KR20230017167A

KR20230017167A - 암을 치료하기 위한 방법 및 조성물

Info

Publication number: KR20230017167A
Application number: KR1020227036696A
Authority: KR
Inventors: 숀 요스트; 스티븐 해리슨; 크리스틴 타일러 브루; 마이클 데이비드 윈터; 수라브 바네르지
Original assignee: 엔진 바이오사이언시즈 피티이. 엘티디.
Priority date: 2020-04-01
Filing date: 2021-03-31
Publication date: 2023-02-03
Also published as: MX2022012181A; WO2021202780A3; US20230149415A1; EP4127722A4; WO2021202780A2; JP2023519931A; AU2021249111A1; CN115769077A; EP4127722A2; CA3173799A1

Abstract

암을 치료하기 위한 방법 및 조성물이 본원에 개시된다. 방법은 단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A)가 결핍된 암 세포에서 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1)의 발현 또는 활성의 차이를 유발하기 위한 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량의 사용을 포함할 수 있다.

Description

암을 치료하기 위한 방법 및 조성물

상호 참조

본 출원은 2020년 4월 1일에 출원된 미국 가출원 번호 63/003,736의 이익을 주장하며, 이 출원은 참조로 본원에 포함된다.

배경

발전에도 불구하고, 암(예컨대, 간암 또는 난소암)의 치료는 비교적 어렵다. 화학 요법과 같은 전신 치료는 독성이 있을 수 있으며 환자에게 부정적인 부작용을 일으킬 수 있다. 더욱이, 특정 바이오마커의 부족은 표적화된 치료의 개발 또는 사용을 복잡하게 할 수 있다.

암 세포를 치료하기 위한 하나의 접근법은 표적 유전자 및 어떤 암 세포가 이러한 표적 유전자의 활성 변화에 민감할 수 있는지를 확인하는 바이오마커를 확인하는 것을 포함한다.

본원에서 인식되는 바와 같이, 두 유전자의 억제 또는 제2 유전자의 돌연변이 또는 결실의 존재 하에 하나의 유전자의 억제가 세포 사멸을 초래할 수 있는 합성 치사 유전자 쌍(synthetic lethal gene pair)을 확인하는 것은 비암 세포의 생존력을 유지하면서 암 세포를 사멸시키는 데 치료학적으로 유용할 수 있다 .

암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 표적화된 치료 및 요법을 위한 치료제에 대한 필요성이 본원에서 인식된다. 암에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체는 암의 하나 이상의 암 세포에서 건강한 또는 비암 대조군과 비교하여 제1 유전자에 돌연변이, 이에 결실, 이의 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가), 또는 이의 활성 수준의 차이(예컨대, 감소, 증가 또는 변경)를 가질 수 있다. 암 또는 암 세포에서 제2 유전자의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발함으로써 제1 유전자의 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가) 또는 활성 수준의 차이(예컨대, 감소, 증가 또는 변경)를 갖는 암 또는 암 세포 또는 조직을 치료하여 대상체를 치료하기 위한 방법 및 조성물이 본원에 개시된다. 제1 유전자 및 제2 유전자는 합성 치사 쌍을 형성할 수 있다. 제1 유전자는 조절 단백질(예컨대, 세포 주기를 조절함)을 코딩할 수 있고, 제2 유전자는 치료학적으로 변형 가능한 단백질(예컨대, 키나제)을 코딩할 수 있다.

일 측면에서, 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하는 방법으로서, 대상체에서 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하여 암에 대해 대상체를 치료하는 단계를 포함하고, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되거나, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 방법이 본원에 개시된다.

일부 실시양태에서, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관된다.

일부 실시양태에서, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관된다. 일부 실시양태에서, 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재는 대상체로부터 수득되는 조직으로부터 유래되는 세포의 검정에 의해 확인된다. 일부 실시양태에서, 검정은 차세대 시퀀싱 기반 검정이다.

일부 실시양태에서, 하나 이상의 치료제는 소분자(예컨대, 900 달톤 미만의 분자량을 갖는 분자), 단백질, 인트라바디, 펩티드, 리보핵산(RNA) 분자, 및 엔도뉴클레아제 복합체 및 데옥시리보핵산(DNA) 구축물로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 구성원을 포함한다.

일부 실시양태에서, DNA 구축물은 엔도뉴클레아제 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도뉴클레아제 유전자는 CRISPR 연관된(Cas) 단백질을 코딩한다. 일부 실시양태에서, Cas는 Cas9이다.

일부 실시양태에서, DNA 구축물은 PKMYT1 유전자를 표적화하는 가이드 RNA를 포함한다.

일부 실시양태에서, 엔도뉴클레아제 복합체는 엔도뉴클레아제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 엔도뉴클레아제는 CRISPR 연관된(Cas) 단백질이다.

일부 실시양태에서, 소분자는 PKMYT1 억제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, PKMYT1 억제제는 5-((5-메톡시-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리미딘-4-일)아미노)-2-메틸페놀, N-(2-클로로-6-메틸페닐)-2-((6-(4-(2-히드록시에틸)피페라진-1-일)-2-메틸피리미딘-4-일)아미노)티아졸-5-카르복사미드(다사티닙), 4-((2,4-디클로로-5-메톡시페닐)아미노)-6-메톡시-7-(3-(4-메틸피페라진-1-일)프로폭시)퀴놀린-3-카르보니트릴(보수티닙), N-(5-클로로벤조[d][1,3]디옥솔-4-일)-7-(2-(4-메틸피페라진-1-일)에톡시)-5-((테트라히드로-2H-피란-4-일)옥시)퀴나졸린-4-아민(사라카티닙), (E)-N-(4-((3-클로로-4-플루오로페닐)아미노)-3-시아노-7-에톡시퀴놀린-6-일)-4-(디메틸아미노)부트-2-엔아미드(펠리티닙), N-(3-클로로페닐)-6,7-디메톡시퀴나졸린-4-아민(티르포스틴 AG 1478), 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173952), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((3-(메틸티오)페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173955), 또는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-플루오로-3-메틸페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-180970)를 포함한다.

일부 실시양태에서, 소분자는 WEE1 억제제이다. 일부 실시양태에서, WEE1 억제제는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 2-알릴-1-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-2-일)-6-((4-(4-메틸피페라진-1-일)페닐)아미노)-1,2-디히드로-3H-피라졸로[3,4-d]피리미딘-3-온(MK-1775), 9-히드록시-4-페닐피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온(PD-407824), 6-부틸-4-(2-클로로페닐)-9-히드록시피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온, 또는 6-(2-클로로-6-플루오로페닐)-2-((2,4,4-트리메틸-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-7-일)아미노)이미다조[1,2-a]피리미도[5,4-e]피리미딘-5(6H)-온을 포함한다.

일부 실시양태에서, PP2A 서브유닛은 65 kDa 조절 서브유닛 A 알파(PPP2R1A), 65 kDa 조절 서브유닛 A 베타(PPP2R1B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A), 55 kDa 조절 서브유닛 B 베타(PPP2R2B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 감마(PPP2R2C), 55 kDa 조절 서브유닛 B 델타(PPP2R2D), 72/130 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3A), 48 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3B), 조절 서브유닛 B" 서브유닛 감마(PPP2R3C), 조절 서브유닛 B'(PPP2R4), 56 kDa 조절 서브유닛 알파(PPP2R5A), 56 kDa 조절 서브유닛 베타(PPP2R5B), 56 kDa 조절 서브유닛 감마(PPP2R5C), 56 kDa 조절 서브유닛 델타(PPP2R5D), 56 kDa 조절 서브유닛 엡실론(PPP2R5E), 촉매 서브유닛 알파(PPP2CA), 및 촉매 서브유닛 베타(PPP2CB)으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, PP2A 서브유닛은 PPP2R2A이다.

일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은 PPP2R2A의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소)를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 실시양태에서, 건강한 대조군은 암(예컨대, 간암 또는 난소암)을 나타내지 않는 하나 이상의 대상체로부터의 것이다.

일부 실시양태에서, 암 조직은 유방 조직, 췌장 조직, 자궁 조직, 방광 조직, 결장직장 조직, 전립선 조직, 간 조직, 또는 난소 조직이다. 일부 실시양태에서, 암 조직은 간 조직이다. 일부 실시양태에서, 암 조직은 난소 조직이다.

또 다른 측면에서, 적어도 하나의 치료제를 포함하는 제제를 포함하는 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 조성물로서, 적어도 하나의 치료제는 대상체에게 투여한 후 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하고, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되거나, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 조성물이 본원에 개시된다.

일부 실시양태에서, 적어도 하나의 치료제는 소분자(예컨대, 900 달톤 미만의 분자량을 갖는 분자), 단백질, 인트라바디, 펩티드, 리보핵산(RNA) 분자, 및 엔도뉴클레아제 복합체 및 데옥시리보핵산(DNA) 구축물로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 구성원을 포함한다.

일부 실시양태에서, DNA 구축물은 PKMYT1 유전자에 대해 지시되는 가이드 RNA를 포함한다.

일부 실시양태에서, 소분자는 PKMYT1 억제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, PKMYT1 억제제는 5-((5-메톡시-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리미딘-4-일)아미노)-2-메틸페놀, N-(2-클로로-6-메틸페닐)-2-((6-(4-(2-히드록시에틸)피페라진-1-일)-2-메틸피리미딘-4-일)아미노)티아졸-5-카르복사미드(다사티닙), 4-((2,4-디클로로-5-메톡시페닐)아미노)-6-메톡시-7-(3-(4-메틸피페라진-1-일)프로폭시)퀴놀린-3-카르보니트릴(보수티닙), N-(5-클로로벤조[d][1,3]디옥솔-4-일)-7-(2-(4-메틸피페라진-1-일)에톡시)-5-((테트라히드로-2H-피란-4-일)옥시)퀴나졸린-4-아민(사라카티닙), (E)-N-(4-((3-클로로-4-플루오로페닐)아미노)-3-시아노-7-에톡시퀴놀린-6-일)-4-(디메틸아미노)부트-2-엔아미드(펠리티닙), N-(3-클로로페닐)-6,7-디메톡시퀴나졸린-4-아민(티르포스틴 AG 1478), 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173952), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((3-(메틸티오)페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173955), 또는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-플루오로-3-메틸페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-180970)을 포함한다.

일부 실시양태에서, 소분자는 WEE1 억제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, WEE1 억제제는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 2-알릴-1-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-2-일)-6-((4-(4-메틸피페라진-1-일)페닐)아미노)-1,2-디히드로-3H-피라졸로[3,4-d]피리미딘-3-온(MK-1775), 9-히드록시-4-페닐피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온(PD-407824), 6-부틸-4-(2-클로로페닐)-9-히드록시피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온, 또는 6-(2-클로로-6-플루오로페닐)-2-((2,4,4-트리메틸-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-7-일)아미노)이미다조[1,2-a]피리미도[5,4-e]피리미딘-5(6H)-온을 포함한다.

일부 실시양태에서, PP2A 서브유닛은 65 kDa 조절 서브유닛 A 알파(PPP2R1A), 65 kDa 조절 서브유닛 A 베타(PPP2R1B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A), 55 kDa 조절 서브유닛 B 베타(PPP2R2B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 감마(PPP2R2C), 55 kDa 조절 서브유닛 B 델타(PPP2R2D), 72/130 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3A), 48 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3B), 조절 서브유닛 B" 서브유닛 감마(PPP2R3C), 조절 서브유닛 B'(PPP2R4), 56 kDa 조절 서브유닛 알파(PPP2R5A), 56 kDa 조절 서브유닛 베타(PPP2R5B), 56 kDa 조절 서브유닛 감마(PPP2R5C), 56 kDa 조절 서브유닛 델타(PPP2R5D), 56 kDa 조절 서브유닛 엡실론(PPP2R5E), 촉매 서브유닛 알파(PPP2CA), 및 촉매 서브유닛 베타(PPP2CB)로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, PP2A 서브유닛은 PPP2R2A이다.

일부 실시양태에서, 조성물은 PPP2R2A의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하는 적어도 하나의 치료제를 포함하는 제제를 추가로 포함한다.

일부 실시양태에서, 암 조직은 유방 조직이다. 일부 실시양태에서, 암 조직은 간 조직이다. 일부 실시양태에서, 암 조직은 난소 조직이다.

일부 실시양태에서, 제제는 부형제를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 부형제는 적어도 하나의 치료제를 안정화시키거나 부형제의 부재 하에 대상체에게 투여되는 적어도 하나의 치료제와 비교하여 대상체에게 투여 후 적어도 하나의 치료제의 치료적 향상을 제공한다.

또 다른 측면에서, 암에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 키트로서,

적어도 하나의 치료제를 포함하는 제제를 포함하는 조성물; 및

대상체에게 조성물을 투여하기 위한 하나 이상의 지침서

를 포함하고, 적어도 하나의 치료제는 대상체에게 투여한 후 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)의 발현 또는 활성의 차이를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하고, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되거나, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 키트가 본원에 개시된다. 일부 실시양태에서, 발현 또는 활성 수준의 차이는 발현 또는 활성 수준의 감소이다.

일부 실시양태에서, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관된다. 일부 실시양태에서, 발현 또는 활성 수준의 차이는 발현 또는 활성 수준의 감소이다.

또 다른 측면에서, 대상체로부터 수득되는 조직으로부터 유래되는 세포를 검정하여 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재를 확인하는 단계, 및 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재를 나타내는 리포트를 출력하는 단계를 포함하는, 대상체에서 질환을 확인하는 방법이 본원에 개시된다. 일부 실시양태에서, 방법은 차세대 시퀀싱 기반 검정을 포함한다.

본 개시내용의 추가 측면 및 이점은 본 개시내용의 예시적인 실시양태만이 제시되고 설명되는 하기의 상세한 설명으로부터 당업자에게 용이하게 명백해질 것이다. 인식되는 바와 같이, 본 개시내용은 다른 및 상이한 실시양태가 가능하고, 이의 여러 세부사항은 개시내용으로부터 벗어남이 없이 다양한 명백한 측면에서 변형될 수 있다. 따라서, 도면 및 설명은 본질적으로 예시적인 것으로 간주되어야 하며 제한적인 것으로 간주되어서는 안된다.

참조에 의한 포함

본 명세서에 언급된 모든 공개문, 특허 및 특허 출원은 각각의 개별 공개문, 특허 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 구체적이고 개별적으로 표시된 것처럼 동일한 정도로 참조로 본원에 포함된다. 참고로 포함된 공개문 및 특허 또는 특허 출원이 본 명세서에 포함된 개시내용과 모순되는 한, 본 명세서는 임의의 이러한 모순되는 자료를 대체 및/또는 우선한다.

본 발명의 신규한 특징은 첨부된 청구범위에서 구체적으로 설명된다. 본 발명의 특징 및 이점에 대한 더 나은 이해는 본 발명의 원리가 활용되는 예시적인 실시양태를 설명하는 하기의 상세한 설명, 및 첨부 도면(또한 본원에서 "도")을 참조하여 얻어질 것이다.
도 1a-b는 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1, MYT1), Wee1, 및 단백질 포스파타제 2 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A)에 대한 신호전달 경로를 개략적으로 나타낸다.
도 2는 상이한 암 유형에서 PPP2R2A 비활성화 또는 결핍의 빈도의 플롯을 나타낸다.
도 3은 핵산 분자와 함께 배양된 암 세포 집단의 치료 효과를 결정하기 위한 예시적인 워크플로우를 개략적으로 나타낸다.
도 4는 특정 유전자의 돌연변이를 유도할 수 있는 단일 가이드 RNA를 사용하여 유전자가 결핍된 배양된 암 세포의 치료 효과를 결정하기 위한 또 다른 예시적인 워크플로우를 개략적으로 나타낸다.
도 5는 다양한 암 유형에서 정상 세포에 대비하여 암에서 PKMYT1의 발현 수준의 플롯을 나타낸다.
도 6은 정상 세포와 비교하여 암(종양) 세포에서 PKMYT1의 발현 수준의 산점도를 나타낸다.
도 7a-b는 비활성 PPP2R2A를 갖거나 야생형 PPP2R2A를 갖는 세포의 2개의 상이한 데이터베이스(아킬레스(Achilles), 데메테르(Demeter))에서 PKMYT1의 필수성(essentiality)의 산점도를 나타낸다.
도 8a-b는 2가지 암 유형으로부터의 세포에서 PKMYT1 및 PPP2R2A를 녹아웃시키기 위한 CRISPR 기반 접근법의 예시적인 데이터를 나타낸다.
도 9는 PKMYT1 및 PPP2R2A의 이중 녹아웃에 대한 HEP3B 콜로니 형성 데이터를 나타낸다.
도 10은 PPP2R2A 유전자 좌위의 내인성 결실을 갖는 Huh1 세포에서 PKMYT1 녹아웃 결과를 나타낸다.
도 11은 PKMYT1과의 합성 치사율을 결정하기 위한 21개의 상이한 유전자의 스크리린 결과를 나타낸다.
도 12는 PPP2R2A 녹아웃을 갖는 동종 세포주에서 소분자 억제제로의 PKMYT1 억제 결과를 나타낸다.

본 발명의 다양한 실시양태가 본원에 제시되고 설명되었지만, 이러한 실시양태는 단지 예로서 제공된다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 본 발명을 벗어나지 않으면서 당업자에게 다양한 변이, 변화 및 치환이 일어날 수 있다. 본원에 기재된 본 발명의 실시양태에 대한 다양한 대안이 사용될 수 있음을 이해할 것이다.

용어 "적어도", "보다 큰" 또는 "보다 크거나 동일한"이 일련의 2개 이상의 숫자 값에서 제1 숫자 값 앞에 올 때마다, 용어 "적어도", "보다 큰" 또는 "보다 크거나 동일한"은 그 일련의 숫자 값에 있는 각각의 숫자 값에 적용된다. 예컨대, 1, 2 또는 3보다 크거나 같다는 것은 1보다 크거나 같거나, 또는 2보다 크거나 같거나, 또는 3보다 크거나 같다는 것과 동일하다.

용어 "보다 크지 않은", "보다 작은" 또는 "보다 작거나 같은"은 일련의 2개의 숫자 값에서 제1 숫자 값 앞에 올 때마다, 용어 "보다 크지 않은", "보다 작은" 또는 "보다 작거나 같은"은 그 일련의 숫자 값에 있는 각각의 숫자 값에 적용된다. 예컨대, 3, 2 또는 1보다 작거나 같다는 것은 3보다 작거나 같거나, 또는 2보다 작거나 같거나, 또는 1보다 작거나 같다는 것과 동일하다.

본원에 사용된 용어 "대상체"는 일반적으로 포유동물(예컨대, 인간), 파충류 또는 조류(예컨대, 새)와 같은 동물, 또는 식물과 같은 다른 유기체를 지칭한다. 예컨대, 대상체는 척추동물, 포유동물, 설치류(예컨대, 마우스), 영장류, 유인원 또는 인간일 수 있다. 대상체는 건강한 개체, 질환(예컨대, 간암 또는 난소암)과 관련하여 무증상인 개체, 질환(예컨대, 간암 또는 난소암) 또는 질환에 대한 소인을 갖거나 이를 가질 것으로 의심되는 개체, 또는 질환과 관련하여 증상이 있는 개체일 수 있다. 대상체는 치료가 필요할 수 있다. 대상체는 치료 의사와 같은 의료 제공자에 의해 모니터링 또는 치료를 받고 있는 환자일 수 있다.

본원에서 사용된 용어 "게놈"은 일반적으로, 예컨대 대상체의 유전 정보의 적어도 일부 또는 전체일 수 있는 대상체로부터의 게놈 정보를 지칭한다. 게놈은 데옥시리보핵산(DNA) 분자(들)에서 코딩될 수 있고 리보핵산(RNA) 분자(들)에서 발현될 수 있다. 게놈은 (예컨대, 단백질을 코딩하는) 코딩 영역 및 비코딩 영역을 포함할 수 있다. 게놈은 유기체에 있는 모든 염색체의 서열을 포함할 수 있다. 예컨대, 인간 게놈은 일반적으로 총 46개의 염색체를 갖는다. 이들 모두의 서열은 함께 인간 게놈을 구성할 수 있다.

유전자가 본 명세서에서 지칭될 때마다, 단일 유전자가 상이한 명칭으로 지칭될 수 있음이 이해될 것이다. 예컨대, "단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1" 및 "막 연관된 티로신 및 트레오닌 특이적 cdc2-억제 키나제"는 모두 동일한 유전자, PKMYT1을 지칭한다. 또 다른 예로서, "단백질 포스파타제 2 조절 서브유닛 B 알파" 및 "세린/트레오닌-단백질 포스파타제 2A 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파 이소형"은 둘 다 동일한 유전자 PPP2R2A를 지칭한다.

암을 치료하는 방법

일 측면에서, 암(예컨대, 간암 또는 난소암)을 치료하기 위한 방법 및 조성물이 본원에 제공된다. 암에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하는 방법은 하나 이상의 유전자의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하여 암에 대해 대상체를 치료하는 단계를 포함할 수 있다. 암은 제1 유전자의 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가) 또는 활성 수준의 차이(예컨대, 감소, 증가 또는 변경)를 갖는 세포를 포함할 수 있고, 제2 유전자의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 하나 이상의 치료제의 투여 또는 이에 대한 노출은 세포의 억제 또는 사멸을 초래할 수 있다. 일부 예에서, 제1 유전자 및 제2 유전자는 합성 치사 유전자 쌍을 형성한다. 일부 경우에, 제1 유전자는 단백질 포스파타제 2 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A)이고, 제2 유전자는 키나제, 예컨대 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)를 코딩한다.

일부 예에서, 제1 유전자는 암 세포에서 결핍된(예컨대, 과소발현, 돌연변이, 과발현) 바이오마커를 코딩하고, 제2 유전자는 녹다운 또는 녹아웃되어 제2 유전자의 발현 또는 활성 수준을 감소시킬 유전자 표적을 포함한다. 일부 예에서, 제1 유전자는 암 세포에서 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가) 또는 활성 수준의 차이(예컨대, 감소, 증가 또는 변경)를 갖고, 암 또는 암 세포에서 제2 유전자의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량의 투여 또는 이에 대한 노출은 세포의 억제 또는 사멸을 유발한다. 일부 예에서, 제1 유전자는 세포 주기를 조절하는 단백질, 예컨대 PPP2R2A를 코딩하고, 제2 유전자는 키나제, 예컨대 PKMYT1을 코딩한다.

일부 예에서, 제1 유전자는 건강한 대조군과 비교하여 돌연변이 및/또는 결실을 나타낸다. 이러한 돌연변이의 존재 또는 부재는 대상체로부터 수득되는 조직 유래된 세포를 검정함으로써 확인될 수 있다. 적절한 검정은 게놈 DNA, mRNA, 또는 cDNA를 수반하는 검정을 포함할 수 있다. 예컨대, 핵산 기반 검출 방법의 경우, 게놈 DNA는 시험될 대상체의 세포(예컨대, 난소 세포)로부터 먼저 (임의의 기술 표준을 이용하여) 수득된다. 적절한 경우, cDNA가 제조되거나 mRNA가 수득될 수 있다. 일부 예에서, 핵산은 임의의 공지된 핵산 증폭 기술(예컨대, 폴리머라제 연쇄 반응)에 의해 충분한 양 및 순도로 증폭되고, 돌연변이를 검출하기 위해 추가로 분석될 수 있다. 예컨대, 게놈 DNA는 샘플로부터 단리될 수 있고, 모든 엑손 서열 및 엑손/인트론 스플라이싱에 필요한 영역을 포함하는 인트론/엑손 접합 영역은 하나 이상의 앰플리콘으로 증폭되고 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 추가로 분석될 수 있다. 일부 예에서, 검정은 FoundationOne®CDx™ 또는 Tempus xT™와 같은 차세대 시퀀싱 기반 검정이다.

제1 유전자(예컨대, PPP2R2A) 및 제2 유전자(예컨대, PKMYT1)는 합성 치사 쌍을 형성할 수 있어 제1 유전자 및 제2 유전자 모두의 억제 또는 감소된 발현 또는 활성 수준은 세포에 치명적이나(예컨대, 아폽토시스, 괴사, 증식 억제 등), 제1 유전자 단독 또는 제2 유전자 단독의 억제 또는 감소된 활성은 세포를 사멸시키기에 충분하지 않다. 일부 경우에, 제1 유전자(예컨대, PPP2R2A) 또는 제2 유전자(예컨대, PKMYT1) 단독의 억제 또는 감소된 발현 또는 활성은 세포 또는 세포 집단의 생존력 감소를 초래하지만, 유전자 둘 다의 감소된 발현 또는 활성(예컨대, PPP2R2A 및 PKMYT1의 녹다운 또는 녹아웃)은 세포 또는 세포 집단의 생존력을 크게 감소시킨다. 예컨대, PPP2R2A 및 PKMYT1의 발현 또는 활성의 감소는 상승적으로 작용할 수 있으며, 유전자 쌍의 각각의 구성원의 감소된 발현 또는 활성으로 인한 생존력 감소의 합보다 생존력 감소가 더 클 수 있다.

세포(예컨대, 암 세포)가 제1 유전자(예컨대, PPP2R2A)에 결핍이 있는 경우, 제2 유전자(또한 본원에서 "표적 유전자", 예컨대 PKMYT1)의 (예컨대, 녹다운 또는 녹아웃을 통한) 강제된 감소된 발현 또는 활성 수준은 제1 유전자가 결핍된 세포에 대해서는 치명적일 수 있지만 제1 유전자에 결핍이 없는 세포에서는 독성이 없거나 치명적이지 않다. 단일 억제제(예컨대, PKMYT1의 발현 또는 활성의 감소를 유발하는 치료제의 치료학적 유효량)를 사용하여 제1 유전자(예컨대, PPP2R2A)가 결핍된 세포를 포함하는 암 조직과 연관된 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸린 대상체를 치료하는 이러한 방법은 대상체의 정상 세포에서 독성을 감소시켜 암 치료의 독성 또는 부작용을 감소시키는 데 유익할 수 있다.

일부 경우에, 제1 유전자는 제2 유전자의 상류 효능제 또는 길항제인 단백질이거나 이를 코딩할 수 있거나, 제2 유전자는 제1 유전자의 상류 효능제 또는 길항제인 단백질이거나 이를 코딩할 수 있다. 예컨대, 제1 유전자는 PPP2R2A일 수 있고 제2 유전자는 PKMYT1일 수 있다. PPP2R2A는 정상(예컨대, 비돌연변이) 세포에서 발현될 때 단백질 신호전달 캐스케이드 또는 신호 변환 경로 내에서 다양한 단백질의 상류 조절자인 키나제인 PKMYT1의 간접적인 양성 조절자로 작용할 수 있다(참조, 도 1a-b). 예컨대, PKMYT1은 CDK1과 상호작용하거나 이를 조절하여 세포 주기 진행에 영향을 줄 수 있다. 정상 또는 비암 세포에서 PPP2R2A의 발현은 PKMYT1을 긍정적으로 조절하여 간접적으로 CDK1을 억제하고 비제어된 세포 주기 진행을 방지할 수 있다. PPP2R2A 발현은 또한 DNA 복구를 촉진하는 것으로 알려져 있다(Cancer Res.　2012 Dec 15;72(24):6414-24.). 따라서, PPP2R2A가 결핍된 세포(예컨대, 돌연변이된 PPP2R2A가 있는 세포)에서는 손상된 DNA가 복구되지 않고 PKMYT1이 억제되지 않아 하류 단백질 CDK1의 발현이 증가할 수 있다. 따라서, PPP2R2A 결핍 세포에서 PKMYT1 억제는 손상된 DNA를 갖는 세포에 대해 비제어된 세포 주기 진행을 유도하여 세포 사멸을 유도할 수 있다.

PPP2R2A 및 PKMYT1이 예로서 제시되지만, 다른 유전자 상호작용이 가능할 수 있다. 하나의 이러한 예에서, 제1 유전자는 제2 유전자를 조절하는 또 다른 유전자 (또는 코딩된 단백질)의 효능제 또는 길항제일 수 있거나, 제2 유전자는 제1 유전자를 조절하는 또 다른 유전자 또는 코딩된 단백질의 효능제 또는 길항제일 수 있다. 유사하게, 제1 유전자는 제2 유전자를 조절할 수 있는 또 다른 유전자 (또는 코딩된 단백질)를 조절하는 또 다른 유전자 (또는 코딩된 단백질)의 작용제 또는 길항제일 수 있거나, 제2 유전자는 제1 유전자를 조절할 수 있는 또 다른 유전자 (또는 코딩된 단백질)을 조절하는 또 다른 유전자 (또는 코딩된 단백질)의 효능제 또는 길항제일 수 있다. 일부 경우에, 제1 또는 제2 유전자는 각각 제2 또는 제1 유전자의 상류의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8개 또는 그 초과의 성분(예컨대, 노드(node) 또는 다른 유전자, 단백질 또는 신호 변환기)인 또 다른 유전자 또는 단백질을 조절할 수 있다.

일부 예에서, 제1 유전자 및 제2 유전자는 동일한 유전자 하류의 서브세트를 조절할 수 있다. 예컨대, 제1 유전자는 복수의 하류 유전자를 조절할 수 있으며, 이의 서브세트도 제2 유전자에 의해 조절된다. 암 세포에서 하류 유전자는 암 관련된 과정, 예컨대 HIPPO 경로, 상피에서 중간엽으로의 전이, P13K 경로, DNA 복제, 세포 이동, 세포 전이 등에 중요한 유전자를 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 제1 유전자 및 제2 유전자는 동일한 유전자의 서브세트에 의해 조절될 수 있다.

일부 경우에, 제1 유전자 또는 제2 유전자는 또한 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 대한 바이오마커일 수 있다. 예컨대, 제1 유전자는 PPP2R2A일 수 있다. 일부 경우에, 암 세포에서 PPP2R2A는 대조군 세포 또는 세포 집단과 비교할 때 암 세포에서 저발현되거나, 돌연변이되거나 달리 결핍될 수 있다. 예컨대, 도 2는 상이한 암 유형(X축)에서 PPP2R2A 비활성화 또는 결핍의 빈도(Y축)의 플롯을 나타낸다. 특정 유형의 암(예컨대, 전립선 선암종)에서 PPP2R2A의 돌연변이 빈도는 약 15%만큼 높을 수 있다. 특정 다른 암 유형(예컨대, 난소 장액성 낭선암종, 직장 선암종)에서 PPP2R2A의 돌연변이 빈도는 10%보다 클 수 있다. 다양한 암 유형에서 비활성화로 이어지는 PPP2R2A 결핍은 동일한 유전자의 다중 카피, 과메틸화, 깊은 결실 또는 PPP2R2A 유전자 돌연변이를 포함할 수 있다. PPP2R2A 돌연변이를 포함하는 암에서, PKMYT1의 발현 또는 활성의 감소를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량의 투여 또는 이에 대한 노출은 PPP2R2A-돌연변이된 세포의 합성 치사를 초래할 수 있다.

일부 경우에, 제2 유전자(예컨대, PKMYT1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 소분자(예컨대, 분자량이 900달톤 미만인 분자), 단백질, 인트라바디, 펩티드, 리보핵산(RNA) 분자, 데옥시리보핵산(DNA) 구축물, 또는 이들의 조합(예컨대, 단백질-핵산 복합체)을 포함할 수 있다. 하나의 예에서, 하나 이상의 치료제는 단백질-핵산 복합체, 예컨대, 엔도뉴클레아제 복합체 및 DNA 구축물을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 엔도뉴클레아제 복합체는 클러스터링된 규칙적으로 이격된 짧은 회문 반복부(CRISPR) 연관된(Cas) 단백질 또는 이의 변이체(예컨대, 조작된 변이체)를 포함한다. 이러한 경우에, DNA 구축물은 엔도뉴클레아제 복합체와 공동 투여될 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, DNA 구축물은 엔도뉴클레아제 유전자를 포함할 수 있다. 이러한 예에서, DNA 구축물은 Cas 단백질 또는 이의 변이체(예컨대, 조작된 변이체)를 코딩하는 유전자를 포함할 수 있다. DNA 구축물이 세포(예컨대, 암 세포)에 도입되거나 이에 전달된 후, DNA 구축물은 세포 자체의 기계(예컨대, 폴리머라제, 리보솜 등)를 사용하여 세포에 의해 전사되고 번역될 수 있다.

일부 예에서, 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 소분자 억제제(예컨대, 900 달톤 미만의 분자량을 갖는 분자)를 포함한다. 소분자는 표적 유전자 단독의 발현 수준 또는 활성 수준을 감소시키도록 구성될 수 있거나, 소분자는 결핍 또는 돌연변이된 유전자(예컨대, 암 세포에서의 PPP2R2A)와 조합하여 표적 유전자의 발현 수준 또는 활성 수준을 감소시키도록 구성될 수 있다. 일부 경우에, 소분자가 제1 유전자 및 제2 유전자 모두와 직접적으로 상호작용할 수 있다. 예컨대, 소분자는 각각 제1 유전자 및 제2 유전자 중 하나 또는 둘 다에 의해 코딩되는 단백질 또는 단백질들을 억제할 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 소분자는 유전자 중 하나 또는 둘 다가 상호작용하는 신호전달 경로에서 상류 이펙터 또는 하류 단백질을 억제할 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 PKMYT1 억제제를 포함할 수 있다. PKMYT1 억제제는, 예컨대 5-((5-메톡시-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리미딘-4-일)아미노)-2-메틸페놀, N-(2-클로로-6-메틸페닐)-2-((6-(4-(2-히드록시에틸)피페라진-1-일)-2-메틸피리미딘-4-일)아미노)티아졸-5-카르복사미드(다사티닙), 4-((2,4-디클로로-5-메톡시페닐)아미노)-6-메톡시-7-(3-(4-메틸피페라진-1-일)프로폭시)퀴놀린-3-카르보니트릴(보수티닙), N-(5-클로로벤조[d][1,3]디옥솔-4-일)-7-(2-(4-메틸피페라진-1-일)에톡시)-5-((테트라히드로-2H-피란-4-일)옥시)퀴나졸린-4-아민(사라카티닙), (E)-N-(4-((3-클로로-4-플루오로페닐)아미노)-3-시아노-7-에톡시퀴놀린-6-일)-4-(디메틸아미노)부트-2-엔아미드(펠리티닙), N-(3-클로로페닐)-6,7-디메톡시퀴나졸린-4-아민(티르포스틴 AG 1478), 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173952), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((3-(메틸티오)페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173955), 또는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-플루오로-3-메틸페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-180970)일 수 있다. 소분자 억제제는 PKMYT1(유전자)의 발현 또는 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1 유전자로부터 유래된 단백질)의 활성을 직접 또는 간접적으로 억제하거나 감소시키도록 구성될 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1 단백질 또는 신호전달 경로에서 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1의 상류 또는 하류에 있을 수 있는 또 다른 단백질, 예컨대 이로 제한됨이 없이 도 1a-b에 나타낸 것을 억제할 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 WEE1, CHK1, CDK1, CDK2, PPP2R2A, FOXM1, PLK1, EZH2 등의 발현 또는 활성 수준을 억제하거나 달리 감소시킬 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 WEE1 억제제를 포함할 수 있다. WEE1 억제제는, 예컨대 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 2-알릴-1-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-2-일)-6-((4-(4-메틸피페라진-1-일)페닐)아미노)-1,2-디히드로-3H-피라졸로[3,4-d]피리미딘-3-온(MK-1775), 9-히드록시-4-페닐피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온(PD-407824), 6-부틸-4-(2-클로로페닐)-9-히드록시피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온, 또는 6-(2-클로로-6-플루오로페닐)-2-((2,4,4-트리메틸-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-7-일)아미노)이미다조[1,2-a]피리미도[5,4-e]피리미딘-5(6H)-온일 수 있다. 소분자 억제제는 WEE1(유전자)의 발현 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1 유전자로부터 유래된 단백질)의 활성을 직접 또는 간접적으로 억제하거나 감소시키도록 구성될 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 WEE1 G2 체크포인트 키나제 단백질 또는 신호전달 경로에서 WEE1 G2 체크포인트 키나제의 상류 또는 하류에 있을 수 있는 다른 단백질, 예컨대 이로 제한됨이 없이 도 1a에 나타낸 것을 억제할 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 CDK1, CDK2 등의 발현 또는 활성 수준을 억제하거나 달리 감소시킬 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 소분자 억제제 또는 이의 유도체의 조합을 포함할 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 이중 특이성을 위해 조작되거나 변형될 수 있으며, 제1 유전자 및 제2 유전자(예컨대, PKMYT1 및 PPP2R2A)의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 소분자 억제제의 조합(예컨대, 소분자 "칵테일")을 사용하여 표적 유전자(예컨대, PKMYT1) 단독 또는 제1 유전자 및 제2 유전자 둘 다의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 경우에, 소분자 억제제는 또 다른 작용제 유형(예컨대, 단백질, RNA 분자, DNA 분자 등)과 함께 투여될 수 있다.

소분자 억제제는 임의의 유용한 농도로 투여될 수 있다. 예컨대, 소분자는 약 0.5 나노몰 (nM), 약 1 nM, 약 10 nM, 약 20 nM, 약 30 nM, 약 40 nM, 약 50 nM, 약 60 nM, 약 70 nM, 약 80 nM, 약 90 nM, 약 100 nM, 약 200 nM, 약 300 nM, 약 400 nM, 약 500 nM, 약 600 nM, 약 700 nM, 약 800 nM, 약 900 nM, 약 1 마이크로몰 (μM), 약 2 μM, 약 3 μM, 약 4 μM, 약 5 μM, 약 6 μM, 약 7 μM, 약 8 μM, 약 9 μM, 약 10 μM의 농도로 투여될 수 있다. 소분자는 적어도 약 0.5 나노몰 (nM), 적어도 약 1 nM, 적어도 약 10 nM, 적어도 약 20 nM, 적어도 약 30 nM, 적어도 약 40 nM, 적어도 약 50 nM, 적어도 약 60 nM, 적어도 약 70 nM, 적어도 약 80 nM, 적어도 약 90 nM, 적어도 약 100 nM, 적어도 약 200 nM, 적어도 약 300 nM, 적어도 약 400 nM, 적어도 약 500 nM, 적어도 약 600 nM, 적어도 약 700 nM, 적어도 약 800 nM, 적어도 약 900 nM, 적어도 약 1 마이크로몰 (μM), 적어도 약 2 μM, 적어도 약 3 μM, 적어도 약 4 μM, 적어도 약 5 μM, 적어도 약 6 μM, 적어도 약 7 μM, 적어도 약 8 μM, 적어도 약 9 μM, 적어도 약 10 μM의 농도로 투여될 수 있다. 소분자는 최대한으로 약 10 μM, 최대한으로 약 9 μM, 최대한으로 약 8 μM, 최대한으로 약 7 μM, 최대한으로 약 6 μM, 최대한으로 약 5 μM, 최대한으로 약 4 μM, 최대한으로 약 3 μM, 최대한으로 약 2 μM, 최대한으로 약 1 μM, 최대한으로 약 900 nM, 최대한으로 약 800 nM, 최대한으로 약 700 nM, 최대한으로 약 600 nM, 최대한으로 약 500 nM, 최대한으로 약 400 nM, 최대한으로 약 300 nM, 최대한으로 약 200 nM, 최대한으로 약 100 nM, 최대한으로 약 90 nM, 최대한으로 약 80 nM, 최대한으로 약 70 nM, 최대한으로 약 60 nM, 최대한으로 약 50 nM, 최대한으로 약 40 nM, 최대한으로 약 30 nM, 최대한으로 약 20 nM, 최대한으로 약 10 nM, 최대한으로 약 1 nM, 최대한으로 약 0.5 nM 등의 농도로 투여될 수 있다. 예컨대, 22 nM-1 μM의 농도 범위가 사용될 수 있다. 하나 초과의 소분자가 사용되는 경우, 농도는 사용되는 각각의 소분자에 대해 동일하거나 상이할 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 유사한 유전자(예컨대, WEE1 등)에 비해 PKMYT1에 대해 더 높은 선택성을 갖도록 구성될 수 있다. 소분자 억제제는 유사한 유전자에 비해 PKMYT1에 대해 약 1배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 100배, 200배, 300배, 400배, 500배 또는 그 초과로 더 높은 선택성을 가질 수 있다. 소분자 억제제는 유사한 유전자에 비해 PKMYT1에 대해 적어도 1배, 적어도 2배, 적어도 3배, 적어도 4배, 적어도 5배, 적어도 6배, 적어도 7배, 적어도 8배, 적어도 9배, 적어도 10배, 적어도 20배, 적어도 30배, 적어도 40배, 적어도 50배, 적어도 60배, 적어도 70배, 적어도 80배, 적어도 90배, 적어도 100배, 적어도 200배, 적어도 300배, 적어도 400배, 적어도 500배 또는 그 초과로 더 높은 선택성을 가질 수 있다.

제1 유전자(예컨대, PPP2R2A)의 결핍을 포함하는 암에서, 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 치료 효능을 위해 대상체에게 전달되기 위해 더 낮은 농도 또는 용량을 요구할 수 있다. 예컨대, PPP2R2A 및 PKMYT1은 합성 치사적일 수 있으며, PPP2R2A 결핍이 있는 암 세포를 갖는 대상체에게 PKMYT1 억제제의 투여는 치료학적으로 효과적일 수 있다. 이러한 예에서, 더 낮은 용량의 PKMYT1 억제제가 PPP2R2A 결핍이 없는 세포(예컨대, 비암 세포)에 비해 PPP2R2A 결핍 암 세포를 사멸시키는 데 충분할 수 있다. 대상체에서 더 높은 용량 또는 농도의 PKMYT1 억제는 독성을 증가시킬 수 있으므로, 선택되거나 미리 스크리닝된 암 유형(예컨대, PPP2R2A 돌연변이를 포함하는 암)에서 더 낮은 농도 또는 용량의 PKMYT1 억제제의 투여는 대상체에 대해 독성 및 부작용을 줄이는 데 유리할 수 있다.

일부 경우에, 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸린 대상체를 치료하는 방법은 PPP2R2A의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 경우에, 암에 걸린 대상체를 치료하는 방법은 CDK1의 발현 또는 활성의 감소를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 경우에, 표적 유전자의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 DNA 구축물을 포함한다. 예컨대, 표적 유전자는 PKMYT1일 수 있다. DNA 구축물은 단백질(예컨대, Cas 단백질)을 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)로 지시하는 데 사용될 수 있는 가이드 RNA(gRNA) 서열을 포함할 수 있다. DNA 구축물은 단백질(예컨대, Cas 단백질)을 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)로 지시할 수 있는 gRNA 서열을 포함할 수 있다. DNA 구축물은 RNA 서열, DNA 서열, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DNA 구축물은 (i) 엔도뉴클레아제(예컨대, Cas 단백질)를 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)에 대한 표적화된 위치 또는 유전자 좌위로 지시하는 데 사용될 수 있는 제1 gRNA 서열 및 (ii) 유전자(예컨대, PKMYT1에 대한 유전자 대체)에 상응하는 제1 서열(예컨대, DNA 서열)을 포함한다. RNA 서열 및 DNA 서열의 상이한 조합이 DNA 구축물에 사용될 수 있음이 이해될 것이다. 더욱이, 바코드 서열, 태그 또는 다른 확인 서열, 프라이머 서열, 제한 부위, 전위 부위 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 다른 기능적 서열이 DNA 서열에 포함될 수 있다.

엔도뉴클레아제 복합체는 엔도뉴클레아제, 예컨대 Cas 단백질, 또는 다른 핵산 상호작용 효소(예컨대, 리가제, 헬리카제, 리버스 트랜스크립타제, 트랜스크립타제, 폴리머라제 등)를 포함할 수 있다. Cas 단백질은 임의의 Cas 유형(예컨대, Cas I, Cas IA, Cas IB, Cas IC, Cas ID, Cas IE, Cas IF, Cas IU, Cas III, Cas IIIA, Cas IIIB, Cas IIIC, Cas IIID, Cas IV, Cas IVA, Cas IVB, Cas II, Cas IIA, Cas IIB, Cas IIC, Cas V, Cas VI)을 포함할 수 있다. 일부 예에서, Cas 단백질은 다른 단백질(예컨대, 융합 단백질)을 포함할 수 있고, 핵산 분자와 회합할 수 있는 추가의 효소(예컨대, 리가제, 트랜스크립타제, 트랜스포사제, 뉴클레아제, 엔도뉴클레아제, 리버스 트랜스크립타제, 폴리머라제, 헬리카제 등)를 포함할 수 있다. 엔도뉴클레아제 복합체는 외인적으로 전달될 수 있거나 세포 내에서 전사 및 번역을 위해 DNA 구축물에 코딩될 수 있다.

일부 경우에, 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)에서 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 단백질 또는 펩티드를 포함할 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 항체, 항체 단편, 호르몬, 리간드, 또는 면역글로불린을 포함할 수 있다. 단백질 또는 펩티드는 자연적 발생적이거나 합성적일 수 있다. 단백질은 단백질(예컨대, 재조합 단백질)의 조작된 변이체, 또는 이의 단편일 수 있다. 단백질은 다른 변형, 예컨대 글리코실화, 아실화, 프레닐화, 리포일화, 알킬화, 아미드화, 아세틸화, 메틸화, 포르밀화, 부티릴화, 카르복실화, 포스포릴화, 말로닐화, 히드록실화, 요오드화, 프로피오닐화, S-니트로실화, S-글루타티오닐화, 숙시닐화, 술페이트화, 당화, 카르바밀화, 카르보닐화, 비오티닐화, 카르바밀화, 산화, 페길화, 수모일화, 유비퀴틴화, 유비퀴틸화, 라세미화 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 번역 후 변형을 겪을 수 있다. 하나 이상의 변형이 단백질 또는 펩티드에 만들어질 수 있다.

일부 경우에, 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 핵산 분자, 예컨대, RNA 분자를 포함할 수 있다. RNA 분자는 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)의 발현 수준 또는 활성을 감소시키기에 충분한 임의의 적합한 RNA 분자 및 크기를 포함할 수 있다. RNA 분자는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 마이크로RNA(miRNA), 또는 다른 유용한 RNA 분자를 포함할 수 있다. 일부 예에서, RNA 분자는 메신저 RNA(mRNA), 전령 RNA(tRNA), 리보솜 RNA(rRNA), 작은 핵 RNA(snRNA), piwi-상호작용(piRNA), 비코딩 RNA(ncRNA), 긴 비코딩 RNA(lncRNA), 및 이들 중 임의의 것의 단편을 포함할 수 있다. RNA 분자는 단일 가닥, 이중 가닥, 또는 부분적으로 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다.

하나 이상의 치료제(예컨대, 펩티드, RNA 분자, 단백질-핵산 복합체)가 예로서 나열되고 치료제 유형의 조합이 대상체를 치료하는 데 사용될 수 있음이 이해될 것이다. 예컨대, 하나 이상의 상이한 유형의 치료제를 투여하여 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 예컨대, 단백질 또는 펩티드는 소분자(예컨대, 900달톤 미만의 분자량을 갖는 분자), RNA 분자, DNA 분자, 또는 복합체화된 분자(예컨대, 단백질-핵산 분자)와 공동 투여될 수 있다. 유사하게, RNA 분자는 소분자, DNA 분자 또는 복합체화된 분자와 함께 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 소분자는 DNA 분자 또는 복합체화된 분자와 공동 투여될 수 있다. 이들 조합 중 임의의 것은 제1 유전자(예컨대, PPP2R2A)에 돌연변이를 포함하는 세포에서 표적 유전자(PKMYT1)의 발현 또는 활성을 감소시키데 사용될 수 있다. 이들 조합은 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제의 상이한 조합의 비제한적 예이다.

예컨대, 도 3은 2개의 상이한 유전자를 표적화하는 한 쌍의 가이드 RNA와 함께 배양된 암 세포 집단의 치료 효과를 결정하기 위한 예시적인 워크플로우를 개략적으로 도시한다. 이러한 예에서, 치료는 제1 유전자(예컨대, PPP2R2A) 및 제2 유전자(예컨대, PKMYT1)의 활성 또는 발현을 감소시키기 위한 핵산 분자의 투여를 포함할 수 있다. 핵산 분자는 제1 gRNA 서열(sgRNA-A), 제2 gRNA 서열(sgRNA-B), 제1 DNA 서열(BC-B) 및 제2 DNA 서열(BC-A)을 포함할 수 있는 DNA 구축물을 포함할 수 있다. 제1 DNA 서열 또는 제2 DNA 서열, 또는 제1 및 제2 DNA 서열 모두는 바코드 서열을 포함할 수 있다. 제1 가이드 서열은 제1 유전자(예컨대, PPP2R2A)에 대해 서열 상동성을 가질 수 있고, 따라서 단백질(예컨대, 엔도뉴클레아제, 예컨대, Cas9)에 의한 돌연변이유발을 위한 제1 유전자를 표적화할 수 있고, 제2 가이드 서열은 제2 유전자(예컨대, PKMYT1)를 표적할 수 있고, 따라서 단백질(예컨대, 엔도뉴클레아제, 예컨대, Cas9)에 의한 돌연변이유발을 위한 제2 유전자를 표적화할 수 있다. 세포(예컨대, 암 세포)는 치료학적 유효량의 DNA 구축물 및 단백질(예컨대, Cas9)로 치료될 수 있다. 일부 경우에, DNA 구축물은 형질감염(예컨대, 리포솜 또는 다른 나노입자 사용) 또는 형질도입(예컨대, 바이러스 사용)을 통해 도입될 수 있다. 단백질은 나노입자 또는 다른 소포를 사용하여, 또는 단백질을 세포 배양 배지에 첨가함으로써 투여될 수 있다. 단백질(예컨대, Cas9)은 sgRNA-A 및 sgRNA-B를 사용하여 단백질을 세포 게놈의 특정 유전자좌 또는 위치(예컨대, PPP2R2A 및 PKMYT1의 유전자좌)로 지시할 수 있다. 이어서, 단백질은 내인성 유전자(예컨대, PPP2R2A 및 PKMYT1)를 절제 및/또는 대체할 수 있다. 내인성 유전자를 대체하는 경우, 단백질(예컨대, Cas9)은 내인성 유전자를 제1 DNA 서열(BC-B) 및 제2 DNA 서열(BC-A)로 대체할 수 있다. 이어서, 세포는 일정 기간(예컨대, 7일, 14일, 20일 등) 동안 배양될 수 있다. 배양된 세포 집단으로부터의 DNA는 존재하는 가이드 RNA의 가능한 쌍 각각의 존재비를 확립하기 위해 시퀀싱될 수 있다. 특정 가이드 쌍의 존재비의 실질적인 감소는 유전자 녹다운의 조합이 이러한 세포의 증식 능력에 해로운 영향을 미친다는 것을 시사할 수 있다.

일부 경우에, 표적 유전자만이 세포 또는 세포 집단에서 녹아웃될 수 있으며, 이 세포는 표적 유전자와 합성 치사적인 결핍 유전자를 포함한다. 도 4는 유전자(예컨대, PPP2R2A)가 결핍된 배양된 암 세포 집단의 치료 효과를 결정하기 위한 예시적인 워크플로우를 개략적으로 도시한다. 이러한 예에서, 치료는 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)의 활성 또는 발현을 감소시키기 위한 핵산 분자의 투여를 포함할 수 있다. 핵산 분자는 gRNA 서열(sgRNA-A) 및 DNA 서열(BC-A)을 포함할 수 있는 DNA 구축물을 포함할 수 있다. DNA 서열은 바코드 서열을 포함할 수 있고, 가이드 서열은 표적 유전자(예컨대, PKMYT1)에 대해 서열 상동성을 가질 수 있고, 따라서 단백질(예컨대, 엔도뉴클레아제, 예컨대, Cas9)에 의한 돌연변이유발을 위한 표적 유전자를 표적화할 수 있다. 돌연변이(예컨대, PPP2R2A 돌연변이)를 포함하는 세포(예컨대, 암 세포) 집단은 치료학적 유효량의 DNA 구축물 및 단백질(예컨대, Cas9)로 처리될 수 있다. 일부 경우에, DNA 구축물은 형질감염(예컨대, 리포솜 또는 다른 나노입자 사용) 또는 형질도입(예컨대, 바이러스 사용)을 통해 도입될 수 있다. 단백질은 나노입자 또는 다른 소포를 사용하여, 또는 단백질을 세포 배양 배지에 첨가함으로써 투여될 수 있다. 단백질(예컨대, Cas9)은 sgRNA-A를 사용하여 단백질을 세포 게놈의 특정 유전자좌 또는 위치(예컨대, PKMYT1의 유전자좌)로 지시할 수 있다. 이어서, 단백질은 내인성 유전자(예컨대, PKMYT1)를 절제 및/또는 대체할 수 있다. 내인성 유전자를 대체하는 경우, 단백질(예컨대, Cas9)은 내인성 유전자를 DNA 서열(BC-A)로 대체할 수 있다. 이이서, 세포는 일정 기간(예컨대, 7일, 14일, 20일 등) 동안 배양될 수 있다. 세포의 증식 또는 생존력을 측정할 수 있으며, 일부 경우에는 대조군 세포 집단(예컨대, 비돌연변이 PPP2R2A 세포)과 비교한다. 배양된 세포 집단으로부터의 DNA는 존재하는 가능한 가이드 RNA 각각의 존재비를 확립하기 위해 시퀀싱될 수 있다. 특정 가이드의 존재비의 상당한 감소는 유전자 녹다운이 이러한 세포의 증식 능력에 해로운 영향을 미친다는 것을 시사할 수 있다. 야생형 세포가 아닌 PPP2R2A 돌연변이 세포의 증식을 감소시키는 가이드 RNA는 PPP2R2A와 합성 치사율을 갖는 것으로 간주될 수 있다.

일부 경우에, 표적 유전자와 합성 치사적인 결핍 유전자는 PP2A의 서브유닛 중 하나를 코딩하는 유전자이다. 일부 경우에, PP2A 서브유닛은 65 kDa 조절 서브유닛 A 알파(PPP2R1A), 65 kDa 조절 서브유닛 A 베타(PPP2R1B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A), 55 kDa 조절 서브유닛 B 베타(PPP2R2B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 감마(PPP2R2C), 55 kDa 조절 서브유닛 B 델타(PPP2R2D), 72/130 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3A), 48 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3B), 조절 서브유닛 B" 서브유닛 감마(PPP2R3C), 조절 서브유닛 B'(PPP2R4), 56 kDa 조절 서브유닛 알파(PPP2R5A), 56 kDa 조절 서브유닛 베타(PPP2R5B), 56 kDa 조절 서브유닛 감마(PPP2R5C), 56 kDa 조절 서브유닛 델타(PPP2R5D), 56 kDa 조절 서브유닛 엡실론(PPP2R5E), 촉매 서브유닛 알파(PPP2CA), 및 촉매 서브유닛 베타(PPP2CB)으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 경우에, 서브유닛은 PPP2R2A이다.

또 다른 측면에서, (i) 적어도 하나의 치료제 및 (ii) 부형제를 포함하는 제제를 포함하는 암(예컨대, 간암 또는 난소암)을 치료하기 위한 조성물로서, 적어도 하나의 치료제는 대상체에게 투여 또는 이에 노출된 후 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1)의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하고, 부형제는 적어도 하나의 치료제를 안정화시키거나 부형제의 부재 하에 대상체에게 투여되는 적어도 하나의 치료제와 비교하여 대상체에게 투여 또는 이에 노출된 후 적어도 하나의 치료제의 치료적 향상을 제공하고, 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가) 또는 활성 수준의 차이(예컨대, 감소, 증가 또는 변경)를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 조성물이 본원에 개시된다.

일부 경우에, 암 조직은 유방 조직, 췌장 조직, 자궁 조직, 방광 조직, 결장직장 조직, 전립선 조직, 간 조직, 또는 난소 조직이다. 일부 경우에, 암 조직은 간 조직이다. 일부 경우에, 암 조직이 난소 조직이다.

일부 경우에, PKMYT1의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 적어도 하나의 치료제는 소분자(예컨대, 900 달톤 미만의 분자량을 갖는 분자), 단백질, 펩티드, 리보핵산(RNA) 분자, 데옥시리보핵산(DNA) 구축물, 또는 이들의 조합 (예컨대, 단백질-핵산 복합체)를 포함할 수 있다. 일 예에서, 적어도 하나의 치료제는 단백질-핵산 복합체, 예컨대, 엔도뉴클레아제 복합체 및 DNA 구축물을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 엔도뉴클레아제 복합체는 클러스터링된 규칙적으로 이격된 짧은 회문 반복부(CRISPR) 연관된(Cas) 단백질 또는 이의 변이체(예컨대, 조작된 변이체)를 포함한다. 이러한 경우에, DNA 구축물은 엔도뉴클레아제 복합체와 공동 투여될 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, DNA 구축물은 엔도뉴클레아제 유전자를 포함할 수 있다. 이러한 예에서, DNA 구축물은 Cas 단백질 또는 이의 변이체(예컨대, 조작된 변이체)를 코딩하는 유전자를 포함할 수 있다. DNA 구축물이 세포(예컨대, 암 세포)에 도입되거나 전달된 후, DNA 구축물은 세포 자체의 기계(예컨대, 폴리머라제, 리보솜 등)를 사용하여 세포에 의해 전사되고 번역될 수 있다.

일부 예에서, PKMYT1의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 적어도 하나의 치료제는 소분자 억제제(예컨대, 900 달톤 미만의 분자량을 갖는 분자)를 포함한다. 소분자는 표적 유전자 단독의 발현 수준 또는 활성 수준을 감소시키도록 구성될 수 있거나, 소분자는 PKMYT1 및 PPP2R2A의 발현 수준 또는 활성 수준을 감소시키도록 구성될 수 있다. 일부 경우에, 소분자는 PKMYT1, 또는 PKMYT1 및 PPP2R2A와 직접적으로 상호작용할 수 있다. 예컨대, 소분자는 각각 PKMYT1 단독, 또는 PKMYT1 및 PPP2R2A의 조합에 의해 코딩되는 단백질 또는 단백질을 억제할 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 소분자는 PKMYT1 또는 PPP2R2A가 상호작용하는 신호전달 경로에서 상류 이펙터 또는 하류 단백질을 억제할 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 PKMYT1 억제제를 포함할 수 있다. PKMYT1 억제제는, 예컨대 다사티닙, 사라카티닙, 펠리티닙, 티르포스틴 AG 1478, PD-0166285, PD-173952, PD-173955, 또는 PD-180970일 수 있다. 소분자 억제제는 PKMYT1(유전자)의 발현 또는 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1 유전자로부터 유래된 단백질)의 활성을 직접 또는 간접적으로 억제하거나 감소시키도록 구성될 수 있다. 소분자 억제제는 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1 단백질 또는 신호전달 경로에서 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1의 상류 또는 하류에 있을 수 있는 또 다른 단백질, 예컨대 이로 제한됨이 없이 도 1a-b에 나타낸 것을 억제할 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 WEE1 억제제를 포함할 수 있다. WEE1 억제제는, 예컨대 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 2-알릴-1-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-2-일)-6-((4-(4-메틸피페라진-1-일)페닐)아미노)-1,2-디히드로-3H-피라졸로[3,4-d]피리미딘-3-온(MK-1775), 9-히드록시-4-페닐피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온(PD-407824), 6-부틸-4-(2-클로로페닐)-9-히드록시피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온, 또는 6-(2-클로로-6-플루오로페닐)-2-((2,4,4-트리메틸-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-7-일)아미노)이미다조[1,2-a]피리미도[5,4-e]피리미딘-5(6H)-온일 수 있다. 소분자 억제제는 WEE1(유전자)의 발현 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1 유전자로부터 유래된 단백질)의 활성을 직접 또는 간접적으로 억제하거나 감소시키도록 구성될 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 WEE1 G2 체크포인트 키나제 단백질 또는 신호전달 경로에서 WEE1 G2 체크포인트 키나제의 상류 또는 하류에 있을 수 있는 또 다른 단백질, 예컨대 이로 제한됨이 없이 도 1a에 나타낸 것을 억제할 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 CDK1, CDK2 등의 발현 또는 활성 수준을 억제하거나 달리 감소시킬 수 있다.

일부 경우에, 소분자 억제제는 소분자 억제제 또는 이의 유도체의 조합을 포함할 수 있다. 예컨대, 소분자 억제제는 이중 특이성을 위해 조작되거나 변형될 수 있으며 PKMYT1 및 PPP2R2A 둘 다의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 소분자 억제제의 조합(예컨대, 소분자 "칵테일")을 사용하여 PKMYT1 또는 PKMYT1과 PPP2R2A의 조합의 발현을 감소시킬 수 있다. 일부 경우에, 소분자 억제제는 또 다른 치료제 유형(예컨대, 단백질, RNA 분자, DNA 분자 등)와 함께 투여될 수 있다.

소분자 억제제는 임의의 유용한 농도로 투여될 수 있다. 예컨대, 소분자는 약 0.5 나노몰 (nM), 약 1 nM, 약 10 nM, 약 20 nM, 약 30 nM, 약 40 nM, 약 50 nM, 약 60 nM, 약 70 nM, 약 80 nM, 약 90 nM, 약 100 nM, 약 200 nM, 약 300 nM, 약 400 nM, 약 500 nM, 약 600 nM, 약 700 nM, 약 800 nM, 약 900 nM, 약 1 마이크로몰 (μM), 약 2 μM, 약 3 μM, 약 4 μM, 약 5 μM, 약 6 μM, 약 7 μM, 약 8 μM, 약 9 μM, 약 10 μM의 농도로 투여될 수 있다. 소분자는 적어도 약 0.5 나노몰 (nM), 적어도 약 1 nM, 적어도 약 10 nM, 적어도 약 20 nM, 적어도 약 30 nM, 적어도 약 40 nM, 적어도 약 50 nM, 적어도 약 60 nM, 적어도 약 70 nM, 적어도 약 80 nM, 적어도 약 90 nM, 적어도 약 100 nM, 적어도 약 200 nM, 적어도 약 300 nM, 적어도 약 400 nM, 적어도 약 500 nM, 적어도 약 600 nM, 적어도 약 700 nM, 적어도 약 800 nM, 적어도 약 900 nM, 적어도 약 1 마이크로몰 (μM), 적어도 약 2 μM, 적어도 약 3 μM, 적어도 약 4 μM, 적어도 약 5 μM, 적어도 약 6 μM, 적어도 약 7 μM, 적어도 약 8 μM, 적어도 약 9 μM, 적어도 약 10 μM의 농도로 투여될 수 있다. 소분자는 최대한으로 약 10 μM, 최대한으로 약 9 μM, 최대한으로 약 8 μM, 최대한으로 약 7 μM, 최대한으로 약 6 μM, 최대한으로 약 5 μM, 최대한으로 약 4 μM, 최대한으로 약 3 μM, 최대한으로 약 2 μM, 최대한으로 약 1 μM, 최대한으로 약 900 nM, 최대한으로 약 800 nM, 최대한으로 약 700 nM, 최대한으로 약 600 nM, 최대한으로 약 500 nM, 최대한으로 약 400 nM, 최대한으로 약 300 nM, 최대한으로 약 200 nM, 최대한으로 약 100 nM, 최대한으로 약 90 nM, 최대한으로 약 80 nM, 최대한으로 약 70 nM, 최대한으로 약 60 nM, 최대한으로 약 50 nM, 최대한으로 약 40 nM, 최대한으로 약 30 nM, 최대한으로 약 20 nM, 최대한으로 약 10 nM, 최대한으로 약 1 nM, 최대한으로 약 0.5 nM 등의 농도로 투여될 수 있다. 농도 범위는, 예컨대 22 nM-1 μM로 사용될 수 있다. 하나 초과의 소분자가 사용되는 경우, 농도는 사용되는 각각의 소분자에 대해 동일하거나 상이할 수 있다. 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같이, PKMYT1을 억제하기 위한 하나 이상의 치료제의 더 낮은 농도 또는 용량은 비결핍 암 세포와 비교하여 PPP2R2A 결핍을 갖는 세포를 포함하는 암에서 치료학적으로 효과적일 수 있다.

일부 경우에, 조성물은 PPP2R2A의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하는 적어도 하나의 치료제를 추가로 포함할 수 있다. 일부 경우에, 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸린 대상체를 치료하는 방법은 CDK1의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)을 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 경우에, PKMYT1 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 하나 이상의 치료제는 DNA 구축물을 포함한다. DNA 구축물은 단백질(예컨대, Cas 단백질)을 PKMYT1에 지시하는 데 사용될 수 있는 가이드 RNA(gRNA) 서열을 포함할 수 있다. DNA 구축물은 단백질(예컨대, Cas 단백질)을 PKMYT1로 지시할 수 있는 gRNA 서열을 포함할 수 있다. DNA 구축물은 RNA 서열, DNA 서열, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DNA 구축물은 (i) 엔도뉴클레아제(예컨대, Cas 단백질)를 PKMYT1에 대한 표적 위치 또는 유전자 좌위로 지시하는 데 사용될 수 있는 제1 gRNA 서열 및 (ii) PKMYT1 유전자(예컨대, PKMYT1에 대한 유전자 대체)에 상응하는 제1 서열(예컨대, DNA 서열)을 포함한다. RNA 서열 및 DNA 서열의 상이한 조합이 DNA 구축물에 사용될 수 있음이 이해될 것이다. 더욱이, 바코드 서열, 태그 또는 다른 확인 서열, 프라이머 서열, 제한 부위, 전위 부위 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 다른 기능적 서열이 DNA 서열에 포함될 수 있다.

일부 경우에, PKMYT1의 발현의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 는 데 사용되는 적어도 하나의 치료제는 단백질 또는 펩티드를 포함할 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 항체, 항체 단편, 호르몬, 리간드, 또는 면역글로불린을 포함할 수 있다. 단백질 또는 펩티드는 자연적 발생적이거나 합성적일 수 있다. 단백질은 단백질(예컨대, 재조합 단백질)의 조작된 변이체, 또는 이의 단편일 수 있다. 단백질은 다른 변형, 예컨대 글리코실화, 아실화, 프레닐화, 리포일화, 알킬화, 아미드화, 아세틸화, 메틸화, 포르밀화, 부티릴화, 카르복실화, 포스포릴화, 말로닐화, 히드록실화, 요오드화, 프로피오닐화, S-니트로실화, S-글루타티오닐화, 숙시닐화, 술페이트화, 당화, 카르바밀화, 카르보닐화, 비오티닐화, 카르바밀화, 산화, 페길화, 수모일화, 유비퀴틴화, 유비퀴틸화, 라세미화 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 번역 후 변형을 겪을 수 있다. 하나 이상의 변형이 단백질 또는 펩티드에 만들어질 수 있다.

일부 경우에, PKMYT1의 발현 또는 활성의 차이(예컨대, 감소 또는 증가)를 유발하는 데 사용되는 적어도 하나의 치료제는 핵산 분자, 예컨대, RNA 분자를 포함할 수 있다. RNA 분자는 PKMYT1 및 임의의 예에서 PPP2R2A의 발현 수준 또는 활성을 감소시키기에 충분한 임의의 적합한 RNA 분자 및 크기를 포함할 수 있다. RNA 분자는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 마이크로RNA(miRNA), 또는 다른 유용한 RNA 분자를 포함할 수 있다. 일부 예에서, RNA 분자는 메신저 RNA(mRNA), 전령 RNA(tRNA), 리보솜 RNA(rRNA), 작은 핵 RNA(snRNA), piwi-상호작용(piRNA), 비코딩 RNA(ncRNA), 긴 비코딩 RNA(lncRNA), 및 이들 중 임의의 것의 단편을 포함할 수 있다. RNA 분자는 단일 가닥, 이중 가닥, 또는 부분적으로 단일 또는 이중 가닥일 수 있다.

치료제(예컨대, 펩티드, RNA 분자, 단백질-핵산 복합체)가 예로서 나열되고 치료제 유형의 조합이 대상체를 치료하는 데 사용될 수 있음이 이해될 것이다. 예컨대, 조성물은 PKMYT1의 발현 또는 활성을 감소시키는 데 사용될 수 있는 하나 이상의 상이한 유형의 치료제를 포함할 수 있다. 예컨대, 단백질 또는 펩티드는 소분자(예컨대, 900달톤 미만의 분자량을 갖는 분자), RNA 분자, DNA 분자, 또는 복합체화된 분자(예컨대, 단백질-핵산 분자)와 공동 투여될 수 있다. 유사하게, RNA 분자는 소분자, DNA 분자 또는 복합체화된 분자와 함께 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 소분자는 DNA 분자 또는 복합체화된 분자와 공동 투여될 수 있다. 이들 조합은 암(예컨대, 간암 또는 난소암)에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제의 상이한 조합의 비제한적 예이다.

조성물은 또한 부형제를 포함할 수 있다. 부형제는 PKMYT1의 발현 또는 활성 수준을 감소시키는 데 사용되는 치료제에 특성을 부여하기 위해 사용될 수 있는 물질을 포함할 수 있다. 예컨대, 부형제는 치료제의 안정화를 위한 물질을 포함할 수 있다. 부형제는 치료제의 고체, 액체 또는 겔 제형의 부피를 크게 하기 위한 물질을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 물질이 치료제에 치료적 향상을 부여할 수 있다(예컨대, 용해도 향상). 물질은 점도와 같은 조성물의 특성을 변화시키 데 사용될 수 있다. 물질은 생체이용률, 흡수성, 친수성, 소수성, 약동학 등과 같은 치료제의 특성을 변화시키는 데 사용될 수 있다. 부형제는 결합제, 부착 방지제, 코팅제, 붕해제, 활탁제(예컨대, 실리카겔, 활석, 탄산마그네슘), 윤활제, 보존제, 흡착제, 감미제, 비히클 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 예컨대, 부형제는 분말, 미네랄, 금속, 슈가(예컨대, 당류 또는 다당류), 슈가 알콜, 자연 발생 중합체(예컨대, 셀룰로스, 메틸셀룰로스), 합성 중합체(예컨대, 폴리에틸렌 글리콜 또는 폴리비닐피롤리돈), 알콜, 증점제, 전분, 거대분자(예컨대, 지질, 단백질, 탄수화물, 핵산 분자) 등을 포함할 수 있다.

하나 이상의 치료제의 전달 또는 투여

본 개시내용은 본원에 기재된 하나 이상의 치료제의 전달, 투여 또는 이에 대한 노출을 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 하나 이상의 치료제는 대상체(예컨대, 생체내), 또는 대상체로부터의 세포 또는 세포 집단(예컨대, 생체외 또는 생체내)으로 전달될 수 있다. 일부 경우에, 하나 이상의 치료제는 나노입자와 같은 하나 이상의 전달 소포로 대상체에게 전달될 수 있다. 나노입자는 임의의 적합한 나노입자일 수 있고 고체, 반고체, 반액체 또는 겔일 수 있다. 나노입자는 친유성 및 양친매성 입자일 수 있다. 예컨대, 나노입자는 미셀, 리포솜, 엑소솜, 또는 다른 지질 함유 소포를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 나노입자는 특정 세포 또는 세포 유형(예컨대, 암 세포)으로의 표적화된 전달을 위해 구성될 수 있다. 이러한 경우에, 나노입자는 특정 세포 또는 세포 유형(예컨대, 암 세포)에 특이적으로 결합할 수 있는 항체, 핵산 분자(예컨대, 리보핵산(RNA) 분자 또는 데옥시리보핵산(DNA) 분자), 단백질, 펩티드와 같은 임의의 수의 리간드로 장식될 수 있다.

하나 이상의 치료제는 바이러스 접근법을 이용하여 전달될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 바이러스 벡터를 사용하여 투여될 수 있다. 이러한 경우에, 하나 이상의 치료제는 세포, 세포 집단 또는 대상체로의 전달을 위해 바이러스에 캡슐화될 수 있다. 바이러스는 아데노 연관된 바이러스(AAV), 레트로바이러스, 렌티바이러스, 단순 포진 바이러스, 또는 다른 유용한 바이러스일 수 있다. 바이러스는 조작되거나 자연적으로 발생할 수 있다.

하나 이상의 치료제는 단일 또는 다양한 접근법을 이용하여 대상체(예컨대, 인간 환자) 또는 대상체의 신체(예컨대, 종양 부위)에 전달될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 경구, 정맥내, 복강내, 종양내, 피하, 국소, 경피, 경점막, 또는 또 다른 투여 접근법을 통해 전달 또는 투여될 수 있다.

하나 이상의 치료제는 대상체에게 장내로 전달될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 경구, 비강, 직장, 설하, 입술밑, 협측, 국소 또는 관장을 통해 대상체에게 투여될 수 있다. 이러한 경우에, 하나 이상의 치료제는 정제, 캡슐, 점적 또는 다른 제형으로 제형화될 수 있다. 제형은 장내로 전달되도록 구성될 수 있다.

하나 이상의 치료제는 대상체에게 비경구적으로 전달될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 대상체의 위치로 주사를 통해 투여될 수 있다. 위치는 중추신경계를 포함할 수 있고, 하나 이상의 치료제는 경막외, 뇌내, 뇌실내 등으로 전달될 수 있다. 위치는 피부를 포함할 수 있고, 하나 이상의 치료제는 피부위로(epicutaneously) 전달될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 대상체의 피부에 하나 이상의 치료제를 전달할 수 있는 경피 패치로 제형화될 수 있다. 하나 이상의 치료제는 설하 및/또는 협측, 양막외, 비강, 동맥내, 관절내, 정맥내, 심장내, 피내, 병변내, 근육내, 안내, 골내, 복강내, 척추강내, 자궁내, 질내, 정맥내, 방광내, 유리체내, 피하, 경피, 혈관주위, 경점막, 또는 또 다른 투여 경로를 통해 전달될 수 있다. 일부 경우에, 하나 이상의 치료제는 국소적으로 전달될 수 있다.

하나 이상의 치료제는 에어로졸, 환제, 정제, 캡슐(예컨대, 비대칭 막 캡슐), 패스틸, 엘릭시르, 에멀젼, 분말, 용액, 현탁액, 팅크제, 액체, 겔, 건조 분말, 증기, 액적, 연고, 패치 또는 이들의 조합으로 제형화될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 겔 또는 중합체로 제형화되고 박막을 통해 전달될 수 있다.

일부 예에서, 하나 이상의 치료제는 표적화된 전달 접근법을 이용하여(예컨대, 종양 부위로의 표적화된 전달을 위해) 또는 하나 이상의 치료제의 세포의 흡수를 증가시키기 위한 전달 접근법을 이용하여 대상체에게 전달될 수 있다. 전달 접근법은 자기 약물 전달(예컨대, 자기 나노입자 기반 약물 전달), 음향 표적화된 약물 전달 접근법, 자가 미세유화 약물 전달 시스템, 또는 다른 전달 접근법을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 하나 이상의 치료제는 표적화된 전달을 위해 또는 세포의 증가된 흡수를 위해 제형화될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 하나 이상의 치료제의 용해도, 소수성, 친수성, 흡수성, 반감기, 생체이용률, 방출 프로파일, 또는 다른 특성을 개선할 수 있는 또 다른 작용제와 함께 제형화될 수 있다. 예컨대, 하나 이상의 치료제는 하나 이상의 치료제의 방출 프로파일을 제어할 수 있는 중합체와 함께 제형화될 수 있다. 하나 이상의 치료제는 하나 이상의 치료제의 특성(예컨대, 생체이용률, 약동학 등)을 변화시키기 위해 코팅으로 또는 코팅(예컨대, 소 하악선 뮤신 코팅, 중합체 코팅 등)과 함께 제형화될 수 있다.

일부 예에서, 하나 이상의 치료제는 역대사(retrometabolic) 약물 설계를 이용하여 제형화될 수 있다. 이러한 경우에, 하나 이상의 치료제는 세포에서 대사 효과에 대해 평가될 수 있고, 유도체(예컨대, 화학적으로 합성된 대안물 또는 조작된 변이체)를 포함하는 새로운 제형은 (예컨대, 효능 증가, 바람직하지 않은 부작용 최소화, 생체이용률 변경 등을 위해) 하나 이상의 치료제의 특성을 변화시키도록 설계될 수 있다.

실시예

실시예 1- 합성 치사 쌍으로서 PKMYT1 및 PPP2R2A의 확인

암 세포에서 가치있는 바이오마커는 문헌 및 공개 데이터로부터 채굴될 수 있으며, 예컨대 다중 오믹스(multi-omics) 분석, 종양 유형(예컨대, 원발성 종양) 평가, 세포주, 표적 취급성, 바이오마커 보급 등와 같은 고려 사항을 사용하여 후보의 추가 개선을 수행할 수 있다. 이러한 스크리닝의 한 예에서, PPP2R2A 및 PKMYT1은, 예컨대 비암 세포에 비해 암 세포에서 더 높은 빈도의 PPP2R2A 및 비암 세포에 비해 암 세포에서 더 높은 발현 수준의 PKMYT1로 인해 가치있는 바이오마커로 확인될 수 있다. 조사된 암 유형은 급성 골수성 백혈병(LAML), 부신피질 암종(ACC), 방광 요로상피 암종(BLCA), 뇌 하급 신경교종(LGG), 유방 침습 암종(BRCA), 자궁경부 편평세포 암종 및 자궁경내막 선암종(CESC), 담관암종(CHOL), 만성 골수성 백혈병(LCML), 선암종(COAD), 식도 암종(ESCA), 다형성 교모세포종(GBM), 두경부 편평 세포 암종(HNSC), 신장 비염색(KICH), 신장 투명 세포 암종(KIRC), 신장 유두 세포 암종(KIRP), 간 간세포 암종(LIHC), 폐 선암종(LUAD), 폐 편평세포 암종(LUSC), 림프 신생물 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBC), 중피종(MESO), 난소 장액성 낭선암종(OV), 췌장 선암종(PAAD), 크롬 친화 세포종 및 부신경절종(PCPG), 전립선 선암종(PRAD), 직장 선암종(READ), 육종(SARC), 피부 흑색종(SKCM), 고환 생식 세포 종양(TGCT), 흉선종(THYM), 갑상선 암종(THCA), 자궁 암육종(UCS), 자궁 체부 내막 암종(UCEC) 및 포도막 흑색종(UVM)을 포함할 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

예컨대, 도 2는 상이한 암 유형(X축)에서 PPP2R2A 비활성화 또는 결핍의 빈도(Y축)의 플롯을 나타낸다. 특정 유형의 암(예컨대, 전립선 선암종)에서 PPP2R2A의 돌연변이 빈도는 약 15%만큼 높을 수 있다. 특정 다른 암 유형(예컨대, 난소 장액성 낭선암종, 직장 선암종)에서 PPP2R2A의 돌연변이 빈도는 10%보다 클 수 있다. 다양한 암 유형에서 비활성화로 이어지는 PPP2R2A의 결핍은 PPP2R2A 유전자의 과메틸화, 깊은 결실 또는 돌연변이를 포함할 수 있다.

도 5는 다양한 암 유형(X축)에서 정상(비암) 세포에 대비하여 암에서의 PKMYT1의 발현 수준(Y축, 배수 변화로 표시됨)의 플롯을 나타낸다. 특정 유형의 암(예컨대, 폐 편평 세포 암종)에서 PKMYT1의 발현 수준은 비암 세포에 비해 상승된다. 도 6은 정상 세포(n=50)와 비교하여 암(종양) 세포(n=371)에서 PKMYT1의 발현 수준(Y축, ln(발현)으로 표시됨)의 산점도를 나타낸다. 플롯으로부터 알 수 있듯이 암 세포에서 PKMYT1 발현은 정상 세포보다 상당히 높을 수 있다. 종합하면, 도 5-6은 PKMYT1이 다양한 암 유형에서 더 높게 발현될 수 있음을 나타낸다.

가능한 합성 치사 쌍으로서 PPP2R2A 및 PKMYT1의 추가 스크리닝이 수행될 수 있다. 예컨대, 비활성 또는 결핍 PPP2R2A를 갖는 세포 집단에 걸친 PKMYT1의 발현 수준은 PPP2R2A의 정상 또는 야생형 유전자형 또는 표현형을 갖는 세포 집단에 걸친 PKMYT1의 발현 수준과 비교될 수 있다. 도 7a는 비활성 또는 결핍 PPP2R2A(예컨대, 돌연변이된 PPP2R2A)(n=7개 세포)를 갖거나 야생형 PPP2R2A(n=15개 세포)를 갖는 2개의 세포 집단에서 PKMYT1의 아킬레스 필수성 점수(Y축)의 산점도를 나타낸다. 도 7b는 비활성 또는 결핍 PPP2R2A(예컨대, 돌연변이된 PPP2R2A)(n=6개 세포)를 갖거나 야생형 PPP2R2A(n=12개 세포)를 갖는 2개의 세포 집단에서 PKMYT1의 데메테르 필수성 점수(Y축)의 산점도를 나타낸다. PPP2R2A 결핍을 갖는 세포 집단에서 PKMYT1은 야생형 PPP2R2A를 갖는 세포 집단보다 더 필수적이고, 즉 PKMYT1 녹다운은 야생형 세포에서보다 PPP2R2A 결핍 세포에서 더 치명적이다. 이러한 데이터는 PPP2R2A 및 PKMYT1이 합성 치사 쌍의 잠재적 후보일 수 있고 두 유전자의 녹다운이 세포 사멸을 초래할 수 있거나 PPP2R2A 결핍 세포에서 PKMYT1의 녹다운이 세포 사멸을 초래할 수 있음을 시사할 수 있다.

실시예 2 - 합성 치사 쌍으로의 PKMYT1 및 PPP2R2A

PKMYT1-PPP2R2A 합성 치사율을 실험적으로 시험할 수 있다. 한 가지 특정 접근법에서, PKMYT1 및 PPP2R2A 유전자는 조합 유전학 CRISPR 접근법(예컨대, CombiGEM(combinatorial genetics en masse))을 이용하여 세포 게놈에서 녹다운되거나 녹아웃될 수 있다. 이러한 예에서, DNA 구축물이 생성될 수 있다. DNA 구축물은 엔도뉴클레아제(예컨대, Cas 단백질)를 PKMYT1 유전자에 지시하기 위한 PKMYT1 gRNA 뿐만 아니라 엔도뉴클레아제(예컨대, Cas 단백질)를 PPP2R2A 유전자로 지시하기 위한 PPP2R2A gRNA를 포함할 수 있다. PKMYT1 gRNA 및 PPP2R2A gRNA는 각각 내인성 PKMYT1 유전자 및 PPP2R2A 유전자 상의 서열에 상동성 또는 상보성인 서열을 포함할 수 있다. 일부 예에서, DNA 구축물은 또한 게놈에서 PKMYT1 및 PPP2R2A를 대체하기 위한 대체 유전자(예컨대, 기능장애 서열, 무작위 DNA 서열)를 포함할 수 있다.

대조군 DNA 구축물도 생성될 수 있다. 예컨대, 유전자 쌍이 합성 치명적인지의 여부를 결정하기 위해, PKMYT1 및 PPP2R2A를 개별적으로 파괴하는 효과 뿐만 아니라 유전자 쌍의 조합을 모니터링하는 것이 중요할 수 있다. 더욱이, 하나 또는 두 유전자 모두에 대한 "비절단" 대조군으로서 비효과적인 gRNA, 예컨대 비특이적 gRNA를 포함하는 DNA 구축물이 구축될 수 있는 음성 대조군의 효과를 모니터링하는 것이 중요할 수 있다. 음성 대조군 구축물의 또 다른 예는 비히클 대조군을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 양성 대조군도 사용될 수 있다. 양성 대조군은, 예컨대 폴리머라제(예컨대, RNA 폴리머라제, 예컨대, POLR2D)에 대한 gRNA를 포함하는 DNA 구축물을 포함할 수 있으며, 이는 세포 생존력 또는 증식에 필수적인 유전자의 녹아웃 (및 이렇게 하는 전달 메커니즘)이 치사를 초래한다는 것을 입증할 수 있다. 양성 대조군의 또 다른 예에서, 합성 치사 쌍(예컨대, 메틸티오아데노신 포스포릴라제(MTAP) 및 단백질 아르기닌 메틸트랜스퍼라제 5(PRMT5))인 것으로 알려진 2개의 유전자의 녹아웃은, 예컨대 공지된 합성 치사 유전자 각각에 대해 지시된 gRNA를 포함하는 DNA 구축물을 사용하여 수행될 수 있다.

이어서, DNA 구축물은 1차 공급원(예컨대, 종양 또는 암으로부터 단리됨) 또는 세포주로부터의 세포를 포함할 수 있는 암(예컨대, 간암 또는 난소암) 세포에 도입될 수 있다. 엔도뉴클레아제, 예컨대 Cas9도 암 세포에 도입될 수 있다. 이어서, Cas9는 처리된 세포에서 PKMYT1 및 PPP2R2A 유전자를 대체, 편집 또는 결실할 수 있고, 일부 경우에서는 게놈의 PKMYT1 및 PPP2R2A 유전자를 DNA 구축물의 대체 유전자로 대체할 수 있다. 이어서, 세포의 증식 또는 생존력을 시간 경과에 따라 모니터링하여 치료의 유효성을 결정할 수 있다. 세포의 생존력은 정규화되거나 처리되지 않은 세포의 음성 대조군 또는 대조군 집단과 비교될 수 있다.

대사적으로 활성인 세포에 의한 기질(무색)로부터의 레소루핀(청색) 생성에 기초한 민감한 형광 프레스토블루(PrestoBlue) 검정을 개발하여 생존 가능한 세포를 정량화하였다. 간단히 말해서, 시험 플레이트는 96 웰 플레이트에 웰당 18,000개의 세포를 시딩하여 시작되었다. 세포는 90% 초과의 형질도입을 달성하기 위해 얻은 바이러스 역가에 따라 웰당 2-10 μL의 바이러스 부피로 형질도입되었다. 형질도입 후 32시간 후, 배지를 항생제(푸로마이신) 함유 배지로 교체하고, 나머지 검정 동안 항생제를 유지하였다. 제3일에 플레이트를 분할하고 14일 내에 합류에 도달하도록 이전에 확인된 양으로 재시딩하였다.

시험된 각각의 유전자 쌍에 대해 총 8개의 구축물이 제조되었다: 유전자 A에 대해 각각 2개의 sgRNA(NTC(sg1, sg2)와 쌍을 이룸), 유전자 B에 대해 각각 2개의 sgRNA(NTC(sg1, sg2)와 쌍을 이룸), 4개의 sgRNA 조합(1.1, 1.2, 2.1, 2.2).

도 8a-b는 PKMYT1 및 PPP2R2A를 녹아웃시키기 위한 CRISPR 기반 접근법의 예시적인 데이터를 나타낸다. 도 8a는 도입된 DNA 구축물의 함수로서 세포 생존력의 막대 플롯을 도시한다. DNA 구축물은 녹아웃에 사용될 수 있으며 하기를 포함할 수 있다: (i) 이중 음성 대조군(NTC) 서열, (ii) 필수 유전자의 녹아웃에 대한 양성 대조군으로서 폴리머라제(POL2) 서열, (iii) 녹아웃에 대한 MTAP 서열, (iv) 녹아웃에 대한 PRMT5 서열, (v) 녹아웃에 대한 MTAP 및 PRMT5 서열(양성 합성 치사 대조군으로 작용할 수 있음), (vi) 녹아웃에 대한 PPP2R2A 서열, (vii) 녹아웃에 대한 PKMYT1 서열, 및 (viii) 이중 녹아웃에 대한 PPP2R2A 및 PKMYT1 서열. 양성 대조군 서열은 내인성 POLR2D 유전자를 대체하기 위한 기능장애 RNA 폴리머라제 유전자(예컨대, POLR2D 유전자)를 포함하는 DNA 구축물일 수 있거나, DNA 구축물은 폴리머라제 유전자를 녹다운 또는 녹아웃시키도록 구성될 수 있다. 양성 대조군 서열은, 예컨대 DNA 구축물이 예상대로 기능하는지, 예컨대 DNA 복제 및 이에 따른 세포 증식에 필수적인 유전자의 녹아웃이 세포 생존력을 감소시키는지를 결정하기 위해 사용될 수 있다.

처리된 세포의 생존력은 음성 대조군(예컨대, 비처리된 세포, 또는 스크램블된 gRNA를 포함하거나 PKMYT1 및 PPP2R2A의 정상 카피를 포함하는 DNA 구축물로 처리된 세포)에 대해 정규화될 수 있다. 도 8a에 도시된 바와 같이, 세포의 음성 대조군(NTC)은 시험군 중 생존력이 가장 높다. 세포를 DNA 구축물로 처리하여 폴리머라제를 녹아웃킨 양성 대조군(POL2)은 예상한 대로 정규화된 생존력이 극적으로 감소된다. 세포를 DNA 구축물로 처리하여 MTAP 및 PRMT5를 녹아웃시킨 양성 대조군(MTAP-PRMT5)도 음성 대조군에 비해 생존력이 감소된다. 단일 유전자 녹아웃(PPP2R2A 또는 PKMYT1)으로 처리된 세포도 음성 대조군에 비해 감소된 생존력을 나타낸다. PPP2R2A 및 PKMYT1의 녹아웃은 PPP2R2A의 단일 녹아웃(p < 0.0001) 및 음성 대조군보다 훨씬 낮은 생존력을 나타낸다. 오차 막대는 표준 편차를 나타낸다(n=3).

도 8b는 도입된 DNA 구축물의 함수로서 세포 생존력의 막대 플롯의 또 다른 예를 도시한다. 생존력은 음성 대조군과 비교하여 생존 가능한 세포의 백분율로 측정될 수 있다. DNA 구축물은 녹아웃에 사용될 수 있으며 하기를 포함할 수 있다: (i) 이중 음성 대조군(NTC) 서열, (ii) 필수 유전자의 녹아웃에 대한 양성 대조군으로서 폴리머라제(POL2) 서열, (iii) 녹아웃에 대한 MTAP 서열, (iv) 녹아웃에 대한 PRMT5 서열, (v) 양성 합성 치사 대조군으로 작용할 수 있는 녹아웃에 대한 MTAP 및 PRMT5 서열, (vi) 녹아웃에 대한 PPP2R2A 서열, (vii) 녹아웃에 대한 PKMYT1 서열 및 (viii) 이중 녹아웃에 대한 PPP2R2A 및 PKMYT1 서열.

처리된 세포의 생존력은 음성 대조군(예컨대, 비처리된 세포, 또는 스크램블된 gRNA를 포함하거나 PKMYT1 및 PPP2R2A의 정상 카피를 포함하는 DNA 구축물로 처리된 세포)에 대해 정규화될 수 있다. 도 8a와 유사하게, 도 8b에서 음성 대조군 세포(NTC)는 시험군 중 생존력이 가장 높다. 세포를 DNA 구축물로 처리하여 폴리머라제를 녹아웃킨 양성 대조군(POLR2D)은 예상한 대로 정규화된 생존력이 극적으로 감소된다. 세포를 DNA 구축물로 처리하여 MTAP 및 PRMT5를 녹아웃시킨 양성 대조군(MTAP-PRMT5)도 음성 대조군 뿐만 아니라 MTAP 또는 PRMT5 단독의 단일 유전자 녹아웃에 비해 생존력이 감소된다. 단일 유전자 녹아웃(PPP2R2A 또는 PKMYT1)으로 처리된 세포도 음성 대조군에 비해 감소된 생존력을 나타낸다. PPP2R2A 및 PKMYT1의 녹아웃은 PPP2R2A의 단일 녹아웃 또는 PKMYT1의 단일 녹아웃보다 생존력이 현저히 낮다. 오차 막대는 표준 편차를 나타낸다(n=2).

도 9는 콜로니 형성 검정(예컨대, 클론형성(clonogeneic) 검정)에 도입된 DNA 구축물의 함수로서 세포 생존력의 막대 플롯의 또 다른 예를 도시한다. 생존력은 음성 대조군과 비교하여 생존 가능한 세포의 백분율로 측정될 수 있다. DNA 구축물은 녹아웃에 사용될 수 있으며 하기를 포함할 수 있다: (i) 음성 대조군(NTC) 서열, (ii) 녹아웃에 대한 제1 sgRNA PPP2R2A 서열, (iii) 녹아웃에 대한 제2 sgRNA PPP2R2A 서열, (iv) 녹아웃에 대한 제1 sgRNA PKMYT1 서열, (v) 녹아웃에 대한 제2 sgRNA PKMYT1 서열, (vi) 이중 녹아웃에 대한 제1 sgRNA PPP2R2A 서열 및 제1 sgRNA PKMYT1 서열, (vii) 이중 녹아웃에 대한 제1 sgRNA PPP2R2A 서열 및 제2 sgRNA PKMYT1 서열, (viii) 이중 녹아웃에 대한 제2 sgRNA PPP2R2A 서열 및 제1 sgRNA PKMYT1 서열, 및 (ix) 이중 녹아웃에 대한 제2 sgRNA PPP2R2A 서열 및 제2 sgRNA PKMYT1 서열.

처리된 세포의 생존력은 음성 대조군(예컨대, 비처리된 세포, 또는 스크램블된 gRNA를 포함하거나 PKMYT1 및 PPP2R2A의 정상 카피를 포함하는 DNA 구축물로 처리된 세포)에 대해 정규화될 수 있다. 도 8a-b와 유사하게, 도 9에서 음성 대조군 세포(NTC)는 시험군 중 생존력이 가장 높다. 단일 유전자 녹아웃(PPP2R2A 또는 PKMYT1)으로 처리된 세포는 음성 대조군에 비해 감소된 생존력을 나타낸다. PPP2R2A 및 PKMYT1의 녹아웃은 PPP2R2A의 단일 녹아웃 또는 PKMYT1의 단일 녹아웃보다 생존력이 현저히 낮다.

Huh1은 PPP2R2A의 동형접합 결실을 갖는다. PKMYT1 결실은 PPP2R2A CRISPR KO와 상관없이 치명적일 것으로 예측된다. 예측된 바와 같이, PKMYT1 녹아웃 단독은 PPP2R2A 유전자 좌위의 내인성 결실을 갖는 Huh1 세포에서 강력한 세포 사멸을 나타낸다(도 10). PPP2R2A-PKMYT1의 합성 치사 상호작용의 강도는 표 1에서 결장직장암 세포주 HCT116을 포함한 4개의 상이한 세포주에 대해 요약되어 있다.

*합성 치사(Synthetic Lethal: SL)는 유전자 조합의 단편 생존률(fractional viability: FV)이 < 0.2(20%)이다. 합성 시크(Synthetic Sick: SS)는 유전자 조합의 단편 생존률이 0.2 내지 0.5(20% - 50%)이다. 효과 없음(NE)은 유전자 조합의 단편 생존률이 0.5 내지 1.0(50% - 100%)이다.

**EOB = (FVgeneA x FVgeneB) - (FVgeneAB).

표 2에 나타낸 바와 같이 Huh1에서 PPP2R2A의 낮은 잔류 발현이 있다. Huh1에서 PKMYT1 및 PPP2R2A 둘 다의 CRISPR 녹아웃은 이 세포주에서 PPP2R2A의 잔류 발현을 제거하고 세포 생존력의 추가 감소를 유발한다.

*PPP2R2A의 발현 수준은 명시된 바와 같이 상이한 처리 조건 하의 세포주에서 PPP2R2A 단백질에 대해 지시된 항체를 사용하여 결정되었다.

표 3에 나타낸 바와 같이 Huh1에서 PKMYT1의 높은 발현이 있다. Huh1에서 PKMYT1 및 PPP2R2A 둘 다의 CRISPR 녹아웃은 이 세포주에서 PKMYT1의 발현을 제거하고 세포 생존력의 추가 감소를 유발한다.

*PMKYT1의 발현 수준은 명시된 바와 같이 상이한 처리 조건 하의 세포주에서 PKMYT1 단백질에 대해 지시된 항체를 사용하여 결정되었다.

DNA 복구에 관여하는 유전자의 선택은 PKMYT1과 PPP2R2A의 합성 치사율을 설명하는 잠재적 경로로서 시스템 생물학 분석에 의해 확인되었다. PKMYT1과의 상호작용을 결정하기 위해 상동성 지시된 복구 메커니즘(HDR)에 의해 DNA 복구에 관여하는 것으로 알려진 22개의 상이한 유전자의 선별을 스크리닝하였다. 이 스크린의 결과는 표 4 및 도 11에 요약되어 있다. 11. 이 스크린은 PPP2R2A만이 PKMYT1과 높은 상승작용(익세스 오버 블리스(excess over Bliss "EOB") 및 강력한 세포 사멸(단편 생존률, FV)을 갖는다는 것을 나타내었다. PPP2R2A와 PKMYT1 사이의 독특하고 강력한 상호작용은 문헌에 보고되지 않았으며 예상치 못한 관찰이었다.

PKMYT1과의 상호작용을 결정하기 위해 Hep3B 세포에서 상동성 지시된 복구 메커니즘(HDR)에 의한 DNA 복구에 관여하는 것으로 알려진 22개의 상이한 유전자의 선별을 스크리닝하였다. 이들 스크린은 PPP2R2A만이 높은 상승작용(EOB) 및 단편 생존율(FV)로서 강력한 세포 사멸을 갖는다는 것을 나타내었다.

소분자 억제제에 의한 PKMYT1의 억제는 PKMYT1의 CRISPR 매개된 녹아웃의 발견을 모사할 수 있다. PPP2R2A 발현은 CRISPR 녹아웃을 사용하여 감소되고 소분자 약물은 이후에 세포에 적용된다(표 5, 도 12). 대조군 세포는 또한 PPP2R2A가 녹아웃되지 않은 경우에 사용된다. PPP2R2A가 세포주에서 녹아웃되면 PKMYT1 억제제가 증가된 효능을 나타내는 것으로 관찰된다.

PPP2R2A 및 대조군 세포주에서 시험된 3개의 화합물의 시험관내 효능은 PKMYT1 및 Wee1에 대한 선택적 결합 검정에 의해 평가되었다.

종합하면, 이러한 결과는 PPP2R2A 및 PKMYT1이 합성 치사 쌍일 수 있음을 지지한다. 이러한 경우에, PPP2R2A 결핍 세포를 PKMYT1의 감소된 활성 수준 또는 발현을 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량으로 치료하는 것이 실행 가능한 치료 옵션일 수 있다.

본 발명의 바람직한 실시양태가 본원에 제시되고 설명되었지만, 이러한 실시양태는 단지 예로서 제공된다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 본 발명이 본 명세서 내에 제공된 특정 예에 의해 제한되는 것으로 의도되지 않는다. 본 발명이 전술된 명세서를 참조하여 설명되었지만, 본원의 실시양태의 설명 및 예시는 제한적인 의미로 해석되어서는 안된다. 많은 변이, 변화 및 대체가 이제 본 발명을 벗어나지 않고 당업자에게 발생할 것이다. 또한, 본 발명의 모든 측면은 다양한 조건 및 변수에 의존하는 본원에 기재된 특정 묘사, 구성 또는 상대적 비율로 제한되지 않는다는 것을 이해해야 한다. 본원에 기재된 본 발명의 실시양태에 대한 다양한 대안이 본 발명을 실시하는 데 이용될 수 있음을 이해할 것이다. 따라서, 본 발명은 임의의 이러한 대안, 변형, 변이 또는 균등물도 포함하는 것으로 고려된다. 하기 청구범위는 본 발명의 범위를 정의하고 이러한 청구범위 및 이의 균등물의 범위 내의 방법 및 구조는 이에 의해 포함되는 것으로 의도된다.

Claims

암에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에서 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)의 발현 또는 활성의 차이를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 상기 대상체에게 투여하여 상기 암에 대해 상기 대상체를 치료하는 단계를 포함하고, 상기 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되거나, 상기 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 방법.
제1항에 있어서, 상기 암이 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 방법.
제2항에 있어서, 상기 발현 또는 활성 수준의 차이가 발현 또는 활성 수준의 감소인 방법.
제1항에 있어서, 상기 암이 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 방법.
제4항에 있어서, 상기 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재가 상기 대상체로부터 수득되는 조직으로부터 유래되는 세포의 검정에 의해 확인되는 것인 방법.
제5항에 있어서, 상기 검정이 차세대 시퀀싱 기반 검정인 방법.
제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 치료제가 소분자, 단백질, 인트라바디, 펩티드, 리보핵산(RNA) 분자, 및 엔도뉴클레아제 복합체 및 데옥시리보핵산(DNA) 구축물로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 구성원을 포함하는 것인 방법.
제7항에 있어서, 상기 DNA 구축물이 엔도뉴클레아제 유전자를 포함하는 것인 방법.
제8항에 있어서, 상기 엔도뉴클레아제 유전자가 CRISPR 연관된(Cas) 단백질을 코딩하는 것인 방법.
제9항에 있어서, 상기 Cas가 Cas9인 방법.
제7항에 있어서, 상기 DNA 구축물이 PKMYT1 유전자를 표적화하는 가이드 RNA를 포함하는 것인 방법.
제7항에 있어서, 엔도뉴클레아제 복합체가 엔도뉴클레아제를 포함하는 것인 방법.
제12항에 있어서, 상기 엔도뉴클레아제가 CRISPR 연관된(Cas) 단백질인 방법.
제7항에 있어서, 상기 소분자가 PKMYT1 억제제를 포함하는 것인 방법.
제14항에 있어서, 상기 PKMYT1 억제제가 5-((5-메톡시-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리미딘-4-일)아미노)-2-메틸페놀, N-(2-클로로-6-메틸페닐)-2-((6-(4-(2-히드록시에틸)피페라진-1-일)-2-메틸피리미딘-4-일)아미노)티아졸-5-카르복사미드(다사티닙), 4-((2,4-디클로로-5-메톡시페닐)아미노)-6-메톡시-7-(3-(4-메틸피페라진-1-일)프로폭시)퀴놀린-3-카르보니트릴(보수티닙), N-(5-클로로벤조[d][1,3]디옥솔-4-일)-7-(2-(4-메틸피페라진-1-일)에톡시)-5-((테트라히드로-2H-피란-4-일)옥시)퀴나졸린-4-아민(사라카티닙), (E)-N-(4-((3-클로로-4-플루오로페닐)아미노)-3-시아노-7-에톡시퀴놀린-6-일)-4-(디메틸아미노)부트-2-엔아미드(펠리티닙), N-(3-클로로페닐)-6,7-디메톡시퀴나졸린-4-아민(티르포스틴 AG 1478), 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173952), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((3-(메틸티오)페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173955), 또는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-플루오로-3-메틸페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-180970)을 포함하는 것인 방법.
제7항에 있어서, 상기 소분자가 WEE1 억제제를 포함하는 것인 방법.
제16항에 있어서, 상기 WEE1 억제제가 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 2-알릴-1-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-2-일)-6-((4-(4-메틸피페라진-1-일)페닐)아미노)-1,2-디히드로-3H-피라졸로[3,4-d]피리미딘-3-온(MK-1775), 9-히드록시-4-페닐피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온(PD-407824), 6-부틸-4-(2-클로로페닐)-9-히드록시피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온, 또는 6-(2-클로로-6-플루오로페닐)-2-((2,4,4-트리메틸-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-7-일)아미노)이미다조[1,2-a]피리미도[5,4-e]피리미딘-5(6H)-온을 포함하는 것인 방법.
제1항에 있어서, 상기 PP2A 서브유닛이 65 kDa 조절 서브유닛 A 알파(PPP2R1A), 65 kDa 조절 서브유닛 A 베타(PPP2R1B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A), 55 kDa 조절 서브유닛 B 베타(PPP2R2B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 감마(PPP2R2C), 55 kDa 조절 서브유닛 B 델타(PPP2R2D), 72/130 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3A), 48 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3B), 조절 서브유닛 B" 서브유닛 감마(PPP2R3C), 조절 서브유닛 B'(PPP2R4), 56 kDa 조절 서브유닛 알파(PPP2R5A), 56 kDa 조절 서브유닛 베타(PPP2R5B), 56 kDa 조절 서브유닛 감마(PPP2R5C), 56 kDa 조절 서브유닛 델타(PPP2R5D), 56 kDa 조절 서브유닛 엡실론(PPP2R5E), 촉매 서브유닛 알파(PPP2CA), 및 촉매 서브유닛 베타(PPP2CB)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
제18항에 있어서, 상기 PP2A 서브유닛이 PPP2R2A인 방법.
제1항에 있어서, PPP2R2A의 발현 또는 활성의 감소를 유발하는 하나 이상의 치료제의 치료학적 유효량을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제1항에 있어서, 상기 건강한 대조군이 상기 암을 나타내지 않는 하나 이상의 대상체로부터의 것인 방법.
제1항에 있어서, 상기 암 조직이 유방 조직, 췌장 조직, 자궁 조직, 방광 조직, 결장직장 조직, 전립선 조직, 간 조직, 또는 난소 조직인 방법.
제22항에 있어서, 상기 암 조직이 간 조직인 방법.
제22항에 있어서, 상기 암 조직이 난소 조직인 방법.
적어도 하나의 치료제를 포함하는 제제를 포함하는, 암에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 조성물로서, 상기 적어도 하나의 치료제는 상기 대상체에게 투여한 후 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)의 발현 또는 활성의 차이를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하고, 상기 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되거나, 상기 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 암이 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 조성물.
제26항에 있어서, 상기 발현 또는 활성 수준의 차이가 발현 또는 활성 수준의 감소인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 암이 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 조성물.
제28항에 있어서, 상기 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재가 상기 대상체로부터 수득되는 조직으로부터 유래되는 세포의 검정에 의해 확인되는 것인 조성물.
제29항에 있어서, 상기 검정이 차세대 시퀀싱 기반 검정인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 적어도 하나의 치료제가 소분자, 단백질, 인트라바디, 펩티드, 리보핵산(RNA) 분자, 및 엔도뉴클레아제 복합체 및 데옥시리보핵산(DNA) 구축물로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 구성원을 포함하는 것인 조성물.
제31항에 있어서, 상기 DNA 구축물이 엔도뉴클레아제 유전자를 포함하는 것인 조성물.
제32항에 있어서, 상기 엔도뉴클레아제 유전자가 CRISPR 연관된(Cas) 단백질을 코딩하는 것인 조성물.
제33항에 있어서, 상기 Cas가 Cas9인 조성물.
제31항에 있어서, 상기 DNA 구축물이 PKMYT1 유전자에 대해 지시되는 가이드 RNA를 포함하는 것인 조성물.
제31항에 있어서, 상기 엔도뉴클레아제 복합체가 엔도뉴클레아제를 포함하는 것인 조성물.
제36항에 있어서, 상기 엔도뉴클레아제가 CRISPR 연관된(Cas) 단백질인 조성물.
제31항에 있어서, 상기 소분자가 PKMYT1 억제제를 포함하는 것인 조성물.
제38항에 있어서, 상기 PKMYT1 억제제가 5-((5-메톡시-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리미딘-4-일)아미노)-2-메틸페놀, N-(2-클로로-6-메틸페닐)-2-((6-(4-(2-히드록시에틸)피페라진-1-일)-2-메틸피리미딘-4-일)아미노)티아졸-5-카르복사미드(다사티닙), 4-((2,4-디클로로-5-메톡시페닐)아미노)-6-메톡시-7-(3-(4-메틸피페라진-1-일)프로폭시)퀴놀린-3-카르보니트릴(보수티닙), N-(5-클로로벤조[d][1,3]디옥솔-4-일)-7-(2-(4-메틸피페라진-1-일)에톡시)-5-((테트라히드로-2H-피란-4-일)옥시)퀴나졸린-4-아민(사라카티닙), (E)-N-(4-((3-클로로-4-플루오로페닐)아미노)-3-시아노-7-에톡시퀴놀린-6-일)-4-(디메틸아미노)부트-2-엔아미드(펠리티닙), N-(3-클로로페닐)-6,7-디메톡시퀴나졸린-4-아민(티르포스틴 AG 1478), 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((4-모르폴리노페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173952), 6-(2,6-디클로로페닐)-8-메틸-2-((3-(메틸티오)페닐)아미노)피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-173955), 또는 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-플루오로-3-메틸페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-180970)을 포함하는 것인 조성물.
제31항에 있어서, 상기 소분자가 WEE1 억제제를 포함하는 것인 조성물.
제40항에 있어서, 상기 WEE1 억제제가 6-(2,6-디클로로페닐)-2-((4-(2-(디에틸아미노)에톡시)페닐)아미노)-8-메틸피리도[2,3-d]피리미딘-7(8H)-온(PD-0166285), 2-알릴-1-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-2-일)-6-((4-(4-메틸피페라진-1-일)페닐)아미노)-1,2-디히드로-3H-피라졸로[3,4-d]피리미딘-3-온(MK-1775), 9-히드록시-4-페닐피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온(PD-407824), 6-부틸-4-(2-클로로페닐)-9-히드록시피롤로[3,4-c]카르바졸-1,3(2H,6H)-디온, 또는 6-(2-클로로-6-플루오로페닐)-2-((2,4,4-트리메틸-1,2,3,4-테트라히드로이소퀴놀린-7-일)아미노)이미다조[1,2-a]피리미도[5,4-e]피리미딘-5(6H)-온을 포함하는 것인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 PP2A 서브유닛이 65 kDa 조절 서브유닛 A 알파(PPP2R1A), 65 kDa 조절 서브유닛 A 베타(PPP2R1B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 알파(PPP2R2A), 55 kDa 조절 서브유닛 B 베타(PPP2R2B), 55 kDa 조절 서브유닛 B 감마(PPP2R2C), 55 kDa 조절 서브유닛 B 델타(PPP2R2D), 72/130 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3A), 48 kDa 조절 서브유닛 B(PPP2R3B), 조절 서브유닛 B" 서브유닛 감마(PPP2R3C), 조절 서브유닛 B'(PPP2R4), 56 kDa 조절 서브유닛 알파(PPP2R5A), 56 kDa 조절 서브유닛 베타(PPP2R5B), 56 kDa 조절 서브유닛 감마(PPP2R5C), 56 kDa 조절 서브유닛 델타(PPP2R5D), 56 kDa 조절 서브유닛 엡실론(PPP2R5E), 촉매 서브유닛 알파(PPP2CA), 및 촉매 서브유닛 베타(PPP2CB)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 조성물.
제42항에 있어서, 상기 PP2A 서브유닛이 PPP2R2A인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 조성물이 PPP2R2A의 발현 또는 활성의 감소를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하는 적어도 하나의 치료제를 포함하는 제제를 추가로 포함하는 것인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 건강한 대조군이 상기 암을 나타내지 않는 하나 이상의 대상체로부터의 것인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 암 조직이 유방 조직인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 암 조직이 간 조직인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 암 조직이 난소 조직인 조성물.
제25항에 있어서, 상기 제제가 부형제를 추가로 포함하는 것인 조성물.
제49항에 있어서, 상기 부형제가 상기 적어도 하나의 치료제를 안정화시키거나 상기 부형제의 부재 하에 상기 대상체에게 투여되는 상기 적어도 하나의 치료제와 비교하여 상기 대상체에게 투여 후 상기 적어도 하나의 치료제의 치료적 향상을 제공하는 것인 조성물.
암에 걸렸거나 걸린 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 키트로서,
적어도 하나의 치료제를 포함하는 제제를 포함하는 조성물; 및
상기 대상체에게 상기 조성물을 투여하기 위한 하나 이상의 지침서
를 포함하고, 상기 적어도 하나의 치료제는 상기 대상체에게 투여한 후 단백질 키나제, 막 연관된 티로신/트레오닌 1(PKMYT1) 또는 WEE1 G2 체크포인트 키나제(WEE1)의 발현 또는 활성의 차이를 유발하기에 효과적인 양으로 존재하고, 상기 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되거나, 상기 암은 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 키트.
제51항에 있어서, 상기 암이 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A) 또는 이의 서브유닛의 발현 또는 활성 수준에 차이를 갖는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 키트.
제52항에 있어서, 상기 발현 또는 활성 수준의 차이가 발현 또는 활성 수준의 감소인 키트.
제51항에 있어서, 상기 암이 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실을 나타내는 세포를 포함하는 암 조직과 연관되는 것인 키트.
제54항에 있어서, 상기 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재가 상기 대상체로부터 수득되는 조직으로부터 유래되는 세포의 검정에 의해 확인되는 것인 키트.
제55항에 있어서, 상기 검정이 차세대 시퀀싱 기반 검정인 키트.
대상체에서 질환을 확인하는 방법으로서, 대상체로부터 수득되는 조직으로부터 유래되는 세포를 검정하여 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재를 확인하는 단계, 및 건강한 대조군과 비교하여 단백질 포스파타제 2(PP2A)의 서브유닛을 코딩하는 유전자에서 돌연변이 및/또는 결실의 존재 또는 부재를 나타내는 리포트를 출력하는 단계를 포함하는, 대상체에서 질환을 확인하는 방법.
제57항에 있어서, 상기 방법이 차세대 시퀀싱 기반 검정을 포함하는 것인 방법.