LU501941B1 - Method for rapidly obtaining target gene family of genome-free species based on transcriptome - Google Patents

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gene family
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amino acid
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LU501941A
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Xueyi He
Cheng Pan
Yuqun Niu
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Univ Jiliang China
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Revendications LUS01941
1. Un procédé d'obtention rapide d'une famille de gènes cibles d'espèces non génomiques, qui sera mise en place en suivant les étapes suivantes : (1) Sélectionner des espèces de référence et des espèces de modèles de série et construire une base de données locale des familles de gènes cibles pour les espèces de référence et des espèces de modèles de série à l’aide du logiciel BioEdit, en utilisant les données du génome entier des espèces de référence et des espèces de modèles de série et également des données transcriptomiques des espèces à tester ; les espaces à tester sont des espèces sans génome ; (2) Construire un arbre évolutif à l’aide du logiciel MEGAS6, afin de classifier la séquence d’acide aminé dans la base de données locale de la famille de gènes cibles de l'espèce à tester en fonction des règles d’ordonnancement de l'arbre évolutif ; (3) Réaliser l’analyse motif à l’aide du logiciel MEME ; (4) Comparer individuellement les séquences d'acides aminés.
2. Comme procédé mentionné dans la revendication 1, sa particularité consiste encore à déterminer le type de membre de la famille de gènes cibles de l'espèce de référence en étape (1) ; l’espèce de modèle de série mentionné comprend au moins dix espèces avec des données de génome entier et également famille des gènes cibles ; l'espèce de référence mentionné est un type d'espèces de modèles de série.
3. Comme procédé mentionné dans la revendication 2, sa particularité consiste à construire une base de données locale à l'aide du logiciel BioEdit en étape (1), y compris l'obtention de la séquence d'acides aminés et de la séquence d'acides aminés correspondante de la famille de gènes cibles à partir des données génomiques d'espèces de modèles de série à l’aide du programme blastp du logiciel BioEdit, et l’obtention de la séquence d'acides aminés et la séquence de nucléotides correspondante de la famille de gènes cibles à partir des données du transcriptome de l'espèce à tester à l’aide de programmes blastx et blastp du logiciel BioEdit.
4 Comme procédé mentionné dans la revendication 3, sa particularité consiste à construit un arbre évolutif à l’aide du logiciel MEGA6 en étape (2), en introduisant
, , . | _ L … LU501941 d’abord les séquences d'acides aminés des espèces de modèles de série et des espèces à tester, choisir Neighbor-Joining Tree dans Phylogeny et configurer 1000 comme paramètre bootstrap.
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