PL216091B1 - Nowe szczepy bakteriofagów do leczenia zakażeń bakteryjnych, zwłaszcza szczepami bakterii lekoopornych z rodzaju Klebsiella - Google Patents
Nowe szczepy bakteriofagów do leczenia zakażeń bakteryjnych, zwłaszcza szczepami bakterii lekoopornych z rodzaju KlebsiellaInfo
- Publication number
- PL216091B1 PL216091B1 PL392681A PL39268110A PL216091B1 PL 216091 B1 PL216091 B1 PL 216091B1 PL 392681 A PL392681 A PL 392681A PL 39268110 A PL39268110 A PL 39268110A PL 216091 B1 PL216091 B1 PL 216091B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- strains
- phage
- bacteriophage
- pneumoniae
- strain
- Prior art date
Links
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 title claims description 49
- 241000588748 Klebsiella Species 0.000 title claims description 7
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 title description 5
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 title description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 title description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 title description 3
- 230000002101 lytic effect Effects 0.000 claims description 16
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 15
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 claims description 11
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 10
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 5
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 5
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 claims description 4
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 claims description 4
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 claims description 2
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 claims description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 claims description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N lysine Chemical compound NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 claims description 2
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 claims description 2
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 claims description 2
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 claims description 2
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims 1
- 102000006635 beta-lactamase Human genes 0.000 description 24
- 108020004256 Beta-lactamase Proteins 0.000 description 23
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 18
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 13
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 12
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 12
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 12
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 12
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 12
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 10
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 8
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 7
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 241001137855 Caudovirales Species 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 241001492478 dsDNA viruses, no RNA stage Species 0.000 description 6
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 6
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 6
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 6
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 6
- 238000009666 routine test Methods 0.000 description 6
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 6
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 5
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 4
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 4
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 4
- 238000001066 phage therapy Methods 0.000 description 4
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 description 3
- 241000588754 Klebsiella sp. Species 0.000 description 3
- 241000701553 Myoviridae Species 0.000 description 3
- 241000701539 T4virus Species 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 241000048442 unclassified T4virus Species 0.000 description 3
- 241000118325 Autographivirinae Species 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 241000702072 Podoviridae Species 0.000 description 2
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 2
- 229940124350 antibacterial drug Drugs 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 239000010865 sewage Substances 0.000 description 2
- 239000002351 wastewater Substances 0.000 description 2
- 241000304886 Bacilli Species 0.000 description 1
- 206010011409 Cross infection Diseases 0.000 description 1
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 208000018522 Gastrointestinal disease Diseases 0.000 description 1
- 206010062016 Immunosuppression Diseases 0.000 description 1
- 206010061259 Klebsiella infection Diseases 0.000 description 1
- 241000588749 Klebsiella oxytoca Species 0.000 description 1
- 241001112471 Lambdavirus Species 0.000 description 1
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 description 1
- 241000607762 Shigella flexneri Species 0.000 description 1
- 241000191963 Staphylococcus epidermidis Species 0.000 description 1
- 241000143014 T7virus Species 0.000 description 1
- 239000003570 air Substances 0.000 description 1
- 230000000845 anti-microbial effect Effects 0.000 description 1
- 239000003782 beta lactam antibiotic agent Substances 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011841 epidemiological investigation Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 244000005709 gut microbiome Species 0.000 description 1
- 230000005571 horizontal transmission Effects 0.000 description 1
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002262 irrigation Effects 0.000 description 1
- 238000003973 irrigation Methods 0.000 description 1
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000006241 metabolic reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 208000020029 respiratory tract infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 241000372171 unclassified Lambda-like viruses Species 0.000 description 1
- 241000048316 unclassified T7-like viruses Species 0.000 description 1
- 208000019206 urinary tract infection Diseases 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 239000002132 β-lactam antibiotic Substances 0.000 description 1
- 229940124586 β-lactam antibiotics Drugs 0.000 description 1
- 150000003952 β-lactams Chemical class 0.000 description 1
Landscapes
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
Description
Przedmiotem wynalazku są nowe szczepy bakteriofagowe i ich wykorzystanie do wytwarzania preparatów znajdujących zastosowanie w leczeniu zakażeń bakteryjnych, zwłaszcza szczepami bakterii lekoopornych z rodzaju Klebsiella, szczególnie należącymi do gatunku Klebsiella pneumoniae.
Bakteriofagi (nazywane także fagami) to wirusy zakażające komórki bakteryjne. Występują one w wodzie, glebie, powietrzu a także są składnikiem mikroflory jelitowej ludzi i zwierząt. Wirusy te namnażając się w komórkach bakteryjnych regulują liczebność bakterii w przyrodzie i z tego powodu są istotnym czynnikiem wpływającym na zachowanie równowagi biologicznej. Obecnie odkryto i opisano ok. 5000 bakteriofagów namnażających się w komórkach różnych bakterii.
Bakteriofagi charakteryzują się wysoką swoistością w stosunku do komórek gospodarza. Związane jest to z obecnością odpowiednich dla wirusa receptorów na powierzchni komórki bakteryjnej, jak też charakterystycznymi enzymami reakcji metabolicznych koniecznych do namnażania cząstek wirusowych. Swoistość ta powoduje, iż konkretne fagi wykazują aktywność lityczną tylko do określonych gatunków bakterii, czy wręcz do poszczególnych szczepów danego gatunku. Cecha ta jest wykorzystywana do typowania bakterii w obrębie gatunku (fagotypia), co ma duże zastosowanie w epidemiologii oraz w celach eliminacji konkretnych szczepów bakteryjnych (fagoterapii). Przy fagotypii i fagoterapii stosuje się fagi lityczne, czyli wykazujące efekt bójczy wobec komórek gospodarza [1, 2, 3, 5, 6, 7].
Pomysł zastosowania bakteriofagów w identyfikacji oraz leczeniu infekcji bakteryjnych jest znany od lat. Niestety z nastaniem ery antybiotykowej, ze względu na łatwość uzyskiwania antybiotyków oraz szeroki zakres ich działania przeciwdrobnoustrojowego, wycofano się z powszechnego użycia preparatów fagowych. Tylko nieliczne ośrodki badawcze w Europie Wschodniej kontynuowały badania nad izolacją bakteriofagów ze środowiska oraz ich aplikacją w leczeniu [8]. Alarmujący wzrost oporności na antybiotyki wśród bakterii w ostatnich latach stal się poważnym problemem terapeutycznym współczesnej medycyny. Problem szerzenia się oporności na antybiotyki jest znacząco związany z horyzontalnym przekazywaniem informacji genetycznej wśród bakterii za pomocą plazmidów. Plazmidy oporności stanowią główny typ oporności obecny u bakterii Gram-ujemnych. Plazmidy te kodują najczęściej enzymy modyfikujące lub hydrolizujące antybiotyki (np. β-laktamazy). Oporność pałeczek Klebsiella związana z produkcją β-laktamaz typu ESBL, MBL czy KPC dotyczy niewrażliwości szczepu na antybiotyki z grupy β-laktamów, które są preparatami I rzutu w leczeniu zakażeń bakteryjnych. Jednocześnie notuje się, że większość izolatów ESBL+ , MBL+ oraz KPC+ wykazuje również oporność na inne niż β-laktamy grupy antybiotyków, co czyni szczep opornym nawet na wszystkie dostępne leki przeciwbakteryjne. Problem ten dotyczy głównie pałeczek Klebsiella pneumoniae, które są przyczyną zakażeń na oddziałach noworodkowych oraz pacjentów w szeroko rozumianej immunosupresji. Obejmuje też coraz powszechniej chorych ambulatoryjnych cierpiących na zakażenia dróg moczowych, dróg oddechowych, czy zaburzeń przewodu pokarmowego. Dlatego coraz więcej uwagi poświęca się powtórnemu wprowadzeniu do terapii metod sprzed ery antybiotykowej. Istnieje wiele doniesień o skutecznym leczeniu fagami zakażeń wywołanych przez wielolekooporne szczepy bakteryjne [9]. Uzyskane dotąd wyniki wskazują, że fagoterapia zakażeń bakteryjnych, w większości przypadków, jest wysoce efektywna, szczególnie, kiedy leczenie z użyciem dostępnych leków przeciwbakteryjnych jest bezskuteczne lub gdy pacjent z jakiś powodów nie może przyjmować antybiotyku. Niezwykle istotnym jest również swoiste działanie bakteriofagów, a także brak istotnych efektów ubocznych fagoterapii.
Dostępne dane literaturowe na temat bakteriofagów Klebsiella sp. dotyczą głównie bakteriofagów, które wykorzystywane były przez poprzednie 30 lat w typowaniu szczepów tej bakterii wyizolowanych w przebiegu zakażeń klinicznych oraz bakteriofagów zdolnych do degradacji różnych typów polisacharydu otoczkowego szczepów Klebsiella sp. Są to jednak doniesienia pochodzące z lat 1960-1990, i dotyczą głównie specyficzności litycznych poszczególnych fagów oraz aktywności enzymatycznych ich wybranych białek [11, 12]. Na temat wirulentnych bakteriofagów Klebsiella sp., w tym Klebsiella pneumoniae, wiadomo niewiele. Istnieje kilka wstępnych doniesień o skutecznym wykorzystaniu tych fagów w leczeniu eksperymentalnych zakażeń Klebsiella pneumoniae u zwierząt i człowieka [10, 13].
Wynalazek dotyczy nowego szczepu bakteriofaga specyficznego wobec bakterii należących do rodzaju Klebsiella, wybranego ze szczepów zdeponowanych w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów (PKM) pod numerami depozytowymi: F/00063, F/00064, F/00065, F/00066, F/00067, F/00068. Wynalazek obejmuje również zastosowanie szczepu bakteriofaga, wybranego ze szczepów zdeponowaPL 216 091 B1 nych w· Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów (PKM) pod numerami depozytowymi: F/00063, F/00064, F/00065, F/00066. F/00067, F/00068 do wytwarzania preparatów przeciwbakteryjnych służących do zwalczania bakterii należących do rodzaju Klebsiella, zwłaszcza należących do gatunku K. pneumoniae. Zastosowanie szczepu bakteriofaga dotyczy użycia całych wirionów bakteriofaga wirulentnego w preparatach złożonych z pojedynczego typu faga, jak i w postaci koktajlu zawierającego kilka lub kilkanaście aktywnych bakteriofagów. Dodatkowo wynalazek dotyczy wykorzystania oczyszczonych białek bakteriofagowych, korzystnie enzymów i białek enzymatycznych w postaci lizozymu, endolizyny i egzopolisacharydazy.
Istota wynalazku została zilustrowana poniższymi przykładami wykonania:
P r z y k ł a d 1
Fag KP15. Bakteriofag o oznaczeniu vB_KpnM_KP15 o morfotypie A1 sklasyfikowany jako Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Myoviridae; T4-like viruses; unclassified T4-like viruses. Bakteriofag wirulentny izolowany z pól irygacyjnych w Swiniarach we Wrocławiu na szczepie referencyjnym K. pneumoniae ATCC 700603. izolację faga prowadzono po 6 godzinach inkubacji w temperaturze 37°C 1 ml uprzednio przefiltrowanej badanej próbki wody w 10 ml płynnego podłoża odżywczego z dodatkiem 0,1 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae ATCC 700603. Następnie uzyskaną mieszaninę odpowiednio rozcieńczano metodą Routine Test Dilution (RTD) a z każdego rozcieńczenia pobierano po 0,1 ml badanej mieszaniny i dodawano do probówek z 5 ml miękkiego agaru (0,6%) zawierającego 0,4 ml młodej hodowli szczepu-gospodarza. Po wymieszaniu całą mieszaninę wylewano na płytki z podłożem agarowym i pozostawiono do zastygnięcia. Płytki inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Czystą linię fagową wyprowadzano z pojedynczych łysinek z użyciem ezy izolacyjnej. Łysinki przeniesiono do probówek z 5 ml bulionu odżywczego zawierającego 0,05 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae ATCC 700603 i inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Uzyskany lizat fagowy wirowano przez 30 minut przy 5 000 rpm i sączono przez filtry antybakteryjne oraz kontrolowano na obecność faga. Izolowany bakteriofag został wykorzystany do określenia spektrum aktywności litycznej z użyciem szczepu referencyjnego K. pneumoniae ATCC 700603 oraz 277 szczepów K. pneumoniae, w tym 93 produkujących β-laktamazy typu ESBL i 54 szczepów K. oxytoca, w tym 9 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczepy kliniczne kolekcji pochodziły z Pracowni Bakteriologii i Immunologii Dolnośląskiego Centrum Pediatrycznego im. Janusza Korczaka we Wrocławiu i kolekcji Laboratorium Bakteriofagowego Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu. Dodatnie reakcje lityczne obserwowano dla 32 szczepów K. pneumoniae, w tym 6 produkujących β-laktamazy typu ESBL i 24 szczepów K. oxytoca, w tym 3 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczep faga KP15 został zdeponowany 28 września 2010 roku w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów we Wrocławiu posiadającej status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego (IDA). Depozytowi patentowemu nadano numer F/00063.
P r z y k ł a d 2
Fag KP27. Bakteriofag o oznaczeniu vB_KpnM_KP27 o morfotypie A1 sklasyfikowany jako Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Myoviridae; T4-like viruses; unclassified T4-like viruses. Bakteriofag wirulentny izolowany ze ścieków z oczyszczalni w Stroniu Śląskim na szczepie K. pneumoniae 767. Izolację faga prowadzono po 6 godzinach inkubacji w temperaturze 37°C 1 ml uprzednio przefiltrowanej badanej próbki wody w 10 ml płynnego podłoża odżywczego z dodatkiem 0,1 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 767. Następnie uzyskaną mieszaninę odpowiednio rozcieńczano metodą Routine Test Dilution (RTD), a z każdego rozcieńczenia pobierano po 0,1 ml badanej mieszaniny i dodawano do probówek z 5 ml miękkiego agaru (0,6%) zawierającego 0,4 ml młodej hodowli szczepu-gospodarza. Po wymieszaniu całą mieszaninę wylewano na płytki z podłożem agarowym i pozostawiono do zastygnięcia. Płytki inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Czystą linię fagową wyprowadzano z pojedynczych łysinek z użyciem ezy izolacyjnej. Łysinki przeniesiono do probówek z 5 ml bulionu odżywczego zawierającym 0,05 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 767 i inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Uzyskany lizat fagowy wirowano przez 30 minut przy 5 000 rpm i sączono przez filtry antybakteryjne oraz kontrolowano na obecność faga. Izolowany bakteriofag został wykorzystany do określenia spektrum aktywności litycznej z użyciem szczepu referencyjnego K. pneumoniae ATCC 700603 oraz 277 szczepów K. pneumoniae, w tym 93 produkujących β-laktamazy typu ESBL i 54 szczepów K. oxytoca, w tym 9 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczepy kliniczne kolekcji pochodziły z Pracowni Bakteriologii i Immunologii Dolnośląskiego Centrum Pediatrycznego im. Janusza Korczaka we Wrocławiu i kolekcji Laboratorium
PL 216 091 B1
Bakteriofagowego Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu. Dodatnie reakcje lityczne obserwowano dla 46 szczepów K. pneumoniae, w tym 16 produkujących β-laktamazy typu ESBL i 21 szczepów K. oxytoca, w tym 16 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczep faga KP27 został zdeponowany 28 września 2010 roku w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów we Wrocławiu posiadającej status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego (IDA). Depozytowi patentowemu nadano numer F/00064.
P r z y k ł a d 3
Fag KP28. Bakteriofag o oznaczeniu vB_KpnM_KP28 o morfotypie A1 sklasyfikowany jako Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Myoviridae; T4-like viruses; unclassified T4-like viruses. Bakteriofag wirulentny izolowany z przydrożnego rowu w Nieciszowie na szczepie K. pneumoniae 767. Izolację faga prowadzono po 6 godzinach inkubacji w temperaturze 37°C 1 ml uprzednio przefiltrowanej badanej próbki wody w 10 ml płynnego podłoża odżywczego z dodatkiem 0,1 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 767.
Następnie uzyskaną mieszaninę odpowiednio rozcieńczano metodą Routine Test Dilution (RTD), a z każdego rozcieńczenia pobierano po 0,1 ml badanej mieszaniny i dodawano do probówek z 5 ml miękkiego agaru (0,6%) zawierającego 0,4 ml młodej hodowli szczepu-gospodarza. Po wymieszaniu całą mieszaninę wylewano na płytki z podłożem agarowym i pozostawiono do zastygnięcia. Płytki inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Czystą linię fagową wyprowadzano z pojedynczych łysinek z użyciem ezy izolacyjnej. Łysinki przeniesiono do probówek z 5 ml bulionu odżywczego zawierającego 0,05 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 767 i inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Uzyskany lizat fagowy wirowano przez 30 minut przy 5 000 rpm i sączono przez filtry antybakteryjne oraz kontrolowano na obecność faga. Izolowany bakteriofag został wykorzystany do określenia spektrum aktywności litycznej z użyciem szczepu referencyjnego K. pneumoniae ATCC 700603 oraz 277 szczepów K. pneumoniae, w tym 93 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL i 54 szczepów K. oxytoca, w tym 9 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL. Szczepy kliniczne kolekcji pochodziły z Pracowni Bakteriologii i Immunologii Dolnośląskiego Centrum Pediatrycznego im. Janusza Korczaka we Wrocławiu i kolekcji Laboratorium Bakteriofagowego Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu. Dodatnie reakcje lityczne obserwowano dla 41 szczepów K. pneumoniae, w tym 11 produkujących β-laktamazy typu ESBL i 20 szczepów K. oxytoca, w tym 1 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczep faga KP28 został zdeponowany 28 września 2010 roku w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów we Wrocławiu posiadającej status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego (IDA). Depozytowi patentowemu nadano numer F/00065.
P r z y k ł a d 4
Fag KP32. Bakteriofag o oznaczeniu vB_KpnP_KP32 o morfotypie C1 sklasyfikowany jako Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Podoviridae; Autographivirinae; T7-like viruses; unclassified T7-like viruses. Bakteriofag wirulentny izolowany z szamba w Nieciszowie na szczepie K. pneumoniae 271. Izolację faga prowadzono po 6 godzinach inkubacji w temperaturze 37°C 1 ml uprzednio przefiltrowanej badanej próbki wody w 10 ml płynnego podłoża odżywczego z dodatkiem 0,1 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 271. Następnie uzyskaną mieszaninę odpowiednio rozcieńczano metodą Routine Test Dilution (RTD), a z każdego rozcieńczenia pobierano po 0,1 ml badanej mieszaniny i dodawano do probówek z 5 ml miękkiego agaru (0,6%) zawierającego 0,4 ml młodej hodowli szczepu-gospodarza. Po wymieszaniu całą mieszaninę wylewano na płytki z podłożem agarowym i pozostawiono do zastygnięcia. Płytki inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Czystą linię fagową wyprowadzano z pojedynczych łysinek z użyciem ezy izolacyjnej. Łysinki przeniesiono do probówek z 5 ml bulionu odżywczego zawierającego 0,05 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 271 i inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Uzyskany lizat fagowy wirowano przez 30 minut przy 5 000 rpm i sączono przez filtry antybakteryjne oraz kontrolowano na obecność faga. Izolowany bakteriofag został wykorzystany do określenia spektrum aktywności litycznej z użyciem szczepu referencyjnego K. pneumoniae ATCC 700603 oraz 277 szczepów K. pneumoniae, w tym 93 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL i 54 szczepów K. oxytoca, w tym 9 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL. Szczepy kliniczne kolekcji pochodziły z Pracowni Bakteriologii i Immunologii Dolnośląskiego Centrum Pediatrycznego im. Janusza Korczaka we Wrocławiu i kolekcji Laboratorium Bakteriofagowego Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu. Dodatnie reakcje lityczne obserwowano dla 45 szczepów K. pneumoniae, w tym 29 produkujących β-laktamazy typu ESBL i 3 szczepów K. oxytoca, w tym 1 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL. Szczep faga KP32
PL 216 091 B1 został zdeponowany 28 września 2010 roku w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów we Wrocławiu posiadającej status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego (IDA). Depozytowi patentowemu nadano numer F/00066.
P r z y k ł a d 5
Fag KP34. Bakteriofag o oznaczeniu vB_KpnP_KP34 o morfotypie C1 sklasyfikowany jako
Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Podoviridae; Autographivirinae; φΚΜν-like viruses. Bakteriofag wirulentny izolowany z przydrożnego rowu w Nieciszowie na szczepie K. pneumoniae 77. Izolację faga prowadzono po 6 godzinach inkubacji w temperaturze 37°C I ml uprzednio przefiltrowanej badanej próbki wody w 10 ml płynnego podłoża odżywczego z dodatkiem 0,1 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 77. Następnie uzyskaną mieszaninę odpowiednio rozcieńczano metodą Routine Test Dilution (RTD), a z każdego rozcieńczenia pobierano po 0,1 ml badanej mieszaniny i dodawano do probówek z 5 ml miękkiego agaru (0,6%) zawierającego 0,4 ml młodej hodowli szczepu-gospodarza. Po wymieszaniu całą mieszaninę wylewano na płytki z podłożem agarowym i pozostawiono do zastygnięcia. Płytki inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Czystą linię fagową wyprowadzano z pojedynczych łysinek z użyciem ezy izolacyjnej. Łysinki przeniesiono do probówek z 5 ml bulionu odżywczego zawierającego 0,05 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 77 i inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Uzyskany lizat fagowy wirowano przez 30 minut przy 5 000 rpm i sączono przez filtry antybakteryjne oraz kontrolowano na obecność faga. Izolowany bakteriofag został wykorzystany do określenia spektrum aktywności litycznej z użyciem szczepu referencyjnego K. pneumoniae ATCC 700603 oraz 377 szczepów K. pneumoniae, w tym 93 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL i 54 szczepów K. oxytoca, w tym 9 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczepy kliniczne kolekcji pochodziły z Pracowni Bakteriologii i Immunologii Dolnośląskiego Centrum Pediatrycznego im. Janusza Korczaka we Wrocławiu i kolekcji Laboratorium Bakteriofagowego Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu. Dodatnie reakcje lityczne obserwowano jedynie dla 58 szczepów K. pneumoniae, w tym 36 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczep faga KP34 został zdeponowany 28 września 2010 roku w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów we Wrocławiu posiadającej status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego (IDA). Depozytowi patentowemu nadano numer F/00067.
P r z y k ł a d 6
Fag KP36. Bakteriofag o oznaczeniu vB_KpnS_KP36 o morfotypie B1 sklasyfikowany jako Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Siptioviridae; λ-like viruses; unclassified λ-like viruses. Bakteriofag wirulentny izolowany ze ścieków z oczyszczalni w Stroniu Śląskim na szczepie K. pneumoniae 486. Izolację faga prowadzono po 6 godzinach inkubacji w temperaturze 37°C 1 ml uprzednio przefiltrowanej badanej próbki wody w 10 ml płynnego podłoża odżywczego z dodatkiem 0,1 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 486. Następnie uzyskaną mieszaninę odpowiednio rozcieńczano metodą Routine Test Dilution (RTD), a z każdego rozcieńczenia pobierano po 0,1 ml badanej mieszaniny i dodawano do probówek z 5 ml miękkiego agaru (0,6%) zawierającego 0,4 ml młodej hodowli szczepu-gospodarza. Po wymieszaniu całą mieszaninę wylewano na płytki z podłożem agarowym i pozostawiono do zastygnięcia. Płytki inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Czystą linię fagową wyprowadzano z pojedynczych łysinek z użyciem ezy izolacyjnej. Łysinki przeniesiono do probówek z 5 ml bulionu odżywczego zawierającego 0,05 ml młodej hodowli szczepu K. pneumoniae 486 i inkubowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C. Uzyskany lizat fagowy wirowano przez 30 minut przy 5 000 rpm i sączono przez filtry antybakteryjne oraz kontrolowano na obecność faga. Izolowany bakteriofag został wykorzystany do określenia spektrum aktywności litycznej z użyciem szczepu referencyjnego K. pneumoniae ATCC 700603 oraz 377 szczepów K. pneumoniae, w tym 93 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL i 54 szczepów K. oxytoca, w tym 9 produkujących β-Iaktamazy typu ESBL. Szczepy kliniczne kolekcji pochodziły z Pracowni Bakteriologii i Immunologii Dolnośląskiego Centrum Pediatrycznego im. Janusza Korczaka we Wrocławiu i kolekcji Laboratorium Bakteriofagowego Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu. Dodatnie reakcje lityczne obserwowano jedynie dla 44 szczepów K. pneumoniae, w tym 34 produkujących β-laktamazy typu ESBL. Szczep faga KP36 został zdeponowany 28 września 2010 roku w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów we Wrocławiu posiadającej status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego (IDA). Depozytowi patentowemu nadano numer F/00068.
PL 216 091 B1
Literatura
1. Dąbrowski M., Weber-Dąbrowska B., Doroszkiewicz W. - „The estimation of usefulness of the Pseudomonas bacteriophages in epidemiological investigations of Pseudomonas clinical strains”. Acta Microbiol. Polon., 1988; 37: 295-307.
2. Holmberg O. - „Phage typing of coagulase-negative staphylococci”. Zentralbl. Bacteriol., 1978; 241: 68-71.
3. Jarlov .J.O. - „Phenotypic characteristics of coagulase-negative staphylococci: typing and antibiotic susceptibility”. APMIS (Suppl.) 1999; 91: 1-42.
4. Kurzępa A., Dąbrowska Κ., Świtała-Jeleń Κ., Górski A. - „Molecular modification of T4 bacteriophage proteins and its potential application - Review”. Folia Microbiol (Praha), 2009; 54(1): 5-15.
5. Martin-de-Nicolas M. M., Vindel A., Saez-Nieto J.A. „Development of a new set of phages as an epidemiological marker in Staphylococcus epidermidis causing nosocomial infections”. Epidemiol. Infect., 1990; 104: 111-118.
6. Slopek S., Durlakova I., Kucharewicz-Krukowska A. i wsp. - „Phage typing of Shigella flexneri. Arch. Immunol. Ther. Exp., 1972; 20: 1-60.
7. Slopek S., Durlakova I., Kucharewicz-Krukowska A. i wsp. - „Phage typing of Shigella sonnei. Arch. Immunol. Ther. Exp., 1973; 21: 1-161.
8. Sulakvelidze A., Alavidze Z., Morris J.G. - „Bacteriophage Therapy”. Antimicrob. Agents And Chemother., Mar. 2001, Vol. 45, No. 3, 649-659.
9. Barrow P.A., Soothil J.S. - „Bacteriophage therapy and prophylaxis: rediscovery and renewed assessment of potential”. Trends in Microbiology, 1997; 5: 268-271.
10. Matsuzaki S., Rashel M., Uchlyama .1., Sakurai S., Ujiehara T., Kuroda M., Ikeuchi M., Tani T., Fujeda M., Wakiguchi H., Imai S. (2005) - „Bacteriophage therapy: a revitilized therapy against bacterial infectious deseases”. J. Infect. Chemother., 11: 211-219.
11. Sechter I., Mestre F., Hansen D.S. (2000) - „Twenty-three years of Klebsiella phage typing: a review of phage typing of 12 clusters of nosocomial infections, and comparison of phage typing with K serotyping”. Clin. Microbiol. Infect., 6: 233-238.
12. Scholl D., Merril C. (2005) - „Polysaccharide-degrading phages”. In.: Phages. Their Role in Bacterial Pathogenesis and Biotechnology (w edycji; Waldor M.K., Friedman D.I., Adhya S.L.). ASM Press, Washington D.C. 2005; 400-414.
13. Vinodkumar C.S., Neelagund Y.F., Kalsurmath S. (2005) - „Bacteriophages in the treatment of experimental septicemic mice from a clinical isolate of multidrug resistant Klebsiella pneumoniae”. J. Commun. Dis., 37: 18-29.
Claims (6)
1. Nowy szczep bakteriofaga specyficzny wobec bakterii należących do rodzaju Klebsiella, wybrany ze szczepów zdeponowanych w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów (PKM) pod numerami depozytowymi: F/00063, F/00064, F/00065, F/00066, F/00067, F/00068.
2. Zastosowanie szczepu bakteriofaga, wybranego ze szczepów zdeponowanych w Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów (PKM) pod numerami depozytowymi: F/00063, F/00064, F/00065, F/00066, F/00067, F/00068 do wytwarzania preparatów przeciwbakteryjnych służących do zwalczania bakterii należących do rodzaju Klebsiella.
3. Zastosowanie według zastrz. 2, znamienne tym, że zwalczane bakterie należą do gatunku K. pneumoniae.
4. Zastosowanie według zastrz. 2, znamienne tym, że do wytwarzania preparatów przeciwbakteryjnych wykorzystuje się całe wiriony bakteriofaga wirulentnego w preparatach złożonych z pojedynczego typu faga.
5. Zastosowanie według zastrz. 2, znamienne tym, że do wytwarzania preparatów przeciwbakteryjnych wykorzystuje się koktajl zawierający kilka lub kilkanaście aktywnych bakteriofagów.
6. Zastosowanie według zastrz. 2, znamienne tym, że do wytwarzania preparatów przeciwbakteryjnych wykorzystuje się oczyszczone białka bakteriofagowe, korzystnie enzymy lityczne i białka enzymatyczne w postaci lizozymu, endolizyny i egzopolisacharydazy.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL392681A PL216091B1 (pl) | 2010-10-18 | 2010-10-18 | Nowe szczepy bakteriofagów do leczenia zakażeń bakteryjnych, zwłaszcza szczepami bakterii lekoopornych z rodzaju Klebsiella |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL392681A PL216091B1 (pl) | 2010-10-18 | 2010-10-18 | Nowe szczepy bakteriofagów do leczenia zakażeń bakteryjnych, zwłaszcza szczepami bakterii lekoopornych z rodzaju Klebsiella |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL392681A1 PL392681A1 (pl) | 2012-04-23 |
| PL216091B1 true PL216091B1 (pl) | 2014-02-28 |
Family
ID=46002786
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL392681A PL216091B1 (pl) | 2010-10-18 | 2010-10-18 | Nowe szczepy bakteriofagów do leczenia zakażeń bakteryjnych, zwłaszcza szczepami bakterii lekoopornych z rodzaju Klebsiella |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL216091B1 (pl) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL232951B1 (pl) * | 2013-06-03 | 2019-08-30 | Inst Immunologii I Terapii Doswiadczalnej Im Ludwika Hirszfelda Polskiej Akademii Nauk | Zastosowanie bakteriofaga T4 |
-
2010
- 2010-10-18 PL PL392681A patent/PL216091B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL392681A1 (pl) | 2012-04-23 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Vukotic et al. | Characterization, antibiofilm, and depolymerizing activity of two phages active on carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii | |
| Zurabov et al. | Characterization of four virulent Klebsiella pneumoniae bacteriophages, and evaluation of their potential use in complex phage preparation | |
| Naknaen et al. | Combination of genetically diverse Pseudomonas phages enhances the cocktail efficiency against bacteria | |
| Kęsik-Szeloch et al. | Characterising the biology of novel lytic bacteriophages infecting multidrug resistant Klebsiella pneumoniae | |
| Yang et al. | Isolation and characterization of a virulent bacteriophage AB1 of Acinetobacter baumannii | |
| Hargreaves et al. | Clostridium difficile phages: still difficult? | |
| Cho et al. | Diversity and antibiotic susceptibility of Acinetobacter strains from milk powder produced in Germany | |
| Gorodnichev et al. | Novel Klebsiella pneumoniae K23-specific bacteriophages from different families: similarity of depolymerases and their therapeutic potential | |
| Pu et al. | Genomic characterization of a new phage BUCT541 against Klebsiella pneumoniae K1-ST23 and efficacy assessment in mouse and Galleria mellonella larvae | |
| Peng et al. | Isolation and characterization of a new phage infecting Elizabethkingia anophelis and evaluation of its therapeutic efficacy in vitro and in vivo | |
| Kunisaki et al. | Intercrossing of phage genomes in a phage cocktail and stable coexistence with Escherichia coli O157: H7 in anaerobic continuous culture | |
| Markusková et al. | Characterization of bacteriophages infecting multidrug-resistant uropathogenic Escherichia coli strains | |
| Liu et al. | Decolonization of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae from the intestinal microbiota of model mice by phages targeting two surface structures | |
| Abdelghafar et al. | A novel lytic phage exhibiting a remarkable in vivo therapeutic potential and higher antibiofilm activity against Pseudomonas aeruginosa | |
| Teklemariam et al. | RETRACTED: isolation and characterization of a novel lytic phage, vB_PseuP-SA22, and its efficacy against carbapenem-resistant pseudomonas aeruginosa | |
| Goodarzi et al. | Biological characteristics and anti-biofilm activity of a lytic phage against vancomycin-resistant Enterococcus faecium | |
| Qu et al. | Isolation and characterization of a novel lytic bacteriophage vB_Efm_LG62 infecting Enterococcus faecium | |
| Esmael et al. | Efficacy of three lytic bacteriophages for eradicating biofilms of multidrug-resistant Proteus mirabilis | |
| CN115161292A (zh) | 一种多重耐药序列11型肺炎克雷伯氏菌噬菌体及其应用 | |
| Kwon et al. | Characterization of a lytic bacteriophage vB_SurP-PSU3 infecting Staphylococcus ureilyticus and its efficacy against biofilm | |
| Li et al. | Characterization and genomics of phage Henu2_3 against K1 Klebsiella pneumoniae and its efficacy in animal models | |
| Morgan et al. | Phage Therapy for Urinary Tract Infections: Progress and Challenges Ahead | |
| Chai et al. | Isolation, characterization, and application of the novel polyvalent bacteriophage vB_EcoM_XAM237 against pathogenic Escherichia coli | |
| Liu et al. | Emergence of mcr-1-Harboring Salmonella enterica Serovar Sinstorf Type ST155 isolated from patients with diarrhea in Jiangsu, China | |
| Holtappels et al. | Isolation, characterization and genome analysis of an orphan phage FoX4 of the new Foxquatrovirus genus |