NL2021037B1

NL2021037B1 - TEIPP neoantigens and uses thereof

Info

Publication number: NL2021037B1
Application number: NL2021037A
Authority: NL
Inventors: Van Hall Thorbald; Henricus Van Der Burg Sjoerd; Marijt Koen
Original assignee: Academisch Ziekenhuis Leiden
Priority date: 2018-05-31
Filing date: 2018-05-31
Publication date: 2019-12-10

Claims

CONCLUSIES

1. Geïsoleerde peptide, de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) omvattende.
2. Peptide volgens conclusie 1, waarin de peptide niet meer dan 20 aminozuren omvat.
3. Peptide volgens conclusie 2, waarin de peptide bestaat uit de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6).
4. Geïsoleerde nucleïnezuursequentie die codeert voor een peptide volgens een der conclusies 1 tot en met 3.
5. Nucleïnezuursequentie volgens conclusie 4, waarin de nucleïnezuursequentie mRNA of DNA is.
6. Bindingsmiddel dat specifiek bindt op een peptide die de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) omvat.
7. Bindingsmiddel volgens conclusie 6, waarin het bindingsmiddel een antilichaam is.
8. Geïsoleerde nucleïnezuursequentie die codeert voor:

a. een polypeptide die een CDR3 van een TCR α keten polypeptide omvat die specifiek bindt op een peptide die in het bezit is van de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6); en/of

b. een polypeptide die een CDR3 van een TCR β keten polypeptide omvat die specifiek bindt op een peptide die in het bezit is van de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6).
9. Geïsoleerde nucleïnezuursequentie volgens conclusie 8, waarin de nucleïnezuursequentie codeert voor (a) en voor (b), waarin (a) en (b) samen specifiek binnen op de peptide FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6).

127
10. Geïsoleerde nucleïnezuursequentie volgens conclusie 8 of 9, waarin de nucleïnezuursequentie codeert voor een T-celreceptor.
11. Geïsoleerde nucleïnezuursequentie die codeert voor een chimere antigenreceptorproteïne die een doelbindingsgroep omvat die specifiek bindt op een peptide die de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) omvat.
12. Geïsoleerde nucleïnezuursequentie volgens conclusie 11, waarin voor de doelbindingsgroep wordt gecodeerd door een geïsoleerde nucleïnezuursequentie volgens een der conclusies 8 tot en met 10.
13. Vector, nucleïnezuursequentie omvattende volgens een der conclusies 4, 5 of 8 tot en met 12.
14. Vector volgens conclusie 13, waarin de vector een plasmide of een vitale vector is, optioneel waarin de vector is geselecteerd uit de groep die bestaat uit een retrovirus, lentivirus, adeno-geassocieerd virus, adenovirus, vaccinia-virus, kanariepokkenvirus, herpesvirus, minicirkelvector, en artificieel DNA of RNA.
15. Gemodificeerde cel, getransfecteerd of getransduceerd met een nucleïnezuursequentie volgens een der conclusies 4, 5 of 8 tot en met 12, of een vector volgens conclusie 13 of

14.
16. Gemodificeerde cel volgens conclusie 15, waarin de gemodificeerde cel is geselecteerd uit de groep die bestaat uit een CD8 T-cel, een CD4 T-cel, een NK-cel, een NKT-cel een gamma-delta cel, een hematopoïetische stamcel, een progenitorcel, een T-cellijn, of een NK-92 cellijn.
17. Gemodificeerde cel volgens conclusie 15 of 16, waarin de gemodificeerde cel een menselijke cel is.
18. Farmaceutische samenstelling, een geïsoleerde peptide, een nucleïnezuursequentie, een vector, een bindingsmiddel, of een gemodificeerde cel volgens een der voorgaande

128 conclusies omvattende, alsook een farmaceutisch aanvaardbare excipiënt, een farmaceutisch aanvaardbaar adjuvans, verdunningsmiddel, en/of een farmaceutisch aanvaardbare drager.
19. Farmaceutische samenstelling volgens conclusie 18, waarin de samenstelling geformuleerd is als een vaccin.
20. Farmaceutische samenstelling volgens conclusie 18 of 19, voor toepassing als geneesmiddel.
21. Farmaceutische samenstelling voor toepassing volgens conclusie 20, bij het voorkomen of het behandelen van kanker of van een virale infectie die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie in een menselijk subject.
22. Werkwijze voor het behandelen van een aandoening in een menselijk subject dat daaraan behoefte heeft, waarbij de werkwijze het aan het subject toedienen omvat van een therapeutisch werkzame hoeveelheid van een farmaceutische samenstelling volgens conclusie 18 of 19.
23. Werkwijze volgens conclusie 22, voor het voorkomen of het behandelen van kanker of van een virale infectie die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie.
24. Farmaceutische samenstelling voor toepassing volgens conclusie 21, of werkwijze volgens conclusie 23, waarin de kanker een nelanoom, een niercelcarcinoom, een coloncarcinoom, of een lymfoom is.
25. Farmaceutische samenstelling voor toepassing volgens, of werkwijze volgens conclusie 24, waarin de kanker een melanoom is.
26. Werkwijze voor het genereren van een T-celreceptor, het in contact brengen omvattende van een nucleïnezuursequentie of van een vector volgens een der voorgaande conclusies, met een cel, onder voorwaarden waarin de nucleïnezuursequentie of de vector wordt

129 geïncorporeerd in en uitgedrukt door de cel om zodoende de T-celreceptor te genereren die specifiek bindt op een peptide die in het bezit is van de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6).
27. Werkwijze volgens conclusie 26, waarin de werkwijze een ex-vivo werkwijze is.
28. Toepassing van een peptide als biomarker voor een kanker of voor een virale infectie die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie in een menselijk subject, waarin de peptide de aminozuursequentie FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) omvat.
29. Werkwijze voor het diagnosticeren van een kanker of van een virale infectie die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie in een menselijk subject, omvattende:

het bepalen van de aanwezigheid van een peptide in een monster dat is afgenomen bij een subject, waarin de peptide FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) is;

waarin de aanwezigheid van de peptide in het monster aangeeft dat het subject een kanker of een virale infectie heeft die geassocieerd is met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie, en waarin de afwezigheid van de peptide in het monster aangeeft dat het subject geen kanker of een virale infectie heeft die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie.
30. Werkwijze voor het behandelen van een kanker of van een virale infectie die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie in een menselijk subject, waarbij de werkwijze omvat:

i. het bepalen van de aanwezigheid van een peptide in een monster dat is afgenomen bij een subject, waarin de peptide FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) is; en ii. het aan het subject toedienen van een therapeutisch werkzame hoeveelheid van een farmaceutische samenstelling volgens conclusie 18 of 19.

130

31. Farmaceutische samenstelling volgens conclusie 18 of 19, voor toepassing bij de behandeling of het voorkomen van een kanker of van een virale infectie die geassocieerd zijn met een gereduceerde HLA klasse I antigeenpresentatie in een menselijk subject, waarin van het subject werd vastgesteld dat het een kanker of een 5 virale infectie heeft die geassocieerd is met een gereduceerde HLA klasse I, door de aanwezigheid te bepalen van een peptide in een monster dat is afgenomen bij het subject, waarin de peptide FLSELQYYL (SEQ ID nr.:6) is.

1/12

Al <?ör itm k pred ktiogj

n-terminal signal peptides <; cytosol Y???: <>··:>·. <:-.·:>! Υ W'Y Υ Υ^: W ί Υ c - l:'-: : : ............ : ER hemen' V. o-terminal tail' peptides :·; CytGtoF J: ::: ..................£......,,_v Υ· _··νχ .·1·. Υ ΥχΥΥ ΟΐΚ-γ Y / •5 Υ ƒ Y •’Υ .-/ .· 3· ·'?{ γ i» _ς · ERIum^H ^-: