NL1019226C2 - Detection of a mutation associated with squamous cell carcinoma comprises detecting a point mutation at nucleotide 148 of the connexin 26 gene - Google Patents
Detection of a mutation associated with squamous cell carcinoma comprises detecting a point mutation at nucleotide 148 of the connexin 26 gene Download PDFInfo
- Publication number
- NL1019226C2 NL1019226C2 NL1019226A NL1019226A NL1019226C2 NL 1019226 C2 NL1019226 C2 NL 1019226C2 NL 1019226 A NL1019226 A NL 1019226A NL 1019226 A NL1019226 A NL 1019226A NL 1019226 C2 NL1019226 C2 NL 1019226C2
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- nucleotide
- gene
- connexin
- detection
- mutation
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
Description
Werkwijze voor het detecteren van een mutatie die verband houdt met plaveiselcelcarcinoomMethod for detecting a mutation related to squamous cell carcinoma
De onderhavige uitvinding heeft betrekking op een werkwijze voor het detecteren van een mutatie die verband houdt met plaveiselcelcarcinoom.The present invention relates to a method for detecting a mutation related to squamous cell carcinoma.
Plaveiselcelcarcinomen zijn de op één na meest voor-5 komende huidcarcinomen (na basalinomen). Plaveiselcelcarcinoom kan in een later stadium van de ziekte gepaard gaan met uitzaaiingen, en ook leiden tot sterfte.Squamous cell carcinomas are the second most common skin carcinomas (after basalinomas). Squamous cell carcinoma can be accompanied by metastases at a later stage of the disease and also lead to death.
Voor het snel en betrouwbaar kunnen stellen van een diagnose is behoefte aan een techniek waarmee ten minste één 10 onderliggende oorzaak van plaveiselcelcarcinoom kan worden aangetoond.In order to be able to make a diagnosis quickly and reliably, a technique is needed with which at least one underlying cause of squamous cell carcinoma can be demonstrated.
De onderhavige uitvinding beoogt een werkwijze te verschaffen waarmee op snelle en betrouwbare wijze de aanwezigheid van één genetisch bepaalde oorzaak van plaveiselcel-15 carcinoom kan worden bepaald.The present invention has for its object to provide a method with which the presence of one genetically determined cause of squamous cell carcinoma can be determined quickly and reliably.
Hiertoe omvat de werkwijze volgens de uitvinding de stap van het detecteren dat nucleotide 148 van het gen dat codeert voor connexine 26 anders is dan G.To this end, the method according to the invention comprises the step of detecting that nucleotide 148 of the gene encoding connexin 26 is different from G.
Gevonden is dat een puntmutatie op nucleotide 148 20 (normaliter een G) van het gen dat codeert voor connexine 26 gecorreleerd is met een sterk verhoogd risico op het ontstaan van plaveiselcelcarcinoom. Weliswaar wordt gedacht dat er naast deze puntmutatie ook nog andere oorzaken van plaveiselcelcarcinoom kunnen zijn, doch de verrassende bevinding die 25 ten grondslag ligt aan de onderhavige uitvinding kan worden gebruikt voor het bereiken van het hierboven omschreven doel.It has been found that a point mutation at nucleotide 148 (normally a G) of the gene coding for connexin 26 is correlated with a greatly increased risk of developing squamous cell carcinoma. Although it is thought that in addition to this point mutation, there may also be other causes of squamous cell carcinoma, the surprising finding underlying the present invention can be used to achieve the object described above.
De bevinding opent diverse mogelijkheden voor het direct of indirect detecteren van een puntmutatie op nucleotide 148.The finding opens various possibilities for directly or indirectly detecting a point mutation on nucleotide 148.
30 Volgens een eerste uitvoeringsvorm wordt de nucleo- tidevolgorde bepaald van een deel van het gen voor connexine 26, welk deel nucleotide 148 omvat.According to a first embodiment, the nucleotide sequence of a part of the connexin 26 gene is determined, which part comprises nucleotide 148.
Het bepalen van een nucleotidevolgorde is in het vak algemeen bekend en elke daarvoor geschikt bekende techniek 35 kan dan ook worden toegepast. Voor het vaststellen dat nucle- 2 otide 148 afwijkt kan worden teruggegrepen op de nucleotide-volgorde zoals deze in uiteenlopende databanken met al dan niet allelische variaties is gedeponeerd. Een voorbeeld van een dergelijke databank is de openbaar via het Internet toe-5 gankelijke databank van het National Institute of Health (URL: http;//www.ncbi.nlm.nih.qov. Vul Cx26 in). Daar kan bijvoorbeeld de sequentie gi|14753416 worden gevonden, waarvan bij nucleotide 200 het eerste aminozuur wordt gecodeerd. Rond nucleotide 148 is de volgorde: gatgagcaggccg^ 10 &£tttgtctgtgc. Het codon dat codeert voor asparaginezuur is onderstreept. Voor zover er varianten van connexine 26 zijn waarbij een of meer aminozuren ontbreken of extra aanwezig zijn, kan de gewone ter zake kundige aan de hand van volgorden zoals hierboven gegeven eenvoudig vaststellen wat de met 15 nucleotide 148 corresponderende positie is, en dergelijke varianten vallen vanzelfsprekend binnen het kader van de uitvinding .Determining a nucleotide sequence is well known in the art and any known suitable technique may therefore be used. To determine that nucleotide 148 deviates, reference can be made to the nucleotide sequence as deposited in various databases with allelic or non-allelic variations. An example of such a database is the National Institute of Health's publicly accessible database via the Internet (URL: http; // www.ncbi.nlm.nih.qov. Enter Cx26). There, for example, the sequence gi | 14753416 can be found, the first amino acid of which is encoded at nucleotide 200. Around nucleotide 148 the order is: gatgagcaggccg ^ 10 & £ tttgtctgtgc. The codon encoding aspartic acid is underlined. Insofar as there are variants of connexin 26 in which one or more amino acids are missing or additionally present, the ordinary person skilled in the art can easily determine the position corresponding to 15 nucleotide 148 on the basis of sequences as given above, and such variants are self-evident. within the scope of the invention.
Volgens een alternatieve uitvoeringsvorm wordt een oligonucleotide probe gebruikt die in staat is te hybridise-20 ren met een nucleotidevolgorde die de plaats van nucleotide 148 omvat, maar niet in staat is tot hybridisatie wanneer nucleotide 148 G is.In an alternative embodiment, an oligonucleotide probe is used that is capable of hybridizing to a nucleotide sequence that includes the site of nucleotide 148, but is unable to hybridize when nucleotide is 148 G.
Een dergelijke techniek, die de voor de gewone terzake kundige welbekende stappen omvat van het (laten) synthe-25 tiseren van een probe, geschikt onder gebruikmaking van de bekende nucleotidevolgorde voor connexine 26, en het bepalen van geschikte hybridisatieomstandigheden (temperatuur, strin-gentie, enz.) behoeft absoluut geen verdere toelichting. Met voordeel wordt gebruik gemaakt van zogenaamde "molecular bea-30 cons".Such a technique, comprising the steps well-known to those of ordinary skill in the art of synthesizing a probe, suitably using the known nucleotide sequence for connexin 26, and determining appropriate hybridization conditions (temperature, stringency) , etc.) needs no further explanation. Advantageously, so-called "molecular bea-30 cons" is used.
Volgens een bijzondere gunstige uitvoeringsvorm wordt het gen dat codeert voor connexine 26 behandeld met een restrictie-endonuclease dat in staat is het gen te knippen wanneer nucleotide 148 een A is.In a particularly advantageous embodiment, the gene encoding connexin 26 is treated with a restriction endonuclease capable of cleaving the gene when nucleotide 148 is an A.
35 Aldus wordt een bijzonder eenvoudige en snelle de- tectiewijze mogelijk gemaakt.A particularly simple and rapid detection method is thus made possible.
Een geschikt restrictie-endonuclease is Aspl, dat bijvoorbeeld kan worden besteld bij (Roche Diagnostics GmbH, 3A suitable restriction endonuclease is Aspl, which can be ordered, for example, from (Roche Diagnostics GmbH, 3
Mannheim, Duitsland).Mannheim, Germany).
Het behoeft voor de gewone terzake kundige geen toelichting dat voor het detecteren van het gen dit laatste met voordeel wordt geamplificeerd en vervolgens de detectie wordt 5 uitgevoerd.It is not necessary for the ordinary person skilled in the art to explain that for the detection of the gene the latter is advantageously amplified and then the detection is carried out.
Aldus kan een meer gevoelige detectie, onder gebruikmaking van minder bioptmateriaal, worden uitgevoerd.Thus, a more sensitive detection, using less biopsy material, can be performed.
In plaats van directe detectie op DNA-niveau kan de detectie dat nucleotide 148 van het gen dat codeert voor con-10 nexine 26 codeert voor een ander nucleotide dan G ook indirect worden uitgevoerd. Zo wordt bijvoorbeeld bij expressie van het gen gevormd mRNA gebruikt voor het detecteren dat nucleotide 148 van het gen dat codeert voor connexine 26 anders is dan G.Instead of direct DNA-level detection, the detection that nucleotide 148 of the gene encoding nexin 26 encodes a nucleotide other than G can also be performed indirectly. For example, mRNA formed upon expression of the gene is used to detect that nucleotide 148 of the gene encoding connexin 26 is different from G.
15 Hiervoor zijn diverse technieken bekend zoals een op transcriptie gebaseerd amplificatiesysteem (TAS). De TAS-werkwijze is beschreven in de Internationale octrooiaanvrage nr. WO 88/10315. Ook kan gebruik worden gemaakt van de NASBA-techniek, zoals beschreven in het Europese octrooi 20 EP 0 329 822. Overigens kan op basis van mRNA ook een reverse- transcriptie worden uitgevoerd, bijvoorbeeld met behulp van RT-PCR. Het zal de geïnteresseerde leek duidelijk zijn dat de werkwijze volgens de onderhavige uitvinding niet is beperkt tot een specifieke volgordebepalings-, amplificatie-25 en/of detectietechniek.Various techniques are known for this, such as an amplification system (TAS) based on transcription. The TAS method is described in International Patent Application No. WO 88/10315. Use can also be made of the NASBA technique, as described in European patent EP 0 329 822. Incidentally, a reverse transcription can also be carried out on the basis of mRNA, for example by means of RT-PCR. It will be apparent to the interested layman that the method according to the present invention is not limited to a specific sequence determination, amplification and / or detection technique.
De puntmutatie kan ook op eiwitniveau worden vastgesteld. Dit is wederom op uiteenlopende wijzen met behulp van in het vak bekende technieken mogelijk. Gebruik kan worden gemaakt van een specifiek herkend molecuul of kan van ten 30 minste een deel van het eiwitconnexine 26 de aminozuurvolgor-de worden bepaald, waarbij het deel het door codon 50 van het gen van connexine 26 gecodeerde aminozuur bevat.The point mutation can also be determined at the protein level. This is again possible in various ways with the aid of techniques known in the art. Use can be made of a specifically recognized molecule or the amino acid sequence of at least a portion of the protein connexin 26, the portion containing the amino acid encoded by codon 50 of the connexin 26 gene.
Met voordeel wordt een al dan niet monoclonaal anti-lichaam of fragment daarvan gebruikt dat in staat is om het 35 deel van connexine 26 te binden dat door het codon 50 van het gen van connexine 26 gecodeerde aminozuur bevat, wanneer dit aminozuur geen asparaginezuur is. Detectie kan geschieden middels coupes van een biopt of op elke andere op het gebied 4 van immunodetectie bekende wijze.Advantageously, a monoclonal or non-monoclonal antibody or fragment thereof is used which is capable of binding the portion of connexin 26 containing amino acid encoded by the codon 50 of the connexin 26 gene when this amino acid is not an aspartic acid. Detection can be done by sections of a biopt or in any other way known in the field of immunodetection.
Claims (10)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL1019226A NL1019226C2 (en) | 2001-10-25 | 2001-10-25 | Detection of a mutation associated with squamous cell carcinoma comprises detecting a point mutation at nucleotide 148 of the connexin 26 gene |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL1019226 | 2001-10-25 | ||
| NL1019226A NL1019226C2 (en) | 2001-10-25 | 2001-10-25 | Detection of a mutation associated with squamous cell carcinoma comprises detecting a point mutation at nucleotide 148 of the connexin 26 gene |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NL1019226C2 true NL1019226C2 (en) | 2003-04-28 |
Family
ID=19774205
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NL1019226A NL1019226C2 (en) | 2001-10-25 | 2001-10-25 | Detection of a mutation associated with squamous cell carcinoma comprises detecting a point mutation at nucleotide 148 of the connexin 26 gene |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NL (1) | NL1019226C2 (en) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2020237491A1 (en) * | 2019-05-28 | 2020-12-03 | Shanghaitech University | Composition and methods to treat ectodermal dysplasia 2, clouston type |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1999009210A2 (en) * | 1997-08-15 | 1999-02-25 | Institut Pasteur | Mutation within the connexin 26 gene responsible for prelingual non-syndromic deafness and method of detection |
| EP1072687A2 (en) * | 1999-07-12 | 2001-01-31 | Medical & Biological Laboratories Co., Ltd. | Method for testing metastatic potential and method for screening compounds with metastasis-suppressing activity |
-
2001
- 2001-10-25 NL NL1019226A patent/NL1019226C2/en not_active IP Right Cessation
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1999009210A2 (en) * | 1997-08-15 | 1999-02-25 | Institut Pasteur | Mutation within the connexin 26 gene responsible for prelingual non-syndromic deafness and method of detection |
| EP1072687A2 (en) * | 1999-07-12 | 2001-01-31 | Medical & Biological Laboratories Co., Ltd. | Method for testing metastatic potential and method for screening compounds with metastasis-suppressing activity |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| SAITO T ET AL: "SUPRESSED GAP JUNCTIONAL INTERCELLULAR COMMUNICATION IN CARCINOGENESIS OF ENDOMETRIUM", INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER, vol. 93, no. 3, August 2001 (2001-08-01), pages 317 - 323, XP002204906 * |
| VAN STEENSEL A ET AL: "A novel connexin 26 mutation in a patient diagnosed with Keratitis-Icthyosis-deafness syndrome", THE JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY, vol. 118, no. 4, April 2002 (2002-04-01), pages 724 - 27, XP002204907 * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2020237491A1 (en) * | 2019-05-28 | 2020-12-03 | Shanghaitech University | Composition and methods to treat ectodermal dysplasia 2, clouston type |
| GB2598520A (en) * | 2019-05-28 | 2022-03-02 | Univ Shanghai Tech | Composition and methods to treat ectodermal dysplasia 2, Clouston type |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US8728731B2 (en) | Mutations associated with cystic fibrosis | |
| US8084220B2 (en) | Methods for detecting the presence of expanded CGG repeats in the FMR1 gene 5′ untranslated region | |
| JP5091163B2 (en) | Methods and kits for early detection of cancer or its predisposition | |
| JP2008524998A5 (en) | ||
| JP2004528810A5 (en) | ||
| Santacroce et al. | Protein Z gene polymorphisms are associated with protein Z plasma levels | |
| NL1019226C2 (en) | Detection of a mutation associated with squamous cell carcinoma comprises detecting a point mutation at nucleotide 148 of the connexin 26 gene | |
| ATE264923T1 (en) | METHOD AND SYSTEM FOR DETECTING OLIGONUCLEOTIDES IN A SAMPLE | |
| Saunderson et al. | A polymorphism in the poliovirus receptor gene differs in motor neuron disease | |
| Rachkov et al. | Discrimination of single base mismatched oligonucleotides related to the rpoB gene of Mycobacterium tuberculosis using a surface plasmon resonance biosensor | |
| Anđelković et al. | Foodomic investigations of food allergies | |
| WO2007003951A1 (en) | Cat allergen | |
| JP7044252B2 (en) | Prediction of the onset of hepatocellular carcinoma after elimination of hepatitis C virus | |
| Nuchnoi et al. | Significant association between TIM1 promoter polymorphisms and protection against cerebral malaria in Thailand | |
| KR20130009204A (en) | Marker for diagnosing diabetic retinopathy and use thereof | |
| CN105296658A (en) | Application of ALKBH2 gene to diagnosis of cerebral ischemic stroke | |
| Morais et al. | Development of an electrochemical DNA-based biosensor for the detection of the cardiovascular pharmacogenetic-altering SNP CYP2C9* 3 | |
| Kahofer et al. | Dystrophic epidermolysis bullosa inversa with COL7A1 mutations and absence of GDA‐J/F3 protein | |
| US20160060703A1 (en) | Haplotype detection | |
| WO2003100090A3 (en) | Protein c polymorphisms | |
| Busquets et al. | Cathepsin E is a specific marker of dysplasia in APCmin/+ mouse intestine | |
| JP2016189746A (en) | Primer pair, probe, detection kit of drug resistance-hepatitis c virus, detection method of drug resistance-hepatitis c virus, and prognosis prediction method of hepatitis c | |
| AU2005229374B2 (en) | Method of diagnosis of a predisposition to develop thrombotic disease and its uses | |
| Su et al. | α-Klotho is an acute phase protein and altered by restraint stress in mice | |
| Dybkær et al. | Single site polymorphisms and alternative splicing of the human CD13 gene–different splicing frequencies among patients with acute myeloid leukaemia and healthy individuals |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PD2B | A search report has been drawn up | ||
| SD | Assignments of patents |
Owner name: MULTIGEN INTERNATIONAL B.V. |
|
| SD | Assignments of patents |
Owner name: MULTIGEN HOLDING S.A. |
|
| VD1 | Lapsed due to non-payment of the annual fee |
Effective date: 20060501 |