RU2011131922A - Интегрированное пограммное обеспечение настольного компьютера для управления данными по вирусам - Google Patents

Интегрированное пограммное обеспечение настольного компьютера для управления данными по вирусам Download PDF

Info

Publication number
RU2011131922A
RU2011131922A RU2011131922/08A RU2011131922A RU2011131922A RU 2011131922 A RU2011131922 A RU 2011131922A RU 2011131922/08 A RU2011131922/08 A RU 2011131922/08A RU 2011131922 A RU2011131922 A RU 2011131922A RU 2011131922 A RU2011131922 A RU 2011131922A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
data
tools
tool
annotations
gui
Prior art date
Application number
RU2011131922/08A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2520423C2 (ru
Inventor
Джоанна КРАЙГ
Джулиан КЭПС
Original Assignee
Гаттака, Ллс
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Гаттака, Ллс filed Critical Гаттака, Ллс
Publication of RU2011131922A publication Critical patent/RU2011131922A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2520423C2 publication Critical patent/RU2520423C2/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F16/00—Information retrieval; Database structures therefor; File system structures therefor
    • G06F16/20—Information retrieval; Database structures therefor; File system structures therefor of structured data, e.g. relational data
    • G06F16/21—Design, administration or maintenance of databases
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B45/00—ICT specially adapted for bioinformatics-related data visualisation, e.g. displaying of maps or networks
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/30—Detection of binding sites or motifs
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G16B30/20—Sequence assembly
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G16B50/10—Ontologies; Annotations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B10/00—ICT specially adapted for evolutionary bioinformatics, e.g. phylogenetic tree construction or analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

1. Система для управления данными по вирусам, причем система включает: один или несколько средств графического интерфейса пользователя (ГИП) и систему для хранения и поиска данных (СХПД), причем СХПД хранит генетические, биологические, клинические и фенотипические данные по вирусам, и одно или несколько средств ГИП работают для осуществления управления системой, чтобы управлять данными и анализировать данные, и причем одно или несколько средств ГИП и СХПД интегрированы для управления данными по вирусам без экспорта данных.2. Система по п.1, кроме того, включающая средство аннотирования, которое управляет аннотациями в форме определенных пользователем точек данных и интегрирует аннотации в поисковый контекст, который является неотъемлемой частью системы.3. Система по п.1, кроме того, включающая механизм реляционной базы данных, интегрированный с СХПД.4. Система по п.1, кроме того, включающая средство импорта, которое автоматизирует задачу отделения отдельных белков и областей от вирусных последовательностей.5. Система по п.1, отличающаяся тем, что по меньшей одно из средств ГИП обеспечивает просмотр нуклеотидов и аминокислот и способно переключаться между такими просмотрами.6. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое изолирует определенные пользователем генетические характеристики посредством аннотаций, ассоциированных с последовательностями.7. Система по п.6, кроме того, включающая средство для выравнивания, связанное со средством для направления запросов, чтобы позволить выделить один или несколько атрибутов запроса в функции выравнивания.8. Система по п.7, отличающаяс�

Claims (20)

1. Система для управления данными по вирусам, причем система включает: один или несколько средств графического интерфейса пользователя (ГИП) и систему для хранения и поиска данных (СХПД), причем СХПД хранит генетические, биологические, клинические и фенотипические данные по вирусам, и одно или несколько средств ГИП работают для осуществления управления системой, чтобы управлять данными и анализировать данные, и причем одно или несколько средств ГИП и СХПД интегрированы для управления данными по вирусам без экспорта данных.
2. Система по п.1, кроме того, включающая средство аннотирования, которое управляет аннотациями в форме определенных пользователем точек данных и интегрирует аннотации в поисковый контекст, который является неотъемлемой частью системы.
3. Система по п.1, кроме того, включающая механизм реляционной базы данных, интегрированный с СХПД.
4. Система по п.1, кроме того, включающая средство импорта, которое автоматизирует задачу отделения отдельных белков и областей от вирусных последовательностей.
5. Система по п.1, отличающаяся тем, что по меньшей одно из средств ГИП обеспечивает просмотр нуклеотидов и аминокислот и способно переключаться между такими просмотрами.
6. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое изолирует определенные пользователем генетические характеристики посредством аннотаций, ассоциированных с последовательностями.
7. Система по п.6, кроме того, включающая средство для выравнивания, связанное со средством для направления запросов, чтобы позволить выделить один или несколько атрибутов запроса в функции выравнивания.
8. Система по п.7, отличающаяся тем, что средство для выравнивания включает средство для сборки контигов, которое анализирует полные и частичные геномные последовательности.
9. Система по п.1, кроме того, включающая средство для филогении, которое собирает выравнивания в эволюционные деревья, которые кодируют цветом и проставляют временные метки на последовательностях данных.
10. Система по п.1, кроме того, включающая графическое средство, которое представляет необработанные данные электроферограммы и собирает по меньшей мере один из линейного графика или гистограммы для нанесения переменных на графики и представления этих графиков.
11. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое связывает реляционные наборы данных по вирусам.
12. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое выбирает вирусные последовательности по атрибутам, определенным пользователем, из списка аннотаций, предварительно ассоциированных с последовательностями.
13. Система по п.12, отличающаяся тем, что средство для направления запросов содержит аннотации и операторы, которые выбраны пользователем и установлены для управления результатами запроса.
14. Система по п.1, кроме того, включающая средство для выравнивания, средство для филогенетики и средство для анализа мутаций, причем средства для выравнивания, филогенетики и анализа мутаций интегрированы в одном месте.
15. Система по п.14, отличающаяся тем, что средства для выравнивания, филогенетики и анализа мутаций специально приспособлены к математике скорости репликации вируса и уязвимой для ошибок полимеразы.
16. Система по п.1, имеющая архитектуру, состоящую из трех уровней, включая уровень представления, уровень связующего ПО и уровень базы данных с взаимодействием объектных слоев, причем уровень представления содержит один или несколько компонентов ГИП, включающих одно или несколько средств ГИП, уровень связующего ПО содержит один или несколько компонентов связующего ПО и включает логику обработки, используемую системой, и уровень базы данных содержит один или несколько компонентов данных, включающих систему хранения и поиска данных.
17. Система по п.16, отличающаяся тем, что по меньшей мере одно из средств ГИП имеет одно или несколько форм окон, предоставляемых пользователю с уровня представления, причем эти одно или несколько окон принимают данные, вводимые пользователем и отображают выходные данные, и причем логика обработки обрабатывает вводимые данные и возвращает выходные данные в одну или несколько форм окон.
18. Система по п.1, кроме того, включающая по меньшей мере одно средство, выбираемое из по меньшей мере одного из группы средства для аннотирования, средства для выравнивания, средства для сборки контигов, средства для филогенетики, средства для анализа мутаций, графического средства, средства для направления запросов, средства для отслеживания мутаций, средства для энтропии, средства для обработки данных микроматрицы и средства для определения генотипа.
19. Система по п.1, кроме того, включающая статистические подпрограммы.
20. Система по п.1, кроме того, включающая N-уровневую структуру, которая позволяет системе масштабироваться между рассеянными ресурсами аппаратного обеспечения без необходимости изменения средств.
RU2011131922/08A 2009-01-14 2010-01-14 Интегрированное программное обеспечение настольного компьютера для управления данными по вирусам RU2520423C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US20503309P 2009-01-14 2009-01-14
US61/205,033 2009-01-14
PCT/US2010/021071 WO2010083331A1 (en) 2009-01-14 2010-01-14 Integrated desktop software for management of virus data

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2011131922A true RU2011131922A (ru) 2013-02-20
RU2520423C2 RU2520423C2 (ru) 2014-06-27

Family

ID=42340087

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011131922/08A RU2520423C2 (ru) 2009-01-14 2010-01-14 Интегрированное программное обеспечение настольного компьютера для управления данными по вирусам

Country Status (7)

Country Link
US (2) US20110022973A1 (ru)
EP (1) EP2387780A4 (ru)
JP (1) JP2012515402A (ru)
CA (1) CA2753336A1 (ru)
IL (1) IL214078A0 (ru)
RU (1) RU2520423C2 (ru)
WO (1) WO2010083331A1 (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9164965B2 (en) * 2012-09-28 2015-10-20 Oracle International Corporation Interactive topological views of combined hardware and software systems
CN103559428A (zh) * 2013-10-11 2014-02-05 南方医科大学 一种基于dna测序峰形图定量分析碱基变异比例的方法
JP6533415B2 (ja) * 2015-06-03 2019-06-19 株式会社日立製作所 系統樹を構築する装置、方法およびシステム

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6519583B1 (en) * 1997-05-15 2003-02-11 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Graphical viewer for biomolecular sequence data
RU2145114C1 (ru) * 1997-03-12 2000-01-27 Муниципальное унитарное медицинское предприятие Городской центр крови "Сангвис" Способ хранения, обработки и использования информации в службе крови (информационная технология "пеликан")
US20030028501A1 (en) * 1998-09-17 2003-02-06 David J. Balaban Computer based method for providing a laboratory information management system
US6941317B1 (en) * 1999-09-14 2005-09-06 Eragen Biosciences, Inc. Graphical user interface for display and analysis of biological sequence data
US20030113756A1 (en) * 2001-07-18 2003-06-19 Lawrence Mertz Methods of providing customized gene annotation reports
US20030220820A1 (en) * 2001-11-13 2003-11-27 Sears Christopher P. System and method for the analysis and visualization of genome informatics
US20040012633A1 (en) * 2002-04-26 2004-01-22 Affymetrix, Inc., A Corporation Organized Under The Laws Of Delaware System, method, and computer program product for dynamic display, and analysis of biological sequence data
US20040101903A1 (en) * 2002-11-27 2004-05-27 International Business Machines Corporation Method and apparatus for sequence annotation
US20040215401A1 (en) * 2003-04-25 2004-10-28 Krane Dan Edward Computerized analysis of forensic DNA evidence
US20040249791A1 (en) * 2003-06-03 2004-12-09 Waters Michael D. Method and system for developing and querying a sequence driven contextual knowledge base
WO2006004182A1 (ja) * 2004-07-07 2006-01-12 Nec Corporation 配列予測システム
JP2006113786A (ja) * 2004-10-14 2006-04-27 Mitsubishi Space Software Kk 配列情報抽出装置、配列情報抽出方法および配列情報抽出プログラム
US7822782B2 (en) * 2006-09-21 2010-10-26 The University Of Houston System Application package to automatically identify some single stranded RNA viruses from characteristic residues of capsid protein or nucleotide sequences
JP2009131242A (ja) * 2007-11-27 2009-06-18 Trustees Of Columbia Univ In The City Of New York ウイルスデータベースに関する方法

Also Published As

Publication number Publication date
US20150149512A1 (en) 2015-05-28
RU2520423C2 (ru) 2014-06-27
US20110022973A1 (en) 2011-01-27
JP2012515402A (ja) 2012-07-05
EP2387780A1 (en) 2011-11-23
WO2010083331A1 (en) 2010-07-22
CA2753336A1 (en) 2010-07-22
EP2387780A4 (en) 2015-03-04
IL214078A0 (en) 2011-08-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Posada et al. Intraspecific gene genealogies: trees grafting into networks
Sibbesen et al. Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs
Page et al. BamBam: genome sequence analysis tools for biologists
Lin et al. GSAlign: an efficient sequence alignment tool for intra-species genomes
US9910957B2 (en) Visualization, sharing and analysis of large data sets
US20160019339A1 (en) Bioinformatics tools, systems and methods for sequence assembly
Chowdhury et al. Differential expression analysis of RNA-seq reads: overview, taxonomy, and tools
US11347810B2 (en) Methods of automatically and self-consistently correcting genome databases
CA2942816A1 (en) Systems and methods for genomic variant annotation
US11830580B2 (en) K-mer database for organism identification
Anyansi et al. QuantTB–a method to classify mixed Mycobacterium tuberculosis infections within whole genome sequencing data
US20160048608A1 (en) Systems and methods for genetic analysis
JP2021525927A (ja) スパースベクトルベースのマトリクス変換のための方法およびシステム
Ebler et al. Pangenome-based genome inference
Koenig et al. A harmonized public resource of deeply sequenced diverse human genomes
US20210141833A1 (en) Optimizing k-mer databases by k-mer subtraction
Sashittal et al. Characterization of SARS-CoV-2 viral diversity within and across hosts
Chen et al. Recent advances in sequence assembly: principles and applications
RU2011131922A (ru) Интегрированное пограммное обеспечение настольного компьютера для управления данными по вирусам
Horsfield et al. Accurate and fast graph-based pangenome annotation and clustering with ggCaller
US20230135480A1 (en) Molecular technology for detecting a genome sequence in a bacterial genome
Shi et al. Maast: genotyping thousands of microbial strains efficiently
Jugas et al. CNproScan: Hybrid CNV detection for bacterial genomes
Layer et al. Mining thousands of genomes to classify somatic and pathogenic structural variants
Andreace et al. Construction and representation of human pangenome graphs

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20190115