KR20230035307A - COMPOSITION FOR DETECTING tsutsugamushi INCLUDING PRIMER AND PROBE AND DETECTION KIT INCLUDING THE SAME - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 쯔쯔가무시 검출용 조성물 및 이를 포함하는 검출 키트에 관한 것으로, 보다 상세하게는 다중복제유전자(multi copy gene)를 타겟팅함으로써 검출 민감도와 특이도를 향상시킨 쯔쯔가무시 검출용 조성물 및 검출 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a composition for detecting tsutsugamushi and a detection kit containing the same, and more particularly, to a composition and kit for detecting tsutsugamushi with improved detection sensitivity and specificity by targeting a multi copy gene. .
쯔쯔가무시증(Scrub typhus)은 오리엔티아 쯔쯔가무시균(Orientia tsutsugamushi, OT)에 의해 발생하는 감염성 질환이다. 쯔쯔가무시증의 감염 경로는 주로 야생 들쥐 등에 기생하는 감염된 진드기 또는 수풀에 존재하는 감염된 진드기가 사람을 흡혈할 때 쯔쯔가무시균, 즉 오리엔티아 쯔쯔가무시에 감염되고, 사람 간에는 전파되지 않는 것으로 알려져 있다.Scrub typhus is an infectious disease caused by Orientia tsutsugamushi (OT). It is known that scrub typhus is infected with scrub typhus, that is, Orientia scrub typhus, when an infected tick parasitic on wild mice or infected ticks present in bushes sucks human blood, and is not spread from person to person.
쯔쯔가무시증의 잠복기는 대략 일주일에서 3주 정도이고 발열, 발한, 두통, 구토, 구역, 설사, 결막충혈, 림프절 종대 등의 증상이 나타난다. 그리고 몸통과 사지에 발진이 나타나며, 특히 진드기에 물린 부위에는 가피가 동반된 궤양이 관찰된다. 임상적으로는 위 증상과 함께 야외 노출 여부 등을 고려하여 쯔쯔가무시증을 의심하게 된다.The incubation period of scrub typhus is about one to three weeks, and symptoms such as fever, sweating, headache, vomiting, nausea, diarrhea, conjunctival congestion, and enlarged lymph nodes appear. In addition, a rash appears on the trunk and extremities, and ulcers accompanied by crusts are observed especially at the site of the tick bite. Clinically, scrub typhus is suspected considering the above symptoms and outdoor exposure.
쯔쯔가무시증은 테트라사이클린 계열의 항생제, 예컨대 독시사이클린(doxycycline) 등을 이용하여 치료될 수 있다. 그러나 원인균의 유전자 재조합이 빈번하게 일어나므로 백신 개발이 현실적으로 곤란하고, 한번 감염된 이후에도 재감염 될 수 있는 문제가 있다. 따라서 쯔쯔가무시증 질환의 치료와 경감 등에는 정확하고 신속한 진단과 빠른 치료제 투여가 중요할 수 있다.Scrub typhus can be treated using tetracycline antibiotics, such as doxycycline. However, since genetic recombination of the causative bacteria occurs frequently, vaccine development is practically difficult, and there is a problem that re-infection can occur even after being infected once. Therefore, accurate and rapid diagnosis and rapid treatment administration may be important for the treatment and alleviation of scrub typhus disease.
쯔쯔가무시증의 진단에 있어서, 국내에선 주로 IFA(Indirect immuno fluorescent anti body test), IIP(Indirect immunoperoxidase test) 혈청학적 방법과 PCR로 대표되는 유전자 검사를 주로 사용하는데 신속한 초기진단에는 PCR 방법을 우선적으로 사용하고 있다.In the diagnosis of scrub typhus, domestically, IFA (Indirect immunofluorescent anti body test), IIP (Indirect immunoperoxidase test) serological methods and genetic tests represented by PCR are mainly used. For rapid initial diagnosis, the PCR method is preferentially used. are doing
기존에는 쯔쯔가무시의 유전자 검출 방법으로 민감도와 정확도가 높은 nested PCR 방식을 주로 사용하였으며, 56kDa TSA 유전자를 타겟으로 하여 검출하고 있다. 그러나 최근에는 nested PCR 만큼 정확도와 민감도가 높은 real-time PCR을 주로 사용하는 추세이며, 최근 연구에 따르면 OT-specific 47kDa 유전자를 검출하는 real-time qPCR이 nested PCR에 비해 충분한 민감도와 정확도, 그리고 더 빠른 속도에서 장점이 있다고 보고된 바 있다. 더욱 최근에는 유전체 연구의 발달과 함께 박테리아 DNA 내 다중복제유전자(multi copy gene)를 검출하는 방식이 새롭게 개발되고 있다.In the past, the nested PCR method with high sensitivity and accuracy was mainly used as a gene detection method for Tsutsugamushi, and the 56kDa TSA gene was targeted and detected. However, in recent years, real-time PCR, which is as accurate and sensitive as nested PCR, has been used mainly. According to a recent study, real-time qPCR for detecting an OT-specific 47kDa gene has sufficient sensitivity, accuracy, and higher sensitivity than nested PCR. It has been reported that there is an advantage in high speed. More recently, with the development of genome research, a new method for detecting multi copy genes in bacterial DNA is being developed.
일반적으로 감염 초기에 체내로 들어오는 박테리아의 숫자 또는 털진드기 내에 기생중인 박테리아의 숫자는 매우 낮은 농도이므로 56 kDa 또는 47 kDa 유전자 같은 단일복제유전자(single copy gene)를 검출하는 것은 종종 어려운 경우가 많다. 특히 genomic DNA를 정제하는 과정에서 손실이 발생하여 민감도는 더욱 내려가게 된다.In general, the number of bacteria entering the body at the beginning of infection or the number of parasitic bacteria in a hair mite is very low, so it is often difficult to detect a single copy gene such as the 56 kDa or 47 kDa gene. In particular, loss occurs in the process of purifying genomic DNA, further reducing the sensitivity.
한편, 오리엔티아 쯔쯔가무시(OT)의 2.1MB에 달하는 유전체는 반복서열이 42%로 높은 비중을 차지하는 고반복 유전체이다. 그 외 Tra related gene, tch related gene 등의 유전자도 존재하고 쯔쯔가무시균 내에 존재하는 ribosomal DNA를 증폭하는 방식이 기존의 방식에 비해 더 높은 민감도를 나타내는 것으로 알려져 있다.On the other hand, the 2.1MB genome of Orientia Tsutsugamushi (OT) is a highly repetitive genome with repetitive sequences occupying a high proportion of 42%. Other genes such as Tra related gene and tch related gene also exist, and it is known that the method of amplifying ribosomal DNA present in Tsutsugamushi exhibits higher sensitivity than the conventional method.
그러나 전통적인 PCR 방식은 민감도가 낮은 문제가 있다. 반면 nested PCR 방식은 민감도는 높지만 교차오염의 위험성이 높고 장시간의 검사가 필요하다는 한계가 있다. 또한 real-time PCR의 경우 기존 개발된 56 kDa 특이적 프로브(56kDa specific probe)를 이용한 방식은 특이도는 높으나 민감도가 낮고, 다중복제유전자(multi copy gene)를 이용한 방식은 SYBR green 같은 DNA binding dye를 사용하기 때문에 인체시료에서는 특이적으로 활용할 수 있겠지만 야외에서 서식하는 쥐나 그에 기생하는 털진드기로부터 쯔쯔가무시균을 검출하기에는 어려운 측면이 있다.However, the traditional PCR method has a problem of low sensitivity. On the other hand, the nested PCR method has high sensitivity, but has a limitation in that it has a high risk of cross-contamination and requires a long test. In addition, in the case of real-time PCR, the method using the previously developed 56 kDa specific probe has high specificity but low sensitivity, and the method using a multi copy gene is a DNA binding dye such as SYBR green. Although it can be specifically used in human samples because it uses, it is difficult to detect scrub typhus from rats living outdoors or hair mites parasitic on it.
따라서 보다 민감도와 특이도가 높으며 질병 감시에도 적용할 수 있는 새로운 쯔쯔가무시균 진단용 조성물이나 검출 키트의 개발과 성능평가가 절실한 상황이다.Therefore, there is an urgent need to develop and evaluate the performance of new scrub typhus diagnostic compositions or detection kits that have higher sensitivity and specificity and can be applied to disease surveillance.
본 발명은 전술한 종래기술의 문제점을 해결하기 위한 것으로, 본 발명이 해결하고자 하는 과제는 쯔쯔가무시균에 대한 검출 민감도와 특이도를 향상시킨 쯔쯔가무시 검출용 조성물을 제공하는 것이다.The present invention is to solve the problems of the prior art described above, and the problem to be solved by the present invention is to provide a composition for detecting scrub typhus with improved detection sensitivity and specificity for bacteria.
본 발명이 해결하고자 하는 다른 과제는 쯔쯔가무시균에 대한 검출 민감도와 특이도를 향상시킨 프라이머 세트를 제공하는 것이다.Another problem to be solved by the present invention is to provide a primer set with improved detection sensitivity and specificity for tsutsugamushi.
본 발명이 해결하고자 하는 또 다른 과제는 쯔쯔가무시균에 대한 검출 민감도와 특이도를 향상시킨 쯔쯔가무시균 검출 키트를 제공하는 것이다.Another problem to be solved by the present invention is to provide a kit for detecting tsutsugamushi with improved detection sensitivity and specificity for tsutsugamushi.
본 발명이 해결하고자 하는 또 다른 과제는 쯔쯔가무시의 검출 방법을 제공하는 것이다.Another problem to be solved by the present invention is to provide a method for detecting tsutsugamushi.
본 발명의 과제들은 이상에서 언급한 과제들로 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.The tasks of the present invention are not limited to the tasks mentioned above, and other tasks not mentioned will be clearly understood by those skilled in the art from the following description.
상기 과제를 해결하기 위한 본 발명의 일 실시예에 따른 검출용 조성물은, 서열번호 1 내지 5의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 제1 프라이머(primer); 서열번호 6 내지 10의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 제2 프라이머; 및 서열번호 11 및 12의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프로브(probe)를 포함한다.A detection composition according to an embodiment of the present invention for solving the above problems includes at least one first primer selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 5; At least one second primer selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 6 to 10; and at least one probe selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 11 and 12.
상기 프로브는 리포터(reporter) 및 소광제(quencher)가 부착된 것일 수 있다.The probe may have a reporter and a quencher attached thereto.
또, 상기 검출 조성물은 다중복제유전자(multi copy gene)를 특이적으로 검출할 수 있다.In addition, the detection composition can specifically detect a multi-copy gene.
상기 다중복제유전자는 tchA, tchB, traD, traV 및 traC로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자일 수 있다.The multi-copy gene may be one or more genes selected from the group consisting of tchA, tchB, traD, traV and traC.
상기 조성물은 쯔쯔가무시 검출용일 수 있다.The composition may be used for detecting tsutsugamushi.
상기 다른 과제를 해결하기 위한 본 발명의 일 실시예에 따른 쯔쯔가무시 검출 키트는 전술한 검출용 조성물을 포함한다.A kit for detecting tsutsugamushi according to an embodiment of the present invention for solving the above other problems includes the above-described composition for detection.
상기 쯔쯔가무시 검출 키트는 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 쯔쯔가무시균을 검출할 수 있다.The scrub typhus detection kit can detect scrub typhus through polymerase chain reaction (PCR).
상기 중합효소연쇄반응은 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)일 수 있다.The polymerase chain reaction may be a real-time polymerase chain reaction (real-time PCR).
상기 또 다른 과제를 해결하기 위한 프라이머 세트는 서열번호 1 내지 5의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 제1 프라이머(primer); 및 서열번호 6 내지 10의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 제2 프라이머를 포함한다.A primer set for solving the other problem is one or more first primers selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 5; and at least one second primer selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 6 to 10.
상기 또 다른 과제를 해결하기 위한 쯔쯔가무시의 검출 방법은 검체로부터 분리한 핵산을 주형으로 제1항의 조성물을 이용해 표적 서열을 증폭시키는 단계를 포함한다.A method for detecting tsutsugamushi to solve the above another problem includes amplifying a target sequence using the composition of
기타 실시예의 구체적인 사항들은 상세한 설명에 포함되어 있다. Other embodiment specifics are included in the detailed description.
본 발명의 쯔쯔가무시 검출용 조성물 및 검출 키트는 다중복제유전자(multi copy gene)를 타겟팅하는 프라이머/프로브 세트와 함께 real-time PCR 방식을 사용함으로써 높은 수준의 검출 민감도와 특이도를 구현할 수 있다.The composition and detection kit for detecting tsutsugamushi of the present invention can implement a high level of detection sensitivity and specificity by using a real-time PCR method together with a primer/probe set targeting a multi copy gene.
특히 단일복제유전자(single copy gene)를 증폭하는 방식에 비해 높은 민감도를 구현할 수 있으며, 인체 유래물뿐만 아니라 다양한 질병 매개체에서도 특이도를 나타낼 수 있어 쯔쯔가무시 발생 감시, 출현 감시, 환경 감시 등 정밀함이 요구되는 역학조사 및 기초연구 분야에서도 높은 신뢰도를 확보할 수 있을 것으로 기대된다.In particular, higher sensitivity can be realized compared to the method of amplifying a single copy gene, and specificity can be shown not only in human-derived materials but also in various disease vectors, so precision is required such as monitoring the occurrence of scrub typhus, emergence monitoring, and environmental monitoring. It is expected that high reliability will be secured in the field of epidemiological investigation and basic research.
본 발명의 실시예들에 따른 효과는 이상에서 예시된 내용에 의해 제한되지 않으며, 더욱 다양한 효과들이 본 명세서 내에 포함되어 있다.Effects according to the embodiments of the present invention are not limited by the contents exemplified above, and more diverse effects are included in the present specification.
도 1은 오리엔티아 쯔쯔가무시(Orientia tsutsugamushi)의 strain별 계통도를 나타낸 것이다.
도 2는 오리엔티아 쯔쯔가무시 내 다중복제유전자(multi copy gene) 발굴 과정을 도식화한 것이다.
도 3은 오리엔티아 쯔쯔가무시의 tchA 유전자에 대한 보존적 서열(conserved sequence) 확보 과정을 도식화한 것이다.
도 4는 본 발명의 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트 제작 과정을 도식화한 것이다.
도 5는 본 발명의 실시예에 따른 프라이머 세트의 PCR 효율을 나타낸 것이다.
도 6은 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 카피별 PCR 증폭곡선을 나타낸 것이다.
도 7은 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 최저검출한계 규명을 위한 real-time PCR 결과를 나타낸 것이고, 도 8은 real-time PCR 이후 전기영동 결과를 나타낸 것이다.
도 9는 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 real-time PCR 및 전기영동 결과를 POD-LOD calculator에 입력한 결과를 나타낸 것이고, 도 10은 해당 결과를 출력한 것이다.
도 11은 56kDa 단일복제유전자(single copy gene)를 nested PCR로 검출한 경우의 카피별 결과를 나타낸 것이다.
도 12는 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 real-time PCR 결과와 조건을 일부 생략하거나 변경한 nested PCR의 수행 결과를 비교한 것이다.
도 13은 56kDa 단일복제유전자를 taqman 프로브 방식의 real-time PCR로 검출한 결과를 나타낸 것이며, 도 14는 real-time PCR 이후 전기영동 결과를 나타낸 것이다.
도 15는 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 타겟 DNA 농도별 real-time PCR 결과를 나타낸 것이고, 도 16은 해당 결과의 CT값을 토대로 PCR 효율을 분석한 것이다.
도 17은 털진드기의 DNA를 대상으로 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 real-time PCR 결과를 나타낸 것이다.
도 18은 nested PCR을 이용한 검사 및 본 발명의 일 실시예에 따른 검사 과정을 비교한 것이다.
도 19는 실험예 4의 전기영동 결과를 나타낸 것이다.
도 20 내지 도 23은 실험예 5의 전기영동 결과를 나타낸 것이다.1 shows a systematic diagram for each strain of Orientia tsutsugamushi .
Figure 2 is a schematic diagram of the discovery process of multi copy genes in Orientia tsutsugamushi.
3 is a schematic diagram of a process for securing a conserved sequence for the tchA gene of Orientia tsutsugamushi.
4 is a schematic diagram of a primer/probe set manufacturing process according to an embodiment of the present invention.
5 shows the PCR efficiency of a primer set according to an embodiment of the present invention.
6 shows PCR amplification curves for each copy of a primer/probe set according to an embodiment of the present invention.
7 shows real-time PCR results for identifying the lowest detection limit of a primer/probe set according to an embodiment of the present invention, and FIG. 8 shows electrophoresis results after real-time PCR.
9 shows the results of inputting real-time PCR and electrophoresis results of a primer/probe set according to an embodiment of the present invention into a POD-LOD calculator, and FIG. 10 shows the output of the results.
11 shows the results of each copy when a 56 kDa single copy gene is detected by nested PCR.
12 compares real-time PCR results of a primer/probe set according to an embodiment of the present invention with nested PCR results in which conditions are partially omitted or changed.
13 shows the result of detecting the 56 kDa single copy gene by real-time PCR using the taqman probe method, and FIG. 14 shows the result of electrophoresis after real-time PCR.
15 shows real-time PCR results for each target DNA concentration of a primer/probe set according to an embodiment of the present invention, and FIG. 16 analyzes PCR efficiency based on the CT value of the result.
17 shows real-time PCR results of a primer/probe set according to an embodiment of the present invention for hairy mite DNA.
18 is a comparison between a test using nested PCR and a test process according to an embodiment of the present invention.
19 shows the electrophoresis results of Experimental Example 4.
20 to 23 show the electrophoresis results of Experimental Example 5.
본 발명의 이점 및 특징, 그리고 그것들을 달성하는 방법은 첨부되는 도면과 함께 상세하게 후술되어 있는 실시예들을 참조하면 명확해질 것이다. 그러나 본 발명은 이하에서 개시되는 실시예들에 한정되는 것이 아니라 서로 다른 다양한 형태로 구현될 것이며, 단지 실시예들은 본 발명의 개시가 완전하도록 하며, 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이며, 본 발명은 청구항의 범주에 의해 정의될 뿐이다. 즉, 본 발명이 제시하는 실시예들에는 다양한 변경이 가해질 수 있다. 아래 설명하는 실시예들은 실시 형태에 대해 한정하려는 것이 아니며, 이들에 대한 모든 변경, 균등물 내지 대체물을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.Advantages and features of the present invention, and methods of achieving them, will become clear with reference to the detailed description of the following embodiments taken in conjunction with the accompanying drawings. However, the present invention is not limited to the embodiments disclosed below, but will be implemented in a variety of different forms, and only the embodiments make the disclosure of the present invention complete, and those skilled in the art in the art to which the present invention belongs It is provided to fully inform the person of the scope of the invention, and the invention is only defined by the scope of the claims. That is, various changes may be made to the embodiments provided by the present invention. The embodiments described below are not intended to be limiting on the embodiments, and should be understood to include all modifications, equivalents or substitutes thereto.
다른 정의가 없다면, 본 명세서에서 사용되는 모든 용어(기술 및 과학적 용어를 포함)는 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 공통적으로 이해될 수 있는 의미로 사용될 수 있을 것이다. 또 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 용어들은 명백하게 특별히 정의되어 있지 않는 한 이상적으로 또는 과도하게 해석되지 않는다.Unless otherwise defined, all terms (including technical and scientific terms) used in this specification may be used in a meaning commonly understood by those of ordinary skill in the art to which the present invention belongs. In addition, terms defined in commonly used dictionaries are not interpreted ideally or excessively unless explicitly specifically defined.
본 명세서에서, '및/또는'은 언급된 아이템들의 각각 및 하나 이상의 모든 조합을 포함한다. 또, 단수형은 문구에서 특별히 언급하지 않는 한 복수형도 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 '포함한다(comprises)' 및/또는 '포함하는(comprising)'은 언급된 구성요소 외에 하나 이상의 다른 구성요소의 존재 또는 추가를 배제하지 않는다. '내지'를 사용하여 나타낸 수치 범위는 그 앞과 뒤에 기재된 값을 각각 하한과 상한으로서 포함하는 수치 범위를 나타낸다. '약' 또는 '대략'은 그 뒤에 기재된 값 또는 수치 범위의 20% 이내의 값 또는 수치 범위를 의미한다.In this specification, 'and/or' includes each and every combination of one or more of the recited items. In addition, singular forms also include plural forms unless otherwise specified in the text. As used herein, 'comprises' and/or 'comprising' does not exclude the presence or addition of one or more other elements other than the recited elements. A numerical range expressed using 'to' indicates a numerical range including the values listed before and after it as the lower limit and the upper limit, respectively. 'About' or 'approximately' means a value or range of values within 20% of the value or range of values set forth thereafter.
본 명세서에서 사용되는 용어 '프라이머(primer)'는 짧은 자유 3 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)을 갖는 핵산 서열로, 핵산의 상보적인 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능하는 핵산 서열을 의미한다. As used herein, the term 'primer' is a nucleic acid sequence having a short free 3' hydroxyl group, which can form a base pair with a complementary template of nucleic acid, Refers to a nucleic acid sequence that serves as the starting point for copying the template strand.
본 명세서에서 사용되는 용어 '프로브(probe)' 또는 '탐침'은 핵산 혼성화(nucleic acid hybridization) 방법을 사용해서 원하는 유전자를 찾을 수 있는 짧은 단일가닥 핵산으로, 핵산 탐침(nucleic acid probe)라고 하기도 한다.As used herein, the term 'probe' or 'probe' is a short single-stranded nucleic acid that can find a desired gene using a nucleic acid hybridization method, and is also referred to as a nucleic acid probe. .
본 명세서에서 사용되는 용어 '범용 염기' 또는 '범용 서열(universal sequence)'은 자연의 DNA, RNA 및/또는 DNA/RNA 염기들 각각과 거의 구별 없이 염기 쌍을 형성할 수 있는 염기를 의미한다.As used herein, the term 'universal base' or 'universal sequence' refers to bases that can form base pairs with natural DNA, RNA, and/or DNA/RNA bases almost indistinguishably from each other.
이하 본 발명에 대하여 상세하게 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 서열번호 1 내지 5의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머(primer); 서열번호 6 내지 10의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머; 및 서열번호 11 및 12의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프로브(probe);를 포함하는, 쯔쯔가무시 검출용 조성물이 제공된다.According to one embodiment of the present invention, one or more primers selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 5; At least one primer selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 6 to 10; and at least one probe selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 11 and 12; a composition for detecting tsutsugamushi is provided.
상기 조성물은 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 쯔쯔가무시를 검출할 수 있다. 성공적인 PCR 반응을 위해 프라이머 서열은 주형가닥(tempalte)과 5' 말단에서 3' 말단 방향으로 일치하는 정방향(forward 또는 upstream) 프라이머 및 3' 말단에서 5' 말단 방향으로 일치하는 역방향(reverse 또는 downstream) 프라이머가 하나의 세트를 구성해야 한다.The composition can detect tsutsugamushi through polymerase chain reaction (PCR). For a successful PCR reaction, the primer sequences are a forward or upstream primer that matches the template strand from the 5' end to the 3' end, and a reverse or downstream primer that matches the 3' to 5' end. The primers should constitute one set.
상기 서열번호 1 내지 5의 염기서열은 5' 말단에서 3' 말단으로의 정방향 프라이머(forward primer)일 수 있고, 서열번호 6 내지 10의 염기서열은 3' 말단에서 5' 말단으로의 역방향 프라이머(reverse primer)일 수 있다. 각각의 프라이머는 오리엔티아 쯔쯔가무시 cDNA와 상보적으로 결합하는 서열로 이루어질 수 있으며, 정방향 프라이머와 역방향 프라이머는 쌍을 이루어 세트로 작동할 수 있다.The base sequences of SEQ ID NOs: 1 to 5 may be forward primers from the 5' end to the 3' end, and the base sequences of SEQ ID NOs: 6 to 10 may be reverse primers from the 3' end to the 5' end ( reverse primer). Each primer may consist of a sequence complementary to Orientia tsutsugamushi cDNA, and a forward primer and a reverse primer may be paired and operated as a set.
이 때, 각각의 프라이머 쌍은 프로브와 하나의 세트를 이룬 상태로 쯔쯔가무시 검출에 사용될 수 있다. 즉, 이들 프라이머/프로브 세트는 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)에 사용되어 쯔쯔가무시를 정량적으로 검출할 수 있다.At this time, each primer pair may be used for detecting tsutsugamushi in a state of forming a set with a probe. That is, these primer/probe sets can be used for real-time PCR to quantitatively detect tsutsugamushi.
프라이머와 프로브가 하나의 세트를 이루는 경우, 상기 프로브는 리포터(reporter) 및 소광제(quencher)가 부착된 것일 수 있다. 실시간 중합효소연쇄반응에서는 프라이머와 형광물질이 화학적으로 결합된 올리고뉴클레오티드를 프로브로 사용함으로써 반응 결과를 실시간으로 모니터링할 수 있다. 통상 프로브는 2개의 프라이머와 마찬가지로 검체의 핵산에 존재하는 상보적 서열에 결합하게 되며, 프라이머에서 약간 떨어진 부분에 위치할 수 있다.When a primer and a probe form a set, the probe may have a reporter and a quencher attached thereto. In the real-time polymerase chain reaction, the reaction result can be monitored in real time by using an oligonucleotide in which a primer and a fluorescent substance are chemically bonded as a probe. Usually, the probe binds to a complementary sequence present in the nucleic acid of the specimen, like the two primers, and may be positioned slightly away from the primer.
상기 리포터와 소광제가 근접하여 존재하면 형광을 서로 상쇄하기 때문에 리포터의 형광이 감지되지 않으나, 증폭이 진행됨에 따라 리포터가 소광제로부터 떨어지면 리포터의 형광이 감지될 수 있다. 따라서 형광의 강도는 증폭 사이클이 증가함에 따라 점점 증가하게 된다. 상기 리포터는 프로브의 5' 말단에 위치할 수 있고, 소광제는 3' 말단에 위치할 수 있다.When the reporter and the quencher are present in close proximity, the fluorescence of the reporter is not detected because the fluorescence cancels each other, but the fluorescence of the reporter can be detected when the reporter is separated from the quencher as amplification progresses. Therefore, the fluorescence intensity gradually increases as the amplification cycle increases. The reporter may be located at the 5' end of the probe, and the quencher may be located at the 3' end.
상기 리포터는 FAM(6-carboxyfluorescein), 텍사스 레드(texas red), 플루오레신(fluorescein), HEX(2',4',5',7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), 플루오레신 클로로트리아지닐(fluorescein chlorotriazinyl), 로다민 그린(rhodamine green), 로다민 레드(rhodamine red), 테트라메틸로다민(tetramethylrhodamine), FITC(fluorescein isothiocyanate), 오레곤 그린(oregon green), 알렉사 플루오로(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC(tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED(N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), 시아닌(Cyanine) 계열 염료 및 씨아디카르보시아닌(thiadicarbocyanine)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나일 수 있으나 본 발명이 이에 제한되는 것은 아니다.The reporter is FAM (6-carboxyfluorescein), Texas red (texas red), fluorescein (fluorescein), HEX (2', 4', 5', 7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein) , fluorescein chlorotriazinyl, rhodamine green, rhodamine red, tetramethylrhodamine, fluorescein isothiocyanate (FITC), oregon green, Alexa Fluoro (alexa fluor), JOE (6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX (6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET (Tetrachloro-Fluorescein), TRITC ( It may be any one selected from the group consisting of tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA (6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED (N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), cyanine-based dyes, and thiadicarbocyanine. However, the present invention is not limited thereto.
또, 상기 소광제는 TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), BHQ1(black hole quencher 1), BHQ2(black hole quencher 2), BHQ3(black hole quencher 3), NFQ(nonfluorescent quencher), 답실(dabcyl), Eclipse, DDQ(Deep Dark Quencher), 블랙베리 퀸처(Blackberry Quencher), 아이오와 블랙(Iowa black)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나일 수 있으나 본 발명이 이에 제한되는 것은 아니다.In addition, the quencher is TAMRA (6-carboxytetramethyl-rhodamine), BHQ1 (black hole quencher 1), BHQ2 (black hole quencher 2), BHQ3 (black hole quencher 3), NFQ (nonfluorescent quencher), dabcyl, It may be any one selected from the group consisting of Eclipse, Deep Dark Quencher (DDQ), Blackberry Quencher, and Iowa Black, but the present invention is not limited thereto.
상기 프로브는 Taqman 방식의 프로브일 수 있다. 프라이머/프로브 세트로 증폭한 산물(amplicon 또는 PCR product)은 SYBR green, EVA green, SFC green 등 dsDNA 구조에 결합하여 형광을 나타내는 intercalating dye로도 검출할 수 있으나, 이들은 비특이적인 반응을 구분할 수 없어 오탐지의 위험이 존재한다. 반면, 증폭산물의 DNA 서열에 특이적으로 결합하고, taq polymerase의 5' → 3' exonuclease 활성에 의해 분해되며 형광을 발하는 이중표지프로브(Taqman 또는 hydrolysis 프로브) 방식은 실제 타겟 DNA 단편이 증폭되고 프로브가 특이적으로 결합해야만 형광을 나타내기 때문에 오탐지의 위험을 감소시킬 수 있다.The probe may be a Taqman type probe. The product (amplicon or PCR product) amplified with the primer/probe set can be detected with intercalating dyes that bind to dsDNA structures and emit fluorescence, such as SYBR green, EVA green, SFC green, etc. there is a risk of On the other hand, in the double-labeled probe (Taqman or hydrolysis probe) method, which specifically binds to the DNA sequence of the amplification product, is degraded by the 5' → 3' exonuclease activity of taq polymerase, and emits fluorescence, the actual target DNA fragment is amplified and the probe Since it shows fluorescence only when it binds specifically, the risk of false detection can be reduced.
상기 쯔쯔가무시 검출용 조성물이 쯔쯔가무시 내에 존재하는 유전자를 증폭할 때, 유전체 내에 반복적으로 존재하는 다중복제유전자(multi copy gene)에 특이적으로 결합함으로써 쯔쯔가무시의 존재 유무를 검출할 수 있다. 종래의 실시간 중합효소 연쇄반응은 단일복제유전자(single copy gene)를 특이적으로 검출하였던 것에 반해, 다중복제 유전자를 특이적으로 검출하는 경우 보다 높은 민감도와 특이도를 나타내면서 검출 효율을 향상시킬 수 있다.When the composition for detecting tsutsugamushi amplifies a gene present in tsutsugamushi, the presence or absence of tsutsugamushi can be detected by specifically binding to a multi copy gene repetitively present in the genome. In contrast to the conventional real-time polymerase chain reaction, which specifically detects a single copy gene, the detection efficiency can be improved while exhibiting higher sensitivity and specificity when specifically detecting a multiple copy gene. .
이 때, 상기 다중복제유전자는 tchA, tchB, traD, traV 및 traC로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자일 수 있고, 바람직하게는 tchA 또는 traD 유전자일 수 있으나 이에 한정되는 것은 아니다.In this case, the multi-copy gene may be one or more genes selected from the group consisting of tchA, tchB, traD, traV and traC, preferably tchA or traD gene, but is not limited thereto.
한편, 본 발명의 다른 일 실시예에 따르면, 상기 쯔쯔가무시 검출용 조성물을 포함하는, 쯔쯔가무시 검출 키트가 제공된다. 상기 검출 키트는 전술한 프라이머/프로브 세트 외에 증폭용 완충용액, dNTP, 대조군, 검출 시약 등을 추가로 포함할 수 있으며, 반응에 영향을 미치지 않는 경우에 한하여 목적에 따라 추가적인 성분을 더 포함할 수 있다. 또한, 상기 검출 키트는 액상 또는 건조 타입으로 제공될 수 있으며, 건조 상태로 제공되는 키트의 경우 보관안전성이 향상되어 오랜 기간 사용이 가능하고 배양법과 유의성 있는 결과를 나타냄으로써 보다 빠른 시간 내에 정확한 결과를 도출할 수 있다.Meanwhile, according to another embodiment of the present invention, a kit for detecting scrub typhus including the composition for detecting scrub typhus is provided. The detection kit may further include an amplification buffer, dNTP, control, detection reagent, etc. in addition to the above-described primer/probe set, and may further include additional components depending on the purpose, as long as they do not affect the reaction. there is. In addition, the detection kit may be provided in a liquid or dry type, and in the case of a kit provided in a dry state, storage safety is improved, so it can be used for a long period of time and can be used for a long period of time and provides accurate results in a faster time by showing significant results with the culture method. can be derived
상기 쯔쯔가무시 검출 키트는 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 쯔쯔가무시균을 검출할 수 있으며, 보다 구체적으로는 실시간 중합효소연쇄반응(real-time PCR)을 이용할 수 있다. 상기 검출 키트 내에 존재하는 프라이머/프로브 세트의 작동원리 및 중합효소연쇄반응, 실시간 중합효소연쇄반응 등에 관한 설명은 전술한 것과 같다.The scrub typhus detection kit can detect scrub typhus through polymerase chain reaction (PCR), and more specifically, real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) can be used. The operating principle of the primer/probe set present in the detection kit, polymerase chain reaction, real-time polymerase chain reaction, and the like are described above.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세히 설명하기로 한다. 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 목적으로 기술된 것으로서, 본 발명의 범위가 이에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail through examples. The following examples are described for the purpose of illustrating the present invention, but the scope of the present invention is not limited thereto.
실시예Example
오리엔티아 쯔쯔가무시(Orientia tsutsugamushi)의 항원별 strain인 boryong, UT144, AFSC4, AFSC7, Kato PP, UT176, TA763, UT76, Wuj/2014, FPW1038, TA716, Karp, Gilliam, Sido, Ikeda, Kato의 전장유전체 서열을 GenBank에서 확보하였다. 도 1은 오리엔티아 쯔쯔가무시의 strain별 계통도를 나타낸 것이다.Whole-length genome sequences of antigenic strains of Orientia tsutsugamushi : boryong, UT144, AFSC4, AFSC7, Kato PP, UT176, TA763, UT76, Wuj/2014, FPW1038, TA716, Karp, Gilliam, Sido, Ikeda, and Kato was obtained from GenBank. 1 shows a systematic diagram for each strain of Orientia tsutsugamushi.
확보한 서열 중 전장유전체 서열분석이 완료된 genome을 기준으로 1개 genome당 유전자 숫자가 2개 이상인 것, 즉 다중복제유전자(multi copy gene)를 효과적으로 증폭할 수 있는 프라이머쌍과 이중표지프로브(dual labelled probe)를 설계하였다.Among the obtained sequences, primer pairs and dual-labeled probes that can effectively amplify multi-copy genes, that is, those with two or more genes per genome based on the genome for which whole-length genome sequencing has been completed. probe) was designed.
구체적으로 오리엔티아 쯔쯔가무시의 유전자 서열을 단백질 서열로 바꿔가며 실제 표지된 유전자 서열과 단백질 서열이 일치하는지 확인하는 과정, 즉 진(眞) 유전자(true gene), 위(僞) 유전자(psuedogene)을 분류하는 작업을 통해 단백질을 실제로 코딩하고 있는 유전자명 리스트를 확보하였다. Specifically, the process of converting the gene sequence of Orientia tsutsugamushi into a protein sequence and confirming whether the actually labeled gene sequence and protein sequence match, that is, classifying true genes and pseudogenes Through this work, a list of gene names that actually code proteins was secured.
그리고 확보한 유전자명 리스트와 유전체 서열을 하나씩 대조하면서 각 유전자명의 출현 횟수를 pivot table로 분석하였고, 이를 통해 tchA, tchB, traD, traV, traC 등의 유전자를 발굴하였으며(도 2), 이 중 오리엔티아 쯔쯔가무시를 특이적으로 증폭할 수 있는 후보 유전자로 tchA를 선택하였다.In addition, the number of occurrences of each gene name was analyzed with a pivot table while comparing the obtained gene name list and genome sequence one by one, and through this, genes such as tchA, tchB, traD, traV, and traC were discovered (Fig. 2), among which Orien tchA was selected as a candidate gene capable of specifically amplifying Tia tsutsugamushi.
NCBI-BLASTN에서 서열번호 13의 tchA 유전자를 표준서열로 오리엔티아 쯔쯔가무시 유전체 서열에서만 검색하도록 설정한 다음, 이에 부합하는 핵산서열을 확보하였다. 확보한 서열 중 표준서열과 길이가 비슷한 서열을 제외하고, 너무 짧거나 너무 긴 서열은 제거하였으며 모두 5' 말단에서 3' 말단 순으로 정렬하였다. 정렬한 서열을 모아 다중서열정렬을 수행하고, 이 중 삽입이나 결실 등 변이 정도가 높아 증폭이 어려운 서열이나 표준서열과 비일치율이 높은 서열을 제거하는 방식으로 정돈된 유전자 DB를 구축하였다. 해당 과정을 통해 확보한 오리엔티아 쯔쯔가무시의 다중복제유전자(multi copy gene) 타겟에 대해 보존적 서열(conserved sequence)을 확보하였다(도 3).In NCBI-BLASTN, the tchA gene of SEQ ID NO: 13 was set to be searched only in the Orientia tsutsugamushi genome sequence as a standard sequence, and then a nucleic acid sequence matching this was secured. Among the obtained sequences, sequences that were too short or too long were removed, except for sequences having a similar length to the standard sequence, and all were aligned in order from the 5' end to the 3' end. An organized gene DB was constructed by collecting the aligned sequences and performing multiple sequence alignment, and removing sequences that were difficult to amplify due to high degree of mutation such as insertions or deletions or sequences with a high mismatch rate with the standard sequence. A conserved sequence was secured for a multi copy gene target of Orientia tsutsugamushi obtained through the process (FIG. 3).
유전자 내부에 변이, 결실, 미확인 서열이 다수 존재하기 때문에 primer3와 같은 기존의 자동제작 툴을 사용하지 않고 GC 보유율, 2차 구조, 이합체 형성 유무, 융해온도 등의 특성 분석을 통해 최종 후보군을 선별하였고, 실제 실험에 사용할 프라이머/프로브 세트를 제작하였다(도 4). Since there are many mutations, deletions, and unidentified sequences within the gene, the final candidate group was selected through characteristic analysis such as GC retention rate, secondary structure, dimer formation, and melting temperature without using existing automated production tools such as primer3. , Primer/probe sets to be used in actual experiments were prepared (FIG. 4).
또, tchA 유전자를 증폭하기 위한 구체적인 프라이머/프로브 서열은 아래 표 1에 나타내었다. 프로브 서열에서 5' 말단의 F는 형광체(fluorophore)를 의미하고, 3' 말단의 Q는 소광제(quencher)를 의미한다.In addition, specific primer/probe sequences for amplifying the tchA gene are shown in Table 1 below. In the probe sequence, F at the 5' end means a fluorophore, and Q at the 3' end means a quencher.
서열번호13 (tchA gene)SEQ ID NO: 13 (tchA gene)
ATGAGAAATCTCATGCTACAATTGAGGCTGAAGGTAATTATACAAAATCAAAAATTATGTTGGGCATTATCGAGGCCGTTGAAGTATATGGGTTTGAGCATTGACGAATGGGGAGTAGTGCTAGCTGGAGTAGCTCCAGGAATTGTACTACTAAACAGCAGGCATGCTAAATTAGGCCTAGCCTTTATGGTTGGAGGAATTGCTCTATGTTATTGCTTTAAGAAAATTAAGAAGGTATCTGAGAATTTTTTGCTAAAAAGTTTTTTAGTAGCTAAAGGTTTATTGCCAGCTCCATTAGGATATCCAAGGCTTTTGGGCAAAAAAGTTGGCAAGTAAATGAGAAATCTCATGCTACAATTGAGGCTGAAGGTAATTATACAAAATCAAAAATTATGTTGGGCATTATCGAGGCCGTTGAAGTATATGGGTTTGAGCATTGACGAATGGGGAGTAGTGCTAGCTGGAGTAGCTCCAGGAATTGTACTACTAAACAGCAGGCATGCTAAATTAGGCCTAGCCTTTATGGTTGGAGGAATTGCTCTATGTTATTGCTTTAAGAAAATTAAGAAGGTATCTGAGAATTTTTTGCTAAAAAGTTTTTTAGTAGCTAAAGGTTTATTGCCAGCTCCATTAGGATATCCAAGGCTTTTGGGCAAAAAAGTTGGCAAGTAA
비교예 1Comparative Example 1
국내에서 널리 사용하고 있는 56kDa 항원 특이적 유전자를 증폭하는 nested PCR을 비교예 1로 설정하였다. 2차례의 PCR을 수행함에 있어 각각의 프라이머 서열은 아래 표 2에 나타내었다. (참고문헌: LEE, Hyeok Jae; PARK, Chul. Distribution of chigger mites as Tsutsugamushi vectors sampled in Seogwipo. Korean Journal of Clinical Laboratory Science, 2019, 51.3: 344-350)Nested PCR amplifying a 56kDa antigen-specific gene widely used in Korea was set as Comparative Example 1. In performing two rounds of PCR, each primer sequence is shown in Table 2 below. (Reference: LEE, Hyeok Jae; PARK, Chul. Distribution of chigger mites as Tsutsugamushi vectors sampled in Seogwipo. Korean Journal of Clinical Laboratory Science, 2019, 51.3: 344-350)
(primer)primer
(primer)
비교예 2Comparative Example 2
56kDa 단일복제유전자(single copy gene)를 대상으로 검출하는 taqman 프로브 기반의 real-time PCR을 비교예 2로 설정하였다. 구체적인 프라이머/프로브 서열은 아래 표 3에 나타내었다.Real-time PCR based on the taqman probe for detecting a 56 kDa single copy gene was set as Comparative Example 2. Specific primer/probe sequences are shown in Table 3 below.
실험예 1: 오리엔티아 쯔쯔가무시 검출 확인Experimental Example 1: Orientia tsutsugamushi detection confirmation
아래 표 4의 PCR 조건 및 표 5의 PCR 조성에 따라 PCR 민감도 검증을 수행하였다.PCR sensitivity verification was performed according to the PCR conditions in Table 4 and the PCR composition in Table 5 below.
증폭 산물은 2% agarose, 0.5x TBE gel에 전압은 135V, 시간은 40분 조건으로 전기영동을 수행한 후 분석을 실시하였다. 실시예에서 설계한 NB1, NB2, NB3, NB4, P3 프라이머 세트를 이용하여 Vircell사의 AMPLIRUN® ORIENTIA TSUTSUGAMUSHI DNA CONTROL을 주형가닥(template)으로 PCR 효율을 확인하였으며, 그 결과를 도 5에 나타내었다.The amplification product was analyzed after electrophoresis was performed on a 2% agarose, 0.5x TBE gel at a voltage of 135 V and a time of 40 minutes. PCR efficiency was confirmed using Vircell's AMPLIRUN ® ORIENTIA TSUTSUGAMUSHI DNA CONTROL as a template strand using the NB1, NB2, NB3, NB4, and P3 primer sets designed in Examples, and the results are shown in FIG. 5 .
도 5에 나타난 것과 같이 NB3 프라이머 세트가 1,800 카피부터 18 카피에 이르기까지 다른 세트에 비해 가장 밝고 두꺼운 PCR 밴드를 생성하였으며, 이합체를 형성하지 않는 것으로 확인되어 NB3 프라이머(서열번호 3 및 8), 프로브(서열번호 11) 세트를 이용해 민감도 및 성능을 검증하였다.As shown in FIG. 5, the NB3 primer set produced the brightest and thickest PCR band compared to other sets from 1,800 copies to 18 copies, and it was confirmed that it did not form a dimer, and NB3 primers (SEQ ID NOs: 3 and 8), probe (SEQ ID NO: 11) was used to verify sensitivity and performance.
오리엔티아 쯔쯔가무시 genomic DNA를 1,800 카피부터 1.8 카피까지 10배씩 희석하여 PCR을 수행한 결과, 모든 구간에서 증폭곡선이 잘 검출되었으며 음성대조군에서 증폭곡선이 나타나지 않았음을 확인하였다(도 6).As a result of performing PCR by diluting Orientia tsutsugamushi genomic DNA 10-fold from 1,800 copies to 1.8 copies, amplification curves were well detected in all sections, and it was confirmed that no amplification curves appeared in the negative control group (FIG. 6).
또한, 최저검출한계를 규명하기 위해 0.36 카피에서부터 3,600 카피까지 real-time PCR을 수행하여 그 결과를 도 7에 나타내었고, real-time PCR 이후 증폭된 산물을 전기영동한 결과를 도 8에 나타내었다. real-time PCR 및 전기영동 결과 3,600 카피에서부터 10배씩 희석하여 3.6 카피에 이르기까지 18개 반복시료 모두 민감도가 100%로 확인되었고, 0.36 카피일때 민감도가 77.7778%로 감소하였다. 해당 데이터를 POD-LOD calculator에 입력한 결과를 도 9에 나타내었으며, 그 출력물을 도 10에 나타내었다. 분석 결과 NB3 프라이머/프로브 세트에 대해 95% 신뢰구간을 갖는 최저검출한계 농도는 0.399 카피인 것으로 확인되었다.In addition, in order to identify the lowest detection limit, real-time PCR was performed from 0.36 copies to 3,600 copies, and the results are shown in FIG. 7, and the results of electrophoresis of the amplified products after real-time PCR are shown in FIG. 8 . As a result of real-time PCR and electrophoresis, the sensitivity was confirmed to be 100% for all 18 repeated samples ranging from 3,600 copies to 3.6 copies by 10-fold dilution, and the sensitivity decreased to 77.7778% at 0.36 copies. The result of inputting the data into the POD-LOD calculator is shown in FIG. 9, and the output is shown in FIG. As a result of the analysis, the lowest detection limit concentration with 95% confidence interval for the NB3 primer/probe set was confirmed to be 0.399 copies.
한편, 상기 비교예 1의 염기서열을 이용하여 nested PCR을 수행함으로써 실시예의 프라이머/프로브 세트를 이용한 PCR 기법과 결과를 비교하였다. 구체적으로 1차 PCR은 주형가닥(template) 2㎕, 정방향 프라이머(서열번호 14) 500nM, 역방향 프라이머(서열번호 15) 500nM을 첨가한 뒤 Accupower® Bioneer 2x pyrohotstart PCR premix(20㎕)에 최종 20㎕ 볼륨이 되도록 조제하였고, PCR 조건은 아래 표 6에 나타내었다.On the other hand, by performing nested PCR using the nucleotide sequence of Comparative Example 1, the results were compared with the PCR technique using the primer/probe set of Example. Specifically, the first PCR was performed by adding 2 μl of template strand, 500 nM of forward primer (SEQ ID NO: 14), and 500 nM of reverse primer (SEQ ID NO: 15), and then adding 20 μl of final primer to Accupower ® Bioneer 2x pyrohotstart PCR premix (20 μl). It was prepared to be a volume, and the PCR conditions are shown in Table 6 below.
2차 PCR은 1차 PCR 산물 1ul, 정방향 프라이머(서열번호 16) 500nM, 역방향 프라이머(서열번호 17) 500nM을 첨가한 뒤 Accupower® Bioneer 2x pyrohotstart PCR premix(20㎕)에 최종 20㎕ 볼륨이 되도록 조제하으며, PCR 조건은 아래 표 7에 나타내었다.Secondary PCR was prepared by adding 1ul of the first PCR product, 500nM of forward primer (SEQ ID NO: 16), and 500nM of reverse primer (SEQ ID NO: 17) to Accupower ® Bioneer 2x pyrohotstart PCR premix (20μl) to final volume of 20μl And, the PCR conditions are shown in Table 7 below.
위 조건에 따라 오리엔티아 쯔쯔가무시의 genomic DNA를 0.36 카피에서부터 3,600 카피까지 투입한 후 nested PCR 반응을 수행한 결과, 360 카피까지는 100% 증폭에 성공하였으나 36 카피부터는 민감도가 33.33%로 급격하게 감소하였다(도 11).According to the above conditions, genomic DNA of Orientia tsutsugamushi was injected from 0.36 copies to 3,600 copies, and then nested PCR was performed. As a result, 100% amplification was successful up to 360 copies, but the sensitivity decreased rapidly to 33.33% from 36 copies ( Figure 11).
추가로 1차 PCR과 2차 PCR을 각각 단일 단계로 수행한 경우, 1차 PCR 산물을 2차 PCR의 주형가닥으로 한 nested PCR 결과를 상기 실시예와 비교하였으며, 그 결과를 도 12에 나타내었다. 도 12에 나타난 것과 같이 56kDa 단일복제유전자에 대해 단일 단계의 PCR을 수행한 경우에는 반응당 1,800 카피를 투입할 때에만 매우 희미한 PCR 밴드가 관찰되었다. Nested PCR을 수행한 경우 180 카피까지 PCR 밴드가 관찰되었고 단일 단계의 경우보다 밴드의 밝기가 강했으나, 실시예의 1.8 카피에서 밴드가 관찰되는 것에 비해서는 다소 부족한 결과를 보였다.In addition, when the first PCR and the second PCR were performed in a single step, the results of nested PCR using the first PCR product as the template strand of the second PCR were compared with the above example, and the results are shown in FIG. 12 . As shown in FIG. 12, when single-step PCR was performed on the 56 kDa single-copy gene, a very faint PCR band was observed only when 1,800 copies were added per reaction. When nested PCR was performed, PCR bands were observed up to 180 copies, and the brightness of the bands was stronger than in the case of a single step, but the results were somewhat insufficient compared to the band observed at 1.8 copies of Example.
다음으로, 상기 비교예 2의 염기서열을 이용하여 56kDa 단일복제유전자에 대한 taqman 프로브 기반의 real-time PCR을 수행하였으며, 그 결과를 상기 실시예에 따른 방법과 비교하였다. Next, real-time PCR based on the taqman probe was performed for the 56 kDa single copy gene using the nucleotide sequence of Comparative Example 2, and the results were compared with the method according to the above example.
구체적으로 "KIM, Dong-Min, et al. Comparison of conventional, nested, and real-time quantitative PCR for diagnosis of scrub typhus. Journal of clinical microbiology, 2011, 49.2: 607-612"에 제시된 방법에 따라 OtsuFP630(서열번호 18) 및 OtsuRP747(서열번호 19) 프라이머 세트와 Ot2017-P(서열번호 20) 프로브를 이용해 오리엔티아 쯔쯔가무시의 genomic DNA를 증폭하였으며, 그 결과를 도 13에 나타내었다. 도 13의 결과와 같이 비교예 2에 따라 증폭한 경우 360 카피 이하에서 민감도가 급격히 감소하였으며, 이를 전기영동한 결과 타겟 크기(117bp)에서 36 카피부터 민감도가 급격히 감소하였다.Specifically, OtsuFP630 (OtsuFP630 ( SEQ ID NO: 18) and OtsuRP747 (SEQ ID NO: 19) primer sets and Ot2017-P (SEQ ID NO: 20) probe were used to amplify Orientia tsutsugamushi genomic DNA, and the results are shown in FIG. 13 . As shown in FIG. 13 , when amplification was performed according to Comparative Example 2, the sensitivity rapidly decreased below 360 copies, and as a result of electrophoresis, the sensitivity decreased rapidly from 36 copies in the target size (117 bp).
실험예 2: 진단방법의 성능검증Experimental Example 2: Performance Verification of Diagnostic Method
상기 실시예에 따른 진단방법의 객관적인 성능을 검증하기 위해, 오리엔티아 쯔쯔가무시 genomic DNA의 타겟 DNA가 클로닝된 pDNA를 10배부터 1,000,000배까지 희석(10-fold serial dilution)하며 real-time PCR을 수행하였다(도 15). 해당 결과로 도출된 CT값으로 표준곡선을 그리고, 이를 분석한 결과 R2값(직진성 지표)은 0.9984로 확인되어 주형가닥(template) 희석이 잘 된 것으로 확인되었다. 기울기는 -3.2925로 나타났으며, PCR 효율이 100%일 때 CT값이 10배 희석마다 3.33씩 증가하였으므로, 'PCR 효율=10^(-1/slope)-1'의 수식을 토대로 상기 실시예에 따른 프라이머/프로브 세트의 PCR 효율은 101.24%인 것으로 산출되었다(도 16).In order to verify the objective performance of the diagnostic method according to the above example, real-time PCR was performed by diluting the pDNA cloned with the target DNA of Orientia tsutsugamushi genomic DNA from 10-fold to 1,000,000-fold (10-fold serial dilution) (FIG. 15). As a result of drawing a standard curve with the CT values derived from the result and analyzing it, the R 2 value (straightness index) was confirmed to be 0.9984, confirming that the template strand was well diluted. The slope was found to be -3.2925, and when the PCR efficiency was 100%, the CT value increased by 3.33 for every 10-fold dilution. The PCR efficiency of the primer/probe set according to was calculated to be 101.24% (FIG. 16).
실험예 3: 질병 매개체의 쯔쯔가무시 감염 유무 확인Experimental Example 3: Confirmation of the presence or absence of tsutsugamushi infection of disease vectors
전라북도 정읍시 신월동에서 채집한 털진드기로부터 DNA를 추출한 후, 이를 주형가닥으로 하여 상기 실시예에 따른 방법으로 오리엔티아 쯔쯔가무시를 검출하였다. 12종의 시료에서 11개의 오리엔티아 쯔쯔가무시가 확인되었고, 감염시료의 경우 CT값이 32~37 정도로 나타난 반면 음성시료에서는 CT값이 측정되지 않았다(도 17). 이러한 결과로 미루어볼 때, 상기 실시예의 방법을 통해 털진드기와 같은 미소 시료에서도 오리엔티아 쯔쯔가무시를 민감하게 검출할 수 있음을 알 수 있다.After DNA was extracted from hair mites collected in Shinwol-dong, Jeongeup-si, Jeollabuk-do, Orientia tsutsugamushi was detected by the method according to the above example using this as a template strand. Eleven Orientia scrubs were identified in 12 types of samples, and CT values of infected samples were approximately 32 to 37, whereas CT values were not measured in negative samples (FIG. 17). Judging from these results, it can be seen that Orientia scrubs can be sensitively detected even in microscopic samples such as hair mites through the method of the above example.
털진드기와 같은 오리엔티아 쯔쯔가무시 감염 의심 시료에서 병원균을 검출하고자 할 때, 핵산 추출을 동일한 방법으로 수행한다고 가정하더라도 기존 nested PCR 방법은 최종 결과가 나오기까지 4시간 30분 가량 소요되고, 1차 PCR 반응액 제조, 2차 PCR 반응액 제조, 최종 PCR 산물의 전기영동까지 3회의 추가 작업이 필요하며, 민감도가 낮고 정량적이지 않다는 한계가 존재한다.Even if it is assumed that nucleic acid extraction is performed in the same way when trying to detect pathogens in samples suspected of Orientia scrub infection, such as hair mites, the existing nested PCR method takes about 4 hours and 30 minutes to get the final result, and the first PCR reaction Three additional operations are required, including solution preparation, secondary PCR reaction solution preparation, and electrophoresis of the final PCR product, and there is a limitation that the sensitivity is low and is not quantitative.
반면, 상기 실시예에 따른 방법은 핵산 추출 후 1회의 real-time PCR 제조만 수행하면 과정 중 확인되는 증폭곡선과 CR값을 기반으로 양성유무를 판별할 수 있어 결과해석의 난이도가 낮고 간단하며, 소요시간도 짧아 신속하게 결과를 얻을 수 있다. 또한, nested PCR 대비 100배 가량 높은 민감도로 정량적 분석이 가능하여 기존의 방법에 비해 오리엔티아 쯔쯔가무시 감염 유무를 판별하는데 매우 유용하게 활용될 수 있다(도 18).On the other hand, in the method according to the above embodiment, if only one real-time PCR preparation is performed after nucleic acid extraction, positivity can be determined based on the amplification curve and CR value confirmed during the process, so the difficulty of interpretation of the result is low and simple, The time required is short, and results can be obtained quickly. In addition, quantitative analysis is possible with a sensitivity about 100 times higher than that of nested PCR, so it can be used very usefully to determine the presence or absence of Orientia scrub infection compared to conventional methods (FIG. 18).
실험예 4Experimental Example 4
서열번호 21의 traD 유전자를 traD 특이적 프라이머(서열번호 22 및 23), 프로브(서열번호 24) 세트를 이용해 real-time PCR 및 이후 증폭된 산물을 전기영동한 결과를 도 19에 나타내었다.FIG. 19 shows the results of real-time PCR and subsequent electrophoresis of amplified products of the traD gene of SEQ ID NO: 21 using traD-specific primers (SEQ ID NOs: 22 and 23) and probe (SEQ ID NO: 24) sets.
서열번호 21 (traD gene)SEQ ID NO: 21 (traD gene)
ATGGCAAATCTTATGCAGCAAAAAATTACTCTCCAACAAAAAAAGGCTAAGCTAATCATGGATGAGGTTAACCTTAAAATTAAAGAACGTAAAATGCGTACTCGACGTCTTATCGAAATGGGTGGATTAGTTGCTAAGGCTAAGCTTGATCACTTATCAGCAAATACTTTATTTGGTGCAATTGTTTCACTAAAAGAAACTTTAACACAACATCCAAATGTTCAGAATCATTGGACTACAATCGGTAAAGATATTTTTGATAAAGAACAGCAAAATAAAGCTGCCGTGATTTTAAAATTTTCCTCTGAACCAGACGAAAACACTAAGCTCCACATTCGCCTTCATGGCTTAAAATGGAATAGCTTTCACCAAGAATGGTGCGGCCATGTTAAGGATATTGAAGCCTTAAAGAATGGCCTTCTTAATGTTCAATATAATCTAAAATTGGTATCCTGAATGGCAAATCTTATGCAGCAAAAAATTACTCTCCAACAAAAAAAGGCTAAGCTAATCATGGATGAGGTTAACCTTAAAATTAAAGAACGTAAAATGCGTACTCGACGTCTTATCGAAATGGGTGGATTAGTTGCTAAGGCTAAGCTTGATCACTTATCAGCAAATACTTTATTTGGTGCAATTGTTTCACTAAAAGAAACTTTAACACAACATCCAAATGTTCAGAATCATTGGACTACAATCGGTAAAGATATTTTTGATAAAGAACAGCAAAATAAAGCTGCCGTGATTTTAAAATTTTCCTCTGAACCAGACGAAAACACTAAGCTCCACATTCGCCTTCATGGCTTAAAATGGAATAGCTTTCACCAAGAATGGTGCGGCCATGTTAAGGATATTGAAGCCTTAAAGAATGGCCTTCTTAATGTTCAATATAATCTAAAATTGGTATCCTGA
(F-GCTCNACATTCGCCTTCATGGCT-Q)F-GCTCIACATTCGCCTTCATGGCT-Q
(F-GCTCNACATTCGCCTTCATGGCT-Q)
상기 표 8의 서열번호 24의 'I'는 이노신(inosine)이고, 'N'은 범용 서열을 의미한다. 상기 이노신은 A/T/G/C 어느 것과도 약하게 결합할 수 있어 범용 서열(universal sequence)로 사용되는 것일 수 있다.'I' in SEQ ID NO: 24 of Table 8 is inosine, and 'N' means a universal sequence. The inosine may weakly bind to any of A/T/G/C and may be used as a universal sequence.
실험예 5Experimental Example 5
NB1 프라이머(서열번호 1 및 6) 세트, NB2 프라이머(서열번호 2 및 7) 세트, NB3 프라이머(서열번호 3 및 8) 세트, NB4 프라이머(서열번호 4 및 9) 세트를 이용하여 실험예 1 및 2를 수행하고 증폭된 산물을 전기영동한 결과를 각각 도 20 내지 도 23에 나타내었다.Using NB1 primers (SEQ ID NOs: 1 and 6) set, NB2 primers (SEQ ID NOs: 2 and 7) set, NB3 primers (SEQ ID NOs: 3 and 8) set, and NB4 primers (SEQ ID NOs: 4 and 9) set, Experimental Example 1 and 2 and the results of electrophoresis of the amplified product are shown in FIGS. 20 to 23, respectively.
이상에서 본 발명의 실시예를 중심으로 설명하였으나 이는 단지 예시일 뿐 본 발명을 한정하는 것이 아니며, 본 발명이 속하는 분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 본 발명의 실시예의 본질적인 특성을 벗어나지 않는 범위에서 이상에 예시되지 않은 여러 가지의 변형과 응용이 가능함을 알 수 있을 것이다. Although the above has been described with reference to the embodiments of the present invention, this is only an example and does not limit the present invention, and those skilled in the art to which the present invention belongs will be able to It will be appreciated that various modifications and applications not exemplified above are possible.
따라서 본 발명의 범위는 이상에서 예시된 기술 사상의 변경물, 균등물 내지는 대체물을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 본 발명의 실시예에 구체적으로 나타난 각 구성요소는 변형하여 실시할 수 있다. 그리고 이러한 변형과 응용에 관계된 차이점들은 첨부된 청구 범위에서 규정하는 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 할 것이다.Therefore, it should be understood that the scope of the present invention includes modifications, equivalents, or substitutes of the technical ideas exemplified above. For example, each component specifically shown in the embodiment of the present invention can be modified and implemented. And differences related to these modifications and applications should be construed as being included in the scope of the present invention as defined in the appended claims.
SEQUENCE LISTING <110> Invirustech <120> COMPOSITION FOR DETECTING TSUTSUGAMUSHI INCLUDING PRIMER AND PROBE AND DETECTION KIT INCLUDING THE SAME <130> GP200139KR <160> 24 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB1 <400> 1 tgaagtatat gggtttgagc attga 25 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB2 <400> 2 tgaagtatat gggtttgagc attg 24 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB3 <400> 3 gaagtatatg ggtttgagca ttga 24 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB4 <400> 4 ttgaagtata tgggtttgag cattg 25 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> P3 <400> 5 tggagtagct ccaggaattg 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB1 <400> 6 tggagctggc aataaacctt 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB2 <400> 7 atggagctgg caataaacct 20 <210> 8 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB3 <400> 8 atggagctgg caataaacct t 21 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NB4 <400> 9 aatggagctg gcaataaacc t 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> P3 <400> 10 tggagctggc aataaacctt 20 <210> 11 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> NBs <400> 11 agctggagta gctccaggaa ttgt 24 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> P3 <400> 12 aggcatgcta aattaggcct 20 <210> 13 <211> 336 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> tchA <400> 13 atgagaaatc tcatgctaca attgaggctg aaggtaatta tacaaaatca aaaattatgt 60 tgggcattat cgaggccgtt gaagtatatg ggtttgagca ttgacgaatg gggagtagtg 120 ctagctggag tagctccagg aattgtacta ctaaacagca ggcatgctaa attaggccta 180 gcctttatgg ttggaggaat tgctctatgt tattgcttta agaaaattaa gaaggtatct 240 gagaattttt tgctaaaaag ttttttagta gctaaaggtt tattgccagc tccattagga 300 tatccaaggc ttttgggcaa aaaagttggc aagtaa 336 <210> 14 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> primer <400> 14 gcaatattgc tagtgcaatg tctgc 25 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> primer <400> 15 atgcatgcat grcgctkcaa ttta 24 <210> 16 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> primer <400> 16 ataggcctat aagtatwgck gatcg 25 <210> 17 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> primer <400> 17 catctagayg cactattagg caaa 24 <210> 18 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> primer <400> 18 gaagtatatg ggtttgagca ttga 24 <210> 19 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> primer <400> 19 atggagctgg caataaacct t 21 <210> 20 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> probe <400> 20 agctggagta gctccaggaa ttgt 24 <210> 21 <211> 456 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> traD <400> 21 atggcaaatc ttatgcagca aaaaattact ctccaacaaa aaaaggctaa gctaatcatg 60 gatgaggtta accttaaaat taaagaacgt aaaatgcgta ctcgacgtct tatcgaaatg 120 ggtggattag ttgctaaggc taagcttgat cacttatcag caaatacttt atttggtgca 180 attgtttcac taaaagaaac tttaacacaa catccaaatg ttcagaatca ttggactaca 240 atcggtaaag atatttttga taaagaacag caaaataaag ctgccgtgat tttaaaattt 300 tcctctgaac cagacgaaaa cactaagctc cacattcgcc ttcatggctt aaaatggaat 360 agctttcacc aagaatggtg cggccatgtt aaggatattg aagccttaaa gaatggcctt 420 cttaatgttc aatataatct aaaattggta tcctga 456 <210> 22 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> traD <400> 22 tgcgtactcg acgtcttatc g 21 <210> 23 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> reverse <400> 23 ccattcttga cgaaarctrt tcc 23 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial <220> <223> n is inosine <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> n is a, c, g, or t <400> 24 gctcnacatt cgccttcatg gct 23 SEQUENCE LISTING <110> Invirustech <120> COMPOSITION FOR DETECTING TSUTSUGAMUSHI INCLUDING PRIMER AND PROBE AND DETECTION KIT INCLUDING THE SAME <130> GP200139KR <160> 24 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 25 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NB1 <400> 1 tgaagtatat gggtttgagc attga 25 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NB2 <400> 2 tgaagtatat gggtttgagc attg 24 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NB3 <400> 3 gaagtatatg ggtttgagca ttga 24 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> artificial <220> <223> nb4 <400> 4 ttgaagtata tgggtttgag cattg 25 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> artificial <220> <223> P3 <400> 5 tggagtagct ccaggaattg 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NB1 <400> 6 tggagctggc aataaacctt 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NB2 <400> 7 atggagctgg caataaacct 20 <210> 8 <211> 21 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NB3 <400> 8 atggagctgg caataaacct t 21 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> artificial <220> <223> nb4 <400> 9 aatggagctg gcaataaacc t 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> artificial <220> <223> P3 <400> 10 tggagctggc aataaacctt 20 <210> 11 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> NBs <400> 11 agctggagta gctccaggaa ttgt 24 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> artificial <220> <223> P3 <400> 12 aggcatgcta attaggcct 20 <210> 13 <211> 336 <212> DNA <213> artificial <220> <223> tchA <400> 13 atgagaaatc tcatgctaca attgaggctg aaggtaatta tacaaaatca aaaattatgt 60 tgggcattat cgaggccgtt gaagtatatg ggtttgagca ttgacgaatg gggagtagtg 120 ctagctggag tagctccagg aattgtacta ctaaacagca ggcatgctaa attaggccta 180 gcctttatgg ttggaggaat tgctctatgt tattgcttta agaaaattaa gaaggtatct 240 gagaattttt tgctaaaaag ttttttagta gctaaaggtt tattgccagc tccattagga 300 tatccaaggc ttttgggcaa aaaagttggc aagtaa 336 <210> 14 <211> 25 <212> DNA <213> artificial <220> <223> primer <400> 14 gcaatattgc tagtgcaatg tctgc 25 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> primer <400> 15 atgcatgcat grcgctkcaa ttta 24 <210> 16 <211> 25 <212> DNA <213> artificial <220> <223> primer <400> 16 ataggcctat aagtatwgck gatcg 25 <210> 17 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> primer <400> 17 catctagayg cactattagg caaa 24 <210> 18 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> primer <400> 18 gaagtatatg ggtttgagca ttga 24 <210> 19 <211> 21 <212> DNA <213> artificial <220> <223> primer <400> 19 atggagctgg caataaacct t 21 <210> 20 <211> 24 <212> DNA <213> artificial <220> <223> probe <400> 20 agctggagta gctccaggaa ttgt 24 <210> 21 <211> 456 <212> DNA <213> artificial <220> <223> traD <400> 21 atggcaaatc ttatgcagca aaaaattact ctccaacaaa aaaaggctaa gctaatcatg 60 gatgaggtta accttaaaat taaagaacgt aaaatgcgta ctcgacgtct tatcgaaatg 120 ggtggattag ttgctaaggc taagcttgat cacttatcag caaatacttt atttggtgca 180 attgtttcac taaaagaaac tttaacacaa catccaaatg ttcagaatca ttggactaca 240 atcggtaaag atatttttga taaagaacag caaaataaag ctgccgtgat tttaaaattt 300 tcctctgaac cagacgaaaa cactaagctc cacattcgcc ttcatggctt aaaatggaat 360 agctttcacc aagaatggtg cggccatgtt aaggatattg aagccttaaa gaatggcctt 420 cttaatgttc aatataatct aaaattggta tcctga 456 <210> 22 <211> 21 <212> DNA <213> artificial <220> <223> traD <400> 22 tgcgtactcg acgtcttatc g 21 <210> 23 <211> 23 <212> DNA <213> artificial <220> <223> reverse <400> 23 ccattcttga cgaaarctrt tcc 23 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> artificial <220> <223> n is inosine <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> n is a, c, g, or t <400> 24 gctcnacatt cgccttcatg gct 23
Claims (5)
서열번호 9의 염기서열을 갖는 제2 프라이머를 포함하는 쯔쯔가무시 검출용 프라이머 세트.A first primer having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4; and
A primer set for detecting tsutsugamushi comprising a second primer having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9.
서열번호 9의 염기서열을 갖는 제2 프라이머; 및
서열번호 11의 염기서열을 갖는 프로브를 포함하는 쯔쯔가무시 검출용 조성물.A first primer having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4;
A second primer having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9; and
A composition for detecting scrub typhus comprising a probe having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11.
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| 쯔쯔가무시병의 임상 특징과 진단. 감염과 화학요법 vol. 41 no.6, pp315-322, 김동민, 2009 |
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