Claims (20)
1. Вектор на основе нуклеиновой кислоты, содержащий сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR, для применения при лечении или профилактики у субъекта, являющегося человеком или животным, состояния или заболевания, опосредованных бактериальными клетками-хозяевами, путем изменения относительного соотношения субпопуляций первых и вторых бактерий в смешанной популяции бактерий, причем вторые бактерии содержат клетки-хозяева, где смешенная популяция содержится в субъекте, где вторая субпопуляция состоит из бактериального вида, который отличается от вида первой субпопуляции, где каждая клетка-хозяин имеет последовательность-мишень хозяина и, по меньшей мере, одну нуклеотидную последовательность, кодирующую нуклеазу Cas, эндогенную к клетке-хозяину, где сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR содержит спейсерную последовательность (HM-спейсер) и повторы, кодирующие HM-crРНК, где HM-crРНК содержит последовательность, которая способна гибридизоваться с последовательностью-мишенью хозяина; где вектор способен трансформировать клетку-хозяин, где HM-crRNA направляет нуклеазу Cas на мишень для модификации последовательности-мишени в клетке-хозяине, таким образом убивая клетку-хозяина или снижая рост клетки-хозяина,1. A nucleic acid vector containing an engineered host modifying (HM) CRISPR array, for use in the treatment or prevention in a human or animal subject of a condition or disease mediated by bacterial host cells by altering the relative ratio of subpopulations of the former and the latter bacteria in a mixed population of bacteria, wherein the second bacteria comprise host cells, wherein the mixed population is contained in a subject, wherein the second subpopulation consists of a bacterial species that is different from the species of the first subpopulation, wherein each host cell has a host target sequence and at least at least one nucleotide sequence encoding a Cas nuclease endogenous to the host cell, where the engineered host modifying (HM) CRISPR array contains a spacer sequence (HM-spacer) and repeats encoding HM-crRNA, where HM-crRNA contains a sequence that can hybridize to a host target sequence; wherein the vector is capable of transforming a host cell, wherein the HM-crRNA targets a Cas nuclease to modify a target sequence in the host cell, thereby killing the host cell or reducing the growth of the host cell,
где вектор на основе нуклеиновых кислот представляет собой фагмидный вектор.wherein the nucleic acid vector is a phagemid vector.
2. Вектор на основе нуклеиновой кислоты, содержащий сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR и нуклеотидную последовательность, кодирующую нуклеазу Cas, для применения при лечении или профилактики у субъекта, являющегося человеком или животным, состояния или заболевания, опосредованных бактериальными клетками-хозяевами, путем изменения относительного соотношения субпопуляций первых и вторых бактерий в смешанной популяции бактерий, причем вторые бактерии содержат клетки-хозяева, где смешенная популяция содержится в субъекте, где вторая субпопуляция состоит из бактериального вида, который отличается от вида первой субпопуляции, где каждая клетка-хозяин имеет последовательность-мишень хозяина, где вектор способен трансформировать клетку-хозяина,где сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR содержит спейсерную последовательность (HM-спейсер) и повторы, кодирующие HM-crРНК, где HM-crРНК содержит последовательность, которая способна гибридизоваться с последовательностью-мишенью хозяина; где HM-crRNA направляет нуклеазу Cas на мишень для модификации последовательности-мишени в клетке-хозяине, таким образом убивая клетку-хозяина или снижая рост клетки-хозяина, где вектор на основе нуклеиновых кислот представляет собой фагмидный вектор.2. A nucleic acid vector comprising a host modifying (HM) engineered CRISPR array and a nucleotide sequence encoding a Cas nuclease for use in the treatment or prevention in a human or animal subject of a bacterial host cell mediated condition or disease by changes in the relative ratio of subpopulations of first and second bacteria in a mixed population of bacteria, wherein the second bacteria contain host cells, wherein the mixed population is contained in a subject, wherein the second subpopulation consists of a bacterial species that is different from the species of the first subpopulation, wherein each host cell has a sequence - host target, where the vector is capable of transforming the host cell, where the host-modifying (HM) CRISPR array designed contains a spacer sequence (HM-spacer) and repeats encoding HM-crRNA, where HM-crRNA contains a sequence that is capable of hybridizing with the sequence- target of the host; wherein the HM-crRNA targets a Cas nuclease to modify a target sequence in the host cell, thereby killing the host cell or reducing the growth of the host cell, wherein the nucleic acid-based vector is a phagemid vector.
3. Применение вектора на основе нуклеиновых кислот, содержащего сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR/Cas для изменения относительного соотношения субпопуляций первых и вторых бактерий в ex vivo смешанной популяции бактерий, причем вторые бактерии содержат клетки-хозяева, где вторая субпопуляция состоит из бактериального вида, который отличается от вида первой субпопуляции, где каждая клетка-хозяин имеет последовательность-мишень хозяина и, по меньшей мере, одну нуклеотидную последовательность, кодирующую нуклеазу Cas, эндогенную к клетке-хозяину, где сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR содержит спейсерную последовательность (HM-спейсер) и повторы, кодирующие HM-crРНК, где HM-crРНК содержит последовательность, которая способна гибридизоваться с последовательностью-мишенью хозяина; где вектор способен трансформировать клетку-хозяин, где HM-crRNA направляет нуклеазу Cas на мишень для модификации последовательности-мишени в клетке-хозяине, таким образом, убивая клетку-хозяина или снижая рост клетки-хозяина, где вектор на основе нуклеиновых кислот представляет собой фагмидный вектор.3. Use of a nucleic acid vector containing an engineered host modifying (HM) CRISPR/Cas array to alter the relative ratio of subpopulations of first and second bacteria in an ex vivo mixed population of bacteria, wherein the second bacteria contain host cells, wherein the second subpopulation consists of bacterial species that is different from the species of the first subpopulation, wherein each host cell has a host target sequence and at least one nucleotide sequence encoding a Cas nuclease endogenous to the host cell, wherein the engineered host modifying (HM) CRISPR array contains a spacer sequence (HM spacer) and repeats encoding HM-crRNA, where HM-crRNA contains a sequence that is capable of hybridizing to a host target sequence; wherein the vector is capable of transforming a host cell, wherein the HM-crRNA targets a Cas nuclease to modify a target sequence in the host cell, thereby killing the host cell or reducing the growth of the host cell, wherein the nucleic acid-based vector is a phagemid vector.
4. Применение вектора на основе нуклеиновых кислот, содержащего сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR/Cas и нуклеотидную последовательность, кодирующую нуклеазу Cas для изменения относительного соотношения субпопуляций первых и вторых бактерий в ex vivo смешанной популяции бактерий, причем вторые бактерии содержат клетки-хозяева, где вторая субпопуляция состоит из бактериального вида, который отличается от вида первой субпопуляции, где каждая клетка-хозяин имеет последовательность-мишень хозяина, где вектор способен трансформировать клетку-хозяина, где сконструированный модифицирующей хозяина (HM) массив CRISPR содержит спейсерную последовательность (HM-спейсер) и повторы, кодирующие HM-crРНК, где HM-crРНК содержит последовательность, которая способна гибридизоваться с последовательностью-мишенью хозяина; где HM-crRNA направляет нуклеазу Cas на мишень для модификации последовательности-мишени в клетке-хозяине, таким образом, убивая клетку-хозяина или снижая рост клетки-хозяина, где вектор на основе нуклеиновых кислот представляет собой фагмидный вектор.4. Use of a nucleic acid vector containing an engineered host modifying (HM) CRISPR/Cas array and a nucleotide sequence encoding a Cas nuclease to alter the relative ratio of subpopulations of first and second bacteria in an ex vivo mixed population of bacteria, the second bacteria containing host cells where the second subpopulation consists of a bacterial species that is different from the species of the first subpopulation, where each host cell has a host target sequence, where the vector is capable of transforming the host cell, where the engineered host modifying (HM) CRISPR array contains a spacer sequence (HM- spacer) and repeats encoding HM-crRNA, where HM-crRNA contains a sequence that is capable of hybridizing to a host target sequence; wherein the HM-crRNA targets a Cas nuclease to modify a target sequence in the host cell, thereby killing the host cell or reducing the growth of the host cell, wherein the nucleic acid-based vector is a phagemid vector.
5. Применение по пп. 3, 4 для обработки промышленных или ex vivo медицинских жидкостей, поверхностей, устройств или контейнеров; или для обработки водных путей, воды, напитков, пищевого продукта или косметического продукта, где клетка-хозяин (клетки-хозяева) содержатся в жидкости, поверхности, устройстве, контейнере, водных путях, воде, напитке, пищевом продукте или косметическом продукте, или на них.5. Application according to paragraphs. 3, 4 for the treatment of industrial or ex vivo medical fluids, surfaces, devices or containers; or for treating a waterway, water, beverage, food or cosmetic product, wherein the host cell(s) are contained in the liquid, surface, device, container, waterway, water, beverage, food or cosmetic product, or on them.
6. Применение или вектор для применения по любому из пунктов, где альтернативно HM-crРНК и tracrРНК содержится в одной направляющей РНК(gРНК).6. A use or vector for use in any one of the claims wherein alternatively HM-crRNA and tracrRNA are contained in a single guide RNA (gRNA).
7. Применение или вектор для применения по любому из предыдущих пунктов, где рост популяции клеток-хозяев снижен по меньшей мере в 5 раз по сравнению с ростом популяции указанных клеток-хозяев, не трансформированных указанным HM-массивом или нуклеотидной последовательностью, кодирующей указанную gРНК.7. A use or vector for use according to any of the preceding claims, wherein the growth of a population of host cells is reduced by at least 5 times compared to the growth of a population of said host cells not transformed with said HM array or a nucleotide sequence encoding said gRNA.
8. Применение по пп. 3, 4 или любому из пп. 5-7 в случае зависимости от пп. 3 или 4, где рост популяции клеток-хозяев на поверхности ингибирован.8. Application according to paragraphs. 3, 4 or any of paragraphs. 5-7 in case of dependence on paragraphs. 3 or 4, where the growth of the host cell population on the surface is inhibited.
9. Применение или вектор для применения по любому пп. 1 или 3, или любому пп. 5-8 в случае зависимости от любых из пп. 1 или 3, где у каждого вектора отсутствует последовательность, кодирующая нуклеазу Cas. 9. Application or vector for use according to any claim. 1 or 3, or any paragraph. 5-8 in case of dependence on any of paragraphs. 1 or 3, where each vector lacks the Cas nuclease coding sequence.
10. Применение или вектор для применения по любому из предыдущих пунктов, где вектор содержит ДНК последовательность для экспрессии последовательности tracrРНК.10. A use or vector for use according to any of the preceding claims, wherein the vector contains a DNA sequence for expressing a tracrRNA sequence.
11. Применение или вектор для применения по любому из предыдущих пунктов, где смешанная популяция содержит S. thermophilus, L. lactis и E.coli. 11. A use or vector for use according to any of the preceding claims, wherein the mixed population contains S. thermophilus, L. lactis and E. coli .
12. Применение или вектор для применения согласно любому из предыдущих пунктов, где нуклеаза Cas представляет собой нуклеазу Cas типа I, нуклеазу Cas типа II или нуклеазу Cas типа III. 12. A use or vector for use according to any of the preceding paragraphs, wherein the Cas nuclease is a type I Cas nuclease, a type II Cas nuclease, or a type III Cas nuclease.
13. Вектор для применения или применение по любому из предыдущих пунктов, где вектор, содержащий нуклеотидные последовательности для экспрессии множества различных crРНК, необязательно содержащихся в gРНК, где первая из указанных crРНК способна гибридизоваться с первой нуклеотидной последовательности в указанной клетке-хозяине; и вторая из указанных crРНК способна гибридизоваться со второй нуклеотидной последовательностью в указанной клетке-хозяине, где указанная вторая последовательность отличается от указанной первой последовательности; и13. A vector for use or use as claimed in any of the preceding claims, wherein the vector comprising nucleotide sequences for the expression of a plurality of different crRNAs, optionally contained in gRNAs, wherein the first of said crRNAs is capable of hybridizing to a first nucleotide sequence in said host cell; and a second of said crRNAs is capable of hybridizing to a second nucleotide sequence in said host cell, wherein said second sequence is different from said first sequence; And
первая последовательность содержится в гене устойчивости к антибиотику или его РНК, и вторая последовательность содержится в гене устойчивости к антибиотику или его РНК; необязательно, где гены являются различными; the first sequence is contained in an antibiotic resistance gene or RNA thereof, and the second sequence is contained in an antibiotic resistance gene or RNA thereof; optional where the genes are different;
первая последовательность содержится в гене устойчивости к антибиотику или его РНК, и вторая последовательность содержится в жизненно важном гене или гене вирулентности или его РНК;the first sequence is contained in an antibiotic resistance gene or its RNA, and the second sequence is contained in an essential or virulence gene or its RNA;
первая последовательность содержится в жизненно важном гене или его РНК, и вторая последовательность содержится в жизненно важном гене или гене вирулентности или его РНК; или the first sequence is contained in an essential gene or RNA thereof, and the second sequence is contained in an essential gene or virulence gene or RNA thereof; or
первая последовательность содержится в гене вирулентности или его РНК, и вторая последовательность содержится в жизненно важном гене или гене вирулентности или его РНК.the first sequence is contained in a virulence gene or its RNA, and the second sequence is contained in an essential gene or virulence gene or its RNA.
14. Вектор для применения или применение по любому из предыдущих пп. 1, 3 и 6-12 в случае зависимости от любых из пп.1 или 3, где вектор содержит более 1,4 т.п.о. экзогенной последовательности ДНК, где экзогенная ДНК кодирует один или более компонентов CRISPR/Cas системы и содержит сконструированный массив для экспрессии HM-crРНК или gРНК в клетках-хозяевах; где по меньшей мере два различных cРНК или gРНК кодируются экзогенной ДНК, необязательно по меньшей мере двумя HM-CRISPR массивами.14. Vector for use or use according to any of the previous paragraphs. 1, 3 and 6-12 in case of dependence on any of claims 1 or 3, where the vector contains more than 1.4 kb. an exogenous DNA sequence, where the exogenous DNA encodes one or more components of the CRISPR/Cas system and contains an engineered array for expression of HM-crRNA or gRNA in host cells; wherein at least two different cRNAs or gRNAs are encoded by exogenous DNA, optionally by at least two HM-CRISPR arrays.
15. Вектор по любому из пп. 1, 3 и 6-14 в случае зависимости от пп. 1 или 3, где вектор лишен нуклеотидной последовательности, кодирующей нуклеазу Cas, которая является родственной cРНК или gРНК.15. Vector according to any one of paragraphs. 1, 3 and 6-14 in case of dependence on paragraphs. 1 or 3, where the vector lacks a nucleotide sequence encoding a Cas nuclease, which is a related cRNA or gRNA.