PL443998A1 - Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych - Google Patents

Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych

Info

Publication number
PL443998A1
PL443998A1 PL443998A PL44399823A PL443998A1 PL 443998 A1 PL443998 A1 PL 443998A1 PL 443998 A PL443998 A PL 443998A PL 44399823 A PL44399823 A PL 44399823A PL 443998 A1 PL443998 A1 PL 443998A1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
modified bases
adjacent
epigenetically modified
pair
epigenetic
Prior art date
Application number
PL443998A
Other languages
English (en)
Inventor
Tomasz WOJDACZ
Jan Bińkowski
Olga Taryma-Leśniak
Original Assignee
Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie filed Critical Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie
Priority to PL443998A priority Critical patent/PL443998A1/pl
Priority to PCT/IB2024/052219 priority patent/WO2024184854A1/en
Priority to EP24712954.7A priority patent/EP4677603A1/en
Publication of PL443998A1 publication Critical patent/PL443998A1/pl

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Przedmiotem zgłoszenia jest realizowany komputerowo sposób konstruowania profilu tkanki lub komórki, przy czym profil opiera się na parach sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad, na podstawie informacji o modyfikacjach epigenetycznych pochodzących z kwasu nukleinowego zawierającego zmodyfikowane epigenetycznie zasady, zawartego w próbce powiązanej ze wspomnianą tkanką lub komórką, który to sposób obejmuje następujące etapy: a) dostarczania danych cyfrowych o wartościach pomiarów poziomu modyfikacji epigenetycznych dla zmodyfikowanych epigenetycznie zasad zawartych we wspomnianym kwasie nukleinowym we wspomnianej próbce powiązanej ze wspomnianą tkanką lub wspomnianą komórką; b) wyznaczania zbioru par sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad we wspomnianym kwasie nukleinowym zawartym we wspomnianej próbce powiązanej ze wspomnianą tkanką lub wspomnianą komórką, przy czym każda para sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad składa się z dwóch sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad zlokalizowanych w obrębie jednej cząsteczki kwasu nukleinowego, tak aby generować mapę sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad zawierającą koordynaty genomowe; c) kompresowania informacji o wartości poziomu modyfikacji epigenetycznych, iteracyjnie dla każdej pary sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad spośród wyznaczonego zbioru par sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad, przez przekształcenie dwóch wartości poziomu modyfikacji epigenetycznych, związanych z dwiema zmodyfikowanymi epigenetycznie zasadami w każdej parze, w jedną pojedynczą wartość liczbową, przy czym wspomniana pojedyncza wartość reprezentuje skompresowane informacje o modyfikacjach epigenetycznych dla pary sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad i wskazuje na status modyfikacji epigenetycznych w każdej parze sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad; d) zapisywania koordynat genomowych sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad dla każdej pary we wspomnianym wyznaczonym zbiorze par i skompresowanych informacji o modyfikacjach epigenetycznych w postaci jednej pojedynczej wartości liczbowej dla wspomnianej każdej pary sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad we wspomnianej próbce tak, aby wygenerować profil oparty na parach sąsiadujących ze sobą zmodyfikowanych epigenetycznie zasad dla wspomnianej tkanki lub wspomnianej komórki. Korzystnie, status modyfikacji epigenetycznej jest jednym spośród statusu ko-zmiany epigenetycznej i statusu nieko-zmiany epigenetycznej w parze sąsiadujących ze sobą epigenetycznie zmodyfikowanych zasad.
PL443998A 2023-03-07 2023-03-07 Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych PL443998A1 (pl)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL443998A PL443998A1 (pl) 2023-03-07 2023-03-07 Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych
PCT/IB2024/052219 WO2024184854A1 (en) 2023-03-07 2024-03-07 Methods, systems and assosiated computer program products for discriminating type of biological sample of an organism using epigenetic modification information
EP24712954.7A EP4677603A1 (en) 2023-03-07 2024-03-07 Methods, systems and assosiated computer program products for discriminating type of biological sample of an organism using epigenetic modification information

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL443998A PL443998A1 (pl) 2023-03-07 2023-03-07 Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych

Publications (1)

Publication Number Publication Date
PL443998A1 true PL443998A1 (pl) 2024-09-09

Family

ID=92676924

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL443998A PL443998A1 (pl) 2023-03-07 2023-03-07 Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych

Country Status (1)

Country Link
PL (1) PL443998A1 (pl)

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015077717A1 (en) * 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
WO2016115530A1 (en) * 2015-01-18 2016-07-21 The Regents Of The University Of California Method and system for determining cancer status
WO2017106481A1 (en) * 2015-12-17 2017-06-22 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
CN114400050A (zh) * 2022-03-14 2022-04-26 中南大学 Dmr集合识别结果评估方法、评估系统及选择方法
WO2022226231A1 (en) * 2021-04-21 2022-10-27 Helio Health Inc. Liver cancer methylation and protein markers and their uses

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015077717A1 (en) * 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
WO2016115530A1 (en) * 2015-01-18 2016-07-21 The Regents Of The University Of California Method and system for determining cancer status
WO2017106481A1 (en) * 2015-12-17 2017-06-22 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
WO2022226231A1 (en) * 2021-04-21 2022-10-27 Helio Health Inc. Liver cancer methylation and protein markers and their uses
CN114400050A (zh) * 2022-03-14 2022-04-26 中南大学 Dmr集合识别结果评估方法、评估系统及选择方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Ghyselinck et al. The effect of primer choice and short read sequences on the outcome of 16S rRNA gene based diversity studies
Dark Whole-genome sequencing in bacteriology: state of the art
CN118547056A (zh) 一种基于宏基因组的水环境评估方法
de Sá et al. Next-generation sequencing and data analysis: strategies, tools, pipelines and protocols
CN115965294A (zh) 一种基于机器学习和环境dna的河流水生态健康评价方法
Pola‐Sánchez et al. RNA‐Seq data analysis: A practical guide for model and non‐model organisms
Willems et al. Social determinants of health and epigenetic clocks: Meta-analysis of 140 studies
Pearman et al. The advantages and disadvantages of short-and long-read metagenomics to infer bacterial and eukaryotic community composition
PL443998A1 (pl) Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych
CN113278706B (zh) 一种用于区分体细胞突变和种系突变的方法
Li et al. Ecological barrier of the Tianshan Mountains controls agroecosystem multifunctionality through soil microbial processes
Wang et al. Q-Nuc: a bioinformatics pipeline for the quantitative analysis of nucleosomal profiles
CN119673284A (zh) 三代测序读段分析方法、应用及装置
Li et al. Multi-platform and cross-methodological reproducibility of transcriptome profiling by RNA-seq in the ABRF next-generation sequencing study
Zachariasen et al. Identification of representative species-specific genes for abundance measurements
Choudhari et al. Advanced Omics Technologies: Relevant to Environment and Microbial Community
Horvath Corrected R code from chapter 12 of the book
Lazarina et al. Linking species richness curves from non-contiguous sampling to contiguous-nested SAR: an empirical study
Lu et al. Universal principles of protein resource allocation among cellular organelles revealed by yeast large-scale absolute quantitative proteomics
Jorotiana et al. A Bioinformatics Methodological Approach for the Construction and Analysis of a bos indicus Pangenome
Surahmat Analysis of Customer Satisfaction in Computer Training Institutions Using C4. 5 Algorithm
US20150278436A1 (en) Methods For Evaluating Effects Of A Treatment On Biological Processes And Pathways
Hearne et al. AncientMetagenomeDir dating metadataset highlights need for standardised radiocarbon reporting in ancient DNA
Larsson et al. Estimating the variation in S phase duration from flow cytometric histograms
Kazi Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis