KR20210154518A - Bio marker composition for detection of Bombyx mori - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 삼면홍회백 검출용 바이오 마커 조성물에 관한 것이다.The present invention relates to a biomarker composition for detecting three-sided red and grayish white.
누에는 집에서 사육되는 가잠(家蠶)과 야생에서 사육되는 야잠(野蠶)으로 분류할 수 있다. 가잠은 농번기를 피하여 여름이나 겨울에 사육하며, 뽕잎만 있으면 사육할 수 있으므로 알을 냉장해 두었다가 필요에 따라 사육하고 있다. 야잠은 그 종류가 많으나 가장 유명한 것은 작잠이고, 그 외에 천잠과 율충견이 있다.Silkworms can be classified into home-bred gajam and wild-caught yajam. Gajam is bred in summer or winter to avoid the busy season, and can be bred only with mulberry leaves, so the eggs are refrigerated and reared as needed. There are many types of yajam, but the most famous one is jamjam, and there are other types of jam and yulchunggyeon.
도토리나무나 가락나무 등의 잎을 먹고 자라는 작잠(Antheraea pernyi)은 산둥성, 랴오둥반도, 인도 등지에서 다량 생산되며, 떡갈나무 잎을 먹는 천잠(Antheraea Yamamai)은 일본의 장야(長野), 광도(廣島) 등의 특산품으로 담녹황색의 고치를 지으며, 산고치견(Yamamai silk)이라고도 한다. 어스랑이라고도 불리는 율충(Caligula Japonica, 밤나무산누에나방)은 밤나무 잎을 먹으며, 회갈색의 딱딱한 고치를 짓는 누에이다.Jakjam (Antheraea pernyi) grow to eat the leaves, such as acorn trees and rhythms trees Shandong Province, Liaodong Peninsula, and mass production in India and elsewhere, cheonjam (Antheraea Yamamai) eat oak leaves are jangya Japan (長野), brightness (廣島) and other special products to make pale green and yellow cocoons, also called Yamamai silk. Caligula Japonica (Caligula Japonica) , also called earthworm, is a silkworm that eats chestnut leaves and builds a gray-brown, hard cocoon.
누에는 그 시발지인 중국으로부터 세계의 여러 지역으로 전파되어 서로 다른 각 지역의 자연환경에 적응하면서 각 지역에 따른 형질적 특징을 갖게 되었다. 중국종계 누에알은 연한 녹색 기운이 도는 회색으로 일본종계보다 빛깔이 연하다. 유충은 희잠(plain)으로 성장이 비교적 빠른 편이다. 익은 누에는 푸른 빛을 띠며, 병과 환경에 대한 저항성이 강한 편이다. 고치의 형태는 타원형이고, 고치에서 나오는 견사는 가늘다.The silkworm spread from China, where it originated, to various regions of the world, and while adapting to the natural environment of each region, it has the characteristic characteristics of each region. The Chinese breed silkworm eggs are pale greenish gray and have a lighter color than the Japanese breed. The larvae are plain and grow relatively quickly. Ripe silkworms are bluish in color and have strong resistance to disease and the environment. The shape of the cocoon is oval, and the silk thread coming out of the cocoon is thin.
일본종계 누에알의 색은 회갈색이며 익은 누에는 붉은빛을 띤다. 유충은 형잠(normal marking)으로 유충기간이 중국종보다 약간 길고, 고치는 땅콩형으로 짓는다. 견사는 길이가 굵고 짧은 편이다. 유럽종계 누에알의 색은 일본종계보다 연하며, 몸이 길고 다른 종보다 크고 무거운 것이 특징이다. 중국종계와는 달리 누에병과 환경에 대한 저항성이 약하여 사육하기가 어렵다. 고치는 긴 타원형이며, 실로 만들기가 가장 좋은 종자이다.The color of Japanese silkworm eggs is grayish-brown, while ripe silkworms are reddish. The larvae are normal marking, and the larval period is slightly longer than that of the Chinese species. The silk thread is thick and short. The color of the eggs of the European breed is softer than that of the Japanese breed, and it is characterized by a longer body and a larger and heavier body than other breeds. Unlike Chinese breeders, it is difficult to breed because of its weak resistance to silkworm disease and the environment. The cocoon has a long oval shape and is the best seed to make into thread.
열대종계는 인도와 동남아시아가 원산지로 방추형의 작은 고치를 지으며, 고치색은 황색 또는 녹색이 대부분이다. 누에알은 작고 광택이 있으며, 유충기간은 짧지만, 매우 튼튼하다. 재래종은 19세기까지 사육되어온 우리나라의 누에로 흰색 또는 황색 고치를 짓는 삼면잠누에가 있다.The tropical breeder is native to India and Southeast Asia and builds small spindle-shaped cocoons, and most of the cocoons are yellow or green. Silkworm eggs are small, glossy, and have a short larval period, but are very strong. The native species is the Korean silkworm that was bred until the 19th century.
세계적으로 약 3,000여 품종의 누에가 다양한 목적에 의해서 보전되고 있는 가운데 국내에서는 340여 계통을 국가 유전자원으로 보존하고 있으며, 매년 육종을 통하여 한별누에 등 신품종을 육성하고 있다. 이들 누에 계통과 함께 삼면홍회백을 비롯한 5종의 우리 고유 재래종이 있으나, 실크 생산을 위한 1차 산업적인 유용성이 매우 낮아 재래종에 대한 연구 및 산업적 활용이 거의 없는 실정이다.While about 3,000 types of silkworms are being conserved worldwide for various purposes, in Korea, about 340 strains are preserved as national genetic resources, and new varieties such as Hanbyeol silkworm are nurtured through breeding every year. Along with these silkworm strains, there are five native species of Korea, including three-faced rhododendron, but the primary industrial utility for silk production is very low, so there is little research and industrial use of native species.
각 누에 유전자원은 오랜 기간 순화로 유전자원 내 고유 유전적 형질이 존재하나 국내 고유 품종을 비롯한 보존된 유전자원에 관한 비교 연구는 전무한 실정으로, 품종 구분을 위한 적절한 분자 마커의 개발이 시급하다.Although each silkworm genetic resource has been acclimatized for a long period of time, there are unique genetic traits within the genetic resource, but comparative studies on conserved genetic resources, including indigenous varieties in Korea, are nonexistent.
본 발명은 삼면홍회백을 포함한 5개의 고유종 및 34개 품종 중 삼면홍회백을 특이적으로 구분하기 위한 마커를 개발하였다.The present invention developed a marker for specifically distinguishing three-faced hongbaek among 5 endemic species and 34 varieties including three-faced hongbaek.
따라서, 본 발명의 하나의 목적은 삼면홍회백에 특이적인 SNP 마커 조성물 및 삼면홍회백 검출용 SNP 마커 조성물을 제공하는 것이다.Accordingly, one object of the present invention is to provide a SNP marker composition specific for three-sided hongbaek and a SNP marker composition for detecting three-faced hongbaek.
본 발명의 또 다른 목적은 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트 및 이를 포함하는 삼면홍회백 검출용 키트를 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a set of primers for detecting three-sided red and white and a kit for detecting three-sided red and white containing the same.
본 발명의 또 다른 목적은 삼면홍회백 검출방법을 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a method for detecting three-sided red and grayish white.
본 발명은 서열번호 1의 염기서열을 포함하는 삼면홍회백 특이적 SNP 마커 조성물에 관한 것이다.The present invention relates to a three-sided red ginseng specific SNP marker composition comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.
본 발명의 삼면홍회백 특이적 SNP 마커 조성물에 있어, 상기 삼면홍회백 특이적 SNP 마커는, 바람직하게 사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709번째 염기서열이 티민(thymine)인 것이 좋다.In the three-sided red and grayish-white specific SNP marker composition of the present invention, the three-sided red grayish white-specific SNP marker, preferably, the 2709th nucleotide sequence in the cytochrome oxidase I gene is thymine .
한편, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709 위치의 SNP를 포함하는 8개 이상의 연속 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 삼면홍회백 검출용 SNP 마커 조성물을 제공한다.On the other hand, the present invention is for detecting three or more consecutive polynucleotides containing the SNP at position 2709 in the cytochrome oxidase I gene represented by SEQ ID NO: 1 or a polynucleotide complementary thereto A SNP marker composition is provided.
한편, 본 발명은 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A; 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트를 제공한다.On the other hand, the present invention is a primer set A comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3; and a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5;
본 발명의 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트에 있어, 상기 프라이머 세트 A는, 바람직하게 삼면홍회백 특이적 SNP 마커를 증폭하기 위한 것이 좋다.In the primer set for detecting three-faced erythrasma of the present invention, the primer set A is preferably for amplifying a three-sided erythropoda specific SNP marker.
본 발명의 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트에 있어, 상기 프라이머 세트 B는, 바람직하게 삼면홍회백 특이적 SNP 마커의 증폭 산물 중 대립유전자를 특이적으로 증폭하기 위한 것이 좋다.In the primer set for detecting three-sided red ginseng of the present invention, the primer set B is preferably for specifically amplifying the allele among the amplification products of the three-sided erythropoda specific SNP marker.
한편, 본 발명은 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A; 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 조성물을 제공한다.On the other hand, the present invention is a primer set A comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3; and a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5;
한편, 본 발명은 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A; 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 키트를 제공한다.On the other hand, the present invention is a primer set A comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3; and a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5;
한편, 본 발명은 a) a) 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A를 이용하여 삼면홍회백 특이적 SNP 마커를 증폭하는 단계; 및 b) 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B를 이용하여 상기 a) 단계의 증폭 산물 중 대립유전자를 특이적으로 증폭하는 단계;를 포함하는 삼면홍회백의 검출방법을 제공한다.On the other hand, the present invention comprises the steps of: a) a) amplifying a three-sided red and white SNP marker using a primer set A comprising a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2 and a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 3; and b) specifically amplifying the allele in the amplification product of step a) using a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5; Provided is a method for detecting three-sided red gray matter.
본 발명의 삼면홍회백의 검출방법에 있어, 상기 증폭은, 바람직하게 90~95℃에서 2~8분을 한 세트로 1 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하고, 순차적으로 90~95℃에서 30초~3분, 40~60℃에서 30초~3분, 65~80℃에서 30초~3분을 한 세트로 30~40 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하며, 68~75℃, 1~10분을 한 세트로 1 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하는 것이 좋다.In the detection method of the three-sided red gray ivy of the present invention, the amplification is preferably carried out at 90 to 95 ° C. for 2 to 8 minutes as a set under the conditions of one cycle, and sequentially at 90 to 95 ° C. The reaction is carried out under the conditions of 30 to 40 cycles in a set of 30 seconds to 3 minutes, 30 seconds to 3 minutes at 40-60 ° C, 30 seconds to 3 minutes at 65 to 80 ° C, and 68 to 75 ° C. , it is recommended to proceed with the reaction under the condition of 1 cycle (cycle) with a set of 1 to 10 minutes.
본 발명의 SNP 마커를 이용하여 신규 누에의 품종 비교 분석을 통한 계통 연구 및 정보 분석이 가능하고, 본 발명의 키트를 이용하면 누에 품종 중 삼면홍회백만을 간편하고 신속하게 특이적으로 검출할 수 있어, 누에 품종 간 비교 분석을 통한 누에의 분자육종 및 신품종 개발을 위한 기반을 구축할 수 있다.By using the SNP marker of the present invention, it is possible to conduct phylogenetic research and information analysis through comparative analysis of new silkworm varieties. , it is possible to establish a basis for molecular breeding of silkworms and development of new varieties through comparative analysis between silkworm varieties.
도 1은 본 발명의 프라이머 세트를 이용한 염기서열 분석결과를 나타낸 도이다.
도 2는 본 발명의 방법에 의해 검출된 삼면홍회백을 식별할 수 있는 전기영동 결과를 나타낸 1반복구 도이다.
도 3은 본 발명의 방법에 의해 검출된 삼면홍회백을 식별할 수 있는 전기영동 결과를 나타낸 2반복구 도이다.
도 4는 본 발명의 방법에 의해 검출된 삼면홍회백을 식별할 수 있는 전기영동 결과를 나타낸 3반복구 도이다.
도 5는 본 발명의 방법에 의해 검출된 삼면홍회백을 식별할 수 있는 전기영동 결과를 나타낸 4반복구 도이다.
도 6은 본 발명의 방법에 의해 검출된 삼면홍회백을 식별할 수 있는 전기영동 결과를 나타낸 5반복구 도이다.1 is a diagram showing the results of nucleotide sequence analysis using the primer set of the present invention.
Figure 2 is a one-recovery diagram showing the results of electrophoresis that can identify the three-sided red gray matter detected by the method of the present invention.
Figure 3 is a diagram showing two repetitions of the electrophoresis results that can identify the three-sided red gray-white detected by the method of the present invention.
Figure 4 is a three-recovery diagram showing the electrophoresis results that can identify the three-sided red gray white detected by the method of the present invention.
5 is a 4 iteration diagram showing the results of electrophoresis that can discriminate the three-sided red gray white detected by the method of the present invention.
6 is a 5 iteration diagram showing the electrophoresis results that can identify the three-sided red gray white detected by the method of the present invention.
세계적으로 약 3,000여 품종의 누에가 다양한 목적에 의해서 보전되고 있는 가운데 국내에서는 340여 계통을 국가 유전자원으로 보존하고 있으며, 매년 육종을 통하여 한별누에 등 신품종을 육성하고 있다. 이들 누에 계통과 함께 삼면잠을 비롯한 5종의 우리 고유 재래종이 있으나, 실크 생산을 위한 1차 산업적인 유용성이 매우 낮아 재래종에 대한 연구 및 산업적 활용이 거의 없는 실정이다.While about 3,000 types of silkworms are being conserved worldwide for various purposes, in Korea, about 340 strains are preserved as national genetic resources, and new varieties such as Hanbyeol silkworm are nurtured through breeding every year. Along with these silkworm strains, there are 5 native species of Korea including Sammyunjam, but the primary industrial utility for silk production is very low, so there is little research and industrial use of native species.
이에, 본 발명은 삼면홍회백을 포함한 5개의 고유종 및 34개 품종 중 삼면홍회백을 특이적으로 구분하기 위한 마커를 개발하여 제공하고자 한다.Accordingly, the present invention intends to develop and provide a marker for specifically distinguishing three-faced hongbaek among five endemic species and 34 varieties, including three-faced hongbaek.
구체적으로 본 발명은 서열번호 1의 염기서열을 포함하는 삼면홍회백 특이적 SNP 마커 조성물에 관한 것이다.Specifically, the present invention relates to a three-sided red ginseng specific SNP marker composition comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.
삼면홍회백은 농촌진흥청 국립농과학원 씨앗은행에 등록번호 "KE10147"으로 등록되어 있다. 누에유충무늬는 희잠이고, 화성은 2화성이며, 면성은 4면성이고, 의장체색은 갈색이다. 또한, 유충체색은 노랑연회색이고, 월년난색은 회색이며, 견색은 엷은노랑이다. 고치모양은 표형이며, 혈색은 백색을 띤다.The three-sided red ginseng is registered with the National Academy of Agricultural Sciences Seed Bank under the Rural Development Administration as registration number "KE10147". Silkworm larvae pattern is lunar, Mars is 2-star, plane is 4-plane, and the color of the body color is brown. In addition, the larval body color is yellow light gray, the monthly warm color is gray, and the silk color is pale yellow. Its cocoon shape is a mark, and its color is white.
본 발명에서, 용어 "마커"란 누에 품종 중 삼면홍회백만을 특이적으로 구분할 수 있는 특정 염기서열을 의미한다.In the present invention, the term "marker" refers to a specific nucleotide sequence capable of specifically distinguishing three-sided honghaeman from among silkworm varieties.
본 발명에서, 용어 "단염기다형성(single nucleotide polmorphism; SNP)"이란 개체간 DNA 염기서열 하나에서 나타나는 차이를 말한다. DNA 염기서열의 특정 부위에 어떤 작물이 아데닌(adenine)을 가지고 있는 반면 어떤 작물은 시토신(cytosine)을 가지고 있는 것으로, 이러한 미세한 차이에 의하여 각 유전자의 기능이 달라질 수 있고, 이런 것들이 상호 작용하여 서로 다른 모양의 초형을 만들고 서로 다른 질병에 대한 감수성의 차이를 만들어 낸다.In the present invention, the term "single nucleotide polmorphism (SNP)" refers to a difference in one DNA nucleotide sequence between individuals. Some crops have adenine at a specific site in the DNA sequence, while others have cytosine. They create different shapes and different susceptibility to different diseases.
SNP는 지금까지 알려진 DNA 다형성의 약 80%를 차지하는 것으로 알려졌다. 인간 유전체에서 SNP는 약 1kb 마다 하나씩 존재하는 것으로 알려졌으며, 벼에서는 자포니카와 인디카 품종 간 약 170bp 마다 하나씩 SNP가 나타나는 것으로 보고되었다.SNPs are known to account for about 80% of known DNA polymorphisms. In the human genome, one SNP is known to exist every 1 kb, and it has been reported that one SNP appears every 170 bp between Japonica and Indica varieties in rice.
이론적으로 네 종류의 뉴클레오티드 중 어느 것이든 한 위치에 존재할 수 있기 때문에 각 SNP는 네 개의 대립인자를 가질 수 있다. 작은 크기 염기의 삽입과 결실도 SNP에 포함된다. 다만, SNP는 유전체의 점 돌연변이에 의해 생기므로 대부분의 SNP는 단지 두 가지 변형으로만 존재한다.In theory, each SNP can have four alleles, since any of the four types of nucleotides can exist at one position. Insertions and deletions of small bases are also included in SNPs. However, since SNPs are generated by point mutations in the genome, most SNPs exist in only two variants.
SNP는 존재하는 위치에 따라 유전자의 프로모터(promoter) 등 전사활성조절에 관계하는 영역에 존재하는 regulatory SNP (rSNP), 유전자의 인트론(intron) 부분에 존재하는 intronic SNP (iSNP), 유전자와 유전자 사이에 존재하는 genomic SNP (gSNP) 및 유전자의 엑손(exon) 부분으로 아미노산 변이를 일으키는 영역에 존재하는 coding SNP (cSNP)로 구분할 수 있다. cSNP는 아미노산의 변경이 없는 sSNP(synonymous SNP)와 아미노산이 변경되는 nsSNP(nonsynonymous SNP) 등으로 분류된다.Depending on the location of the SNP, regulatory SNP (rSNP) that exists in the region related to transcriptional activity regulation, such as the promoter of a gene, intronic SNP (iSNP) that exists in the intron part of a gene, and between genes It can be divided into genomic SNP (gSNP) present in the gene and coding SNP (cSNP) present in the region that causes amino acid mutation in the exon part of the gene. cSNPs are classified into sSNPs (synonymous SNPs) in which amino acids are not changed and nsSNPs (nonsynonymous SNPs) in which amino acids are changed.
유전체 상에서 SNP를 동정하는 가장 직접적인 방법은 서로 다른 개체나 종의 유전체 전체의 DNA 염기서열을 직접 비교, 분석하는 것이며, 더 효율적인 전략으로는 여러 개체의 유전체 상의 일부분의 염기서열을 확보하여 비교 분석하는 것이다. The most direct way to identify SNPs on the genome is to directly compare and analyze the DNA sequences of the entire genomes of different individuals or species. will be.
미토콘드리아 유전체는 모계유전을 통해 다음 세대로 유전물질을 전달하는 원형분자로 13개의 단백질암호화유전자(protein coding genes), 22개의 tRNA, 2개의 rRNA 및 하나의 비암호화유전자인 A+T rich region으로 구성된다.The mitochondrial genome is a circular molecule that transmits genetic material to the next generation through maternal inheritance. do.
본 발명은 삼면홍회백을 포함한 5개의 고유종 및 34개 품종의 미토콘드리아 유전체 DNA 염기서열을 비교 분석하였고, 그 중 본 발명은 삼면홍회백이 사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709번째 염기서열이 티민(thymine)인 것을 확인하였다. 이로써, 본 발명의 SNP 마커는, 바람직하게 사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709번째 염기서열이 티민(thymine)인 것을 특징으로 한다.The present invention compared and analyzed the mitochondrial genome DNA sequences of 5 endemic species and 34 varieties, including three-sided red gray ivy. It was confirmed that this was thymine. Accordingly, the SNP marker of the present invention is preferably characterized in that the 2709th nucleotide sequence in the cytochrome oxidase I gene is thymine.
한편, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709 위치의 SNP를 포함하는 8개 이상의 연속 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 삼면홍회백 검출용 SNP 마커 조성물을 제공한다.On the other hand, the present invention is for detecting three or more consecutive polynucleotides containing the SNP at position 2709 in the cytochrome oxidase I gene represented by SEQ ID NO: 1 or a polynucleotide complementary thereto A SNP marker composition is provided.
한편, 본 발명은 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A; 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트를 제공한다.On the other hand, the present invention is a primer set A comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3; and a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5;
본 발명의 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트에 있어, 상기 프라이머 세트 A는, 바람직하게 삼면홍회백 특이적 SNP 마커를 증폭하기 위한 것이 좋다.In the primer set for detecting three-faced erythrasma of the present invention, the primer set A is preferably for amplifying a three-sided erythropoda specific SNP marker.
본 발명의 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트에 있어, 상기 프라이머 세트 B는, 바람직하게 삼면홍회백 특이적 SNP 마커의 증폭 산물 중 대립유전자를 특이적으로 증폭하기 위한 것이 좋다.In the primer set for detecting three-sided red ginseng of the present invention, the primer set B is preferably for specifically amplifying the allele among the amplification products of the three-sided erythropoda specific SNP marker.
본 발명에서 용어 "프라이머"는 짧은 자유 3 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 핵산의 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고, 핵산 주형의 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오타이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다.In the present invention, the term "primer" is a nucleic acid sequence having a short free 3' hydroxyl group and can form a base pair with a template of a complementary nucleic acid, and strand copy of the nucleic acid template It refers to a short nucleic acid sequence that serves as a starting point for Primers are capable of initiating DNA synthesis in the presence of different four nucleotide triphosphates and reagents for polymerization (ie, DNA polymerase or reverse transcriptase) in an appropriate buffer and temperature.
상기 프라이머 설계시, 프라이머의 A, G, C, T 함량비, 프라이머 결합체(dimer) 형성 방지, 같은 염기서열의 3회 이상 반복금지 등 여러 가지 제약이 따르며, 그 외에 단독 PCR 반응조건에 있어서 주형(template) DNA의 양, 프라이머의 농도, dNTP의 농도, Mg2+의 농도, 반응온도, 반응시간 등의 조건이 적정해야 한다.When designing the primer, there are various restrictions such as the A, G, C, T content ratio of the primer, prevention of primer dimer formation, and prohibition of repeating the same nucleotide sequence more than 3 times. (template) Conditions such as DNA amount, primer concentration, dNTP concentration, Mg 2+ concentration, reaction temperature, and reaction time must be appropriate.
상기의 프라이머는 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 즉 핵산 서열이 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형될 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 뉴클레오타이드의 하나 이상의 동족체로의 치환 및 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트 또는 카바메이트 등의 하전되지 않은 연결체나 포스포로티오에이트 또는 포스포로디티오에이트 등의 하전된 연결체로의 뉴클레오타이드의 변형이 가능하다. 또한 핵산은 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그날 펩타이드, 폴리 L 리신 등의 단백질, 아크리딘 또는 프소랄렌 등의 삽입제, 금속, 방사성 금속, 철 산화성 금속 등의 킬레이트화제 및 알킬화제 등의 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기를 가질 수 있다.The above primers may incorporate additional features that do not change the basic properties. That is, the nucleic acid sequence can be modified using a number of means known in the art. Examples of such modifications include methylation, encapsulation, substitution of a nucleotide with one or more homologues, and uncharged linkages such as phosphonates, phosphotriesters, phosphoroamidates or carbamates or phosphorothioates or phosphorodithioates. Modification of nucleotides into charged linkages such as In addition, the nucleic acid may include one or more of nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, proteins such as poly L lysine, intercalating agents such as acridine or psoralen, chelating agents such as metals, radioactive metals, iron oxidizing metals, and alkylating agents. It may have additional covalently attached residues.
또한, 본 발명의 프라이머 서열은 검출 가능한 시그날을 직접적 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다. 상기 프라이머는 분광학, 광화학, 생화학, 면역화학 또는 화학적 수단을 이용하여 검출 될 수 있는 표지를 포함할 수 있다. 유용한 표지는 32P, 형광 염료, 전자 밀집 시약, 효소(일반적으로 ELISA 에 이용되는 것), 바이오틴 또는 합텐 및 항혈청 또는 단일클론성 항체가 이용가능한 단백질을 포함한다.In addition, the primer sequence of the present invention can be modified using a label capable of directly or indirectly providing a detectable signal. The primer may include a label that can be detected using spectroscopy, photochemical, biochemical, immunochemical or chemical means. Useful labels include proteins for which 32P, fluorescent dyes, electron-dense reagents, enzymes (commonly used in ELISAs), biotin or haptens and antisera or monoclonal antibodies are available.
본 발명의 프라이머들은 적절한 서열의 클로닝 및 제한효소 분해 및 나랭(Narang)등의 포스포트리에스테르 방법(1979, Meth, Enzymol. 68:90-99), 보카지(Beaucage)등의 디에틸포스포라미다이트 방법(1981, Tetrahedron Lett. 22: 1859-1862), 및 미국 특허 제 4458066호의 고형물 지지 방법과 같은 직접적인 화학적 합성법을 포함하는 임의의 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다.The primers of the present invention are suitable for cloning and restriction enzyme digestion, Narang et al.'s phosphotriester method (1979, Meth, Enzymol. 68:90-99), and Beaucage's diethyl phosphoramidi Chemical synthesis may be accomplished using any other well known method, including direct chemical synthesis methods such as the method of the present invention (1981, Tetrahedron Lett. 22: 1859-1862), and the solids support method of US 4458066.
본 발명에서, 용어 "프라이머 세트"는 목적하는 유전자를 중합효소 연쇄반응을 통하여 증폭시키기 위하여 사용되는 정방향 프라이머와 역방향 프라이머로 구성된 세트를 의미하며, 용어 "프라이머 쌍"과 호환된다.In the present invention, the term "primer set" means a set consisting of a forward primer and a reverse primer used to amplify a desired gene through a polymerase chain reaction, and is interchangeable with the term "primer pair".
상기 프라이머는 DNA 합성의 시발점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징이 혼입될 수 있다. 또한, 프라이머는 필요할 경우 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역 화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(알칼린포스파타아제), 방사선 동위원소(예. 32P), 형광성 분자, 화학그룹(예. 바이오틴) 등이 있다.The primer may incorporate additional features that do not change the basic properties of the primer serving as a starting point for DNA synthesis. In addition, if necessary, the primer may contain a label detectable directly or indirectly by spectroscopic, photochemical, biochemical, immunochemical or chemical means. Examples of labels include enzymes (alkaline phosphatase), radioactive isotopes (eg 32P), fluorescent molecules, chemical groups (eg biotin), and the like.
한편, 본 발명은 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A; 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 조성물을 제공한다.On the other hand, the present invention is a primer set A comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3; and a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5;
한편, 본 발명은 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A; 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 키트를 제공한다.On the other hand, the present invention is a primer set A comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3; and a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5;
본 발명에 있어, 상기 키트는, 실시간 역전사중합효소연쇄반응(RT-PCR)용인 것을 특징으로 할 수 있다.In the present invention, the kit may be characterized in that it is for real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR).
본 발명에 따른 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분으로서 조성물, 용액 또는 장치를 더 포함할 수 있다. 바람직하게 상기 키트는 역전사 반응 및 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 더 포함할 수 있다.The kit according to the present invention may further include a composition, solution or device as one or more other components suitable for the assay method. Preferably, the kit may further include essential elements necessary for performing the reverse transcription reaction and RT-PCR.
본 발명에 따른 키트는 상술한 본 발명에 따른 프라이머 세트를 이용하므로, 공통된 내용은 반복 기재에 따른 명세서의 과도한 중복성을 피하기 위하여 그 기재를 생략하는 바이다.Since the kit according to the present invention uses the primer set according to the present invention described above, the description thereof is omitted in order to avoid excessive redundancy of the specification due to repeated description.
본 발명의 키트는 상기 조성물을 동결 건조된 형태로 플라스틱 튜브에 담아 제조될 수 있다. 상기 키트는 조성물 외에, 분석에 사용되는 적절한 시약 및 도구를 더 포함할 수 있으며, 이러한 시약 및 도구로는 적합한 담체, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 표지, 용해제, 세정제 등이 포함된다.The kit of the present invention may be prepared by putting the composition in a plastic tube in a freeze-dried form. The kit may further include, in addition to the composition, appropriate reagents and tools used in the analysis, such reagents and tools include a suitable carrier, a label capable of generating a detectable signal, a solubilizing agent, a detergent, and the like.
상기 적합한 담체로는, 이에 제한되지는 않으나, 가용성 담체, 예를 들어 당 분야에 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS, 불용성 담체, 예를 들어 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 라텍스에 금속을 도금한 자성 미립자와 같은 고분자, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로스 및 이들의 조합일 수 있다.Suitable carriers include, but are not limited to, soluble carriers such as physiologically acceptable buffers known in the art such as PBS, insoluble carriers such as polystyrene, polyethylene, polypropylene, polyester , polyacrylonitrile, fluororesin, crosslinked dextran, polysaccharide, polymer such as magnetic fine particles plated with metal in latex, other paper, glass, metal, agarose, and combinations thereof.
한편, 본 발명은 a) a) 서열번호 2로 표시되는 염기서열 및 서열번호 3으로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 A를 이용하여 삼면홍회백 특이적 SNP 마커를 증폭하는 단계; 및 b) 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B를 이용하여 상기 a) 단계의 증폭 산물 중 대립유전자를 특이적으로 증폭하는 단계;를 포함하는 삼면홍회백의 검출방법을 제공한다.On the other hand, the present invention comprises the steps of: a) a) amplifying a three-sided red and white SNP marker using a primer set A comprising a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2 and a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 3; and b) specifically amplifying the allele in the amplification product of step a) using a primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5; Provided is a method for detecting three-sided red gray matter.
tetra-primer ARMS (tetra-primer amplification refractory mutation system)는 한 번의 PCR 수행 후 전기영동 결과를 바탕으로 SNP를 판별하는 방식으로 간단하다. 구체적으로 tetra-primer ARMS는 한 번의 PCR에서 4개의 프라이머를 사용하여 SNP 유전자형을 판별하는데, 상기 프라이머는 SNP 영역을 포함하는 단편을 증폭하기 위한 2개의 외부 프라이머(outer primer; OF and OR) 및 SNP 유전자형 판별을 위한 대립유전자 특이적 단편을 증폭하는 2개의 내부 프라이머(inner primer; IF and IR)로 구성된다.The tetra-primer ARMS (tetra-primer amplification refractory mutation system) is a simple method that identifies SNPs based on electrophoresis results after performing one PCR. Specifically, the tetra-primer ARMS uses four primers in one PCR to determine the SNP genotype, and the primers are two outer primers (OF and OR) and SNP for amplifying a fragment containing the SNP region. It consists of two inner primers (IF and IR) that amplify an allele-specific fragment for genotyping.
외부 프라이머를 사용하여 증폭된 단편은 대립유전자 특이적 단편을 생성하는 내부 프라이머의 주형 가닥으로 이용된다. 내부 프라이머는 3' 말단에 SNP 각각의 대립유전자를 포함한 특이적 프라이머로 제작하여 해당 대립유전자에는 특이적으로 반응하나 다른 대립유전자에는 반응하지 않음으로써 각각 다른 단편을 증폭하게 되는 것이다.Fragments amplified using the outer primers are used as template strands for the inner primers to generate allele-specific fragments. Internal primers are prepared with specific primers including alleles of each SNP at the 3' end, and are amplified by different fragments by reacting specifically to the allele but not to the other alleles.
SNP 영역을 중심으로 외부 프라이머를 각각 다른 영역(region)에 배치하여, 두 개의 대립유전자 단편이 서로 다른 크기로 증폭되어 전기영동 시 육안 구분이 가능하다. 즉, 본 발명에서는 외부 프라이머를 각각 미토콘드리아 유전자의 2522-2547(SH_SNP1-OF) 및 2901-2926(SH_SNP1-OR) 영역에 배치함으로써, SNP 영역을 포함하는 405bp의 산물을 수득할 수 있었고, 삼면홍회백에만 반응한 209bp의 산물을 수득할 수 있어, 본 발명의 방법을 이용하면, 삼면홍회백 시료에서는 405bp 및 209bp의 밴드를 확인할 수 있다.By arranging external primers in different regions around the SNP region, the two allele fragments are amplified to different sizes so that they can be visually distinguished during electrophoresis. That is, in the present invention, by arranging the external primers in the 2522-2547 (SH_SNP1-OF) and 2901-2926 (SH_SNP1-OR) regions of the mitochondrial gene, respectively, a product of 405bp including the SNP region was obtained, and three-sided red A product of 209 bp in response to gray matter only can be obtained, and by using the method of the present invention, bands of 405 bp and 209 bp can be identified in the three-sided red gray matter sample.
반면, 삼면홍회백에 해당하지 않는 시료는 241bp의 산물을 수득할 수 있어, 이의 시료에서는 405bp 및 241bp의 밴드를 확인할 수 있다. 따라서, 본 발명은 이러한 대립유전자 밴드 크기 상이에 따라 쉽게 식별할 수 있어, 삼면홍회백을 포함한 5개의 고유종 및 34개 품종 중에서 삼면홍회백만을 특이적으로 검출할 수 있는 것이다.On the other hand, a sample that does not correspond to the three-sided red gray ivy can obtain a product of 241 bp, and bands of 405 bp and 241 bp can be identified in the sample. Therefore, the present invention can be easily identified according to the difference in the size of these allele bands, and can specifically detect only three-faced honghoebaek among 5 endemic species including three-faced honghoebaek and 34 varieties.
본 발명의 삼면홍회백의 검출방법에 있어, 상기 증폭은, 바람직하게 90~95℃에서 2~8분을 한 세트로 1 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하고, 순차적으로 90~95℃에서 30초~3분, 40~60℃에서 30초~3분, 65~80℃에서 30초~3분을 한 세트로 30~40 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하며, 68~75℃, 1~10분을 한 세트로 1 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하는 것이 좋다.In the detection method of the three-sided red gray ivy of the present invention, the amplification is preferably carried out at 90 to 95 ° C. for 2 to 8 minutes as a set under the conditions of one cycle, and sequentially at 90 to 95 ° C. The reaction is carried out under the conditions of 30 to 40 cycles in a set of 30 seconds to 3 minutes, 30 seconds to 3 minutes at 40-60 ° C, 30 seconds to 3 minutes at 65 to 80 ° C, and 68 to 75 ° C. , it is recommended to proceed with the reaction under the condition of 1 cycle (cycle) with a set of 1 to 10 minutes.
상기 변성을 수행하는 과정에서 30초 미만의 반응시간에서는 변성이 원활하게 이루어지지 않으며, 3분이 초과하면 과도한 변성이 일어나 다음 단계의 증폭 반응을 수행하는데 부적합하게 된다. 상기 신장을 수행하는 과정에서 40~60℃에서 30초~3분간 반응시킨 다음, 반응 온도가 40℃ 미만이라면 충분히 원하는 서열이 증폭되지 않아 시료 내 삼면홍회백의 존재를 검출할 수 없게 되며, 60℃를 초과하면 과도한 증폭이 일어날 수 있다. 또한, 마지막 사이클에서 68℃, 1분 미만의 반응시간에서는 원하는 서열의 신장이 충분히 이루어지지 않으며, 75℃, 10분 초과인 경우에는 과도한 서열의 신장이 발생할 수 있다. 따라서, 상기 조건은 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 혼재된 DNA 속에서 삼면홍회백을 증폭하여 진단, 검출하기 위한 최적의 조건인 것이다. 상기 수치 범위를 벗어나는 경우, 시료 내 삼면홍회백의 증폭이 원활하게 이루어지지 않아, 삼면홍회백의 존재를 진단하는데 어려움이 있을 수 있다.In the process of performing the denaturation, if the reaction time is less than 30 seconds, the denaturation is not performed smoothly, and if it exceeds 3 minutes, excessive denaturation occurs, making it unsuitable for performing the amplification reaction of the next step. In the process of performing the elongation, after reacting at 40 to 60 ° C for 30 seconds to 3 minutes, if the reaction temperature is less than 40 ° C, the desired sequence is not sufficiently amplified, and the presence of three-sided red gray ivy in the sample cannot be detected, and at 60 ° C. Excessive amplification may occur. In addition, in the last cycle, at 68° C. and a reaction time of less than 1 minute, the desired sequence is not sufficiently stretched, and when it is 75° C. and more than 10 minutes, excessive sequence extension may occur. Therefore, the above conditions are optimal conditions for amplifying, diagnosing, and detecting trigonal rhododendron in the mixed DNA using the primer set of the present invention. If it is out of the above numerical range, the amplification of the three-sided erythrasma in the sample may not be smoothly performed, and it may be difficult to diagnose the presence of the three-sided hongbaek.
이하, 본 발명의 내용을 하기 실시예 또는 실험예를 통해 더욱 상세히 설명하기로 한다. 다만, 본 발명의 권리범위가 하기 실시예 및 실험예에만 한정되는 것은 아니고, 그와 등가의 기술적 사상의 변형까지를 포함한다.Hereinafter, the contents of the present invention will be described in more detail through the following Examples or Experimental Examples. However, the scope of the present invention is not limited only to the following examples and experimental examples, and includes modifications of technical ideas equivalent thereto.
[[ 실시예Example 1: 본 발명에 따른 삼면홍회백 검출용 조성물의 제작] 1: Preparation of the composition for detecting three-sided red and gray matter according to the present invention]
삼면홍회백을 포함한 5개의 고유종 및 34개 품종의 염기서열을 분석하였다. 그 중 삼면홍회백의 염기서열은 하기 서열번호 2 및 3의 핵산서열을 갖는 프라이머를 이용하여 분석하였다. 도 1에 나타낸 바와 같이, 삼면홍회백이 사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709번째 염기서열이 사이토신(cytosine)에서 티민(thymine)으로 변이된 것을 확인하고, 이를 기반으로 tetra-primer ARMS (tetra-primer amplification refractory mutation system) 수행을 위한 프라이머 세트를 제작하였고, 이를 하기 표 1에 나타내었다.The nucleotide sequences of 5 endemic species and 34 varieties, including three-faced hongbaek, were analyzed. Among them, the nucleotide sequence of three-sided red ginseng was analyzed using primers having the nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 2 and 3 below. As shown in FIG. 1, it was confirmed that the 2709th nucleotide sequence in the cytochrome oxidase I gene of three-sided red ginseng was mutated from cytosine to thymine, and based on this, it was confirmed that the tetra-primer A primer set for performing a tetra-primer amplification refractory mutation system (ARMS) was prepared, and it is shown in Table 1 below.
[[ 실험예Experimental example 1: 본 발명 1: the present invention 프라이머primer 세트의 특이도 검증] Set specificity verification]
본 발명 프라이머 세트의 특이도를 검증하기 위하여 tetra-primer ARMS (tetra-primer amplification refractory mutation system)기법을 수행하였다. PCR 반응을 수행을 위한 프라이머 조성은 하기 표 2에 나타내었고, 반응 조건은 하기 표 3에 나타내었다.In order to verify the specificity of the primer set of the present invention, a tetra-primer amplification refractory mutation system (tetra-primer ARMS) technique was performed. The primer composition for performing the PCR reaction is shown in Table 2 below, and the reaction conditions are shown in Table 3 below.
실험에 사용된 누에 품종은 총 39종으로, 구체적으로 삼면홍회백, Jam123, Jam124, Jam125, Jam126, Jam140, Jam143, Jam144, Jam145, Jam149, Jam150, Jam151, Jam152, Jam153, Jam154, Jam155, Jam156, Jam157, Jam158, Jam159, Jam160, Jam161, Jam162, Jam307, Jam311, Jam312, Jam313, Jam314, Jam315, Jam316, Jam317, Jam318, Jam319, Jam320, Jam321, 고려삼면, 한삼면, 선7호, 산동삼면이 이용되었다.A total of 39 types of silkworms were used in the experiment, specifically, three-sided rhododendron, Jam123, Jam124, Jam125, Jam126, Jam140, Jam143, Jam144, Jam145, Jam149, Jam150, Jam151, Jam152, Jam153, Jam154, Jam155, Jam156, Used by Jam157, Jam158, Jam159, Jam160, Jam161, Jam162, Jam307, Jam311, Jam312, Jam313, Jam314, Jam315, Jam316, Jam317, Jam318, Jam319, Jam320, Jam321, Goryeo three-myeon, Hansam-myeon,
tetra-primer ARMS PCR 수행 후, 산물은 전기영동을 통해 확인하였다. 전기영동은 1× TBE 버퍼(buffer)를 사용하여 2% 아가로오스 겔(agarose gel)을 제작하여 사용하였고, 100V에서 25분 동안 전기영동을 수행하였다.After performing tetra-primer ARMS PCR, the product was confirmed through electrophoresis. Electrophoresis was used to prepare a 2% agarose gel using 1× TBE buffer, and electrophoresis was performed at 100V for 25 minutes.
도 2 내지 6에 나타난 바와 같이, 서열번호 2 및 3에 해당하는 외부 프라이머의 작용에 의해 405bp의 밴드가 나타났고, 서열번호 4 및 5에 해당하는 내부 프라이머의 작용에 의해 209bp 및 241bp의 밴드가 나타났다.As shown in Figures 2 to 6, a band of 405 bp was shown by the action of the external primer corresponding to SEQ ID NOs: 2 and 3, and the bands of 209 bp and 241 bp were shown by the action of the internal primer corresponding to SEQ ID NO: 4 and 5. appear.
구체적으로, 삼면홍회백에 반응한 산물은 405bp 및 209bp의 밴드가 나타났고, 삼면홍회백을 제외한 고유종 및 원종에 반응한 산물은 405bp 및 241bp의 밴드가 나타나, 삼면홍회백과 그 외 고유종 및 원종을 쉽게 식별할 수 있었다. 즉, 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 삼면홍회백만을 특이적으로 검출할 수 있었다.Specifically, the product reacted to the three-faced honghoebaek showed bands of 405bp and 209bp, and the products reacted to the endemic and progenitor excluding the three-faced hongbaek showed bands of 405bp and 241bp. could be easily identified. That is, by using the primer set of the present invention, it was possible to specifically detect only three-sided rhododendron.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION)
<120> Bio marker composition for detection of Bombyx mori
<130> RDA1.102P
<160> 5
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 60
<212> DNA
<213> Bombyx mori
<400> 1
gatatccttt atttacaggc ctttcattaa attcttatat attaaaaatt caatttttta 60
60
<210> 2
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> This is outer forward primer for amplification of SNP region in
Bombyx mori. This is named "SH_SNP1-OF".
<400> 2
attcacagta ggaggattaa caggtg 26
<210> 3
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> This is outer reverse primer for amplification of SNP region in
Bombyx mori. This is named "SH_SNP1-OR".
<400> 3
ttaattcgtt ggttaattat tgattc 26
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> This is inner forward primer for detection of Bombyx mori. This
is named "SH_SNP1-IF".
<400> 4
gcctttcatt aaattcttat agac 24
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> This is inner reverse primer for detection of Bombyx mori. This
is named "SH_SNP1-IR".
<400> 5
ttgtaaaaaa ttgaattttg aa 22
<110> REPUBLIC OF KOREA (MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION)
<120> Bio marker composition for detection of Bombyx mori
<130> RDA1.102P
<160> 5
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
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<212> DNA
<213> Bombyx mori
<400> 1
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60
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<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> This is outer forward primer for amplification of SNP region in
Bombyx mori. This is named "SH_SNP1-OF".
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> This is outer reverse primer for amplification of SNP region in
Bombyx mori. This is named "SH_SNP1-OR".
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<212> DNA
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<223> This is inner forward primer for detection of Bombyx mori. This
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> This is inner reverse primer for detection of Bombyx mori. This
is named "SH_SNP1-IR".
<400> 5
ttgtaaaaaa ttgaattttg
Claims (10)
A three-sided red and grayish white specific SNP marker composition comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.
상기 삼면홍회백 특이적 SNP 마커는,
사이토크롬산화효소 Ⅰ(cytochrome oxidase Ⅰ) 유전자 내 2709번째 염기서열이 티민(thymine)인 것을 특징으로 하는 삼면홍회백 특이적 SNP 마커 조성물.
According to claim 1,
The three-sided red and grayish white specific SNP marker is,
Cytochrome oxidase Ⅰ (cytochrome oxidase Ⅰ) in the gene, the 2709th nucleotide sequence is thymine (thymine), characterized in that the three-sided red grayish white specific SNP marker composition.
A SNP marker composition for detecting three-sided red gray locust comprising at least 8 consecutive polynucleotides containing the SNP at position 2709 in the cytochrome oxidase I gene represented by SEQ ID NO: 1 or a polynucleotide complementary thereto.
서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트.
A primer set A comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 3; and
A primer set for detecting three-sided red gray white, comprising a; primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5.
상기 프라이머 세트 A는,
삼면홍회백 특이적 SNP 마커를 증폭하기 위한 것을 특징으로 하는 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트.
5. The method of claim 4,
The primer set A is,
A set of primers for the detection of three-sided red and white, characterized in that for amplifying a three-sided red and white-specific SNP marker.
상기 프라이머 세트 B는,
삼면홍회백 특이적 SNP 마커의 증폭 산물 중 대립유전자를 특이적으로 증폭하기 위한 것을 특징으로 하는 삼면홍회백 검출용 프라이머 세트.
5. The method of claim 4,
The primer set B is,
A primer set for the detection of three-sided red gray-white, characterized in that it is for specifically amplifying the allele among the amplification products of the three-sided red gray-white specific SNP marker.
서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 조성물.
A primer set A comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 3; and
A composition for detecting three-sided red gray white, comprising a primer set B comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the base sequence represented by SEQ ID NO: 5.
서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B;를 포함하는 삼면홍회백 검출용 키트.
A primer set A comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 3; and
A kit for detecting three-sided red gray white, comprising a; primer set B comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5.
b) 서열번호 4로 표시되는 염기서열 및 서열번호 5로 표시되는 염기서열을 포함하는 프라이머 세트 B를 이용하여 상기 a) 단계의 증폭 산물 중 대립유전자를 특이적으로 증폭하는 단계;를 포함하는 삼면홍회백의 검출방법.
a) amplifying a three-sided red gray locust-specific SNP marker using a primer set A comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 3; and
b) specifically amplifying the allele in the amplification product of step a) using a primer set B including the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4 and the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5; A method for detecting red and gray matter.
상기 증폭은,
90~95℃에서 2~8분을 한 세트로 1 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하고,
순차적으로 90~95℃에서 30초~3분, 40~60℃에서 30초~3분, 65~80℃에서 30초~3분을 한 세트로 30~40 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하며, 68~75℃, 1~10분을 한 세트로 1 사이클(cycle)의 조건으로 반응을 진행하는 것을 특징으로 하는 삼면홍회백의 검출방법.10. The method of claim 9,
The amplification is
The reaction is carried out under the conditions of one cycle at 90~95℃ for 2~8 minutes as a set,
Sequentially, the reaction was carried out under the conditions of 30 to 40 cycles in a set of 30 seconds to 3 minutes at 90~95°C, 30 seconds to 3 minutes at 40~60°C, and 30 seconds to 3 minutes at 65~80°C. A method of detecting three-sided red gray ivy, characterized in that the reaction proceeds under the conditions of one cycle at 68 to 75 ° C, 1 to 10 minutes as a set.
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2020
- 2020-06-12 KR KR1020200071618A patent/KR102368539B1/en active IP Right Grant
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