LT4019B - Polypeptides, dna sequences, cell, process for preparing strain cells factor, compositions, process for obtaining strain cells factor, process for preparing polymer-peptide adduct, method of transfection - Google Patents
Polypeptides, dna sequences, cell, process for preparing strain cells factor, compositions, process for obtaining strain cells factor, process for preparing polymer-peptide adduct, method of transfection Download PDFInfo
- Publication number
- LT4019B LT4019B LTIP1771A LTIP1771A LT4019B LT 4019 B LT4019 B LT 4019B LT IP1771 A LTIP1771 A LT IP1771A LT IP1771 A LTIP1771 A LT IP1771A LT 4019 B LT4019 B LT 4019B
- Authority
- LT
- Lithuania
- Prior art keywords
- scf
- polypeptide
- cells
- dna
- stem cell
- Prior art date
Links
Landscapes
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Ši paraiška yra tęsinys paraiškos, kurios registracijos Nr 573616, išduotos 1990 rugpjūčio 24 d., kuri yra tęsinys paraiškos reg. Nr 537198, pateiktos 1990 birželio 11 d., kuri yra tęsinys paraiškos reg. Nr 422383, paduotos 1989 spalio 16 d.; visos jos įtrauktos kaip išnašos aprašyme.This application is a continuation of application filed under registration No 573616, filed August 24, 1990, which is a continuation of application reg. No. 537198, filed June 11, 1990, which is a continuation of application reg. No. 422383, filed October 16, 1989; they are all included as footnotes in the description.
Šiuo išradimu pateikiami nauji faktoriai, kurie stimuliuoja primityvias pirmines ląsteles, įskaitant ankstyvąsias kraujodaros pirmines ląsteles pagal DNR sekas, koduojančias tokius faktorius. Iš dalies, šis išradimas susijęs su šiais naujais faktoriais, jų fragmentais ir polipeptidų analogais ir DNR, koduojančios šiuos fragmentus ir analogus, sekomis.The present invention provides novel factors that stimulate primitive progenitor cells, including early hematopoietic progenitor cells, according to the DNA sequences encoding such factors. In part, the present invention relates to these novel factors, their fragments and polypeptide analogues, and sequences of DNA encoding these fragments and analogs.
Išradimo pagrindimasJustification of the invention
Žmogaus kraujo susidarymo sistema (kraujodaros sistema) įjungia daugybę baltųjų kraujo kūnelių (tai neutrofilai, makrofagai, bazofilai, bazinės ląstelės, eozinofilai, T- ir Vląstelės, raudonieji kraujo kūneliai (eritrocitai) ir tromboląstelės (megakariocitai, trombocitai).The human hematopoietic system (hematopoietic system) activates a large number of white blood cells (neutrophils, macrophages, basophils, basal cells, eosinophils, T- and V-cells, red blood cells (erythrocytes) and thrombocytes (megakaryocytes, platelets).
Manoma, kad nedidelis kiekis tam tikrų kraujodaros augimo faktorių iššaukia diferenciaciją nedidelio kiekio “kamieninių ląstelių“, kurios yra kaip pirminės kraujo ląstelės, sukelia labai greitą šių ląstelių dauginimąsi ir sąlygoja galutinę šių linijų subrendusių kraujo ląstelių diferenciaciją. Kraujodaros regeneracinė sistema gerai funkcionuoja esant normalioms sąlygoms. Tuo tarpu paveikus chemoterapiškai, apšvitinus arba esant natūraliems mielodiplastiniams pažeidimams pasireiškia periodas, kurio metu pacientui atsiranda rimta leukopenija, anemija ar trombocitopenija.The small amount of certain hematopoietic growth factors is thought to trigger the differentiation of a small number of 'stem cells', which are like primary blood cells, cause very rapid proliferation of these cells and result in the final differentiation of the mature blood cells of these lines. The hematopoietic regeneration system functions well under normal conditions. Meanwhile, when exposed to chemotherapy, irradiation, or natural myelodynamic lesions, there is a period in which the patient develops severe leukopenia, anemia, or thrombocytopenia.
Kraujodaros faktorių suaktyvinimas ir panaudojimas pagreitina kaulų čiulpų regeneraciją šiuo pavojingu periodu. Esant kai kuriems virusiniams pažeidimams, pvz. imuninio deficito sindromui (AIDS), kraujo elementai tokie kaip T-ląstelės, gali būti specifiškai suardomi. Tokiais atvejais sustiprintas T-ląstelių produkavimas gali turėti terapinį veikimą.Activation and utilization of hematopoietic factors accelerates bone marrow regeneration during this perilous period. In the presence of some viral lesions, e.g. For immune deficiency syndrome (AIDS), blood cells such as T-cells can be specifically destroyed. In such cases, enhanced T-cell production may have therapeutic activity.
Kadangi kraujodaros faktoriai egzistuoja labai mažais kiekiais, jų aptikimas ir identifikavimas remiasi analizių sistema, kurių metu įmanomas tiktai išskirstymas pagal skirtingus faktorius, remiantis stimuliuojančiais efektais, kurie veikia kultivuojamas ląsteles dirbtinėse sąlygose.Because hematopoietic factors exist in very small amounts, their detection and identification is based on a system of assays that only distinguish between different factors based on the stimulating effects that affect cultured cells under artificial conditions.
Rekombinantinių genetinių metodų panaudojimas įgalino suprasti individualių augimo faktorių biologinį aktyvumą. Pvz., buvo gautos aminorūgščių sekos ir DNR žmogaus eritropoetinui (EPO), kuris stimuliuoja eritrofilų gamybą (žr., Lin, JAV patentas 4703008, įtrauktas į aprašymus kaip išnaša). Rekombinantiniai metodai taip pat buvo panaudojami komplementarios DNR granuliocitinio faktoriaus išskyrimui, kuris stimuliuoja kolonijas (G-CFS) (žr., Souza, JAV patentas 4810643, įtrauktas j aprašymus kaip išnaša) ir faktoriaus, stimuliuojančio makrofagines žmogaus granuliocito (GMCFS) kolonijas (Lee ir kiti, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1985, 82 t., 4360-4364 psl.; Vong ir kiti, Science, 1985, 228 t., 810-814 psl.), pelių granuliocitinio ir žmogaus granuliocitomakrofaginio-CFS (Yokota ir kiti, Proc Nat. Acad. Sci. USA, 1984, 81 t., 1070 psl.; Fung ir kiti, Nature, 1984, 307t., 233 psl; Hoyhx ir kiti, Nature, 1984, 309 t., 763 psl.) ir faktoriaus, stimuliuojančio žmogaus makrofago (CFS-1) kolonijas (Kavasaki ir kiti, 1985, 230 t., 291 psl.).The use of recombinant genetic techniques has made it possible to understand the biological activity of individual growth factors. For example, amino acid sequences and DNA have been obtained for human erythropoietin (EPO), which stimulates the production of erythrophils (see Lin, U.S. Patent 4703008, incorporated herein by footnote). Recombinant methods have also been used to isolate complementary DNA granulocyte factor that stimulates colonies (G-CFS) (see Souza, U.S. Patent 4,810,643, incorporated herein by reference) and factor stimulating macrophage human granulocyte (GMCFS) colonies (Lee and (Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1985, 82, pp. 4360-4364; Vong et al., Science, 1985, 228, pp. 810-814), murine granulocytic and human granulocytomacrophage-CFS (Yokota et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1984, 81, p. 1070; Fung et al., Nature, 1984, 307t, 233; Hoyhx et al., Nature, 1984, 309, vol. 763) and factor stimulating colonies on human macrophage (CFS-1) (Kavasaki et al., 1985, vol. 230, p. 291).
Ląstelės, sudarančios kolonijas su aukštu audringo dauginimosi potencialu (HPPCFS), ir jų analizės sistema buvo išbandytos faktorių poveikiu (Zont, J. Exp. Med., 1984, 159 t., 679-690 psl.). Literatūroje yra nemažai pranešimų apie faktorius, kurie yra aktyvūs analizuojant HPP-CFS. Šių faktorių šaltiniai nurodomi 1 lentelėje. Žemiau aptariami geriau charakterizuoti faktoriai.Cells forming colonies with high storm reproductive potential (HPPCFS) and their assay system were tested for factor effects (Zont, J. Exp. Med., 1984, 159 vol., Pp. 679-690). There are numerous reports in the literature that are active in the analysis of HPP-CFS. The sources of these factors are listed in Table 1. Below we discuss the better characterized factors.
Žmogaus blužnies aktyvumas kondicinėje terpėje išreiškiamas sinergizmo faktoriumi (SF). Kai kurie žmogaus audiniai, taip pat žmogaus ir pelių ląstelių linijos gamina sinergetinį faktorių, pavadintą SF-1, kuris sąveikauja sinergetiškai su CSF-1, stimuliuoja išankstinį HPP-CFS. Sinergetinis faktorius SF-1 pasireiškia žmogaus blužnies kondicinių ląstelių terpėje, taip pat juo pasižymi žmogaus placentos ląstelės, ląstelės 5637 (pūslinės karcinomos ląstelių linija) ir EMT-6 (pelių pieno liaukų karcinomos ląstelių linija). Tačiau nenustatytas SF-1 ląstelių identiškumas. Pirmiausiuose pranešimuose pateikiamas interleukino-1 su SF-1 aktyvumo blokavimas (Scebo ir kiti, Blood, 1988, 71 t., 962-968 psl.). Tačiau paskutiniais pranešimais buvo pademonstruota, kad interleukinas-1 (IL-1) sąveikoje su CSF-1 negali stimuliuoti tokių kolonijų susidarymo, kurios būtų gautos iš CSF-1 kartu su dalinai išvalytu kondicinės terpės 5637 preparatu (MacNiec. Blood, 1989, 731., 919 psi.).Human spleen activity in the conditioned medium is expressed by the synergism factor (SF). Some human tissues, as well as human and mouse cell lines, produce a synergistic factor called SF-1, which interacts synergistically with CSF-1 to stimulate upstream HPP-CFS. The synergistic factor SF-1 is present in human spleen conduction cells, and is also found in human placental cells, 5637 (bladder carcinoma cell line) and EMT-6 (murine mammary carcinoma cell line). However, the identity of SF-1 cells was not established. Early reports include blocking the activity of interleukin-1 with SF-1 (Scebo et al., Blood, 1988, Vol. 71, pp. 962-968). However, recent reports have demonstrated that interleukin-1 (IL-1), in its interaction with CSF-1, cannot stimulate the formation of colonies derived from CSF-1 in combination with partially purified conditioning medium 5637 (MacNiec. Blood, 1989, 731). , 919 psi.).
Sinergetiniu faktoriumi, esančiu apvaisintos pelės gimdoje yra CSF-1. VVEHL-3 ląstelių (pelių mielomonocitinės leukemijos ląstelių linija) produkuojamas sinergetinis faktorius, kuris, kaip pasirodė, yra identiškas interleukinui-3. Kaip CSF-1, taip ir IL-1 stimuliuoja kraujodaros pirmtakai, kurie yra labiau subrendę, negu SF-1 taikinys.The synergistic factor present in the uterus of the fertilized mouse is CSF-1. A synergistic factor is produced by VVEHL-3 cells (a murine myelomonocytic leukemia cell line) which appears to be identical to interleukin-3. Like CSF-1, IL-1 is also stimulated by hematopoietic precursors that are more mature than the SF-1 target.
Buvo parodyta, kad TC-ί ląstelių (stromalinės ląstelės, gautos iš kaulų čiulpų) kondicinėje terpėje yra kitos klasės sinergetinis faktorius. Ši ląstelių linija produkuoja faktorių, kuris stimuliuoja ankstyvojo mieloidinio tipo, o taip pat limfoidinio tipo ląsteles. Jis buvo pavadintas kraujolimfodaros augimo faktoriumi-1 (HLG-1). Jo molekulinė masė 120000 (MakNies ir kiti, Exp. Hematol. 1988, 161., 383 psi.).It has been shown that TC-ί cells (stromal cells derived from bone marrow) contain another class of synergistic factor in the conditioning medium. This cell line produces a factor that stimulates early myeloid type as well as lymphoid type cells. It has been named Blood Lymph Factor Growth Factor-1 (HLG-1). It has a molecular weight of 120000 (MakNies et al., Exp. Hematol. 1988, 161, 383 psi.).
Iš žinomų interleukinų ir CSF faktorių nustatyta, kad IL-1, IL-3 ir CSF-1 pasižymi aktyvumu analizuojant HPP-CSF. Kiti sinergetinio aktyvumo šaltiniai paminėti I lentelėje ir struktūriškai neidentifikuoti. Remiantis polipeptidine seka ir biologinio aktyvumo profiliu, pateikiamas molekulės išradimas, kuri skiriasi nuo IL-1, IL-3, CSF-1 ir SF-1.From known interleukins and CSF factors, IL-1, IL-3 and CSF-1 were found to have activity in the analysis of HPP-CSF. Other sources of synergistic activity are mentioned in Table I and not structurally identified. Based on the polypeptide sequence and biological activity profile, the invention provides a molecule that differs from IL-1, IL-3, CSF-1 and SF-1.
I lentelėTable I
Šaltinis1 Source 1
Žmogaus blužnies kondicinė terpė (CM)Conditioning medium for human spleen (CM)
Pelės blužnies CMMouse Spleen CM
Žiurkės blužnies CMRat spleen CM
Pelės plaučių CMMouse Lung CM
Žmogaus placentos CMHuman Placental CM
Vaisingos pelės CMFertile Mouse CM
GTC-C CMGTC-C CM
RH3 CMRH3 CM
PHA PBLPHA PBL
VVEHL-3B CMVVEHL-3B CM
EMT-6 CMEMT-6 CM
IšnašaFootnote
Kriegler, Blood, 31888860, 503(1982)Kriegler, Blood, 31888860, 503 (1982).
Bradley, Exp.Hematol.Today, Baum, 285(1980) Bradley, supra, (1980)Bradley, Exp.Hematol.Today, Baum, 285 (1980) Bradley, supra, (1980).
Bradley, supra, (1980)Bradley, supra, (1980)
Kriegler, supra (1982)Kriegler, supra (1982)
Bradley, supra, (1980)Bradley, supra, (1980)
Bradley, supra, (1980)Bradley, supra, (1980)
Bradley, supra, (1980)Bradley, supra, (1980)
Bradley, supra, (1980)Bradley, supra, (1980)
McNience, Cell Biol. Int. Rep., 6,243 (1982)McNience, Cell Biol. Int. Rep. 6,243 (1982).
McNience, Exp.Hematol., 15,854 (1987)McNience, Exp. Hematol., 15,854 (1987).
CML-ląstelės 5637 CM TC-1 CMCML-Cells 5637 CM TC-1 CM
Kriegler, Exp.Hematol., 12,844 (1984) Stanley, Cell, 45, 667 (1986)Kriegler, Exp. Hematol., 12,844 (1984) Stanley, Cell, 45, 667 (1986).
Song, Blood, 66, 273, (1985) 1 CM - kondicinė terpėSong, Blood, 66, 273, (1985) 1 CM - Conditioning medium
Naudojant parenteralinį būdą, baltymai dažnai (greitai) išskaidrėja nuo cirkuliacijos ir todėl gali pasireikšti santykinai trumpu farmakologinio aktyvumo periodu. To pasėkoje, norint išlaikyti terapinį efektą, gali prireikti dažnų injekcijų ir atitinkamai didelių dozių bioaktyvių baltymų. Žinoma, kad baltymai modifikuoti kovalentiškai prijungiant vandenyje tirpstančius polimerus, tokius kaip polietilenglikolis, polietilenglikolio polipropilenglikolio polimerus, karboksimetilceliuliozę, dekstraną, polivinilo alkoholį, polivinilpirolidoną arba poliproliną, pasižymi atitinkamai dideliu skilimo periodu kraujyje, juos įvedus intraveniškai, lyginant su nemodifikuotų baltymų išsiskaidymo periodu (Abuchovskii ir kiti, Fermentai it medikamentai, red. CHolcenberg ir kiti, VVileyInterscience, New York, 367-383 psl. (1981), Nevvmark ir kiti, V.Appl. Biochem., 1982, 4 t., 185-189 psl.; Katre ir kiti, Proc. Natl. Acad. Sci. 5A, 1987, 84 t., 1487-1491 psl.). Be to, tokios modifikacijos gali padidinti baltymų tirpumą vandeniniuose tirpaluose, išvengti agregavimo, sustiprinti baltymo fizikinį ir cheminį stabilumą ir žymiai sumažinti baltymo imunogeniškumą ir antigeniškumą. To pasėkoje gali būti pasiekiamas norimas biologinis aktyvumas įvedus gyvam organizmui tokius polimero-baltymo aduktus rečiau, arba mažesnėmis dozėmis, lyginant su nemodifikuotais baltymais.When administered parenterally, proteins are often (rapidly) cleared from the circulation and may therefore exhibit a relatively short period of pharmacological activity. As a result, frequent injections and correspondingly high doses of bioactive proteins may be required to maintain the therapeutic effect. Proteins known to be covalently modified to bind water-soluble polymers such as polyethylene glycol, polyethylene glycol polypropylene glycol polymers, carboxymethylcellulose, dextran, polyvinyl alcohol, polyvinylpyrrolidone or polyproline have a correspondingly high others, Enzymes and Drugs, edited by CHolcenberg et al., VileyInterscience, New York, pp. 367-383 (1981), Nevvmark et al., V.Appl. Biochem., 1982, 4, pp. 185-189; et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 5A, 1987, 84 vol., pp. 1487-1491). In addition, such modifications can increase the solubility of proteins in aqueous solutions, prevent aggregation, enhance the physical and chemical stability of the protein, and significantly reduce the immunogenicity and antigenicity of the protein. As a result, the desired biological activity can be achieved by administering to the living organism such polymer-protein adducts less frequently or at lower doses than unmodified proteins.
Ypač yra naudingas polietilenglikolio (PEG) prijungimas prie baltymų, nes PEG pasižymi labai žemu toksiškumu žinduoliams (Karpenter ir kiti, Toxicol., Appl. Farmacol. 1971, 18 t., 35-40 psl.). Pvz., JAV leidžiama naudoti polietilenglikolio ir adenozindeaminazės aduktą, gydant žmogaus stiprų kombinuotą imunodeficito sindromą. Kitas pranašumas, pasiekiamas PEG konjugacija, yra tas, kad efektyviai sumažėja heterologinių baltymų imunogeniškumas ir antigeniškumas. Pvz., polietilenglikolio aduktas su žmogaus baltymu gali būti naudingas gydant kito tipo žinduolių susirgimus, nebijant imuninės reakcijos efektų pasireiškimo.Protein binding of polyethylene glycol (PEG) is particularly advantageous because PEG has very low mammalian toxicity (Karpenter et al., Toxicol., Appl. Farmacol. 1971, 18 vol., Pp. 35-40). For example, in the US, the use of polyethylene glycol and adenosine deaminase adduct is permitted in the treatment of human severe combined immunodeficiency syndrome. Another advantage achieved by PEG conjugation is that it effectively reduces the immunogenicity and antigenicity of heterologous proteins. For example, polyethylene glycol adduct with human protein may be useful in treating other types of mammalian disease without fear of immune response effects.
Polimerus, tokius kaip PEG, galima patogiai prijungti prie vienos ar kelių sugebančių reaguoti baltymo aminorūgščių liekanų, tokių kaip alfa-amino grupės amino-galo aminorūgščių, epselon-aminogrupės šoninių lizino grandinių, sulfhidrilinės grupės cisteino šoninių grandinių, karboksilinės grupės aspartilo ir glutamilo šoninių grandinių, alfa-karboksilinė grupės karboksi-galo aminorūgšties, tirozino šoninės grandinės arba aktyvuotos glikozilinės grandinės, prijungtos prie asparagino, serino ar treonino kai kurių liekanų.Polymers such as PEG can be conveniently attached to one or more reactive amino acid residues of the protein, such as the amino-terminal amino acids of the alpha amino group, the lysine chains of the epselon-amino group, the cysteine side chains of the sulfhydryl group, the aspartyl and glutamyl side chains. , an alpha-carboxylic group of a carboxy-terminal amino acid, a tyrosine side chain or an activated glycosyl chain attached to some residues of asparagine, serine or threonine.
Aprašyta daugybė PEG aktyvuotų formų, tinkamų sąveikai su baltymais. Naudingi polietilenglikolio reagentai reakcijai su baltymų aminogrupėmis apima aktyvius anglies rūgšties esterius arba karbonato darinius, ypač tuos, kuriuose atskeliama grupė yra Nhidroksisukcinimidas, para-nitrofenolis, imidazolas arba 1-hidroksi-2-nitrobenzen-4sulfonatas. Polietilenglikolio dariniai, turintys maleimido- ar halogenacetilo grupes yra naudingi reagentai modifikuojant sulfihidrilines grupes, nesurištas su baltymais. Analogiškai, polietilenglikolio reagentai, turintys amino-, hidrazino- ar hidrazido grupes, yra naudingi sąveikoje su aldehidais, kurie susidaro baltymuose, veikiant angliavandenilių liekanas periodatu.Numerous forms of PEG-activated forms suitable for interaction with proteins have been described. Useful polyethylene glycol reagents for reaction with protein amino groups include active carbonic acid esters or carbonate derivatives, especially those in which the cleavable group is N-hydroxysuccinimide, para-nitrophenol, imidazole or 1-hydroxy-2-nitrobenzene-4sulfonate. Polyethylene glycol derivatives having maleimido or haloacetyl groups are useful reagents for the modification of sulfihydryl groups which are not protein-bound. Similarly, polyethylene glycol reagents having amino, hydrazino or hydrazide groups are useful in interaction with aldehydes formed in proteins by the action of hydrocarbon residues on periodate.
Šio išradimo tikslas yra pateikti faktorių, iššaukiantį ankstyvųjų pirminių kraujodaros ląstelių augimą.It is an object of the present invention to provide a factor that causes growth of early primary hematopoietic cells.
Išradimo reziumėSummary of the Invention
Šiuo išradimu yra pateikiami nauji faktoriai, čia vadinami “kamieninių ląstelių faktoriai” (CSF), kurie pasižymi savybe stimuliuoti primityvių pirminių, įskaitant ankstyvąsias kraujodaros ląsteles, augimą. Šie faktoriai taip pat gali stimuliuoti nekraujodaros kamienines ląsteles, tokias kaip neuralinės kamieninės ląstelės ir gemalinės kamieninės ląstelės. Be to, šis išradimas taikomas polipeptidams nesutinkamiems gamtoje, kurie turi pakankamą dubliuojančią aminorūgščių seką, lyginant su natūraliai egzistuojančių kamieninių ląstelių faktoriumi.The present invention provides novel factors, herein called "stem cell factors" (CSFs), which have the property of stimulating the growth of primitive primates, including early hematopoietic cells. These factors can also stimulate non-hematopoietic stem cells, such as neural stem cells and germinal stem cells. In addition, the present invention is directed to non-naturally occurring polypeptides that have a sufficient overlapping amino acid sequence relative to naturally occurring stem cell factor.
Šis išradimas taip pat pateikia išskirtą DNR seką, naudojamą išskyrimui ekspresijos prokariotų ar eukariotų ląstelėse-šeimininkėse polipeptidinių produktų, turinčių aminorūgščių sekas, pakankamai panašias lyginant su natūralios kilmės kamieninių ląstelių faktoriaus seka, siekiant aprūpinti pakankamu kraujodaros biologinio aktyvumu natūralios kilmės ląstelių kamienų faktorių. Tokios DNR sekos apima:The present invention also provides an isolated DNA sequence used for the isolation of expression prokaryotic or eukaryotic host cell polypeptide products having amino acid sequences sufficiently similar to the natural stem cell factor sequence to provide sufficient hematopoietic biological activity of the naturally occurring stem cell factor. Such DNA sequences include:
a) DNR sekos arba jų komplementarios grandinės, pateiktos Fig.14B, 14C, 15B, 15C, 42 ir 44;a) the DNA sequences or their complementary strands shown in Figures 14B, 14C, 15B, 15C, 42 and 44;
b) DNR sekos, kurios hibridizuotos pagal sekas, nurodytas a) arba jų fragmentus;(b) DNA sequences which have been hybridized to the sequences specified in (a) or fragments thereof;
c) DNR sekos, išskyrus genetinio kodo išsigimimą, kurios gali hibridizuotis su DNR sekomis, nurodytomis a) ir b).(c) DNA sequences other than those of the genetic code that may hybridize to the DNA sequences in (a) and (b).
Be to, susidaro vektoriai, turintys tokias DNR sekas, ir tokiais vektoriais transformuotos ar transfekuotos šeimininko ląstelės. Taip pat šis išradimas apima CSF gavimo būdus, naudojant rekombinantinės metodikas ir pažeidimų gydymo būdus. Be to, pateikiamos vaistinės kompozicijos, apimančios CSF ir antikūnus specifiškai surišančius CSF.In addition, vectors containing such DNA sequences are formed and host cells transformed or transfected with such vectors. The present invention also encompasses methods of obtaining CSF using recombinant techniques and methods for treating lesions. Additionally, pharmaceutical compositions comprising CSF and antibody-specific binding to CSF are provided.
Išradimas taip pat apima efektyvų kamieninių ląstelių išskyrimo iš medžiagos, turinčios CSF, metodą, be to, šis metodas apima jonų mainų stadiją, ch ro m atog ratinį išskyrimą ir/arba išskyrimą skysčių chromatografija.The invention also encompasses an effective method for isolating stem cells from a material containing CSF, the method further comprising the step of ion exchange, chromogenic separation and / or isolation by liquid chromatography.
Šiuo išradimu pateikiamas biologiškai aktyvus aduktas, turintis pailgintą skilimo periodą ir padidintą potencialą veikiant žinduolius, įskaitant CSF, kovalentiškai sujungtą su vandenyje tirpstančiu polimeru, tokiu kaip polietilenglikolis ir polipropilenglikolis, kuriame nurodytas polimeras yra nepakeistas ar pakeistas iš vieno alkilo grupės galo. Kitu šio išradimo aspektu pateikiamas anksčiau aprašyto adukto gavimo būdas, apimantis sąveiką CSF su vandenyje tirpstančiu polimeru, turinčiu mažiausiai vieną galinę reakcijoje dalyvaujančią grupę, o taip pat gauto adukto valymo būdas, norint gauti produktą su pailgintu skilimo cirkuliuojant periodu ir padidintu biologiniu aktyvumu.The present invention provides a biologically active adduct having an extended cleavage period and increased potency in mammals, including CSF, covalently linked to a water-soluble polymer such as polyethylene glycol and polypropylene glycol, wherein said polymer is unsubstituted or substituted at one end of an alkyl group. In another aspect of the present invention there is provided a process for the preparation of the adduct described above comprising interaction of CSF with a water-soluble polymer having at least one terminal reaction group and purification of the resultant adduct to obtain a product with extended circulation time and increased biological activity.
Trumpas figūrų aprašymasBrief description of the figures
Fig.1 - žinduolių CSF valymas anijoninė chromatografija.Figure 1 - Purification of mammalian CSF by anion chromatography.
Fig.2 - žinduolių CSF valymas gel-filtracine chromatografijaFigure 2 - Purification of mammalian CSF by gel filtration chromatography
Fig.3 - chromatograma valant žinduolių CSF agliutininą (iš daigintų kviečių) agarozės kolonėlėjeFigure 3 - Chromatogram of purification of mammalian CSF agglutinin (from sprouted wheat) on an agarose column
Fig.4- žinduolių CSF valymas katijonine chromatografijaFigure 4 - Purification of mammalian CSF by cationic chromatography
Fig.5 - C4 chromatograma valant žinduolių CSFFig.5 - C 4 chromatogram for purification of mammalian CSF
Fig.6- C4 frakcijos iš Fig.5 elektroforeze (SDS)-poliakrilamidiniame gelyje (SDSPAGE) su natriododecilsulfatuFig.6- C 4 fraction from a 5 shows electrophoresis (SDS) -poliakrilamidiniame gel (SDS-PAGE) with natriododecilsulfatu
Fig.7 - žinduolių CSF C4 analitinė C4 chromatografijaFig.7 - Analytical C 4 chromatography of mammalian CSF C 4
Fig.8 - C4 frakcijos SDS-PAGEFigure 8 - C 4 fractions by SDS-PAGE
Fig.9 - išvalyto žinduolių CSF ir deglikozilinto žind. CSF SDS-PAGEFig.9 - Purified mammalian CSF and deglycosylated mammal. CSF SDS-PAGE
Fig.10 - išvalyto žinduolių CSF C4 analitinė chromatografijaFigure 10 - Analytical chromatography of purified mammalian CSF C 4
Fig.11 - parodyta žinduolių CSF faktoriaus aminorūgščių seka, išvesta iš baltymų sekos.Figure 11 shows the amino acid sequence of a mammalian CSF factor derived from a protein sequence.
Fig. 12 - parodyta: A. Oligonukleotidai žiurkės kamieninių ląstelių faktoriaus komplementariai DNR. B. Oligonukleotidai žmogaus kamieninių ląstelių faktoriaus DNR.FIG. 12 - Shown: A. Oligonucleotides complementary DNA of rat stem cell factor. B. Oligonucleotides in human stem cell factor DNA.
C. Universalūs oligonukleotidaiC. Universal Oligonucleotides
Fig.13 - parodyta: A. Polimerazės ciklinės reakcijos (PCR) sustiprinimo schema žiurkės faktoriaus (CSF) komplementariai DNR. B. Polimerazės ciklinės reakcijos (PCR)sustiprinimo schema žmogaus faktoriaus (CSF) komplementariai DNR.Figure 13 - Shown: A. Polymerase Cycle Reaction (PCR) Enhancement Scheme for Rat Factor (CSF) Complementary DNA. B. Polymerase Cycle Reaction (PCR) Enhancement Scheme for Human Factor (CSF) Complementary DNA.
Fig.14 - parodyta: A. Žiurkės genominės DNR sekos paieškos strategija. B. Nukleino rūgščių seka žiurkės genominei DNR. C. Žiurkės faktoriaus SCF komplementarios DNR nukleino rūgščių seka ir aminorūgščių seka žiurkės baltymo SCF.Fig. 14 - Shown: A. Rat genomic DNA sequence search strategy. B. Nucleic acid sequence in rat genomic DNA. C. Nucleic acid sequence and amino acid sequence of complementary DNA of rat factor SCF in rat protein SCF.
Fig. 15 - parodyta: A. Sekos paieškos strategija žmogaus genominei DNR. B. Nukleino rūgščių seka žmogaus genominei DNR. C. Žmogaus faktoriaus CSF komplementarios DNR nukleino rūgščių sekos ir žmogaus baltymo CSF aminorūgščių sekos kompozicija.FIG. 15 - Shown: A. Sequence search strategy for human genomic DNA. B. Nucleic acid sequence in human genomic DNA. C. Composition of the human factor CSF complementary DNA nucleic acid sequence and the human protein CSF amino acid sequence.
Fig.16 - parodytas palyginimas aminorūgščių sekos žmogaus, beždžionės, šuns, pelės ir žiurkės SCF baltymo.Figure 16 shows a comparison of the amino acid sequence of human, monkey, dog, mouse, and rat SCF protein.
Fig.17 - parodyta žinduolių ląstelės ekspresijos vektoriaus V19.8 SCF struktūra.Fig. 17 shows the SCF structure of a mammalian cell expression vector V19.8.
Fig.18 - parodyta žinduolių CHO ląstelės ekspresijos vektoriaus pDSVE struktūra.Figure 18 shows the structure of the mammalian CHO cell expression vector pDSVE.
Fig. 19 - parodyta E.coli ekspresijos vektoriaus pCFM 1156 struktūra.FIG. 19 shows the structure of the E.coli expression vector pCFM 1156.
Fig.20 - parodyta: A. Žinduolių SCF radioimuninės analizės duomenys. B. Imunoišsodinto žinduolių CSF SDS-PAGE.Figure 20 - Shown: A. Data for radioimmunoassay of mammalian SCF. B. SDS-PAGE of Immunoprecipitated Mammalian CSF.
Fig.21 - parodyta žmogaus rekombinantinio CSF Vesterno analizė.Figure 21 - Western blot analysis of human recombinant CSF.
Fig.22 - parodyta žiurkės rekombinantinio CSF Vesterno analizė.Figure 22 - Western blot analysis of rat recombinant CSF.
Fig.23 -pateikiama diagrama, iš kurios matyti žiurkės COS-1 ląstelės produkuojamo rekombinantinio SCF faktoriaus veikimas kaulų čiulpų transplantacijai.Figure 23 is a diagram showing the action of a rat COS-1 cell-produced recombinant SCF factor in bone marrow transplantation.
Fig.24 - parodytas žiurkės rekombinantinio CSF efektas gydant Stilo pelių makrocitinę anemiją.Fig. 24 shows the effect of recombinant rat CSF in the treatment of Styl mouse macrocytic anemia.
Fig.25 - parodytas skaičius periferinių baltųjų kraujo kūnelių (WEC) Stilo pelių, apdorotų žiurkės rekombinantiniu CSF.Figure 25 shows the number of peripheral white blood cell (WEC) -style mice treated with rat recombinant CSF.
Fig.26 - parodytas Stilo pelių, apdorotų žiurkės rekombinantiniu CSF, trombocitų skaičius.Figure 26 shows platelet counts of Styl mice treated with rat recombinant CSF.
Fig.27 - parodytas Stilo pelių (WEC) diferenciacinis skaičius, apdorojant žiurkės rekombinantiniu SCF1'164 PEG 25.Figure 27 shows the differentiation number of Stile mice (WEC) treated with rat recombinant SCF 1 ' 164 PEG 25.
Fig.28 - parodytas Stilo pelių limfocitų rinkinys, apdorojant žiurkės rekombinantiniu SCF1'164 PEG 25.Figure 28 shows a set of Styl mouse lymphocytes treated with rat recombinant SCF 1 ' 164 PEG 25.
Fig.29 - parodytas paprastų primatų apdorojimo rekombinantine CSF seka efektas, išaugant periferinių WEC skaičiui.Figure 29 shows the effect of treatment of simple primates with recombinant CSF sequence with increasing number of peripheral WECs.
Fig.30 - parodytas paprastų primatų apdorojimo rekombinantine CSF seka efektas, išaugant hematokritų ir trombocitų skaičiui.Figure 30 shows the effect of treatment of simple primates with recombinant CSF sequence with increased hematocrit and platelet count.
Fig.31 - parodytos fotografijos: A. žmogaus kaulų čiulpų kolonijos, stimuliuotos žmogaus rekombinantiniu SCF1'162. B. Rait-Gemzo dažytos ląstelės iš kolonijos Fig. 31A.Figure 31 - Photographs: A. human bone marrow colonies stimulated with human recombinant SCF 1 ' 162 . B. Rait-Gemz stained cells from colony Figs. 31A.
Fig.32 - parodyti duomenys SDS-PAGE frakcijos iš kolonėlės su S-sefaroze iš Fig.33 chromatogramos.Figure 32 shows the SDS-PAGE fraction from the column with S-Sepharose from the chromatogram of Figure 33.
Fig.33 - pateikiama chromatograma žmogaus rekombinantinio SCF, išskirto iš E.coli kolonėlėje su S-sefaroze.Fig. 33 is a chromatogram of recombinant human SCF isolated from E.coli on a column with S-Sepharose.
Fig.34 - parodyti duomenys SDS-PAGE frakcijos iš kolonėlės C4 iš chromatogramos, parodytos Fig.35 : A. su redukuojančiu agentu, B. be redukuojančio agento.Fig.34 shows data for the SDS-PAGE fraction from column C 4 from the chromatogram shown in Fig.35: A. with reducing agent, B. without reducing agent.
Fig.35 - pateikia chromatograma žmogaus rekombinantinio SCF, išskirto iš E.coli kolonėlėje C4.Fig.35 - provides a chromatogram of recombinant human SCF isolated from E. coli column C 4th
Fig.36 - pateikiama chromatograma žiurkės rekombinantinio SCF, išskirto iš CHO kolonėlėje su Q-sefaroze.Figure 36 is a chromatogram of rat recombinant SCF isolated from CHO on a column with Q-Sepharose.
Fig.37 - pateikiama chromatograma žiurkės rekombinantinio SCF, išskirto iš CHO kolonėlėje C4.Fig.37 - provides a chromatogram of recombinant rat SCF isolated from CHO column C 4th
Fig.38 - parodyti duomenys SDS-PAGE frakcijos iš C4 kolonėlės iš chromatogramos parodytos Fig.37.Fig. 38 - Data from the chromatogram of SDS-PAGE fraction from C 4 column is shown in Fig. 37.
Fig.39 - parodyti duomenys SDS-PAGE rekombinantinio žiurkės SCF, išskirto iš išvalyto CHO, iki ir po deglikozilinimo.Fig.39 shows data for SDS-PAGE of recombinant rat SCF isolated from purified CHO before and after deglycosylation.
Fig.40 - parodyta: A. gel-filtracinė chromatograma rekombinantinio žiurkės pegiliruoto SCF1'164 reakcijos mišinio. B. gel-filtracinė chromatograma rekombinant. žiurkės nemodifikuoto SCF1’164.Fig. 40 - Shown: A. Gel filtration chromatogram of the recombinant rat pegylated SCF 1 ' 164 reaction mixture. B. Gel filtration chromatogram by recombination. rats in unmodified SCF 1 ' 164 .
Fig.41 - parodytas žymėto SCF surišimas su šviežiais leukeminiais blastais.Fig. 41 shows binding of labeled SCF with fresh leukemic blasts.
Fig.42 - parodyta žmogaus SCF komplementarios DNR seka, gautos iš fibrosarkomos ląstelių linijos HT1080.Figure 42 shows the complementary DNA sequence of human SCF derived from the fibrosarcoma cell line HT1080.
Fig.43 - parodyta autoradiograma ląstelių COS-7, išreiškiančių žmogaus SCF1'248 ir CHO ląstelių, išreiškiančių žmogaus SCF1164.Figure 43 shows an autoradiogram of COS-7 cells expressing human SCF 1 ' 248 and CHO cells expressing human SCF 1164 .
Fig.44 - parodyta žmogaus SCF komplementarios DNR seka, gauta iš pūslinės karcinomos ląstelių linijos 5637.Figure 44 - Complementary DNA sequence of human SCF derived from bladder carcinoma cell line 5637.
Fig.45 - parodytas apšvitintų pelių išgyvenimo procento padidėjimas, apdorojus SCF.Figure 45 shows an increase in the survival rate of irradiated mice after SCF treatment.
Fig.46 - parodytas apšvitintų pelių išgyvenimo procento padidėjimas, po kaulų čiulpų su 5% klubo kaulo transplantacijos ir apdorojimo SCF.Fig.46 shows an increase in the survival rate of irradiated mice after bone marrow transplantation with 5% hip bone transplantation and treatment with SCF.
Fig.47 - parodytas apšvitintų pelių išgyvenimo procento padidėjimas po kaulų čiulpų su 0.1 ir 20% klubo kaulo transplantacijos ir apdorojimo SCF.Fig.47 shows an increase in the survival rate of irradiated mice after bone marrow transplantation with 0.1 and 20% of hip bone transplantation and SCF treatment.
Daugybė šio išradimo aspektų ir pranašumų akivaizdūs šios biochemijos srities specialistams, peržiūrėjus sekantį detalų aprašymą, kurį papildo praktinio išradimo įgyvendinimo iliustracijos optimaliems variantams šioms dienoms.Many aspects and advantages of the present invention will be apparent to those skilled in the art of biochemistry upon reading the following detailed description, which shall be supplemented by illustrations of practical embodiments of the invention for the present day.
Detalus išradimo aprašymasDetailed Description of the Invention
Šiuo išradimu pateikiami nauji kamieninių ląstelių faktoriai ir DNR sekos, kurios koduoja visus arba dalį tokių SCF faktorių. Čia naudojamas terminas “kamieninių ląstelių faktoriai” arba SCF yra SCF natūralios kilmės (pvz. žmogaus SCF), o taip pat polipeptidai dirbtinės kilmės (t.y. besiskiriantys nuo randamų gamtoje), kurie turi aminorūgščių sekas ir glikozilinimą pakankamai panašius lyginant su tokiais natūralios kilmės kamieninių ląstelių faktoriais, kurie apsprendžia gamtinio kraujodaros kamieninio faktoriaus biologinį aktyvumą. Kamieninių ląstelių faktorius pasireiškia sugebėjimu stimuliuoti ankstyvųjų kraujodaros pirmtakų augimą, kurie gali subręsti ir virsti eritroidais, megakariocitais, limfocitais ir makrofaginėmis ląstelėmis. Žinduolių gydymasThe present invention provides novel stem cell factors and DNA sequences that encode all or part of such SCF factors. As used herein, the term "stem cell factors" or SCFs are naturally occurring SCFs (e.g., human SCFs), as well as polypeptides of artificial origin (i.e., non-naturally occurring) that have amino acid sequences and glycosylation sufficiently similar to such naturally occurring stem cells. factors that determine the biological activity of the natural hematopoietic stem factor. Stem cell factor is characterized by its ability to stimulate the growth of early hematopoietic progenitors, which can mature and turn into erythroid, megakaryocyte, lymphocyte and macrophage cells. Treatment of mammals
CSF faktoriumi įgalina absoliutų kraujodaros ląstelių, tiek mieloidinių, tiek ir limfoidinių, padidėjimą. Viena iš kamieninių ląstelių kritinių charakteristikų yra jų sugebėjimas diferencijuotis į mieloidines ir limfoidines ląsteles (VVaisman, Science, 1988, 241 t., 5862 psl.). Veikiant Stilo (8B pavyzdys) peles rekombinantinių žiurkių faktoriumi SCF, pastebimas granuliocitų, monocitų, eritrocitų, limfocitų ir trombocitų padidėjimas. Veikiant paprastus primatus rekombinantinių žmogaus SCF faktoriumi, pastebimas mieloidinių ir limfoidinių ląstelių padidėjimas (pavyzdys 8C).CSF enables absolute proliferation of hematopoietic cells, both myeloid and lymphoid. One of the critical characteristics of stem cells is their ability to differentiate into myeloid and lymphoid cells (Weissman, Science, 1988, Vol. 241, p. 5862). An increase in granulocytes, monocytes, erythrocytes, lymphocytes and platelets was observed in Styl (Example 8B) mice with recombinant rat factor SCF. Exposure to simple primates for recombinant human SCF has been shown to increase myeloid and lymphoid cells (Example 8C).
Egzistuoja embrioninė ekspresija SCF ląstelėmis migraciniuose takuose ir chomingoviniuose melanoblastų, gemalinių ląstelių kraujodaros ląstelių centruose, galvos smegenyse ir nugaros smegenų chordoje.Embryonic expression exists in SCF cells in migratory pathways and in chomingovian melanoblasts, germ cell hematopoietic centers, brainstem, and spinal chord.
Ankstyvosios pirminės kraujodaros ląstelės kaupiasi žinduolių kaulų čiulpuose, kuriuos veikia 5-fluoruracilas (5-FU). Chemoterapinis medikamentas 5-FU selektyviai išsekina vėlesnius kraujodaros pirmtakus. SCF faktorius yra aktyvus kaulų čiulpams po apdorojimo su 5-FU.Early primary hematopoietic cells accumulate in the mammalian bone marrow, which is affected by 5-fluorouracil (5-FU). The chemotherapeutic drug 5-FU selectively depletes subsequent hematopoietic precursors. The SCF factor is active in bone marrow after treatment with 5-FU.
SCF biologinis aktyvumas ir pasiskirstymo audiniuose charakteris rodo jo pagrindinį vaidmenį embriogenezėje ir kraujodaroje, o taip pat potencialą gydant įvairius kamieninių ląstelių trūkumus.The biological activity and tissue distribution profile of SCFs indicate its key role in embryogenesis and hematopoiesis as well as its potential in the treatment of various stem cell deficiencies.
Šis išradimas pateikia DNR sekas, kurios apjungia: kodonų, “pageidaujamų” ekspresijai išrinktų šeimininkų-nežinduolių įjungimo; skaldymo vietos pateikimą veikiant restrikcinės endonukleazės fermentams; aprūpinimą papildomomis pradinės, terminalinės ir tarpinės DNR sekomis, kurios palengvina lengvai ekspresuojamų vektorių konstravimą. Šis išradimas taip pat pateikia DNR sekas, kurios koduoja polipeptidų analogus ar išskiriamą SCF, kuris skiriasi nuo randamų gamtoje formų identiškumu ar keletu aminorūgščių liekanų (pvz. deleciniai analogai, turintys ne visas liekanas, skirtas SCF; pakeitimo analogai, kuriuose viena arba keletas specifinių liekanų pakeistos kitomis liekanomis; adityviniai analogai, kuriuose viena arba keletas amino rūgščių liekanų pridedama prie terminalinės arba medialinės polipeptido dalies) ir kurie pasižymi kai kuriomis arba visomis gamtoje sutinkamomis savybėmis. Šis išradimas ypač taikomas DNR sekoms, koduojančioms visą neapdorotos aminorūgščių sekos ilgį, o taip pat DNR sekas, koduojančias apdorotą SCF formą.The present invention provides DNA sequences that combine: activation of codons "desired" for expression in selected host mammals; providing a cleavage site when exposed to restriction endonuclease enzymes; providing additional primer, terminal, and intermediate DNA sequences that facilitate the construction of easy-to-express vectors. The present invention also provides DNA sequences that encode polypeptide analogs or secreted SCF that differ from naturally occurring forms of identity or multiple amino acid residues (e.g., deletion analogs that do not contain all residues for SCF; substitution analogs in which one or more specific residues are present). additive analogs in which one or more amino acid residues are attached to the terminal or medial portion of the polypeptide) and which possess some or all of the naturally occurring properties. The present invention is particularly applicable to DNA sequences encoding the entire length of the crude amino acid sequence as well as DNA sequences encoding the processed form of SCF.
Šio išradimo naujos DNR sekos apima sekas, naudingas esant išskirtai ekspresijai prokariotinėse ar eukariotinėse polipeptidinių produktų šeimininkų ląstelėse, turinčiose mažiausiai dalj pirminės struktūrinės konformacijos ir vieną arba keletą gamtinės kilmės SCF biologinių savybių. Specifiškai, DNR sekos apjungia: a) DNR sekas, pateiktas Fig.14B, 14C, 15B, 15C, 42 ir 44, arba jų komplementarias spirales; b) sekas, kurios hibridizuotos (hibridizacijos sąlygomis, aprašytomis 3 pavyzdyje, arba dar griežtesnėse sąlygose) su DNR sekomis Fig.14B, 14C, 15B, 15C, 42 ar 44 arba jų fragmentais; ir c) DNR sekas, kurios, išskyrus genetinio kodo degeneraciją, gali hibridizuotis prie DNR sekų Fig.14B, 14C, 15B, 15C, 42 ar 44. Specifiškai apimtos dalyse b) ir c) yra genominės DNR sekos, koduojančios SCF formos alelinius variantus ir/arba koduojančios SCF iš kitų žinduolių rūšių, ir gautos DNR sekos, koduojančios SCF, šio faktoriaus fragmentai ir jo analogai. DNR sekos gali įjungti kodonus, palengvinančius informacinės RNR transkripciją ir transliaciją mikrobiniuose šeimininkuose. Tokios gautos sekos gali būti lengvai sukonstruotos pagal Altono ir kt. metodus, publikuotus paraiškoje PST WO 83/04053.The novel DNA sequences of the present invention include sequences useful for isolated expression in prokaryotic or eukaryotic host cells of polypeptide products having at least a portion of the parent structural conformation and one or more biological properties of the SCF of natural origin. Specifically, DNA sequences combine: a) DNA sequences shown in Figures 14B, 14C, 15B, 15C, 42 and 44, or their complementary helices; b) sequences hybridized (under hybridization conditions described in Example 3 or more stringent conditions) with the DNA sequences of Fig. 14B, 14C, 15B, 15C, 42 or 44 or fragments thereof; and c) DNA sequences which, other than degeneracy of the genetic code, can hybridize to the DNA sequences of Fig. 14B, 14C, 15B, 15C, 42 or 44. Specifically included in (b) and (c) are genomic DNA sequences encoding allelic variants of the SCF form. and / or encoding SCF from other mammalian species, and resulting DNA sequences encoding SCF, fragments of this factor, and analogs thereof. DNA sequences can activate codons that facilitate transcription and translation of information RNA in microbial hosts. Such resulting sequences can be readily constructed according to Alton et al. methods disclosed in PST WO 83/04053.
Remiantis kitais šio išradimo aspektais, čia aprašytos DNR sekos, kurios koduoja polipetidus, turinčius SCF aktyvumą, yra vertingos dėl informacijos, kurią jos suteikia apie žinduolių baltymų aminorūgščių seką, kuri iki šiol buvo nepasiekiama. Šios DNR sekos taip pat yra vertingos kaip produktai, naudingi esant didelių mastelių SCF sintezei, padedant daugybei rekombinantiniu metodikų. Kitais žodžiais tariant, šiuo išradimu pateikiamos DNR sekos naudojamos dirbant su naujais ir naudingais virusiniais ir cirkuliariniais DNR piazmidės vektoriais, naujomis ir naudingomis transformuotomis ir transfekuotomis prokariotinėmis ir eukariotinėmis šeimininkų ląstelėmis (įskaitant bakterijų ir mielių ląsteles ir kultūroje auginamas žinduolių ląsteles), ir naujais ir naudingais tokių ląstelių-šeimininkų kultivavimo metodais, tinkamų SCF ekspresijai ir šiam faktoriui giminingiems produktams.In other aspects of the present invention, the DNA sequences described herein that encode polypeptides having SCF activity are valuable because of the information they provide about the amino acid sequence of mammalian proteins that has so far been unavailable. These DNA sequences are also valuable as products useful in the large-scale synthesis of SCF with the aid of numerous recombinant methodologies. In other words, the DNA sequences of the present invention are used to work with novel and useful viral and circular DNA plasmid vectors, novel and useful transformed and transfected prokaryotic and eukaryotic host cells (including bacterial and yeast cells, and cultured mammalian cells, and cultures of such host cells suitable for expression of SCF and related products.
Šio išradimo DNR sekos taip pat yra tinkamos panaudojant jas kaip žymėtus pavyzdžius izoliuojant žmogaus genominę DNR, koduojančią SCF ir kitus genus giminingiems baltymams, o taip pat komplementarios DNR sekoms ir kitų žinduolių rūšių genominei DNR.The DNA sequences of the present invention are also suitable for use as labeled examples in isolating human genomic DNA encoding SCF and other genes for related proteins, as well as complementary to DNA sequences and genomic DNA of other mammalian species.
DNR sekos taip pat gali būti panaudojamos įvairiuose alternatyviuose baltymų sintezės būduose (pvz., vabzdžių ląstelėse) arba žmogaus ir kitų žinduolių genetinės terapijos atveju. Manoma, kad šio išradimo DNR sekos gali būti panaudojamos dirbant su transgeninėmis žinduolių rūšimis, kurios galima panaudoti kaip eukariotinius “šeimininkus” gaminant SCF faktorių ir jo produktus dideliais kiekiais. Žr. Palmitero ir kitų bendrame straipsnyje žurnale Science 1983. 2221., 809-814 psl.DNA sequences may also be used in a variety of alternative protein synthesis pathways (e.g. insect cells) or in the context of genetic therapy in humans and other mammals. It is contemplated that the DNA sequences of the present invention may be useful in working with transgenic mammalian species that can be used as eukaryotic "hosts" for the production of SCF and its products in bulk. See also: In a joint article by Palmiter and others in the journal Science 1983. 2221, pp. 809-814.
Šis išradimas pateikia išskirtą ir išvalytą gamtinės kilmės SCF (t.y. išvalytą iš gamtinio ir padarytą taip, kad pirminė, antrinė ir tretinė glikozilinimo konformacija ir charakteris būtų identiški natūralios kilmės medžiagai), o taip pat dirbtinės kilmės polipeptidus, turinčius pirminę struktūrinę konformaciją (t.y. nepertraukiamą aminorugščių liekanų seką) ir glikozilinimą, pakankamai duplikatų natūralios kilmės kamieninių ląstelių faktoriui, tam kad jie pasižymėtų natūralios kilmės SCF faktoriaus kraujodaros biologiniu aktyvumu. Tokie polipeptidai apjungia darinius ir analogus.The present invention provides isolated and purified naturally occurring SCFs (i.e., purified naturally occurring and made to have the same primary, secondary and tertiary glycosylation conformation and character as the naturally occurring material) as well as artificial polypeptides having a primary structural conformation (i.e., continuous amino acids). sequences) and glycosylation, sufficient duplicates of naturally occurring stem cell factor to exhibit naturally occurring biological activity of SCF. Such polypeptides combine derivatives and analogs.
Ypač siūlomame SCF variante, jis charakterizuojamas kaip prokarioto ar eukarioto šeimininko ekspresijos (pvz., bakterijų, mielių, aukštesniųjų augalų, vabzdžių ir žinduolių ląstelių kultūroje) DNR egzogeninių sekų produktas, gautas klonuojant genominę ar komplementarią DNR arba genetinės sintezės būdu. T.y., siūlomame SCF variante jis charakterizuojamas kaip rekombinantinis SCF”. Ekspresijos produktai tipiškuose mielių (ass agomuse cerevisiae) ar prokariotų (pvz., E.coli) ląstelėsešeimininkėse laisvi nuo susijungimo su kokiais nors žinduolių baltymais. Ekspresijos produktai stuburinių (pvz., žinduolių, besiskiriančių nuo žmogaus (COS ir CHO), ir paukščių) ląstelėse laisvi nuo susijungimo su kokiais nors žmogaus baltymais. Priklausomai nuo panaudojamo šeimininko, šio išradimo polipeptidai gali būti glikozilinti žinduolių angliavandeniais arba kitais eukariotų angliavandeniais, arba gali būti neglikozilinti. Ląstelė- šeimininkė gali būti pakeičiama panaudojant metodikas, tokias kaip aprašytos Lii ir kitų darbe, J.Biol.Chem. 1989, 264 t., 13848 psl., kuris įvestas kaip išnaša. Be to, išradimo polipeptidai gali įtraukti išeiginio metionino aminorugščių liekanas (l-padėtyje).In a particularly preferred variant of SCF, it is characterized as the product of exogenous DNA sequences produced by prokaryotic or eukaryotic host expression (e.g., in bacterial, yeast, higher plants, insect and mammalian cell cultures), obtained by cloning by genomic or complementary DNA or by genetic synthesis. That is, in the proposed SCF variant, it is characterized as recombinant SCF. Expression products in typical yeast (ass agomuse cerevisiae) or prokaryotic (e.g. E. coli) host cells are free from binding to any mammalian protein. Expression products in vertebrate (eg, mammalian, non-human (COS and CHO) and avian) cells are free from binding to any human protein. Depending on the host used, the polypeptides of the present invention may be glycosylated with mammalian carbohydrates or other eukaryotic carbohydrates, or may be non-glycosylated. The host cell may be replaced using techniques such as those described by Lii et al., J. Biol. Chem. 1989, 264 vols, 13848 pages, which is incorporated by reference. In addition, the polypeptides of the invention may include amino acid residues (at the 1-position) of the parent methionine.
Papildomai gamtinės kilmės SCF alelinėms formoms, šis išradimas taip pat apima kitus SCF produktus, tokius kaip SCF peptidinius analogus. Tokie analogai įjungia SCF fragmentus. Naudojant anksčiau paminėtos Altono ir kitų (WO 83/04053) paraiškos metodikas, galima lengvai sukonstruoti ir gauti genus, kurie koduoja ekspresiją mikrobinių, turinčių pirminę konformaciją, polipeptidų, besiskiriantys nuo čia aptariamų identiškumo terminais arba išsidėstymu vienos ar kelių liekanų (pvz., pakeitimai, terminaliniai ir tarpiniai prijungimai ir deleciją). Alternatyviai, komplementarios DNR ir genomo genų modofikacijos gali būti lengvai įgyvendinamos su gerai žinomų lokališkai nukreiptų mutagenezių metodikų pagalba ir naudojamos SCF degeneruotiems analogams ir dariniams. Tokie produktai dalyvauja mažiausiai viena iš biologinių SCF savybių, bet gali skirtis nuo kitų. Kaip pavyzdžiai, išradimo produktai gali apjungti sutrumpintus produktus, pvz., delecijomis arba tuos, kurie stabilesni hidrolizei (ir todėl gali turėti labiau išreikštų ar ilgaamžiškesnių efektų, negu natūralios kilmės produktai); arba tie, kurie pakeisti pašalinimui ar pridėjimui vieni ar kelių potencialių centrų Oglikozilinimui ir/arba N-glikozilinimui, arba tie, kurie turi vieną ar keletą cisteino liekanų, pašalintų arba pakeistų, pvz., alanino ar serino liekanomis ir potencialiai lengviau aktyvioje formoje išsiskiria iš mikrobinių sistemų; arba tie, kurie turi vieną ar kelias tirozino liekanas, pakeistas fenilalaninu, ir lengviau ar sunkiau susiriša su baltymais taikinio ar receptoriais ant taikinio ląstelių. Be to, išradimas apima polipeptidinius fragmentus, dublikuojančius tik dalį nepertraukiamos amino rūgščių sekos ar antrinę SCF vidaus informaciją, ir šie fragmentai gali pasižymėti vienomis SCF savybėmis (pvz., receptoriaus ryšiu), o ne kitomis (pvz., ankstyvųjų kraujodaros ląstelių augimo aktyvumu). Užtenka paminėti, kad aktyvumas nėra būtinas kokiam nors vienam ar keliems išradimo produktams, bet pasižymi terapiniu naudingumu (žr., VVeiland ir kiti, Blood, 1982, 44 t., 173-175 psl.), arba nauda kituose kontekstuose, tokiuose kaip SCF antagonizmo analizės. Konkurentiniai antagonistai gali būti visai naudingi, pvz., SCF perprodukcijos atveju arba žmogaus leukemijos atvejais, kada piktybinės ląstelės perprodukuoja receptorius SCF, ką parodo SCF receptorių perprodukcija leukeminiuose blastuose (13 pvz.).In addition to allelic forms of naturally occurring SCF, the present invention also encompasses other SCF products such as peptide analogs of SCF. Such analogs activate fragments of SCF. Using the procedures of the above-mentioned Alton et al. Application (WO 83/04053), genes encoding expression of a microbial polypeptide having a primary conformation differing from the identity terms or disposition of one or more residues herein (e.g., alterations) can be readily constructed and obtained. , terminal and intermediate connections, and deletion). Alternatively, complementary DNA and genomic gene modifications can be readily accomplished by well-known techniques for locally directed mutagenesis and used for SCF degenerate analogs and derivatives. Such products participate in at least one of the biological properties of SCF, but may differ from the others. By way of example, the products of the invention may combine truncated products such as deletions or those which are more stable to hydrolysis (and thus may have more pronounced or longer-lasting effects than products of natural origin); or those substituted for removal or addition of one or more potential centers for Oglycosylation and / or N-glycosylation, or those having one or more cysteine residues removed or substituted, e.g., alanine or serine residues, and are potentially more readily released from the active form. microbial systems; or those that have one or more tyrosine residues substituted by phenylalanine and bind more easily or hardly to the target protein or receptor on the target cells. Further, the invention encompasses polypeptide fragments that duplicate only a portion of the continuous amino acid sequence or secondary SCF internal information, and these fragments may exhibit some SCF properties (e.g., receptor binding) rather than others (e.g., early hematopoietic cell growth activity). . Suffice it to mention that the activity is not necessary for any one or more of the products of the invention, but has therapeutic utility (see Weiland et al., Blood, 1982, Vol. 44, pp. 173-175), or benefits in other contexts such as SCF. antagonism analyzes. Competitive antagonists may be useful, for example, in the case of SCF overproduction or in human leukemia, where malignant cells overexpress SCF receptors, as demonstrated by SCF receptor overproduction in leukemic blasts (Ex. 13).
Išradimo panaudojamais polipeptidų analogais yra pranešimai apie imunines savybes sintetinių peptidų, kurie iš esmės dubliuoja aminorūgščių seką, išlikusią natūralios prigimties baltymuose, glikoproteinuose ir nukleoproteinuose. Konkrečiau buvo parodyta, kad santykinai mažo molekulinio svorio polipeptidai dalyvauja imuninėse fiziologiškai svarbių baltymų reakcijose, tokių kaip virusiniai antigenai, polipeptidiniai hormonai ir 1.1. Tokiose imuninėse reakcijose polipeptidai apima: specifinių antikūnų susidarymo provokacijas imunologiškai aktyviuose gyvūnuose [(Lerner ir kt., Cell, 23, 309-310 (1981); Ross ir kt., Nature, 294, 654-656 (1981); VValter ir kt., Proc.Natl.Acad. Sci. USA, 77, 5197-5200 (1980); Lerner ir kt., Proc.Natl.Acad. Sci. USA, 78, 4882-4886 (1981); Wong ir kt., Proc.Natl.Acad. Sci. USA, 79, 5322-5326 (1982); Baron ir kt., Cell, 28, 395-404 (1982); Dressman ir kt., Nature, 295, 185-160 (1982); Lerner, Sci.Amer., 248, 66-74 (1983).Žr. t.p. Kaiser ir kt., Sci. 223, 249-255 (1984)] reaguojančių j sintetinių baltymų, kurie artimai atkartoja peptidinių hormonų antrinę struktūrą, bet negali atkartoti jų pirminės struktūrinės konformacijos, biologines ir imunologines savybes.Useful polypeptide analogs of the invention include reports of immune properties of synthetic peptides which substantially duplicate the amino acid sequence retained in naturally occurring proteins, glycoproteins, and nucleoproteins. More specifically, relatively low molecular weight polypeptides have been shown to be involved in immune responses to physiologically relevant proteins such as viral antigens, polypeptide hormones, and 1.1. In such immune responses, polypeptides include: provocation of specific antibodies in immunologically active animals [(Lerner et al., Cell, 23, 309-310 (1981); Ross et al., Nature, 294, 654-656 (1981); Walter et al., 1981). Proc. Natl.Acad. Sci. USA, 77, 5197-5200 (1980); Lerner et al., Proc. Natl.Acad. Sci. USA, 78, 4882-4886 (1981); Wong et al. Proc. Natl.Acad. Sci. USA, 79, 5322-5326 (1982); Baron et al., Cell, 28, 395-404 (1982); Dressman et al., Nature, 295, 185-160 (1982). Lerner, Sci.Amer., 248, 66-74 (1983). See also Kaiser et al., Sci. 223, 249-255 (1984)] for reactive synthetic proteins that closely replicate the secondary structure of peptide hormones, but cannot replicate their original structural conformation, biological and immunological properties.
Be to, šis išradimas apima tų polipeptidų klasę, kurie užkoduoti DNR dalimis, komplementarią ir baltymus koduojančia spirale žmogaus k-RNR ar genominėmis DNR SCF sekomis, t.y. “komplementariai invertuotais baltymais”, kaip aprašyta (Tramontano ir kt., Nuc.Acid Res., 1984, 121., 5049-5059 psl.).The present invention further encompasses a class of polypeptides encoded by DNA fragments complementary to the protein-coding helix of human k-RNA or genomic DNA SCF sequences, i.e. "Complementarily inverted proteins" as described (Tramontano et al., Nuc.Acid Res., 1984, 121, pp. 5049-5059).
Šiuo išradimu pateikiami SCF polipeptidai apima, bet neapsiriboja SCF faktorius: 1148, 1-162, 1-164, 1-165, 1-183 (Fig.15C); 1-185, 1-188, 1-189 ir 1-248 (Fig.42); ir 1-157, 1-160, 1-161 ir 1-220 (Fig.44).SCF polypeptides of the present invention include, but are not limited to, SCF factors: 1148, 1-162, 1-164, 1-165, 1-183 (Fig. 15C); 1-185, 1-188, 1-189, and 1-248 (Fig.42); and 1-157, 1-160, 1-161, and 1-220 (Fig.44).
SCF faktorius gali būti išvalytas naudojant metodikas, kurios yra žinomos specialistams šioje biochemijos srityje. Tyrimo objektas apjungia SCF valymo metodus iš medžiagos, turinčios SCF, tokios kaip kondicinės terpės ar žmogaus šlapimo, plazmos, be kita ko metodas apima vieną ar kelias stadijas, tokias kaip: medžiagų, turinčių SCF, gryninimas jonų mainų chromatografija (katijoninė ar anijoninę chromatografija); medžiagų, turinčių SCF, gryninimas skysčių chromatografija, naudojant imobilizuojančias C4 ar C6 dervas; gryninimas skysčių chromatografija panaudojant imobilizuojantj lėktiną, t.y. SCF pririša prie imobilizuojančio lėktino ir eliuuoja naudojant cukrus, kurie yra konkurentai tokiam “pririšimui”. Šių metodų panaudojimo detalės paaiškės iš SCF valymo aprašymo pateikto 1, 10 ir 11 pavyzdžiuose. Metodikos, aprašytos 2 pvz. JAV patente 4667 016 (Lay ir kt.), įtrauktos į aprašymą su išnaša, taip pat yra naudojamos, valant kamieninių ląstelių faktorių.The SCF factor can be purified using techniques known to those skilled in the art of biochemistry. The subject matter combines methods of purifying SCF from plasma containing SCF material, such as condition media or human urine, including one or more steps such as: purification of SCF-containing materials by ion-exchange chromatography (cationic or anionic chromatography) ; purification of SCF-containing materials by liquid chromatography using C4 or C6 immobilizing resins; purification by liquid chromatography using an immobilizing saucer, i.e. SCF binds to the immobilizing spindle and elutes using sugars that are competitors for such "binding". Details of the use of these methods will be apparent from the description of SCF purification in Examples 1, 10 and 11. The methodologies described in Ex. U.S. Patent 4,667,016 to Lay et al., Incorporated herein by reference, is also used to purify the stem cell factor.
SCF izoformos išskiriamos naudojant standartines metodikas, tokias kaip metodikos, išdėstytos JAV paraiškoje reg. Nr. 421444 1989 spalio 13, pavadintoje “Eritrodarinių izoformos” (bendras valdymas), čia įtraukta kaip išnaša.SCF isoforms are isolated using standard procedures such as those set forth in U.S. Reg. No. 421444 October 13, 1989, entitled "Erythrodaric Isoforms" (co-management), incorporated herein by footnote.
Šis išradimas taip pat pateikia farmacines kompozicijas, apimančias terapiškai efektyvius polipeptidinių produktų kiekius kartu su atitinkamais tirpikliais, konservantais, tirpinamais priedais, emulgikliais, promotoriais ir/arba nešikliais, naudojamais SCF terapijoje. Čia naudojamas terminas “terapiškai efektyvus kiekis” yra toks kiekis, kuris užtikrina terapinį efektą esant tam tikrai būklei ir paskyrimo režimui. Tokios kompozicijos yra skysčiai ar liofilizuotos formos arba kitaip išdžiovintos pagal receptūrą, ir įjungia tirpiklius su skirtingo turinio buferiais (pvz., Tris-HCl, acetatas, fosfatas), pH ir jonų jėgos reguliatoriai, tokie kaip albuminas ar želatina, tam kad sutrukdyti adsorbciją paviršiuje), detergentai (pvz., Tween-20, Tween-80, Pluronic F68, skrandžio rūgščių druskas), tirpinančius agentus (pvz., glicerinas, polietilenglikolis), antioksidantus (pvz., askorbino rūgštį, natrio metabsulfitą), konservantus (pvz., tiomersalį, benzilo alkoholį, parabenzeną), tūrio medžiagas ar koncentracijos modifikatorius (pvz., laktozė, manitolas), polimerų, tokių kaip polietilenglikolis, kovalentiškai pririštų prie baltymų (aprašyta žemiau, 12 pavyzdyje), komplekso sudarymas su metalo jonais ar preparato įvedimas į/arba ant polimerinių medžiagų granuliuotų preparatų, tokių kaip pieno rūgštis, poliglikolio rūgštis, hidrogeliai ir kt., ar liposomos, mikroemulsijos, miceliai, vienasluoksniai ar daugiasluoksniai nešikliai, eritrocitų “šešėliai” ar sferoplastai. Tokios kompozicijos gali turėti įtakos fiziniam būviui, tirpumui, išsiskyrimo gyvame organizme stabilumo laipsniui ir SCF buvimo gyvam organizme laipsniui. Kompozicijos pasirinkimas priklausys nuo baltymų, turinčių SCF aktyvumą, fizinių ir cheminių savybių. Pvz., produktas, gautas iš membranoje-surištos formos SCF, gali reikalauti receptūros, turinčios detergentų. Kompozicijos su reguliuojamu ar pastoviu išskyrimu turi lipofilinių formų receptūrą (pvz., riebiosios rūgštys, vaškai, aliejai). Taip pat išradimas apima granuliuotas kompozicijas, padengtas polimerais (pvz., poloksamerais ar poloksaminais) ir SCF, surištas su antikūnais, nukreiptais prieš audinių specifinius receptorius, ligandus ar antigenus ar surištus su ligandais audinyje specifiniais receptoriais. Kiti išradimo įgyvendinimo variantai apima granuliuotas formas, apsauginius apvalkalus, proteazių inhibitorius ar prasiskverbimo sustiprintojus įvairiems įvedimo būdams, įskaitant parenteralinį, per kvėpavimo takus, per nosį ar per burną.The present invention also provides pharmaceutical compositions comprising therapeutically effective amounts of polypeptide products, together with appropriate solvents, preservatives, soluble additives, emulsifiers, promoters and / or carriers for use in SCF therapy. As used herein, the term "therapeutically effective amount" is an amount that provides a therapeutic effect in a particular condition and mode of administration. Such compositions are in liquid or lyophilized form or otherwise dried by formulation and include solvents with different contents of buffers (e.g. Tris-HCl, acetate, phosphate), pH and ionic regulators such as albumin or gelatin to prevent surface adsorption. ), detergents (e.g. Tween-20, Tween-80, Pluronic F68, gastric acid salts), solubilizing agents (e.g. glycerol, polyethylene glycol), antioxidants (e.g. ascorbic acid, sodium metabsulfite), preservatives (e.g. , thiomersal, benzyl alcohol, parabenzene), volumetric substances or concentration modifiers (e.g. lactose, mannitol), complexation of polymers such as polyethylene glycol covalently bonded to proteins (described below in Example 12), or introduction of the preparation into metal ions. / or in granular formulations of polymeric materials such as lactic acid, polyglycolic acid, hydrogels, etc., or liposomes, roemulsions, micelles, monolayer or multilayer carriers, erythrocyte shadows, or spheroplasts. Such compositions may affect the physical state, solubility, degree of stability in the living organism, and degree of SCF in the living body. The choice of composition will depend on the physical and chemical properties of the proteins having SCF activity. For example, a product derived from a membrane-bound form of SCF may require a formulation containing detergents. Formulations with controlled or constant release have a formulation of lipophilic forms (e.g., fatty acids, waxes, oils). The invention also encompasses granular compositions coated with polymers (e.g., poloxamers or poloxamines) and SCF bound to antibodies directed against tissue specific receptors, ligands or antigens, or bound to ligands at tissue specific receptors. Other embodiments of the invention include granular forms, protective sheaths, protease inhibitors or penetration enhancers for a variety of routes of administration including parenteral, respiratory, nasal or oral.
Išradimas taip pat apima vieną ar kelis papildomus kraujodaros faktorius, tokius kaip EPO, G-CSF, GM-SCF, CSF-1, IL-1, IL-2, IL-3, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IGF-1 ar LIF (leukemijos inhibicijos faktorius).The invention also encompasses one or more additional hematopoietic factors such as EPO, G-CSF, GM-SCF, CSF-1, IL-1, IL-2, IL-3, IL-5, IL-6, IL-7 , IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IGF-1 or LIF (leukemia inhibition factor).
Šio išradimo polipeptidai gali būti “žymėta” priemone sujungimui su detekticine žymėta medžiaga (pvz., su Jodo-125 radioaktyvia žyme ar biotinilinimu), siekiant pateikti reagentus, tinkamus detekcijai ir kiekybiniam SCF ar jo ląstelių, turinčių receptorius, įvertinimui tvirtuose audiniuose ir skystuose pavyzdžiuose, tokiuose kaip kraujas ar šlapimas.The polypeptides of the present invention may be "labeled" for incorporation with a detectable labeled material (e.g., with a radioactive labeled iodine-125 or biotinylation) to provide reagents suitable for detection and quantification of SCF or its receptor-containing cells in solid tissues and liquid samples. such as blood or urine.
Biotinilintas SCF naudojamas kartu su imobilizuotu streptavidinu siekiant “praplauti” leukeminius blastus iš kaulų čiulpų autologinėje kaulų čiulpų transplantacijoje. SCF toksiniai konjugatai, tokie kaip ricinas (Ur, Prog Clin.Biol.Res. 1989, 288 t., 403-412 psl.), difteria-toksinas (Moolten.J. Natl. Con. Inst. 1975, 55t., 473-477) ir radioizotopai naudojami anti-neoplastinėje terapijoje (13 pvz.) ar sudarant kaulų čiulpų transplantacijoje kondicinį režimą.Biotinylated SCF is used in combination with immobilized streptavidin to "flush" leukemic blasts from bone marrow in autologous bone marrow transplantation. Toxic conjugates of SCF such as ricin (Ur, Prog Clin.Biol.Res. 1989, 288 vols., Pages 403-412), diphtheria toxin (Moolten.J. Natl. Con. Inst. 1975, 55t. 473). -477) and radioisotopes are used in anti-neoplastic therapy (eg 13) or in the conditioning of bone marrow transplantation.
Išradimo nukleino rūgščių produktai naudingi, jeigu pažymėti detekcinėmis žymėmis (tokiomis kaip radiožymės ir neizotopinės žymės, tokios kaip biotinas) ir panaudojami hibridizacijos procese, žmogaus SCF faktoriaus geno vietos nustatymui ir/arba bet kokio giminingo geno vietos nustatymui chromosominiame žemėlapyje. Jie taip pat panaudojami žmogaus SCF geno pažeidimų nustatyme genetiniame lygyje ir naudojami kaip genetiniai markeriai kaimyninių genų identifikacijai ir jų pažeidimams nustatyti. Žmogaus SCF genas koduojamas ant 12 chromosomos, o pelių SCF ant 10 chromosomos žemėlapių 1 aplinkoje.The nucleic acid products of the invention are useful when tagged (such as radio-labels and non-isotopic tags such as biotin) and used in the hybridization process, for locating the human SCF factor gene and / or locating any cognate gene on a chromosomal map. They are also used in the detection of human SCF gene lesions at the genetic level and used as genetic markers to identify neighboring genes and identify their lesions. The human SCF gene is encoded on chromosome 12 and the mouse SCF on chromosome 10 maps in environment 1.
SCF faktorius naudojamas pats vienas arba kartu su kitomis terapijomis gydant eilę kraujodaros pažeidimų. SCF galima panaudoti vieną arba su vienu ar keliais kraujodaros faktorių, tokiais kaip EPO, G-CSF, GM-SCF, CSF-1, IL-1-IL-11, IGF-1 ar IIF, gydant kraujodaros pažeidimus.SCF is used alone or in combination with other therapies to treat a number of hematopoietic lesions. SCF can be used to treat one or more of the hematopoietic factors, such as EPO, G-CSF, GM-SCF, CSF-1, IL-1-IL-11, IGF-1 or IIF.
Egzistuoja kamieninių ląstelių pažeidimo grupė, kuri charakterizuojama funkcinės kaulų čiulpų masės sumažėjimu, kurią iššaukia toksiniai, radiaciniai ar imunologiniai pažeidimai ir kurie gali būti išgydyti su SCF. Aplatinė anemija yra taip pat kamieninių ląstelių pažeidimas, ir šiuo atveju kraujodaros audiniai pakeičiami riebaliniais, ir pancitopenija. SCF sustiprina kraujodaros proliferaciją ir yra naudinga gydant aplastinę anemiiją (8B pvz.). Kaip žmogaus aplastinės anemijos modelį panaudoja Stilo peles (Jons, Exp.Hematol. 1983, 111., 571-580 psl.). Buvo gauti perspektyvūs rezultatai panaudojus aplastinės anemijos gydymui giminingą citokiną, GM-SCF (Antin ir kt., Blood, 1987, 70 t., 129a psl.). Paroksizmalinė nokturalinė hemoglobinurija (PNG) yra kamieninių ląstelių pažeidimas ir charakterizuojama defektyvių trombocitų ir granuliocitų, o taip pat nenormalių eritrocitų, susidarymu.There is a group of stem cell lesions that are characterized by a decrease in functional bone marrow mass caused by toxic, radiation or immunological lesions and can be cured with SCF. Platelet anemia is also a stem cell injury, in which case the hematopoietic tissues are replaced by adipose and pancytopenia. SCF enhances hematopoietic proliferation and is useful in the treatment of aplastic anemia (Ex. 8B). Stils mice are used as a model for human aplastic anemia (Jons, Exp. Hematol. 1983, 111, pp. 571-580). Promising results have been obtained with the use of a cytokine, GM-SCF, a related cytokine in the treatment of aplastic anemia (Antin et al., Blood, 1987, 70 vol, p. 129a). Paroxysmal Noctural Hemoglobinuria (PNG) is a stem cell injury characterized by the formation of defective platelets and granulocytes as well as abnormal red blood cells.
Egzistuoja daugybė susirgimų, kurie gali būti išgydomi SCF faktoriumi. Tai apima: mielofibrozę, mielosklerozę, osteopetriozę, metastatinę karcinomą, ūmią leukemiją, daugybinę mielomą, Chodžkinso ligą, limfomą, Gašė ligą, Niemano-Piko susirgimą, Letterere-Sivo ligą, refraktorinę eritroblastinę anemiją, di Guglielmo sindromą, kongestinę splenomegaliją, Kala azarą, sarkoidozę, pirminę blužnies pancitopeniją, miliarinę tuberkuliozę, išbėrimų grybelinius susirgimus, fulminacinę senticemiją, maliariją, vitamino B12 ir folinės rūgšties deficitą, piridoksino deficitą, Daimondo Blakfano anemiją, hipopigmentinius pažeidimus, tokius kaip piebaldizmas, vitiligo. SCF eritroidinės, megakariocitinės ir granuliocitinės stimuliuojančios savybės pailiustruotos 8B ir 8C pvz.There are many diseases that can be cured by the SCF factor. These include: myelofibrosis, myelosclerosis, osteopetriosis, metastatic carcinoma, acute leukemia, multiple myeloma, Chodgkins disease, lymphoma, Gaucher disease, Niemann-Pick disease, Letterere-Sivo disease, refractory erythroblastic anemia, G sarcoidosis, primary splenic pancytopenia, miliary tuberculosis, fungal rashes, fulminant senticemia, malaria, vitamin B 12 and folic acid deficiency, pyridoxine deficiency, Daimond Blakfan anemia, hypopigmental disorders such as piebaldism. The erythroid, megakaryocytic and granulocytic stimulating properties of SCF are illustrated in Figures 8B and 8C.
Kraujodaros kamieninių ląstelių, tokių kaip pirmosios gemalinės ląstelės, melanocitai, išsivystę iš nervinės skiauterės, komisūraliniai aksonai, išsivystę iš dorsalinės nugaros chordos, normalių mezonefritinių irmetanefritinių kepenų kanalėlių kriptų ląstelės, ir apgaubiančių išaugų augimo sustiprėjimas pagerina jų būklę, kai įvyksta audinių pažeidimas šiose vietose. SCF naudojamas neurologinių pažeidimų gydymui ir yra nervo ląstelių augimo faktorius. SCF naudojamas apvaisinimo ne organizme metodikose ir nevaisingumo atvejais. SCF naudingas gydant žarnyno pažeidimus, atsiradusius dėl spinduliavimo ar chemoterapijos.Hematopoietic stem cells, such as first germ cells, melanocytes developed from the nerve scar, commissural axons developed from the dorsal dorsal chord, crypt cells from normal mesonephritic and methanephritic hepatic ducts, and enhancement of enveloped growth at these sites improve their condition. SCF is used to treat neurological lesions and is a growth factor for nerve cells. SCF is used in non-body fertilization techniques and in infertility cases. SCF is useful in treating intestinal lesions caused by radiation or chemotherapy.
Yra mieloproliferacinių kamieninių ląstelių pažeidimai, tokie kaip policitemija, chroninė mielogenozinė leukemija, mieloidinė mataplazija, pirminė trombocitemija ir ūminės leukemijos, kurios gali būti gydomos naudojant SCF, anti-SCF antikūnus ar SCF-toksinų konjugatus.There are myeloproliferative stem cell lesions, such as polycythaemia, chronic myelogenous leukemia, myeloid mataplasia, primary thrombocythaemia, and acute leukemia, which can be treated with SCF, anti-SCF antibodies, or SCF-toxin conjugates.
Yra daugybė atvejų, kur užfiksuota išaugusi leukeminių ląstelių proliferacija paveikus kraujodaros ląstelių augimo faktoriams G-SCF, GM-SCF ir IL-3 (Deivei ir kt., 1988, 72 t., 1944-1949 psl.). Kadangi daugelio chemoterapinių medikamentų sėkmė priklauso nuo to, kad neoplatinės ląstelės daug aktyviau praeina vystymosi ciklą, negu normalios ląstelės, SCF, kaip toks, ar kartu su kitais faktoriais, veikia kaip augimo faktorius neoplatinėms ląstelėms ir padidina jų jautrumą toksiniams chemoterapinių medikamentų efektams. SCF receptorių padidinta ekspresija leukeminimas blastams parodyta 13 pvz.There have been many cases of increased leukemic cell proliferation following exposure to hematopoietic cell growth factors G-SCF, GM-SCF and IL-3 (Deivei et al., 1988, Vol. 72, pp. 1944-1949). Because the success of many chemotherapeutic agents depends on the neoplastic cells being much more active in the developmental cycle than normal cells, SCF, as such or in combination with other factors, acts as a growth factor for neoplastic cells and increases their susceptibility to the toxic effects of chemotherapeutic agents. The increased expression of SCF receptors in leukemia blasts is shown in Example 13.
Atliktas eilės rekombinantinių kraujodaros faktorių tyrimas, nustatant jų sugebėjimą sumažinti kritinį leukocitų sumažėjimą, įvykstantį dėl chemoterapijos ir radiacinės chemoterapijos. Nors šie faktoriai yra pakankamai naudingi šioje aplinkoje, egzistuoja ankstyvasis kraujodaros atsiskyrimas, kuris pažeistas ypač spinduliavimu, turi būti pakartotinai atnaujintas anksčiau, negu šie vėlesni augimo faktoriai pasireikš optimaliu veikimu. Vieno ar kartu su šiais faktoriais SCF naudojimas papildomai sumažina ar eliminuoja kritinį leukocitų ir trombocitų sumažėjimą, iššauktą chemoterapinio ar radiacinio poveikio. Be to, SCF įgalina padidinti antineoplatinio ar apšvietimo režimo dozę (19 pvz.).A series of recombinant hematopoietic factors have been investigated to determine their ability to reduce critical leukocyte depletion due to chemotherapy and radiation chemotherapy. While these factors are useful enough in this environment, there is an early hematopoietic detachment that is damaged in particular by radiation, and must be restarted before these later growth factors will return to optimal functioning. The use of SCF alone or in combination with these factors further reduces or eliminates the critical reduction in leukocytes and platelets caused by chemotherapy or radiation. In addition, SCF enables the dose to be increased in antineoplastic or illumination mode (Ex. 19).
SCF yra naudingas ankstyvųjų kraujodaros pirmtakų išplėtimui singeninėje, alogeninėje ar antologinėje kaulų čiulpų transplantacijoje. Buvo parodyta, kad kraujodaros augimo faktorių panaudojimas pratęsia neutrofilinio audinio atsistatymą po transplantacijos (Donahvvu ir kt. Nature, 1986, 321 t., 872-875 psl. ir VVelt ir kt. J.Exp.Med. 1987, 165 t., 941-948 psl.). Kaulų čiulpų transplantacijai naudojami tokie trys scenarijai, vieni ar kartu: a) donoras apdorojamas vienu SCF ar kartu su kitais kraujodaros faktoriais iki kaulų čiulpų išsiurbimo ar periferinės kraujo leukoferozės tam, kad padidinti ląstelių, tinkančių transplantacijai, kiekį; b) kaulų čiulpai apdorojami ne organizme tam, kad juos aktyvuoti ar padidinti ląstelių skaičių iki transplantacijos; ir c) recipientas apdorojamas siekiant sustiprinti donoro kaulų čiulpų priėmimą.SCF is useful for the expansion of early hematopoietic precursors in singenic, allogeneic, or anthologic bone marrow transplantation. The use of hematopoietic growth factors has been shown to prolong neutrophil tissue repair after transplantation (Donahvvu et al., 1986, 321 vol., 872-875 and Velt et al., J.Exp.Med. 1987, 165 vol. 941 Page -948). For bone marrow transplantation, the following three scenarios, alone or in combination, are used: (a) the donor is treated with a single SCF or with other hematopoietic factors prior to bone marrow extraction or peripheral blood leukapherosis to increase the number of cells suitable for transplantation; (b) the bone marrow is treated outside the body to activate it or to increase the number of cells before transplantation; and (c) the recipient is treated to enhance donor bone marrow acceptance.
SCF faktorius naudojamas kraujodaros kamieninių ląstelių efektyvumo genetinėje terapijoje, transfekcijos pagrindu (arba infekcijos su retrovirusiniu vektoriumi) sustiprinimui. SCF galima kultivuoti ir multiplikuoti ankstyvąsias kraujodaros pirmtakų ląsteles, kurios tinkamos transfekcijai. Kultūra gali būti padaroma su vienu SCF ar kartu su IL-6, IL-3 arba ir su tuo ir kitu. Po transfekcijos šios ląstelės supilamos į kaulų čiulpų transplantus pacientams, nukentėjusiems dėl genetinių pažeidimų (Lim, Prs, Nali, Acad. Sci. 1989, 86 t., 8892-8896 psl.). Genai, kurie naudojami gydant genetinius pažeidimus yra: adenozin-deaminazė, glikocerebrozidazė, hemoglobinas ir cistinė fibriozė.The SCF factor is used in the genetic therapy of hematopoietic stem cells to enhance transfection (or infection with a retroviral vector). SCF can cultivate and multiply early hematopoietic progenitor cells suitable for transfection. The culture can be done with one SCF or with IL-6, IL-3, or both. Following transfection, these cells are harvested into bone marrow grafts in patients affected by genetic damage (Lim, Prs, Nali, Acad. Sci. 1989, 86, pp. 8892-8896). The genes used to treat genetic lesions are: adenosine deaminase, glycocerebrosidase, hemoglobin, and cystic fibrosis.
SCF naudojamas gydant imunodeficitą (AIDS) ar sunkias kombinuotas būkles, kaip toks arba kartu su kitais faktoriais, tokiais kaip IL-7 (žr. 14 pvz.). Tokio efekto iliustracija yra SCF terapijos sugebėjimas padidinti absoliutų cirkuliuojančių limfocitų T-helperių (CD4, OKT4) lygį. Šios ląstelės yra pirmi ląsteliniai taikiniai žmogaus imunodeficito viruso (HIV), privedančio prie imunodeficito būklės pacientus su AIDS (Montanier knygoje Nima T-Ceff Leukemia a/Lumphoma virus, red. Galio, Cold spring harbor, Nevv Yor, 1984 369-370 psl.). Papildomai, SCF naudojamas kaip priešnuodis mielosupresiniam anti-HIV medikamentų, tokių kaip azidotimedinas (AZD), veikimui (Gogi, Life Sci. 1989, 451., Nr4).SCF is used in the treatment of immunodeficiency (AIDS) or severe combination conditions as such or in combination with other factors such as IL-7 (see Example 14). An illustration of this effect is the ability of SCF therapy to increase absolute levels of circulating lymphocyte T-helper (CD4, OKT4). These cells are the first cellular targets of the human immunodeficiency virus (HIV) leading to immunodeficiency patients with AIDS (Montanier, Nima T-Ceff Leukemia a / Lumphoma virus, ed. Galio, Cold spring harbor, Nevv Yor, 1984, pp. 369-370). ). In addition, SCF is used as an antidote to the myelosuppressive action of anti-HIV medications such as azidothymidine (AZD) (Gogi, Life Sci. 1989, 451, No. 4).
SCF naudojamas kraujodaros sugebėjimams atsistatyti po stipraus nukraujavimo, sustiprinimui.SCF is used to enhance hematopoiesis recovery after severe bleeding.
Gyvo organizmo apdorojimas SCF naudojamas kaip reimunizacija imuninės sistemos kovoje su neoplazija (vėžiu). Terapeutinės naudos tiesioginio imuninės funkcijos sustiprinimo su neseniai klonuotu citokinu (IL-2) pavyzdys aprašytas (Rozenbergo ir kt., N.Eng.J.Med., 1987, 3131., 1485).Treatment of a living organism with SCF is used as a reimmunization of the immune system in the fight against neoplasia (cancer). An example of a therapeutic benefit of direct enhancement of immune function with a recently cloned cytokine (IL-2) is described (Rosenberg et al., N.Eng.J.Med., 1987, 3131, 1485).
SCF įvedimas su kitais agentais, tokiais kaip vienu ar keliais kraujodaros faktoriais, vykdomas palaipsniui arba iš karto. Iki apdorojimo SCF, padidinamas pirmtakų kiekis, kas įgalina terminalinį veikiantį faktorių, tokį kaip C-CSF ar EPO. Jvedimo būdas gali būti intraveninis, į pilvą, po oda ar į raumenis.Administration of SCF with other agents, such as one or more hematopoietic factors, is effected gradually or immediately. Pre-treatment with SCF increases the amount of precursors which enables a terminal acting factor such as C-CSF or EPO. The route of administration may be intravenous, intraperitoneal, subcutaneous or intramuscular.
Šis išradimas taip pat apima antikūnus specifiškai surišančius kamieninių ląstelių faktorių. Žemiau 7 pvz. aprašoma polikloninių antikūnų gamyba. Papildomas išradimo įgyvendinimas yra monokloniniai antikūnai, specifiškai surišantys SCF (žr.20 pvz.). Skirtingai nuo tradicinių (polikloninių) antikūnų preparatų, kurie paprastai apima įvairius antikūnus, nukreiptus prieš įvairius determinantus (epitopus), kiekvienas monokloninis antikūnas nukreiptas prieš vienintelį determinuotą antigeną. Monokloniniai antikūnai naudojami pagerinti diagnostinių ir analitinių metodų selekcijai ir specifiškumui, naudojant antigeno-antikūno surišimą. Be to, jie naudojami neutralizacijai ar SCF pašalinimui iš plazmos. Antras monokloninių antikūnų pranašumas yra tas, kad jie gali būti susintetinti naudojant hibridines ląsteles kultūroje, neužterštoje kitais imunoglobulinais. Monokloniniai antikūnai gali būti paruošiami iš kultivuotų hibridomos ląstelių nuosėdų skysčio arba iš ascitų, indukuotų pelių pilvo ertmėje hibridominių ląstelių inokuliatu. Ši hibridominė metodika aprašyta pirmiausiai Kelero ir Milšteino (Eug.J.lmmun. 1976. 6 t., 511-519 psl.), plačiai buvo naudojama hibridinėms ląstelių linijoms, kurios išskiria didelės koncentracijos antikūnius prieš daugybę specifinių antigenų, gamybai.The present invention also encompasses antibody-specific stem cell factor binding. Below 7 e.g. describes the production of polyclonal antibodies. A further embodiment of the invention are monoclonal antibodies that specifically bind to SCF (see Example 20). Unlike traditional (polyclonal) antibody preparations, which typically include various antibodies directed against various determinants (epitopes), each monoclonal antibody is directed against a single determinant antigen. Monoclonal antibodies are used to improve the selection and specificity of diagnostic and analytical methods using antigen-antibody binding. In addition, they are used for neutralization or removal of SCF from plasma. A second advantage of monoclonal antibodies is that they can be synthesized using hybrid cells in culture not contaminated with other immunoglobulins. Monoclonal antibodies can be prepared from cultured hybridoma cell pellet fluid or from ascites induced by mouse hybridoma cell inoculum. This hybridoma technique is described in particular by Keller and Milstein (Eug.J.lmmun. 1976, Vol. 6, pp. 511-519), and has been used extensively for the production of hybrid cell lines that express high concentrations of antibodies to a number of specific antigens.
Sekantys pavyzdžiai taikomi išradimo pilnesnei iliustracijai, tačiau neapribojant išradimo apimties.The following examples are intended to illustrate the invention in greater detail, but are not intended to limit the scope of the invention.
pavyzdys.example.
Kamieninių ląstelių, gautų iš Bufalo žiurkės kepenų ląstelių kondicinės terpės, faktoriaus valymas/charakterizavimas.Purification / Characterization of Stem Cells Derived from Buffalo Rat Liver Cell Conditioning Medium.
A. Biologiniai bandymai ne organizme.A. Non-biological tests.
1. HPP-SCF bandymas1. HPP-SCF Test
Egzistuoja daugybė biologinių aktyvumų, kurie gali būti priskirti natūraliam žiurkės SCF faktoriui, o taip pat rekombinantiniam žiurkės baltymui SCF. Vienas iš tokių aktyvumų yra jo poveikis ankstyvosioms kraūjodaros ląstelėms. Šis aktyvumas gali būti išmatuotas analizuojant ląsteles, kurios sudaro kolonijas su aukštu dauginimosi potencialu (HPP-SCF) (Scebo ir kt., cit. aukščiau, 1988). Faktorių efektų ankstyvosiose kraūjodaros ląstelėse tyrimui, HPP-SCF sistemoje, naudojami pelių kaulų čiulpai, paimti iš gyvūnų praėjus dviems paroms po apdorojimo 5-fluoruracilu (5-FU). Chemoterapinis medikamentas 5-FU selektyviai alina vėlesniuosius kraūjodaros pirmtakus, dėl ko galima ankstyvųjų pirmtakų ląstelių detekcija ir faktoriai, kurie pasižymi tokių ląstelių veikimu. Žiurkės SCF užneša ant pusiau kietų agarizuotų kultūrų esant CF-1 ar IL-6. Agarizuotos kultūros turi pilną MakKoiso terpę (D1BCO), 30% jaučio serumo, 0.3% agaro ir 2.105/ml kaulų čiulpų ląstelių. Pilna MakKoiso terpė susideda iš: 1xMakKois terpė, papildyta 0.1 mM piruvato, 0.24x būtinomis aminorūgštimis, 0.24x nebūtinomis aminorūgštimis, 0.027% natrio bikarbonatu, 0.24x vitaminais, 0.72 mM glutaminu, 25 pg/ml serinu ir 12 pg/ml L-asparaginu. Kaulų čiulpų ląstelės buvo gautos iš Balb/c pelių, kurioms buvo daromos 150 mg/kg 5-fluoruracilo injekcijos. Kaulus išėmė praėjus 2 paroms po apdorojimo 5-FU, ir iš jų išplovė kaulų čiulpus. Raudonos kraujuotos ląstelės iki patalpinimo ant plokštelių, buvo lizuojamos raudonųjų kraujo kūnelių ūžavimo reagentu (firma Bekton Dikenson). Tiriamąją medžiagą patalpino į 30 mm lėkšteles su klampiu mišiniu. Po 14 parų skaičiavo kolonijas (didesnes kaip 1 mm diametro), kurios turi tūkstančius ląstelių. Šis bandymas buvo naudotas gryninant natūralų, gaminamą žinduolių, žiurkės SCF faktorių.There are many biological activities that can be attributed to the natural rat SCF factor as well as to the recombinant rat protein SCF. One such activity is its effect on early haematopoietic cells. This activity can be measured by assaying cells that form colonies with high proliferation potential (HPP-SCF) (Scebo et al., Supra, 1988). Mouse bone marrow taken from animals two days after treatment with 5-fluorouracil (5-FU) was used to investigate the effects of factor in early hematopoietic cells in the HPP-SCF system. The chemotherapeutic drug 5-FU selectively diminishes the subsequent precursors of hematopoiesis, leading to the detection of early precursor cells and factors that are involved in the activity of such cells. Rats are loaded with SCF on semi-solid agarized cultures in the presence of CF-1 or IL-6. Agarized cultures contain complete MakKois medium (D1BCO), 30% bovine serum, 0.3% agar and 2.10 5 / ml bone marrow cells. Complete MakKois medium consists of: 1xMakKois medium supplemented with 0.1 mM pyruvate, 0.24x essential amino acids, 0.24x optional amino acids, 0.027% sodium bicarbonate, 0.24x vitamins, 0.72 mM glutamine, 25 pg / ml serine and 12 pg / ml L-asparagine . Bone marrow cells were obtained from Balb / c mice injected with 150 mg / kg 5-fluorouracil. Bones were removed 2 days after treatment with 5-FU and the bone marrow was washed out. The red blood cells were lysed with red blood cell lysis reagent (Bekton Dikenson) prior to plating. The test substance was placed in 30 mm plates with a viscous mixture. After 14 days, he counted colonies (> 1 mm in diameter) containing thousands of cells. This assay was used to purify a natural, mammalian, rat SCF factor.
Tipiniu tyrimo atveju žiurkės SCF iššaukia proliferaciją maždaug 50 HPPCSF/200000 ląstelių. Žiurkės SCF pasižymi sinergetiniu veikimu pelių kaulų čiulpų ląstelėms, apdorotoms 5-FU; HPP-SCF kolonijos negalėjo susiformuoti esant vieninteliams faktoriams, tačiau kartu su SCF ir SCF-1, ir IL-6 šiame bandyme turėjo aktyvumą.In a typical assay, rat SCF induces proliferation of approximately 50 HPPCSF / 200000 cells. Rat SCF exhibits synergistic activity on murine bone marrow cells treated with 5-FU; HPP-SCF colonies were unable to form in the presence of single factors but had activity along with SCF and SCF-1 and IL-6 in this assay.
2. MC/9 tyrimas2. MC / 9 Study
Kitas naudingas tiek gamtinės, tiek rekombinantinės kilmės žiurkės SCF biologinis aktyvumas yra sugebėjimas iššaukti pelių vaisinių ląstelių linijos, priklausančios nuo IL4, MC/9 (ATCC CRL 8306), proliferaciją. MC/9 ląstelės buvo kultivuotos su IL-4 šaltiniu, pagal protokolą ATCC CRL 8306. Šiame biologiniame bandyme naudojama terpė buvo RPML 1640, 4% jaučio serumo, 5.10'5 mol/l 2-merkaptoetanolio ir 1x glutamin-penstrap. MC/9 ląstelės greitai dauginosi paveikus SCG, nereikalaudamos kitų augimo faktorių. Ši proliferacija išmatuojama pirmiausiai ląsteles kultivuojant 24 vai. be augimo faktoriaus, po to esant po 5000 ląstelių kiekvienoje iš 96 plokštelės duobučių ir su tiriamuoju pavyzdžiu kultivuojant 48 vai., purtant 4 vai. su 0.5 3H-timidinu (santykinis aktyvumas 20 kiuri/mmol).Po to tirpalą išpylė ant stiklo pluošto filtro ir po to išmatavo specifinį radioaktyvumą. Šis bandymas buvo naudojamas valant žiurkės SCF, gautą iš žinduolių ląstelių po ACA 54 gel-filtracijos stadijos, žr. šio pavyzdžio 2 skyrių. Paprastai, SCF iššaukia 4-10 kartinį CPM augimą lyginant su fonu.Another beneficial biological activity of SCF in both naturally occurring and recombinant rats is the ability to induce the proliferation of a murine fetal cell line dependent on IL4, MC / 9 (ATCC CRL 8306). MC / 9 cells were cultured with an IL-4 source, according to protocol ATCC CRL 8306. The medium used in this bioassay was RPML 1640, 4% bovine serum, 5.10 ' 5 mol / L 2-mercaptoethanol, and 1x glutamine penstrap. MC / 9 cells multiplied rapidly upon exposure to SCG without the need for other growth factors. This proliferation is measured first by culturing the cells for 24 hours. growth factor-free, followed by 5,000 cells in each of 96 wells and cultured with the test sample for 48 hours with shaking for 4 hours. with 0.5 3 H-thymidine (relative activity 20 kuri / mmol). The solution was then spilled onto a glass fiber filter and the specific radioactivity was then measured. This assay was used to purify rat SCF derived from mammalian cells after the ACA 54 gel filtration step, cf. see section 2 of this example. Typically, SCFs cause 4-10 fold increase in CPM over background.
3. CFU-GM3. CFU-GM
Žinduolių išvalyto SCF, tiek gamtinės kilmės tiek rekombinantinio, veikimas nepriklausomai nuo trukdančių faktorių, stimuliuojančių kolonijas (CSFs), buvo įvertinama ant normalių neišsekintų pelės kaulų čiulpų. SCF veikimo ant normalių kaulų čiulpų bandymui buvo naudotas CFU-GM (Broksmeer ir kt., Exp. Hemat. 1977 5 t., 87 psl). Trumpiau, bendras kaulų čiulpų ląstelių kiekis po raudonųjų kraujo kūnelių lizavimo patalpinamas ant pusiau kietos agarizuotos kultūros, turinčios tiramąją medžiagą. Po 10 parų, skaičiavo kolonijų kiekį, turinčių klasterius iš daugiau kaip 40 ląstelių. Agarizuotos kultūros gali būti išdžiovintos ant stiklinių plokštelių, ir ląstelių morfologija gali būti nustatoma su specialiais histologiniais dažais.The activity of mammalian purified SCF, both naturally occurring and recombinant, independently of interfering factor colony stimulating agents (CSFs) was assessed in normal unexcavated mouse bone marrow. CFU-GM was used to test SCF activity on normal bone marrow (Broksmeer et al., Exp. Hemat. 5 vol. 1977, p. 87). Briefly, total bone marrow cell content after lysis of red blood cells is plated on a semi-solid agarized culture containing the test substance. After 10 days, counts of colonies containing more than 40 cells were counted. Agarized cultures can be dried on glass slides, and cell morphology can be determined with specific histological staining.
Ant normalių pelių kaulų čiulpų išvalytas žinduolių žiurkių SCF buvo labai potencialus SCF, stimuliuojantis kolonijų, turinčių nesubrendusių ląstelių, neutrofilų, makrofagų, eozinofilų ir megakariocitų augimą, nereikalaujant kitų faktorių. Iš 200 tūkst. ląstelių daugiau kaip 100 tokių kolonijų auga 10 parų laikotarpyje. Kaip žiurkių, taip ir žmogaus rekombinantinis SCF faktorius stimuliuoja eritroidinių ląstelių produkciją, kartu su EPO, žr. 9 pvz.In normal mouse bone marrow, purified mammalian SCF was a highly potent SCF, stimulating the growth of colonies containing immature cells, neutrophils, macrophages, eosinophils, and megakaryocytes, without requiring other factors. Out of 200 thousand more than 100 such colonies grow within 10 days. As in rat, recombinant human SCF stimulates the production of erythroid cells in combination with EPO; 9 example
B. Kondicinė terpėB. Conditioning medium
Bufalo žiurkės (BRI), iš Amerikos tipo kultūrų (ATCC CRI 1442), kepenų ląsteles SCF gamybai augino ant mikronešiklių 20-litrinėje perfuzinėje kultivavimo sistemoje. Šioje sistemoje buvo naudojamas Biolafit (modelis 1CC-20) fermentatorius, išskyrus tinklus, kurie buvo naudojami išlaikyti mikronešikliams ir vamzdeliai parūgštinimui. Tinklai, kurių porų diametras 75 ąm buvo saugomi nuo užsikimšimo mikronešiklių periodiškai prapučiant, tai atliekama reguliuojamų vožtuvų ir siurblių sistemos pagalba, valdoma ESM. Kiekvienas tinklas funkcionuoja kaip mitybinė terpė ir kaip derliaus surinkimo vieta. Tokia osciliruojančios srovės savybė įgalina tinklo darbą be užsikimšimo. Parūgštinimo padavimas buvo vykdomas per silikonines žarnas (50 pėdų/15.4 m ilgio, vidinis diametras 0.25 d/6,3 mm, sienelės storis 0.03 d/0.76 mm). ERL 3A ląstelių kultivavimui naudojama auginimo terpė buvo sudaryta iš minimalios terpės (Erlzo, F.Gibko druskomis), 2 mmol glutamino, 3 g/l gliukozės, 2.95 g/l triptozės fosfato, 5% jaučio serumo ir 5% veršiuko serumo. Galutinė terpė buvo tokia pati, išskyrus serumus. Reaktoriuje buvo 2 Citodex (Pharmacia) mikronešikliai, kurių koncentracija 5 g/l, ir buvo supilamas 3.109 ląstelių ERL 3A inokuliatas, išaugintas kratomuose buteliuose ir išskirtas tripsinizacija. Šioms ląstelėms leido prisijungti prie mikronešiklių ir 8 paras ant jų augti. Augimo terpę perfuzavo per reaktorių pagal gliukozės poreikį. Gliukozės koncentracija buvo palaikoma 1.5 g/l. Po 2 parų, reaktorių perfuzavo šešiais terpės, neturinčios serumo, tūriais, kad pasišalintų didžioji dalis serumo (baltymo koncentracija mažiau 50 mg/ml). Po to reaktorius dirbo integruotu režimu, kol gliukozės koncentracija nenukrito iki 2 g/l. Nuo šio momento reaktorius dirbo esant pastoviam perfuzijos greičiui, maždaug 10 l/per parą. pH buvo palaikomas 6.9±0.3, reguliuojant anglies dioksido padavimą. Ištirpusio deguonies koncentracija buo palaikoma 20% aukštesnė, negu prisotinant oru, kadangi pagal poreikį buvo paduodamas grynas deguonis. Temperatūra buvo palaikoma 37±0.5°C.Buffalo rats (BRI), from American-type cultures (ATCC CRI 1442), cultured liver cells for SCF production on microparticles in a 20-liter perfused culture system. The system used a Biolafit (Model 1CC-20) fermenter, except for the nets, which were used to retain the microfluidic acid and the tubes for acidification. Nets with a pore diameter of 75 µm were protected from clogging by the microfluidic system by periodic flushing through a system of adjustable valves and pumps controlled by the ESM. Each network functions as a nutrient medium and as a harvesting site. This property of oscillating current enables the network to work without clogging. Acidification was effected through silicone hoses (50 ft / 15.4 m long, 0.25 d / 6.3 mm internal diameter, 0.03 d / 0.76 mm wall thickness). The culture medium used for the cultivation of ERL 3A cells consisted of minimal medium (Erlz, F. Gibko salts), 2 mmol glutamine, 3 g / L glucose, 2.95 g / L tryptose phosphate, 5% bovine serum and 5% calf serum. The final medium was the same except for sera. The reactor contained 2 Citodex (Pharmacia) micronutrients at a concentration of 5 g / L and was charged with 3.10 9 cells of ERL 3A inoculum grown in shake vials and isolated by trypsinization. These cells were allowed to bind to microcarriers and grow on them for 8 days. The growth medium was perfused through the reactor according to glucose requirements. Glucose concentration was maintained at 1.5 g / l. After 2 days, the reactor was perfused with six volumes of serum-free medium to remove most of the serum (protein concentration less than 50 mg / ml). The reactor was then operated in an integrated mode until the glucose concentration dropped to 2 g / l. From this point on, the reactor was operating at a constant perfusion rate of about 10 l / day. The pH was maintained at 6.9 ± 0.3 by adjusting the carbon dioxide supply. Dissolved oxygen concentration was maintained at 20% higher than air saturation as pure oxygen was supplied as needed. The temperature was maintained at 37 ± 0.5 ° C.
Tokia nurodyta sistema generuoja maždaug 336 I kondicinės terpės, neturinčios serumo ir ją panaudoja kaip žaliavą gauti gamtiniam, gautam iš žinduolių ląstelių, žiurkės SCF faktoriui.Such a designated system generates approximately 336 I of serum-free medium and uses it as a raw material for natural mammalian cell derived rat SCF.
B. ValymasB. Cleaning
Visos valymo operacijos atliekamos 4° C temperatūroje, jeigu kitaip nenurodyta.All cleaning operations are performed at 4 ° C unless otherwise stated.
1. Anijoninė chromatografija ant DEAE celiuliozės1. Anion chromatography on DEAE cellulose
Kondicinę terpę, generuotą auginant BRI 3A ląsteles ir neturinčią serumo, skaidrina filtracijos būdu per 0.45 pm Sartokapsules (firma Sartorius). Keletą įvairių partijų (41 I, 27 I, 39 I, 30.2 I, 37.5 I ir 161 I) atskirai koncentruojama, diafiltruojama/buferiniais mainais ir vykdoma jonų mainų chromatografija ant DEAE-celiuliozės vienodai visoms partijoms. Po to DEAE-celiuliozės partijas apjungia ir toliau papildomai apdoroja kaip vieną pavyzdį, kaip B2-5. Iliustracijai aprašytas 41 I apdorojimas. Nufiltruotą kondicinę terpę koncentruoja iki 700 I, naudojant tangentinės srovės ultrafiltracijos įrenginius (firma Millipor Pellicon) su 4 kasetėmis polisulfonine (molek.masė 10000) membrana. Bendras membranos plotas -20kv.pėdų (1.8 m2), pratekėjimo greitis-1095 ml/min ir filtracijos greitis 250-315 ml/min. Po to vykdomi diafitraciniai/buferiniai mainai anijonų mainų chromatografijos aparate, pridedant į koncentratą 500 ml buferio (50 mmol/l) Tris-HCI pH-7.8. Tirpalą pakartotinai koncentruoja iki 500 ml, naudojant ultrafiltracijos įrenginius su tangentine srove ir šią procedūrą pakartoja dar 6 kartus. Galutinai koncentruotas/diafiltruotas preparatas gaunasi 700 ml tūrio. Šį preparatą paleidžia per anijonų mainų kolonėlę su DEAE-celiulioze (5x20.4 cm; derva DE-52, f.Batman), kurią privedė prie pusiausvyros 50 mmol/l Tris-HCl buferiu pH-7.8. jvedus mėginį į kolonėlę praplaunama 2050 ml Tris-HCl buferiu ir įvedamas druskų gradientas (0-300 mmol/l natrio chlorido Tris-HCl buferyje, bendras tūris 4I). Frakcijos imamos po 15 ml esant tekėjimo greičiui 167 ml/val. Chromatograma parodyta Fig.1. Kolonų skaičius atitinka biologinį aktyvumą HPP-CCF bandyme. Tiriama nurodytų frakcijų 100 μΙ. Šioje Fig.1 pieš. neparodytos frakcijos, paimtos įvedant mėginį į kolonėlę ir praplauta frakcija. Jos neturėjo biologinio aktyvumo.Conditioning media generated by culturing BRI 3A cells and serum free are clarified by filtration through 0.45 pm Sartocapsules (Sartorius company). Several different batches (41 I, 27 I, 39 I, 30.2 I, 37.5 I and 161 I) are individually concentrated, diafiltered / buffer exchange and subjected to ion exchange chromatography on DEAE-cellulose in the same manner for all batches. The DEAE-cellulose batches are then combined and further processed as a single sample, such as B2-5. 41 I treatment is described for illustration. The filtered conditioning medium is concentrated to 700 L using a tangential current ultrafiltration unit (Millipor Pellicon) with 4 cartridges with a polysulfonic (10,000 molecular weight) membrane. Total membrane area is -20 square feet (1.8 m 2 ), flow rate is 1095 ml / min and filtration rate is 250-315 ml / min. Diafitration / buffer exchange was then performed on an anion exchange chromatography apparatus by adding 500 ml buffer (50 mmol / l) Tris-HCl pH-7.8 to the concentrate. Concentrate the solution to 500 ml using a tangential stream ultrafiltration apparatus and repeat this procedure 6 more times. The final concentrated / diafiltered preparation yields a volume of 700 ml. This preparation was run through an anion exchange column with DEAE-cellulose (5x20.4 cm; DE-52 resin, Batman), equilibrated in 50 mM Tris-HCl buffer pH 7.8. After the sample is applied to the column, the column is washed with 2050 ml Tris-HCl buffer and a salt gradient (0-300 mmol / l sodium chloride in Tris-HCl buffer, total volume 4I) is introduced. Fractions are taken at 15 ml at a flow rate of 167 ml / h. The chromatogram is shown in Fig.1. The number of columns corresponds to the biological activity in the HPP-CCF assay. Investigate 100 μΙ of the specified fractions. In this Figure 1. unfractionated fractions taken by column loading and flushed fraction. They had no biological activity.
Visų kondicinės terpės partijų po koncentravimo, diafiltracinių/buferinių mainų ir anijonų mainų chromatografijos charakteristikos buvo identiškos. Šių partijų baltymų koncentracija nustatyta pagal Bredfordo metodą (Apl.Bioch. 1976, 72 t., 248-254 psl.) su jaučio serumo baltymu, kaip standartu, ir sudarė nuo 30 iki 50 gg/ml. Bendras kondicinės terpės, naudojamos šiam preparatui, tūris buvo apie 336 μ\.The post-concentration, diafiltration / buffer exchange, and anion exchange chromatographic characteristics of all batches of conditioned media were identical. Protein concentrations in these batches were determined according to the Bradford method (Apl. Bioch. 1976, 72 vol., Pages 248-254) with bovine serum protein as a standard and ranged from 30 to 50 µg / ml. The total volume of the conditioning medium used for this preparation was about 336 μ \.
2. Gel-filtracinė chromatografija ACA 542. Gel-filtration chromatography ACA 54
Apjungiamos frakcijos, turinčios biologinį aktyvumą pagal naudotą metodą ant DEAE-celiuliozės kolonėlės. Kiekvienai iš šešių kondicinės terpės partijų, aptartų aukščiau (pvz., frakcija 87-1114, pavaizduota Fig.1.), ir koncentruoja iki sumarinio tūrio 74 ml, naudojant maišomas Amikon kiuvetes ir membranas UM 10. Ši medžiaga paduodama ant gel-filtracinės ACA 54(firma EKB) kolonėlės (Fig.2.) privestos iki pusiausvyros Tris-HCl buferiu (50mmol/l), 50mmol/l natrio chloridu esant pH-7.4. Frakcijos imamos po 14 ml, esant tekėjimo greičiui 70 ml/val. Dėl to, kad inhibiciniai faktoriai eliuuojasi kartu su aktyviomis frakcijomis, aktyvumo pikas (HPP-CSF kolonijų skaičius) pasidaro išskaidytas. Tačiau pagal ankstesnes chromatogramas, bedras eliuatų aktyvumas koreliuoja su pagrindiniu baltymų piku ir todėl šios frakcijos apjungiamos.Fractions containing the biological activity according to the method used on the DEAE-cellulose column are pooled. For each of the six batches of conditioning media discussed above (e.g., fraction 87-1114 in Figure 1) and concentrated to a total volume of 74 mL using agitated Amikon cuvettes and membranes in UM 10. This material is fed onto a gel filtration ACA. 54 (EKB) columns (Fig.2) were equilibrated with Tris-HCl buffer (50mmol / l), 50mmol / l sodium chloride at pH 7.4. Fractions are taken at 14 ml at a flow rate of 70 ml / h. Due to the elution of inhibitory factors with the active fractions, the peak of activity (HPP-CSF colony count) becomes cleaved. However, according to previous chromatograms, the activity of the bulk eluates correlates with the major protein peak and therefore these fractions are pooled.
3. Chromatografija ant agliutinino (iš daigintu kviečiųj-agarozės.3. Chromatography on agglutinin (from sprouted wheat-agarose.
Frakcijos 70-112 iš gel-filtracinės kolonos ACA 54 buvo apjungtos (500ml). Gautą mišinį padalijo perpus, naudojant agliutinino (iš daigintų kviečių)-agarozės kolonėlę (5x24.5cm; derva iš E-U Labaratoris, San-Mateo, Kalifornia) (daigintų kviečių agliutininas turi atitinkamą angliavandenių struktūrą), privestą iki 20 mmol/l Tris-HCL buferio, 500 mmol/l natrio chlorido esant pH-7.4. Po mėginių įvedimo, kolonėlę praplauna maždaug 2200 ml kolonos buferiniu mišiniu, po to atliekamas surištosios medžiagos eliuavimas, paduodant N-acetil-D-gliukozamino 350mmol/l tirpalą, ištirpintą kolonos buferiniame tirpale, pradedant nuo 210 frakcijos (Fig.3.). Pila frakcijas po 13.25 ml esant tekėjimo greičiui 122 ml/val. Vieno chromatografijos bandymo rezultatai parodyti Fig.3. Frakcijų dalys, kurios buvo tiriamos, buvo dializuotos fiziologiniame tirpale su fosfatiniu buferiu. Dializės medžiagos (5 μΙ) tiriamos bandyme MC/( (Fig.3 duotos CPM reikšmės impulsai/min) ir po 10 μΙ HPP-SCF bandymui (Fig.3 parodyta kolonijų skaičius). Galima matyti, kad aktyvi medžiaga susiriša kolonoje ir eliuojasi Nacetil-D-gliukozaminu, tuo tarpu kai didžioji dalis priemaišų praeina per kolonėlę užnešant mėginius ir praplaunant.Fractions 70-112 from the ACA 54 gel filtration column were pooled (500ml). The resulting mixture was split in half using an agglutinin (sprouted wheat) -agarose column (5x24.5cm; resin from EU Labaratoris, San-Mateo, California) (sprouted wheat agglutinin has the appropriate carbohydrate structure) made up to 20 mmol / L Tris-HCL buffer, 500 mmol / l sodium chloride at pH 7.4. After sample application, the column is washed with approximately 2200 mL of column buffer, followed by elution of the bound material with a solution of N-acetyl-D-glucosamine 350mmol / L in column buffer starting at fraction 210 (Fig.3). Add fractions of 13.25 ml at a flow rate of 122 ml / h. The results of one chromatographic test are shown in Fig.3. Fractions of the fractions that were assayed were dialyzed in saline with phosphate buffer. Dialysis agents (5 μΙ) are assayed in MC / ((Fig.3 pulses per min CPM value) and 10 μΙ in HPP-SCF assay (Fig.3 shows colony count). The active substance can be seen to bind to the column and elute with Nacetyl -D-glucosamine, while most of the impurities are passed through the column by sampling and rinsing.
4. Greitos srovės katijonų mainų chromatografija ant S-sefarozės4. High-speed cation exchange chromatography on S-Sepharose
Frakcijos 211-225 iš agliutinino (iš daigintų kviečių)-agarozės chromatografijos, parodytos Fig.3 ir ekvivalenčios frakcijos iš antrojo bandymo buvo apjungtos (375ml) ir dializuotos 25 mmol/l natrio formiate pH 4.2. Siekiant sumažinti tokiu rūgščiu tirpalu veikimo laiką, dializė buvo atliekama 8 vai. Šio dializės periodo pabaigoje mėginio tūris buvo 480 ml, kai pH reikšmė ir mėginio pralaidumas buvo artimi dializės buferiui. Dializės metu mėginyje atsiranda nuosėdos. Jas pašalina centrifuguojant 30 min. 22000x9.8 m2/sek. Po centrifugavimo supernatantą įveda ant greitos srovės kolonėlės su S-sefaroze (3.3x10.25cm, derva fimos Pharmacia), kuri privedama natrio-fosfato buferiu. Esant tekėjimo greičiui 465 ml/val, paima frakcijas po 14.2 ml. Po mėginio padavimo kolonėlė praplaunama 240 ml kolonos buferiniu tirpalu ir eliuoja surištą medžiagą gradientu 0-750 mmol/l natrio chloridu (natrio chloridas ištirpintas kolonos buferyje; bendras gradiento tūris 2200 ml), pradedant nuo 45 frakcijos, Eliuavimo profilis parodytas Fig.4. j surinktas frakcijas įdeda 200 μΙ Tris (0.97mol/l) privedus jo pH iki 7-7.4. Impulsų skaičius per min. (CPM) taip pat parodytas rezultatu, gautu biologiniame bandyme MC/9. Nurodytų frakcijų dalys dializuojamos fiziologiniame tirpale su fosfatiniu buferiu ir 20 μΙ mėginį atiduoda bandymams. Iš Fig.4 galima matyti, kad didžioji dalis biologiškai aktyvios medžiagos praeina per koloną nesusirišusi. Priešingai, didesnė priemaišų dalis susiriša ir eliuojasi druskų gradientu.Fractions 211-225 from agglutinin (from sprouted wheat) -agarose chromatography shown in Fig. 3 and equivalent fractions from the second experiment were pooled (375ml) and dialyzed in 25 mM sodium formate pH 4.2. Dialysis was carried out for 8 hours to reduce the duration of action of this acidic solution. At the end of this dialysis period, the volume of the sample was 480 mL at pH and sample permeability close to the dialysis buffer. During dialysis, a precipitate appears in the sample. They are removed by centrifugation for 30 min. 22000x9.8 m 2 / sec. After centrifugation, the supernatant is applied to a high-speed column with S-Sepharose (3.3x10.25cm, resin fimos Pharmacia), which is added with sodium phosphate buffer. At a flow rate of 465 ml / h, take 14.2 ml fractions. After the sample is applied, the column is washed with 240 ml column buffer and eluted with a gradient of 0-750 mmol / l sodium chloride (sodium chloride dissolved in column buffer; total gradient volume 2200 ml) starting from fraction 45, elution profile is shown in Fig.4. Add 200 μΙ Tris (0.97 mol / l) to the collected fractions at pH 7-7.4. Number of pulses per minute (CPM) is also shown by the result obtained in the biological test MC / 9. Portions of the indicated fractions are dialyzed in saline with phosphate-buffered saline and 20 μΙ of the sample is given for testing. It can be seen from Fig.4 that most of the biologically active material passes through the column unbound. In contrast, most impurities bind and elute with a salt gradient.
5. Chromatografija panaudojant angliavandeniu dervas, surištas su silikagėliu5. Chromatography on hydrocarbon resins bound to silica gel
Frakcijos 4-40 iš kolonėlės su S-sefaroze (Fig.4) apjungia, gaudami 540 ml mišinio. 450 ml šio mišinio su tokiu pačiu buferio kiekiu (25% amonio acetato /100 mmol /1 / + 75 % izopropilo alkoholio) leidžia srove 540 ml/val greičiu per C4 kolonėlę (Vidac Proteis C4; 2.4x2 cm), kuri privesta A buferiu (62.5% amonio acetato (60 mmol/l+37.5% izopropanolio). Jvedus mėginius, tekėjimo greitj sumažina iki 154 ml/val ir koloną praplauna 200 ml A buferio. Po to veikiama linijiniu gradientu nuo bufero A iki buferio B (bendras tūris 140 ml) ir surenka frakcijas po 9.1 ml. Mišinio porcijas, gautas po kolonėlės su S-sefaroze, kolonėlės C4 pavyzdys, praėjusį mišinj ir praplautą mišinį priveda iki jaučio serumo baltymų kiekio 40 pg/ml, pridedant atitinkamus tūrius žaliavinio tirpalo 1 mg/ml ir produktas dializuojamas fiziologiniu tirpalu fosfatiniame buferyje. Analogiškai, gradiento frakcijų alikvotos po 40 μΙ apjungia su 360 μΙ fiziologinio tirpalo su fosfatiniu buferiu, turinčiu 16 mg jaučio serumo baltymo ir šį mišinį dializuoja fiziologiniame tirpale su fosfatiniu buferiu. Šios skirtingos frakcijos analizuojamos MC/9 bandyme (alikvotos po 6.3 μΙ paruoštų gradiento frakcijų; impulsų skaičius per min.-žr Fig.5). Bandymo rezultatai rodo, kad maždaug 75% aktyvios medžiagos yra praeinančioje ir praplovimo frakcijose, o 25% gradiento frakcijose, parodytose Fig.5. SDS-PAGE (Laemli Nature, 1970, 227 t., 680-685 psl.) koncentruojantys geliai turi 4% akrilamido, o skiriamieji geliai-12.5% akrilamido (skirtingų frakcijų alikvotos parodytos Fig.6). Demonstruojamų gelių alikvotų pavyzdžius džiovino vakuume ir po to pakartotinai ištirpino, naudojant 20 μΙ pavyzdžio apdoroto buferio (neredukuojantis, t.y. be 2-merkaptoetanolio) ir virino 5 min. prieš užnešant j gelį. A ir B juostos atitinkamai atvaizduoja žaliavinę kolonos medžiagą (75 μΙ iš 890 ml) ir praėjusią frakciją (75 μΙ iš 880 ml).Fractions 4-40 from the column are combined with S-Sepharose (Fig. 4) to give 540 ml of the mixture. 450 ml of this mixture, with the same amount of buffer (25% ammonium acetate / 100 mmol / l / + 75% isopropyl alcohol), is flushed through a C4 column (Vidac Proteis C4; 2.4x2 cm) at 540 ml / h which is fed with buffer A (62.5% Ammonium acetate (60 mmol / l + 37.5% isopropanol). After sampling, the flow rate is reduced to 154 ml / h and the column is flushed with 200 ml of buffer A followed by a linear gradient from buffer A to buffer B (total volume 140). ml) and collect fractions of 9.1 ml Portions of the mixture obtained after the S-Sepharose column, Sample C4, bring the final mixture and the elution mixture to 40 pg / ml of bovine serum protein by adding the appropriate volumes of 1 mg / ml crude solution and Similarly, aliquots of gradient fractions of 40 μΙ are combined with 360 μΙ of phosphate buffered saline containing 16 mg of bovine serum protein and dialyzed against physiological saline. e in phosphate buffered saline These different fractions are analyzed in MC / 9 assay (aliquots of 6.3 μΙ of gradient fractions prepared; number of pulses per min-see Fig.5). The test results show that approximately 75% of the active substance is in the passing and wash fractions and 25% in the gradient fractions shown in Fig. 5. Concentrating gels on SDS-PAGE (Laemli Nature, 1970, 227, pp. 680-685) contain 4% acrylamide and resolution gels contain 12.5% acrylamide (aliquots of different fractions are shown in Fig.6). Aliquots of the gels to be demonstrated were dried under vacuum and then re-dissolved using 20 μΙ of sample treated buffer (non-reducing, i.e., no 2-mercaptoethanol) and boiled for 5 min. before applying the gel. Lanes A and B represent the crude column material (75 μΙ of 890 mL) and the eluted fraction (75 μΙ of 880 mL), respectively.
Kairiojoje figūros dalyje sunumeruoti žymėjimai rodo migracinę padėtį markerių (sumažinti), turinčių molekulinį svorį 103 didesnį už nurodytus numerius. Šie markeriai yra fosforilazė (mol. sv. 97400), jaučio serumo baltymas (mol. sv. 66200), kiaušinio baltymas (mol. sv. 42700), anglies anhidrazė (mol. sv. 31000), sojos tripsino inhibitorius (mol.sv. 21500) ir lizocimas (mol. sv. 14400). 4-9 juostos atitinka fakcijas, paimtas po gradiento (60 μΙ iš 9.1 ml). Gelis buvo nudažytas sidabru (Morisey, Anai. Bioch. 1981, 117 t., 307-310 psl.). Galima iš A ir B juostų palyginimo matyti, kad didžioji medžiagos dalis kuri gali nusidažyti, praeina per koloną. Nudažyta 4-6 frakcijų medžiaga truputį aukščiau ir žemiau esančiose dalyse mol sv. 31000- standartas-pagal biologinį aktyvumą sutampa su frakcijų gradientu (5 pieš.) ir yra biologiškai aktyvi medžiaga. Būtina pažymėti, kad ši medžiaga vizualiai matosi 4-6 juostose, bet ne A ar B todėl, kad daug didesnė dalis nuo bendro tūrio (0.66% nuo 4-6 frakcijų sumos, prieš 0.0084% nuo sumos A ir B) buvo užkrauta pirmu atveju. Iš šios kolonos 4-6 frakcijos buvo apjungtos.The numbered notations in the left part of the figure indicate the migration position of markers (reduced) having a molecular weight of 10 3 higher than the indicated numbers. These markers are phosphorylase (mol. Wt. 97400), bovine serum protein (mol. Wt. 66200), egg protein (mol. Wt. 42700), carbonic anhydrase (mol. Wt. 31000), soy trypsin inhibitor (mol.sv. . 21500) and lysozyme (mol. Wt. 14400). Lanes 4-9 correspond to the facies taken after the gradient (60 μΙ of 9.1 mL). The gel was stained with silver (Morisey, Ann. Bioch. 1981, 117 vol., Pp. 307-310). Comparison of the A and B strips shows that most of the material that can be colored passes through the column. Colored material of 4-6 fractions slightly above and below in mol. The 31000-standard-based on biological activity coincides with the fractional gradient (Figure 5) and is a biologically active substance. It should be noted that this material is visually visible in lanes 4-6, but not in A or B because a much larger proportion of the total volume (0.66% of the sum of fractions 4-6, versus 0.0084% of the sum of A and B) was loaded in the first case. . From this column, 4-6 fractions were pooled.
Kaip buvo minėta anksčiau, maždaug 75% išaiškinto aktyvumo praeina per koloną C4 (Fig.5). Ši medžiaga buvo pakartotinai valyta chromatografiškai naudojant C4 dervą, praktiškai tokią, kaip aprašyta aukščiau, išskyrus tai, kad buvo naudojama daug didesnė kolona (1.4x7.8 cm) ir sumažintas srovės tekėjimo greitis (50-60 ml/val.) Maždaug 50% išaiškinto aktyvumo turėjo praeinanti frakcija ir 50% gradiento frakcija, kas yra analogiška SDS-PAGE aktyvioms gradiento frakcijoms bandyme, (Fig.6) Aktyvios frakcijos buvo apjungtos (29 ml).As previously mentioned, approximately 75% of the elicited activity passes through the C4 column (Fig. 5). This material was repeatedly purified by chromatography on C4 resin, practically as described above, except that a much larger column (1.4x7.8 cm) was used and the flow rate was reduced (50-60 mL / h) by about 50%. the eluted fraction had a passing fraction and a 50% gradient fraction analogous to SDS-PAGE active gradient fractions in the assay, (Fig.6) The active fractions were pooled (29 mL).
Analitinė kolonėlė C4 praktiškai dirbo kaip ir aprašyta, gi frakcijos buvo ištirtos abiem biologiniais metodais. Kaip parodyta Fig.7, frakcijų, iš šios analitinės kolonos, biologiniai aktyvumai MC/9, o taip pat HPP-CSF eliuojasi analogiškai. Esant SDS-PAGE analizei (Fig.8) buvo išaiškintas baltymo, kurio molekulinis sv. 31000, kolonos frakcijoje buvimas, kuris ir sulaiko medžiagą, turinčią biologinį aktyvumą abiejuose bandymuose.Analytical column C4 worked in practice as described, and fractions were analyzed by both biological methods. As shown in Figure 7, the biological activities of the fractions from this analytical column are eluted in MC / 9 as well as in HPP-CSF. SDS-PAGE analysis (Fig.8) revealed the presence of a protein with molecular weight. 31000, the presence of a column fraction which also retains the substance having biological activity in both assays.
Aktyvi medžiaga, atitinkanti antrą (santykinai mažesnį) aktyvumo piką, registruotą chromatografijoje ant S-sefarozės (pvz. Fig.4, 62-72 frakcijos, ankstyvosios frakcijos druskų gradiente) taip pat buvo išvalyta C4 chromatografijos metodu. Ji pademonstravo tokias pačias charakteristikas ant SDS-PAGE ir turėjo tokią pačią Ngalo amino rūgščių seką (žr. 2D pvz.), kaip ir medžiaga, gauta C4 chromatografijoje iš praeinančių frakcijų ant S-sefarozės.The active substance corresponding to the second (relatively lower) peak of activity recorded by chromatography on S-Sepharose (e.g. Fig. 4, fractions 62-72, early fraction in salt gradient) was also purified by C4 chromatography. It exhibited the same characteristics on SDS-PAGE and had the same Ngal amino acid sequence (see Example 2D) as the material obtained by C4 chromatography from the passing fractions on S-Sepharose.
6. Valymo reziumė6. Summary of cleaning
Aprašytos aukščiau 1-5 apibendrintos valymo stadijos pateiktos 2 lentelėje.The purification steps summarized above 1-5 are given in Table 2.
lentelėtable
Žinduolių CSF faktoriaus valymo apibendrinti duomenysSummary data for mammalian CSF factor purification
StadijaStage
Turis, mlTuris, ml
Baltymo kiekis, mg5 Protein content, mg 5
Pateiktos reikšmės rodo dydžių sumą skirtingoms partijoms, aprašytoms tekste.The values shown represent the sum of the sizes for the different batches described in the text.
2Kaip aprašyta aukščiau pavyzdyje, aptarta medžiaga, kuri pasirodo preparate, skirtame chromatografijai ant S-sefarozės šio pavyzdžio dializės eigoje, buvo pašalinta centrifuguojant. Po centrifugavimo pavyzdys turėjo maždaug 264mg baltymo. 2 As described in the example above, the material that appears in the preparation for chromatography on S-Sepharose during dialysis of this example was removed by centrifugation. After centrifugation, the sample contained approximately 264 mg of protein.
3Aktyvių gradiento frakcijų iš dviejų bandymų ant C4 kolonos suderinimas paeiliui, kaip ir aprašyta. 3 Sequential alignment of active gradient fractions from two runs on C4 column as described.
4Sekančioje stadijoje (šis pvz. aukščiau) buvo naudota tik 450 ml šios medžiagos. 4 In the next step (this example above) only 450 ml of this material was used.
5Nustatyta Bredfordo metodu (žr. aukščiau, 1976), išskyrus aptartus atvejus, įvertinimas, remiantis intensyvumu nudažius sidabru po SDS-PAGE, ir po aminorūgščių sudėties analizės, kaip aprašyta 2 pavyzdžio skyriuje. 5 Except in the cases discussed above, evaluation by the Bradford method (see above, 1976) was based on the intensity of silver staining after SDS-PAGE and after analysis of the amino acid composition as described in Example 2 section.
D. SDS-PAGE glikozidazinis apdorojimasD. Glycosidase treatment by SDS-PAGE
Apjungtų gradiento frakcijų po dviejų praleidimų ant C4 didelių išmatavimų kolonos, SDS-PAGE duomenys pateikti Fig.9. j pirmą C4 kolonėlę pakrovė 60 μΙ mišinio (1 juostelė) ir į antrą C4 koloną-40 μΙ mišinio (2 juostelė). Šios gelio juostelės buvo nudažytos sidabru. Molekulinio svorio markeriai buvo tokie patys, kaip aprašyta Fig.6. Kaip buvo paminėta, difuziškai migruojanti medžiaga, kurios molekulinis svoris aukštesnis ir žemesnis lyginant su markeriu 31000, yra biologiškai aktyvi medžiaga. Didelio laipsnio heterogeniškumą apsprendžia glikozilinimo heterogeniškumas.The SDS-PAGE data of the combined gradient fractions after two passes on the C4 large dimension column are shown in Fig.9. The first C4 column was loaded with 60 μΙ of mixture (lane 1) and the second C4 column with 40 μΙ of mixture (lane 2). These gel strips were painted silver. The molecular weight markers were the same as described in Fig.6. As mentioned, diffusely migrating material with a higher and lower molecular weight compared to marker 31000 is a biologically active substance. High degree of heterogeneity is determined by glycosylation heterogeneity.
Norint charakterizuoti glikozilinimą, išvalyta medžiaga paveikiama jodo izotopu J125, apdorojama daugybe glikozidazių ir analizuojama SDS-PAGE metodu (atstatytomis sąlygomis) autoradiografijos pagalba. Rezultatai parodyti Fig.9. 3 ir 9 juostelės yra žymėta jodo izotopu medžiaga be jokio glikozidazinio apdorojimo. 4 ir 8 juostelės atitinka izotopu žymėtą medžiagą, apdorotą glikozidazėmis, kaip aprašyta žemiau: 4 juostelė-neuraminidaze, 5-neuraminidaze ir O-glikanaze, 6-N-glikanaze, 7neuraminidaze ir N-glikanaze. Apdorojimo sąlygos: 5 mmol/l 3-((3cholamidopropil)dimetilamonio)-1-propansulfonato (CHAPS), 33 mmol/l 2merkaptoetanolio, 10mmol/l Tris-HCl buferio, pH 7-7.2, 3 valandas, esant 37°C temp. Neuraminidazė (iš Arthrobacter ureafaciens organizmo, firma Calbiochem) buvo naudojama galutine koncentracija 0.23 U/ml. O-glikanazė (Genzim; endo-alfa-N-acetilgalaktozaminazė) buvo naudojama 45 mU/ml koncentracijos; N-glikanazė (Genzim; peptidas: N-glikozidazė F; peptidas-N4 (N-acetil-beta-gliukozaminil asparaginamidazė) naudojama 10 U/ml koncentracijos.To characterize glycosylation, the purified material is treated with iodine isotope J125, treated with multiple glycosidases and analyzed by SDS-PAGE (under reconstituted conditions) by autoradiography. The results are shown in Fig.9. Lanes 3 and 9 are iodinated material without any glycosidase treatment. Lanes 4 and 8 correspond to isotope labeled material treated with glycosidases as described below: Lane 4-Neuraminidase, 5-Neuraminidase and O-Glucanase, 6-N-Glucanase, 7-Neuraminidase and N-Glucanase. Treatment conditions: 5 mmol / l 3 - ((3cholamidopropyl) dimethylammonium) -1-propanesulfonate (CHAPS), 33 mmol / l 2-mercaptoethanol, 10 mmol / l Tris-HCl buffer, pH 7-7.2, 3 hours at 37 ° C . Neuraminidase (from Arthrobacter ureafaciens, Calbiochem) was used at a final concentration of 0.23 U / ml. O-Glucanase (Genzim; endo-alpha-N-acetylgalactosaminase) was used at a concentration of 45 mU / ml; N-glikanazė (Genzim; peptide: N-glycosidase F; peptide-N 4 (N-acetyl-beta-gliukozaminil asparaginamidazė) using 10 U / ml.
Gauti rezultatai buvo analogiški tiems, kurie pateikti Fig.9, apdorojant žymėtą išvalytą SCF glikozidazėmis ir vizualiam įvertinimui po SDS-PAGE dažant sidabru.The results obtained were analogous to those in Fig. 9 for treatment with labeled purified SCF by glycosidases and for silver evaluation after SDS-PAGE.
Esant būtinumui, buvo atliekami įvairūs kontroliniai kultivavimai. Juos sudarė: kultivavimas atitinkamame buferyje, be glikozidozės siekiant patvirtinti, kad rezultatus įtakojo glikozidazių preparatų pridėjimas. Kultivavimas su glikoziduotais baltymais (pvz., glikozilintu rekombinantiniu žmogaus eritropoetinu) kaip žinoma, yra substratai glikozidazėms, norint patvirtinti, kad naudoti glikozidaziniai fermentai buvo aktyvūs; ir kultivavimas su glikozidazėmis, tačiau ne su substratais, siekiant patvirtinti, kad pačios vienos glikozidazės neįtakoja ar netrukdo vizualiniam gelio juostelių įvertinimui.Various control cultures were performed as necessary. These consisted of: culturing in an appropriate buffer without glucosidose to confirm that the results were affected by the addition of glycosidase preparations. Culturing with glycosidated proteins (e.g., glycosylated recombinant human erythropoietin) are known substrates for glycosidases to confirm that the glycosidase enzymes used were active; and culturing with glycosidases but not substrates to confirm that the visual evaluation of the gel strips is not affected or obstructed by the glycosidases alone.
Be kita ko, glikozidazinis apdorojimas buvo vykdomas su endo-beta-()acetilgliukozamidaze F (endo F; ()E()Diupon) ir su endo-beta-()-acetilgliukozaminidaze H (endo H; firma ()E()Diupon) ir šiose kultivavimo operacijose esant atitinkamai kontrolei. Endo apdorojimo sąlygos buvo tokios: 3 min. virinama esant 1 masės % SDS, 100 mmol/l 2-merkaptoetanoliui, 100 mmol/l etilendiamintetra-acto rūgščiai, 320 mmol/l natrio fosfatui, pH 6; po to seka 3-kartinis praskiedimas įvedant Nonidet Pi-40 (1.17 tūrio% galutinė koncentracija), natrio fosfato (200 mmol/l galutinė kone.) ir endo F (7 U/ml galutinė koncentracija). Endo H apdorojimo sąlygos buvo analogiškos, išskyrus tai, kad SDS koncentracija buvo 0.5% (masė/tūris) ir endo H buvo naudojama 1pg/ml koncentracijos. Rezultatai su endo F buvo tokie patys kaip ir su N-glikanaze, tuo tarpu kai endo H neveikė išvalytos SCF medžiagos.Among other things, glycosidase treatment was performed with endo-beta - () acetylglucosamidase F (endo F; () E () Diupon) and with endo-beta - () - acetylglucosaminidase H (endo H; firm () E () Diupon). ) and in these cultivation operations under appropriate control. Endo treatment conditions were as follows: 3 min. boil in 1% w / w SDS, 100 mmol / L 2-mercaptoethanol, 100 mmol / L ethylenediaminetetraacetic acid, 320 mmol / L sodium phosphate, pH 6; followed by a 3-fold dilution with Nonidet Pi-40 (1.17 volume% final concentration), sodium phosphate (200 mmol / l final volume) and endo F (7 U / ml final concentration). Endo H treatment conditions were analogous except that SDS concentration was 0.5% (w / v) and endo H was used at a concentration of 1 µg / ml. The results with endo F were the same as with N-glycanase whereas endo H did not react with the purified SCF material.
Iš aukščiau aprašytų glikozidazės eksperimentų galima padaryti eilę išvadų. Įvairūs apdorojimai N-glikanaze (kuri pašalinama kaip kompleksinis, taip ir N-surišantis angliavandenis su dideliu manozės kiekiu (Tarentino ir kt. Biochem, 1985, 24 t., 46654671 psl.) endo F, kuri veikia analogiškai N-glikanazei (Elder ir Alexander, Proc.Nat.Acad.Sci. USA, 1982, 79 t., 4540-4544 psl.), endo H, kuri pašalina didelius manozinius ir kai kuriuos N-surišančius hibridinio tipo angliavandenius (Tarentino ir kt. Meth.Enzym. 1978, 50C t., 574-580 psl.), neurominadaze, kuri pašalina sialinės rūgšties likučius, ir O-glikanaze, kuri pašalina kai kuriuos O-surištus angliavandenius (Lambin ir kt. Bioch. Soc.Trans, 1984, 12 t., 599-600 psl.), įgalina manyti sekančiai. Egzistuoja kaip N-, taip ir O-surišti angliavandeniai; didesnė N-surištų angliavandenių dalis priklauso kompleksiniam tipui; egzistuoja sialinė rūgštis, be kita ko nemažesnė jos dalis įeina į O-surišančias funkcines grupes. Iš duomenų apie amino rūgščių seką (2 pvz.) gali būti gaunama kokia nors informacija apie N- surišimo centrus. Tas faktas, kad apdorojant N-glikanaze endo F ir N-glikanaze/neuraminidaze heterogeninę medžiagą, matomai, SDS-PAGE pagalba, gali paversti į greičiau migruojančias formas kurios daug homoheniškesnės, atitinka tas išvadas, kad visa ši medžiaga yra vienas ir tas pats polipeptidas, kurio heterogeniškumas iššauktas heterogeniškumo glikozilinimo metu. Taip pat pažymėtina, kad mažos formos, gautos kombinacijų, apdorojant skirtingomis glikozidazėmis metu, turi molekulinj svorį nuo 18 iki 20 tūkst., markerių, naudojamų SDS-PAGE, molekulinio svorio atžvilgiu.A number of conclusions can be drawn from the above glycosidase experiments. Various treatments with N-glycanase (which is eliminated as complex as well as high-mannose N-linked carbohydrate (Tarentino et al. Biochem. 1985, 24 vol. 46654671)) endo F, which acts analogously to N-glycanase (Elder and Alexander, Proc.Nat.Acad.Sci. USA, 1982, 79 vol., Pp. 4540-4544), endo H, which removes large mannose and some N-linked hybrid type carbohydrates (Tarentino et al., Meth. Enzym. 1978, Vol. 50C, pp. 574-580), a neurominadase that removes sialic acid residues, and an O-glucanase that removes some O-linked carbohydrates (Lambin et al., Bioch. Soc. Trans, 1984, 12 vol. Pp. 599-600), suggests the following: There are both N- and O-linked carbohydrates, a greater proportion of N-linked carbohydrates are of the complex type, and sialic acid is present, with a minority included in the O-binding functionalities. The amino acid sequence data (Example 2) can be ga any information about N-linking centers is lost. The fact that N-glycanase endo-F and N-glycanase / neuraminidase treatment apparently can convert SDH-PAGE heterogeneous material into more homogeneous forms of migration is consistent with the finding that all of this material is the same polypeptide. , whose heterogeneity is induced by glycosylation of heterogeneity. It is also noteworthy that the small forms obtained by combinations with different glycosidases have a molecular weight of 18 to 20,000, relative to the molecular weight of the markers used in SDS-PAGE.
Patvirtinimui to, kad difuziškai-migruojanti medžiaga artima sričiai, kur molek sv. yra 31 tūkst., esant SDS-PAGE, yra biologiškai aktyvi medžiaga, turinti tą pačią pagrindinę polipeptidinę grandinę, yra tas faktas, kad amino rūgščių sekos duomenys, gauti iš medžiagos, migruojančios šioje srityje (pvz., po elektroforezės ir apdorojimo bromcianu, 2 pvz.), atitinka, kas pademonstruota išskirtam genui, kurio ekspresija rekombinantinės DNR priemonėmis priveda prie biologiškai aktyvios medžiagos (4 pvz.).Confirmation that the diffusive-migratory material is close to the region in which the molecular weight. is 31,000 at SDS-PAGE is a biologically active substance having the same basic polypeptide chain, the fact that the amino acid sequence data obtained from material migrating in the field (e.g. after electrophoresis and treatment with bromocyano, 2 for example) corresponds to that shown for an isolated gene whose expression by recombinant DNA leads to a biologically active substance (Example 4).
pavyzdys. Žinduolių SCF faktoriaus amino rūgščiu sekos analizėexample. Amino acid sequence analysis of mammalian SCF factor
A. Išvalyto baltymo atvirkščių fazių aukšto efektyvumo skysčių chromatografija (HPLC)A. Reverse Phase Reverse Phase Chromatography (HPLC) of the purified protein
Maždaug 5 pg SCF faktoriaus, išvalyto kaip parodyta pvz. 1 (koncentracija 0.117 mg/ml) leidžiama atvikščios fazės HPLC sistemoje, naudojant C4 žemo poringumo koloną (Widak, porų plotis 30 mm, kolonos dydis 2x15 cm). Baltymas eliuojasi linijiniame gradiente nuo 97% mobilios fazės A (0.1% trifluracto rūgšties)/3% mobilios fazės B (90% acetonitrilo 0.1% triftoacto rūgštyje) iki 30% judančios fazės A/70% judančios fazės B 70 min., su sekančiu trumpalaikiu eliuavimu dar 10 min., esant srovės tekėjimo greičiui 0.2 ml/min. Baigus chromatografiją tuščiu buferiniu tirpalu 5C, išryškėja vienintelis simetriškas pikas, esant sulaikymo laikui 70.05 min., kaip parodyta Fig.10. Šiomis sąlygomis negalima buvo stebėti kokių nors pikų, kuriuos duotų pagrindiniai teršiantys baltymai.Approximately 5 pg SCF factor purified as shown in e.g. 1 (concentration 0.117 mg / ml) was allowed to reverse on a HPLC system using a C4 low porosity column (Widak, pore width 30 mm, column size 2x15 cm). The protein elutes in a linear gradient from 97% mobile phase A (0.1% trifluracetic acid) / 3% mobile phase B (90% acetonitrile in 0.1% triftoacetic acid) to 30% mobile phase A / 70% mobile phase B for 70 min, followed by a transient elution for a further 10 min at a flow rate of 0.2 ml / min. Upon completion of chromatography with blank buffer 5C, a single symmetric peak is observed with a retention time of 70.05 min, as shown in Fig.10. Under these conditions, no peaks could be observed from the major contaminating proteins.
B. Baltymo juostų sekos tyrimas po elekroforezėsB. Sequencing of protein bands after electrophoresis
SCF faktorius, išvalytas kaip 1 pavyzdyje (0.5-1.0 nanomolių) apdorojamas tokiu būdu: ()-glikanaze, fermentu, kuris specifiškai atriša asparagino-surištas angliavandenių funkcines grupes, kurios kovalentiškai pririštos prie baltymų (žr., 1D pvz.). 6 ml sumaišytos medžiagos iš 4-6 kolonos C4 (Fig.5) frakcijos išdžiovino vakuume, po to pripylė 150 μΙ CHAP5 tirpalo (14.25 mmol/l), 100 mmol/l 2merkaptoetanolio, 335 mmol/l natrio fosfato pH -8.6 ir kultivavo 95 min. 37°C temperatūroje. Pridėjo dar 300 μΙ 74 mmol/l natrio fosfato tirpalo, 15 U/ml //-glikanazės pH-8.6 ir dar kultivavo 19 vai. Po to pavyzdį užnešė į 9-18% SDS-poliakrilamidinį gradientinį gelį (0.7 mm storio. 20x20 cm). Baltymines juostas gelyje elekroforetiškai pernešė ant polivinildifluorido (PVDF. firma Millipor Corp.), naudojant 10 mmol/l Kapso buferį (pH 10.5), esant pastoviai 0.5A srovei 1 vai. (Macudaira, J.Biol., Chem. 1987, 261 t., 10035-10038 psl.). Vizualizavimui perneštos baltymų juostos buvo nudažytos Coomasi Blue. Buvo aptiktos juostos, kurių molek. sv. 29-33 tūkst. ir 26 tūkst., t.y. deglikozilinimas praėjo tiktai dalinai (lyginti su 1D pvz., Fig.9.). Pirma juosta atitinka nesuardytą medžiagą, o paskutinė-medžiagą, iš kurios pašalintas N-surišantis angliavandenis. Gelio dalis išpjauna ir patalpina (40%-molek. sv. 29-33 tūkst. ir 80%baltymui su molek. sv. 26000) į baltymų sekų analizatorių (Appl Biosystem Ine., modelis 477). Baltyminių sekų analizę atlieka naudojant programas, kurias pateikia gamintojas (Hevik ir kt., J.Biol.Chem. 1981, 256 t., 7990-7997 psl.), o išsiskyrusias feniltiohidantoinines aminorūgštis analizuoja srovėje, naudodami atvirkščių fazių aukšto efektyvumo skysčių chromatografiją su C18 mikroporomis. Abi pusės nerodė signalųThe SCF factor purified as in Example 1 (0.5-1.0 nanomolar) is treated with () -glucanase, an enzyme that specifically binds asparagine-bound carbohydrate functional groups that are covalently attached to proteins (see, for example, 1D). 6 ml of the mixed material from the 4-6 column C4 (Fig.5) fraction was dried in vacuo, then added with 150 μΙ CHAP5 solution (14.25 mmol / l), 100 mmol / l 2-mercaptoethanol, 335 mmol / l sodium phosphate pH -8.6 and cultured. 95 min At 37 ° C. An additional 300 μΙ of 74 mmol / L sodium phosphate solution, 15 U / ml // -glucanase pH-8.6 was added and cultured for 19 h. The sample was then loaded onto a 9-18% SDS-polyacrylamide gradient gel (0.7 mm thick. 20x20 cm). Protein bands were electrophoretically transferred onto polyvinyl difluoride (PVDF from Millipor Corp.) in gel using 10 mmol / L Caps buffer (pH 10.5) at a constant current of 0.5A for 1 h. (Macudaira, J. Biol. Chem. 1987, 261 vol., Pp. 10035-10038). For visualization, the transferred protein bands were stained with Coomasi Blue. Bands were detected which had a molecular structure. sv 29-33 thousand. and 26 thousand, i.e. deglycosylation was only partially completed (as compared to 1D, e.g., Fig. 9). The first bar corresponds to the unbreakable material and the last one to the N-linked carbohydrate material. A portion of the gel is cut and placed (40% molecular weight 29-33000 and 80% protein with molecular weight 26000) into a protein sequence analyzer (Appl Biosystem Ine. Model 477). Protein sequence analysis is performed using software provided by the manufacturer (Hevik et al., J. Biol. Chem. 1981, 256 vol., Pp. 7990-7997), and assayed for phenylthiohydantoin amino acids in a stream using reverse phase high performance liquid chromatography with C18 in micropores. Both sides showed no signals
20-23 sekų ciklams, dėl ko manoma, kad abi šios medžiagos nepraeina sekų analizės, naudojant metodologiją su Edmano chemija. Tokio sekų eilės išaiškinimo bandyme fono lygis yra 1-7 pikomoliai, kas yra daug žemiau už tokį baltymų kiekį, koks yra juostose. Pagal šiuos duomenis galima teigti, kad baltymas juostose blokuojamas Išgale.20-23 sequence cycles, which is why both of these materials are assumed not to undergo sequence analysis using methodology with Edman chemistry. In such a sequencing test, the background level is 1-7 picomoles, which is far below the amount of protein present in the bands. These data suggest that the protein in the bands is blocked by Fat.
C. Elektroforetiškai pernešto baltymo skaldymas ciano bromidu in situ ir sekos analizėC. In situ cleavage of electrophoretically transferred protein with cyanogen bromide and sequence analysis
Norint patvirtinti tai, kad baltymas iš tikrųjų buvo blokuotas, iš sekų analizatoriaus (B dalis) pašalino membrana ir in situ dėmėtas juostas suskaldė ciano bromidu CNBr (5% tirpalas 70%-tinėje skruzdžių rūgštyje) 45°C temperatūroje, 1 vai. Po to išdžiovino ir analizavo sekas. Buvo fiksuoti stiprūs sekų signalai, atitinkantys vidinius peptidus, gautus suskaldžius metionilo-peptidinį ryšį ciano bromidu. Abi juostos davė identiškus sumaišytos sekos signalus, išvardintos žemiau pirmiems penkiems ciklams.To confirm that the protein was actually blocked, the membrane was removed from the sequence analyzer (part B) and cleaved in situ with cyanobromide CNBr (5% solution in 70% formic acid) at 45 ° C for 1 h. The sequences were then dried and analyzed. Strong sequence signals corresponding to internal peptides obtained by cleavage of the methionyl-peptide bond with cyanogen bromide were recorded. Both bands gave identical mixed sequence signals, listed below for the first five cycles.
Ciklai Identifikuotos aminorūgštysCycles Amino acids identified
Asp, Glu, Vai, Ile, LeuAsp, Glu, Vai, Ile, Leu
Asp, Tre, Glu, Ala, Pro, VaiAsp, Tre, Glu, Ala, Pro, Vai
Asn, Ser, His, Pro, LeuAsn, Ser, His, Pro, Leu
Asp, Asn, Ala, Pro, LeuAsp, Asn, Ala, Pro, Leu
Ser, Tyr, ProSer, Tyr, Pro
Be to, abi juostos davė vienodus signalus per visus 20 ciklų. Pradinės išeigos buvo 40-115 pikomoliai juostai, kurios molek. sv. 26000 ir 40-150 pikomoliai 29-33 tūkst. juostai. Šios reikšmės buvo sulygintos su baltymo, pakrauto į sekų analizatorių, išeiginiais dydžiais. Šie rezultatai patvirtina tai, kad baltymų juostos, atitinkančios SCF faktorių, turėjo blokuotą N-galą. Metodikos, naudotos naudingos informacijos apie Ngalo blokuojamų baltymų sekas, gavimui, yra: a) N-galo deblokavimas (žr. D skyrių) ir b) peptidų generavimas vidinio skaldymo ciano bromidu būdu (žr. E skyrių), tripsinu (žr. F skyrių) ir proteaze (Glu-Si) iš Staphiloccocus aureus (U-8 kamienas) (žr. C skyrių). Sekos analizę galima vykdyti po amino rūgščių, blokuotų N-gale, pašalinimo ar po peptidinių fragmentų išskyrimo. Žemiau smulkiai aprašyti pavyzdžiai.In addition, both bands gave identical signals throughout the 20 cycles. Initial yields were 40-115 picomoles per band, which molecule. sv 26,000 and 40-150 picomoles 29-33k. for the tape. These values were compared with the output values of the protein loaded into the sequence analyzer. These results confirm that the protein bands corresponding to the SCF factor had a blocked N-terminus. Methods used to obtain useful information on the sequences of Ngal-blocked proteins include: (a) N-terminal deprotection (see section D), and (b) peptide generation by cyanogen bromide internal cleavage (see section E), trypsin (see section F) ) and protease (Glu-Si) from Staphiloccocus aureus (U-8 strain) (see section C). Sequence analysis can be performed after removal of the amino acids blocked at the N-terminus or after isolation of the peptide fragments. Examples are detailed below.
D. Kamieninių ląstelių faktoriaus BRL, apdoroto piroglutaminės rūgšties aminopeptidaze, sekų analizėD. Sequence Analysis of Stem Cell Factor BRL Treated with Pyroglutamic Acid Aminopeptidase
Buvo sunku nuspėti blokuojančios funkcijos, esančios prie SCF galinės aminogrupės, cheminę prigimtį. Šis blokavimas gali būti potransliacinis gyvam organizme (F.VVorld, Ap.Rev.Bioch. 1981, 50t., 783-814 psl.) arba gali vykti valymo metu ne organizme. Dažniausiai buvo stebimos dvi potransliacinės modifikacijos. Gali vykti atitinkamų N-galo aminorūgščių, tokių kaip Ala, Ser ir kt., acetilinimas, kurį ir katalizuoja N-alfa-acetil-transferazė. Tai galima patvirtinti izoliacija ir N-galo blokuoto peptido masės-spektrofotometrine analize. Jeigu baltymo galinė aminogrupė yra glutaminas, tai gali vykti jo gama-amido deamidinimas. Po to gali vykti ciklizacija, įjungianti gama-karboksilatą ir laisvą N-terminalą susidarant piroglutamatui. Norint aptikti glutamatą, gali būti naudojamas fermentas piroglutamato aminopeptidaze. Šis fermentas pašalina piroglutamato likutį, palikdamas laisvą galinę aminogrupę. Sekų analizei po to galima naudoti Edmano chemiją.It was difficult to predict the chemical nature of the blocking function at the terminal amino group of SCF. This blockage may be post-translational in the living organism (F.Vorld, Ap.Rev.Bioch. 1981, 50t., Pp. 783-814) or may occur during purification outside the body. Two post-translational modifications were commonly observed. Acetylation of the corresponding N-terminal amino acids, such as Ala, Ser, etc., which is catalyzed by N-alpha-acetyl transferase, can occur. This can be confirmed by isolation and mass-spectrophotometric analysis of the N-terminal blocked peptide. If the terminal amino group of the protein is glutamine, its gamma-amide deamidation may occur. This may be followed by cyclization to activate gamma-carboxylate and the free N-terminal to form pyroglutamate. The enzyme pyroglutamate aminopeptidase can be used to detect glutamate. This enzyme removes the residual pyroglutamate leaving a free terminal amino group. Edman chemistry can then be used for sequence analysis.
SCF (išvalytą kaip I pvz., 400 pikomolių) kultivuoja 50 mmol/l natrio fosfatiniame buferyje (pH 7.6, kuriame yra ditiotreitolas ir etilendiamintetraacto rūgštis) su 1.5 vienetais piroglutamino rūgšties iš veršiuko kepenų (pE-AP) amidopeptidazės 37°C temperatūroje 16 vai. Po to reakcijos mišinį patalpina į baltymų sekų analizatorių. Pagrindinė seka gali būti identifikuota per 46 ciklus. Pradinė išeiga buvo maždaug 40%, o galutinė - 94.2%. SCF N-galo sekos, įskaitant piroglutamino rūgštį, buvo:SCF (purified as Example I 400 picomoles) is cultured in 50 mM sodium phosphate buffer (pH 7.6 containing dithiothreitol and ethylenediaminetetraacetic acid) with 1.5 units of pyroglutamic acid from calf liver (pE-AP) amidopeptidase at 37 ° C for 16 hours. . The reaction mixture is then transferred to a protein sequence analyzer. The main sequence can be identified in 46 cycles. The initial yield was approximately 40% and the final yield was 94.2%. The N-terminal sequences of SCF, including pyroglutamic acid, were:
pE-AP suskaldymo vieta 10 piroGlu-Glu-lle-Cys-Arg-Asn-Pro-Val-Tre-Asp-Asn-Val-Lys-Asn-lle-Tre-Lys-Leu-ValAla30pE-AP cleavage site 10 pyroGlu-Glu-lle-Cys-Arg-Asn-Pro-Val-Tre-Asp-Asn-Val-Lys-Asn-lle-Tre-Lys-Leu-ValAla30
Asn-Leu-Pro-Asn-Asp-Tyr-Met-lle-Tre-Leu-Asn-Tyr-Val-Ala-Gly-Met-Asp-Val-Leu-ProSerHis-xxx-Trp-Leu-Arg-Asp-...........xxx, 43 padėtyje neiššifruota. Šie rezultatai rodo, kadAsn-Leu-Pro-Asn-Asp-Tyr-Met-lle-Tre-Leu-Asn-Tyr-Val-Ala-Gly-Met-Asp-Val-Leu-ProSerHis-xxx-Trp-Leu-Arg-Asp- ........... xxx, position 43 unencrypted. These results indicate that
SCF turi piroglutamino rūgštį kaip N-galinę grupę.SCF contains pyroglutamic acid as the N-terminal group.
E. Bromcian-peptidu išskyrimas ir analizė.E. Bromcian Peptide Isolation and Analysis.
SCF faktorius, išvalytas kaip parodyta 1 pavyzdyje, (20-28 ųg; 1.0-1.5 nanomolių) apdorojamas N-glikanaze, kaip aprašyta 1 pvz. Šiuo atveju fiksuojamas pilnas pavertimas į medžiagą, kurios molek. sv. 26000. Šį pavyzdį džiovino ir suskaldė ciano bromidu 70% skruzdžių rūgštyje (5% bromciano) 18 vai. kambario temperatūroje.The SCF factor purified as shown in Example 1 (20-28 µg; 1.0-1.5 nanomolar) is treated with N-glycanase as described in Example 1. In this case, the complete conversion to the substance of the molecule is recorded. sv This sample was dried and cleaved with cyanogen bromide in 70% formic acid (5% bromocyanide) for 18 hours. at room temperature.
Suskaldytą produktą skiedė vandeniu, džiovino ir pakartotinai ištirpino 0.1% trifluoracto rūgštyje. Bromciano peptidai buvo išskirti atvirkščių fazių skysčių aukšto efektyvumo chromatografijos metodu, naudojant žemo poringumo C4 koloną ir eliuavimo sąlygas identiškas aprašytoms šio pavyzdžio A skyriuje. Buvo išskirta keletas pagrindinių peptidų frakcijų ir išanalizuota jų seka. Rezultatai pateikiami lentelėje:The digested product was diluted with water, dried and redissolved in 0.1% trifluoroacetic acid. Bromcyano peptides were isolated by reverse phase liquid high performance chromatography using a low porosity C4 column and elution conditions identical to those described in section A of this example. Several major peptide fractions were isolated and their sequence analyzed. The results are presented in the following table:
SekaFollow
T-74 72.8T-7 4 72.8
T-8 73.6T-8 73.6
E-S-L-K-K-P-E-T-RE-S-L-K-K-P-E-T-R
V-S-V-(J-K l-V-D-D-L-V-A-A-M-E-E-N-A-P-KV-S-V- (J-K l-V-D-D-L-V-A-A-M-E-E-N-A-P-K
N-F-T-P-E-E-F-F-S-I-F-(J-RN-F-T-P-E-E-F-F-S-I-F- {J-R
a. L-V-A-N-L-P-N-D-Y-M-l-T-L-N-Y-V-A-G-M-D-V-L-P-S-H-C-WL-Ra. L-V-A-N-L-P-N-D-Y-M-1-T-L-N-Y-V-A-G-M-D-V-L-P-S-H-C-WL-R
b. S-l-D-A-F-K-D-F-M-V-A-S-D-T-S-D-C-V-L-S-(_)-(_)-L-G—E-S-L-K-K-P-E-T-R-(N)-F-T-P-E-E-F-F-S-I-F-(J-R E-S-L-K-K-P-E-T-R-N-F-T-P-E-E-F-F-S-l-F-D-R 1 Padėtyse 12,13 ir 25 aminorūgštys nenustatytos. Peptidas b nebuvo išanalizuotas iki galo.b. SlDAFKDFMVASDTSDCVLS - (_) - (_) - LG-ESLKKPETR- (N) -FTPEEFFSIF- (JR ESLKKPETRNFTPEEFFSlFD-R 1) Amino acids 12.13 and 25 were not detected Peptide b was not fully analyzed.
2(N) CB-15 nebuvo aptiktas; buvo padaryta prielaida, kad jis yra potencialiame glikozilinimo N-surišimo centre. Peptidas nebuvo išanalizuotas iki galo. 2 (N) CB-15 was not detected; it was assumed to be at a potential N-binding center for glycosylation. The peptide was not fully analyzed.
3Reiškia centrą, kur Asn gali būti paverstas į Asp, pašalinant N-surišantį cukrų Nglikanaze. 3 Designates the center where Asn can be converted to Asp by removal of N-binding sugar by Nglycanase.
4Buvo naudotas vieningas raidžių kodas: A-Ala, C-Cys, D-Asp, E-Glu, F-fen, G-Gly, H-His, l-lle, K-Lys, L-Leu, M-Met, N-Asn, P-Pro, O-Glin, R-Arg, S-Ser, T-Thre, V-Val, WTrp ir U-Tyr. 4 A single letter code was used: A-Ala, C-Cys, D-Asp, E-Glu, F-fen, G-Gly, H-His, l-lle, K-Lys, L-Leu, M-Met , N-Asn, P-Pro, O-Glin, R-Arg, S-Ser, T-Thre, V-Val, WTrp and U-Tyr.
BRL kamieninių ląstelių faktoriaus triptiniu fragmentų išskyrimas ir analizė.Isolation and analysis of tryptic fragments of BRL stem cell factor.
Išvalytas SCF, kaip 1 pvz. (20 pg) 160 μΙ bikarbonatiniame moliariniame tirpale buvo degeneruotas su 1 pg tripsino 37°C temperatūroje. 3.5 vai. Degeneravimo produktas buvo iš karto perneštas į koloną su atvirkščia faze C4 (žemo poringumo). Aukšto efektyvumo skysčių chromatografiją vykdė identiškomis eliuavimo sąlygomis, kaip aprašyta šio pavyzdžio A skyriuje. Visi eliuotų peptidų pikai turėjo sulaikymo periodus besiskiriančius nuo tų, kurie buvo pastebėti nedegeneruoto SCF atveju (A skyrius). Išskirtų peptidų sekų analizė pateikiama:Purified SCF as in Example 1. (20 pg) in 160 μΙ bicarbonate molar solution was degenerated with 1 pg trypsin at 37 ° C. 3.5 or. The degeneration product was immediately transferred to the column with reverse phase C4 (low porosity). High performance liquid chromatography was performed under identical elution conditions as described in Section A of this Example. All peaks in the eluted peptides had retention periods different from those observed in non-degenerate SCF (section A). Analysis of the isolated peptide sequences is given in:
14 padėtyje aminorūgštis neiššifruota. 1 At position 4, the amino acid is not encrypted.
212 padėtyje aminorūgštis neiššifruota. 2 At position 12, the amino acid is not encrypted.
3T-5 šeštame peptide 20 ir 21 padėtyse aminorūgštys neiššifruotos: joms buvo priskirta cukraus O-surišimo centrų struktūra. 3 At position 20 and 21 in the sixth peptide T-5, the amino acids were not encrypted: they were assigned the structure of the sugar O-binding centers.
410 padėtyje aminorūgštis nebuvo aptikta; padaryta išvada, kad ji yra Asn glikozilinimo potencialaus N-surišimo centre. 4 At position 10, no amino acid was detected; concluded that it is at the center of potential N-binding of Asn glycosylation.
padėtyje aminorūgštis nebuvo aptikta.at position no amino acid was detected.
BRL-SCF peptidu sekų, po Saurens Glu-C proteazinio skaldymo, išskyrimas ir nustatymasIsolation and detection of BRL-SCF peptide sequences after Saurens Glu-C protease cleavage
SCF valė pagal 1 pavyzdį (20 mg/150ml 0.1 M amonio bikarbonato tirpale) ir veikė Glu-C proteaziniu skaldymu, santykiu proteazė-substratas 1:20. Procesas vyko 18 vai. 37°C temperatūroje. Produktas tirtas aukšto efektyvumo atvirkščių fazių siaurakanaline skysčių chromatografija. Buvo surinktos 5 pagrindinės frakcijos ir paskirstytos taip:The SCF was purified according to Example 1 (20 mg / 150ml in 0.1 M ammonium bicarbonate solution) and treated with Glu-C protease cleavage at a 1:20 protease-substrate ratio. The process took place at 6 p.m. At 37 ° C. The product was investigated by high performance reverse phase liquid chromatography. The 5 main fractions were collected and distributed as follows:
D-F-M-U-A-S-D-T-S-D 1 Peptido S-2 aminorūgštis 6 pozicijoje nebuvo nustatyta: tai galėjo būti padėtis, kurioje prisijungia O- surištas cukrus. Peptido S-2 Ala 16 pozicijoje rasta maža išeiga.DFMUASDTSD 1 The amino acid at position 6 of peptide S-2 was not detected: this may have been the position where the O-linked sugar is attached. Low yields were found at position 16 of peptide S-2 Ala.
2S-3 peptidu gali būti N-galo blokuotas peptidas, SCF N- liekanos darinys, 3(N) buvo priskirta potenciali vieta N-surišto cukraus prijungimui. 2 S-3 peptide can be an N-terminal blocked peptide, a derivative of SCF N-residue, 3 (N) has been assigned a potential site for N-linked sugar attachment.
H, SCF sekos analizė po BNPS-skaldymo.H, Sequence analysis of SCF after BNPS-cleavage.
SCF (2mg) 10 ml amonio bikarbonato išdžiovino iki pastovaus svorio vakuuminiu centrifugavimu ir po to dar kartą ištirpino 100 ml ledinėje acto rūgštyje. į tirpalą įpylė 1020-kartinį moliarinį BNPS-skatolo perteklių ir mišinį termostatavo 50°C 60 min. Reakcijos mišinys po to buvo išdžiovintas vakuuminiu centrifugavimu. Išdžiovintas likutis po to buvo ekstrahuotas 100 ml vandens ir dar kartą 50 ml vandens. Apjungtus ekstraktus po to analizavo, kaip aprašyta aukščiau. Buvo stebima tokia seka:SCF (2mg) was dried to constant weight with 10 ml of ammonium bicarbonate by vacuum centrifugation and then redissolved in 100 ml of glacial acetic acid. 1020-fold molar excess of BNPS-skatole was added to the solution and the mixture was thermostated at 50 ° C for 60 min. The reaction mixture was then dried by vacuum centrifugation. The dried residue was then extracted with 100 mL of water and again with 50 mL of water. The combined extracts were then analyzed as described above. The following sequence was observed:
Leu-Arg-Asp-Met-Val-Thr-His-Leu-Ser-Val-Ser-Leu-Thr-Thr-Leu-Leu-Asp-Lys-Phe-SerAsn30 lle-Ser-Glu-Gly- Leu-Ser-(Asn)-Tyr-Ser-lle-lle-Asp-Lys-Leu-Gly-Lys-lle-Val-Asp—Leu-Arg-Asp-Met-Val-Thr-His-Leu-Ser-Val-Ser-Leu-Thr-Thr-Leu-Leu-Asp-Lys-Phe-SerAsn30 lle-Ser-Glu-Gly-Leu-Ser - (Asn) -Tyr-Ser-lle-lle-Asp-Lys-Leu-Gly-Lys-lle-Val-Asp-
Padėtis 28 nebuvo tiksliai nustatyta: ji buvo nustatyta kaip Asn, esanti potencialaus glikozilinimo N-surišimo vietoje.Position 28 was not accurately determined: it was identified as Asn at the N-binding site of potential glycosylation.
I. BRL SCF C-qalo aminorūgščių nustatymas.I. Determination of BRL SCF C-qalo Amino Acids.
SCF-baltymo (500 pikomolių) alikvota buvo patalpinta į 10 mM natrio acetato buferį, pH 4.0 (galutinis tūris 90 ml) ir pridėta Brij-35 iki 0.05% (masė/tūriui). Kiekybiniam baltymo nustatymui ėmė 5 ml alikvotą. 40 ml pavyzdžio praskiedė iki 100 ml aukščiau minėtu buferiu, po to pridėjo karboksipeptidazės P (iš Penicillium janthinellum) santykiu fermentas-substratas 1:200. Procesą vykdė 25°C; 20 ml alikvotas ėmė po 0, 15, 30, 60 ir 120 min. Procesą nutraukdavo kiekvieną kartą nurodytu laiku pridėdami trifluoracto rūgšties iki galutinės koncentracijos 5%. Pavyzdžiai buvo išdžiovinami ir aminorūgščių išsiskyrimas buvo nustatomas reakcija su dabsilchloridu (dimetilaminobenzensulfonilchloridu) 0.2 mM NaHCO3 (pH 9.0) 70°C temperatūroje 12 min. (Chang ir kt. Meth.Enzym. 90, 41-48, 1983). Susidariusios aminorūgštys (16 kiekvieno pavyzdžio) buvo analizuojamos siaurakanaliu atvirkščių fazių HPLC metodu, modifikuotu Chang ir kt. (Techn. in Protein Chem, T.Hugli, ed. Ac.Press, NY (1989), 305-311 pp). Kiekvieną nurodytą momentą kiekybiniai rezultatai buvo gauti palyginant su standartinėmis žinomomis aminorūgštimis (1 pikomolis). Pradžioje buvo stebimas suardytas glicinas. Inkubacijos metu vienintelė aminorūgštis, kurios išaugo kiekis, buvo alaninas. Po 2 inkubacijos vai., buvo nustatytas bendras kiekis Ala 25 pikomoliai: ekvivalentiškas 0.66 moliui Ala, išlaisvintas iš molio baltymo. Šis rezultatas rodo, kad gamtinė SCF molekulė žinduolių organizme turi Ala karboksilinės liekanos pavidale, kas atitinka C-galo S-2 peptido sekos analizę, kuri turi C-galo Ala. Ši išvada taip pat sutinka su žinomu karboksipeptidazės specifiškumu, PtLu ir kt., J.Chromat. 447, 351364 (1981). Pvz., skaldymas nutraukiamas, jeigu sutinkama seka Pro-Val. S-2 peptidas turi seką S-R-V-S-V-(T)-K-P-F-M-L-P-P-V-A-(A) ir apspręstas C-galo peptidu SCF (žr. šio pavyzdžio skyrių).An aliquot of SCF-protein (500 picomoles) was placed in 10 mM sodium acetate buffer, pH 4.0 (final volume 90 mL) and Brij-35 up to 0.05% w / v was added. A 5 ml aliquot was taken for protein quantification. 40 ml of the sample was diluted to 100 ml with the above buffer, followed by addition of carboxypeptidase P (Penicillium janthinellum) in a ratio of 1: 200 enzyme-substrate. The process was run at 25 ° C; An aliquot of 20 ml was taken at 0, 15, 30, 60 and 120 min. The process was terminated by adding trifluoroacetic acid to a final concentration of 5% each time. Samples were dried and amino acid release was determined by reaction with dabsyl chloride (dimethylaminobenzenesulfonyl chloride) 0.2 mM NaHCO3 (pH 9.0) at 70 ° C for 12 min. (Chang et al., Meth. Enzym. 90, 41-48, 1983). The resulting amino acids (16 per sample) were analyzed by narrow-channel reverse phase HPLC modified by Chang et al. (Techn. In Protein Chem, T. Hugli, ed. Ac.Press, NY (1989), 305-311 pp.). Quantitative results were obtained at each indicated time point against standard known amino acids (1 picomole). Initially, degraded glycine was observed. During incubation, the only amino acid that increased in amount was alanine. After 2 hours of incubation, the total amount of Ala 25 picomoles: equivalent to 0.66 mole of Ala released from the mole protein was determined. This result indicates that the natural SCF molecule in mammals contains Ala in the form of a carboxylic residue, which is consistent with the C-terminal S-2 peptide sequence analysis which contains the C-terminal Ala. This finding is also in agreement with the known specificity of carboxypeptidase, PtLu et al., J.Chromat. 447, 351364 (1981). For example, splitting is terminated if the Pro-Val sequence is matched. The S-2 peptide has the sequence S-R-V-S-V- (T) -K-P-F-M-L-P-P-V-A- (A) and is resolved by the C-terminal peptide SCF (see section of this example).
C-galo seka —P-V-A-(A) riboja proteazinį skaldymą tiktai iki Ala. Peptido S-2 aminorūgščių sudėtis parodo atliekamas 1 Thr, 2 Ser, 3 Pro, 2 Ala, 3Val, 1 Met, 1 Leu, 1 Phe, 1 Lys, 1Arg, viso 16 liekanų. Nustatytos 2 Ala liekanos rodo, kad gali būti 2 Ala liekanos šio peptido C-gale (žr. lentelę skyriuje G). Tokiu būdu BRL SCF baigiasi Ala 185.The C-terminal sequence —P-V-A- (A) limits protease cleavage to Ala only. The amino acid composition of peptide S-2 is shown to be performed on 1 Thr, 2 Ser, 3 Pro, 2 Ala, 3Val, 1 Met, 1 Leu, 1 Phe, 1 Lys, 1Arg, a total of 16 residues. The identified 2 Ala residues indicate that there may be 2 Ala residues at the C-terminus of this peptide (see table in section G). This way the BRL SCF ends with Ala 185.
1. SCF sekos1. SCF sequences
Apjungus rezultatus, gautus po nepažeisto SCF, po jo N-galo pirogliutamino rūgšties, (2) CNBr-peptidų, (3) tripsino peptidų, (4)4 Glu ir C-peptidazės fragmentų pašalinimo sekos analizės, buvo nustatytos N- ir C-galo sekos (11 pieš.) N-galo seka prasideda pirogliutaminine rūgštimi ir baigiasi Met'48. C-galo seka turi 84/85 aminorūgštis (padėtys nuo 82 iki 164/165). Seka nuo 49 iki 81 padėčių nebuvo pastebėta nei viename išskirtame peptide. Tuo labiau didelio, po BNPS-skatolinio skaldymo, peptido nustatyta seka buvo kaip aprašyta šio pavyzdžio H skyriuje. Iš šių papildomų duomenų, o taip pat iš DNR sekos, gautos iš žiurkės SCF (3 pvz.), C- ir Ngalo sekos gali būti suprastos ir gali būti nustatyta bendra seka, kaip parodyta Fig.11. Molekulės N-gale yra pirogliutamimno rūgštis; C-gal-Ala, ką patvirtina pirogliutamataminopeptidazinis ir atitinkamai karboksipeptidazinis procesas.Combining the results obtained after intact SCF analysis of the N- and C- fragments after removal of its N-terminal pyroglutamic acid, (2) CNBr-peptides, (3) trypsin peptides, (4) 4 Glu and C-peptidase fragments end of the sequences (fig 11). N-terminal sequence begins and ends pirogliutaminine acid Met '48. The C-terminal sequence has 84/85 amino acids (positions 82 to 164/165). The sequence from 49 to 81 positions was not observed in any of the isolated peptides. The sequence of the more large peptide after BNPS-skatole cleavage was as described in Section H of this example. From these additional data, as well as from the DNA sequence derived from rat SCF (Ex. 3), the C- and Ngal sequences can be understood and the overall sequence can be determined as shown in Fig.11. At the N-terminus of the molecule is pyroglutamic acid; C-gal-Ala as evidenced by the pyroglutamate aminopeptidase and carboxypeptidase process respectively.
Iš sekų duomenų išplaukia, kad Asn-72 glikozilinta; Asn-109 ir Asn 120, matomai, glikozilintos kai kuriose molekulėse. Asn-65 gali būti pastebėta analizuojant sekas ir, tuo pačiu, gali būti tik iš dalies glikozilinta, jeigu iš viso gali. Ser-142, Thr-143, Thr-155, spėjami iš DNR sekos, negalėjo būti nustatyti aminorūgščių analizės metu, ir to pasėkoje galėjo būti O-surišto angliavandenio prijungimo vietoje. Šios galimos angliavandenio prijungimo vietos nurodytos Fig.11. N-surištas angliavandenis išskirtas storu šriftu; O-surištas angliavandenis nurodytas paprastu šriftu.It follows from the sequence data that Asn-72 is glycosylated; Asn-109 and Asn 120 appear to be glycosylated on some molecules. Asn-65 can be detected by analyzing sequences and, at the same time, can only be partially glycosylated, if at all. Ser-142, Thr-143, Thr-155, which were deduced from the DNA sequence, could not be detected by amino acid analysis and may have resulted in an O-linked carbohydrate attachment site. These possible carbohydrate attachment sites are shown in Fig.11. N-linked carbohydrate is highlighted in bold; O-linked carbohydrate is indicated in simple font.
K. BRL SCF aminorūgščių kompozicinė analizėK. BRL SCF amino acid composition analysis
Aminorūgščių kompozicinei analizei buvo paruošta medžiaga iš C4 kolonos, Fig.7, gauta koncentravimo ir buferinių mainų 50 mM amonio bikarbonate, būdu. Du pavyzdžiai po 70ml buvo atskirai hidrolizuoti 6 N HCI, turinčioje 0.1% fenolio ir 0.05% 2merkaptoetanolio 110°C 24 vai. vakuume. Hidrolizatus išdžiovino, patalpino į natrio citrato buferį ir analizavo, naudojant jonų mainų chromatografiją (aminorūgščių analizatorius Beckman Model 6300).For amino acid composition analysis, material from C4 column, Fig.7, obtained by concentration and buffer exchange in 50 mM ammonium bicarbonate was prepared. Two samples of 70ml were individually hydrolyzed with 6N HCl containing 0.1% phenol and 0.05% 2-mercaptoethanol at 110 ° C for 24 hours. in a vacuum. The hydrolyzates were dried, placed in sodium citrate buffer and analyzed by ion-exchange chromatography (Beckman Model 6300 amino acid analyzer).
Rezultatai pateikti 3 lentelėje. 164 aminorūgščių panaudojimas (iš baltyminių sekų duomenų) siekiant nustatyti aminorūgščių sudėtį, labiau atitinka spėjamoms reikšmėms, negu 193 aminorūgščių naudojimas (kaip nustatyta iš PCR-DNR-darinių sekos duomenų. (Fig.14C).The results are shown in Table 3. The use of 164 amino acids (from protein sequence data) to determine amino acid composition is more in line with the expected values than the use of 193 amino acids (as determined from PCR-DNA sequence data (Fig. 14C).
lentelėtable
Žinduolių SCF kiekybinė aminorūgščių sudėtisQuantitative amino acid composition of mammalian SCF
Aminorūgščių sekos SpėjamosAmino acid sequences Guessed
Moliai moliui baltymo liekanos molekuleiMoles per mole protein residue molecule
Paskaičiuotas molekulinis svoris-18424.Calculated molecular weight-18424.
1 Remiamasi baltyminės sekų analizės 158 liekanomis (išskyrus Cys ir Trp). 1 Based on 158 residues of protein sequence analysis (except Cys and Trp).
2Teoriniai dydžiai paskaičiuoti iš baltymo sekos duomenų (A) ir DNR sekos (B) duomenų. 2 Theoretical values were calculated from protein sequence data (A) and DNA sequence data (B).
3Remtasi 1 -64 seka. 3 Based on 1 -64 sequence.
Žinomo vidutinio kiekio standarto įvedimas į aminorūgščių kompozicijos analizę taip pat įgalina kiekybiškai nustatyti baltymą pavyzdyje: Analizuojamo pavyzdžio dydis buvo gautas 0.117 mg/ml.The introduction of a known average amount standard into the analysis of the amino acid composition also enables the protein to be quantified in the sample: The sample size to be analyzed was 0.117 mg / ml.
pavyzdysexample
Žiurkių ir žmogaus SCF genų klonavimasCloning of rat and human SCF genes
A. Žiurkių SCF kDNR fragmentų amplifikacija ir sugrupavimasA. Amplification and clustering of rat SCF cDNA fragments
Žiurkių SCF baltymo fragmentų aminorūgščių sekų nustatymas leido sudaryti sujungtą, specifinę žiurkės SCF oligonukleotidų seką. Oligonukleotidai imami kaip hibridizacijos testas žiurkės kDNR genomo duotų bazių atskyrimui ir kaip pradmuo bandyme aplifikuojant kDNR dalis, naudojant polimerazės ciklinės reakcijos (PCR) strategiją (Mullis ir kt. Meth. in Enzym. 155, 335-350 (1987). Oligonukleotidus sintetino pagal fosfatinį metodą (Beansage et ai, Tetrahedron Lett, 22, 1859-1862, 1981); (Mc Bride et ai, Tetrahedron Lett, 24, 245-248, 19983); jų sekos parodytos Fig.12A. Raidėmis pažymėta A-adeninas; T-timinas; C-citozinas; G-guaninas; l-inozinas. Fig.12A ženklu “*“ pažymėti oligonukleotidai, kurie turi apribojimų atpažįstant endonukleazines sekas, sekos parašytos 5’->3’.Determination of the amino acid sequences of the rat SCF protein fragments allowed the formation of a linked, specific rat SCF oligonucleotide sequence. Oligonucleotides are taken as a hybridization assay for the separation of rat bases from the rat cDNA genome and as a primer in the assay for the application of cDNA fragments using the polymerase cyclic reaction (PCR) strategy (Mullis et al., Meth. In Enzym. 155, 335-350 (1987)). (Beansage et al., Tetrahedron Lett, 22, 1859-1862, 1981); (Mc Bride et al., Tetrahedron Lett, 24, 245-248, 19983); their sequences are shown in Figure 12A. -Thymin; C-cytosine; G-guanine; l -inosine. The oligonucleotides designated "*" in Fig. 12A, which have limitations in recognizing endonuclease sequences, are 5 'to 3'.
Naudojant sumaišytų ologonukleotidų su žymėtu 32-fosforu tyrimus, buvo atrinktas žiurkių genominio kepenų kDNR ir du BRL kDNR bankų duomenys 219-21 ir 219-22 (Fig.12A), kurių sekos remiasi aminorūgščių sekomis, gautomis pagal 2 pavyzdį. Šiuose eksperimentuose su standartinio metodo kDNR-klonavimu nebuvo išskirti klonai SCF (Maniatis et ai, Molec.Cloning, Cold Spring Harbor, 212-246, 1982).Using rat 32-phosphor-labeled ologonucleotide assays, rat genomic liver cDNA and two BRL cDNA bank data 219-21 and 219-22 (Fig. 12A) were selected based on the amino acid sequences obtained in Example 2. In these experiments with standard method cDNA cloning, no SCF clones were isolated (Maniatis et al., Molec.Cloning, Cold Spring Harbor, 212-246, 1982).
Alternatyvus priartėjimas ir rezultate išskirtos SCF nukleino rūgščių sekos, apėmė PCR technikos naudojimą. Pagal šią metodologiją DNR sritis, apsupta dviem pirminėmis DNR, naudojant daugkartinius replikacijos ciklus, katalizuojamus priimtina DNR-polimeraze (tokia kaip Tag DNR polimerazė), esant trifosfato dezoksinukleozidui, selektyviai amplifikuojasi iri vitro termocirkuliatoriuje. PCR-amplifikacijos specifiškumas bazuojasi ant dviejų pirminių oligonukleotidų, flankiruojančių DNR fragmentų, kurie amplifikuojasi, ir hibridizuojančių prie priešingos spiralės. PCR su dvipusiu specifiškumu nustatant DNR sritis sudėtingame mišinyje ir pasiekiamas naudojant du pradmenis su sekomis, pakankamai specifiškomis šiai sričiai. PCR su vienpusiu specifiškumu naudoja vieną erdvinį specifinį pradmenį ir antrą, kuris gali užimti užplanuotą vietą, esančią visose ar daugelyje atitinkamo mišinio DNR molekulėse. (Loh et ai, Csi. 243, 217-220, 1989).Alternative approximation and the resulting sequences of SCF nucleic acids isolated involved the use of PCR techniques. According to this methodology, a region of DNA surrounded by two primary DNAs is selectively amplified in the in vitro thermocirculator using multiple replication cycles catalyzed by an acceptable DNA polymerase (such as Tag DNA polymerase) in the presence of triphosphate deoxynucleoside. The specificity of PCR amplification is based on two primary oligonucleotides, flanking DNA fragments that amplify and hybridizing to the opposite helix. PCR with bidirectional specificity for the detection of DNA regions in a complex mixture is achieved using two primers with sequences sufficiently specific for this region. PCR with one-sided specificity uses one spatial-specific primer and a second one that can occupy the overlapping site present in all or most of the DNA molecules of the respective mixture. (Loh et al., Csi. 243, 217-220, 1989).
DNR produktai sėkmingai pravestose amplifikacijose yra informacijos apie DNRsekas šaltiniai (Gylbensten, Biotechniques, 7, 700-708, 1989) ir gali tarnauti tam, kad žymėtos hibridizacijos produktai būtų didesnio ilgio ir didesnio specifiškumo, negu oligonukleotidiniai. PCR su atitinkama seka produktams taip pat galima užplanuoti klonavimą į plazmidinius nešiklius, kurie, kaip atrodo, turi užkoduoto peptidinio produkto charakterį.DNA products in successful amplifications contain sources of DNA sequences (Gylbensten, Biotechniques, 7, 700-708, 1989) and can serve to provide labeled hybridization products of greater length and specificity than oligonucleotides. PCR with appropriate sequence products can also be designed to clone into plasmid carriers which appear to have the character of an encoded peptide product.
Žiurkės SCF kDNR-sekos gavimo pagrindinė strategija pateikta Fig.13A. Mažos strėlytės rodo PCR-amplifikaciją, didelės-DNR eiliškumo reakciją. PCR 90.6 96.2 su kDNR-eiliškumo buvo naudojami žiurkės SCF kDNR nepilnai nukleino rūgščių sekai gauti. Šiose PCR pradmenys buvo sumaišyti oligonukleotidai, pagrįsti aminorugščių seka parodyta Fig.11. Naudojant informaciją apie seką, gautą iš PCR 90.6 ir 96.2, buvo paruošti unikalūs sekų pradmenys (224-27 ir 224-26, Fig.12A), naudojami vėlesnėse amplifikacijos ir sugrupavimo reakcijose. DNR, turinti 5’-galą kDNR, buvo gauta PCRThe basic strategy for obtaining rat SCF cDNA sequence is presented in Figure 13A. The small arrows indicate PCR-amplification, the large-DNA sequence reaction. PCR 90.6 96.2 with cDNA-sequencing was used to obtain the partial nucleic acid sequence of rat SCF cDNA. In these PCR primers were mixed oligonucleotides based on the amino acid sequence shown in Figure 11. Using sequence information from PCR 90.6 and 96.2, unique sequence primers (224-27 and 224-26, Fig.12A) were prepared for use in subsequent amplification and clustering reactions. DNA containing the 5'-end of the cDNA was obtained by PCR
90.3, 96.6 ir 625.1 naudojant vienpusio specifiškumo PCR. SCF baltymo papildoma DNR seka C-gale buvo gauta PCR 90.4. DNR seka koduojamos žiurkės SCF kDNR srities likučiui buvo gauta iš PCR produktų. PCR 630.1, 630.2, 84.1 ir 84.2, kaip aprašyta žemiau šio pavyzdžio C skyriuje. Technologija, naudojama gauti žiurkės SCF kDNR aprašyta žemiau.90.3, 96.6 and 625.1 using one-way specificity PCR. The complementary DNA sequence at the C-terminus of the SCF protein was obtained by PCR 90.4. The DNA sequence coded for the residue in rat SCF cDNA region was obtained from PCR products. PCR 630.1, 630.2, 84.1 and 84.2 as described in Section C of this example below. The technology used to obtain rat SCF cDNA is described below.
RNR ruošė iš BRL ląstelių, kaip aprašyta Okajamos ir kt., Meth.Enzym. 154, 3-28 (1987). PolyA+RNR buvo išskirta oligo (T) celiuliozinės kolonos pagalba, aprašyta Jakobsono Meth in Enzym, 152 t., 254-261 (1987).RNA was prepared from BRL cells as described by Okayama et al., Meth.Enzym. 154: 3-28 (1987). PolyA + RNA was isolated by means of an oligo (T) cellulose column as described in Jakobson Meth in Enzym, 152 vol., 254-261 (1987).
Pirma spiralinė kDNR buvo susintetinta naudojant 1 mg BRLpolyA+RNR kaip šabloną ir (dT) 12-18 kaip pradmenį, teikiamą fermento Mo-MLV revers-transkriptazės (Bethesda Reseach Lab). RNR spiralinė degradacija vyko su 0.14 M NaOH 84°C temperatūroje 10 min. arba inkubuojant verdančio vandens vonioje 5 min. Tirpalo neutralizacijai pridėjo amonio acetato perteklių; kDNR iš pradžių ekstrahavo fenoliu/chloroformu, po to chloroformu/izoamilo alkoholiu ir išsodino etanoliu. Esant galimybei naudoti oligo (dC)- pradmuo PCR reakcijoje turintis vienpusinį specifiškumą 3’-galui kDNR alikvotos su terminaline transferaze iš veršiuko skydliaukės (Boeringer Manheim) buvo pridėtas poli (dG) -uodega”, kaip anksčiau aprašyta (Deng et ai, Meth.Enz., 100, 96-103, 1983).The first helical cDNA was synthesized using 1 mg BRLpolyA + RNA as a template and (dT) 12-18 as a primer provided by the Mo-MLV reverse transcriptase enzyme (Bethesda Reseach Lab). Spiral degradation of RNA occurred with 0.14 M NaOH at 84 ° C for 10 min. or incubation in boiling water bath for 5 min. An excess of ammonium acetate was added to neutralize the solution; The cDNA was first extracted with phenol / chloroform followed by chloroform / isoamyl alcohol and precipitated with ethanol. When available, oligo (dC) - a primer in a PCR reaction with a single-stranded specificity for the 3'-end aliquot of a cDNA with a terminal transferase from a calf thyroid gland (Boeringer Manheim) - was added as previously described (Deng et al., Meth. Enz. 100: 96-103 (1983).
Paskutiniuose aprašymuose, jeigu specialiai neaptarta, denatūraciją kiekviename PCR cikle vykdė 1 min., 94°C; prailginimą-3 ar 4 min. 72°C. Aneliavimo temp. ir trukmė varijavo iš PCR į PCR, dažnai priimant kompromisą tarp dviejų PCR. Mažinant pradmens koncentraciją siekiant kad susikauptų mažiau medžiagos su pradmeniu (VVatson, Amplific., 2, 56, 1969), buvo naudojamos didesnės aneliavimo trukmės; esant PCR didelei produkto koncentracijai didinant išeigą, naudojama mažesnė trukmė ir didesnė pradmenų koncentracija.In the last descriptions, unless specifically discussed, denaturation was performed for 1 min at 94 ° C in each PCR cycle; extension-3 or 4 min. 72 ° C. Annealing temp. and duration varied from PCR to PCR, often compromising between the two PCRs. Higher annealing times were used to reduce the concentration of the primer in order to accumulate less material with the primer (Watson, Amplific. 2, 56, 1969); at high product concentration in PCR, lower duration and higher primer concentration are used to increase yield.
Nustatant aneliavimo temperatūrą, pagrindinis faktorius buvo pradmens Td sujungimo įvertinimas ir tikslai. (Suggs et ai, Daylopmen.Biol.Using Purified Genes, Brovvn, D.D., Fox, C.F. Acad, NY, 683-693, 1981). Čia naudojamus fermentus gavo iš tiekėjų: Stratagene, Promega, arba Perkin-Elmer Cetus. Reakcijos surišėjai buvo naudojami pagal tiekėjų rekomendacijas. Amplifikacijas vykdė arba Soy Tempcycle arba Perkin-Elmer Cetus DNR thermosus. SCF kDNR fragmentų amplifikaciją paprastai vykdė agaro gelio pagalba esant etidiumbromidui ir stebėjo DNR jungtis fluorescencija, stimuliuojant UV spinduliais. Kai kada, kai buvo laukiami maži fragmentai, PCR produktus analizavo naudojant elektroforezę poliakrilamidiniame gelyje. Patvirtinti tam, kad stebimos jungtys yra kDNR fragmentai, buvo stebimi atitinkami jungčių sekančių amplifikacijų su vienu ar daugiau viduje esančių pradmenų. Galutinis patvirtinimas gautas dideksi-sutvarkymu (Sanger et ai, Proc.Natl.Acad.Sci., USA, 74, 5463-5467, 1967) PCR produkto ir tuos produktus palyginant su informacija apie SCF peptidinę seką.The primary factor in determining annealing temperature was the evaluation and targets of primer Td coupling. (Suggs et al., Daylopmen.Biol.Using Purified Genes, Browville, D.D., Fox, C.F. Acad, NY, 683-693, 1981). The enzymes used here were obtained from suppliers: Stratagene, Promega, or Perkin-Elmer Cetus. Reaction binders were used as recommended by the suppliers. Amplifications were performed by either Soy Tempcycle or Perkin-Elmer Cetus DNA thermosus. Amplification of SCF cDNA fragments was typically performed by agar gel in the presence of ethidium bromide and observed DNA binding by fluorescence under UV stimulation. At times, when small fragments were expected, PCR products were analyzed using polyacrylamide gel electrophoresis. Confirmed that the observed junctions are fragments of cDNA, the corresponding amplifications of the junctions with one or more of the primers inside were observed. Final confirmation was obtained from the PCR product of didix ordering (Sanger et al., Proc. Natl.Acad.Sci., 74, 5463-5467, 1967) and comparing these products with the peptide sequence information of SCF.
Pirmuose PCR eksperimentuose naudojo maišytus oligonukleotidus, SCF baltymo sekos pagrindu (Gould, Proc.Natl.Acad.Sci, USA, 86, 1934-1938, 1989. Žemiau patektas PCR amplifikacijos aprašymas, kuri buvo atlikta norint gauti informaciją apie DNR sekas žiurkės kDNR, užkoduotų aminorūgščių, nuo 25 iki 162.The first PCR experiments used shuffled oligonucleotides based on the SCF protein sequence (Gould, Proc.Natl.Acad.Sci, USA, 86, 1934-1938, 1989). Below is a description of the PCR amplification performed to obtain DNA sequences in rat cDNA, of encoded amino acids, 25 to 162.
PCR 90.6 BRL kDNR aplifikavo su 4 pikomoliais 222-11 ir 223-6 kiekvieno po 20 ml. PCR 90.6 produkto alikvotą tyrė elektroforetiškai agaro gelyje ir pastebėjo jungtį artimą norimam dydžiui. 1 ml PCR 90.6 produkto amplifikuotas toliau su 20 pM 222-11 ir 223-6 pradmenų, kiekvieno po 50 ml 15 ciklų, aneliavo 45°C. Dalis šio produkto toliau buvo amplifikuota 25 ciklais esant 222-11 ir 219-25 pradmenims (PCR 96.2), ir tas davė vienodą jungtį agaro gelio elektroforezėje. PCR 96.2 produkto asimetirnė amplifikacija su tais pačiais pradmenimis davė matricą, kuri buvo sutvarkyta. Toliau SCF 96.2 produkto sekas selektyviai amplifikavo naudojant PCR amplifikacijos produktą su 22222 ir 219-21 pradmenimis. Šios PCR produktą naudojo kaip etaloną ir pavyzdžius, žymėtus izotopais.PCR 90.6 BRL cDNA was appended with 4 picomoles of 222-11 and 223-6 of 20 ml each. An aliquot of PCR 90.6 product was analyzed electrophoretically on an agar gel and observed a coupling close to the desired size. 1 ml of PCR 90.6 product was further amplified with 20 pM 222-11 and 223-6 primers, each at 50 ml for 15 cycles, annealing at 45 ° C. Part of this product was further amplified for 25 cycles at 222-11 and 219-25 primers (PCR 96.2), and this gave a uniform coupling in agar gel electrophoresis. Asymmetric amplification of PCR product 96.2 with the same primers yielded a matrix that was reconstituted. Next, the product sequences of SCF 96.2 were selectively amplified using the PCR amplification product with primers 22222 and 219-21. These PCR products were used as a reference and isotope-labeled samples.
Siekiant atskirti žiurkės SCF kDNR 5’-galą, (dC)n turinčias sekas, priimtinas poli(dG)-”galų” kDNR, naudojo kaip nespecifines. PCR 90.3 turėjo (dC)12 (10 pM) ir 223-6 (4 pM) kaip pradmenis ir BRL kDNR kaip etaloną. Reakcijos produktas pasireiškė kaip agregatas su labai dideliu molek. sv., agaro gelio elektroforezėje likdamas arti užnešimo ribos.In order to distinguish between the 5 'end of the rat SCF cDNA, (dC) n- containing sequences, acceptable for the poly (dG) -'ends', were used as non-specific. PCR 90.3 had (dC) 12 (10 pM) and 223-6 (4 pM) as primers and BRL cDNA as standard. The reaction product appeared as an aggregate with a very large molecule. sv., staying close to the application limit in agar gel electrophoresis.
ml produkto tirpalo buvo amplifikuotas su 25 pM (dC)12 ir 10 pM 25 ml 223-6 15 ciklų, aneliuojamų 45°C. 0.5 ml šio produkto po to buvo amplifikuota 25 cikluose su 219-25 ir 201-7 pradmenimis (PCR 96.6). Fig.12C parodyta 201-7 seka. Agaro gelio elektroforezėje jungties nebuvo. Dar po 25 PCR ciklų (aneliavimas 40°C) buvo viena matoma jungtis. Po blokingo buvo matoma viena ryški hibridinė jungtis.Papildomi 20 PCR ciklų (625.1), (aneliavimas 45°C) buvo vykdomas, naudojant 201.7 ir 224-27 pradmenis. Po asimetrinės PCR amplifikacijos, buvo sutvarkymas, ko pasėkoje gavo seką, ilgesnę, negu N-galas peptidinio koduoto pre-SCF.ml of product solution was amplified with 25 pM (dC) at 12 and 10 pM in 25 ml of 223-6 for 15 cycles annealed at 45 ° C. 0.5 ml of this product was then amplified in 25 cycles with primers 219-25 and 201-7 (PCR 96.6). Fig.12C shows the sequence 201-7. There was no coupling in agar gel electrophoresis. After 25 cycles of PCR (annealing at 40 ° C), there was one visible linkage. After blotting, one bright hybrid coupling was seen. An additional 20 cycles of PCR (625.1) (45 ° C annealing) were performed using primers 201.7 and 224-27. Following asymmetric PCR amplification, there was an arrangement that resulted in a sequence longer than the N-terminus of the peptide-encoded pre-SCF.
Šią seką naudojo oligonukleotidų pradmens 227-29, turinčio 5'-galo koduotą žiurkės SCF kDNR dalį, planavimui.This sequence was used for the planning of oligonucleotide primer 227-29 having a 5'-end encoded portion of rat SCF cDNA.
Panašiai, 3’-DNR seka, besibaigianti 162 aminorūgštimi, buvo gauta PCR 90.4 sutvarkymu (žr., Fig.13A).Similarly, the 3'-DNA sequence terminating with 162 amino acids was obtained by PCR 90.4 arrangement (see Fig. 13A).
B. RCF genominės DNR klonavimasB. Cloning of RCF Genomic DNA
PCR rezultatai, išplečiant koduoto žiurkės SCF kDNR, kaip aprašyta A sk., buvo naudojami sudarant duomenų bazę su žiurkės genomo sekomis (gauti išPCR results, by extension of the encoded rat SCF cDNA as described in Section A, were used to construct the rat genome sequences (obtained from
ClonTech.Lab., No RI1022j). Buvo sukurta bakteriofago pradmens EMBL-3sP6/T7 biblioteka naudojant DNR, gauta iš žiurkės S praque Davvley suaugusio patino. Biblioteka turi 2.3x106 nepriklausomų klonų su vidiniu vidutiniu dydžiu 16kD.ClonTech.Lab., No RI1022j). A bacteriophage primer library, EMBL-3sP6 / T7, was constructed using DNA obtained from adult male S praque Davvley rats. The library has 2.3x10 6 independent clones with an average size of 16kD.
PCR naudojo sukuriant 32P-žymes, naudojamas bibliotekos sudarymui. PCR (Fig.13A) atliko reakcijoje su 16.7 mM 32P (alfa)-dATP, 200 mM dGTP, 200 mM dCTP, 200 mM dTTP, reakcijos buferiu, pateiktu Pertin Elmer Cetus, Tag-polimerazę (Pertin Elmer Cetus) 0.05 vnt/ml, 0.5 mM 219'2 6, 0.05 mM 223-6 ir 1 ml etalono 90.1, turintis pradmenų prisijungimo vietas. PCR2 vykdė analogiškomis sąlygomis, išskyrus tai, kad pradmenys ir etalonas buvo pakeisti - naudojo 0.5 mM 222-11,0.05 mM 219-21 ir 1 ml etalono, gauto PCR 96.2.PCR was used to generate the 32 P-tags used to construct the library. PCR (Fig. 13A) was performed in reaction with 16.7 mM 32 P (alpha) -dATP, 200 mM dGTP, 200 mM dCTP, 200 mM dTTP, reaction buffer provided with Pertin Elmer Cetus, Tag polymerase (Pertin Elmer Cetus) 0.05 units / ml, 0.5 mM 219 ' 2 6, 0.05 mM 223-6, and 1 ml of standard 90.1 containing primer binding sites. PCR2 was run under analogous conditions except that primers and standard were replaced by using 0.5 mM 222-11.0.05 mM 219-21 and 1 ml standard obtained in PCR 96.2.
Apie 106 bakteriofagų patalpino į lėkšteles, kaip aprašyta Maniatis et ai, 1982. Plokštelės buvo perneštos ant filtrų Gene Screen Plūs (22x22 cm; Nen/Du Pont), kurie buvo denatūruoti, neutralizuoti ir išdžiovinti pagal tiekėjo instrukciją. Kiekvieną lėkštelę filtravo du kartus.About 10 6 bacteriophages were placed in plates as described by Maniatis et al., 1982. Plates were transferred onto Gene Screen Filters (22 x 22 cm; Nen / Du Pont) which were denatured, neutralized and dried according to the supplier's instructions. Each plate was filtered twice.
Filtrus prehibridizavo 1 M NaCl, 1% jaučio serumo albuminu, 0.1% fikoliu, 0.1% polivinilpirolidonu (hibridizavimo tirpalas) 16 vai., 65°C ir saugojo -20°C. Filtrus pernešė į šviežią hibridizacijos tirpalą su 32P žymėtu PCR produktu prie 1.2x105 crm/ml ir hibridizavo 14 vai. 65°C. Filtrus plovė 0.9 M NaCl, 0.09 M natrio citratu, 0.1% SDS, pH 7.2 (plovimo tirpalas) 2 vai. kambario temp., po to - antras plovimas 30 min. šviežiame vandens tirpale 65°C. Bakterofagų klonai lėkštelėse atitinkantys radiaktyvias dėmes, buvo pašalinti iš lėštelių ir sortiruoti su PCR1 ir PCR2 pvz.The filters were pre-hybridized with 1 M NaCl, 1% bovine serum albumin, 0.1% ficol, 0.1% polyvinylpyrrolidone (hybridization solution) for 16 h at 65 ° C and stored at -20 ° C. The filters were transferred to fresh hybridization solution with 32 P-labeled PCR product at 1.2x10 5 crm / ml and hybridized for 14 h. 65 ° C. The filters were washed with 0.9 M NaCl, 0.09 M sodium citrate, 0.1% SDS, pH 7.2 (washing solution) for 2 h. room temperature followed by a second wash for 30 min. in fresh water at 65 ° C. Bacterophage clones in plates corresponding to radioactive spots were removed from the plates and sorted with PCR1 and PCR2 e.g.
DNR iš teigiamų klonų buvo paveikta endonukleazėmis BamHI, Sphl ar Ssti ir gauti fragmentai subklonuoti (Fig.19) ir iš eilės sutvarkyti. Sutvarkymo schema žiurkės genominio SCF DNR parodyta Fig.14A. Piešinio viršutinėje dalyje - žiurkės genominio SCF DNR. Tarpai linijose - sritys, kurios nebuvo sutvarkytos. Dideli boksai - SCF geno koduotų dalių aksonai. Strėlėmis nurodytos sritys, kurios buvo sutvarkytos ir naudojamos žiurkės geno SCF sekų jungtims. Žiurkės SCF seka parodyta Fig.14B.DNA from positive clones was subjected to BamHI, Sphl or Ssti endonucleases and the resulting fragments subcloned (Fig. 19) and sequenced. An arrangement scheme for rat genomic SCF DNA is shown in Figure 14A. In the upper part of the figure is the DNA of rat genomic SCF. Line spacing - areas that have not been fixed. Large boxing - axons of the coded parts of the SCF gene. The arrows indicate the areas that have been arranged and used to connect the rat gene SCF sequences. The rat SCF sequence is shown in Figure 14B.
Naudojant PCR1 žiurkės genomo bibliotekai, buvo išskirti klonai, atitinkantys koduotų SCF aminorūgštimis nuo 19 iki 176, aksonus. Norint gauti klonus aksonams, 19 aminorūgščių kodavimo srityje atrinkta biblioteka naudojant oligonukleotidų 228-30 mėginius. Tas pats filtrų rinkinys, kaip ir PCR1, buvo prehibridizuotas ir hibridizuotas tirpale su 32P žymėtu oligonukleotidu 228-30 (0.03 pM/ml) 50°C 16 vai. Filtrus plovė 30 min. kambaro temperatūroje praplovimo tirpale, po to antras praplovimas šviežiame vandeniniame tirpale 15 min., 45°C. Bakterofagų klonai buvo išimti iš lėkštelių ir sortiruoti su 228-30 pvz. DNR iš teigiamų klonų buvo paveikta endonukleazėmis ir subklonuota. 228-30 tyrimai įgalino gauti klonus, atitinkančius koduotas amino rūgštis nuo 20 iki 18 aksonuose.Using PCR1 for the rat genomic library, clones corresponding to amino acids 19 to 176 of the encoded SCF were isolated. To obtain clones for axons, a library was selected using oligonucleotide 228-30 samples in the 19 amino acid coding region. The same set of filters as for PCR1 was prehybridized and hybridized in solution with 32 P-labeled oligonucleotide 228-30 (0.03 pM / ml) at 50 ° C for 16 h. Filters were washed for 30 min. at room temperature in the rinse solution followed by a second rinse in fresh aqueous solution for 15 min at 45 ° C. Bacterophage clones were removed from the plates and sorted with 228-30 e.g. DNA from positive clones was exposed to endonucleases and subcloned. Studies 228-30 enabled the production of clones corresponding to coded amino acids from 20 to 18 axons.
Buvo keletą kartų bandyta išskirti klonus, atitinkančius aksonus (a), turinčius 5’netransliuotas sritis ir aminorūgščių nuo -25 iki -21 kodavimo sritis. Šioje srityje žiurkės SCF klonai nebuvo išskirti.Several attempts have been made to isolate clones corresponding to axons (a) having 5'untranslated regions and -25 to -21 amino acid coding regions. No rat SCF clones were isolated in this area.
C. Žiurkės kDNR klonavimas ekspresijai žinduoliu ląstelėseC. Cloning of rat cDNA for expression in mammalian cells
Tam, kad įsitikinti ar gali žiurkės SCF aktyvus polipeptidinis produktas būti išreikštas ar sekretuojamas žinduolių ląstelių, buvo naudotos žiurkės SCF (SCF1'162, SCF1’164) ir SCF1'193 baltymo ekspresijos sistemos, žinomos iš geno transliacijos,(Fig. 14C).To determine whether the rat SCF active polypeptide product can be expressed or secreted in mammalian cells, rat SCF (SCF 1 ' 162 , SCF 1 ' 164 ) and SCF 1 ' 193 protein expression systems known from gene translation were used (Figs. 14C).
Šiuose eksperimentuose naudojamas ekspresijos pernešėjas turi pVC119, SV40 ir HTLV sekas. Pernešėją naudojo autonominėje replikacijoje žinduolių ir E.coli ląstelėse ir egzogeninės DNR ekspresijai, kontroliuojant virusinės DNR sekai. Šis pernešėjas pažymėtas V19.8, esantis E.coli DH5, pteiktas Amer. TypeCultureColIect., 12301 Parklavvn Drive Rockville, M (ATCC#68124). Šis pernešėjas yra pSVDM19 darinys, aprašytas JAV patente 4 810 643.The expression vector used in these experiments contains the pVC119, SV40, and HTLV sequences. The vector was used for autonomous replication in mammalian and E.coli cells and for expression of exogenous DNA under the control of viral DNA sequences. This vector is designated V19.8 at E.coli DH5 by Amer. TypeCultureColIect., 12301 Parklavvn Drive Rockville, M (ATCC # 68124). This vector is a derivative of pSVDM19 described in U.S. Patent No. 4,810,643.
kDNR žiurkės SCF buvo įvesta į plazmidinį nešiklį V19.8. kDNR seka parodyta Fig.14C. Šioje konstrukcijoje naudojo DNR, sinezuotą PCR 630.1 ir 630.2 reakcijose, kaip parodyta Fig.13A. Šios PCR yra nepriklausomos amplifikacijos ir naudojo sintetinius oligonukleotidų pradmenis 227-29 ir 227-30. Sekos šiems pradmenims buvo gautos iš kDNR, generuotos PCR, kaip aprašyta šio pvz. A skyriuje. 50ml reakcijos mišinys buvo iš reakcijos buferio (iš rinkinio Perkin Elmer Cetus), 250 mM dATP, 250 mM dCTP ir 250 mM dGTP, 250 mM dTTP, 200 mg oligo (dT), 1 pM 227-29, 1 pM 22730 ir 2.5 vnt Tag-polimerazės (Perkin Elmer Cetus). kDNR amplifikavo per 10 ciklų, denatūravimo temp. 94°C 1 min., užgrūdinimo temp. 37°C 2 min., prailginimo temp. 72°C 1 min. Po šių PCR ciklų į kiekvieną reakciją pridėjo po 10 pM 227-29 ir 10 pM 22730. Amplifikaciją vykdė 30 ciklų tomis pačiomis sąlygomis, išskyrus tai, kad aneliavimo temp. buvo iki 55°C. PCR produktai veikti endonukleazėmis Hind III ir Sstll. V19.8 analogiškai veikė HindlII ir Sstll ir, vienu atveju, plazmidinį nešiklį veikė veršiuko skrandžio fosfataze, kitu atveju-izoliavo didelį fragmentą ardyto produkto iš agarinio gelio. kDNR ligavo V19.8 naudojant polinukleotidinę ligazę T4. Ligavimo produktus transformavo į kompetentinį kamieną. E.coli DH5, kaip aprašyta (Okajama et ai, Supra, 1987). DNR gauta iš bakterijų kamienų ir sutvarkyta pagal Sangeria didezoksi metodą. Fig.17 parodyta V19.8. Šias plazmides naudojo žinduolių ląstelių transfekcijoje, kaip parašyta 4 ir 5 pvz.Rat SCF of cDNA was introduced into plasmid carrier V19.8. The cDNA sequence is shown in Figure 14C. This construct used DNA synthesized in PCR reactions 630.1 and 630.2 as shown in Fig.13A. These PCRs are independent amplifications and used synthetic oligonucleotide primers 227-29 and 227-30. The sequences for these primers were obtained from cDNA generated by PCR as described in this example. In Section A. The 50ml reaction mixture was from reaction buffer (from Perkin Elmer Cetus kit), 250 mM dATP, 250 mM dCTP and 250 mM dGTP, 250 mM dTTP, 200 mg oligo (dT), 1 pM 227-29, 1 pM 22730, and 2.5 units. Tag polymerases (Perkin Elmer Cetus). cDNA was amplified over 10 cycles with denaturation temp. 94 ° C for 1 min, hardening temp. 37 ° C for 2 min, extension temp. 72 ° C for 1 min. Following these PCR cycles, 10 pM 227-29 and 10 pM 22730 were added to each reaction. Amplification was performed for 30 cycles under the same conditions except that the annealing temp. was up to 55 ° C. PCR products were exposed to Hind III and Sstll endonucleases. V19.8 acted in a similar manner to HindIII and SstII and, in one case, acted on the plasmid carrier against calf gastric phosphatase, in another case, isolated a large fragment of the digested product from the agar gel. cDNA was ligated to V19.8 using polynucleotide ligase T4. The ligation products were transformed into a competent strain. E.coli DH5 as described (Okajama et al., Supra, 1987). DNA was obtained from bacterial strains and arranged according to the Sangeria dideoxy method. Fig.17 shows V19.8. These plasmids were used for transfection of mammalian cells as described in Examples 4 and 5.
Žiurkės SCF1-164 ekspresijos pernešėjas buvo sukonstruotas pagal metodą, naudojamą SCF1-162, kur kDNR susintetinta PCR amplifikacijos pagalba ir įvesta į V19.8. kDNR buvo susintetinta PCR amplifikacijoje su V19.8, turinčiu SCF1’162 kDNR (V19.8:SCF1'162) kaip matricą, 227-29 kaip pradmuo geno 5’-galui ir 237-19, kaip pradmuo geno 3’-galui. Dublikacijos reakcija (50 ml) turėjo reakcinį buferį lx, 250 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP, 2.5 vnt Tag polimerazės, 20mg V19.8:SCF1'162 ir po 20 pM pradmens. kDNR amplifikavo 35 cikluose 94°C 1 min., 55°C 2 min., 72°C 2 min. Gautus produktus veikė endonukleaze HindlII ir Sstll ir įterpė į V19.8. pernešėjas turi aminorūgščių SCF kodavimo sritį nuo -25 iki 164. kDNR 193 aminorūgščiai (žiurkės SCF1'193 numatomas iš DNR sekų transliacijos,Fig.14C) taip pat buvo įterpta į V19.8, analogiškai SCF1'162 Čia naudojama kDNR susintetinta PCR reakcijose, 84.1 ir 84.2 (Fig.13A) su 227-29 ir 230-25 oligonuleotidų pagalba. Dvi amplifikacijos reakcijos prasideda nuo skirtingų RNR preparatų. Pagal šio pavyzdžio A skyrių, PCR reakcijoje buvo gauta seka 227-29; 230-25 gauta iš žiurkės genomo DNR (Fig.15B). Reakcijos (50 ml) turėjo reakcijos buferį lx, (Perkin Elmer Cetus), po 250 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP, 200 mg oligo (dT)/10 pM 227-29, 10 pM 230-5 ir 2.5 Tag (Perkin Elmer Cetus).The rat SCF1-164 expression transporter was constructed according to the method used in SCF1-162, where cDNA was synthesized by PCR amplification and introduced into V19.8. cDNA was synthesized by PCR amplification with V19.8 containing the SCF 1 ' 162 cDNA (V19.8: SCF 1 ' 162 ) as a template, 227-29 as a primer for the 5 'end of the gene and 237-19 as a primer for the 3' of the gene. to the end. The duplication reaction (50 mL) contained 1x reaction buffer, 250 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP, 2.5 units Tag polymerase, 20mg V19.8: SCF 1 ' 162, and 20 pM primer. cDNA was amplified in 35 cycles of 94 ° C for 1 min, 55 ° C for 2 min, 72 ° C for 2 min. The resulting products were exposed to HindllII and Sstll endonuclease and inserted into V19.8. the transporter has an amino acid SCF coding region from -25 to 164. The 193 amino acids of cDNA (rat SCF 1 ' 193 predicted from the translation of the DNA sequences, Fig. 14C) were also inserted into V19.8, analogous to SCF 1 ' 162. in Reactions 84.1 and 84.2 (Fig.13A) with the help of oligonuleotides 227-29 and 230-25. The two amplification reactions start with different RNA preparations. According to section A of this example, the PCR reaction yielded sequence 227-29; 230-25 were obtained from rat genomic DNA (Fig. 15B). Reactions (50 mL) contained reaction buffer 1x, (Perkin Elmer Cetus) followed by 250 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP, 200 mg oligo (dT) / 10 pM 227-29, 10 pM 230-5 and 2.5 Tag (Perkin). Elmer Cetus).
kDNR amplifikavo 5 ciklais, 94°C 1.5 min., 50°C 2 min., 72°C 2 min. Po šių ciklų amplifikacija buvo vykdoma dar 35 ciklus tokiomis pat sąlygomis, išskyrus tai, kad aneliavimas buvo 60 °C. PCR amplifikacijos produktus veikė endonukleazėmis HindlII, Sstll; V19.8 DNR veikė HindlII ir Sstll iš agaro gelio išskyrė didelį fragmentą. kDNR ligavo iki V19.8 polinukleotidinės ligazės T4 pagalba. Ligandus transformavo į kompetentinį E.coli kamieną ir sutvarkė DNR, paruoštą iš individualių klonų. Šias plazmides naudojo žinduolių ląstelių transfekcijai 4 pvz.cDNA was amplified in 5 cycles, 94 ° C for 1.5 min, 50 ° C for 2 min, 72 ° C for 2 min. After these cycles, amplification was continued for another 35 cycles under the same conditions except that the annealing was at 60 ° C. PCR amplification products were exposed to HindIII, Sstll endonucleases; V19.8 DNA was exposed to HindIII and Sstll isolated a large fragment from the agar gel. The cDNA was ligated to V19.8 by polynucleotide ligase T4. The ligands were transformed into a competent E. coli strain and arranged in DNA prepared from individual clones. These plasmids were used for transfection of mammalian cells e.g.
Žmogaus CSF kDNR PCR produkto amplifikaciją ir sutvarkymasAmplification and arrangement of the human CSF cDNA PCR product
Žmogaus SCF kDNR gavo iš hepatomos HepS2 ląstelių linijos (ATCC HB 8065) PCR amplifikacijos pagalba, parodyta Fig.13B. Amplifikaciją vykdė su pradmenimis, kurių seka buvo gauta iš žiurkės SCF .Human SCF cDNA was obtained from hepatoma HepS2 cell line (ATCC HB 8065) by PCR amplification shown in Figure 13B. Amplification was performed with primers sequenced from rat SCF.
RNR ruošė pagal Maniatis et ai, (1982). PoliA+RNR gavo naudojant oligo (dT) celiuliozę pagal tiekėjo (ColIab.Res. I ne) instrukciją.RNA was prepared according to Maniatis et al., (1982). PolyA + RNA was obtained using oligo (dT) cellulose according to the supplier's (ColIab.Res. I no) instructions.
Pirmos grandinės kDNR ruošė kaip ir BRL kDNR, išskyrus tai, kad sintezę iniciavo 2 mM oligonukleotidu 228-28, parodytu Fig.12C, turinčiu trumpą 3’ seką, prijungtą prie ilgesnės unikalios sekos. Dalis unikalios sekos 228-28 apsprendžia tikslinę vietą PCR amplitikacijai su 228-29 pradmeniu. Žmogaus kDNR sekos giminingos žiurkės kDNR sekoms, buvo amplifikuotos iš HepG2 per PCR, naudojant 227-29 ir 228-29 pradmenis (PCR 22.7, žr. 13B pieš.); 15 aneliavimo ciklų 60°C, po to 15 ciklų 55°C.The first strand cDNA was prepared in the same manner as the BRL cDNA except that the synthesis was initiated by the 2 mM oligonucleotide 228-28 shown in Figure 12C having a short 3 'sequence linked to a longer unique sequence. Part of the unique sequence 228-28 determines the target site for PCR amplification with primer 228-29. Human cDNA sequences for cognate rat cDNA sequences were amplified from HepG2 by PCR using primers 227-29 and 228-29 (PCR 22.7; see Figure 13B); 15 cycles of annealing at 60 ° C followed by 15 cycles of 55 ° C.
Agaro gelio elektroforeze neišryškino jungčių, tik dėmes heterogenines DNR dydžio atžvilgiu. Sekanti PCR buvo vykdoma su 1 ml PCR 22.7 produkto, naudojant žiurkės SCF 222-11 ir 228-29 pradmenis (PCR 24.3; 20 aneliavimo ciklų 55°C). Agaro gelyje vėl buvo heterogeninės DNR dėmės. Dvipusė specifinė PCR amplifikacija PCR 24.3 produktų su 222-11 ir 227-30 pradmenimis (PCR 25.10, 20 ciklų) padidino produkto ordinarinę pagrindinę jungtį iki žiurkės SCF kDNR PCR produkto reikšmės. Asimetrinės PCR (PCR 33.1) DNR, naudojant 224-24 pradmenį, produkto sutvarkymas davė apie 70 žmogaus SCF sekų.Agar gel electrophoresis did not reveal the junctions, only the stains were heterogeneous in DNA size. The following PCR was performed with 1 ml of PCR 22.7 product using rat SCF 222-11 and 228-29 primers (PCR 24.3; 20 annealing cycles at 55 ° C). The agar gel again contained heterogeneous DNA stains. Two-way specific PCR amplification of PCR 24.3 products with 222-11 and 227-30 primers (PCR 25.10, 20 cycles) increased the product's normal core binding to the value of the rat SCF cDNA PCR product. Product arrangement of asymmetric PCR (PCR 33.1) DNA using primer 224-24 yielded about 70 human SCF sequences.
Amplifikacija PCR 22.7 1 ml produkto su 224-25 ir 228-29 pradmenimis (PCR 24.7, 20 ciklų), o po to su 224-25 ir 227-30 pradmenimis (PCR 41.11) davė vieną pagrindinę tokio pat dydžio jungtį, kaip ir žiurkės SCF atveju, ir po asimetrinės amplifikacijos (PCR 42.3) davė didelio homogeniškumo sekas, lyginant su žiurkės SCF sekomis, naudojant 224-24 pradmenį. Buvo susintetinti unikalūs oligonukleotidai, planuoti žmogaus SCF kDNR; jų sekos pateiktos Fig.12B.Amplification of PCR 22.7 in 1 ml of product with 224-25 and 228-29 primers (PCR 24.7, 20 cycles) followed by 224-25 and 227-30 primers (PCR 41.11) gave one major joint of the same size as the rat. In the case of SCF, and after asymmetric amplification (PCR 42.3) gave highly homogeneous sequences compared to rat SCF sequences using primer 224-24. Unique oligonucleotides were synthesized and mapped to human SCF cDNA; their sequences are shown in Fig.12B.
Norint gauti PCR generuotos, koduotos žiurkės SCF sekomis, kurias naudojo tiriant ekspresiją ir aktyvumą, žmogaus SCF dublikatą, buvo vykdoma PCR su 227-29 ir 22730 pradmenimis 1 ml PCR 22.7 produktui, 50 ml tūrio (PCR 39.1). Amplifikaciją vykdė SoyTempcycter.To generate a PCR-generated, coded rat SCF sequence used for expression and activity, a duplicate human SCF, PCR was performed with primers 227-29 and 22730 for 1 ml PCR product 22.7, 50 ml volume (PCR 39.1). Amplification was performed by SoyTempcycter.
Kadangi buvo nežinomi neatitikimai tarp žmogaus SCF kDNR ir su unikaliu 227-30 pradmeniu žiurkės SCF, pirmuose trijuose cikluose aneliavimą naudojo tik 37°C, po to 55°C. Pasirodė aiški tokio pat dydžio jungtis (apie 590 Dp), kaip ir žiurkės homologo, papildomai amplifikavo ištirpintas nedideles porcijas PCR 39.1 ir PCR su priedais (PCR 41.1). Dėl to, kad PCR 41.1 produktuose buvo daugiau kaip viena jungtis, sekančias PCR darė su tikslu nustatyti bent dalį sekų klonavimui. Ordinarinė intensyvi jungtis pastebėta po PCR 23 ciklų su 231-27 ir 227-29 pradmenimis (PCR 51.2). Asimetrinės PCR su 227-29 ir 231-27 ir sutvarkymas patvirtino žmogaus SCF kDNR sekų buvimą. PCR 41.1 SCD kDNR klonavimą į V19.8 vykdė kaip aprašyta C skyriuje, žiurkės SCF1 162 PCR fragmentams. DNR iš atskirų bakterinių klonų sutvarkyta pagal Sangerio didezoksi metodą.Because of the unknown discrepancies between human SCF cDNAs and the unique 227-30 primer in rat SCF, only 37 ° C was used for the first three cycles, followed by 55 ° C. A clear junction of the same size (about 590 Dp) as the rat homologue appeared and amplified the diluted small portions by PCR 39.1 and PCR with Accessory PCR (PCR 41.1). Due to the presence of more than one junction in PCR 41.1 products, the following PCRs were made to detect at least part of the sequences for cloning. Ordinary intense coupling was observed after PCR for 23 cycles with primers 231-27 and 227-29 (PCR 51.2). Asymmetric PCR with 227-29 and 231-27 and arrangement confirmed the presence of human SCF cDNA sequences. PCR 41.1 SCD cDNA cloning into V19.8 was performed as described in Section C for rat SCF 1 162 PCR fragments. DNA from individual bacterial clones was arranged by the Sanger dideoxy method.
E. Žmogaus SCF genominės DNR klonavimasE. Cloning of human SCF genomic DNA
Mėginį PCR7, sudarytą iš PCR amplifikuotos kDNR, žr. Fig.13B, naudojo bibliotekos sudarymui, turinčios žmogaus genomines sekas. Ribomėginj, tinkamą daliai žmogaus SCF kDNR (žr. žemiau), naudojo teigiamiems trombocitams persėti. PCR7 mėginį paruošė pradedant nuo PCR 41.1 produkto (žr. Fig.13B). PCR 41.1 produktą amplifikavo su pradmenimis (PCR 58.1). PCR 58.1 produktą skiedė 1000 kartų 50 ml reakcijos mišinio , turinčio 20 pM 233-13 ir amplifikavo 10 ciklų. Pridėjus 10 pM 227-30, PCR pailgino dar 20 ciklų. Pridėjo papildomai 80 pM 233-13, reakcinį tūrį padidino iki 90 ml ir PCR pailgino 15 ciklų. Reakcijos produktus skiedė 200 kartų 50 ml ir pridėjo 20 pikoM 231-27 ir 20 pikoM 233-13, ir PCR tęsė 35 ciklų aneliavimo temp. 48°C 96.1 reakcijoje. Žymėtos P-32 PCR vykdė panašiai, išskyrus: PCR 96.1 50 ml tūryje 100 kartų skiedė; 5 pikoM 231 -27 naudojo kaip vienintelį pradmenį; 45 PCR ciklus vykdė 94°C 1 min., 48°C 2 min., 72°C 2 min.For a sample of PCR7 consisting of PCR-amplified cDNA, see p. 13B, used to construct a library containing human genomic sequences. A band assay suitable for a portion of human SCF cDNA (see below) was used to transfer positive platelets. PCR7 sample was prepared starting from PCR product 41.1 (see Fig. 13B). PCR 41.1 product was amplified with primers (PCR 58.1). PCR 58.1 product was diluted 1000 times in 50 ml of reaction mixture containing 20 pM 233-13 and amplified for 10 cycles. The addition of 10 pM 227-30 resulted in an additional 20 cycles of PCR. An additional 80 pM of 233-13 was added, the reaction volume was increased to 90 ml and the PCR was extended by 15 cycles. Reaction products were diluted 200 times in 50 mL and added with 20 peakM 231-27 and 20 peakM 233-13, and the PCR continued for 35 cycles of annealing temp. 48 ° C in reaction 96.1. P-32-labeled PCR performed similarly, except: PCR 96.1 diluted 100-fold in 50 mL volume; 5 used pikoM 231 -27 as the sole primer; 45 PCR cycles were performed at 94 ° C for 1 min, 48 ° C for 2 min, 72 ° C for 2 min.
Ribomėginiu 1 buvo 32P žymėta RNR, tinkanti nukleotidų 2-436hSCF DNR-sekoms, parodytoms Fig.15B, Sudarant pernešėją, PCR 41.1 (Fig.13B) produktą DNR veikė su HindlII ir EcoRI, klonavo j polilinkerj (polyLinker) plazmidinio nešiklio pGEM3 (Promega, Madison, VVisconsin). Rekombinantinis pGEM3:SCF plazmidinės DNR veikė su HindlII. 32P žymėtas mėginys I gautas iš plazmidinės DNR, transkribuojant polimeraze T7 RNR pagal instrukcijas, pateiktas firmos Promega. Reakcija apėmė (3 ml) 250 mg plazmidinę DNR ir 20 mM 32P-STR (katalog.No NEG-008H, NevvEngiand Nuclear (NEN) su papildoma nežymėta STR.Ribbon sample 1 contained 32 P-labeled RNA suitable for the DNA sequences of nucleotides 2-436hSCF shown in Fig. 15B, DNA 41 was exposed to HindIII and EcoRI by constructing the vector 41.1 (Fig.13B), cloned into the plasmid carrier pGEM3 (polyLinker). Promega, Madison, Wisconsin). Recombinant pGEM3: SCF plasmid DNA was exposed to HindIII. 32 P-labeled sample I was obtained from plasmid DNA by transcription with T7 RNA according to the instructions given by Promega. The reaction included (3 ml) 250 mg of plasmid DNA and 20 mM 32 P-STR (catalog No NEG-008H, NevvEngiand Nuclear (NEN) with additional unlabeled STR.
Žmogaus genominė biblioteka buvo gauta iš stratogeno (LaJolIa, CA; cat.No 946203). Biblioteką konstravo bakterofaginiame nešiklyje LambadaFix II, naudojant DNR, gautą iš kaukaziško ežio placentos. Biblioteka turėjo 2000000 pirminių dėmių (plagues), su vidiniu vidutiniu dydžiu daugiau kaip 15kD. Apie 1000000 bakteriofagų patalpino j lėkštelę, kaip aprašyta Maniatis ir kt.(Supra, 1962). Krūvius pernešė ant Gene Screen Pius filtrų (22 kv.cm; NEN Dupont)pagal instrukcijas. Kiekvienai lėkštelei buvo du fltravimai. Filtrus prehibridizavo 6xSSC (0.9 m NaCl, 0.09 M natrio citrato, pH 7.5), 1% SDS 60°C temperatūroje. Hibridizavo filtrus šviežiame tirpale 6xSSC, 1% SDS, turinčiame 32 P žymėtą PCR7 mėginį 200000 srm/ml ir hibridizavo 20 vai. 62°C.The human genomic library was obtained from stratogen (LaJolIa, CA; cat.No 946203). The library was constructed in the bacterial phage carrier LambadaFix II using DNA derived from the placenta of the Caucasian hedgehog. The library had 2,000,000 plagues, with an average average size of more than 15kD. About 1,000,000 bacteriophages were placed in a plate as described by Maniatis et al. (Supra, 1962). The loads were transferred onto Gene Screen Pius filters (22 sq. Cm; NEN Dupont) according to instructions. Each plate had two flutes. The filters were prehybridized with 6xSSC (0.9 m NaCl, 0.09 M sodium citrate, pH 7.5), 1% SDS at 60 ° C. Hybridized the filters in fresh solution 6xSSC, 1% SDS containing 32 P-labeled PCR7 sample at 200,000 srm / ml and hybridized for 20 h. 62 ° C.
Filtrus plovė 6xSSC, 1% SDS 16 vai. 62°C. Bakterofago mėginius, atitinkančius radioaktyvias dėmes, pašalino iš lėkštelės persortiruotos su PCR7 ribomėginiu I tokiu būdu: Filtrus prehibridizavo 6xSSC, 1% SDs ir hibridizavo 18 vai. 62°C, 0.25 M Na3PO4, (pH 7.5), 0.25 M NaCl, 0.001 M EDTA, 15% formamido, 7% SDS ir 1x106 srm/ml. Filtrus plovė 6xSSC, 1% SDS 30 min. 62°C. DNR iš teigiamų klonų veikė endonukleazėmis BamH, Sphl ar Sstl ir gautus fragmentus subklonavo pNC119.The filters were washed with 6xSSC, 1% SDS for 16 h. 62 ° C. Bacterophage specimens corresponding to radioactive spots were removed from the plate re-sorted with PCR7 Ribbon Sample I as follows: Filters were prehybridized with 6xSSC, 1% SDs, and hybridized for 18 h. 62 ° C, 0.25 M Na3PO 4 , (pH 7.5), 0.25 M NaCl, 0.001 M EDTA, 15% formamide, 7% SDS and 1x10 6 srm / ml. The filters were washed with 6xSSC, 1% SDS for 30 min. 62 ° C. DNA from positive clones was exposed to BamH, Sphl or Sstl endonucleases and the resulting fragments were subcloned into pNC119.
PCR 7 mėginio pagalba gavo kloną, turintį koduojamų amino rūgščių nuo 40 iki 176, aksoną ir šj kloną perkeltą į ATCC (depozitas#40681). Norint gauti kloną papildomiems aksonams SCF, žmogaus genominė biblioteka sortiruota ribomėginiu 2 ir oligonukleotidų mėginiu 235-29. Sortiravo kaip paprastai, išskyrus: hibridizaciją su 23529 mėginiu vykdė 37°C ir praplovimai buvo po 1 vai. 37°C ir 44°C. Teigiami klonai sortiruoti su ribomėginiu 2, 3 ir oligonukleotidų mėginiu 235-29 ir 236-31. Ribomėginius ir 3 gavo naudojant analogišką ribomėginį 1, išskyrus: rėk. pGEM3:hSCF plazmidinės DNR veikė endonukleaze P ir (ribomėginys 2e ar Psi (ribomėginys 3) ir (d) ribomėginio sintezei naudojo SP6 RNR polimerazę (Promega).PCR 7 sample obtained a clone containing the coding amino acids 40 to 176, the axon and this clone transferred to the ATCC (deposit # 40681). To obtain a clone for additional axons in SCF, the human genomic library was sorted by ribo sample 2 and oligonucleotide sample 235-29. Sorted as usual except: Hybridization with 23529 samples was performed at 37 ° C and washes after 1 hour. 37 ° C and 44 ° C. Positive clones were sorted with riboprobe 2, 3 and oligonucleotide samples 235-29 and 236-31. Rib samples and 3 were obtained using analogous rib sample 1 except: scream. pGEM3: hSCF plasmid DNA was exposed to endonuclease P and used (SPE RNA polymerase (Promega) for ribe sample 2e or Psi (ribbed sample 3) and (d) for the synthesis of ribose sample).
Fig.15A parodyta strategija, naudota žmogaus genominės DNR sutvarkymui.Figure 15A shows the strategy used to arrange human genomic DNA.
F. Žmogaus SCF kDNR 5’-galo sekaF. 5'-end sequence of human SCF cDNA
PCR 9 produktų sutvarkymas, inicijuotas dviem genospecifiniais pradmenimis, duoda seką srities, apribotos pradmenų 3’-galais. PCR 9, kaip parodyta 3 A pvz., gali duoti flankiruotų sričių sekas. Vienpusė PCR buvo naudota žmogaus SCF 5’netransliuotos srities sekų išplėtimui.Arrangement of PCR 9 products initiated with two genospecific primers yields a sequence of regions delimited by the 3'-ends of the primers. PCR 9, as shown in Example 3A, can yield sequences of flanked regions. One-way PCR was used to extend sequences of the human SCF 5 'untranslated region.
Pirmos linijos kDNR gavo iš poli (A+) RNR iš žmogaus vėžio cistos ląstelių linijos 5637 (ATCC HTB 9), naudojant oligonukleotidą 228- (Fig.12C), kaip pradmenį, kaip aprašyta 3 pvz. Šios DNR su 6 liekanomis pailginimas, sekantis po PCR amplifikacijos su (dC)n pradmenimis, nedavė kDNR fragmentų išplėtimo.First-line cDNA was obtained from poly (A +) RNA from human cancer cyst cell line 5637 (ATCC HTB 9) using oligonucleotide 228- (Fig. 12C) as a primer as described in Example 3. Prolongation of this DNA with 6 residues following PCR amplification with (dC) n primers did not result in extension of the cDNA fragments.
Iš PCR produktų antros linijos sintezės, inicijuotos 228-28 oligonukleotidų (Fig.12C), gavo mažai informacijos apie sekas. Bet turinti “uodegą” pirmos linijos 5637 kDNR, (apie 50 ng) ir 2 pikoM 228-28, inkubavo su Klionovo polimerazė ir po 0.5 pikoM kiekvieno dATP, dCTP, dGTP ir dTTP prie 10-12°C 30 min., j 10 ml 1xNick-translation buferio (Maniatis et ai, Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Lab., 1982).Second-line syntheses of PCR products initiated with oligonucleotides 228-28 (Fig.12C) yielded little sequence information. But the "tail" first-line 5637 cDNA (about 50 ng) and 2 peak 228-28 was incubated with Klionov polymerase and 0.5 peak each with dATP, dCTP, dGTP and dTTP at 10-12 ° C for 30 min, ml of 1x Nick translation buffer (Maniatis et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Lab., 1982).
Gautos kDNR amplifikacija su 228-29, kombinacijoje su SCF-pradmenimis (tokia tvarka: 235-30, 233-14, 236-31 ir 235-29) davė sudėtingus mišinius, turinčius dėmių agaro gelyje, išvaizdą. SCF fragmentų praturtėjimas buvo: specifinės produkto jungties intensyvumas stebimas, kai palyginamieji produktai buvo amplifikuoti dviem pradmenimis (227-29 ir 235-29), pvz., duodant produktą apie 150 dr. Bandymai paimti eilę produktų pagal individualius dydžius, išskiriant dėmes iš agarizuoto gelio ir preamplifikuojant PCR, dauguma atvejų nebuvo gauta tiksliai apibrėžta jungtis, turinti SCF sekas.Amplification of the resulting cDNA with 228-29, in combination with SCF-primers (in order: 235-30, 233-14, 236-31, and 235-29) gave the appearance of complex mixtures containing spots on an agar gel. The enrichment of the SCF fragments was: the intensity of the specific binding of the product was observed when the comparative products were amplified with two primers (227-29 and 235-29), e.g. Attempts to retrieve a number of products by individual sizes, isolating stains from an agarized gel, and preamplifying the PCR did not, in most cases, yield a well-defined linkage containing SCF sequences.
Viena PCR 16.17 reakcija, turinti tik 235-29, įtakojo jungties augimą, kuri išaugo dėl iniciavimo 235-29 pagalba nežinomoje vietoje, 5’ koduojančios srities priedus, kaip parodyta žemėlapyje Fv II ir Fst I su fermentais ir PCR analize su pradmenimis. Šį produktą išvalė iš gelio ir peramplifikavo su 235-29, sutvarkė pagal Zangerio didezoksi metodą, naudojant 32P-žymėtą 228-30 pradmenį. Gauta seka buvo bazė konstruojant 254-9 oligonukleotidą (Fig.12B). Naudojant 3'-nukreiptą pradmenį vėlesnėse PCR kombinacijoje su 5’-nukreiptais SCF pradmenimis, buvo gautos norimų dydžių sekos. Sutvarkius pagal Zangerį tokius PCR produktus, buvo gauti nukleotidai su 180 iki 204 Žmogaus SCF kDNR sekomis (Fig.15C).One PCR 16.17 reaction, with only 235-29, influenced the growth of the junction, which grew by initiation with the aid of 235-29 at an unknown site, 5 'coding region attachments, as shown on the map Fv II and Fst I with enzymes and PCR analysis with primers. This product was gel purified and re-amplified with 235-29, sorted according to the Zanger Dideoxy Method using 32 P-labeled 228-30 primers. The resulting sequence was the base for construction of oligonucleotide 254-9 (Fig. 12B). Using the 3'-directed primer in subsequent PCR combinations with the 5'-directed SCF primers, sequences of desired sizes were obtained. Nucleotides with 180 to 204 human SCF cDNA sequences (Figure 15C) were obtained after Zanger arrangement of such PCR products.
Norint gauti didesnę seką 5’-gale hSCF kDNR, buvo paruošta kDNR pirmos linijos iš 5637 poli A+RNR (apie 300ng), naudojant SCF-specifinj pradmenį (2 pikomoliai 233-14) 16 ml mišinio, turinčio 0.2 vnt MMLU reversinės transkriptazės ir 500 mM kiekvieno dNTP. Po ekstrakcijos fenoliu/chloroformu ir chloroformu ir išsodinimo etanoliu (iš 1 M amonio acetato), nukleino rūgštys buvo suspenduotos 20 ml vandens, patalpintos j verdančio vandens vonią 50 min., po to atšaldytos ir pailgintos terminaline transferaze esant 80 mM dATP CaCI2-turinčiame buferyje (Dengand W, Meth.Enzim., 100, 96-103). Pirmos linijos kDNR su (dA)n-”uodega” produktas buvo išvalytas fenolio-chloroformo ekstrakcija ir etanolio išsodinimu ir perresuspenduotas 20ml 10 mM Tris pH 8.0 ir 1 mM EDTA. Žmogaus SCF kDNR 5’ fragmentų, apie 20 ng svorio (dA)n- 5637 praturtinimą ir amplifikaciją vykdė taip: pirmus vienpusės PCR 26 ciklus vykdė esant SCF-pradmeniui 236-31 arba pradmenų mišiniui, turinčiam (dT)n-sekas ar kartu su 3’ galu, pvz., pradmuo 221-1 ar mišinys 220-3, 220-7 ir 22011 (12C pieš.). Šių PCR produktai (1 ml) buvo po to amplifikuoti antroje PCR, kur buvo 221-12 ir 235-29. Apie 370 bp produkto pagrindinė jungtis stebėta kiekvienu agaro gelio atveju. Gelio mėginys, turintis dalį šios jungties, buvo išimtas Pastero pipetės galiuku ir perneštas į mažą mėgintuvėlį. Pridėjo 10 ml vandens ir tirpdė kaitinimo bloke, kur temp. 84°C.To obtain a larger sequence at the 5 'end of hSCF cDNA, a first line of cDNA from 5637 poly A + RNA (about 300 ng) was prepared using an SCF-specific primer (2 picomoles 233-14) in 16 ml of the mixture containing 0.2 units of MMLU reverse transcriptase and 500 mM of each dNTP. After extraction with phenol / chloroform and chloroform and ethanol precipitation (from 1 M ammonium acetate), the nucleic acids were suspended in 20 ml of water, placed in a boiling water bath for 50 min, then chilled and eluted with 80 mM dATP in CaCl 2 -containing. in buffer (Dengand W, Meth. Enzim. 100, 96-103). The first-line cDNA with (dA) n-tail product was purified by phenol-chloroform extraction and ethanol precipitation and resuspended in 20 ml of 10 mM Tris pH 8.0 and 1 mM EDTA. Enrichment and amplification of the 5 'fragments of human SCF cDNA, about 20 ng (dA) n-5637, was performed as follows: The first 26 single-stranded PCR runs were performed with SCF-primer 236-31 or with primer mix containing (dT) n-sequences or 3 'end, e.g. primer 221-1 or mixture 220-3, 220-7 and 22011 (Fig. 12C). The products of these PCRs (1 mL) were then amplified in a second PCR containing 221-12 and 235-29. At 370 bp, the parent compound was observed for each agar gel. A gel sample containing part of this joint was removed with a Pasteur pipette tip and transferred to a small tube. 10 ml of water were added and dissolved in a heating unit where the temp. 84 ° C.
PCR su 221-12 ir 235-29 (8 pikomoliai kiekvienoje) inokuliuota 40 ml su 2 ml ištirpinto gelio. Po 15 ciklų, analizuojant ant agaro gelio, stebėjo lengvą difuzinę jungtį, apie 370 bp. Vykdė asimetrinius PCR siekiant sudaryti matricas su viršutiniais ir apatiniais siūlais: kiekvienai reakcijai 4 ml produkto ir 40 pikomolių 221-12 ar 235-29 pradmenų, 100 ml tūrį veikė 25 PCR ciklais (1 min., 95°C; 30 sek., 55°C; 4 sek., 72°C). Tiesioginis PCR produktų mišinių, inicijuotų 221-12 (po standartinės ekstrakcijos ir išsodinimo etanoliu) su 32P-žymėtu 262-13 (Fig.12B) sutvarkymas, įgalino gauti 5’seką nuo nukleotido 1 iki 179 (Fig.15C).PCR with 221-12 and 235-29 (8 picomoles each) was inoculated in 40 mL with 2 mL of reconstituted gel. After 15 cycles, light diffusion coupling, about 370 bp, was observed when analyzed on agar gel. Performed asymmetric PCR to form matrices with upper and lower threads: For each reaction, 4 ml of product and 40 picomoles of 221-12 or 235-29 primers, 100 ml volume was exposed to 25 PCR cycles (1 min, 95 ° C; 30 sec, 55 sec) ° C; 4 sec, 72 ° C). Direct arrangement of PCR product mixes initiated with 221-12 (after standard extraction and ethanol precipitation) with 32 P-labeled 262-13 (Fig. 12B) enabled the 5 'sequence from nucleotide 1 to 179 (Fig. 15C).
G. Žmogaus genominės DNR pirmojo koduojančio SCF aksono srityje amplifikaciją ir sutvarkymasG. Amplification and arrangement of human coding for genomic DNA in the first axon of SCF
Žmogaus genominės bibliotekos su SCF oligonukleotidų mėginiais atranka nedavė klonų, turinčių pirmojo koduojančio aksono garsią sritį, po ko buvo mėginta naudoti vienpusės PCR techniką šio aksono supančių genomo sekų, amplifikacijai ir klonavimui.Screening of the human genomic library with SCF oligonucleotide probes did not yield amplification and cloning of clones containing the first region of the first coding axon, followed by the use of a one-way PCR technique for the genome sequences surrounding this axon.
Pradmenų išplėtimą denatūruotoje žmogaus placentinėje DNR (gauta iš Sigmos) vykdė su DNR polimeraze I (Klionovo fermentas, didelis fragmentas) naudojant ne SCF pradmenis 228-28 ar 221-11 žemoje temperatūroje (12°C), kas įtakoja iniciavimą daugelyje skirtingų centrų. Kiekviena reakcija po to buvo skiesta 5 kartus Tag I DNR polimerazės buferyje, kur buvo Tag I polimerazė ir 100 mM kiekvieno dNTP, pailginimas buvo 10 min., 72°C. Produktas buvo praturtintas SCF oligonukleoitais pirmojo aksono (kaip 254-9), PCR reakcijoje su neSCF pradmenimis (228-29 ir 221-11). Elektroforezė parodė, kad dauguma produktų buvo trumpi (<300 bp). Kad pailginti, kiekvieno tarpo gelyje dalis buvo išpjauta ir eliuota. Po išsodinimo etanoliu ir resuspendavimo vandenyje, iš gelio išvalyti produktai buvo klonuoti pGEM4 dariniui, turinčiam Stil dalį, kaip Hind III fragmentą iki Stil.Primer extension in denatured human placental DNA (from Sigma) was performed with DNA polymerase I (Klionov enzyme, large fragment) using non-SCF primers 228-28 or 221-11 at low temperature (12 ° C), which influences initiation at many different centers. Each reaction was then diluted 5 times in Tag I DNA polymerase buffer containing Tag I polymerase and 100 mM each dNTP, elongated for 10 min at 72 ° C. The product was enriched with SCF oligonucleotides in the first axon (as 254-9) in a PCR reaction with non-SCF primers (228-29 and 221-11). Electrophoresis showed that most products were short (<300 bp). To lengthen, a portion of each gap in the gel was cut and eluted. After ethanol precipitation and resuspension in water, the gel-purified products were cloned into the pGEM4 derivative containing the Stil portion as Hind III fragment to Stil.
Buvo atsėtos kolonijos su 32P-žymėtais SCF pirmojo aksono oligonukleotidais. Kelios teigiamos kolonijos buvo identifikuotos Zangerio pagalba. Seka, kuri tęsiasi žemyn nuo pirmo aksono per atitinkamą jungtį eksonitrono į kitą introną, parodyta Fig.15B.Colonies with 32 P-labeled SCF first axon oligonucleotides were seeded. Several positive colonies were identified with the help of Zanger. The sequence extending downward from the first axon through the corresponding junction of the exonitron to the next intron is shown in Fig. 15B.
H. SCF kDNR, koduojančio pelių, beždžionių ir šunų sritis, amplifikacija ir sutvarkymasH. Amplification and arrangement of SCF cDNA encoding mouse, monkey, and canine regions
Pirmo pakrovimo kDNR ruošė iš bendros RNR ar poli A+RNR iš beždžionės kepenų (gauta iš Clontechi) ir ląstelių linijos NIH-3T3 (pelės, ATCC CRL 1858), ir D17 (šuns, ATCC CCL 183). DNR sintezėje naudojamu pradmeniu buvo arba nespecifinis 228-28, ar SCF-pradmuo (227-30, 237-19, 237-20, 230-25 ar 241-6). PCR amplifikuota su 22729 ir viena iš 227-30, 237-19 ar 237-20 davė laukto dydžio fragmentą, kuris buvo sutvarkytas arba tiesiai, arba klonuojant į V19.8 ar pGEM.The first loading cDNA was prepared from total RNA or poly A + RNA from monkey liver (obtained from Clontechi) and cell line NIH-3T3 (mouse, ATCC CRL 1858), and D17 (canine, ATCC CCL 183). The primer used in DNA synthesis was either a nonspecific 228-28 or an SCF primer (227-30, 237-19, 237-20, 230-25 or 241-6). PCR was amplified with 22729 and one of 227-30, 237-19 or 237-20 gave a wild-type fragment that was arranged either directly or by cloning into V19.8 or pGEM.
Papildomos sekos prie SCF kDNR 5’ galo gautos iš PCR, naudojant SCD specifinį pradmenį, 254-9 ir 228-29 kombinaciją.Additional sequences at the 5 'end of the SCF cDNA were obtained from PCR using the SCD-specific primer, combination 254-9 and 228-29.
Papildomas sekas prie 3’ galo gavo po 230-25 DNR, (pelės atveju) ar 241-6 inicijuotos kDNR (beždžionės atveju) su 230-25 ar 241-6, ir 3’ nukreipto SCFpradmeniui, PCR. Panašiais atvejais, amplifikuojant DNR D17, negavo SCF PCR produktų jungčių. Nespecifinis 228-28 buvo naudojamas pirmo pakrovimo iš bendros RNR D 17 sintezės inicijavimui, ko pasėkoje susidaręs mišinys buvo praturtintas SCF sekomis, naudojant PCR 3’galo SCF pradmenis, 227-29 ar 225-31 kombinacijoje su 228-29. Produktų mišinį klonavo į pGEM4 darinius (Promega, Madison, VVisconsin), turinčius Stil sritį bukajame fragmento gale. Gauta heterogeninė biblioteka buvo atsėta su radiožymėtu 237-20, keletas teigiamų klonų buvo sutvarkyta, kas davė šuns SCF3’galo sekas. Žmogaus (Fig.42), beždžionės, šuns, pelės ir žiurkės SCF subrendusių baltymų amino rūgščių sekos pateiktos Fig.16.Additional sequences at the 3 'end were obtained after 230-25 DNA (in the case of mouse) or 241-6 initiated cDNA (in the case of a monkey) with 230-25 or 241-6, and 3' for the primed SCF primer, PCR. In similar cases, amplification of DNA D17 did not result in binding of SCF PCR products. The nonspecific 228-28 was used to initiate the first loading of total RNA D 17 synthesis, resulting in the resulting mixture enriched with SCF sequences using PCR 3'-end SCF primers, 227-29 or 225-31 in combination with 228-29. The product mixture was cloned into pGEM4 derivatives (Promega, Madison, Wisconsin) having the Stil region at the blunt end of the fragment. The resulting heterogeneous library was seeded with radiolabeled 237-20, and several positive clones were rearranged to yield the dog's SCF3'gal sequences. The amino acid sequences of human (Figure 42), monkey, dog, mouse, and rat SCF mature proteins are shown in Figure 16.
Žinomos SCF-aminorūgščių sekos yra homologiškos per visą jų ilgį. Identiški sutapimai signalinių peptidinių sekų yra subrendusio baltymo amino galo koduojamose srityse, lyginant su žiurkės SCF. Ji pažymėta No 1. Šuns kDNR seka turi neapibrėžtą aminorūgščių seką, kas yra valino rezultatas 129 kodone. Žmogaus, beždžionės, šuns, pelės aminorūgščių sekos pateikiamos be kokių nors įtarpų ar iškirpimų. Šuns aminorūgščių seka turi vieną papildomą liekaną 130 pozicijoje. Žmogaus ir beždžionės skiriasi tik vienoje pozicijoje, valino pakeitime (žmogaus) į alaniną (beždžionės) 130 pozicijoje. Numatyta SCF seka iki ar po spėjamo procesinio centro prie 164 liekanos labai pastovi rūšių atžvilgiu.Known SCF-amino acid sequences are homologous throughout their length. Identical overlaps in the signal peptide sequences are in the coding regions of the amino terminus of the mature protein as compared to rat SCF. It is labeled No 1. The dog's cDNA sequence has an indeterminate amino acid sequence, which is the result of valine at codon 129. The human, monkey, dog, mouse amino acid sequences are presented without any inserts or clippings. The dog's amino acid sequence has one additional residue at position 130. Human and monkeys differ only in one position, in the conversion of valine (human) to alanine (monkey) at position 130. The predicted SCF sequence up to or after the putative process center at residue 164 is very consistent with the species.
pavyzdysexample
Rekombinantinio žiurkės SCF ekspresija COS-1 ląstelėseExpression of recombinant rat SCF in COS-1 cells
Pereinamajai ekspresijai COS-1 ląstelėse (ATCC SRL 1650), nešiklis V19.8 (3C pvz.), turintis SCF1-164 ir SCF1-193 genus, transfekuotas dubliuotose 60 mm lėkštelėse (VVigler et ai, Cell, 14, 725-731, 1978). V19.8 SCF plazmidė parodyta Fig.17. Kaip kontrolė, nešiklis taip pat buvo transfekuotas. Plaukiojantys ant paviršiaus kultūros audiniai buvo surinkti skirtingais post-transfekcijos momentais ir analizuotas jų biologinis aktyvumas. 4 lentelėje sumuojami rezultatai Hpp-SCF, 5 lentelėje - MC/93Htimidino duomenys iš tipinių transfekcijos eksperimentų. Biomėginių, plaukiojančių COS-1 ląstelių, transfekuotų tomis plazmidėmis, paviršiuje rezultatai pateikti 4 ir 5 lentelėse; C-galo žiurkės SCF su C-galu aminorūgštis 162 pozicijoje (V19.8 žiurkės SCF1-162), SCF1-162, turinčio glutamino rūgštį 81 pozic. (V19.8 žiurkės SCF1-162 (Glu 81)) ir SCF1-162, turinčio Ala 19 pz. (V19.8, žiurkės SCF1-162 (Alai 9)). Aminorūgščių pakaitalais buvo PCR, vykdytos SCF1-162 amplifikacijoje, produktai, kaip parodyta 3 pvz. Žiurkės SCF1-162 individualūs V19.8 klonai buvo sutvarkyti ir buvo nustatyta, kad du klonai turi aminorūgščių pakaitalus. Kaip matyti 4 ir 5 lent., rekombinantinis žiurkės SCF aktyvus mėginiuose, naudotuose gamtinio žinduolių SCF išvalyme.For transient expression in COS-1 cells (ATCC SRL 1650), carrier V19.8 (Ex. 3C) carrying the genes SCF1-164 and SCF1-193 transfected in duplicate 60 mm plates (Wigler et al., Cell, 14, 725-731, 1978). The V19.8 SCF plasmid is shown in Figure 17. As a control, the carrier was also transfected. Floating surface culture tissues were harvested at different post-transfection moments and analyzed for biological activity. Table 4 summarizes results for Hpp-SCF, Table 5 for MC / 9 3 Hymimidine data from typical transfection experiments. The results of biological samples floating on the surface of COS-1 cells transfected with those plasmids are shown in Tables 4 and 5; C-terminal rat SCF with C-terminal amino acid at position 162 (V19.8 rat SCF1-162), SCF1-162 containing glutamic acid at position 81. (V19.8 rats SCF1-162 (Glu 81)) and SCF1-162 containing Ala 19 pz. (V19.8, rat SCF1-162 (Alai 9)). Amino acid substitutions were the products of PCR performed on SCF1-162 amplification as shown in Example 3. Individual V19.8 clones of rat SCF1-162 were rearranged and two clones were found to have amino acid substitutions. As shown in Tables 4 and 5, recombinant rat SCF is active in the samples used for purification of natural mammalian SCF.
lentelėtable
Paviršiaus COS-1 ląstelių, transfekuotų žiurkės SCF DNR, HPP-SCF tyrimasHPP-SCF Surface Surface COS-1 Cells Transfected with Rat SCF DNA
lentelėtable
MC/93H-timidino duomenys, tiriant paviršiaus COS-1 iš ląst. transfekcijų su žiurkės SCF DNR,MC / 9 3 H-thymidine data for surface COS-1 from cell. transfections with rat SCF DNA,
V19.8 (be intarpų)V19.8 (no inserts)
1.9361.936
2.2522.252
2.1822.182
1.6821.682
V19.8 žiurkės SCF1 -162 25 11.648V19.8 rats SCF1 -162 25 11,648
11.32211.322
11.48211,482
9.6389,638
V19.8, žiurk. SCF1-162(Glu81) 25 6.220V19.8, rat. SCF1-162 (Glu81) 25 6.220
5.3845.384
3.9623.962
1.9801980
V19.8, žiurk. SCF1-162(Ala19 25 8.396V19.8, rat. SCF1-162 {Ala19 25 8.396
6.6466,646
4.5664.566
*) cpm - caunt per minute (impulsų skaičius per min.)*) cpm - caunt per minute (pulses per minute)
Rekombinantiniai žiurkės SCF ir kt. faktoriai buvo tirti žmogaus CFU-GM (Broxmaer et ai., 1977) analize, matuojant normalių kaulų čiulpų ląstelių dauginimąsi; duomenys 6 lent. Paviršiaus COS-1 duomenys po 4 dienų po transfekcijos su V19.8 SCF1-162, kombinacijoje su kitais faktoriais, parodyta 6 lent. Kolonijų skaitlingumas -triplikatinių kultūrų vidurkis.Recombinant rats SCF et al. factors were assayed by analysis of human CFU-GM (Broxmaer et al., 1977) by measuring the proliferation of normal bone marrow cells; data 6 tables Surface COS-1 data at 4 days post-transfection with V19.8 SCF1-162 in combination with other factors are shown in Table 6. Colony Numbers - Mean of triplicate cultures.
Rekombinantiniis žiurkės SCF turi sinergetinį aktyvumą normalioms kaulų čiulpų ląstelėms CFU-GM tyrimuose. Eksperimente (6 lent.) SCF veikė kartu su žmogaus GMSCF, LI-3 ir žm. SCF-1. Kituose tyrimuose, sinergizmas pasireiškė taip pat su G-SCF.Recombinant rat SCF exhibits synergistic activity on normal bone marrow cells in CFU-GM assays. In the experiment (Table 6), SCF acted in combination with human GMSCF, LI-3 and human. SCF-1. In other studies, synergism also occurred with G-SCF.
Žmogaus kaulų čiulpų proliferacija po 14 dienų su SCF turėjo įtaką; grupėse buvo <40 ląstelių.Human bone marrow proliferation after 14 days with SCF had an effect; groups had <40 cells.
lentelėtable
Paviršiaus COS-1 ląstelių, transfekuotų žiurkės SCF DNR, tikrinimas žmogaus CFUGMScreening of surface COS-1 cells transfected with rat SCF DNA in human CFUGM
Pavyzdys Kolonijų skaičius/1000000 ląst. (±EM)Example Number of colonies / 1,000,000 cells (± EM)
Fiziolog. tirpalasPhysiologist. solution
pavyzdysexample
Rekombinantinio SCF ekspresija kiniško žiurkėno kiaušidžių ląstelėseExpression of recombinant SCF in Chinese hamster ovary cells
Šis pavyzdys taikomas stabiliai žinduolių ekspresijos sistemai, SCF sekrecijai iš CHO (ATCC CCL 61, dHFR-).This example applies to a stable mammalian expression system, SCF secretion from CHO (ATCC CCL 61, dHFR-).
A, Rekombinantinis žiurkės SCFA, Recombinant rat SCF
V19.8 (Fig.17) buvo ekspresijos, naudojamos SCF gavimui, nešikliu. Pasirenkamu markeriu gauti stabiliems genams buvo dihidrofolinės reduktazės plazmidėje pDSVE I, genas. pDSVE 1(18 pieš.) yra darinys, sukonstruotas pDSVE veikiant sali fermentu ir liguotas iki oligonulkleotidų fragmento.V19.8 (Fig.17) was a carrier for expression used to obtain SCF. The selectable marker for stable genes contained the dihydrofolic reductase plasmid pDSVE I, a gene. pDSVE 1 (Figure 18) is a derivative engineered by pDSVE under the action of a saline enzyme and ligated to an oligonucleotide moiety.
5’ TCGAC CCGGA TCCCC 3’5 'TCGAC CCGGA TCCCC 3'
3’ GGGCCT AGGGG AGCT 5’3 'GGGCCT AGGGG AGCT 5'
Pernešėjas pDSVE aprašytas US.Nr. 025344 ir 152045, išnašose. Dalis V19.8 ir pDSVE pernešiklio turi ilgas homologijas, įskaitant bakterinį replikacijų šaltinį CO 1 EI ir ampilininio pasipriešinimo geną ir 2-40 replikacijų šaltinį. Tai apsprendžia homologinę rekombinaciją transformacijos proceso metu ir, ryšium su tuo, sąlygoja transformaciją.The carrier pDSVE is described in U.S. Pat. 025344 and 152045, in footnotes. Part of the V19.8 and pDSVE transporter has long homologies, including the bacterial replication source CO 1 EI and the ampilin resistance gene and the 2-40 replication source. This determines homologous recombination during the transformation process and, in connection with this, leads to transformation.
Kalciofosfatinės nuosėdas V19.8 SCF konstrukcijos ir pDSVE-1 ruošė esant 10 mg pelių DNR nešiklio, naudojant 1 ar 0.1 mg pDSVE-1, kurį veikė endonukleaze FVUI ir 10 mg V19.8 SCF. Kolonijas atrinko pagal geno ekspresiją DHFR iš pDSVE-1. Kolonijas, kurios auga nesant hipoksantino ir timidino, atrinko klonuojančių cilindrų pagalba ir išplėtė kaip ląst. linijas. Viršutinio sluoksnio ląsteles tyrė pagal MC/93 H timidino sugėrimą. Rezultatai pateikti 7 lent.Calcium phosphate precipitate was prepared in V19.8 SCF constructs and pDSVE-1 in the presence of 10 mg of murine DNA carrier using 1 or 0.1 mg of pDSVE-1 exposed to endonuclease FVUI and 10 mg of V19.8 SCF. Colonies were selected for gene expression by DHFR from pDSVE-1. Colonies that grow in the absence of hypoxanthine and thymidine were selected by cloning cylinders and expanded as cells. lines. The upper layer cells were assayed for MC / 9 3 H thymidine uptake. The results are shown in Table 7.
lentelėtable
Stabilių CHO paviršiaus ląstelių iš transfekuotų žiurkės CHO-DNR ląstelių, MC/9 3H timidino sugėrimasAbsorption of stable CHO surface cells from transfected rat CHO-DNA cells, MC / 9 3 H thymidine
Transfekuota DNRTransfected DNA
B. Rekombinantinis žmogaus SCFB. Recombinant human SCF
SCF ekspresija CHO ląstelėse buvo pasiekta naudojant pDSVRa2 ekspresijos pernešiklj, kuris aprašytas serNo 501904 nuo 1990.03.29, pateikto išnašose. Šis vektorius turi geną selekcijai ir klonų amplifikacijai, paremtai geno DHFR ekspresija. Klonas pDSVRa2 SCF buvo generuotas dviejų stadijų procese. V19.8 SCF veikė fermentu BamHI ir ligavo pGEM3. DNR iš pGEM3SCF veikė Hindlll ir Sali ir ligavo pDSRa2, paveiktą Hindlll ir Sali. Procesą pakartojo žmogaus genams, užkoduojant COOH-galą 162, 164 ir 183 aminorugščių pozicijose (Fig.15C) ir 248 - Fig.42.SCF expression in CHO cells was achieved using the pDSVRa2 expression transporter described in serNo 501904 dated 29.03.1990 in the footnotes. This vector contains a gene for selection and clone amplification based on the expression of the gene DHFR. The clone pDSVRa2 SCF was generated in a two-step process. V19.8 SCF was exposed to BamHI and ligated to pGEM3. DNA from pGEM3SCF was exposed to HindIII and SalI and ligated to pDSRa2 exposed to HindIII and SalI. The process was repeated for human genes by encoding the COOH-terminus at amino acid positions 162, 164 and 183 (Fig. 15C) and 248 at Fig. 42.
Sukurtos ląstelių linijos buvo patikrintos su metotreksatu (Shimre, Meth.in Enzym., 151, 85-104, 1987) esant 10 nm, siekiant padidinti geno DHFR ir SCF geno ekspresiją. Rėk. žmogaus SCF ekspresijos lygį analizavo radioimuniniu būdu, kaip 7 pvz., ir/arba kolonijų suformavimo in vitro, indukcija, naudojant žmogaus periferinius kraujo iThe generated cell lines were screened with methotrexate (Shimre, Meth.in Enzym. 151, 85-104, 1987) at 10 nm to increase the expression of the DHFR and SCF genes. Scream. human SCF expression levels were analyzed by radioimmunoassay, such as 7 and / or induction of colony formation in vitro using human peripheral blood
leukocitus. Tyrimą atliko kaip aprašyta 9 pvz., (12 lent.), išskyrus, kad inkubacija buvo esant 20% deguonies, 5% anglies dvideginio ir 75% azoto, esant žmogaus EPO (10 vnt/ml). 8 lent.-tipinio eksperimento rezultatai. CHO klono žmogaus SCF1-164 ekspresija buvo patalpinta j ATCC (CRL 10557, 1990.09.25) ir pavadinta HiSCF17.leukocytes. The assay was performed as described in Example 9 (Table 12) except that incubation was with 20% oxygen, 5% carbon dioxide and 75% nitrogen in human EPO (10 units / ml). Table 8 - Results of a typical experiment. Expression of the human SCF1-164 of the CHO clone was placed in the ATCC (CRL 10557, 25.09.1990) and named HiSCF17.
lentelėtable
Kondicinės terpės iš CHO stabilių ląstelių linijos, trasfekuotų žmogaus SCF DNR, HPBL kolonijų analizėAnalysis of HPBL Colonies from Conditioning Media from CHO-Stable Cell Line Transfected with Human SCF DNA
pavyzdysexample
Rekombinantinio SCF ekspresija E.coliExpression of recombinant SCF in E.coli
A. Rekombinantinis žiurkės SCFA. Recombinant rat SCF
Šis pavyzdys yra SCF polipeptidų ekspresija E.coli, koduojant DNR sekas /Met1/žiurkės SCF1'193 (Fig.14C). Nors baltymų ekspresijoje gali būti naudojamas bet koks nešiklis, naudojama ši DNR plazmidė pCFM 1 156 (Fig.19). Ši plazmidė lengvai konstruojama iš pCFM 836 (JAV patentas Nr.4710473) suardant dvi endogenines NdeI dalis, naudojant polimerazę T4, einančią po buko galo ligavimo ir pakeičiant nedidelę DNR seką tarp dal ir Kpnl, dalimis su nedideliais nukleotidais, parodytais žemiau.This example is the expression of SCF polypeptides in E.coli encoding DNA sequences / Met1 / rat SCF 1 ' 193 (Fig. 14C). Although any carrier can be used for protein expression, the following DNA plasmid, pCFM1156 (Fig.19), is used. This plasmid is readily constructed from pCFM 836 (U.S. Pat. No. 4,710,473) by cleaving two endogenous parts of NdeI using the T4 polymerase following blunt-end ligation and replacing the small DNA sequence between dal and Kpn1 with the small nucleotides shown below.
5’ CGATTTGATTCT AGAAGGAGGAAT AAC ATA TGGTTA ACG CGT TGG AAT TCGGTAC 3’5 'CGATTTGATTCT AGAAGGAGGAAT AAC ATA TGGTTA ACG CGT TGG AAT TCGGTAC 3'
3’ TAAACTAAGATCTTTCCTCCT TAT TGTATACC AATTGCG CAACCTTAA C 5’3 'TAAACTAAGATCTTTCCTCCT TAT TGTATACC AATTGCG CAACCTTAA C 5'
Kontroliavo baltymo ekspresiją pCF M 1156 plazmoje, naudojant sintetinį stimuliatorių. Aprūpinant Met-iniciavimo kodoną ir atstatant kodoną, pirmoms trims žiurkės SCF polipetido aminorūgščių liekanoms (Glu, Gln, lle) buvo paruoštas sintetinis oligonukleotidinis linkeris.Controlled protein expression in pCF M 1156 plasma using a synthetic stimulator. A synthetic oligonucleotide linker was prepared for the first three amino acid residues of the rat SCF polypeptide (Glu, Gln, lle) by providing the Met initiation codon and restoring the codon.
5’ TATGCAGGA 3’5 'TATGCAGGA 3'
3’ ACGTCCTCTA 5’ su Nd ei ir Bglll liekanomis. Žiurkės SCF geno nedidelis nukleotidas ir fragmentas buvo įterpti į pCFNI 156 liguojant unikalioje padėtyje Ndel ir Sstil plazmidėje, parodytoje Fig.19. SCF1-193 ekspresijos pCEMI plazmidė yra šios reakcijos produktas.3 'ACGTCCTCTA 5' with Nd ei and Bglll residues. The small nucleotide and fragment of the rat SCF gene was inserted into pCFNI 156 by ligation at a unique position in the NdeI and Sstil plasmid shown in Figure 19. The pCEMI plasmid of SCF1-193 expression is the product of this reaction.
Plazmidė pCFM 1156 žiurkės SCF1-193 buvo transfekuota į kompetentines FM E.coli ląsteles. Plazmidžių selekciją vykdė pagal atsparumą markerinio geno antibiotikui (kanomicinui). Plazmidės buvo atskirtos nuo kultūrinių ląstelių ir sintetinių poligonukleotidų DNR sekas ir jų susijungimą su žiurkės SCF genu patvirtino DNR sutvarkymo būdu.Plasmid pCFM 1156 rat SCF1-193 was transfected into competent FM E.coli cells. Plasmid selection was based on resistance to the marker gene antibiotic (canomycin). Plasmids were separated from cultured cells and synthetic polygonucleotides by DNA sequencing and confirmed their binding to the rat SCF gene by DNA sequencing.
Plazmidės pCFM I 156 žiurkės SCF1'162 koduoto (Met'1) žiurkės SCF1 162 polipeptido fragmento iš EcoRL iki SstlI, buvo išskirtas iš V19.8 žiurkės SCF1'162 ir liguotas j pCEM žiurkės SCF1'193 unikaliose padėtyse, tokiu būdu pakeičiant koduojančias sritis žiurkės SCF geno karboksilinėmis liekanomis.Plasmid pCFM I 156 rat SCF 1 ' 162 coded (Met' 1 ) rat SCF 1 162 polypeptide fragment from EcoRL to SstII was isolated from V19.8 rat SCF 1 ' 162 and ligated into pCEM rat SCF 1 ' 193 at unique positions such that by replacement of the coding regions by carboxylic residues in the rat SCF gene.
Plazmidės pCFM 1156 žiurkės SCF1'164 ir pCEM 1156 SCF1'165, koduotų (Met'1) žiurkės SCF1'164 ir (Met1) žiurkės SCF1'165 polipeptidų, atitinkamai buvo izoliuoti EcoRL ir SstlI fragmentai iš PCR DNR, užkoduojantys 3’ galo SCF ir pakeitė DNR koduoto SCF geno karboksilinio galo padėtį. DNR amplifikaciją vykdė su pradmenimis 227-29 ir 23719 konstruojant pCFM I 156 žiurkės SCF1'164 ir 227-29 ir 237-20, konstruojant pCFM 1156 SCF1'165 Plasmid pCFM 1156 rat SCF 1 ' 164 and pCEM 1156 SCF 1 ' 165 encoded (Met ' 1 ) rat SCF 1 ' 164 and (Met 1 ) rat SCF 1 ' 165 polypeptides, respectively, had EcoRL and SstlI fragments from PCR DNA, encoding the 3 'end of SCF and reversed the position of the carboxyl terminus of the DNA encoded SCF gene. DNA amplification was performed with primers 227-29 and 23719 in pCFM I 156 rat SCF 1 ' 164 and 227-29 and 237-20 in pCFM 1156 SCF 1 ' 165
B. Rekombinantinis žiurkės SCFB. Recombinant rat SCF
Šis pavyzdys aprašo ekspresiją E.coli ląstelėse žmogaus SCF polipeptido, koduojant DNR (Met 1) žmogaus SCF1'164 ir (Met'1) žmogaus SCF1'183 (Fig.15C). Plazmidė su V19.8 žmogaus SCF1'162 , turinti žmogaus SCF1'162 geną, naudojo kaip matricą PCR žmogaus SCF geno amplifikacijoje.This example describes expression in E.coli cells of a human SCF polypeptide by encoding DNA (Met 1 ) in human SCF 1 ' 164 and (Met' 1 ) in human SCF 1 ' 183 (Fig. 15C). The plasmid with V19.8 human SCF 1 ' 162 carrying the human SCF 1 ' 162 gene was used as a template for PCR amplification of the human SCF gene.
Oligonukleotidinius pradmenis 227-29 ir 237-19 naudojo PCR DNR generavimui ir veikė endonukleazėmis Pstl ir Sstl. Aprūpinant Met-iniciavimo kodoną ir atstatant kodonus pirmoms keturioms žmogaus polipeptido SCF aminorūgštims (Glu, Gly, Ile, Cys), buvo paruoštas sintetinis oligonukleotidinis linkeris su NdeI ir Pstl galūnėmisOligonucleotide primers 227-29 and 237-19 were used for PCR DNA generation and acted on the endonucleases Pstl and Sstl. By providing a Met initiation codon and restoring codons for the first four amino acids of the human polypeptide SCF (Glu, Gly, Ile, Cys), a synthetic oligonucleotide linker with NdeI and Pstl ends was prepared.
5’TATGGAAGGTATCTGCA 3’5'TATGGAAGGTATCTGCA 3 '
3’ ACCTTCCATAG 5’3 'ACCTTCCATAG 5'
Nedidelis oligolinkeris, gautas iš žmogaus SCF geno, ligavimo pagalba buvo įstatytas į pCEM 1156 (kaip aprašyta anksčiau) unikaliose vietose NdeI ir Pstl plazmidėje, parodytoje Fig.19.A small oligolinker derived from the human SCF gene was ligated into pCEM 1156 (as previously described) at unique sites in the NdeI and Pstl plasmid shown in Figure 19.
Plazmidė pCEM 1156 žmogaus SCF1'164 transformuota į FM5 E.coli kompetentines ląsteles. Ląstelių su plazmidėmis selekciją vykdė pagal atsparumą markerinio geno antibiotikui (kanomicinui). Plazmidės buvo atskirtos nuo kultūrinių ląstelių ir DNR geno sekas patvirtino DNR sutvarkymo būdu.Plasmid pCEM 1156 human SCF 1 ' 164 was transformed into FM5 E.coli competent cells. Plasmid cells were selected for resistance to the marker gene antibiotic (canomycin). The plasmids were separated from the cultured cells and the DNA gene sequences were confirmed by DNA sequencing.
Plazmidės pCEM 1156 žmogaus SCF1'183 koduojančio polipeptido (Met'1) žmogaus polipeptido SCF1183 (Fig.15C), apribojantys fragmentai nuo EcoRL iki HindlII, koduojantys žmogaus SCF geno karboksilinį galą, buvo izoliuotas iš pGEM žmogaus SCF 114-183 (aprašyta žemiau), apribojantis fragmentus nuo Sstl iki EcoRI, koduojantis N-galą žmogaus SCF geno ir buvo izoliuotas iš pCEM 1156 žmogaus SCF1-164, o taip pat buvo izoliuotas didelis fragmentas nuo HindlII iki Sstl iš pCEM 1156. Trys DNR fragmentai buvo kartu liguoti sudarant pCEM 1156 žmogaus SCF1183, kuris buvo transformuotas įFMS E.coli. Po selekcijos pagal atsparumą kanomicinui, buvo izoliuota plazmidinė DNR ir DNR sekų teisingumas tikrintas sutvarkymu.Plasmid pCEM 1156 human SCF 1 ' 183 coding polypeptide (Met' 1 ) human polypeptide SCF 1183 (Fig. 15C), restriction fragments from EcoRL to HindIII encoding the carboxyl terminus of the human SCF gene, was isolated from pGEM human SCF 114-183 (described in below), restricting fragments from Sstl to EcoRI encoding the N-terminus of the human SCF gene and was isolated from pCEM 1156 human SCF1-164, and a large fragment from HindIII and Sstl from pCEM 1156. Three DNA fragments were ligated together to form pCEM 1156 human SCF1183, which was transformed into FMS E.coli. After selection for canomycin resistance, plasmid DNA was isolated and the correctness of the DNA sequences was verified by arrangement.
Plazmidės pGEM3 žmogaus SCF114-183 yra pGEM3 darinys, kuris turi EcoRI-SpHI fragmentą, apjungiantį nukleotidus nuo 609 iki 820 sekų, parodyta Fig.15C. EcoRI-Sphl įjungimas buvo izoliuota iš PCR, kurioje naudojo oligonukleotidinius pradmenis 235-31 ir 241-6 (Fig.12C) ir PCR 22.7 (Fig.13B), kaip matricą. 241-6 seka remiasi žmogaus seka nuo 3’-galo aksono, turinčio 176 aminorūgšties kodoną.Plasmid pGEM3 human SCF114-183 is a derivative of pGEM3 which has an EcoRI-SpHI fragment spanning nucleotides 609 to 820, shown in Figure 15C. EcoRI-Sphl activation was isolated from PCR using oligonucleotide primers 235-31 and 241-6 (Fig.12C) and PCR 22.7 (Fig.13B) as a template. Sequence 241-6 is based on the human sequence from the 3'-end of an axon having a 176 amino acid codon.
C. E.coli fermentacija susidarant žmogaus SCF1'164 Fermentation of CEcoli to form human SCF 1 ' 164
SCF1'164 gavimui fermentaciją vykdė 16 litrų fermentatoriuose, naudojant FM5 E.coli K12, turinčią plazmidę pCFM 1156 žmogaus SCF 1-164. Kultūros kamienus laikė -80°C 17% glicerine Luria terpėje. Pasėjamosios medžiagos gavimui 100 ml atšildyto kamieno pasėjamosios pernešė į 500 ml Luria terpės dviejų litrų Erlenmejerio kolbą ir paliko per naktį 30°C temperatūroje kratytuvuose (250 aps/min).To obtain SCF 1 ' 164 , fermentation was performed in 16-liter fermenters using FM5 E.coli K12 containing the plasmid pCFM 1156 in human SCF 1-164. The culture strains were stored at -80 ° C in 17% glycerol in Luria medium. For seeding, 100 ml of the thawed strain was transferred to a 500 ml two-liter Erlenmeyer flask of Luria medium and left overnight at 30 ° C on a shaker (250 rpm).
Norėdami gauti E.coli biomasę, naudojamą kaip pradinę medžiagą žmogaus SCF1' 164 valymui, naudojo tokias fermentacijos sąlygas.The following fermentation conditions were used to obtain the E.coli biomass used as starting material for purification of human SCF 1 ' 164 .
Kamieninė kultūra aseptiškai buvo pernešta į 16 litrų fermentatorių, kuriame buvo 8 I terpės (žr. 9 lentelę). Kultūrą augino iki optinio tankio OD6oo=3.5. J fermentatorių peristaltinio siurblio pagalba steriliai supylė pasėjamąją medžiagą (1 užsėjimas, 10 lent.), kontroliuojant užsėjimo greitį. Pasėjamosios augimo greitis buvo eksponentinis ir augimo greitis 0.15 l/val. Augimo fazės metu, temperatūra buvo apie 30°C. Ištirpusio deguonies koncentracija fermentatoriuje buvo kontroliuojama automatiškai, palaikant 50% įsotinimą deguonimi, kontroliuojant oro padavimą, maišymo greitį, slėgį inde ir deguonies padavimą kontrolei. pH 7.0 buvo reguliuojamas automatiškai, naudojant fosforo rūgštį ir amoniaką. Esant OD6oo « 30, temperatūra nuo 30°C pakeliama iki 42°C ir tuo įvykdoma indukcija. Tuo pačiu metu nutrauktas 1 užsėjimas ir pradėtas 2 užsėjimas (11 lent.) 200 ml/val greičiu. Praėjus maždaug 6 vai. po temperatūros pakėlimo, fermentatoriaus turinį atšaldė iki 15°C. SCF 1-164 išeiga buvo maždaug 30 mg/OD-L. Biomasę centrifugavo Beckman J6-B, 3000xg 1val. Biomasė buvo laikoma 70°C šaldytuve.The strain culture was aseptically transferred to a 16 liter fermenter containing 8 L of medium (see Table 9). The cultures were grown to an optical density OD 6 oo = 3.5. Using a peristaltic pump, the fermenter was used to sterilize the inoculum (inoculation 1, Table 10), controlling the inoculation rate. The growth rate of the drill was exponential and the growth rate was 0.15 l / h. During the growth phase, the temperature was about 30 ° C. Dissolved oxygen concentration in the fermenter was controlled automatically with 50% oxygen saturation, air supply control, agitation rate, vessel pressure, and oxygen supply control. pH 7.0 was adjusted automatically using phosphoric acid and ammonia. At an OD 6 of 30, the temperature is raised from 30 ° C to 42 ° C and induction is thereby achieved. At the same time, inoculation 1 was terminated and inoculation 2 (Table 11) was started at a rate of 200 ml / h. About 6 hours later. after raising the temperature, the fermenter contents were cooled to 15 ° C. The yield of SCF 1-164 was approximately 30 mg / OD-L. The biomass was centrifuged at Beckman J6-B, 3000xg for 1 h. The biomass was stored in a 70 ° C refrigerator.
SCF 1-164 parinktas metodas analogiškas metodui, aprašytam aukščiau, išskyrus šias modifikacijas:The method selected in SCF 1-164 is analogous to the method described above except for the following modifications:
II
1. 1 pasėjamoji nepaduodama, kol kultūros OD6oo nepasiekia 5-6.1. Seeder 1 is not dispensed until the culture OD 6 oo reaches 5-6.
2. Pasėjamosios padavimo greitis išauga lėčiau, ir tai duoda mažesnį augimo greitį (maždaug 0.08).2. The feed rate of the drill increases at a slower rate, resulting in a lower growth rate (approximately 0.08).
3. Kultūra indukuojama, kai OD6oo yra 20.3. Culture is induced at an OD 6 of 20.
4. 2 pasėjamoji įvedama 300 ml/val greičiu.4. Inoculate 2 at a rate of 300 ml / h.
Visos kitos operacijos analogiškos aprašytoms aukščiau, įskaitant terpę.All other operations are analogous to those described above, including the medium.
Pagal šį procesą SCF1'164 išeiga buvo gauta maždaug 35-40 mg/OD-l, esant OD-25.According to this process, the yield of SCF 1 ' 164 was obtained at about 35-40 mg / OD-1 in the presence of OD-25.
lentelėtable
Terpės sudėtis: Mielių ekstraktas Gliukozė g/l 5 g/lMedium composition: Yeast extract Glucose g / l 5 g / l
K2HPO4 K 2 HPO 4
KH2PO4 KH 2 PO 4
MgSO4 7H2OMgSO 4 7H 2 O
NaClNaCl
Putų gesintojas DowF-2000 5 ml/lFoam extinguisher DowF-2000 5 ml / l
3.5 g/l 4 g/l 1 g/l3.5 g / l 4 g / l 1 g / l
0.625 g/l0.625 g / l
Vitaminų tirpalas ml/lVitamin solution ml / l
Metalų pėdsakų tirpalas 2 ml/lMetal trace solution 2 ml / l
Metalų pėdsakų tirpalas: FeCl3x6H2O - 27 g/l; ZnCI2x4H2O - 2 g/l; CaCI2x6H2O - 2 g/l; Na2MoO4x2H2O - 2 g/l; CuSO4x5H2O -1.9 g/l; koncentruota HCL, 100 ml/l.Metal trace solution: FeCl3x6H 2 O - 27 g / l; ZnCl 2 x 4H 2 O - 2 g / l; CaCl 2 x 6H 2 O - 2 g / l; Na 2 MoO 4 x 2H 2 O - 2 g / l; CuSO 4 x 5H 2 O -1.9 g / l; concentrated HCL, 100 mL / L.
Vitaminų tirpalas: riboflavinas 0.42 g/l; pantoteno rūgštis 5.4 g/l; niacinas 6.0 g/l, piridoksinas 1.4 g/l; biotinas 0.06 g/l; folinė rūgštis 0.04 g/l.Vitamin solution: riboflavin 0.42 g / l; pantothenic acid 5.4 g / l; niacin 6.0 g / L, pyridoxine 1.4 g / L; biotin 0.06 g / l; folic acid 0.04 g / l.
lentelėtable
Terpės sudėtis: Mielių ekstraktas Gliukozė MgSO.7H2O Vitaminų tirpalas g/l 450 g/lMedium composition: Yeast extract Glucose MgSO.7H 2 O Vitamin solution g / l 450 g / l
8.6 g/l ml/l8.6 g / l ml / l
Metalų pėdsakų tirpalas 10 ml/lMetal trace solution 10 ml / l
Metalų pėdsakų tirpalas: FeCl3x6H2O - 27 g/l; ZnCI2x4H20 - 0.2 g/l; CaCI2x6H2O - 2 g/l; Na2MoO4x2H2O - 2 g/l; CuSO4.x5H2O -1.9 g/l; koncentruota HCL, 100 ml/l.Metal trace solution: FeCl3x6H 2 O - 27 g / l; ZnCl 2 x 4H 2 O - 0.2 g / l; CaCl 2 x 6H 2 O - 2 g / l; Na 2 MoO 4 x 2H 2 O - 2 g / l; CuSO 4 .5H 2 O -1.9 g / l; concentrated HCL, 100 mL / L.
Vitaminų tirpalas: riboflavinas 0.42 g/l; pantoteno rūgštis 5.4 g/l; niacinas 6 g/l, piridoksinas 1.4g/l; biotinas 0.06 g/l; folinė rūgštis 0.04 g/l.Vitamin solution: riboflavin 0.42 g / l; pantothenic acid 5.4 g / l; niacin 6g / L, pyridoxine 1.4g / L; biotin 0.06 g / l; folic acid 0.04 g / l.
lentelė užsėjimo terpės sudėtis: Triptonas Mielių ekstraktas GliukozėTable Seeding Composition: Tripton Yeast Extract Glucose
172 g/l 86 g/l 258 g/l pavyzdys172 g / l Example 86 g / l 258 g / l
Imuniniai bandymai SCF nustatymuiImmunoassays for the detection of SCF
Radioimuninių mėginių procedūras (RIP) naudojo SCF kiekybiniam nustatymui mėginiuose ir vykdė sekančiu būdu.Radioimmunoassay procedures (RIPs) were used to quantify SCF in samples and were performed as follows.
SCF preparatą iš BRL 3A ląstelių, išvalytą, kaip 1 pavyzdyje, inkubavo kartu su antiserumu 2 vai. 37°C. Po 2 vai. inkubacijos mėgintuvėlius su pavyzdžiais atšaldė lede, pridėjo 125J-SCF, mėgintuvėlius inkubavo 4°C temp. 20 vai. kiekviename mėgintuvėlyje buvo 500 ml inkubacinio mišinio, sudaryto iš 50 ml skiesto antiserumo, -60.000 ort125JSCF (3.8x107 sp/mg) 5ml trazilolo ir 0-400 ml standartinio SCF su buferiu (fosfatinis užbuferintas fiz.tirpalas, 0.1% veršiuko albumino serumo, 0.05% tritono Χ-100, 0.025% azido), išlaikydami patovų tūrj. Antiserumu buvo antrojo testo triušio kraujas, imunizuotas 50%-nio švarumo natūraliu SCF iš BRL 3A preparatu. Galutinis antiserumo praskiedimas mėginyje buvo 1:2000.The SCF preparation from BRL 3A cells purified as in Example 1 was incubated with antiserum for 2 hours. 37 ° C. After 2 or. incubation tubes with samples were chilled on ice, 125 J-SCF was added, and the tubes were incubated at 4 ° C. 20 or. each tube contained 500 ml incubation mixture of 50 ml diluted antiserum, -60,000 ort 125 JSCF (3.8x10 7 sp / mg) 5 ml trazylol, and 0-400 ml standard SCF with buffer (phosphate buffered saline, 0.1% calf albumin) serum, 0.05% triton Χ-100, 0.025% azide) while maintaining a constant volume. The antiserum contained rabbit blood from a second test immunized with 50% pure SCF from BRL 3A. The final dilution of antiserum in the sample was 1: 2000.
Surištas su antikūnu 125J-SCF buvo išsodintas pridedant 150 ml Staph A (Calbiochem). Po 1 vai. inkubacijos kambario temperatūroje pavyzdžius centifugavo ir nuosėdas du kartus praplovė 0.75 ml Tris-HCl pH 8.2, kuriame buvo 0.15 M NaCI, 2 mM EDTA, 0.05% Tritono Χ-100. Praplautas nuosėdas perskaičiavo gama-skaitliuku, nustatydami 125J-SCF surišimo procentą. Paskaičiuoti ryšiai iš mėgintuvėlių be serumo, buvo atskirti iš galutinių reikšmių, siekiant koreguoti nespecifinį išsėdimą. Tipinis RIP parodytas Fig.20. 125J-SCF-ryšio, gauto su nežymėtu standartu, inhibavimo procentas priklauso nuo dozės (Fig.20A), ir kaip parodyta Fig.20B, tiriant imuno-išsodintas nuosėdas SDS-PAGE ir autoradiografija susilygino 125J-SCF-baltymo jungtis (Fig.20B) dalis 1-125J-SCF, 2,3,4,ir5-imuno-išsodinti 125J-SCF, sulyginti su 0.2, 100 ir 200 g SCF standarto, atitinkamai. Kaip nustatyta abiem metodais, išsodintų antikūnių sumažėjimas, stebimas RIP mėgintuvėliuose ir imuno-išsodintų 125J-SCF-baltyminės jungties (migracija prie maždaug Mr = 31.000) sumažėjimas ir poliklonalinis antiserumas atpažįsta standartinį SCF, išvalytą pagal 1 pvz.Antibody 125 J-SCF bound was precipitated by addition of 150 ml Staph A (Calbiochem). After 1 or. at room temperature, the samples were centrifuged and the pellet was washed twice with 0.75 mL Tris-HCl pH 8.2 containing 0.15 M NaCl, 2 mM EDTA, 0.05% Triton Χ-100. The washed sediment was converted to gamma counter with a 125% J-SCF binding percentage. Serum-free connections were calculated and separated from final values to correct for nonspecific deposition. A typical RIP is shown in Fig.20. J-125 SCF-connection box with the unlabeled standard, the percentage of inhibition is dose dependent (Figure 20) and as shown in Fig.20B, testing immuno-precipitated sediment by SDS-PAGE and autoradiography par 125 J-CSF-protein (see FIG .20B) portion of 1- 125 J-SCF, 2,3,4, and 5-immuno-precipitated 125 J-SCF, compared to 0.2, 100 and 200 g SCF standard, respectively. As determined by both methods, the decrease in precipitated antibodies observed in RIP tubes and the decrease in immunoprecipitated 125 J-SCF-protein coupling (migration at about M r = 31,000) and polyclonal antiserum recognized standard SCF purified according to Example 1.
Rekombinantinio SCF, išskirto E.coli, nustatymui, COS-1, CHO ląstelėse taip pat naudojo VVestern procedūras. Iš dalies išvalytas, išreikštas E.coli, žiurkės SCF1'193 (10 pvz.), išreikštas ląstelėje COS-1 žiurkės SCF 1164 ir SCF 1'193, taip pat, kaip žmogaus SCF 1'162, (4 ir 9 pvz.), ir išreikštas ląstelėje CHO žiurkės SCF 1-162 (5 pvz.) buvo tirtiWe also used Western procedures to detect recombinant SCF isolated in E.coli in COS-1, CHO cells. Partially purified, expressed in E.coli, rat SCF 1 ' 193 (Ex. 10), expressed in COS-1 rat SCF 1164 and SCF 1 ' 193 , as well as human SCF 1 ' 162 (Ex. 4 and 9). ), and expressed as a cell in CHO rat SCF 1-162 ( Example 5)
SDS-PAGE. Po elektroforezės proteininius ryšius pernešė ant 0.2 mM nitroceliuliozės aparato Bio-Rad Transbiot pagalba, esant 60 V per 5 vai. Nitroceliuliozinę membraną blokavo 4 vai. fosfatiniame buferyje pH 7.6, turinčiam 10% ožio serumo, po to - 14 vai. inkubavo kambario temperatūroje kiekvieną triušio preimuninį ar imuninį serumą skiedžiant 1:200 (imunizacija aprašyta aukščiau). Serumo-antikūnų kompleksus stebėjo naudojant su peroksidaze konjuguotus ožio antitriušio IgG reagentus (Vector Laboratories) ir spalvos reagentą 4-chlor-1 naftolį.SDS-PAGE. After electrophoresis, protein bonds were transferred to a 0.2 mM nitrocellulose apparatus with Bio-Rad Transbiot at 60 V for 5 hours. The nitrocellulose membrane was blocked for 4 hours. in phosphate buffer pH 7.6 containing 10% goat serum followed by 14 hours. incubated at room temperature with 1: 200 dilution of each rabbit preimmune or immune serum (immunization described above). Serum-antibody complexes were monitored using peroxidase-conjugated goat anti-rabbit IgG reagents (Vector Laboratories) and color reagent 4-chloro-1 naphthol.
Dviejų VVestern analizės pavyzdžiai pateikti Fig.21 ir Fig.22. Fig.21 sritys Zi 5-200 ml gauti iš ląstelių COS-1 žmogaus EPO (COS-1, transfekuoti su V19,8 EPO); 8 sritisdažyti molekulinių masių markeriai..Two examples of Western analysis are shown in Figures 21 and 22. Figure 21 areas Zi in 5-200 ml were obtained from COS-1 human EPO cells (COS-1 transfected with V19.8 EPO); 8 area colored molecular weight markers.
1-4 inkubavo su preimuniniu serumu. Imuninis serumas specifiškai atpažįsta difuzinį ryšį Mr=30.000 daltonų su SCF'1'162, gautu iš COS-1 ląstelių, bet ne su žmogaus EPO, gautu iš COS-1 ląstelių.1-4 incubated with preimmune serum. Immune serum specifically recognizes a diffuse bond M r = 30,000 daltons with SCF ' 1 ' 162 derived from COS-1 cells but not with human EPO derived from COS-1 cells.
Fig.22 1 ir 7 sritys dalinai išvalytas žiurkės SCF 1'193, gautas iš E.coli', 2 ir 8 sritys žiurkės SCF1'193, gautas iš COS-1 ląstelių iš kviečių grūdų, išvalytų agliutinin-agarozėje; 4 ir 9 - žiurkės SCF1'162, gautas iš COS-1 ląstelių iš kviečių grūdų, 5 ir 10 sritys, išvalytų agliutinin-agarozėje; 6 sritis - žiurkės SCF'1'164, gautas iš kviečių šeimos CHO ląstelių, išvalytų agliutinin-agarozėje; ir 6 sritis - dažyti molekulinių masių markeriai.Figure 22 Areas 1 and 7 of partially purified rat SCF 1 ' 193 obtained from E.coli', Areas 2 and 8 of rat SCF 1 ' 193 obtained from COS-1 cells from wheat grain purified on agglutinin-agarose; 4 and 9 - rat SCF 1 ' 162 obtained from COS-1 cells from wheat grain, areas 5 and 10 purified on agglutinin-agarose; Lane 6 - rat SCF ' 1 ' 164 derived from wheat family CHO cells purified on agglutinin-agarose; and area 6, stained molecular weight markers.
1-5 ir 6-10 sritis inkubavo atitinkamai triušio preimuniniu ir imuniniu serumu. Gautas iš E.coli žiurkės SCF'1 193 (1 ir 7 sritys) migruoja su Mr = 24.000 daltonų, tuo metu, kai žiurkės SCF'1'193, gautas iš CO-1 ląstelių (2 ir8 sritys) migruoja su Mr = 24-36,000 daltonų. Šis molekulinių masių skirtumas lauktas todėl, kad žinduolių ląstelės, bet ne bakterijos, tinkamos glikozilinimui.Areas 1-5 and 6-10 were incubated with rabbit preimmune and immune serum, respectively. Derived from E.coli rat SCF ' 1 193 ( lanes 1 and 7) migrated with Mr = 24,000 daltons, while rat SCF' 1 ' 193 derived from CO-1 cells (lanes 2 and 8) migrated with Mr = 24 -36,000 Daltons. This difference in molecular weight was expected because mammalian cells, but not bacteria, are capable of glycosylation.
Koduotų žiurkės SCF'1'162 sekų transformacija j COS-1 ląsteles (4 ir 9 sritys) ar CHO ląsteles (5 ir 10 sritys), duoda ekspresiją SCF su mažesne molekuline mase, negu esant transfekcijai su SCF1'193 (2 ir 8 sritys).Transformation of encoded rat SCF ' 1 ' 162 sequences into COS-1 cells (lanes 4 and 9) or CHO cells (lanes 5 and 10) yields expression of SCF with a lower molecular weight than when transfected with SCF 1 ' 193 ( lanes 2 and 8). areas).
Žiurkės SCF1'162 iš COS-1 ląstelių ir CHO ekspresijos produktai-tai ryšių serija, turinti matomą Mr tarp 24-36,000 daltonų. Ekspresuoto SCF heterogeniškumas, matomai, apsprendžiamas angliavandenių variantais, kur polipeptidinis SCF glikozilinasi skirtingais dydžiais.Rat SCF 1 ' 162 from COS-1 cells and CHO expression products are a series of relationships having a visible M r between 24-36,000 daltons. The heterogeneity of the expressed SCF appears to be determined by carbohydrate variants where the polypeptide SCF is glycosylated at different sizes.
Apskritai, Western analizė rodo, kad triušių, imunizuotų žinduolių gamtiniu SCF, imuninis serumas priima rekombinantinį SCF, gautą iš E.coli ląstelių, COS-1 ir CHO, bet nepriima bet kokių ryšių kontroliniame pavyzdyje, sudarytame iš gautų EPO ląstelių COS-1. Toliau palaikant SCF antiserumo specifiškumą SCF, iš anksto imunizuotas to pačio triušio serumas nereagavo su bet kokiu žiurkės ar žmogaus SCF ekspresijos produktu.In general, Western analysis shows that rabbit immunized with mammalian natural SCF accepts recombinant SCF derived from E.coli cells, COS-1 and CHO, but does not accept any binding in a control sample composed of COS-1 derived EPO cells. Further maintaining the specificity of SCF antiserum in SCF, pre-immunized serum from the same rabbit did not react with any rat or human SCF expression product.
pavyzdysexample
Rekombinantinio SCF aktyvumas gyvame organizmeActivity of recombinant SCF in a living organism
A. Žiurkės SCF kaulų čiulpų persodinimeA. Rats in SCF bone marrow transplantation
COS-1 ląsteles transfekavo V19.8 SCF1-162 pilnoje eksperimentų eilėje (T175 cm2 kolbos vietoje 60 mm lėkštelių), kaip aprašyta 4 pvz. Buvo surinkta maždaug 270 ml paviršinio sluoksnio, kurį chromatografavo kviečių grūdų agliutinin-agarozėje ir Ssefarozėje, kaip aprašyta 1 pvz. Rekombinantiniį SCF įvertino kaulų čiulpų transplantacijos modelyje, remiantis w/wv genetika. Pelės w/wv turi rūšinį ląstelių defektą, kuris kartu su kitais priveda iki mokrocitų anemijos (didelės raudonos ląstelės) ir įgalina kaulų čiulpų transplantaciją iš normalių gyvūnų neprisireikiant apšvitinti recipientus (Russel et ai, Sci. 144, 844-846, 1964). Normalias donorines rūšines ląsteles po transplantacijos perauga defektinės ląstelės.COS-1 cells were transfected with V19.8 SCF1-162 in a full set of experiments (T175 cm 2 flask in place of 60 mm plates) as described in Example 4. Approximately 270 ml of the supernatant was collected and chromatographed on wheat grain agglutinin-agarose and Sepharose as described in Example 1. Recombinant SCF was evaluated in a bone marrow transplant model based on w / w v genetics. Mice w / w v have a type of cellular defect that, together with others, leads to mocrocyte anemia (large red cells) and enables bone marrow transplantation from normal animals without the need for irradiation in recipients (Russel et al., Sci. 144, 844-846, 1964). Normal donor species cells overgrow defective cells after transplantation.
Pateikiamame pavyzdyje kiekvienoje grupėje buvo po 6 subrendusias peles. Kaulų čiulpus surinko iš normalių pelių-donorių ir transplantavo į w/wv peles. Gyvūnorecipiento kraujas buvo tiriamas kelis kartus po transplantacijos; Kaulų čiulpų persodinimas atliekamas perkeliant periferinio kraujo iš recipiento donoriniam fenotipui. Konversija iš recipiento donoriniam fenotipui pasireiškia pasekminio raudonų kraujo ląstelių išsibarstymo profilio (FASCAM, Becton Dickenson) stebėjimu. Kiekvieno transplantuoto gyvūno profilis buvo lyginamas su kontrolinių gyvūnų donorų ir recipientų profiliais kiekvieną laiko momentą. Palyginimas buvo atliekamas naudojant kompiuterines programas, paremtas Kolmogorovo-Smirnovo statistika bėgančių sistemų histogramų analizei (Young.J.Histochem & Cytochem, 25, 935-941, 1977)). Priauginimo nepriklausomu kokybės indikatoriumi yra hemoglobininis tipas, nustatomas hemoglobino recipiento kraujyje elektroforezės būdu (Wong et ai,In the example presented, there were 6 mature mice in each group. Bone marrow was collected from normal donor mice and transplanted into w / w v mice. The blood of the animal recipient was tested several times after transplantation; Bone marrow transplantation is performed by transferring peripheral blood from the recipient to the donor phenotype. Conversion from the recipient to the donor phenotype occurs by monitoring the subsequent red blood cell scattering profile (FASCAM, Becton Dickenson). The profile of each transplanted animal was compared with that of the control animal donors and recipients at each time point. Comparisons were made using computer programs based on Kolmogorov-Smirnov statistics for histogram analysis of running systems (Young.J.Histochem & Cytochem, 25, 935-941, 1977). An independent measure of quality of gain is the hemoglobin type as determined by electrophoresis of the hemoglobin recipient's blood (Wong et al.
Mol.&Cell.Biol., 9, 798-808, 1989), ir gerai sutinka su Kolmogorovo-Smirnovo statistikos nustatymo savybėmis.Mol. & Cell. Biol., 9, 798-808, 1989), and agrees well with the properties of Kolmogorov-Smirnov statistics.
Maždaug 300000 ląstelių transplantavo be SCF apdorojimo (kontrolinė grupė 23 pieš.) iš C56BL/6J donorų w/wv recipientams. Antra grupė gavo 300000 ląstelių, apdorotų SCF (600 vnt/ml) esant 37°C, 20 min. ir įvestų į organizmą kartu (grupė iki apdorojimo, Fig.23). Vienas SCF vienetas, kaip rasta, duoda pusiau maksimalią stimuliaciją MC/9 biomėginyje. Trečios grupės pelės buvo injekuotos po oda (sub-Q) maždaug 400 vnt. SCF/per dieną, 3 dienos po 30000 donorinių ląstelių transplantacijos (grupė poodinių injekcijų, Fig. 23 ). Kaip parodyta Fig.23, abiejose apdorotose SCF grupėse, kaulų čiulpai prigyja greičiau, negu neapdorotoje kontrolinėje grupėje. Po 29 dienų po transplantacijos, iš anksto apdorota grupė buvo konvertuota į donorinį tipą.Approximately 300,000 cells were transplanted without SCF treatment (control group Figure 23) from C56BL / 6J donors for w / w v recipients. The second group received 300,000 cells treated with SCF (600 units / ml) at 37 ° C for 20 min. and co-administered (pre-treatment group, Fig. 23). One SCF unit was found to give semi-maximal stimulation in the MC / 9 bio-sample. The third group of mice was injected subcutaneously (sub-Q) at approximately 400 units. SCF / day, 3 days after transplantation of 30,000 donor cells (group of subcutaneous injections, Fig. 23). As shown in Figure 23, bone marrow healing is faster in both treated SCF groups than in the untreated control group. 29 days after transplantation, the pretreated group was converted to the donor type.
Šis pavyzdys iliustruoja SCF terapijos naudą, persodinant kaulų čiulpus.This example illustrates the benefits of SCF therapy for bone marrow transplantation.
B. Žiurkės SCF aktyvumas gyvose pelėseB. Rat SCF activity in live mice
Dėl Sl-lokuso mutacijų, atsiranda nepakankamumas kraujodaros, pigmentinėse, sėklidžių ląstelėse. Dėl kraujodaros defekto sumažėja raudonųjų kraujo kūnelių skaičius (Russel & Al Gordon, Regulation of Hematopoises, 1 t., 649-675, AppietonCent.-Crafts, NY, 1970), neutrofilų (Ruscetti, Proc.Soc.Exp.Biol.Med., 152, 398, 1976)), monocitų (Shibata, J.lmm. 135, 3905, 1985), megakariocitų (Ebbe, Exp.Hemat., 6, 201, 1978), ląstelių-žudikų (Clark, Immunogenetics, 12, 601, 1981) ir mast ląstelių (Hayachi, Dev.Biol, 109, 234, 1985). Broniruotos pelės yra blogi recipientai persodinamų kaulų čiulpų dėl sumažėjusių sugebėjimų palaikyti prigimtines ląsteles (Banneman, ProgHematol, 8, 131, 1973).Mutations in the Sl-locus result in failure of hematopoietic, pigmented, testicular cells. The hematopoietic defect results in a reduction in red blood cell counts (Russel & Al Gordon, Regulation of Hematopoises, Vol. 1, 649-675, AppietonCent.-Crafts, NY, 1970), neutrophils (Ruscetti, Proc.Soc.Exp.Biol.Med. , 152, 398 (1976)), monocytes (Shibata, J.lmm. 135, 3905, 1985), megakaryocytes (Ebbe, Exp. Hemat. 6, 201, 1978), cell-killers (Clark, Immunogenetics, 12, 1978). 601, 1981) and mast cells (Hayachi, Dev.Biol, 109, 234, 1985). Bronchial mice are poor recipients of transplanted bone marrow because of their reduced ability to maintain natural cells (Banneman, ProgHematol, 8, 131, 1973).
SCF koduojantis genas pašalintas broniruotai (S1/S1) pelei.The gene encoding SCF was deleted in bronchodilated (S1 / S1) mouse.
Broniruotos pelės jautrios SCF aktyvumui in vivo modelyje. Skirtingi SCF rekombinantiniai baltymai buvo tiriami pelėse Steel-Dickie (S1/S1) įvairius laiko tarpus. Steel pelių (WCB6F1-S1OS1d), 6-10 savaičių amžiaus gavo iš Jackson Labs, Bar Harbor, M E. Periferinį kraują stebėjo ląstelių skaitiklyje SYSMEX F-800 (Baxter, Irvine, CA): raudonas ląsteles, hemoglobiną ir trombocitus. Baltųjų kraujo kūnelių paskaičiavimui (BKK) naudojo Goulter Channelizer 256 (Coulter Electronics, Marietta GA).Eksperimente, 24 pieš., Steel-Dickie pelės buvo apdorojamos SCF1-164, gaminamu E.coli, išvalytu, kaip 10 pvz., 100 mg/kg/per dieną doze 30 dienų laikotarpyje, po to 30 mg/kg/per dieną doze - 20 dienų. Baltymas buvo fiziologiniame tirpale (Abbots Lab, N.Chicago), IL+0.1% jaučio serumo. Injecijos darytos po oda kiekvieną dieną. Periferinio kraujo monitoringą atliko per uodegų kraujavimą po 50 ml nurodytu Fig.24 laiku. Kraują rinko 3% EDTA praplautais švirkštais ir supylė į perskalautus EDTA mikrofuginius mėgintuvėlius (Brinkmann, VVestburg NY). Buvo stebima žymi apdorotų gyvūnų makrocitinės anemijos korekcija lyginant su kontroliniais gyvūnais. Apdorojimus nutraukus, apdoroti gyvūnai grįžo į pradinę makrocitinės anemijos padėtį.Bronchial mice are sensitive to SCF activity in an in vivo model. Different SCF recombinant proteins were assayed in Steel-Dickie (S1 / S1) mice at various time points. Steel mice (WCB6F1-S1OS1 d ), 6-10 weeks old, were obtained from Jackson Labs, Bar Harbor, M E. Peripheral blood was monitored on a cell counter SYSMEX F-800 (Baxter, Irvine, CA): red cells, hemoglobin, and platelets. For white blood cell counting (BCC), Goulter Channelizer 256 (Coulter Electronics, Marietta GA) was used. In an experiment, Figure 24, Steel-Dickie mice were treated with SCF1-164 produced by E.coli purified as 10 e.g. 100 mg / kg / day for 30 days followed by 30 mg / kg / day for 20 days. The protein was in saline (Abbots Lab, N.Chicago), IL + 0.1% bovine serum. The injections were given subcutaneously every day. Peripheral blood monitoring was performed via tail bleeding of 50 mL at the indicated time in Figure 24. Blood was collected with 3% EDTA in rinsed syringes and poured into rinsed EDTA microfuge tubes (Brinkmann, Westburg NY). Significant correction of macrocytic anemia in treated animals was observed compared to control animals. Upon discontinuation of the treatments, the treated animals returned to their original position of macrocytic anemia.
Eksperimente, parodytame Fig.25 ir Fig.26, Steel-Dickie pelės buvo apdorotos skirtingomis rekombinantinio SCF formomis, kaip aprašyta aukščiau, bet 100 mg/kg/per dieną doze 20 dienų. Dviejų formų E.co//-žiurkės SCF, SCF 1164 ir SCF 1-193 darinius ruošė kaip nurodyta 10 pvz. Papildomai E.coli SCF 1-164 modifikavo pridedant polietilenglikolio (SCF 1-164 PEG 25), kaip buvo patikrinta 12 pvz. CHO-darinys SCF1-164 gautas, kaip 5 pvz ir išvalytas, kaip 11 pvz., buvo taip pat patikrintas. Gyvūnų kraujas buvo imamas širdies punktūra, 3% EDTA praplautais švirkštais ir supilamas į EDTA praplautus mėgintuvėlius. Periferinio kraujo, po 20 dienų apdorojimo profiliai parodyti Fig.25 baltoms kraujo ląstelėms (BKK) ir Fig.26 - trombocitams. Skirtingi BKK SCF 1-164 PEG 25 grupei parodyti Fig.27. Fiksuojami absoliutūs neutrofilų, monocitų, limfocitų ir trombocitų padidėjimai. Ypač stiprus efektas stebimas su SCF1-164 PEG 25.In the experiment shown in Figures 25 and 26, Steel-Dickie mice were treated with different forms of recombinant SCF as described above, but at a dose of 100 mg / kg / day for 20 days. Two forms of E.co//- rats prepared SCF, SCF 1164 and SCF 1-193 derivatives as described in Example 10. Additionally, E.coli was modified by SCF 1-164 by the addition of polyethylene glycol (SCF 1-164 PEG 25) as tested in Example 12. The CHO derivative SCF 1-164 obtained as Example 5 and purified as Example 11 was also screened. The animals' blood was drawn by cardiac puncture, 3% EDTA-flushed syringes and poured into EDTA-flushed tubes. The profiles of peripheral blood after 20 days of treatment are shown in Fig.25 for white blood cells (BKK) and Fig.26 for platelets. Different BKK SCF 1-164 for PEG 25 group are shown in Fig.27. Absolute increases in neutrophils, monocytes, lymphocytes and platelets are recorded. Particularly strong effects are observed with SCF 1-164 PEG 25.
Buvo taip pat atliktas nepriklausomas limfocitų rinkinių išmatavimas; duomenys pateikti Fig.28. Žmogaus CD4 murininis ekvivalentas, ar T-pagalbinių ląstelių markeris yra L3T4 (Dialinas, J.lmmun. 131,2445, 1983.Independent measurement of lymphocyte sets was also performed; data are shown in Fig.28. Murine equivalent of human CD4, or T3 helper cell marker is L3T4 (Dialin, J. Immun. 131, 2445, 1983).
Lut-2 yra murininiu antigenu citoksinių T-ląstelių (Ledbetter, J.Exp.Med, 153, 1503, 1981). Apdorotų gyvūnų T-ląstelių rinkinių įvertinimui naudojo monokloninius antikūnius prieš šiuos antigenus.Lut-2 is a murine antigen in cytoxic T-cells (Ledbetter, J.Exp.Med, 153, 1503, 1981). Monoclonal antibodies against these antigens were used to evaluate T-cell sets in treated animals.
Visą kraują T-limfocitų rinkiniui nudažė sekančiu būdu. 200 μΙ viso kraujo buvo paimta iš gyvūnų individualiai į EDTA apdorotus mėgintuvėlius. Kiekvieną kraujo pavyzdį lizavo steriliu dejonizuotu vandeniu 60 sek, ir po to padarė izotoniniu naudodami 10xDilbecco fosfatinį buferinį fizioginį tirpalą (FBF) (Gibco, Grand Islan, NY). Šį lizuotą kraują praplovė 2 kartus IXDulbecco fosfatiniu buferiniu fiziologiniu tirpalu (Gibco, Grand Island, NY), pateikiamu su 0.1% jaučio serumu (Flow Lab. McLean, Va) ir 0.1% natrio azidu. Ląstelių nuosėdas (turinčias 200000-105 ląsteles) resuspendavo su 20 μΙ žiurkės priešpeliniu L 34T, konjuguotu su fikoeritrinu (FE) (Beckton Dickinson, Mountain Vievv), ir 20 μΙ žiurkės priešpeliniu Lyt-2, konjuguotu su fluoresceino izotiocianatu, inkubuotu lede (4°C) 30 min. (Beckton Dickinson). Po inkubacijos ląsteles 2 kartus praplovė IX FBR. Kiekvieną kraujo pavyzdį po to analizavo AC sap ląstelių analizės sistemoje (Beckton Dickinson, Mountain View, CA).Whole blood for the T-lymphocyte kit was stained as follows. 200 μΙ of whole blood was collected from animals individually into EDTA-treated tubes. Each blood sample was lysed with sterile deionized water for 60 sec and then rendered isotonic with 10xDilbecco's phosphate-buffered saline (FBF) (Gibco, Grand Islan, NY). This lysed blood was washed twice with IXDulbecco's phosphate-buffered saline (Gibco, Grand Island, NY) supplied with 0.1% bovine serum (Flow Lab. McLean, Va) and 0.1% sodium azide. Cell pellets (containing 200000-105 cells) were resuspended in 20 μΙ rat pre-mouse L 34T conjugated with phycoerythrin (FE) (Beckton Dickinson, Mountain Vievv) and 20 μΙ rat pre-mouse Lyt-2 conjugated with fluorescein isothiocyanate (4). ° C) for 30 min. (Beckton Dickinson). After incubation, cells were washed twice with IX FBR. Each blood sample was then analyzed on an AC sap cell analysis system (Beckton Dickinson, Mountain View, CA).
Ši sistema buvo standartizuota standartinių prieškompensacinių procedūrų ir kalibracinių granulių pagalba (Beckton Dickinson, Mountain Vievv, CA). Šie duomenys parodė tiek ląstelių T-pagalbininkų, tiek ir citoksinių T-ląstelių absoliutų augimą.This system was standardized with standard pre-compensation procedures and calibration beads (Beckton Dickinson, Mountain Vievv, CA). These data showed absolute growth of both cellular T-helper and cytoxic T-cell.
C. SCF aktyvumas gyvuose primatuoseC. SCF activity in living primates
Žmogaus SCF1'164, išskirtas iš E.coli (6B pvz.), ir suvienodintas, kaip 10 pvz., tyrė in vivo biologinį aktyvumą. Babuinų (Papio sp.) suaugę patinai buvo suskirstyti į 3 grupes: 1) neapdorotus, n-3; 2) SCF 100 mg/kg/per dieną, n-6; 3) SCF 30 mg/kg/per dieną, n6.Human SCF 1 ' 164 , isolated from E.coli (Ex. 6B) and reconstituted as Ex. 10, studied in vivo biological activity. Adult male baboons (Papio sp.) Were divided into 3 groups: 1) untreated, n-3; 2) SCF 100 mg / kg / day, n-6; 3) SCF 30 mg / kg / day, n6.
Apdorojamiems gyvūnams kiekvieną dieną buvo daromos poodinės injekcijos. Pilniems kraujo, retikuliocitiniams ir trombocitiniams paskaičiavimams pavyzdžiai imti 1, 6, 11, 15, 20 ir 25 apdorojimo dieną.The treated animals received daily subcutaneous injections. Samples for complete blood, reticulocytic and platelet counts were taken on days 1, 6, 11, 15, 20 and 25 of treatment.
Visi gyvūnai iškentė procedūrą ir neturėjo neigiamų reakcijų SCF terapijai. BKK skaičius išaugo pas gyvūnus, gavusius 100 mg/kg.per dieną, kaip parodyta Fig.29. Diferencijuotas skaičiavimas atliktas pagal VVright Giemsa periferinių kraujo dėmių dažymą ir taip pat nurodytas Fig.29. Buvo fiksuotas absoliutus neutrofilų, limfocitų ir monocitų augimas. Paip parodyta Fig.30, buvo taip pat hemtokritų ir trombocitų augimas, esant 100 mg/kg/per dieną dozei.All animals underwent the procedure and had no adverse reactions to SCF therapy. The BKK count increased with animals receiving 100 mg / kg / day as shown in Fig.29. Differential counting was performed by Wright Giemsa peripheral blood stain staining and is also shown in Fig.29. Absolute growth of neutrophils, lymphocytes and monocytes was recorded. As shown in Figure 30, hematocrit and platelet growth at 100 mg / kg / day was also present.
Žmogaus SCF (hSCF 1-164, modifikuotas polietilenglikolio pridėjimu, kaip 12 pvz.), taip pat buvo tikrintas su babuinais duodant 200 mg/kg/per dieną dozę, pailgintu intraveniniu jvedimu ir lyginamas su nemodifikuotu baltymu. Gyvūnai SCF gavo nuo 0 iki 28 dienos. Periferinio BKK rezultatai pateikti sekančioje lentelėje. PEG modifikuoti SCF rodė ankstesnį periferinio BKK augimą, negu nemodifikuoti SCF.Human SCF (hSCF 1-164 modified by the addition of polyethylene glycol as in Example 12) was also tested with baboons at a dose of 200 mg / kg / day, prolonged intravenous administration, and compared with unmodified protein. Animals received SCF from day 0 to day 28. The peripheral BKK results are shown in the following table. PEG-modified SCFs showed earlier growth of peripheral BKK than unmodified SCFs.
Apdorojimas 200 mg/kg/per dieną hSCF 1-164Treatment 200 mg / kg / day hSCF 1-164
+51 7800+51 7800
Apdorojimas 200 mg/kg/per dieną PEG-hSCF 1-164Treatment 200 mg / kg / day PEG-hSCF 1-164
pavyzdysexample
Rekombinantinio žmogaus SCF aktyvumasRecombinant human SCF activity
Žmogaus SCF , atitinkantį amino rūgštis 1-162, gautą PCR reakcijos pagalba, aprašytą ED pvz., ekspresavo COS-1 ląstelėje atitinkamai su aprašytu SCF 4 pavyzdžiu. COS- 1 ląstelių skystį bandė žmogaus kaulų čiulpuose, o taip pat mėginiuose ant murininės HPP-SCF ir MC/9. Žmogaus baltymas buvo neaktyvus tiriamajame koncentracijų intervale bet kokioje murino analizėje; tuo tarpu, jis buvo aktyvus tiriant žmogaus kaulų čiulpuose. Analizės kultivavimo sąlygos buvo tokios: sveikų savanorių kaulų čiulpus centrifugavo Fco11-Hypaque gradiente (Pharmacia) ir kultivavo sistemoje iš 2.1% metilceliuliozės, 30% veršiuko serumo, 6x10'5 M 2merkaptoetanolio, 2 mM gliutamino, Iskovo terpėje (GIBCO), 20 vnt/ml EPO ir 1x10'5 2 ląst./ml 14 dienų atmosferoje, kurioje buvo 7%O2, 10% CO2 ir 83% N. 12 lentelėje nurodyti kolonijų, generuotų esant rekombinantinio žmogaus ir žiurkės SCF COS-1 nuosėdų skysčiams, numeriai. Nurodytos tos kolonijos, kurių dydis 0.2 mm arba didesnės.Human SCF corresponding to amino acids 1-162 obtained by PCR reaction described in ED, for example, was expressed in a COS-1 cell as described for Example 4 SCF. COS-1 was tested in human bone marrow fluid as well as in murine HPP-SCF and MC / 9 samples. Human protein was inactive at the assay concentration range in any murine assay; meanwhile, it was active in human bone marrow testing. Analytical culture conditions were as follows: healthy volunteers bone marrow centrifuged Fco11-Hypaque gradient (Pharmacia) and cultivated in the system of 2.1% methylcellulose, 30% fetal calf serum, 6x10 "5 M 2merkaptoetanolio, 2 mM glutamine, won medium (GIBCO), 20 units / ml of EPO and 1x105 5 cells / ml for 14 days in an atmosphere containing 7% O 2 , 10% CO 2 and 83% N. Table 12 shows the colony numbers generated in the presence of recombinant human and rat SCF COS-1 sediment fluids. . Colonies of 0.2 mm or larger are indicated.
lentelėtable
Kolonijų, kurias paveikė SCF, augimas žmogaus kaulų čiulpuoseGrowth of colonies affected by SCF in human bone marrow
Kolonijos, išaugusios per 14 dienų, parodytos Fig.31A. (12-kartų padidinta). Strėle pažymėta paprasta kolonija. Pagal savo dydį, tokia kolonija primena murino HPP-SCF kolonijas (vidutiniškai 0.5 mm). Dėl EPO buvimo, kai kurio tokios kolonijos hemoglobunizuotos. Išskiriant tokias kolonijas ir jas centrifuguojanr ant objektinių stiklelių naudojant Citospiną (Shandon) su po to sekančiu dažymu Baltuoju Gemza, tam tikras ląstelių tipas turėjo nediferencijuotą ląstelę su dideliu santykiu branduolys/citoplazma, kas parodyta Fig.31 B. (padidinta 400 kartų). Fig.31B strėlėmis parodyta tokios struktūros: 1 strėlė-citoplazma; 2-branduolys; 3-vakuolė. NesubrenLT 4019 B dusios ląstelės, kaip klasė, yra didelės ir tokios ląstelės tampa mažesnės, priklausomai nuo subrendimo laipsnio (Digss et ai, Morfologija žmogaus kraujo ląstelių, Abbot Labs, 3, 1978). Ankstyvųjų ląstelių branduolys pagal hemopoetinį subrendimą atitinka citoplazmą. Be to, nesubrendusių ląstelių citoplazma nusidažo Baltuoju Gemza giliau, negu branduolys. Pagal ląstelių subrendimą, branduolys įgauna tamsesnę spalvą, negu citoplazma. Žmogaus kaulų čiulpų, gautų iš kultūros dalyvaujant rekombinantiniam SCF, ląstelių morfologija sutinka su išvadomis apie tai, kad taikinys ir SCF produktas yra santykinai nesubrendęs kraujodaros pirmtakas.Colonies grown over 14 days are shown in Fig.31A. (12x magnification). The arrow marks a simple colony. By its size, such a colony resembles murine HPP-SCF colonies (0.5 mm average). Due to the presence of EPO, some of these colonies are hemoglobunized. By isolating such colonies and centrifuging them on slides using Cytospin (Shandon) with subsequent staining with White Gemza, a particular cell type had a non-differentiated cell with a high nuclear / cytoplasmic ratio as shown in Fig. 31B (magnified 400x). The arrows in Fig. 31B show the following structure: 1 arrow-cytoplasm; 2-nucleus; 3-vac. Non-submerged 4019 B cells as a class are large and become smaller depending on the degree of maturation (Digss et al., Morphology of Human Blood Cells, Abbot Labs, 3, 1978). The nucleus of the early cells corresponds to the cytoplasm in terms of hemopoietic maturity. In addition, the cytoplasm of immature cells stains the White Gemza deeper than the nucleus. As the cells mature, the nucleus acquires a darker color than the cytoplasm. The cellular morphology of human bone marrow derived from culture in the presence of recombinant SCF agrees with the finding that the target and the SCF product are relatively immature hematopoietic precursors.
Žmogaus rekombinantinj SCF bandė agarizuotų kolonijų analizėje pagal poveikį kaulų čiulpams kombinacijoje su kitais augimo faktoriais, pagal ankstesnį aprašymą. Gauti rezultatai pateikti 13 lentelėje.Recombinant human SCF was tested in agarized colony assays for bone marrow effects in combination with other growth factors as described above. The results obtained are shown in Table 13.
Sinergizmas pasireiškia esant G-SCF, GM-SCF, IL-3 ir EPOn, individualiais SCF atvejais padidinant kaulų čiulpų taikinio proliferacijos laipsnį.Synergism occurs in the presence of G-SCF, GM-SCF, IL-3 and EPOn, increasing the degree of bone marrow target proliferation in individual SCF cases.
lentelėtable
Žmogaus rekombinantinio SCF, esant kitiems faktoriams, stimuliuojantiems žmogaus kolonijas, sinergizmasSynergism of recombinant human SCF in the presence of other factors that stimulate human colonies
Kitas žmogaus rekombinantinio SCF aktyvumas pasireiškia sugebėjimu iššaukti ūmios žmogaus mieologeninės anemijos ląstelių linijos proliferaciją (AMI) KG-1(ATCC CCI 246) pusiau kietame agare. Nuosėdų skystis COS-1 nuo transfekuotų ląstelių buvo klonuotas ant agaro KG-1 (Koefflor et ai, Sci. 200, 1153-1154, 1978) praktiškai pagal aprašytą metodiką išskyrus tai, kad ląsteles išsėjo 3000/ml kiekiu. 14 lentelėje pateikti kultūrų trijų paralelių bandymų rezultatų vidurkiai.Another activity of human recombinant SCF manifests itself in its ability to induce cellular proliferation (AMI) KG-1 (ATCC CCI 246) of acute human myelogenous anemia cell line on semi-solid agar. COS-1 precipitated fluid from the transfected cells was cloned onto agar KG-1 (Koefflor et al., Sci. 200, 1153-1154, 1978), using the procedure described except that the cells were seeded at 3000 / ml. Table 14 shows the mean results of triplicate cultures.
lentelėtable
Klonavimo bandymas ant pusiau kieto agaro KG-1Cloning assay on semi-solid agar KG-1
pavyzdysexample
Rekombinantinio SCF ekspresuoto E.coli produktu valymasPurification of recombinant SCF-expressed E.coli products
E.coli fermentaciją žmogaus SCF 1164 vykdė pagal 6C pavyzdžio metodiką. Biomasę (svoris šlapios biomasės 912 g) suspendavo vandenyje iki 4.6 I tūrio ir ardė tris kartus leisdami per laboratorinį homogenizatorių (Gaulin 15MP-8TBA), esant 55158 kPa slėgiui. Centrifuguodami gavo susmulkintų ląstelės granulių frakciją (17700xg, 30 min., 4°C), praplovė vandeniu (resuspendavimas ir recentrifugavimas) ir pagaliau suspendavo vandenyje iki 400 ml.E.coli was fermented by human SCF 1164 according to the procedure of Example 6C. The biomass (wet weight biomass 912 g) was suspended in water to a volume of 4.6 L and disrupted three times through a laboratory homogenizer (Gaulin 15MP-8TBA) at 55158 kPa. Centrifugation gave a fraction of cell pellets (17700 x g, 30 min, 4 ° C), washed with water (resuspension and recent centrifugation), and finally suspended in water to 400 mL.
Po centrifugavimo nuosėdų frakciją, turinčią netirpstantį SCF (įvertintas kiekis SCF 10-12 g) sudėjo į 3950 ml atitinkamo mišinio taip, kad galutinė mišinio komponentų koncentracija buvo 8 M karbamido (ypatingo švarumo), 0.1 mM EDTA, 50 mM natrio acetato, pH 6-7, SCF koncentraciją įvertino kaip 1.5 mg/ml. Siekiant ištirpinti SCF, inkubavo kambario temperatūroje 4 vai. Likusią neištirpusią medžiagą pašalino centrifuguodami (17700xg, 30 min., kambario temp.). Pakartojant (parūgštėjimas ištirpusio SCF), nusėdusią frakciją lėtai, maišant supylė į 39.15 I atitinkamo mišinio taip, kad galutinės komponentų koncentracijos buvo: 2.5 M karbamido (ypatingo švarumo,After centrifugation, the sediment fraction containing insoluble SCF (estimated amount of SCF 10-12 g) was added to 3950 ml of the respective mixture so that the final concentration of the components of the mixture was 8 M urea (high purity), 0.1 mM EDTA, 50 mM sodium acetate, pH 6. -7, SCF concentration was estimated as 1.5 mg / ml. To dissolve SCF, incubate at room temperature for 4 hours. The remaining undissolved material was removed by centrifugation (17700xg, 30 min, room temperature). Repeatedly (acidification in dissolved SCF), the precipitated fraction was slowly added with stirring to 39.15 l of the corresponding mixture so that the final concentration of the components was: 2.5 M urea (high purity,
0.01 mM EDTA, 5 mM natrio acetato, 50 mM Tris-HCL, pH 8.5, 1 mM gliutationo, 0.02% (masė/tūriui) natrio azido. SCF koncentraciją nustatė 150 ųg/ml. Po 60 vai. kambario temperatūroje (galima laikyti mažiau, pvz. 20 vai.), maišant, mišinys buvo du kartus koncentruotas naudojant Millipor Pelicon ultrafiltracijos įrenginį su trimis membraninėmis iš polisulfono, molek. masė 10000, kasetėmis (bendras plotas 1,39 m2) ir po to diafiltravo atitinkamai 7 tūriais 20 mM Tris-HCl, pH8. Temperatūra koncentravimo (ultrafiltracijos) metu buvo 4°C, tekėjimo greitis-5 l/min ir filtracijos greitis 600ml/min. Galutinis tūris buvo 26.5 I. Naudojant SDS-PAGE operaciją, kurią vykdė su pavyzdžiais arba be jų, darosi aišku, kad didesnė dalis (>80%) frakcijos SCF nuosėdų po centrifugavimo ištirpsta inkubuojant su 8 M karbamido ir kad po parūgštėjimo, sistemoje egzistuoja daug SCF formų, ką rodo neatstatyto pavyzdžio SDS-PAGE. Pagrindinė forma, kuri yra kaip teisingai parūgštintas SCF (žr. žemiau), migruoja su Mr maždaug 17000 (neredukuota) santykinai markerių (redukuotų), aprašytų Fig.9 su išnaša, molekulinei masei. Daugelis formų turi medžiagą, migruojančią su Mr 18-20000 (neredukuotas), matomai, turi SCF neteisingais disulfidiniais ryšiais; sudarančiais SCF polipeptidines grandines kovalentiškai surištas su dimerų ar stambių oligomerų susidarymu. Paskutinės frakcionavimo stadijos priveda prie likusių E.coli priemaišų ir nepageidaujamų SCF formų pašalinimo ir to rezultate pasiekiamas SCF išvalymas iki homogeniško ir biologiškai aktyvaus būvio.0.01 mM EDTA, 5 mM sodium acetate, 50 mM Tris-HCL, pH 8.5, 1 mM glutathione, 0.02% (w / v) sodium azide. The SCF concentration was determined to be 150 µg / ml. After 60 or so. at room temperature (less than 20 hours can be stored), the mixture was concentrated twice using a Millipor Pelicon ultrafiltration unit with three polysulfone membranes, m.p. mass 10,000, in cartridges (total area 1.39 m 2 ) and then diafiltered in 7 volumes of 20 mM Tris-HCl, pH8, respectively. The temperature during concentration (ultrafiltration) was 4 ° C, the flow rate was 5 l / min and the filtration rate was 600 ml / min. The final volume was 26.5 I. Using SDS-PAGE with or without samples, it is clear that a large fraction (> 80%) of the SCF fraction of the fraction is dissolved after centrifugation by incubation with 8 M urea and that after acidification, much is present in the system. SCF forms as shown by the SDS-PAGE of the unrestored sample. The basic form, which is like correctly acidified SCF (see below), migrates with M r of about 17,000 (unreduced) relative molecular weights of the (reduced) markers described in Figure 9 with footnote. Many forms contain material migrating with M r 18-20000 (unreduced), apparently having SCF with incorrect disulfide bonds; forming SCF polypeptide chains covalently linked to form dimers or large oligomers. The final steps of fractionation lead to the removal of residual E.coli impurities and unwanted forms of SCF, resulting in the purification of SCF to a homogeneous and biologically active state.
Ultrafiltruoto retentato pH nustatė lygų 4.5, pridedant 375 ml 10% (tūris/tūriui) acto rūgšties, ir to pasėkoje medžiaga išsėdo. Po 60 min., kada didžioji dalis išsėdusios medžiagos nusėdo ant dugno, viršutinius 24 I dekantavo ir filtravo, kad nuskaidrėtų per Sipo 30 SP filtrus 500ml/val greičiu. Po to filtratą skiedė 1.5 karto vandeniu ir 4°C temp. leido per koloną (9x18.5 cm) greita tėkme S-sefarozės (Pharmacia) išlygsvarintą 25 mM natrio acetato, pH 4.5. Kolonėlėje tekėjimo greitis buvo 5 l/val ir temperatūra 4°C. Po pavyzdžio praleidimo, koloną praplovė 5 tūriais (6 I) buferio ir SCF, surišto su kolonos medžiaga eliavo 0-0.23 M NaCl kolonos buferio eliuentu. Bendras gradiento tūris buvo 20 I ir frakcijas ėmė po 200 ml. Eliuavimo profilis atvaizduotas Fig.33. Frakcijos alikvotos (10 μΙ) surinktos iš kolonos su S-sefaroze analizavo SDS-PAGE metodu, kurį vykdė kaip su pavyzdžio redukavimu (Fig.32A), taip ir be jo (Fig.32B). Iš tokios analizės duomenų matyti, kad praktiškai visas sugėrimas buvo 280 nm srityje (Fig.32 ir Fig.33) ir gali būti priskirtas SCF.The pH of the ultrafiltrated retentate was adjusted to 4.5 by the addition of 375 ml of 10% (v / v) acetic acid and the material precipitated out. After 60 min, when most of the sediment was deposited on the bottom, the upper 24 L were decanted and filtered to clear through Sipo 30 SP filters at 500ml / hr. The filtrate was then diluted 1.5 times with water and 4 ° C. allowed a fast flow of 25 mM sodium acetate, pH 4.5, equilibrated through a column (9x18.5 cm) with S-Sepharose (Pharmacia). The column flow rate was 5 l / h and temperature 4 ° C. After skipping the sample, the column was washed with 5 volumes (6 L) of buffer and eluted with 0-0.23 M NaCl column buffer bound to the column material. The total volume of the gradient was 20 L and fractions were taken in 200 ml. The elution profile is shown in Fig.33. Aliquots of the fraction (10 μΙ) collected from the column with S-Sepharose were analyzed by SDS-PAGE with and without sample reduction (Fig.32A). From this analysis, it is apparent that practically all absorption was in the 280 nm region (Fig.32 and Fig.33) and could be attributed to SCF.
Teisingai oksiduota forma pirmiausiai atitinka sugėrimo piką (22-38 frakcija, Fig.33). Formos su nedideliu kiekiu, kurį galima vizualiai stebėti frakcijose, įjungia neteisingai oksiduotą medžiagą su Mr 18-20.000 ant SDS-PAGE (neredukuotas) atstojantį pagrindinio piko sugėrimo petį (10-21 frakcijos, Fig.32B); o disulfidiškai surišta dimerinė medžiaga randasi visame sugėrimo intervae (10-38 frakcijos, Fig.32B).The correctly oxidized form first corresponds to the absorption peak (fraction 22-38, Fig. 33). Forms with a small amount that can be visually observed in fractions activate a mis-oxidized material with M r 18-20,000 on SDS-PAGE (unreduced) to represent the main peak absorption arm (Fractions 10-21, Fig. 32B); and the disulfide bonded dimeric material is present throughout the absorption interval (fractions 10-38, Fig. 32B).
Frakcijos 22-38 iš kolonos su S-sefaroze nupylė ir pH gauto mišinio nustatė 2.2, pridedant maždaug 11 ml 6 N HCI ir praleido per C4 Vudac koloną (aukštis 8.4 cm, diametras 9 sm) nulygsvarintą 50% etanoliu (tūris/tūriui), 12.5 mM HCI tirpalu (A) prie 4°C. Dervą kolonai paruošė sausą, dervą suspenduodami 80% etanolio (tūris/tūriui), 12.5 mM HCI (tirpalas B) ir išlygsvarino tirpalu (A). Prieš gaunant pvyzdžius naudojo tuščią gradientą nuo tirpalo A iki tirpalo B (bedras tūris 6 I) ir po to koloną vėl išlygsvarino tirpalu A. Gavus pavyzdžius, koloną plovė 2.5 I A tirpalu ir SCF medžiagą surištą su kolonos medžiaga eliuavo tirpalų A-B gradientu (bendras tūris 18 I), greitis 2670 ml/val. Buvo paimtos 286 frakcijos po 50 ml ir alikvotos analizuotos pagal sugėrimą ties 280 nm (Fig.35), o taip pat SDS-PAGE metodu (25 μΙ iš frakcijos) atitinkamai aukščiau esančio aprašymo (Fig.34A, redukuojančios sąlygos; Fig.34B neredukuojančios sąlygos). 62-161 frakcijos, turinčios teisingai oksiduotas SCF gerai išvalytame būvyje nupylė, (santykinai didelius kiekius neteisingai oksiduoto monomero su Mr 18-20000 (neredukuotas) vėliau eliuavo gradiento terpėje (166-211 frakcijos), disulfidiškai surištą dimerinę medžiagą eliuavo taip pat vėliau (maždaug 199-235 frakcijos) (Fig.35).Fractions 22-38 were removed from the column with S-Sepharose and the pH of the resulting mixture was adjusted to 2.2 by the addition of approximately 11 mL of 6 N HCl and passed through a C4 Vudac column (height 8.4 cm, diameter 9 cm) equilibrated with 50% ethanol (v / v). 12.5 mM HCl solution (A) at 4 ° C. The resin was prepared by dry column resin suspension in 80% ethanol (v / v), 12.5 mM HCl (solution B) and equilibrated with solution (A). Prior to obtaining the samples, use an empty gradient from solution A to solution B (pit volume 6 L) and then equilibrate the column again with solution A. After receiving the samples, the column was washed with 2.5 IA and the SCF bound to the column material was eluted with solutions AB (total volume 18). I), velocity 2670 ml / h. 286 fractions of 50 mL were taken and aliquots analyzed for absorbance at 280 nm (Fig.35) as well as SDS-PAGE (25 μΙ from fraction) according to the above description (Fig.34A, reducing conditions; Fig.34B non-reducing). terms). Fractions 62-161 containing correctly oxidized SCF in a well purified state (relatively large amounts of incorrectly oxidized monomer with M r 18-20000 (unreduced) were subsequently eluted in gradient medium (fractions 166-211), and the disulfide bonded dimeric material was also eluted later ( approximately 199-235 fractions) (Fig.35).
Etanolio pašalinimui iš gauto 62-161 frakcijų mišinio ir SCF koncentravimui naudojo metodiką, naudojant jonų-mainų dervą su greitu O-sefarozės tekėjimu (Pharmacia). Mišinį (5 I) skiedė vandeniu iki 15.625 I tūrio, etanolio koncentraciją sudarydami maždaug 20% (tūris/tūriui). Po to siekiant nustatyti pH-8, pridėjo 1 M Tris-bazės (135 ml) ir papildomai 1 M Tris-HCl: pH 8, (23.6 ml) nustatydami bendrą koncentraciją Tris 10 mM. Po to pridėjo 10 mM Tris-HCl, pH 8 (15.5 I) privedant iki bendro sistemos tūrio 31.26 I ir etanolio koncentraciją iki 10% (tūris/tūriui). Po to medžiagą leido per Osefarozės koloną 4°C greita tėkme (aukštis 6.5 cm, diametras 7 cm) nulygsvarintą 10 mM Tris-HCI. pH 8, po to koloną praplovė 2.5 I kolonos buferiu. Tekėjimo greitis imant pavyzdžius ir praplaunant buvo 5.5 l/val. Siekiant eliuuoti su SCF surištą medžiagą, per koloną priešinga kryptimi leido 200 mM NaCl, 10 mM Tris-HCL, pH 8, 200 ml/val. greičiu. Frakcijas ėmė po 12 ml ir jas analizavo 280 nm sugėrimo bangoje ir taip pat SDS-PAGE metodu, aprašytu aukščiau. 16-28 frakcijas nupylė (157 ml).Methods were used to remove ethanol from the resulting mixture of 62-161 fractions and to concentrate SCF using ion-exchange resin with rapid O-sepharose flow (Pharmacia). The mixture (5 L) was diluted with water to a volume of 15.625 L, with an ethanol concentration of about 20% (v / v). Subsequently, 1 M Tris-base (135 mL) was added to adjust pH-8 and an additional 1 M Tris-HCl: pH 8 (23.6 mL) was added to give a total concentration of Tris 10 mM. Thereafter, 10 mM Tris-HCl was added at pH 8 (15.5 L) to bring the total system volume to 31.26 L and ethanol concentration to 10% (v / v). Subsequently, the material was passed through a column of Oepharose with 10 mM Tris-HCl equilibrated in a fast flow (6.5 cm height, 7 cm diameter) at 4 ° C. pH 8, followed by washing the column with 2.5 I column buffer. The flow rate during sampling and flushing was 5.5 l / h. In order to elute the SCF-bound material, 200 mM NaCl, 10 mM Tris-HCL, pH 8, 200 mL / h was passed through the column in the opposite direction. speed. Fractions were taken at 12 mL and analyzed at 280 nm absorbance and also by SDS-PAGE as described above. Fractions 16-28 (157 mL) were removed.
Po to mišinį turintį SCF analizavo dviem atskiromis chromatografijomis (po 78.5 ml kiekviename bandyme) ant gel-filtracinės kolonos (5x138 cm) su Sefakrilu S-200 HP (Pharmacia); nulygsvarinus fosfatiniu buferiu 4°C temperatūroje. Frakcijas ėmė po 15 ml esant 75 ml/val tekėjimo greičiui. Kiekvienu atveju, pagrindinį piką, esant sugėrimo bangos ilgiui 280 nm. eliuavo atitinkamais tūrį kiekiais 1370-1835 ml. Frakcijas iš dviejų nurodytų kolonų, duodančias pikus, apjungė į vieną mišinį 525 ml tūrio, turintį maždaugThe mixture-containing SCF was then analyzed by two separate chromatography (78.5 mL each test) on a gel filtration column (5 x 138 cm) with Sephacryl S-200 HP (Pharmacia); after equilibration with phosphate buffer at 4 ° C. Fractions were taken at 15 ml at a flow rate of 75 ml / h. In each case, the main peak at an absorption wavelength of 280 nm. eluted with appropriate volumes of 1370-1835 ml. The fractions from the two indicated columns yielding the peaks were combined into a single mixture of 525 ml volume containing ca.
2.3 g SCF. Šią medžiagą steriliai filtravo naudojant Millipor Milipak membranas.2.3 g SCF. This material was sterile filtered using Millipor Milipak membranes.
Iš kitos pusės, medžiaga iš kolonos C4 gali būti koncentruota ultrafiltracija ir prieš sterilią filtraciją veikiama buferiniais mainais.On the other hand, the material from the C4 column may be concentrated by ultrafiltration and subjected to buffer exchange prior to sterile filtration.
Išskirta rekombinantinė žmogaus SCF 1-164 medžiaga turi didelę švarumo klasę (>98% pagal SDS-PAGE analizę dažant sidabru) ir laikoma, kad toks švarumas atitinka farmakologinius reikalavimus. Naudojant metodus, aprašytus 2 pvz., buvo nustatyta, kad gauta medžiaga turi aminorūgščių seką atitinkančią gautą SCF genų analize ir turi N-galo amino rūgščiųseką Met-Glu-Gly-lle..., kaip ir buvo laukta atitinkamai su Met koduojančiu iniciatyviniu kodonu.Isolated recombinant human SCF 1-164 has a high purity grade (> 98% by SDS-PAGE for silver staining) and is considered to be pharmacologically pure. Using the methods described in Example 2, the resulting material was found to have the amino acid sequence corresponding to the resulting SCF gene analysis and to have the N-terminal amino acid sequence Met-Glu-Gly-lle ... as expected with the Met coding initiation codon, respectively. .
Pagal metodus lyginamus su aprašytais žmogaus SCF 1-164 ekspresuoto E.coli, gali būti išskirtas SCF1-164 (taip pat esant netirpios formos ląstelės viduje) išvalytoje būklėje aukšto laipsnio biologiniu aktyvumu. Analogišku būdu gali būti išskirtas žmogaus SCF 1-183 ir žiurkės SCF 1-193. Žiurkės SCF 1-193 susidarymo eigoje (oksidavimas turi tendenciją sudaryti įvairius oksiduotus darinius) gali apsunkinti pašalinimą chromatografijos eigoje. Žiurkės SCF 1-193 ir žmogaus SCF 1-183 gali būti proteolitiškai degraduoti ankstyvose išskyrimo stadijose. Pirminė proteolizės vieta yra tarp 160 ir 170 liekanų. Proteolizė gali būti minimizuota reguliuojant sąlygas pvz., SCF koncentracija, pH pakeitimu, 2-5 mM EDTA įvedimu j sistemą ar kitų proteazių (inhibitorių) įvedimu, o taip pat degraduotų formų tokiu kiekiu, kokiu egzistuoja sistemoje, pašalinamu atitinkamose frakcionavimo stadijose.By methods comparable to those described for human SCF 1-164- expressed E. coli, SCF 1-164 (also in the form of an insoluble form of the cell) can be isolated in a purified state with a high degree of biological activity. Human SCF 1-183 and rat SCF 1-193 can be isolated in an analogous manner. Rats in the formation of SCF 1-193 (oxidation tends to form various oxidized derivatives) may complicate removal by chromatography. Rat SCF 1-193 and human SCF 1-183 can be proteolytically degraded in the early stages of excretion. The primary site of proteolysis is between residues 160 and 170. Proteolysis can be minimized by controlling conditions such as SCF concentration, pH change, introduction of 2-5 mM EDTA into the system or other proteases (inhibitors), as well as the amount of degraded forms present in the system eliminated at appropriate stages of fractionation.
LT 4 019 BLT 4 019 B
Nors nurodoma, kad karbamido naudojimas stabilizuojant yra pirmaeilis, taip pat sėkmingai galima naudoti kitus stabilizacijos agentus, tokius kaip guanidino hidrochloridą (pvz., 6 M ir 0.25 M), o taip pat N-lauroil-sarkoziną. Pašalinant agentus po pakeitimo/parūgštinimo, išvalytas SCF, pagal SDS-PAGE analizę, gali būti regeneruotas naudojant atitinkamas frakcionavimo stadijas.While the use of urea as a stabilizer is stated to be a priority, other stabilizing agents, such as guanidine hydrochloride (e.g., 6 M and 0.25 M) as well as N-lauroyl sarcosine, can also be successfully used. Removal of the agents after replacement / acidification, purified SCF, by SDS-PAGE analysis, can be recovered using appropriate fractionation steps.
Be to, nors geriau dubliavimo/oksidinimo metu naudoti 1 mM kone. gliutationą lygiu ar artimu efektyvumu, gali būti naudojamos ir kitos sąlygos. Pavyzdžiui, naudojant vietoje 1 mM gliutationo, 2 mM gliutationo ir 0.2 mM oksiduoto gliutationo, ar 4 mM gliutaniono ir 0.4 mM oksiduoto gliutationo, ar 1 mM 2-merkaptoetanolio ar kitus tiolinius reagentus.Also, although it is better to use 1 mM almost during duplication / oxidation. glutathione at a level or near efficacy, other conditions may be used. For example, using 1 mM glutathione, 2 mM glutathione and 0.2 mM oxidized glutathione, or 4 mM glutanion and 0.4 mM oxidized glutathione, or 1 mM 2-mercaptoethanol or other thiol reagents.
Be aprašytų chromatografijos metodikų, kurios gali būti naudojamos SCF aktyvios formos išskyrimui, gali būti naudojamos hidrofobinė chromatografija (pvz., naudojant fenil-Sefarozę (Pharmacia) su pavyzdžio neutralia pH reikšme, esant 1.7 M amonio sulfatui ir gradientinė eliuacija, mažinant amonio sulfato kiekį); chromatografija su imobilizuojančiais metalais (pvz., naudojant chelatinę Sefarozę (Pharmacia), pakrautą Cu2+ jonais , pavyzdžio pH esant artimam neutraliam naudojant 1 mM imidazolo) ir hidroksilapatitinė chromatografija (naudojant neutralaus pH pavyzdį su 1 mM fosfato ir eliavimą gradientu, padidinančiu fosfato kiekį); o taip pat kitos šos srities specialistams žinomos metodikos.In addition to the described chromatographic techniques that can be used to isolate the SCF active form, hydrophobic chromatography (e.g., phenyl-Sepharose (Pharmacia) with a sample neutral pH of 1.7 M ammonium sulfate and gradient elution to reduce ammonium sulfate) may be employed. ; chromatography with immobilizing metals (e.g. using chelated Sepharose (Pharmacia) loaded with Cu 2+ ions, sample pH at near neutral using 1 mM imidazole) and hydroxylapatite chromatography (using neutral pH sample with 1 mM phosphate and gradient eluting with phosphate) ); as well as other methodologies known to those skilled in the art.
Kitos žmogaus SCF formos, visiškai ar dalinai atitinkančios atvirą koduotų aminorūgščių 1-248 seką ar atitirikančios atviro skaitymo rėmelį (Fig.44) taip pat gali būti ekspresuotos E.coli ir išskirtos švarioje formoje pagal metodiką, analogišką čia aprašytai, o taip pat kitus šios srities specialistų žinomus metodus.Other forms of human SCF that fully or partially correspond to the open coding amino acid sequence 1-248 or the open reading frame (Fig.44) may also be expressed in E.coli and isolated in pure form according to a procedure analogous to that described herein, as well as other methods known to those skilled in the art.
Formų turinčių taip vadinamą transmembraninę dalį, kurią rodo 16 pavyzdys, valymas ir formavimas, apima detergentų utilizavimą, įtraukiant nejoninius detergentus, o taip pat lipidus, įtraukiant fosfolipidus turinčias liposomines struktūras.Purification and formulation of the forms containing the so-called transmembrane portion shown in Example 16 involves the utilization of detergents to include nonionic detergents as well as lipids to include phospholipid-containing liposomal structures.
pavyzdysexample
Rekombinantinis SCF iš žinduoliu ląsteliųRecombinant SCF from mammalian cells
A. CHO ląstelių, produkuojančių SCF, fermentacijaA. Fermentation of CHO cells producing SCF
Rekombinantinius kiniško žiurkėno kiaušidžių (CHO) ląstelių, CHO pDSPa2hSCF1162 kamienus augino ant mikronešiklių perfuzinėje kultivavimo sistemoje, siekiant gauti produkuojamą žmogaus SCF1'164. Fermentatoriaus sistema analogiška BRI 3A ląstelių auginimo iš 1B pavyzdžio, išskyrus: CHO ląstelėms naudojama kultivavimo terpė buvo modifikuotos Dulbeko (DMEM) ir mitybinės Chamso 12 terpės mišinys, santykiu 1:1 (GIBCO), kurią papildė 2 mM gliutamino, nebūtinomis aminorūgštimis (tam, kad padvigubintų esamą koncentraciją, praskiedus 1:100 Gibco terpę) ir 5%veršiuko serumu. Galutinė terpė buvo identiška, išskyrus serumą. Reaktorių užsėjo 5.6x109 CHO ląstelėmis, išaugintomis 3 I kolbose. Ląsteles augino iki koncentracijos 4x105 ląst/ml. Po to įpylė 100 g iš anksto išsterilinto citodeks-2 mikronešiklio (Pharmacia) 3 I fosfatinio buferio. Ląstelėms leido susirišti ir augino ant šių mikronešiklių 4 dienas. Kultivavimo terpę perfuzuodavo per reaktorių pagal gliukozės išnaudojimą. Gliukozės koncentracija buvo palaikoma maždaug 2.0 g/l. Po 4 dienų, fermentatorių perfuzavo šešiais terpės, neturinčios serumo, tūriais, kad baltymo koncentracija būtų <50 mg/ml.Recombinant strains of Chinese hamster ovary (CHO) cells, CHO pDSPa2hSCF1162, were cultured on microfeeders in a perfused culture system to obtain human SCF 1 ' 164 . The fermenter system was analogous to BRI 3A cell cultivation from Example 1B except that the culture medium used for CHO cells was a modified 1: 1 mixture of Dulbeck (DMEM) and nutritional Chams 12 medium (GIBCO) supplemented with 2 mM glutamine, to double the current concentration by diluting 1: 100 in Gibco medium) and 5% calf serum. The final medium was identical except for serum. The reactor was inoculated with 5.6x10 9 CHO cells grown in 3 L flasks. Cells were grown to a concentration of 4 x 10 5 cells / ml. Subsequently, 100 g of pre-sterilized cytodex-2 micronutrient (Pharmacia) was added in 3 L of phosphate buffer. Cells were allowed to bind and cultured on these microcarriers for 4 days. The culture medium was perfused through the reactor according to glucose utilization. Glucose concentration was maintained at approximately 2.0 g / l. After 4 days, the fermenter was perfused with six volumes of serum-free medium to a protein concentration of <50 mg / ml.
Po to reaktorius dirbo periodiniu režimu, kol gliukozės koncentracija nesumažėjo iki 2 g/l. Po šito, reaktorius dirbo pastovaus perfuzijos greičio režimu, lygiu 20 l/dieną. Kultūrinės terpės pH buvo 6.9±0.3, palaikomas reguliuojant CO2 tekėjimo greitį. Ištirpusio deguonies kiekis buvo palaikomas aukščiau 20% jsotinimo oru, esant būtinumui, paduodant gryną deguonį.The reactor was then operated in batch mode until the glucose concentration dropped to 2 g / l. After this, the reactor was operating at a constant perfusion rate of 20 l / day. The pH of the culture medium was 6.9 ± 0.3, maintained by regulating the rate of CO2 flow. Dissolved oxygen was maintained above 20% air saturation with pure oxygen as needed.
Temperatūra palaikoma 37±0.5°C.The temperature is maintained at 37 ± 0.5 ° C.
Anksčiau aprašytoje sistemoje gavo maždaug 450 I neturinčios serumo kondicinės terpės ir ją naudojo kaip išeiginę medžiagą rekombinantinio žmogaus SCF1'162 valymui.In the system described above, approximately 450 L of serum-free conditioning medium was obtained and used as starting material for purification of recombinant human SCF 1 ' 162 .
Analogiškai vykdytoje sistemoje, naudojant CHO pDSPa2hSCF1-162, gavo maždaug 589 I neturinčios serumo kondicinės terpės ir ją naudojo kaip žaliavą gauti žiurkės SCF 1-162 In an analogous system, using CHO pDSPa2hSCF1-162, approximately 589 L of serum-free conditioning medium was obtained and used as raw material in rat SCF 1-162.
B. Rekombinantinio ekspresuoto žiurkės SCF 1-162, valymas Jeigu atskirai nepažymėta, tai visos valymo operacijos atliekamos 4°C.B. Purification of Recombinant Expressed Rat SCF 1-162 Unless specifically labeled, all purification operations are performed at 4 ° C.
1. Koncentravimas ir diafiltracija1. Concentration and Diafiltration
Kondicinę terpę be serumo, gautą auginus ląstelių pDSRa2 žiurkės SCF 1-162 kamieną, pagal A skyriuje aprašytą metodiką, filtravo per 0.45 gm Sartokapsules (Sartorius). Keletą skirtingų partijų (36 I, 101 I, 102 I, 200 I, 150 I) atskirai koncentravo ir veikė diafiltraciniais/buferiniais mainais. Iliustracijai aprašyta operacija su 36 I. Nufiltruotą kondicinę terpę koncentravo iki 500 ml naudojant tangentinį ultrafiltracijos aparatą Millippor Pelikon su trimis membranų iš acetatceliuliozės, molek. masė 10000 (bendras membranos plotas 1,39 m2, tekėjimo greitis 220ml/min), kasetėmis. Po to vykdė diafiltraciją/buferinius mainus anijonų mainų chromatografijos preparate, pridedant 2000 ml 10 mM Tris-HCl, pH 6.7-6.8 iki 500 ml tūrio į antrinio koncentravimo koncentratą, naudojant ultrafiltracijos aparatą su tangentine srove ir 5 kartus pakartojant operaciją. Koncentruotas/diafiltruotas preparatas galutinai buvo 1000 ml. Visų kondicinės terpės partijų koncentravimas ir diafiltracija buvo vienodas. Baltymo kiekis partijose nustatytas Bredfordo metodu (Anal.Bioch. 72, 248-253, 1976), naudojant kaip standartą veršiuko albuminą, ir sudarė 70-90 pg/ml. Bendras kondicinės terpės kiekis buvo 589 I.The conditioned serum-free medium obtained by culturing a cell pDSRa2 rat SCF 1-162 strain according to a procedure described in section, of 0.45 gm filtered Sartokapsules (Sartorius). Several different batches (36 L, 101 L, 102 L, 200 L, 150 L) were individually concentrated and operated by diafiltration / buffer exchange. The operation described for illustration with 36 I. The filtered conditioning medium was concentrated to 500 ml using a Millippor Pelikon tangential ultrafiltration apparatus with three membranes of acetate cellulose, molec. mass 10000 (total membrane area 1.39 m 2 , flow rate 220ml / min), in cartridges. This was followed by diafiltration / buffer exchange in anion exchange chromatography preparation by adding 2000 ml of 10 mM Tris-HCl, pH 6.7-6.8 to 500 ml volume to secondary concentrate, using a tangential jet ultrafiltration apparatus and repeating the operation 5 times. The concentrated / diafiltered preparation was finally 1000 ml. Concentration and diafiltration were the same for all batches of conditioned media. The protein content of the batches was determined by the Bradford method (Anal.Bioch. 72, 248-253, 1976) using calf albumin as a standard and was 70-90 pg / ml. The total volume of the conditioned medium was 589 I.
2. Anijonu-mainų greitos tėkmės chromatografija su Q-Sefaroze2. Anion-exchange flash chromatography with Q-Sepharose
Koncentruoti/diafiltruoti preparatai iš visų penkių kondicinės terpės partijų buvo apjungti (bendras tūris 5000ml). pH nustatė 6.75, pridedant 1 M HCI, 2000 ml 10 mM Tris-HCl, pH 6.7, pralaidumas 0.700 mm o.Concentrated / diafiltered preparations from all five batches of conditioned media were pooled (total volume 5000ml). The pH was adjusted to 6.75 by addition of 1 M HCl, 2000 mL of 10 mM Tris-HCl, pH 6.7, 0.700 mm o.
Preparatą leido per anijonų-mainų koloną su Q-Sefaroze greita tėkme (36x14 cm; Sefarozė greitos tėkmės, Pharmacia), nulygsvarinant 10 mM Tris-HCl buferiu, pH 6.7. Po pavyzdžio praleidimo, koloną praplovė 28.700 ml Tris buferiu. Po to koloną plovė 23.000 ml mišiniu iš 5 mM acto rūgšties (1 mM gIicino/6 M šlapalo), 20 μΜ CuSO4 esant pH 4.5. Po to plovė 10 mM Tris-HCl, 20 mM CuSO4, esant buferio pH 6.7, siekiant pH priartinti prie neutralaus ir pašalinti karbamidą ir po to naudojo druskų gradientą (0700 mM NaCI/10 mM Tris-HCl, 20 mkM CuSO4, buferio pH 6.7; bendras tūris 40 I). Frakcijas ėmė po 490 ml, esant tekėjimo greičiui 3.250 ml/val. Gauta chromatograma parodyta Fig.36. “MC/9 imp./min.” atspindi biologinį aktyvumą, tiriant MC/9; aukščiau nurodytas frakcijas analizavo po 5 μΙ. Pieš. neparodyti surinkti pavyzdžių eigoje eliuantai, o taip pat plovimo tirpalai; kurie šiose frakcijose neturėjo biologinio aktyvumo.The preparation was passed through an anion-exchange column with Q-Sepharose fast flow (36x14 cm; Sepharose fast flow, Pharmacia), equilibrated in 10 mM Tris-HCl buffer, pH 6.7. After omitting the sample, the column was rinsed with 28.700 mL Tris buffer. The column was then washed with 23,000 mL of a mixture of 5 mM acetic acid (1 mM glycine / 6 M urea), 20 μΜ CuSO 4 at pH 4.5. It was then washed with 10 mM Tris-HCl, 20 mM CuSO 4 at pH 6.7 buffer to bring the pH to neutral and remove urea and then used a salt gradient (0700 mM NaCl / 10 mM Tris-HCl, 20 µM CuSO 4 , buffer). pH 6.7; total volume 40 L). Fractions were taken at 490 ml at a flow rate of 3,250 ml / h. The resulting chromatogram is shown in Fig.36. “MC / 9 imp / min.” Reflects biological activity at MC / 9; the above fractions were analyzed at 5 μΙ each. By elution eluates collected as well as washing solutions not shown; which had no biological activity in these fractions.
3. Chromatografija, naudojant dervas angliavandeniu, surištų su silicio oksidu, pagrindu.3. Chromatography on a hydrocarbon-bonded resin base.
Fig.36 parodyto bandymo 44-46 frakcijas apjungė (11.200 ml) ir pridėjo EDTA iki galutinės koncentracijos 1 mM. Medžiaga 200 ml/val greičiu užnešta ant kolonos C4 (Vidak baltymai C4; 7x8 cm) nulygsvarintos buferiu (A) 10 mM tris pH 6.7 (20% etanolio). Užnešus pavyzdį, koloną plovė 1000 ml A buferiu. Po to naudojo linijinį gradientą nuo buferio A iki buferio B (10 mM tris su pH 6.7/94% etanolio) (bendras tūris 6000 ml) ir frakcijas ėmė po 30-50 ml. Iš kolonos C4 išeiginės medžiagos porcijos, nupylus medžiagas gautas bandyme ir praplovimo tirpalus, o taip pat gradiento frakcijos 0.5 ml alikvotas atitinkamai dializavo fosfatiniu buferiu. Tokias skirtingas frakcijas tyrė MC/9 analize, 5 μΙ alikvotas, gautas frakcijų gradiente; imp./min. Fig.37.In the assay shown in Fig.36, fractions 44-46 were pooled (11.200 mL) and EDTA was added to a final concentration of 1 mM. The material was loaded onto a C4 column (Vidak protein C4; 7x8 cm) at 200 ml / h equilibrated with buffer (A) in 10 mM Tris pH 6.7 (20% ethanol). After applying the sample, the column was washed with 1000 ml of buffer A. A linear gradient from Buffer A to Buffer B (10 mM tri with pH 6.7 / 94% ethanol) (total volume 6000 mL) was then used and fractions were taken at 30-50 mL. An aliquot of 0.5 ml aliquot of the C4 starting material, the assay and wash solutions as well as the gradient fraction was dialyzed with phosphate buffer, respectively. Such different fractions were assayed by MC / 9 analysis, with a 5 μΙ aliquot obtained in a fraction gradient; imp / min. Fig. 37.
SDS-PAGE duomenys (Lazmli, Nature, 227, 680-685, 1970); skirtingų frakcijų alikvotų koncentruojantys geliai su 4% (masė/tūriui) akrilamido ir skiriamieji geliai su 12.5% (sv./tūriui/akrilamido) parodyti Fig.38. Gelių pavyzdžių alikvotas (100 μΙ )džiovino vakuume ir po to pakartotinai ištirpino naudodami 20 μΙ apdorojančio buferio (redukavimas pvz., su 2-merkaptoetanolio) ir virė 5 min. prieš užnešant ant gelio. Pieš. kairiame kampe skaičiais pažymėtos markerių molek. masės (redukuoti), kaip ir Fig.6. Skaičių eilutės rodo atitinkamas frakcijas, surinktas paskutinėje gradiento dalyje. Geliai buvo dažyti sidabru (Morisei, Anai.Bioch., 117, 307-310, 1981).SDS-PAGE data (Lazmli, Nature, 227, 680-685, 1970); Aliquots of different fractions with concentrating gels with 4% (w / v) acrylamide and Resolution gels with 12.5% (w / v / acrylamide) are shown in Fig.38. An aliquot of the gel samples (100 μΙ) was dried under vacuum and then redissolved in 20 μΙ of treatment buffer (reduction, e.g. with 2-mercaptoethanol) and refluxed for 5 min. before being applied to the gel. By the numbered marker molecules in the left corner. masses (reduced) as in Fig.6. The number lines represent the corresponding fractions collected in the last part of the gradient. Gels were stained with silver (Morisei, Ana.Bioch. 117, 307-310, 1981).
4. Anijonu-mainu greitos tėkmės chromatografija su Q-Sefaroze,4. Anion-exchange flash chromatography with Q-Sepharose,
Iš kolonos C4, parodytos Fig.36, 98-124 frakcijas nupylė (1050 ml), ir praskiedė 1:1 santykiu 10 mM Tris-buferiu pH 6.7, sumažinant etanolio koncentraciją. Po to tirpalą užnešė ant anijonų mainų greitos tėkmės kolonos su Q-sefaroze (3.2x3cm, Q-sefarozė greitos tėkmės, Pharmacia), išlygsvarino 10 mM Tris-HCI buferiu, pH 6.7. greitis 463 ml/val. Po pavyzdžio, koloną praplovė 135 ml kolonos buferio ir surištą medžiagą eliuavo plaunant 10 mM tris-HCI, 350 mM NaCl, pH 6.7. Tekėjimą priešinga kryptimi kolonoje keitė tam, kad minimizuoti eliuanto kiekį ir eliuavimo eigoje ėmė frakcijas po 7.8 ml.Fractions 98-124 from column C4 shown in Fig.36 (1050 mL) were decanted and diluted 1: 1 with 10 mM Tris-buffer pH 6.7, reducing ethanol concentration. The solution was then applied to anion exchange high-flow columns with Q-Sepharose (3.2x3cm, Q-Sepharose High Flow, Pharmacia), equilibrated in 10 mM Tris-HCl buffer, pH 6.7. rate 463 ml / h. After the sample, the column was washed with 135 ml of column buffer and the bound material was eluted by washing with 10 mM tris-HCl, 350 mM NaCl, pH 6.7. Reverse flow in the column was reversed to minimize the amount of eluant and 7.8 mL fractions were used during the elution.
5. Gel-filtracinė chromatografija naudojant Sefakrilą S-200 HP5. Gel-filtration chromatography using Sephacryl S-200 HP
Frakcijas su eliuuotu baltymu, gautas iš druskų praplovimo stadijos po anijonų mainų greitos tėkmės kolonos su Q-Sefaroze, apjungė (31 ml). 30 ml tokio mišinio užnešė ant gel-filtracijos kolonos su Sefakrilu S-200 (Pharmacia), (5x55.5 cm) išlygsvarintą fosfatiniu buferiu. Frakcijos po 6.8 ml buvo renkamos 68 ml/val greičiu. Frakcijas, atitinkančias 280 nm sugėrimo piką, apjungė kaip galutinį išvalytą produktą.The eluted protein fractions from the salt wash step after the anion exchange high-flow column with Q-Sepharose were pooled (31 mL). 30 ml of this mixture was applied to a gel filtration column with Sefacryl S-200 (Pharmacia) (5x55.5 cm) equilibrated in phosphate buffer. Fractions of 6.8 ml were collected at 68 ml / h. The fractions corresponding to the 280 nm absorption peak were combined as the final purified product.
lentelėje susumuoti valymo rezultatai.Table summarizes the cleaning results.
lentelėtable
Ekspresuoto žinduoliuose žiurkės SCF valymo rezultataiResults of purification of rat SCF expressed in mammals
*Nustatyta Bredfordo metodu (žr. aukščiau, 1976) *Nustatyta kaip dydis 47.3 mg, naudojant kiekybinę amino rūgščių analizę, analogiškai 2 pvz. aprašytam metodui.* Determined by the Bradford method (see above, 1976) * Determined as 47.3 mg by quantitative amino acid analysis analogous to e.g. for the method described.
Išvalyto žiurkės SCF1'162 N-galo aminorūgščių seka yra maždaug pusė Gly-Glu-lle.... ir pusė piroGlu-GIn-ILE... atitinkamai 2 pavyzdžio nustatymo būdui. Gautas rezultatas rodo, kad žiurkės SCF 1162 yra proteolitinio apdorojimo produktas (skaldymo liekanos pažymėtos (-1) (Thr) ir (+1) (Gln) Fig.14C). Analogiškai išvalytas iš kondicinės terpės transfekuotų CHO ląstelių žmogaus SCF 1-162 (žr. žemiau) turėjo N-galo aminorūgščių seką Gln-Glu-lle, kaip apdorojimo produktą (skaldymas tarp liekanų žymimas skaičiais(-l) (Thr) ir (+1) (Gln) Fig.15C.The purified rat SCF 1 ' 162 N-terminal amino acid sequence is about half Gly-Glu-lle .... and half pyroGlu-GIn-ILE ... respectively for the method of Example 2 detection. The result indicates that rat SCF 1162 is a product of proteolytic processing (cleavage residues are designated (-1) (Thr) and (+1) (Gln) in Fig. 14C). Analogously purified from conditioned media transfected CHO cells in human SCF 1-162 (see below) had the N-terminal amino acid sequence Gln-Glu-lle as a processing product (cleavage between residues is represented by (-l) (Thr) and (+1) ) (Gln) Fig. 15C.
Naudojant aukščiau aprašytas sekų operacijas, gauna išvalytą CHO ekspresuotų ląstelių arba natūralios kilmės žmogaus rekombinantines formos SCF baltymą.Using the sequence operations described above, it produces purified purified recombinant form SCF protein from CHO-expressing cells or naturally occurring human.
Papildomi valymo būdai, naudojami žinduolių ląstelių rekombinantinio SCF darinių valyme apima ir tuos būdus, kurie nurodyti 1 ir 10 pvz., o taip pat kitus žinomus šios srities specialistams metodus.Additional purification techniques used to purify mammalian cell recombinant SCF derivatives include those set forth in Examples 1 and 10, as well as other methods known to those skilled in the art.
Kitos žmogaus SCF formos, pilnai ar dalinai atitinkančios atviro skaitymo rėmelio koduotas aminorūgštis 1-248, parodytas 42 pieš., arba užkoduotas kita atviro skaitymo rėmelio kRNR (pvz., tomis, kurios pavaizduotos kDNR sekoje, Fig.44) taip pat gali būti ekspresuotos žinduolių ląstelėse ir išskirtos valymo metodais, analogiškais šiam pavyzdžiui, o taip pat kitais specialistų žinomais metodais.Other forms of human SCF that fully or partially correspond to the open reading frame encoded amino acids 1-248 shown in Figure 42, or encoded by another open reading frame cRNA (e.g., those depicted in the cDNA sequence, Figure 44), may also be expressed. in mammalian cells and isolated by purification methods analogous to this example as well as other methods known to those skilled in the art.
C. SDS-PAGE ir glikozidinimasC. SDS-PAGE and glycosidation
SDS PAGE apjungtų frakcijų iš gel-filtracinės kolonos su Sefakrilu S-200 HP duomenys parodyti Fig.39; tokius pavyzdžius užnešė po 2.5 μΙ (1 eilė). Dažė sidabru. Molekulinės masės markeriai (6 pozicija) buvo tokie patys, kaip nurodyta Fig.6. Medžiaga, migruojanti truputį aukščiau ir žemiau markerio Mr 31000 yra biologiškai aktyvi medžiaga; o atsiradęs heterogeniškumas susijęs su glikozilinimo heterogeniškumu.The SDS PAGE pooled fractions from a gel filtration column with Sephacryl S-200 HP are shown in Fig. 39; such samples were applied at 2.5 μΙ (row 1). Painted silver. The molecular weight markers (position 6) were the same as in Fig.6. The substance that migrates slightly above and below the M r 31000 marker is a biologically active substance; and the resulting heterogeneity is related to the heterogeneity of glycosylation.
Siekiant charakterizuoti, išvalytą glikozilinimu medžiagą apdorojo dideliu kiekiu glikozidazių, analizavo SDS-PAGE metodu (redukuojančiomis sąlygomis) ir įvertino vizualiai po dažymo sidabru. Gauti rezultatai pateikti Fig.39. Pozicija 2-neuraminidazė, pozicija 3- neutraminidazė ir O-glikanazė, 4-neuraminidazė, N-glikanazė ir N-glikanazė, 5-neuraminidazė ir N-glikanazė, 7- N-glikanazė, 8-N-glikanazė be substrato, 9- Nglikanazė be substrato. Sąlygos buvo vykdomos sistemoje, kur buvo 10 mM 3-(cholamidopropil(dimetilamonio)-1-propano sulfonato) (CHAP), 66.6 mM 2-merkaptoetanolio 0.04% (masė/tūriui) natrio azido fosfatinis buferinis tirpalas, 30 min. esant 37°C inkubacijai, ir esant koncentracijoms per pusę mažesnėms nurodytoms ir esant glikozidazei 18 val.-37°C. Neuraminidazę (iš Arthrobacter vreafaciens, teikiamą Callbiochem) naudojo 0.5 vnt/ml galutinės koncentracijos. N-glikanazę (Genzim, endoalfa-acetil-galaktozaminidazė) naudojo 7.5 milivnt/ml kiekį. N-glikanazę (Genzim, peptidas: N-glikozidazė F; peptidas-N4/N-acetilbeta-gliukozaminil(asparin amidazė) naudojo 10 vnt/ml kiekį.For characterization, the purified glycosylation material was treated with high levels of glycosidases, analyzed by SDS-PAGE (under reducing conditions) and evaluated visually after staining with silver. The results obtained are shown in Fig.39. Position 2-Neuraminidase, Position 3-Neutraminidase and O-Glucanase, 4-Neuraminidase, N-Glucanase and N-Glucanase, 5-Neuraminidase and N-Glucanase, 7- N-Glucanase, 8-N-Glucanase without Substrate, 9- Nglycanase without substrate. The conditions were run in a system containing 10 mM 3- (cholamidopropyl (dimethylammonium) -1-propane sulfonate) (CHAP), 66.6 mM 2-mercaptoethanol 0.04% (w / v) sodium azide phosphate buffer, 30 min. at 37 ° C for incubation, and at half the concentrations indicated and with glycosidase for 18 h-37 ° C. Neuraminidase (from Arthrobacter vreafaciens provided by Callbiochem) was used at a final concentration of 0.5 units / ml. N-Glucanase (Genzim, endo-alpha-acetyl-galactosaminidase) was used at 7.5 millivnt / ml. N-glikanazę (Genzim peptide: N-glycosidase F; peptide-N 4 / N-acetilbeta gliukozaminil (aspartame amidase) using 10 units / ml levels.
Esant būtinumui, darė kontrolines inkubacijas. Tokios operacijos yra: inkubacija be glikozidazių, siekiant patvirtinti tą, kad gauti rezultatai susiję su glikozidazinių preparatų įdėjimu; inkubacija esant glikozilintiems baltymams (pvz., glikozilinto rekombinantinio žmogaus eritropoetino), kurie kaip žinoma, yra glikozidazių substratai, siekiant patvirtinti naudojamų glikozidazinių fermentų aktyvumus; ir inkubacija su glikodazėmis, bet nesant substratui, siekiant gauti informaciją apie teigiamą ar neigiamą glikozidazinių preparatų rolę, vizualiai stebint juostas gelyje (Fig.39, 8 ir 9 pozicijos).Control incubations were performed when necessary. Such operations include: glycosidase-free incubation to confirm that the results obtained are related to the addition of glycosidase preparations; incubation in the presence of glycosylated proteins (e.g., glycosylated recombinant human erythropoietin) which are known substrates for glycosidases to confirm the activities of the glycosidase enzymes used; and incubation with glycodases but in the absence of substrate to obtain information on the role of glycosidase preparations, positive or negative, by visual observation of the bands on the gel (Figures 39, 8 and 9).
Iš aprašytų eksperimentų galima padaryti eilę išvadų. Skirtingi apdorojimai Nglikanaze (kurie pašalina tiek kompleksinius, tiek didelius manozinius N-surištus angliavandenius (Tarentino et ai, BioChem, 24, 4665-4671, 1988), neutraminidazėmis (kurios pašalina sialo rūgšties likučius) ir O-glikanazės (kurios pašalina kai kuriuos Osurištus angliavandenius) (Lambin et ai, Biochem. Soc.Trans., 12, 599-600, 1984), leidžia daryti išvadas, kad: sistemoje egzistuoja tiek N-surišti, tiek O-surišti angliavandeniai; ir kad yra sialo rūgštis, ir kai kuriais atvejais jos kažkoks kiekis sudaro 0surišus fragmentus. Faktas, kad apdorojimas N-glikanaze sugeba, pagal SDS-PAGE, paversti heterogeninę medžiagą į greitai migruojančią formą, kuri yra homogeniškesnė, rodo tai, kad visa medžiaga yra vienas ir tas pats peptidas ir heterogeniškumą iššaukia heterogeniškumas glikozilinimo metu.A number of conclusions can be drawn from the experiments described. Different treatments with Nglycanase (which remove both complex and high mannose N-linked carbohydrates (Tarentino et al., BioChem, 24, 4665-4671, 1988), neutraminidases (which remove sialic acid residues) and O-glycanases (which remove some Osuricids) carbohydrates) (Lambin et al., Biochem. Soc. Trans., 12, 599-600, 1984), leads to the conclusion that: both N-linked and O-linked carbohydrates exist in the system; and that sialic acid is present when in which cases, some amount of it forms 0.bound fragments The fact that N-glycanase treatment is capable of converting a heterogeneous material into a more homogeneous form according to SDS-PAGE indicates that the whole material is the same peptide and causes heterogeneity heterogeneity during glycosylation.
pavyzdysexample
Rekombinantinio SCF1'164 PEC gavimasPreparation of Recombinant SCF 1 ' 164 PEC
Žiurkės SCF1164, gautą ekspresavimo sistema pagal pavyzdžių GA ir 10 metodikas iš rekombinantinio E.coli, naudojo kaip žaliavą polietilenglikolio modifikacijai, aprašytai žemiau.Rats SCF 1164 , obtained by expression system according to the GA of Examples and 10 from recombinant E.coli, used as starting material for the modification of polyethylene glycol described below.
Metoksipolietileno glikolio-sukcinimidilsukcinatą (18.1 mg=3.63 molio; SSMPEG=Sigma, No M3152, molek. masės =5000) pridėjo į 0.327 ml dejonizuoto vandens ir pridėjo 13.3 mg (0.727 molio) rekombinantinio žiurkės SCF1'164 , 1ml 138 mM natrio fosfato, 62 mM NaCl, 0.62 mM natrio acetato, pH 8.0.Methoxy polyethylene glycol-succinimidyl succinate (18.1 mg = 3.63 mol; SSMPEG = Sigma, No M3152, molecular weight = 5000) was added to 0.327 ml deionized water and 13.3 mg (0.727 mol) recombinant rat SCF 1 ' 164 , 1 ml 138 mM sodium phosphate was added. , 62 mM NaCl, 0.62 mM sodium acetate, pH 8.0.
Gautą tirpalą atsargiai purtė (100 aps/min) kambario temperatūroje 30 min. Po to galutinio reakcijos mišinio 1 ml alikvotą (10 mg baltymo) leido per gel-filtracinę koloną su Superdeksu 75, Pharmacia (1.6x50 cm) ir eliuavo 100 mM natrio fosfato buferiu, pHThe resulting solution was gently shaken (100 rpm) at room temperature for 30 min. A 1 mL aliquot (10 mg protein) of the final reaction mixture was then passed through a gel-filtration column with Superdex 75, Pharmacia (1.6x50 cm) and eluted with 100 mM sodium phosphate buffer, pH
6.9, 0.25 m/min greičiu kambario temperatūroje. 10 ml eliuanto atmetė ir po to ėmė frakcijas po 1.0 ml. Nepertraukiamai registravo eliuanto UV sugėrimą (280 nm) ir gautą spektrą pateikė Fig.40A. Frakcijas 25-27 apjungė ir sterilino ultrafiltracija per 0.2 jum polisulfoninę membraną (Gelman Sci., No 4454) ir gautą tirpalą pažymėjo indeksu PEC-25. Analogiškai apjungė 28-32 frakcijas, sterilizavo ultrafiltracija ir pažymėjo indeksu PEC-32. Apjungta frakcija PEC-25 turėjo 3.06 mg baltymo, o frakcija PEC-32 turėjo 3.55 mg baltymo iš paskaičiavimų, naudojant A28o (sugėrimo ties 280 nm) kalibruotę išmatavus 0.66/1 mg/ml nemodifikuoto žiurkės SCF1'164 tirpalo. Nereagavęs žiurkės SCF1'164, turintis 11.8% viso rekombinantinio mišinio baltymo, eliuavosi 34-37 frakcijose. Analogiškomis chromatografinio skyrimo sąlygomis nemodifikuotą žiurkės ggpi-164 e|juavo kajp pagrindinį piką, 45.6 ml tūriu (Fig.40B). 77-80 frakcijos (Fig.40A) turėjo N-hidroksisukcinimidą, pašalinį SCF1'164 reakcijos su SS-MPEC produktą.6.9 at 0.25 m / min at room temperature. 10 mL of eluant was discarded and then 1.0 mL fractions were taken. UV absorbance (280 nm) of the eluant was recorded continuously and the resulting spectrum was reported in Fig.40A. Fractions 25-27 were combined and sterilized by ultrafiltration through a 0.2 µm polysulfonic membrane (Gelman Sci., No. 4454) and the resulting solution was designated PEC-25. Analogously pooled fractions 28-32, sterilized by ultrafiltration, and indexed by PEC-32. The pooled fraction PEC-25 contained 3.06 mg of protein and the fraction PEC-32 had 3.55 mg of protein from the calculations using an A 28 o (absorbance at 280 nm) calibration of 0.66 / 1 mg / mL of unmodified rat SCF 1 ' 164 . Unreacted rat SCF 1 ' 164 , containing 11.8% of total recombinant mixture protein, eluted in fractions 34-37. Analogic chromatographic conditions for granting unmodified rat ggpi e-164 | k j uavo jp a main peak 45.6 ml (Fig.40B). Fractions 77-80 (Fig.40A) contained N-hydroxysuccinimide, a by-product of the reaction of SCF 1 ' 164 with SS-MPEC.
Potencialios reakcijai žiurkės SCF1 164 amino grupės turi lizino liekanas ir alfa amino grupę N-galo gliutamininėje liekanoje. PEG-25 apjungta frakcija turėjo 9. 3 molio reakcingų amino grupių moliui baltymo, kaip buvo nustatyta spektrofotometriškai titruojant trinitrobenzensulforūgštimi (TNBS) naudojant Chabibo aprašytą metodą (Anai.Biochem., 14:328-336, 1966). Analogišku būdu, apjungta frakcija PEG-32 turėjo 10.4 molio, o nemodifikuotas žiurkės SCF1'164 atitinkamai turėjo 13.7 molio reakcinių amino grupių/moliui baltymo. Tokiu būdu, vidutiniškai 3.3 (13.7 minusi 0.4) žiurkės SCF1'164 amino grupių sujungtoje frakcijoje PEG-32 modifikuojasi pagal reakciją su SSMPEC. Analogiškai, vidutiniškai 4.4 žiurkės SCF1'164 aminogrupių maišytoje frakcijoje PEG-25 tinka modifikavimui. Žmogaus CF/nSCF1'164 gautas pagal 10 pvz. metodiką taip pat buvo modifikuotas naudojant aukščiau nurodytas metodikas. 714 mg (38.5 molio)SCF1-164 reagavo su 962.5 mg (192.5 molio) SS-MPEG 75 ml 0.1 M natrio fosfatinio buferio. pH 8.0 kambario temperatūroje 30 min. Reakcijos mišinį leido per koloną su Sefakrilu S-200 HR (5x134 cm) ir eliuavo naudojant PB (fosfatinis buferinis tirpalas Gibko Dulbeko be CaCI2 ir MgCI2), 102 ml/val greičiu ir frakcijas ėmė po 14.3 ml. Analoginio mišinio 39-53 frakcijas PEG-25, aprašyto aukščiau ir parodyto Fig.40A, apjungė ir nustatė, kad jos turi 354 mg baltymo. Tokio modifikuoto SCF duomenys in vivo primatuose pateikti 8C pavyzdyje.Potential reaction of rat SCF 1164 has an amino group of lysine residues and the alpha amino group of the N-terminus gliutamininėje residue. The PEG-25 pooled fraction contained 9. 3 moles of reactive amino groups per mole of protein as determined by spectrophotometric titration with trinitrobenzenesulfonic acid (TNBS) using the method described by Chabib (Anai.Biochem., 14: 328-336, 1966). Similarly, the pooled fraction PEG-32 had 10.4 moles, whereas unmodified rat SCF 1 ' 164 had 13.7 moles of reactive amino groups / mole protein, respectively. In this way, an average of 3.3 (13.7 0.4 MINUS) rat SCF 1 '164 amino combined fraction PEG-32 is modified in accordance with a SSMPEC. Similarly, an average of 4.4 rats in the mixed fraction of SCF 1 ' 164 amino acids PEG-25 are suitable for modification. Human CF / nSCF 1 ' 164 obtained according to Example 10. the methodology has also been modified using the above methodologies. 714 mg (38.5 moles) of SCF1-164 was reacted with 962.5 mg (192.5 moles) of SS-MPEG in 75 mL of 0.1 M sodium phosphate buffer. pH 8.0 at room temperature for 30 min. The reaction mixture was passed through a Sephacryl S-200 HR column (5 x 134 cm) and eluted using PB (Gibko Dulbeko phosphate buffer solution without CaCl 2 and MgCl 2 ) at 102 ml / h and fractions were taken at 14.3 ml. Fractions 39-53 of the analog mixture were combined by PEG-25 described above and shown in Fig.40A and found to contain 354 mg of protein. In vivo data for such a modified SCF in primates are provided in Example 8C.
pavyzdysexample
SCF receptorinė ekspresija leukemijos blastuoseReceptor expression of SCF in leukemia blasts
Leukeminius blastus surinko iš paciento su leukemija maišytos sekos periferinio kraujo. Ląsteles centrifugavo veikiant tankio gradientu ir veikė adheziškai. Žmogaus SCF1 164 žymėjo jodu pagal aprašytą 7 pavyzdyje metodiką. Ląsteles inkubavo skirtingų koncentracijų SCF pagal aprašytą Brodi, Blood, 75, 1622-1626, 1990. Receptorių susirišimo rezultatai pateikti Fig.41. Receptoriaus paskaičiuotas tankumas buvo maždaug 70000 receptorių ląstelei.The leukemic blasts were collected from the peripheral blood of a patient mixed with leukemia. Cells were centrifuged at a density gradient and exposed to adhesive. Human SCF 1164 marked with iodine by the procedure described in Example 7, method. Cells were incubated with different concentrations of SCF according to Brodi, Blood, 75, 1622-1626, 1990. Receptor binding results are shown in Fig. 41. The calculated density of the receptor was approximately 70,000 receptors per cell.
pavyzdysexample
Žiurkės SCF aktyvumas ankstyvuose limfoidiniuose pirmtakuoseRat SCF activity in early lymphoid precursors
Rekombinantinio žiurkės SCF1'164 (rrSCF1-164) aktyvumas sinergetiniam veikimui su 11-7 siekiant sustiprinti linfoidinių ląstelių proliferaciją, buvo tiriamas pelių kaulų čiulpų agarizuotose kultūrose. Šioje analizėje kolonijos suformuotos tiktai rrSCF1'164 pagalba ir turėjo monocitus, neutrofilus ir blastines ląsteles tuomet, kai kolonijos buvo stimuliuotos tik su 11-7 ar kombinacijoje su rrSCF1'164 ir turėjo geriausiu atveju pre-B ląsteles. Pre-B ląstelės charakterizuojamos kaip B220+, slg', cp+ ir buvo identifikuotos apjungtų ląstelių FACS analize, naudojant fluorescuojančius žymėtus antikūnus antigenams B220 (Kofman, Immunol.Rev., 69, 5, 1982) ir paviršiaus Ig (ožio ITC anti-K, Pietų biotechnologinė asociacija, Birmenhem, Al); o taip pat citonugarinių skaidrių analizę citoplazminei μ ekspresijai, naudojant fluorescuojančius žymėtus antikūnus (ožio TRITC anti-μ, Pietų biotechnologinė asociacija). Rekombinantinj žmogaus 11-7 (rh11-7) gavo iš Tarptautinio biošaltinio (VVestlike vili, JA). Pridedant rrSCF1-164, kombinacijoje su ląstelių pirmtako B augimo faktoriumi, buvo pastebėtas kolonijų susidarymo greičio sinergetinis padidėjimas (16 lentelė), kas rodo stimuliuojantį rrSCF1' 164 veikimą ankstyvosioms B ląstelėms.The activity of recombinant rat SCF 1 ' 164 (rrSCF1-164) for synergistic action with 11-7 to enhance linfoid cell proliferation was assayed in agarized cultures of mouse bone marrow. In this assay, colonies were formed with rrSCF 1 ' 164 only and contained monocytes, neutrophils, and blast cells when the colonies were stimulated with 11-7 alone or in combination with rrSCF 1 ' 164 and preferably had pre-B cells. Pre-B cells were characterized as B220 + , slg ′, cp + and were identified by FACS analysis of fused cells using fluorescent labeled antibodies to B220 (Kofman, Immunol.Rev. 69, 5, 1982) and surface Ig (goat ITC anti- K, Southern Biotechnology Association, Birmenham, Al); as well as analysis of cytoplasmic slides for cytoplasmic μ expression using fluorescent labeled antibodies (goat TRITC anti-μ, Southern Biotechnology Association). Recombinant human 11-7 (rh11-7) was obtained from the International Bio-Source (Westlike villi, JA). A synergistic increase in colony formation rate was observed when rrSCF1-164 was added in combination with the precursor B cell growth factor (Table 16), indicating the stimulatory action of rrSCF 1 ' 164 on early B cells.
lentelėtable
Pre-B ląstelių kolonijų susidarymas, stimuliuojant rrSCF1-164 kombinacijoje su ch117 veikimuPre-B cell colony formation by stimulation of rrSCF1-164 in combination with ch117 action
Augimo faktoriai Kolonijų skaičius1 Growth factors Number of colonies 1
1-kolonijų skaičius, skaičiuojant 5x104 pelių kaulų čiulpų ląstelėms.1-colony count per 5x10 4 mouse bone marrow cells.
Kiekvienas dydis yra trijų paralelių bandymų vidutinė reikšmė ± vidutinis kvadratinis nukrypimas.Each size is the mean ± SEM of three replicate tests.
pavyzdysexample
Receptoriaus identifikavimas ant SCFReceptor Identification on SCF
A. c-kit yra receptorius ant SCF1164 A. c-kit is a receptor on SCF 1164
Atsakant j klausimą ar SCF1'164 yra c-kit ligandas, pilną murininį c-kit kDNR (Qu et ai, EMBO J., 7, 1003-1011, 1988) sustiprino naudojant PCR iš reaguojančios su SCF1-164 ląstelių linijos MC/9 (Nabeli et ai, Nature, 291, 332-334, 1981), esant pradmenims, sukonstruotiems iš publikuotų sekų. Ligandinius ryšius ir transmembranines žmogaus c-kit sritis, koduojančias aminorūgštis 1-549 (Jarden et ai, EMBO J., 6, 3341-3351, 1987), naudojant analogiškas metodikas, klonavo iš žmogaus eritroleukemijos ląstelių linijų, HEI (Martin ir Capajonnopulu, Sci., 216, 1233-1235, 1982). kDNR c-kit statė į žinduolių ekspresijos vektorių V19.8, paveiktą transfekcijos į CO-1 ląstelę ir gavo membranines frakcijas analizei, ryšiui naudojant žiurkės ir žmogaus 1251-SCF1-164, pagal aprašytus žemiau, skyriuose B ir C, būdus. 17 lentelėje pateikti tipinės surišimo analizės duomenys. Specifinio surišimo 1251 žmogaus SCF1'164 su COS-1 ląstelėmis transfekuotomis tiktai su V19.8, nebuvo rasta. Tačiau, COS-1 ląstelės ekspresuojančios rekombinantinio žmogaus hc-kit ligandinį ryšį, plius transmembraninės sritys (hc-kitLTI) nesuriša 125SCF1.164 (17 lentelė). Nežymėto žmogaus SCF1'164 200-kartinio moliarinio pertekliaus pridėjimas, surišimo laipsnį pažemina iki fono lygio. Analogiškai, CO-1 ląstelės transfekuotos murininiu pilno ilgio c-kit (hckit-LTI) suriša žiurkės 1251SCF1 164. Nedidelį kiekį surišto žiurkės 1251-SCF1 164 aptiko COS-1 ląstelių transfektantuose būnant tiktai V19.8 ir vėl buvo stebima netransfekuotose ląstelėse (pieš. neparodyta), kas reiškia, kad COS-1 ląstelės ekspresuoja endogeninį c-kit. Gautas rezultatas atitinka platų c-kit ekspresijos ląstelių paplitimą. Žiurkės 1251-SCF1'164 analogiškai susiriša tiek su žmogaus, tiek su murininiu c-kit, tada kai žmogaus 1251SCF1'164 susiriša esant žemesniam aktyvumo laipsniui su murininiu c-kit (17 lentelė). Šie duomenys atitinka SCF1'164 kross-reakcijos savybių tarp fragmentų, žemėlapiui. Žiurkės SCF1'164 indukuoja žmogaus kaulų čiulpų proliferaciją esant santykiniam aktyvumui analogiško SCF1'164, tada, kai žmogaus SCF1'164 indukuoja murininiu ląstelių proliferaciją, kas yra 800 kartų mažiau negu žiurkės baltymo atveju.In response to the question whether SCF 1 ' 164 is a c-kit ligand, the complete murine c-kit cDNA (Qu et al., EMBO J., 7, 1003-1011, 1988) was amplified using PCR from the SCF1-164 cell line MC /. 9 (Nabeli et al., Nature, 291, 332-334, 1981), in the presence of primers constructed from published sequences. The ligand bonds and transmembrane domains of human c-kit encoding amino acids 1-549 (Jarden et al., EMBO J., 6, 3341-3351, 1987) were cloned from human erythroleukemia cell lines, HEI (Martin and Capajonnopulu, Sci. 216: 1233-1235 (1982). The cDNA c-kit was constructed into a mammalian expression vector V19.8 affected by transfection into a CO-1 cell and obtained membrane fractions for analysis using rat and human 125 I-SCF1-164 as described below in Sections B and C. Table 17 provides data for a typical binding assay. Specific binding to 125 L human SCF 1 ' 164 with COS-1 cells transfected with V19.8 alone was not found. However, COS-1 cells expressing the recombinant human hc-kit ligand binding, plus the transmembrane domains (hc-kitLTI) do not bind 125 SCF 1 . 164 (Table 17). Addition of 200,000-fold molar excess of unlabeled human SCF 1 ' 164 lowers the degree of binding to background. Similarly, the CO-1 cells transfected with full-length murininiu c-kit (LTI-hckit) binds to rat 125 1SCF 1 164th A small amount of bound rat SCF-125 1 1 164 1 detected COS cells while only transfektantuose V19.8 was again monitored netransfekuotose cells (Fig. Not shown), indicating that COS-1 cells express endogenous c-kit. The result obtained is consistent with the widespread proliferation of c-kit expression cells. Rats 125 1-SCF 1 ' 164 bind analogously to both human and murine c-kit, then when human 125 1SCF 1 ' 164 binds at a lower level of activity to murine c-kit (Table 17). These data are consistent with the SCF 1 ' 164 map of cross-reaction properties between fragments. Rat SCF 1 ' 164 induces human bone marrow proliferation at a relative activity analogous to SCF 1 ' 164 , whereas human SCF 1 ' 164 induces murine cell proliferation, which is 800 times less than that of rat protein.
Sumuojant aukščiau gautus rezultatus, galima sakyti, kad jie patvirtina tą faktą, kad fenotipiniai nukrypimai ekspresuotų w ar SI mutantinių pelių yra pirminių receptoriųligandinių ryšių su c-kit, pasekmė, ir turi lemiamą reikšmę vystytis įvairių tipų ląstelėms.Taken together, the results obtained above are said to support the fact that phenotypic abnormalities in expressed w or SI mutant mice are a consequence of primary receptor ligand binding to c-kit and are crucial for the development of various cell types.
lentelė gQpM64 susjrjgjmas su rekombinantiniu c-kit, ekspresuotu COS-1 ląstelėse Plazmide Žmogaus SCF1’164 Surištas CPMa žiurkės SCF1’164 Table gQpM64 sus jgj j r m as with recombinant c-kit Expressed in COS-1 cells The human SCF Plasmid 1 '164 CPM Bound a rat SCF 1' 164
a-vidurkinė reikšmė iš dviejų išmatavimų; eksperimentą nepriklausomai atliko 3 kartus ir gavo analogiškus rezultatus.a-mean value from two measurements; performed the experiment independently 3 times and obtained analogous results.
b-1.6 nM žmogaus 125J-SCF1’164 c-1.6 nM žmogaus 125J-SCF1164 +320 nM nežymėto žmogaus SCF1'164 d-1.6 nM žiurkės 125J-SCF1’164 e-1.6 nM žiurkės 125J-SCF1'164 +320 nM nežymėto žiurkės SCF1 164 b-1.6 nM human 125 J-SCF 1 ' 164 c-1.6 nM human 125 J-SCF 1164 +320 nM unlabeled human SCF 1 ' 164 d-1.6 nM rats 125 J-SCF 1 ' 164 e-1.6 nM rats 125 J -SCF 1 ' 164 +320 nM unlabeled rat SCF 1 164
B. Rekombinantinio c-kit ekspresiją j COS-1 ląsteles kDNR ir murininio c-kit klonus gavo naudodami PCR metodus (Saiki et ai, Sci., 239, 487-491, 1988) iš pilnos RNR, išskirtos ekstrakcijos sistemos parūgštintas fenolis/chloroformas metodu (Chomčinski ir Saši, Anal.Bioch, 162, 156-159, 1987), atitinkamai iš žmogaus eritroleukemijos ląstelių linijos HEI ir ląstelių MC/9. Speciali oligonukleotidų seka buvo sukonstruota iš publikuotų žmogaus ir murininių c-kit sekų.B. Expression of recombinant c-kit on COS-1 cells by cDNA and murine c-kit clones was obtained using PCR methods (Saiki et al., Sci., 239, 487-491, 1988) from complete RNA isolated by an acidified phenol / chloroform extraction system. (Chomchinski and Sashi, Anal.Bioch, 162, 156-159, 1987), respectively, from the human erythroleukemia cell line HEI and cell MC / 9. The specific oligonucleotide sequence was constructed from published human and murine c-kit sequences.
Viengrandę kDNR susintetino iš pilnos RNR pagal metodikas, numatančias fermentinę, Mo-M1V atgalinę transkripciją (Betesda Riserch lab., Betesda, MD) naudojant antijautrius c-kit oligonukleotidus vietoje pradmens. Persidengiančių c-kit dalių ligandinio ryšio ir tirozinkinazės sričių sustiprėjimas buvo vykdomas atitinkamai naudojant porą pradmenų c-kit. Tokias sritis klonavo j ekspresuotą žinduolių vektorių V19.8 (Fig.17) dėl COS-1 ląstelių ekspresijos. Kelių klonų DNR sekos nustatymas įgalino nustatyti nepriklausomas mutacijas, atsiradusias kiekviename klone, matomai, PCR sustiprinimo metu. Neturintys tokių mutacijų klonai buvo konstruoti iš atskirų klonų pašalinant mutacijų nesudariusius fragmentus. Kai kurie skirtumai su publikuotomis sekomis buvo rasti visuose arba beveik visuose klonuose; ir buvo padaryta išvada, kad tikros sekos būna naudojamose ląstelių linijose ir jos gali turėti alelinių skirtumų nuo publikuotų sekų. Pateiktos žemiau plazmidės buvo konstruojamos V19.8, V19.8:mckitLTI pilnam murininiam c-kit; o taip pat V19.8:hckit-LI, turinčiame ligandinius ryšius plius žmogaus c-kit transmembraninę sritį (1-549 aminorūgštys).Single-stranded cDNA was synthesized from complete RNA according to protocols for enzymatic Mo-M1V reverse transcription (Betesda Riserch Lab., Betesda, MD) using anti-sensitive c-kit oligonucleotides in place of the primer. Enhancement of the ligand binding and tyrosine kinase domains of the overlapping c-kit was performed using a pair of primers c-kit, respectively. Such regions were cloned into the expressed mammalian vector V19.8 (Fig.17) for expression of COS-1 cells. Multiple clone DNA sequencing enabled the detection of independent mutations that appeared in each clone, apparently during PCR amplification. Clones without such mutations were constructed from individual clones by deleting non-mutated fragments. Some differences with the published sequences were found in all or almost all clones; and it was concluded that real sequences are present in the cell lines used and may have allelic differences from the published sequences. The plasmids presented below were constructed in V19.8, V19.8: mckitLTI for complete murine c-kit; as well as V19.8: hckit-LI having ligand bonds plus the human c-kit transmembrane domain (amino acids 1-549).
Plazmidės buvo transfekuotos į COS-1 ląsteles atitinkamai pagal 4 pvz. metodiką.Plasmids were transfected into COS-1 cells according to Example 4, respectively. methodology.
C. 125J-SCF1164 susirišimas su COS-1 ląstelėmis, ekspresuojančiomis c-kitC. Binding of 125 J-SCF 1164 to COS-1 cells expressing c-kit
Po dviejų dienų po transfekcijos COS-1 ląsteles nukrapštė nuo objektinio stikliuko, praplovė PBS ir užšaldė iki kito naudojimo.Two days after transfection, COS-1 cells were scraped from the slide, washed with PBS, and frozen until further use.
Po atšildymo ląsteles pakartotinai suspendavo 10 mM Tris-HCI, 1 mM MgCI2, turinčiu 1 mM PMSF, 100 ųg/ml aprotinino, 25 ųg/ml leupeptino, 2 ųg/ml pepstatino ir 200 ųg/ml TICK-HCI. Suspensiją dispergavo 5-kartiniu pipetavimo būdu, inkubavo lede min. ir ląsteles homogenizavo 15-20 Daunso homogenizatoriaus ciklais. J homogenatą pridėjo sacharozės (250 mM) ir branduolių frakcijos ir likusias nesuardytas ląsteles centrifugavo 500xg, 5 min. Viršutinį sluoksnį centrifugavo 25000xg, 30 min. 4°C temperatūroje, kad nusėstų likusios ląstelių nuolaužos.After thawing, cells were resuspended in 10 mM Tris-HCl, 1 mM MgCl 2 containing 1 mM PMSF, 100 µg / ml aprotinin, 25 µg / ml leupeptin, 2 µg / ml pepstatin, and 200 µg / ml TICK-HCl. The suspension was dispersed by 5-fold pipetting and incubated in ice for 1 min. and cells were homogenized in 15-20 Downs homogenizer cycles. Sucrose (250 mM) and nuclear fractions were added to the J homogenate and the remaining whole cells were centrifuged at 500 x g for 5 min. The supernatant was centrifuged at 25000xg for 30 min. At 4 ° C to settle remaining cell debris.
Žmogaus ir žiurkės SCF1'164 žymėjo radoaktyviu jodu naudojant chloraminą-T (Chanter ir Greenvod, Nature, 194, 495-496, 1962). COS-1 membraninę frakciją inkubavo kartu su žmogaus ar žiurkės 125J-SCF1'164 (1.6 nm) esant arba nesant 200 kartiniam moliariniam pertekliui nežymėto SCF1-164 surišančiame buferyje, sudarytame iš RPM 1 pridedant 1% veršiuko serumo albumino ir 50 mM HEPES (pH 7.4) 1 vai. kambario temperatūroje. Po inkubacijos, membraniniai preparatai atsargiai užnešami sluoksniais ant 150 μΙ ftalio aliejaus ir buvo centrifuguoti 20min. Beckmano mikrofugoje 11, siekiant atskirti membraninius-surištus 125J-SCF1 ‘164 nuo nesurištų 125J-SCF1'164. Po centrifugavimo nuosėdas išmetė ir įvertino surišto su membranomis 125J-SCF1'164 kiekį.Human and rat SCF 1 ' 164 was labeled with radoactive iodine using chloramine-T (Chanter and Greenvod, Nature, 194, 495-496, 1962). The membrane fraction of COS-1 was incubated with 125 J-SCF 1 ' 164 (1.6 nm) in the presence or absence of 200-fold molar excess of unlabeled SCF 1-164 in binding buffer consisting of RPM 1 with 1% calf serum albumin and 50 mM. HEPES (pH 7.4) 1 or. at room temperature. After incubation, membranes were carefully plated on 150 μΙ phthalic oil and centrifuged for 20 min. Beckman microfuge 11 to separate membrane-bound 125 J-SCF 1 ' 164 from unbound 125 J-SCF 1 ' 164 . After centrifugation, the precipitate was discarded and the amount of membrane-bound 125 J-SCF 1 ' 164 was evaluated.
pavyzdysexample
Žmogaus SCF DNR išskyrimasIsolation of human SCF DNA
A. HT-1080 kDNR bibliotekos konstravimasA. Construction of the HT-1080 cDNA library
Pilną RNR išskyrė iš HT-1080 žmogaus fibrosarkomos ląstelių linijos (ATCC CCI 121) ekstrakcijos sistemoje: rūgštus tiocianat-guanidinas -fenolio-chloroformas (Chomčinski ir kt., Anal.Bioch., 162, 156, 1987), ir poli(A) RNR išskyrė naudodami oligo (dT) koloną firmos Clontech. Dvisiūlę DNR gavo iš 2 ąg poli (A) rnr pagal BRI metodiką (Betesdo Reach.Lab.) kDNR sintezės pagal tiekėjų rekomenduojamas sąlygas. Maždaug 100 ng kolonoje frakcionuotos dvisiūlės DNR, kurių vidutinis dydis apie 2 kD, ligavo su 300 ng Sa 11/Notl perdirbtu vektoriniu pSPORT 1 (d’Alessio ir kt., Focus, 12, 47-50, 1990) ir transformavo į DN5a (BI, Betesda, MD) ląsteles elektroporacijos būdu (Dayer ir kt., NucI.Acids Res., 16, 6127-6145, 1988).Complete RNA was isolated from the HT-1080 human fibrosarcoma cell line (ATCC CCI 121) in an extraction system: thiocyanate-guanidine-phenol-chloroform acid (Chomchinski et al., Anal.Bioch. 162, 156, 1987), and poly (A). RNA was isolated using an oligo (dT) column from Clontech. The double-stranded DNA was obtained from 2 µg of poly (A) rnr by BRI (Betesdo Reach.Lab.) CDNA synthesis according to the supplier's recommended conditions. Approximately 100 ng of column-fractionated double-stranded DNA with an average size of about 2 kD was ligated with 300 ng of Sa 11 / Notl recycled vector pSPORT 1 (d'Alessio et al., Focus, 12, 47-50, 1990) and transformed into DN5a ( BI, Betesda, MD) cells by electroporation (Dayer et al., NucI.Acids Res., 16, 6127-6145, 1988).
B. kDNR bibliotekos skriningasB. Screening for the cDNA library
Apie 2.2x105 pirminių transformantų paskirstė j 44 grupes, kiekvienoje po maždaug 5000 individualių klonų. Plazmidinę DNR gavo iš kiekvienos grupės nusodinimo metodu CTAB-DNR (Del Sal ir kt., Biotechnigue, 7, 514-519, 1989).About 2.2x10 5 primary transformants divided into 44 groups, each containing approximately 5,000 individual clones. Plasmid DNA was obtained from each group by CTAB-DNA precipitation (Del Sal et al., Biotechnigue, 7, 514-519, 1989).
ąg kiekvienos plazmidinės DNR veikė ribotu fermentu Not 1 ir atskyrė delelekroforeze. Linearizuotą DNR pernešė ant GenSkreen Plius membranos (Diupon) ir hibridizavo su 32P-žymėtu PCR-generuojančiu žmogaus SCF kDNR (3 pvz.) anksčiau aprašytomis sąlygomis (Leen ir kt., Proc.Nat.Acad.Sci., JAV, 82, 7580-8584, 1985). Hibridizacijos rezultate identifikavo 3 grupes turinčias teigiamą signalą. Šias kolonijų grupėms pakartotinai atliko skryningą pagal kolonijų hibridizacijos metodiką (Leen ir kt., Gene, 44, 201-209, 1986) iki to laiko, kol iš kiekvienos grupės gavo po vieną koloniją. kDNR dydžiai tokiuose trijuose išskirtuose klonuose buvo 5.0-5.4 kD. Ribojantis fermentų poveikis ir nukleotidų sekų 5’ gale nustatymas parodė, kad 2 klonai iš trijų yra identiški vienas kitam (10-1 a ir 21-7a). Abu tokie klonai turi koduojamą sritį ir apie 200 kD 5' netransliuotos srities (5’ UTR). Trečias klonas (26-1 a) 5’ gale 400 kD trumpesnis, negu kiti du klonai. Tokia žmogaus SCF kDNR seka parodyta Fig.42. Reikia ypač pažymėti hidrofobinę transmembraninę seką, prasidedančią aminorūgštimi 186-190 srityje ir besibaigiančią ties 212 aminorūgštimi.gg of each plasmid DNA was exposed to a limited enzyme Not 1 and separated by delelectrophoresis. Linearized DNA was transferred onto GenSkreen Plus membrane (Diupon) and hybridized with 32 P-labeled PCR-generating human SCF cDNA (Ex. 3) under the conditions described previously (Leen et al., Proc. Nat.Acad.Sci., USA, 82, 7580-8584 (1985). As a result of hybridization, 3 groups with positive signal were identified. These colony groups were repeatedly screened according to the colony hybridization technique (Leen et al., Gene, 44, 201-209, 1986) until one colony was obtained from each group. The cDNA sizes in these three isolated clones were 5.0-5.4 kD. Restriction of the enzymes and determination of the nucleotide sequences at the 5 'end showed that 2 of the three clones were identical to each other (10-1 a and 21-7a). Both such clones have an encoded region and about 200 kD of the 5 'untranslated region (5' UTR). The third clone (26-1a) is 400 kD shorter at the 5 'end than the other two clones. Such a human SCF cDNA sequence is shown in Fig.42. Of particular note is the hydrophobic transmembrane sequence beginning at amino acid region 186-190 and ending at amino acid 212.
C. pDSRa2hSCF1’248 konstravimas pDSRa2hSCF1'248 generavo naudodami plazmidę 10-1 a (pagal 16B aprašymą) ir pGEM3hSCF1'164 tokiu būdu: Hind III iš pCEM3 SCF1’164 perkėlė į M13 p18. Nukleotidus, esančius virš ATG inicijuojančio kodono pakeitė sait-kontroliuojama mutageneze CTTTCCTT ATC į GCCGCCGCC ATC naudodami antijautrų oligonukleotidąC. pDSRa2hSCF 1 '248 construction pDSRa2hSCF 1' 248 generated by using a plasmid 10-1 (according to the profile 16B), and one pGEM3hSCF '164 as follows: the Hind III pCEM3 SCF 1' M13 164 transposed p18. Nucleotides above the ATG initiating codon were replaced by site-directed mutagenesis by CTTTCCTT ATC to GCCGCCGCC ATC using anti-insensitive oligonucleotide
5’-TCT TCT TCA TGG CGC CGG CAA GCT T 3’ ir mutagenezės sistemas in vitro valdomas oligonukleotidais pagal Amersh.Corp. metodikas, siekiant M13mp18 hSCFK1'164. Tokią DNR veikė su HIND III ir įterpė j pDSRa2, kurią veikė HIND III: klonas pDSRa2 hSCFK1’164. DNR iš pDSRa2 hSCFK1’164 veikė Xdal ir gavo DNR bukais galais, pridėję Klionovo ir keturis dNTP. Po tokio DNR reakcijos nutraukimo papildomai veikė fermentu S pel. Kloną 10-1 a veikė Dral, kad susidarytų bukas galas 3’ ir Spel nupjauna šiame saite geno viduje kaip ir pDSRa2 hSCFK1164, taip ir 10-1 a. Tokias DNR kartu ligavo, kad gautų pDSRa2 hSCFK1~248 generaciją.5′-TCT TCT TCA TGG CGC CGG CAA GCT T 3 ′ and mutagenesis systems are controlled in vitro with oligonucleotides by Amersh.Corp. methodologies to achieve M13mp18 hSCF K1 ' 164 . Such DNA was exposed to HIND III and inserted into pDSRa2 by HIND III: clone pDSRa2 hSCF K1 ' 164 . DNA from pDSRa2 hSCF K1 ' 164 was exposed to Xdal and obtained DNA at blunt ends by the addition of Klionov and four dNTPs. After such termination of the DNA reaction, it was additionally exposed to the enzyme S mouse. Clone 10-1a was acted on by Dral to form a blunt end 3 'and Spel cleaves this link inside the gene as did pDSRa2 hSCF K1164 , and 10-1a. Such DNAs were co-ligated to generate pDSRa2 hSCF K1 ~ 248 generation.
D. COS ląstelių transfekcija ir imunonusėdimas esant pDSRa2 hSCFK1'248 DNR.D. Transfection of COS cells and immunostaining in the presence of pDSRa2 hSCF K1 ' 248 DNA.
COS-7 ląstelės (ATCC SR I 1651) transfekavo DNR pagalba pagal ankstesnį aprašymą. 4x106 ląstelių sistemoje iš 0.8ml DEM+5%FBS veikė elektroporacija, 1600 V įtampa, esant 10 pg pDSRa2 hSCFK1 248 DNR arba 10 pg pDSRa2 vektorine DNR (kontrolės vektorius). Po elektroporacijos pakartotinai išsėjo j dvi lėkšteles po 60 mm diametro. Po 24 vai. terpę pakeitė šviežia pilna terpe.COS-7 cells (ATCC SR I 1651) were transfected with DNA as described above. In a 4x10 6 cell system, 0.8ml of DEM + 5% FBS was electroporated at 1600V in the presence of 10 pg of pDSRa2 hSCF K1 248 DNA or 10 pg of pDSRa2 vector DNA (control vector). After electroporation, two plates with a diameter of 60 mm were repeatedly spun out. After 24 or. medium was replaced by fresh complete medium.
Po 72 vai. po transfekcijos kiekvieną lėkštelę žymėjo 35S-terpe pagal Jardeno ir kt. (PNAS 87, 2569-2573, 1990) modifikacijos protokolą. Ląsteles praplovė fosfatiniu buferiu ir po to 30min. inkubavo DMEM neturinčia metionino ir cisteino (Met-CysDMEM).After 72 or. after transfection, each plate was labeled with 35 S-media according to Jarden et al. (PNAS 87, 2569-2573, 1990). The cells were rinsed with phosphate buffer for 30 min. incubated with DMEM-free methionine and cysteine (Met-CysDMEM).
Terpę nupylė ir j kiekvieną lėkštelę pridėjo 1ml Met-Cys-DMEM, kurioje buvo 100 pCi/ml Tran35S-žymės (ICN). Ląsteles inkubavo 8 vai. 37°C temperatūroje. Terpė su kultūra buvo centrifuguota siekiant pašalinti ląstelių nuolaužas ir užšaldyta -20°C.The medium was decanted and 1 ml of Met-Cys-DMEM containing 100 pCi / ml of Tran 35 S-tag (ICN) was added to each plate. Cells were incubated for 8 hours. At 37 ° C. The culture medium was centrifuged to remove cell debris and frozen at -20 ° C.
Žymėtos kondicinės terpės COS/ pDSRa2 hSCFK1'248 ir vektorinės kontrolės COS/pDSRa2 alikvotos imunoišsodintos kartu su ląstelių 35S-žymėtos CHO/ pDSRa2 hSCFK1164 terpės 17 klono pavyzdžiais (žr. 5 pvz.) pagal Jardeno ir kt., (EMBO, 6, 3341-3351, 1987) metodo protokolus. Vienas ml kiekvieno kondicinės terpės pvz. veiktas 10 pi preimuniniu triušio serumu (## 1379 P.I.). Pavyzdžius inkubavo 5 vai. prie 4°C. Į kiekvieną mėgintuvėlį pridėjo po 100 pi 10% Staphylococcus aureus suspensijos (Pansorbin, Calbiochem) į 0.15 M NaCI, 20 mM Tris pH 7.5, 0.2% tritono Χ-100. Pavyzdžius inkubavo dar 1 vai. 4°C temp. Imuninius kompleksus nucentrifugavo 13.000xg 50 min. Supernatantus supylė į naujus mėgintuvėlius ir inkubavo su 5 pi triušio poliklonalinio serumo (## 1381 TB4), išvalyto kaip parodyta 11 pvz., atitinkamai gauto iš CHOhSCF1'162 per naktį 5°C. Valandos bėgyje pridėjo 100 pi pansorbino ir imuninius kompleksus nusodino pagal ankstesnį aprašymą.Aliquots of labeled conditioned media COS / pDSRa2 hSCF K1 ' 248 and vector control COS / pDSRa2 were co- immunoprecipitated with clones 17 of the S-labeled cell 35 S-labeled CHO / pDSRa2 hSCF K1164 medium (see Example 5) according to Jarden et al. 6, 3341-3351, 1987). One ml of each conditioning medium e.g. exposed to 10 pi preimmune rabbit serum (## 1379 PI). Samples were incubated for 5 hours. at 4 ° C. 100 µl of a 10% suspension of Staphylococcus aureus (Pansorbin, Calbiochem) in 0.15 M NaCl, 20 mM Tris pH 7.5, 0.2% triton Χ-100 was added to each tube. Samples were incubated for another 1 hour. 4 ° C temp. Immune complexes were centrifuged at 13.000xg for 50 min. Supernatants were added to new tubes and incubated with 5 µl of rabbit polyclonal serum (## 1381 TB4) purified as shown in Example 11, respectively, from CHOhSCF 1 ' 162 overnight at 5 ° C. Adds 100 pi of pansorbin per hour and precipitates the immune complexes as described above.
Po centrifugavimo likusias nuosėdas praplovė ūžavimo buferiu (0.5% Nadezoksicholato, 50 mM NaCI, 25 mM Tris pH 8), tris kartus vandeniniu buferiu (0.5 M NaCI, 20 mM Tris pH 7.5, 0.2% Tritono Χ-100) ir vieną kartą 20 mM Tris pH 7.5. Nuosėdas pakartotinai suspendavo 50 pi 10mM Tris pH 7.5, 0.1 % SDS, 0.1 M βmerkaptoetanoliu. SCF baltymą eliuavo verdant 5 min. Pavyzdius centrifugavo 13000xg 5 min. ir išskyrė supernatantą.After centrifugation, the remaining precipitate was washed with flush buffer (0.5% Nadezoxycholate, 50 mM NaCl, 25 mM Tris pH 8), three times with aqueous buffer (0.5 M NaCl, 20 mM Tris pH 7.5, 0.2% Triton Χ-100) and once with 20 mM Tris pH 7.5. The pellet was resuspended in 50 µl of 10mM Tris pH 7.5, 0.1% SDS, 0.1 M β-mercaptoethanol. The SCF protein was eluted by boiling for 5 min. The samples were centrifuged at 13000xg for 5 min. and secreted the supernatant.
Glikozidazėmis veikė tokiu būdu: 3 μΙ 75 mM CHAP turinčio 0.6 mU O-glikanazės ir 0.02 U neuraminidazės pridėjo į 25 μΙ inkubuotus 3 vai. prie 37°C, imuninius pavyzdžio kompleksus. Pridėjo tokj patį tūrį 2x PACE buferio ir pavyzdžius virino 3 min. Virti ir nevirti pavyzdžiai užnešti į elektoforezę ant 15 % SDS-poliakrilamidinio redukuojančio gelio per naktį prie 8 mA srovės. Gelį fiksavo metanolio-acto rūgšties sistemoje, su sustiprintoju Enlightening (NeN) 30min., džiovino ir eksponavo ant Kodak XAR-5 plėvelės -70°C.Glycosidases were acted as follows: 3 μΙ of 75 mM CHAP containing 0.6 mU O-glucanase and 0.02 U of neuraminidase was added to 25 μΙ incubated for 3 hours. at 37 ° C, immune sample complexes. Added the same volume of 2x PACE buffer and boiled for 3 min. The cooked and uncooked samples were electrophoresed on a 15% SDS-polyacrylamide reducing gel overnight at 8 mA. The gel was fixed in a methanol-acetic acid system with Enlightening (NeN) for 30 min., Dried and exposed to Kodak XAR-5 film at -70 ° C.
Fig.43 parodyta gautų rezultatų autoradiograma. 1 ir 2 pozicijose yra kontrolinių COS/pDSRa2 kultūrų pavyzdžiai, 3 ir 4-pavyzdžiai COS/pDSRa2 hSCFK1 248, pozicijos 5 ir 6-COS/pDSRa2 hSCFK1164 1,3 ir 5 pozicijos yra nesuardytos imuninės nuosėdos; 2, 4 ir 6 buvo suardyti dalyvaujant glikanazėms, kaip aprašyta aukščiau. Kairėje parodyta markerių molekulinės masės. Apdorojimas SCF COS transfekuotų pDSRa2 hSCFK1'248 aiškiai parodo, kad yra analogiškas hSCFK1'164, sekretuoto iš CHO ir transfekuoto pDSRa2 hSCFKV164, apdorojimui (pvz. 11). Gautas rezultatas patvirtina tą faktą, kad prigimtinis proteolitinio veikimo išskiriantis iš ląstelių SCF saitas yra arti 164 aminorūgšties.Figure 43 shows an autoradiogram of the results obtained. Positions 1 and 2 include samples of control COS / pDSRa2 cultures, positions 3 and 4 of positions COS / pDSRa2 hSCF K1 248 , positions 5 and 6 of positions 6 and COS / pDSRa2 hSCF K1164 are non- digested immune precipitates; 2, 4 and 6 were disrupted in the presence of glycanases as described above. The left shows the molecular weights of the markers. Treatment with SCF COS-transfected pDSRa2 hSCF K1 ' 248 clearly shows that it is analogous to the treatment of hSCF K1 ' 164 secreted from CHO and transfected with pDSRa2 hSCF KV164 (e.g., 11). The result confirms the fact that the intrinsic SCF site of proteolytic action is close to 164 amino acids.
pavyzdysexample
Žmogaus SCF ketvirtinės struktūros analizėQuaternary structure analysis of human SCF
Kalibruojant gel-filtracinę koloną (ACA 54) aprašytą 1 pvz., valant SCF iš BRI ląstelių kultūrinio skysčio, molekulinės masės standartų pagalba ir eliuuojant išvalytą SCF iš kitų gel-filtracinių kalibracinių kolonų žinoma, kad išvalytas SCF iš BRI ląstelių terpės yra medžiaga, kurios molekulinė masė apie 70000-90000 lyginant su molekulinės masės standartais. Skirtingai nuo šito, mol. masė pagal SDS-PAGE yra apie 2800035000.Calibration of the Gel Filtration Column (ACA 54) described in Example 1, for example, purification of SCF from BRI cell culture fluid, molecular weight standards and elution of purified SCF from other gel filtration calibration columns is known to purify SCF from BRI cell media. molecular weight of about 70000-90000 compared to molecular weight standards. In contrast to this, the mol. mass by SDS-PAGE is about 2800035000.
Nors žinoma, kad glikozilinti baltymai gali elgtis anomaliai tokiose analizėse, gauti rezultatai patvirtina tą faktą, kad žiurkės SCF, esantis BRI darinys, gali egzistuoti kaip nekovalentiškai surištas dimeras nedenatūruojančiomis sąlygomis. Analogiški rezultatai yra ir su rekombinantiniėmis SCF formomis (pvz., žiurkės ir žmogaus SCF1'164, kurie yraAlthough glycosylated proteins are known to behave abnormally in such assays, the results obtained support the fact that rat SCF, a derivative of BRI, can exist as a non-covalently bound dimer under non-denaturing conditions. Similar results are found with recombinant forms of SCF (e.g., rat and human SCF 1 ' 164 , which are
E.coli dariniai, o žiurkės ir žmogaus SCF1 162 yra CHO ląstelių dariniai), todėl, kad molekulinis dydis nustatytas gel-filtracijos metodu nedenatūruojančiomis sąlygomis du kartus yra didesnis po gel-filtracijos denatūruojančiomis sąlygomis (pvz., esant SDS ar SDS-PAGE metodu) kiekvienu konkrečiu atveju.E.coli derivatives, while rat and human SCF 1 162 are CHO cell derivatives), because the molecular size determined by gel filtration under non-denaturing conditions is twice as high under gel filtration under denaturing conditions (e.g., SDS or SDS-PAGE). method) on a case by case basis.
Be to, analizė pagal nusėdimo greitį, kas atitinka molekulinę masę, duoda molekulinės masės dydžius apie 36000 rekombinantinio žmogaus SCF1 164 iš E.coli . Šis dydis taip pat beveik du kartus didesnis, negu buvo gauta SDS-PAGE metodu (apie 18000-19000). Todėl, nors yra žinoma, kad gali būti daug oligomerinių darinių (įskaitamt monomerus), matomai, kai kuriais atvejais tirpale dominuoja dimerai.In addition, analysis of the sedimentation rate, which corresponds to a molecular weight to give the molecular weight values of 36,000 recombinant human SCF 1164 in E. coli. This size is also almost twice as large as that obtained by SDS-PAGE (about 18000-19000). Therefore, while it is known that there may be a large number of oligomeric derivatives (including monomers), it appears that in some cases dimers predominate in solution.
pavyzdysexample
Žmogaus SCF kDNR klonų išskyrimas iš 5637 ląstelių linijosIsolation of human SCF cDNA clones from 5637 cell line
A. Bibliotekos 5637 kDNR konstravimas.A. Construction of library 5637 cDNA.
Pilną RNR išskyrė iš žmogaus šlapimo pūslės karcinomos ląstelių (ATCC HTB-9) naudojant ekstrakcijos metodus su rūgštaus tiocianato guanidino-fenolio-chloroformo sistema (Chomčinski ir kt., Anal.Bioch., 162, 156, 1987) ir poli(A) RNR išskyrė naudodami oligo(dT) nugaros kolonas, teikiamas Klontex firmos. Dviejų siūlų kDNR gavo iš 2 ąg poli(A) RNR naudojant B I rinkinį kDNR sintezei tiekėjo rekomenduojamomis sąlygomis. Apie 80 ng frakcionuotos kolonoje dviejų siūlų kDNR , kur vidutiniškai 2kD ligavo su 300 ng Sall/Notl vektorių pSPORT I (d’Alessio ir kt., Focus, 12, 47-50, 1990) ir transformavo į ląsteles DN5a elektroporacija (Dover ir kt., NucI.Acids, Res, 16, 6127-6145, 1988).Complete RNA was isolated from human bladder carcinoma cells (ATCC HTB-9) using extraction methods with the acid thiocyanate guanidine-phenol-chloroform system (Chomchinski et al., Anal.Bioch. 162, 156, 1987) and poly (A) RNA. isolated using oligo (dT) back columns provided by Klontex. Two-stranded cDNA was obtained from 2 µg of poly (A) RNA using kit B I for cDNA synthesis under conditions recommended by the supplier. About 80 ng was fractionated in a column of double-stranded cDNA, where on average 2kD was ligated with 300 ng of the SalI / Notl vector pSPORT I (d'Alessio et al., Focus, 12, 47-50, 1990) and transformed into cells by DN5a electroporation (Dover et al. ., NucI.Acids, Res, 16, 6127-6145, 1988).
B. kDNR bibliotekos sudarymasB. Construction of a cDNA Library
Apie 1.5x105 pirminių transformantų suskirstė į 30 porcijų, kurių kiekviena turėjo apie 5000 individualių klonų. Plazmidinę DNR gavo iš kiekvienos partijos CTAB-DNR nusodinimo metodu (Del Sal ir kt., Biotechniques, 7, 514-519, 1989). Du ąg iš kiekvienos partijos plazmidinės DNR ardė fermentu NotI ir skyrė gel-elektroforeze. Linijinę DNR pernešė ant Henskrin Plius membranos (Liupon) ir hibridizavo su kDNR 32-P-žymėtu žmogaus pilno ilgio SCF, išskirtu iš HT1080 linijos (16 pvz.) naudojant anksčiau aprašytas sąlygas (Leen ir kt., Proc.Natl.Acad.Sci, USA, 82, 7580-7584, 1985).About 1.5x105 primary transformants were divided into 30 portions, each containing approximately 5,000 individual clones. Plasmid DNA was obtained from each batch by CTAB-DNA precipitation method (Del Sal et al., Biotechniques, 7, 514-519, 1989). Two µg of each batch of plasmid DNA was digested with NotI and subjected to gel electrophoresis. Linear DNA was transferred onto a Henskrin Plus membrane (Liupon) and hybridized with cDNA 32 -P-labeled human full-length SCF isolated from the HT1080 line (Ex. 16) using conditions previously described (Leen et al., Proc.Natl.Acad.Sci). , USA, 82, 7580-7584, 1985).
Hibridizacijoje identifikavo 7 partijas, turinčias teigiamą signalą. Partijų koloniijas pakartotinai išskirstė pagal kDNR 32-P-žymėto žmogaus SCF PCR (3 pvz.), pagal 93 kolonijų hibridizacijos metodiką (Leen ir kt., Gene, 44, 201-209, 1986) tol, kol iš keturių partijų liko tik viena. Keturių išskirtų klonų dydis buvo apie 5.3 kD. Ardymas ribojančiu fermentu ir 5’-galo klonų nukleotidiniu sekų analizė įgalino identifikuoti keturis klonus. Tokios žmogaus kDNR seka parodyta Fig.44. Fig.44 kDNR koduoja poiipeptidas, kurio 149-177 aminorūgščių seka, pavaizduota Fig.42, pakeistos viena Gly liekana.7 batches with positive signal were identified in hybridization. Batch colonies were re-sorted by cDNA 32 -P-labeled human SCF PCR (Example 3), according to the 93- colony hybridization procedure (Leen et al., Gene, 44, 201-209, 1986) until only one of four batches remained. . The size of the four clones isolated was about 5.3 kD. The restriction enzyme digestion and nucleotide sequence analysis of the 5'-end clones enabled the identification of four clones. The sequence of such human cDNA is shown in Figure 44. The Fig. 44 cDNA is encoded by a polypeptide having the amino acid sequence 149-177 of Fig. 42 replaced by a single Gly residue.
pavyzdysexample
Išgyvavimo po letalinio apšvitinimo išaugimas, veikiant SCFIncrease in survival after lethal irradiation with SCF
A. SCF in vivo aktyvumas įtakojantis išgyvavimą po letalinio apšvitinimo.A. In vivo activity of SCF influencing survival after lethal irradiation.
Buvo tiriamas SCF padedantis išgyventi pelėms po letalinio apšvitinimo. Kaip tiriamuosius oblektus naudojo BAIb/c pelių pateles 10-12 savaičių amžiaus. Grupės buvo po 5 peles ir kiekvienam eksperimentui pelės buvo parenkamos pagal svorį. Peles švitino vienkartinėmis dozėmis 850 ir 950 rad. Pelėms įvedė tik faktorius arba faktorius su normaliomis kaulų čiulpų ląstelėmis BAIb pelių. Pirmu atveju, per 24 vai po apšvitinimo pelėms į veną buvo suleista žiurkės PEG SCF (20 pig/kg), išskirto iš E.coli, ir modifikuoto, pridedant polietilenglikolio pagal 12 pvz. metodiką, o kontroliniams gyvūnams - fiziologinį tirpalą. Praėjus 4 vai. po apšvitinimo, pelėms j veną suleido skirtingas dozes normalių BAib pelių kaulų čiulpų ląstelių. Žiurkės PEG-SCF1'164 apdorojimą vykdė pridėdami 200 pg/kg žiurkės PEG-SCF1'164 į ląstelių suspensiją likus 1 vai. iki injekcijos ir vykdant vienkartinę faktoriaus kartu su ląstelėmis, injekciją.SCF-assisted survival in mice following lethal irradiation was investigated. Female BAIb / c mice at 10-12 weeks of age were used as test subjects. Groups were 5 mice each and mice were selected for each experiment by weight. Mice were irradiated in single doses of 850 and 950 rad. The mice were administered only the factor or factor with normal bone marrow cells in BAIb mice. In the first case, rat PEG SCF (20 pig / kg) isolated from E.coli and modified by the addition of polyethylene glycol according to Example 12 was injected intravenously into the mice within 24 hours after irradiation. and control animals with saline. 4 hours later after irradiation, mice were injected intravenously with different doses of bone marrow cells from normal BAib mice. Rat PEG-SCF 1 ' 164 treatment was performed by adding 200 pg / kg rat PEG-SCF 1 ' 164 to the cell suspension for 1 hour. pre-injection and single injection of the factor with cells.
Po apšvitinimo 850 rad. doze pelėms įvedė žiurkės PEG-SCF1'164 arba fiziologinį tirpalą. Gauti rezultatai pateikti Fig.45. Žiurkės PEC-SCF1'164 įvedimas žymiai prailgino pelių išgyvenimo trukmę po apšvitinimo, lyginant su kontroline grupe (P<0.001). Pelės, injekuotos fiziologiniu tirpalu išgyveno vidutiniškai 7.7 dienos, kai pelės su PEC-SCF1' 164 išgyveno vidutiniškai 9.4 dienos (Fig.45.)After irradiation 850 rad. dose in mice administered rat PEG-SCF 1 ' 164 or saline. The results obtained are shown in Fig.45. Administration of rat PEC-SCF 1 ' 164 significantly prolonged the survival time of the mice after irradiation compared with the control group (P <0.001). Mice injected with saline survived for an average of 7.7 days, whereas mice with PEC-SCF 1 ' 164 survived for an average of 9.4 days (Fig.45).
Rezultatai, pateikti Fig.45, yra sumuoti duomenys skirtingų eksperimentų, naudojant kiekvienoje bandymo grupėje po 30 pelių.The results in Fig.45 are the summed data for different experiments using 30 mice per test group.
Pelių, apdorotų PEG-SCF1'164 išgyvenimas rodo SCF įtaką apšvitintų gyvūnų kaulų čiulpų ląstelėms. Išankstiniai tokių gyvūnų hematologinių parametrų tyrimai rodo tam tikrus trombocitų lygio padidėjimus po 5 dienų po apšvitinimo, lyginant su kontroliniais gyvūnais. Tačiau po 7 dienų po apšvitinimo trombocitų lygis tik nežymiai skiriasi nuo kontrolinės grupės. Nebuvo užfiksuoti skirtumai RBC ir SBC lygio kaulų čiulpų ląstelių struktūroje.Survival of mice treated with PEG-SCF 1 ' 164 shows the influence of SCF on bone marrow cells of irradiated animals. Preliminary studies of the haematological parameters of such animals show some increase in platelet levels 5 days after irradiation compared to control animals. However, at 7 days post-irradiation, platelet levels were only slightly different from the control group. No differences were found in the structure of bone marrow cells at RBC and SBC levels.
B. Transplantuotu pelių, apdorotu SCF, išgyvenimasB. Survival of transplanted mice treated with SCF
Normalių BAIb/c pelių klubų kaulų čiulpų ląstelių 10 % dozės transplantuotos 850 rad apšvitintoms pelėms, gali išgelbėti 90 % ir daugiau gyvūnų (duomenys nepateikti). Todėl 850 rad dozė buvo naudojama dozuojant transplantantą į 5 % klubo kaulo, siekiant nustatyti žiurkės PEG-SCF1 164 įtaką išgyvenimui. Esant tokiai dozei, buvo laukiama, kad didelis procentas pelių, negavusių SCF negali išgyventi; jeigu žiurkės PEG-SCF1'164 gali stimuliuoti transplantuotas ląsteles, tai gali būti didesnė išgyvenimo galimybė. Kaip parodyta Fig.46, apie 30 % kontrolinių pelių išgyvena 8 dienas po apšvitinimo. Apdorojimas žiurkės PEC-SCF1'164 žymiai sustiprina išgyvenimą, nors 95 % tokių pelių išgyvena kraštutiniu atveju, net 30 dienų (Fig.46). Fig.46 pateikti rezultatai yra 4 atskirų eksperimentų, kuriuose naudojo po 20 pelių kontrolinėje ir tiek pat apdorotose PEG-SCF1'164 grupėse, vidurkiai. Esant daug didesnėms apšvitinimo dozėms, veikimas žiurkės PEG-SCF1'164 kartu su kaulų transplantantu taip pat žymiai padidina išgyvavimą (Fig.47). Kontrolinės pelės apšvitintos 950 rad doze ir transplantuotos 10% klubų kaulo, žuvo 8 dieną, kai maždaug 40% pelių paveiktų žiurkės PEG-SCF1 164 išgyveno 20 dienų ir 20% kontrolinių pelių transplantuotų 20% klubų kaulų išgyveno per 20 dienų, kai 80% gyvūnų, paveiktų SCF, išgyveno šį laiką (Fig.47).A 10% dose of normal BAIb / c mouse bone marrow cells transplanted into 850 rad irradiated mice can save 90% and more animals (data not shown). Therefore, 850 rad dose using dosing transplant to 5% of the hip bone to determine the rat PEG-SCF 1 164 influence survival. At this dose, it was expected that a high percentage of mice without SCF could not survive; if rat PEG-SCF 1 ' 164 can stimulate transplanted cells, it may be more likely to survive. As shown in Fig.46, about 30% of control mice survive 8 days after irradiation. Treatment with rat PEC-SCF 1 ' 164 significantly enhances survival, although 95% of such mice survive to the extreme, even for 30 days (Fig.46). The results in Fig. 46 are the average of 4 separate experiments using 20 mice in the control and the same treated PEG-SCF 1 ' 164 groups. At much higher doses of irradiation, exposure to rat PEG-SCF 1 ' 164 in combination with bone graft also significantly increases survival (Fig.47). Control mice irradiated 950 rad dose and transplanted 10% of the hip bone, was killed on 8, when about 40% of the mice exposed rat PEG-SCF 1 164 survived 20 days and 20% of control mice transplanted 20% of the hip bone survived for 20 days after 80% animals exposed to SCF survived this time (Fig.47).
pavyzdysexample
Monokloniniu antikūnu prieš SCF produkavimasProduction of a monoclonal antibody against SCF
BAIb pelių patelėms, 8 savaičių amžiaus (C.River, VVilmington. MA) buvo daromos poodinės injekcijos 20 |.ig žmogaus SCF1'164 ekspresuoto E.coli, Freundo pilname stimuliatoriuje (H37-Pa; Difco lab., Detroit, Ml). Pakartotinai imunizavo 50 gg šio antigeno Freundo stimuliatoriuje 14, 38 ir 57 dienas. Praėjus trims dienoms po paskutinės injekcijos, 2 peles papjovė ir paėmė jų blužnis su mielomine linija SP 2/0 pagal metodiką, aprašytą Novinskio ir kt., (Virusologija, 93, 111-116, 1979).Female BAIb mice, 8 weeks old (C.River, Wilmington, MA), were injected subcutaneously with 20 µg of human SCF 1 ' 164 expressed in E.coli, Freund's complete stimulator (H37-Pa; Difco lab., Detroit, MI). . Re-immunized with 50 g of this antigen in Freund's stimulator for 14, 38 and 57 days. Three days after the last injection, 2 mice were slaughtered and their spleens were taken with the myeloma line SP 2/0 according to the method described by Novinsky et al., (Virology 93, 111-116, 1979).
Ląstelių kultūrai SP 2/0 ir hibridomai naudojama terpė buvo modifikuota Dulbeko terpė Igla (DMEM) (Gibco, Ohaio) papildyta 20% termodezaktyvuotu veršiuko serumu (Fibro, Chem., NY), 110 mg/ml natrio piruvato, 100 vnt/ml streptomicino (Gibco). Po ląstelių sujungimo hibridus selekcino HAT terpėje, kurioje buvo 10'4 M hipoksantino, 4x10-7 M aminopterino ir 1.6x10'5 M timidino dvi savaites, po to dvi savaites kultivavo terpėje turinčioje hipoksantiną ir timidiną.Cell culture medium SP 2/0 and hybridoma medium was modified with Dulbeck's medium Igla (DMEM) (Gibco, Ohio) supplemented with 20% thermodeactivated calf serum (Fibro, Chem., NY), 110 mg / ml sodium pyruvate, 100 units / ml streptomycin. (Gibco). After cell fusion, the hybrids were selected in HAT medium containing 10 ' 4 M hypoxanthine, 4x10 -7 M aminopterin and 1.6x10' 5 M thymidine for two weeks, followed by culturing in media containing hypoxanthine and thymidine for two weeks.
Hibridomas rūšiavo tokiu būdu: polistirolinius rezervuarus (Costar, MA) sensibilizavo 0.25 ųg žmogaus SCF1'164 (E.coli) 50 μΙ 50 mM bikarbonatinio buferio, pH 9.2 dvi valandas kambario temperatūroje, po to per naktį 4°C. Po to plokšteles blokavo 5% BSA/PBS 30 min. kambario temperatūroje, po to inkubavo hibridominės kultūros nuosėdų sluosniu 1 vai. 37°C temperatūroje.The hybridoma sorted as follows: Polystyrene reservoirs (Costar, MA) were sensitized with 0.25 µg human SCF 1 ' 164 (E.coli) in 50 μΙ 50 mM bicarbonate buffer, pH 9.2 for two hours at room temperature, then overnight at 4 ° C. Plates were then blocked with 5% BSA / PBS for 30 min. at room temperature, followed by incubation in a hybridoma culture pellet for 1 h. At 37 ° C.
Tirpalą dekantavo ir surištus antikūnus inkubavo skiedžiant 1:500 ožio anti-pelės IgG konjugatu su peroksidaze (Boeringer Manhaim Biochemicals, I N) 1 vai. 37°C. Plokšteles plovė plovimo buferiu (KPI, Haitsburg, MD), po to ryškino H2O2 ir ABT mišiniu (KPI).Matavo kolorimetriškai ties 405 nm.The solution was decanted and bound antibodies were incubated with 1: 500 goat anti-mouse IgG conjugate with peroxidase (Boeringer Manhaim Biochemicals, I N) for 1 h. 37 ° C. Plates were washed with wash buffer (KPI, Haitsburg, MD), then developed with H2O2 and ABT (KPI). Measured colorimetrically at 405 nm.
Ląstelių hibridominės kultūros sekretuojančios specifinius SCF1'164 (E.coli) antikūnus analizavo ELISA. Hibridomas subklonavo ribojančio praskiedimo metodu. 55 rezervuarai tiriamų hibridų pasižymėjo aktyvumu žmogaus SCF1’164 (E.coli)·, 9 iš jų pasižymėjo aktyvumu žmogaus SCF1-162 (CHO) atžvilgiu.Cell hybridoma cultures secreting specific SCF 1 ' 164 (E.coli) antibodies were analyzed by ELISA. The hybridoma was subcloned by the limiting dilution method. 55 reservoirs of the tested hybrids exhibited activity against human SCF 1 ' 164 (E.coli) ·, 9 of which exhibited activity against human SCF 1-162 (CHO).
Kai kurias hibridomos ląsteles klonavo tokiu budu:Some hybridoma cells were cloned as follows:
Hibridomos 4C12-13 ir 8H7A buvo deponuotos ATCC 1990 rugsėjo 26 d.Hybridomas 4C12-13 and 8H7A were deposited with ATCC on September 26, 1990.
Nors šis išradimas buvo aprašomas remiantis priešlaikiniu įgyvendinimu, reikia turėti omenyje, kad šios srities specialistas gali turėti reikalų su pakeitimais ir modifikacijomis. Todėl laikoma, kad pateikta išradimo formulė apima ekvivalentinius variantus, kuriuos apima šio išradimo sfera.Although the present invention has been described in terms of premature implementation, it should be understood that modifications and modifications may be apparent to those skilled in the art. Therefore, the following formula is intended to be encompassed within the scope of the present invention.
IŠRADIMO APIBRĖŽTISDEFINITION OF INVENTION
Claims (3)
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US42238389A | 1989-10-16 | 1989-10-16 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
LTIP1771A LTIP1771A (en) | 1995-07-25 |
LT4019B true LT4019B (en) | 1996-08-26 |
Family
ID=23674659
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
LTIP1771A LT4019B (en) | 1989-10-16 | 1994-01-13 | Polypeptides, dna sequences, cell, process for preparing strain cells factor, compositions, process for obtaining strain cells factor, process for preparing polymer-peptide adduct, method of transfection |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
LT (1) | LT4019B (en) |
ZA (1) | ZA907921B (en) |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US422383A (en) | 1890-03-04 | William h | ||
US537198A (en) | 1895-04-09 | Electric railway | ||
US573616A (en) | 1896-12-22 | Tire-tightening washer | ||
US4703008A (en) | 1983-12-13 | 1987-10-27 | Kiren-Amgen, Inc. | DNA sequences encoding erythropoietin |
US4810643A (en) | 1985-08-23 | 1989-03-07 | Kirin- Amgen Inc. | Production of pluripotent granulocyte colony-stimulating factor |
-
1990
- 1990-10-04 ZA ZA907921A patent/ZA907921B/en unknown
-
1994
- 1994-01-13 LT LTIP1771A patent/LT4019B/en not_active IP Right Cessation
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US422383A (en) | 1890-03-04 | William h | ||
US537198A (en) | 1895-04-09 | Electric railway | ||
US573616A (en) | 1896-12-22 | Tire-tightening washer | ||
US4703008A (en) | 1983-12-13 | 1987-10-27 | Kiren-Amgen, Inc. | DNA sequences encoding erythropoietin |
US4810643A (en) | 1985-08-23 | 1989-03-07 | Kirin- Amgen Inc. | Production of pluripotent granulocyte colony-stimulating factor |
Non-Patent Citations (6)
Title |
---|
CARPENTER, C.P. ET AL.: "Response of dogs to repeated intravenous injection of polyethylene glycol 4000 with notes on excretion and sensitization", TOXICOL. APPL. PHARMACOL., 1971, pages 35 - 40, XP024887456, DOI: doi:10.1016/0041-008X(71)90312-7 |
DONAHUE, R.F. ET AL.: "Stimulation of haemopoiesin in primates by continuous infusion of recombinant human GM-CSF.", NATURE, 1986, pages 872 - 875 |
LEE F ET AL.: "Isolation of cDNA for a human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor by functional expression in mammalian cells", PROC NATL ACAD SCI U S A., 1985, pages 4360 - 4, XP002341521 |
RUSSEL AND GORDON: "Regulation of Hematopoises" |
TARENTINO AL ET AL.: "Deglycosylation of asparagine-linked glycans by peptide:N-glycosidase F.", BIOCHEMISTRY, 1988, pages 4665 - 71 |
VAN ZANT G.: "Studies of hematopoietic stem cells spared by 5-fluorouracil.", J EXP MED., 1984, pages 679 - 690 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
ZA907921B (en) | 1991-08-28 |
LTIP1771A (en) | 1995-07-25 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR100193050B1 (en) | Stem cell factor and dna sequence encoding the same, and the method of preparation of the same, and pharmaceutical composition containing the same | |
EP0423980B1 (en) | Stem cell factor | |
US6204363B1 (en) | Stem cell factor | |
US6207454B1 (en) | Method for enhancing the effciency of gene transfer with stem cell factor (SCF) polypeptide | |
US20040181044A1 (en) | Method of stimulating growth of epithelial cells by administering stem cell factor | |
LT4019B (en) | Polypeptides, dna sequences, cell, process for preparing strain cells factor, compositions, process for obtaining strain cells factor, process for preparing polymer-peptide adduct, method of transfection | |
AU749719B2 (en) | Stem cell factor | |
SK97999A3 (en) | Dna sequence, a polypeptide having hematopoietic biological property, the use thereof and pharmaceutical composition | |
SK98099A3 (en) | Dna sequence, a polypeptide having hematopoietic biological property, the use thereof and pharmaceutical composition | |
AU2007201478A1 (en) | Stem Cell Factor | |
CZ286302B6 (en) | Purified and isolated polypeptide, use thereof, DNA sequence for its expression and pharmaceutical composition | |
AU2003261493A1 (en) | Stem Cell Factor |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM9A | Lapsed patents |
Effective date: 20100113 |