Claims (27)
1. Комбинация, включающая множество молекул полинуклеотидов, причем молекулы полинуклеотидов дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии.1. A combination comprising a plurality of polynucleotide molecules, the polynucleotide molecules being differentially expressed in subjects suffering from osteoarthritis or in a pre-arthritic state, compared with expression in subjects not suffering from osteoarthritis or not in a pre-arthritis state.
2. Комбинация по п.1, в которой множество молекул полинуклеотидов включает две или больше молекул, выбранных из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагментов.2. The combination according to claim 1, in which the set of polynucleotide molecules includes two or more molecules selected from SEQ ID NO: 1-1558 or fragments thereof.
3. Способ выявления дифференциальной экспрессии нуклеиновых кислот в образце, включающий стадии:3. A method for detecting differential expression of nucleic acids in a sample, comprising the steps of:
a) гибридизации комбинации, включающей множество молекул полинуклеотидов, причем молекулы полинуклеотидов дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, с нуклеиновыми кислотами образца, при этом образуется один или несколько гибридизационных комплексов;a) hybridization of a combination comprising a plurality of polynucleotide molecules, the polynucleotide molecules being differentially expressed in subjects suffering from osteoarthritis or in a pre-arthritic state, compared with expression in subjects not suffering from osteoarthritis or not in a pre-arthritic state, with the nucleic acids of the sample, in which case one or several hybridization complexes;
b) детектирования гибридизационных комплексов иb) detecting hybridization complexes and
c) сравнения гибридизационных комплексов с таковыми для стандарта, при этом различия между гибридизационными комплексами стандарта и образца указывают на дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот в образце.c) comparing hybridization complexes with those of the standard, the differences between the hybridization complexes of the standard and the sample indicate differential expression of nucleic acids in the sample.
4. Способ по п.3, в котором молекулы полинуклеотидов гибридизуются с последовательностями нуклеиновых кислот, выбранными из SEQ ID NO:1-1558, или их фрагментами.4. The method according to claim 3, in which the polynucleotide molecules hybridize to nucleic acid sequences selected from SEQ ID NO: 1-1558, or fragments thereof.
5. Способ по п.3, в котором молекулы полинуклеотидов гибридизуются с последовательностями нуклеиновых кислот, выбранными из последовательностей генов, приведенных в табл.2, или их фрагментами.5. The method according to claim 3, in which the polynucleotide molecules are hybridized with nucleic acid sequences selected from the gene sequences shown in table 2, or fragments thereof.
6. Способ по п.3, дополнительно включающий стадию обработки образца тестируемым соединением, причем сравнение со стандартом указывает на то, изменяет ли обработка тестируемым соединением дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот или полипептидов в образце.6. The method according to claim 3, further comprising the step of treating the sample with the test compound, the comparison with the standard indicating whether treatment with the test compound changes the differential expression of nucleic acids or polypeptides in the sample.
7. Способ выявления дифференциальной экспрессии полипептидов в образце, включающий стадии:7. A method for detecting differential expression of polypeptides in a sample, comprising the steps of:
а) взаимодействия комбинации, включающей множество белок-связывающих молекул, с полипептидами образца, тем самым давая возможность произойти специфическому связыванию, причем белки, связавшиеся с белок-связывающими молекулами, дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии;a) the interaction of the combination, including many protein-binding molecules, with the polypeptides of the sample, thereby allowing specific binding to occur, moreover, the proteins bound to the protein-binding molecules are differentially expressed in subjects suffering from osteoarthritis or in a pre-arthritic state, compared with expression in subjects not suffering from osteoarthritis or not in a pre-arthritic state;
b) детектирования специфического связывания иb) detecting specific binding and
c) сравнения специфического связывания в образце с таковым для стандарта, при этом различия между специфическим связыванием стандарта и образца указывают на дифференциальную экспрессию полипептидов в образце.c) comparing the specific binding of the sample with that of the standard, the differences between the specific binding of the standard and the sample indicate the differential expression of polypeptides in the sample.
8. Способ по п.7, дополнительно включающий стадию обработки образца тестируемым соединением, причем сравнение со стандартом указывает на то, изменяет ли обработка тестируемым соединением дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот или полипептидов в образце.8. The method according to claim 7, further comprising the step of treating the sample with the test compound, the comparison with the standard indicating whether treatment with the test compound changes the differential expression of nucleic acids or polypeptides in the sample.
9. Композиция веществ, включающая набор из двух или больше зондов для детектирования экспрессии генов, дифференциально экспрессируемых у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с субъектами, не страдающими остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, причем зонды включают два или больше из следующего:9. A composition of substances comprising a set of two or more probes for detecting the expression of genes differentially expressed in subjects suffering from osteoarthritis or in a pre-arthritic state, compared with subjects not suffering from osteoarthritis or not in a pre-arthritic state, the probes comprising two or more of of the following:
a) молекул нуклеиновых кислот, которые специфически гибридизуются с двумя или больше генами или фрагментами генов, приведенными в табл.1 и 2, либо их фрагментами; илиa) nucleic acid molecules that specifically hybridize with two or more genes or gene fragments shown in Tables 1 and 2, or fragments thereof; or
b) полипептид-связывающих агентов, которые специфически связываются с полипептидами, образующимися при экспрессии двух или больше молекул нуклеиновых кислот, включающих последовательности, выбранные из одного или нескольких генов или фрагментов генов, приведенных в табл.1 и 2, либо их фрагментами.b) polypeptide-binding agents that specifically bind to polypeptides resulting from the expression of two or more nucleic acid molecules, including sequences selected from one or more genes or fragments of genes shown in Tables 1 and 2, or fragments thereof.
10. Композиция по п.9, в которой гены или фрагменты генов включают SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты.10. The composition according to claim 9, in which the genes or gene fragments include SEQ ID NO: 1-1558 or fragments thereof.
11. Композиция по п.9, в которой гены или фрагменты генов включают гены или фрагменты генов, приведенные в табл.2.11. The composition according to claim 9, in which the genes or gene fragments include genes or gene fragments shown in table 2.
12. Устройство для детектирования экспрессии множества генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающее подложку, на которой фиксировано в известных местах множество зондов, причем зонды включают:12. A device for detecting the expression of multiple genes differentially expressed in osteoarthritis, including a substrate on which a plurality of probes are fixed in known places, and the probes include:
a) множество олигонуклеотидов или полинуклеотидов, каждый из которых специфически гибридизуется с другой последовательностью, выбранной из числа SEQ ID NO:1-1558 или их фрагментов; илиa) a variety of oligonucleotides or polynucleotides, each of which specifically hybridizes with a different sequence selected from among SEQ ID NO: 1-1558 or fragments thereof; or
b) множество полипептид-связывающих агентов, каждый из которых специфически связывается с другим полипептидом или его фрагментом, образующимся при экспрессии молекулы нуклеиновой кислоты, включающей последовательность, выбранную из генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты.b) a plurality of polypeptide binding agents, each of which specifically binds to a different polypeptide or fragment thereof resulting from expression of a nucleic acid molecule comprising a sequence selected from genes or gene fragments including any of SEQ ID NO: 1-1558 or fragments thereof .
13. Способ измерения эффекта тестируемого соединения на экспрессию одного или нескольких генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающий стадии:13. A method for measuring the effect of a test compound on the expression of one or more genes differentially expressed in osteoarthritis, comprising the steps of:
a) измерения стандартной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в стандартном образце в отсутствие тестируемого соединения;a) measuring standard expression by measuring the products of transcription or translation of one or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof, in a standard sample in the absence of a test compound;
b) измерения опытной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в опытном образце в присутствии тестируемого соединения;b) measuring the experimental expression by measuring the products of transcription or translation of one or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558, or fragments thereof, in a test sample in the presence of a test compound;
c) сравнения стандартной экспрессии с опытной экспрессией, причем изменение опытной экспрессии по сравнению со стандартной экспрессией указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, по сравнению с состоянием без остеоартрита.c) comparing standard expression with experimental expression, wherein a change in experimental expression compared to standard expression indicates the effect of the test compound on the expression of genes differentially expressed in osteoarthritis compared with a condition without osteoarthritis.
14. Способ по п.13, в котором при измерении используют композицию веществ, включающую множество зондов, причем зонды включают два или больше генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты.14. The method according to item 13, in which when measuring use a composition of substances comprising many probes, and the probes include two or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NO: 1-1558 or their fragments.
15. Способ по п.13, в котором стандартный и опытный образцы получают из, по меньшей мере, одного субъекта-млекопитающего.15. The method according to item 13, in which standard and experimental samples are obtained from at least one mammalian subject.
16. Способ измерения эффекта тестируемого соединения на экспрессию связанного с ОА гена, причем ген выбран из группы, состоящей из генов, приведенных в табл.6, а способ включает измерение продукции продуктов транскрипции или трансляции, образующихся при экспрессии гена в присутствии или в отсутствие тестируемого соединения, причем изменение продукции продуктов транскрипции или трансляции в присутствии тестируемого соединения указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию гена.16. A method of measuring the effect of a test compound on the expression of an OA-linked gene, the gene selected from the group consisting of the genes shown in Table 6, and the method comprising measuring the production of transcription or translation products resulting from gene expression in the presence or absence of the test compounds, and a change in the production of transcription or translation products in the presence of a test compound indicates the effect of the test compound on gene expression.
17. Способ по п.16, в котором экспрессию гена измеряют, обеспечивая ДНК-конструкцию, включающую кодирующую последовательность репортерного гена, функционально соединенную с регуляторными последовательностями транскрипции связанного с ОА гена, и измеряя образование продукта репортерного гена в присутствии и в отсутствие тестируемого соединения.17. The method according to clause 16, in which gene expression is measured, providing a DNA construct comprising a reporter gene coding sequence operably linked to regulatory transcription sequences of an OA gene and measuring the formation of a reporter gene product in the presence and absence of a test compound.
18. Способ диагностики или составления прогноза для субъекта, проявляющего признаки остеоартрита, включающий:18. A method for diagnosing or making a prognosis for a subject exhibiting signs of osteoarthritis, including:
a) получение образца от субъекта;a) obtaining a sample from the subject;
b) измерение в образце продукции продуктов транскрипции или трансляции, образующихся при экспрессии одного или нескольких связанных с ОА генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты;b) measuring in a product sample the products of transcription or translation resulting from the expression of one or more OA-related genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof;
c) сравнение продуктов транскрипции или трансляции образца с таковыми для стандарта, причем отличие в экспрессии любого из связанных с ОА генов или фрагментов генов указывает на остеоартрит.c) comparing the products of transcription or translation of the sample with those of the standard, the difference in the expression of any of the OA-related genes or gene fragments indicating osteoarthritis.
19. Набор для выявления наличия остеоартрита или предрасположенности к остеоартриту у субъекта, включающий один или несколько олигонуклеотидов, содержащих, по меньшей мере, 10 следующих друг за другом нуклеотидов из последовательности, выбранной из последовательностей, гибридизующихся с двумя или более генами или фрагментами генов, включающими любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, причем олигонуклеотиды специфически связываются с нуклеиновыми кислотами, дифференциально экспрессирующимися у субъектов, страдающих остеоартритом или предрасположенных к нему, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не предрасположенных к нему.19. A kit for detecting the presence of osteoarthritis or a predisposition to osteoarthritis in a subject, comprising one or more oligonucleotides containing at least 10 consecutive nucleotides from a sequence selected from sequences hybridizing to two or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof, the oligonucleotides specifically binding to nucleic acids differentially expressed in subjects suffering from osteoarthritis or pre memory location to it, compared to expression in subjects not suffering from osteoarthritis or is not predisposed to it.
20. Набор для определения экспрессии генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающий контейнер, содержащий набор из двух или больше зондов, причем зонды включают один или более из следующего:20. A kit for determining the expression of genes differentially expressed in osteoarthritis, comprising a container containing a set of two or more probes, the probes include one or more of the following:
a) олигонуклеотидов или полинуклеотидов, специфически гибридизующихся с двумя или более генами или фрагментами генов, включающими любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты; илиa) oligonucleotides or polynucleotides that specifically hybridize with two or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof; or
b) полипептид-связывающих агентов, специфически связывающихся с полипептидами, образующимися при экспрессии двух или более генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты;b) polypeptide binding agents that specifically bind to polypeptides resulting from the expression of two or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof;
а также инструкции по проведению анализа экспрессии генов.and instructions for analyzing gene expression.
21. Способ модулирования экспрессии связанных с остеоартритом генов в клетке путем введения эффективного количества соединения в соответствующих условиях с тем, чтобы повлиять на экспрессию, по меньшей мере, одного связанного с остеоартритом гена, имеющего последовательность, выбранную из SEQ ID NO:1-1588 или их фрагментов.21. A method of modulating the expression of osteoarthritis-related genes in a cell by administering an effective amount of a compound under appropriate conditions so as to affect the expression of at least one osteoarthritis-related gene having a sequence selected from SEQ ID NO: 1-1588 or their fragments.
22. Способ по п.21, в котором соединение представляет собой витамин, минерал, нутрицевтик, низкомолекулярное фармацевтическое средство, белок, полипептид, нуклеиновую кислоту, жирную кислоту или полисахарид.22. The method according to item 21, in which the compound is a vitamin, mineral, nutraceutical, low molecular weight pharmaceutical agent, protein, polypeptide, nucleic acid, fatty acid or polysaccharide.
23. Способ по п.22, в котором соединение представляет собой эйкозапентаеновую кислоту, арахидоновую кислоту, глюкозамин, хондроитинсульфат, 1α,25-дигидроксивитамин D3 или 24R,25-дигидроксивитамин D3.23. The method according to item 22, in which the compound is eicosapentaenoic acid, arachidonic acid, glucosamine, chondroitin sulfate, 1α, 25-dihydroxyvitamin D 3 or 24R, 25-dihydroxyvitamin D 3 .
24. Способ модулирования экспрессии связанных с остеоартритом генов в клетке путем введения эффективного количества соединения в соответствующих условиях с тем, чтобы повлиять на экспрессию, по меньшей мере, одного связанного с остеоартритом гена, имеющего генный продукт, приведенный в табл.6.24. A method of modulating the expression of osteoarthritis-related genes in a cell by administering an effective amount of a compound under appropriate conditions in order to affect the expression of at least one osteoarthritis-related gene having the gene product shown in Table 6.
25. Способ по п.24, в котором соединение представляет собой витамин, минерал, нутрицевтик, низкомолекулярное фармацевтическое средство, белок, полипептид, нуклеиновую кислоту, жирную кислоту или полисахарид.25. The method according to paragraph 24, in which the compound is a vitamin, mineral, nutraceutical, low molecular weight pharmaceutical agent, protein, polypeptide, nucleic acid, fatty acid or polysaccharide.
26. Способ по п.25, в котором соединение представляет собой эйкозапентаеновую кислоту, арахидоновую кислоту, глюкозамин, хондроитинсульфат, 1α,25-дигидроксивитамин D3 или 24R,25-дигидроксивитамин D3.26. The method according A.25, in which the compound is eicosapentaenoic acid, arachidonic acid, glucosamine, chondroitin sulfate, 1α, 25-dihydroxyvitamin D 3 or 24R, 25-dihydroxyvitamin D 3 .
27. Способ идентификации соединений, модулирующих связанные с остеоартритом гены, включающий:27. A method for identifying compounds modulating genes associated with osteoarthritis, including:
a) измерение стандартной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в стандартном образце в отсутствие тестируемого соединения;a) measuring standard expression by measuring the products of transcription or translation of one or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof, in a standard sample in the absence of a test compound;
b) измерение опытной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в опытном образце в присутствии тестируемого соединения; иb) measuring the experimental expression by measuring the products of transcription or translation of one or more genes or gene fragments, including any of SEQ ID NOS: 1-1558 or fragments thereof, in a test sample in the presence of a test compound; and
c) сравнение стандартной экспрессии с опытной экспрессией, причем изменение опытной экспрессии по сравнению со стандартной экспрессией указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, по сравнению с состоянием без остеоартрита.c) comparing standard expression with experimental expression, wherein a change in experimental expression compared to standard expression indicates the effect of the test compound on the expression of genes differentially expressed in osteoarthritis compared with a condition without osteoarthritis.