Claims (67)
1. Способ оценки применимости специфичной для заболевания аминокислотной модификации в пептиде или полипептиде, экспрессированном в больной клетке, для иммунотерапии, причем способ включает определение того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или являются ли они, при презентации в контексте молекул МНС, реактивными в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС.1. A method of assessing the utility of a disease-specific amino acid modification in a peptide or polypeptide expressed in a diseased cell for immunotherapy, the method comprising determining whether the same or different fragments of the peptide or polypeptide containing the disease-specific amino acid modification are presented in the context of MHC molecules different classes and/or whether they, when presented in the context of MHC molecules, are reactive against T cells restricted to different MHC classes.
2. Способ по п. 1, в котором молекулы МНС различных классов представляют собой молекулы МНС класса I и молекулы МНС класса II и/или Т-клетки, рестриктированные по различным классам МНС, представляют собой CD4 +и CD8+ Т клетки.2. The method according to claim 1, in which the MHC molecules of different classes are MHC class I molecules and MHC class II molecules and/or T cells restricted by different MHC classes are CD4 + and CD8 + T cells.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте молекул МНС, в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.3. The method according to claim 1 or 2, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of MHC molecules of different classes and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of MHC molecules, in relation to T cells restricted by various MHC classes, indicates that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
4. Способ оценки применимости специфичной для заболевания аминокислотной модификации в пептиде или полипептиде, экспрессированном в больной клетке, для иммунотерапии, причем способ содержит определение того, является ли фрагмент пептида или полипептида, содержащий специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, реактивным в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы.4. A method for assessing the applicability of a disease-specific amino acid modification in a peptide or polypeptide expressed in a diseased cell for immunotherapy, the method comprising determining whether a fragment of the peptide or polypeptide containing the disease-specific amino acid modification when presented in the context of the same MHC molecule , reactive against T cells having various T cell receptors.
5. Способ по п. 4, в котором различные Т-клеточные рецепторы имеют различные клонотипы.5. The method of claim 4, wherein the different T cell receptors have different clonotypes.
6. Способ по п. 4 или 5, в котором реактивность фрагмента пептида или полипептида, содержащего специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.6. The method of claim 4 or 5, wherein the reactivity of a peptide fragment or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, to T cells having different T cell receptors indicates that that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
7. Способ оценки применимости специфичной для заболевания аминокислотной модификации в пептиде или полипептиде, экспрессированном в больной клетке, для иммунотерапии, причем способ содержит определение того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или являются ли они, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, реактивными в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС.7. A method for assessing the utility of a disease-specific amino acid modification in a peptide or polypeptide expressed in a diseased cell for immunotherapy, the method comprising determining whether the same or different fragments of the peptide or polypeptide containing the disease-specific amino acid modification are presented in the context of different molecules MHC of the same class and/or whether they, when presented in the context of different MHC molecules of the same class, are reactive against different T cells restricted to the same MHC class.
8. Способ по п. 7, в котором различные молекулы МНС одного класса представляют собой различные молекулы МНС класса I и/или различные Т-клетки, рестриктированные по одному классу МНС, представляют собой различные CD8+ Т-клетки.8. The method of claim 7, wherein the different MHC class I molecules are different MHC class I molecules and/or the different MHC class restricted T cells are different CD8+ T cells.
9. Способ по п. 7 или 8, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.9. The method according to claim 7 or 8, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of different MHC molecules of the same class and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification disease amino acid modification, when presented in the context of different MHC molecules of the same class, in relation to different T cells restricted to the same MHC class, indicates that the disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
10. Способ оценки применимости специфичной для заболевания аминокислотной модификации в пептиде или полипептиде, экспрессированном в больной клетке, для иммунотерапии, причем способ включает определение одного или более из следующего:10. A method for assessing the utility of a disease-specific amino acid modification in a peptide or polypeptide expressed in a diseased cell for immunotherapy, the method comprising determining one or more of the following:
(i) определение того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или являются ли они, при презентации в контексте молекул МНС, реактивными в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС,(i) determining whether the same or different peptide or polypeptide fragments containing a disease-specific amino acid modification are presented in the context of different classes of MHC molecules and/or whether they are, when presented in the context of MHC molecules, reactive against T cells, restricted by various MHC classes,
(ii) определение того, является ли фрагмент пептида или полипептида, содержащий специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС реактивным в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, и/или(ii) determining whether a peptide or polypeptide fragment containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, is reactive against T cells having different T cell receptors, and/or
(iii) определение того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или являются ли они, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, реактивными в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС.(iii) determining whether identical or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification are presented in the context of different MHC molecules of the same class and/or whether they, when presented in the context of different MHC molecules of the same class, are reactive against various T cells restricted to one MHC class.
11. Способ по п. 10, в котором молекулы МНС различных классов представляют собой молекулы МНС класса I и молекулы МНС класса II и/или Т-клетки, рестриктированные по различным классам МНС, представляют собой CD4+ и CD8+ Т-клетки.11. The method according to claim 10, wherein the MHC molecules of different classes are MHC class I molecules and MHC class II molecules and/or T cells restricted to different MHC classes are CD4+ and CD8+ T cells.
12. Способ по п. 10 или 11, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте молекул МНС, в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.12. The method according to claim 10 or 11, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of MHC molecules of different classes and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of MHC molecules, in relation to T cells restricted by various MHC classes, indicates that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
13. Способ по любому из пп. 10-12, в котором различные Т-клеточные рецепторы имеют различные клонотипы.13. Method according to any one of paragraphs. 10-12, in which different T cell receptors have different clonotypes.
14. Способ по любому из пп. 10-13, в котором реактивность фрагмента пептида или полипептида, содержащего специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.14. Method according to any one of paragraphs. 10-13, in which the reactivity of a peptide fragment or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, towards T cells having different T-cell receptors indicates that the disease-specific amino acid modification applicable for immunotherapy.
15. Способ по любому из пп. 10-14, в котором различные молекулы МНС одного класса являются различными молекулами МНС класса I и/или различные Т-клетки, рестриктированные по одному классу МНС, являются различными CD8+ Т-клетками.15. Method according to any one of paragraphs. 10-14, in which different MHC molecules of the same class are different MHC class I molecules and/or different T cells restricted to the same MHC class are different CD8+ T cells.
16. Способ по любому из пп. 10-15, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.16. Method according to any one of paragraphs. 10-15, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of different MHC molecules of the same class and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification upon presentation in the context of different MHC molecules of the same class, in relation to different T cells restricted by the same MHC class, indicates that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
17. Способ выбора и/или ранжирования специфичных для заболевания аминокислотных модификаций по их применимости в иммунотерапии, причем способ включает стадии:17. A method for selecting and/or ranking disease-specific amino acid modifications according to their applicability in immunotherapy, the method comprising the steps of:
(i) идентификации пептидов и/или полипептидов, экспрессированных в больных клетках, причем каждый пептид и/или полипептид содержит по меньшей мере одну специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, и(i) identifying peptides and/or polypeptides expressed in diseased cells, each peptide and/or polypeptide containing at least one disease-specific amino acid modification, and
(ii) определения того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или являются ли они, при презентации в контексте молекул МНС, реактивными в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС, и(ii) determining whether identical or different peptide or polypeptide fragments containing a disease-specific amino acid modification are presented in the context of different classes of MHC molecules and/or whether they, when presented in the context of MHC molecules, are T cell reactive, restricted by various MHC classes, and
(iii) повторения стадии (ii) для по меньшей мере одной дополнительной аминокислотной модификации, идентифицированной на стадии (i).(iii) repeating step (ii) for at least one additional amino acid modification identified in step (i).
18. Способ по п. 17, в котором молекулы МНС различных классов представляют собой молекулы МНС класса I и молекулы МНС класса II и/или Т-клетки, рестриктированные по различным классам МНС, представляют собой CD4+ и CD8+ Т клетки.18. The method according to claim 17, wherein the MHC molecules of different classes are MHC class I molecules and MHC class II molecules and/or T cells restricted to different MHC classes are CD4+ and CD8+ T cells.
19. Способ по п. 17 или 18, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте молекул МНС, в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.19. The method according to claim 17 or 18, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of MHC molecules of different classes and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of MHC molecules, in relation to T cells restricted by various MHC classes, indicates that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
20. Способ выбора и/или ранжирования специфичных для заболевания аминокислотных модификаций по их применимости в иммунотерапии, причем способ включает стадии:20. A method for selecting and/or ranking disease-specific amino acid modifications according to their applicability in immunotherapy, the method comprising the steps of:
(i) идентификации пептидов и/или полипептидов, экспрессированных в больных клетках, причем каждый пептид и/или полипептид содержит по меньшей мере одну специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, и(i) identifying peptides and/or polypeptides expressed in diseased cells, each peptide and/or polypeptide containing at least one disease-specific amino acid modification, and
(ii) определения того, является ли фрагмент пептида или полипептида, содержащий специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, реактивным в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, и(ii) determining whether a peptide or polypeptide fragment containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, is reactive against T cells having different T cell receptors, and
(iii) повторения стадии (ii) для по меньшей мере одной дополнительной аминокислотной модификации, идентифицированной на стадии (i).(iii) repeating step (ii) for at least one additional amino acid modification identified in step (i).
21. Способ по п. 20, в котором различные Т-клеточные рецепторы имеют различные клонотипы.21. The method of claim 20, wherein the different T cell receptors have different clonotypes.
22. Способ по п. 20 или 21, в котором реактивность фрагмента пептида или полипептида, содержащего специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.22. The method of claim 20 or 21, wherein the reactivity of a peptide fragment or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, to T cells having different T cell receptors indicates that that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
23. Способ выбора и/или ранжирования специфичных для заболевания аминокислотных модификаций по их применимости в иммунотерапии, причем способ включает стадии:23. A method for selecting and/or ranking disease-specific amino acid modifications according to their applicability in immunotherapy, the method comprising the steps of:
(i) идентификации пептидов и/или полипептидов, экспрессированных в больных клетках, причем каждый пептид и/или полипептид содержит по меньшей мере одну специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, и(i) identifying peptides and/or polypeptides expressed in diseased cells, each peptide and/or polypeptide containing at least one disease-specific amino acid modification, and
(ii) определения того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или являются ли они, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, реактивными в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС, и(ii) determining whether identical or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification are presented in the context of different MHC molecules of the same class and/or whether they, when presented in the context of different MHC molecules of the same class, are reactive against various T cells restricted to one MHC class, and
(iii) повторения стадии (ii) для по меньшей мере одной дополнительной аминокислотной модификации, идентифицированной на стадии (i).(iii) repeating step (ii) for at least one additional amino acid modification identified in step (i).
24. Способ по п. 23, в котором различные молекулы МНС одного класса представляют собой различные молекулы МНС класса I и/или различные Т-клетки, рестриктированные по одному классу МНС, представляют собой различные CD8+ Т-клетки.24. The method of claim 23, wherein the different MHC class I molecules are different MHC class I molecules and/or the different MHC class-restricted T cells are different CD8+ T cells.
25. Способ по п. 23 или 24, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.25. The method of claim 23 or 24, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of different MHC molecules of the same class and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification disease amino acid modification, when presented in the context of different MHC molecules of the same class, in relation to different T cells restricted to the same MHC class, indicates that the disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
26. Способ выбора и/или ранжирования специфических для заболевания модификаций аминокислот по их применимости в иммунотерапии, причем способ включает стадии:26. A method for selecting and/or ranking disease-specific amino acid modifications according to their applicability in immunotherapy, the method comprising the steps of:
(i) идентификации пептидов и/или полипептидов, экспрессированных в больных клетках, причем каждый пептид и/или полипептид содержит по меньшей мере одну специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, и(i) identifying peptides and/or polypeptides expressed in diseased cells, each peptide and/or polypeptide containing at least one disease-specific amino acid modification, and
(ii) определения одного или более из следующего:(ii) defining one or more of the following:
(1) определение того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или являются ли они, при презентации в контексте молекул МНС, реактивными в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС,(1) determining whether the same or different peptide or polypeptide fragments containing a disease-specific amino acid modification are presented in the context of different classes of MHC molecules and/or whether they, when presented in the context of MHC molecules, are T cell reactive, restricted by various MHC classes,
(2) определение того, является ли фрагмент пептида или полипептида, содержащий специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, реактивным в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, и/или(2) determining whether a peptide or polypeptide fragment containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, is reactive against T cells having different T cell receptors, and/or
(3) определение того, презентируются ли одинаковые или различные фрагменты пептида или полипептида, содержащие специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте различных молекул МНС одного класса и/или являются ли они, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, реактивными в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС, и(3) determining whether identical or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification are presented in the context of different MHC molecules of the same class and/or whether they, when presented in the context of different MHC molecules of the same class, are reactive against various T cells restricted to one MHC class, and
(iii) повторения стадии (ii) для по меньшей мере одной дополнительной аминокислотной модификации, идентифицированной на стадии (i).(iii) repeating step (ii) for at least one additional amino acid modification identified in step (i).
27. Способ по п. 26, в котором молекулы МНС различных классов представляют собой молекулы МНС класса I и молекулы МНС класса II и/или Т-клетки, рестриктированные по различным классам МНС, представляют собой CD4+ и CD8+ Т-клетки.27. The method of claim 26, wherein the different MHC classes are MHC class I molecules and MHC class II molecules and/or the different MHC class-restricted T cells are CD4+ and CD8+ T cells.
28. Способ по п. 26 или 27, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, в контексте молекул МНС различных классов и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте молекул МНС, в отношении Т-клеток, рестриктированных по различным классам МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.28. The method according to claim 26 or 27, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of MHC molecules of different classes and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of MHC molecules, in relation to T cells restricted by various MHC classes, indicates that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
29. Способ по любому из пп. 26-28, в котором различные Т-клеточные рецепторы имеют различные клонотипы.29. Method according to any one of paragraphs. 26-28, in which different T cell receptors have different clonotypes.
30. Способ по любому из пп. 26-29, в котором реактивность фрагмента пептида или полипептида, содержащего специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте одинаковой молекулы МНС, в отношении Т-клеток, имеющих различные Т-клеточные рецепторы, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.30. Method according to any one of paragraphs. 26-29, wherein the reactivity of a peptide fragment or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification, when presented in the context of the same MHC molecule, towards T cells having different T-cell receptors indicates that the disease-specific amino acid modification applicable for immunotherapy.
31. Способ по любому из пп. 26-30, в котором различные молекулы МНС одного класса представляют собой различные молекулы МНС класса I и/или различные Т-клетки, рестриктированные по одному классу МНС, представляют собой различные CD8+ Т-клетки.31. Method according to any one of paragraphs. 26-30, in which different MHC molecules of the same class are different MHC class I molecules and/or different T cells restricted by the same MHC class are different CD8+ T cells.
32. Способ по любому из пп. 26-31, в котором презентация одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащего специфичную для заболевания аминокислотную модификацию в контексте различных молекул МНС одного класса и/или реактивность одинаковых или различных фрагментов пептида или полипептида, содержащих специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, при презентации в контексте различных молекул МНС одного класса, в отношении различных Т-клеток, рестриктированных по одному классу МНС, указывает на то, что специфичная для заболевания аминокислотная модификация применима для иммунотерапии.32. Method according to any one of paragraphs. 26-31, wherein the presentation of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification in the context of different MHC molecules of the same class and/or the reactivity of the same or different fragments of a peptide or polypeptide containing a disease-specific amino acid modification when presented in context of different MHC molecules of the same class, in relation to different T cells restricted by the same MHC class, indicates that disease-specific amino acid modification is useful for immunotherapy.
33. Способ по любому из пп. 17-32, в котором различные аминокислотные модификации, протестированные на стадии (ii), присутствуют в одинаковых и/или в различных пептидах или полипептидах.33. Method according to any one of paragraphs. 17-32, in which the various amino acid modifications tested in step (ii) are present in the same and/or different peptides or polypeptides.
34. Способ по любому из пп. 17-33, который включает сравнение баллов, полученных для различных аминокислотных модификаций, протестированных на стадии (ii).34. Method according to any one of paragraphs. 17-33, which includes a comparison of the scores obtained for the various amino acid modifications tested in step (ii).
35. Способ по любому из пп. 1-34, в котором специфичная для заболевания аминокислотная модификация(и) происходит (происходят) вследствие специфичной для заболевания соматической мутации(й).35. Method according to any one of paragraphs. 1-34, in which the disease-specific amino acid modification(s) occur(s) due to the disease-specific somatic mutation(s).
36. Способ по любому из пп. 1-35, в котором заболевание представляет собой рак и иммунотерапия представляет собой противораковую иммунотерапию.36. Method according to any one of paragraphs. 1-35, in which the disease is cancer and the immunotherapy is anti-cancer immunotherapy.
37. Способ по любому из пп. 1-36, который иммунотерапия включает введение одного или более из следующего:37. Method according to any one of paragraphs. 1-36, which immunotherapy involves administering one or more of the following:
(i) пептида или полипептида, экспрессированного в больных клетках, причем пептид или полипептид содержит по меньшей мере одну специфичную для заболевания аминокислотную модификацию,(i) a peptide or polypeptide expressed in diseased cells, wherein the peptide or polypeptide contains at least one disease-specific amino acid modification,
(ii) пептида или полипептида, содержащего фрагмент пептида или полипептида по (i), причем фрагмент содержит по меньшей мере одну специфичную для заболевания аминокислотную модификацию, и(ii) a peptide or polypeptide comprising a fragment of the peptide or polypeptide of (i), wherein the fragment contains at least one disease-specific amino acid modification, and
(iii) нуклеиновой кислоты, кодирующей пептид или полипептид по (i) или (ii).(iii) a nucleic acid encoding a peptide or polypeptide of (i) or (ii).
38. Способ по любому из пп. 1-37, который является применимым в получении вакцины.38. Method according to any one of paragraphs. 1-37, which is applicable in obtaining a vaccine.
39. Способ получения вакцины, включающий стадии:39. A method of producing a vaccine, including the stages:
(i) идентификации одной или более специфичных для заболевания аминокислотных модификаций, которые, как спрогнозировано, будут применимы для иммунотерапии с помощью способа по любому из пп. 1-38,(i) identifying one or more disease-specific amino acid modifications predicted to be useful for immunotherapy using the method of any one of claims. 1-38,
(ii) получения вакцины, включающей одно или более из следующего:(ii) receiving a vaccine comprising one or more of the following:
(1) пептид или полипептид, экспрессированный в больных клетках, причем пептид или полипептид содержит по меньшей мере одну из специфичных для заболевания аминокислотных модификаций, которые, как спрогнозировано, будут применимы для иммунотерапии,(1) a peptide or polypeptide expressed in diseased cells, wherein the peptide or polypeptide contains at least one of the disease-specific amino acid modifications predicted to be useful for immunotherapy,
(2) пептид или полипептид, содержащий фрагмент пептида или полипептида по (i), причем фрагмент содержит по меньшей мере одну из специфичных для заболевания аминокислотных модификаций, которые, как спрогнозировано, будут применимы для иммунотерапии, и(2) a peptide or polypeptide comprising a fragment of the peptide or polypeptide of (i), wherein the fragment contains at least one of the disease-specific amino acid modifications predicted to be useful for immunotherapy, and
(3) нуклеиновая кислота, кодирующая пептид или полипептид по (i) или (ii).(3) a nucleic acid encoding a peptide or polypeptide of (i) or (ii).
40. Способ по любому из пп. 1-39, в котором фрагмент представляет собой МНС-связывающий пептид или потенциальный МНС-связывающий пептид или может быть процессирован с получением МНС-связывающего пептида или потенциального МНС-связывающего пептида.40. Method according to any one of paragraphs. 1-39, wherein the fragment is an MHC binding peptide or a potential MHC binding peptide or can be processed to produce an MHC binding peptide or a potential MHC binding peptide.
41. Вакцина, производимая в соответствии со способом по любому из пп. 38-40.41. A vaccine produced in accordance with the method according to any one of paragraphs. 38-40.