PL228355B1 - Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC) - Google Patents

Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC)

Info

Publication number
PL228355B1
PL228355B1 PL405656A PL40565613A PL228355B1 PL 228355 B1 PL228355 B1 PL 228355B1 PL 405656 A PL405656 A PL 405656A PL 40565613 A PL40565613 A PL 40565613A PL 228355 B1 PL228355 B1 PL 228355B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
pip
patients
expression
breast cancer
chemotherapy
Prior art date
Application number
PL405656A
Other languages
English (en)
Other versions
PL405656A1 (pl
Inventor
Bartosz Puła
Mateusz Olbromski
Aleksandra Ambicka
Agnieszka Gomułkiewicz
Janusz Ryś
Janusz Rys
Marzena Podhorska-Okołów
Hwa Ong Siew
Piotr Dzięgiel
Piotr Dziegiel
Original Assignee
Wroclawskie Centrum Badan Eit Spolka Z Ograniczona Odpowiedzialnoscia
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wroclawskie Centrum Badan Eit Spolka Z Ograniczona Odpowiedzialnoscia filed Critical Wroclawskie Centrum Badan Eit Spolka Z Ograniczona Odpowiedzialnoscia
Priority to PL405656A priority Critical patent/PL228355B1/pl
Priority to PCT/PL2014/000112 priority patent/WO2015057090A1/en
Priority to EP14810038.1A priority patent/EP3058094B1/en
Publication of PL405656A1 publication Critical patent/PL405656A1/pl
Publication of PL228355B1 publication Critical patent/PL228355B1/pl

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Description

Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania obniżonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię adjuwantową u pacjentek z rakiem gruczołu piersiowego. Wynalazek dostarcza test predykcyjny umożliwiający szybką klasyfikację pacjentek pod względem odpowiedzi na chemioterapię adjuwantową i podjęcie odpowiedniego postępowania terapeutycznego.
Rak gruczołu piersiowego stanowi jeden z najczęściej rozpoznawanych nowotworów złośliwych kobiet. W Europie rocznie notuje się w przybliżeniu 400 000 nowych przypadków oraz około 132 000 zgonów z powodu tego nowotworu złośliwego. Również w Stanach Zjednoczonych obserwuje się porównywalną (w przeliczeniu na liczbę mieszkańców) liczbę nowych zdiagnozowanych przypadków raka gruczołu piersiowego sięgającą 180 000 oraz śmiertelność wynoszącą około 40 000 przypadków rocznie. W Polsce, rokrocznie diagnozuje się średnio 16 000 nowych zachorowań. Ponadto, rak gruczołu piersiowego stanowi najczęstszą przyczynę śmierci w grupie kobiet w wieku 20 do 59 lat [1]. Raki gruczołu piersiowego charakteryzują się dużą heterogennością, jednakże w praktyce klinicznej rutynowo niehistologicznie klasyfikowane są (celem podjęcia odpowiedniej terapii) na podstawie ekspresji następujących markerów: receptora estrogenowego α (ERa), receptora progesteronowego (PR), ludzkiego receptora naskórkowego czynnika wzrostu typu 2 (HER2) oraz ekspresji antygenu Ki-67 [2, 3]. Większość raków gruczołu piersiowego (70%) wykazuje ekspresję ERa i PR (ERa+/PR+), 20% charakteryzuję się nadekspresją HER2 (HER2+++), natomiast w około 10% przypadków nie stwierdza się ekspresji ww. markerów (tzw. przypadki potrójnie ujemne, ang. tripple negative breast cancers; TNBC). Białka te stanowią główne czynniki predykcyjne dla stosowania terapii antyestrogenowej (guzy ERa+) oraz trastuzumabem (guzy HER2+++).
Białko indukowane prolaktyną (ang. prolactin-inducible protein; PIP) inaczej zwane jako surowicze białko wiążące aktynę (ang. serum actinn-binding protein; SABP) lub GCDFP-15 (gross cystic disease fluid protein-15), jest glikoproteiną o masie 15 kDa i występuje zarówno w komórkach prawidłowych jak również w nowotworowych, szczególnie tych wykazujących cechy różnicowania aprokrynowego [4-6]. Ekspresję PIP wykazano również w guzach pierwotnych oraz przerzutach raków gruczołu piersiowego (od 14% do 74% przypadków w zależności od typu zmiany) [5, 7-10]. Spośród badanych podtypów raków przewodowych gruczołu piersiowego (ang. invasive ductal breast cancer; IDC), najniższą ekspresję PIP wykazano w tzw. przypadkach TNBC, które charakteryzują się najmniej korzystnym przebiegiem klinicznym [10]. Ponadto wykazano, iż inkubacja ludzkich linii komórkowych raka gruczołu piersiowego z PIP prowadzi do wzrostu ich potencjału proliferacyjnego niezależnie od działania pro-proliferacyjnego estrogenu [11-13]. Zahamowanie ekspresji PIP w liniach ERa+ oraz ERa-prowadzi również do spadku ich inwazyjności in vitro [14, 15].
Ze stanu techniki znana jest publikacja autorstwa Fisher i wsp., w której opisano badania poziomu ekspresji mRNA PIP, jako jeden z 7 badanych genów (mam, mamb, PIP, CK19, mucl, PSE, CEA) w węzłach chłonnych, w których nie stwierdzono zmian przerzutowych [16]. Jednakże badanie to było prowadzone na materiale klinicznym węzłów chłonnych, a nie guzach pierwotnych IDC. Ponadto, miało ono głównie na celu: (1) sprawdzenie wykorzystania ekspresji ww. panelu genów (również PIP) do detekcji mikroprzerzutów w węzłach chłonnych oraz (2) określenie znaczenia prognostycznego (całkowity czas przeżycia) ekspresji badanych genów [16].
Szereg publikacji opisuje również zastosowanie metody immunohistochemicznej w ocenie ekspresji PIP w określaniu biologii guzów gruczołu piersiowego. W pracy Chia i wsp. zbadano przydatność ekspresji białka PIP w diagnostyce guzów nawrotowych raków gruczołu piersiowego [17]. Z kolei Lewis i wsp. badali ekspresję białka PIP w różnych podtypach raków przewodowych gruczołu piersiowego [18]. Również Luo i wsp. określili ekspresję PIP z wykorzystaniem techniki immunohistochemicznej oraz mikromacierzy tkankowych (TMA) w 833 przypadkach IDC oraz oceniali jej zależność w odniesieniu do danych kliniczno-patologicznych pacjentek [19]. Autorzy wykazali, iż niska ekspresja PIP związana była z zaawansowanym wiekiem pacjentek, niższym stopniem złośliwości guzów oraz brakiem obecności przerzutów do węzłów chłonnych. W pracy tej, pomimo analizy zależności ekspresji PIP z danymi kliniczno-patologicznymi, nie określono znaczenia prognostycznego oraz predykcyjnego tego białka [19]. Ponadto, w żadnej z wyżej wymienionych publikacji nie określano ekspresji mRNA PIP z wykorzystaniem techniki real-time PCR.
W pracy Fritzsche i wsp. badano również przydatność metody immunohistochemicznej w ocenie ekspresji PIP w grupie 165 pacjentek z rakiem gruczołu piersiowego. W badanej grupie pacjentek ekspresja PIP oceniana immunohistochemicznie, związana była z dłuższym czasem przeżycia pacjentek.
PL 228 355 B1
Jednakże, jedynie 28 pacjentek dostało bliżej nieokreśloną dokładnie chemioterapię adjuwantową. W związku z powyższym, nie jest możliwe określenie na podstawie przedstawionych wyników przydatności PIP jak markera predykcyjnego [9].
Poziom ekspresji mRNA PIP badany był również przez Pagani i wsp. [20]. W eskperymencie tym ekspresję mRNA PIP badano w rakach przewodowych gruczołu piersiowego z wykorzystaniem metody hybrydyzacji in situ (26 przypadków) oraz techniki Northern-blot (17 przypadków). Ponadto, ekspresja PIP oceniana była również z wykorzystaniem techniki immunohistochemicznej w 33 przypadkach raków gruczołu piersiowego. Wysoka ekspresja PIP zarówno na poziomie mRNA (hybrydyzacja in situ) oraz białka (metoda immunohistochemiczna) w komórkach nowotworowych raków gruczołu piersiowego, związana była z dłuższym czasem przeżycia pacjentek wolnym od wznowy [20]. Zastosowane w ww. pracy metoda różni się jednakże od techniki real-time PCR, gdyż metoda hybrydyzacji in situ nie umożliwia określenia poziomu transkryptu (mRNA) PIP, a jedynie wykazanie jego obecności. Ponadto, w tej publikacji nie została poruszona kwestia związana z chemioopornością badanych raków gruczołu piersiowego - stąd nie jest możliwa ocena tego parametru na podstawie powyżej opisywanych badań [20]. W ww. publikacji, również wysoka ekspresja PIP na poziomie białka mierzona metodą immunohistochemiczną związana była z dłuższym przeżyciem chorych wolnym od wznowy.
Rezultaty ostatnich badań pozwoliły na zwiększenie skuteczności leczenia raków gruczołu piersiowego, jednakże pozostają one nadal niezadowalające. Ponadto, brak jest nadal tanich i w pełni skutecznych testów pozwalających na pewne określenie przebiegu klinicznego choroby.
Obecnie dostępne komercyjnie testy oparte są na sygnaturach genowych. Zaliczamy do nich m.in. Oncotype DX™ (21 genów) oraz MammaPrint™ (70 genów), będące w stanie wspomóc personel medyczny w planowaniu chemioterapii raka gruczołu piersiowego oraz oceny ryzyka rozsiewu komórek nowotworowych. Nie wykazano jednakże ich wyższej efektywności w porównaniu do wcześniej stosowanego oznaczania statusu receptorów ERa, PR oraz HER2. Ponadto, istotną wadą tych testów jest oznaczenie ekspresji potencjalnych markerów nie tylko w komórkach nowotworowych, lecz także w innych komórkach będących składowymi guza (np. fibroblasty, komórki śródbłonka, makrofagi itp.). Dodatkowo, koszty ww. testów wielogenowych są relatywnie wysokie, co sprawia, iż nie znalazły one szerszego zastosowania w codziennej praktyce klinicznej. Dotychczasowe badania wykazały, iż ekspresja PIP występuje w prawidłowych komórkach zrazikowych gruczołu piersiowego oraz komórkach nowotworowych. Nie stwierdzono obecności ekspresji PIP w pozostałych typach ww. komórek wchodzących w skład raka gruczołu piersiowego.
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania obniżonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię adjuwantową cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC), charakteryzujący się tym, że w pobranej od pacjenta próbce materiału tkankowego z guza pierwotnego raka przewodowego gruczołu piersiowego bada się ekspresję genu PIP w wyizolowanym całkowitym RNA z użyciem metody real-time PCR, przy czym istotnie statystycznie niska ekspresja mRNA PIP wskazuje na obniżoną podatność na przeciwnowotworową chemioterapię adjuwantową cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin.
Korzystnie, cytostatykiem z grupy oksazofosforyn jest cyklofosfamid (C).
Korzystnie, antybiotykiem z grupy antracyklin jest doksorubicyna (A).
Korzystnie, chemioterapia adjuwantowa obejmuje cykl 4xAC lub 6xAC.
Korzystnie, za istotnie statystycznie niższą uznaje się wartość z p < 0,05.
Korzystnie, poziom ekspresji mRNA PIP bada się w materiale mrożonym guza pierwotnego.
Przedmiotem wynalazku jest stworzenie i zastosowanie testu diagnostycznego umożliwiającego określenie odpowiedzi chorej z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC) na cykl chemioterapii 4xAC (4 kursy doksorubicyna [60 mg/m2 powierzchni ciała] oraz [600 mg/m2 powierzchni ciała] cyklofosfamid) oraz 6xAC. Test jest prowadzony in vitro i charakteryzuje się określeniem ekspresji genu PIP w wyizolowanym całkowitym RNA z materiału guza pierwotnego IDC z użyciem metody real-time PCR. Ocena poziomu ekspresji mRNA PIP pozwala na zakwalifikowanie pacjentki do grupy przypadków, które odpowiedzą pozytywnie na leczenie (responder; R) lub do grupy, w której nie dojdzie do remisji lub dojdzie do wznowy w okresie najbliższych 60 miesięcy (non-responder; N).
Sposób według przedmiotowego wynalazku jest dużo bardziej czuły w porównaniu do obu powyżej opisanych metod wykorzystanych przez Pagani i wsp. [20] oraz metody immunohistochemicznej stosowanej w większości opublikowanych prac.
PL 228 355 Β1
Zastosowanie dla testu przewidziano w dwóch sytuacjach klinicznych: 1) przed rozpoczęciem kursu chemioterapią i/lub 2) po zakończeniu (lub w trakcie) chemioterapii 4xAC lub 6xAC. W obu przypadkach do badań użyte zostaną fragmenty mrożone guza (pobrane podczas rutynowego zabiegu mammektomii, kwadrantektomii lub biopsji grubo igłowej) przed rozpoczęciem chemioterapii, celem oznaczenia ekspresji mRNA PIP. W przypadku stwierdzenia niskiej ekspresji mRNA PIP w badanej próbce raka gruczołu piersiowego - w pierwszym przypadku (1) zaleca się podanie innego schematu leczenia opartego na innych chemioterapeutykach, w drugim przypadku (2), gdy pacjentka zakończyła (lub jest w trakcie) chemioterapii 4xAC lub 6xAC, zaleca się podanie innego zestawu chemioterapeutyków, a w przypadku trwania kursu 4xAC lub 6xAC jego zakończenie i wdrożenie innego schematu chemioterapii.
Zastosowanie wynalazku i zaklasyfikowanie z jego użyciem pacjentek do grupy N, umożliwi u nich wprowadzenie rozszerzenia postępowania terapeutycznego w przypadku leczenia kursem chemioterapii adjuwantowej 4xAC lub 6xAC. Korzystnym efektem jest bezpośrednio zminimalizowanie niepożądanych skutków ubocznych (kardio-, nefro-, mielo- i neurotoksyczność) zastosowanego leczenia przeciwnowotworowego oraz pośrednio zmniejszenie całkowitego kosztu leczenia.
Przedmiot wynalazku jest przedstawiony na przykładzie (fig. 1), na którym pokazano poziom nasilenia ekspresji mRNA PIP w badanych przypadkach IDC, w zależności od eskpresji receptorów estrogenowych (ER); *p<0.05; test Mann-Whitney’a. Figura 2 przedstawia poziom nasilenia ekspresji mRNA PIP w badanych przypadkach IDC potrójnie ujemnych (TNBC) oraz pozostałych typach histologicznych IDC; *p<0.05; test Mann-Whitney’a. Figura 3 przedstawia krzywe przeżycia wolnego od przerzutów (ang. metastasis free survival; MFS) w zależności od poziomu ekspresji mRNA P/P*p<0.05; test MantelCox’a. Figura 4 przedstawia krzywe przeżycia wolnego od wznowy (ang. disease free survival; DFS) w zależności od poziomu ekspresji mRNA PIP, **p<0.05; test Mantel-Cox’a.
Przykład
Przedmiot wynalazku w przykładzie realizacji, nie ograniczającym jego zakresu ochrony, przedstawiono na grupie 28 pacjentek z IDC, spośród których u 14 zdiagnozowano wznowę nowotworu w okresie pięciu lat od rozpoczęcia leczenia (nonresponder; N) oraz 14 pacjentek, u których ww. okresie nie zaobserwowano wznowy choroby (responder; R). Wszystkie pacjentki objęte badaniem otrzymały kurs chemioterapii 4xAC lub 6xAC, natomiast leczenie anty-estrogenowe było zastosowane u wszystkich pacjentek, których guzy charakteryzowały się ekspresją ERa (ER+). Podsumowanie danych kliniczno-patologicznych badanej grupy zostało przedstawione w Tabeli I.
Tabela I.
Podsumowanie danych kliniczno-patologicznych badanych pacjentek z IDC.
Parameter N %
Wiek
<55 12 42.9
>55 16 57.1
PT
pTl 4 14.3
pT2, pT3, pT4 pN 24 85.7
pNO 10 35.7
pN|,pN2, pN3 ER 18 64.3
Dodatnie (ER+) 10 35.7
Ujemne (ER-) 18 64.3
PL 228 355 Β1
PR
Dodatnie (PR+) 10 35.7
Ujemne (ER-) 18 64.3
HER2
Dodatnie (HER2+) 7 25.0
Ujemne (HER2-) 21 75.0
Potrójnie ngatywne
TNBC 11 39.3
Pozostałe typy 17 60.7
Wykazano, iż ekspresja mRNA PIP była istotnie statystycznie wyższa w guzach ER+ w porównaniu do guzów ER- (p<0.05, test Mann-Whitney’a; fig. 1). Ponadto, zanotowano istotnie statystycznie niższą ekspresję mRNA PIP w guzach TNBC w porównaniu do pozostałych podtypów histologicznych IDC (p<0.05, test Mann- Whitney’a; fig. 2). Analiza statystyczna nie wykazała zależności ekspresji mRNA PIP z ekspresją receptorów PR oraz HER2. Na podstawie wartości mediany ekspresji mRNA PIP w całej badanej grupie, podzielono ją na 2 podgrupy, które były poddane analizie statystycznej odnośnie czasu przeżycia pacjentek. Test Mantela-Coxa wykazał istotnie statystycznie krótsze przeżycia MFS (metastasis free survival, czas przeżycia wolny od przerzutów; p<0.05) oraz DFS (disease free survival, czas przeżycia wolny od wznowy; p<0.005) pacjentek, których guzy charakteryzowały się niską ekspresją mRNA PIP. Niska ekspresja mRNA PIP (niższa od poziomu ekspresji mRNA PIP mediany badanych przypadków IDC) w grupie pacjentek z chemioterapią 4xAC lub 6xAC, związana była ze słabą odpowiedzią na leczenie oraz podwyższonym ryzykiem wznowy w okresie 48 miesięcy od momentu zastosowania leczenia przeciwnowotworowego. Www. okresie obserwacji w grupie pacjentek z niskim poziomem ekspresji mRNA PIP zanotowano wznowę lokalną u 11/14 (78.6%) pacjentek oraz progresją procesu chorobowego w postaci pojawienia się nowego ogniska u 10/14 chorych (71.4%). W przypadku chorych w grupie z wysoką ekspresją mRNA PIP analogiczna częstość wznów procesu nowotworowego wynosiła odpowiednio 3/14 (21.4%, wznowa lokalna) oraz 3/14 (21.4%, nowe ognisko chorobowe).
Izolacja całkowitego RNA. Całkowite RN A z guzów raka gruczołu piersiowego zostało wyizolowane przy użyciu kitu do izolacji RNeasy Mini Kit (Oiagen, USA) zgodnie z protokołem. Umieszczono około 30 mg próbki w 600 μΙ buforu RLT z dodatkiem 1 μΙ β-merkaptoetanolu. Homogenizowano tkanki przy użyciu OlAschredder homogenizer (Oiagen, Niemcy). Wirowano przez 3 min. przy 13 400 obr./min. Przeniesiono supematantu do nowych probówek typu Eppendorf. Dodano jednej objętości 70% etanolu. Dokładne zmieszano próbki. Naniesiono roztwór w porcjach 700 μΙ na kolumienki ze złożem do oczyszczania kwasów nukleinowych umieszczonych w probówkach o pojemności 2 ml. Wirowano przez 15 s przy 10 000 obr./min. Naniesiono na kolumienki 700 μΙ buforu RW1. Wirowano przez 15 s przy 10 000 obr./min. Naniesiono na kolumienki 500 μΙ buforu RPE. Wirowano przez 15 s przy 10 000 obr./min. Umieszczono kolumienki w nowych probówkach o pojemności 2 ml. Wirowano przez 1 min przy 13 400 obr./min. Naniesiono 30 μΙ wody wolnej od RNazw celu elucji RNA i inkubowano przez 4 min. Wirowano przez 1 min. przy 10 000 obr./min.
Reakcja odwrotnej transkrypcji Na matrycy wyizolowanego całkowitego RNA przeprowadzono reakcje odwrotnej transkrypcji przy użyciu zestawu OuantiTect® Reverse Transcription Kit (Oiagen, Niemcy). Skład mieszaniny reakcyjnej o objętości końcowej 20 μΙ przedstawiono w Tabeli II. Całość mieszano i umieszczano w termocyklerze DNA Engine® Peltier Thermal Cycler (Bio-Rad, USA). Reakcję odwrotnej transkrypcji prowadzono przez 45 min. w temperaturze 42°C. Następnie odwrotną transkryptazę inaktywowano termicznie poprzez ogrzewanie próbek przez 5 min. w temperaturze 99°C. Uzyskane cDNA przechowywano w temperaturze -20°C do czasu wykonania reakcji PCR.
PL 228 355 Β1
Tabela II
Objętości mieszaniny reakcyjnej dla reakcji odwrotnej transkrypcji.
Składnik Objętość
matryca RNA (400ng) 10μΙ
bufor reakcyjny (10x stężony) 2μΙ
mieszanina nukleotydów, dNTP (5mM) Ο,8μΙ
prlmery oligo-dT (ΙΟμΜ) 2μΙ
inhibitor RNaz (ΙΟΙΙ/μΙ) ΙμΙ
odwrotna transkryptaza ΙμΙ
woda wolna od RNaz 3,2μΙ
Reakcja real-time PCR. Do reakcji real-time PCR użyto starterów TaqMan firmy Applied Biosystems specyficznych dla genu referencyjnego SDHA (Hs00188166_ml) oraz dla genu badanego PIP (Hs01114172_ml). cDNA zamplifikowano w środowisku buforu 1x Universalm Master Mix (Applied Biosystems, USA) używając aparatu 7500 Real-Time PCR System firmy Applied Biosystems. Amplifikację przeprowadzono w warunkach: 45 cykli: 95°C przez 15 sekund, 60°C przez 1 minutę poprzedzone przez 95°C przez 10 minut i 50°C przez 2 minuty. Reakcja real-time PCR przeprowadzona została w trzech powtórzeniach. Analizę ekspresji przeprowadzono wykorzystując metodę AACt.
Analiza statystyczna. Uzyskane wyniki zostały poddane analizie statystycznej z wykorzystaniem programu Prism 5.0 (GraphPad, CA, USA). Test Mann-Whitney’a znalazł zastosowanie przy porównywaniu dwóch grup zmiennych nieparametrycznych, natomiast test Mantel-Cox’a użyty został do analizy czasu przeżycia wolnego od wznowy (ang. disease free survival; DFS) oraz czasu przeżycia wolnego od przerzutów (metastasis free survival; MFS). Różnice istotne statystycznie uznano dla p<0.05.
Literatura
1. Siegel, R., D. Naishadham, and A. Jemal, Cancer statistics, 2013. CA Cancer J Clin, 2013. 63(1): p. 11-30.
2. Goldhirsch, A., et al., Thresholds for therapies: highlights ofthe St Gallen International Expert Consensus on the primary therapy ofearly breast cancer 2009. Ann Oncol, 2009. 20(8): p. 1319-29.
3. Goldhirsch, A., et al., Strategies for subtypes-dealing with the diversity of breast cancer: highlights of the St. Gallen International Expert Consensus on the Primary Therapy of Early Breast Cancer 2011. Ann Oncol, 2011.22(8): p. 1736-47.
4. Caputo, E., et al., Structural study of GCDFP-15/gp17 in disease versus physiological conditions using a proteomic approach. Biochemistry, 2003. 42(20): p. 6169-78.
5. Mazoujian, G., et al., Expression ofGCDFP-15 in breast carcinomas. Relationship to pathologic and clinical factors. Cancer, 1989. 63(11): p. 2156-61.
6. Mazoujian, G., et al., Immunohistochemistry of a gross cystic disease fluid protein (GCDFP-15) ofthe breast. A marker of apocrine epithelium and breast carcinomas with apocrine features. Am J Pathol, 1983. 110(2): p. 105-12.
7. Wick, M.R., et al.. Gross cystic disease fluid protein-15 as a marker for breast cancer: immunohistochemical analysis of 690 human neoplasms and comparison with alphalactalbumin. Hum Pathol, 1989. 20(3): p. 281-7.
8. Bhargava, R., S. Beriwal, and D.J, Dabbs, Mammaglobin vs GCDFP-15: an immunohistologic validation surveyforsensitivityandspecificity. Am J Clin Pathol, 2007.127(1): p. 103-13.
9. Fritzsche, F.R., et al., Co-expression and prognostic value of gross cystic disease fluid protein 15 and mammaglobin in primary breast cancer. Histol Histopathol, 2007. 22(11): p. 1221-30.
PL 228 355 B1
10. Huo, L., et al., Gross cystic disease fluidprotein-15 andmammaglobin A expression determined by immunohistochemistry is of limited utility in triplenegative breast cancer. Histopathology. 2013. 62(2): p. 267-74.
11. Blais, Y., et al., lnterleukin-4 and interleukin-13 inhibit estrogen-induced breast cancer cell proliferation and stimulate GCDFP-15 expression in human breast cancer cells. Mol Cell Endocrinol, 1996. 121(1): p. 11-8.
12. Cassoni, P., et al., Mitogenic effect of the 15-kDa gross cystic disease fluid protein (GCDFP-15) on breast-cancer cell lines and on immortal mammary cells. Int J Cancer, 1995, 60(2): p. 216-20.
13. Baniwal, S.K., et al., Prolactin-Induced Protein (PIP) Regulates Proliferation of Luminal A Type Breast Cancer Cells in an Estrogen-Independent Manner. PLoS One, 2013. 8(6): p. e62361.
14. Naderi, A. and M. Meyer, Prolactin-induced protein mediates cell invasion and regulates integrin signaling in estrogen receptor-negative breast cancer. Breast Cancer Res, 2012. 14(4): p. R 111.
15. Baniwal, S.K., et al., Runx2 controls a feed-forwardloop between androgen andprolactininduced protein (PIP) in stimulating T47D cell proliferation. J Cell Physiol, 2012. 227(5): p. 2276-82.
16. Fisher, C.S., et al.. Molecular detection of micrometastatic breast cancer in histopathology-negative axillary lymph nodes fails to predict breast cancer recurrence: a final analysis of a prospective multi-institutional cohort study. Ann Surg Oncol, 2010. 17 Suppl 3: p. 312-20.
17. Chia, S.Y., et al., Utility of mammaglobin and gross cystic disease fluid protein-15 (GCDFP-15) in confirming a breast origin for recurrent tumors. Breast, 2010. 19(5): p. 355-9.
18. Lewis, G.H., et al., Relationship berween molecular subtype of invasive breast carcinoma and expression of gross cystic disease fluid protein 15 and mammaglobin. Am J Clin Pathol, 2011. 135(4): p. 587-91.
19. Luo, M.H., et al., Expression of mammaglobin and gross cystic disease fluid protein-15 in breast carcinomas. Hum Pathol, 2013. 44(7): p. 1241 -50.
20. Pagani, A., et al., PIP/GCDFP-15 gene expression and apocrine differentiation in carcinomas of the breast. Virchows Arch, 1994. 425(5): p. 459-65.

Claims (6)

1. Sposób wykrywania obniżonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię adjuwantową cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC), znamienny tym, że w pobranej od pacjenta próbce materiału tkankowego z guza pierwotnego raka przewodowego gruczołu piersiowego bada się ekspresję genu PIP w wyizolowanym całkowitym RNA z użyciem metody real-time PCR, przy czym istotnie statystycznie niska ekspresja mRNA PIP wskazuje na obniżoną podatność na przeciwnowotworową chemioterapię adjuwantową cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin.
2. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że cytostatykiem z grupy oksazofosforyn jest cyklofosfamid (C).
3. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że antybiotykiem z grupy antracyklin jest doksorubicyna (A).
4. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że chemioterapia adjuwantowa obejmuje cykl 4xAC lub 6xAC.
5. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że za istotnie statystycznie niższą uznaje się wartość z p < 0,05.
6. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że poziom ekspresji mRNA PIP bada się w materiale mrożonym guza pierwotnego.
PL405656A 2013-10-15 2013-10-15 Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC) PL228355B1 (pl)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL405656A PL228355B1 (pl) 2013-10-15 2013-10-15 Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC)
PCT/PL2014/000112 WO2015057090A1 (en) 2013-10-15 2014-10-15 Method for detection of decreased susceptibility for anticancer adjuvant chemotherapy in breast cancer patients
EP14810038.1A EP3058094B1 (en) 2013-10-15 2014-10-15 Method for detection of decreased susceptibility for anticancer adjuvant chemotherapy in breast cancer patients

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL405656A PL228355B1 (pl) 2013-10-15 2013-10-15 Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC)

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL405656A1 PL405656A1 (pl) 2015-04-27
PL228355B1 true PL228355B1 (pl) 2018-03-30

Family

ID=52021407

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL405656A PL228355B1 (pl) 2013-10-15 2013-10-15 Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC)

Country Status (3)

Country Link
EP (1) EP3058094B1 (pl)
PL (1) PL228355B1 (pl)
WO (1) WO2015057090A1 (pl)

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TW201132813A (en) * 2010-03-03 2011-10-01 Koo Foundation Sun Yat Sen Cancer Ct Methods for classifying and treating breast cancers
PL2737081T3 (pl) * 2011-07-28 2017-04-28 Sividon Diagnostics Gmbh Sposób przewidywania odpowiedzi na chemioterapię u pacjenta cierpiącego na lub u którego występuje ryzyko wystąpienia nawrotu raka sutka

Also Published As

Publication number Publication date
EP3058094B1 (en) 2018-01-17
WO2015057090A1 (en) 2015-04-23
PL405656A1 (pl) 2015-04-27
EP3058094A1 (en) 2016-08-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Masuda et al. Clinical and biological significance of circulating tumor cells in cancer
Yoon et al. TTF-1 mRNA-positive circulating tumor cells in the peripheral blood predict poor prognosis in surgically resected non-small cell lung cancer patients
Al Joudi Human mammaglobin in breast cancer: a brief review of its clinical utility
Bouchalova et al. TRIPLE NEGATIVE BREAST CANCER-CURRENT STATUS AND PROSPECTIVE TARGETED TREATMENT BASED ON HER1 (EGFR), TOP2A AND C-MYC GENE ASSESSMENT.
Yang et al. Analysis of CEA expression and EGFR mutation status in non-small cell lung cancers
WO2010000907A1 (es) Huella genómica de cáncer de mama
Custodio et al. Prognostic and predictive markers of benefit from adjuvant chemotherapy in early-stage non-small cell lung cancer
Ogawa et al. NOTCH1 expression predicts patient prognosis in esophageal squamous cell cancer
Foukakis et al. Prognostic and predictive factors in early, non-metastatic breast cancer
Kotepui et al. Quantitative Real-Time RT-PCR of ITGA7, SVEP1, TNS1, LPHN3, SEMA3G, KLB and MMP13 mRNA Expression in Breast Cancer
Ercolak et al. PRAME expression and its clinical relevance in Hodgkin's lymphoma
Rakha et al. Impact of basal-like breast carcinoma determination for a more specific therapy
Rasmy et al. Correlation of preoperative Ki67 and serum CA15. 3 levels with outcome in early breast cancers a multi institutional study
Cebrián et al. Decreased PLK1 expression denotes therapy resistance and unfavourable disease-free survival in rectal cancer patients receiving neoadjuvant chemoradiotherapy
Kontos et al. Quantitative expression analysis and prognostic significance of the novel apoptosis-related gene BCL2L12 in colon cancer
Gouri et al. Prediction of late recurrence and distant metastasis in early-stage breast cancer: Overview of current and emerging biomarkers
Varangot et al. Clinical evaluation of a panel of mRNA markers in the detection of disseminated tumor cells in patients with operable breast cancer
Stavnes et al. AZGP1 and SPDEF mRNA expression differentiates breast carcinoma from ovarian serous carcinoma
Swellam et al. Emerging role of p53, bcl‐2 and telomerase activity in Egyptian breast cancer patients
PL228355B1 (pl) Sposób wykrywania obnizonej podatnosci na przeciwnowotworowa chemioterapie adjuwantowa cytostatykiem z grupy oksazofosforyn i antybiotykiem z grupy antracyklin u pacjentów z inwazyjnym przewodowym rakiem gruczołu piersiowego (IDC)
Fokter Dovnik et al. Prognostic Role of HER2 Status and Adjuvant Trastuzumab Treatment in Lymph Node-Negative Breast Cancer Patients-a Retrospective Single Center Analysis
Cuadros et al. Expression profiling of breast tumors based on human epidermal growth factor receptor 2 status defines migration-related genes
Valenciano et al. Molecular biomarkers in the decision of treatment of cervical carcinoma patients
Ye et al. Aberrant expression and demethylation of γ‐synuclein in colorectal cancer, correlated with progression of the disease
Lee et al. Prognostic biomarkers for breast cancer metastasis