KR20230084141A - 원발성 뇌종양 치료를 위한 표적화 인핸서 rna - Google Patents

원발성 뇌종양 치료를 위한 표적화 인핸서 rna Download PDF

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KR20230084141A
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니콜라스 타피노스
브레싱 아코분두
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브라운 유니버시티
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Abstract

본 발명은 신경교종 줄기 세포에서 특이적으로 발현되고, 이의 발현이 교모세포종 환자의 감소된 생존과 상관관계가 있는 인핸서 RNA(eRNA)를 제공한다. eRNA는, 예를 들어, eTMEM88b, eRTP5, 또는 eNINJ1로부터 선택된다. 본 발명은 또한 eRNA 발현을 녹아웃시키는 합성 올리고뉴클레오티드를 사용하여 신경교종 줄기 세포 eRNA를 표적화하는 RNA 요법을 제공한다. 본 발명은 추가로 eRNA의 발현을 억제하는 shRNA를 전달하는 바이러스 벡터를 추가로 제공한다.

Description

원발성 뇌종양의 치료를 위한 표적화 인핸서 RNA
발명의 분야
[0002] 본 발명은 일반적으로 프로모터 영역의 일부를 형성하지 않는 인핸서인 전사와 관련된 특정 요소를 갖는 벡터 시스템에 관한 것이다.
관련 출원에 대한 참조
[0003] 이 특허 내용은 2020년 9월 1일에 출원된 미국 특허 가출원 63/073,177호에 대한 우선권을 주장한다.
발명의 배경
[0004] 교모세포종은 가장 널리 퍼진 원발성 뇌종양이며, 가장 공격적이고 치명적인 암 중 하나이다. 교모세포종의 치료는 종양 덩어리의 외과적 절제에 이은 방사선 및 테모졸로미드 투여를 포함한다. Stupp et al., N Engl. J. Med., 352, 987-996 (2005). 그러나 이러한 다중-치료적 접근에도 불구하고, 종양 재발은 불가피하다. Stupp & Weber, Onkologie, 28, 315-317 (2005). 교모세포종에 기인한 공격성은 주로 높은 이동 가능성, 화학요법 및 방사선에 대한 내성을 나타내고 이차 종양을 형성하는 능력을 갖는 종양 덩어리 내의 신경교종 줄기 세포(GSC)의 집단에 의해 주도된다. Singh et al., Cancer Res., 63, 5821- 5828 (2003); Singh et al., Nature, 432, 396-401 (2004); Lee et al., Cancer Cell 9, 391-403 (2006); and Soni et al., Asian Pac. J. Cancer Prev., 18, 2215-2219 (2017).
[0005] 신경교종 줄기 세포는 현저한 가소성을 나타내고, 미성숙 단계와 분화된 단계 사이에서 전이할 수 있고, 종양 미세환경에 따라 다양한 표현형 마커를 가역적으로 발현할 수 있다. Ben-Porath et al., Nature Genetics, 40, 499-507 (2008); and Jin et al., Nature Medicine, 23, 1352-1361 (2017).
[0006] 신경교종을 더 잘 치료하기 위한 조성물 및 방법이 당 분야에 여전히 필요하다.
발명의 개요
[0007] 본 발명은 신경교종 줄기 세포 가소성을 제어하고 교모세포종 성장에 영향을 미치는 분자 기전을 표적으로 한다.
[0008] 제1 구체예에서, 본 발명은 신경교종 줄기 세포에서 특이적으로 발현되고 이의 발현은 교모세포종 환자의 감소된 생존과 상관관계가 있는 인핸서 RNA(eRNA)를 제공한다. 제2 구체예에서, eRNA는 하기 서열 목록에 제시된 바와 같이 eTMEM88b, eRTP5 및 eNINJ1로 구성된 군으로부터 선택된다.
[0009] 제3 구체예에서, 본 발명은 RNA 요법을 제공한다. 요법은 eRNA의 발현을 녹아웃시키는 합성 올리고뉴클레오티드를 사용하여 신경교종 줄기 세포 eRNA를 표적화한다. 제4 구체예에서, 합성 올리고뉴클레오티드는 분해에 내성이다.
[0010] 제5 구체예에서, 본 발명은 eRNA를 표적으로 하고 이의 발현을 억제하는 shRNA를 전달하는 바이러스 벡터를 제공한다. 제6 구체예에서, 바이러스 벡터는 렌티바이러스이다.
[0011] 본 발명은 여러 이점을 갖는다. 제1 양태에서, 표적 특이성과 관련하여, 표적화된 eRNA는 신경교종 줄기 세포에서 특이적으로 발현된다. 제2 양태에서, 약물 특이성과 관련하여, 합성된 올리고뉴클레오티드 또는 바이러스 벡터는 의도된 표적 eRNA에 특이적이다. 합성된 올리고뉴클레오티드 또는 바이러스 벡터는 다른 유전자에 실질적인 영향을 미치지 않는다. 제3 양태에서, 분해에 대한 내성과 관련하여, 올리고뉴클레오티드 RNA-치료제는 분해에 내성이 있도록 화학적으로 변형된다. 올리고뉴클레오티드 RNA-치료제는 생체내 적용을 위해 작동한다. 제4 양태에서, 신경교종 줄기 세포에 대한 특이적 효과와 관련하여, 표적 eRNA의 억제는 Nanog, Oct6, 및 Sox2와 같은 암 줄기 세포 표현형을 정의하는 전사 인자의 발현을 감소시킨다. 이 결과는 eRNA 표적화가 암 줄기세포성, 종양 전파, 및 공격성에 영향을 미칠 수 있음을 보여준다.
[0012] 게놈-전체 데이터 분석은 분화된 세포와 비교하여 15개의 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA가 있음을 보여주었다. 추가 분석은 이러한 eRNA가 적어도 7개의 신경교종 줄기 세포에 걸쳐 차등적으로 발현되며, 3개의 eRNA의 높은 발현은 불량한 환자 생존과 유의하게 상관관계가 있음을 보여주었다. 3개의 임상적으로 관련된 eRNA 중 하나의 억제에 대한 예비 결과는 억제가 신경교종 줄기 세포 필수 유전자를 조절하는데 중요할 수 있음을 보여준다.
도면의 간단한 설명
[0013] 도 1은 전사를 조절하는 eRNA의 개략도이다. 인핸서 영역(청색 박스)은 H3K27Ac로 표시되고, 전사 인자(TF) 및 RNA Pol II가 로딩되어 양방향 방식으로 eRNA를 생산하는 것을 돕는다. 프로모터 영역(보라색 박스)은 H3K4me3 및 전사 인자에 의해 표시된다. 코헤신 및 매개체 복합체에 의해 매개되는 프로모터에 대한 인핸서의 루핑은 eRNA를 프로모터와 매우 근접하게 하여 표적 유전자의 전사를 유도한다.
[0014] 도 2는 신경교종 줄기 세포 및 분화된 신경교종 세포의 특성화를 보여준다. 도 2(a)는 신경교종 줄기 세포가 줄기 세포-특이적 전사물 CD133, Sox2 및 Olig2를 발현하며, 이들은 EGF, bFGF 및 헤파린의 제거 및 10% 혈청의 첨가에 의해 7일 동안 분화 후 전체적으로 손실되거나(CD133, Olig2) 하향조절(Sox2)된다. 분화된 신경교종 세포는 신경교종 줄기 세포에서 발현되지 않은 GFAP의 발현을 얻는다. 막대 차트는 하나의 신경교종 줄기 세포주로부터의 대표적인 RNA-seq 데이터를 제시한다. 모든 신경교종 줄기 세포 및 분화된 신경교종 세포에 대해 분석을 수행하였다. 도 2(b)는 신경교종 줄기 세포의 자가-재생 능력을 결정하기 위한 제한 희석 검정의 결과를 보여주는 차트이다. 검정을 6회 반복하고, 카이-제곱 검정으로 유의성을 계산하였다(p<0.008).
[0015] 도 3은 3개의 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 높은 발현 대 낮은 발현을 갖는 환자에서 생존 시간을 비교하는 것을 보여준다. 3개의 카플란-마이어 생존 곡선은 eTMEM88B(A), eRTP5(B), 및 eNINJ1(C) eRNA와 상관관계에 있는 전체 환자 생존을 보여준다. 70명의 IDH-야생형 교모세포종 환자의 임상 데이터로부터 생존 시간을 수집하였다(Rhode Island Hospital, Departments of Neurosurgery and Pathology). 이러한 eRNA의 높은 발현은 교모세포종 환자의 낮은 생존율과 유의하게 상관관계가 있다(p<0.05).
[0016] 도 4는 eTMEM88B 및 TMEM88B 유전자의 억제를 나타내는 한 쌍의 막대 그래프이다. 좌측 차트는 안티센스 올리고 GapmeR에 의한 eTMEM88B의 억제가 TMEM88B, NANOG, OCT4 및 SOX2 발현의 억제를 초래함을 보여준다. 우측 차트는 siRNA를 사용한 TMEM88B mRNA의 억제가 TMEM88B 발현의 억제를 초래하지만 NANOG, OCT4 및 SOX2에는 영향을 미치지 않는다는 것을 보여준다.
[0017] 도 5는 생체내 효능 측정에서 eRNA 치료제 개발의 개략도이다.
[0018] 도 6은 렌티바이러스 벡터 pRSGEP-U6-sg-EF1-Puro의 개략도이다.
[0019] 도 7은 H3K27Ac 및 RNA Pol II ChIP-seq 분석 파이프라인을 통한 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 확인을 보여주는 파이 차트 세트이다. H3K27Ac 및 RNA Pol II 피크는 NINJ1 eRNA와 중첩된다. H3K27Ac ChIP-seq는 GSC1 및 GSC2에서 각각 39,247개 및 50,885개 부위를 확인하였다. 이러한 부위를 RNA Pol II 신호의 공동-존재에 대해 여과하였고, 이는 GSC1 및 GSC2에서 4284개 및 5348개의 추정 eRNA 부위를 생성하였다. 도 7(a)를 참조한다. 이러한 부위를 여과하면서 유전자와 1:1 관계를 갖고 유전자의 어노테이션된 프로모터로부터 10kb 업스트림 위치한 eRNA 부위를 구체적으로 관찰하였다. 도 7(b)를 참조한다. 이 분석은 GSC1의 경우 229개의 eRNA 및 GSC2의 경우 213개의 eRNA를 생성하였다. 이러한 eRNA를 분화된 교모세포종 기질 세포에서 검출된 (동일한 분석 파이프라인을 통해) eRNA와 비교하였고, 2명의 환자에서 공통적인 15개의 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA를 발견하였다. 도 7(c)를 참조한다.
[0020] 도 8은 9개의 환자-유래 신경교종 줄기 세포 및 2개의 인간 신경 줄기 세포 샘플에서 eTMEM88b, eNINJ1 및 eRTP5의 발현을 나타내는 막대 그래프이다.
[0021] 도 9는 9개의 환자-유래 신경교종 줄기 세포 및 2개의 인간 신경 줄기 세포 샘플에서 TMEM88b, NINJ1 및 RTP5 유전자의 발현을 나타내는 막대 그래프이다.
[0022] 도 10은 GapmeR을 표적화하는 eNINJ1 및 eTMEM88B로의 환자 유래 신경교종 줄기 세포의 치료가 eRNA 발현의 50% 억제를 초래함을 보여주는 한 쌍의 막대 그래프이다. 검정은 1명의 환자의 신경교종 줄기 세포에서 3회 독립적으로 수행되었다(n=3 생물학적 복제물).
[0023] 도 11은 5μM의 eTMEM88B GapmeR로의 환자-유래 신경교종 줄기 세포의 처리가 암 줄기 세포 동일성 유전자의 유의한 억제를 초래함을 나타내는 막대 그래프이다. 검정을 2회 독립적으로 수행하였다(n=2 생물학적 복제물).
발명의 상세한 설명
[0024] 다형성 교모세포종은 치료하기 가장 어려운 질병 중 하나로 남아 있다. 현재 교모세포종에 대한 신경교종 줄기 세포-특이적 요법은 없다. 표준 치료는 수술, 이어서 조합 방사선요법 및 화학요법을 포함한다. 통상적인 GBM 요법이 일부 환자에게 유리하였으나, 평균 종양 재발 시간은 7개월이다.
[0025] DNA 메틸화, 히스톤 변형, 및 비-코딩 RNA와 같은 후성적 이상에 대한 정보는 다형성 교모세포종을 포함하는 암의 동인으로서 평가되고 있다. 문헌 [Feng et al., Methods Mol. Biol., 1165, 115-43 (2014)]을 참조한다.
[0026] 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA를 확인하기 위해 ChIP-seq와 같은 최첨단 게놈-전체 기술을 사용하여 eRNA가 신경교종 줄기 세포 유지에 필수적이라는 것을 보여주었다. 본 발명은 eRNA가 다형성 교모세포종에 대한 줄기 세포-특이적 요법이 되는 방법을 제공한다. 잠금 핵산 GapmeR을 사용한 eRNA의 특정 표적은 교모세포종 환자를 위한 신경교종 줄기 세포-특이적 RNA-기반 치료 옵션을 제공한다.
[0027] 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 성공적인 조작은 다형성 교모세포종 환자를 위한 유망한 신경교종 줄기 세포-특이적 RNA-기반 요법의 조달에 유익할 수 있다. 본 명세서는 다형성 교모세포종에서 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 기능적 역할을 결정하는 방법을 보여준다. 하기 실시예 2를 참조한다. 본 명세서는 또한 신경교종 줄기 세포에서 염색질 상태의 유지에 대한 eRNA의 기여도를 결정하는 방법을 설명한다. 하기 실시예 3을 참조한다. 본 명세서는 신경교종 줄기 세포-특이적 치료 표적으로서 eRNA의 효능을 평가하는 방법을 추가로 보여준다. 하기 실시예 4를 참조한다.
정의
[0028] 편의상, 명세서, 실시예, 및 첨부된 청구범위에서 사용된 일부 용어 및 어구의 의미는 하기에 열거된다. 달리 언급되지 않거나 문맥으로부터 암시되지 않는 한, 이러한 용어 및 어구는 하기 의미를 갖는다. 이러한 정의는 특정 구체예를 기술하는데 도움을 주기 위한 것이며 청구된 발명을 제한하려는 것이 아니다. 달리 정의되지 않는 한, 모든 기술 및 과학 용어는 분자 신경생물학 분야 또는 생명공학 분야 또는 둘 모두의 분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 당 분야에서 용어의 의미와 본 명세서에 제공된 정의 사이의 임의의 명백한 불일치의 경우, 본 명세서에 제공된 의미가 우선할 것이다.
[0029] "ATAC-seq" 또는 시퀀싱을 사용한 트랜스포사제-접근성 염색질에 대한 검정은 게놈-전체 염색질 접근성을 평가하기 위한 분자 생물학 기술이다. 문헌 [Buenrostro et al., Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding protein, and nucleosome position. Nature Methods, 10(12), 1213-8 (December 2013)]을 참조한다.
[0030] "뇌종양"은 뇌의 조직에서 또는 뇌의 조직으로부터 유래된 비정상 세포의 성장의 신경생물학 분야에서 인정되는 의미를 갖는다. 뇌종양은 양성(암이 아님) 또는 악성(암)일 수 있다. 국립 암 연구소(National Cancer Institute) 암 용어 사전을 참조한다.
[0031] "ChIP-seq" 또는 ChIP-시퀀싱은 DNA와의 단백질 상호작용을 분석하는데 사용되는 방법이다. ChIP-seq는 염색질 면역침전(ChIP)을 대규모 병렬 DNA 시퀀싱과 조합하여 DNA-관련 단백질의 결합 부위를 식별한다.
[0032] "분화된 신경교종 세포"(DGC)는 줄기 세포로부터 분화된 신경교종 세포의 신경생물학 분야에서 인정되는 의미를 갖는다. 다형성 교모세포종의 분자 및 유전적 분류 및 다형성 교모세포종에 대한 치료 접근법은 주로 분화된 신경교종 세포에 의존하였다. 실험실 실습에서, 분화된 신경교종 세포는 마커가 신경교종 줄기 세포에서 발현되지 않은 GFAP의 발현을 얻는다. 문헌[Bramanti et al., Biomarkers of glial cell proliferation and differentiation in culture. Front. Biosci. (Schol. Ed.), 2, 558-70 (2010)]을 참조한다. 또한, 상기 도 2(a) 설명을 참조한다.
[0033] "인핸서 RNA"(eRNA)는 인핸서 영역의 DNA 서열로부터 전사된 비교적 짧은 비-코딩 RNA 분자(50-2000개 뉴클레오티드)의 부류의 구성원의 분자 생물학 분야에서 인식되는 의미를 갖는다. 도 1 참조한다. 줄기-특이적 eRNA는 이들의 가장 가까운 부근에 있는 유전자에 따라 명명되고, 본 명세서 전반에 걸쳐 "e" 접두사로 표시된다.
[0034] "GapmeR"은 서열의 양쪽에 RNA-유사 세그먼트를 갖는 짧은 DNA 안티센스 올리고뉴클레오티드 구조의 생명공학 분야에서 인식되는 의미를 갖는다. 이러한 유전자 정보의 선형 조각은 RNA의 표적 조각에 혼성화하고 RNase H 절단의 유도를 통해 유전자를 침묵시키도록 설계된다. 표적에 대한 gapmer의 결합은 뉴클레아제에 의한 분해에 대한 내성 뿐만 아니라 변형된 RNA 측접 영역으로 인해 더 높은 친화성을 갖는다. 문헌[Stein et al., Nucleic Acids Res., 38(1), e3 (2010); Crooke et al., Antisense technology: an overview and prospectus. Nature Reviews Drug Discovery, 1-27 (March 24, 2021)]을 참조한다.
[0035] "다형성 교모세포종" 뇌종양(GBM)은 뇌 내의 신경 세포의 건강을 지지하는 별-모양 신경아교 세포(성상세포 및 희돌기아교세포)로부터 발달하는 빠르게 성장하는 신경교종의 신경생물학 분야에서 인정되는 의미를 갖는다. GBM은 종종 등급 IV 성상세포종으로 지칭된다. 문헌 [National Cancer Institute (NCI) Dictionary of Cancer Terms]을 참조한다.
[0036] 본 명세서에서 교모세포종 줄기 세포로도 알려진 "신경교종 줄기 세포"(GSC)는 교모세포종에 존재하고 종양 개시 및 치료 내성에 기여하는 자가-재생되는 종양원성 암 줄기 세포의 신경생물학 분야에서 인정되는 의미를 갖는다. 신경교종 줄기 세포는 "표현형 가소성"을 나타내는데, 이는 다형성 교모세포종의 상이한 세포 상태(줄기 및 분화된 상태)가 분자 신경생물학 분야의 당업자에 의해 종양 기전 및 공격성에 기여하는 것으로 여겨지기 때문에 중요하다. 실험실 실습에서, 신경교종 줄기 세포는 희소돌기아교세포 전사 인자(Olig2), Sox2, 및 프로미닌-1(CD133)을 포함하는 줄기세포의 마커로 알려져 있다. 문헌[Yan et al., Endothelial cells promote the stem-like phenotype of glioma cells through activating the Hedgehog pathway. J. Pathol., 234(1), 11-22 (2014)]을 참조한다. 또한, 상기 도 2(a) 설명을 참조한다.
[0037] "H3K27Ac"는 DNA 패키징 단백질 히스톤 H3에 대한 후성적 변형의 분자 생물학 분야에서 인식되는 의미를 갖는다. 이는 히스톤 H3 단백질의 27번째 리신 잔기에서의 아세틸화를 나타내는 마크이다. H3K27ac는 전사의 더 높은 활성화와 관련되며, 따라서 활성 인핸서 마크로 정의된다. H3K27ac는 전사 시작 부위(TSS)의 근위 및 원위 영역 둘 모두에서 발견된다.
[0038] "H3K4me3"은 DNA 패키징 단백질 히스톤 H3에 대한 후성적 변형의 분자 생물학 분야에서 인식되는 의미를 갖는다. 이는 히스톤 H3 단백질의 4번째 리신 잔기에서 트리-메틸화를 나타내고 종종 유전자 발현 조절에 관여하는 마크이다. 상기 명칭은 히스톤 H3 단백질 상의 리신 4에 3개의 메틸 기의 첨가(트리메틸화)를 나타낸다.
[0039] "렌티바이러스 바이러스 벡터"는 렌티바이러스로부터 유래된 RNA 또는 DNA 뉴클레오티드의 서열을 포함하는 복제-결함 바이러스 벡터의 분자 생물학 분야에서 인식되는 의미를 갖는다.
[0040] "NINJ1" 또는 닌주린 1(Ninjurin 1)은 단백질-코딩 유전자이다. NINJ1과 관련된 질병은 유전성 감각 신경병증 및 비-기능성 췌장 내분비 종양을 포함한다. 이 유전자의 중요한 파라로그는 NINJ2이다. 여러 식별 번호는 GCID: GC09M093121, HGNC: 7824, Entrez Gene: 4814, Ensembl: ENSG00000131669, OMIM: 602062, 및 UniProtKB: Q92982이다.
[0041] "비-코딩 RNA"는 단백질에 대한 주형이 아닌 RNA 종의 분자 생물학 분야에서 인식되는 의미를 가지며, 리보솜 RNA(rRNA), 마이크로RNA(miRNA), 긴 비-코딩 RNA(lncRNA) 및 게놈의 다른 영역에서 생성된 다른 형태를 포함한다. 문헌 [Costa, Non-coding RNAs: Meet thy masters. Bioessays, 32(7), 599-608 (2010), and Guttman et al., Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Nature, 458(7235), 223-7 (2009)]을 참조한다.
[0042] "원발성 뇌종양"은 뇌에서 발생하는 종양의 분자 신경생물학 분야에서 인정되는 의미를 갖는다. 원발성 뇌종양은 유형 및 세계보건기구(WHO) 등급에 의해 분류된다. 의사는 종종 컴퓨터 단층촬영(CT) 스캔 또는 자기 공명 영상화(MRI)를 수행하여 원발성 뇌종양을 진단한다. 의사가 최상의 관리 과정을 계획하는 데 도움이 되도록 전체 건강 검진이 수행될 수 있고 상세한 병력이 수집될 수 있다. 인간 뇌종양이 중요한 기능을 갖는 뇌의 "주요기능" 부분(즉, 언어 및 운동 영역) 근처에 있을 때, 신경방사선 전문의는 종양과 뇌의 기능 사이의 관계를 더 잘 이해하기 위해 보다 전문화된 MRI를 수행할 수 있다.
[0043] "RTP5" 또는 수용체 수송체 단백질 5(추정)는 단백질-코딩 유전자이다. RTP5와 관련된 질병은 정맥 혈관종 및 근위축성 측삭 경화증(7)을 포함한다. 이의 관련 경로 중에는 GPCR 및 후각 형질도입에 의한 신호전달이 있다. 이 유전자의 중요한 파라로그는 RTP3이다. 여러 식별 번호는 GCID: GC02P241869, HGNC: 26585, Entrez Gene: 285093, Ensembl: ENSG00000188011, 및 UniProtKB: Q14D33이다.
[0044] "shRNA" 또는 짧은 헤어핀 리보핵산은 RNA 간섭(RNAi)을 통해 표적 유전자 발현을 침묵시킬 수 있는 단단한 헤어핀 회전을 갖는 인공 RNA 분자의 분자 생물학적 기술의 의미를 갖는다. [Paddison et al., Genes & Development, 16(8), 948-58 (April 2002); Brummelkamp et al., Science, 296(5567), 550-3 (April 2002)]. 세포에서 shRNA의 발현은 전형적으로 플라스미드의 전달에 의해 또는 바이러스 또는 박테리아 벡터를 통해 달성된다. shRNA는 비교적 낮은 분해 속도 및 회전율을 갖기 때문에 RNAi의 유리한 매개체이다.
[0045] "TMEM88B" 또는 막횡단 단백질 88B는 단백질-코딩 유전자이다. TMEM88B와 관련된 질병은 감정표현불능증을 포함한다. 여러 식별 번호는 GCID: GC01P001426, HGNC: 37099, Entrez Gene: 643965, Ensembl: ENSG00000205116, 및 UniProtKB: A6NKF7이다.
[0046] "바이러스 벡터"는 적어도 하나의 바이러스 기원 요소를 포함하고 바이러스 벡터 입자에 패키징될 수 있는 핵산 벡터 작제물의 분자 생물학 분야에서 인식되는 의미를 갖는다. 바이러스 벡터는 비필수 바이러스 유전자 대신에 폴리펩티드 또는 핵산을 인코딩하는 핵산을 함유할 수 있다. 벡터 또는 입자는 시험관내 또는 생체내에서 임의의 핵산을 세포로 전달할 수 있다. 많은 바이러스 벡터가 분자 생물학 분야에 공지되어 있다.
재료 및 방법의 안내
[0047] 분자 신경생물학 분야의 당업자는 본 발명을 만들고 사용할 때 예측 가능한 결과에 대한 지침으로서 하기 특허, 특허 출원, 및 과학 참고문헌을 사용할 수 있다:
[0048] 엄격성 및 재현성을 보장하기 위해, 본 발명자들은 적어도 3개의 생물학적 복제물을 사용하여 검정을 반복한다.
[0049] eRNA 억제 검정. eRNA 억제의 효과는 스크램블된 GapmeR로 처리된 신경교종 줄기 세포와 비교된다. 모든 서브타입의 표현은 GapmeR RNA-기반 요법으로부터 이익을 얻는 환자를 확인하는데 유용하다.
[0050] 세포 사멸 검정. 아폽토시스 세포 사멸은 카스파제-3/7의 절단을 측정하기 위해 인큐사이트(Incucyte) 생-세포 분석 시스템을 사용하여 실시간으로 정량화된다. 검정은 세포막을 자유롭게 가로지르는 불활성의 비형광 기질을 사용하며, 여기서 이들은 활성화된 카스파제-3/7에 의해 절단되어 녹색 또는 적색 DNA-결합 형광 표지를 방출할 수 있다. 형광-표지된 핵의 출현은 아폽토시스 세포를 식별한다.
[0051] 증식 검정. 배양물에서 세포의 증식 속도는 인큐사이트 세포별 분석 소프트웨어 모듈을 사용하여 실시간으로 정량화된다. 이러한 라벨 없는 직접 세포 수는 시간 경과에 따른 상 물체의 수를 계산함으로써 개별 세포를 식별할 수 있게 한다. 세포는 크기 및 모양과 같은 특성에 기반하여 아집단으로 분류된다.
[0052] 자가-재생 검정. 자가-재생하는 신경교종 줄기 세포의 능력은 시험관내 극한 한계 희석 분석(ELDA)을 사용하여 분석된다.
[0053] 루시페라제 리포터 검정. 여러 루시페라제 검정이 상업적으로 이용 가능하다.
제조 방법
[0054] 일곱 번째 상업적 구체예에서, 생명공학 분야의 당업자는 Qiagen의 온라인 알고리즘을 사용하여 안티센스 올리고뉴클레오티드 GapmeR을 설계할 수 있다. 이후, Qiagen(Hilden, Germany)은 생체내 적용을 위한 맞춤형 GapmeR을 합성할 수 있다. Qiagen은 안티센스 올리고뉴클레오티드가 안정적으로 유지되고 분해에 내성이 있도록 독점적인 화학적 변형을 합성할 수 있다.
치료 방법
[0055] 치료 방법은 문헌[Southwell et al., Trends in Molecular Medicine, 18(11) (November 2012)] 및 여러 다른 논문의 방법에 기초한다. 요법으로서의 올리고뉴클레오티드는 척수강내 주사, 실질내, 또는 뇌척수액(CSG) 전달로 효율적이고 안전하게 전달될 수 있다.
[0056] 제8 특정 구체예에서, 뇌로의 RNA 치료제의 투여는 척추강내이다. 본 발명자들의 경우, 본 발명자들은 인간 또는 영장류에서 경막내 주사를 선호한다. 설치류 모델의 경우, 본 발명자들은 측심실에서 주사를 사용하므로, GapmeR은 뇌척수액을 통해 전달된다.
약학적 조성물
[0057] 약학적 및 리포솜 조성물(예를 들어, 지질 나노입자) 중 하나 이상은 본원에 개시된 화합물 중 하나 이상 및 하나 이상의 추가 지질을 포함한다. 예를 들어, 본원에 개시된 화합물 중 하나 이상을 포함하거나 그렇지 않으면 이들이 풍부화된 지질 나노입자는 DOTAP(1,2-디올레일-3-트리메틸암모늄 프로판), DODAP(1,2-디올레일-3-디메디일암모늄 프로판), DOTMA(1,2-디-O-옥타데세닐-3-이리메틸암모늄 프로판), DLinDMA, DLin-KC2-DMA, CI2-200 및 ICE 중 하나 이상을 추가로 포함할 수 있다. 제9 구체예에서, 약학적 조성물은 HGT4001, DOPE 및 DMG-PEG2000을 포함하는 지질 나노입자를 포함한다. 제10 구체예에서, 약학적 조성물은 HGT4003, DOPE, 콜레스테롤 및 DMG-PEG2000을 포함하는 지질 나노입자를 포함한다.
[0058] 본원에 기재된 약학적 조성물 중 하나 이상은 하나 이상의 PEG-변형된 지질을 포함할 수 있다. 예를 들어, 본원에 개시된 화합물 중 하나 이상을 포함하거나 그렇지 않으면 이들이 풍부화되는 지질 나노입자는 하나 이상의 C6-C20알킬을 포함하는 지질에 공유적으로 부착된 최대 5kDa 길이의 폴리(에틸렌)글리콜 사슬을 포함하는 PEG-변형 지질 중 하나 이상을 추가로 포함할 수 있다.
[0059] 유사하게, 약학적 조성물(예를 들어, 지질 나노입자)은 본원에 개시된 화합물 중 하나 이상을 포함하거나 그렇지 않으면 이들이 풍부화될 수 있고, DSPC(1,2-디스테아로일-sn-글리세로-3-포스포콜린), DPPC(1,2-디팔미토일-sn-글리세로-3-포스포콜린), DOPE(1,2-디올레일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민), DPPE(1,2-디팔미토일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민), DMPE(1,2-디미리스토일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민), DOPG(,2-디올레오일-sn-글리세롤-3-포스포-(1'-rac-글리세롤)), DOPE(1,2-디올레오일-스와글리세로-3-포스포에탄올아민), DSPE(1,2-디스테아로일-s/i-글리세로-3-포스포에탄올아민), DLPE(1,2-디라우로일글리세로-3-포스포에탄올아민), DPPS(1,2-디팔미토일-sn-글리세로-3-포스포-L-세린), 세라마이드, 스핑고미엘린 및 콜레스테롤로 구성된 군으로부터 선택된 헬퍼 지질 중 하나 이상을 추가로 포함할 수 있다.
[0060] 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위해 제공되며, 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 간주되어서는 안 된다.
실시예 1
표적 eRNA를 억제하는 올리고뉴클레오티드 GapmeR.
[0061] 신경교종 줄기 세포에서 특이적으로 발현된 eRNA를 발견하기 위해, 본 발명자들은 TCGA-기반 Verhaak 분류 체계의 중간엽(GSC1) 및 전신경(GSC2) 서브타입을 나타내는 2개의 환자-유래 신경교종 줄기 세포를 사용하였다. 분화된 신경교종 세포를 수득하기 위해, 본 발명자들은 신경교종 줄기 세포를 7일 분화 공정에 적용하였다. 그들은 신경교종 줄기 세포 및 분화된 세포 마커에 대한 전사물 발현 분석을 수행하였다. 도 2(a)를 참조한다. 모든 신경교종 줄기 세포 샘플은 제한 희석 검정 동안 자가-재생 가능성을 입증하였다. 도 2(b)를 참조한다. 면역손상된 마우스에 이식한 후, 신경교종 줄기 세포는 종양-형성 능력을 나타내었다.
[0062] 어느 eRNA가 신경교종 줄기 세포를 특이적으로 발현하는지 확인하기 위해, 본 발명자들은 활성 인핸서의 경우 H3K27Ac에 대한 ChIP-검증된 항체, 및 활성 전사의 경우 RNAPII(Active Motif)를 사용하여 ChIP-seq를 수행하였다. 게놈-전체 항체 결합을 나타내는 피크 호출은 모든 샘플에서 H3K27Ac 및 RNAPII 둘 모두에 대해 달성되었다. 후속 분석은 mRNA 생산과의 중첩의 제거; 추정되는 eRNA 생산 영역으로서 RNAPII와 H3K27Ac 피크 중첩의 연관성; 개별 샘플-특이적 eRNA의 확인; 확인된 추정 eRNA 부위(이들 영역이 관심 유전자와 가장 잘 연관되기 때문)의 10,000개 뉴클레오티드(10K) 업스트림 및 다운스트림 내의 피크의 선택; 2개의 신경교종 줄기 세포와 분화된 신경교종 세포 샘플 사이의 공통 피크의 분리; 및 줄기 및 분화된 샘플 내의 독특한 피크의 발견을 포함하였다. 독특한 피크를 RNAPII 및 H3K27Ac 피크로 정의하였다. 본 발명자들은 피크가 동일한 인핸서 피크 경계 내에서 정확하게 정렬되고 중첩되는 것을 관찰하였다. 컴퓨터 여과 분석은 결과를 2개의 신경교종 줄기 세포에 독특한 15개의 eRNA 및 2개의 분화된 신경교종 세포에 독특한 21개의 eRNA로 좁힐 수 있게 하였다.
[0063] 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 발현을 검증하기 위해, 본 발명자들은 7개의 추가의 환자-유래 신경교종 줄기 세포(GSC) 및 2개의 신경 줄기 세포(NSC) 라인(H9 및 H14 유도체)으로부터 분리된 RNA를 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. 개별 eRNA는 신경교종 줄기 세포 샘플 내 및 전체에 걸쳐 다양한 발현 패턴을 가졌다.
[0064] 이후, 본 발명자들은 15개 모두의 eRNA에 상응하는 유전자의 발현에 대해 프로빙하였다. 본 발명자들은 발현이 모두 다양한 수준으로 신경교종 줄기 세포에서 증폭되었음을 관찰하였다.
[0065] 다음으로, 본 발명자들은 로드 아일랜드 병원의 병리과로부터 입수 가능한 70개의 다형성 교모세포종 조직 샘플에서 eRNA의 발현을 결정하였다. RT-qPCR 결과는 eRNA 중 하나[eDAP3]가 다양한 신경교종 줄기 세포 샘플에서 낮거나 발현되지 않았음을 나타내었기 때문에 본 발명자들은 15개의 eRNA 대신 14개의 eRNA에 대해 프로빙하였다. NanoString Technology 및 이들의 nSolver™ 분석 소프트웨어를 사용하여, 본 발명자들은 모든 샘플에 걸쳐 높음(적색으로 표시) 및 낮음(청색)을 갖는 70개의 다형성 교모세포종 조직 샘플에 대한 eRNA 발현 히트맵을 생성하였다. 예를 들어, 도 5를 참조한다. 본 발명자들은 표준화된 로그-순위 통계 및 최대 선택된 순위 통계를 사용하여 eRNA의 조직 발현을 환자의 생존과 상관시켰다.
[0066] eTMEM88B(막횡단 단백질 88B), eRTP5(수용체 수송체 단백질 5), 및 eNINJ1(신경 손상-유발 단백질)의 높은 발현을 갖는 환자는 낮은 발현자와 비교하여 통계적으로 유의한 수준에서 최악의 생존을 나타내었다. 도 3을 참조한다.
실시예 2
다형성 교모세포종에 대한 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 기능적 관련성 결정
[0067] 본 발명자들은 약리학적 접근법을 사용하여 신경교종 줄기 세포의 아폽토시스, 증식, 자가-재생 및 분화에 대한 eRNA 억제의 효과를 분석하였다. 본 발명자들은 3개의 임상적으로 관련된 eRNA를 억제한 다음 억제 효과를 확인하였다.
[0068] 신경교종 줄기 세포에 대한 억제 효과를 확인하기 위한 eRNA의 억제 및 기능 분석. 실시예 1에서, 하나의 신경교종 줄기 세포 샘플 및 2개 농도의 잠금형 핵산 GapmeR을 사용하여, eTMEM88B를 표적화하는 것은 농도-의존적 방식으로 이 eRNA의 유망한 녹다운을 나타내었다. 본 발명자들은 다른 2개의 eRNA: eRTP5 및 eNINJ1에 대해 이러한 억제를 반복한다.
[0069] 하기 검정은 eRNA의 억제가 신경교종 줄기 세포 생존, 증식, 자가-재생, 및 분화에 영향을 미치는지의 여부를 보여줄 수 있다:
[0070] 신경교종 줄기 세포에 대한 eRNA 효과의 추가 기전. 신경교종 줄기 세포에서 eRNA의 기능적 역할과 관련하여, 본 발명자들은 보고된 기능이 어떻게 eRNA 그 자체 또는 동족 유전자 TMEM88B로 인한 것인지를 결정한다. 본 발명자들은 GapmeR을 사용한 eTMEM88B 억제 및 TMEM88B 유전자의 억제 시 3개의 필수 줄기-세포 유전자(NANOG, OCT4, SOX2)의 발현 수준을 siRNA의 풀을 사용하여 조사하는 별도의 단일 시험을 수행하였다. 이러한 결과는 eTMEM88B의 억제가 특히 5 μM의 더 높은 농도에서 동족 유전자, TMEM88B의 유의한 녹다운을 초래한다는 것을 보여주었다. 또한, 본 발명자들은 GapmeR 용량에도 불구하고 NANOG, OCT4 및 SOX2의 약간의 억제를 관찰하였다. siRNA에 의한 TMEM88B 유전자의 녹다운은 NANOG, OCT4 및 SOX2 발현에 영향을 미치지 않는다. 도 8을 참조한다.
[0071] 따라서, eTMEM88B 발현은 이의 동족 유전자 뿐만 아니라 신경교종 줄기 세포에서 줄기세포 유전자 발현을 조절하는데 특정 역할을 한다.
[0072] 본 발명자들은 또한 루시페라제 리포터 검정을 사용하여 중요한 프로모터 영역의 변화를 확인하는 것과 같이, 신경교종 줄기 세포에 대한 eRNA 효과의 다른 파라미터를 조사한다.
[0073] 대체 전략. GapmeR을 사용한 억제는 짐노시스(gymnosis)라고 불리는 직접적인 세포 흡수 방법을 포함하였다. 이 방법은 단지 ~50%의 녹다운을 나타내었다. 따라서, 본 발명자들은 GapmeR 흡수를 증가시키고 모든 eRNA 표적에 대해 더 높은 녹다운을 달성하기 위해 최적화된 지질 형질감염과 같은 대안적인 방법을 사용할 수 있다. 각각의 신경교종 줄기 세포 샘플은 그 자신의 고유한 배양 요구를 갖기 때문에, 본 발명자들은 이들의 형질감염 프로토콜 문제를 해결하여 각각의 샘플에 대한 최적 조건을 경험적으로 결정할 수 있다.
실시예 3
신경교종 줄기 세포의 염색질 상태 변화에 대한 eRNA의 기여도 결정
[0074] eRNA의 조작은 신경교종 줄기 세포의 염색질 상태를 조절할 수 있다. 본 발명자들은 이 조작을 시험하기 위해 고처리량 시퀀싱을 갖는 트랜스포사제-접근성 염색질에 대한 검정(ATAC-seq), 및 고처리량 시퀀싱과 커플링된 염색질 면역침전(ChIP-seq) 게놈-전체 시퀀싱 도구의 조합을 사용한다. 이 작업은 세포 가소성 및 암 줄기세포성의 후성적 조절제로서 eRNA의 기능을 결정하는 것이다.
[0075] 연구 접근법. 염색질 접근성에 대한 eRNA의 효과. 게놈-전체 염색질 접근성 패턴을 결정하기 위해, 본 발명자들은 eRNA의 억제 후 신경교종 줄기 세포에서 ATAC-seq를 수행하고 대조군 신경교종 줄기 세포(스크램블된 GapmeR로 처리됨)로부터의 ATAC-seq 데이터와 비교하였다. eRNA 발현의 억제가 유전자 조절 영역에 걸쳐 전체 염색질 접근성에 어떻게 영향을 미치는지 발견하기 위해 데이터 분석이 수행된다. 본 발명자들은 프로모터 및 인핸서 영역에 대한 염색질 접근성을 결정하고 차별적으로 접근 가능한 프로모터 및 인핸서에 가장 가까운 유전자를 기능적으로 클러스터링하였다.
[0076] 전사 조절에 대한 eRNA의 효과. 고차 진핵생물 게놈 기능적 아크텍처 구조 및 이들의 관련된 아핵 구획은 분자 신경생물학 분야의 당업자에게 DNA 전사를 포함하는 핵 활성의 많은 양태에 기여하는 핵심 성분으로서 인지된다. 과학 간행물은 eRNA가 CBP, 매개체(Mediator), BRD4 및 코헤신(Cohesin)과 같은 다양한 일반 보조인자와의 상호작용을 통해 유전자 전사를 증가시키는 것으로 나타났다. 이러한 전사 기전에서 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA의 역할을 발견하기 위해, 본 발명자들은 상기 기재된 바와 같이 올리고뉴클레오티드 GapmeR로 eRNA 발현을 녹다운시킨 후 매개체, 코헤신, 및 CBP 및 BRD4에 대해 각각 ChIP-seq를 수행할 수 있다.
[0077] 대체 전략. 분자 신경생물학 분야의 당업자는 ATAC-seq 및 ChIP-seq를 수행하고 분석한 경험이 있다. 분자 신경생물학 분야의 당업자는 또한 신경교종 줄기 세포 샘플의 게놈에서 별개의 "염색질 상태"를 어노테이션하기 위해 공개적으로 이용 가능한 ChromHMM 패키지와 같은 대안적인 분석 전략에 대한 경험이 있다. ChromHMM 패키지는 게놈 영역에 없거나 존재하는 마커 및 이러한 마크의 공간적 관계에 기반하여 이러한 염색질 상태를 식별하기 위해 입력으로 제공된 다변수 은닉 마르코프 모델 및 후성유전체 마크를 사용한다.
실시예 4
RNA-치료제로서 eRNA의 효능을 평가한다.
[0078] 다형성 교모세포종 요법은 많은 도전, 특히 혈액-뇌 장벽(BBB)을 통한 약물 통과의 장애에 직면한다. 본 발명자들은 안정한 잠금 핵산 GapmeR을 화학적으로 변형시켰으며, 이는 생체내에서 본 발명자들의 표적 eRNA를 억제할 준비가 된다. 다음으로, 본 발명자들은 자기 공명 영상화(MRI)를 사용하여 종양 성장 및 크기에 대한 억제 효능 및 RNA-seq를 사용하여 줄기-세포 필수 유전자 전사물의 변화를 평가하였다.
[0079] 신경교종 줄기 세포에 대한 잠재적 치료제로서 eRNA 억제의 효능을 결정하기 위해, 본 발명자들은 인간 교모세포종의 동소 이종이식편 모델을 사용하여 생체내 연구를 수행하였다. eRNA는 신경교종 줄기 세포에서 및 이들의 분화된 자손이 아닌 특정 그룹의 eRNA의 확인으로 인해 신경교종 줄기 세포에 대한 적절한 치료 표적일 수 있다.
[0080] 연구 접근법. eRNA GapmeR에 의한 종양 생성 및 치료. 본 발명자들은 문헌[Zepecki et al., Oncogene (2018)]에 기재된 바와 같이 정위 유도 하에 본 발명자들의 환자-유래 신경교종 줄기 세포(~200,000개 세포/마우스)를 Nu/J 마우스에 이식할 수 있다. 이후, 본 발명자들은 종양이 한 달 동안 성장하도록 한 다음, 표적화된 eRNA에 대해 생체내 안정한 GapmeR을 연속적으로 전달하기 위해 삼투 펌프(Alzet)에 연결된 측심실에 현미경 카테터를 삽입하였다. 도 5를 참조한다. 치료 효능을 비교하기 위해, 본 발명자들은 비처리된 대조군에 대해 12마리의 마우스, 스크램블된 GapmeR 음성 대조군에 대해 12마리의 마우스, 및 eRNA-표적화 GapmeR 처리된 군에 대해 12마리의 마우스를 사용하였다.
[0081] 설계된 검정(각 검정에 대해 군당 12마리의 마우스). 각 eRNA에 대한 억제를 정량화하고 줄기 및 분화 마커의 발현을 확인한다. 본 발명자들은 RT-qPCR을 사용하여 표적 eRNA의 성공적인 억제를 확인하고, 줄기 및 분화된 마커: CD44 및 GFAP의 변화를 각각 조사하여 생체내 분석이 eRNA의 억제로 인한 것임을 보장한다.
[0082] 종양 부피에 대한 eRNA 억제의 효과를 결정한다. 본 발명자들은 문헌[Zepecki et al., Oncogene (2018)]에 의해 이전에 제시된 바와 같이 마우스 뇌의 일련의 섹션을 HuNu 항체(Abcam)로 염색하여 인간 신경교종 세포를 정확하게 검출하고 종양 부피의 3D 재구성 및 정량화를 수행할 수 있다.
[0083] 본 발명자들은 GapmeR을 표적화하는 eRNA로 1개월 치료 후 종양을 미세-해부하고, RNAseq를 수행하여 교모세포종 전사체에 대한 eRNA 억제의 효과를 결정하였다. 실시예 2에 기재된 바와 같이, eRNA의 시험관내 억제는 줄기세포 유전자 발현의 억제를 초래한다. 치료된 종양은 대조군 종양보다 덜 공격적인 전사체 특징을 발현해야한다.
[0084] 다형성 교모세포종에 대한 요법과의 관련성. 핵산 변형 및 약물 담체는 치료 분자를 중추 신경계로 전달하기 위해 개발 중이다. 대안적으로, 중추 신경계로의 치료 분자의 전달은 현재 선택되는 기술로 남아 있는, 펌프를 통한 치료제의 심실내 전달, 약물에 대한 뇌 실질로의 대류-증진 전달, 및 바이러스 또는 세포의 직접 정위 주사를 포함하는 외과적 기술에 의해 달성될 수 있다.
[0085] 다형성 교모세포종에서 중요한 eRNA의 직접 표적화는 여러 가지 이유로 매력적이다. 첫째, 세포에서 발현된 eRNA의 낮은 카피 수 대 mRNA는 eRNA 억제를 달성하기 위해 더 적은 억제 GapmeR이 필요하다는 것을 보장한다. 둘째, eRNA는 염색질 접근성에 영향을 미치고 유전자 발현 패턴을 변형시킨다. 셋째, eRNA는 유전자 발현 패턴의 변경에서 중요한 노드를 나타낸다. 넷째, eRNA 발현 패턴은 TCGA 및 다른 대형 RNA seq 데이터베이스에서 다형성 교모세포종 환자의 임상 생존과 관련이 있다.
[0086] 대체 전략. GapmeR의 Alzet 펌프 뇌실내 전달은 벌크 종양에서 치료 수준을 달성하지 못할 수 있다. 문헌[Souweidane et al., The Lancet Oncology, 19(8), 1040-50 (2018)]에 제시된 바와 같이, 이는 대류-증진 전달을 필요로 할 수 있다. 본 발명자들은 또한 신경교종 줄기 세포 샘플에 대한 이러한 eRNA의 조합 효과에 접근하기 위해 모든 3개의 eRNA를 한번에 표적화하는 "칵테일 GapmeR"의 옵션을 탐구할 수 있다. 신경교종 줄기 세포-특이적 요법으로서 eRNA의 효율을 탐구하기 위해, 본 발명자들은 각각의 eRNA를 다양한 농도의 테모졸로미드(다형성 교모세포종에 대한 현재 화학요법)와 조합한 다음, 신경교종 줄기 세포에 대한 효과를 평가할 수 있다.
실시예 5
신경교종 줄기 세포 특이적 eRNA의 확인
[0087] 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA를 확인하기 위해, 본 발명자들은 2명의 환자로부터의 신경교종 줄기 세포 및 분화된 신경교종 세포에 대해 H3K27Ac ChIP-seq 및 RNA PolII ChiP-seq를 수행하였다. H3K27Ac는 활성 인핸서를 식별하는 히스톤 마크이고, RNA PolII는 활성 전사를 나타낸다. H3K27Ac 및 RNA PolII가 공동-존재하는 게놈 상의 중첩 피크의 검출은 eRNA의 존재의 표시이다. H3K27Ac ChIP-seq는 GSC1 및 GSC2에서 각각 39,247개 및 50,885개 부위를 확인하였다. 이러한 부위를 RNA Pol II 신호의 공동-존재에 대해 여과하였고, 이는 GSC1 및 GSC2에서 4284개 및 5348개의 추정 eRNA 부위를 생성하였다. 도 7(a)를 참조한다. 본 발명자들은 유전자와 1:1 관계를 갖고 유전자의 어노테이션된 프로모터로부터 10kb 업스트림 내에 위치한 eRNA 부위를 특이적으로 관찰하면서 이들 부위를 여과하였다. 도 7(b)를 참조한다. 이 분석은 GSC1의 경우 229개의 eRNA 및 GSC2의 경우 213개의 eRNA를 생성하였다. 이후, 본 발명자들은 이러한 eRNA를 분화된 교모세포종 기질 세포에서 (동일한 분석 파이프라인을 통해) 검출된 eRNA와 비교하고, 2명의 환자에서 공통적인 15개의 신경교종 줄기 세포-특이적 eRNA를 발견하였다. 도 7(c)를 참조한다. 본 발명자들은 NINJ1 유전자의 인핸서 영역에서 H3K27Ac 및 RNA Pol II 신호의 존재를 시각화하였고, 이는 GSC1 및 GSC2에서 NINJ1 eRNA의 존재를 나타낸다.
실시예 6
교모세포종 환자에서 eRNA의 발현
[0088] eTMEM88b, eNINJ1 및 eRTP5(환자 생존과 가장 유의하게 상관관계가 있는 15개의 GSC-특이적 eRNA 중 3개)의 발현을 교모세포종을 갖는 9명의 환자로부터 분리된 GSC 및 대조군으로서 2개의 인간 신경 줄기 세포주(NIH로부터의 H9 및 H4 유도체)에서 조사하였다 도 5를 참조한다. 모든 환자는 3개의 eRNA를 다양한 수준으로 발현한다. eTMEM88b는 GSC 및 대조군 세포에서 높은 발현을 나타내고, eNINJ1은 GSC에서 중간 수준으로 발현되고 대조군 세포에서는 검출되지 않는 반면, eRTP5는 GSC 또는 신경 줄기 세포에서 거의 검출되지 않는다. 도 8을 참조한다.
[0089] 본 발명자들은 eRNA가 일반적으로 이들의 동족 유전자의 발현을 조절하기 때문에, GSC 및 대조군 인간 신경 줄기 세포에서 eRNA의 동족 유전자의 발현을 결정하였다. Ninj1 유전자는 9개의 GSC 샘플 모두 및 2개의 신경 줄기 세포 샘플에서 다양한 수준으로 발현된다. TMEM88b는 9개의 GSC 중 2개에서 거의 발현을 나타내지 않는 반면, RTP5는 GSC에서 발현되지 않는다. 도 9를 참조한다. 교모세포종 종양에서 3개의 eRNA의 발현을 결정하기 위해, 본 발명자들은 로드 아일랜드 병원에서 수술을 받은 70명의 환자로부터의 교모세포종 종양 샘플에서 나노스트링 발현 분석을 수행하였다. 이 결과는 eNINJ1 및 eTMEM88b가 모든 70개의 교모세포종 종양 샘플에서 가변적이지만 높은 발현을 갖는 반면, eRTP5는 낮은 발현을 나타낸다는 것을 보여주었다. eRNA의 클러스터링은 유클리드 거리를 사용하여 결정되었다.
[0090] 본 발명자들은 표준화된 로그-순위 통계 및 최대 선택된 순위 통계를 사용하여 3개의 eRNA의 조직 발현을 환자의 생존과 상관시켰다. eNINJ1의 높은 발현을 갖는 환자는 감소된 생존과 가장 유의한 상관관계를 나타내는 반면(p<0.002), eTMEM88b 및 eRTP5의 높은 발현은 또한 감소된 생존과 상관관계가 있었지만, 상관관계는 eNINJ1보다 덜 유의하였다. 도 5를 참조한다.
실시예 7
eNINJ1 및 eTMEM88b를 표적화하는 올리고뉴클레오티드 GapmeR의 설계 및 합성
[0091] 본 발명자들은 eNINJ1 및 eTMEM88b 서열의 다양한 영역을 표적화하는 LNA-변형된 올리고뉴클레오티드 GapmeR을 설계하고, 이를 환자-유래 GSC에서 시험하여 eRNA 발현의 억제를 검증하였다. 초기 후보 GapmeR은 eNINJ1 및 eTMEM88b 발현의 유의한 억제를 나타내지만, 총 eRNA 발현의 50%까지만 나타낸다. 도 10을 참조한다.
[0092] Ninj1 eRNA의 GapmeR 유도된 억제를 증가시키기 위해, 본 발명자들은 Ninj1 eRNA의 전체 서열에 걸쳐 있는 96개의 후보 GapmeR을 설계하였다. eNinj1에 대한 eRNA 치료제로서 추가의 시험관내 및 생체내 연구를 위한 최상의 억제성 GapmeR을 발견하기 위한 고처리량 시험관내 검정에서 사용되는 GapmeR의 서열 중 일부에 대해서는 표 1을 참조한다.
표 1
인핸서 RNA의 명칭 안티센스 LNA GapmeR 서열 SEQ ID NO:
eTMEM88B 5'―CGGGAGTAGAAGTTGG-3' 1
eNINJ1 5'―GCGTCTAGGCTGGCAG-3' 2
실시예 8
eTMEM88B의 억제는 신경교종 줄기 세포 동일성 유전자의 억제를 초래한다.
[0093] 교모세포종에서 이러한 유전자의 중요성은 이전에 밝혀졌다. Notch1은 교모세포종 성장, 아폽토시스에 대한 내성, 및 GSC 특성의 유지를 조절한다. Notch1은 PTCH1, Sox2, 및 Nanog의 발현을 조절한다. Klf4는 GSC의 성장을 조절하고, 화학요법으로 교모세포종의 치료 후 상향조절된다. 이러한 유전자의 배수-변화는 비-표적화 GapmeR로 처리된 GSC와 비교하여 계산되고 하우스키핑 유전자 발현으로 표준화된다. 도 11을 참조한다.
서열 목록
[0094] eTMEM88B : 염색체 1(GSC1-개시: 1430292 - GSC2-말단: 1430960). 길이 : 668개 뉴클레오티드. ATCTAGTACATCATATTGCCAGCAGGGCTCAGCCTGTGACCAGCAAGGTCTGGGCTCCGTCTGGGGCCAGGGTCAAGGCTCATTCCGTGGCCTTGAGCACAGCCTGGTGTGTGGCTGGGTCGAGTCCAGCAGAAGTCTCGGGGTTTTCCAGCCTCCATCCGAGTCCGGCTTTGATGCCTTTCCTGGTCAGACAGGAGCCGGGCCAGTGGCCAAGCTGCCAGGATGGCTTCCCCGGGGCCGCGGCCGCCTTCCTTCCCCTCCTGCCCGGGCTGGCTCTGGTCGCCACTAGGGGTTGAAGATGAGGGCTCTCCTGGGAAGCTCTTGGCTGAGGATCCGCCTGGTCCCGGAGCCGTGAAAACAACAGCTGGGCCTGGTGGGGGTGGGGAGGCTGAGCGGAGAGGCCAGCTCCCTTGGCTGCTGGGCAGGGTCTTCTGTCCACAGCTGCCTCAGGCGGCTGTTTCCAAAGGTGTTTCCAGCTTCCCAGGCCCACCCTGAGGCCCCGCACCGCCAGGGAGGTGGAAGGCACGGAGCAGCGAAGCCCGGCCCCGGCCCCGGCCGCCCGACCAGCTCACAGAGGAACACCTGTGGGGGGGCCTGTGGGCGGTTCACAGAGGGATGTAGGAACGTGCCTGTGGGAGGCCGTAGCCCCGGAGAGCAGAGGCCTGGCC [SEQ ID NO: 3].
[0095] eRTP5 : 염색체 2(GSC1-개시: 242088593 - GSC2-말단: 242088884). 길이: 291개 뉴클레오티드. CGGCAGCAACACTGCCACGCGAATCCGCGCCGGCCAATCAGCATGGCCAGGGGCGGGGCTTCCCTGAGGCGCGCCGAGAGGCGGTGGCCCACTTCCGGCAATAATCGCCTGGTCGCCGTCAGGTGCCGGCCCAGGTGGCAGGCGCGCCCGTTGGGCACTGGGGGACGCGGGCGCGTCAGGTGAAGACTGGGGGCTGCAGGCGCGCTAGGTAGGTACGGGGTGCCGCGGGCGCGTCAGGTGAAGACTGGGCGCCGCAGGCGCCTTAGGTGAAGATTGGGGATCGCGGGCGCG [SEQ ID NO: 4].
[0096] eNINJ1 : 염색체 9(GSC1-개시: 93143058 - GSC2-말단: 93144787). 길이 : 1,832개 뉴클레오티드. agaattgcctgaaccaggggttggaggttgcagcgggtggaaattttgccactgcactccagcctgggtgacagagtgagaccctgtctcaaagaaaaaaaaaaaaagaTACATCATCTGGGACAATAACCTTGAAAAGCAGGGGTCCCAGACGACCTTATTTGCAGAGAATGCGACTGCAGACGGCAAGCAGGGGGGCATGCCCTTCGCTCTCTGTCCTCTGCTCTTTGCCCCGGCCACTGTCGGCCTCATCTGAAGGCCACCTGTGCCTCACGGTCTGAAAACGCTGGTTTCCACAGCTGCTTCTCCTTCCAAATTTCCCTGGAGTCTTGCTTTGGTGGCGAACCTCTGGTTCTATTCCTTCCTTTTAACTGAAGCCTATAGGAAAAATTTGGAAGTTGAAATATGCCAGTCCAAGGAAGGTGGACGTGGAGTTCTGAGGGTGGGGGTGCTGCCAGGGAAGTGGCACTGTGCAGGGGACCGCCCCTGGGACCCCCTGGTTCCTGTCAAGAGCAGGTAGGggctgggcgcggtggctcacgcctataatcccagcactttgggaggtcaaggagagtggatcacctaaggtcaggagttcaagaccagctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggcaggcgcctataatcccaggtattcaggaggctgaggcaggagaatagcttgaacccaggaggcagaggttgcagtgagctgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactctgtctacacacacacacacacacacacagacacacacacacacacaGATCAGGTAGGATGTGAGGTGTGTCCTCATGGCCGGACATGGGGTGGGTGGGGCCAAACAACCACAGGGACTCGTCCTGTGGCCACTGCTGCTCAGGAAGTGGATCCCAAGGAGCAGAGTCGCCAGACCCCTCAGTTCCCAGCTCCACATTTAAGGCAGGTCTGGCCATGAGCCAGGCCTCTGCATGTGACCTGGGGCCTCACTGTGGCATGGCTGCCTGTCCCACCTGTGGATGTTGCCTGTGCTGTGTAGAAGCCACATAGCCTCCGGGGCGGCTCCCCAGAATGCCACATTTCCTGTCTCTGGCTCTGATGGCGTCTAGGCTGGCAGGGGTCCCGGCCCCAGCAGTACTGTTGCCGGGCAGAGCTCAGGGCCACGTGCAGTTGGGTCTGGCTGAGAGCATCTCATGGGTTTATGAGAACCCTTCCAGCACAAAGGGGCATTTATCAGGCAGGGATGGCATGTCTTGGTCTGAACACAGGAAACACAGAAATAGCCTTTCACAGAGTGCCAGCAGGGCTGGGCTCGCCTGCTGTGGAGGGTGTCGGCTTTCCAACTCCTTCTCCAAGCTGTGCGACCCGTCCATGTTCCCCTGTGAGTTGTTCTGTCCCAGACAGGGCATTCCCTGAGAACGCTCCTGCTGCAACTGgagggagagaggcagggaggggaaaggggaagacttgcagggagaaggaagaagggagacagatggagacagacagaaggagggatggaagaaatgagagagagagagggagggagaTGGAAACATAGATTGTCTCCACTGTGACACCCTGCCTCCATGGTTCTCCATGATGGGAATGGAATTCATGTCTCACCTGGCAGCAAGGGTCTCCACAATATGACTTCACCTTCTTTCTCTTAGTAAGGCGAGAGCAGACAGGCAGACACTCCAGGAAGTAACTGATGTGTCCCTGAAAATGCCTGTCTTTCCCAGCTTGTACAACTTTGCTTGTGTTATTTCTT [SEQ ID NO: 5].
[0097] 하기 서열은 생물정보학 방법을 사용하여 생성되었고, 이에 의해 표적 eRNA 서열(eNINJ1) 1,832nt 비-코딩 RNA를 스크리닝하여 20개 뉴클레오티드 길이인 이상적인/표적 영역을 발견하였다. 이상적인/표적 영역은 %GC 함량(~30-60%), miRNA hit의 수(0의 점수가 선택됨); 유전자 hit(1 이하의 점수가 선택됨) 및 순위 시스템(이는 표적 서열이 양호한지 여부를 나타내었다; 실제 생물정보학의 경우)을 사용하여 선택되었다. eNINJ1의 선택된 영역을 표적화하는 GapmeR(LNA 및 2'MOE)을 합성하고 생성하기 위해 상위(50)개의 표적 영역을 선택하였다. (lN)#은 LNA 뉴클레오티드이다. (eN)#은 2'MOE 뉴클레오티드이다. (dN)#은 데옥시리보뉴클레오티드(DNA)이다.
[0098] LNCRNA_22_LNA. 표적 20개 뉴클레오티드(nt)(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGUACAAGCUGGGAAAGACA [SEQ ID NO: 6].
[0099] LNCRNA_22_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UGUCUUUCCCAGCUUGUACA [SEQ ID NO: 7].
[00100] LNCRNA_22_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dC)#(dA) #(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(lG)#(lT)#(lA)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 8].
[00101] LNCRNA_22_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)#(dT)#(dT)#(dC) #(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(eG)#(eT)#(eA)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 9].
[00102] LNCRNA_30_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CUGGGAAAGACAGGCAUUUU [SEQ ID NO: 10].
[00103] LNCRNA_30_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAAAUGCCUGUCUUUCCCAG [SEQ ID NO: 11].
[00104] LNCRNA_30_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lA)#(lA)#(lT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT) #(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(lC)#(lC)#(lC)#(lA)#(lG) [SEQ ID NO: 12].
[00105] LNCRNA_30_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eA)#(eA)#(eT)#(dG)#(dC) #(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(eC)#(eC)#(eC)#(eA)#(eG) [SEQ ID NO: 13].
[00106] LNCRNA_40_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CAGGCAUUUUCAGGGACACA [SEQ ID NO: 14].
[00107] LNCRNA_40_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UGUGUCCCUGAAAAUGCCUG [SEQ ID NO: 15].
[00108] LNCRNA_40_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lG)#(lT)#(lG)#(lT)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA) #(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(lG)#(lC)#(lC)#(lT)#(lG) [SEQ ID NO: 16].
[00109] LNCRNA_40_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eG)#(eT)#(eG)#(eT)#(dC)#(dC) #(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(eG)#(eC)#(eC)#(eT)#(eG) [SEQ ID NO: 18].
[00110] LNCRNA_49_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UCAGGGACACAUCAGUUACU [SEQ ID NO: 19].
[00111] LNCRNA_49_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGUAACUGAUGUGUCCCUGA [SEQ ID NO: 20].
[00112] LNCRNA_49_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lT)#(lA)#(lA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG) #(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(lC)#(lC)#(lT)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 21].
[00113] LNCRNA_49_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eT)#(eA)#(eA)#(dC)#(dT) #(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(eC)#(eC)#(eT)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 22].
[00114] LNCRNA_51_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AGGGACACAUCAGUUACUUC [SEQ ID NO: 23].
[00115] LNCRNA_51_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GAAGUAACUGAUGUGUCCCU [SEQ ID NO: 24].
[00116] LNCRNA_51_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lA)#(lA)#(lG)#(lT)#(dA)#(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA) #(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(lT)#(lC)#(lC)#(lC)#(lT) [SEQ ID NO: 25].
[00117] LNCRNA_51_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eA)#(eA)#(eG)#(eT)#(dA)#(dA) #(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(eT)#(eC)#(eC)#(eC)#(eT) [SEQ ID NO: 26].
[00118] LNCRNA_109_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AAAGAAGGUGAAGUCAUAUU [SEQ ID NO: 27].
[00119] LNCRNA_109_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAUAUGACUUCACCUUCUUU [SEQ ID NO: 28].
[00120] LNCRNA_109_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lT)#(lA)#(lT)#(dG)#(dA)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC) #(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(lT)#(lC)#(lT)#(lT)#(lT) [SEQ ID NO: 29].
[00121] LNCRNA_109_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eT)#(eA)#(eT)#(dG)#(dA)#(dC) #(dT)#(dT)#(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(eT)#(eC)#(eT)#(eT)#(eT) [SEQ ID NO: 30].
[00122] LNCRNA_118_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. GAAGUCAUAUUGUGGAGACC [SEQ ID NO: 31].
[00123] LNCRNA_118_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GGUCUCCACAAUAUGACUUC [SEQ ID NO: 32].
[00124] LNCRNA_118_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dA) #(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(lA)#(lC)#(lT)#(lT)#(lC) [SEQ ID NO: 33].
[00125] LNCRNA_118_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)(dC)#(dC)#(dA) #(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(eA)#(eC)#(eT)#(eT)#(eC) [SEQ ID NO: 34].
[00126] LNCRNA_141_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. GCUGCCAGGUGAGACAUGAA [SEQ ID NO: 35].
[00127] LNCRNA_141_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UUCAUGUCUCACCUGGCAGC [SEQ ID NO: 36].
[00128] LNCRNA_141_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lT)#(lC)#(lA)(lT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT) #(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(lG)#(lC)#(lA)#(lG)#(lC) [SEQ ID NO: 37].
[00129] LNCRNA_141_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eT)#(eC)#(eA)(eT)#(dG)#(dT)#(dC) #(dT)#(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(eG)#(eC)#(eA)#(eG)#(eC) [SEQ ID NO: 38].
[00130] LNCRNA_150_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGAGACAUGAAUUCCAUUCC [SEQ ID NO: 39].
[00131] LNCRNA_150_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GGAAUGGAAUUCAUGUCUCA [SEQ ID NO: 40].
[00132] LNCRNA_150_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lG)#(lA)#(lA)(lT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT) #(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(lT)#(lC)#(lT)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 41].
[00133] LNCRNA_150_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eG)#(eA)#(eA)(eT)#(dG)#(dG) #(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(eT)#(eC)#(eT)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 42].
[00134] LNCRNA_196_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGUCACAGUGGAGACAAUCU [SEQ ID NO: 43].
[00135] LNCRNA_196_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGAUUGUCUCCACUGUGACA [SEQ ID NO: 44].
[00136] LNCRNA_196_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(lT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dC)#(dC) #(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 45].
[00137] LNCRNA_196_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(eT)#(dG)#(dT) #(dC)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 46].
LNCRNA_250_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UCUUCCAUCCCUCCUUCUGU [SEQ ID NO: 47].
[00138] LNCRNA_250_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. ACAGAAGGAGGGAUGGAAGA [SEQ ID NO: 48].
[00139] LNCRNA_250_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dG)#(dG) #(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 49].
[00140] LNCRNA_250_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(dA)#(dG) #(dG)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 50].
[00141] LNCRNA_377_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UCUGGGACAGAACAACUCAC [SEQ ID NO: 51].
[00142] LNCRNA_377_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GUGAGUUGUUCUGUCCCAGA [SEQ ID NO: 52].
[00143] LNCRNA_377_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lG)(dT)#(dT)#(dG)#(dT)#(dT)#(dC) #(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(lC)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 53].
[00144] LNCRNA_377_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eG)(dT)#(dT)#(dG) #(dT)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(eC)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 54].
[00145] LNCRNA_485_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CUGUGAAAGGCUAUUUCUGU [SEQ ID NO: 55].
[00146] LNCRNA_485_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. ACAGAAAUAGCCUUUCACAG [SEQ ID NO: 56].
[00147] LNCRNA_485_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dG)#(dC) #(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(lC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lG) [SEQ ID NO: 57].
[00148] LNCRNA_485_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(dA)#(dA) #(dT)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(eC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eG) [SEQ ID NO: 58].
[00149] LNCRNA_491_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AAGGCUAUUUCUGUGUUUCC [SEQ ID NO: 59].
[00150] LNCRNA_491_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GGAAACACAGAAAUAGCCUU [SEQ ID NO: 60].
[00151] LNCRNA_491_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dA) #(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(lG)#(lC)#(lC)#(lT)#(lT) [SEQ ID NO: 61].
[00152] LNCRNA_491_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)#(dC)#(dA) #(dC)#(dA)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(eG)#(eC)#(eC)#(eT)#(eT) [SEQ ID NO: 62].
[00153] LNCRNA_499_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUCUGUGUUUCCUGUGUUCA [SEQ ID NO: 63].
[00154] LNCRNA_499_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UGAACACAGGAAACACAGAA [SEQ ID NO: 64].
[00155] LNCRNA_499_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lG)#(lA)#(lA)#(lC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA) #(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 65].
[00156] LNCRNA_499_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eG)#(eA)#(eA)#(eC)#(dA)#(dC) #(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 66].
[00157] LNCRNA_500_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UCUGUGUUUCCUGUGUUCAG [SEQ ID NO: 67].
[00158] LNCRNA_500_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. CUGAACACAGGAAACACAGA [SEQ ID NO: 68].
[00159] LNCRNA_500_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lC)#(lT)#(lG)#(lA)#(lA)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG) #(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 69].
[00160] LNCRNA_500_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eC)#(eT)#(eG)#(eA)#(eA)#(dC)#(dA) #(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 70].
[00161] LNCRNA_517_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CAGACCAAGACAUGCCAUCC [SEQ ID NO: 71].
[00162] LNCRNA_517_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GGAUGGCAUGUCUUGGUCUG [SEQ ID NO: 72].
[00163] LNCRNA_517_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lG)#(lA)#(lT)#(lG)#(dG)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT) #(dC)#(dT)#(dT)#(dG)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)#(lG) [SEQ ID NO: 73].
[00164] LNCRNA_517_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eG)#(eA)#(eT)#(eG)#(dG)#(dC) #(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dT)#(dG)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)#(eG) [SEQ ID NO: 74].
[00165] LNCRNA_527_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CAUGCCAUCCCUGCCUGAUA [SEQ ID NO: 75].
[00166] LNCRNA_527_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UAUCAGGCAGGGAUGGCAUG [SEQ ID NO: 76].
[00167] LNCRNA_527_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lA)#(lT)#(lC)#(lA)#(dG)#(dG)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG) #(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(lG)#(lC)#(lA)#(lT)#(lG) [SEQ ID NO: 77].
[00168] LNCRNA_527_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eA)#(eT)#(eC)#(eA)#(dG)#(dG) #(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(eG)#(eC)#(eA)#(eT)#(eG) [SEQ ID NO: 78].
[00169] LNCRNA_536_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CCUGCCUGAUAAAUGCCCCU [SEQ ID NO: 79].
[00170] LNCRNA_536_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGGGGCAUUUAUCAGGCAGG [SEQ ID NO: 80].
[00171] LNCRNA_536_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lG)#(lG)#(lG)#(dC)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA) #(dT)#(dC)#(dA)#(dG)#(lG)#(lC)#(lA)#(lG)#(lG) [SEQ ID NO: 81].
[00172] LNCRNA_536_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eG)#(eG)#(eG)#(dC)#(dA) #(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dG)#(eG)#(eC)#(eA)#(eG)#(eG) [SEQ ID NO: 82].
[00173] LNCRNA_555_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUUGUGCUGGAAGGGUUCUC [SEQ ID NO: 83].
[00174] LNCRNA_555_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GAGAACCCUUCCAGCACAAA [SEQ ID NO: 84].
[00175] LNCRNA_555_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lA)#(lG)#(lA)#(lA)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC) #(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 85].
[00176] LNCRNA_555_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eA)#(eG)#(eA)#(eA)#(dC)#(dC) #(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 86].
[00177] LNCRNA_556_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUGUGCUGGAAGGGUUCUCA [SEQ ID NO: 87].
[00178] LNCRNA_556_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UGAGAACCCUUCCAGCACAA [SEQ ID NO: 88].
[00179] LNCRNA_556_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lG)#(lA)#(lG)#(lA)#(dA)#(dC)#(dC) #(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(lC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 89].
[00180] LNCRNA_556_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eG)#(eA)#(eG)#(eA)#(dA)#(dC) #(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(eC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 90].
[00181] LNCRNA_569_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. GUUCUCAUAAACCCAUGAGA [SEQ ID NO: 91].
[00182] LNCRNA_569_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UCUCAUGGGUUUAUGAGAAC [SEQ ID NO: 92].
[00183] LNCRNA_569_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lC)#(lT)#(lC)#(lA)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT) #(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(lA)#(lG)#(lA)#(lA)#(lC) [SEQ ID NO: 93].
[00184] LNCRNA_569_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eC)#(eT)#(eC)#(eA)#(dT)#(dG) #(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(eA)#(eG)#(eA)#(eA)#(eC) [SEQ ID NO: 94].
[00185] LNCRNA_571_LNA. Target 20 nt (5'-3') contains the original eRNA sequence that was selected for GapmeR design (20 nucleotides each). UCUCAUAAACCCAUGAGAUG [SEQ ID NO: 95].
[00186] LNCRNA_571_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. CAUCUCAUGGGUUUAUGAGA [SEQ ID NO: 96].
[00187] LNCRNA_571_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lC)#(lA)#(lT)#(lC)#(lT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG) #(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(lT)#(lG)#(lA)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 97].
[00188] LNCRNA_571_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eC)#(eA)#(eT)#(eC)#(eT)#(dC)#(dA) #(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(eT)#(eG)#(eA)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 98].
[00189] LNCRNA_972_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CCUCACAUCCUACCUGAUCU [SEQ ID NO: 99].
[00190] LNCRNA_972_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGAUCAGGUAGGAUGUGAGG [SEQ ID NO: 100].
[00191] LNCRNA_972_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(lC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dT)#(dA)#(dG) #(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lG)#(lG) [SEQ ID NO: 101].
[00192] LNCRNA_972_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(eC)#(dA)#(dG) #(dG)#(dT)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eG)#(eG) [SEQ ID NO: 102].
[00193] LNCRNA_1027_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGUGUAGACAGAGUCUCGCU [SEQ ID NO: 103].
[00194] LNCRNA_1027_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGCGAGACUCUGUCUACACA [SEQ ID NO: 104].
[00195] LNCRNA_1027_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lC)#(lG)#(lA)#(dG)#(dA)#(dC)#(dT)#(dC)#(dT) #(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(lA)#(lC)#(lA)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 105].
[00196] LNCRNA_1027_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eC)#(eG)#(eA)#(dG)#(dA) #(dC)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(eA)#(eC)#(eA)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 106].
[00197] LNCRNA_1207_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUCACCAUGUUGGUCAGCUG [SEQ ID NO: 107].
[00198] LNCRNA_1207_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. CAGCUGACCAACAUGGUGAA [SEQ ID NO: 108].
[00199] LNCRNA_1207_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lC)#(lA)#(lG)#(lC)#(lT)#(dG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dA)#(dA) #(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(lG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 109].
[00200] LNCRNA_1207_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eC)#(eA)#(eG)#(eC)#(eT)#(dG)#(dA) #(dC)#(dC)#(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(eG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 110].
[00201] LNCRNA_1216_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUGGUCAGCUGGUCUUGAAC [SEQ ID NO: 111].
[00202] LNCRNA_1216_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GUUCAAGACCAGCUGACCAA [SEQ ID NO: 112].
[00203] LNCRNA_1216_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lT)#(lT)#(lC)#(lA)#(dA)#(dG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dA) #(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(lA)#(lC)#(lC)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 113].
[00204] LNCRNA_1216_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eT)#(eT)#(eC)#(eA)#(dA)#(dG) #(dA)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(eA)#(eC)#(eC)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 114].
[00205] LNCRNA_1415_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CUUGGACUGGCAUAUUUCAA [SEQ ID NO: 115].
[00206] LNCRNA_1415_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UUGAAAUAUGCCAGUCCAAG [SEQ ID NO: 116].
[00207] LNCRNA_1415_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lT)#(lG)#(lA)#(lA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(dC) #(dC)#(dA)#(dG)#(dT)#(lC)#(lC)#(lA)#(lA)#(lG) [SEQ ID NO: 117].
[00208] LNCRNA_1415_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eT)#(eG)#(eA)#(eA)#(dA)#(dT)#(dA) #(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dT)#(eC)#(eC)#(eA)#(eA)#(eG) [SEQ ID NO: 118].
[00209] LNCRNA_1421_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CUGGCAUAUUUCAACUUCCA [SEQ ID NO: 119].
[00210] LNCRNA_1421_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UGGAAGUUGAAAUAUGCCAG [SEQ ID NO: 120].
[00211] LNCRNA_1421_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA) #(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(lG)#(lC)#(lC)#(lA)#(lG) [SEQ ID NO: 121].
[00212] LNCRNA_1421_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(dG)#(dT) #(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(eG)#(eC)#(eC)#(eA)#(eG) [SEQ ID NO: 122].
[00213] LNCRNA_1422_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGGCAUAUUUCAACUUCCAA [SEQ ID NO: 123].
[00214] LNCRNA_1422_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UUGGAAGUUGAAAUAUGCCA [SEQ ID NO: 124].
[00215] LNCRNA_1422_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lT)#(lG)#(lG)#(lA)#(dA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(dA) #(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(lT)#(lG)#(lC)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 125].
[00216] LNCRNA_1422_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eT)#(eG)#(eG)#(eA)#(dA)#(dG) #(dT)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(eT)#(eG)#(eC)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 126].
[00217] LNCRNA_1427_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UAUUUCAACUUCCAAAUUUU [SEQ ID NO: 127].
[00218] LNCRNA_1427_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAAAUUUGGAAGUUGAAAUA [SEQ ID NO: 128].
[00219] LNCRNA_1427_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lA)#(lA)#(lT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA) #(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(lA)#(lA)#(lA)#(lT)#(lA) [SEQ ID NO: 129].
[00220] LNCRNA_1427_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eA)#(eA)#(eT)#(dT)#(dT)#(dG) #(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(eA)#(eA)#(eA)#(eT)#(eA) [SEQ ID NO: 130].
[00221] LNCRNA_1445_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUUCCUAUAGGCUUCAGUUA [SEQ ID NO: 131].
[00222] LNCRNA_1445_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UAACUGAAGCCUAUAGGAAA [SEQ ID NO: 132].
[00223] LNCRNA_1445_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lA)#(lA)#(lC)#(lT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC) #(dT)#(dA)#(dT)#(dA)#(lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 133].
[00224] LNCRNA_1445_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eA)#(eA)#(eC)#(eT)#(dG)#(dA)#(dA) #(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(dT)#(dA)#(eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 134].
[00225] LNCRNA_1447_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UCCUAUAGGCUUCAGUUAAA [SEQ ID NO: 135].
[00226] LNCRNA_1447_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UUUAACUGAAGCCUAUAGGA [SEQ ID NO: 136].
[00227] LNCRNA_1447_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lT)#(lT)#(lA)#(lA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG) #(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(lT)#(lA)#(lG)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 137].
[00228] LNCRNA_1447_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eT)#(eT)#(eA)#(eA)#(dC)#(dT)#(dG) #(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(eT)#(eA)#(eG)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 138].
[00229] LNCRNA_1460_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AGUUAAAAGGAAGGAAUAGA [SEQ ID NO: 139].
[00230] LNCRNA_1460_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UCUAUUCCUUCCUUUUAACU [SEQ ID NO: 140].
[00231] LNCRNA_1460_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lC)#(lT)#(lA)#(lT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC) #(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(lT)#(lA)#(lA)#(lC)#(lT) [SEQ ID NO: 141].
[00232] LNCRNA_1460_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eC)#(eT)#(eA)#(eT)#(dT)#(dC)#(dC) #(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(eT)#(eA)#(eA)#(eC)#(eT) [SEQ ID NO: 142].
[00233] LNCRNA_1488_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUCGCCACCAAAGCAAGACU [SEQ ID NO: 143].
[00234] LNCRNA_1488_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGUCUUGCUUUGGUGGCGAA [SEQ ID NO: 144].
[00235] LNCRNA_1488_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)#(dT)#(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT) #(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(lG)#(lC)#(lG)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 145].
[00236] LNCRNA_1488_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)#(dT)#(dG)#(dC) #(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(eG)#(eC)#(eG)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 146].
[00237] LNCRNA_1532_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AGCUGUGGAAACCAGCGUUU [SEQ ID NO: 147].
[00238] LNCRNA_1532_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAACGCUGGUUUCCACAGCU [SEQ ID NO: 148].
[00239] LNCRNA_1532_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lA)#(lC)#(lG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT) #(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lC)#(lT) [SEQ ID NO: 149].
[00240] LNCRNA_1532_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eA)#(eC)#(eG)#(dC)#(dT) #(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eC)#(eT) [SEQ ID NO: 150].
[00241] LNCRNA_1664_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. CUCUGCAAAUAAGGUCGUCU [SEQ ID NO: 151].
[00242] LNCRNA_1664_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGACGACCUUAUUUGCAGAG [SEQ ID NO: 152].
[00243] LNCRNA_1664_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lA)#(lC)#(lG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dA) #(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(lG) [SEQ ID NO: 153].
[00244] LNCRNA_1664_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eA)#(eC)#(eG)#(dA)#(dC) #(dC)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(eG) [SEQ ID NO: 154].
[00245] LNCRNA_1683_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGGGACCCCUGCUUUUCAAG [SEQ ID NO: 155].
[00246] LNCRNA_1683_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. CUUGAAAAGCAGGGGUCCCA [SEQ ID NO: 156].
[00247] LNCRNA_1683_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lC)#(lT)#(lT)#(lG)#(lA)#(dA)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dA) #(dG)#(dG)#(dG)#(dG)#(lT)#(lC)#(lC)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 157].
[00248] LNCRNA_1683_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eC)#(eT)#(eT)#(eG)#(eA)#(dA)#(dA)#(dA) #(dG)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dG)#(eT)#(eC)#(eC)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 158].
[00249] LNCRNA_1695_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUUUCAAGGUUAUUGUCCCA [SEQ ID NO: 159].
[00250] LNCRNA_1695_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. UGGGACAAUAACCUUGAAAA [SEQ ID NO: 160].
[00251] LNCRNA_1695_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lG)#(lG)#(lG)#(lA)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dA) #(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 161].
[00252] LNCRNA_1695_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eG)#(eG)#(eG)#(eA)#(dC)#(dA) #(dA)#(dT)#(dA)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 162].
[00253] LNCRNA_1706_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AUUGUCCCAGAUGAUGUAUC [SEQ ID NO: 163].
[00254] LNCRNA_1706_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GAUACAUCAUCUGGGACAAU [SEQ ID NO: 164].
[00255] LNCRNA_1706_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lA)#(lT)#(lA)#(lC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC) #(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA)#(lT) [SEQ ID NO: 165].
[00256] LNCRNA_1706_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eA)#(eT)#(eA)#(eC)#(dA)#(dT) #(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA)#(eT) [SEQ ID NO: 166].
[00257] LNCRNA_1707_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UUGUCCCAGAUGAUGUAUCU [SEQ ID NO: 167].
[00258] LNCRNA_1707_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AGAUACAUCAUCUGGGACAA [SEQ ID NO: 168].
[00259] LNCRNA_1707_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(lA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT) #(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(lG)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA) [SEQ ID NO: 169].
[00260] LNCRNA_1707_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(eA)#(dC)#(dA)#(dT) #(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(eG)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA) [SEQ ID NO: 170].
[00261] LNCRNA_1708_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UGUCCCAGAUGAUGUAUCUU [SEQ ID NO: 171].
[00262] LNCRNA_1708_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAGAUACAUCAUCUGGGACA [SEQ ID NO: 172].
[00263] LNCRNA_1708_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA) #(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(lG)#(lG)#(lA)#(lC)#(lA) [SEQ ID NO: 173].
[00264] LNCRNA_1708_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(dA)#(dC) #(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(eG)#(eG)#(eA)#(eC)#(eA) [SEQ ID NO: 174].
[00265] LNCRNA_1709_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. GUCCCAGAUGAUGUAUCUUU [SEQ ID NO: 175].
[00266] LNCRNA_1709_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAAGAUACAUCAUCUGGGAC [SEQ ID NO: 176].
[00267] LNCRNA_1709_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lA)#(lG)#(lA)#(dT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT) #(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(lG)#(lG)#(lG)#(lA)#(lC) [SEQ ID NO: 177].
[00268] LNCRNA_1709_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eA)#(eG)#(eA)#(dT)#(dA) #(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(eG)#(eG)#(eG)#(eA)#(eC) [SEQ ID NO: 178].
[00269] LNCRNA_1710_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. UCCCAGAUGAUGUAUCUUUU [SEQ ID NO: 179].
[00270] LNCRNA_1710_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. AAAAGAUACAUCAUCUGGGA [SEQ ID NO: 180].
[00271] LNCRNA_1710_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lA)#(lA)#(lA)#(lA)#(lG)#(dA)#(dT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT) #(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(lT)#(lG)#(lG)#(lG)#(lA) [SEQ ID NO: 181].
[00272] LNCRNA_1710_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eA)#(eA)#(eA)#(eA)#(eG)#(dA)#(dT)#(dA) #(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(eT)#(eG)#(eG)#(eG)#(eA) [SEQ ID NO: 182].
[00273] LNCRNA_1775_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. AGUGCAGUGGCAAAAUUUCC [SEQ ID NO: 183].
[00274] LNCRNA_1775_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. GGAAAUUUUGCCACUGCACU [SEQ ID NO: 184].
[00275] LNCRNA_1775_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dC) #(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(lG)#(lC)#(lA)#(lC)#(lT) [SEQ ID NO: 185].
[00276] LNCRNA_1775_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)#(dT)#(dT)#(dT) #(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(eG)#(eC)#(eA)#(eC)#(eT) [SEQ ID NO: 186].
[00277] LNCRNA_1783_LNA. 표적 20개 nt(5'-3')는 GapmeR 설계를 위해 선택된 원래의 eRNA 서열(각각 20개 뉴클레오티드)을 함유한다. GGCAAAAUUUCCACCCGCUG [SEQ ID NO: 187].
[00278] LNCRNA_1783_LNA. AS 서열(5'-3')은 상기 eRNA 영역을 표적화하는 안티센스 서열을 함유한다. 안티센스 서열은 RNA 뉴클레오티드로서 제공된다. CAGCGGGUGGAAAUUUUGCC [SEQ ID NO: 188].
[00279] LNCRNA_1783_LNA. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lC)#(lA)#(lG)#(lC)#(lG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(dG) #(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(lT)#(lT)#(lG)#(lC)#(lC) [SEQ ID NO: 189].
[00280] LNCRNA_1783_LNA. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eC)#(eA)#(eG)#(eC)#(eG)#(dG)#(dG) #(dT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(eT)#(eT)#(eG)#(eC)#(eC) [SEQ ID NO: 190].
[00281] MALAT1. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lG)#(lG)#(lG)#(lT)#(lC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dA) #(dT)#(lG)#(lC)#(lT)#(lA)#(lG) [SEQ ID NO: 191].
[00282] MALAT1. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eG)#(eG)#(eG)#(eT)#(eC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dC) #(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(eG)#(eC)#(eT)#(eA)#(eG) [SEQ ID NO: 192].
[00283] NTC_LNAGapmer. 5-10-5 LNA GapmeR은 (5) LNA 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) LNA 서열의 구조적 순서로 LNA GapmeR 서열을 함유한다. (lT)#(lA)#(lA)#(lT)#(lC)#(dG)#(dT)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT) #(dG)#(dT)#(dC)#(dA)#(lA)#(lT)#(lC)#(lA)#(lT) [SEQ ID NO: 193].
[00284] NTC_LNAGapmer. 5-10-5 MOE GapmeR은 (5) 2'MOE 서열, 이어서 (10) DNA 서열 및 마지막으로 (5) 2'MOE 서열의 구조적 순서로 2' MOE GapmeR 서열을 함유한다. (eT)#(eA)#(eA)#(eT)#(eC)#(dG)#(dT)#(dA) #(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dA)#(eA)#(eT)#(eC)#(eA)#(eT) [SEQ ID NO: 194].
구체예의 목록
[00285] 원발성 뇌종양의 치료를 위해 인핸서 RNA를 표적화하는 특정 조성물 및 방법이 기재되어 있다. 본 명세서의 상세한 설명은 예시적이며 제한적이거나 배타적이지 않다. 상세한 설명은 본 개시를 개시된 정확한 형태로 제한하려는 것이 아니다. 분자 신경생물학 분야의 당업자가 인지하는 바와 같이, 이미 기재된 것 이외의 다른 등가물 및 변형은 본 명세서에 기재된 본 발명의 개념을 벗어남이 없이 가능하다. 명세서 또는 청구항이 방법 단계 또는 기능을 순서대로 언급할 때, 대안적인 구체예는 기능을 상이한 순서로 또는 실질적으로 동시에 수행할 수 있다. 따라서, 본 발명의 주제는 본 개시내용의 사상을 제외하고는 제한되지 않는다.
[00286] 본 개시내용을 해석함에 있어서, 모든 용어는 문맥과 일치하는 가능한 가장 넓은 방식으로 해석되어야 한다. 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 분자 신경생물학 분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 본 발명은 본 명세서에 기재된 특정 방법, 프로토콜, 시약 등으로 제한되지 않으며, 따라서 실제로 달라질 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어는 특허청구범위에 의해서만 정의되는 본 발명의 범위를 제한하려는 것이 아니다.
[00287] 용어 "포함하다" 및 "포함하는"은 배타적이지 않은 방식으로 요소, 성분 또는 단계를 언급하는 것으로 해석되어야 하며, 이는 언급된 요소, 성분 또는 단계가 다른 요소, 성분 또는 단계와 함께 존재하거나, 이용되거나, 조합될 수 있음을 나타낸다. 단수 형태("a', "an" 및 "the")의 사용은 문맥이 달리 지시하지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다. 유사하게, 단어 "또는"은 문맥이 달리 지시하지 않는 한 "및"을 포함해야한다. 약어 "예"는 비제한적인 예를 나타내기 위해 사용되며 용어 "예를 들어"와 동의어이다.
[00288] 값의 범위가 제공되는 경우, 문맥이 달리 명시하지 않는 한, 해당 범위의 상한 및 하한과 해당 값 범위의 임의의 다른 명시된 값 또는 중간 값 사이의 각 개입 값을 하한 단위의 10분의 1까지이다.
[00289] 기재된 기술의 일부 구체예는 하기 번호가 매겨진 단락에 따라 정의될 수 있다:
[00290] 1. 뇌종양의 치료에 사용하기 위한 본 특허 명세서에 개시된 GapmeR.
[00291] 2. 원발성 뇌종양의 치료에 사용하기 위한 본 특허 명세서에 개시된 GapmeR.
[00292] 3. 원발성 뇌종양의 치료를 위해 특정 shRNA를 보유하는 합성 올리고뉴클레오티드 또는 렌티바이러스를 사용하여 인핸서 RNA(eRNA)를 표적화하는 방법.
[00293] 4. 구체예 3에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 합성 RNA 올리고뉴클레오티드인, 방법.
[00294] 5. 신경교종 줄기 세포에서 특이적으로 발현되고 발현이 교모세포종을 갖는 환자의 감소된 생존과 상관관계가 있는 인핸서 RNA(eRNA)와 혼성화되는 합성 올리고뉴클레오티드.
[00295] 6. 구체예 5에 있어서, eRNA가 eTMEM88b, eRTP5 및 eNINJ1로 구성된 군으로부터 선택되는, 합성 올리고뉴클레오티드.
[00296] 7. 신경교종 줄기 세포 eRNA의 발현을 녹아웃시키기 위해 합성 올리고뉴클레오티드를 사용하여 신경교종을 치료하는 방법.
[00297] 8. 구체예 5에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 분해에 내성인, 방법.
[00298] 9. 구체예 5에 있어서, 투여가 전신 또는 경막내 투여인, 방법.
[00299] 10. eRNA를 표적화하고 발현을 억제하는 shRNA를 전달하는 바이러스 벡터.
[00300] 11. 구체예 8에 있어서, 바이러스 벡터가 렌티바이러스인, 바이러스 벡터.
인용 목록
[00301] 분자 신경생물학 분야의 당업자는 본 발명을 만들고 사용할 때 예측 가능한 결과에 대한 지침으로서 이들 특허, 특허 출원 및 과학 참고문헌을 사용할 수 있다.
[00302] [U.S. Pat. No. 10,160,977 B2 (Hnisz et al.), Super-enhancers and methods of use.] 이 특허는 세포 정체성, 예를 들어 배아 줄기 세포 정체성의 유지 또는 질병 상태(예를 들어 암)의 유지에 필요한 세포 유형-특이적 유전자의 발현을 조절하는 데 유용한, 수퍼 인핸서 및 관련 조성물, 방법 및 제제를 개시한다.
[00303] [U.S. Pat. Publ. 2015/0337376 A1 (Saint-Andre et al.), Core transcriptional circuitry in human cells and methods of use.] 이 특허 공보는 세포 또는 조직의 핵심 조절 회로 또는 세포 정체성 프로그램을 확인하기 위한 방법을 개시한다. 이 특허 공보는 또한 상기 방법을 사용하여 확인된 핵심 조절 회로 또는 세포 동일성 프로그램을 포함하는 진단, 스크리닝, 및 치료의 관련 방법을 개시한다.
[00304] [U.S. Pat. Publ. 2019/0062752 A1 (Young et al.), Transcription factor trapping by RNA in gene regulatory elements.] 이 특허 공보는 표적 유전자의 적어도 하나의 조절 요소로부터 전사된 리보핵산(RNA)과 RNA 및 조절 요소 둘 모두에 결합하는 전사 인자 사이의 결합을 조절함으로써 표적 유전자의 발현을 조절하는데 유용한 방법을 개시한다. 이 특허 공보는 또한 적어도 하나의 조절 요소로부터 전사된 RNA와 RNA 및 조절 요소에 결합하는 전사 인자 사이의 결합을 방해하는 제제를 확인하기 위한 방법 및 검정을 개시한다. 이 특허 공보는 축합물 형성, 조성, 유지, 용해, 및 조절을 조절함으로써 유전자 조절을 조절하기 위한 조성물 및 방법을 추가로 개시한다.
[00305] [PCT Pat. Publ. WO 2019/183552 A2 (Whitehead Institute for Biomedical Research), Methods and assays for modulating gene transcription by modulating condensates.] 이 특허 공보는 축합물 형성, 조성, 유지, 용해, 및 조절을 조절함으로써 유전자 조절을 조절하기 위한 조성물 및 방법을 개시한다.
[00306] [Arnold et al., Diversity and emerging roles of enhancer RNA in regulation of gene expression and cell fate. Front. Cell Dev. Biol., 7, 377 (2019)]. eRNA의 녹다운은 이들 각각의 인핸서 영역의 접근성을 감소시키는 것으로 나타났으며, 이는 개방 염색질을 생성 또는 유지하는데 있어서 eRNA의 역할을 시사한다.
[00307] [Bao et al., Glioma stem cells promote radioresistance by preferential activation of the DNA damage response. Nature, 444(7120), 756-60 (2006).] 신경교종 줄기 세포는 치료 내성 및 종양 재발에 기여하는 것으로 알려진 다형성 교모세포종에서 세포의 서브세트이다. 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00308] [Ben-Porath et al., An embryonic stem cell-like gene expression signature in poorly differentiated aggressive human tumors. Nature Genetics, 40, 499-507 (2008).]
[00309] [Bhaskar et al., Multifunctional Nanocarriers for diagnostics, drug delivery and targeted treatment across blood-brain barrier: perspectives on tracking and neuroimaging. Part Fibre Toxicol., 7, 3 (2010)] 핵산을 포함하는 치료 분자의 중추 신경계 및 뇌종양으로의 전달은 혈액-뇌 장벽에 의해 억제되며, 이는 혈액-뇌 장벽을 가로지르는데 높은 지질 용해도 및 < 400-500 달톤의 저분자량을 갖는 작은 부류의 약물 또는 소분자만을 허용한다.
[00310] [Bier et al., MicroRNA-137 is downregulated in glioblastoma and inhibits the stemness of glioma stem cells by targeting RTVP-1. Oncotarget, 4(5), 665-76 (2013).] 다형성 교모세포종에서, 여러 miRNA 및 lncRNA는 질병 진행 및 신경교종 줄기 세포 성장 및 재생에 기인하였다.
[00311] [Blinka et al., Identification of transcribed enhancers by genome-wide chromatin immunoprecipitation sequencing. Methods Mol. Biol., 1468, 91-109 (2017).] 이 공보는 mRNA 생산과의 중첩을 제거하기 위한 방법을 개시하였다.
[00312] [Bolzer et al., Three-dimensional maps of all chromosomes in human male fibroblast nuclei and prometaphase rosettes. PLoS Biology, 3(5), e157 (2005).] 고차 진핵생물 게놈 기능적 아크텍처 구조 및 이들의 관련된 아핵 구획은 분자 신경생물학 분야의 당업자에게 DNA 전사를 포함하는 핵 활성의 많은 양태에 기여하는 핵심 성분으로서 인지된다.
[00313] [Bose et al., RNA Binding to CBP Stimulates Histone Acetylation and Transcription. Cell. 2017;168(1-2):135-49 e22.]
[00314] [Ceccarelli et al., Molecular profiling reveals biologically discrete subsets and pathways of progression in diffuse glioma. Cell. 2016;164(3):550-63.]
[00315] [Chen et al., A restricted cell population propagates glioblastoma growth after chemotherapy. Nature, 488(7412), 522-6 (2012).] 신경교종 줄기 세포는 치료 내성 및 종양 재발에 기여하는 것으로 알려진 다형성 교모세포종에서 세포의 서브세트이다. 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00316] [Cinghu et al., Intragenic enhancers attenuate host gene expression. Mol Cell., 68(1), 104-17 e6 (2017).] 대부분의 eRNA는 핵질 또는 세포질에 유리되기보다는 염색질-회합된다.
[00317] [Cohen et al., IDH1 and IDH2 mutations in gliomas. Curr. Neurol. Neurosci. Rep., 13(5), 345 (2013).] 종양 분류는 이소시트레이트 데하이드로게나제(IDH) 유전자의 상태를 기반으로 하였다.
[00318] [Combs et al., Prognostic significance of IDH-1 and MGMT in patients with glioblastoma: one step forward, and one step back? Radiat. Oncol., 6, 115 (2011).] 종양 분류는 이소시트레이트 데하이드로게나제(IDH) 유전자의 상태를 기반으로 하였다.
[00319] [Creyghton et al., Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 107(50), 21931-21936 (2010).] eRNA는 전사의 직접 및 간접 조절을 통해 특정 악성종양을 촉진하는 것과 관련이 있다. eRNA는 전립선암을 포함하는 상이한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00320] [De Santa et al., A large fraction of extragenic RNA pol II transcription sites overlap enhancers. PLoS Biol., 8(5), e1000384 (2010).] 인핸서 RNA(eRNA)로 불리는 인핸서 영역으로부터 생산된 비-코딩 RNA의 부류는 유전자 발현을 조절할 수 있다.
[00321] [Ding et al., Enhancer RNA - P2RY2e induced by estrogen promotes malignant behaviors of bladder cancer. Int. J. Biol. Sci., 14(10), 1268-76 (2018).] eRNA는 전사의 직접 및 간접 조절을 통해 특정 악성종양을 촉진하는 것과 관련이 있다. eRNA는 방광암을 포함하는 다양한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00322] [Felsberg et al., Prognostic significance of molecular markers and extent of resection in primary glioblastoma patients. Clin. Cancer Res., 15(21), 6683-93 (2009).] 종양 분류는 O6-메틸구아닌-DNA 메틸트랜스퍼라제(MGMT) 프로모터의 메틸화 상태를 기반으로 하였다.
[00323] [Feng et al., Methods for the study of long non-coding RNA in cancer cell signaling. Methods Mol. Biol., 1165, 115-43 (2014).] 이 공보는 다형성 교모세포종의 서브타입 분류를 설명한다.
[00324] [Francastel et al., Nuclear compartmentalization and gene activity. Nature Review Mol. Cell. Biol. 1(2), 137-43 (2000).] 진핵생물 게놈은 기능적 아키텍처로 구성된다.
[00325] [Godinho et al., Transvascular delivery of hydrophobically modified siRNAs: Gene silencing in the rat brain upon disruption of the blood-brain barrier. Mol. Ther., 26(11), 2580-91 (2018).] 핵산 변형 및 약물 담체는 치료 분자를 중추 신경계로 전달하기 위해 개발 중이다.
[00326] [Grondin et al., Chronic, controlled GDNF infusion promotes structural and functional recovery in advanced parkinsonian monkeys. Brain, 125(Pt 10), 2191-201 (2002). Intraventricular delivery of therapeutics via pumps.]
[00327] [Han et al., Interfering with long non-coding RNA MIR22HG processing inhibits glioblastoma progression through suppression of Wnt/beta-catenin signalling. Brain 143(2), 512-30 (2020).] 다형성 교모세포종에서, 여러 miRNA 및 lncRNA는 질병 진행 및 신경교종 줄기 세포 성장 및 재생에 기인하였다.
[00328] [Hu & Smyth, ELDA: extreme limiting dilution analysis for comparing depleted and enriched populations in stem cell and other assays. J. Immunol. Methods, 347(1-2), 70-78 (2009).] 시험관내 극한 한계 희석 분석(ELDA)은 자가-재생 능력을 결정하기 위해 널리 사용되는 방법이다.
[00329] [Jin et al., Targeting glioma stem cells through combined BMI1 and EZH2 inhibition. Nature Medicine, 23, 1352-1361 (2017).]
[00330] [Johnson et al., Mutational analysis reveals the origin and therapy-driven evolution of recurrent glioma. Science, 343(6167), 189-93 (2014).] 신경교종 줄기 세포는 치료 내성 및 종양 재발에 기여하는 것으로 알려진 다형성 교모세포종에서 세포의 서브세트이다. 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00331] [Kaikkonen et al., Remodeling of the enhancer landscape during macrophage activation is coupled to enhancer transcription. Mol Cell. 2013;51(3):310-25.] 과학 문헌은 세포 활성화 및 분화 활성에 필수적인 인핸서로부터의 eRNA가 전형적으로 중요한 염색질 리모델링 사건 전에 합성됨을 보여주었다.
[00332] [Karavelis et al., Intraventricular administration of morphine for control of intractable cancer pain in 90 patients. Neurosurgery, 39(1), 57-61 (1996), discussion -2. Intraventricular delivery of therapeutics via pumps.]
[00333] [Kim et al., Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers. Nature, 465(7295), 182-7 (2010).] 인핸서 RNA로 불리는 인핸서 영역으로부터 생산된 비-코딩 RNA의 부류는 유전자 발현을 조절할 수 있다. eRNA는 뉴런 세포를 포함하는 상이한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00334] [Kloosterhof et al., Isocitrate dehydrogenase-1 mutations: a fundamentally new understanding of diffuse glioma? Lancet Oncol., 12(1), 83-91 (2011).]
[00335] [Lai et al., Activating RNAs associate with Mediator to enhance chromatin architecture and transcription. Nature. 2013;494(7438):497-501.]
[00336] [Lam et al., Rev-Erbs repress macrophage gene expression by inhibiting enhancer-directed transcription. Nature, 498(7455), 511-5 (2013).] eRNA는 전사의 직접 및 간접 조절을 통해 특정 악성종양을 촉진하는 것과 관련이 있다. eRNA는 대식세포를 포함하는 상이한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00337] [Lathia et al., Cancer stem cells in glioblastoma. Genes Dev., 29(12), 1203-17 (2015).] 신경교종 줄기 세포는 치료 내성 및 종양 재발에 기여하는 것으로 알려진 다형성 교모세포종에서 세포의 서브세트이다. 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00338] [Lausen & Schumacher. Maximally Selected Rank Statistics for Dose-Response Problems. Biometrical Journal, 44, 131-47 (2002).] 이 간행물은 표준화된 로그-순위 통계 및 최대 선택된 순위 통계에 대한 방법을 개시하였다.
[00339] [Lee et al., Human glioblastoma arises from subventricular zone cells with low-level driver mutations. Nature, 560(7717), 243-7 (2018).] 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00340] [Lee et al., Tumor stem cells derived from glioblastomas cultured in bFGF and EGF more closely mirror the phenotype and genotype of primary tumors than do serum-cultured cell lines. Cancer Cell, 9, 391-403 (2006).]
[00341] [Li et al., Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives. Nat Rev Genet. 2016;17(4):207-23.] eRNA는 뉴론 세포를 포함하는 다양한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00342] [Li et al., Functional roles of enhancer RNAs for oestrogen-dependent transcriptional activation. Nature, 498(7455), 516-20 (2013).] eRNA는 전사의 직접 및 간접 조절을 통해 특정 악성종양을 촉진하는 것과 관련이 있다. eRNA는 유벙암을 포함하는 다양한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00343] [Liu et al., High expression of enhancer RNA MARC1 or its activation by DHT is associated with the malignant behavior in bladder cancer. Exp. Cell Res., 370(2), 303-11 (2018).] eRNA는 전사의 직접 및 간접 조절을 통해 특정 악성종양을 촉진하는 것과 관련이 있다. eRNA는 방광암을 포함하는 다양한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다.
[00344] [Louis et al., The 2016 World Health Organization classification of tumors of the central nervous system: a summary. Acta Neuropathol. 2016;131(6):803-20.]
[00345] [Masoudi et al., MiR-21: A key player in glioblastoma pathogenesis. J. Cell. Biochem., 119(2), 1285-90 (2018).] 마이크로 RNA(miRNA) 및 긴 비-코딩 RNA(lncRNA)는 교모세포종 다형성 뇌종양(GBM)에서 확인되었으며 질환을 촉진시키는 것으로 추측된다.
[00346] [Mazor et al., The lncRNA TP73-AS1 is linked to aggressiveness in glioblastoma and promotes temozolomide resistance in glioblastoma cancer stem cells. Cell Death Dis., 10(3), 246 (2019).] 다형성 교모세포종에서, 여러 miRNA 및 lncRNA는 질병 진행 및 신경교종 줄기 세포 성장 및 재생에 기인하였다.
[00347] [Misteli, Beyond the sequence: cellular organization of genome function. Cell, 128(4), 787-800 (2007).] 고차 진핵생물 게놈 기능적 아크텍처 구조 및 이들의 관련된 아핵 구획은 분자 신경생물학 분야의 당업자에게 DNA 전사를 포함하는 핵 활성의 많은 양태에 기여하는 핵심 성분으로서 인지된다.
[00348] [Mizoguchi et al., Clinical implications of microRNAs in human glioblastoma. Front. Oncol. 3, 19 (2013).] 마이크로 RNA(miRNA) 및 긴 비-코딩 RNA(lncRNA)는 교모세포종 다형성 뇌종양(GBM)에서 확인되었으며 질환을 촉진시키는 것으로 추측된다.
[00349] [Morton et al., Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell, 179(6), 1330-41 e13 (2019).] 다형성 교모세포종 및 신경교종 줄기 세포에서 eRNA의 존재에 대한 증거가 있지만, 질병에 대한 이들의 기능적 의미는 공개되지 않았다.
[00350] [Mousavi et al., eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci. Mol Cell., 51(5), 606-17 (2013).] eRNA의 녹다운은 이들 각각의 인핸서 영역의 접근성을 감소시키는 것으로 나타났으며, 이는 개방 염색질을 생성 또는 유지하는데 있어서 eRNA의 역할을 시사한다.
[00351] [Parsons et al., An integrated genomic analysis of human glioblastoma multiforme. Science. 2008;321(5897):1807-12.]
[00352] [Patel et al., Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma. Science, 344(6190), 1396-401 (2014).] 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00353] [Pesenti et al., The genetic landscape of human glioblastoma and matched primary cancer stem cells reveals intratumour similarity and intertumour heterogeneity. Stem Cells Int., 2617030 (2019).] 신경교종 줄기 세포는 종양 미세환경의 영향 하에 증가된 표현형 가소성(좀 더 분화된 표현형으로의 줄기 및 다시 줄기 세포로의 역분화 사이의 전환)을 나타내고 치료적 개입에 대한 내성을 담당하는 것으로 보인다.
[00354] [Rahnamoun et al., RNAs interact with BRD4 to promote enhanced chromatin engagement and transcription activation. Nat Struct Mol Biol. 2018;25(8):687-97.]
[00355] [Rynkeviciene et al., Non-coding RNAs in glioma. Cancers (Basel). 11(1) (2018).] 마이크로 RNA(miRNA) 및 긴 비-코딩 RNA(lncRNA)는 교모세포종 다형성 뇌종양(GBM)에서 확인되었으며 질환을 촉진시키는 것으로 추측된다.
[00356] [Schumacher, BLaM. Maximally selected rank statistics. International Biometric Society, 48(1), 73-85 (1992).] 이 간행물은 방법을 개시한다.
[00357] [Shii et al., SERPINB2 is regulated by dynamic interactions with pause-release proteins and enhancer RNAs. Molecular Immunology, 88, 20-31 (2017).] 대부분의 eRNA는 핵질 또는 세포질에 유리되기보다는 염색질-회합된다.
[00358] [Singh et al., Identification of a cancer stem cell in human brain tumors. Cancer Res., 63, 5821-5828 (2003).]
[00359] [Singh, et al., Identification of human brain tumour initiating cells. Nature 432, 396-401 (2004).]
[00360] [SongTao et al., IDH mutations predict longer survival and response to temozolomide in secondary glioblastoma. Cancer Sci. 2012;103(2):269-73.]
[00361] [Soni et al., CD24 and nanog expression in stem cells in glioblastoma: Correlation with response to chemoradiation and overall survival. Asian Pac. J. Cancer Prev., 18, 2215-2219 (2017).]
[00362] [Southwell et al., Antisense oligonucleotide therapeutics for inherited neurodegenerative diseases, Trends in Molecular Medicine November, Vol. 18, No. 11 (2012).]
[00363] [Souweidane et al., Convection-enhanced delivery for diffuse intrinsic pontine glioma: a single-centre, dose-escalation, phase 1 trial. The Lancet Oncology, 19(8), 1040-50 (2018). Convection enhanced delivery to brain parenchyma for drugs.]
[00364] [Stein et al., Efficient gene silencing by delivery of locked nucleic acid antisense oligonucleotides, unassisted by transfection reagents. Nucleic Acids Res., 38(1), e3 (2010).] GapmeR을 사용한 억제는 짐노시스(gymnosis)라고 불리는 직접적인 세포 흡수 방법을 포함하였다.
[00365] [Stupp & Weber, The role of radio- and chemotherapy in glioblastoma. Onkologie, 28, 315-317 (2005).]
[00366] [Stupp et al., Radiotherapy plus concomitant and adjuvant temozolomide for glioblastoma. N. Engl. J. Med., 352(10), 987-96 (2005).] 표준 치료는 수술, 이어서 조합 방사선요법 및 화학요법을 포함한다. 통상적인 GBM 요법이 일부 환자에게 유리하였으나, 평균 종양 재발 시간은 7개월이다.
[00367] [Thakkar et al., Epidemiologic and molecular prognostic review of glioblastoma. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev., 23(10), 1985-96 (2014).] 다형성 교모세포종은 종양간 및 종양내 이질성이 높고 예후가 불량한 공격적인 뇌 종양이다
[00368] [Tsai et al., A muscle-specific enhancer RNA mediates cohesin recruitment and regulates transcription in trans. Mol. Cell, 71(1), 129-41 e8 (2018).] eRNA는 전사의 직접 및 간접 조절을 통해 특정 악성종양을 촉진하는 것과 관련이 있다. eRNA는 근육 세포를 포함하는 상이한 세포 및 세포 상태와 관련이 있다. eRNA의 녹다운은 이들 각각의 인핸서 영역의 접근성을 감소시키는 것으로 나타났으며, 이는 개방 염색질을 생성 또는 유지하는데 있어서 eRNA의 역할을 시사한다.
[00369] [Vecera et al., Long non-coding RNAs in gliomas: From molecular pathology to diagnostic biomarkers and therapeutic targets. Int. J. Mol. Sci., 19(9) (2018).] 마이크로 RNA(miRNA) 및 긴 비-코딩 RNA(lncRNA)는 교모세포종 다형성 뇌종양(GBM)에서 확인되었으며 질환을 촉진시키는 것으로 추측된다.
[00370] [Verhaak et al., Integrated genomic analysis identifies clinically relevant subtypes of glioblastoma characterized by abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1. Cancer Cell, 17(1), 98-110 (2010).] 이 간행물은 다형성 교모세포종을 분류하기 위해 수행된 연구를 설명한다. 이 간행물은 TCGA-기반 Verhaak 분류 체계에 의한 다형성 교모세포종의 서브타입 분류를 기술한다.
[00371] [Wang et al., Tumor evolution of glioma-intrinsic gene expression subtypes associates with immunological changes in the microenvironment. Cancer Cell, 32(1), 42-56 e6 (2017).] 연구는 다형성 교모세포종을 분류하기 위해 수행되었다.
[00372] [Watanabe et al., IDH1 mutations are early events in the development of astrocytomas and oligodendrogliomas. Am J Pathol. 2009;174(4):1149-53.]
[00373] [Weller et al., Molecular predictors of progression-free and overall survival in patients with newly diagnosed glioblastoma: a prospective translational study of the German Glioma Network. J. Clin. Oncol., 27(34), 5743-50 (2009).] 표준 치료는 수술, 이어서 조합 방사선요법 및 화학요법을 포함한다. 통상적인 GBM 요법이 일부 환자에게 유리하였으나, 평균 종양 재발 시간은 7개월이다.
[00374] [Yan et al., IDH1 and IDH2 mutations in gliomas. N. Engl. J. Med., 360(8), 765-73 (2009).]
[00375] [Zepecki et al., Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor. Oncogene (2018).] 시험관내 극한 한계 희석 분석(ELDA)은 자가-재생 능력을 결정하기 위해 널리 사용되는 방법이다.
[00376] [Zhang et al., Transcriptional landscape and clinical utility of enhancer RNAs for eRNA-targeted therapy in cancer. Nature Communications, 10(1), 4562 (2019).] 다형성 교모세포종 및 신경교종 줄기 세포에서 eRNA의 존재에 대한 증거가 있지만, 질병에 대한 이들의 기능적 의미는 공개되지 않았다.
[00377] [Zhao et al., MicroRNA-153 is tumor suppressive in glioblastoma stem cells. Mol. Biol. Rep., 40(4), 2789-98 (2013).] 다형성 교모세포종에서, 여러 miRNA 및 lncRNA는 질병 진행 및 신경교종 줄기 세포 성장 및 재생에 기인하였다.
[00378] [Zhao et al., Targeted shRNA-loaded liposome complex combined with focused ultrasound for blood brain barrier disruption and suppressing glioma growth. Cancer Lett., 418, 147-58 (2018).] 핵산 변형 및 약물 담체는 치료 분자를 중추 신경계로 전달하기 위해 개발 중이다.
[00379] [Paddison et al., Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells. Genes & Development, 16(8), 948-58 (April 2002).]
[00380] [Brummelkamp et al., A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells. Science, 296(5567), 550-3 (April 2002).]
[00381] [Crooke et al., Antisense technology: an overview and prospectus. Nature Reviews Drug Discovery, 1-27 (March 24, 2021).]
[00382] [Current Protocols in Immunology (CPI) (2003). John E. Coligan, ADA M Kruisbeek, David H Margulies, Ethan M Shevach, Warren Strobe, (eds.) John Wiley and Sons, Inc.]
[00383] [Current Protocols in Molecular Biology (CPMB), (2014). Frederick M. Ausubel (ed.), John Wiley and Sons.]
[00384] [Current Protocols in Protein Science (CPPS), (2005). John E. Coligan (ed.), John Wiley and Sons, Inc.]
[00385] [Immunology (2006). Werner Luttmann, published by Elsevier.]
[00386] [Janeway's Immunobiology, (2014). Kenneth Murphy, Allan Mowat, Casey Weaver (eds.), Taylor & Francis Limited.]
[00387] [Laboratory Methods in Enzymology: DNA, (2013). Jon Lorsch (ed.) Elsevier.]
[00388] [Lewin's Genes XI (2014). published by Jones & Bartlett Publishers.]
[00389] [Molecular Biology and Biotechnology: A Comprehensive Desk Reference, (1995). Robert A. Meyers (ed.), published by VCH Publishers, Inc.]
[00390] [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th ed., Michael Richard Green and Joseph Sambrook, (2012). Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., USA.]
[00391] [The Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, Robert S. Porter et al. (eds.), published by Blackwell Science Ltd., 1999-2012.]
[00392] [The Merck Manual of Diagnosis and Therapy, 19th edition (Merck Sharp & Dohme Corp., 2018).]
[00393] [Pharmaceutical Sciences 23rd edition (Elsevier, 2020).]
[00394] 본 명세서 전반에 걸쳐 인용된 모든 특허 및 간행물은 본 명세서에 기재된 기술과 함께 사용될 수 있는 물질 및 방법을 개시하고 기술하기 위해 명백히 참조로서 포함된다. 논의된 간행물은 출원일 전에 이들의 공개를 위해서만 제공된다. 이들은 본 발명자들이 선행 발명 하에 또는 임의의 다른 이유로 이러한 개시보다 앞서지 않을 수 있음을 인정하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 이전 특허 또는 간행물과 본 명세서에 제공된 설명 사이에 명백한 불일치가 있는 경우, 본 명세서(임의의 정의 포함) 및 청구범위가 우선한다. 이러한 문헌의 내용에 대한 날짜 또는 표현에 관한 모든 진술은 출원인이 이용할 수 있는 정보를 기반으로 하며 이러한 문헌의 날짜 또는 내용의 정확성에 대한 인정을 구성하지 않는다. 본 명세서에 제공된 공개 날짜는 실제 공개 날짜와 다를 수 있다. 본 명세서에 제공된 발행일과 발행자가 제공한 실제 발행일 사이에 명백한 불일치가 있는 경우, 실제 발행일이 우선한다.
SEQUENCE LISTING <110> BROWN UNIVERSITY RHODE ISLAND HOSPITAL <120> TARGETING ENHANCER RNAS FOR THE TREATMENT OF PRIMARY BRAIN TUMORS <130> 405505-653001WO <140> PCT/US2021/048671 <141> 2021-09-01 <150> 63/073,177 <151> 2020-09-01 <160> 194 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 1 cgggagtaga agttgg 16 <210> 2 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2 gcgtctaggc tggcag 16 <210> 3 <211> 668 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 atctagtaca tcatattgcc agcagggctc agcctgtgac cagcaaggtc tgggctccgt 60 ctggggccag ggtcaaggct cattccgtgg ccttgagcac agcctggtgt gtggctgggt 120 cgagtccagc agaagtctcg gggttttcca gcctccatcc gagtccggct ttgatgcctt 180 tcctggtcag acaggagccg ggccagtggc caagctgcca ggatggcttc cccggggccg 240 cggccgcctt ccttcccctc ctgcccgggc tggctctggt cgccactagg ggttgaagat 300 gagggctctc 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Claims (14)

  1. 뇌종양의 치료에 사용하기 위한 본 특허 명세서에 개시된 GapmeR.
  2. 제1항에 있어서, 원발성 뇌종양의 치료에 사용하기 위한 GapmeR.
  3. 원발성 뇌종양의 치료를 위한 특정 shRNA를 수반하는 합성 올리고뉴클레오티드 또는 렌티바이러스를 사용하여 인핸서 RNA(eRNA)를 표적화하는 방법.
  4. 제3항에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 합성 RNA 올리고뉴클레오티드인, 방법.
  5. 제3항에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 합성 RNA 올리고뉴클레오티드인, 방법.
  6. 제3항에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 본 특허 명세서에 개시된 GapmeR인, 방법.
  7. 신경교종 줄기 세포에서 특이적으로 발현되고, 발현이 교모세포종을 갖는 환자의 감소된 생존과 상관관계가 있는 인핸서 RNA(eRNA)와 혼성화되는 합성 올리고뉴클레오티드.
  8. 제7항에 있어서, eRNA가 eTMEM88b, eRTP5 및 eNINJ1로 구성된 군으로부터 선택되는, 합성 올리고뉴클레오티드.
  9. 제7항에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 본 특허 명세서에 개시된 GapmeR인, 합성 올리고뉴클레오티드.
  10. 신경교종 줄기 세포 eRNA의 발현을 녹아웃시키기 위해 합성 올리고뉴클레오티드를 사용하여 신경교종을 치료하는 방법.
  11. 제10항에 있어서, 합성 올리고뉴클레오티드가 분해에 내성인, 방법.
  12. 제10항에 있어서, 투여가 전신 또는 경막내 투여인, 방법.
  13. eRNA를 표적화하고 이의 발현을 억제하는 shRNA를 전달하는 바이러스 벡터.
  14. 제13항에 있어서, 바이러스 벡터가 렌티바이러스인, 바이러스 벡터.
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