RU2006116498A - Способ классификации химических веществ и идентификации их клеточных мишеней - Google Patents
Способ классификации химических веществ и идентификации их клеточных мишенейInfo
- Publication number
- RU2006116498A RU2006116498A RU2006116498/13A RU2006116498A RU2006116498A RU 2006116498 A RU2006116498 A RU 2006116498A RU 2006116498/13 A RU2006116498/13 A RU 2006116498/13A RU 2006116498 A RU2006116498 A RU 2006116498A RU 2006116498 A RU2006116498 A RU 2006116498A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- parameters
- specified
- antibiotic
- response
- group
- Prior art date
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5082—Supracellular entities, e.g. tissue, organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/18—Testing for antimicrobial activity of a material
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5091—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing the pathological state of an organism
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physiology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Claims (14)
1. Способ получения схемы классификации химических соединений, предусматривающий разделение их на группы по сходству совокупностей параметров биохимического ответа организма, определенных путем воздействия на указанный организм в течение периода меньшего, чем время одной генерации, множеством индивидуальных химических соединений.
2. Способ по п.1, где непосредственно после указанного времени воздействия блокируется метаболизм организма.
3. Способ по п.1, где указанное разделение на группы по сходству включает в себя анализ главных компонент.
4. Способ по п.1, где указанные химические соединения не являются цитотоксическими для клеток млекопитающих.
5. Способ по п.1, где указанный организм восприимчив к указанным индивидуальным химическим соединениям.
6. Способ по п.1, где указанные химические соединения представляют собой антибиотики.
7. Способ по п.1, где указанное множество индивидуальных химических соединений включает в себя эталонные соединения с известным способом действия, и где указанные совокупности параметров представляют собой совокупности параметров эталонного ответа, сгруппированные по сходству способа действия.
8. Схема классификации химических соединений, получаемая способом по любому из пп.1-7.
9. Способ классификации химических соединений, предусматривающий
a) получение схемы классификации химических соединений, осуществляя способ по любому из пп.1-6;
b) воздействие на организм указанного химического соединения;
c) определение совокупности параметров биохимического ответа указанного организма, и
d) определение на указанной схеме положения в группе указанных совокупностей параметров биохимического ответа.
10. Способ классификации антибиотика по способу действия, предусматривающий стадии:
a) получения схемы классификации химических соединений, осуществляя способ по любому из пп.1-6, где указанное химическое соединение представляет собой антибиотик, где указанное множество индивидуальных антибиотиков включает в себя эталонные соединения с известным способом действия, и где указанные совокупности параметров представляют собой совокупности параметров эталонного ответа, сгруппированные по сходству способа действия;
b) воздействия на организм указанного антибиотика;
c) определения совокупности параметров биохимического ответа указанного организма;
d) определения на указанной схеме положения группы указанной совокупности параметров биохимического ответа, и
e) отнесения указанному антибиотику способа действия, соответствующей группы совокупностей параметров эталонного ответа, или соотнесения указанному антибиотику нового способа действия, в случае, если указанное положение находится вне любой известной группы совокупностей параметров эталонного ответа.
11. Способ анализа способ действия антибиотика, предусматривающий:
a) осуществление способа классификации антибиотика по п.10, где совокупность параметров биохимического ответа представляет собой совокупность параметров транскрипционного ответа, тем самым определяя для указанного антибиотика положение в группе совокупности параметров транскрипционного ответа в какой-либо группе;
b) идентификацию на основании указанной совокупности параметров транскрипционного ответа генов указанного организма, на экспрессию которого оказывает существенное действие указанный антибиотик и которые характерны для указанного положения в группе, и
c) определение на основании идентичности указанных генов затронутого указанным антибиотиком клеточного процесса.
12. Способ идентификации нового способа действия антибиотика, предусматривающий:
a) осуществление способа классификации антибиотика по п.10, где совокупность параметров биохимического ответа представляет собой совокупность параметров транскрипционного ответа;
b) выбора антибиотика, у которого соответствующая совокупность параметров транскрипционного ответа имеет положение в какой-либо группе вне любой известной группы совокупностей параметров эталонного ответа;
c) идентификацию на основании совокупности параметров транскрипционного ответа указанного выбранного соединения генов указанного организма, на экспрессию которых оказывает существенное воздействие указанный выбранный антибиотик и которые характерны для указанного положения в группе, и
d) определение на основании идентичности указанных генов затронутого указанным выбранным антибиотиком клеточного процесса, тем самым идентифицируя новый способ действия.
13. Способ идентификации молекулярной мишени антибиотика, предусматривающий стадии:
a) осуществления способа по п.11 или 12;
b) выбора группы вероятных молекулярных мишеней, характерных для затронутого указанным антибиотиком указанного клеточного процесса, и
c) идентификации молекулярной мишени указанного антибиотика в указанной группе.
14. Способ идентификации нового метаболического пути, предусматривающий стадии:
a) осуществления способа по п.9, где совокупность параметров биохимического ответа представляет собой совокупность параметров транскрипционного ответа, где указанное множество индивидуальных химических соединений включает в себя эталонные соединения с известным способом действия и где указанные совокупности параметров представляют собой совокупности параметров эталонного ответа, сгруппированные по сходству способа действия;
b) выбора химического соединения, у которого соответствующая совокупность параметров транскрипционного ответа имеет положение группы вне любой известной группы совокупностей параметров эталонного ответа;
c) идентификации на основании указанной совокупности параметров транскрипционного ответа генов указанного организма, на экспрессию которых оказывает существенное воздействие указанное химическое соединение и которые характерны для указанного положения в группе, и
d) определения на основании идентичности указанных генов затронутого указанным химическим соединением клеточного процесса, тем самым идентифицируя новый метаболический путь.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP03078246.0 | 2003-10-13 | ||
| EP03078246A EP1524319A1 (en) | 2003-10-13 | 2003-10-13 | Method of classifying chemical agents and identifying cellular targets thereof |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2006116498A true RU2006116498A (ru) | 2007-11-27 |
Family
ID=34354525
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2006116498/13A RU2006116498A (ru) | 2003-10-13 | 2004-10-13 | Способ классификации химических веществ и идентификации их клеточных мишеней |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20070264717A1 (ru) |
| EP (2) | EP1524319A1 (ru) |
| JP (1) | JP2007513606A (ru) |
| CN (1) | CN1878873A (ru) |
| AU (1) | AU2004280205A1 (ru) |
| CA (1) | CA2542781A1 (ru) |
| RU (1) | RU2006116498A (ru) |
| WO (1) | WO2005035782A1 (ru) |
Families Citing this family (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| TW200943092A (en) * | 2007-12-21 | 2009-10-16 | Mks Instr Inc | Hierarchically organizing data using a partial least squares analysis (PLS-trees) |
| US9637776B2 (en) * | 2008-02-19 | 2017-05-02 | Opgen, Inc. | Methods of identifying an organism |
| CN104484580B (zh) * | 2014-11-28 | 2017-08-25 | 深圳先进技术研究院 | 基于多标记学习的抗菌肽活性预测方法 |
| EP3539035B1 (en) * | 2016-11-08 | 2024-04-17 | Becton, Dickinson and Company | Methods for expression profile classification |
| US10947576B2 (en) * | 2017-07-25 | 2021-03-16 | Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University | Rapid antibiotic susceptibility testing by tracking sub-micron scale motion of single bacterial cells |
| JP7061768B2 (ja) * | 2018-03-09 | 2022-05-02 | 国立大学法人 東京大学 | 生物応答の解析方法、解析プログラム、及び解析装置 |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1990009096A2 (en) * | 1989-02-03 | 1990-08-23 | Cambridge Neuroscience Research, Inc. | Method of screening and classifying compounds |
| US6801859B1 (en) * | 1998-12-23 | 2004-10-05 | Rosetta Inpharmatics Llc | Methods of characterizing drug activities using consensus profiles |
| AU2001278987A1 (en) * | 2000-07-21 | 2002-02-05 | Althea Technologies, Inc. | A systematic approach to mechanism-of-response analyses |
-
2003
- 2003-10-13 EP EP03078246A patent/EP1524319A1/en not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-10-13 CA CA002542781A patent/CA2542781A1/en not_active Abandoned
- 2004-10-13 RU RU2006116498/13A patent/RU2006116498A/ru unknown
- 2004-10-13 JP JP2006535290A patent/JP2007513606A/ja not_active Withdrawn
- 2004-10-13 WO PCT/NL2004/000719 patent/WO2005035782A1/en not_active Application Discontinuation
- 2004-10-13 US US10/575,295 patent/US20070264717A1/en not_active Abandoned
- 2004-10-13 EP EP04775014A patent/EP1692302A1/en not_active Withdrawn
- 2004-10-13 AU AU2004280205A patent/AU2004280205A1/en not_active Abandoned
- 2004-10-13 CN CNA2004800332266A patent/CN1878873A/zh active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP1524319A1 (en) | 2005-04-20 |
| CA2542781A1 (en) | 2005-04-21 |
| AU2004280205A1 (en) | 2005-04-21 |
| US20070264717A1 (en) | 2007-11-15 |
| CN1878873A (zh) | 2006-12-13 |
| EP1692302A1 (en) | 2006-08-23 |
| JP2007513606A (ja) | 2007-05-31 |
| WO2005035782A1 (en) | 2005-04-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Scott | Cell-of-origin in diffuse large B-cell lymphoma: are the assays ready for the clinic? | |
| Welker et al. | Diversity and distribution of Microcystis (Cyanobacteria) oligopeptide chemotypes from natural communities studied by single-colony mass spectrometry | |
| Zenobi | Single-cell metabolomics: analytical and biological perspectives | |
| Lu et al. | Microchip-based single-cell functional proteomics for biomedical applications | |
| CN107051597B (zh) | 改良的疾病检测仪 | |
| TWI831766B (zh) | 用於區別對靶標之效應的系統及方法 | |
| US20210080469A1 (en) | Anoliter-scale sample processing and mass spectrometry acquisition method for single cell proteomics | |
| JP2008547005A5 (ru) | ||
| RU2006116498A (ru) | Способ классификации химических веществ и идентификации их клеточных мишеней | |
| Finke et al. | Classification of Fermi-LAT sources with deep learning using energy and time spectra | |
| Williams et al. | Short-stalked Prosthecomicrobium hirschii cells have a Caulobacter-like cell cycle | |
| JP6193996B2 (ja) | 質量分析による微生物同定における混合物の検出 | |
| Baer et al. | Early supersymmetry discovery at the CERN LHC without missing ET: The role of multileptons | |
| García Osuna et al. | Large-scale automated analysis of location patterns in randomly tagged 3T3 cells | |
| Yu et al. | Intelligent optofluidic analysis for ultrafast single bacterium profiling of cellulose production and morphology | |
| Fishman et al. | Segmenting nuclei in brightfield images with neural networks | |
| Zhu et al. | Algorithms push forward the application of MALDI–TOF mass fingerprinting in rapid precise diagnosis | |
| Hynek et al. | Identification of freshwater zooplankton species using protein profiling and principal component analysis | |
| Barteneva et al. | Heterogeneity of metazoan cells and beyond: To integrative analysis of cellular populations at single-cell level | |
| WO2021149920A3 (ko) | 장내 미생물 분석 결과를 제공하는 방법 및 서버 | |
| Sandrin et al. | Using mass spectrometry to identify and characterize bacteria | |
| Ng | Conserved mass peaks in MALDI-TOF mass spectra of bacterial species at the genus and species levels | |
| Orekhov et al. | Automated Soil Microbiology Using Lensless and LDI MS Imaging with Buried Slides | |
| Durai Arun et al. | An image based microtiter plate reader system for 96-well format fluorescence assays | |
| Tegfalk | Application of machine learning techniques to perform base-calling in next-generation DNA sequencing |