RU2005141111A - Система управления биохимической информацией - Google Patents

Claims (15)

1. Система управления информацией для управления биохимической информацией, содержащая

сервер (S) и базу данных (DB), которая содержит указанную биохимическую информацию в форме наборов (202, 610, 620, 630) переменных данных, причем каждый набор переменных данных включает

матрицу (614, 624, 634) значений переменных, содержащую значения переменных, организованные в строки и столбцы;

список (613, 623, 633) описаний строк матрицы значений переменных на языке (30) описания переменных;

список (612, 622, 632) описаний столбцов матрицы значений переменных на языке (30) описания переменных;

описание (611, 621, 631) фиксированных размерностей, общих для всех значений в матрице значений переменных, на языке (30) описания переменных.

2. Система по п.1, отличающаяся тем, что сервер (S) содержит файловую систему, а обращение к матрице (614, 624, 634) значений переменных осуществляется через файловую систему, независимо от списка описаний строк, списка описаний столбцов или описания фиксированных размерностей.

3. Система по п.1, отличающаяся тем, что

язык (30) описания переменных содержит описания переменных, причем каждое описание переменной содержит одну или несколько пар "ключевое слово (32) - имя (34)";

указанная система содержит таблицу (38) допустимых ключевых слов.

4. Система по п.3, отличающаяся тем, что дополнительно содержит логику (300), осуществляющую проверку синтаксиса переменных, выраженных на указанном языке описания переменных.

5. Система по п.3, отличающаяся тем, что указанная система включает составные переменные выражения, причем каждое составное переменное выражение содержит два или более переменных выражений, разделенных операторами и/или функциями.

6. Система по п.1, отличающаяся тем, что дополнительно включает структурированные описания биохимических путей (700), формируемые из, по меньшей мере, путей (212), биохимических объектов (218), связей (216) и взаимодействий (222), причем

каждому пути (212) соответствуют одна или несколько связей (216);

каждая связь (216) соединяет один биохимический объект (218) и одно взаимодействие (222);

каждому пути (212) соответствует информация (214) о местоположении.

7. Система по п.6, отличающаяся тем, что каждому взаимодействию (222) соответствует один или несколько кинетических законов (224).

8. Система по п.6, отличающаяся тем, что дополнительно содержит средство, назначающее каждой связи одну из нескольких предопределенных ролей, причем роль обозначает роль биохимического объекта (218) во взаимодействии (222), и имеются следующие предопределенные роли: субстрат (840), продукт (850), активатор (860), ингибитор(870).

9. Система по п.6, отличающаяся тем, что дополнительно содержит средство, назначающее каждой связи стехиометрический коэффициент, указывающий количество молекул биохимического объекта (218), потребляемое или образуемое в процессе взаимодействия (222).

10. Система по п.6, отличающаяся тем, что дополнительно содержит логику пользовательского интерфейса для вывода визуальных представлений (800) указанных структурированных описаний биохимических путей (700).

11. Система по п.10, отличающаяся тем, что логика пользовательского интерфейса включает средства вывода визуальных представлений (800) измеренных или изменившихся переменных, относящихся к биохимическим объектам (881), взаимодействиям (882) и/или связям (883) биохимических путей (700).

12. Система по п.6, отличающаяся тем, что дополнительно включает связи (720, 730) путей, предназначенные для объединения нескольких путей (711-714) в комплексные пути.

13. Система по п.1, отличающаяся тем, что дополнительно включает логику пользовательского интерфейса, осуществляющую визуальное отображение результатов (1102-1174) трассировки потоков данных между взаимосвязанными наборами переменных данных.

14. Система по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что реальные биохимические объекты и компьютерные эксперименты хранятся в структурно сходных наборах переменных данных.

15. Способ управления биохимической информацией, предусматривающий хранение указанной биохимической информации в форме наборов (202, 610, 620, 630) переменных данных, причем каждый набор переменных данных включает

матрицу (614, 624, 634) значений переменных, содержащую значения переменных, организованные в строки и столбцы;

список (613, 623, 633) описаний строк матрицы значений переменных на языке (30) описания переменных;

список (612, 622, 632) описаний столбцов матрицы значений переменных на языке (30) описания переменных;

описание (611, 621, 631) фиксированных размерностей, общих для всех значений в матрице значений переменных, на языке (30) описания переменных.