Claims (9)
Способ отбора пептидных последовательностей для приготовления вакцинной композиции, включающий:A method for selecting peptide sequences for preparing a vaccine composition, including:
(а) обработку информации об аминокислотных последовательностях множества пептидных последовательностей-кандидатов, экспрессируемых раковыми клетками одного субъекта-человека, с использованием модели прогнозирования презентации HLA-пептида с помощью машинного обучения для генерации множества прогнозов презентации,(a) processing amino acid sequence information of a plurality of candidate peptide sequences expressed by cancer cells of a single human subject using a machine learning HLA peptide presentation prediction model to generate a plurality of presentation predictions,
где каждый прогнозов презентации из указанного множества прогнозов презентации указывает на вероятность того, что пептидная последовательность множества пептидных последовательностей-кандидатов связывается с белком MHC указанного одного субъекта-человека;where each presentation prediction from said set of presentation predictions indicates a probability that the peptide sequence of the plurality of candidate peptide sequences binds to the MHC protein of said single human subject;
где модель прогнозирования презентации HLA-пептида с помощью машинного обучения обучают с использованием обучающих данных, содержащих информацию о последовательностях последовательностей обучающих пептидов, идентифицированных с помощью масс-спектрометрии, для представления рекомбинантным белком MHC, экспрессированным в обучающих клетках,where a model for predicting the presentation of an HLA peptide using machine learning is trained using training data containing sequence information of training peptide sequences identified by mass spectrometry to be represented by a recombinant MHC protein expressed in training cells,
где рекомбинантный белок MHC включается в клеточную мембрану обучающих клеток при экспрессии, и где:where the recombinant MHC protein is incorporated into the cell membrane of learning cells upon expression, and where:
(i) обучающие клетки не экспрессируют эндогенный МНС, или(i) learning cells do not express endogenous MHC, or
(ii) рекомбинантные белки МНС содержат последовательность аффинного пептида-акцептора; (ii) the recombinant MHC proteins contain an affinity acceptor peptide sequence;
иand
(b) отбор, на основании по меньшей мере множества прогнозов презентации, пептидной последовательности из множества пептидных последовательностей, которая, как предсказывают, будет презентирована белком МНС указанного одного человека, где одна или более отобранных пептидных последовательностей предназначены для приготовления вакцинной композиции, содержащей полипептид с одной или более отобранными пептидными последовательностями или полинуклеотид, кодирующий указанный полипептид.(b) selecting, based on at least a plurality of presentation predictions, a peptide sequence from a plurality of peptide sequences that is predicted to be presented by the MHC protein of said one individual, wherein the one or more selected peptide sequences are for preparing a vaccine composition comprising a polypeptide with one or more selected peptide sequences, or a polynucleotide encoding said polypeptide.