Claims (3)
1. Способ детекции бактерий рода Yersinia и дифференциации патогенных для человека видов иерсиний методом полимеразной цепной реакции, заключающийся в том, что детекцию иерсиний осуществляют путем амплификации участка гена OmpF порина с помощью пары смыслового и антисмыслового родоспецифичных праймеров, направленных к нуклеотидным последовательностям, кодирующим пептиды RLGFAGLK и WNVGAKYDA, идентификацию патогенных видов иерсиний осуществляют путем а) амплификации участка гена OmpF порина Y.pestis с помощью смыслового родоспецифичного и антисмыслового видоспецифичного с нуклеотидной последовательностью, кодирующей пептид TIANGLNT, праймеров, б) амплификации участка гена OmpF порина Y.pseudotuberculosis с помощью пары праймеров: смыслового родоспецифичного праймера, обладающего гомологией на 80-100% с нуклеотидной последовательностью, кодирующей пептид RLGFAGLK, и антисмыслового видоспецифичного праймера, обладающего гомологией на 95-100% с нуклеотидной последовательностью, кодирующей пептид YGFYDFTI; в) амплификации участка гена OmpF порина Y.enterocolitica с помощью пары праймеров: смыслового родоспецифичного праймера, обладающего гомологией на 80-100% с нуклеотидной последовательностью, кодирующей пептид RLGFAGLK, и антисмыслового видоспецифичного праймера, обладающего гомологией на 95-100% с нуклеотидной последовательностью, кодирующей пептид DRSAVANG; дифференциацию патогенных для человека видов рода Yersinia осуществляют по образованию специфичных ПЦР продуктов определенной для каждого патогенного вида иерсиний длины: а) для для Y.pestis длина ПЦР продукта, получаемого при помощи смыслового родоспецифичного праймера (Y-F) и антисмыслового видоспецифичного праймера (YP-R), составляет приблизительно 750 н.п.; б) для Y.pseudotuberculosis длина ПЦР продукта, получаемого при помощи смыслового родоспецифичного праймера (Y-F) и антисмыслового видоспецифичного праймера (YPS-R), составляет приблизительно 430 н.п.; в) для Y.enterocolitica длина ПЦР продукта, получаемого при помощи смыслового родоспецифичного праймера (Y-F) и антисмыслового видоспецифичного праймера (YE-R), составляет приблизительно 270 н.п.; дифференциацию представителей непатогенных видов рода Yersinia от представителей патогенных видов этого рода осуществляют: а) у непатогенных видов иерсиний с помощью смыслового (Y-F) и антисмыслового (Y-R) родоспецифичных праймеров образуется только один специфичный ПЦР продукт, длина которого может составлять 420-470 н.п.; б) у патогенных видов иерсиний образуются два специфичных ПЦР продукта, длина ПЦР продукта, образованного с помощью смыслового (Y-F) и антисмыслового родоспецифичных (Y-R) праймеров может составлять приблизительно 430 н.п. (Y.pestis и Y.pseudotuberculosis) или приблизительно 465 н.п. (Y.enterocolitica), длина второго специфичного ПЦР продукта, образованного с помощью смыслового (Y-F) родоспецифичного и антисмыслового видоспецифичного праймеров приблизительно равны для Y.enterocolitica 270 п.н., для Y.pseudotuberculosis 500 п.н. и для Y.pestis 750 п.н.1. A method for detecting bacteria of the genus Yersinia and differentiating pathogenic for human species of Yersinia by polymerase chain reaction, which consists in the fact that the detection of Yersinia is carried out by amplification of a portion of the OmpF porin gene using a pair of sense and antisense gender-specific primers directed to nucleotide sequences encoding RLGFAGLK peptides and WNVGAKYDA, the identification of pathogenic species of yersinia is carried out by a) amplification of a portion of the OmpF gene of porin Y.pestis using semantic specific and antisense about species-specific with a nucleotide sequence encoding a TIANGLNT peptide, primers, b) amplification of a portion of the OmpF gene of porin Y. pseudotuberculosis using a pair of primers: a seminal specific primer having 80-100% homology with a nucleotide sequence encoding an antigen peptide of L RLF peptide RLF having a 95-100% homology with a nucleotide sequence encoding a YGFYDFTI peptide; c) amplification of a portion of the OmpF gene of porin Y.enterocolitica using a pair of primers: a semantic specific primer having 80-100% homology with a nucleotide sequence encoding an RLGFAGLK peptide and an antisense species-specific primer having 95-100% homology with a nucleotide sequence encoding the peptide DRSAVANG; differentiation of pathogenic for humans species of the genus Yersinia is carried out according to the formation of specific PCR products specific for each pathogenic species of Yersinia length: a) for Y. pestis, the length of the PCR product obtained using a sense genus-specific primer (YF) and an antisense species-specific primer (YP-R) is approximately 750 n.p .; b) for Y. pseudotuberculosis, the length of the PCR product obtained using the sense rhode-specific primer (Y-F) and the antisense species-specific primer (YPS-R) is approximately 430 bp; c) for Y.enterocolitica, the length of the PCR product obtained using a sense-specific rhodospecific primer (Y-F) and an antisense-specific species-specific primer (YE-R) is approximately 270 bp; differentiation of representatives of non-pathogenic species of the genus Yersinia from representatives of pathogenic species of this genus is carried out: a) in non-pathogenic species of Yersinia using semantic (YF) and antisense (YR) gender-specific primers, only one specific PCR product is formed, the length of which can be 420-470 n.p. .; b) in pathogenic species of Yersinia, two specific PCR products are formed, the length of the PCR product formed using sense (Y-F) and antisense race-specific (Y-R) primers can be approximately 430 n.p. (Y. pestis and Y. pseudotuberculosis) or approximately 465 n.a. (Y.enterocolitica), the length of the second specific PCR product formed using semantic (Y-F) gender-specific and antisense species-specific primers is approximately equal to 270 bp for Y.enterocolitica, 500 bp for Y.pseudotuberculosis and for Y. pestis 750 bp
2. Олигонуклеотидные праймеры для осуществления способа по п.1, отличающийся тем, что они включают, по меньшей мере, 10 последовательных нуклеотидов нижеследующей идентификационной последовательности или последовательности, обладающей 80%, предпочтительно 90% и еще более предпочтительно 95% гомологией с нижеуказанной последовательностью:2. Oligonucleotide primers for implementing the method according to claim 1, characterized in that they include at least 10 consecutive nucleotides of the following identification sequence or sequence having 80%, preferably 90% and even more preferably 95% homology with the following sequence:
смысловой родоспецифичный праймер (Y-S),semantic specific primer (Y-S),
5'-GTCTGGGCTTTGCTGGTCTG-3'.5'-GTCTGGGCTTTGCTGGTCTG-3 '.
антисмысловой родоспецифичный праймер (Y-R),antisense gender-specific primer (Y-R),
5'-GCGTCGTATTTAGCACCAACG-3'.5'-GCGTCGTATTTAGCACCAACG-3 '.
антисмысловой видоспецифичный праймер (YP-R),antisense species-specific primer (YP-R),
5'-GTGTTCAGACCGTTTGCGAT-3'.5'-GTGTTCAGACCGTTTGCGAT-3 '.
антисмысловой видоспецифичный праймер (YPS-R),antisense species-specific primer (YPS-R),
5'-GATGGTGAAATCATAAAAACCG-3'.5'-GATGGTGAAATCATAAAAACCG-3 '.
антисмысловой видоспецифичный праймер (YE-R),antisense species-specific primer (YE-R),
5'-CGTTTGCAACAGCGCTGCGAT-3'.5'-CGTTTGCAACAGCGCTGCGAT-3 '.
3. Набор реагентов для осуществления способа по п.1, включающий смесь праймеров (Y-F, Y-R, YP-R, YPS-R и YE-R); реагенты для проведения ПЦР (буфер, Taq - полимераза, дНТФ); положительные контроли (ДНК Y.pestis, ДНК Y.pseudotuberculosis, ДНК Y.enterocolitica и ДНК Y.intermedia); отрицательный контроль; внутренний контроль.3. The reagent kit for implementing the method according to claim 1, comprising a mixture of primers (Y-F, Y-R, YP-R, YPS-R and YE-R); reagents for PCR (buffer, Taq - polymerase, dNTP); positive controls (Y. pestis DNA, Y. pseudotuberculosis DNA, Y.enterocolitica DNA and Y.intermedia DNA); negative control; internal control.