PL128256B1 - Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein - Google Patents

Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein Download PDF

Info

Publication number
PL128256B1
PL128256B1 PL22438080A PL22438080A PL128256B1 PL 128256 B1 PL128256 B1 PL 128256B1 PL 22438080 A PL22438080 A PL 22438080A PL 22438080 A PL22438080 A PL 22438080A PL 128256 B1 PL128256 B1 PL 128256B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
ribosome
model
symbolizing
subunit
subunits
Prior art date
Application number
PL22438080A
Other languages
English (en)
Other versions
PL224380A1 (pl
Inventor
Krzysztof Gulewicz
Tomasz Twardowski
Original Assignee
Polska Akademia Nauk Instytut
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Polska Akademia Nauk Instytut filed Critical Polska Akademia Nauk Instytut
Priority to PL22438080A priority Critical patent/PL128256B1/pl
Publication of PL224380A1 publication Critical patent/PL224380A1/xx
Publication of PL128256B1 publication Critical patent/PL128256B1/pl

Links

Landscapes

  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Description

Przedmiotem wynalazku jest model rybosomu z makromolekularni bioorganicznymi, uczestni¬ czacymi w biosyntezie bialka, Rybosoin jest organella komórkowa o srednicy okolo 200 A°, zbudowana w 40-60& z ryboso- mowego kwasu rybonukleinowego /rRNA/ i z szeregu bialek dolaczonych do rRNA wiazaniami ty¬ pu niekowalencyjnego. Rybosomy stanowia miejsce polimeryzacji aminokwasów w procesie bio¬ syntezy bialek /translacja genetyczna/. Rybosomy sa organellami asymetrycznymi, zbudowa¬ nymi z dwóch podjednostek, których powierzchnie specyficznie przylaczaja transferowy kwas rybonukleinowy /tRNA/# informacyjny kwas rybonukleinowy /mRNA/ i nowo syntetyzowany lan¬ cuch polipeptydowy. Zarówno rRNA jak i bialka rybosomowe odgrywaja istotna role w czasie asocjaoji podjednostek rybosomalnych. Bialka rybosomalne maja Istotne znaczenie nie tylko w utrzymaniu struktury rybosomów, lecz decyduja takze o zdolnosci rybosomów do laczenia sie z mRNA i tRNA.Ze wzgledu na zlozonosc prooesu biosyntezy bialek zaohodzacego w rybosomie, jak tez ze wzgledu na wysoki stopien abs^trakcyjnosci pojec stosowanyoh w biologii molekularnej, trudny jest do wyjasnienia mechanizmu procesów przebiegajacych w omawianej organelli komórkowej• Ze wzgledu na powyzsze celem wynalazku bylo opracowanie takiego modelu, który ulatwialby poznanie 1 zrozumienie tych skomplikowanych procesów, jak tez pozwalal sele¬ kcjonowac sposród ogromnej ilosci mozliwyoh reakoji, te reakcje które sa najbardziej prawdopodobne podczas biosyntezy bialka przebiegajacej w rybosomie, ze szczególnym uwzglednieniem aspektów przestrzennych procesu. Model wedlug wynalazku noze wiec sluzyc nie tylko do celów dydaktycznych ale równiez i poznawozyoh.W modelu wedlug wynalazku wykorzystano stan wiedzy dotyczacy budowy rybosomu. Wiadomo, ze rybosom ma ksztalt zblizony do kulistego 1 sklada sie z dwóob rozlaczalnyoh bryl2 128 256 okreslonych jako podjednostka rybosomu ciala i duza* Obydwie podjednostkl rybosomu nie wykazuja ksztaltu regularnego 1 cechuja sie róznymi wypuklosciami jak tez wkleslosciami na swej powierzchni* Wiadomo poza tym, ze rybosomy wystepujace w komórkach bakteryjnych /rybosomy prokarlotyczne/ róznia sie struktura przestrzenna od rybosomów organizmów wyz¬ szych /rybosomów eukariotycznych/. Tak na przyklad podjednostce malej rybosomu prokarlo- tycznego przypisuje sie czesto ksztalt embrionu, a takiej samej podjednostce rybosomu eukariotycznego ksztalt zblizony do nerki /?roo# Natl. Accd. Sci, St. Zjedn. Ara. Vol 76, Nr 10, 1979; str. 4867-4871; Molec. gen. Genet. 142, 1975, str. 193-208/.Model wedlug wynalazku ma postac dwóch rozlaczalnych bryl, z których jedna odpowiada hipotetycznemu ksztaltowi malej podjednostkl rybosomu, a druga hipotetycznemu ksztaltowi duzej podjednostkl rybosomu. Model ten wyposazony jest w pret symbolizujacy informacyjny kwas rybonukleinowy /mRNA/ z zaznaczonymi na nim róznobarwnymi odcinkami symbolizujacymi kodony, który to pret jest wsuwany pomiedzy jednostki rybosomu. Niezaleznie od powyzszego model zaopatrzony jest równiez w dwa modele przestrzenne czasteczek transferowego kwasu rybonukleinowego /tRNA/, które sa osadzone we wnekach wykonanych we wzajemnie ku sobie skierowanych powierzchniach podjednostek rybosomu, oraz w zespól róznobarwnych tarcz, przymocowanych rozlacznie do powierzchni rybosomu, symbolizujacych bialka przyporzadkowane poszczególnym podjednostkom rybosomu. Na kazdej z tarcz umieszczone jest oznaczenie licz- bowo-literowe okreslajace rodzaj bialka.Podjednostkl rybosomu w modelu wedlug wynalazku wykonane sa z tworzywa elastycznego, korzystnie z tworzywa piankowego, przy czym obydwie podjednostkl rybosomu sa róznie za¬ barwione. Tarcze symbolizujace bialka sa na odwrocie zaopatrzone w kolce, co umozliwia przyszpilenie ich w dowolnym miejscu bryly. Modele przestrzenne kwasu rybonukleinowego maja zaznaczone róznobarwne odcinki oznaczajace antykodony tRNA oraz reszty peptydowe i aminokwasów.Przyklad wykonania modelu wedlug wynalazku przedstawiony jest za pomoca rysunków, na których fig. i przedstawia w widoku perspektywicznym rybosom eukariotyczny z prete-n symbolizujacym mRNA z r.odelami przestrzennymi dwóch czasteczek tRNA i z tarczami symbo¬ lizujacymi bialka, zas fis. 2 przedstawia w widoku perspektywicznym pret syaibolizujacy mRNA z zaznaczonymi na nim róznobarwnyT.i odcinkami kodonów oraz modele przestrzenne dwóch czasteczek tRNA z zaznaczonymi barwnymi odcinkami antykodonów tRNA i reszt peptydo- wych i aminokwasów.Jak przedstawia fig. 1, model sklada sie z dwóch bryl, a mianowicie malej podjednost¬ kl 1 rybosomu i duzej podjednostkl 2 rybosomu, która jest ustawiona na statywie 3. Mala podjednostka i ma ksztalt nerkowaty, przy czym na jej dolnej powierzchni wykonane sa wneki la, Ib, lc. Duza podjednostka 2 rybosomu ma ksztalt zblizony do fotela, którego podstawe 2a stanowi pólkula i majacego dwa podlokietnikl 2b oraz oparcie 2c. Podlokietni- ki 2b maja ksztalt odpowiadajacy ksztaltowi wnek la i Ib malej podjednostkl i. Na pozio¬ mej powierzchni /siedzisku/ duzej podjednostkl 2 jest ulozony pret 4 oraz dwa modele przestrzenne 5 tRNA. Do dolnej powierzchni malej podjednostkl 1 sa przypiete tarcze 6, z których kazda oznaczona jest litera "S" /od angielskiego slowa "smali"/ oraz symbolem liczbowym od i do 30, okreslajacym rodzaj bialka. Tarcze te maja kolor niebieski.Do powierzohni duzej podjednostki 2 przypiete sa tarcze 7, z których kazda oznaczona jest litera "1" /od angielskiego slowa "large"/ oraz symbolem liczbowym od i do 40. • Tarcze te maja kolor zielony.Na fig. 2 pokazane sa modele kwasu rybonukleinowego. Pret 4 symbolizuje mRNA, nato¬ miast ksztaltki 8 19 przedstawiaja modele przestrzenne tRNA. Na precie 4 zaznaozone sa barwne odcinki 4a, 4b, ...f symbolizujace kodony tRNA /tryplety nukleotydowe/. Na jednym koncu ksztaltki 8 zaznaczony jest jednobarwny odcinek 8a, oznaozajacy zwiazany z tRNA aminokwas z wolna grupa aminowa, a na. koncu drugiej ksztaltki 9 zaznaczony jest trój¬ barwny odcinek 9a symbolizujacy zwiazany z tRNA aminokwas lub peptyd z wolna grupa COOK.Na obydwu ksztaltkach 8 i 9 sa oprócz tego zaznaczone barwne odcinki 5b i 9b oznaczajace antykodony.128 256 3 Poslugiwanie aie modelea dla celów dydaktycznych lub poznawczych odbywa sie i naste¬ pujacy sposób. Na podstawie badan biochemicznych wiadomo jaka jest topografia bialek przy¬ porzadkowanych poszczególnym podjednostkom rybosomu. Zgodnie z ta topografia przypina sie do powierzchni podjednostek tarcze symbolizujace poszczególne bialka. Nastepnie do malej podjednostkl 1 przyklada sie pret 4 w taki sposóbf by w obrebie wneki ^alej pod- jednostki znalazla sie sekwencja kodonów mRNA, która jest scisle okreslona kodes ?ene- tyoznym. Ulozenie preta jest uzaleznione od topografii bialek na malej podjednostce, jak tez od jej ksztaltu. Nastepnie do pierwszego kodonu 4a zaznaczonego na precie -1 przykla¬ da sie antykodon Sb zaznaczony na ksztaltce 8 tRNA, po czyn duza podjednostke 2 przykla¬ da sie do tak przygotowanej malej podjednostkl i. Stan ten obrazuje utworzenie sie mono- somu 1 zakonczenie etapu Inicjacji procesu biosyntezy bialka. Nastepnie przez istniejace szczeliny pomiedzy mala podjednostka 1 i duza podjednostka 2, oprowadza sie do *7neki mo¬ delu ksztaltke 9 tRNA przykladajac antykodon 9b do kolejnego kodonu czym ramiona amlnokwasowe da i 9a ksztaltek usytuowuje sie w bezposrednia sasiedztwie, co symbolizuje utworzenie wiazania peptydowego. Znaczniki bialkowe /tarcze/ symbolizuja¬ ce poszczególne bialka rybosomalne tworza centra enzymatyczne, odpowiedzialne za katali¬ zowanie podetapów procesu biosyntezy. Poprzez manipulacje ruchomymi tarczami sozna centra te tworzyc i asocjowac z pozostalymi elementami modelu. Taka struktura jest uwidoczniona na fig* if gdzie uformowano z tarcz centrum transferazy peptydylowej /w ranach etapu wy¬ dluzania lancucha peptydylowego/ bedace kompleksem multlenzymatyczny?., skladajacym sie z tarcz przedstawionych na modelu.Z uzyskanej konfiguracji przestrzennej czesci skladowych modelu wedlug wynalazku mozna wyciagnac szereg wniosków na temat tworzonych struktur i mechanizmu ich powstawania.Zastrzezenia patentowe 1. Model rybosomu z makromolekularni bioorganicznymi, uczestniczacymi .7 biosyntezie bialka .* postaci dwóch rozlaczalnych bryl, z których jedna odpowiada hipotetycznemu ksztaltowi malej podjednostkl rybosomu, a druga hipotetycznemu ksztaltowi duzej podjed¬ nostkl rybosomu, znamienny tym, ze jest wyposazony w pret /4/ symbolizujacy informacyjny kwas rybonukleinowy nHNA z zaznaczonymi na nim róznobarwnym odcinkami /ta, 4b, .../ symbolizujacymi kodony i który jest wsuwany pomiedzy podjednostkl /l/ i /2/ ry¬ bosomu, jak równiez zaopatrzony jest w dwa modele przestrzenne /S/ i /9/ czasteczek transferowego kwasu rybonukleinowego /tRNA/, które sa osadzone we wnekach wykonanych we wzajemnie ku sobie skierowanych powierzchniach podjednostek rybosomu, oraz jest zaopatrzo¬ ny w zespól róznobarwnych taroz /6/ i /7/ przymocowanych rozlacznie do powierzchni mode¬ lu rybosomu, symbolizujacych bialka przyporzadkowane poszczególnym podjednostkom ryboso¬ mu, przy czym na kazdej z tych tarcz jest umieszczone oznaczenie llczbowo-llterowe okres¬ lajace rodzaj bialka. 2• Model rybosomu wedlug zastrz. 1, znamienny tym, ze bryly podjednos¬ tek /i/ 1 /Z/ rybosomu sa wykonane z tworzywa elastycznego, korzystnie piankowego o róz¬ nym zabarwieniu dla poszczególnych bryl. 3. Model rybosomu wedlug zastrz* 1, znamienny tym, ze taroze /6/ 1 /7/ symbolizujace bialka, sa na odwrocie zaopatrzone w kolce. 4. Model rybosomu wedlug zastrz. 1, znamienny tym, ze modele przestrzen¬ ne /S/ 1 /9/ kwasu rybonukleinowego maja zaznaczone róznobarwne odcinki /Sb/ 1 /9b/y /Sa/ 1 /9a/ oznaczajace antykodony tRNA oraz reszty peptydowe i aminokwasów.128 256 R3g.2 Pracownia Poligraficzna UP PRL. Naklad 100 cgz.Cena 100 zl PL

Claims (4)

  1. Zastrzezenia patentowe 1. Model rybosomu z makromolekularni bioorganicznymi, uczestniczacymi .7 biosyntezie bialka .* postaci dwóch rozlaczalnych bryl, z których jedna odpowiada hipotetycznemu ksztaltowi malej podjednostkl rybosomu, a druga hipotetycznemu ksztaltowi duzej podjed¬ nostkl rybosomu, znamienny tym, ze jest wyposazony w pret /4/ symbolizujacy informacyjny kwas rybonukleinowy nHNA z zaznaczonymi na nim róznobarwnym odcinkami /ta, 4b, .../ symbolizujacymi kodony i który jest wsuwany pomiedzy podjednostkl /l/ i /2/ ry¬ bosomu, jak równiez zaopatrzony jest w dwa modele przestrzenne /S/ i /9/ czasteczek transferowego kwasu rybonukleinowego /tRNA/, które sa osadzone we wnekach wykonanych we wzajemnie ku sobie skierowanych powierzchniach podjednostek rybosomu, oraz jest zaopatrzo¬ ny w zespól róznobarwnych taroz /6/ i /7/ przymocowanych rozlacznie do powierzchni mode¬ lu rybosomu, symbolizujacych bialka przyporzadkowane poszczególnym podjednostkom ryboso¬ mu, przy czym na kazdej z tych tarcz jest umieszczone oznaczenie llczbowo-llterowe okres¬ lajace rodzaj bialka.
  2. 2. • Model rybosomu wedlug zastrz. 1, znamienny tym, ze bryly podjednos¬ tek /i/ 1 /Z/ rybosomu sa wykonane z tworzywa elastycznego, korzystnie piankowego o róz¬ nym zabarwieniu dla poszczególnych bryl.
  3. 3. Model rybosomu wedlug zastrz* 1, znamienny tym, ze taroze /6/ 1 /7/ symbolizujace bialka, sa na odwrocie zaopatrzone w kolce.
  4. 4. Model rybosomu wedlug zastrz. 1, znamienny tym, ze modele przestrzen¬ ne /S/ 1 /9/ kwasu rybonukleinowego maja zaznaczone róznobarwne odcinki /Sb/ 1 /9b/y /Sa/ 1 /9a/ oznaczajace antykodony tRNA oraz reszty peptydowe i aminokwasów.128 256 R3g.2 Pracownia Poligraficzna UP PRL. Naklad 100 cgz. Cena 100 zl PL
PL22438080A 1980-05-21 1980-05-21 Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein PL128256B1 (en)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL22438080A PL128256B1 (en) 1980-05-21 1980-05-21 Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL22438080A PL128256B1 (en) 1980-05-21 1980-05-21 Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL224380A1 PL224380A1 (pl) 1982-04-13
PL128256B1 true PL128256B1 (en) 1984-01-31

Family

ID=20003181

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL22438080A PL128256B1 (en) 1980-05-21 1980-05-21 Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein

Country Status (1)

Country Link
PL (1) PL128256B1 (pl)

Also Published As

Publication number Publication date
PL224380A1 (pl) 1982-04-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Claverys et al. Mismatch repair in Streptococcus pneumoniae: relationship between base mismatches and transformation efficiencies.
US7244609B2 (en) Synthetic genes and bacterial plasmids devoid of CpG
DK1446489T3 (da) Intakte miniceller som vektorer for DNA-overførsel og genterapi in vitro og in vivo
Dalbey Positively charged residues are important determinants of membrane protein topology
US5712116A (en) Method for isolating cytokines and other secreted proteins
EP0948615B1 (en) In vivo recombination
Douce et al. Structure and function of the plastid envelope
Schneider et al. Procedure for production of hybrid genes and proteins and its use in assessing significance of amino acid differences in homologous tryptophan synthetase alpha polypeptides.
Zinchenko et al. Vectors for the complementation analysis of cyanobacterial mutants
Mannarelli et al. Nucleotide sequence of the Dpn II DNA methylase gene of Streptococcus pneumoniae and its relationship to the dam gene of Escherichia coli.
WO2001072957A3 (en) Fibroblast growth factor-like molecules and uses thereof
Ono et al. The synthesis of blocked triplet-phosphoramidites and their use in mutagenesis
WO2002046444A3 (en) Double transposition methods for manipulating nucleic acids
CN101006177A (zh) 改善的用于合成模制分子的方法
PL128256B1 (en) Model of ribosome with bioorganic macromolecules participating in biosynthesis of protein
RU2004119027A (ru) Mob`-производная плазмида rsf1010, не содержащая гены устойчивости к антибиотикам, бактерия, содержащая указанную плазмиду, и способ получения полезных метаболитов
US7670809B2 (en) Use of mutagenic DNA polymerase for producing random mutations
KR100446417B1 (ko) 한쪽방향성의 단일가닥 디엔에이 절편들을 이용하는 재조합 디엔에이 라이브러리의 제조방법
ATE387493T1 (de) Gene, die für proteine mit transglykolysierungsaktivität kodieren.
US3804417A (en) Protein synthesis game
EP0907727A1 (en) Yeast invertase gene as reporter system for isolating cytokines
KR102152189B1 (ko) T 세포 내 표적 위치로의 t 세포 수용체 삽입을 위한 재조합벡터 및 이를 이용한 t 세포 내 표적 위치로의 t 세포 수용체 삽입용 조성물
Gyuris et al. High-efficiency transformation of Saccharomyces cerevisiae cells by bacterial minicell protoplast fusion
ES2273836T3 (es) Cepas mutantes capaces de producir proteinas quimicamente deiversificadas por incorporacion de aminoacidos no convecionales.
KR20220092036A (ko) Dna 하이드로겔 생산용 원형 핵산 템플릿 및 이를 이용한 단백질 합성 시스템