KR20220112394A - Primers for multiplex PCR based detection of Infectious laryngotracheitis virus, Fowlpox virus, and Reticuloendotheliosis virus in poultry and its use - Google Patents

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Abstract

The present application discloses a primer set and method capable of simultaneously and accurately distinguishing fowlpox virus, infectious laryngotracheitis virus, and reticuloendotheliosis virus. The primer set and method according to the present application can detect the virus at an early stage with high specificity and sensitivity, so that through accurate differential diagnosis between fowlpox and transmissible laryngotracheitis, which show similar clinical symptoms, and fowlpox virus into which the reticuloendothelial virus gene has been inserted, the damage of infection is minimized through prompt follow-up measures such as vaccination, thereby reducing the economic cost of farms due to reduced productivity.

Description

전염성후두기관염 바이러스, 계두 바이러스 및 세망내피증 바이러스의 동시 다중 PCR 검출용 프라이머 및 그 용도 {Primers for multiplex PCR based detection of Infectious laryngotracheitis virus, Fowlpox virus, and Reticuloendotheliosis virus in poultry and its use}Primers for multiplex PCR based detection of Infectious laryngotracheitis virus, Fowlpox virus, and Reticuloendotheliosis virus in poultry and its use}

본원은 ILTV(Infectious laryngotracheitis virus), FWPV(Fowlpox virus), 및 REV(Reticuloendotheliosis virus)를 동시에 검출할 수 있는 유전자 진단법과 관련된 기술이다.The present application relates to a genetic diagnostic method capable of simultaneously detecting Infectious laryngotracheitis virus (ILTV), Fowlpox virus (FWPV), and Reticuloendotheliosis virus (REV).

전염성후두기관염(Infectious laryngotracheitis, ILT)은 전염성후두기관염바이러스(Gallid herpesvirus type I, GaHV-1 또는 ILTV)에 의한 조류의 호흡기성 질병으로 후두염 및 기관염이 주된 병변이다. ILTV에 감염된 닭은 기관(Trachea)에염증이 생겨, 재채기, 기침 등의 호흡기 증상이 나타나고, 심한 경우에는 기관지 내에 생긴 삼출물로 호흡 곤란이 생겨 질식사가 발생하기도 한다. 병의 이환율은 5% 내외이지만 심각한 유행성 ILTV가 발생한 경우 100%까지 나타나며, 폐사율은 보통 20%이다. Infectious laryngotracheitis (ILT) is a respiratory disease of birds caused by an infectious laryngotracheitis (Gallid herpesvirus type I, GaHV-1, or ILTV), and laryngitis and tracheitis are the main lesions. In chickens infected with ILTV, the trachea becomes inflamed, causing respiratory symptoms such as sneezing and coughing, and in severe cases, breathing difficulties due to exudate in the bronchial tubes and suffocation may occur. The morbidity of the disease is around 5%, but when severe epidemic ILTV occurs, it appears up to 100%, and the mortality rate is usually 20%.

계두는 계두바이러스(Fowlpox virus, FWPV)에 의해 닭과 칠면조의 피부, 구강 및 호흡기 점막에 결절이 형성되는 질병이다. 임상 증상은 숙주의 감수성, 바이러스의 병원성, 발생 부위 및 전염경로에 따라 털이 없는 피부에 결절성 증식을 형성하는 피부형(건성)과 상부 호흡기 및 구강, 식도의 점막에 결절을 형성하는 점막형(습성)으로 구분된다. 피부형이 흔하게 발생되며, 벼슬, 눈꺼풀, 입, 날개와 다리의 털이 없는 부위에 결절성 병변이 나타나고, 점막형은 구강, 식도, 혀, 기관 내에 황백색의 결절이 다양한 크기로 형성되어 호흡곤란이 발생한다. 또한 피부형은 폐사율이 낮지만 점막형은 호흡곤란으로 폐사율이 높으며, 사육환경이 열악하거나 다른 질병과 복합 감염되면 폐사율이 상승하는 것으로 알려져 있다. Fowlpox is a disease in which nodules are formed on the skin, oral and respiratory mucosa of chickens and turkeys by the Fowlpox virus (FWPV). Clinical symptoms include a skin type (dry) that forms nodular growths on hairless skin, and a mucosal type (wet) that forms nodules on the mucous membranes of the upper respiratory tract, oral cavity and esophagus, depending on the susceptibility of the host, the pathogenicity of the virus, the site of occurrence and the route of transmission. ) are separated. The skin type is common, and nodular lesions appear on the hairless areas of the crown, eyelids, mouth, wings and legs, and the mucous membrane type has yellowish-white nodules of various sizes in the oral cavity, esophagus, tongue, and trachea, leading to respiratory difficulties. do. In addition, the skin type has a low mortality rate, but the mucosal type has a high mortality rate due to respiratory difficulties.

세망내피증(Reticuloendotheliosis)은 감마 레트로바이러스(Gamma-retrovirus)가 원인체이고, 이 바이러스에 감염되면 심한 증체율 저하와 면역기관의 손상에 따른면역기능의 저하로 왜소증후군이 나타날 수 있다. 이로 인해 세망내피증에 감염된 닭은 대장균증이나 콕시듐증과 같은 세균 및 기생충에 의한 2차 감염이 발생할 수 있고, 계두나 전염성후두기관염과 같은 바이러스성 질병에도 쉽게 감염된다. Gamma-retrovirus is the causative agent of reticuloendotheliosis, and when infected with this virus, dwarf syndrome may appear due to a severe decrease in weight gain and a decrease in immune function due to damage to the immune system. As a result, chickens infected with reticuloendotheliosis may develop secondary infections caused by bacteria and parasites such as Escherichia coliosis or coccidiosis, and are easily infected with viral diseases such as chickenpox or infectious laryngeal tracheitis.

계두(점막형)의 임상증상 및 병변은 전염성후두기관염과 매우 유사하고, 계두 바이러스와 전염성후두기관염 바이러스의 복합감염이 증가되고 있어 감별법이 중요하다. 일반적으로 알려진 병리조직학적 감별진단법으로 전염성후두기관염의 경우에는 감염세포의 핵 내에서 봉입체가 관찰되나 계두의 경우에는 세포질 내에서 봉입체가 관찰되는 특징이 있다. 또한 감염된 조직을 9 ~ 11일령 계태아의 장뇨막(chorioallantoic membrane, CAM)에 접종하여 5 ~ 7일 후 CAM을 수거하고 중합효소연쇄반응을 통해 바이러스를 동정할 수 있다. 세망내피증 바이러스를 검출하기 위한 방법은 동물세포를 이용한 바이러스의 분리 및 동정, 유전자 기반 검출법, 혈청검사법(효소면역측정법) 등이 있다. 이러한 방법들은 숙련된 인력과 많은 시간이 요구되어 바이러스를 신속·정확하게 진단하는데 한계가 있다. 그리고 계두 바이러스의 유전자에 세망내피증 바이러스의 유전자가 삽입된 변이형 계두 바이러스가 출현하여 기존의 백신이 방어효과를 충분히 발휘하지 못하는 사례가 다수 알려져 있어 계두 바이러스, 전염성후두기관염 바이러스, 세망내피증 바이러스의 유전자가 삽입된 계두 바이러스, 세망내피증 바이러스를 동시에 정확하게 검출할 수 있는 방법이 필요하다. The clinical symptoms and lesions of fowlpox (mucosal type) are very similar to those of infectious laryngeal tracheitis, and the differentiating method is important because the complex infection of fowlpox virus and infectious laryngeal tracheitis virus is increasing. In the case of infectious laryngotracheitis, inclusion bodies are observed in the nucleus of infected cells, but in the case of chickenpox, inclusion bodies are observed in the cytoplasm in the case of infectious laryngotracheitis. In addition, the infected tissue is inoculated into the chorioallantoic membrane (CAM) of a 9-11-day-old fetus, the CAM is collected 5-7 days later, and the virus can be identified through a polymerase chain reaction. Methods for detecting reticuloendotheliosis virus include isolation and identification of the virus using animal cells, gene-based detection, and serology (enzyme immunoassay). These methods require skilled manpower and a lot of time, so there is a limit to quickly and accurately diagnosing the virus. In addition, there are many known cases in which a mutant fowlpox virus in which a reticuloendotheliosis virus gene is inserted into the fowlpox virus gene appeared and the existing vaccines did not sufficiently exert a protective effect. There is a need for a method that can accurately detect fowlpox virus and reticuloendotheliosis virus at the same time.

선행문헌prior literature

Song, H., Y. Bae, S. Park, H. Kwon, H. Lee, and S. Joh. 2018. Loop-mediated isothermal amplification assay for detection of four immunosuppressive viruses in chicken. J Virol Methods. 256:6-11.Song, H., Y. Bae, S. Park, H. Kwon, H. Lee, and S. Joh. 2018. Loop-mediated isothermal amplification assay for detection of four immunosuppressive viruses in chicken. J Virol Methods. 256:6-11.

Wozniakowski, G., M. Frant, and A. Mamczur. 2018. Avian Reticuloendotheliosis in Chickens - An Update on Disease Occurrence and Clinical Course. J Vet Res. 62: 257-260.Wozniakowski, G., M. Frant, and A. Mamczur. 2018. Avian Reticuloendotheliosis in Chickens - An Update on Disease Occurrence and Clinical Course. J Vet Res. 62: 257-260.

본원은 높은 민감도와 특이성으로 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV의 감염여부를 신속하고 간편하게 한 번의 반응으로 검출할 수 있는 방법을 제공하고자 한다.An object of the present application is to provide a method for rapidly and conveniently detecting ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV infection with a single reaction with high sensitivity and specificity.

한 양태에서 본원은 하기와 같은 Infectious laryngotracheitis virus (ILTV), Fowlpox virus (FWPV), Reticuloendotheliosis virus-integrated Fowlpox virus (REV-integrated FWPV) 및 Reticuloendotheliosis virus (REV) 검출용 다중 (multiplex) PCR 분석용 프라이머 쌍의 조합을 포함하는 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 프라이머 세트를 제공한다: 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머를 포함하는 ILTV 특이적 프라이머 쌍; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머를 포함하는 FWPV 특이적 프라이머 쌍; 서열번호 5 및 6으로 표시되는 프라이머를 포함하는 REV-integrated FWPV 특이적 프라이머 쌍; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머를 포함하는 REV 특이적 프라이머 쌍. In one embodiment, the present application provides a pair of primers for multiplex PCR analysis for the following Infectious laryngotracheitis virus (ILTV), Fowlpox virus (FWPV), Reticuloendotheliosis virus-integrated Fowlpox virus (REV-integrated FWPV) and Reticuloendotheliosis virus (REV) detection. It provides a primer set for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus comprising a combination of: ILTV-specific primer pair comprising primers represented by SEQ ID NOs: 1 and 2; FWPV-specific primer pair comprising primers represented by SEQ ID NOs: 3 and 4; REV-integrated FWPV comprising primers represented by SEQ ID NOs: 5 and 6 specific primer pairs; REV comprising primers represented by SEQ ID NOs: 7 and 8 Specific primer pairs.

본원에 따른 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV 검출, 진단 또또는 판별용 프라이머 세트는 이를 포함하는 조성물 또는 키트의 형태로 제공될 수 있다. The primer set for ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV detection, diagnosis or discrimination according to the present application may be provided in the form of a composition or kit comprising the same.

다른 양태에서 본원은 개시된 프라이머 세트를 이용한 인비트로에서 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및/또는 REV를 검출 또는 감염여부를 진단하는 방법으로, 상기 방법은 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV의 감염이 의심되는 조류의 시료를 제공하는 단계; 본원에 따른 프라이머 세트를 제공하는 단계; 상기 시료 및 프라이머 세트를 이용하여 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR)을 수행하는 단계; 및 상기 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR) 결과물을 분석하고 이를 대조군 시료와 비교하여 차이가 있는 경우, 이를 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV 감염 또는 오염으로 판정하는 단계를 포함한다.In another aspect, the present application provides a method for detecting or diagnosing whether ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and/or REV is infected in vitro using the disclosed primer set, wherein the method includes ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV of providing a sample of a bird suspected of being infected; providing a primer set according to the present disclosure; performing a simultaneous multiple gene polymerase chain reaction (multiplex PCR) using the sample and the primer set; And if there is a difference by analyzing the simultaneous multiple gene polymerase chain reaction (multiplex PCR) result and comparing it with the control sample, determining it as ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV infection or contamination.

본원에 따른 프라이머 세트는 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV의 검출이 필요한 다양한 조류 유래 및/또는 환경 시료, 예를 들면 가금의 병성감정 시료; 육계. 산란계, 종계, 토종닭 또는 이들 사육장 유래의 검체; SPF (Specific Pathogen Free) 닭 또는 그 종란 또는 이들 사육장 유래의 검체를 포함하며, 기관 또는 벼슬과 같은 시료가 이용될 수 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.The primer set according to the present application includes various algal-derived and/or environmental samples requiring detection of ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV, for example, poultry pathology samples; Broiler. Specimens from laying hens, breeders, native chickens or these pens; SPF (Specific Pathogen Free) includes, but is not limited to, chickens or eggs thereof, or specimens derived from these breeding grounds, and samples such as organs or plants may be used.

본원에 따른 방법에서 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응 결과의 분석은 반응 종료 후에 전기영동을 통해 산물의 크기를 확인하여 상기 PCR 결과물이 상기 ILTV는 877bp, 상기 FWPV는 630bp, 상기 REV-integrated FWPV는 429bp, 그리고 상기 REV는 207bp 인 경우 각각 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV 양성으로 판단할 수 있다.In the method according to the present application, analysis of the results of the simultaneous multi-gene polymerase chain reaction is performed after the reaction is completed to confirm the size of the product through electrophoresis. , and if the REV is 207bp, ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV, respectively can be judged positive.

본원에 따른, 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR) 방식으로 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV를 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머 세트 및 이를 이용한 상기 바이러스들의 검출 방법은 높은 민감도와 특이성으로 수의 분야에서의 병성감정 시료를 포함한 다양한 검체에서 신속하게 병원체의 오염 여부를 확인할 수 있으며, 또한 상기 방법으로 농가에서 면역 억제 질병에 대한 조기 진단을 통해 면역 억제 질병 발생 예방 및 대책 수립에 기여할 수 있다.According to the present application, a primer set capable of specifically detecting ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV in a simultaneous multiple gene polymerase chain reaction (multiplex PCR) method and a method for detecting the viruses using the same have high sensitivity and specificity With this method, it is possible to quickly check whether pathogens are contaminated in various specimens including pathology samples in the veterinary field. can

도 1은 본원의 일 구현예에 따른 표 1에 기재된 조합의 프라이머 세트에 대한 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV 특이적 프라이머 세트의 특이도를 아가로스젤 전기영동으로 검출한 결과이다.
도 2는 본원의 일 구현예에 따른 표 1에 기재된 조합의 프라이머 세트에 대한 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV 특이적 프라이머 세트의 민감도를 아가로스젤 전기영동으로 검출한 결과이다.
상기 도면에서 각 세트별로 총 7개의 다른 농도 및 음성대조군에서 반응이 수행되었으며 각 농도는 다음과 같다: ILTV의 유전자가 포함된 plasmid DNA 농도는 1: 1.0 x 56 copies, 2: 1.0 x 55 copies, 3: 1.0 x 54 copies, 4: 1.0 x 53 copies, 5: 1.0 x 52 copies, 6: 1.0 x 51 copies, 7: 1.0 x 50 copy, 및 8:음성 대조군 ; FWPV의 유전자가 포함된 plasmid DNA 농도는 1: 1.0 x 56 copies, 2: 1.0 x 55 copies, 3: 1.0 x 54 copies, 4: 1.0 x 53 copies, 5: 1.0 x 52 copies, 6: 1.0 x 51 copies, 7: 1.0 x 50 copy, 및 8:음성 대조군; REV-integrated FWPV의 유전자가 포함된 plasmid DNA 농도는 1: 1.0 x 56 copies, 2: 1.0 x 55 copies, 3: 1.0 x 54 copies, 4: 1.0 x 53 copies, 5: 1.0 x 52 copies, 6: 1.0 x 51 copies, 7: 1.0 x 50 copy, 및 8:음성 대조군; REV의 유전자가 포함된 plasmid DNA 농도는 1: 1.0 x 56 copies, 2: 1.0 x 55 copies, 3: 1.0 x 54 copies, 4: 1.0 x 53 copies, 5: 1.0 x 52 copies, 6: 1.0 x 51 copies, 7: 1.0 x 50 copy, 및 8:음성 대조군.
1 is a result of detecting the specificity of ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV-specific primer sets with respect to the primer sets of the combinations described in Table 1 according to an embodiment of the present application by agarose gel electrophoresis.
2 is a result of detecting the sensitivity of ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV-specific primer sets to the primer sets of the combinations described in Table 1 according to an embodiment of the present application by agarose gel electrophoresis.
In the figure, reactions were performed at a total of 7 different concentrations and negative controls for each set, and the concentrations were as follows: The concentration of plasmid DNA containing the ILTV gene was 1: 1.0 x 5 6 copies, 2: 1.0 x 5 5 copies, 3: 1.0 x 5 4 copies, 4: 1.0 x 5 3 copies, 5: 1.0 x 5 2 copies, 6: 1.0 x 5 1 copies, 7: 1.0 x 5 0 copies, and 8: negative control; The concentration of plasmid DNA containing the FWPV gene is 1: 1.0 x 5 6 copies, 2: 1.0 x 5 5 copies, 3: 1.0 x 5 4 copies, 4: 1.0 x 5 3 copies, 5: 1.0 x 5 2 copies, 6: 1.0 x 5 1 copies, 7: 1.0 x 5 0 copies, and 8: negative control; The concentration of plasmid DNA containing the gene of REV-integrated FWPV is 1: 1.0 x 5 6 copies, 2: 1.0 x 5 5 copies, 3: 1.0 x 5 4 copies, 4: 1.0 x 5 3 copies, 5: 1.0 x 5 2 copies, 6: 1.0 x 5 1 copies, 7: 1.0 x 5 0 copies, and 8: negative control; The concentration of plasmid DNA containing REV gene is 1: 1.0 x 5 6 copies, 2: 1.0 x 5 5 copies, 3: 1.0 x 5 4 copies, 4: 1.0 x 5 3 copies, 5: 1.0 x 5 2 copies, 6: 1.0 x 5 1 copies, 7: 1.0 x 5 0 copies, and 8: negative control.

본원은 조류에 복합 감염을 일으키는 ILTV (Infectious laryngotracheitis virus), FWPV(Fowlpox virus), FWPV (Fowlpox virus), REV-삽입 FWPV (Reticuloendotheliosis virus-integrated Fowlpox virus) 및 REV (Reticuloendotheliosis virus) 감염 여부를 한 번의 검사로 동시에 높은 민감도와 특이성으로 신속하고 정확하게 검출할 수 유전자 진단기술의 발견에 근거한 것이다. This study examines whether or not infection with ILTV (Infectious laryngotracheitis virus), FWPV (Fowlpox virus), FWPV (Fowlpox virus), REV-inserted FWPV (Reticuloendotheliosis virus-integrated Fowlpox virus) and REV (Reticuloendotheliosis virus) It is based on the discovery of genetic diagnostic technology that can detect rapidly and accurately with high sensitivity and specificity at the same time as a test.

이에 한 양태에서 본원은 가금류를 포함하는 조류의 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV를 한번의 반응에서 각각 특이적으로 검출할 수 있는, ILTV 검출용 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍; FWPV 검출용 서열번호 3 및 4의 프라이머 쌍; REV-integrated FWPV 검출용 서열번호 5 및 6의 프라이머 쌍; REV 검출용 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍을 조합으로 포함하는 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 프라이머 세트에 관한 것이다. Accordingly, in one embodiment, the present application provides a primer pair of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 for detecting ILTV, which can specifically detect ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV of birds including poultry, respectively, in one reaction; a pair of primers of SEQ ID NOs: 3 and 4 for FWPV detection; a pair of primers of SEQ ID NOs: 5 and 6 for detecting REV-integrated FWPV; It relates to a primer set for simultaneous multiple detection of an avian complex infection virus comprising the primer pair of SEQ ID NOs: 7 and 8 for detecting REV.

본원에 따른 프라이머 세트는 표 1에 기재하였다.Primer sets according to the present application are listed in Table 1.

[표 1][Table 1]

Figure pat00001
Figure pat00001

본원에서 프라이머란 임의의 길이의 라이보뉴클레오타이드 또는 데옥시라이보뉴클레오타이드를 지칭하는 것으로, 단일가닥 및 이중가닥을 모두 포함하는 것으로, 프라이머, 프로브를 모두 포함하는 개념으로, 검출하는 각 균주에 특이한 유전자의 적어도 일부분에 상보적인 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드를 말하며, 중합효소연쇄반응과 같은 폴리머라제를 사용한 중합반응에서 중합의 시작점이 된다.As used herein, a primer refers to a ribonucleotide or deoxyribonucleotide of any length, including both single-stranded and double-stranded, and a concept including both primers and probes, and a gene specific to each strain to be detected. Refers to an oligonucleotide having a sequence complementary to at least a portion of

본원에 따른 프라이머 세트는 다양한 핵산증폭 기술에 사용될 수 있다. The primer set according to the present disclosure can be used in various nucleic acid amplification techniques.

일 구현예에서 본원에 따른 프라이머 세트는 특히 PCR에 사용된다. In one embodiment the primer set according to the invention is used in particular for PCR.

본원에서 사용된 용어 PCR (Polymerase Chain Reaction)은 중합효소를 사용하여 핵산을 연쇄적으로 합성하여 개시 핵산물질을 기하급수적으로 증폭하는 방법으로 당업계에 널리 공지된 방법으로, 특정 핵산의 존재 유무를 확인하는 정성분석 PCR, 특정핵산의 양을 측정하는 정량 PCR 및 PCR 과정을 실시간으로 추적하여 정성 및 정량 분석을 가능하게 하는 실시간 PCR을 모두 포함하는 개념이다.As used herein, the term PCR (Polymerase Chain Reaction) is a method widely known in the art as a method for exponentially amplifying a starting nucleic acid material by synthesizing a nucleic acid in a chain using a polymerase. It is a concept that includes both qualitative analysis PCR to confirm, quantitative PCR to measure the amount of a specific nucleic acid, and real-time PCR to enable qualitative and quantitative analysis by tracking the PCR process in real time.

본원에서 사용된 용어 실시간 PCR은 그 과정을 실시간으로 추적할 수 있는 방법으로 정성 또는 정량 분석에 사용되는 수치는 Ct 또는 Cq이다. 상기 용어는 서로 동일한 의미로 사용되며, 상기 용어는 증폭과정에서 증폭커브가 특정 임계값에 도달한 지점의 PCR 사이클 수를 나타내며, 임계값은 통상 증폭 곡선의 곡률 (curvature)이 최대가 되는 지점으로 정해지며 exponential phase에 위치한다. 이 수치를 이용한 핵산의 정량 또는 정량분석은 실시간 PCR 장치 제조사의 매뉴얼에 따라 수행될 수 있다. 이러한 PCR에서 특정 DNA의 증폭 여부를 확인하는 단계는 전기영동 등을 통하여 증폭된 DNA 산물의 크기를 확인하는 방법으로 수행할 있다. 또는 상기 실시간 중합효소연쇄반응은 시중의 SYBR Green과 같은 형광물질을 이용한 중합효소연쇄반응으로 증폭 후 추가의 확인절차 없이 증폭과 동시에 형광 정도를 측정할 수 있거나, 형광공명에너지이동(fluorescence resonance energy transfer,FRET)을 측정하는 방법으로 증폭 여부를 확인할 수 있으며, 추가로, 증폭된 DNA 산물의 이중나선이 분리되는 온도(melting temperature)를 확인하는 단계를 포함하는 방법으로 수행할 수 있다.As used herein, the term real-time PCR is a method that can track the process in real time, and the numerical value used for qualitative or quantitative analysis is Ct or Cq. The terms are used interchangeably, and the terms represent the number of PCR cycles at the point where the amplification curve reaches a specific threshold in the amplification process. It is determined and is in exponential phase. Quantification or quantitative analysis of nucleic acids using this value may be performed according to the manual of a real-time PCR device manufacturer. The step of confirming whether a specific DNA is amplified in such a PCR may be performed by a method of confirming the size of the amplified DNA product through electrophoresis or the like. Alternatively, the real-time polymerase chain reaction is a polymerase chain reaction using a fluorescent material such as SYBR Green in the market, and the degree of fluorescence can be measured simultaneously with amplification without an additional confirmation procedure after amplification, or fluorescence resonance energy transfer , FRET) can be checked for amplification, and in addition, it can be carried out by a method comprising the step of checking the melting temperature at which the double helix of the amplified DNA product is separated.

본원에서 검출이란 핵산의 존재여부 또는 존재할 경우 그 양을 검출하는 것을 의미하는 것으로서 핵산 특이적 DNA-DNA, RNA-DNA 혼성화 반응을 기본으로는 하는 예를 들면 특히 PCR (정량적 및 정성적 PCR, 실시간 정량적 정성적 PCR 포함)같은 방법을 이용하여 달성될 수 있다. As used herein, detection refers to detecting the presence or absence of a nucleic acid or the amount thereof, if present. For example, specifically PCR (quantitative and qualitative PCR, real-time PCR) based on a nucleic acid-specific DNA-DNA, RNA-DNA hybridization reaction including quantitative and qualitative PCR).

본원에서 동시 다중 검출이란 각 균주를 검출할 수 있는 특이적 프라이머 세트를 하나의 반응물에 포함시켜, 한번의 증폭 반응으로 각 균주를 다른 균주에 대한 교차반응성 없이 특이적으로 검출할 수 있는 것을 의미한다. 예를 들면 하나의 샘플이 본원에서 검출하고자 하는 두 가지 이상의 균주로 감염되어 있는 경우, 한 번의 반응으로 각 균주를 동시에 특이적 검출할 수 있다. Simultaneous multiple detection herein means that a specific primer set capable of detecting each strain is included in one reaction, so that each strain can be specifically detected without cross-reactivity to other strains in a single amplification reaction. . For example, when one sample is infected with two or more strains to be detected in the present application, each strain can be specifically detected at the same time in one reaction.

앞서 언급한 바와 같이 본원에 따른 각 프라이머 세트는 하나의 반응에서 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및/또는 REV로 오염이 의심되는 가금류 시료에서 해당 바이러스를 특이적으로 검출할 수 있다. As mentioned above, each primer set according to the present application can specifically detect a corresponding virus in a poultry sample suspected of being contaminated with ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and/or REV in one reaction.

이런 측면에서 본원은 상기 프라이머 세트의 조합을 포함하는 ILTV, FWPV, REV-삽입 FWPV 및 REV의 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 조성물 또는 키트에 관한 것이다. In this aspect, the present application relates to a composition or kit for simultaneous multiple detection of ILTV, FWPV, REV-inserted FWPV and REV avian complex infection viruses, including a combination of the primer sets.

일 구현예에서 이러한 조성물은 PCR의 반응에 필요한 완충액, Taq 폴리머라제 및 MgCl2를 포함한다. 당업계에 공지된 다양한 완충액이 사용될 수 있으며, 예를 들면 Tris-HCl, pH 9.0 완충액이 사용될 수있으나 이로 제한하는 것은 아니다. Taq 폴리머라제는 시중에서 구입할 수 있으며, 예를 들면 AmpliTaq Gold(Applied Biosystems, USA)와 같은 것을 사용할 수 있으며, 적절한 농도 예를 들면 1.5mM 내지 2.5mM의 MgCl2 가 포함될 수 있다. In one embodiment, such a composition comprises a buffer solution necessary for the reaction of PCR, Taq polymerase and MgCl 2 . Various buffers known in the art may be used, for example, Tris-HCl, pH 9.0 buffer may be used, but is not limited thereto. Taq polymerase can be purchased commercially, for example, such as AmpliTaq Gold (Applied Biosystems, USA) can be used, and an appropriate concentration, for example, 1.5mM to 2.5mM MgCl 2 It may be included.

일 구현예에서 키트는 양성대조군, 음성대조군 및 사용설명서를 추가로 포함한다. 음성대조군은 검출대상이 아닌 다른 종류의 바이러스의 DNA를 사용할 수 있으며, 예를 들면 양성대조군은 검출대상 바이러스의 유전자를 포함하는 플라스미드를 사용할 수 있다.In one embodiment, the kit further comprises a positive control, a negative control and instructions for use. A negative control group may use DNA of a virus other than the detection target, for example, a positive control group may use a plasmid containing a gene of a detection target virus.

다른 측면에서 본원은 표 1에 개시된 프라이머 세트의 조합을 사용한 ILTV, FWPV, REV-삽입된 FWPV 및 REV로 오염이 의심되는 가금류 시료에서 해당 바이러스를 특이적으로 검출하는 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법에 관한 것이다. In another aspect, the present application provides a method for simultaneous multiple detection of an avian complex infection virus that specifically detects the virus in a poultry sample suspected of being contaminated with ILTV, FWPV, REV-inserted FWPV and REV using the combination of the primer sets disclosed in Table 1. is about

일 구현예에서 본원에 따른 방법은 ILTV, FWPV, REV-삽입 FWPV 및 REV 동시 다중 검출이 필요한 조류 유래의 시료 또는 환경시료를 제공하는 단계: 및 상기 시료를 본원에 개시된 프라이머 세트의 조합과 혼합하여 핵산 증폭반응을 수행하는 단계를 포함한다. In one embodiment, the method according to the present disclosure comprises the steps of providing a sample or environmental sample derived from an alga requiring simultaneous multiplex detection of ILTV, FWPV, REV-inserted FWPV and REV, and mixing the sample with a combination of primer sets disclosed herein. and performing a nucleic acid amplification reaction.

본원에 따른 프라이머, 조성물, 키트 또는 방법에 적용되는 조류 또는 가금류는 닭, 오리, 거위, 메추리, 칠면조, 카나리아, 앵무새, 꿩, 비둘기, 갈매기, 타조 등 다양한 조류를 포함한다. 일 구현예에서는 특히 닭 또는 칠면조와 같은 사육 조류를 포함한다. Birds or poultry applied to the primer, composition, kit or method according to the present disclosure include various birds such as chickens, ducks, geese, quails, turkeys, canaries, parrots, pheasants, pigeons, seagulls, ostriches and the like. One embodiment particularly includes domestic birds such as chickens or turkeys.

일 구현예에서 조류 유래의 시료는 조류의 병성감정 시료, 양계 산업계의 육계, 산란계, 종계, 종란, SPF(Specific Pathogen Free) 닭 및 종란을 포함한다. In one embodiment, the sample derived from the avian includes a disease test sample of birds, broilers in the poultry industry, laying hens, breeders, eggs, SPF (Specific Pathogen Free) chickens and eggs.

일 구현예에서는 조류의 병성감정 시료가 사용되며, 이는 비강, 구강, 기관 폐, 벼슬을 포함하는 피부, 간 또는 비장을 포함한다. In one embodiment, an avian pathology sample is used, which includes the nasal cavity, oral cavity, trachea and lungs, skin, liver or spleen including crest.

다른 구현예에서는 환경 시료가 사용되며, 환경시료는 농장의 검체, 진드기, 모기, 오염된 깃털 또는 가피, 닭비듬, 축사 바닥 등의 먼지 등의 업계의 다양한 시료를 포함한다. In another embodiment, an environmental sample is used, and the environmental sample includes a variety of samples from the industry, such as farm samples, mites, mosquitoes, contaminated feathers or scabs, chicken dander, and dust from barn floors.

본원에 따른 방법은 핵산증폭 반응 종료 후 그 증폭 산물의 크기를 결정하는 단계; 및 상기 증폭 산물의 크기를 근거로 상기 시료의 ILTV, REV-삽입된 FWPV 및/또는 REV의 존재 또는 감염 여부를 판단하는 단계를 추가로 포함하며, 상기 증폭 산물의 크기에 따른 상기 각 바이러스의 존재 또는 감염 결과는 다음 표 2와 같다. The method according to the present application comprises the steps of determining the size of the amplification product after completion of the nucleic acid amplification reaction; and determining the presence or infection of ILTV, REV-inserted FWPV and/or REV in the sample based on the size of the amplification product, wherein the presence of each virus according to the size of the amplification product Alternatively, the infection results are shown in Table 2 below.

[표 2][Table 2]

Figure pat00002
Figure pat00002

상기 표에서 ○는 상응하는 크기의 증폭산물의 존재, X는 상응하는 크기의 증폭산물이 없는 것을 나타낸다. In the table, ○ indicates the presence of an amplification product of the corresponding size, and X indicates the absence of an amplification product of the corresponding size.

PCR에 의해 증폭된 산물(amplicon)은 주형으로 사용한 분자와 상응하는 서열을 가지며, 당업계에 공지된 다양한 방법으로 분석될 수 있다. 이러한 방법은 당업계에 공지된 것으로서 예를 들면 아가로스 젤 전기영동, 실시간 CR 분석, SSCP (single strand conformational polymorphism), RFLP(restriction fragment lengthpolymorphism), CZE(capillary zone electrophoresis), WAVE (HPLC-based nucleic acid analyzing echnology), 마이크로칩을 포함하나, 이로 제한하는 것은 아니다. 본원의 일 구현예에서는 사이즈마커와 함께 PCR 산물을 아가로스 젤에서 전기영동하여 분석된다. The product (amplicon) amplified by PCR has a sequence corresponding to the molecule used as a template, and can be analyzed by various methods known in the art. Such methods are known in the art, for example, agarose gel electrophoresis, real-time CR analysis, single strand conformational polymorphism (SSCP), restriction fragment length polymorphism (RFLP), capillary zone electrophoresis (CZE), WAVE (HPLC-based nucleic acid) acid analyzing echnology), including, but not limited to, a microchip. In one embodiment of the present application, the PCR product together with the size marker is analyzed by electrophoresis on an agarose gel.

일 구현에서 본원에 따른 방법은 일 구현 예에서 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR)의 반응물은 총 20 ㎕로 Black PCR premix QM(Ventech Science, South Korea)에 ILTV 특이적 서열번호 1 및 2의 프라이머, FWPV 특이적 서열번호 3 및 4의 프라이머 쌍, REV-integrated FWPV 특이적 서열번호 5 및 6의 프라이머 쌍, REV 특이적 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍, 및 3.0~5.0 ㎕의 분석이 필요한 시료가 포함된다. 상기 PCR 결과물 또는 반응 산물의 크기는 상기 ILTV는 877bp, 상기 FWPV는 630bp, 상기 REV-integrated FWPV는 429bp, 그리고 상기 REV는 207bp 이다. In one embodiment, the method according to the present invention, in one embodiment, the reaction product of the simultaneous multiple gene polymerase chain reaction (multiplex PCR) is a total of 20 μl of ILTV-specific SEQ ID NOs 1 and 2 in Black PCR premix QM (Ventech Science, South Korea) of primers, FWPV-specific primer pairs of SEQ ID NOs: 3 and 4, REV-integrated FWPV-specific primer pairs of SEQ ID NOs: 5 and 6, REV-specific primer pairs of SEQ ID NOs: 7 and 8, and 3.0-5.0 μl of analysis Required samples are included. The size of the PCR product or reaction product is 877 bp for the ILTV, 630 bp for the FWPV, 429 bp for the REV-integrated FWPV, and 207 bp for the REV.

일구현예에서 본원에 따른 방법에서 상기 핵산 증폭 반응은 94℃에서 5 분간 가열하는 단계, 94℃에서 45 초간 변성, 58℃에서 45 초간 어닐링, 72℃에 45 초간 중합반응을 한 주기로 38회 반복하는 단계 및 72℃에 5 분간 중합하는 단계를 포함한다. In one embodiment, in the method according to the present disclosure, the nucleic acid amplification reaction includes heating at 94°C for 5 minutes, denaturation at 94°C for 45 seconds, annealing at 58°C for 45 seconds, and polymerization at 72°C for 45 seconds. Repeat 38 times in one cycle and polymerization at 72° C. for 5 minutes.

이하, 본 발명의 이해를 돕기 위해서 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐 본 발명이 하기의 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, examples are provided to help the understanding of the present invention. However, the following examples are only provided for easier understanding of the present invention, and the present invention is not limited thereto.

실시예 Example

실시예 1. ILTV, FWPV 및 REV 시료 준비Example 1. ILTV, FWPV and REV Sample Preparation

본원에서 ILTV, FWPV 및 REV로 각각 진단된 닭의 기관, 벼슬, 간 조직 시료에서 QIAamp DNA Mini kit(Qiagen, Germany)을 제조사의 방법대로 사용하여 DNA를 추출하였다. Herein, DNA was extracted using the QIAamp DNA Mini kit (Qiagen, Germany) according to the manufacturer's method from the tissue samples of the organs, glands, and livers of chickens diagnosed with ILTV, FWPV, and REV, respectively.

실시예 2. ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV에 특이적인 프라이머 제작Example 2. Preparation of primers specific to ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV

ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV의 정확한 검출을 위해 NCBI 및 GenBank에서 본원에서 선정된 각 바이러스의 표적 유전자의 서열을 수득하여 각각의 바이러스에 특이적인 최종 프라이머를 선정하였다. For accurate detection of ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV, the sequence of the target gene of each virus selected herein was obtained from NCBI and GenBank, and final primers specific for each virus were selected.

기존에 REV가 삽입된 FWPV와 FWPV, REV를 동시에 검출할 수 있는 알려진 진단법은 없다. FWPV의 포워드 프라이머와 REV의 리버스 프라이머를 디자인하여 REV가 FWPV에 존재함을 확인하기 위해 해당 부위를 선정하였다. 또한 REV의 LTR 부분을 포함한 전장유전체가 삽입되어 있음을 확인하기 위해 해당 유전자(gp90)에서 REV에 특이적인 프라이머를 디자인하였다. FWPV의 NPH-I은 nucleoside triphosphatephosphohydrolase-I로 DNA-dependent ATPase와 결합하여 전사를 종결하기 위한 반드시 필요한 유전자로 FWPV를 검출하기 위한 특이적인 부위이다. There is no known diagnostic method capable of simultaneously detecting FWPV, FWPV, and REV with REV inserted. By designing a forward primer for FWPV and a reverse primer for REV, a corresponding site was selected to confirm that REV is present in FWPV. In addition, to confirm that the full-length genome including the LTR portion of REV is inserted, a primer specific to REV was designed in the corresponding gene (gp90). NPH-I of FWPV is a nucleoside triphosphatephosphohydrolase-I, which is an essential gene for terminating transcription by binding to DNA-dependent ATPase and is a specific site for detecting FWPV.

ILTV의 표적으로는 바이러스 복제에 관여하는 envelope glycoprotein G (GenBank accession number, JN804826), FWPV의 표적으로는 전사를 종결시키는 transcription termination factor (GenBank accession number, AF198100), REV-integrated FWPV의 표적으로는 FWPV의 유전자에 삽입된 REV를 검출하기 위해 FWPV의 ORF 201과 REV의 long terminal repeat(GenBank accession number, AF246698), 그리고 REV의 표적으로 envelope glycoprotein (GenBank accession number, MG471384)을 기반으로 전방 프라이머 (Forward primer) 및 후방 프라이머 (Reverse primer)를 각각 제작하여 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR) 검출용 프라이머 및 검출 방법을 완성하였다 (표 3). The ILTV target is envelope glycoprotein G (GenBank accession number, JN804826) involved in viral replication, the FWPV target is the transcription termination factor (GenBank accession number, AF198100), and the REV-integrated FWPV target is FWPV. To detect the REV inserted into the gene of ) and reverse primers were prepared, respectively, to complete a primer and a detection method for simultaneous multiplex PCR detection (Table 3).

각 프라이머 염기서열은 NCBI (National Center for Biotechnology Information), Genbank 및 Blast (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi website)를 이용하여 검증한 결과 해당 바이러스 외에는 일치하는 염기서열이 존재하지 않았다. Each primer sequence was verified using NCBI (National Center for Biotechnology Information), Genbank, and Blast (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi website). As a result, the sequence is identical except for the corresponding virus. This did not exist.

[표 3] Multiplex PCR 용 프라이머 쌍 및 반응조건[Table 3] Primer pair and reaction conditions for multiplex PCR

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Figure pat00003

실시예 3. 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응의 특이도 및 민감도 확인Example 3. Confirmation of Specificity and Sensitivity of Simultaneous Multigene Polymerase Chain Reaction

표 3의 4 종류의 프라이머 쌍의 조합을 이용하여 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV에 대한 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응을 실시한 후 아가로스젤 전기영동 및 증폭된 산물에 대한 염기서열을 분석한 결과, 해당 프라이머는 목표 바이러스만을 특이적으로 각각 877bp, 630bp, 429bp 및 207bp의 크기로 증폭함을 확인하였다 (도 1). Simultaneous multi-gene polymerase chain reaction for ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV was performed using a combination of four primer pairs in Table 3, followed by agarose gel electrophoresis and nucleotide sequence analysis of the amplified product As a result, it was confirmed that the primer specifically amplifies only the target virus to a size of 877bp, 630bp, 429bp, and 207bp, respectively (FIG. 1).

이를 위해 Black PCR premix QM(Ventech Science, South Korea)를 사용하였으며, 여기에 주형으로 실시예 1에서 추출한 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV의 DNA 각 1 ㎕씩, 4쌍의 프라이머 (표 1의 농도 참조) 또는 각 바이러별 1쌍의 프라이머 (표 1의 농도 참조), 및 총 부피 20 ㎕까지 멸균 증류수를 추가한 후 PCR 반응을 진행하였으며, 그 반응조건은 다음과 같다: 94℃에서 5 분간 가열하는 단계, 94℃에서 45 초간 변성, 58℃에서 45 초간 어닐링, 72℃에 45 초간 중합반응을 한 주기로 38회 반복하는 단계, 72℃에 5 분간 중합하는 단계. For this purpose, Black PCR premix QM (Ventech Science, South Korea) was used, and 1 μl each of ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV DNA extracted in Example 1 as a template, 4 pairs of primers (Table 1) (see the concentration of ) or a pair of primers for each virus (see the concentration in Table 1), and sterile distilled water was added to a total volume of 20 μl, followed by PCR reaction, and the reaction conditions are as follows: at 94°C Heating for 5 minutes, denaturing at 94°C for 45 seconds, annealing at 58°C for 45 seconds, repeating the polymerization reaction at 72°C for 45 seconds 38 times in one cycle, polymerization at 72°C for 5 minutes.

본원에서 디자인된 4 종류의 프라이머 세트를 동시 다중 검출에 사용한 경우, 크기가 상이한 총 4 종류의 PCR 산물이 검출될 수 있으며, 검출된 PCR 산물 종류에 따른 감염 결과는 다음 표 4와 같다. When the four types of primer sets designed herein are used for simultaneous multiplex detection, a total of 4 types of PCR products having different sizes can be detected, and the infection results according to the types of the detected PCR products are shown in Table 4 below.

[표 4][Table 4]

Figure pat00004
Figure pat00004

동시 다중 PCR 결과는 도 1에 기재된 바와 같다. 도 1에 나타난 바와 같이 본원에 따른 프라이머 세트는 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응에서 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV를 각각 특이적으로 검출할 수 있으며, 또한 각각의 바이러스에 대한 특이적 프라이머를 이용한 유전자 중합효소 연쇄반응에서도 목표 바이러스만을 특이적으로 검출함을 나타내었다. 상기에서 증폭된 산물은 아가로스젤로부터 분리하여 외부에 염기서열 분석(Cosmogenetech, South Korea)을 의뢰한 결과 해당 바이러스만에 특이적인 서열로서 이는 본원에 따른 프라이머가 교차반응성 없이 각 바이러스를 특이적으로 검출함을 확인하였다. Simultaneous multiplex PCR results are as described in FIG. 1 . As shown in Figure 1, the primer set according to the present application can specifically detect ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV, respectively, in a simultaneous multi-gene polymerase chain reaction, and a specific primer for each virus It was shown that only the target virus was specifically detected in the used gene polymerase chain reaction. The amplified product was separated from the agarose gel, and as a result of requesting an external sequencing analysis (Cosmogenetech, South Korea), it was a sequence specific only to the virus. detection was confirmed.

다음으로 각 조합의 프라이머 세트 (표 3)를 이용하여 ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV 및 REV에 대한 민감도를 확인하였다. 이를 위해 ILTV, REV-integrated FWPV 및 REV에 각각 단독 감염된 닭의 기관, 간 및 벼슬에서 DNA를 추출한 뒤, 본원에 따른 프라이머 세트를 이용한 PCR을 통해 증폭된 각 표적 산물을 1% TAE 아가로스젤에서 전기영동을 수행하여 제조자의 방법에 따라 gel extraction(Qiagen, Germany)을 실시한 후 pGEM-T Easy Vector(promega, USA)에 제조사의 방법대로 각각 삽입하여 pGEM-ILTV, pGEM-FWPV, pGEM-REV-integrated FWPV 및 pGEM-REV를 제작하였다. Next, the sensitivity to ILTV, FWPV, REV-integrated FWPV and REV was confirmed using each combination of primer sets (Table 3). To this end, DNA was extracted from the organs, livers and head of chickens infected with ILTV, REV-integrated FWPV and REV, respectively, and each target product amplified by PCR using the primer set according to the present application was prepared using 1% TAE agarose gel. After electrophoresis, gel extraction (Qiagen, Germany) was performed according to the manufacturer's method, and then inserted into pGEM-T Easy Vector (promega, USA) according to the manufacturer's method, respectively, and pGEM-ILTV, pGEM-FWPV, pGEM-REV- Integrated FWPV and pGEM-REV were fabricated.

그리고 상기의 제작된 pGEM-ILTV, pGEM-FWPV, pGEM-REV-integrated FWPV 및 pGEM-REV를 각각 ㎕ 반응액 중에 1.0 x 56 copies, 1.0 x 55 copies, 1.0 x 54 copies, 1.0 x 53 copies, 1.0 x 52 copies, 1.0 x 51 copies, 1.0 x 50 copy의 농도로 희석하여 동시 다중 유전자 중합효소 연쇄반응을 실시한 결과 1.0 x 54 copies 이상의 농도에서 pGEM-ILTV, pGEM-FWPV, pGEM-REV-integrated FWPV 및 pGEM-REV를 동시에 검출할 수 있음을 확인하였고, 또한 각각의 바이러스에 특이적인 프라이머를 사용하여 하나의 바이러스에 대한 개별 PCR을 수행한 결과 1.0 x 52 copies 이상의 농도에서 바이러스를 각각 검출하였다 (도 2).In addition, 1.0 x 5 6 copies, 1.0 x 5 5 copies, 1.0 x 5 4 copies, 1.0 x 5 As a result of simultaneous multi-gene polymerase chain reaction by diluting to a concentration of 3 copies, 1.0 x 5 2 copies, 1.0 x 5 1 copies, 1.0 x 5 0 copies, pGEM-ILTV, pGEM-FWPV at a concentration of 1.0 x 5 4 copies or more , it was confirmed that pGEM-REV-integrated FWPV and pGEM-REV could be detected simultaneously, and as a result of performing individual PCR for one virus using primers specific for each virus, the concentration of 1.0 x 5 2 copies or more Viruses were detected in each ( FIG. 2 ).

도 2에 기재된 바와 같이 본원에 따른 프라이머 세트를 이용한 바이러스의 검출은 민감도가 pGEM-ILTV, pGEM-FWPV, pGEM-REV-integrated FWPV 및 pGEM-REV의 4 종에 대한 유전체 모두를 이용한 경우 1.0 x 54 copies; ILTV의 유전체가 포함된 plasmid를 이용한 경우 1.0 x 52 copies; FWPV의 유전체가 포함된 plasmid를 이용한 경우 1.0 x 52 copies; REV-integrated FWPV의 유전체가 포함된 plasmid를 이용한 경우 1.0 x 52 copies; REV의 유전체가 포함된 plasmid를 이용한 경우 1.0 x 52 copies로 민감도가 매우 높은 것으로 나타났다.As described in Figure 2, the detection of virus using the primer set according to the present application has a sensitivity of 1.0 x 5 when using all four genomes of pGEM-ILTV, pGEM-FWPV, pGEM-REV-integrated FWPV and pGEM-REV. 4 copies; In case of using plasmid containing ILTV genome 1.0 x 5 2 copies; 1.0 x 5 2 copies when using a plasmid containing the genome of FWPV; When using a plasmid containing the REV-integrated FWPV genome 1.0 x 5 2 copies; When a plasmid containing the REV genome was used, the sensitivity was found to be very high at 1.0 x 5 2 copies.

<110> REPUBLIC OF KOREA(Animal and Plant Quarantine Agency) <120> Primers for multiplex PCR based detection of Infectious laryngotracheitis virus, Fowlpox virus, and Reticuloendotheliosis virus in poultry and its use <130> DP202012004P <160> 8 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ILTV forward <400> 1 tgagcggctt cagtaacata g 21 <210> 2 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ILTV Reverse <400> 2 ctactgctgg agcgtagag 19 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FWPV Forward <400> 3 agttctcttc taggacgaag gat 23 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FWPV Reverse <400> 4 gtaggcttat cgggtaatac tgtg 24 <210> 5 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV- FWPV Forward <400> 5 actacctatg cctcttattc cact 24 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV- FWPV Reverse <400> 6 ggctcagtat gatagttcga tctc 24 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV Forward <400> 7 ggatttagac aacagtggga gt 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV Reverse <400> 8 cgtcttcata cgaacctagc tt 22 <110> REPUBLIC OF KOREA (Animal and Plant Quarantine Agency) <120> Primers for multiplex PCR based detection of Infectious laryngotracheitis virus, Fowlpox virus, and Reticuloendotheliosis virus in poultry and its use <130> DP202012004P <160> 8 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ILTV forward <400> 1 tgagcggctt cagtaacata g 21 <210> 2 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ILTV Reverse <400> 2 ctactgctgg agcgtagag 19 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FWPV Forward <400> 3 agttctcttc taggacgaag gat 23 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FWPV Reverse <400> 4 gtaggcttat cgggtaatac tgtg 24 <210> 5 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV- FWPV Forward <400> 5 actacctatg cctcttattc cact 24 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV- FWPV Reverse <400> 6 ggctcagtat gatagttcga tctc 24 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV Forward <400> 7 ggatttagac aacagtggga gt 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> REV Reverse <400> 8 cgtcttcata cgaacctagc tt 22

Claims (13)

ILTV (Infectious laryngotracheitis virus), FWPV(Fowlpox virus), FWPV (Fowlpox virus), REV-삽입 FWPV (Reticuloendotheliosis virus-integrated Fowlpox virus) 및 REV (Reticuloendotheliosis virus) 동시 다중 검출용의 다음의 프라이머 쌍의 조합을 포함하는, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 프라이머 세트:
Figure pat00005
Contains combinations of the following primer pairs for simultaneous multiplex detection of Infectious laryngotracheitis virus (ILTV), Fowlpox virus (FWPV), Fowlpox virus (FWPV), Reticuloendotheliosis virus-integrated Fowlpox virus (REV) and Reticuloendotheliosis virus (REV). A primer set for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus:
Figure pat00005
제 1 항에 있어서,
상기 프라이머 세트는 핵산증폭 또는 실시간 핵산증폭에 사용되는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 프라이머 세트.
The method of claim 1,
Wherein the primer set is used for nucleic acid amplification or real-time nucleic acid amplification, a primer set for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus.
제 1 항 또는 제 2 항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 ILTV, FWPV, REV-삽입 FWPV 및 REV의 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 조성물.
A composition for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus of ILTV, FWPV, REV-inserted FWPV and REV comprising the primer set according to claim 1 or 2.
제 3 항에 있어서, 상기 조성물은 핵산증폭 또는 실시간 핵산증폭에 사용되는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 조성물.
The composition for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus according to claim 3, wherein the composition is used for nucleic acid amplification or real-time nucleic acid amplification.
제 1 항 또는 제 2 항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 ILTV, FWPV, REV-삽입 FWPV 및 REV의 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 키트.
A kit for simultaneous multiple detection of ILTV, FWPV, REV-inserted FWPV and REV avian complex infection virus comprising the primer set according to claim 1 or 2.
제 5 항에 있어서, 상기 조성물은 핵산증폭 또는 실시간 핵산증폭에 사용되는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출용 키트.
The kit of claim 5, wherein the composition is used for nucleic acid amplification or real-time nucleic acid amplification.
ILTV, FWPV, REV-삽입 FWPV 및 REV 동시 다중 검출이 필요한 조류의 유래의 시료 및/또는 환경시료를 제공하는 단계: 및
상기 시료를 하기 표의 프라이머 쌍의 조합을 포함하는 프라이머 세트와 혼합하여 핵산 증폭반응을 수행하는 단계를 포함하는, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법:
Figure pat00006

providing an algal-derived sample and/or an environmental sample requiring simultaneous multiplex detection of ILTV, FWPV, REV-inserted FWPV and REV; and
A method for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus, comprising the step of performing a nucleic acid amplification reaction by mixing the sample with a primer set including a combination of primer pairs in the table below:
Figure pat00006

제 7 항에 있어서,
상기 조류 유래의 시료는 조류의 병성감정 시료, 양계 산업계의 육계, 산란계, 종계, 종란, SPF(Specific Pathogen Free) 닭 및 종란을 포함하는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법.
8. The method of claim 7,
The avian-derived sample includes a disease test sample of birds, broilers, laying hens, breeders, eggs, SPF (Specific Pathogen Free) chickens and eggs of the poultry industry, simultaneous multiple detection method of avian complex infection virus.
제 8 항에 있어서,
상기 조류 유래의 시료는 병성감성 시료로, 상기 병성감정 시료는 비강, 구강, 기관, 폐, 벼슬을 포함하는 피부, 간 또는 비장인 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법.
9. The method of claim 8,
The avian-derived sample is a sensibility sample, and the morbidity assessment sample is a skin, liver or spleen including nasal, oral cavity, trachea, lung, and spleen.
제 7 항에 있어서,
상기 환경시료는 농장의 검체, 진드기, 모기, 오염된 깃털 또는 가피, 닭비듬, 및 축사 먼지를 포함하는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법.
8. The method of claim 7,
The environmental sample includes a farm sample, mites, mosquitoes, contaminated feathers or scabs, chicken dander, and livestock dust.
제 7 항에 있어서,
상기 방법은 상기 핵산증폭 반응 종료 후 그 증폭 산물의 크기를 결정하는 단계; 및
상기 각 프라이머 쌍의 증폭 산물의 크기를 근거로 상기 시료의 ILTV, REV-삽입된 FWPV 및/또는 REV의 존재 또는 감염 여부를 판단하는 단계를 추가로 포함하며,
상기 각 프라이머 쌍에 따른 증폭 산물의 크기 및 이에 따른 상기 각 바이러스의 존재 또는 감염 결과는 다음 표와 같은 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법:
Figure pat00007

8. The method of claim 7,
The method comprises the steps of determining the size of the amplification product after completion of the nucleic acid amplification reaction; and
Further comprising the step of determining the presence or infection of ILTV, REV-inserted FWPV and/or REV in the sample based on the size of the amplification product of each primer pair,
The size of the amplification product according to each primer pair and the presence or infection result of each virus accordingly are as shown in the following table, a method for simultaneous multiple detection of avian complex infection virus:
Figure pat00007

제 11 항에 있어서,
상기 핵산 증폭 산물의 크기는 전기영동으로 수행되는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법.
12. The method of claim 11,
The size of the nucleic acid amplification product will be performed by electrophoresis, a simultaneous multiple detection method of avian complex infection virus.
제 7 항 내지 제 12 항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 핵산 증폭 반응은 94℃에서 5 분간 가열하는 단계, 94℃에서 45 초간 변성, 58℃에서 45 초간 어닐링, 72℃에 45 초간 중합반응을 한 주기로 38회 반복하는 단계 및 72℃에 5 분간 중합하는 단계를 포함하는 것인, 조류 복합 감염 바이러스 동시 다중 검출 방법.
13. The method according to any one of claims 7 to 12,
The nucleic acid amplification reaction is a step of heating at 94°C for 5 minutes, denaturing at 94°C for 45 seconds, annealing at 58°C for 45 seconds, repeating the polymerization reaction at 72°C for 45 seconds 38 times in one cycle, and polymerization at 72°C for 5 minutes. Simultaneous multiple detection method of avian complex infection virus comprising the step of.
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Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
김혜령 등, 농림축산검역검사기술개발 연구과제 연차실적보고서, (2019.12.)* *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117737298A (en) * 2023-09-22 2024-03-22 江苏农牧科技职业学院 Multiplex PCR primer, detection reagent, method and application for identifying avian infectious bronchitis viruses with different genotypes simultaneously

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