RU2000109306A - BI- AND TRICYCLIC ANALOGUES OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES - Google Patents
BI- AND TRICYCLIC ANALOGUES OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDESInfo
- Publication number
- RU2000109306A RU2000109306A RU2000109306/04A RU2000109306A RU2000109306A RU 2000109306 A RU2000109306 A RU 2000109306A RU 2000109306/04 A RU2000109306/04 A RU 2000109306/04A RU 2000109306 A RU2000109306 A RU 2000109306A RU 2000109306 A RU2000109306 A RU 2000109306A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- groups
- group
- optionally substituted
- alkyl
- oligomer
- Prior art date
Links
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 title claims 71
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 title claims 41
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims 18
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims 63
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims 61
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims 61
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims 45
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims 43
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims 32
- 150000002431 hydrogen Chemical group 0.000 claims 31
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 30
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 30
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims 30
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims 30
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 claims 24
- -1 sulfonic groups Chemical group 0.000 claims 21
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims 19
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 claims 19
- 125000004191 (C1-C6) alkoxy group Chemical group 0.000 claims 18
- 125000006619 (C1-C6) dialkylamino group Chemical group 0.000 claims 17
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims 17
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 claims 17
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 17
- 125000000852 azido group Chemical group *N=[N+]=[N-] 0.000 claims 16
- 125000006700 (C1-C6) alkylthio group Chemical group 0.000 claims 15
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 13
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 13
- 125000003917 carbamoyl group Chemical group [H]N([H])C(*)=O 0.000 claims 12
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 claims 12
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 claims 12
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 claims 12
- 125000000882 C2-C6 alkenyl group Chemical group 0.000 claims 11
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims 10
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 claims 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 9
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims 9
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 claims 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N Thymine Chemical group CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 8
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 8
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N adenyl group Chemical group N1=CN=C2N=CNC2=C1N GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 8
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 claims 8
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 claims 8
- 125000003320 C2-C6 alkenyloxy group Chemical group 0.000 claims 7
- 125000003601 C2-C6 alkynyl group Chemical group 0.000 claims 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 7
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 claims 7
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 claims 7
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 7
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-I triphosphate(5-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-I 0.000 claims 7
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J Pyrophosphate Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 claims 6
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 claims 6
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 claims 6
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 claims 6
- 150000004712 monophosphates Chemical class 0.000 claims 6
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 claims 6
- 125000004043 oxo group Chemical group O=* 0.000 claims 6
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims 6
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims 6
- 229920002395 Aptamer Polymers 0.000 claims 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 5
- 238000007792 addition Methods 0.000 claims 5
- 125000004104 aryloxy group Chemical group 0.000 claims 5
- 125000004454 (C1-C6) alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 claims 4
- 229960000643 Adenine Drugs 0.000 claims 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N Cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 229940104302 Cytosine Drugs 0.000 claims 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N Guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims 4
- 229940113082 Thymine Drugs 0.000 claims 4
- 229940035893 Uracil Drugs 0.000 claims 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims 4
- 125000004423 acyloxy group Chemical group 0.000 claims 4
- 150000001447 alkali salts Chemical class 0.000 claims 4
- 125000004429 atoms Chemical group 0.000 claims 4
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims 4
- 230000000295 complement Effects 0.000 claims 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 4
- 125000000325 methylidene group Chemical group [H]C([H])=* 0.000 claims 4
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims 4
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims 4
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 claims 4
- 125000004916 (C1-C6) alkylcarbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000005947 C1-C6 alkylsulfonyloxy group Chemical group 0.000 claims 3
- 230000004913 activation Effects 0.000 claims 3
- 125000003302 alkenyloxy group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000004453 alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000003806 alkyl carbonyl amino group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000004448 alkyl carbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000005133 alkynyloxy group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000004202 aminomethyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])* 0.000 claims 3
- 125000005129 aryl carbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000005161 aryl oxy carbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000002057 carboxymethyl group Chemical group [H]OC(=O)C([H])([H])[*] 0.000 claims 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 claims 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 3
- 150000004676 glycans Polymers 0.000 claims 3
- 125000005223 heteroarylcarbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000005553 heteroaryloxy group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000005226 heteroaryloxycarbonyl group Chemical group 0.000 claims 3
- 125000004029 hydroxymethyl group Chemical group [H]OC([H])([H])* 0.000 claims 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims 3
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 claims 3
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 claims 3
- 150000004804 polysaccharides Polymers 0.000 claims 3
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims 3
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims 3
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims 3
- 229920002287 Amplicon Polymers 0.000 claims 2
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 claims 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims 2
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 claims 2
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 claims 2
- 125000004457 alkyl amino carbonyl group Chemical group 0.000 claims 2
- 230000000692 anti-sense Effects 0.000 claims 2
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 claims 2
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 claims 2
- 230000000890 antigenic Effects 0.000 claims 2
- 125000005418 aryl aryl group Chemical group 0.000 claims 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 claims 2
- 230000003197 catalytic Effects 0.000 claims 2
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 claims 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims 2
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 claims 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims 2
- 125000005842 heteroatoms Chemical group 0.000 claims 2
- 125000001841 imino group Chemical group [H]N=* 0.000 claims 2
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 claims 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 2
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 claims 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 claims 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 2
- 125000003003 spiro group Chemical group 0.000 claims 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims 2
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 claims 2
- 125000000464 thioxo group Chemical group S=* 0.000 claims 2
- HOGVTUZUJGHKPL-HTVVRFAVSA-N triciribine Chemical class C=12C3=NC=NC=1N(C)N=C(N)C2=CN3[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O HOGVTUZUJGHKPL-HTVVRFAVSA-N 0.000 claims 2
- 125000004169 (C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 claims 1
- 229940024606 Amino Acids Drugs 0.000 claims 1
- 229940064005 Antibiotic throat preparations Drugs 0.000 claims 1
- 229940083879 Antibiotics FOR TREATMENT OF HEMORRHOIDS AND ANAL FISSURES FOR TOPICAL USE Drugs 0.000 claims 1
- 229940042052 Antibiotics for systemic use Drugs 0.000 claims 1
- 229940019746 Antifibrinolytic amino acids Drugs 0.000 claims 1
- 229940042786 Antitubercular Antibiotics Drugs 0.000 claims 1
- 230000002112 DNA intercalation Effects 0.000 claims 1
- 102000016928 DNA-Directed DNA Polymerase Human genes 0.000 claims 1
- 108010014303 DNA-Directed DNA Polymerase Proteins 0.000 claims 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 claims 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 claims 1
- 108020004461 Double-Stranded RNA Proteins 0.000 claims 1
- 101710003775 ERVK-10 Proteins 0.000 claims 1
- 101710037030 ERVK-11 Proteins 0.000 claims 1
- 101710009283 ERVK-18 Proteins 0.000 claims 1
- 101710009286 ERVK-19 Proteins 0.000 claims 1
- 102000033147 ERVK-25 Human genes 0.000 claims 1
- 101710035700 ERVK-25 Proteins 0.000 claims 1
- 101710038044 ERVK-6 Proteins 0.000 claims 1
- 101710014468 ERVK-7 Proteins 0.000 claims 1
- 101710014482 ERVK-8 Proteins 0.000 claims 1
- 229940093922 Gynecological Antibiotics Drugs 0.000 claims 1
- 101710043924 HERVK_113 Proteins 0.000 claims 1
- 229940021015 I.V. solution additive Amino Acids Drugs 0.000 claims 1
- 101700080605 NUC1 Proteins 0.000 claims 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 claims 1
- 229910003849 O-Si Inorganic materials 0.000 claims 1
- 229910003872 O—Si Inorganic materials 0.000 claims 1
- 101710006375 RNASEH1 Proteins 0.000 claims 1
- 101700078434 RT67 Proteins 0.000 claims 1
- 108020004688 Small Nuclear RNA Proteins 0.000 claims 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 claims 1
- 229940024982 Topical Antifungal Antibiotics Drugs 0.000 claims 1
- 229920001949 Transfer RNA Polymers 0.000 claims 1
- 230000036462 Unbound Effects 0.000 claims 1
- 125000005196 alkyl carbonyloxy group Chemical group 0.000 claims 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims 1
- 125000000401 aminosulfanyl group Chemical group [H]N([H])S* 0.000 claims 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 claims 1
- IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N azide group Chemical group [N-]=[N+]=[N-] IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 claims 1
- 230000003115 biocidal Effects 0.000 claims 1
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 claims 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 claims 1
- 230000024881 catalytic activity Effects 0.000 claims 1
- 229920002092 cellular RNA Polymers 0.000 claims 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 1
- 238000007374 clinical diagnostic method Methods 0.000 claims 1
- 125000000847 cytosin-1-yl group Chemical group [*]N1C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 claims 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 claims 1
- 229940079593 drugs Drugs 0.000 claims 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims 1
- 229940079866 intestinal antibiotics Drugs 0.000 claims 1
- 239000000463 material Substances 0.000 claims 1
- 230000001404 mediated Effects 0.000 claims 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 1
- 230000000051 modifying Effects 0.000 claims 1
- 125000002950 monocyclic group Chemical group 0.000 claims 1
- 101700006494 nucA Proteins 0.000 claims 1
- 229940005935 ophthalmologic Antibiotics Drugs 0.000 claims 1
- 125000001820 oxy group Chemical group [*:1]O[*:2] 0.000 claims 1
- 102000014187 peptide receptors Human genes 0.000 claims 1
- 108010011903 peptide receptors Proteins 0.000 claims 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 claims 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims 1
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 claims 1
- 229920002973 ribosomal RNA Polymers 0.000 claims 1
- 229920002033 ribozyme Polymers 0.000 claims 1
- 101700086982 rnh Proteins 0.000 claims 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 claims 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims 1
- 229920001255 small nuclear ribonucleic acid Polymers 0.000 claims 1
- 230000000707 stereoselective Effects 0.000 claims 1
- 230000001225 therapeutic Effects 0.000 claims 1
- 125000003294 thymin-1-yl group Chemical group [H]N1C(=O)N(*)C([H])=C(C1=O)C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 claims 1
- 125000000845 uracil-1-yl group Chemical group [*]N1C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C1[H] 0.000 claims 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N urea group Chemical group NC(=O)N XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
Claims (140)
где Х выбирают из -О-, -S-, -N(RN*)-, -C(R6R6*)-, -O-C(R7R7*)-, -C(R6R6*)-O-, -S-C(R7R7*)-, -C(R6R6*)-S-, -N(RN*)-C(R7R7*)-, -C(R6R6*)-N(RN*)- и -С(R6R6*)-С(R7R7*)-;
В выбирают из водорода, гидроксила, необязательно замещенной C1-4-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-4-алкила, необязательно замещенной C1-4-ацилоксигруппы, нуклеотидных оснований, ДНК-интеркалирующих агентов, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов;
Р обозначает положение радикала для формирования межнуклеозидного "мостика" со следующим мономером или 5'-концевую группу, причем такая межнуклеотидная связь или 5'-концевая группа необязательно включает заместитель R5;
один из заместителей R2, R2*, R3 и R3* является группой Р*, которая образует межнуклеозидный "мостик" с предшествующим мономером или 3'-концевую группу;
одну или две пары негеминальных заместителей выбирают из имеющихся заместителей R1*, R4*, R5, R5*, R6, R6*, R7, R7*, RN*, а каждый из заместителей R2, R2*, R3 и R3*, не обозначающих Р*, обозначают бирадикал, состоящий из 1-8 групп/атомов, выбираемых из -C(RaRb)-, -С(Ra)= C(Ra)-, -C(Ra)N-, -О-, -Si(Ra)2-, -S-, -SO2-, -N(R3)- и >C= Z,
где Z выбирают из -О-, -S- и -N(Rа)-, a Ra и Rb независимо друг от друга выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-12-алкила, необязательно замещенного C2-12-алкенила, С2-12-алкинила, необязательно замещенного гидроксила, С1-12-алкоксигруппы, С2-12-алкенилоксигруппы, карбоксигруппы, C1-12-алкоксикарбонила, C1-12-алкилкарбонила, формила, арила, арилоксикарбонила, арилоксигруппы, арилкарбонила, гетероарила, гетероарилоксикарбонила, гетероарилоксигруппы, гетероарилкарбонила, аминогруппы, моно- и ди(С1-6-алкил)аминогруппы, карбамоила, моно- и ди-(C1-6-алкил)аминокарбонила, амино-С1-6-алкиламинокарбонила, моно- и ди-(C1-6-алкил)амино-C1-6-алкиламинокарбонила, С1-6-алкилкарбониламиногруппы, карбамидо, C1-6-алканоилоксигруппы, сульфоновой группы, C1-6-алкилсульфонилоксигруппы, нитрогруппы, азидогруппы, сульфанила, C1-6-алкилтиогруппы, галогена, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, где арил и гетероарил могут быть необязательно замещенными и где два геминальных заместителя Ra и Rb вместе могут образовывать необязательно замещенный метилен (= СН2), и где два геминальных или негеминальных заместителя, выбираемые из Ra, Rb и любого из заместителей R1*, R2, R2*, R3, R3*, R4*, R5, R5*, R6 и R6*, R7 и R7*, которые присутствуют и не вовлечены в Р, Р* или бирадикал (бирадикалы), вместе могут образовывать связанный бирадикал, выбранный из бирадикалов того же типа, которые были определены выше;
указанная(ые) пара (пары) негеминальных заместителей тем самым формируют моно- или бициклическую структуру вместе с (i) атомами, к которым присоединены негеминальные заместители, и (ii) с любыми промежуточными атомами; и
каждый из заместителей R1*, R2, R2*, R3, R4*, R5, R5*, R6 и R6*, R7 и R7*, которые присутствуют и не вовлечены в Р, Р* или бирадикал (бирадикалы), независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-12-алкила, необязательно замещенного С2-12-алкенила, необязательно замещенного С2-12-алкинила, необязательно замещенного гидроксила, C1-12-алкоксигруппы, С2-12-алкенилоксигруппы, карбоксигруппы, C1-12-алкоксикарбонила, C1-12-алкилкарбонила, формила, арила, арилоксикарбонила, арилоксигруппы, арилкарбонила, гетероарила, гетероарилоксикарбонила, гетероарилоксигруппы, гетероарилкарбонила, аминогруппы, моно- и ди(С1-6-алкил)аминогруппы, карбамоила, моно- и ди-(C1-6-алкил)аминокарбонила, амино-С1-6-алкиламинокарбонила, моно- и ди-(C1-6-алкил)амино-С1-6-алкиламинокарбонила, C1-6-алкилкарбониламиногруппы, карбамидо, C1-6-алканоилоксигруппы, сульфоновой группы, C1-6-алкилсульфонилоксигруппы, нитрогруппы, азидогруппы, сульфанила, C1-6-алкилтиогруппы, галогена, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, где арил и гетероарил могут быть необязательно замещенными и где два геминальных заместителя вместе могут определять оксогруппу, тиоксогруппу, иминогруппу или необязательно замещенный метилен или вместе могут формировать спиробирадикал, включающий 1-5-углеродную алкиленовую цепь, которая необязательно прерывается и (или) терминируется одним или несколькими гетероатомами/группами, выбираемыми из -О-, -S- и -(NRN)-, где RN выбирают из водорода и C1-4-алкила и где два соседних (негеминальных) заместителя могут обозначать дополнительную двойную связь; и RN*, когда присутствует и не входит к бирадикал, выбирают из водорода и C1-4-алкила;
и их основные соли и кислотно-аддитивные соли; при условии, что (i) R2 и R3 вместе не обозначают бирадикал, выбранный из -О-СН2-СН2- и -О-СН2-СH2-СН2-, где LNA является бициклическим нуклеозидным аналогом; (ii) R3 и R5 вместе не обозначают бирадикал, выбранный из -СН2-СН2- и -O-CH2-, где LNA является бициклическим нуклеозидным аналогом; (iii) R3, R5 и R5* вместе не обозначают трирадикал -CH2-CH(-)-CH2-, где LNA является трициклическим нуклеозидным аналогом; (iv) R1* и R6* вместе не обозначают бирадикал -СН2-, где LNA является бициклическим нуклеозидным аналогом; и (v) R4* и R6* вместе не обозначают бирадикал -СH2-, где LNA является бициклическим нуклеозидным аналогом.1. The oligomer (hereinafter referred to as "LNA-modified oligonucleotide"), comprising at least one nucleoside analogue (hereinafter referred to as "LNA") of General formula I
where X is selected from —O—, —S—, —N (R N * ) -, —C (R 6 R 6 * ) -, —OC (R 7 R 7 * ) -, —C (R 6 R 6 * ) -O-, -SC (R 7 R 7 * ) -, -C (R 6 R 6 * ) -S-, -N (R N * ) -C (R 7 R 7 * ) -, -C (R 6 R 6 * ) —N (R N * ) - and —C (R 6 R 6 * ) —C (R 7 R 7 * ) -;
B is selected from hydrogen, hydroxyl, an optionally substituted C 1-4 alkoxy group, an optionally substituted C 1-4 alkyl, an optionally substituted C 1-4 acyloxy group, nucleotide bases, DNA intercalating agents, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands;
P denotes the position of the radical for the formation of the internucleoside "bridge" with the next monomer or 5'-terminal group, and such an internucleotide bond or 5'-terminal group optionally includes a substituent R 5 ;
one of the substituents R 2 , R 2 * , R 3 and R 3 * is a P * group that forms an internucleoside "bridge" with the preceding monomer or a 3'-terminal group;
one or two pairs of non-heminal substituents are selected from the available substituents R 1 * , R 4 * , R 5 , R 5 * , R 6 , R 6 * , R 7 , R 7 * , R N * , and each of the substituents R 2 , R 2 * , R 3 and R 3 * , not representing P * , denote a biradical consisting of 1-8 groups / atoms selected from —C (R a R b ) -, —C (R a ) = C (R a ) -, -C (R a ) N-, -O-, -Si (R a ) 2 -, -S-, -SO 2 -, -N (R 3 ) - and> C = Z,
where Z is selected from —O—, —S— and —N (R a ) -, a R a and R b are independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1-12 alkyl, optionally substituted C 2-12 - alkenyl, C 2-12 alkynyl, optionally substituted hydroxyl, C 1-12 alkoxy, C 2-12 alkenyloxy, carboxy, C 1-12 alkoxycarbonyl, C 1-12 alkylcarbonyl, formyl, aryl, aryloxycarbonyl, aryloxy , arylcarbonyl, heteroaryl, heteroaryloxycarbonyl, heteroaryloxy groups, heteroarylcarbonyl, amino groups, mono and di (C 1-6 alkyl) amino groups, carbamoyl, mono and di (C 1- 6- alkyl) aminocarbonyl, amino-C 1-6 -alkylaminocarbonyl, mono- and di- (C 1-6 -alkyl) amino-C 1-6 -alkylaminocarbonyl, C 1-6 -alkylcarbonylamino, carbamido, C 1-6 -alkanoyloxy groups, sulfonic groups, C 1-6 alkylsulfonyloxy groups, nitro groups, azido groups, sulfanyl, C 1-6 alkylthio groups, halogen, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, where aryl and heteroaryl may be optionally substituted and where two geminal substituent R a and R b together could t form an optionally substituted methylene (= CH2), and where two geminal or negeminalnyh substituents selected from R a, R b and each of the substituents R 1 *, R 2, R 2 *, R 3, R 3 *, R 4 * , R 5 , R 5 * , R 6 and R 6 * , R 7 and R 7 * , which are present and are not involved in P, P * or the diradical (diradicals), together can form a linked diradical selected from the diradicals of the same type as defined above;
the specified pair (s) of non-heminal substituents thereby form a mono- or bicyclic structure together with (i) the atoms to which the non-heminal substituents are attached, and (ii) with any intermediate atoms; and
each of the substituents R 1 * , R 2 , R 2 * , R 3 , R 4 * , R 5 , R 5 * , R 6 and R 6 * , R 7 and R 7 * , which are present and not involved in P, P * or biradical (s) are independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1-12 alkyl, optionally substituted C 2-12 alkenyl, optionally substituted C 2-12 alkynyl, optionally substituted hydroxyl, C 1-12 alkoxy , C 2-12 alkenyloxy groups, carboxy groups, C 1-12 alkoxycarbonyl, C 1-12 alkylcarbonyl, formyl, aryl, aryloxycarbonyl, aryloxy group, arylcarbonyl, heteroaryl, heteroaryloxycarbonyl, heter oaryloxy groups, heteroarylcarbonyl, amino groups, mono and di (C 1-6 alkyl) amino groups, carbamoyl, mono and di (C 1-6 alkyl) aminocarbonyl, amino C 1-6 alkylaminocarbonyl, mono and di - (C 1-6 alkyl) amino-C 1-6 alkylaminocarbonyl, C 1-6 alkylcarbonylamino groups, carbamido, C 1-6 alkanoyloxy groups, sulfonic groups, C 1-6 alkylsulfonyloxy groups, nitro groups, azido groups, sulfanyl, C 1-6 alkylthio groups, halogen, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, g dearyl and heteroaryl can be optionally substituted and where two geminal substituents together can define an oxo group, a thioxo group, an imino group or an optionally substituted methylene, or together they can form a spiro bio radical including a 1-5 carbon alkylene chain which is optionally interrupted and (or) terminated by one or more heteroatoms / groups selected from -O-, -S- and - (NR N) -, where R N is selected from hydrogen and C 1-4 -alkyl, and where two adjacent (negeminalnyh) substituents may designate an additional double with ide; and R N * , when present and not included in the diradical, is selected from hydrogen and C 1-4 alkyl;
and their basic salts and acid addition salts; provided that (i) R 2 and R 3 together do not represent a biradical selected from -O-CH 2 -CH 2 - and -O-CH 2 -CH 2 -CH 2 - where the LNA is a bicyclic nucleoside analogue; (ii) R 3 and R 5 together do not denote a diradical selected from —CH 2 —CH 2 - and —O — CH 2 -, where LNA is a bicyclic nucleoside analogue; (iii) R 3 , R 5 and R 5 * together do not denote the triradical —CH 2 —CH (-) - CH 2 -, where LNA is a tricyclic nucleoside analogue; (iv) R 1 * and R 6 * together do not denote the diradical —CH 2 -, where LNA is a bicyclic nucleoside analogue; and (v) R 4 * and R 6 * together do not denote the diradical —CH 2 -, where LNA is a bicyclic nucleoside analogue.
при том, что Р, Р*, В, X, R1*, R2, R2*, R3, R4*, R5 и R5* определены в пп. 1-5.6. The oligomer according to any one of paragraphs. 1-5, despite the fact that LNA is characterized by the following formula Ia
despite the fact that P, P * , B, X, R 1 * , R 2 , R 2 * , R 3 , R 4 * , R 5 and R 5 * are defined in paragraphs. 1-5.
-Y-(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r+s-, -Y-, -Y-Y-, где каждый Y независимо выбирают из -О-, -S-, -Si(R*)2-, -N(R*)-, >C= O, -C(= O) -N(R*)- и -N(R*)-С(= O)-, где каждый R* независимо выбирают из водорода, галогена, азидогруппы, цианогруппы, нитрогруппы, гидроксила, меркаптогруппы, аминогруппы, моно- или ди(C1-6-алкил) аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-6-алкила, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, а (или) два соседних (негеминальных) R* могут обозначать двойную связь; и каждый из r и s равен 0-4 при условии, что сумма r+s равна 1-5.10. The oligomer according to any one of paragraphs. 1-9, despite the fact that the biradical (s) are denoted by a pair (s) of non-heminal substituents selected from - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s -Y-, -Y- (CR * R * ) r + s -Y-,
-Y- (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r + s -, -Y-, -YY-, where each Y is independently selected from -O -, -S-, -Si (R * ) 2 -, -N (R * ) -,> C = O, -C (= O) -N (R * ) - and -N (R * ) -С (= O) -, where each R * is independently selected from hydrogen, halogen, azido group, cyano group, nitro group, hydroxyl, mercapto group, amino group, mono - or di (C 1-6 -alkyl) amino group, optionally substituted with C 1-6 - alkoxy groups, optionally substituted C 1-6 alkyl, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, and (or) two adjacent (non-heminal n) R * may denote a double bond; and each of r and s is 0-4 provided that the sum of r + s is 1-5.
(i) R2* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -Y-, -(CR*R*)r+s+1-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s- и -H-(CR*R*)r+s-Y-;
(ii) R2 и R3 вместе обозначают бирадикал, выбранный из -Y-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s- и -Y-(CR*R*)r+s-Y-;
(iii) R2* и R3 вместе обозначают бирадикал, выбранный из -Y-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s- и -Y-(CR*R*)r+s-Y-;
(iv) R3 и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -Y-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s- и -Y-(CR*R*)r+s-Y-;
(v) R3 и R5 одновременно означают бирадикал, выбираемый из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(СR*R*)r-S-(СН*R*)s- и -(CR*R*)r-;
(vi) R1* и R4* одновременно означают бирадикал, выбираемый из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-; (vii) R1* и R2* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -Y-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-Y-(CR*R*)s- и -Y- (CR*R*)r+s-Y-;
при том, что каждый r и s равен 0-3 при условии, что сумма r+s равна 1-4, Y соответствует определенному выше, а Y' выбирают из -NR*-C(= O)- и -C(= O)-NR*-.12. The oligomer according to claim 11, despite the fact that
(i) R 2 * and R 4 * together denote a biradical selected from -Y-, - (CR * R * ) r + s + 1 -, - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s - and -H- (CR * R * ) r + s -Y-;
(ii) R 2 and R 3 together denote a biradical selected from -Y-, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s - and -Y- (CR * R * ) r + s -Y-;
(iii) R 2 * and R 3 together denote a biradical selected from -Y-, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s - and -Y- (CR * R * ) r + s -Y-;
(iv) R 3 and R 4 * together denote a biradical selected from -Y-, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s - and -Y- (CR * R * ) r + s -Y-;
(v) R 3 and R 5 simultaneously mean a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CH * R * ) s - and - (CR * R * ) r -;
(vi) R 1 * and R 4 * simultaneously mean a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -; (vii) R 1 * and R 2 * together denote a biradical selected from -Y-, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -Y- (CR * R * ) s - and -Y- (CR * R * ) r + s -Y-;
despite the fact that each r and s is 0-3 provided that the sum r + s is 1-4, Y is as defined above, and Y 'is selected from -NR * -C (= O) - and -C (= O) -NR * -.
-O-(CR*R*)r+s-O-, -S-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -S-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-N(R*)-,
-N(R*)-(CR*R*)r+s-S- и -S-(CR*R*)r+s-N(R*); (ii) R2 и R3 вместе обозначают бирадикал, выбранный из (iii) R2 и R3 вместе обозначают бирадикал, выбранный из -О-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; -O-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-,
-(CR*R*)r-S-(CR*R*)s-b -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; (iv) R3 и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-,
-(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; (v) R3 и R5 вместе обозначают бирадикал, выбранный из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; (vi) R1* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; (vii) R1* и R2* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; при том, что каждый r и s равен 0-3 при условии, что сумма r+s равна 1-4, и где Х выбран из -О-, -S-, и -N(RH)-, где RH обозначает водород или C1-4-алкил.13. The oligomer of claim 12, wherein one of the following criteria applies to at least one LNA (i) R 2 * and R 4 * together represent a diradical selected from —O—, —S—, —N (R * ) -, - (CR * R * ) r + s + 1 -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S - (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -,
-O- (CR * R * ) r + s -O-, -S- (CR * R * ) r + s -O-, -O- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -O-, -O- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -, -S- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -N (R * ) -,
-N (R * ) - (CR * R * ) r + s -S- and -S- (CR * R * ) r + s -N (R * ); (ii) R 2 and R 3 together denote a biradical selected from (iii) R 2 and R 3 together denote a biradical selected from —O—, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - ( CR * R * ) s -; -O-, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -,
- (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s -b - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; (iv) R 3 and R 4 * together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -,
- (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; (v) R 3 and R 5 together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; (vi) R 1 * and R 4 * together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; (vii) R 1 * and R 2 * together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; despite the fact that each r and s is 0-3, provided that the sum r + s is 1-4, and where X is selected from -O-, -S-, and -N (R H ) -, where R H denotes hydrogen or C 1-4 alkyl.
при том, что Х представлен -О-; В выбирают из нуклеотидных оснований, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов; Р обозначает положение радикала для образования межнуклеозидного "мостика" с последующим мономером или 5'-концевую группу, при том, что такой межнуклеозидный "мостик" или 5'-концевая группа необязательно включают заместитель R5; R3* представлен группой Р*, которая образует межнуклеозидный "мостик" с предшествующим мономером или 3'-концевую группу; R2* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -О-, -S-, -N(R*)-, -(CR*R*)r+s+1-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-,
-O-(CR*R*)r+s-O-, -S-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -S-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-N(R*)-,
-N(R*)-(CR*R*)r+s-S- и -S-(CR*R*)r+s-N(R*)-; где каждый R* независимо друг от друга выбирают из водорода, галогена, азидогруппы, цианогруппы, нитрогруппы, гидроксила, меркаптогруппы, аминогруппы, моно- или ли (C1-6-алкил)аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-6-алкила, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, и (или) два соседних (негеминальных) R* могут вместе образовывать двойную связь, и каждый из r и s равен 0-3 при условии, что сумма r+s равна 1-4; каждый из заместителей R1*, R2, R3, R5 и R5* независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, гидроксила, C1-6-алкоксигруппы, С2-6-алкенилоксигруппы, карбоксила, C1-6-алкоксикарбонила, C1-6-алкилкарбонила, формила, аминогруппы, моно- и ди(С1-6-алкил)аминогруппы, карбамоила, моно- и ди(С1-6-алкил)аминокарбонила, C1-6-алкилкарбониламиногруппы, карбамидо, азидогруппы, C1-6-алканоилоксигруппы, сульфоновой группы, сульфанила, C1-6-алкилтиогруппы, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов и галогена, где два геминальных заместителя вместе могут образовывать оксогруппу; и их основные соли и кислотно-аддитивные соли.29. The oligomer according to claim 1 of the general formula Ia
while X is represented by —O—; B is selected from nucleotide bases, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands; P denotes the position of the radical for the formation of an internucleoside "bridge" followed by a monomer or a 5'-terminal group, while such an internucleoside "bridge" or a 5'-terminal group optionally includes a substituent R 5 ; R 3 * is represented by the group P * , which forms the internucleoside "bridge" with the preceding monomer or 3'-terminal group; R 2 * and R 4 * together denote a biradical selected from -O-, -S-, -N (R * ) -, - (CR * R * ) r + s + 1 -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -,
-O- (CR * R * ) r + s -O-, -S- (CR * R * ) r + s -O-, -O- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -O-, -O- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -, -S- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -N (R * ) -,
-N (R * ) - (CR * R * ) r + s -S- and -S- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -; where each R * is independently selected from hydrogen, halogen, azido group, cyano group, nitro group, hydroxyl, mercapto group, amino group, mono or Li (C 1-6 alkyl) amino group, optionally substituted C 1-6 alkoxy groups, optionally substituted C 1-6 alkyl, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, and (or) two adjacent (non-heminal) R * can together form a double bond, and each r and s is 0-3 provided that the sum r + s is 1-4; each of the substituents R 1 * , R 2 , R 3 , R 5 and R 5 * is independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1-6 alkyl, optionally substituted C 2-6 alkenyl, hydroxyl, C 1-6 alkoxy , C 2-6 alkenyloxy groups, carboxyl, C 1-6 alkoxycarbonyl, C 1-6 alkylcarbonyl, formyl, amino groups, mono and di (C 1-6 alkyl) amino groups, carbamoyl, mono and di (C 1-6 alkyl) aminocarbonyl, C 1-6 -alkilkarbonilaminogruppy, carbamido, azido, C 1-6 -alkanoiloksigruppy, a sulfonic group, sulfanyl, C 1-6 alkylthio, DNA-intercalating groups photochemically acti explicit groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands and halogen, where two geminal substituents together can form an oxo group; and their basic salts and acid addition salts.
-NRH-C(= NRH)-NRH-, -NRH-CO-CH2-NRH-, -O-CO-O-, -O-CO-CH2-O-, -O-CH2-CO-O-, -CH2-CO-NRH-, -O-CO-NRH-, -NRH-CO-CH2-, -O-CH2-CO-NRH-, -O-CH2-CH2-NRH-, -CH= N-O-, -CH2-NRH-O-, -CH2-O-N= , -CH2-O-NRH-, -CO-NRH-CH2-, -CH2-NRH-O-, -CH2-NRH-CO-, -O-NRH-CH2-, -O-NRH-, -O-CH2-S-, -S-CH2-O-, -CH2-CH2-S-,
-O-CH2-CH2-S-, -S-CH2-CH= , -S-CH2-CH2-, -S-CH2-CH2-O-, -S-CH2-CH2-S-,
-CH2-S-CH2-, -CH2-SO-CH2-, -CH2-SO2-CH2-, -O-SO-O-, -O-S(O)2-O-, -O-S(O)2-CH2-, -O-S(O)2-NRH-, -NRH-S(O)2-CH2-, -O-S(O)2-CH2-, -O-P(O)2-O-, -O-P(O, S)-O-, -O-P(S)2-O-, -S-P(O)2-O-, -S-P(O, S)-O-, -S-P(S)2-O-, -O-P(O)2-S-, -O-P(O, S)-S-, -O-P(S)2-S-, -S-P(O)2-S-, -S-P(O, S)-S-, -S-P(S)2-S-, -O-PO(R'')-O-, -O-РО(ОСН3)-O-, -О-РО(ВН3)-O-, -O-PO(NHRN)-O-, -O-P(O)2-NRH-, -NRH-P(O)2-O-, -O-P(O, NRH)-O- и -O-Si(R'')2-O-.37. The oligomer according to claim 36, wherein any internucleoside “bridge” of the LNA is selected from —CH 2 —CH 2 —CH 2 -, —CH 2 —CO — CH 2 -, —CH 2 —CHOH — CH 2 - , -O-CH 2 -O-, -O-CH 2 -CH 2 -, -O-CH 2 -CH =, -CH 2 -CH 2 -O-, -NR H -CH 2 -CH 2 -, -CH 2 -CH 2 -NR H -, -CH 2 -NR H -CH 2 -, -O-CH 2 -CH 2 -NR H -, -NR H -CO-O-, -NR H -CO- NR H -, -NR H -CS-NR H -,
-NR H -C (= NR H ) -NR H -, -NR H -CO-CH 2 -NR H -, -O-CO-O-, -O-CO-CH 2 -O-, -O- CH 2 -CO-O-, -CH 2 -CO-NR H -, -O-CO-NR H -, -NR H -CO-CH 2 -, -O-CH 2 -CO-NR H -, - O-CH 2 -CH 2 -NR H -, -CH = NO-, -CH 2 -NR H -O-, -CH 2 -ON =, -CH 2 -O-NR H -, -CO-NR H -CH 2 -, -CH 2 -NR H -O-, -CH 2 -NR H -CO-, -O-NR H -CH 2 -, -O-NR H -, -O-CH 2 -S- , -S-CH 2 -O-, -CH 2 -CH 2 -S-,
-O-CH 2 -CH 2 -S-, -S-CH 2 -CH =, -S-CH 2 -CH 2 -, -S-CH 2 -CH 2 -O-, -S-CH 2 -CH 2 -S-,
-CH 2 -S-CH 2 -, -CH 2 -SO-CH 2 -, -CH 2 -SO 2 -CH 2 -, -O-SO-O-, -OS (O) 2 -O-, - OS (O) 2 -CH 2 -, -OS (O) 2 -NR H -, -NR H -S (O) 2 -CH 2 -, -OS (O) 2 -CH 2 -, -OP (O ) 2 -O-, -OP (O, S) -O-, -OP (S) 2 -O-, -SP (O) 2 -O-, -SP (O, S) -O-, -SP (S) 2 -O-, -OP (O) 2 -S-, -OP (O, S) -S-, -OP (S) 2 -S-, -SP (O) 2 -S-, - SP (O, S) -S-, -SP (S) 2 -S-, -O-PO (R``) - O-, -O-PO (OCH 3 ) -O-, -O-PO ( BH 3 ) -O-, -O-PO (NHR N ) -O-, -OP (O) 2 -NR H -, -NR H -P (O) 2 -O-, -OP (O, NR H ) -O- and -O-Si (R``) 2 -O-.
G-[NU-L] n(0)-{ [LNA-L] m(q)-[Nu-L] n(q)} q-G* V
где q равно 1-50;
каждый из n(0), . . . , n(q) независимо друг от друга равен 0-10000;
каждый из m(1), . . . , m(q) независимо друг от друга равен 1-10000;
при условии, что сумма n(0), . . . , n(q) и m(1), . . . , m(q) равна 2-15000;
G обозначает 5'-концевую группу;
каждый Nu независимо обозначает нуклеозид, выбранный из нативных нуклеозидов и нуклеозидных аналогов;
каждый LNA независимо является нуклеозидным аналогом;
каждый L независимо обозначает межнуклеозидный "мостик" между двумя группами, выбираемыми из Nu и LNA, или L вместе с G* образует 3'-концевую группу; и
каждый LNA-L независимо обозначает нуклеозидный аналог общей формулы I
при том, что заместители В, Р, Р*, R1*, R2, R2*, R3, R4*, R5 и R5* и Х определены в пп. 1-42.43. The oligomer according to any one of paragraphs. 1-42, characterized by the formula V:
G- [NU-L] n (0) - {[LNA-L] m (q) - [Nu-L] n (q) } q -G * V
where q is 1-50;
each of n (0),. . . , n (q) is independently 0-10000;
each of m (1),. . . , m (q) is independently from each other 1-10000;
provided that the sum n (0),. . . , n (q) and m (1),. . . , m (q) is 2-15000;
G represents a 5'-terminal group;
each Nu independently represents a nucleoside selected from native nucleosides and nucleoside analogues;
each LNA is independently a nucleoside analogue;
each L independently represents an internucleoside “bridge” between two groups selected from Nu and LNA, or L together with G * forms a 3'-terminal group; and
each LNA-L independently denotes a nucleoside analog of the general formula I
despite the fact that the substituents B, P, P * , R 1 * , R 2 , R 2 * , R 3 , R 4 * , R 5 and R 5 * and X are defined in paragraphs. 1-42.
при том, что заместитель В определен выше в отношении формулы I, AASC обозначает водород или боковую цепь аминокислоты, t равен 1-5, а w равен 1-50.44. The oligomer according to any one of paragraphs. 1-42, further comprising a PNA-mono- or -oligomeric segment of the formula
while substituent B is defined above with respect to formula I, AASC is hydrogen or an amino acid side chain, t is 1-5 and w is 1-50.
где заместитель В выбирают из нуклеотидных оснований, ДНК-интеркалирующих агентов, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов; Х выбирают из -О-, -S-, -M(RN*)- и -C(R6R6*)-; один из заместителей R2, R2*, R3 и R3* является группой Q*; каждый из Q и Q* независимо выбирают из водорода, азидогруппы, галогена, цианогруппы, нитрогруппы, гидроксила, Prot-O-, Act-O-, меркаптогруппы, Prot-S-, Act-S-, C1-6-алкилтиогруппы, аминогруппы, Prot-N(RH)-, Act-N(RH)-, моно- или ди(C1-6-алкил)аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, необязательно замещенной С2-6-алкенилоксигруппы, необязательно замещенного С2-6-алкинила, необязательно замещенной С2-6-алкинилоксигруппы, монофосфата, дифосфата, трифосфата, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов, карбоксила, сульфоновой группы, гидроксиметила, Prot-O-СH2-, Асt-O-СН2-, аминометила, Prot-N(RH)-СН2-, Act-N(RH)-СН2-, карбоксиметкла, сульфонометила, где "Prot" обозначает защитную группу для -ОН, -SH и -NH(RH), ответственно, а "Act" обозначает активационную группу для -ОН, -SH и -NH(RH), ответственно, a RH выбирают из водорода и C1-6-алкила; R2* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -О-, -(CR*R*)r+s+1-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-, -O- (CR*R*)r+s-O-, -S-(CR*R*)r+s-O-,
-O-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -S-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-S- и -S-(CR*R*)r+s-N(R*)-;
R2 и R3 вместе обозначают бирадикал, выбранный из -О-, -(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, - (CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; R2* и R3 вместе обозначают бирадикал, выбранный из -O-(CR*R*)r+s-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; R3 и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из - (CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r- N(R*)-(CR*R*)s-;
R3 и R5 вместе обозначают бирадикал, выбранный из - (CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r- N(R*)-(CR*R*)s-;
или
R1* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-; R1* и R2* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-,
-(CR*R*)r-S-(CR*R*)s- и -(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-;
при том, что каждый R независимо друг от друга выбирают из водорода, галогена, азидогруппы, цианогруппы, нитрогруппы, гидроксила, меркаптогруппы, аминогруппы, моно- или ди(С1-6-алкил) аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного С1-6-алкила, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, и (или) два соседних (негеминальных) R* могут вместе обозначать двойную связь, а каждый из r и s составляют 0-3 при условии, что сумма r+s равна 1-4;
каждый из заместителей R1*, R2, R2*, R3, R4*, R5 и R5*, которые не вовлечены в Q, Q* или бирадикал, независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-12-алкила, необязательно замещенного C2-12-алкенила, необязательно замещенного С2-12-алкинила, гидроксила, C1-12-алкоксигруппы, С2-12-алкенилоксигруппы, карбоксигруппы, C1-12-алкоксикарбонила, C1-12-алкилкарбонила, формила, арила, арилоксикарбонила, арилоксигруппы, арилкарбонила, гетероарила, гетероарилоксикарбонила, гетероарилоксигруппы, гетероарилкарбонила, аминогруппы, моно- и ди (C1-6-амино) аминогруппы, карбамоила, моно- и ди-(С1-6-алкил)аминокарбонила, амино-С1-6-алкиламинокарбонила, моно- и ди-(С1-6-алкил)амино-С1-6-алкиламинокарбонила, C1-6-алкилкарбониламиногруппы, карбамидо, C1-6-алканоилоксигруппы, сульфоновой группы, C1-6-алкилсульфонилоксигруппы, нитрогруппы, азидогруппы, сульфанила, C1-6-алкилтиогруппы, галогена, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, где арил и гетероарил могут быть необязательно замещенными и где два геминальных заместителя вместе могут определять оксогруппу, тиоксогруппу, иминогруппу или необязательно замещенный метилен или вместе могут формировать спиробирадикал, включающий 1-5-углеродную алкиленовую цепь, которая необязательно прерывается и (или) терминируется одним или несколькими гетероатомами/группами, выбираемыми из -О-, -S- и - (NRN) -, где RN выбирают из водорода и C1-4-алкила и где два соседних (негеминальных) заместителя могут обозначать дополнительную двойную связь; и RN, когда присутствует и не входит к бирадикал, выбирают из водорода и C1-4-алкила;
и их основные соли и кислотно-аддитивные соли;
при первом условии, что
R2 и R3 вместе не обозначают бирадикал, выбранный из -O-СН2-СН2- и -О-СН2-СН2-СН2-,
R3 и R5 вместе не обозначают бирадикал, выбранный из -СН2-СН2-, -O-СН2- и -O-Si(iPr)2-O-Si(iPr)2-O-;
и при втором условии, что любая химическая группа (включая любое нуклеотидное основание), которая является реактивной в условиях, имеющих место в ходе синтеза олигонуклеотидов, необязательно защищена по своей функциональной составляющей.87. Nucleoside analogue (hereinafter "LNA") of the General formula II
where Deputy B is selected from nucleotide bases, DNA intercalating agents, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands; X is selected from —O—, —S—, —M (R N * ) - and —C (R 6 R 6 * ) -; one of the substituents R 2 , R 2 * , R 3 and R 3 * is a group Q * ; each of Q and Q * is independently selected from hydrogen, azido group, halogen, cyano group, nitro group, hydroxyl, Prot-O-, Act-O-, mercapto group, Prot-S-, Act-S-, C 1-6 alkylthio group, amino groups, Prot-N (R H ) -, Act-N (R H ) -, mono- or di (C 1-6 alkyl) amino groups, optionally substituted C 1-6 alkoxy groups, optionally substituted C 1-6 - alkyl, optionally substituted C 2-6 -alkenyl, optionally substituted C 2-6 -alkeniloksigruppy optionally substituted C 2-6 -alkynyl, optionally substituted C 2-6 -alkiniloksigruppy, monophosphate, diphosphate, triphosphate, DNA-intercalation uyuschih groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups, ligands, carboxy, sulfonic groups, hydroxymethyl, Prot-O-CH 2 -, of Act-O-CH 2 -, aminomethyl, Prot-N (R H ) -CH 2 -, Act-N (R H ) -CH 2 -, carboxymethyl, sulfonomethyl, where “Prot” is a protecting group for —OH, —SH and —NH (R H ), respectively, and “Act” is the activation group for —OH, —SH and —NH (R H ), respectively, a R H is selected from hydrogen and C 1-6 alkyl; R 2 * and R 4 * together denote a biradical selected from -O-, - (CR * R * ) r + s + 1 -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s - , - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -, -O- (CR * R * ) r + s -O-, -S- (CR * R * ) r + s -O-,
-O- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -O-, -O- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -, -S- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -N (R * ) -, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -S- and -S- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -;
R 2 and R 3 together denote a biradical selected from —O—, - (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r —O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; R 2 * and R 3 together denote a biradical selected from -O- (CR * R * ) r + s -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; R 3 and R 4 * together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r - N (R * ) - (CR * R * ) s -;
R 3 and R 5 together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r - N (R * ) - (CR * R * ) s -;
or
R 1 * and R 4 * together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -; R 1 * and R 2 * together denote a biradical selected from - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -,
- (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s - and - (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -;
while each R is independently selected from hydrogen, halogen, azido group, cyano group, nitro group, hydroxyl, mercapto group, amino group, mono- or di (C 1-6 alkyl) amino group, optionally substituted with C 1-6 alkoxy group optionally substituted C 1-6 alkyl, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, and (or) two adjacent (non-heminal) R * can together represent a double bond, and each of r and s are 0-3, provided that the sum r + s is 1-4;
each of the substituents R 1 * , R 2 , R 2 * , R 3 , R 4 * , R 5 and R 5 * , which are not involved in Q, Q * or a diradical, is independently selected from hydrogen, optionally substituted with C 1-12 -alkyl, optionally substituted C 2-12 alkenyl, optionally substituted C 2-12 alkynyl, hydroxyl, C 1-12 alkoxy, C 2-12 alkenyloxy, carboxy, C 1-12 alkoxycarbonyl, C 1-12 alkylcarbonyl, formyl, aryl, aryloxycarbonyl, aryloxy, arylcarbonyl, heteroaryl, heteroaryloxycarbonyl, heteroaryloxy, heteroarylcarbonyl, amino, mono- and di (C 1-6 -amine ) Amino, carbamoyl, mono- and di- (C 1-6 -alkyl) aminocarbonyl, amino-C 1-6 -alkylaminocarbonyl, mono- and di- (C 1-6 -alkyl) amino-C 1-6 -alkylaminocarbonyl , C 1-6 alkylcarbonylamino groups, carbamido, C 1-6 alkanoyloxy groups, sulfonic groups, C 1-6 alkylsulfonyloxy groups, nitro groups, azido groups, sulfanyl, C 1-6 alkylthio groups, halogen, DNA intercalating groups, photochemically active groups , thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, where aryl and heteroaryl may be optionally substituted and where two g the radical substituents together can define an oxo group, a thioxo group, an imino group or an optionally substituted methylene or together they can form a spiro bio radical including a 1-5-carbon alkylene chain, which is optionally interrupted and (or) terminated by one or more heteroatoms / groups selected from -O-, -S- and - (NR N ) -, where R N is selected from hydrogen and C 1-4 -alkyl and where two adjacent (non-heminal) substituents may represent an additional double bond; and R N , when present and not included in the diradical, is selected from hydrogen and C 1-4 alkyl;
and their basic salts and acid addition salts;
under the first condition that
R 2 and R 3 together do not denote a diradical selected from —O — CH 2 —CH 2 - and —O — CH 2 —CH 2 —CH 2 -,
R 3 and R 5 together do not denote a diradical selected from —CH 2 —CH 2 -, —O — CH 2 - and —O — Si ( i Pr) 2 —O — Si ( i Pr) 2 —O—;
and under the second condition that any chemical group (including any nucleotide base) that is reactive under conditions that occur during the synthesis of oligonucleotides is not necessarily protected in its functional component.
группы, гидроксиметила, Prot-O-СН2-, аминометила, Prot-N(RH)-CH2-, карбоксиметила, сульфонометила, где "Prot" обозначает защитную группу для -ОН, -SH и -NH(RH), соответственно, a RH выбирают из водорода и C1-6-алкила; и
Q* выбирают из водорода, азидогруппы, галогена, цианогруппы, нитрогруппы, гидроксила, Act-O-, меркаптогруппы, Act-S-, C1-6-алкилтиогруппы, аминогруппы, Act-N(RH)-, моно- или ди (C1-6-алкил) аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, необязательно замещенной С2-6-алкенилоксигруппы, необязательно замещенного С2-6-алкинила, необязательно замещенной С2-6-алкинилоксигруппы, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов, карбоксила, сульфоновой группы, где Act является активационной группой для -ОН, -SH и -NH(RH), соответственно, а RH выбирают из Н и C1-6-алкила.93. The nucleoside analogue according to any one of paragraphs. 87-92, while Q is independently selected from hydrogen, azido group, halogen, cyano group, nitro group, hydroxyl, Prot-O-, mercapto group, Prot-S-, C 1-6 alkylthio group, amino group, Prot-N (R H ) -, a mono- or di (C 1-6 alkyl) amino group, an optionally substituted C 1-6 alkoxy group, an optionally substituted C 1-6 alkyl, an optionally substituted C 2-6 alkenyl, an optionally substituted C 2- 6 -alkeniloksigruppy optionally substituted C 2-6 -alkynyl, optionally substituted C 2-6 -alkiniloksigruppy, monophosphate, diphosphate, triphosphate, DNA-intercalating groups, otohimicheski active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups, ligands, carboxy, sulfonic
groups, hydroxymethyl, Prot-O-CH 2 -, aminomethyl, Prot-N (R H ) -CH 2 -, carboxymethyl, sulfonomethyl, where "Prot" denotes a protecting group for —OH, —SH and —NH (R H ) respectively, a R H is selected from hydrogen and C 1-6 alkyl; and
Q * is selected from hydrogen, azido group, halogen, cyano group, nitro group, hydroxyl, Act-O-, mercapto group, Act-S-, C 1-6 alkylthio group, amino group, Act-N (R H ) -, mono or di (C 1-6 alkyl) amino group, optionally substituted C 1-6 alkoxy group, optionally substituted C 1-6 alkyl, optionally substituted C 2-6 alkenyl, optionally substituted C 2-6 alkenyloxy group, optionally substituted C 2 -6 -alkynyl, optionally substituted C 2-6 -alkiniloksigruppy, DNA-intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, x latiruyuschih groups, reporter groups, ligands, carboxy, sulfonic group, where Act is an activation group for -OH, -SH and -NH (R H), respectively, and R H is selected from H and C 1-6 alkyl.
где заместители Q, В, R1*, R2, R2*, R3, R3*, R4*, R5 и R5* определены в пп. 87-93.94. The nucleoid analogue according to any one of paragraphs. 87-93 of the general formula IIa
where the substituents Q, B, R 1 * , R 2 , R 2 * , R 3 , R 3 * , R 4 * , R 5 and R 5 * are defined in paragraphs. 87-93.
где X представлен -О-; В выбирают из нуклеотидных оснований, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов; R представлен группой Q*; каждую из Q и Q* независимо выбирают из водорода, азидогруппы, галогена, цианогруппы; нитрогруппы, гидроксила, Prot-O-, Act-O-, меркаптогруппы, Prot-S-, Act-S-, C1-6-алкилтиогруппы, аминогруппы, Prot-N(RH)-, Act-N(RH)-, моно- или ди(C1-6-алкил) аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного C2-6-алкeнилa, необязательно замещенной С2-6-алкенилоксигруппы, необязательно замещенного С2-6-алкинила, необязательно замещенной С2-6-алкинилоксигруппы, монофосфата, дифосфата, трифосфата, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп, лигандов, карбоксила, сульфоновой группы, гидроксиметила, Prot-O-CH2-, Act-O-CH2-, аминометила, Prot-N(RH)-CH2-, Act-N(RH)-CH2-, карбоксиметила, сульфонометила, где Prot обозначает защитную группу для -ОН, -SH и -NH(RH), соответственно, а Act обозначает активационную группу для -ОН, -SH и -NH(RH), соответственно, a RH выбирают из водорода и C1-6-алкила;
R2* и R4* вместе обозначают бирадикал, выбранный из -О-, -S-, -N(R*)-, -(CR*R*)r+s+1-, -(CR*R*)r-O-(CR*R*)s-, -(CR*R*)r-S-(CR*R*)s-,
-(CR*R*)r-N(R*)-(CR*R*)s-, -O-(CR*R*)r+s-O-, -S-(CR*R*)r+s-O-,
-O-(CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-O-, -O-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -S- (CR*R*)r+s-S-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-N(R*)-, -N(R*)-(CR*R*)r+s-S- и -S-(CR*R*)r+s-N(R*)-; где каждый R* независимо друг от друга выбирают из водорода, галогена, азидогруппы, цианогруппы, нитрогруппы, гидроксила, меркаптогруппы, аминогруппы, моно- или ди(С1-6-алкил) аминогруппы, необязательно замещенной C1-6-алкоксигруппы, необязательно замещенного C1-6-алкила, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, а (или) два соседних (негеминальных) R* могут вместе обозначать двойную связь, и каждый из r и s равен 0-3 при условии, что сумма r+s равна 1-4; каждый из заместителей R1*, R2, R3, R5 и R5* независимо выбирают из водорода, необязательно замещенного C1-6-алкила, необязательно замещенного С2-6-алкенила, гидроксила, C1-6-алкоксигруппы, С2-6-алкенилоксигруппы, карбоксила, C1-6-алкоксикарбонила, C1-6-алкилкарбонила, формила, аминогруппы, моно- и ди(С1-6-алкил)аминогруппы, карбамоила, моно- и ди(C1-6-алкил)аминокарбонила, С1-6-алкилкарбониламиногруппы, карбамидо, азидогруппы, C1-6-алканоилоксигруппы, сульфоновой группы, сульфанила, C1-6-алкилтиогруппы, ДНК-интеркалирующих групп, фотохимически активных групп, термохимически активных групп, хелатирующих групп, репортерных групп и лигандов, и галогена, где два геминальных заместителя вместе могут обозначать оксогруппу; и их основные соли и кислотно-аддитивные соли; и при условии, что любая химическая группа (включая любое нуклеотидное основание), которая реактивна при условиях, создаваемых в ходе синтеза олигонуклеотида, может быть необязательно защищена по своей функциональной составляющей.110. The nucleoside analogue of claim 87 of general formula IIa
where X is represented by —O—; B is selected from nucleotide bases, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands; R is represented by the group Q * ; each of Q and Q * is independently selected from hydrogen, an azido group, a halogen, a cyano group; nitro groups, hydroxyl, Prot-O-, Act-O-, mercapto groups, Prot-S-, Act-S-, C 1-6 alkylthio groups, amino groups, Prot-N (R H ) -, Act-N (R H ) -, mono- or di (C 1-6 -alkyl) amino group, optionally substituted C 1-6 alkoxy group, optionally substituted C 1-6 alkyl, optionally substituted C 2-6 alkenyl, optionally substituted C 2-6 -alkenyloxy group, optionally substituted C 2-6 alkynyl, optionally substituted C 2-6 alkynyloxy group, monophosphate, diphosphate, triphosphate, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, I chelate groups, reporter groups, ligands, carboxyl, sulfonic group, hydroxymethyl, Prot-O-CH 2 -, Act-O-CH 2 -, aminomethyl, Prot-N (R H ) -CH 2 -, Act-N (R H ) —CH 2 -, carboxymethyl, sulfonomethyl, where Prot is a protecting group for —OH, —SH and —NH (R H ), respectively, and Act is an activation group for —OH, —SH and —NH (R H ) respectively, a R H is selected from hydrogen and C 1-6 alkyl;
R 2 * and R 4 * together denote a biradical selected from -O-, -S-, -N (R * ) -, - (CR * R * ) r + s + 1 -, - (CR * R * ) r -O- (CR * R * ) s -, - (CR * R * ) r -S- (CR * R * ) s -,
- (CR * R * ) r -N (R * ) - (CR * R * ) s -, -O- (CR * R * ) r + s -O-, -S- (CR * R * ) r + s -O-,
-O- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -O-, -O- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -, -S- (CR * R * ) r + s -S-, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -N (R * ) -, -N (R * ) - (CR * R * ) r + s -S- and -S- (CR * R * ) r + s -N (R * ) -; wherein each R * is independently selected from hydrogen, halogen, azido group, cyano group, nitro group, hydroxyl, mercapto group, amino group, mono- or di (C 1-6 alkyl) amino group, optionally substituted C 1-6 alkoxy group, optionally substituted C 1-6 alkyl, DNA intercalating groups, photochemically active groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, and (or) two adjacent (non-heminal) R * can together denote a double bond, and each of r and s is 0-3 provided that the sum r + s is 1-4; each of the substituents R 1 * , R 2 , R 3 , R 5 and R 5 * is independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1-6 alkyl, optionally substituted C 2-6 alkenyl, hydroxyl, C 1-6 alkoxy , C 2-6 alkenyloxy groups, carboxyl, C 1-6 alkoxycarbonyl, C 1-6 alkylcarbonyl, formyl, amino groups, mono and di (C 1-6 alkyl) amino groups, carbamoyl, mono and di (C 1-6 alkyl) aminocarbonyl, C 1-6 -alkilkarbonilaminogruppy, carbamido, azido, C 1-6 -alkanoiloksigruppy, a sulfonic group, sulfanyl, C 1-6 alkylthio, DNA-intercalating groups photochemically acti explicit groups, thermochemically active groups, chelating groups, reporter groups and ligands, and halogen, where two geminal substituents together can represent an oxo group; and their basic salts and acid addition salts; and provided that any chemical group (including any nucleotide base) that is reactive under the conditions created during the synthesis of the oligonucleotide may optionally be protected in its functional component.
Applications Claiming Priority (13)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DK1054/97 | 1997-09-12 | ||
DK105497 | 1997-09-12 | ||
DK149297 | 1997-12-19 | ||
DK1492/97 | 1997-12-19 | ||
DK0061/98 | 1998-01-16 | ||
DK28698 | 1998-03-03 | ||
DK0286/98 | 1998-03-03 | ||
DK0585/98 | 1998-04-29 | ||
US8830998P | 1998-06-05 | 1998-06-05 | |
US60/088,309 | 1998-06-05 | ||
DKPA199800750 | 1998-06-08 | ||
DKPA199800982 | 1998-07-28 | ||
DKPA199800982 | 1998-07-28 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2000109306A true RU2000109306A (en) | 2002-05-10 |
RU2243231C2 RU2243231C2 (en) | 2004-12-27 |
Family
ID=34397204
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2000109306/04A RU2243231C2 (en) | 1997-09-12 | 1998-09-14 | Bicyclic analogues of nucleosides, nucleotides and oligonucleotides |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2243231C2 (en) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2310125B1 (en) * | 2007-05-25 | 2010-01-07 | Universidad Autonoma De Madrid | METHOD FOR THE ELECTROCHEMICAL DETECTION OF NUCLEIC ACID SEQUENCES. |
RU2724527C2 (en) * | 2014-05-01 | 2020-06-23 | Ионис Фармасьютикалз, Инк. | Compositions and methods for modulating growth hormone receptor expression |
-
1998
- 1998-09-14 RU RU2000109306/04A patent/RU2243231C2/en not_active IP Right Cessation
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP1178999B1 (en) | L-ribo-lna analogues | |
US7897338B2 (en) | Mobility-modified nucleobase polymers and methods of using same | |
JP4098356B2 (en) | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners | |
JP4644370B2 (en) | Binary composition and method of probes and clamps for target hybridization detection | |
CA2368135A1 (en) | Xylo-lna analogues | |
EP1557424A1 (en) | Bi-cyclic nucleoside, nucleotide and oligonucleoide analogues | |
EP1247815A2 (en) | Modified oligonucleotides and uses thereof | |
CA2469383A1 (en) | Hybridization portion control oligonucleotide and its uses | |
US7276592B2 (en) | Nucleotide analogs with six-membered rings | |
EP1138689A1 (en) | N8- and C8-linked purine bases as universal nucleosides used for oligonucleotide hybridization | |
CA2083485A1 (en) | Oligodeoxyribonucleotide | |
RU2000109306A (en) | BI- AND TRICYCLIC ANALOGUES OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES | |
WO1993024507A1 (en) | Conformationally restrained oligomers containing amide or carbamate linkages for sequence-specific binding | |
US6054568A (en) | Nucleobase oligomers | |
WO1993012135A1 (en) | Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use | |
RU2258708C2 (en) | Analogues of l-ribo-cna | |
Devor | Locked Nucleic Acids (LNAs) | |
RU2001128167A (en) | XILO-ZNK ANALOGUES | |
EP1466919A1 (en) | Nucleotide analogs with six membered rings | |
RU2001132625A (en) | L-Ribo Analogs | |
AU5815399A (en) | Pteridine nucleotide analogs |