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REIVINDICAÇÕES: 1 - Processo para a preperação dum péptido sintético análogo a uma proteína da superfamilia das imunoglobulinas compreendendo uma sequencia de aminoácidos que corresponde a uma parte da sequência dum membro das proteínas pertencentes à superfamilia das imunoglobulinas, tendo o referido péptido a capacidade de se ligar especificamente a uma segunda proteína e uma conformação restrita e a capacidade de se ligar à segunda proteina e sendo isento de aminoácidos benzilados e metilbenzilados, caracterizado pelo facto de compreender proporcionar-se um primeiro modelo dum domínio conformacional dum primeiro membro da superfamilia das proteinas de imunoglobulina; - criar-se por modelação de homologia um segundo modelo homólogo de um segundo membro da mencionada superfamilia para formar um segundo modelo duma molécula que tem uma estrutura primária que corresponde a uma parte do segundo membro; - determinar-se uma distancia entre duas partes da molécula no segundo modelo depois de atingido o equilíbrio conformacional; e modificar-se a estrutura primária da molécula para restringir a distancia entre as citadas duas partes da molécula à distancia determinada. aA process for the preparation of a synthetic peptide analogous to an immunoglobulin superfamily protein comprising an amino acid sequence corresponding to a portion of the sequence of a member of the proteins belonging to the immunoglobulin superfamily, said peptide having the ability to bind specifically to a second protein and a restricted conformation and the ability to bind to the second protein and being free of benzylated and methylbenzylated amino acids, characterized in that a first model of a conformational domain of a first member of the immunoglobulin protein superfamily ; creating a second homologous model of a second member of said superfamily to form a second model of a molecule having a primary structure corresponding to a portion of the second member; - determining a distance between two parts of the molecule in the second model after reaching the conformational equilibrium; and modifying the primary structure of the molecule to restrict the distance between said two parts of the molecule at a given distance. The2 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a operação de modificação compreender a introdução de um ou mais resíduos de cisteina para formar uma ligação de dissulfureto intramolecular. £A process according to claim 1, wherein the modifying step comprises introducing one or more cysteine residues to form an intramolecular disulfide bond. £3 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a operação de modificação compreender a introdução dum aminoácido escolhido do grupo que consiste em lisina, ácido glutamico ou ácido aspártico na molécula.A process according to claim 1, wherein the modifying step comprises introducing an amino acid selected from the group consisting of lysine, glutamic acid or aspartic acid in the molecule.4 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a operação de modificação compreender a reacção das cadeias laterais dum residuo de ácido glutamico ou aspártico para formar uma ligação de amida que reticula internamente a molécula.A process according to claim 1, wherein the modifying step comprises reacting the side chains of a glutamic or aspartic acid residue to form an amide bonding which internally cross-links the molecule.5 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a operação de modificação compreender a introdução dum 2,4-diisocianato de tolueno para reticular internamante dois grupos amina livres da molécula. 6a - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de o primeiro membro ser um membro da superfamilia de Ig determinado estruturalmente. aA process according to claim 1, wherein the modifying step comprises introducing a toluene 2,4-diisocyanate to internally crosslink two free amine groups of the molecule. A method according to claim 1, wherein the first member is a member of the structurally determined Ig superfamily. The7 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de o primeiro modelo ser do domínio variável de cadeia curta dum fragmento de imunoglobulina homodimérica de fab humana. 42 « 8 4 ' JyA method according to claim 1, wherein the first template is the short-chain variable domain of a human fab homodimeric immunoglobulin fragment. 42 «8 4 'Jy8 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de o primeiro membro ser obtido por cristalografia de raios X de elevada resolução. a8. A method according to claim 1, wherein the first member is obtained by high resolution X-ray crystallography. The9 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a operação de criação dum segundo modelo por modelação de homologia compreender o ajustamento dos comprimentos da ligação.A method according to claim 1, wherein the step of creating a second model by homology modeling comprises adjusting the lengths of the linkage.aThe10 - Processo de acordo com a reivindicação 1, Caracterizado pelo facto de a operação de criação dum segundo modelo por modelação de homologia compreender ainda o realinhamento das porções da hélice beta antiparalela da referida estrutura dorsal para formar conjuntos de hélices emparelhadas.A method according to claim 1, characterized in that the step of creating a second model by homology modeling further comprises realigning the portions of the antiparallel beta helix of said dorsal structure to form paired helix sets.11a - Processo de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo facto de a operação de criação dum segundo modelo por modelação de homologia compreender ainda o realinhamento de cada conjunto de hélices emparelhadas relativamente ao mencionado conjunto vizinho mais próximo da hélice emparelhada das hélices emparelhadas. gA method according to claim 10, wherein the step of creating a second homology modeling model further comprises realigning each set of pairs of helices with respect to said neighboring set closest to the paired helix of the paired helices. g12 - Processo para a preparação dum péptido que tem uma conformação restrita, caracterizado pelo facto de compreender - proporcionar-se um péptido que compreende uma porção de uma proteína duma família de proteínas conhecidas como a superfamilia das proteínas de imunoglobulina; - determinar-se o equilíbrio conformacional da porção da proteína na proteína total; e « *A process for the preparation of a peptide having a restricted conformation, comprising - providing a peptide comprising a portion of a protein of a family of proteins known as the immunoglobulin protein superfamily; - determining the conformational balance of the portion of the protein in the total protein; and " *- introduzir-se uma modificação covalente no péptido para restringir uma distancia entre duas partes do péptido na conformação de equilíbrio determinada. 13a - Processo de acordo com a reivindicação 12, caracterizado pelo facto de a modificação compreender um resíduo de cisteína capaz de formar uma ligação de dissulfureto cisteína-cisteína intramolecular.- introducing a covalent modification in the peptide to restrict a distance between two parts of the peptide in the determined equilibrium conformation. A process according to claim 12, wherein the modification comprises a cysteine residue capable of forming an intramolecular cysteine-cysteine disulfide bond.aThe14 - Processo de acordo com a reivindicação 12, caracterizado pelo facto de a modificação compreender uma ligação entre dois grupos de amina por 2,4-diisocianato de tolueno. SxA process according to claim 12, wherein the modification comprises a bond between two amine groups by toluene 2,4-diisocyanate. Sx15 - Processo de acordo com a reivindicação 12, caracterizado pelo facto de a modificação compreender uma ligação de amida que reticula um resíduo de lisina e um resíduo de ácido glutamico ou aspártico.A process as claimed in claim 12, wherein the modification comprises an amide bond crosslinking a lysine residue and a glutamic or aspartic acid residue.16a - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de o péptido obtido ter um comprimento compreendido entre cerca de 6 e cerca de 20 aminoácidos. a16. A method according to claim 1, wherein the peptide obtained is from about 6 to about 20 amino acids in length. The17 - Processo de acordo com as reivindicações 1 e 16, caracterizado pelo facto de o citado membro da superfamilia das imunoglobulinas ser a proteína CD4.A method according to claims 1 and 16, wherein said member of the immunoglobulin superfamily is the CD4 protein.18a - Processo de acordo com a reivindicação 17, caracterizado pelo facto de o péptido compreender o domínio CDR3. 19a - Processo de acordo com a reivindicação 17 r caracterizado pelo facto de o péptido compreender o domínio CDR2. 20a - Processo de acordo com a reivindicação 18,· caracterizado pelo facto de o péptido compreender os aminoácidos 84-100 de CD4. * Q18. The method of claim 17, wherein the peptide comprises the CDR3 domain. 19. The method of claim 17 wherein the peptide comprises the CDR2 domain. 20. The method of claim 18, wherein the peptide comprises amino acids 84-100 of CD4. Q21 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de o péptido compreender os aminoácidos 42-54 de CD4.A method according to claim 1, wherein the peptide comprises amino acids 42-54 of CD4.22 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a conformação restrita ser restringida por meio de uma ligação de dissulfureto de cisteína-cisteina.A process according to claim 1, wherein the restricted conformation is restricted by means of a cysteine-cysteine disulfide bond.23 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a conformação restrita ser restringida por meio de uma ligação de amida formada entre as cadeias laterais dum resíduo de lisina e de um resíduo de ácido glutamico ou aspártico.A process according to claim 1, wherein the restricted conformation is restricted by means of an amide bond formed between the side chains of a lysine residue and a glutamic or aspartic acid residue.24 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a conformação restrita ser restringida por meio 45A method according to claim 1, characterized in that the restricted conformation is restricted by meansduma reticulação de 2,4-diisocianato de tolueno entre dois grupos amino livres do mencionado péptido.of a crosslinking of toluene 2,4-diisocyanate between two free amino groups of said peptide.25 - Processo de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo facto de a conformação restrita ser determinada usando uma conformação de equilíbrio determinada experimentalmente de um segundo membro da superfamilia das imunoglobulinas, não contendo o citado segundo membro a sequencia de aminoácidos do péptido sintético. aA method according to claim 1, wherein the restricted conformation is determined using an experimentally determined equilibrium conformation of a second immunoglobulin superfamily member, said second member not containing the amino acid sequence of the synthetic peptide. The26 - Processo de acordo com a reivindicação 21,' caracterizado pelo facto de se obter um péptido que, adicionalmente, compreende resíduos de cisteina em vez dos aminoácidos 45 e 54 da proteína CD4. gA method according to claim 21, wherein a peptide is obtained which further comprises cysteine residues instead of amino acids 45 and 54 of the CD4 protein. g27 - Processo de acordo com a reivindicação 20, caracterizado pelo facto de compreender um resíduo de cisteina em vez do aminoácido 101 da proteína CD4. aA process according to claim 20, comprising a cysteine residue instead of amino acid 101 of the CD4 protein. The28 - Processo de acordo com a reivindicação 17, caracterizado pelo facto de se obter um péptido que inibe a ligação de virus HIV-1 a células que expressam a proteína CD4 e, portanto, inibe a infecção de células que expressam a proteína CD4 por virus HIV-1.A method according to claim 17, wherein a peptide is obtained which inhibits the binding of HIV-1 virus to cells expressing the CD4 protein and therefore inhibits the infection of cells expressing the CD4 protein by virus HIV-1.29 - Processo para a preparação dum anticorpo, caracterizado pelo facto de se inumizar um mamífero com um péptido sintético de acordo com a reivindicação 1.A method for the preparation of an antibody characterized in that a mammal is inactivated with a synthetic peptide according to claim 1.30 - Processo para a preparação dum anticorpo, de acordo com a reivindicação 29, caracterizado pelo facto de compreender ainda a operação que consiste em colectar soro do referido mamífero que contém um anticorpo especifico para o péptido sintético. 46A method for the preparation of an antibody according to claim 29, further comprising the step of collecting serum from said mammal which contains an antibody specific for the synthetic peptide. 4631a - Processo para a prepração dum anticorpo, de acordo com a reivindicação 29, caracterizado pelo facto de compreender ainda as operações que consistem em se imortalizarem linfócitos ou células de baço do mencionado mamifero; e - se colectarem os anticorpos segregados pelos linfócitos ou células de baço que foram imortalizados. 32a - Processo para a preparação dum anticorpo anti- idiotípico, caracterizado pelo facto de se obter um anticorpo que especificamente reconhece o parátopo do anticorpo de' acordo com a reivindicação 29. 33a - Processo para a preparação duma composição farmacêutica, caracterizado pelo facto de se misturar o péptido de acordo com a reivindicação 1, com uma substancia veicular farmaceuticamente aceitável. 34a - Processo para a preparação duma composição para a purificação de sangue ou de soro, caracterizado pelo facto de se fixar o péptido de acordo com a reivindicação 1, numa matriz sólida. 35a - Estojo para diagnóstico, caracterizado pelo facto de compreender o péptido de acordo com a reivindicação 1, e meios para detectar a formação dum complexo do péptido ligado à segunda proteína. Lisboa, 30 de Abril de 1991 0 Agente Oficial da propriedade Industrial31. The method of preparing an antibody according to claim 29, further comprising the steps of immortalizing lymphocytes or spleen cells of said mammal; and - the antibodies secreted by the lymphocytes or spleen cells that have been immortalized are collected. 32a. A method for the preparation of an anti-idiotypic antibody, characterized in that an antibody is obtained which specifically recognizes the antibody particle according to claim 29. A method for the preparation of a pharmaceutical composition, characterized in that mixing the peptide according to claim 1 with a pharmaceutically acceptable carrier. 34a - A process for the preparation of a composition for the purification of blood or serum, characterized in that the peptide according to claim 1 is fixed in a solid matrix. 35. A diagnostic kit comprising the peptide according to claim 1 and means for detecting the formation of a peptide complex linked to the second protein. Lisbon, April 30, 1991 0 Official Agent of Industrial PropertyAmérico (JaSHva Carvalho Agento Oficial de Propriedade Industrial Rua Marqueis ds Fronteira, N.° 127 - 2 " ipnniro"* Τβ|3.3877373-3Γ." :3Américo (JaSHva Carvalho Agento Industrial Property Officer, Rua Marquees das Fronteira, No. 127 - 2 " ipnniro " * Τβ | 3.3877373-3Γ. &Quot;: 3
PT9753591A1990-04-301991-04-30
PROCESS FOR THE PREPARATION OF ANALOGUE PEPTIDES OF IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY PROTEINS
PT97535A
(en)
Transformation by simian virus 40 of spleen cells from a hyperimmune rabbit: demonstration of production of specific antibody to the immunizing antigen
Antibodies against highly conservated amino acid sequences of immunogenic substances, process of preparation of these antibodies and their use as immunoessays