Claims (37)
1. Способ оценки способности соединения ассоциироваться с молекулой или молекулярным комплексом, включающим в себя нелигандный сайт связывания А-домена интегрина, предусматривающий1. A method for evaluating the ability of a compound to associate with a molecule or molecular complex, including the non-ligand integrin A-domain binding site, comprising
(а) использование компьютерных средств для осуществления операции подгонки между соединением и областью контакта в области -петля/F-нити -хвостового домена (TD) интегрина без связанного лиганда (например, Vв3); и(a) using computer tools to carry out the fitting operation between the connection and the contact region in the β-loop / F-strand region of the tail region (TD) integrin without a bound ligand (for example, Vb3); and
(b) анализ результатов операции подгонки для количественной оценки указанного потенциала ассоциации.(b) analyzing the results of the fitting operation to quantify said association potential.
2. Способ по п.1, где соединение имитирует взаимодействие пептида, содержащего аминокислотную последовательность C663VVRFQYYE671D672S673S674G675KSILYVVEEPEC687 или ее фрагмент, или K618KFDREPYMTENTCNR633YCRD или ее фрагмент, с областью -петли/F-нити А-домена интегрина.2. The method according to claim 1, where the compound mimics the interaction of a peptide containing the amino acid sequence C 663 VVRFQYYE 671 D 672 S 673 S 674 G 675 KSILYVVEEPEC 687 or a fragment thereof, or K 618 KFDREPYMTENTCNR 633 YCRD or its fragment, with the β-loop region / F-strands of the A domain of integrin.
3. Способ идентификации соединения-кандидата в селективные модуляторы активности интегрина, предусматривающий3. A method for identifying a candidate compound for selective integrin activity modulators, comprising
(а) моделирование тест-соединений, которые входят пространственно и предпочтительно в нелигандный сайт связывания А-домена представляющего интерес интегрина, с использованием атомарной структурной модели А-домена интегрина, где атомарная структурная модель генерируется с использованием аминокислотной последовательности, содержащей C663VVRFQYYE671D672S673S674G675KSILYVVEEPEC687 или ее фрагмент, или K618KFDREPYMTENTCNR633YCRD или ее фрагмент;(a) modeling test compounds that enter spatially and preferably in the non-ligand binding site of the A domain of an integrin of interest using an atomic structural model of an integrin A domain, where an atomic structural model is generated using an amino acid sequence containing C 663 VVRFQYYE 671 D 672 S 673 S 674 G 675 KSILYVVEEPEC 687 or a fragment thereof, or K 618 KFDREPYMTENTCNR 633 YCRD or a fragment thereof;
(b) скрининг тест-соединений в биологическом анализе активации интегрина, характеризующейся связыванием тест-соединений с нелигандным сайтом связывания А-домена интегрина; и(b) screening of test compounds in a biological analysis of integrin activation, characterized by binding of test compounds to a non-ligand integrin A domain binding site; and
(с) идентификацию тест-соединения, которое селективно модулирует активность интегрина, и необязательно,(c) identifying a test compound that selectively modulates integrin activity, and optionally,
(d) скрининг идентифицированного тест-соединения в биологическом анализе на его способность предотвращать взаимодействие А-домена и TD-домена посредством связывания идентифицированного тест-соединения с нелигандным сайтом связывания А-домена интегрина, и(d) screening the identified test compound in a biological assay for its ability to prevent the interaction of the A domain and the TD domain by linking the identified test compound to the non-ligand integrin A domain binding site, and
(е) определение тест-соединения после скрининга как соединения, способного селективно модулировать активность интегрина из пула тест-соединений, причем в различных воплощениях модулирование включает в себя ингибирование активности интегрина, и модулирование включает в себя ингибирование связывания лиганда с интегрином.(e) determining the test compound after screening as a compound capable of selectively modulating integrin activity from a pool of test compounds, wherein in various embodiments, modulation includes inhibition of integrin activity, and modulation includes inhibition of ligand binding to integrin.
4. Способ идентификации соединения-кандидата в ингибиторы активности интегрина, предусматривающий4. A method for identifying a compound candidate for integrin activity inhibitors, comprising
(а) введение в подходящую компьютерную программу информации, определяющей нелигандный сайт связывания А-домена интегрина, причем информация включает в себя конформацию, определяемую по координатам атомов, как в Таблице 1 или Таблице 2, или в обеих этих таблицах, как определено на Фигурах 9 и 10, где программа отражает на экране трехмерную структуру;(a) introducing into a suitable computer program information defining the non-ligand binding site of the integrin A domain, and the information includes a conformation determined by the coordinates of the atoms, as in Table 1 or Table 2, or in both of these tables, as defined in Figures 9 and 10, where the program displays a three-dimensional structure on the screen;
(b) создание трехмерной структуры тест-соединения в компьютерной программе;(b) creating a three-dimensional structure of the test compound in a computer program;
(с) наложение модели тест-соединения на модель нелигандного сайта связывания А-домена интегрина; и(c) overlaying the test compound model on the model of the non-ligand integrin A-domain binding site; and
(d) оценка того, подходит ли пространственно тест-соединение нелигандному сайту связывания.(d) an assessment of whether the test compound is spatially suitable for the non-ligand binding site.
5. Способ по п.4, где атомы выбраны из тех, которые представлены в Таблице 1 и Таблице 2.5. The method according to claim 4, where the atoms are selected from those shown in Table 1 and Table 2.
6. Способ идентификации соединения-кандидата в модуляторы интегрина, предусматривающий6. A method for identifying a candidate compound for integrin modulators, comprising
(а) получение трехмерной структуры контактной области TD б7-петли/F-нити А-домена интегрина без связанного лиганда;(a) obtaining a three-dimensional structure of the TD contact region of the B7 loop / F strand of the integrin A domain without bound ligand;
(b) использование трехмерной структуры для создания или выбора соединения-кандидата, модулирующего интегрин, и(b) using a three-dimensional structure to create or select a candidate compound modulating integrin, and
(с) идентификацию указанного соединения-кандидата, модулирующего интегрин, с помощью данных, полученных на стадиях (а) и (b).(c) identifying said candidate compound modulating integrin using the data obtained in steps (a) and (b).
7. Способ по п.6, дополнительно предусматривающий (d) предоставление модулирующего интегрин соединения; и (е) определение способности ингибитора интегрина связываться с интегрином посредством контактирования модулирующего соединения с интегрином.7. The method according to claim 6, further comprising (d) providing an integrin modulating compound; and (e) determining the ability of an integrin inhibitor to bind to integrin by contacting the modulating compound with integrin.
8. Способ идентификации соединения-кандидата в модуляторы интегрина, предусматривающий8. A method for identifying a candidate compound for integrin modulators, comprising
(а) экспрессию рекомбинантного фрагмента интегрина, содержащего А-домен и TD-домены; и(a) expression of a recombinant integrin fragment containing the A domain and TD domains; and
(b) использование белок-белкового взаимодействия этих двух доменов в скрининговых анализах для определения модуляторов взаимодействия А-домена и TD-домена.(b) using the protein-protein interaction of these two domains in screening assays to determine modulators of the interaction of the A domain and the TD domain.
9. Способ по п.8, дополнительно предусматривающий (с) обеспечение соединения, модулирующего интегрин; и9. The method of claim 8, further comprising (c) providing a compound modulating integrin; and
(d) определение способности модулятора интегрина связываться с интегрином путем измерения взаимодействия модулирующего соединения с интегрином; и (е) использование модулирующего соединения в качестве основы для создания лекарства.(d) determining the ability of the integrin modulator to bind to the integrin by measuring the interaction of the modulating compound with integrin; and (e) the use of a modulating compound as a basis for creating a drug.
10. Способ ингибирования активации интегрина, предусматривающий контактирование соединения с интегрином и, таким образом, запирание структуры А-домена интегрина в неактивируемой форме.10. A method of inhibiting integrin activation, comprising contacting the compound with integrin and, thus, locking the structure of the integrin A domain in non-activated form.
11. Способ по п.10, где соединение имитирует внутрицепочечный лиганд при его взаимодействии с интегрином.11. The method according to claim 10, where the compound mimics the intrachain ligand when it interacts with integrin.
12. Способ по п.10, где внутрицепочечный лиганд содержит последовательность SEQ ID No:1 или ее фрагмент, или SEQ ID No:2 или ее фрагмент.12. The method of claim 10, where the intrachain ligand contains the sequence of SEQ ID No: 1 or a fragment thereof, or SEQ ID No: 2 or a fragment thereof.
13. Способ по п.10, где внутрицепочечным лигандом является член семейства статинов.13. The method of claim 10, wherein the intrachain ligand is a member of the statin family.
14. Способ идентификации модулятора интегрина, предусматривающий14. A method for identifying an integrin modulator, comprising
(а) выбор потенциального ингибитора путем осуществления рационального создания лекарства с помощью трехмерных структурных координат Таблицы 1, или Таблицы 2, или обеих, как определено на Фигурах 9 и 10, где выбор осуществляют совместно с компьютерным моделированием;(a) selecting a potential inhibitor by rationally creating the drug using the three-dimensional structural coordinates of Table 1, or Table 2, or both, as defined in Figures 9 and 10, where the selection is made in conjunction with computer simulation;
(b) контактирование потенциального ингибитора с доменом интегрина; и(b) contacting a potential inhibitor with an integrin domain; and
(с) определение способности потенциального ингибитора ингибировать интегрин.(c) determining the ability of a potential inhibitor to inhibit integrin.
15. Способ по п.14, где стадию (с) осуществляют с помощью анализа связывания лиганда.15. The method of claim 14, wherein step (c) is carried out using a ligand binding assay.
16. Способ по п.14, где стадию (с) осуществляют на основе клеточного анализа.16. The method according to 14, where stage (C) is carried out on the basis of cell analysis.
17. Способ по п.16 дополнительно предусматривающий17. The method according to clause 16 further comprising
(d) рост добавочного кристалла, содержащего комплекс, образованный между доменом интегрина и первым потенциальным ингибитором со стадии (а), причем добавочный кристалл эффективно преломляет рентгеновские лучи по атомным координатам комплекса с разрешением более чем 4,0 Е;(d) the growth of an additional crystal containing a complex formed between the integrin domain and the first potential inhibitor from step (a), the additional crystal effectively refracting X-rays from the atomic coordinates of the complex with a resolution of more than 4.0 E;
(е) определение трехмерной структуры добавочного кристалла;(e) determination of the three-dimensional structure of the additional crystal;
(f) выбор второго потенциального ингибитора в результате проведения рационального создания лекарства с трехмерной структурой, определяемой для добавочного кристалла, где выбор осуществляют совместно с компьютерным моделированием;(f) the selection of a second potential inhibitor as a result of rational creation of a drug with a three-dimensional structure defined for an additional crystal, where the selection is carried out in conjunction with computer simulation;
(g) контакт второго потенциального ингибитора с доменом интегрина; и(g) contact of the second potential inhibitor with the integrin domain; and
(h) определение способности второго потенциального ингибитора ингибировать интегрин.(h) determining the ability of the second potential inhibitor to inhibit integrin.
18. Соединение, определяемое способом по п.3, с условием, что соединение не является ловастатином.18. The compound determined by the method according to claim 3, with the proviso that the compound is not lovastatin.
19. Фармацевтические композиции, содержащие указанные в пп.1-17 соединения и фармацевтически приемлемый носитель.19. Pharmaceutical compositions containing the compounds indicated in claims 1-17 and a pharmaceutically acceptable carrier.
20. Способ модулирования, ингибирования или стимулирования связывания лигандов или ассоциированных белков с интегринами путем модификации взаимодействия бета-А-домена интегрина (А) с бета-хвостовым доменом (TD).20. A method for modulating, inhibiting, or stimulating the binding of ligands or associated proteins to integrins by modifying the interaction of the integrin beta-A domain (A) with the beta-tail domain (TD).
21. Способ по п.20, где интегрин выбирают из группы, состоящей из Vв1, бVв3, бVв5, бVв6, бVв8, б3в1, б4в1, б5в1, б6в1, б6в4, б7в1, б9в1, б4в7, gp3b3a, б1в1, б2в1, б10в1, б11в1, LFA-1, MAC-1 и б150в95.21. The method according to claim 20, where the integrin is selected from the group consisting of Vv1, bVv3, bVv5, bVv6, bVv8, b3v1, b4v1, b5v1, b6v1, b6v4, b7v1, b9v1, b4v7, gp3b3a, b1v1, b2v, b11v1, LFA-1, MAC-1 and b150v95.
22. Способ по п.20, где взаимодействие А с TD исследуют с использованием либо компьютерных, либо биохимических, либо биофизических методов.22. The method according to claim 20, where the interaction of A with TD is investigated using either computer, or biochemical, or biophysical methods.
23. Способ по п.20, где либо А, либо TD, либо они оба служат в качестве структур, на которых основаны компьютерные или биохимические, или биофизические методы.23. The method according to claim 20, where either A or TD, or both serve as structures on which computer or biochemical or biophysical methods are based.
24. Способ оценки способности соединения связываться с молекулой или молекулярным комплексом, содержащим нелигандный сайт связывания А-домена интегрина, предусматривающий24. A method for evaluating the ability of a compound to bind to a molecule or molecular complex containing a non-ligand integrin A-domain binding site, comprising
(а) создание компьютерной модели сайта связывания, определяемого структурными координатами, где среднеквадратичное отклонение между указанными структурными координатами и структурными координатами аминокислот Таблицы 1 или Таблицы 2 в соответствии с ФИГ. 9 и 10 составляет не более 4,0 Е;(a) creating a computer model of the binding site defined by the structural coordinates, where the standard deviation between the indicated structural coordinates and the structural coordinates of the amino acids of Table 1 or Table 2 in accordance with FIG. 9 and 10 is not more than 4.0 U;
(b) выбор соединения, которое будет оценено с помощью метода, выбранного из группы, состоящей из (i) сборки молекулярных фрагментов в соединение, (ii) выбора соединения из базы данных по малым молекулам, (iii) de novo лигандного создания соединения, и (iv) модификации известного ингибитора, или его части, белка киназы;(b) selecting a compound to be evaluated using a method selected from the group consisting of (i) assembling molecular fragments into a compound, (ii) selecting a compound from a small molecule database, (iii) de novo ligand creation of the compound, and (iv) modifying a known inhibitor, or part thereof, of a kinase protein;
(с) использование компьютерных методов для осуществления операции подгонки между компьютерными моделями оцениваемого соединения и сайтом связывания с целью обеспечения минимальной энергетической конфигурации соединения в сайте связывания; и(c) using computer methods to perform the fitting operation between the computer models of the compound to be evaluated and the binding site in order to ensure a minimal energy configuration of the compound at the binding site; and
(d) оценку результатов операции подгонки для количественной оценки ассоциации между указанным соединением и сайтом связывания, таким образом оценивая способность соединения к ассоциации с сайтом связывания.(d) evaluating the results of the fitting operation to quantify the association between said compound and the binding site, thereby assessing the ability of the compound to associate with the binding site.
25. Способ по п.24, где сайт связывания дополнительно определяется структурными координатами одной или более аминокислот из SEQ ID No:1-4 в соответствии с фиг. 9 и 10.25. The method according to paragraph 24, where the binding site is additionally determined by the structural coordinates of one or more amino acids from SEQ ID No: 1-4 in accordance with FIG. 9 and 10.
26. Способ по п.24, где указанная молекула или молекулярный комплекс определяются набором структурных координат аминокислот SEQ ID No:1-4 в соответствии с фиг. 9 и 10.26. The method according to paragraph 24, where the specified molecule or molecular complex is determined by the set of structural coordinates of amino acids SEQ ID No: 1-4 in accordance with Fig. 9 and 10.
27. Способ по п.24, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 3 Е.27. The method according to paragraph 24, where the standard deviation is not more than 3 E.
28. Способ по п.24, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 2,5 Е.28. The method according to paragraph 24, where the standard deviation is not more than 2.5 E.
29. Способ по п.24, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 2 Е.29. The method according to paragraph 24, where the standard deviation is not more than 2 E.
30. Способ по п.24, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 1,5 Е.30. The method according to paragraph 24, where the standard deviation is not more than 1.5 E.
31. Способ идентификации активатора или ингибитора, нелигандного сайта связывания А-домена интегрина, предусматривающий31. A method for identifying an activator or inhibitor, a non-ligand integrin A-domain binding site, comprising
(а) создание компьютерной модели сайта связывания, определяемого структурными координатами, где среднеквадратичное отклонение между указанными структурными координатами и структурными координатами аминокислот Таблицы 1 или Таблицы 2 в соответствии с фиг. 9 и 10 составляет не более 4,0 Е;(a) creating a computer model of the binding site defined by the structural coordinates, where the standard deviation between the indicated structural coordinates and the structural coordinates of the amino acids of Table 1 or Table 2 in accordance with FIG. 9 and 10 is not more than 4.0 U;
(b) выбор соединения, которое следует оценить в качестве потенциального активатора или ингибитора, с помощью метода, выбранного из группы, состоящей из (i) сборки молекулярных фрагментов в соединение, (ii) выбора соединения из базы данных по малым молекулам, (iii) de novo лигандного дизайна соединения, и (iv) модификации известного ингибитора, или его части, интегрина;(b) selecting a compound to be evaluated as a potential activator or inhibitor using a method selected from the group consisting of (i) assembling molecular fragments into a compound, (ii) selecting a compound from a small molecule database, (iii) de novo ligand design of the compound, and (iv) modification of a known inhibitor, or part thereof, integrin;
(с) использование компьютерных средств для осуществления операции подгонки между компьютерными моделями соединения, которое нужно оценить, и сайтом связывания с целью обеспечения конфигурации соединения с минимальной энергией в сайте связывания;(c) using computer tools to perform the fitting operation between the computer models of the compound to be evaluated and the binding site in order to ensure the configuration of the compound with minimal energy at the binding site;
(d) оценку результатов операции подгонки для количественной оценки ассоциации между соединением и моделью сайта связывания, таким образом оценивая способность соединения к ассоциации с указанным карманом связывания;(d) evaluating the results of the fitting operation to quantify the association between the compound and the binding site model, thereby evaluating the ability of the compound to associate with the specified binding pocket;
(е) обеспечение соединения; и(e) providing a connection; and
(f) контактирование соединения с молекулой для определения способности соединения активировать или ингибировать молекулу.(f) contacting the compound with the molecule to determine the ability of the compound to activate or inhibit the molecule.
32. Способ по п.31, где сайт связывания дополнительно определяется структурными координатами одной или более аминокислот из SEQ ID NO:1-4 в соответствии с ФИГ. 9 или 10.32. The method according to p, where the binding site is additionally determined by the structural coordinates of one or more amino acids from SEQ ID NO: 1-4 in accordance with FIG. 9 or 10.
33. Способ по п.31, где указанная молекула или молекулярный комплекс определяется набором структурных координат аминокислот SEQ ID NO:1-4 в соответствии с ФИГ. 9 и 10.33. The method according to p, where the specified molecule or molecular complex is determined by the set of structural coordinates of amino acids SEQ ID NO: 1-4 in accordance with FIG. 9 and 10.
34. Способ по п.31, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 3 Е.34. The method according to p, where the standard deviation is not more than 3 E.
35. Способ по п.31, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 2,5 Е.35. The method according to p, where the standard deviation is not more than 2.5 E.
36. Способ по п.31, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 2 Е.36. The method according to p, where the standard deviation is not more than 2 E.
37. Способ по п.31, где среднеквадратичное отклонение составляет не более 1,5 Е.37. The method according to p, where the standard deviation is not more than 1.5 E.