной ДНК и деионизированной воды до 25 мкл. Процесс амплификации проводился при следующих температурных условиях: 3 мин деконтаминация при 50°C, 10 мин денатурация при 95°C, а затем 40 циклов в режиме: 95°C - 15 сек, 58°C (для SNP87) или 56°C (для SNP41) - 50 сек. Последовательности праймеров и зондов приведены в [Hsieh M.-S., Yu S.-C., Chung W.-T. et al. Phosphodiesterase 4D (PDE4D) gene variants and risk of ischemic stroke in the Taiwanese population // Lab. Medicine. 2009. V.40. №2. P.87-90].For molecular genetic analysis, DNA preparations obtained from 3 ml of venous blood were used. DNA was isolated using the AxyPrep ™ Blood Genomic DNA Midiprep kit (Axygen Biosciences, USA). Polymorphic alleles of the PDE4D gene were studied by real-time polymerase chain reaction (TaqMan technology). PCR was performed on a Stratagene MX3000r amplifier. The amplification mixture with a volume of 25 μl contained 2.5 μl of 10-fold PCR buffer (Syntol, Russia); 2.5 μl of 25 mM MgCl 2 , 2.5 μl of a 2.5 mM dNTPs solution (dATP, dCTP, dGTP, dTTP); 10 pM of each primer; 4 pM of each probe; 1.25 units HotTaq polymerase (Syntol, Russia); 0.1-0.2 μg of genomic DNA and deionized water up to 25 μl. The amplification process was carried out under the following temperature conditions: 3 min decontamination at 50 ° C, 10 min denaturation at 95 ° C, and then 40 cycles in the mode: 95 ° C - 15 sec, 58 ° C (for SNP87) or 56 ° C ( for SNP41) - 50 sec. The sequences of primers and probes are given in [Hsieh M.-S., Yu S.-C., Chung W.-T. et al. Phosphodiesterase 4D (PDE4D) gene variants and risk of ischemic stroke in the Taiwanese population // Lab. Medicine 2009. V.40. No. 2. P.87-90].

Статистическая обработка полученных данных проводилась с использованием программы GraphPad InStat (США) (http://www. graphpad. corn/), с помощью которой проверяли соответствие наблюдаемого распределения частот генотипов формуле Харди-Вайнберга и величину относительного риска (ОР). Достоверность различий частот аллелей и генотипов полиморфных локусов в сравниваемых группах определяли с помощью критерия χ2. Сравнение частот генотипов проводили с использованием таблиц сопряжения 2×3, а частот аллелей и объединенных генотипов - с использованием таблиц сопряжения 2×2. Достоверным считали уровень значимости p<0,05.Statistical processing of the obtained data was carried out using the GraphPad InStat program (USA) (http://www.graphpad. corn /), with the help of which the correspondence of the observed frequency distribution of genotypes to the Hardy-Weinberg formula and the relative risk (RR) were checked. The significance of differences in the frequencies of alleles and genotypes of polymorphic loci in the compared groups was determined using the χ 2 criterion. The frequencies of genotypes were compared using 2 × 3 conjugation tables, and the alleles and combined genotypes frequencies were used using 2 × 2 conjugation tables. Significantly, a significance level of p <0.05 was considered.

Результаты генотипирования полиморфизмов SNP87 (С→Т) и SNP41 (G→A) представлены в табл.1. Распределение частот генотипов и аллелей в контрольной группе по обоим ОНП соответствует закону Харди-Вайнберга (χ2=0,73, 0,00; p=0,69, 1,00 соответственно).The results of genotyping of SNP87 (C → T) and SNP41 (G → A) polymorphisms are presented in Table 1. The distribution of the frequencies of genotypes and alleles in the control group for both SNPs corresponds to the Hardy-Weinberg law (χ 2 = 0.73, 0.00; p = 0.69, 1.00, respectively).

Из табл.1 видно, что нет статистически достоверных различий между распределением частот генотипов и аллелей по полиморфизму SNP87 между исследуемыми группами. Частоты генотипа СС в группе больных острым инсультом и в контрольной выборке составляют 19,9% и 18,9% соответственно, генотипа СТ - 53,6% и 53,3% соответственно, генотипа ТТ - 26,5% и 28,1% соответственно. Так, частота минорного аллеля С составляет 46,7% и 45,4% в группе больных острым инсультом и контрольной выборке соответственно.Table 1 shows that there are no statistically significant differences between the frequency distribution of genotypes and alleles by SNP87 polymorphism between the studied groups. The frequencies of the SS genotype in the group of patients with acute stroke and in the control sample are 19.9% and 18.9%, respectively, CT genotype - 53.6% and 53.3%, respectively, TT genotype - 26.5% and 28.1% respectively. So, the frequency of the minor allele C is 46.7% and 45.4% in the group of patients with acute stroke and the control sample, respectively.

Частоты генотипа GG по полиморфизму SNP41 составляют 77,8% и 85,2% в группе больных с острым инсультом и контрольной выборке соответственно (p=0,04), т.е. в контрольной выборке частота генотипа GG на 7,4% выше, чем в группе больных с острым инсультом. В выборке больных с острым инсультом в 2,3 раза повышена частота генотипа АА. Частота аллеля G также выше в контрольной группе на 4,1% (p=0,014). В выборке больных с острым инсультом носители аллеля А (лица с генотипами GA и АА) встречаются с частотой 22,2%, тогда как в контрольной группе с частотой 14,8% (p=0,02).The frequencies of the GG genotype for SNP41 polymorphism are 77.8% and 85.2% in the group of patients with acute stroke and the control sample, respectively (p = 0.04), i.e. in the control sample, the frequency of the GG genotype is 7.4% higher than in the group of patients with acute stroke. In the sample of patients with acute stroke, the frequency of the AA genotype was increased 2.3 times. The frequency of the G allele is also higher in the control group by 4.1% (p = 0.014). In the sample of patients with acute stroke, carriers of the allele A (individuals with genotypes GA and AA) are found with a frequency of 22.2%, while in the control group with a frequency of 14.8% (p = 0.02).

Основываясь на полученных данных, можно утверждать, что аллель А SNP41 и генотипы, его содержащие, ассоциированы с повышенным риском развития острого инсульта в московской субпопуляции. Относительный риск развития инсульта у лиц с генотипами АА и GA повышен в 1,6 раза (OR=1,639; 95% ДИ от 1,1 до 2,4). Таким образом, полиморфизм SNP41 в гене PDE4D, обусловленный заменой G→A, ассоциирован с риском развития острого инсульта в русской популяции.Based on the data obtained, it can be argued that the SNP41 allele A and the genotypes containing it are associated with an increased risk of acute stroke in the Moscow subpopulation. The relative risk of stroke in individuals with genotypes AA and GA is increased 1.6 times (OR = 1.639; 95% CI from 1.1 to 2.4). Thus, the SNP41 polymorphism in the PDE4D gene due to the G → A substitution is associated with the risk of acute stroke in the Russian population.

SNP41 расположен в некодирующей области гена PDE4D, фланкирующей экзон D7-1. Возможно, что не сам SNP41 вносит вклад в увеличение риска развития инсульта, а находится в неравновесии по сцеплению с аллелем риска, и значения неравновесия по сцеплению этих локусов могут различаться между популяциями.SNP41 is located in the non-coding region of the PDE4D gene flanking exon D7-1. It is possible that not SNP41 itself contributes to an increased risk of stroke, but is in disequilibrium in linkage with the risk allele, and the values of disequilibrium in linkage of these loci may vary between populations.

Таким образом, представленные примеры достоверно демонстрируют возможность использования молекулярно-генетической диагностики по полиморфному варианту SNP41 гена PDE4D в качестве молекулярно-генетического маркера индивидуальной предрасположенности к инсульту в русской популяции с целью выявления группы риска и соответственно возможности использовать указанный ген в способе прогнозирования предрасположенности к инсульту.Thus, the presented examples reliably demonstrate the possibility of using molecular genetic diagnostics for the polymorphic variant SNP41 of the PDE4D gene as a molecular genetic marker of an individual predisposition to stroke in the Russian population in order to identify risk groups and, accordingly, the ability to use this gene in the method for predicting a predisposition to stroke.

Таблица 1.Table 1. Сравнительный анализ генотипов и аллелей гена PDE4D гена PDE4D по полиморфизмам SNP87 и SNP41 у больных с острым инсультом и в контрольной выборкеComparative analysis of genotypes and alleles of the PDE4D gene of the PDE4D gene by SNP87 and SNP41 polymorphisms in patients with acute stroke and in the control sample Генотип, аллельGenotype, allele Острый инсультAcute stroke КонтрольThe control PP NN Частота %Frequency% NN Частота %Frequency% SNP87SNP87 С/СC / S 115115 19,919.9 5151 18,918.9 0,84*0.84 * С/ТC / T 309309 53,653.6 143143 53,353.3 0,84*0.84 * T/TT / T 153153 26,526.5 7676 28,128.1 0,84*0.84 * C/Т+Т/ТC / T + T / T 462462 80,180.1 219219 81,481.4 0,79**0.79 ** СFROM 539539 46,746.7 245245 45,445.4 0,86***0.86 *** ТT 615615 53,353.3 295295 54,654.6 0,86***0.86 *** SNP41SNP41 G/GG / g 449449 77,877.8 230230 85,285,2 0,04*0.04 * G/AG / a 119119 20,620.6 3838 14,114.1 0,04*0.04 * А/АA / A 99 1,61,6 22 0,70.7 0,04*0.04 * G/A+А/АG / A + A / A 128128 22,222.2 4040 14,814.8 0,02**0,02 ** GG 10171017 88,188.1 498498 92,292.2 0,014***0.014 *** АBUT 137137 11,911.9 4242 7,87.8 0,014***0.014 *** • - рассчитывали с использованием программы GraphPad InStat для таблиц сопряжения 2×3
• **, *** - рассчитывали с использованием программы GraphPad InStat для таблиц сопряжения
• - calculated using the GraphPad InStat program for 2 × 3 pairing tables
• **, *** - calculated using GraphPad InStat program for pairing tables

Claims (4)

1. Аллель SNP41 гена PDE4D, представляющий собой молекулярно-генетический маркер индивидуальной предрасположенности к инсульту в русской популяции.1. The SNP41 allele of the PDE4D gene, which is a molecular genetic marker of an individual stroke susceptibility in the Russian population. 2. Применение аллеля SNP41 гена PDE4D для прогнозирования индивидуальной предрасположенности к инсульту в русской популяции.2. The use of the SNP41 allele of the PDE4D gene to predict an individual predisposition to stroke in the Russian population. 3. Применение аллеля SNP41 гена PDE4D в качестве молекулярно-генетического маркера индивидуальной предрасположенности к инсульту в русской популяции.3. The use of the SNP41 allele of the PDE4D gene as a molecular genetic marker of an individual predisposition to stroke in the Russian population. 4. Способ прогнозирования индивидуальной предрасположенности к инсульту в русской популяции, включающий анализ полиморфизма гена PDE4D на наличие аллеля А SNP41, в случае выявления наличия указанного варианта аллеля прогнозируется предрасположенность к инсульту. 4. A method for predicting an individual predisposition to stroke in the Russian population, including the analysis of the polymorphism of the PDE4D gene for the presence of the SNP41 allele A, in the event of the presence of the indicated variant of the allele, a predisposition to stroke is predicted.
RU2010115973/10A 2010-04-22 2010-04-22 Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke RU2422523C1 (en)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2010115973/10A RU2422523C1 (en) 2010-04-22 2010-04-22 Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2010115973/10A RU2422523C1 (en) 2010-04-22 2010-04-22 Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2422523C1 true RU2422523C1 (en) 2011-06-27

Family

ID=44739178

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2010115973/10A RU2422523C1 (en) 2010-04-22 2010-04-22 Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2422523C1 (en)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2612630C2 (en) * 2014-09-17 2017-03-09 Федеральное бюджетное учреждение науки "Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) Method for determination of individual genetic risk for ischemic stroke
RU2679635C1 (en) * 2018-08-15 2019-02-12 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") Method for predicting the risk of developing an ischemic stroke, taking into account genetic and medium factors

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BERSANO A., BALLABIO Е., BRESOLIN N. et al. Genetic polymorphisms for the study of multifactorial stroke // Hum. Mutat. 2008, v.29. №6, p.776-795. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2612630C2 (en) * 2014-09-17 2017-03-09 Федеральное бюджетное учреждение науки "Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) Method for determination of individual genetic risk for ischemic stroke
RU2679635C1 (en) * 2018-08-15 2019-02-12 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") Method for predicting the risk of developing an ischemic stroke, taking into account genetic and medium factors

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Kondo-Iida et al. Novel mutations and genotype-phenotype relationships in 107 families with Fukuyama-type congenital muscular dystrophy (FCMD)
Pottier et al. TREM2 R47H variant as a risk factor for early-onset Alzheimer's disease
Vilariño-Güell et al. VPS35 mutations in Parkinson disease
Meisinger et al. A genome-wide association study identifies three loci associated with mean platelet volume
Gao et al. A polymorphism of matrix Gla protein gene is associated with kidney stones
Kalay et al. Mutations in the lipoma HMGIC fusion partner‐like 5 (LHFPL5) gene cause autosomal recessive nonsyndromic hearing loss
Mise et al. TOMM40 and APOE gene expression and cognitive decline in Japanese Alzheimer’s disease subjects
US8206911B2 (en) Identification of the gene and mutation responsible for progressive rod-cone degeneration in dog and a method for testing same
US20060051806A1 (en) Mutations associated with iron disorders
Dubertret et al. Association and excess of transmission of a DRD2 haplotype in a sample of French schizophrenic patients.
Wu et al. Heterozygous HTRA1 missense mutation in CADASIL-like family disease
Miyagishi et al. C–C chemokine receptor 2 gene polymorphism in Japanese patients with multiple sclerosis
Kasamo et al. A PRIMPOL mutation and variants in multiple genes may contribute to phenotypes in a familial case with chronic progressive external ophthalmoplegia symptoms
Allan et al. Gestational diabetes mellitus and gene mutations which affect insulin secretion
RU2422523C1 (en) Allele snp41 of gene pde4d, its application for prediction of individual propensity for stroke in russian population, application of molecular-genetic marker of individual propensity for stroke and method for prediction of individual propensity for stroke
Vitale et al. DRD3 Ser9Gly variant is not associated with essential tremor in a series of Italian patients
WO2014067005A1 (en) Novel marker for mental disorders
Priyadarshi et al. Lack of association between SNP rs 3914132 of the RELN gene and otosclerosis in India
RU2469096C2 (en) Method for detection of genetic predisposition to developing myocarial infarction in individuals with no clinical implications of ischemic heart disease
RU2548784C1 (en) Method for predicting risk of schizophrenia
JP2004528032A (en) Quantitative diagnostic analysis of hypertension
JP2008000096A (en) Evaluation method of urolithiasis onset risk and kit for evaluation of urolithiasis onset risk
WO2003102227A1 (en) Gene expression and multiple sclerosis
US20130065234A1 (en) Method for diagnosing bone and joint disease based on single nucleotide polymorphism in chromosome 10q24
JP2003061677A (en) Sensitive gene of systemic lupus erythematosus and its employment