KR20230058624A - Adar 의존성 편집 조성물 및 그의 사용 방법 - Google Patents
Adar 의존성 편집 조성물 및 그의 사용 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR20230058624A KR20230058624A KR1020237006443A KR20237006443A KR20230058624A KR 20230058624 A KR20230058624 A KR 20230058624A KR 1020237006443 A KR1020237006443 A KR 1020237006443A KR 20237006443 A KR20237006443 A KR 20237006443A KR 20230058624 A KR20230058624 A KR 20230058624A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- rna
- stranded
- nucleic acid
- double
- guide nucleic
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 47
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title abstract description 73
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 title 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 572
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 533
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims abstract description 242
- 230000001483 mobilizing effect Effects 0.000 claims abstract description 25
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 claims description 662
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 637
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 627
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 627
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 552
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 claims description 552
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 321
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 321
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 claims description 247
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 189
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 145
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 claims description 128
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 claims description 84
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 76
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 claims description 64
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 claims description 64
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 claims description 64
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 claims description 53
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 claims description 44
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims description 43
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 39
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 39
- 230000009615 deamination Effects 0.000 claims description 38
- 238000006481 deamination reaction Methods 0.000 claims description 38
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 33
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 28
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 24
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 24
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 22
- -1 ketal Chemical class 0.000 claims description 21
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 20
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 16
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 16
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 claims description 16
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 claims description 15
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 claims description 15
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 15
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 15
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 12
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 11
- 102000055025 Adenosine deaminases Human genes 0.000 claims description 10
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 claims description 10
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 claims description 10
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 10
- 101710169336 5'-deoxyadenosine deaminase Proteins 0.000 claims description 9
- 208000002320 spinal muscular atrophy Diseases 0.000 claims description 9
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 claims description 9
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 claims description 8
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 8
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 8
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 8
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 claims description 8
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims description 8
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 7
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims description 7
- 206010010099 Combined immunodeficiency Diseases 0.000 claims description 6
- 206010013801 Duchenne Muscular Dystrophy Diseases 0.000 claims description 6
- 208000022559 Inflammatory bowel disease Diseases 0.000 claims description 6
- 108010094028 Prothrombin Proteins 0.000 claims description 6
- 102100027378 Prothrombin Human genes 0.000 claims description 6
- 102000015395 alpha 1-Antitrypsin Human genes 0.000 claims description 6
- 108010050122 alpha 1-Antitrypsin Proteins 0.000 claims description 6
- 229940024142 alpha 1-antitrypsin Drugs 0.000 claims description 6
- 208000005980 beta thalassemia Diseases 0.000 claims description 6
- 208000014720 distal hereditary motor neuropathy Diseases 0.000 claims description 6
- 125000004185 ester group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 6
- 229940039716 prothrombin Drugs 0.000 claims description 6
- 208000002491 severe combined immunodeficiency Diseases 0.000 claims description 6
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 5
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 5
- 235000013877 carbamide Nutrition 0.000 claims description 5
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 claims description 5
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 108090000371 Esterases Proteins 0.000 claims description 4
- OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N Hydrazine Chemical compound NN OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims description 4
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 claims description 4
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 4
- 150000007857 hydrazones Chemical class 0.000 claims description 4
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 4
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 claims description 4
- MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 2-amino-2-deoxy-D-galactopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 0.000 claims description 3
- 102100031126 6-phosphogluconolactonase Human genes 0.000 claims description 3
- 108010029731 6-phosphogluconolactonase Proteins 0.000 claims description 3
- 206010001557 Albinism Diseases 0.000 claims description 3
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 claims description 3
- 201000006935 Becker muscular dystrophy Diseases 0.000 claims description 3
- 102100022548 Beta-hexosaminidase subunit alpha Human genes 0.000 claims description 3
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 3
- 208000010693 Charcot-Marie-Tooth Disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000006545 Chronic Obstructive Pulmonary Disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000035374 Chronic visceral acid sphingomyelinase deficiency Diseases 0.000 claims description 3
- 201000003883 Cystic fibrosis Diseases 0.000 claims description 3
- 206010053177 Epidermolysis Diseases 0.000 claims description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical group OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 208000024720 Fabry Disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000027472 Galactosemias Diseases 0.000 claims description 3
- 208000015872 Gaucher disease Diseases 0.000 claims description 3
- 108010018962 Glucosephosphate Dehydrogenase Proteins 0.000 claims description 3
- 208000032007 Glycogen storage disease due to acid maltase deficiency Diseases 0.000 claims description 3
- 206010053185 Glycogen storage disease type II Diseases 0.000 claims description 3
- 208000031220 Hemophilia Diseases 0.000 claims description 3
- 208000009292 Hemophilia A Diseases 0.000 claims description 3
- 208000008051 Hereditary Nonpolyposis Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 208000033981 Hereditary haemochromatosis Diseases 0.000 claims description 3
- 206010051922 Hereditary non-polyposis colorectal cancer syndrome Diseases 0.000 claims description 3
- 208000023105 Huntington disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000015178 Hurler syndrome Diseases 0.000 claims description 3
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 claims description 3
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000035343 Infantile neurovisceral acid sphingomyelinase deficiency Diseases 0.000 claims description 3
- 201000003533 Leber congenital amaurosis Diseases 0.000 claims description 3
- 208000009625 Lesch-Nyhan syndrome Diseases 0.000 claims description 3
- 201000005027 Lynch syndrome Diseases 0.000 claims description 3
- 102100033448 Lysosomal alpha-glucosidase Human genes 0.000 claims description 3
- 208000001826 Marfan syndrome Diseases 0.000 claims description 3
- 208000002678 Mucopolysaccharidoses Diseases 0.000 claims description 3
- 206010056886 Mucopolysaccharidosis I Diseases 0.000 claims description 3
- 206010068871 Myotonic dystrophy Diseases 0.000 claims description 3
- 208000009905 Neurofibromatoses Diseases 0.000 claims description 3
- 201000000794 Niemann-Pick disease type A Diseases 0.000 claims description 3
- 201000000791 Niemann-Pick disease type B Diseases 0.000 claims description 3
- 208000010577 Niemann-Pick disease type C Diseases 0.000 claims description 3
- 208000018737 Parkinson disease Diseases 0.000 claims description 3
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims description 3
- 201000011252 Phenylketonuria Diseases 0.000 claims description 3
- 108090000608 Phosphoric Monoester Hydrolases Proteins 0.000 claims description 3
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 claims description 3
- 208000007014 Retinitis pigmentosa Diseases 0.000 claims description 3
- 208000021811 Sandhoff disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000027073 Stargardt disease Diseases 0.000 claims description 3
- 206010042265 Sturge-Weber Syndrome Diseases 0.000 claims description 3
- 208000022292 Tay-Sachs disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000035317 Total hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase deficiency Diseases 0.000 claims description 3
- 208000007824 Type A Niemann-Pick Disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000008291 Type B Niemann-Pick Disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000007930 Type C Niemann-Pick Disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000014769 Usher Syndromes Diseases 0.000 claims description 3
- 125000004036 acetal group Chemical group 0.000 claims description 3
- 206010002026 amyotrophic lateral sclerosis Diseases 0.000 claims description 3
- 208000006673 asthma Diseases 0.000 claims description 3
- 238000010461 azide-alkyne cycloaddition reaction Methods 0.000 claims description 3
- MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N beta-D-galactosamine Natural products NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 239000011203 carbon fibre reinforced carbon Substances 0.000 claims description 3
- 150000004649 carbonic acid derivatives Chemical class 0.000 claims description 3
- 230000001886 ciliary effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000012650 click reaction Methods 0.000 claims description 3
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 claims description 3
- 238000002224 dissection Methods 0.000 claims description 3
- 125000002228 disulfide group Chemical group 0.000 claims description 3
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 claims description 3
- 108010091897 factor V Leiden Proteins 0.000 claims description 3
- 201000004502 glycogen storage disease II Diseases 0.000 claims description 3
- 125000005597 hydrazone group Chemical group 0.000 claims description 3
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 claims description 3
- 125000005439 maleimidyl group Chemical group C1(C=CC(N1*)=O)=O 0.000 claims description 3
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 claims description 3
- 206010028093 mucopolysaccharidosis Diseases 0.000 claims description 3
- 201000002273 mucopolysaccharidosis II Diseases 0.000 claims description 3
- 208000022018 mucopolysaccharidosis type 2 Diseases 0.000 claims description 3
- 201000006938 muscular dystrophy Diseases 0.000 claims description 3
- 201000004931 neurofibromatosis Diseases 0.000 claims description 3
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 claims description 3
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 claims description 3
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 claims description 3
- 208000015768 polyposis Diseases 0.000 claims description 3
- 208000002815 pulmonary hypertension Diseases 0.000 claims description 3
- 208000007056 sickle cell anemia Diseases 0.000 claims description 3
- 125000005017 substituted alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000004426 substituted alkynyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 229940124530 sulfonamide Drugs 0.000 claims description 3
- 150000003456 sulfonamides Chemical class 0.000 claims description 3
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 claims description 3
- 150000003672 ureas Chemical class 0.000 claims description 3
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 2
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 claims description 2
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 claims description 2
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 claims description 2
- 239000004721 Polyphenylene oxide Substances 0.000 claims description 2
- WTKZEGDFNFYCGP-UHFFFAOYSA-N Pyrazole Chemical compound C=1C=NNC=1 WTKZEGDFNFYCGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N acetaldehyde Diethyl Acetal Natural products CCOC(C)OCC DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 150000001241 acetals Chemical class 0.000 claims description 2
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 claims description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 2
- 150000002466 imines Chemical class 0.000 claims description 2
- 125000001181 organosilyl group Chemical group [SiH3]* 0.000 claims description 2
- 150000002923 oximes Chemical class 0.000 claims description 2
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 claims description 2
- 229920000728 polyester Polymers 0.000 claims description 2
- 229920000570 polyether Polymers 0.000 claims description 2
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 claims description 2
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 claims description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical group O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- SEEPANYCNGTZFQ-UHFFFAOYSA-N sulfadiazine Chemical compound C1=CC(N)=CC=C1S(=O)(=O)NC1=NC=CC=N1 SEEPANYCNGTZFQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 1
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 claims 1
- 101000865408 Homo sapiens Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase Proteins 0.000 abstract description 69
- 102100029791 Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase Human genes 0.000 abstract description 67
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 11
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 61
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 61
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 60
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 59
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 48
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 46
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 33
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 33
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 26
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 26
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 26
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 description 21
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 17
- 238000010357 RNA editing Methods 0.000 description 16
- 230000026279 RNA modification Effects 0.000 description 16
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 13
- 150000002972 pentoses Chemical class 0.000 description 13
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 12
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 12
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 12
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 11
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 10
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 10
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 10
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 9
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 8
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 8
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 8
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 8
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 7
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 7
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 7
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 7
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 7
- RYVNIFSIEDRLSJ-UHFFFAOYSA-N 5-(hydroxymethyl)cytosine Chemical compound NC=1NC(=O)N=CC=1CO RYVNIFSIEDRLSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 6
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 6
- 230000008859 change Effects 0.000 description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 6
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 6
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 6
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 5
- 235000013290 Sagittaria latifolia Nutrition 0.000 description 5
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 5
- 235000015246 common arrowhead Nutrition 0.000 description 5
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 5
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 5
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 5
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 5
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 4
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 150000002019 disulfides Chemical class 0.000 description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 4
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 4
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 4
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 4
- 125000000371 nucleobase group Chemical group 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 4
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 4
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZAYHVCMSTBRABG-JXOAFFINSA-N 5-methylcytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C(C)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 ZAYHVCMSTBRABG-JXOAFFINSA-N 0.000 description 3
- HDZZVAMISRMYHH-UHFFFAOYSA-N 9beta-Ribofuranosyl-7-deazaadenin Natural products C1=CC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(O)C1O HDZZVAMISRMYHH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 3
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 3
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 3
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 3
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 3
- 150000003838 adenosines Chemical class 0.000 description 3
- 230000032683 aging Effects 0.000 description 3
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 3
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 3
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 3
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 3
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 3
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical class 0.000 description 3
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- HDZZVAMISRMYHH-KCGFPETGSA-N tubercidin Chemical compound C1=CC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O HDZZVAMISRMYHH-KCGFPETGSA-N 0.000 description 3
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 3
- JRYMOPZHXMVHTA-DAGMQNCNSA-N 2-amino-7-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1h-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one Chemical compound C1=CC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O JRYMOPZHXMVHTA-DAGMQNCNSA-N 0.000 description 2
- ZAYHVCMSTBRABG-UHFFFAOYSA-N 5-Methylcytidine Natural products O=C1N=C(N)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 ZAYHVCMSTBRABG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 2
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 2
- 238000005698 Diels-Alder reaction Methods 0.000 description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 2
- 108091093094 Glycol nucleic acid Proteins 0.000 description 2
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- OVRNDRQMDRJTHS-KEWYIRBNSA-N N-acetyl-D-galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-KEWYIRBNSA-N 0.000 description 2
- 229930182474 N-glycoside Natural products 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 2
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical group [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 238000005576 amination reaction Methods 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 2
- 230000008512 biological response Effects 0.000 description 2
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 2
- ZPTBLXKRQACLCR-XVFCMESISA-N dihydrouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)CC1 ZPTBLXKRQACLCR-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 108091006047 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000034287 fluorescent proteins Human genes 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 230000009395 genetic defect Effects 0.000 description 2
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 2
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- 108010087904 neutravidin Proteins 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HDIXVXMKIWXBFA-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-[2-[2-[(2-bromoacetyl)amino]ethoxy]ethoxy]propanoate Chemical compound BrCC(=O)NCCOCCOCCC(=O)ON1C(=O)CCC1=O HDIXVXMKIWXBFA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHLXKKURVBBPRP-IOSLPCCCSA-N (2R,3R,4S,5R)-2-(6-amino-7-methylpurin-9-ium-9-yl)-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound Cn1c[n+]([C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]2O)c2ncnc(N)c12 UHLXKKURVBBPRP-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- DBZQFUNLCALWDY-PNHWDRBUSA-N (2r,3r,4s,5r)-2-(4-aminoimidazo[4,5-c]pyridin-1-yl)-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=CC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O DBZQFUNLCALWDY-PNHWDRBUSA-N 0.000 description 1
- KYJLJOJCMUFWDY-UUOKFMHZSA-N (2r,3r,4s,5r)-2-(6-amino-8-azidopurin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound [N-]=[N+]=NC1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O KYJLJOJCMUFWDY-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- RIFDKYBNWNPCQK-IOSLPCCCSA-N (2r,3s,4r,5r)-2-(hydroxymethyl)-5-(6-imino-3-methylpurin-9-yl)oxolane-3,4-diol Chemical compound C1=2N(C)C=NC(=N)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O RIFDKYBNWNPCQK-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- RKSLVDIXBGWPIS-UAKXSSHOSA-N 1-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-iodopyrimidine-2,4-dione Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(I)=C1 RKSLVDIXBGWPIS-UAKXSSHOSA-N 0.000 description 1
- PISWNSOQFZRVJK-XLPZGREQSA-N 1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methyl-2-sulfanylidenepyrimidin-4-one Chemical compound S=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 PISWNSOQFZRVJK-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- GFYLSDSUCHVORB-IOSLPCCCSA-N 1-methyladenosine Chemical compound C1=NC=2C(=N)N(C)C=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O GFYLSDSUCHVORB-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- UTAIYTHAJQNQDW-KQYNXXCUSA-N 1-methylguanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)N(C)C(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O UTAIYTHAJQNQDW-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- RFCQJGFZUQFYRF-UHFFFAOYSA-N 2'-O-Methylcytidine Natural products COC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)N=C(N)C=C1 RFCQJGFZUQFYRF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SXUXMRMBWZCMEN-UHFFFAOYSA-N 2'-O-methyl uridine Natural products COC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 SXUXMRMBWZCMEN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RFCQJGFZUQFYRF-ZOQUXTDFSA-N 2'-O-methylcytidine Chemical class CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)N=C(N)C=C1 RFCQJGFZUQFYRF-ZOQUXTDFSA-N 0.000 description 1
- YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- CKTSBUTUHBMZGZ-SHYZEUOFSA-N 2'‐deoxycytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- ZDTFMPXQUSBYRL-UUOKFMHZSA-N 2-Aminoadenosine Chemical compound C12=NC(N)=NC(N)=C2N=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O ZDTFMPXQUSBYRL-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- SOEYIPCQNRSIAV-IOSLPCCCSA-N 2-amino-5-(aminomethyl)-7-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1h-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2C(CN)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O SOEYIPCQNRSIAV-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 2-aminopurine Chemical compound NC1=NC=C2N=CNC2=N1 MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- RHFUOMFWUGWKKO-XVFCMESISA-N 2-thiocytidine Chemical compound S=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 RHFUOMFWUGWKKO-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- ZLOIGESWDJYCTF-UHFFFAOYSA-N 4-Thiouridine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=S)C=C1 ZLOIGESWDJYCTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BCZUPRDAAVVBSO-MJXNYTJMSA-N 4-acetylcytidine Chemical compound C1=CC(C(=O)C)(N)NC(=O)N1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 BCZUPRDAAVVBSO-MJXNYTJMSA-N 0.000 description 1
- ZLOIGESWDJYCTF-XVFCMESISA-N 4-thiouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=S)C=C1 ZLOIGESWDJYCTF-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- UVGCZRPOXXYZKH-QADQDURISA-N 5-(carboxyhydroxymethyl)uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C(O)C(O)=O)=C1 UVGCZRPOXXYZKH-QADQDURISA-N 0.000 description 1
- MMUBPEFMCTVKTR-IBNKKVAHSA-N 5-[(2s,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-methyloxolan-2-yl]-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound C=1NC(=O)NC(=O)C=1[C@]1(C)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O MMUBPEFMCTVKTR-IBNKKVAHSA-N 0.000 description 1
- AGFIRQJZCNVMCW-UAKXSSHOSA-N 5-bromouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 AGFIRQJZCNVMCW-UAKXSSHOSA-N 0.000 description 1
- FHIDNBAQOFJWCA-UAKXSSHOSA-N 5-fluorouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(F)=C1 FHIDNBAQOFJWCA-UAKXSSHOSA-N 0.000 description 1
- ZXIATBNUWJBBGT-JXOAFFINSA-N 5-methoxyuridine Chemical compound O=C1NC(=O)C(OC)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 ZXIATBNUWJBBGT-JXOAFFINSA-N 0.000 description 1
- KDOPAZIWBAHVJB-UHFFFAOYSA-N 5h-pyrrolo[3,2-d]pyrimidine Chemical compound C1=NC=C2NC=CC2=N1 KDOPAZIWBAHVJB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BXJHWYVXLGLDMZ-UHFFFAOYSA-N 6-O-methylguanine Chemical compound COC1=NC(N)=NC2=C1NC=N2 BXJHWYVXLGLDMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UEHOMUNTZPIBIL-UUOKFMHZSA-N 6-amino-9-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-7h-purin-8-one Chemical compound O=C1NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O UEHOMUNTZPIBIL-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- OGHAROSJZRTIOK-KQYNXXCUSA-O 7-methylguanosine Chemical compound C1=2N=C(N)NC(=O)C=2[N+](C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OGHAROSJZRTIOK-KQYNXXCUSA-O 0.000 description 1
- RTGYRFMTJZYXPD-IOSLPCCCSA-N 8-Methyladenosine Chemical compound CC1=NC2=C(N)N=CN=C2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O RTGYRFMTJZYXPD-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- HCAJQHYUCKICQH-VPENINKCSA-N 8-Oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2NC(=O)N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HCAJQHYUCKICQH-VPENINKCSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000242764 Aequorea victoria Species 0.000 description 1
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 229930192334 Auxin Natural products 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- XDTMQSROBMDMFD-UHFFFAOYSA-N Cyclohexane Chemical compound C1CCCCC1 XDTMQSROBMDMFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OPFTUNCRGUEPRZ-QLFBSQMISA-N Cyclohexane Natural products CC(=C)[C@@H]1CC[C@@](C)(C=C)[C@H](C(C)=C)C1 OPFTUNCRGUEPRZ-QLFBSQMISA-N 0.000 description 1
- 102000005381 Cytidine Deaminase Human genes 0.000 description 1
- 108010031325 Cytidine deaminase Proteins 0.000 description 1
- 238000010442 DNA editing Methods 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N Deoxycytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1OC(CO)C(O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- DTHNMHAUYICORS-KTKZVXAJSA-N Glucagon-like peptide 1 Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(N)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC=1N=CNC=1)[C@@H](C)O)[C@@H](C)O)C(C)C)C1=CC=CC=C1 DTHNMHAUYICORS-KTKZVXAJSA-N 0.000 description 1
- 102400000322 Glucagon-like peptide 1 Human genes 0.000 description 1
- 101800000224 Glucagon-like peptide 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000004157 Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108090000604 Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 241000282553 Macaca Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N Maleimide Chemical compound O=C1NC(=O)C=C1 PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 101000819572 Mus musculus Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- VQAYFKKCNSOZKM-IOSLPCCCSA-N N(6)-methyladenosine Chemical compound C1=NC=2C(NC)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O VQAYFKKCNSOZKM-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 description 1
- VQAYFKKCNSOZKM-UHFFFAOYSA-N NSC 29409 Natural products C1=NC=2C(NC)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(O)C1O VQAYFKKCNSOZKM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 102000007327 Protamines Human genes 0.000 description 1
- 108010007568 Protamines Proteins 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108091008109 Pseudogenes Proteins 0.000 description 1
- 229930185560 Pseudouridine Natural products 0.000 description 1
- PTJWIQPHWPFNBW-UHFFFAOYSA-N Pseudouridine C Natural products OC1C(O)C(CO)OC1C1=CNC(=O)NC1=O PTJWIQPHWPFNBW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 241000242583 Scyphozoa Species 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 125000000738 acetamido group Chemical group [H]C([H])([H])C(=O)N([H])[*] 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 150000001345 alkine derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000002355 alkine group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003282 alkyl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 150000005215 alkyl ethers Chemical group 0.000 description 1
- 125000006350 alkyl thio alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 230000009435 amidation Effects 0.000 description 1
- 238000007112 amidation reaction Methods 0.000 description 1
- 125000002431 aminoalkoxy group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 125000000129 anionic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000002214 arabinonucleotide Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical class OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Chemical class OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052785 arsenic Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001769 aryl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002363 auxin Substances 0.000 description 1
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Chemical class OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WGDUUQDYDIIBKT-UHFFFAOYSA-N beta-Pseudouridine Natural products OC1OC(CN2C=CC(=O)NC2=O)C(O)C1O WGDUUQDYDIIBKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229920006317 cationic polymer Polymers 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 229910052729 chemical element Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 1
- 238000006352 cycloaddition reaction Methods 0.000 description 1
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 1
- 230000009849 deactivation Effects 0.000 description 1
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 125000004663 dialkyl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004986 diarylamino group Chemical group 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 125000005240 diheteroarylamino group Chemical group 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K dioxido-sulfanylidene-sulfido-$l^{5}-phosphane Chemical compound [O-]P([O-])([S-])=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical class [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000014789 establishment of RNA localization Effects 0.000 description 1
- 125000005745 ethoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003916 ethylene diamine group Chemical class 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 238000007667 floating Methods 0.000 description 1
- 229940014144 folate Drugs 0.000 description 1
- OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N folic acid Chemical compound C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- 235000019152 folic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011724 folic acid Substances 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 150000002341 glycosylamines Chemical class 0.000 description 1
- 102000035122 glycosylated proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005608 glycosylated proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000001307 helium Substances 0.000 description 1
- 229910052734 helium Inorganic materials 0.000 description 1
- SWQJXJOGLNCZEY-UHFFFAOYSA-N helium atom Chemical compound [He] SWQJXJOGLNCZEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005241 heteroarylamino group Chemical group 0.000 description 1
- 150000002402 hexoses Chemical class 0.000 description 1
- 230000003301 hydrolyzing effect Effects 0.000 description 1
- 150000002460 imidazoles Chemical group 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 1
- 238000007919 intrasynovial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000005389 magnetism Effects 0.000 description 1
- 241001515942 marmosets Species 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 125000004184 methoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical compound CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 150000004712 monophosphates Chemical class 0.000 description 1
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 description 1
- 108091005763 multidomain proteins Proteins 0.000 description 1
- 210000000633 nuclear envelope Anatomy 0.000 description 1
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 230000009437 off-target effect Effects 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000001151 other effect Effects 0.000 description 1
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 210000002706 plastid Anatomy 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 125000001436 propyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229940048914 protamine Drugs 0.000 description 1
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 1
- PTJWIQPHWPFNBW-GBNDHIKLSA-N pseudouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1C1=CNC(=O)NC1=O PTJWIQPHWPFNBW-GBNDHIKLSA-N 0.000 description 1
- 108010054624 red fluorescent protein Proteins 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- RHFUOMFWUGWKKO-UHFFFAOYSA-N s2C Natural products S=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 RHFUOMFWUGWKKO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 125000005309 thioalkoxy group Chemical group 0.000 description 1
- 238000006177 thiolation reaction Methods 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y102/00—Oxidoreductases acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2)
- C12Y102/01—Oxidoreductases acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.2.1)
- C12Y102/01012—Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) (1.2.1.12)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
- C12N2310/315—Phosphorothioates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/321—2'-O-R Modification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/322—2'-R Modification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/35—Nature of the modification
- C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
- C12N2310/3521—Methyl
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/35—Nature of the modification
- C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
- C12N2310/3525—MOE, methoxyethoxy
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/35—Nature of the modification
- C12N2310/353—Nature of the modification linked to the nucleic acid via an atom other than carbon
- C12N2310/3533—Halogen
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/30—Special therapeutic applications
- C12N2320/33—Alteration of splicing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y305/00—Hydrolases acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds (3.5)
- C12Y305/04—Hydrolases acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds (3.5) in cyclic amidines (3.5.4)
- C12Y305/04004—Adenosine deaminase (3.5.4.4)
Landscapes
- Genetics & Genomics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)
- Virology (AREA)
Abstract
ADAR을 동원하고 이를 사용하기 위한 조성물 및 방법이 본원에 개시된다. 일부 측면에서, ADAR 활성을 목적하는 영역, 서열, 또는 뉴클레오티드에 표적화하기 위한 조성물 및 방법이 개시된다. 일부 측면에서, 지시된 ADAR 편집의 효율을 증가시키기 위한 조성물 및 방법이 개시된다.
Description
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 35 U.S.C. § 119(e) 하에 2020년 12월 18일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/127,839, 및 2020년 7월 30일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/059,084에 대한 우선권을 주장하며, 이들 각각은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
많은 질환, 장애, 및 상태는 1개 이상의 유전자 돌연변이와 연관된다. 유전자 돌연변이를 대체하거나 교정하는 것에 기초한 치료는 돌연변이체 세포내 DNA 및/또는 RNA 분자를 보충, 치환, 및/또는 변형시키기 위한 자연 발생 효소 및 과정을 이용하는 것에 의해 개발되고 있다.
리보핵산 (RNA) 편집은 진핵 세포가 그의 RNA 분자의 서열을 종종 부위-특이적이고 정확한 방식으로 변경시키는 것을 통하는 천연 과정이다. 이러한 분자 과정은 세포가 RNA 폴리머라제에 의한 전사 후에 RNA 분자 (예를 들어, mRNA, tRNA, rRNA, miRNA 등) 내의 특이적 뉴클레오티드 서열에 대해 별개의 변화 (예를 들어, 삽입, 결실, 치환 등)를 만들도록 한다. RNA 편집은 모든 살아있는 유기체에서 발생하는 것으로 공지되어 있고, RNA의 고도로 보존된 특성인 것으로 여겨진다.
RNA 편집은 영구적이고 장기간의 효과를 갖는 DNA 편집과 대조적으로, 편집되는 RNA의 비율 및/또는 편집의 시기를 조정하는 능력을 포함하여 여러 이점을 갖는다.
본 개시내용은 핵산 및 특히 RNA 분자를 편집하기 위한 방법 및 조성물에 관한 것이다. 방법 및 조성물은 1개 이상의 RNA 분자의 서열을 1개 이상의 위치에서 변화시키고 원치않는 돌연변이를 교정하거나 또는 유익한 치료 또는 다른 효과를 가질 수 있는 변화를 도입하는 데 사용될 수 있다.
일부 측면에서, 조성물은 세포내 RNA 편집 효소 (예를 들어, 내인성의 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 효소)를 동원하는 데 효과적인 1종 이상의 특색을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 RNA 편집 효소의 국부 농도 (예를 들어, 조성물이 부재하는 위치와 비교하여 조성물의 근위의 농도)를 증가시키는 데 효과적인 1종 이상의 특색을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 세포내 RNA 편집 효소의 결합을 촉진하는 1종 이상의 특색을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 RNA 편집 효소를 특정한 표적 핵산 서열로 가이드하는 데 효과적인 1종 이상의 특색을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 RNA 편집 효소를 특정한 표적 뉴클레오티드로 가이드하는 데 효과적인 1종 이상의 특색을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 표적 핵산 서열 및/또는 표적 뉴클레오티드에 대한 RNA 편집 효소의 국부 농도 (예를 들어, 조성물이 부재하는 위치와 비교하여 표적 핵산 서열 및/또는 표적 뉴클레오티드의 근위의 농도)를 증가시키는 데 효과적인 1종 이상의 특색을 포함한다.
일부 측면에서, 조성물은 핵산을 편집하는 데 사용하기 위한 편집 효소를 동원 (예를 들어, 유인)하는 동원 분자이다. 일부 측면에서, 조성물은 편집 효소에 의한 편집을 위한 핵산 서열을 표적화하는 표적화 분자이다. 일부 실시양태에서, 핵산은 리보핵산 (RNA)이다. 일부 실시양태에서, 핵산은 듀플렉스화된 핵산 (예를 들어, 2개의 가닥을 포함함)이다. 일부 실시양태에서, 핵산은 듀플렉스화된 RNA이다.
일부 측면에서, 개시내용은 이중-가닥 리보핵산 (RNA) 듀플렉스를 포함하는 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 동원 분자에 관한 것이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 (a) 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고; (b) 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다.
일부 측면에서, 개시내용은 이중-가닥 리보핵산 (RNA) 듀플렉스를 포함하는 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 동원 분자에 관한 것이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 상이한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 (a) 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고; (b) 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다.
예를 들어, 일부 측면에서, 본 개시내용은 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 ADAR 동원 분자를 제공하며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 혼성화되어 듀플렉스를 형성하는 2개의 RNA 가닥을 포함하고, 여기서 (a) 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고; (b) 듀플렉스를 형성하는 2개의 RNA 가닥 각각은 다른 RNA 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드에 상보적인 5' 말단 뉴클레오티드를 갖고; (c) 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하고, 여기서 미스매치는 5' 및 3' 말단 뉴클레오티드 사이에서 발생하지 않고; (d) 듀플렉스를 형성하는 2개의 RNA 가닥 중 적어도 1개는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 듀플렉스를 형성하는 2개의 RNA 가닥은 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖는다. 일부 실시양태에서, 듀플렉스를 형성하는 2개의 RNA 가닥은 상이한 수의 뉴클레오티드를 갖는다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하며, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 단일-가닥 가이드 핵산을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'-O-MOE), 또는 2'-플루오로 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 포스포로티오에이트 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 3개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과는 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 3' 및/또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 추가의 모이어티를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 링커를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가이드 리보핵산 (gRNA)이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 핵산은 적어도 2개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 핵산은 적어도 3개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개는 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드와 쌍형성한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 표적 아데노신에 대향한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 시토신 (C)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 아데노신에 대향하는 뉴클레오티드는 (a) 시토신 (C); (b) 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드; 및/또는 (c) 구아닌 (G) 또는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 100개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 100개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 15 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 17 내지 약 19개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 70% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 80% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 이중-가닥 RNA 듀플렉스이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하고, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는 것인 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 및 (b) 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'-O-MOE), 또는 2'-플루오로 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 백본 변형은 포스포로티오에이트 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 3개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과는 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 3' 및/또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 추가의 모이어티를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 링커를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가이드 리보핵산 (gRNA)이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개는 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드에 상보적이다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 표적 아데노신에 대향한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 시토신 (C)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 아데노신에 대향하는 뉴클레오티드는 (a) 시토신 (C); (b) 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드; 및/또는 (c) 구아닌 (G) 또는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 100개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 16 내지 약 23개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 18 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 20 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 100개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 70% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 80% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 유효량의 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 중 임의의 것 및/또는 본 개시내용의 RNA 표적화 분자 중 임의의 것을 투여하는 것을 포함하며, 여기서 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 표적 서열과 혼성화하기 위해 표적 서열에 충분히 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 것인, 대상체에서 표적 핵산을 탈아미노화하는 방법에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, 표적 서열은 표적 아데노신을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 중 임의의 것 및/또는 본 개시내용의 RNA 표적화 분자 중 임의의 것을 투여하는 것을 포함하며, 여기서 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 표적 서열과 혼성화하기 위해 표적 서열에 충분히 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 것인, 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, 표적 서열은 표적 아데노신을 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 아데노신은 질환 또는 장애와 관련되며, 여기서 표적 아데노신의 탈아미노화는 질환 또는 장애를 치료한다.
일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 단백질이 불활성화 되도록 유발한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 단백질이 야생형 단백질과 비교하여 변경된 활성을 갖도록 유발한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 단백질이 야생형 단백질과 비교하여 변경된 활성을 갖도록 유발하고, 활성은 대상체에게 유해하다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 단백질이 야생형 단백질과 비교하여 변경된 활성을 갖고 그의 야생형 활성을 상실하도록 유발한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 달리 불활성인 단백질 (예를 들어, 단백질의 야생형 상태가 불활성임)이 활성이 되도록 유발한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 단백질이 야생형과 비교하여 감소된 활성을 갖도록 유발한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 점 돌연변이는 장애와 관련된 단백질을 코딩하는 핵산의 일부이고, 점 돌연변이는 단백질이 야생형과 비교하여 증가된 활성을 갖도록 유발한다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 점 돌연변이와 관련되며, 여기서 표적 아데노신의 이노신으로의 편집은 표적 아데노신을 보유하는 핵산에 의해 코딩된 단백질의 기능을 변경시킴으로써 질환 또는 장애를 호전시킨다.
일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 낭성 섬유증, 후를러 증후군, 알파-1-항트립신 (A1AT) 결핍, 파킨슨병, 알츠하이머병, 백색증, 근위축성 측삭 경화증, 천식, 베타-지중해빈혈 (β-지중해빈혈), 카다실 증후군, 샤르코-마리-투스병, 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD), 원위 척수성 근육 위축 (DSMA), 뒤시엔느/베커 근육 이영양증, 이영양성 수포성 표피박리증, 수포성 표피박리증, 파브리병, 인자 V 라이덴 연관 장애, 가족성 선종성, 폴립증, 갈락토스혈증, 고셔병, 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제, 혈우병, 유전성 혈색소증, 헌터 증후군, 헌팅톤병, 염증성 장 질환 (IBD), 유전성 다응집 증후군, 레베르 선천성 흑암시, 레쉬-니한 증후군, 린치 증후군, 마르팡 증후군, 뮤코폴리사카라이드증, 근육 이영양증, 근긴장성 이영양증 유형 I 및 II, 신경섬유종증, 니만-픽병 유형 A, B, 및 C, NY-eso1 관련 암, 포이츠-예거스 증후군, 페닐케톤뇨, 폼페병, 원발성 섬모 질환, 프로트롬빈 돌연변이 관련 장애, 예컨대 프로트롬빈 G20210A 돌연변이, 폐고혈압, 색소성 망막염, 샌드호프병, 중증 복합 면역 결핍 증후군 (SCID), 겸상 적혈구성 빈혈, 척수성 근육 위축, 스타르가르트병, 테이-삭스병, 어셔 증후군, X-연관 면역결핍, 스터지-웨버 증후군, 및 암으로부터 선택된다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 단일-가닥 가이드 핵산; 및 (c) 링커를 포함하며; 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커를 통해 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것인 RNA 표적화 분자에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 5' 말단 뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 3' 말단 뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 5' 뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 3' 뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드의 당, 또는 3' 말단 뉴클레오티드의 3' 히드록실 또는 당에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드의 당, 또는 3' 말단 뉴클레오티드의 3' 히드록실 또는 당에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드 당에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 뉴클레오시드 당에 연결된다.
일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결한다.
일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된다.
일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결한다.
일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부를 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된다.
일부 실시양태에서, 링커는 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부를 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된다.
일부 실시양태에서, 링커는 비분지형 링커이다. 일부 실시양태에서, 링커는 분지형 링커이다.
일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥에 공유 부착되는 제1 결합 파트너 및 단일-가닥 가이드 핵산에 공유 부착되는 제2 결합 파트너를 포함하는 비-공유 링커이다. 일부 실시양태에서, 제1 결합 파트너는 수용체이고, 제2 결합 파트너는 수용체에 특이적인 리간드이다. 일부 실시양태에서, 제2 결합 파트너는 수용체이고, 제1 결합 파트너는 수용체에 특이적인 리간드이다. 일부 실시양태에서, 제1 결합 파트너는 비오틴이고, 제2 결합 파트너는 스트렙타비딘이다. 일부 실시양태에서, 제1 결합 파트너는 스트렙타비딘이고, 제2 결합 파트너는 비오틴이다.
일부 실시양태에서, 링커는 공유 링커이다.
일부 실시양태에서, 적어도 1개의 링커는 4개 이상의 원자 길이이다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 링커는 180개 이하의 원자 길이이다.
일부 실시양태에서, 링커는 알킬, 알케닐, 알키닐, 치환된 알킬, 치환된 알케닐, 치환된 알키닐, 반복된 에틸렌 글리콜 기, 에테르, 티오에테르, 우레아, 카르보네이트, 아민, 아미드, 말레이미드-티오에테르, 디술피드, 포스포디에스테르, 술폰아미드 연결, 클릭 반응의 생성물, 아지드-알킨 고리화첨가로부터의 트리아졸, 카르바메이트, 절단가능한 링커, 예컨대 산화환원 절단가능한 링커, 예컨대 환원적으로 절단가능한 링커, 디술피드 기, 산 절단가능한 링커, 히드라존 기, 에스테르 기, 아세탈 기, 또는 케탈 기, 에스테라제 절단가능한 링커, 에스테르 기, 포스파타제 절단가능한 링커, 포스페이트 기, 또는 펩티다제 절단가능한 링커, 펩티드 결합, 생체-절단가능한 링커, DNA, RNA, 디술피드, 아미드, 관능화된 모노사카라이드, 또는 갈락토사민의 올리고사카라이드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 클릭 화학 반응으로부터 유래된 모이어티를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 트리아졸, 디아졸, 디아진, 술피드 결합, 말레이미드 고리, 숙신이미드 고리, 에스테르, 또는 아미드이다. 일부 실시양태에서, 링커는 1개 이상의 아미노산을 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 유기 분자, 기, 중합체, 또는 화학적 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화학적 도메인은 아미드, 우레아, 카르바메이트, 카르보네이트, 에스테르, 아세탈, 케탈, 포스포르아미다이트, 히드라존, 이민, 옥심, 디술피드, 실릴, 히드라진, 히드라존, 티올, 이미다졸, 탄소-탄소 결합, 탄소-헤테로원자 결합, 또는 아조 도메인을 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 중합체이다. 일부 실시양태에서, 중합체 링커는 폴리에틸렌, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리아미드, 폴리에스테르, 또는 폴리에테르를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 화학식 (I) - 화학식 (VII) 중 어느 하나를 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 링커는 비-핵산 링커이다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 가닥 Ref.: 24 또는 27에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 25 또는 28에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 관한 것이며; 여기서 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 23 또는 26에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 가닥 Ref.: 24 또는 27에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 25 또는 28에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 관한 것이며; 여기서 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 23 또는 26에 따른 서열을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 가닥 Ref.: 353 또는 355에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 815 또는 818에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 관한 것이다. 일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 가닥 Ref.: 353 또는 355에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 815 또는 818에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 관한 것이다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 가닥 Ref.: 641 또는 643에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 841 또는 869에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 관한 것이다. 일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 가닥 Ref.: 641 또는 643에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 841 또는 869에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 2개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 2개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 2-10개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 2-10개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 2-5개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 2-5개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 하나의 가닥은 RNA 듀플렉스의 다른 가닥에 공유 연결되지 않는다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 RNA 듀플렉스의 하나의 가닥을 RNA 듀플렉스의 다른 가닥에 연결하는 헤어핀을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 상이한 수의 뉴클레오티드를 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 제1 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 제2 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 단일-가닥 가이드 핵산; 및 (c) 링커를 포함하며; 여기서 제1 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커를 통해 제2 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 것인 RNA 표적화 분자에 관한 것이다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 제1 단일-가닥 가이드 핵산; (c) 제2 단일-가닥 가이드 핵산; 및 (c) 링커를 포함하며; 여기서 제1 단일-가닥 가이드 핵산은 링커를 통해 제2 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것인 RNA 표적화 분자에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 적어도 1개의 미스매치를 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 적어도 2개의 미스매치를 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
이들 및 다른 측면 및 실시양태는 본원에서 보다 상세히 기재될 것이다. 본 개시내용의 일부 예시적인 실시양태의 설명은 단지 예시 목적으로 제공되며, 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 추가의 조성물 및 방법이 또한 본 개시내용에 의해 포괄된다.
상기 요약은 본원에 개시된 기술의 실시양태, 이점, 특색, 및 용도의 일부를 비제한적 방식으로 예시하는 것으로 의도된다. 본원에 개시된 기술의 다른 실시양태, 이점, 특색, 및 용도는 상세한 설명, 도면, 실시예, 및 청구범위로부터 명백할 것이다.
본 개시내용의 추가 측면은 하기 기재된 그의 다양한 측면 및 실시양태의 상세한 설명을 첨부 도면과 함께 취하여 검토할 때 용이하게 인지될 것이다.
도 1a-1b는 RNA 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 비제한적 성분 및 예를 보여준다. 도 1a는 이중-가닥 RNA 듀플렉스(100)를 보여주며, 여기서 RNA의 2개의 가닥은 말단 뉴클레오티드가 정렬된 (예를 들어, 5' 및/또는 3' 오버행 없이, 비-오버행) 상태로 서로 역평행으로 전개되는 것으로 도시된다. 화살표 머리는 2개의 RNA 가닥의 대향하는 방향성을 도시하고, 여기서 화살표의 "팁" (예를 들어, 화살표 머리 방향)은 RNA 가닥의 3' 단부를 가리키고, 대향하는 단부 (예를 들어, 꼬리, 화살표 머리가 있는 단부에 대향하는 단부)는 RNA 가닥의 5' 단부를 가리킨다. 또한, 단일-가닥 가이드 핵산(102)이 제시된다. 화살표 머리는 핵산의 대향하는 방향성을 도시하고, 여기서 화살표의 "팁" (예를 들어, 화살표 머리 방향)은 핵산의 3' 단부를 가리키고, 대향하는 단부 (예를 들어, 꼬리, 화살표 머리가 있는 단부에 대향하는 단부)는 핵산의 5' 단부를 가리킨다. 본 개시내용에 추가로 기재된 바와 같은 링커(104)의 예시가 추가로 제시된다. 도 1a에 도시된 바와 같은 일반 구조 (예를 들어, 백색 형상: 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 점무늬 형상: 단일-가닥 가이드 핵산; 및 파상선: 링커)는 문맥상 달리 요구되지 않는 한 이들 도면 전반에 걸쳐 계속되고 적용될 것이다. 도 1b는 1개의 가닥이 다른 것보다 더 길 수 있는, 본 개시내용의 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 비제한적 예를 보여준다. 제시된 바와 같이, 말단 뉴클레오티드는 정렬되지만 (예를 들어, 단부는 오버행 없이 평활함), 여분의 길이는 이중-가닥 듀플렉스의 하나 또는 둘 다의 가닥 내에 헤어핀 (예를 들어, 줄기-루프 구축물)을 포함한다. 상부 구조는 상부 가닥이 더 길고 헤어핀이 부재(110) 또는 존재(112)하는 돌출을 포함하지만, 하부 가닥은 돌출을 포함하지 않는 예를 보여준다. 하부 구조는 각각의 가닥이 헤어핀을 포함하는 예를 보여준다. 제시된 바와 같이, 헤어핀은 동일한(114) 또는 상이한(116) 길이일 수 있고, 상부 및 하부 가닥은 추가로 동등한(114) 또는 상이한(116) 길이일 수 있지만, 말단 뉴클레오티드는 여전히 정렬되어 있다 (예를 들어, 단부는 오버행 없이 평활함).
도 2a-2g는 본원에 기재된 바와 같은 여러 실시양태의 비제한적 예를 보여준다. 도 2a에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 단부(200) 및 3' 단부(202)에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것으로 제시된다. 추가 실시양태는 이중-가닥 RNA 듀플렉스와 단일-가닥 가이드 핵산 사이에 위치하는 링커를 사용하여 도시된다(204 및 206). 또한, 추가의 모이어티(280) (예를 들어, 전달 모이어티, 태그 또는 마커)가 단일-가닥 가이드 핵산에 대한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 연결에 대해 원위인 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 단부에 부착되어 있는 것으로 도시된다. 추가의 모이어티 (예를 들어, 전달 모이어티, 태그 또는 마커)는 단일-가닥 가이드 핵산과 상이한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥(208) 및 단일-가닥 가이드 핵산과 동일한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥(210)에 부착되어 있는 것으로 제시된다. 도 2b는 본원에 기재된 바와 같은 여러 실시양태의 비제한적 예를 보여준다. 단일-가닥 가이드 핵산은 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 링커에 연결된 것으로 제시된다. 제시된 바와 같이, 구성은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 단부(212 및 218) 또는 3' 단부(214 및 216)에 연결된 링커일 수 있고, 유사하게 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 RNA 가닥의 5' 단부(216 및 218) 또는 3' 단부(212 및 214)에 연결될 수 있다. 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 링커에 연결된 것으로 제시되고, 구성은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에 연결된 링커일 수 있고, 유사하게 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 RNA 가닥의 5' 또는 3' 단부에 연결될 수 있다. 도 2c는 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 링커에 연결된 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 상이한 예시적인 구성을 보여준다. 제시된 바와 같이, 구성은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에 연결된 링커일 수 있고, 유사하게 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 RNA 가닥의 5' 또는 3' 단부에 연결될 수 있다. 구조 220, 222, 224, 및 226에서, 링커 및 단일-가닥 가이드 핵산은 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체의 다중 모듈 (예를 들어, 1개 초과의 링커, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산)이 존재할 수 있음 (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임)을 예시하기 위해 괄호 안에 제시된다. 구조 228, 230, 232, 및 234에서, 링커 및 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 복합체의 다중 모듈 (예를 들어, 1개 초과의 링커, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스)이 존재할 수 있음 (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임)을 예시하기 위해 괄호 안에 제시된다. 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체 또는 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 복합체의 다중 모듈이 존재하는 경우에, 이들은 순차적일 수 있거나 (예를 들어, 링커-단일-가닥 가이드 핵산-링커-단일-가닥 가이드 핵산...n), 또는 이들은 다양한 구성으로 분지화될 수 있고 (예를 들어, 다중 단일-가닥 가이드 핵산을 갖는 분지형 링커, 또는 단일 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 링커); 이들이 각각 이전 성분 (예를 들어, 링커 또는 단일-가닥 가이드 핵산)의 단부에 부착될 필요는 없으며, 이들은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 말단 뉴클레오티드 및 단일-가닥 가이드 핵산을 통해 부착되는 것으로 제시된다. 연결은 임의의 부분을 통해 (예를 들어, 핵염기, 5개 탄소 당, 및/또는 포스페이트를 통해, 또는 본원에 추가로 기재된 바와 같이) 이루어질 수 있다. 도 2d-2f는 다양한 구성으로 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 링커에 연결된 단일-가닥 가이드 핵산을 보여준다. 링커 및 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 또는 링커 및 단일-가닥 가이드 핵산은 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 또는 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체의 다중 모듈이 존재할 수 있음을 예시하기 위해 괄호 안에 제시되고, 이들 다중 모듈은 도 2c에 기재된 바와 같다 (단일-가닥 가이드 핵산 또는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된 (예를 들어, 1개 초과의 링커, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산) (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임)). 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 또는 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체의 다중 모듈이 존재하는 경우에, 이들은 순차적일 수 있거나 (예를 들어, 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스-링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스...n), 또는 이들은 다양한 구성으로 분지화될 수 있고 (예를 들어, 다중 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 갖는 분지형 링커, 또는 단일 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된 링커), 예를 들어 이들이 각각 이전 성분 (예를 들어, 링커 또는 이중-가닥 RNA 듀플렉스)의 단부에 부착될 필요는 없으며, 이들은 이중-가닥 RNA 듀플렉스 중 하나 또는 각각의 말단 뉴클레오티드 및 단일-가닥 가이드 핵산 사이의 지점을 통해 부착되는 것으로 제시된다. 연결은 임의의 부분을 통해 (예를 들어, 핵염기, 5개 탄소 당, 및/또는 포스페이트를 통해, 또는 본원에 추가로 기재된 바와 같이) 이루어질 수 있다. 도 2d는 링커가 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 단부를 이중-가닥 RNA 듀플렉스에, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 가닥 중 임의의 것의 말단 뉴클레오티드 사이의 위치 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부가 아님)에서 연결한 예시적인 구성을 보여준다. 도 2e는 링커가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 단부를 단일-가닥 가이드 핵산에, 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드 사이의 위치 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부가 아님)에서 연결한 예시적인 구성을 보여준다. 도 2f는 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 링커에 연결된 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 비제한적 예를 보여주며, 여기서 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 가닥 중 임의의 것 및 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드 사이의 각각의 성분 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부가 아님)에 연결된다. 도 2g는 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 다중 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 예시적인 구성을 보여준다.
도 3a-3b는 RL0079 (음성 대조군) 및 RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥) 대비 RD0016 및 RD0034에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR)에서의 표적 아데노신의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 별표는 표적 아데노신에서 검출된 편집의 피크를 표시한다. 도 3a는 RL0079, RH0001, 및 RD0016 중 GAPDH의 3' UTR에서의 HeLa 세포에서의 편집을 보여준다. 도 3b는 RL0079, RH0001, 및 RD0034 중 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다.
도 4a-4e는 HeLa 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 4a-4e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 4a-4e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 4a는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4b는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4c는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4d는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4e는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 5a-5e는 U-2 OS 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 5a-5e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 5a-5e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 5a는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5b는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5c는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5d는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5e는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 6a-6e는 NCI-H1395 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 6a-6e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 6a-6e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 6a는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6b는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6c는 NCI-H1395 세포에서 1200U IFNα의 존재 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6d는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6e는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 7a-7e는 NCI-H1993 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 7a-7e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 7a-7e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 7a는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7b는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7c는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7d는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7e는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 8a-8e는 Hep G2 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 8a-8e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 8a-8e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 8a는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8b는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8c는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8d는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8e는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 9a-9e는 SK-BR-3 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 9a-9e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 9a-9e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 9a는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9b는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9c는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9d는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9e는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 10a-10e는 MCF-7 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 10a-10e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 10a-10e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 10a는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10b는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10c는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10d는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10e는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 11a-11c는 RD0016 및 RD0034에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR)에서의 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여주며, 각각의 도면은 이중으로 (상부 및 하부 패널) 수행된 시험을 나타낸다. 도 11a는 NCI-H1623 세포에서 IFNα의 부재 하의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 11b는 NCI-H1623 세포에서 240U IFNα의 존재 하의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 11c는 NCI-H1623 세포에서 IFNα의 부재 하의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 12a-12g는 링커 및 그의 구성의 비제한적 예를 보여준다. 도 12a-12g는 본원에 상술된 바와 같은 화학식 (I) - 화학식 (VII)에 상응한다.
도 13a-13c는 SK-BR3 세포의 3' 비번역 영역 (UTR)에서의 표적 아데노신의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 13a는 2가지 편집 구축물: RD0209 및 RP0001-PEG2-RLE0001 (PEG 링커를 갖는 RNA 표적화 분자; RLE0001 - 가닥 Ref.: 23; RP0001 - 가닥 Ref.: 24-25로 구성됨)의 농도 대비 퍼센트 편집 (% 편집; y-축)을 보여준다. 도 13b는 편집 조성물 RD0209 (상부 행) 및 RP0001-PEG2-RLE0001 (하부 행)의 다양한 농도에서 뉴클레오티드에 걸친 편집 그래프를 보여준다. 도 13c는 100 나노몰 (nM) 농도에서의 RL0079의 편집 그래프를 보여준다.
도 14a-14g는 GAPDH의 3' UTR 내 표적 아데노신의 SK-BR-3 인간 유방암 세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 퍼센트 편집은 x-축 상에 제시되고, 편집 구축물은 y-축 상에 제시된다.
도 15는 마우스 GAPDH의 3' UTR 내 표적 아데노신의 뮤린 1차 간세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 편집 화합물 및 상응하는 편집 효율을 각각의 그래프 상에 나타낸다. 제시된 서열: GGAGGGGCCTAGGGAGCCT (서열식별번호: 171).
도 16a-16b는 원숭이 GAPDH의 3' UTR 내 표적 아데노신의 1차 원숭이 간 섬유모세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 편집 화합물 및 상응하는 농도 및 편집 효율을 도 16a의 각각의 그래프에 대해 나타낸다. 도 16b의 막대 차트는 GAPDH의 표적 아데노신에 대한 편집 효율을 y-축 상에 나타내면서 화합물 및 그의 농도는 x-축 상에 표시함으로써 결과를 요약한 것이다.
도 17a-17f는 단백질 돌연변이 변이체를 생성하는 돌연변이를 포함하는 인간 유전자의 3' UTR 내 표적 아데노신의 트랜스제닉 마우스 간세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 편집 화합물 및 상응하는 편집 효율을 각각의 그래프에 대해 제시한다. 달리 나타내지 않는 한, 사용된 화합물의 농도는 100 nM이다.
도 1a-1b는 RNA 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 비제한적 성분 및 예를 보여준다. 도 1a는 이중-가닥 RNA 듀플렉스(100)를 보여주며, 여기서 RNA의 2개의 가닥은 말단 뉴클레오티드가 정렬된 (예를 들어, 5' 및/또는 3' 오버행 없이, 비-오버행) 상태로 서로 역평행으로 전개되는 것으로 도시된다. 화살표 머리는 2개의 RNA 가닥의 대향하는 방향성을 도시하고, 여기서 화살표의 "팁" (예를 들어, 화살표 머리 방향)은 RNA 가닥의 3' 단부를 가리키고, 대향하는 단부 (예를 들어, 꼬리, 화살표 머리가 있는 단부에 대향하는 단부)는 RNA 가닥의 5' 단부를 가리킨다. 또한, 단일-가닥 가이드 핵산(102)이 제시된다. 화살표 머리는 핵산의 대향하는 방향성을 도시하고, 여기서 화살표의 "팁" (예를 들어, 화살표 머리 방향)은 핵산의 3' 단부를 가리키고, 대향하는 단부 (예를 들어, 꼬리, 화살표 머리가 있는 단부에 대향하는 단부)는 핵산의 5' 단부를 가리킨다. 본 개시내용에 추가로 기재된 바와 같은 링커(104)의 예시가 추가로 제시된다. 도 1a에 도시된 바와 같은 일반 구조 (예를 들어, 백색 형상: 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 점무늬 형상: 단일-가닥 가이드 핵산; 및 파상선: 링커)는 문맥상 달리 요구되지 않는 한 이들 도면 전반에 걸쳐 계속되고 적용될 것이다. 도 1b는 1개의 가닥이 다른 것보다 더 길 수 있는, 본 개시내용의 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 비제한적 예를 보여준다. 제시된 바와 같이, 말단 뉴클레오티드는 정렬되지만 (예를 들어, 단부는 오버행 없이 평활함), 여분의 길이는 이중-가닥 듀플렉스의 하나 또는 둘 다의 가닥 내에 헤어핀 (예를 들어, 줄기-루프 구축물)을 포함한다. 상부 구조는 상부 가닥이 더 길고 헤어핀이 부재(110) 또는 존재(112)하는 돌출을 포함하지만, 하부 가닥은 돌출을 포함하지 않는 예를 보여준다. 하부 구조는 각각의 가닥이 헤어핀을 포함하는 예를 보여준다. 제시된 바와 같이, 헤어핀은 동일한(114) 또는 상이한(116) 길이일 수 있고, 상부 및 하부 가닥은 추가로 동등한(114) 또는 상이한(116) 길이일 수 있지만, 말단 뉴클레오티드는 여전히 정렬되어 있다 (예를 들어, 단부는 오버행 없이 평활함).
도 2a-2g는 본원에 기재된 바와 같은 여러 실시양태의 비제한적 예를 보여준다. 도 2a에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 단부(200) 및 3' 단부(202)에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것으로 제시된다. 추가 실시양태는 이중-가닥 RNA 듀플렉스와 단일-가닥 가이드 핵산 사이에 위치하는 링커를 사용하여 도시된다(204 및 206). 또한, 추가의 모이어티(280) (예를 들어, 전달 모이어티, 태그 또는 마커)가 단일-가닥 가이드 핵산에 대한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 연결에 대해 원위인 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 단부에 부착되어 있는 것으로 도시된다. 추가의 모이어티 (예를 들어, 전달 모이어티, 태그 또는 마커)는 단일-가닥 가이드 핵산과 상이한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥(208) 및 단일-가닥 가이드 핵산과 동일한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥(210)에 부착되어 있는 것으로 제시된다. 도 2b는 본원에 기재된 바와 같은 여러 실시양태의 비제한적 예를 보여준다. 단일-가닥 가이드 핵산은 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 링커에 연결된 것으로 제시된다. 제시된 바와 같이, 구성은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 단부(212 및 218) 또는 3' 단부(214 및 216)에 연결된 링커일 수 있고, 유사하게 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 RNA 가닥의 5' 단부(216 및 218) 또는 3' 단부(212 및 214)에 연결될 수 있다. 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 링커에 연결된 것으로 제시되고, 구성은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에 연결된 링커일 수 있고, 유사하게 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 RNA 가닥의 5' 또는 3' 단부에 연결될 수 있다. 도 2c는 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 링커에 연결된 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 상이한 예시적인 구성을 보여준다. 제시된 바와 같이, 구성은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에 연결된 링커일 수 있고, 유사하게 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 RNA 가닥의 5' 또는 3' 단부에 연결될 수 있다. 구조 220, 222, 224, 및 226에서, 링커 및 단일-가닥 가이드 핵산은 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체의 다중 모듈 (예를 들어, 1개 초과의 링커, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산)이 존재할 수 있음 (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임)을 예시하기 위해 괄호 안에 제시된다. 구조 228, 230, 232, 및 234에서, 링커 및 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 복합체의 다중 모듈 (예를 들어, 1개 초과의 링커, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스)이 존재할 수 있음 (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임)을 예시하기 위해 괄호 안에 제시된다. 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체 또는 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 복합체의 다중 모듈이 존재하는 경우에, 이들은 순차적일 수 있거나 (예를 들어, 링커-단일-가닥 가이드 핵산-링커-단일-가닥 가이드 핵산...n), 또는 이들은 다양한 구성으로 분지화될 수 있고 (예를 들어, 다중 단일-가닥 가이드 핵산을 갖는 분지형 링커, 또는 단일 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 링커); 이들이 각각 이전 성분 (예를 들어, 링커 또는 단일-가닥 가이드 핵산)의 단부에 부착될 필요는 없으며, 이들은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 말단 뉴클레오티드 및 단일-가닥 가이드 핵산을 통해 부착되는 것으로 제시된다. 연결은 임의의 부분을 통해 (예를 들어, 핵염기, 5개 탄소 당, 및/또는 포스페이트를 통해, 또는 본원에 추가로 기재된 바와 같이) 이루어질 수 있다. 도 2d-2f는 다양한 구성으로 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 링커에 연결된 단일-가닥 가이드 핵산을 보여준다. 링커 및 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 또는 링커 및 단일-가닥 가이드 핵산은 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 또는 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체의 다중 모듈이 존재할 수 있음을 예시하기 위해 괄호 안에 제시되고, 이들 다중 모듈은 도 2c에 기재된 바와 같다 (단일-가닥 가이드 핵산 또는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된 (예를 들어, 1개 초과의 링커, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산) (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임)). 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스 또는 링커-단일-가닥 가이드 핵산 복합체의 다중 모듈이 존재하는 경우에, 이들은 순차적일 수 있거나 (예를 들어, 링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스-링커-이중-가닥 RNA 듀플렉스...n), 또는 이들은 다양한 구성으로 분지화될 수 있고 (예를 들어, 다중 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 갖는 분지형 링커, 또는 단일 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된 링커), 예를 들어 이들이 각각 이전 성분 (예를 들어, 링커 또는 이중-가닥 RNA 듀플렉스)의 단부에 부착될 필요는 없으며, 이들은 이중-가닥 RNA 듀플렉스 중 하나 또는 각각의 말단 뉴클레오티드 및 단일-가닥 가이드 핵산 사이의 지점을 통해 부착되는 것으로 제시된다. 연결은 임의의 부분을 통해 (예를 들어, 핵염기, 5개 탄소 당, 및/또는 포스페이트를 통해, 또는 본원에 추가로 기재된 바와 같이) 이루어질 수 있다. 도 2d는 링커가 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 단부를 이중-가닥 RNA 듀플렉스에, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 가닥 중 임의의 것의 말단 뉴클레오티드 사이의 위치 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부가 아님)에서 연결한 예시적인 구성을 보여준다. 도 2e는 링커가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 단부를 단일-가닥 가이드 핵산에, 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드 사이의 위치 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부가 아님)에서 연결한 예시적인 구성을 보여준다. 도 2f는 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 링커에 연결된 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 비제한적 예를 보여주며, 여기서 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 가닥 중 임의의 것 및 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드 사이의 각각의 성분 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부가 아님)에 연결된다. 도 2g는 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 다중 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 예시적인 구성을 보여준다.
도 3a-3b는 RL0079 (음성 대조군) 및 RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥) 대비 RD0016 및 RD0034에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR)에서의 표적 아데노신의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 별표는 표적 아데노신에서 검출된 편집의 피크를 표시한다. 도 3a는 RL0079, RH0001, 및 RD0016 중 GAPDH의 3' UTR에서의 HeLa 세포에서의 편집을 보여준다. 도 3b는 RL0079, RH0001, 및 RD0034 중 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다.
도 4a-4e는 HeLa 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 4a-4e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 4a-4e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 4a는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4b는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4c는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4d는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 4e는 HeLa 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 5a-5e는 U-2 OS 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 5a-5e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 5a-5e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 5a는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5b는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5c는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5d는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 5e는 U-2 OS 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 6a-6e는 NCI-H1395 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 6a-6e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 6a-6e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 6a는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6b는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6c는 NCI-H1395 세포에서 1200U IFNα의 존재 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6d는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 6e는 NCI-H1395 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 7a-7e는 NCI-H1993 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 7a-7e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 7a-7e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 7a는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7b는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7c는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7d는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 7e는 NCI-H1993 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 8a-8e는 Hep G2 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 8a-8e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 8a-8e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 8a는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8b는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8c는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8d는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 8e는 Hep G2 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 9a-9e는 SK-BR-3 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 9a-9e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 9a-9e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 9a는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9b는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9c는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9d는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 9e는 SK-BR-3 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 10a-10e는 MCF-7 세포에서 인터페론 알파 (IFNα; 1200U)의 부재 (도 10a-10e의 각각의 상부 패널) 및 존재 (도 10a-10e의 각각의 하부 패널) 하에서의, RL0079 (음성 대조군), RH0001 (양성 대조군; RH0001 가닥), RD0016, RD0034, 및 RD0037에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR) 내 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 10a는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RL0079에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10b는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RH0001에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10c는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10d는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 10e는 MCF-7 세포에서 IFNα의 부재 (상부) 및 1200U IFNα의 존재 (하부) 하에서의 RD0037에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 11a-11c는 RD0016 및 RD0034에 의한 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH)의 3' 비번역 영역 (UTR)에서의 표적 아데노신 (박스표시)의 탈아미노화에 의한 편집을 보여주며, 각각의 도면은 이중으로 (상부 및 하부 패널) 수행된 시험을 나타낸다. 도 11a는 NCI-H1623 세포에서 IFNα의 부재 하의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 11b는 NCI-H1623 세포에서 240U IFNα의 존재 하의 RD0016에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 도 11c는 NCI-H1623 세포에서 IFNα의 부재 하의 RD0034에 의한 GAPDH의 3' UTR에서의 편집을 보여준다. 편집은 서열분석 데이터에 기초하여 표적 염기의 계산된 변화에 의해 제시된다. 제시된 서열: GCCATGTAGACCCCTT (서열식별번호: 169) 및 GCCATGTGGACCCCTT (서열식별번호: 170).
도 12a-12g는 링커 및 그의 구성의 비제한적 예를 보여준다. 도 12a-12g는 본원에 상술된 바와 같은 화학식 (I) - 화학식 (VII)에 상응한다.
도 13a-13c는 SK-BR3 세포의 3' 비번역 영역 (UTR)에서의 표적 아데노신의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 도 13a는 2가지 편집 구축물: RD0209 및 RP0001-PEG2-RLE0001 (PEG 링커를 갖는 RNA 표적화 분자; RLE0001 - 가닥 Ref.: 23; RP0001 - 가닥 Ref.: 24-25로 구성됨)의 농도 대비 퍼센트 편집 (% 편집; y-축)을 보여준다. 도 13b는 편집 조성물 RD0209 (상부 행) 및 RP0001-PEG2-RLE0001 (하부 행)의 다양한 농도에서 뉴클레오티드에 걸친 편집 그래프를 보여준다. 도 13c는 100 나노몰 (nM) 농도에서의 RL0079의 편집 그래프를 보여준다.
도 14a-14g는 GAPDH의 3' UTR 내 표적 아데노신의 SK-BR-3 인간 유방암 세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 퍼센트 편집은 x-축 상에 제시되고, 편집 구축물은 y-축 상에 제시된다.
도 15는 마우스 GAPDH의 3' UTR 내 표적 아데노신의 뮤린 1차 간세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 편집 화합물 및 상응하는 편집 효율을 각각의 그래프 상에 나타낸다. 제시된 서열: GGAGGGGCCTAGGGAGCCT (서열식별번호: 171).
도 16a-16b는 원숭이 GAPDH의 3' UTR 내 표적 아데노신의 1차 원숭이 간 섬유모세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 편집 화합물 및 상응하는 농도 및 편집 효율을 도 16a의 각각의 그래프에 대해 나타낸다. 도 16b의 막대 차트는 GAPDH의 표적 아데노신에 대한 편집 효율을 y-축 상에 나타내면서 화합물 및 그의 농도는 x-축 상에 표시함으로써 결과를 요약한 것이다.
도 17a-17f는 단백질 돌연변이 변이체를 생성하는 돌연변이를 포함하는 인간 유전자의 3' UTR 내 표적 아데노신의 트랜스제닉 마우스 간세포에서의 탈아미노화에 의한 편집을 보여준다. 편집 화합물 및 상응하는 편집 효율을 각각의 그래프에 대해 제시한다. 달리 나타내지 않는 한, 사용된 화합물의 농도는 100 nM이다.
본 개시내용은, 적어도 부분적으로, 핵산, 바람직하게는 리보핵산 (RNA)을 편집하는 데 유용한 방법 및 조성물에 관한 것이다. 이들 조성물을 활용하고 이들 방법을 실시함으로써, 핵산의 서열에 함유된 데이터를 변화 (예를 들어, 변경, 변형, 보정)시킬 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, 점 돌연변이를 야생형 뉴클레오티드로 변화시킬 수 있다. 또한, 핵산에 의해 코딩되는 단백질을 후속 번역에 영향을 미칠 수 있는 뉴클레오티드 (예를 들어, 뉴클레오티드, 뉴클레오시드, 핵염기) 변형을 통해 변형시킬 수 있다. 따라서, 본 개시내용의 조성물 및 방법은 적어도 부분적으로 치료 및/또는 진단 효과에 유용하다.
예를 들어, 비제한적으로, 일부 측면에서, 조성물은 세포내 RNA 편집 (예를 들어, 변형) 효소를 동원하는 데 효과적인 1종 이상의 특색, 및 그의 사용 방법을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 RNA 편집 효소의 국부 농도 (예를 들어, 조성물이 부재하는 위치와 비교하여 조성물의 근위의 농도)를 증가시키는 데 효과적인 1종 이상의 특색, 및 그의 실시 방법을 포함한다. 이들 동원 분자 (예를 들어, 조성물)는 주어진 뉴클레오티드 및/또는 핵산 서열을 (예를 들어, 비제한적으로, 표적 뉴클레오티드를 탈아미노화함으로써) 변형시키는 데 유용할 수 있다. 일부 측면에서, 조성물은 RNA 편집 효소를 특정한 표적 핵산 서열로 가이드하는 데 효과적인 1종 이상의 특색, 및 그의 사용 방법을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 RNA 편집 효소를 특정한 표적 뉴클레오티드로 가이드하는 데 효과적인 1종 이상의 특색, 및 그의 실시 방법을 포함한다. 일부 측면에서, 조성물은 표적 핵산 서열 및/또는 표적 뉴클레오티드에 대한 RNA 편집 효소의 국부 농도 (예를 들어, 조성물이 부재하는 위치와 비교하여 표적 핵산 서열 및/또는 표적 뉴클레오티드의 근위의 농도)를 증가시키는 데 효과적인 1종 이상의 특색, 및 그의 사용 방법을 포함한다.
RNA 편집 효소는 동물계 및 식물계 전체에 걸친 진핵생물 종, 뿐만 아니라 바이러스, 고세균, 및 원핵생물에서 관찰되었고, 세포의 시토졸 및 핵, 뿐만 아니라 식물의 미토콘드리아 및 색소체에서 발생할 수 있다. RNA 편집의 다양한 예가 존재하지만, 효소에 의한 탈아미노화에 의한 뉴클레오시드 편집을 포함한다. 이들 효소 (예를 들어, 아데노신 데아미나제, 시티딘 데아미나제)는 뉴클레오시드에 대해 작용하고, 아데노신 (A)-에서-이노신 (I) 및 시티딘 (C)-에서-우리딘 (U) 전환을 발생시킨다. 이들 전환은 유기체 내에서 광범위한 효과를 가질 수 있다. 예를 들어, A-에서-I 전환은 번역 동안 I가 구아노신 (G)으로 해석되어, RNA의 정보 내용과 관련하여 A-에서-I 전환을 A-에서-G 전환으로 효과적으로 만들 것이기 때문에 번역 변화를 발생시킬 수 있다. 따라서, mRNA 또는 프리-mRNA에서 A-에서-I 전환은 RNA 분자의 단백질 코딩 능력 또는 메시지를 변경시킬 가능성을 갖는다. 아데노신 데아미나제 효소 (예를 들어, RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR))는 인식 도메인 및 촉매 도메인을 포함하는 다중-도메인 단백질이다. 인식 도메인은 특이적 이중-가닥 RNA (dsRNA) 서열 및/또는 입체형태를 인식하는 반면, 촉매 도메인은 표적 RNA 상의 인식 부위에 비교적 가까운 위치의 A를 I로 탈아미노화 (예를 들어, 전환)시킨다.
RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR)는 이중-가닥 RNA (dsRNA)에의 결합 및 탈아미노화에 의한 아데노신 (A)의 이노신 (I)으로의 전사후 전환을 담당하는 효소의 군이다. 인간에서, 예를 들어 hADAR1, hADAR2, 및 hADAR3으로 공지되어 있는 다양한 ADAR 효소가 존재하며, 이들 효소의 탈아미노화 활성은 많은 생물학적 연구 분야의 초점이 되어 왔다. 예를 들어, 표적 핵산 (예를 들어, RNA), 및 보다 더 구체적으로 표적 뉴클레오티드의 지시된 탈아미노화를 위한 이들 효소의 조작은 수년 동안 조사되어 왔다.
ADAR은 친핵성 공격을 위한 활성화된 물 분자의 사용에 의해 (예를 들어, 가수분해성 탈아미노화) A에서 I로의 반응을 촉매한다. 이노신은 구아닌 (G)과 구조적으로 유사하기 때문에, 전환후 탈아미노화된 뉴클레오티드 (예를 들어, I)는 시토신 (C)과 쌍형성할 것이다. 추가로 이노신은 번역 동안 전형적으로 구아노신으로 해석되며, 이는 후속적으로 단백질 번역에 영향을 미칠 수 있는 코돈 변화, 뿐만 아니라 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같은 다른 메카니즘을 생성할 수 있는 특징이다.
편집 (예를 들어, 탈아미노화)은 또한 표적 RNA의 비-코딩 서열 (예를 들어, 비번역 영역 (UTR), 인트론)에서 발생할 수 있다. 예를 들어, 5' UTR에서의 편집 또는 전환은 천연 (예를 들어, 원래의, 야생형 (wt)) 개시 부위의 상류에 비-천연 번역 개시 부위의 생성을 발생시킬 수 있으며, 이는 아미노-말단 (즉, N-말단)에 추가의 잔기를 갖는 단백질을 생성한다. 3' UTR에서의 편집 사건은 3' UTR 결합 또는 프로세싱 (예를 들어, miRNA-기반 조절, 폴리아데닐화)에 영향을 미칠 수 있거나, 또는 인트론의 편집은 스플라이싱에 영향을 미쳐 엑손 스키핑에 의해 최종 단백질을 변화시킬 수 있다.
상기 논의된 바와 같이, ADAR 효소는 편집을 (예를 들어, 탈아미노화에 의해) 일반적 방식으로 지시하며, 이는 이것이 특이적이고 미세하게 제어된 위치에서 편집하지 않고, 대신에 어떠한 뉴클레오티드(들)가 편집되는지에 영향을 미치는 다양한 인자에 의해 영향을 받는다는 것을 의미한다. 예를 들어, 이러한 인자는, 예컨대 비제한적으로, 표적 서열, 제2 RNA 가닥 (예를 들어, gRNA)의 서열, 표적 뉴클레오티드의 위치, 제2 RNA 가닥 (예를 들어, gRNA)의 상보성의 정도, RNA에서의 변형 (예를 들어, gRNA 변형 (예를 들어, 뉴클레오시드 변형, 연결 또는 백본 변형))의 정도 및 유형, 및 핵산 (예를 들어, 표적 핵산, gRNA)의 길이와 관련될 수 있다.
따라서, 표적 서열 및 뉴클레오티드의 편집을 위한 ADAR의 효율적인 사용을 지시할 수 있는 ADAR 동원 및 표적화 분자 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산 (예를 들어, 편집 도메인, 표적화 도메인)에 연결된 이중-가닥 RNA 듀플렉스 (예를 들어, 동원 도메인)를 포함함)가 본원에 개시된다.
ADAR 동원 및 표적화 분자
본 개시내용은, 적어도 부분적으로, 핵산을 편집하는 데 사용하기 위한 조성물에 관한 것이다. 일부 측면에서, 조성물은 편집 효소를 분자로 유인하는 데 사용된다. 그렇게 함에 있어서, 동원 분자는 표적의 근처 (예를 들어, 위치, 장소, 근위)에 편집 효소의 농도를 증가시켜, 효소가 표적 (예를 들어, 핵산, 뉴클레오티드)을 편집할 가능성을 증가시킬 수 있다. 일부 측면에서, 조성물은 편집 효소에 의한 편집을 위한 핵산 서열을 표적화하는 표적화 분자이거나 또는 그를 포함한다. 표적화 분자는, 일부 측면에서, 편집 효소에 대한 결합 지점을 생성하고, 이를 단일-가닥 가이드 핵산에 의해 표적 서열로 지시함으로써, 편집 효소가 표적 편집 부위 근처에 존재할 가능성을 증가시킨다. 일부 실시양태에서, 표적화 분자는 핵산을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, (예를 들어, 표적화 분자의) 핵산은 리보핵산 (RNA)이다. 일부 실시양태에서, 핵산은 듀플렉스화된 핵산 (예를 들어, 2개의 가닥을 포함함)이다. 일부 실시양태에서, 핵산은 듀플렉스화된 RNA이다.
일부 측면에서, 개시내용은 이중-가닥 리보핵산 (RNA) 듀플렉스를 포함하는 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 동원 분자에 관한 것이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 RNA의 2개의 가닥 (또한 본원에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 "2개의 RNA 가닥" 및/또는 일반적으로 "RNA 가닥"으로 지칭됨)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개의 RNA 가닥을 포함하며, 여기서 RNA의 하나의 가닥의 말단 뉴클레오티드는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 RNA의 다른 가닥의 말단 뉴클레오티드와 정렬된다. 일부 실시양태에서, 2개의 RNA 가닥은 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖는다. 일부 실시양태에서, 2개의 RNA 가닥은 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖지 않는다.
도 1a는 5'에서 3' 배향으로 제시된 상부 가닥, 및 상부 가닥에 대해 역평행 배향으로 제시된 하부 가닥을 갖는 이중-가닥 RNA 듀플렉스(100)의 예시적인 구조를 보여준다. 본원에 기재된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 상부 가닥의 말단 뉴클레오티드는 하부 가닥의 말단 뉴클레오티드와 정렬된다. 예를 들어, 상부 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드가 하부 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드와 정렬된 경우에, 듀플렉스(100)의 좌측 단부는 평활-단부인 것으로 및/또는 오버행을 함유하지 않는 것으로 기재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 상부 가닥의 양쪽 말단 뉴클레오티드는 하부 가닥의 말단 뉴클레오티드와 정렬된다. 이전 예에서 계속하여, 상부 가닥이 그의 3' 말단 뉴클레오티드에서 하부 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 추가로 정렬된 경우에, 듀플렉스(100)의 양쪽 단부는 평활 단부인 것으로 및/또는 오버행을 함유하지 않는 것으로 기재될 수 있다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 단부는 본원에서 평활-단부이거나 또는 오버행을 함유하는 것을 특징으로 할 수 있다. 이러한 특징화는 특히 듀플렉스의 가닥 사이의 관계를 기재하는 데 사용될 수 있는 것으로 인지되어야 한다. 따라서, 이러한 특징화는 듀플렉스에 부착될 수 있는 임의의 추가의 성분 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산, 링커)을 설명하지 않을 수 있다. 예를 들어, 다시 도 1a를 참조하면, 일부 측면에서, 본 개시내용은 임의로 링커(104)를 통해 단일-가닥 가이드 핵산(102)에 부착된 이중-가닥 RNA 듀플렉스(100)를 포함하는 RNA 표적화 분자를 제공한다.
패널 (A)에 제시된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 듀플렉스(100)의 1개의 가닥은 단일-가닥 가이드(102)에 직접적으로 (예를 들어, 뉴클레오시드간 연결을 통해) 부착된다. 패널 (A)에 제시된 RNA 표적화 분자는 단일-가닥 가이드 부분 (점무늬 형상)에 의해 제공되는 오버행을 함유하는 것으로 언급될 수 있지만, 듀플렉스 부분 (백색 형상)은 듀플렉스 부분의 상부 및 하부 가닥과 관련하여 오버행을 함유할 수 있거나 또는 함유하지 않을 수 있다. 유사하게, 패널 (B)는 듀플렉스(100)의 1개의 가닥이 링커(104)를 통해 단일-가닥 가이드(102)에 부착되고, RNA 표적화 분자의 듀플렉스 부분이 듀플렉스 부분의 상부 및 하부 가닥과 관련하여 오버행을 함유할 수 있거나 또는 함유하지 않을 수 있는 것의 예를 도시한다.
따라서, 도 1a의 패널 (A)에 제시된 RNA 표적화 분자를 다시 한번 참조하면, 일부 실시양태에서, 듀플렉스 부분의 상부 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드가 듀플렉스 부분의 하부 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 정렬된다는 것이 인지될 것이다. 따라서, 본 개시내용은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 뉴클레오티드를 지칭할 수 있으며, 여기서 말단 뉴클레오티드는 분자의 듀플렉스 부분에 대해 정의된다. 분자가 추가의 핵산 성분 (예를 들어, 1개 이상의 추가의 뉴클레오티드, 링커, 및/또는 단일-가닥 가이드 핵산)을 포함할 수 있기 때문에, 듀플렉스 부분의 말단 뉴클레오티드는 반드시 그것이 위치하는 가닥의 말단 뉴클레오티드일 필요는 없다는 것이 이해되어야 한다.
2개의 RNA 가닥이 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖지 않고, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 각각의 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드가 정렬되는 (예를 들어, 대향하는 가닥의 말단 뉴클레오티드를 지나서 매달리지 않는) 경우에, 듀플렉스는 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 포함된 각각의 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드가 정렬된다는 (예를 들어, 대향하는 가닥의 말단 뉴클레오티드를 지나서 매달리지 않는다는) 사실로 인해 돌출을 포함할 것이다. 본원에 사용될 수 있는 용어 "돌출"은 핵산의 가닥이 핵산의 그의 파트너 (예를 들어, 상보적) 가닥에 평행하지 않아서, 100% 상보성을 공유하고/거나 동일한 수의 뉴클레오티드로 구성된 가닥에서 비정상적인 형상을 형성하는 특성을 지칭한다. 돌출은 간단히, 염기 쌍형성된 절편 (예를 들어, 뉴클레오티드)보다 그의 대향하는 가닥으로부터 공간적으로 더 멀리 떨어진 듀플렉스의 비-연결된 절편 (예를 들어, 뉴클레오티드)으로서 예시될 수 있다. 돌출은 또한 핵산의 부유 단일-가닥 절편으로서 예시될 수 있으며, 여기서 이는 추가의 형상 (예를 들어, 헤어핀)을 형성할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 돌출을 포함한다. 일부 실시양태에서, 돌출은 RNA 가닥의 5' 또는 3' 단부에 존재하지 않는다.
도 1b는 적어도 1개의 돌출을 갖는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 예를 보여준다. 일부 실시양태에서, 돌출은 듀플렉스(110)에 의해 예시된 바와 같이 듀플렉스의 1개의 가닥 내에 위치한 뉴클레오티드의 쌍형성되지 않은 절편이다. 일부 실시양태에서, 쌍형성되지 않은 절편이 가닥 내에서 자기-혼성화할 수 있는 비-인접 부분을 포함하는 경우에, 돌출은 헤어핀이다 (예를 들어, 듀플렉스(112, 114, 및 116)에 의해 예시된 바와 같음). 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 듀플렉스(112)에 대해 제시된 바와 같이 1개의 RNA 가닥 내에 헤어핀을 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 가닥은 1개 초과의 돌출을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개의 RNA 가닥을 포함하며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 적어도 1개의 돌출을 포함한다. 일부 실시양태에서, 듀플렉스의 각각의 가닥은 듀플렉스(114)에 대해 제시된 바와 같이 동일한 수의 뉴클레오티드의 절편에 의해 형성된 돌출을 포함한다. 일부 실시양태에서, 듀플렉스의 각각의 가닥은 듀플렉스(116)에 대해 제시된 바와 같이 상이한 수의 뉴클레오티드의 절편에 의해 형성된 돌출을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 (a) 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 및 (b) 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 (a) 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 (a) 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고; (b) 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다.
일부 측면에서, 개시내용은 이중-가닥 리보핵산 (RNA) 듀플렉스를 포함하는 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 동원 분자에 관한 것이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 (a) 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고; (b) 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하며, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1-5개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 미스매치 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 또는 3개)는 워블 염기 쌍이다. 그러나, 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍 중 어떠한 것도 워블 염기 쌍이 아니다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 이중-가닥 RNA 듀플렉스이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적인 것인 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 및 (b) 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥은 단일-가닥 가이드 핵산에 직접 (예를 들어, RNA 듀플렉스의 상보적 RNA 가닥보다 더 긴, 긴 RNA 가닥의 형태로) 연결된다. 그러나, 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커 (예를 들어, 공유 링커, 예를 들어 중합체 또는 다른 합성 링커)를 통해 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하며, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1-5개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 미스매치 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 또는 3개)는 워블 염기 쌍이다. 그러나, 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍 중 어떠한 것도 워블 염기 쌍이 아니다.
도 2a는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 (백색 형상) 및 단일-가닥 가이드 핵산 (점무늬 형상)을 포함하고, 링커 (파상 형상) 및 추가의 모이어티 (태그 또는 마커, 및 전달 모이어티 포함)를 포함하는 임의적인 성분을 포함하는, RNA 표적화 분자의 부분의 상이한 배열의 비제한적 예를 도시한다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 듀플렉스 부분 및 단일-가닥 가이드 부분을 포함하며, 여기서 듀플렉스 부분의 1개의 가닥은 뉴클레오시드간 연결을 통해 단일-가닥 가이드 부분에 부착된다. 예를 들어, RNA 표적화 분자(200)는 단일-가닥 가이드 부분의 3' 말단 뉴클레오티드가 뉴클레오시드간 연결을 통해 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. RNA 표적화 분자(202)는 단일-가닥 가이드 부분의 5' 말단 뉴클레오티드가 뉴클레오시드간 연결을 통해 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. RNA 표적화 분자(200 및 202)에 의해 일반적으로 예시된 바와 같이, RNA 표적화 분자의 1개의 가닥은 단일-가닥 가이드 부분 및 듀플렉스 부분의 1개의 가닥을 포함하는 뉴클레오티드의 인접 스트레치를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 듀플렉스 부분 및 단일-가닥 가이드 부분을 포함하며, 여기서 듀플렉스 부분의 1개의 가닥은 링커를 통해 단일-가닥 가이드 부분에 부착된다. 다시 도 2a를 참조하면, RNA 표적화 분자(204)는 단일-가닥 가이드 부분의 3' 말단 뉴클레오티드가 링커를 통해 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. RNA 표적화 분자(206)는 단일-가닥 가이드 부분의 3' 말단 뉴클레오티드가 링커를 통해 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같은 추가의 모이어티(280)를 포함한다. 예를 들어, RNA 표적화 분자(208 및 210)는 추가의 모이어티가 각각 RNA 표적화 분자(204 및 206) 상에 존재하는 예를 보여준다.
도 2b는 링커를 포함하는 RNA 표적화 분자의 추가의 예를 도시한다. RNA 표적화 분자(212)는 단일-가닥 가이드 부분의 5' 말단 뉴클레오티드가 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. RNA 표적화 분자(214)는 단일-가닥 가이드 부분의 3' 말단 뉴클레오티드가 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 3' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. RNA 표적화 분자(216)는 단일-가닥 가이드 부분의 3' 말단 뉴클레오티드가 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다. RNA 표적화 분자(218)는 단일-가닥 가이드 부분의 5' 말단 뉴클레오티드가 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 보여준다.
상이한 성분의 다른 구성 (예를 들어, 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 단일-가닥 가이드 핵산, 및 1종 이상의 임의적인 성분의 상이한 상대 위치를 갖는 것)이 또한 본 출원에 보다 상세하게 기재된 바와 같이 사용될 수 있다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 (a) 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 및 (b) 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과)를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 적어도 2개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 적어도 3개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과)을 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 적어도 2개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 적어도 3개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
도 2c는 링커를 통해 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 상이한 예시적인 구성을 보여준다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 RNA 표적화 분자(220, 222, 224, 및 226)에 의해 예시된 바와 같이 1개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산에 부착된다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 RNA 표적화 분자(228, 230, 232, 및 234)에 의해 예시된 바와 같이 1개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 부착된다. 도 2c에 제시된 예시적인 구성은 어느 하나의 부분이 다른 부분에 부착된 다중 모듈이 존재할 수 있음을 예시하기 위해 (아래첨자 "n"으로 표시됨, 여기서 n은 1 이상임) 단일-가닥 가이드 부분 또는 듀플렉스 부분을 괄호 안에 도시한다. 상이한 부착 구성은 도 2a 및 2b에 도시된 상응하는 구조에 대해 기재된 바와 같다.
도 2a-2c에 제시된 RNA 표적화 분자 구성은 링커가 분자의 각각의 듀플렉스 부분 및 단일-가닥 가이드 부분의 말단 뉴클레오티드에 부착된 예를 제공한다. 그러나, 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 부분의 말단 뉴클레오티드는 도 2d에 제시된 예시적인 구성에 의해 예시된 바와 같이 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 내부 (예를 들어, 비-말단) 뉴클레오티드에 부착된다. 일부 실시양태에서, 듀플렉스 부분의 1개의 가닥의 말단 뉴클레오티드는 도 2e에 제시된 예시적인 구성에 의해 예시된 바와 같이 단일-가닥 가이드 부분의 내부 뉴클레오티드에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 도 2f에 제시된 예시적인 구성에 의해 예시된 바와 같이 RNA 표적화 분자의 각각의 듀플렉스 부분 및 단일-가닥 가이드 부분의 내부 뉴클레오티드에 부착된다. 추가의 예시적인 구성이 도 2g에 예시되어 있다.
일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하며, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는다.
본원에 사용될 수 있는 용어 "뉴클레오시드"는 일반적으로 포스페이트 기가 없는 뉴클레오티드인 것으로 공지된 글리코실아민 (예를 들어, N-글리코시드)을 지칭한다. 뉴클레오시드는 핵염기 (예를 들어, 질소함유 염기 (예를 들어, 핵염기)) 및 펜토스 당 (예를 들어, 리보스)으로 이루어진다. 펜토스 당은 리보스 또는 데옥시리보스일 수 있다. 뉴클레오시드는 RNA 및 DNA의 구성 성분인 뉴클레오티드의 생화학적 전구체이다. 본원에 사용될 수 있는 용어 "뉴클레오티드"는 핵염기 및 펜토스 당 (즉, 뉴클레오시드), 및 1개 이상의 포스페이트 기를 지칭한다. 뉴클레오시드에서, 아노머 탄소는 글리코시드 결합을 통해 퓨린의 N9 또는 피리미딘의 N1에 연결된다. 뉴클레오시드 및 핵염기의 예는, 비제한적으로, 시티딘 (C), 우리딘 (U), 아데노신 (A), 구아노신 (G), 티미딘 (T), 및 이노신 (I)을 포함하지만, 또한 용어는 변형 (이러한 용어는 본원에 정의됨)으로부터 생성된 뉴클레오시드를 기재하는 것으로 이해되어야 하며, 이는 이것이 핵염기 및 펜토스 당을 함유하기 때문이다. 예를 들어, 뉴클레오시드는 천연 뉴클레오시드 (예를 들어, 데옥시아데노신, 데옥시티미딘, 데옥시구아노신, 및 데옥시시티딘), 뉴클레오시드 유사체 (예를 들어, 2-아미노아데노신, 2-티오티미딘, 이노신, 피롤로-피리미딘, 3-메틸 아데노신, 5-메틸시티딘, C5 브로모우리딘, C5 플루오로우리딘, C5 아이오도우리딘, C5 프로피닐 우리딘, C5 프로피닐 시티딘, C5 메틸시티딘, 7 데아자아데노신, 7 데아자구아노신, 8 옥소아데노신, 8 옥소구아노신, O(6) 메틸구아닌, 4-아세틸시티딘, 5-(카르복시히드록시메틸)우리딘, 디히드로우리딘, 메틸슈도우리딘, 1-메틸 아데노신, 1-메틸 구아노신, N6-메틸 아데노신, 및 2-티오시티딘), 화학적으로 변형된 염기, 생물학적으로 변형된 염기 (예를 들어, 메틸화 염기), 삽입된 염기, 변형된 당 (예를 들어, 2'-플루오로리보스, 리보스, 2'-데옥시리보스, 2´-O-메틸시티딘, 아라비노스, 및 헥소스), 또는 변형된 포스페이트 기 (예를 들어, 포스포로티오에이트 및 5' N 포스포르아미다이트 연결), 크산틴, 하이포크산틴, 누불라린, 이소구아니신, 투베르시딘, 2-아미노퓨린, 2,6-디아미노퓨린, 3-데아자아데노신, 7-데아자아데노신, 7-메틸아데노신, 8-아지도아데노신, 8-메틸아데노신, 5-히드록시메틸시토신, 5-메틸시티딘, 피롤로시티딘, 7-아미노메틸-7-데아자구아노신, 7-데아자구아노신, 7-메틸구아노신, 8-아자-7-데아자구아노신, 티에노구아노신, 이노신, 4-티오-우리딘, 5-메톡시우리딘, 디히드로우리딘, 및 슈도우리딘을 포함한다. 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 용어 "핵산", "뉴클레오티드 서열", "폴리뉴클레오티드", "올리고뉴클레오티드", 및 "뉴클레오티드의 중합체"는 적어도 2개의 염기-당-포스페이트 조합 (예를 들어, 뉴클레오티드, 뉴클레오시드 및 포스페이트 기)의 스트링을 지칭하고, 특히 단일-가닥 및 이중-가닥 DNA, 단일-가닥 및 이중-가닥 영역의 혼합물인 DNA, 단일-가닥 및 이중-가닥 RNA, 및 단일-가닥 및 이중-가닥 영역의 혼합물인 RNA, 단일-가닥 또는 보다 전형적으로 이중-가닥 또는 단일-가닥 및 이중-가닥 영역의 혼합물일 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 또한, 본원에 사용된 용어 (예를 들어, 핵산 등)는 RNA 또는 DNA 또는 RNA 및 DNA 둘 다를 포함하는 삼중-가닥 영역을 지칭할 수 있다. 이러한 영역 내의 가닥은 동일한 분자 또는 상이한 분자로부터의 것일 수 있다. 영역은 1개 이상의 분자 모두를 포함할 수 있지만, 보다 전형적으로는 분자의 일부의 영역만을 수반한다. 삼중-나선 영역의 분자 중 1개는 종종 올리고뉴클레오티드로 지칭된다.
용어 (예를 들어, 핵산 등)는 또한 핵산의 이러한 화학적으로, 효소적으로, 또는 대사적으로 변형된 형태, 뿐만 아니라 바이러스 및 세포, 예컨대 단순 및 복합 세포의 특징적인 DNA 및 RNA의 화학적 형태를 포괄한다. 예를 들어, 본원에 사용된 용어 (예를 들어, 핵산 등)는 1개 이상의 변형된 염기를 함유하는 본원에 기재된 바와 같은 DNA 또는 RNA를 포함할 수 있다. 핵산은 천연 및 합성 또는 변형된 뉴클레오티드, 뉴클레오시드, 및/또는 핵염기를 포함할 수 있다. 따라서, 단지 2가지 예를 들자면, 이노신과 같은 비통상적 염기 또는 트리틸화된 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA는 본원에 사용된 용어와 같은 핵산이다. 용어 (예를 들어, 핵산 등)는 또한 펩티드 핵산 (PNA), 포스포로티오에이트, 및 천연 핵산의 포스페이트 백본의 다른 변이체를 포함한다. 천연 핵산은 포스페이트 백본을 갖고, 인공 핵산은 다른 유형의 백본을 함유할 수 있지만, 동일한 염기를 함유한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 변형된 백본을 갖는 DNA 또는 RNA는 상기 용어가 본원에서 의도되는 바와 같은 핵산이다.
용어 "백본 변형", "뉴클레오시드간 연결 변형", "백본 연결에 대한 변형", 및 문맥이 필요로 할 수 있는 바와 같은 이들 어구의 변형은, 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 바와 같이, 포스페이트-당 백본의 포스페이트 또는 핵산의 연결 (예를 들어, 뉴클레오시드를 연결하는 포스페이트)에 대한 변형 (예를 들어, 하기 추가로 기재된 바와 같은 화학적, 구조적)을 지칭할 수 있다. 다시 말해서, 본원에서 백본 변형을 언급할 때, 핵산의 포스페이트는 그의 천연 또는 야생형 상태로부터 변형 (예를 들어, 변경)된 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 포스페이트 기에 대한 포스포로티오에이트 변형은 본원에서 보다 일반적으로 백본 변형 또는 뉴클레오시드간 연결에 대한 변형으로서 지칭될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상의 변형을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 하나 또는 둘 다는 1개 이상의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 단일-가닥 가이드 핵산은 1개 이상의 변형을 포함한다. 본원에 사용될 수 있는 용어 "변형"은 뉴클레오티드, 뉴클레오시드, 핵염기, 올리고뉴클레오티드, 포스페이트 백본, 또는 그의 구성 부분 또는 연결 (즉, 질소성 염기 (예를 들어, 핵염기), 당, 또는 포스페이트 기)의, 그 상의, 또는 그에 대한 변형을 지칭한다. 추가적으로, 변형된 핵산은 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 구축에서 추가로 사용될 수 있고, 반드시 분자 생성의 일부로서 변형될 필요는 없다는 것을 주지하여야 한다. 예를 들어, 비제한적으로, 본원에 기재된 바와 같은 변형을 함유하는 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화는 뉴클레오티드 (또는 그의 구성 부분 또는 등가물 중 임의의 것)에 대한 변형의 결과일 수 있거나, 또는 변형된 상태로 생성된 뉴클레오티드 (또는 그의 구성 부분 또는 등가물 중 임의의 것)를 사용하는 것으로부터 생성될 수 있다. 변형은 종종 안정성을 증가시키거나, 오프-타겟 효과를 감소시키거나, 혼성화 (예를 들어, 결합) 특성을 증가시키거나, 또는 독성을 감소시키기 위해 다양한 이유로 도입될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 이중-가닥 RNA 듀플렉스 중 하나 또는 둘 다의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및/또는 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 핵염기 변형을 포함한다. 퓨린 및/또는 피리미딘 핵염기는, 예를 들어, 헤테로시클릭 고리의 아미노화 또는 탈아미노화에 의해 변형될 수 있다. 추가로, 변형된 당, 예컨대 당 (예를 들어, 리보스)에 대한 2'-O 치환 (예를 들어, 변형), 예컨대 비제한적으로, 2'-O-메톡시에틸 당, 2'-플루오로 당 변형 (2'-플루오로), 2'-O-메틸 당 (2'-O-메틸), 2'-O-에틸 당, 2'-Cl, 2'-SH 및 그의 치환 (예를 들어, 2'-SCH3) 비시클릭 당 모이어티, 또는 치환, 예컨대 하기를 갖는 2'-O 모이어티: 저급 알킬, 시클로알킬, 아릴, 아르알킬, 헤테로아릴 또는 그의 치환 (예를 들어, -CH3, -CF3), 2'-아미노 또는 그의 치환, 2',3'-세코 뉴클레오티드 모방체, 2'-F-아라비노 뉴클레오티드, 역전된 뉴클레오티드, 역전된 2'-O-메틸 뉴클레오티드, 폴리에틸렌글리콜 (PEG), 알킬아미노 뉴클레오티드, 디알킬아미노 뉴클레오티드, 헤테로시클릴 뉴클레오티드, 아릴아미노 뉴클레오티드, 디아릴 아미노 뉴클레오티드, 헤테로아릴 아미노 뉴클레오티드, 디헤테로아릴 아미노 뉴클레오티드, 에틸렌 디아민 뉴클레오티드, 폴리아미노 뉴클레오티드, 아미노알콕시 뉴클레오티드, 2'-O-데옥시 뉴클레오티드, 시아노 뉴클레오티드, 메르캅토 뉴클레오티드, 알킬-티오-알킬 뉴클레오티드, 티오알콕시 뉴클레오티드, 알케닐, 알키닐, 시클로알킬, 아릴, 메톡시에틸 (2'-O-MOE), 2'-O-알릴, 2'-C-알릴, 2'-플루오로, -H (DNA에서와 같음), 또는 다른 치환기가 도입될 수 있다. 리보스 모방체, 예컨대 비제한적으로 모르폴리노, 글리콜 핵산 (GNA), UNA, 시클로헥세닐 핵산 (CeNA)이 또한 고려된다.
다른 예는 2'-4' 당 가교된 변이체, 예컨대 잠금-핵산 (LNA), 및 2'-O, 4'-C-에틸렌-가교된 핵산 (ENA)을 포함한다. 잠금 핵산은 리보스 당이 2' 산소와 4' 탄소를 연결하는 가교 (종종 2' 산소와 4' 탄소 사이의 메틸렌 가교로서 보여짐)에 의해 변형된, 변형된 RNA 뉴클레오티드이다. 이러한 가교는 작동가능하게 리보스를 3'-엔도 입체형태로 "잠근다". 잠금 리보스 당 입체형태는 염기 적층 및 백본 사전-조직화를 증진시킬 수 있으며, 이는 그의 혼성화 특성 (예를 들어, 열 안정성 및 혼성화 특이성)에 영향을 미칠 수 있다 (예를 들어, 증가시킬 수 있다). 잠금 핵산은 RNA 및 DNA 올리고뉴클레오티드 둘 다에 삽입되어 전형적인 왓슨-크릭(Watson-Crick) 염기-쌍형성 규칙 (즉, 상보성)에 따라 DNA 또는 RNA와 혼성화할 수 있다.
다른 화학 및 변형은 본 개시내용에 따라 용이하게 사용될 수 있는 올리고뉴클레오티드 분야에 공지되어 있고, 핵산 변형의 정의 내에 포괄되며, 예를 들어, 용어 변형은 천연 뉴클레오시드 이외의 임의의 뉴클레오시드의 형성을 발생시키는 임의의 변경, 변화, 또는 조작을 추가로 포함할 것이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 이중-가닥 RNA 듀플렉스 중 하나 또는 둘 다의 RNA 가닥은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및/또는 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 뉴클레오티드 사이의 연결은 포스포로티오에이트 에스테르 또는 포스포로디티오에이트 에스테르, 및 콜레스테롤을 생성하는 데 사용될 수 있는 포스포디에스테르 결합의 티오화에 의해 변형될 수 있다. 연결에 대한 추가의 변형은 아미드화 및 펩티드 링커를 포함한다. 다른 예는 포스포디에스테르, 포스포트리에스테르, 포스포로(디)티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스포르-아미데이트 링커, 포스포네이트, 3'-메틸렌포스포네이트, 5'-메틸렌포스포네이트, 보라노포스페이트, 5'-모노포스페이트 ((HO)2(O)P-O-5'); 5'-디포스페이트 ((HO)2(O)P-O-P(HO)(O)-O-5'); 5'-트리포스페이트 ((HO)2(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5'); 5'-구아노신 캡 (7-메틸화 또는 비-메틸화) (7m-G-O-5'-(HO)(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5'); 5'-아데노신 캡 (Appp), 및 임의의 변형 또는 비변형된 뉴클레오티드 캡 구조 (N-O-5'-(HO)(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5'); 5'-모노티오포스페이트 (포스포로티오에이트; (HO)2(S)P-O-5'); 5'-모노디티오포스페이트 (포스포로디티오에이트; (HO)(HS)(S)P-O-5'), 5'-포스포로티올레이트 ((HO)2(O)P-S-5'); 산소/황 대체된 모노포스페이트, 디포스페이트 및 트리포스페이트의 임의의 추가의 조합 (예를 들어 5'-알파-티오트리포스페이트, 5'-감마-티오트리포스페이트 등), 5'-포스포르아미데이트 ((HO)2(O)P-NH-5', (HO)(NH2)(O)P-O-5'), 5'-알킬포스포네이트 (예를 들어 RP(OH)(O)-O-5'-, (OH)2(O)P-5'-CH2-, R=알킬, 메틸, 에틸, 이소프로필, 프로필, 등), 5'-알킬에테르포스포네이트 (예를 들어 RP(OH)(O)-O-5'-, R=알킬에테르, 메톡시메틸 (MeOCH2-), 에톡시메틸 등) 등을 포함한다. 추가로, 이성질체의 키랄성이 변형될 수 있다 (예를 들어, Rp 및 Sp).
이중-가닥 RNA 듀플렉스
일부 측면에서, 본 개시내용은 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 성분에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 함께 혼성화되어 듀플렉스를 형성하는 2개의 핵산 (예를 들어, 2개의 RNA 가닥, 2개의 DNA 가닥, DNA 및/또는 RNA의 조합 등)을 포함하며, 여기서 2개의 RNA 가닥은 동등한 수의 뉴클레오티드로 이루어진다. 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 목적을 달성하기 위한 임의의 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 염기 쌍 길이이고, 다시 말해서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 동등한 길이이기 때문에 (예를 들어, 동등한 수의 뉴클레오티드로 이루어짐), 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 적어도 2개의 뉴클레오티드를 포함한다. 이러한 의미에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 길이는 그것이 포함되는 RNA 가닥의 길이로 지칭될 수 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이 (예를 들어, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과의 뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 100개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 90개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 70개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 15 내지 약 27개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 약 16 내지 약 26개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 16 내지 약 23개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 18 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥은 약 20 내지 약 22개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개는 적어도 1개의 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 변형은 뉴클레오티드의 임의의 부분에 대한 것일 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, 뉴클레오티드 변형은 포스페이트 기, 펜토스 당 기 (예를 들어, 리보스), 또는 핵염기에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변형은 포스페이트 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변형은 펜토스 당 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변형은 핵염기 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 변형은 뉴클레오시드의 임의의 부분에 대한 것일 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, 뉴클레오시드 변형은 펜토스 당 기 (예를 들어, 리보스) 또는 핵염기에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 펜토스 당 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 핵염기 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-O-메틸 변형이다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-O-메톡시에틸 (2'-O-MOE)이다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-플루오로 변형이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 듀플렉스는 적어도 1개의 핵염기 변형을 포함한다. 뉴클레오시드 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스 전반에 걸친 지점에서 발생할 수 있다. 뉴클레오시드 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 가닥 상에서 발생할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 단지 1개의 가닥 상에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 주어진 가닥의 단부를 향해 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부를 향해, 또는 다중 변형의 경우 둘 다를 향해) 위치한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 주어진 가닥의 중간을 향해 위치한다. 관련 기술분야의 통상의 기술자가 인지할 바와 같이, 본원에 논의된 바와 같이, 뉴클레오시드 변형을 언급하는 경우에, 이러한 용어는 뉴클레오시드 또는 그의 성분에 대한 변형을 개별적으로 및 집합적으로 포괄할 것이다. 다시 말해서, 핵산 내의 (뉴클레오시드/뉴클레오티드의 일부인 맥락에서) 핵염기 및/또는 5탄당의 변형은 본질적으로 또한 뉴클레오시드 변형일 것이다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과, 그러나 100% 이하가 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과, 그러나 100% 이하가 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 적어도 75% (예를 들어, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과)는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 적어도 95%, 그러나 100% 이하가 뉴클레오시드 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 포스포로티오에이트 변형 (예를 들어, 포스포로디에스테르 결합의 포스포로티오에이트 결합으로의 치환)을 포함한다. 백본 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스 전반에 걸쳐 임의의 지점에서 발생할 수 있다. 백본 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 가닥 상에서 발생할 수 있다. 일부 실시양태에서, 백본 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 단지 1개의 가닥 상에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 백본 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 백본 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 주어진 가닥의 단부를 향해 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부를 향해, 또는 다중 변형의 경우 둘 다를 향해) 위치한다. 일부 실시양태에서, 백본 변형은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 주어진 가닥의 중간을 향해 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형은 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 3개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드간 연결의 적어도 75% (예를 들어, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과)는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결 중 적어도 95%는 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 1개 초과의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 뉴클레오시드 변형 및 1개 초과의 백본 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 듀플렉스의 적어도 1개의 미스매치된 염기 쌍 (예를 들어, 통상적인 왓슨-크릭 염기 쌍형성 규칙에 따라 염기 쌍형성하지 않는 뉴클레오티드)을 추가로 포함한다. 한 쌍의 핵산 가닥 중 1개의 가닥 내의 모든 염기가 그의 상보적 염기 쌍에 대향하는 것으로 발견되는 경우에, 이러한 가닥은 다른 가닥의 서열에 완전히 상보적인 것으로 간주된다. 이러한 가닥의 염기가 쌍의 그의 상보적 염기를 제외하고 임의의 다른 염기에 대향하는 위치에서 발견되는 경우에, 그러한 염기는 "미스매치된" 것으로 간주되고 (또한 미스매치로도 지칭됨), 가닥은 부분적으로 상보적인 것으로 간주된다. 따라서, 염기가 정렬되지 않을 때, 이러한 지점에서 가닥은 비-상보적이며, 이 때까지 가닥은 다양한 정도로 부분적으로 상보적일 수 있다. 다른 비-표준 뉴클레오티드 (예를 들어, 5-메틸시토신, 5-히드록시메틸시토신)는 관련 기술분야에 공지되어 있고, 그의 특성 및 상보성은 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다. 퍼센트 상보성을 결정하기 위한 방법 및 계산은 관련 기술분야에 공지되어 있다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 미스매치를 함유한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 30개 미만의 미스매치를 함유한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 미스매치, 그러나 30개 미만의 미스매치를 함유한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개, 그러나 11개 미만의 미스매치를 함유한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개, 그러나 6개 미만의 미스매치를 함유한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개, 그러나 4개 미만의 미스매치를 함유한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 미스매치를 함유하는 경우에, 미스매치는 핵산에서 연속적이다 (예를 들어, 인접함). 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 미스매치를 함유하는 경우에, 미스매치는 핵산에서 비-연속적이다 (예를 들어, 인접하지 않음). 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 미스매치를 함유하는 경우에, 2개 이상의 미스매치의 적어도 1개의 군은 서로 인접해 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 미스매치를 함유하는 경우에, 2개 이상의 미스매치는 서로 인접해 있지 않다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 미스매치를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 미스매치 중 1개 이상은 워블 염기 쌍이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 워블 염기 쌍을 포함한다. 본원에서 염기 쌍형성과 관련하여 사용될 수 있는 용어 "워블"은 왓슨-크릭 염기 쌍이 아니라는 (예를 들어, 미스매치된 염기 쌍의 형태 또는 그의 하위세트라는) 점에서 비-정규인, 특정 뉴클레오티드의 염기 쌍형성 (예를 들어, 워블 염기 쌍)을 지칭하는 것으로 관련 기술분야에 일반적으로 공지되어 있는 용어를 지칭한다. 구체적으로, 용어 워블은 하이포크산틴 (이노신 (I)) 및 우라실 (U) (I/U); 구아닌 (G) 및 U (G/U); I 및 아데닌 (A) (I/A); 및 I 및 시토신 (C) (I/C)의 염기 쌍형성을 기재하기 위한 용어로서 사용된다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 초과)의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 3개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 4개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 5개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 10개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 20개의 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 20개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 10개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 5개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 4개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 3개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 2개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 20개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 10개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 7개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 5개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 4개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 3개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 20개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 10개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 7개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 5개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 4개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 8개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 7개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 6개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 5개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 4개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 3개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 2개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 있다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 워블 염기 쌍을 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 8개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 7개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 6개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 5개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 4개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 3개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 2개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치된 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 있다.
본 개시내용의 조성물 (예를 들어, 핵산 편집 분자, ADAR 동원 분자, RNA 표적화 분자 등)에 사용된 바와 같은 링커는 이러한 조성물의 성분 (예를 들어, 핵산, 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 단일-가닥 가이드 핵산 등)에, 조성물의 사용을 용이하게 하는 임의의 지점에서 부착될 수 있다. 이러한 배치 및 부착 방법은 통상의 기술자에 의해 용이하게 인지될 것이다. 예를 들어, 비제한적으로, 링커는 핵염기, 당, 포스페이트 (이들 중 임의의 것은 변형 또는 비변형될 수 있음)에 부착 (예를 들어, 결합, 배치, 연결, 회합)될 수 있다. 추가로, 비제한적으로, 배치는 핵산의 5' 단부, 핵산의 3' 단부, 또는 그 사이의 어딘가 일 수 있다. 추가적으로, 비제한적으로, 링커는 부착, 예를 들어 아민-, 티올-, 알킨-, 아지드-함유 아미다이트 (용액 중 절단후 접합의 경우), 또는 활성 에스테르-함유 아미다이트 (예컨대 NHS 에스테르)의 혼입을 통한 3' 또는 5' 히드록실에서의 부착을 용이하게 하는 다른 성분의 통합 또는 사용에 의해 부착될 수 있고, 추가로, 아미노, 알킨 및 티올 기는 또한 내부에 혼입될 수 있고, 예를 들어 핵염기의 엑소시클릭 아미노 기, 또는 2' 위치의 당 히드록실 기에 부착될 수 있다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자는 3' 및/또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함한다. 임의의 수의 추가의 뉴클레오티드가 이중-가닥 RNA 듀플렉스 (또는 그의 가닥)에 부착될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과의 뉴클레오티드)가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 가닥 중 1개의 5' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과의 뉴클레오티드)가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 가닥 중 1개의 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과의 뉴클레오티드)가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥의 5' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과의 뉴클레오티드)가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥의 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드는 단일-가닥 가이드 핵산에 포함되지 않는다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드는 링커에 포함되지 않는다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드는 단일-가닥 가이드 핵산 또는 링커에 포함되지 않는다.
일부 실시양태에서, 뉴클레오티드는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에 동일한 단부에서 부착된다 (예를 들어, 그러한 뉴클레오티드는 가닥 중 하나의 3' 단부에 부착되고, 뉴클레오티드는 다른 가닥의 5' 단부에 부착됨). 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에 동일한 단부에서 부착되는 경우에, 각각의 가닥에 부착되는 뉴클레오티드의 수는 동일할 수 있거나 또는 상이할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에 동일한 단부에서 부착되는 경우에, 각각의 가닥에 부착되는 뉴클레오티드의 수는 동일하다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에 동일한 단부에서 부착되는 경우에, 각각의 가닥에 부착되는 뉴클레오티드의 수는 상이하다. 뉴클레오티드가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 가닥에 동일한 단부에서 부착되는 이러한 시나리오는, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 하나의 또는 둘 다의 단부에서 발생할 수 있다. 일부 실시양태에서, 3' 및/또는 5' 단부에 부착되는 뉴클레오티드는 변형된다 (예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 변형 (예를 들어, 당, 포스페이트 변형)을 함유함). 일부 실시양태에서, 3' 및/또는 5' 단부에 부착되는 1개 이상의 뉴클레오티드는 추가의 모이어티, 예컨대 전달 모이어티에 부착된다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하며, 이들 중 어떠한 것도 워블 염기 쌍이 아닐 수 있거나 또는 일부가 워블 염기 쌍일 수 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하며, 이들 중 어떠한 것도 워블 염기 쌍이 아니다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하며, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)는 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하며, 이들 모두는 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하고, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍의 7개 이하 (예를 들어, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1개)의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하고, 이들 중 어떠한 것도 워블 염기 쌍이 아닐 수 있거나 또는 일부가 워블 염기 쌍일 수 있고, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍의 7개 이하 (예를 들어, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1개)의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하고, 이들 중 어떠한 것도 워블 염기 쌍이 아니고, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍의 7개 이하 (예를 들어, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1개)의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하고, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)는 워블 염기 쌍을 포함하고, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍의 7개 이하 (예를 들어, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1개)의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함하고, 이들 모두는 워블 염기 쌍을 포함하고, 이들 중 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과)의 워블 염기 쌍은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍의 7개 이하 (예를 들어, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1개)의 뉴클레오티드 내에 있다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 표 A로부터 선택된 서열을 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함한다. 표 A는 본원의 다른 곳에서 표 8에 제공된 ADAR 동원 분자 서열의 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 또는 동원 도메인 부분의 예를 제공한다. 표 A 내의 각각의 듀플렉스의 2개의 RNA 가닥은 서로 역평행으로 배향되어 제시되고, 염기 쌍 미스매치가 강조되어 제시된다.
표 A: 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 예
표 A의 예에 의해 예시된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 2개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 2개의 미스매치는 1-5개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 상보적 염기 쌍만큼 분리된 2개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 2개의 미스매치는 3개의 상보적 염기 쌍만큼 분리된다. 일부 실시양태에서, 2개의 미스매치는 AC 및 GG 중 하나 또는 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 2개의 미스매치는 AC 및 GG 둘 다를 포함하며, 여기서 AC 및 GG는 1-5개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개)의 상보적 염기 쌍만큼 분리된다. 일부 실시양태에서, 2개의 미스매치는 AC 및 GG 둘 다를 포함하며, 여기서 AC 및 GG는 3개의 상보적 염기 쌍만큼 분리된다. 일부 실시양태에서, 2개의 미스매치 각각은 듀플렉스 영역의 말단 단부 중 1개로부터 적어도 3개 (예를 들어, 3, 4, 5, 3-10, 5-15, 10-20개, 또는 그 초과)의 뉴클레오티드만큼 분리된다. 일부 실시양태에서, 적어도 2개의 미스매치는 기재된 바와 같은 2개의 미스매치를 포함하고, 추가로 UG의 제3의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제3 미스매치는 듀플렉스 영역의 말단 단부 중 1개의 5개의 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 또는 5개) 내에 있다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 3-4, 6-7, 15-16, 18-19, 및 24-25 중 어느 하나에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 3-4, 6-7, 15-16, 18-19, 및 24-25 중 어느 하나를 포함하는 서열을 포함한다. 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 용어 "퍼센트 동일성", "서열 동일성", "% 동일성", "% 서열 동일성", 및 "% 동일한"은 2개의 서열 (예를 들어, 핵산 또는 아미노산) 사이의 유사성의 정량적 측정을 지칭한다. 인간과 다른 종 사이의 게놈 DNA 서열, 인트론 및 엑손 서열, 및 아미노산 서열의 퍼센트 동일성은 종 유형에 따라 달라지며, 침팬지는 각각의 카테고리 내의 모든 종 중에서 인간과 가장 높은 퍼센트 동일성을 갖는다.
2개의 핵산 서열의 퍼센트 동일성의 계산은, 예를 들어 최적 비교 목적을 위해 2개의 서열을 정렬함으로써 수행될 수 있다 (예를 들어, 최적 정렬을 위해 제1 및 제2 핵산 서열 중 하나 또는 둘 다에 갭이 도입될 수 있고, 비-동일한 서열은 비교 목적을 위해 무시될 수 있음). 특정 실시양태에서, 비교 목적을 위해 정렬된 서열의 길이는 참조 서열의 길이의 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 100%이다. 이어서, 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 뉴클레오티드를 비교한다. 제1 서열에서의 위치가 제2 서열에서의 상응하는 위치와 동일한 뉴클레오티드에 의해 점유되는 경우에, 분자는 그 위치에서 동일하다. 2개의 서열 사이의 퍼센트 동일성은 2개의 서열의 최적 정렬을 위해 도입될 필요가 있는 갭의 수 및 각각의 갭의 길이를 고려하여 서열에 의해 공유되는 동일한 위치의 수의 함수이다.
서열의 비교 및 2개의 서열 사이의 퍼센트 동일성의 결정은 수학적 알고리즘을 사용하여 달성될 수 있다. 예를 들어, 2개의 뉴클레오티드 서열 사이의 퍼센트 동일성은 문헌 [Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; 및 Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991]에 기재된 것과 같은 방법을 사용하여 결정될 수 있으며; 이들 각각은 본원에 참조로 포함된다. 예를 들어, 2개의 뉴클레오티드 서열 사이의 퍼센트 동일성은 PAM120 가중치 잔기 표, 갭 길이 페널티 12 및 갭 페널티 4를 사용하여 ALIGN 프로그램 (버전 2.0)에 포함된 문헌 [Meyers and Miller (CABIOS, 1989, 4:11-17)]의 알고리즘을 사용하여 결정될 수 있다. 대안적으로, 2개의 뉴클레오티드 서열 사이의 퍼센트 동일성은 NWSgapdna.CMP 매트릭스를 사용하는 GCG 소프트웨어 패키지 내의 GAP 프로그램을 사용하여 결정될 수 있다. 서열 사이의 퍼센트 동일성을 결정하는 데 통상적으로 사용되는 방법은 본원에 참조로 포함된 문헌 [Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J Applied Math., 48:1073 (1988)]에 개시된 것을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 동일성을 결정하기 위한 기술은 공중 이용가능한 컴퓨터 프로그램에서 체계화된다. 2개의 서열 사이의 상동성을 결정하기 위한 예시적인 컴퓨터 소프트웨어는 GCG 프로그램 패키지 (Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research, 12(1), 387 (1984)), BLASTP, BLASTN, 및 FASTA (Atschul, S. F. et al., J. Molec. Biol., 215, 403 (1990))를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
퍼센트 동일성 또는 그의 범위 (예를 들어, 적어도, 초과 등)가 언급되는 경우에, 달리 명시되지 않는 한, 종점은 포함될 것이고, 범위 (예를 들어, 적어도 70% 동일성)는 언급된 범위 내의 모든 범위 (예를 들어, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 95.5%, 적어도 96%, 적어도 96.5%, 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 적어도 99.6%, 적어도 99.7%, 적어도 99.8%, 적어도 99.9% 동일성) 및 그의 모든 증분 (예를 들어, 퍼센트의 1/10 (예를 들어, 0.1%), 퍼센트의 1/100 (예를 들어, 0.01%) 등)을 포함할 것이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 3에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 3의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 4에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 4의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 6에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 6의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 7에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 7의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 15에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 15의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 16에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 16의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 18에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 18의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 19에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 19의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 24에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 24의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 25에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 25의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 27에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 27의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 가닥은 가닥 Ref.: 28에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 가닥의 적어도 1개는 가닥 Ref.: 28의 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 3에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 4에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 3의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 4의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 6에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 7에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 6의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 7의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 15에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 16에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 15의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 16의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 18에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 19에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 18의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 19의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 24에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 25에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 24의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 25의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 27에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 28에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 27의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 28의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 헤어핀을 함유하지 않는다. 본원에서 헤어핀의 부재 (예를 들어, 함유하지 않음)를 언급하는 경우에, 논의되고 있는 분자 또는 본 명세서의 주제인 분자는, 단일 핵산이 그 자체로 폴딩되어, 쌍형성되지 않은 핵산의 단일-가닥 뉴클레오티드의 루프 (예를 들어, 그의 스트레치, 그의 절편, 그의 부분)가 존재하여 "루프" 또는 "헤어핀"을 형성하도록 그의 원위 단부의 부분과 염기 쌍형성한 "스템-루프" 구성을 함유하지 않는다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥은 이들이 서로 완전히 분리가능하다는 점에서 별개이다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥을 함께 유지시키는 유일한 결합은 쌍형성된 뉴클레오티드의 수소 결합이다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 적어도 1개의 추가의 모이어티를 추가로 포함한다. 추가의 모이어티는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 또는 3' 단부에, 및/또는 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에 부착될 수 있다. 추가적으로, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 1개 이상의 가닥 또는 단일-가닥 가이드 핵산 내에 추가의 모이어티를 포함할 수 있다. 추가로, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 1개 초과의 추가의 모이어티를 포함할 수 있다. 추가의 모이어티는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 또는 단일-가닥 가이드 핵산의 동일한 단부 또는 상이한 단부에 부착될 수 있다. 추가의 모이어티는 상기 기재된 바와 같은 추가의 뉴클레오티드에 의해 또는 링커에 의해 임의의 구성으로 이중-가닥 RNA 듀플렉스 또는 단일-가닥 가이드 핵산에 추가로 부착될 수 있다. 일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 단백질 또는 그의 단편일 수 있다. 일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 핵산 또는 그의 단편 (예를 들어, 뉴클레오티드)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 치료제이다. 일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 진단제이다.
일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 전달 모이어티일 수 있다. 본원에 사용될 수 있는 "전달 모이어티"는 전달 모이어티의 위치, 이동, 국재화, 또는 방향에 영향을 미치는 (예를 들어, 그것 또는 그것이 부착된 조성물 (예를 들어, 분자)을 용이하게 하거나, 표적화하거나, 발견될 가능성을 증가시키는) 모이어티를 지칭한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 그것 또는 그것이 부착된 분자가 목적하는 표적에 국재화될 가능성을 증가시킨다. 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 분자를 1종 이상의 관심 세포 또는 조직 유형 (예를 들어, 치료를 위한 표적 조직)으로 표적화하는 것을 돕는다. 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 (예를 들어, 세포 막 및/또는 핵 막 침투를 촉진함으로써) 분자가 1종 이상의 세포 또는 조직에 진입하는 것을 돕는다. 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 특정한 세포 및/또는 수용체와 회합하는 것으로 공지된 단백질일 수 있고, 따라서 그것이 부착된 (예를 들어, 회합된) 조성물 (예를 들어, 분자)의 표적화 능력에 영향을 미친다. 다양한 유형의 전달 모이어티, 예를 들어 비제한적으로 단백질, 올리고뉴클레오티드, 및 지질이 관련 기술분야에 공지되어 있다. 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 특정 세포 유형을 표적화한다. 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 특정 수용체를 표적화한다. 일부 실시양태에서, 전달 모이어티는 특정 생물학적 성분 또는 세포 성분 (예를 들어, 구조, 분자, 조직)을 표적화한다.
따라서, 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 전달 모이어티를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 지질 (예를 들어, 지질, 예컨대 콜레스테롤 또는 지방산을 포함하는 전달 모이어티)을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 펩티드, 단백질, 항체, 또는 항체 단편 (예를 들어, 글루카곤-유사 펩티드 1, 항-CD71 항체 또는 그의 단편, 항-CD22 항체 또는 그의 단편)을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 압타머를 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 당을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 N-아세틸갈락토사민 (GalNAc)을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 3가 GalNAc를 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 또는 RNA 표적화 분자는 폴레이트를 포함한다. 적합한 전달 모이어티의 추가의 예, 뿐만 아니라 목적하는 표적에 기초하여 전달 모이어티를 설계하고 수득하는 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있다.
일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 마커 또는 태그일 수 있다. 본원에 사용된 "마커" 또는 "태그"는 시험관내 및/또는 생체내에서 분자를 확인하는 데 사용될 수 있는 분자 (예를 들어, 핵산, 단백질 등)를 지칭한다. 마커 또는 태그는 임의의 조성물 또는 분자 (예를 들어, 핵산, 아미노산, 펩티드)일 수 있다. 마커의 예는 핵산, 단백질 (예를 들어, 글리코실화된 단백질, 옥신), 형광 단백질 (예를 들어, 녹색 및/또는 적색 형광 단백질), 기능적 구조를 갖는 단백질 (예를 들어, 테트라시스테인 루프, 에피토프)을 포함하며, 이들 중 임의의 것은 천연 또는 합성일 수 있고 (예를 들어, 합성 핵산, 아미노산, 펩티드 등), 이는 생체내, 시험관내, 생체외에서 시각적으로 또는 태그의 특성 (예를 들어, 형광, 자기, 방사능, 크기, 친화도, 효소 활성 등)의 이용에 의해 검출될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 마커는 비제한적으로 녹색 형광 단백질 (GFP)을 포함한 형광 단백질이다. 본원에 사용된 용어 "녹색 형광 단백질" (GFP)은 청색 광에 노출될 경우 녹색의 형광을 내는, 해파리 아에쿼레아 빅토리아(Aequorea victoria)로부터 최초로 단리된 단백질 또는 이러한 단백질의 유도체 (예를 들어, 단백질의 증진된 또는 파장-이동된 버전)을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 추가의 모이어티는 GFP이다.
링커
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 링커를 추가로 포함한다. 본원에 사용된 용어 "링커"는 2개의 분자 또는 모이어티, 예를 들어 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 단일-가닥 가이드 핵산을 연결하는 화학적 모이어티를 지칭한다. 전형적으로, 링커는 2개의 기, 분자, 또는 다른 모이어티 사이에 위치하거나 또는 그에 의해 플랭킹되고, 공유 결합을 통해 서로 연결하여 2개를 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미노산 또는 복수의 아미노산 (예를 들어, 펩티드 또는 단백질)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 뉴클레오티드 (예를 들어, DNA 또는 RNA) 또는 복수의 뉴클레오티드 (예를 들어, 핵산 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드))를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 유기 분자, 관능기, 기, 중합체, 또는 다른 화학적 모이어티이다. 일부 실시양태에서, 링커는 절단가능한 링커이고, 예를 들어 링커는 예를 들어 UV 광 또는 가수분해 효소, 예컨대 프로테아제 또는 에스테라제에 노출 시 절단될 수 있는 결합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 40, 적어도 50개, 또는 그 초과의 아미노산 또는 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과)를 갖는 아미노산 또는 뉴클레오티드의 임의의 스트레치이다. 다른 실시양태에서, 링커는 화학 결합 (예를 들어, 공유 결합, 아미드 결합, 디술피드 결합, 에스테르 결합, 탄소-탄소 결합, 탄소 헤테로원자 결합)이다. 링커의 길이는 본원에 기재된 바와 같은 모이어티를 연결하는 목적을 달성하기 위한 임의의 적합한 길이일 수 있으며, 길이를 결정하기 위한 이러한 평가 및 이러한 평가를 수행하기 위한 지식은 관련 기술분야에 공지되어 있고, 통상의 기술자에 의해 용이하게 인지된다. 예를 들어, 비제한적으로, 링커는 1개 이상의 원자 길이일 수 있다 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200개, 또는 그 초과의 원자 길이). 일부 실시양태에서, 링커는 200개 이하의 원자 길이이다 (예를 들어, 200, 199, 198, 197, 196, 195, 194, 193, 192, 191, 190, 189, 188, 187, 186, 185, 184, 183, 182, 181, 180, 179, 178, 177, 176, 175, 174, 173, 172, 171, 170, 169, 168, 167, 166, 165, 164, 163, 162, 161, 160, 159, 158, 157, 156, 155, 154, 153, 152, 151, 150, 149, 148, 147, 146, 145, 144, 143, 142, 141, 140, 139, 138, 137, 136, 135, 134, 133, 132, 131, 130, 129, 128, 127, 126, 125, 124, 123, 122, 121, 120, 119, 118, 117, 116, 115, 114, 113, 112, 111, 110, 109, 108, 107, 106, 105, 104, 103, 102, 101, 100, 99, 98, 97, 96, 95, 94, 93, 92, 91, 90, 89, 88, 87, 86, 85, 84, 83, 82, 81, 80, 79, 78, 77, 76, 75, 74, 73, 72, 71, 70, 69, 68, 67, 66, 65, 64, 63, 62, 61, 60, 59, 58, 57, 56, 55, 54, 53, 52, 51, 50, 49, 48, 47, 46, 45, 44, 43, 42, 41, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개). 일부 실시양태에서, 링커는 200개 이하의 원자 길이이다 (예를 들어, 1-200, 10-150, 25-125, 1-100, 25-75, 20-60, 1-50, 20-40, 10-30, 5-25, 1-20, 10-15, 1-10, 5-50, 1-10, 100-200, 150-200, 100-150, 또는 50-150개의 원자 길이).
일부 실시양태에서, 링커는 적어도 4개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 5개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 6개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 7개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 8개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 9개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 10개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 15개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 20개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 30개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 40개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 50개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 75개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 100개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 100개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 180개의 원자 길이일 수 있다.
일부 실시양태에서, 링커는 180개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 150개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 100개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 75개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 50개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 40개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 30개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 20개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 15개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 10개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 9개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 8개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 7개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 6개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 5개 이하의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 4개 이하의 원자 길이일 수 있다.
일부 실시양태에서, 링커는 약 4개의 원자 길이 내지 약 200개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 5개의 원자 길이 내지 약 180개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 6개의 원자 길이 내지 약 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 7개의 원자 길이 내지 약 140개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 8개의 원자 길이 내지 약 130개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 9개의 원자 길이 내지 약 120개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 10개의 원자 길이 내지 약 110개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 15개의 원자 길이 내지 약 100개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 20개의 원자 길이 내지 약 100개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 30개의 원자 길이 내지 약 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 40개의 원자 길이 내지 약 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 50개의 원자 길이 내지 약 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 75개의 원자 길이 내지 약 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 100개의 원자 길이 내지 약 150개의 원자 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 약 150개의 원자 길이 내지 약 200개의 원자 길이일 수 있다.
상기 기재된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 링커는 일반적으로 2개의 분자를 연결하는 화학적 모이어티를 지칭한다. 링커와 관련하여, 일부 실시양태에서, x개의 원자 길이는 2개의 분자를 분리하는 가장 적은 수의 인접 원자를 지칭하며, 여기서 가장 적은 수의 인접 원자는 한 분자에서 다른 분자로 가장 짧은 경로를 따라 추적되는 바와 같은 링커 내의 원자의 수를 카운팅함으로써 결정될 수 있다. 예로서, 아미노산 링커는 화학식: Y-NH-CR-CO-Z일 수 있으며, 여기서 Y 및 Z는 아미노산 링커에 의해 연결된 2개의 분자이고, R은 아미노산 측쇄이다. 본 개시내용에 따르면, Y에서 Z로의 가장 짧은 경로는 아미노산 링커의 원자 N, C, 및 C로 추적될 수 있기 때문에, 아미노산 링커는 3개의 원자 길이인 것으로 기재될 수 있다.
본원에서 "원자" 길이가 언급되는 경우, 링커의 실제 길이 (예를 들어, 옹스트롬 단위)는 다양한 인자에 좌우될 수 있음이 인지되어야 한다. 예를 들어, 실제 링커 길이는 환경 인자 및 링커의 특성, 예컨대 링커에 존재하는 화학 결합의 유형, 치환기, 및 특정한 원자에 좌우될 수 있으며, 이는 화학 원소의 각각의 유형이 상이한 크기 (예를 들어, 원자 반경)를 갖기 때문이다. 따라서, x개의 원자 길이를 갖는 것으로 기재된 링커는 대략적인 크기를 나타내는 유용한 구조적 기재어를 제공하는 것으로 이해될 것이다 (예를 들어, 링커 내에 있는 원자에 따라 약간 달라질 수 있음). 따라서, 관련 기술분야의 용어로서 용어 원자는 원자 반경의 차이를 암시할 수 있으며, 이는 일반적으로 상이한 원소의 원자의 상이한 길이를 반영하고 이를 포괄하는 것으로 이해되지만, 이러한 변동은 본원에 언급된 x개의 원자 길이의 척도와 관련되지 않는다. 따라서, 단지 예시를 위한 것으로 어떠한 방식으로든 제한 없이, 헬륨의 1개의 원자 길이 (예를 들어, 원자 반경)는 마그네슘의 1개의 원자 길이와 상이할 것이지만, 어느 하나는 링커와 관련하여 1개의 원자 길이를 나타낼 수 있다.
비제한적으로, 링커는 알킬, 알케닐, 알키닐, 치환된 알킬, 치환된 알케닐, 치환된 알키닐, 반복된 에틸렌 글리콜 기, 에테르, 티오에테르, 우레아, 카르보네이트, 아민, 아미드, 말레이미드-티오에테르, 디술피드, 포스포디에스테르, 술폰아미드 연결, 클릭 반응의 생성물 (예를 들어, 아지드-알킨 고리화첨가로부터의 트리아졸), 및/또는 카르바메이트를 포함할 수 있다. 추가적으로, 링커는 절단가능한 링커, 예를 들어 산화환원 절단가능한 링커 (예컨대 환원적으로 절단가능한 링커; 예를 들어, 디술피드 기), 산 절단가능한 링커 (예를 들어, 히드라존 기, 에스테르 기, 아세탈 기, 및/또는 케탈 기), 에스테라제 절단가능한 링커 (예를 들어, 에스테르 기), 포스파타제 절단가능한 링커 (예를 들어, 포스페이트 기), 또는 펩티다제 절단가능한 링커 (예를 들어, 펩티드 결합), 예를 들어 DNA, RNA, 디술피드, 아미드, 관능화된 모노사카라이드 또는 갈락토사민의 올리고사카라이드를 포함한 생체-절단가능한 링커일 수 있다.
일부 실시양태에서, 링커는 아세트아미도 연결, 예를 들어, 말레이미드 대신 브로모아세트아미도 티올-반응성 화학 (예를 들어, 비제한적으로, 브로모아세트아미도-PEG2-NHS 에스테르)을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 다른 화학적 특성을 이용할 수 있으며, 예를 들어 연결 모이어티 (예를 들어, 생체접합)에 적용되는 경우에 통상의 기술자에 의해 용이하게 인지될 바와 같은, 비제한적으로: 딜스-알더; 역 전자-요구 딜스-알더; 구리-촉매된 (CuAAC) 휘스겐 아지드-알킨 1,3-쌍극자 고리화첨가; 구리-무함유 변형된 알킨-아지드 (SPAAC); 슈타우딩거 라이게이션; NHS, OPfp, OTfp 에스테르를 포함한 활성 에스테르; 천연 화학적 라이게이션; 및 화학효소적 라이게이션을 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 접합 또는 결합 시스템을 포함할 수 있다. 접합 또는 결합 시스템은 서로에 대한 친화도를 갖는 결합 파트너 (예를 들어, 핵산, 단백질, 화학물질, 비타민 등)를 포함하며, 이에 따라 서로에게 노출되는 경우에 이들은 서로 용이하게 (예를 들어, 공유, 비-공유) 결합할 것이다. 예를 들어, 비제한적으로, 비오틴 결합 시스템 (예를 들어, 비오틴-아비딘, 비오틴-스트렙타비딘, 비오틴-뉴트라비딘). 이들과 같은 접합 또는 결합 시스템은 통상의 기술자에게 용이하게 공지되어 있고, 본 개시내용에 포괄되는 것으로 고려된다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 공유적으로 결합하는 결합 파트너를 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 비-공유적으로 결합하는 결합 파트너를 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 결합 파트너를 포함하며, 여기서 적어도 1종의 결합 파트너는 비오틴을 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 결합 파트너를 포함하며, 여기서 적어도 1종의 결합 파트너는 아비딘을 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 결합 파트너를 포함하며, 여기서 적어도 1종의 결합 파트너는 스트렙타비딘을 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 결합 파트너를 포함하며, 여기서 적어도 1종의 결합 파트너는 뉴트라비딘을 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 결합 파트너를 포함하며, 여기서 결합 파트너는 비오틴 및 아비딘, 스트렙타비딘, 또는 뉴트라비딘 중 1종을 포함한다. 일부 실시양태에서, 결합 시스템은 결합 파트너를 포함하며, 여기서 결합 파트너는 비오틴 및 스트렙타비딘을 포함한다.
일부 실시양태에서, 결합 파트너는 항체-양이온성 중합체 (프로타민) 접합체와 (음이온성) siRNA 사이의 비-공유 복합체일 수 있다 (예를 들어, 비제한적으로 관련 기술분야에 제시된 바와 같음, 문헌 [Baeumer et al., Clin. Cancer Res., 2015, 21, 1383] 참조). 일부 실시양태에서, (예를 들어, 결합 파트너의) 비-공유 결합은 또한 수소 결합을 통한 결합, 예컨대 짧은 올리고머, RNA, DNA, PNA 듀플렉스와의 예컨대 왓슨 및 크릭 쌍형성을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 링커의 구성 성분은 변형되며, 예를 들어 비제한적으로, 링커가 뉴클레오티드를 포함하는 경우에, 뉴클레오시드 및/또는 그의 백본은 변형될 수 있다 (예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 변형 (예를 들어, 당, 포스페이트 변형)을 함유할 수 있음). 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 단부 및 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥의 둘 다의 5' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥의 둘 다의 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥의 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4개)의 단부를 통해 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 단일-가닥 가이드 핵산에 연결한다. 일부 실시양태에서, 링커는 하기 중 어느 하나로부터 선택될 수 있다: 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 탄소 (C) (예를 들어, C(n+2), 포스페이트 (Ph), Ph-C4, 시클로헥산 (Cy), Cy-C6, 및/또는 C3C6. 예를 들어, 비제한적으로, 하기 화학식은 상기 언급된 링커의 예시이다:
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 또는 단일-가닥 가이드 핵산은 또한 적어도 1개의 말단 모이어티를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 말단 모이어티는 화학식 (X1):
을 포함한다.
일부 실시양태에서, 말단 모이어티는 화학식 (X2):
을 포함한다.
일부 실시양태에서, 말단 모이어티는 본원에 기재된 바와 같이 링커와 결합하도록 반응할 수 있다. 본원에 사용된 용어 "반응"은 조성물 (예를 들어, 말단 모이어티)을 변화 (예를 들어, 변형, 변경)시켜 추가의 연결 (예를 들어, 비제한적으로 링커)을 가능하게 하는 화학적 조작 (예를 들어, 반응, 유도체화, 공유 결합)을 포괄하는 것으로 통상의 기술자에 의해 이해되는 관련 기술분야의 용어를 지칭한다. 예를 들어, 비제한적으로, X1 및/또는 X2는 반응하여 말단 아미노 기 수소 (H; X1의 경우) 또는 말단 티올 기 H (X2의 경우)를 방출하여, 질소 (N; X1의 경우) 또는 황 (S; X2의 경우)을 통한 연결을 가능하게 할 수 있다. 일부 실시양태에서, 말단 모이어티는 반응하여, 본원에 기재된 바와 같은 링커 중 임의의 것 (예를 들어, 예를 들어 비제한적으로, 본 개시내용의 다른 곳에 기재된 바와 같은, 표 8에 예시된 서열, 화학식 (I)-(VII)에 의해 기재된 바와 같은 조성 중 임의의 것에서와 같은 것)을 연결 (예를 들어, 연관, 결합)시킨다. 통상의 기술자에 의해 즉시 인지될 바와 같이, 본원에 사용된 화학식 X1 및/또는 X2는 말단 모이어티 (예를 들어, 미반응되고 상기 기재된 바와 같이 수소를 함유함)를 지칭하는 데 사용될 수 있고/거나 적어도 2개의 분자를 연결하는 성분을 기재하는 데 사용되는 경우에 그의 반응된 유도체를 기재하는 데 사용될 수 있다.
링커는 분지형 또는 비분지형 링커일 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, 링커는 형태 [X-PEGy-(Z)3]의 세자리 분지형 링커일 수 있으며, 여기서 X는 말레이미드 또는 보호된 아민이고, Z는 3x 활성 에스테르, 예컨대 Pfp 또는 Tfp 에스테르이다.
분지형 링커는 본 개시내용의 조성물에서의 적용에 적합한 임의의 크기 또는 수의 분지를 가질 수 있다. 예를 들어, 분지형 링커는 적어도 2개 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 그 초과)의 분지를 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 분지형 링커는 10개 이하 (예를 들어, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개)의 분지를 갖는다. 일부 실시양태에서, 분지형 링커는 2 내지 15개의 분지를 갖는다. 일부 실시양태에서, 분지형 링커는 2 내지 10개의 분지를 갖는다. 일부 실시양태에서, 분지형 링커는 2 내지 5개의 분지를 갖는다. 일부 실시양태에서, 링커는 PEG 또는 본원에 기재된 바와 같은 다른 화학일 수 있다.
단일-가닥 가이드 핵산
일부 측면에서, 본 개시내용은 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 성분에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 용어 "단일-가닥 가이드 핵산" 및 "가이드 가닥"은 뉴클레오티드로 구성된 핵산을 지칭한다. 단일-가닥 가이드 핵산은 RNA 및/또는 DNA 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, PCT/EP2015/080347 (WO2016/097212); PCT/EP2017/065467 (WO2017/220751); PCT/EP2017/071912 (WO2018/041973); PCT/EP2018/051202 (WO2018/134301); PCT/EP2019/053291 (WO2019/158475); PCT/EP2019/062163 (WO2019/219581); PCT/DE2016/000309 (WO 2017/050306); PCT/EP2018/067718 (WO 2020/001793); 및 15/744,771 (US 2018/0208924)을 참조하고, 이들은 부분적으로, 본원에서 고려되는 바와 같은 단일-가닥 가이드 핵산을 포함할 수 있는 핵산을 기재한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 DNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 RNA를 포함한다.
단일-가닥 가이드 핵산은 뉴클레오시드 및/또는 백본에 대한 변형을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오티드 변형을 포함한다. 변형은 뉴클레오티드의 임의의 부분에 대한 것일 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, 뉴클레오티드 변형은 포스페이트 기, 펜토스 당 기 (예를 들어, 리보스), 또는 핵염기에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변형은 포스페이트 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변형은 펜토스 당 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변형은 핵염기 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 변형은 뉴클레오시드의 임의의 부분에 대한 것일 수 있다. 예를 들어, 비제한적으로, 뉴클레오시드 변형은 펜토스 당 기 (예를 들어, 리보스) 또는 핵염기에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 펜토스 당 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 핵염기 기에 존재한다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-O-메틸 변형이다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-플루오로 변형이다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형은 2'-O-메톡시에틸 (2'-O-MOE)이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 핵염기 변형을 포함한다. 뉴클레오시드 변형은 단일-가닥 가이드 핵산 전반에 걸친 지점에서 발생할 수 있다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 주어진 단일-가닥 가이드 핵산의 단부를 향해 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부를 향해, 또는 다중 변형의 경우 둘 다를 향해) 위치한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 주어진 단일-가닥 가이드 핵산의 중간을 향해 위치한다. 관련 기술분야의 통상의 기술자가 인지할 바와 같이, 본원에 논의된 바와 같이, 뉴클레오시드 변형을 언급하는 경우에, 이러한 용어는 뉴클레오시드 또는 그의 성분에 대한 변형을 개별적으로 및 집합적으로 포괄할 것이다. 다시 말해서, 핵산 내의 (뉴클레오시드/뉴클레오티드의 일부인 맥락에서) 핵염기 및/또는 5탄당의 변형은 본질적으로 또한 뉴클레오시드 변형일 것이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과는 포스페이트 변형을 포함한다. 백본 변형은 단일-가닥 가이드 핵산 전반에 걸친 임의의 지점에서 발생할 수 있다. 일부 실시양태에서, 백본 변형은 단일-가닥 가이드 핵산의 주어진 가닥의 단부를 향해 (예를 들어, 5' 또는 3' 단부를 향해, 또는 다중 변형의 경우 둘 다를 향해) 위치한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오시드 변형은 단일-가닥 가이드 핵산의 주어진 가닥의 중간을 향해 위치한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 적어도 1개의 백본 변형은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 적어도 1개의 백본 변형은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 적어도 1개의 백본 변형은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 일부 실시양태에서, 백본 변형은 포스포로티오에이트 변형이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과는 뉴클레오시드 변형을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함한다. 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 용어 "상보적" 및 "상보성"은 핵산 (예를 들어, RNA, DNA, 올리고뉴클레오티드) 가닥 내의 뉴클레오티드 (예를 들어, A, C, G, T, U)가 대향하는 배향의 핵산 가닥 (예를 들어, 평행하게, 그러나 역방향으로 전개되는 가닥 (즉, 5'-3'는 3'-5'와 정렬되고, 3'-5'는 5'-3'와 정렬됨)) 내의 또 다른 특정한 뉴클레오티드와 쌍형성하는 특성을 지칭한다 (즉, 왓슨-크릭 염기-쌍형성 규칙). 데옥시리보핵산 (DNA)과 관련하여, 상보적인 염기 쌍은 아데닌 (A) 및 티민 (T) (예를 들어, A와 T, T와 A) 및 구아닌 (G) 및 시토신 (C) (예를 들어, G와 C, C와 G)이고, 리보핵산 (RNA)과 관련하여, 상보적인 염기 쌍은 A 및 우라실 (U) (예를 들어, A와 U, U와 A) 및 G 및 C (예를 들어, G와 C, C와 G)이다. 이는 각각의 염기 쌍이 그의 상보적 염기 (예를 들어, A-T/U, T/U-A, C-G, G-C)와 동등한 수의 수소 결합을 형성하는 능력 때문에 발생하며, 예를 들어 구아닌과 시토신 사이의 결합은, 항상 2개의 수소 결합을 공유하는 A-T/U 결합과 비교하여, 3개의 수소 결합을 공유한다.
본원에서 상기 논의된 바와 같이, 한 쌍의 핵산 가닥의 가닥 내의 모든 염기가 그의 상보적 염기 쌍에 대향하는 것으로 발견되는 경우에, 이러한 가닥은 다른 가닥의 서열에 완전히 상보적인 것으로 간주된다. 이러한 가닥의 염기가 쌍의 그의 상보적 염기를 제외하고 임의의 다른 염기에 대향하는 위치에서 발견되는 경우에, 그러한 염기는 "미스매치된" 것으로 간주되고 (또한 미스매치로도 지칭됨), 가닥은 부분적으로 상보적인 것으로 간주된다. 따라서, 염기가 정렬되지 않을 때, 이러한 지점에서 가닥은 비-상보적이며, 이 때까지 가닥은 다양한 정도로 부분적으로 상보적일 수 있다. 다른 비-표준 뉴클레오티드 (예를 들어, 5-메틸시토신, 5-히드록시메틸시토신)는 관련 기술분야에 공지되어 있고, 그의 특성 및 상보성은 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다. 퍼센트 상보성을 결정하기 위한 방법 및 계산은 관련 기술분야에 공지되어 있다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 충분한 (예를 들어, 표적 서열의 편집을 촉진하기에 충분한) 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 단일-가닥 가이드 핵산과 표적 서열 사이의 상호작용을 안정화시키는 것을 도울 수 있는 1개 이상의 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 혼성화를 안정화시키는 (예를 들어, DNA 또는 RNA 듀플렉스의) 표적 서열에 삽입하는 변형 (예를 들어, 100% 상보성이 아닌 분자)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 25% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 70% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 80% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열에 상보적인 서열을 포함하며, 여기서 모든 뉴클레오티드는 편집될 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드를 제외하고 상보적이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 뉴클레오티드 및 표적 뉴클레오티드 쌍형성에 대향하는 뉴클레오티드 이외의 추가의 미스매치를 포함한다. 본원에 사용된, 상호교환가능하게 사용될 수 있는 바와 같은 용어 "편집될 뉴클레오티드" 또는 "표적 뉴클레오티드"는 편집 (예를 들어, 탈아미노화)될 것이 의도되거나 목적되는, 포스페이트에 부착된 뉴클레오시드 (예를 들어, 핵염기 및 펜토스 당 포함)를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드는 아데노신 (A)을 포함한다. 본원에 사용될 수 있는 용어 "표적 뉴클레오티드에 대향하는"은 표적 뉴클레오티드와 (전통적인 왓슨-크릭 염기 쌍형성 규칙에 따른 염기 쌍형성이 아닐 수 있더라도) 동일한 쌍으로 배향되거나 또는 그에 위치하는, 표적 뉴클레오티드를 함유하는 서열을 포함하는 핵산과 혼성화될 서열 상에 함유된 뉴클레오티드를 지칭한다. 다시 말해서, 표적 서열과 혼성화하고, 표적 뉴클레오티드와 쌍형성하는 염기인 경우에 표적 뉴클레오티드와 쌍형성할 핵산에서 추론되는 위치에 존재하는 뉴클레오티드이다. 예로서, 제한 없이, 서열식별번호: 5'-ATATATAGCCA-3' (가닥 Ref.: 11) (서열식별번호: 9) 및 5'-TGGCCATATAT-3' (가닥 Ref.: 12) (서열식별번호: 10)에서, 염기 쌍형성하지 않고 전통적인 왓슨-크릭 염기 쌍형성 규칙에 따라 "미스매치"를 생성하지 않더라도, 가닥 Ref.: 12의 다섯 번째 뉴클레오티드 (즉, C, 강조된, 이탤릭체의, 밑줄표시된 것)는 가닥 Ref.: 11의 일곱 번째 위치의 표적 뉴클레오티드 (즉, A, 강조된, 이탤릭체의, 밑줄표시된 것)에 대향하는 뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 비-변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 핵염기, 펜토스 당, 포스페이트 조합)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 비-변형된 뉴클레오티드를 포함하며, 여기서 비-변형된 뉴클레오티드는 편집될 뉴클레오티드에 대향한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 1개 초과의 비-변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드에 인접한 1개 초과의 비-변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개는 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드와 쌍형성한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 표적 아데노신에 대향한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 구아닌 (G)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드는 시토신 (C)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드에 인접한 뉴클레오티드는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드는 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 임의의 천연, 합성, 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드는 구아닌 (G)과 염기 쌍형성하는 임의의 천연, 합성, 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 뉴클레오티드에 대향하는 뉴클레오티드는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 임의의 천연, 합성, 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열에 비해 2개 이상의 미스매치를 포함하며, 여기서 단일-가닥 가이드 핵산 상의 2개 이상의 미스매치 중 단지 1개만이 비-변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 2개 이상의 미스매치 중 비-변형된 뉴클레오티드는 편집될 뉴클레오티드에 대향한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 100개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 15 내지 약 27개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 16 내지 약 26개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 10 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 15 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 약 17 내지 약 19개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 워블 염기 쌍을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같이, 단일-가닥 가이드 핵산이 워블 염기 쌍 및/또는 미스매치를 포함하는 것으로 기재되는 경우에, 이러한 기재는 표적 뉴클레오티드 서열을 갖는 표적 핵산에 결합된 경우의 이러한 단일-가닥 가이드 핵산의 특성을 지칭하는 것으로 이해될 것이다. 예를 들어, 비제한적으로, 단일-가닥 가이드 핵산은 표적 서열 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산이 결합 (예를 들어, 어닐링, 혼성화)하도록 의도되는 핵산의 뉴클레오티드 서열)에 대해 100% 미만의 (예를 들어, 불완전한, 불충분한) 상보성을 포함하도록 설계될 (예를 들어, 통상의 기술자에 의해 조작될) 수 있다. 이와 같이 단일-가닥 가이드 핵산을 설계함으로써, 단일-가닥 가이드 핵산은 어닐링 또는 혼성화 시 단일-가닥 가이드 핵산과 표적 뉴클레오티드 서열을 갖는 핵산 (예를 들어, 표적 핵산, 올리고뉴클레오티드) 사이에 워블 염기 쌍 및/또는 미스매치를 생성 (예를 들어, 형성)하도록 조작될 수 있다. 따라서, 본 개시내용이 단일-가닥 가이드 핵산을 미스매치 및/또는 워블 염기 쌍을 포함하는 것으로서 기재하는 경우에, 이들은 단일-가닥 가이드 핵산과 표적 핵산 사이의 관계를 규정하는 상대적 특성인 것으로 이해되어야 한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 초과)의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 4개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 5개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 10개의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 20개의 미스매치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 20개 미만의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 10개 미만의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 5개 미만의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 4개 미만의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 3개 미만의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 2개 미만의 미스매치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 미스매치, 그러나 20개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 미스매치, 그러나 10개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 미스매치, 그러나 7개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 미스매치, 그러나 5개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 미스매치, 그러나 4개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 미스매치, 그러나 3개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 미스매치, 그러나 20개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 미스매치, 그러나 10개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 미스매치, 그러나 7개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 미스매치, 그러나 5개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 미스매치, 그러나 4개 이하의 미스매치를 포함한다.
일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 8개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 7개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 6개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 5개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 4개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 3개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 2개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미스매치는 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 있다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 그 초과)의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 3개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 4개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 5개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 10개의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 20개의 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 20개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 10개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 5개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 4개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 3개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 2개 미만의 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 20개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 10개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 7개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 5개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 4개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 워블 염기 쌍, 그러나 3개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 20개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 10개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 7개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 5개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 워블 염기 쌍, 그러나 4개 이하의 워블 염기 쌍을 포함한다.
일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 8개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 7개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 6개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 5개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 4개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 3개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 2개의 뉴클레오티드 내에 있다. 일부 실시양태에서, 워블 염기 쌍은 단일-가닥 가이드 핵산의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 있다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 추가의 모이어티를 추가로 포함한다. 추가의 모이어티는 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에 부착될 수 있다. 추가의 모이어티는 단일-가닥 가이드 핵산에 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 부착될 수 있다. 또한, 단일-가닥 가이드 핵산은 1개 초과의 추가의 모이어티를 포함할 수 있다. 추가의 모이어티는 상기 기재된 바와 같은 추가의 뉴클레오티드에 의해 또는 링커에 의해 임의의 구성으로 단일-가닥 가이드 핵산에 추가로 부착될 수 있다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 링커를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 단일-가닥 가이드 핵산의 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 단부 및 3' 단부에 부착된다. 일부 실시양태에서, 링커는 단일-가닥 가이드 핵산에 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 부착될 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 단일-가닥 가이드 핵산에 연결한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 그의 5' 단부를 통해 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산의 3' 단부는 유리 상태로 남아있고, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 대해 원위이고, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 대해서는 원위이지만 또 다른 모이어티 및/또는 링커에 연결됨). 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 그의 3' 단부를 통해 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 단부는 유리 상태로 남아있고, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 대해 원위이고, 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 대해서는 원위이지만 또 다른 모이어티 및/또는 링커에 연결됨). 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 둘 다가 유리 상태로 남아있음).
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과)에 연결된다. 일부 실시양태에서, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된다 (예를 들어, 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 둘 다는 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 없는 상태로 남아있음 (예를 들어, 또 다른 모이어티 또는 성분에는 연결될 수 있음)). 일부 실시양태에서, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 연결되고, 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결되어 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부 중 적어도 1개가 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 없는 상태로 남아있도록 (예를 들어, 또 다른 모이어티 또는 성분에는 연결될 수 있음) 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된다. 일부 실시양태에서, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 연결되고, 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 각각에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결되어, 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 또는 3' 단부 어느 것도 유리 상태가 아니도록 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된다. 일부 실시양태에서, 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 어떠한 이중-가닥 RNA 듀플렉스도 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결되지 않으면서 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 단일-가닥 가이드 핵산의 5' 및 3' 단부 각각에서 단일-가닥 가이드 핵산에 연결되도록 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50개, 또는 그 초과)에 연결된다. 일부 실시양태에서, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다 (예를 들어, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥의 5' 및 3' 단부 둘 다는 단일-가닥 가이드 핵산과의 연결이 없는 상태로 남아있음).
일부 실시양태에서, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 연결되고, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 또는 3' 단부에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결되어, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 또는 3' 단부 중 적어도 1개가 단일-가닥 가이드 핵산과의 연결이 없는 상태로 남아있도록 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다.
일부 실시양태에서, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥 상에 하나씩 연결되고, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 또는 3' 단부에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결되어, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 5' 또는 3' 단부 중 적어도 1개가 단일-가닥 가이드 핵산과의 연결이 없는 상태로 남아있도록 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다.
일부 실시양태에서, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서 연결되고, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥의 각각의 5' 및 3' 단부에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결되도록 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다.
일부 실시양태에서, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산은 적어도 2개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 및 3' 단부 사이의 지점 (예를 들어, 뉴클레오티드)에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥에 하나씩 연결되고, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥의 각각의 5' 및 3' 단부에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결되도록 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다.
일부 실시양태에서, 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산은 어떠한 단일-가닥 가이드 핵산도 RNA 가닥의 5' 및 3' 단부 사이에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결되지 않으면서 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 5' 및 3' 단부 각각에서 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결되도록 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된다.
일부 실시양태에서, 1개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스 (예를 들어, 또 다른/다른 이중-가닥 RNA 듀플렉스)에 연결된, 본원에 개시된 구성 중 임의의 것에서, 이러한 구성은 또한 본원에 기재된 바와 같은 링커에 의한 (예를 들어, 링커를 통해 연결되거나, 링커에 의해 이어지는 등) 이러한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 이러한 다른 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 대한 연결을 구현하는 것으로 본 개시내용의 범주 내에 있다. 추가로 핵산 (예를 들어, DNA, RNA, 변형된 DNA, 변형된 RNA, 이중-가닥 RNA의 각각의 RNA 가닥, 단일-가닥 가이드 핵산 등)의 5' 단부를 5' 단부에 및/또는 3' 단부를 3' 단부에 연결하는 구성은 본원에 기재된 바와 같은 링커 및 모이어티의 사용에 의해 가능한 것으로 구상되며, 이러한 구성은 본 개시내용에 의해 구현된다.
일부 실시양태에서, 1개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산이 1개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산 (예를 들어, 또 다른/다른 단일-가닥 가이드 핵산)에 연결된, 본원에 개시된 구성 중 임의의 것에서, 이러한 구성은 또한 본원에 기재된 바와 같은 링커에 의한 (예를 들어, 링커를 통해 연결되거나, 링커에 의해 이어지는 등) 이러한 단일-가닥 가이드 핵산의 이러한 다른 단일-가닥 가이드 핵산에 대한 연결을 구현하는 것으로 본 개시내용의 범주 내에 있다. 추가로 핵산 (예를 들어, DNA, RNA, 변형된 DNA, 변형된 RNA, 이중-가닥 RNA의 각각의 RNA 가닥, 단일-가닥 가이드 핵산 등)의 5' 단부를 5' 단부에 및/또는 3' 단부를 3' 단부에 연결하는 구성은 본원에 기재된 바와 같은 링커 및 모이어티의 사용에 의해 가능한 것으로 구상되며, 이러한 구성은 본 개시내용에 의해 구현된다.
일부 실시양태에서, 1개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된, 본원에 개시된 구성 중 임의의 것에서, 이러한 구성은 또한 본원에 기재된 바와 같은 링커에 의한 (예를 들어, 링커를 통해 연결되거나, 링커에 의해 이어지는 등) 이러한 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 이러한 단일-가닥 가이드 핵산에 대한 연결을 구현하는 것으로 본 개시내용의 범주 내에 있다. 추가로 핵산 (예를 들어, DNA, RNA, 변형된 DNA, 변형된 RNA, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥, 단일-가닥 가이드 핵산 등)의 5' 단부를 5' 단부에 및/또는 3' 단부를 3' 단부에 연결하는 구성은 본원에 기재된 바와 같은 링커 및 모이어티의 사용에 의해 가능한 것으로 구상되며, 이러한 구성은 본 개시내용에 의해 구현된다.
일부 실시양태에서, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 존재하는 경우에, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 모두 균일할 수 있다 (예를 들어, 각각의 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 둘 다의 RNA 가닥에서 동일한 서열을 가짐). 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 존재하는 경우에, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥이 다른 것과 별개라는 점에서 (예를 들어, 서열, 변형, 및/또는 추가의 모이어티의 관점에서 별개라는 점에서) 균일하지 않을 수 있다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 1개 초과의 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 존재하는 경우에, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 각각의 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥이 다른 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥과 별개라는 점에서 별개일 수 있다.
일부 실시양태에서, 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산이 존재하는 경우에, 단일-가닥 가이드 핵산은 모두 균일할 수 있다 (예를 들어, 모두 동일한 서열을 공유함). 예를 들어, 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 동일한 변형 (예를 들어, 뉴클레오시드 변형, 뉴클레오시드간 연결 변형)을 갖는 동일한 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 동일한 서열을 갖지만, 모든 핵산이 동일한 변형 (예를 들어, 뉴클레오시드 변형, 뉴클레오시드간 연결 변형)을 갖는 것은 아니다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산이 존재하는 경우에, 단일-가닥 가이드 핵산은 모두 균일하지 않을 수 있다 (예를 들어, 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산은 다른 단일-가닥 가이드 핵산과 별개의 서열을 가짐). 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 1개 초과의 단일-가닥 가이드 핵산이 존재하는 경우에, 단일-가닥 가이드 핵산은 별개일 수 있다 (예를 들어, 모든 단일-가닥 가이드 핵산은 별개의 서열을 가짐).
통상의 기술자에 의해 인지될 수 있는 바와 같이, 이러한 정도의 유사성 및 차별성은 다양한 정도 및 다양한 유사성일 수 있고, 상기 실시양태는 이러한 스펙트럼에 걸쳐 몇몇 예를 예시한다. 모든 이러한 조합 및 순열은 본 개시내용의 범주 내에서 고려되고 해석되어야 한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 리보핵산 (gRNA)을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 5, 8, 17, 23, 및/또는 26에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 5, 8, 17, 23, 및/또는 26의 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 5에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 5의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 8에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 8의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 17에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 17의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 23에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 23의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 26에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 26의 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 3에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 4에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 5에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 3의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 4의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 5의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 6에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 7에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 8에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 6의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 7의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 8의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 15에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 16에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 17에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 15의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 16의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 17의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 18에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 19에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 17에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 18의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 19의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 17의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 24에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 25에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 23에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 24의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 25의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 23의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 27에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 28에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 26에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 27의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 28의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스 및 가닥 Ref.: 26의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 3에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 13에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하며, 여기서 가닥 Ref.: 13은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 제2 RNA 가닥 및 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 3의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 7의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 및 가닥 Ref.: 13의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하며, 여기서 가닥 Ref.: 13은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 제2 RNA 가닥 및 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다.
일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 6에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 13에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하며, 여기서 가닥 Ref.: 14는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 제2 RNA 가닥 및 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 6의 서열을 포함하는 RNA 가닥 및 가닥 Ref.: 7의 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스, 및 가닥 Ref.: 13의 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하며, 여기서 가닥 Ref.: 14는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 제2 RNA 가닥 및 단일-가닥 가이드 핵산을 포함한다. 본원에 개시된 바와 같은 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자 중 임의의 것은 가닥 Ref.: 3-4, 6-7, 24-25의 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 변형된 서열이 가닥 Ref.: 15-16, 18-19, 27-28에 의해 나타내어진 바와 같은 그의 비변형된 대응물과 임의의 순열 또는 조합 (예를 들어, 치환)으로 배열될 수 있고, 가닥 Ref.: 5 및 8의 변형된 단일-가닥 가이드 핵산 서열이 가닥 Ref.: 17에 의해 나타내어진 바와 같은 그의 비변형된 대응물과 임의의 순열 또는 조합 (예를 들어, 치환)으로 배열될 수 있고, 가닥 Ref.: 23의 변형된 단일-가닥 가이드 핵산 서열이 가닥 Ref.: 26에 의해 나타내어진 바와 같은 그의 비변형된 대응물과 임의의 순열 또는 조합 (예를 들어, 치환)으로 배열될 수 있도록 본원에 개시된 서열의 사용을 활용할 수 있다. 또한, 가닥 Ref.: 13-14의 조합된 변형된 이중-가닥 RNA 듀플렉스 서열 및 단일-가닥 가이드 핵산 서열은 가닥 Ref.: 21-22의 그의 비변형된 대응물과 함께 배열될 수 있거나 또는 그에 의해 치환될 수 있다. 본원에 개시된 예시적인 서열 (표 8)에 제시될 수 있는 바와 같이, RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 29-963 중 어느 하나에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 가닥 Ref.: 29-963 중 어느 하나의 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 29-752 (예를 들어, 가닥 Ref.: 29, 31, 33, 35 등) 중 어느 하나의 임의의 홀수 가닥 Ref. (예를 들어, 서열 식별자)에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 가닥 Ref.: 29-752 (예를 들어, 가닥 Ref.: 29, 31, 33, 35 등) 중 어느 하나의 임의의 홀수 가닥 Ref. (예를 들어, 서열 식별자)의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 제2 가닥은 가닥 Ref.: 29-752 (예를 들어, 가닥 Ref.: 30, 32, 34, 36 등) 중 어느 하나의 임의의 짝수 가닥 Ref. (예를 들어, 서열 식별자)로부터 가닥 Ref.: 29-752 (예를 들어, 가닥 Ref.: 29, 31, 33, 35 등) 중 어느 하나의 임의의 홀수 가닥 Ref. (예를 들어, 서열 식별자)에 대한 상보성 부분을 포함한다.
일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 "동원 도메인"으로 기재된 표 8에 개시된 바와 같은 서열 중 어느 하나 (예를 들어, 가닥 Ref.: 754, 755, 757, 758, 760, 761, 763, 764, 766, 767, 769, 770, 772, 773, 775, 776, 778, 779, 781, 782, 784, 785, 787, 788, 790, 791, 793, 794, 796, 797, 799, 800, 802, 803, 805, 806, 808, 809, 811, 812, 814, 815, 817, 또는 818 중 어느 하나)에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 "동원 도메인"으로 기재된 표 8에 개시된 바와 같은 서열 중 어느 하나 (예를 들어, 가닥 Ref.: 754, 755, 757, 758, 760, 761, 763, 764, 766, 767, 769, 770, 772, 773, 775, 776, 778, 779, 781, 782, 784, 785, 787, 788, 790, 791, 793, 794, 796, 797, 799, 800, 802, 803, 805, 806, 808, 809, 811, 812, 814, 815, 817, 또는 818 중 어느 하나)의 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 가닥 Ref.: 29-752 (예를 들어, 가닥 Ref.: 29, 31, 33, 35 등) 중 어느 하나의 임의의 홀수 가닥 Ref. (예를 들어, 서열 식별자)에 상보적이지 않은 가닥 Ref.: 29-752 (예를 들어, 가닥 Ref.: 30, 32, 34, 36 등) 중 어느 하나의 임의의 짝수 가닥 Ref. (예를 들어, 서열 식별자)의 부분을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 "편집 도메인"으로 기재된 표 8에 개시된 바와 같은 서열 중 어느 하나 (예를 들어, 가닥 Ref.: 753, 756, 759, 762, 765, 768, 771, 774, 777, 780, 783, 786, 789, 792, 795, 798, 801, 804, 807, 810, 813, 또는 816 중 어느 하나)에 대해 적어도 70% 동일성 (예를 들어, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 초과의 동일성)을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 단일-가닥 가이드 핵산은 "편집 도메인"으로 기재된 표 8에 개시된 바와 같은 서열 중 어느 하나 (예를 들어, 가닥 Ref.: 753, 756, 759, 762, 765, 768, 771, 774, 777, 780, 783, 786, 789, 792, 795, 798, 801, 804, 807, 810, 813, 또는 816 중 어느 하나)의 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 표 8에 개시된 바와 같은 화합물 중 임의의 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, RNA 표적화 분자는 링커를 포함하는 표 8의 화합물 중 임의의 것을 포함한다.
사용 방법
일부 측면에서, 본 개시내용은 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물을 사용하는 방법에 관한 것이다. 본원에 사용된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 대상을 기재하는 데 사용된 용어 "분자"는 일부 경우에 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자를 개별적으로 및 집합적으로, 단수형 및 복수형으로, 및 그의 조성물로 (비제한적으로, 예를 들어, 핵산 가닥 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드), 듀플렉스, 및 그의 분자를 포함함) 지칭한다. 따라서, 예를 들어, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물을 언급하는 경우에, 이는 각각의 및 모든 실시양태에서 본 개시내용의 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 모든 이러한 조합 및 순열을 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 그러나, 용어 분자는 다른 유형의 분자를 지칭하기 위해 일반적 용어로서 본원에서 사용될 수 있고, 그의 사용은 특정한 문맥에 따라 달라질 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물은 표적 아데노신의 탈아미노화를 유발하기 위해 투여된다. 일부 실시양태에서, 표적 아데노신은 RNA로 구성된 핵산 상의 아데노신이다. 일부 실시양태에서, RNA는 메신저 RNA (mRNA), 전달 RNA (tRNA), 리보솜 RNA (rRNA), 또는 마이크로 RNA (miRNA)로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, RNA는 mRNA이다.
일부 실시양태에서, 표적 아데노신은 돌연변이 (예를 들어, 삽입, 결실, 치환, 전환) 또는 유전적 결함의 결과이다. 일부 실시양태에서, 표적 아데노신은 돌연변이 (예를 들어, 삽입, 결실, 치환, 전환) 또는 유전적 결함의 결과가 아니다. 일부 실시양태에서, 표적 아데노신은 핵산의 단백질 코딩 영역에 위치한다. 일부 실시양태에서, 표적 아데노신은 핵산의 비-단백질 코딩 영역 (예를 들어, 인트론, UTR, miRNA, 위유전자)에 위치한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물은, 예를 들어 A를 번역 동안 G를 모방한 이노신으로 변화시키는 탈아미노화에 의해, G에서 A로의 돌연변이의 결과를 교정하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 RNA로부터 번역된 단백질에서 변화를 유발한다. 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 RNA로부터 번역된 단백질에서 변화를 유발하지 않는다. 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 번역 개시 부위를 생성하거나 변화시킨다 (예를 들어, 결실시키거나 변경시킴). 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 번역 정지 (예를 들어, 종결) 부위를 생성하거나 변화시킨다 (예를 들어, 결실시키거나 변경시킴). 예를 들어, 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 저- 또는 고-사용 정지 코돈을 도입하여 단백질의 발현 수준을 변화시킨다. 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 번역된 단백질의 신장을 유발한다 (예를 들어, 야생형 단백질에는 존재하지 않는 추가의 아미노산 잔기가 N-말단, C-말단, 또는 내부에서 발생할 수 있음). 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 번역된 단백질의 말단절단을 유발한다 (예를 들어, 야생형 단백질보다 더 적은 아미노산 잔기가 N-말단, C-말단, 또는 내부에서 발생할 수 있음). 일부 실시양태에서, 탈아미노화는 야생형 단백질의 비-번역을 유발한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물은 대상체에게 투여된다. 본원에 사용된 용어 "대상체"는 본원의 대상 (예를 들어, 개시된 분자 및/또는 조성물)을 사용한 치료 또는 진단을 필요로 하는 임의의 유기체를 지칭한다. 예를 들어, 비제한적으로, 대상체는 포유동물 및 비-포유동물을 포함할 수 있다. 본원에 사용된 "포유동물"은 포유동물 강을 구성하는 임의의 동물 (예를 들어, 인간, 마우스, 래트, 고양이, 개, 양, 토끼, 말, 소, 염소, 돼지, 기니 피그, 햄스터, 닭, 칠면조, 또는 비-인간 영장류 (예를 들어, 마모셋, 마카크))을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 포유동물은 인간이다. 일부 실시양태에서, 투여는 대상체를 치료하기 위한 것이다. 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 용어 "치료", "치료하다", 및 "치료하는"은 특정한 적응증, 질환, 장애, 상태, 및/또는 그의 증상의 1종 이상의 증상 또는 특색을 부분적으로 또는 완전히 완화시키고/거나, 호전시키고/거나, 경감시키고/거나, 그의 발병을 지연시키고/거나, 그의 진행을 억제하고/거나, 그의 중증도를 감소시키고/거나, 그의 발생률을 감소시키는 것을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 치료는 임상 개입을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 치료는 1종 이상의 증상이 발생한 후에 및/또는 질환이 진단된 후에 투여될 수 있다. 다른 실시양태에서, 치료는 증상의 부재 하에 (예를 들어, 증상의 발병을 예방 또는 지연시키거나 또는 질환의 발병 또는 진행을 억제하기 위해) 투여될 수 있다. 예를 들어, 치료는 증상의 발병 전에 (예를 들어, 증상의 병력에 비추어 및/또는 유전적 또는 다른 감수성 인자에 비추어) 감수성 개체 (예를 들어, 대상체)에게 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 치료는 예방으로서 사용되고/거나 투여된다. 치료는 또한 증상이 해소된 후에, 예를 들어 그의 재발을 예방하거나 지연시키기 위해 계속될 수 있다.
일부 실시양태에서, 분자 및/또는 조성물은 질환 또는 장애를 치료하기 위해 대상체에게 투여된다. 질환 또는 장애는 본원에 기재된 분자 및/또는 조성물을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 수 있거나, 또는 표적 아데노신의 선택적 또는 지시된 탈아미노화 또는 다수의 표적 아데노신 (예를 들어, 다중 카피의 표적 아데노신, 또는 동일한 핵산 상의 상이한 위치의 다중 아데노신, 또는 상이한 또는 다중 핵산 상의 (동일한 위치 또는 상이한 위치의) 다중 아데노신)의 지시된 탈아미노화로부터 이익을 얻을 수 있는 임의의 질환 또는 장애일 수 있다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 RNA에서의 적어도 1개의 아데노신의 발현 (예를 들어, 전사) 또는 비-발현 (예를 들어, 전사의 결여)과 관련되거나, 그에 의해 유발되거나, 또는 그에 의해 영향을 받는 것이다. 일부 실시양태에서, 아데노신은 RNA 내의 표적 위치에서 발생한다. 예를 들어, 질환 또는 장애는 뉴클레오티드의 점 돌연변이 (예를 들어, 삽입, 결실, 치환, 전환)와 관련될 수 있다. 일부 실시양태에서, 질환 또는 장애는 낭성 섬유증, 후를러 증후군, 알파-1-항트립신 (A1AT) 결핍, 파킨슨병, 알츠하이머병, 백색증, 근위축성 측삭 경화증, 천식, 베타-지중해빈혈 (β-지중해빈혈), 카다실 증후군, 샤르코-마리-투스병, 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD), 원위 척수성 근육 위축 (DSMA), 뒤시엔느/베커 근육 이영양증, 이영양성 수포성 표피박리증, 수포성 표피박리증, 파브리병, 인자 V 라이덴 연관 장애, 가족성 선종성, 폴립증, 갈락토스혈증, 고셔병, 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제, 혈우병, 유전성 혈색소증, 헌터 증후군, 헌팅톤병, 염증성 장 질환 (IBD), 유전성 다응집 증후군, 레베르 선천성 흑암시, 레쉬-니한 증후군, 린치 증후군, 마르팡 증후군, 뮤코폴리사카라이드증, 근육 이영양증, 근긴장성 이영양증 유형 I 및 II, 신경섬유종증, 니만-픽병 유형 A, B, 및 C, NY-eso1 관련 암, 포이츠-예거스 증후군, 페닐케톤뇨, 폼페병, 원발성 섬모 질환, 프로트롬빈 돌연변이 관련 장애, 예컨대 프로트롬빈 G20210A 돌연변이, 폐고혈압, 색소성 망막염, 샌드호프병, 중증 복합 면역 결핍 증후군 (SCID), 겸상 적혈구성 빈혈, 척수성 근육 위축, 스타르가르트병, 테이-삭스병, 어셔 증후군, X-연관 면역결핍, 스터지-웨버 증후군, 및 암으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 분자 및/또는 조성물은 질환 또는 장애를 치료하기 위한 유효량으로 대상체에게 투여된다. 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있는 용어 "유효량", "치료 유효량", 및 "제약 유효량"은 목적하는 생물학적 반응을 도출하기에 충분한 생물학적 활성제 (예를 들어, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물)의 양을 지칭한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자의 유효량은 핵산 및 표적 아데노신을 표적화하여 그의 탈아미노화를 유발하기에 충분한 양을 지칭할 수 있다. 통상의 기술자에 의해 인지될 바와 같이, 본원에 기재된 바와 같은 분자 및/또는 조성물의 유효량은, 예를 들어 목적하는 생물학적 반응 (예를 들어, 목적하는 치료 효과, 탈아미노화될 표적의 수, 표적화의 복잡성 등), 표적화되는 세포 또는 조직, 및 사용되는 작용제와 같은 다양한 인자에 따라 달라질 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물은 특정한 질환 또는 상태와 연관된 유전자로부터 발현된 전사체 (예를 들어, mRNA)를 표적화하는 데 사용될 수 있다. 이와 관련하여, 유전자로부터 발현된 전사체는 유전자에 의해 코딩되거나, 그로부터 발현되거나, 또는 그의 발현 생성물로부터 유래된 전사체를 지칭할 수 있는 것으로 인지되어야 한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 전사체는 그것이 발현되는 유전자의 비개재 서열에 상응하는 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 유전자의 발현 생성물은 추가의 프로세싱 단계 (예를 들어, 전사후 변형)를 거쳐 전사체를 생산한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물은 표 B로부터 선택된 유전자로부터 발현된 전사체 (예를 들어, mRNA)를 표적화하는 데 사용될 수 있다. 표 B는 예시적인 질환 (칼럼 A) 및 그와 연관된 유전자 (칼럼 B)의 목록을 제공한다. 표 B에 열거된 각각의 유전자에 대해, 인간 게놈 내의 상응하는 서열 및 위치 (칼럼 C, D)가, 유전자로부터 발현된 예시적인 전사체 (칼럼 E)와 함께 제공된다.
표 B를 참조하면, 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 칼럼 B의 상응하는 질환-연관 유전자로부터 발현된 전사체를 표적화함으로써 (예를 들어, 단백질의 발현 수준을 증가시켜 (예를 들어, 코돈을 숙주에서 보다 빈번하게 사용되지만 동일한 아미노산을 코딩하는 상이한 코돈으로 변화시키는 것에 의함), 단백질의 발현 수준을 감소시켜 (예를 들어, 코돈을 숙주에서 보다 덜 빈번하게 사용되지만 동일한 아미노산을 코딩하는 상이한 코돈으로 변화시키는 것에 의함), 단백질에서 1개 이상의 아미노산을 변화시켜, 및/또는 적절한 경우에 코딩 서열을 편집하여) 칼럼 A로부터 선택된 적어도 1종의 질환을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 전사체는 칼럼 E의 상응하는 전사체이다. 일부 실시양태에서, 전사체는 칼럼 E의 상응하는 전사체와 상이하다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 분자 및/또는 조성물은 칼럼 E로부터 선택된 전사체, 또는 칼럼 B의 상응하는 질환-연관 유전자로부터 발현된 상이한 전사체를 표적화한다.
표 B: 표적의 비제한적 예
투여, 조성물, 및 키트
투여
본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 중 임의의 것 (예를 들어, 핵산, 듀플렉스)을 투여하거나 또는 본원에 개시된 방법 중 임의의 것을 실시하기 위해, 본원에 기재된 바와 같은 분자 및/또는 조성물의 유효량은 적합한 경로 (본원에 논의된 바와 같음)를 통해 대상체 (예를 들어, 인간)에게 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 본원에 기재된 바와 같은 분자 및/또는 조성물을 필요로 하거나, 필요로 하는 것으로 의심되거나, 또는 필요로 할 위험이 있을 수 있다. 일부 실시양태에서, 분자 및/또는 조성물은 RNA 편집과 관련된, 표적 아데노신의 발현과 관련된, 또는 표적 아데노신의 비-발현과 관련된 질환 또는 장애를 치료하기 위해 투여될 수 있다.
본 개시내용의 분자 및/또는 조성물의 투여는 임의의 허용되는 수단에 의해 이루어질 수 있고, 분자 및/또는 조성물 중 임의의 것은 관련 기술분야에 공지된 임의의 투여 경로에 의해 투여될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 분자 및/또는 조성물은 통상적인 경로를 통해 투여될 수 있고, 예를 들어 경구로, 비경구로, 흡입 스프레이에 의해, 국소로, 직장으로, 비강으로, 협측으로, 질로 또는 이식된 저장소를 통해 투여될 수 있다. 본원에 사용된 용어 "비경구"는 피하, 피내, 정맥내, 근육내, 관절내, 동맥내, 활막내, 흉골내, 척수강내, 병변내, 및 두개내 주사 또는 주입 기술을 포함한다. 또한, 이는 주사가능한 데포 투여 경로를 통해, 예컨대 1-, 3-, 또는 6-개월 데포 주사가능한 또는 생분해성 물질 및 방법을 사용하여 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 경장 또는 위장 (예를 들어, 경구)이고, 제제는 경장 또는 위장 투여 (예를 들어, 경구)를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 비경구이고, 제제는 비경구 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 주사를 통한 것이고, 제제는 주사를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 설하이고, 제제는 설하 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 협측이고, 제제는 협측 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 비강이고, 제제는 비강 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 경피이고, 제제는 경피 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 피하이고, 제제는 피하 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 혈관주위이고, 제제는 혈관주위 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 국소이고, 제제는 국소 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 직장 (예를 들어, 직장내)이고, 조성물은 직장 투여를 위해 제제화된다. 일부 실시양태에서, 투여 경로는 정맥내 (예를 들어, 정맥 또는 동맥 천자에 의함)이고, 제제는 정맥내 (예를 들어, 정맥 또는 동맥 천자에 의한) 투여를 위해 제제화된다.
조성물
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)은 제약상 허용되는 조성물을 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)은, 본원에 사용된 바와 같은, 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등) 및 또 다른 제약상 허용되는 담체, 희석제, 또는 부형제를 포함하는 제약상 허용되는 조성물로서 대상체에게 투여하기 위해 제제화될 수 있다. "제약상 허용되는" 담체, 희석제, 또는 부형제는 멸균되고 발열원 무함유인 것을 포함한다. 적합한 제약 담체, 희석제, 및 부형제는 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 담체(들)는 억제제와 상용성이고 그의 수용자 (예를 들어, 대상체)에게 유해하지 않다는 의미에서 "허용되는" 것이어야 한다.
비경구 투여에 적합한 제제는 항산화제, 완충제, 정박테리아제, 및 제제를 의도되는 수용자의 혈액과 등장성이 되도록 하는 용질을 함유할 수 있는 수성 및 비-수성 멸균 주사 용액; 및 현탁화제 및 증점제를 포함할 수 있는 수성 및 비-수성 멸균 현탁액을 포함한다. 수용액은 (바람직하게는 약 3 내지 약 9의 pH로) 적합하게 완충될 수 있다. 멸균 조건 하에서의 적합한 비경구 제제의 제조는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지된 표준 제약 기술에 의해 용이하게 달성된다.
주사가능한 조성물은 다양한 담체, 예컨대 식물성 오일, 디메틸아세트아미드, 디메틸포름아미드, 에틸 락테이트, 에틸 카르보네이트, 이소프로필 미리스테이트, 에탄올, 및 폴리올 (글리세롤, 프로필렌 글리콜, 액체 폴리에틸렌 글리콜 등)을 함유할 수 있다. 정맥내 주사의 경우, 수용성 항체는 점적 방법에 의해 투여될 수 있으며, 이에 의해 작용제 및 생리학상 허용되는 부형제를 함유하는 제약 제제가 주입된다. 생리학상 허용되는 부형제는, 예를 들어 5% 덱스트로스, 0.9% 염수, 링거액 또는 다른 적합한 부형제를 포함할 수 있다. 근육내 제제, 예를 들어 작용제의 적합한 가용성 염 형태의 멸균 제제는 제약 부형제, 예컨대 주사용수, 0.9% 염수, 또는 5% 글루코스 용액 중에 용해되어 투여될 수 있다.
본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 중 임의의 것 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)은 활성 성분을, 임의로 비-독성 유기, 또는 무기, 산, 또는 염기, 부가염의 형태로, 제약상 허용되는 투여 형태로 포함하는 제약 제제 (예를 들어, 조성물을 포함함)의 형태로, 관련 기술분야에 공지된 임의의 투여 경로, 예컨대 비경구 투여, 경구 투여, 협측 투여, 설하 투여 (예를 들어, 즉시-, 지연-, 또는 제어-방출 적용을 위한, 향미제 또는 착색제를 함유할 수 있는 정제, 캡슐, 오뷸, 엘릭시르, 용액 또는 현탁액) 국소 투여, 또는 흡입에 의해 투여될 수 있다. 적합한 정제는 부형제, 예컨대 미세결정질 셀룰로스, 락토스, 시트르산나트륨, 탄산칼슘, 이염기성 인산칼슘 및 글리신, 붕해제, 예컨대 전분 (바람직하게는 옥수수, 감자 또는 타피오카 전분), 소듐 스타치 글리콜레이트, 크로스카르멜로스 소듐 및 특정 복합 실리케이트, 및 과립화 결합제, 예컨대 폴리비닐피롤리돈, 히드록시프로필메틸셀룰로스 (HPMC), 히드록시프로필셀룰로스 (HPC), 수크로스, 젤라틴 및 아카시아를 함유할 수 있다. 유사한 유형의 고체 조성물이 또한 젤라틴 캡슐 내의 충전제로서 사용될 수 있다. 이와 관련하여 바람직한 부형제는 락토스, 전분, 셀룰로스, 유당 또는 고분자량 폴리에틸렌 글리콜을 포함한다. 수성 현탁액 및/또는 엘릭시르의 경우에, 본 개시내용의 화합물 (예를 들어, miR-224 억제제)은 다양한 감미제 또는 향미제, 착색 물질 또는 염료, 유화제 및/또는 현탁화제 및 희석제 예컨대 물, 에탄올, 프로필렌 글리콜 및 글리세린, 및 그의 조합과 조합될 수 있다. 추가적으로, 윤활제, 예컨대 스테아르산마그네슘, 스테아르산, 글리세릴 베헤네이트 및 활석이 포함될 수 있다.
제제는 단위-용량 또는 다중-용량 용기, 예를 들어 밀봉된 앰플 또는 바이알로 제공될 수 있고, 사용 직전에 멸균 액체 담체의 첨가만을 필요로 하는 동결-건조 (동결건조) 상태로 저장될 수 있다.
키트
한 측면에서, 본 개시내용은 표적 아데노신의 돌연변이 또는 발현과 관련된 장애의 치료를 위해 대상체에게 본원에 개시된 1종 이상의 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)을 투여하기 위한 키트에 관한 것이다. 대표적인 키트는 대상체에게 주어진 빈도로 및/또는 주어진 방식 (예를 들어, 투여 경로)으로 투여하기 위해 유효량의 본원에 개시된 1종 이상의 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)을 포함하는 1개 이상의 투여 단위를 포함한다.
일부 실시양태에서, 키트는 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 중 임의의 것 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)을 포함하는 셀을 제공한다.
본원에 개시된 방법 중 임의의 것을 수행하고 작용제를 투여하는 것에 대한 지침서가 또한 본원에 기재된 키트에 포함될 수 있다.
키트는 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)을 함유하는 단일 제제 또는 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)을 각각 함유하는 제제의 조합물을 나타내도록 조직화될 수 있다. 조성물은 적절한 양의 본원에 개시된 분자 및/또는 조성물 (예를 들어, 핵산, ADAR 동원 분자, 표적화 분자 등)을 함유하도록 세분될 수 있다. 단위 투여량은 포장된 조성물, 예컨대 패킷된 (즉, 패킷에 함유된) 분말, 바이알, 앰플, 사전충전된 시린지, 정제, 캐플릿, 캡슐, 또는 액체를 함유하는 사쉐일 수 있다.
본원에 기재된 작용제는 단일 용량일 수 있거나, 또는 연속 또는 주기적 불연속 투여를 위한 것일 수 있다. 연속 투여를 위해, 키트는 본원에 기재된 작용제를 각각의 투여 단위로 포함할 수 있다. 시간 경과에 따라 본원에 기재된 작용제의 농도, 본원에 기재된 작용제를 함유하는 조성물의 성분, 또는 조성물 내의 본원에 기재된 작용제 또는 다른 작용제의 상대비를 다르게 하는 것을 목적으로 하는 경우에, 키트는 일련의 투여 단위를 함유할 수 있다.
키트는 목적하는 전달 경로를 위해 제제화된 본원에 기재된 작용제를 갖는 포장 또는 용기를 함유할 수 있다. 키트는 또한 투여 지침서, 본원에 기재된 작용제에 관한 삽입물, 작용제의 순환 수준을 모니터링하는 것에 대한 지침서, 또는 그의 조합을 함유할 수 있다. 작용제를 사용하기 위한 물질이 추가로 포함될 수 있고, 이는 비제한적으로 시약, 웰 플레이트, 용기, 마커, 또는 라벨 등을 포함한다. 이러한 키트는 목적하는 적응증 (예를 들어, 장애)의 치료에 적합한 방식으로 포장될 수 있다.
이러한 키트에 포함되는 다른 적합한 성분은 목적하는 적응증 및 전달 경로를 고려하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이다. 키트는 또한 대상체에 대한 작용제의 주사/투여를 보조하기 위한 기구를 포함할 수 있거나, 또는 그와 함께 포장될 수 있다. 이러한 기구는 비제한적으로 흡입기, 시린지, 피펫, 겸자, 측정 스푼, 점안기, 또는 임의의 이러한 의학적으로 승인된 전달 수단을 포함한다. 다른 기기는 시험관내 반응을 판독하거나 모니터링하는 것을 허용하는 장치를 포함할 수 있다.
작용제는 건조, 동결건조, 또는 액체 형태로 제공될 수 있다. 시약 또는 성분이 건조 형태로 제공되는 경우에, 재구성은 일반적으로 용매의 첨가에 의한다. 용매는 또 다른 포장 수단 내에 제공될 수 있고, 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 선택될 수 있다.
제약 작용제를 분배하기 위한 다수의 패키지 또는 키트가 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있다. 특정 실시양태에서, 패키지는 라벨링된 블리스터 패키지, 다이얼 디스펜서 패키지, 또는 병이다.
실시예
실시예 1: 동원 분자는 ADAR 편집 효율에 영향을 미칠 수 있다
하기 올리고뉴클레오티드 실험 설계를 시험하였다:
HeLa 세포에서의 편집 절차
HeLa, Hep-G2, 및 MCF-7 세포를 10% 태아 소 혈청 (FBS), 100 U/mL 페니실린 및 100 μg/mL 스트렙토마이신으로 보충된 이글 최소 필수 배지 (EMEM) 중에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. U-2 OS 및 SK-BR-3 세포를 10% 태아 소 혈청 (FBS), 100 U/mL 페니실린 및 100 μg/mL 스트렙토마이신으로 보충된 맥코이 5A 배지 중에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. NCI-H1395, NCI-H1623, 및 NCI-H1993 세포를 10% 태아 소 혈청 (FBS), 100 U/mL 페니실린 및 100 μg/mL 스트렙토마이신으로 보충된 RPMI-1640 배지 중에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. 모든 세포주는 ATCC로부터 획득하였다. 세포 배양을 위한 모든 시약은 써모피셔 사이언티픽(ThermoFisher Scientific)™으로부터 획득하였다.
형질감염 1일 전에 세포를 24-웰 플레이트 내의 항생제가 없는 성장 배지 (EMEM + 10% FBS) 500 μL 중에 1 x 105개 HeLa 세포/웰로 시딩하였다. 다음날, 세포를 3 μL 리포펙타민 RNAiMAX와 복합체화된 3' UTR GAPDH RNA 올리고뉴클레오티드 100 nM로 형질감염시켰다. 24시간 (h) 후, 세포를 수거하고, RN이지(RNeasy) 마이크로 키트 (퀴아젠(QIAGEN))를 사용하여 RNA를 추출하였다. 슈퍼스크립트 IV (인비트로젠(Invitrogen))를 사용하여 역전사를 수행한 후, 백금 II Taq 폴리머라제 (써모피셔)로 PCR을 수행하였다. 생성된 DNA를 퀴아퀵 PCR 정제 칼럼 (퀴아젠) 상에서 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈(Genewiz))에 의해 분석하였다.
결과
다양한 올리고 서열의 결과를 도 3a-11c에 제시한다. HeLa 세포에서, RD0034는 37% 편집을 나타내었고, INFα에 반응하지 않은 반면 (도 3b 및 4d), RD0016은 INFα에 대해 우수한 반응을 나타내었다 (도 3a 및 4c). NCI-H1993 세포주에서, RD0016은 INFα의 사용 없이 50%-60% 편집 효율을 나타내었다 (도 7c). NCI-H1395 세포주에서, RD0016은 INFα의 존재 하에 ~80% 편집을 나타내었다 (도 6c). NCI-H1623 세포주에서, RD0016은 INFα의 부재 하에 ~72%-73% 편집을 나타내었다 (도 11a). NCI-H1623 세포주에서, RD0016은 INFα의 존재 하에 ~81%-82% 편집을 나타내었다 (도 11b). NCI-H1623 세포주에서, RD0034는 INFα의 부재 하에 ~47%-50% 편집을 나타내었다 (도 11c).
실시예 2: 동원 분자 및 표적화 분자 내의 링커는 ADAR 편집 효율에 영향을 미칠 수 있다
HeLa 세포에서의 편집 절차
SK-BR-3 세포를 10% 태아 소 혈청 (FBS), 100 U/mL 페니실린 및 100 μg/mL 스트렙토마이신으로 보충된 맥코이 5A 배지에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. 세포주는 ATCC로부터 획득하였다. 세포 배양을 위한 모든 시약은 써모피셔 사이언티픽™으로부터 획득하였다.
형질감염 1일 전에 세포를 24-웰 플레이트 내의 항생제가 없는 성장 배지 (EMEM + 10% FBS) 500 μL 중에 1 x 105개 HeLa 세포/웰로 시딩하였다. 다음날, 세포를 3 μL 리포펙타민 RNAiMAX와 복합체화된 3' UTR GAPDH RNA 올리고뉴클레오티드의 5가지 상이한 농도 (100 nM, 10 nM, 3.3 nM, 1.1 nM, 및 0.37 nM)로 형질감염시켰다. 24시간 (h) 후, 세포를 수거하고, RN이지 마이크로 키트 (퀴아젠)를 사용하여 RNA를 추출하였다. 슈퍼스크립트 IV (인비트로젠)를 사용하여 역전사를 수행한 후, 백금 II Taq 폴리머라제 (써모피셔)로 PCR을 수행하였다. 생성된 DNA를 퀴아퀵 PCR 정제 칼럼 (퀴아젠) 상에서 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석하였다.
결과
비제한적 예가 도 12a-12g에 제시되어 있는 다양한 링커를 사용한 다양한 올리고 서열의 결과를 도 13a-13c 및 도 14a-14g에 제시한다. 하기 표 1은 100 nM 올리고 형질감염 농도에 대한, 도 14a-14f에 나타낸 바와 같은 올리고 서열의 다양한 조성물의 GAPDH 편집 효율을 열거한다.
표 1: 올리고 조성물 (100 nM)의 GAPDH 편집 효율
하기 표 2는 10 nM 올리고 형질감염 농도 하에서의, 접합된 올리고를 포함하는 다양한 조성물의 GAPDH 편집 효율을 보여준다.
표 2: 올리고 조성물 (10 nM)의 GAPDH 편집 효율
실시예 3: 뮤린 1차 간세포에서의 마우스 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH) mRNA 상 A의 I로의 RNA 편집
마우스 간세포를 0.5 μL 리포펙타민 RNAiMAx (인비트로젠)와 복합체화된 100 μM 올리고뉴클레오티드로 24시간 동안 형질감염시켰다. 총 RNA를 제조업체의 프로토콜 (인비트로젠)에 따라 RNA쿠오스(RNAqueous) 키트를 사용하여 간세포로부터 추출하였다. 상보적 DNA를 합성하고, 슈퍼스크립트 원-스텝 RT-PCR 키트 (인비트로젠) 및 인간 GAPDH에 대한 특이적 프라이머를 사용하여 DNA를 증폭시켰다. 생성된 DNA를 민엘루트(MinElute) 96UF 플레이트 (퀴아젠)를 사용하여 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석하였다. 각각의 부위에서 구아노신 및 아데노신 피크의 높이를 측정하고, 구아노신 피크 높이를 구아노신 및 아데노신 피크 높이의 합으로 나누어, 아데노신-에서-이노신 편집 수율을 정량화하였다.
결과
서열분석으로부터의 결과를 도 15에 제시하고, 하기 표 3A에 요약한다.
표 3A: 뮤린 1차 간세포에서의 GAPDH 편집 효율
하기 표 3B는 사용된 상이한 화합물의 서열 및 구조를 상술한다.
표 3B: 화합물 정보
실시예 4: 1차 원숭이 간 섬유모세포에서의 원숭이 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH) mRNA 상의 A의 I로의 RNA 편집
MK-6019 세포 (시노몰구스 원숭이 1차 간 섬유모세포)를 셀 바이올로직스(Cell Biologics)로부터 입수한 완전 섬유모세포 성장 배지 (Cat# M2267)에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. 세포를 셀 바이올로직스로부터 획득하였다. 형질감염 1일 전에 세포를 96-웰 플레이트 내의 항생제가 없는 성장 배지 100 μL 중에 2 x 105개 세포/웰로 시딩하였다. 다음날, 세포를 0.6 μL 리포펙타민 RNAiMAX와 복합체화된 GAPDH RNA 올리고뉴클레오티드 10 nM로 형질감염시켰다. 24시간 (h) 후, 세포를 수거하고, RNA쿠오스-96 키트 (써모피셔 Cat #AM1920)를 사용하여 RNA를 추출하였다. 슈퍼스크립트 IV (인비트로젠)를 사용하여 역전사를 수행한 후, 백금 II Taq 폴리머라제 (써모피셔)로 PCR을 수행하였다. 생성된 DNA를 민엘루트 96 UF PCR 정제 키트 (퀴아젠 Cat #28051) 상에서 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석하였다.
결과
서열분석으로부터의 결과를 도 16a에 제시한다. 화합물에 대한 GAPDH 편집 효율을 도 16b에 제시하고, 하기 표 4A에 요약한다.
표 4A: MK-6019 세포에서의 GAPDH 편집 효율
하기 표 4B는 사용된 상이한 화합물의 서열 및 구조를 상술한다.
표 4B: 화합물 정보
실시예 5: 트랜스제닉 마우스 간세포에서의 인간 단백질 돌연변이 변이체를 코딩하는 표적 mRNA 분자 상 A의 I로의 RNA 편집
1차 마우스 간세포 단리
인간 단백질 돌연변이 변이체 (예를 들어, 야생형 단백질과 비교하여 1-아미노산 점 돌연변이를 포함하는 단백질)를 발현하는 트랜스제닉 마우스를 세인트 루이스 대학교에서 보유하고 있는 콜로니로부터 입수하였다. 2-단계 콜라게나제 관류를 수행하여 마우스 간으로부터 1차 간세포를 단리하였다. 간략하게, 바늘을 문맥 내로 삽입한 다음, 연동 펌프를 사용하여 25mL의 사전-관류 용액 (HBSS)을 6mL/분으로 주사하였다. 이어서, 연동 펌프를 사용하여 콜라게나제를 함유하는 관류 용액으로 3mL/분으로 간에 관류시켰다. 콜라게나제 관류 후, 소화된 조직을 가위로 추가로 세절하고, 세포 현탁액을 50xg에서 3분 동안 원심분리하였다. 펠릿을 M199 배지 중에 현탁시키고, 세포를 콜라겐-코팅된 96 웰 플레이트 상에 플레이팅하였다 (200 μL 배지 중 ~2x104개 세포).
표적 RNA 편집
마우스 간세포를 0.5 μL 리포펙타민 RNAiMAx (인비트로젠)와 복합체화된 100 μM 올리고뉴클레오티드로 24시간 동안 형질감염시켰다. 총 RNA를 제조업체의 프로토콜 (인비트로젠)에 따라 RNA쿠오스 키트를 사용하여 간세포로부터 추출하였다. 상보적 DNA를 합성하고, 슈퍼스크립트 원-스텝 RT-PCR 키트 (인비트로젠) 및 인간 단백질에 대한 특이적 프라이머를 사용하여 DNA를 증폭시켰다. 생성된 DNA를 민엘루트 96UF 플레이트 (퀴아젠)를 사용하여 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석하였다. 각각의 부위에서 구아노신 및 아데노신 피크의 높이를 측정하고, 구아노신 피크 높이를 구아노신 및 아데노신 피크 높이의 합으로 나누어, 아데노신-에서-이노신 편집 수율을 정량화하였다.
결과
서열분석으로부터의 결과를 도 17a-17f에 제시하고, 하기 표 5에 요약한다.
표 5: 화합물 정보 및 표적 RNA 편집 효율
실시예 6: 인간 섬유모세포에서의 RNA 편집 구축물의 평가
H-6019 세포 (인간 1차 간 섬유모세포)를 셀 바이올로직스로부터 입수한 완전 섬유모세포 성장 배지 (Cat# M2267)에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. 세포를 셀 바이올로직스로부터 획득하였다. 형질감염 1일 전에 세포를 96-웰 플레이트 내의 항생제가 없는 성장 배지 100 μL 중에 2 x 105개 세포/웰로 시딩하였다. 다음날, 세포를 0.6 μL 리포펙타민 RNAiMAX와 복합체화된 GAPDH RNA 올리고뉴클레오티드 10 nM로 형질감염시켰다. 24시간 (h) 후, 세포를 수거하고, RNA쿠오스-96 키트 (써모피셔 Cat #AM1920)를 사용하여 RNA를 추출하였다. 슈퍼스크립트 IV (인비트로젠)를 사용하여 역전사를 수행한 후, 백금 II Taq 폴리머라제 (써모피셔)로 PCR을 수행하였다. 생성된 DNA를 민엘루트 96 UF PCR 정제 키트 (퀴아젠 Cat #28051) 상에서 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석하였다.
결과
화합물에 대한 GAPDH 편집 효율 및 화합물 정보를 각각 하기 표 6A 및 6B에 요약한다.
표 6A: H-6019 세포에서의 GAPDH 편집 효율
*검출가능한 한계 미만의 편집 효율
표 6B: 화합물 정보
실시예 7: 동원 도메인에 오버행을 갖는 RNA 편집 구축물의 평가
SK-BR-3 세포를 셀 바이올로직스로부터 입수한 완전 섬유모세포 성장 배지 (Cat# M2267)에서 37℃에서 5% CO2의 분위기 하에 배양하였다. 세포주는 ATCC (ATCC Cat#HTB-30)로부터 획득하였다. 형질감염 1일 전에 세포를 96-웰 플레이트 내의 항생제가 없는 성장 배지 100 μL 중에 2 x 105개 세포/웰로 시딩하였다. 다음날, 세포를 0.6 μL 리포펙타민 RNAiMAX와 복합체화된 GAPDH RNA 올리고뉴클레오티드 10 nM로 형질감염시켰다. 24시간 (h) 후, 세포를 수거하고, RNA쿠오스-96 키트 (써모피셔 Cat #AM1920)를 사용하여 RNA를 추출하였다. 슈퍼스크립트 IV (인비트로젠)를 사용하여 역전사를 수행한 후, 백금 II Taq 폴리머라제 (써모피셔)로 PCR을 수행하였다. 생성된 DNA를 민엘루트 96 UF PCR 정제 키트 (퀴아젠 Cat #28051) 상에서 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석하였다.
결과
하기 표 7A 및 7B는 올리고 서열의 다양한 조성물의 GAPDH 편집 효율 및 화합물 정보를 각각 열거한다.
표 7A: 올리고 조성물의 GAPDH 편집 효율
표 7B: 화합물 정보
실시예 8: 야생형 마우스에서의 RNA 편집 구축물의 평가
순응 4일 후, 동물을 7개의 군 (n=3)으로 BW별로 무작위화할 것이다. 케이지 측 관찰이 매일 이루어질 것이다. i.v.를 통한 RD2242의 20 mg/kg 볼루스 주사를 수행할 것이다. BW에 의해 결정된 바와 같은 총 부피는 10초의 기간 내에 주사되어야 한다. 3마리의 마우스를 이소플루란으로 마취시키고, 투여 8, 24, 48, 72 및 120시간 후에 안락사시킬 것이다. 간을 수집하고, RNA 레이터에 놓을 것이다. 간 샘플을 균질화할 것이고, RNA쿠오스-96 키트 (써모피셔 Cat #AM1920)를 사용하여 RNA를 추출할 것이다. 슈퍼스크립트 IV (인비트로젠)를 사용하여 역전사를 수행한 후, 백금 II Taq 폴리머라제 (써모피셔)로 PCR을 수행할 것이다. 생성된 DNA를 민엘루트 96 UF PCR 정제 키트 (퀴아젠 Cat #28051) 상에서 정제하고, 생어 서열분석 (진와이즈)에 의해 분석할 것이다.
실시예 9: 시노몰구스 원숭이에서의 원숭이 mRNA의 생체내 편집
4마리의 비-나이브 시노몰구스 원숭이에게 2종의 편집 RNA 올리고뉴클레오티드를 1-20 mg/kg (예를 들어, 약 5 mg/kg)으로 투여할 것이다. 모든 동물로부터의 혈액을 사전-채혈물로부터 투여 6일 전, 투여 당일 및 올리고뉴클레오티드 투여 후 매주 수집할 것이다. 혈청을 제조하고, 점 돌연변이의 도입을 질량 분광분석법에 의해 분석할 것이다.
또한 투여 6일 전, 투여 3일 후 및 15일 후에 모든 동물에서 간 생검 (~1-5 mg)을 수행할 것이다. 수거한 간 조직 샘플을 균질화하고, RNA를 추출하여 RNA 편집을 체크할 것이다.
예시적인 서열
이 표는 본 명세서에 개시된 바와 같은 일부 예시적인 서열을 나타내지만, 제한적인 것은 아니다. 통상의 기술자가 용이하게 인지할 바와 같이, 본원에 개시된 서열은 말단 모이어티 (예를 들어, X1, X2)를 언급할 수 있지만, 이러한 모이어티는 제거될 수 있는 것으로 이해될 것이다. 따라서, 본원에서 확인되는 바와 같은 서열은 올리고 서열의 말단 단부에 존재하거나 또는 부재하는 말단 모이어티 (예를 들어, X1, X2)를 임의로 포함하는 것으로 해석될 수 있다. 유사하게, 통상의 기술자는 본원에 개시된 서열이 특정 링커 (예를 들어, PEG2)를 언급할 수 있다는 것을 용이하게 인지할 것이지만, 본원에 개시된 임의의 적절한 링커가 사용될 수 있다는 것이 이해될 것이다. 따라서, 본원에서 확인되는 바와 같은 서열은 명시된 링커 (또는 본원에 개시된 바와 같은 또 다른 링커)를 임의로 포함하는 것으로 해석될 수 있다.
표 8: 예시적인 서열
- RL0079, RH0001, RD0016, RD0034, 및 RD0037에 대한 주석: 대문자는 비변형된 RNA를 나타내고, *는 포스포로티오에이트 연결을 의미하고, 2'-O-메틸 RNA는 [mA], [mG], [mC], [mU]로 제시되고; 2'-플루오로 RNA는 [2flA], [2flU], [2flG], [2flC]로 제시된다.
- 가닥 Ref.: 29-752의 경우 - 비변형된 RNA: rA, rU, rC, rG; '.'는 포스포에이트 연결을 의미하고; '*'는 포스포로티오에이트 연결을 의미하고; 2'-O-메틸 RNA: mA, mG, mC, 및 mU; 2'-플루오로 RNA: fA, fU, fG, 및 fC; DNA, dA, dC, dG, 및 dU.
- 가닥 Ref.: 753-818의 경우; 긴 가닥 (예를 들어, 편집 도메인이 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 가닥에 연결된 것 (예를 들어, 결합된 것, 이어진 것 등))은 5' 단부에서 3' 단부로 - [동원 도메인]-[링커]-[편집 도메인]과 같이 3개 (링커가 존재하는 경우임, 2개는 링커가 부재하는 경우)의 공유 연결된 성분으로 구성되고, 짧은 가닥은 동원 도메인에 상보적이고 듀플렉스를 형성하며; 비변형된 RNA: rA, rU, rC, 및 rG; '.'는 포스포에이트 연결을 의미하고; '*'는 포스포로티오에이트 연결을 의미하고, 2'-O-메틸 RNA: mA, mG, mC, 및 mU.
- '- UM'은 비변형된 핵산을 나타낸다.
- 동원 도메인은 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 핵산을 지칭하고, 편집 도메인은 단일-가닥 가이드 핵산을 지칭한다.
다른 실시양태
실시양태 1. 이중-가닥 리보핵산 (RNA) 듀플렉스를 포함하는 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 동원 분자로서, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 여기서 (a) 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고; (b) 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함하고; (c) 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하고, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 2. 실시양태 1에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산을 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
실시양태 3. 실시양태 1 또는 실시양태 2에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 4. 실시양태 1 내지 실시양태 3 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2'-아미노에틸, 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노핵산, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'O-MOE), 또는 2'-플루오로 변형을 포함하는 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 5. 실시양태 1 내지 실시양태 4 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 포스포로티오에이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 6. 실시양태 1 내지 실시양태 5 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 7. 실시양태 1 내지 실시양태 6 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 8. 실시양태 1 내지 실시양태 7 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 9. 실시양태 1 내지 실시양태 8 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 10. 실시양태 1 내지 실시양태 9 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 11. 실시양태 1 내지 실시양태 10 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 12. 실시양태 1 내지 실시양태 11 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 13. 실시양태 1 내지 실시양태 12 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 14. 실시양태 1 내지 실시양태 13 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 15. 실시양태 1 내지 실시양태 14 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 16. 실시양태 1 내지 실시양태 15 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 3개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 17. 실시양태 1 내지 실시양태 16 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 18. 실시양태 1 내지 실시양태 17 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 19. 실시양태 1 내지 실시양태 18 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 20. 실시양태 1 내지 실시양태 19 중 어느 하나에 있어서, 3' 및/또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
실시양태 21. 실시양태 1 내지 실시양태 20 중 어느 하나에 있어서, 추가의 모이어티를 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
실시양태 22. 실시양태 1 내지 실시양태 21 중 어느 하나에 있어서, 링커를 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
실시양태 23. 실시양태 2 내지 실시양태 22 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 가이드 리보핵산 (gRNA)인 ADAR 동원 분자.
실시양태 24. 실시양태 2 내지 실시양태 23 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 25. 실시양태 2 내지 실시양태 23 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 26. 실시양태 2 내지 실시양태 25 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 27. 실시양태 2 내지 실시양태 26 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 28. 실시양태 2 내지 실시양태 27 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 29. 실시양태 2 내지 실시양태 28 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 30. 실시양태 2 내지 실시양태 29 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 31. 실시양태 2 내지 실시양태 30 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 32. 실시양태 2 내지 실시양태 31 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 33. 실시양태 2 내지 실시양태 32 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 34. 실시양태 2 내지 실시양태 33 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 35. 실시양태 2 내지 실시양태 34 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 36. 실시양태 2 내지 실시양태 35 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 37. 실시양태 2 내지 실시양태 36 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 38. 실시양태 2 내지 실시양태 37 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 39. 실시양태 2 내지 실시양태 38 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 40. 실시양태 2 내지 실시양태 39 중 어느 하나에 있어서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개가 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드와 쌍형성하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 41. 실시양태 39 또는 실시양태 40에 있어서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드가 표적 아데노신에 대향하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 42. 실시양태 2 내지 실시양태 41 중 어느 하나에 있어서, 표적 아데노신에 대향하는 뉴클레오티드가 (a) 시토신 (C); (b) 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드; 및/또는 (c) 구아닌 (G) 또는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 43. 실시양태 1 내지 실시양태 42 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 44. 실시양태 1 내지 실시양태 43 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 45. 실시양태 1 내지 실시양태 44 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 46. 실시양태 1 내지 실시양태 45 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 47. 실시양태 1 내지 실시양태 46 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 48. 실시양태 1 내지 실시양태 47 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 49. 실시양태 1 내지 실시양태 48 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 50. 실시양태 1 내지 실시양태 49 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 51. 실시양태 2 내지 실시양태 50 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 52. 실시양태 2 내지 실시양태 51 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 53. 실시양태 2 내지 실시양태 52 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 54. 실시양태 2 내지 실시양태 53 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 55. 실시양태 2 내지 실시양태 54 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 56. 실시양태 2 내지 실시양태 55 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 57. 실시양태 2 내지 실시양태 56 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 58. 실시양태 2 내지 실시양태 57 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
실시양태 59. 실시양태 2 내지 실시양태 58 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 60. 실시양태 2 내지 실시양태 59 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 70% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 61. 실시양태 2 내지 실시양태 60 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 80% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 62. 실시양태 2 내지 실시양태 61 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 63. 실시양태 2 내지 실시양태 62 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
실시양태 64. (a) 이중-가닥 RNA 듀플렉스이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 여기서 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하고, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는 것인 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 및 (b) 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 65. 실시양태 64에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 66. 실시양태 64 또는 실시양태 65에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 67. 실시양태 64 내지 실시양태 66 중 어느 하나에 있어서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형이 2'-아미노에틸, 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노핵산, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'O-MOE), 또는 2'-플루오로 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 68. 실시양태 64 내지 실시양태 67 중 어느 하나에 있어서, 적어도 1개의 백본 변형이 포스포로티오에이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 69. 실시양태 64 내지 실시양태 68 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 70. 실시양태 64 내지 실시양태 69 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 71. 실시양태 64 내지 실시양태 70 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 72. 실시양태 64 내지 실시양태 71 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 73. 실시양태 64 내지 실시양태 72 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 74. 실시양태 64 내지 실시양태 73 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 75. 실시양태 64 내지 실시양태 74 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 76. 실시양태 64 내지 실시양태 75 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 77. 실시양태 64 내지 실시양태 76 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 78. 실시양태 64 내지 실시양태 77 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 79. 실시양태 64 내지 실시양태 78 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 3개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 80. 실시양태 64 내지 실시양태 79 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 81. 실시양태 64 내지 실시양태 80 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 82. 실시양태 64 내지 실시양태 81 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 83. 실시양태 64 내지 실시양태 82 중 어느 하나에 있어서, 3' 및/또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 84. 실시양태 64 내지 실시양태 83 중 어느 하나에 있어서, 추가의 모이어티를 추가로 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 85. 실시양태 64 내지 실시양태 84 중 어느 하나에 있어서, 링커를 추가로 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 86. 실시양태 64 내지 실시양태 85 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 가이드 리보핵산 (gRNA)인 RNA 표적화 분자.
실시양태 87. 실시양태 64 내지 실시양태 86 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 88. 실시양태 64 내지 실시양태 87 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 89. 실시양태 64 내지 실시양태 88 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 90. 실시양태 64 내지 실시양태 89 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 91. 실시양태 64 내지 실시양태 90 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 92. 실시양태 64 내지 실시양태 91 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 93. 실시양태 64 내지 실시양태 92 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 94. 실시양태 64 내지 실시양태 93 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 95. 실시양태 64 내지 실시양태 94 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 96. 실시양태 64 내지 실시양태 95 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 97. 실시양태 64 내지 실시양태 96 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 98. 실시양태 64 내지 실시양태 97 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 99. 실시양태 64 내지 실시양태 98 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 100. 실시양태 64 내지 실시양태 99 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 101. 실시양태 64 내지 실시양태 100 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 102. 실시양태 64 내지 실시양태 101 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 103. 실시양태 102에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산의 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개가 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드에 상보적인 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 104. 실시양태 102 또는 실시양태 103에 있어서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드가 표적 아데노신에 대향하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 105. 실시양태 64 내지 실시양태 104 중 어느 하나에 있어서, 표적 아데노신에 대향하는 뉴클레오티드가 (a) 시토신 (C); (b) 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드; 및/또는 (c) 구아닌 (G) 또는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 106. 실시양태 64 내지 실시양태 105 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 107. 실시양태 64 내지 실시양태 106 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 108. 실시양태 64 내지 실시양태 107 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 109. 실시양태 64 내지 실시양태 108 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 110. 실시양태 64 내지 실시양태 109 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 111. 실시양태 64 내지 실시양태 110 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 112. 실시양태 64 내지 실시양태 111 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 113. 실시양태 64 내지 실시양태 112 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 114. 실시양태 64 내지 실시양태 113 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 115. 실시양태 64 내지 실시양태 114 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 116. 실시양태 64 내지 실시양태 115 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 117. 실시양태 64 내지 실시양태 116 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 118. 실시양태 64 내지 실시양태 117 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 119. 실시양태 64 내지 실시양태 118 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 120. 실시양태 64 내지 실시양태 119 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 20개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 121. 실시양태 64 내지 실시양태 120 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 10개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 122. 실시양태 64 내지 실시양태 121 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 123. 실시양태 64 내지 실시양태 122 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 70% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 124. 실시양태 64 내지 실시양태 123 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 80% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 125. 실시양태 64 내지 실시양태 124 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 126. 실시양태 64 내지 실시양태 125 중 어느 하나에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 127. 유효량의 실시양태 2-63 중 어느 하나의 ADAR 동원 분자 및/또는 실시양태 64-126 중 어느 하나의 RNA 표적화 분자를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 표적 서열과 혼성화하기 위해 표적 서열에 충분히 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 것인, 대상체에서 표적 핵산을 탈아미노화하는 방법.
실시양태 128. 실시양태 127에 있어서, 표적 서열이 표적 아데노신을 포함하는 것인 방법.
실시양태 129. 실시양태 2-63 중 어느 하나의 ADAR 동원 분자 및/또는 실시양태 64-126 중 어느 하나의 RNA 표적화 분자를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 표적 서열과 혼성화하기 위해 표적 서열에 충분히 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 것인, 대상체를 치료하는 방법.
실시양태 130. 실시양태 129에 있어서, 표적 서열이 표적 아데노신을 포함하는 것인 방법.
실시양태 131. 실시양태 130에 있어서, 표적 아데노신이 질환 또는 장애와 관련되며, 여기서 표적 아데노신의 탈아미노화가 질환 또는 장애를 치료하는 것인 방법.
실시양태 132. 실시양태 131에 있어서, 질환 또는 장애가 낭성 섬유증, 후를러 증후군, 파킨슨병, 알츠하이머병, 백색증, 근위축성 측삭 경화증, 천식, 베타-지중해빈혈 (β-지중해빈혈), 카다실 증후군, 샤르코-마리-투스병, 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD), 원위 척수성 근육 위축 (DSMA), 뒤시엔느/베커 근육 이영양증, 이영양성 수포성 표피박리증, 수포성 표피박리증, 파브리병, 인자 V 라이덴 연관 장애, 가족성 선종성, 폴립증, 갈락토스혈증, 고셔병, 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제, 혈우병, 유전성 혈색소증, 헌터 증후군, 헌팅톤병, 염증성 장 질환 (IBD), 유전성 다응집 증후군, 레베르 선천성 흑암시, 레쉬-니한 증후군, 린치 증후군, 마르팡 증후군, 뮤코폴리사카라이드증, 근육 이영양증, 근긴장성 이영양증 유형 I 및 II, 신경섬유종증, 니만-픽병 유형 A, B, 및 C, NY-eso1 관련 암, 포이츠-예거스 증후군, 페닐케톤뇨, 폼페병, 원발성 섬모 질환, 프로트롬빈 돌연변이 관련 장애, 예컨대 프로트롬빈 G20210A 돌연변이, 폐고혈압, 색소성 망막염, 샌드호프병, 중증 복합 면역 결핍 증후군 (SCID), 겸상 적혈구성 빈혈, 척수성 근육 위축, 스타르가르트병, 테이-삭스병, 어셔 증후군, X-연관 면역결핍, 스터지-웨버 증후군, 및 암으로부터 선택된 것인 방법.
실시양태 133. (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 단일-가닥 가이드 핵산; 및 (c) 링커를 포함하며; 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커를 통해 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 134. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 5' 말단 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 135. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 3' 말단 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 136. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 137. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 138. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 139. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 140. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드의 당, 또는 3' 말단 뉴클레오티드의 3' 히드록실 또는 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 141. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드의 당, 또는 3' 말단 뉴클레오티드의 3' 히드록실 또는 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 142. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 143. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 144. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 145. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 146. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 147. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 148. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 149. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 150. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 151. 실시양태 150에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 152. 실시양태 133에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 153. 실시양태 152에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 154. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부를 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 155. 실시양태 154에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 156. 실시양태 133에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부를 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 157. 실시양태 156에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 158. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 비분지형 링커인 RNA 표적화 분자.
실시양태 159. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 분지형 링커인 RNA 표적화 분자.
실시양태 160. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥에 공유 부착되는 제1 결합 파트너 및 단일-가닥 가이드 핵산에 공유 부착되는 제2 결합 파트너를 포함하는 비-공유 링커이며, 여기서 제1 및 제2 결합 파트너는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 단일-가닥 가이드 핵산에 연결하는 비-공유 복합체를 형성하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 161. 실시양태 160에 있어서, 제1 결합 파트너가 수용체이고, 제2 결합 파트너가 수용체에 특이적인 리간드인 RNA 표적화 분자.
실시양태 162. 실시양태 160에 있어서, 제2 결합 파트너가 수용체이고, 제1 결합 파트너가 수용체에 특이적인 리간드인 RNA 표적화 분자.
실시양태 163. 실시양태 160에 있어서, 제1 결합 파트너가 비오틴이고, 제2 결합 파트너가 스트렙타비딘인 RNA 표적화 분자.
실시양태 164. 실시양태 160에 있어서, 제1 결합 파트너가 스트렙타비딘이고, 제2 결합 파트너가 비오틴인 RNA 표적화 분자.
실시양태 165. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 공유 링커인 RNA 표적화 분자.
실시양태 166. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 4개 이상의 원자 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 167. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 180개 이하의 원자 길이인 RNA 표적화 분자.
실시양태 168. 실시양태 165에 있어서, 링커가 알킬, 알케닐, 알키닐, 치환된 알킬, 치환된 알케닐, 치환된 알키닐, 반복된 에틸렌 글리콜 기, 에테르, 티오에테르, 우레아, 카르보네이트, 아민, 아미드, 말레이미드-티오에테르, 디술피드, 포스포디에스테르, 술폰아미드 연결, 클릭 반응의 생성물, 아지드-알킨 고리화첨가로부터의 트리아졸, 카르바메이트, 절단가능한 링커, 예컨대 산화환원 절단가능한 링커, 예컨대 환원적으로 절단가능한 링커, 디술피드 기, 산 절단가능한 링커, 히드라존 기, 에스테르 기, 아세탈 기, 또는 케탈 기, 에스테라제 절단가능한 링커, 에스테르 기, 포스파타제 절단가능한 링커, 포스페이트 기, 또는 펩티다제 절단가능한 링커, 펩티드 결합, 생체-절단가능한 링커, DNA, RNA, 디술피드, 아미드, 관능화된 모노사카라이드, 또는 갈락토사민의 올리고사카라이드를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 169. 실시양태 165에 있어서, 링커가 클릭 화학 반응으로부터 유래된 모이어티를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 170. 실시양태 169에 있어서, 클릭 화학 반응으로부터 유래된 모이어티가 트리아졸, 디아졸, 디아진, 술피드 결합, 말레이미드 고리, 숙신이미드 고리, 에스테르, 또는 아미드인 RNA 표적화 분자.
실시양태 171. 실시양태 165에 있어서, 링커가 1개 이상의 아미노산을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 172. 실시양태 165에 있어서, 링커가 유기 분자, 기, 중합체, 또는 화학적 도메인을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 173. 실시양태 172에 있어서, 화학적 도메인이 아미드, 우레아, 카르바메이트, 카르보네이트, 에스테르, 아세탈, 케탈, 포스포르아미다이트, 히드라존, 이민, 옥심, 디술피드, 실릴, 히드라진, 히드라존, 티올, 이미다졸, 탄소-탄소 결합, 탄소-헤테로원자 결합, 또는 아조 도메인을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 174. 실시양태 165에 있어서, 링커가 중합체인 RNA 표적화 분자.
실시양태 175. 실시양태 174에 있어서, 중합체 링커가 폴리에틸렌, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리아미드, 폴리에스테르, 또는 폴리에테르를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 176. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 링커가 화학식 (I) - 화학식 (VII) 중 어느 하나를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 177. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 (a) 가닥 Ref.: 24 또는 27에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 25 또는 28에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하며; 단일-가닥 가이드 핵산이 가닥 Ref.: 23 또는 26에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 178. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 (a) 가닥 Ref.: 24 또는 27에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 25 또는 28에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하며; 적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 가닥 Ref.: 23 또는 26에 따른 서열을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 179. 실시양태 133-176 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 (a) 가닥 Ref.: 353 또는 355에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 815 또는 818에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 180. 실시양태 133-176 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 (a) 가닥 Ref.: 353 또는 355에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 815 또는 818에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 181. 실시양태 133-176 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 (a) 가닥 Ref.: 641 또는 643에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 841 또는 869에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 182. 실시양태 133-176 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 (a) 가닥 Ref.: 641 또는 643에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및 (b) 가닥 Ref.: 841 또는 869에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 183. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 2개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 184. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 2개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 185. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 2-10개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 186. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 2-10개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 187. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 2-5개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 188. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 2-5개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
실시양태 189. 실시양태 133-188 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 하나의 가닥이 RNA 듀플렉스의 다른 가닥에 공유 연결되지 않은 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 190. 실시양태 133-189 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 RNA 듀플렉스의 하나의 가닥을 RNA 듀플렉스의 다른 가닥에 연결하는 헤어핀을 포함하지 않는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 191. 실시양태 133-190 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 192. 실시양태 133-191 중 어느 하나에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 상이한 수의 뉴클레오티드를 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 193. 실시양태 133-192 중 어느 하나에 있어서, 링커가 뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하지 않는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 194. 실시양태 133-193 중 어느 하나에 있어서, 링커가 비-핵산 링커인 RNA 표적화 분자.
실시양태 195. (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 제1 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 제2 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 단일-가닥 가이드 핵산; 및 (c) 링커를 포함하며; 여기서 제1 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커를 통해 제2 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 196. (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스; (b) 제1 단일-가닥 가이드 핵산; (c) 제2 단일-가닥 가이드 핵산; 및 (c) 링커를 포함하며; 여기서 제1 단일-가닥 가이드 핵산은 링커를 통해 제2 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 197. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 미스매치를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
실시양태 198. 실시양태 133 또는 임의의 다른 이전 실시양태에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열에 비해 적어도 2개의 미스매치를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
본원에 명백하게 기재된 실시양태에 더하여, 본 개시내용에 개시된 모든 특색은 임의의 조합 (예를 들어, 순열, 조합)으로 조합될 수 있는 것으로 이해되어야 한다. 본 개시내용에 개시된 각각의 요소는 동일하거나, 동등하거나, 또는 유사한 목적을 제공하는 대안적 특색에 의해 대체될 수 있다. 따라서, 달리 명백하게 언급되지 않는 한, 개시된 각각의 특색은 단지 일반적인 일련의 동등하거나 유사한 특색의 예이다.
상기 기재로부터, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 본 발명의 본질적인 특징을 그의 취지 및 범주로부터 벗어나지 않으면서 용이하게 확인할 수 있고, 다양한 용법 및 조건에 적합화시키기 위해 본 발명의 다양한 변화 및 변형을 행할 수 있다. 따라서, 다른 실시양태가 또한 청구범위 내에 있다.
일반적 기술
본 개시내용의 대상의 실시는, 달리 나타내지 않는 한, 관련 기술분야의 기술 내에 있는 분자 생물학 (재조합 기술 포함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상적인 기술을 사용할 것이다. 이러한 기술은 문헌, 예컨대 비제한적으로, 문헌 [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, second edition (Sambrook, et al., 1989) Cold Spring Harbor Press; Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait, ed., 1984); Methods in Molecular Biology, Humana Press; Cell Biology: A Laboratory Notebook (J. E. Cellis, ed., 1998) Academic Press; Animal Cell Culture (R. I. Freshney, ed., 1987); Introduction to Cell and Tissue Culture (J. P. Mather and P. E. Roberts, 1998) Plenum Press; Cell and Tissue Culture: Laboratory Procedures (A. Doyle, J. B. Griffiths, and D. G. Newell, eds., 1993-8) J. Wiley and Sons; Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.); Handbook of Experimental Immunology (D. M. Weir and C. C. Blackwell, eds.); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J. M. Miller and M. P. Calos, eds., 1987); Current Protocols in Molecular Biology (F. M. Ausubel, et al., eds., 1987); PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis, et al., eds., 1994); Current Protocols in Immunology (J. E. Coligan et al., eds., 1991); Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999); Immunobiology (C. A. Janeway and P. Travers, 1997); Antibodies (P. Finch, 1997); Antibodies: a practical approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989); Monoclonal antibodies: a practical approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000); Using antibodies: a laboratory manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999); The Antibodies (M. Zanetti and J. D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995)]에 충분히 설명되어 있다.
등가물 및 범주
본 개시내용은 본원에 명백하게 기재된 임의의 또는 모든 특정한 실시양태로 제한되지 않으며, 따라서 물론 달라질 수 있는 것으로 이해되어야 한다. 또한, 본원에 사용된 용어는 단지 특정한 실시양태를 기재하기 위한 것이며, 제한하는 것으로 의도되지 않는다는 것이 이해되어야 한다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다. 본원에 기재된 것과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 물질이 또한 본 개시내용을 실시하거나 시험하는 데 사용될 수 있지만, 바람직한 방법 및 물질이 본원에 이르러 기재된다. 통상의 기술자에게 용이하게 명백할 것이고, 본원에 사용된 용어로부터 이해될 바와 같이, 단어 또는 용어가 본원에 정의된 경우에, 그의 적용성은 정의 직전 또는 직후의 실시양태로 제한되어서는 안되고, 문맥이 본 개시내용 전반에 걸쳐 허용하는 경우에 사용되어야 한다.
본 명세서에 인용된 모든 간행물 및 특허는 간행물이 인용된 것과 관련하여 방법 및/또는 물질을 개시하고 기재하기 위해 인용된다. 이러한 모든 간행물 및 특허는 각각의 개별 간행물 또는 특허가 구체적으로 및 개별적으로 참조로 포함되는 것으로 표시된 바와 같이 본원에 참조로 포함된다. 참조에 의한 이러한 포함은 인용된 간행물 및 특허에 기재된 방법 및/또는 물질로 명백하게 제한되며, 인용된 간행물 및 특허로부터의 임의의 사전적 정의로 확장되지 않는다 (즉, 본 개시내용에서 또한 명백하게 반복되지 않은 인용된 간행물 및 특허에서의 임의의 사전적 정의는 그 자체로 취급되어서는 안되며, 첨부된 청구범위에 나타난 임의의 용어를 정의하는 것으로 해석되어서는 안됨). 포함된 참고문헌 중 임의의 것과 본 개시내용 사이에 상충이 존재하는 경우에, 본 개시내용이 우선할 것이다. 또한, 선행 기술에 속하는 본 개시내용의 임의의 특정한 실시양태는 청구범위 중 어느 하나 이상으로부터 명백하게 배제될 수 있다. 이러한 실시양태는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 것으로 간주되기 때문에, 이들은 배제가 본원에서 명백하게 제시되지 않더라도 배제될 수 있다. 본 개시내용의 임의의 특정한 실시양태는 선행 기술의 존재와 관련되든지 또는 관련되지 않든지, 임의의 이유로 임의의 청구범위로부터 배제될 수 있다.
임의의 간행물의 인용은 출원일 이전의 그의 개시내용에 대한 것이며, 본 개시내용이 선행 개시내용에 의해 이러한 간행물에 선행할 자격이 없다는 것을 인정하는 것으로 해석되어서는 안된다. 추가로, 제공된 공개 일자는 실제 공개 일자와 상이할 수 있으며, 이는 독립적으로 확인될 필요가 있을 수 있다.
본 개시내용을 읽을 때 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백할 바와 같이, 본원에 기재되고 예시된 각각의 개별 실시양태는 본 개시내용의 범주 또는 취지로부터 벗어나지 않으면서 다른 여러 실시양태 중 임의의 것의 특색으로부터 용이하게 분리되거나 또는 그와 조합될 수 있는 별개의 성분 및 특색을 갖는다. 임의의 언급된 방법은 언급된 사건의 순서로 또는 논리적으로 가능한 임의의 다른 순서로 수행될 수 있다.
청구범위에서, 단수형은 달리 나타내지 않는 한 또는 달리 문맥으로부터 명백하지 않는 한 하나 또는 하나 초과를 의미할 수 있다. 본원에 사용된 성별 대명사 (예를 들어, 남성, 여성, 중성, 기타 등)의 대명사는 문맥상 명확하게 지시되거나 또는 달리 요구되지 않는 한 내포된 성별과 관계없이 성별상 중성으로 해석되어야 한다 (예를 들어, 모든 성별을 동등하게 지칭하는 것으로 해석되어야 함). 본원에 사용된, 단수로 사용된 단어는 문맥상 명확하게 지시되거나 또는 달리 요구되지 않는 한 복수를 포함하고, 복수로 사용된 단어는 단수를 포함한다. 군의 하나 이상의 구성원 사이에 "또는"을 포함하는 청구범위 또는 설명은 달리 나타내지 않는 한 또는 문맥으로부터 달리 명백하지 않는 한, 군 구성원 중 하나, 하나 초과, 또는 모두가 주어진 생성물 또는 방법에 존재하거나, 그에 사용되거나, 또는 달리 그와 관련되는 경우에 충족된 것으로 간주된다. 본 개시내용은 군의 정확히 하나의 구성원이 주어진 생성물 또는 방법에 존재하거나, 그에 사용되거나, 또는 달리 그와 관련되는 실시양태를 포함한다. 본 개시내용은 군 구성원 중 하나 초과 또는 모두가 주어진 생성물 또는 방법에 존재하거나, 그에 사용되거나, 또는 달리 그와 관련되는 실시양태를 포함한다.
또한, 본 개시내용은 열거된 청구항 중 하나 이상으로부터의 하나 이상의 제한, 요소, 조항, 및 서술적 용어가 또 다른 청구항에 도입되는 모든 변형, 조합, 및 순열을 포괄한다. 예를 들어, 또 다른 청구항에 종속항인 임의의 청구항은 동일한 기본 청구항에 종속항인 임의의 다른 청구항에서 발견되는 하나 이상의 제한을 포함하도록 변형될 수 있다. 요소가 목록으로서 (예를 들어, 마쿠쉬 군 포맷으로) 제시되는 경우에, 요소의 각각의 하위군이 또한 개시되고, 임의의 요소(들)는 군으로부터 제거될 수 있다. 일반적으로, 본 개시내용 또는 본 개시내용의 측면이 특정한 요소 및/또는 특색을 포함하는 것으로 언급되는 경우에, 본 개시내용 또는 본 개시내용의 측면의 특정 실시양태는 이러한 요소 및/또는 특색으로 이루어지거나 또는 본질적으로 이루어지는 것으로 이해되어야 한다. 단순성의 목적을 위해, 이들 실시양태는 본원에 구체적으로 제시되지 않았다. 또한, 용어 "포함하는" 및 "함유하는"은 개방적인 것으로 의도되며, 추가의 요소 또는 단계의 포함을 허용한다는 것을 주목한다. 범위가 주어지는 경우에, 종점은 달리 명시되지 않는 한 이러한 범위에 포함된다. 또한, 달리 나타내지 않는 한 또는 달리 문맥 및 관련 기술분야의 통상의 기술자의 이해로부터 명백하지 않는 한, 범위로서 표현된 값은 본 개시내용의 상이한 실시양태에서 언급된 범위 내의 임의의 구체적 값 또는 하위-범위를, 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한 범위의 하한치 단위의 1/10까지 가정할 수 있다.
관련 기술분야의 통상의 기술자는 상용 실험만을 사용하여 본원에 기재된 구체적 실시양태에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 본원에 기재된 본 실시양태의 범주는 상기 설명으로 제한되는 것으로 의도되지 않으며, 오히려 첨부된 청구범위에 제시된 바와 같다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 하기 청구범위에 정의된 바와 같은 본 개시내용의 취지 또는 범주로부터 벗어나지 않으면서 본 설명에 대한 다양한 변화 및 변형이 이루어질 수 있음을 인지할 것이다.
SEQUENCE LISTING
<110> ADARx Pharmaceuticals, Inc.
<120> ADAR DEPENDENT EDITING COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
<130> A1278.70000WO00
<140> Not Yet Assigned
<141> Concurrently Herewith
<150> US 63/059,084
<151> 2020-07-30
<150> US 63/127,839
<151> 2020-12-18
<160> 171
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 1
agggguccac auggcaac 18
<210> 2
<211> 73
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 2
ggugucgaga agaggagaac aauaugcuaa auguuguucu cgucuccucg acaccagggg 60
uccacauggc aac 73
<210> 3
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 3
ggugucgaga agaggagaac aauau 25
<210> 4
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 4
auguuguucu cgucuccucg acacc 25
<210> 5
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 5
ggguggaaga guagaacaau augc 24
<210> 6
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 6
gcauauuguu cuagucuccc accc 24
<210> 7
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 7
ggguggaaca guacaacaau augc 24
<210> 8
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 8
guggaauagu auaacaauau gcuaaauguu guuauagugu cccac 45
<210> 9
<211> 11
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 9
atatatagcc a 11
<210> 10
<211> 11
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 10
tggccatata t 11
<210> 11
<211> 43
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 11
auguuguucu cgucuccucg acaccagggg uccacauggc aac 43
<210> 12
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 12
gcauauuguu cuagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 13
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 13
gcauauuguu guaguguccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 14
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 14
ggugaagagg agaacaauau 20
<210> 15
<211> 38
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 15
auguuguucu cgucuccacc agggguccac auggcaac 38
<210> 16
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 16
ggugaauagu auaacaauau 20
<210> 17
<211> 38
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 17
auguuguuau aguauccacc agggguccac auggcaac 38
<210> 18
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 18
ggguggaaua guauaacaau augc 24
<210> 19
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 19
gcauauuguu auaguauccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 20
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 20
ggguggaaua guacaacaau augc 24
<210> 21
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 21
gcauauuguu guaguauccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 22
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 22
ggguggaaua guauaacaau au 22
<210> 23
<211> 40
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 23
auauuguuau aguaucccac ccaggggucc acauggcaac 40
<210> 24
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 24
ggguggaaua guauaacaau gc 22
<210> 25
<211> 40
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 25
gcauuguuau aguaucccac ccaggggucc acauggcaac 40
<210> 26
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 26
ggguggaaua guacaacaau gc 22
<210> 27
<211> 40
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 27
gcauuguugu aguaucccac ccaggggucc acauggcaac 40
<210> 28
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 28
ggugggugga auaguauaac aauau 25
<210> 29
<211> 43
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 29
auguuguuau aguaucccac ccaccagggg uccacauggc aac 43
<210> 30
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 30
ggugggugga agaguauaac aaugc 25
<210> 31
<211> 43
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 31
gcguuguuau agucucccac ccaccagggg uccacauggc aac 43
<210> 32
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 32
ggugggugga acaguauaac aaugc 25
<210> 33
<211> 43
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 33
gcguuguuau agugucccac ccaccagggg uccacauggc aac 43
<210> 34
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 34
ggugggugga auaguauaac aauaugc 27
<210> 35
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 35
gcauguuguu auaguauccc acccaccagg gguccacaug gcaac 45
<210> 36
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 36
ggugggugga auaguacaac aauaugc 27
<210> 37
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 37
gcauguuguu guaguauccc acccaccagg gguccacaug gcaac 45
<210> 38
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 38
gcauguuguu cuagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 39
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 39
ggguggaaga guagaacaau gc 22
<210> 40
<211> 40
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 40
gcguuguucu agucucccac ccaggggucc acauggcaac 40
<210> 41
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 41
ggguguaaga guagaacaau augc 24
<210> 42
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 42
gcauauuguu cuagucucac acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 43
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 43
gcauguuguu cuagucucac acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 44
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 44
ggguggaaga guacaacaau augc 24
<210> 45
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 45
gcauauuguu guagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 46
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 46
gcauguuguu guagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 47
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 47
ggguggaaga guauaacaau augc 24
<210> 48
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 48
gcauguuguu auagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 49
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 49
gcauauuguu auagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 50
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 50
ggugucgaga agaggagaac aauaugc 27
<210> 51
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 51
gcauguuguu cucgucuccu cgacaccagg gguccacaug gcaac 45
<210> 52
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 52
gcauauuguu cucgucuccu cgacaccagg gguccacaug gcaac 45
<210> 53
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 53
ggugucgaga agaggagaac a 21
<210> 54
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 54
uguucucguc uccucgacac caggggucca cauggcaac 39
<210> 55
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 55
ggugucgaga agaggagaac g 21
<210> 56
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 56
cguucucguc uccucgacac caggggucca cauggcaac 39
<210> 57
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 57
ggguggaaga ggagaacg 18
<210> 58
<211> 36
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 58
cguucucguc ucccacccag ggguccacau ggcaac 36
<210> 59
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 59
ggguggaaga guagaccg 18
<210> 60
<211> 36
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 60
cggucuaguc ucccacccag ggguccacau ggcaac 36
<210> 61
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 61
ggguggaaga ggagacca 18
<210> 62
<211> 36
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 62
uggucucguc ucccacccag ggguccacau ggcaac 36
<210> 63
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 63
guggaagagg agaaca 16
<210> 64
<211> 34
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 64
uguucucguc ucccacaggg guccacaugg caac 34
<210> 65
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 65
guggaagagu agacca 16
<210> 66
<211> 34
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 66
uggucuaguc ucccacaggg guccacaugg caac 34
<210> 67
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 67
guggaagagg agaacg 16
<210> 68
<211> 34
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 68
cguucucguc ucccacaggg guccacaugg caac 34
<210> 69
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 69
guggaagagu agaccg 16
<210> 70
<211> 34
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 70
cggucuaguc ucccacaggg guccacaugg caac 34
<210> 71
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 71
guggaagagg agaacaac 18
<210> 72
<211> 36
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 72
guuguucucg ucucccacag ggguccacau ggcaac 36
<210> 73
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 73
guggaagagg agaacagc 18
<210> 74
<211> 36
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 74
gcuguucucg ucucccacag ggguccacau ggcaac 36
<210> 75
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 75
guggaagagg agaacaacgc 20
<210> 76
<211> 38
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 76
gcguuguucu cgucucccac agggguccac auggcaac 38
<210> 77
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 77
guggaagagg agaacaaugc 20
<210> 78
<211> 38
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 78
gcauuguucu cgucucccac agggguccac auggcaac 38
<210> 79
<211> 17
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 79
guggaagagu agaccac 17
<210> 80
<211> 35
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 80
guggucuagu cucccacagg gguccacaug gcaac 35
<210> 81
<211> 17
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 81
guggaagagg agaacgc 17
<210> 82
<211> 35
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 82
gcguucucgu cucccacagg gguccacaug gcaac 35
<210> 83
<211> 43
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 83
auguuguucu cgucuccucg acaccagggg uccacaugga aac 43
<210> 84
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 84
ggugggugga agaggagaac a 21
<210> 85
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 85
uguucucguc ucccacccac caggggucca cauggcaac 39
<210> 86
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 86
ggugggugga agaggagaac g 21
<210> 87
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 87
cguucucguc ucccacccac caggggucca cauggcaac 39
<210> 88
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 88
ggugggugga acaggacaac aauaugc 27
<210> 89
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 89
gcauauuguu gucguguccc acccaccagg gguccacaug gcaac 45
<210> 90
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 90
ggugggugga acaggagaac a 21
<210> 91
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 91
uguucucgug ucccacccac caggggucca cauggcaac 39
<210> 92
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 92
ggugggugga acaggagaac g 21
<210> 93
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 93
cguucucgug ucccacccac caggggucca cauggcaac 39
<210> 94
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 94
ggugggugga agaggagaac aauaugc 27
<210> 95
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 95
gcauguuguu cucgucuccc acccaccagg gguccacaug gaaac 45
<210> 96
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 96
gcauauuguu cucgucuccc acccaccagg gguccacaug gaaac 45
<210> 97
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 97
uguucucguc ucccacccac caggggucca cauggaaac 39
<210> 98
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 98
cguucucguc ucccacccac caggggucca cauggaaac 39
<210> 99
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 99
gcauauuguu cuagucuccc acccaggggu ccacauggaa ac 42
<210> 100
<211> 45
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 100
gcauauuguu gucguguccc acccaccagg gguccacaug gaaac 45
<210> 101
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 101
uguucucgug ucccacccac caggggucca cauggaaac 39
<210> 102
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 102
cguucucgug ucccacccac caggggucca cauggaaac 39
<210> 103
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 103
ggguggaaga ggagaacaau augc 24
<210> 104
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 104
gcauauuguu cucgucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 105
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 105
gcguauuguu cuagucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 106
<211> 42
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 106
gcguauuguu cucgucuccc acccaggggu ccacauggca ac 42
<210> 107
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 107
ggguggaaga ggagaacaau a 21
<210> 108
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 108
uauuguucuc gucucccacc caggggucca cauggcaac 39
<210> 109
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 109
ggguggaaga ggagaacagc g 21
<210> 110
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 110
cgcuguucuc gucucccacc caggggucca cauggcaac 39
<210> 111
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 111
guguggaaga ggagaacagu g 21
<210> 112
<211> 39
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 112
cacuguucuc gucucccacc caggggucca cauggcaac 39
<210> 113
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 113
agggguccac auggaaac 18
<210> 114
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 114
ggcuccccag gccccucc 18
<210> 115
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 115
uguucucguc ucccacccac c 21
<210> 116
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 116
uguucucguc uccucgacac c 21
<210> 117
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 117
gcauauuguu cucgucuccu cgacacc 27
<210> 118
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 118
uuguucucgu cucccaccca cc 22
<210> 119
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 119
gcauguuguu cucgucuccu cgacacc 27
<210> 120
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 120
cguucucguc uccucgacac c 21
<210> 121
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 121
gcauguuguu cuagucuccc accc 24
<210> 122
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 122
gcguauuguu cuagucuccc accc 24
<210> 123
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 123
gcguuguucu agucucccac cc 22
<210> 124
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 124
auauuguuau aguaucccac cc 22
<210> 125
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 125
gcauauuguu auaguauccc accc 24
<210> 126
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 126
auguuguuau aguaucccac ccacc 25
<210> 127
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 127
gcauguuguu auaguauccc acccacc 27
<210> 128
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 128
gcauauuguu guaguauccc accc 24
<210> 129
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 129
gcauguuguu guaguauccc acccacc 27
<210> 130
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 130
gcauauuguu guaguguccc accc 24
<210> 131
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 131
cguucucguc ucccac 16
<210> 132
<211> 17
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 132
gcguucucgu cucccac 17
<210> 133
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 133
cguucucguc ucccaccc 18
<210> 134
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 134
cguucucguc ucccacccac c 21
<210> 135
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 135
cggucuaguc ucccac 16
<210> 136
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 136
cggucuaguc ucccaccc 18
<210> 137
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 137
uggucuaguc ucccac 16
<210> 138
<211> 17
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 138
guggucuagu cucccac 17
<210> 139
<211> 16
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 139
uguucucguc ucccac 16
<210> 140
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 140
guuguucucg ucucccac 18
<210> 141
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 141
gcuguucucg ucucccac 18
<210> 142
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 142
gcguuguucu cgucucccac 20
<210> 143
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 143
gcauuguucu cgucucccac 20
<210> 144
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 144
cacuguucuc gucucccacc c 21
<210> 145
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 145
cgcuguucuc gucucccacc c 21
<210> 146
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 146
gcauguuguu cucgucuccc acccacc 27
<210> 147
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 147
gcauauuguu cucgucuccc acccacc 27
<210> 148
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 148
uauuguucuc gucucccacc c 21
<210> 149
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 149
gcauauuguu cucgucuccc accc 24
<210> 150
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 150
gcguauuguu cucgucuccc accc 24
<210> 151
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 151
gcauauuguu cuagucucac accc 24
<210> 152
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 152
gcauguuguu cuagucucac accc 24
<210> 153
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 153
gcauauuguu guagucuccc accc 24
<210> 154
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 154
gcauguuguu guagucuccc accc 24
<210> 155
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 155
gcauguuguu auagucuccc accc 24
<210> 156
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 156
gcauauuguu auagucuccc accc 24
<210> 157
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 157
gcguuguuau agucucccac ccacc 25
<210> 158
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 158
auguuguucu cgucuccacc 20
<210> 159
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 159
auguuguuau aguauccacc 20
<210> 160
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 160
uggucucguc ucccaccc 18
<210> 161
<211> 27
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 161
gcauauuguu gucguguccc acccacc 27
<210> 162
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 162
uguucucgug ucccacccac c 21
<210> 163
<211> 21
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 163
cguucucgug ucccacccac c 21
<210> 164
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 164
gcauuguuau aguaucccac cc 22
<210> 165
<211> 22
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 165
gcauuguugu aguaucccac cc 22
<210> 166
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 166
ggugggugga agaggagaac 20
<210> 167
<211> 20
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 167
guucucgucu cccacccacc 20
<210> 168
<211> 25
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 168
auauuguucu cgucuccucg acacc 25
<210> 169
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 169
gccatgtaga cccctt 16
<210> 170
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 170
gccatgtgga cccctt 16
<210> 171
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic
<400> 171
ggaggggcct agggagcct 19
Claims (198)
- 이중-가닥 리보핵산 (RNA) 듀플렉스를 포함하는 RNA에 작용하는 아데노신 데아미나제 (ADAR) 동원 분자로서, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서
(a) 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고;
(b) 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 RNA 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함하고;
(c) 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하고, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는 것인
ADAR 동원 분자. - 제1항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산을 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형이 2'-아미노에틸, 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노핵산, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'O-MOE), 또는 2'-플루오로 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 포스포로티오에이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 3개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 3' 또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 추가의 모이어티를 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 링커를 추가로 포함하는 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 가이드 리보핵산 (gRNA)인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 백본 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제39항에 있어서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개가 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드와 쌍형성하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제40항에 있어서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드가 표적 아데노신에 대향하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 아데노신에 대향하는 뉴클레오티드가
(a) 시토신 (C);
(b) 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드; 및/또는
(c) 구아닌 (G) 또는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드
를 포함하는 것인 ADAR 동원 분자. - 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 적어도 10개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 10 내지 약 27개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제1항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 15 내지 약 26개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 10 내지 약 27개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 15 내지 약 26개의 뉴클레오티드 길이인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 25% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 75% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- 제2항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함하는 것인 ADAR 동원 분자.
- (a) 이중-가닥 RNA 듀플렉스이며, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 동등한 수의 뉴클레오티드의 RNA의 2개의 가닥을 포함하고, 2개의 RNA 가닥은 헤어핀에 의해 서로 연결되지 않고, 여기서 각각의 RNA 가닥의 5' 뉴클레오티드는 다른 RNA 가닥의 3' 뉴클레오티드에 상보적이고, 여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 적어도 1개의 염기 쌍 미스매치를 포함하고, 여기서 미스매치는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 어느 하나의 말단 뉴클레오티드 염기 쌍에는 위치하지 않는 것인 이중-가닥 RNA 듀플렉스; 및
(b) 단일-가닥 가이드 핵산
을 포함하는 RNA 표적화 분자. - 제64항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및/또는 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 또는 제65항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형이 2'-아미노에틸, 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노핵산, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'O-MOE), 또는 2'-플루오로 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 백본 변형이 포스포로티오에이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-5개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1-3개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 적어도 1개의 백본 변형이 그것이 위치하는 RNA 가닥의 말단 뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 1개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 2개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 3개 초과의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 3' 및/또는 5' 단부 오버행을 생성하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 RNA 가닥 중 적어도 1개의 3' 단부 또는 5' 단부에 부착된 뉴클레오티드를 추가로 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 추가의 모이어티를 추가로 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 링커를 추가로 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 가이드 리보핵산 (gRNA)인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 뉴클레오시드 변형 및 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산의 뉴클레오시드의 25% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 50% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드의 75% 초과가 뉴클레오시드 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제94항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 1개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제95항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 2개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 3개의 백본 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 25% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제98항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 50% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산 내 뉴클레오시드간 연결의 75% 초과가 포스페이트 변형을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 혼성화하기에 충분한 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제101항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제102항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산의 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드 중 적어도 1개가 표적 서열 내 표적 아데노신에 인접한 뉴클레오티드에 상보적인 것인 RNA 표적화 분자.
- 제102항 또는 제103항에 있어서, 3개의 연속 비-변형된 뉴클레오티드의 중간 뉴클레오티드가 표적 아데노신에 대향하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 아데노신에 대향하는 뉴클레오티드가
(a) 시토신 (C);
(b) 아데노신 (A)과 염기 쌍형성하지 않는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드; 및/또는
(c) 구아닌 (G) 또는 이노신 (I)과 염기 쌍형성하는 천연 또는 변형된 뉴클레오티드
를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자. - 제64항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제108항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제110항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제111항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 10 내지 약 27개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 각각의 RNA 가닥이 약 15 내지 약 26개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 적어도 5개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 100개 이하의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제116항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제118항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제119항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 10 내지 약 27개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 약 15 내지 약 26개의 뉴클레오티드 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제121항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 25% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제122항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 50% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제123항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 75% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제124항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 90% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제64항 내지 제125항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열과 적어도 95% 상보성을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 유효량의 제2항 내지 제63항 중 어느 한 항의 ADAR 동원 분자 및/또는 제64항 내지 제126항 중 어느 한 항의 RNA 표적화 분자를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 표적 서열과 혼성화하기 위해 표적 서열에 충분히 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 것인, 대상체에서 표적 핵산을 탈아미노화하는 방법.
- 제127항에 있어서, 표적 서열이 표적 아데노신을 포함하는 것인 방법.
- 제2항 내지 제63항 중 어느 한 항의 ADAR 동원 분자 및/또는 제64항 내지 제126항 중 어느 한 항의 RNA 표적화 분자를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 ADAR 동원 분자 및/또는 RNA 표적화 분자는 표적 서열과 혼성화하기 위해 표적 서열에 충분히 상보적인 서열을 포함하는 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 것인, 대상체를 치료하는 방법.
- 제129항에 있어서, 표적 서열이 표적 아데노신을 포함하는 것인 방법.
- 제130항에 있어서, 표적 아데노신이 질환 또는 장애와 관련되며, 여기서 표적 아데노신의 탈아미노화가 질환 또는 장애를 치료하는 것인 방법.
- 제131항에 있어서, 질환 또는 장애가 낭성 섬유증, 후를러 증후군, 알파-1-항트립신 (A1AT) 결핍, 파킨슨병, 알츠하이머병, 백색증, 근위축성 측삭 경화증, 천식, 베타-지중해빈혈 (β-지중해빈혈), 카다실 증후군, 샤르코-마리-투스병, 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD), 원위 척수성 근육 위축 (DSMA), 뒤시엔느/베커 근육 이영양증, 이영양성 수포성 표피박리증, 수포성 표피박리증, 파브리병, 인자 V 라이덴 연관 장애, 가족성 선종성, 폴립증, 갈락토스혈증, 고셔병, 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제, 혈우병, 유전성 혈색소증, 헌터 증후군, 헌팅톤병, 염증성 장 질환 (IBD), 유전성 다응집 증후군, 레베르 선천성 흑암시, 레쉬-니한 증후군, 린치 증후군, 마르팡 증후군, 뮤코폴리사카라이드증, 근육 이영양증, 근긴장성 이영양증 유형 I 및 II, 신경섬유종증, 니만-픽병 유형 A, B, 및 C, NY-eso1 관련 암, 포이츠-예거스 증후군, 페닐케톤뇨, 폼페병, 원발성 섬모 질환, 프로트롬빈 돌연변이 관련 장애, 예컨대 프로트롬빈 G20210A 돌연변이, 폐고혈압, 색소성 망막염, 샌드호프병, 중증 복합 면역 결핍 증후군 (SCID), 겸상 적혈구성 빈혈, 척수성 근육 위축, 스타르가르트병, 테이-삭스병, 어셔 증후군, X-연관 면역결핍, 스터지-웨버 증후군, 및 암으로부터 선택된 것인 방법.
- (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스;
(b) 단일-가닥 가이드 핵산; 및
(c) 링커
를 포함하며;
여기서 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커를 통해 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것인
RNA 표적화 분자. - 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 5' 말단 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 3' 말단 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 2개의 가닥 중 1개의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드의 당, 또는 3' 말단 뉴클레오티드의 3' 히드록실 또는 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드의 당, 또는 3' 말단 뉴클레오티드의 3' 히드록실 또는 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 3' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제150항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 5' 단부를 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제152항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 3' 단부를 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제154항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항에 있어서, 링커가 RNA 듀플렉스의 1개의 RNA 가닥의 5' 단부를 가이드 핵산의 5' 말단 뉴클레오티드와 3' 말단 뉴클레오티드 사이에 위치하는 뉴클레오티드에 연결하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제156항에 있어서, 링커가 가이드 핵산의 뉴클레오시드간 연결 또는 뉴클레오시드 당에 연결된 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제157항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 비분지형 링커인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제158항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 분지형 링커인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제159항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 1개의 가닥에 공유 부착되는 제1 결합 파트너 및 단일-가닥 가이드 핵산에 공유 부착되는 제2 결합 파트너를 포함하는 비-공유 링커이며, 여기서 제1 및 제2 결합 파트너는 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 단일-가닥 가이드 핵산에 연결하는 비-공유 복합체를 형성하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제160항에 있어서, 제1 결합 파트너가 수용체이고, 제2 결합 파트너가 수용체에 특이적인 리간드인 RNA 표적화 분자.
- 제160항에 있어서, 제2 결합 파트너가 수용체이고, 제1 결합 파트너가 수용체에 특이적인 리간드인 RNA 표적화 분자.
- 제160항에 있어서, 제1 결합 파트너가 비오틴이고, 제2 결합 파트너가 스트렙타비딘인 RNA 표적화 분자.
- 제160항에 있어서, 제1 결합 파트너가 스트렙타비딘이고, 제2 결합 파트너가 비오틴인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제164항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 공유 링커인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제165항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 4개 이상의 원자 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제166항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 180개 이하의 원자 길이인 RNA 표적화 분자.
- 제165항에 있어서, 링커가 알킬, 알케닐, 알키닐, 치환된 알킬, 치환된 알케닐, 치환된 알키닐, 반복된 에틸렌 글리콜 기, 에테르, 티오에테르, 우레아, 카르보네이트, 아민, 아미드, 말레이미드-티오에테르, 디술피드, 포스포디에스테르, 술폰아미드 연결, 클릭 반응의 생성물, 아지드-알킨 고리화첨가로부터의 트리아졸, 카르바메이트, 절단가능한 링커, 산화환원 절단가능한 링커, 환원적으로 절단가능한 링커, 디술피드 기, 산 절단가능한 링커, 히드라존 기, 에스테르 기, 아세탈 기, 케탈 기, 에스테라제 절단가능한 링커, 에스테르 기, 포스파타제 절단가능한 링커, 포스페이트 기, 펩티다제 절단가능한 링커, 펩티드 결합, 생체-절단가능한 링커, DNA, RNA, 디술피드, 아미드, 관능화된 모노사카라이드, 또는 갈락토사민의 올리고사카라이드를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제165항에 있어서, 링커가 클릭 화학 반응으로부터 유래된 모이어티를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제169항에 있어서, 클릭 화학 반응으로부터 유래된 모이어티가 트리아졸, 디아졸, 디아진, 술피드 결합, 말레이미드 고리, 숙신이미드 고리, 에스테르, 또는 아미드인 RNA 표적화 분자.
- 제165항에 있어서, 링커가 1개 이상의 아미노산을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제165항에 있어서, 링커가 유기 분자, 기, 중합체, 또는 화학적 도메인을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제172항에 있어서, 화학적 도메인이 아미드, 우레아, 카르바메이트, 카르보네이트, 에스테르, 아세탈, 케탈, 포스포르아미다이트, 히드라존, 이민, 옥심, 디술피드, 실릴, 히드라진, 히드라존, 티올, 이미다졸, 탄소-탄소 결합, 탄소-헤테로원자 결합, 또는 아조 도메인을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제165항에 있어서, 링커가 중합체인 RNA 표적화 분자.
- 제174항에 있어서, 중합체 링커가 폴리에틸렌, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리아미드, 폴리에스테르, 또는 폴리에테르를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제175항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 화학식 (I) - 화학식 (VII) 중 어느 하나를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제176항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가
(a) 가닥 Ref.: 24 또는 27에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및
(b) 가닥 Ref.: 25 또는 28에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥
을 포함하며;
단일-가닥 가이드 핵산이 가닥 Ref.: 23 또는 26에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 것인
RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제177항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가
(a) 가닥 Ref.: 24 또는 27에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및
(b) 가닥 Ref.: 25 또는 28에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥
을 포함하며;
적어도 1개의 단일-가닥 가이드 핵산이 가닥 Ref.: 23 또는 26에 따른 서열을 포함하는 것인
RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제176항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가
(a) 가닥 Ref.: 353 또는 355에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및
(b) 가닥 Ref.: 815 또는 818에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥
을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제176항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가
(a) 가닥 Ref.: 353 또는 355에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및
(b) 가닥 Ref.: 815 또는 818에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥
을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제176항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가
(a) 가닥 Ref.: 641 또는 643에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및
(b) 가닥 Ref.: 841 또는 869에 대해 적어도 70% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 RNA 가닥
을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제176항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가
(a) 가닥 Ref.: 641 또는 643에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥; 및
(b) 가닥 Ref.: 841 또는 869에 따른 서열을 포함하는 RNA 가닥
을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제182항 중 어느 한 항에 있어서, 2개 이상의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제183항 중 어느 한 항에 있어서, 2개 이상의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제184항 중 어느 한 항에 있어서, 2-10개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제185항 중 어느 한 항에 있어서, 2-10개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제186항 중 어느 한 항에 있어서, 2-5개의 이중-가닥 RNA 듀플렉스를 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제187항 중 어느 한 항에 있어서, 2-5개의 단일-가닥 가이드 핵산을 포함하는 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제188항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스의 하나의 가닥이 RNA 듀플렉스의 다른 가닥에 공유 연결되지 않은 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제189항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 RNA 듀플렉스의 하나의 가닥을 RNA 듀플렉스의 다른 가닥에 연결하는 헤어핀을 포함하지 않는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제190항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 동등한 수의 뉴클레오티드를 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제191항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 상이한 수의 뉴클레오티드를 갖는 2개의 RNA 가닥을 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제192항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하지 않는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제193항 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 비-핵산 링커인 RNA 표적화 분자.
- (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 제1 이중-가닥 RNA 듀플렉스;
(b) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 제2 이중-가닥 RNA 듀플렉스;
(b) 단일-가닥 가이드 핵산; 및
(c) 링커
를 포함하며;
여기서 제1 이중-가닥 RNA 듀플렉스는 링커를 통해 제2 이중-가닥 RNA 듀플렉스에 연결된 것인
RNA 표적화 분자. - (a) 2개의 RNA 가닥을 포함하는 이중-가닥 RNA 듀플렉스;
(b) 제1 단일-가닥 가이드 핵산;
(c) 제2 단일-가닥 가이드 핵산; 및
(c) 링커
를 포함하며;
여기서 제1 단일-가닥 가이드 핵산은 링커를 통해 제2 단일-가닥 가이드 핵산에 연결된 것인
RNA 표적화 분자. - 제133항 내지 제196항 중 어느 한 항에 있어서, 이중-가닥 RNA 듀플렉스가 적어도 1개의 미스매치를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
- 제133항 내지 제197항 중 어느 한 항에 있어서, 단일-가닥 가이드 핵산이 표적 서열에 비해 적어도 2개의 미스매치를 포함하는 것인 RNA 표적화 분자.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US202063059084P | 2020-07-30 | 2020-07-30 | |
| US63/059,084 | 2020-07-30 | ||
| US202063127839P | 2020-12-18 | 2020-12-18 | |
| US63/127,839 | 2020-12-18 | ||
| PCT/US2021/044074 WO2022026928A1 (en) | 2020-07-30 | 2021-07-30 | Adar dependent editing compositions and methods of use thereof |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20230058624A true KR20230058624A (ko) | 2023-05-03 |
Family
ID=80036745
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020237006443A KR20230058624A (ko) | 2020-07-30 | 2021-07-30 | Adar 의존성 편집 조성물 및 그의 사용 방법 |
Country Status (11)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20230272391A1 (ko) |
| EP (1) | EP4189088A1 (ko) |
| JP (1) | JP2023536593A (ko) |
| KR (1) | KR20230058624A (ko) |
| CN (1) | CN116209762A (ko) |
| AU (1) | AU2021315812A1 (ko) |
| BR (1) | BR112023001641A2 (ko) |
| CA (1) | CA3190477A1 (ko) |
| IL (1) | IL300241A (ko) |
| MX (1) | MX2023001257A (ko) |
| WO (1) | WO2022026928A1 (ko) |
Families Citing this family (17)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2017220751A1 (en) | 2016-06-22 | 2017-12-28 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Single-stranded rna-editing oligonucleotides |
| EP4341405A1 (en) * | 2021-05-20 | 2024-03-27 | Korro Bio, Inc. | Methods and compositions for adar-mediated editing |
| GB202107553D0 (en) * | 2021-05-27 | 2021-07-14 | Univ Oxford Innovation Ltd | Method |
| WO2023152371A1 (en) | 2022-02-14 | 2023-08-17 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Guide oligonucleotides for nucleic acid editing in the treatment of hypercholesterolemia |
| WO2023212213A1 (en) * | 2022-04-29 | 2023-11-02 | Tiba Biotech | Tail-conjugated rnas |
| WO2024013361A1 (en) | 2022-07-15 | 2024-01-18 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Oligonucleotides for adar-mediated rna editing and use thereof |
| WO2024013360A1 (en) | 2022-07-15 | 2024-01-18 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Chemically modified oligonucleotides for adar-mediated rna editing |
| GB202215614D0 (en) | 2022-10-21 | 2022-12-07 | Proqr Therapeutics Ii Bv | Heteroduplex rna editing oligonucleotide complexes |
| WO2024110565A1 (en) | 2022-11-24 | 2024-05-30 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Antisense oligonucleotides for the treatment of hereditary hfe-hemochromatosis |
| WO2024114908A1 (en) * | 2022-11-30 | 2024-06-06 | Eberhard Karls Universität Tübingen | Chemically modified antisense oligonucleotides (asos) and compositions comprising the same for rna editing |
| GB202218090D0 (en) | 2022-12-01 | 2023-01-18 | Proqr Therapeutics Ii Bv | Antisense oligonucleotides for the treatment of aldehyde dehydrogenase 2 deficiency |
| WO2024121373A1 (en) | 2022-12-09 | 2024-06-13 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Antisense oligonucleotides for the treatment of cardiovascular disease |
| GB202300865D0 (en) | 2023-01-20 | 2023-03-08 | Proqr Therapeutics Ii Bv | Delivery of oligonucleotides |
| WO2024175550A1 (en) | 2023-02-20 | 2024-08-29 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Antisense oligonucleotides for the treatment of atherosclerotic cardiovascular disease |
| GB202304363D0 (en) | 2023-03-24 | 2023-05-10 | Proqr Therapeutics Ii Bv | Chemically modified antisense oligonucleotides for use in RNA editing |
| WO2024206175A1 (en) | 2023-03-24 | 2024-10-03 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Antisense oligonucleotides for the treatment of neurological disorders |
| WO2024200472A1 (en) | 2023-03-27 | 2024-10-03 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Antisense oligonucleotides for the treatment of liver disease |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AU2003282877B9 (en) * | 2002-09-25 | 2011-05-12 | University Of Massachusetts | In Vivo gene silencing by chemically modified and stable siRNA |
| GB2569733B (en) * | 2016-09-30 | 2022-09-14 | Univ California | RNA-guided nucleic acid modifying enzymes and methods of use thereof |
-
2021
- 2021-07-30 US US18/018,379 patent/US20230272391A1/en active Pending
- 2021-07-30 IL IL300241A patent/IL300241A/en unknown
- 2021-07-30 CA CA3190477A patent/CA3190477A1/en active Pending
- 2021-07-30 KR KR1020237006443A patent/KR20230058624A/ko active Search and Examination
- 2021-07-30 CN CN202180067009.2A patent/CN116209762A/zh active Pending
- 2021-07-30 AU AU2021315812A patent/AU2021315812A1/en active Pending
- 2021-07-30 WO PCT/US2021/044074 patent/WO2022026928A1/en active Application Filing
- 2021-07-30 JP JP2023507265A patent/JP2023536593A/ja active Pending
- 2021-07-30 BR BR112023001641A patent/BR112023001641A2/pt unknown
- 2021-07-30 MX MX2023001257A patent/MX2023001257A/es unknown
- 2021-07-30 EP EP21850336.5A patent/EP4189088A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN116209762A (zh) | 2023-06-02 |
| JP2023536593A (ja) | 2023-08-28 |
| WO2022026928A1 (en) | 2022-02-03 |
| BR112023001641A2 (pt) | 2023-04-04 |
| US20230272391A1 (en) | 2023-08-31 |
| MX2023001257A (es) | 2023-05-16 |
| AU2021315812A1 (en) | 2023-03-02 |
| EP4189088A1 (en) | 2023-06-07 |
| IL300241A (en) | 2023-03-01 |
| CA3190477A1 (en) | 2022-02-03 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR20230058624A (ko) | Adar 의존성 편집 조성물 및 그의 사용 방법 | |
| US11566248B2 (en) | PCSK9 targeting oligonucleotides for treating hypercholesterolemia and related conditions | |
| US10675295B2 (en) | Compositions and methods for inhibiting HMGB1 expression | |
| US11661603B2 (en) | Compositions and methods for inhibiting ALDH2 expression | |
| US20230365974A1 (en) | Compositions and methods for inhibiting gys2 expression | |
| US20220072024A1 (en) | Compositions and methods for inhibiting hmgb1 expression | |
| TW202307207A (zh) | 用於抑制黃嘌呤脫氫酶(XDH)之表現之RNAi藥劑、其醫藥組合物及使用方法 | |
| Egli et al. | Acyclic (S)-glycol nucleic acid (S-GNA) modification of siRNAs improves the safety of RNAi therapeutics while maintaining potency | |
| CA3128059A1 (en) | Methods and compositions for inhibiting expression of cyp27a1 | |
| CA3235941A1 (en) | Compositions and methods for modulating apoc3 expression | |
| CA3234369A1 (en) | Compositions and methods for enhancing gene silencing activity of oligonucleotide compounds |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A201 | Request for examination |