KR20210149048A

KR20210149048A - T 세포 수용체 및 이의 사용 방법

Info

Publication number: KR20210149048A
Application number: KR1020217031557A
Authority: KR
Inventors: 나오토 히라노; 켄지 무라타; 카요코 사소
Original assignee: 유니버시티 헬스 네트워크
Priority date: 2019-03-04
Filing date: 2020-03-03
Publication date: 2021-12-08
Also published as: JP2022523971A; BR112021017505A2; CA3132431A1; AU2020231194A1; SG11202109591QA; TW202043250A; CN113795584A; WO2020178741A1; EP3935176A1; IL286046A; WO2020178741A9; MX2021010541A; US20220169696A1; EP3935176A4

Abstract

본 개시내용은 gp100 에피토프에 결합할 수 있는 재조합 T 세포 수용체 및 이를 암호화하는 핵산 분자에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 제2 뉴클레오티드 서열을 추가로 포함하며, 여기서 제2 뉴클레오티드 서열 또는 제2 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드는 내인성 TCR의 발현을 억제한다. 본 개시내용의 다른 측면은 핵산 분자를 포함하는 벡터 및 재조합 TCR, 핵산 분자, 또는 벡터를 포함하는 세포에 관한 것이다. 본 개시내용의 또 다른 측면은 이를 사용하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 방법은 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 것을 포함한다.

Description

T 세포 수용체 및 이의 사용 방법

관련 출원에 대한 상호 참조

이 PCT 출원은 2019년 3월 4일 출원된 미국 가출원 번호 제62/813,645호의 우선권 이익을 주장하며, 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

EFS-WEB을 통해 전자적으로 제출된 서열 목록에 대한 참조

전자적으로 제출된 서열 목록(파일명: 4285_004PC01_Seqlisting_ST25.txt, 크기: 57,727 바이트; 및 생성 날짜: 2020년 3월 3일)의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

개시내용의 분야

본 개시내용은 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체("TCR") 및 이의 용도를 제공한다.

면역요법은 암을 포함한 다양한 질환과의 전쟁에서 중요한 도구로 떠올랐다. T 세포 요법은 면역요법 개발의 최전선에 있으며, 항종양 T 세포의 입양 전달은 암 환자에서 임상 반응을 유도하는 것으로 나타났다. 많은 T 세포 요법이 돌연변이된 종양 항원을 표적으로 하지만, 대부분의 신생항원은 공유되지 않고 각 환자에게 고유하다.

잠재적인 비돌연변이 항원은 돌연변이 항원보다 몇 배나 되는 규모로 수적으로 우세하다. 공유 항원에서 유래된 T 세포 에피토프의 해명은 더 큰 암 환자 코호트가 용이하게 이용가능한 효율적이고 안전한 입양 T 세포 요법의 강력한 개발을 촉진할 수 있다. 그러나, 비돌연변이 항원의 순전한 수 및 HLA 유전자의 높은 다형성은 비돌연변이 항원에 대한 항종양 T 세포 반응의 특이성에 대한 포괄적 분석을 방해하였을 수 있다.

본 개시내용은 비돌연변이 항원 gp100에 대한 신규 에피토프 및 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 TCR을 제공한다. 이러한 신규 에피토프는 특정 HLA 대립유전자와 회합된다. 이러한 종양-반응성 HLA-제한 gp100 TCR의 사용은 특히 면역종양학에서 항-gp100 TCR 유전자 요법의 적용가능성을 넓히는 것을 의미한다.

본 개시내용의 특정 측면은 (i) 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")을 암호화하는 제1 뉴클레오티드 서열; 및 (ii) 제2 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자에 관한 것이며, 여기서 제2 뉴클레오티드 서열 또는 제2 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드는 내인성 TCR의 발현을 억제하고, 여기서 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하는 참조 TCR과 인간 gp100에 대한 결합에 대해 교차 경쟁하며, 여기서 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

본 개시내용의 특정 측면은 (i) 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")을 암호화하는 제1 뉴클레오티드 서열; 및 (ii) 제2 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자에 관한 것이며, 여기서 제2 뉴클레오티드 서열 또는 제2 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드는 내인성 TCR의 발현을 억제하고, 여기서 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하는 참조 TCR과 동일한 에피토프 또는 인간 gp100의 중첩 에피토프에 결합하며, 여기서 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 gp100의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 에피토프는 HLA 클래스 I 분자로 복합체화된다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:01 대립유전자, HLA-B*40:02 대립유전자, HLA-B*40:03 대립유전자, HLA-B*40:04 대립유전자, HLA-B*40:05 대립유전자, 및 HLA-B*40:06 대립유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:01 대립유전자이다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 영역을 포함하고; 여기서 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며; 여기서 알파 쇄 CDR3은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 영역을 포함하고; 여기서 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며; 여기서 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR3은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR1은 서열번호: 5에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR1은 서열번호: 8에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR2는 서열번호: 6에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR2는 서열번호: 9에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 가변 도메인은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 가변 도메인의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 가변 도메인은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 가변 도메인의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 불변 영역을 추가로 포함하며, 여기서 불변 영역은 알파 쇄의 내인성 불변 영역과 상이하다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 불변 영역을 추가로 포함하며, 여기서 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 불변 영역을 추가로 포함하며, 여기서 불변 영역은 베타 쇄의 내인성 불변 영역과 상이하다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 불변 영역을 추가로 포함하며, 여기서 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 내인성 TCR의 발현을 감소시키는 하나 이상의 siRNA이다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 내인성 TCR의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 서열번호: 53-56으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 Cas9를 암호화한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 둘 다를 포함하며; 여기서 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 둘 다는 내인성 TCR의 상응하는 아미노산 서열에 비해 표적 서열 내에 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 핵산 분자를 포함하는 벡터에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 벡터는 바이러스 벡터, 포유동물 벡터, 또는 박테리아 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 레트로바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 아데노바이러스 벡터, 렌티바이러스, 센다이 바이러스 벡터, 배큘로바이러스 벡터, 엡스타인 바 바이러스 벡터, 파포바바이러스 벡터, 우두 바이러스 벡터, 단순 포진 바이러스 벡터, 하이브리드 벡터, 및 아데노 연관 바이러스(AAV) 벡터로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 벡터는 렌티바이러스이다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 항-gp100 TCR의 알파 쇄 가변 도메인 및 본원에 개시된 항-gp100 TCR의 베타 쇄 가변 도메인을 포함하는 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")은 참조 TCR과 인간 gp100에 대한 결합에 대해 교차 경쟁하며; 여기서 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하며; 여기서 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 여기서 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며; 여기서 (i) 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 또는 (ii) 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2의 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

본 개시내용의 특정 측면은 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")에 관한 것으로, 이는 참조 TCR과 동일한 에피토프 또는 인간 gp100의 중첩 에피토프에 결합하며; 여기서 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하며; 여기서 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 여기서 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며; 여기서 (i) 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 또는 (ii) 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 gp100의 에피토프에 결합한다.

일부 구현예에서, 에피토프는 HLA 클래스 I 분자로 복합체화된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:01 대립유전자, HLA-B*40:02 대립유전자, HLA-B*40:03 대립유전자, HLA-B*40:04 대립유전자, HLA-B*40:05 대립유전자, 및 HLA-B*40:06 대립유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:01 대립유전자이다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하고; 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3를 포함하는 가변 도메인을 포함하며; 여기서 항-gp100의 알파 쇄 CDR3은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 알파 쇄CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하고; 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며; 여기서 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3는 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR3은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역의 아미노산 서열에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역의 아미노산 서열에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

본 개시내용의 특정 측면은 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인을 포함하는 이중특이적 TCR에 관한 것이며, 여기서 제1 항원-결합 도메인은 본원에 개시된 TCR 또는 이의 항원-결합 부분 또는 본원에 개시된 TCR 또는 이의 항원-결합 부분을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 항원-결합 도메인은 단일 쇄 가변 단편("scFv")을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 CD3에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 scFv를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인은 공유 결합에 의해 연결되거나 또는 회합된다. 일부 구현예에서, 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인은 펩티드 결합에 의해 연결된다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 핵산 분자, 본원에 개시된 벡터, 본원에 개시된 TCR, 본원에 개시된 재조합 TCR, 또는 본원에 개시된 이중특이적 TCR을 포함하는 세포에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 세포는 CD3을 추가로 발현한다. 일부 구현예에서, 세포는 T 세포, 자연 살해(NK) 세포, 자연 살해 T(NKT) 세포, 또는 ILC 세포로 이루어진 군으로부터 선택된다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종, 골암, 췌장암, 피부암, 두경부암, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문부의 암, 위암, 고환암, 자궁암, 나팔관 암종, 자궁내막 암종, 자궁경부 암종, 질 암종, 음문 암종, 호지킨병, 비호지킨 림프종(NHL), 원발성 종격 거대 B 세포 림프종(PMBC), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종(FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종(SMZL), 식도암, 소장암, 내분비계의 암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병(ALL)(비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 소아의 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장 또는 요관의 암, 신우 암종, 중추신경계(CNS)의 신생물, 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관형성, 척추 종양, 뇌간 신경교종, 뇌하수체 선종, 카포시 육종, 유표피암, 편평세포암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것들을 포함한 환경적으로 유도된 암, 다른 B 세포 악성종양, 및 상기 암의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 암은 재발성 또는 난치성이다. 일부 구현예에서, 암은 국소 진행성이다. 일부 구현예에서, 암은 진행성이다. 일부 구현예에서, 암은 전이성이다.

일부 구현예에서, 세포는 대상체로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 세포는 대상체 이외의 공여자로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포를 투여하기 전에 예비조건화된다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 화학요법, 사이토카인, 단백질, 소분자, 또는 이의 임의의 조합을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 인터류킨을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 IL-2, , IL-4, IL-7, IL-9, IL-15, IL-21, 또는 이의 임의의 조합을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 비타민 C, AKT 억제제, ATRA, 라파마이신, 또는 이의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 예비조건화제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 또는 둘 다를 투여하는 것을 포함한다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 핵산 또는 본원에 개시된 벡터로 T 세포 요법을 필요로 하는 대상체로부터 수집된 세포를 형질도입하는 단계를 포함하는, 항원-표적화 세포를 조작하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 항원-표적화 세포는 CD3을 추가로 발현한다. 일부 구현예에서, 세포는 T 세포 또는 자연 살해(NK) 세포이다.

본 개시내용의 특정 측면은 펩티드에 복합체화된 HLA 클래스 I 분자에 관한 것이며, 여기서 HLA 클래스 I 분자는 α1 도메인, α2 도메인, α3 도메인 및 β2m을 포함하고, 여기서 펩티드는 서열번호: 14에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:01 대립유전자, HLA-B*40:02 대립유전자, HLA-B*40:03 대립유전자, HLA-B*40:04 대립유전자, HLA-B*40:05 대립유전자, 및 HLA-B*40:06 대립유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:01 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-B*40:02 대립유전자이다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 단량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 이량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 삼량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 사량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 오량체이다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 HLA 클래스 I 분자를 포함하는, 항원 제시 세포(APC)에 관한 것이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 APC의 표면 상에서 발현된다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 HLA 클래스 I 분자 또는 본원에 개시된 APC를 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함하는, 인간 대상체로부터 수득된 T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법에 관한 것이며, 여기서 접촉 후, 풍부화된 T 세포 집단은 접촉 전에 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포에 비해 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 더 많은 T 세포의 수를 포함한다.

본 개시내용의 특정 측면은 펩티드를 시험관 내에서 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함하는, 인간 대상체로부터 수득된 T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법에 관한 것이며, 여기서 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어지고, 접촉 후, 풍부화된 T 세포 집단은 접촉 전에 종양 세포를 표적화할 수 있는 T 세포의 수에 비해 종양 세포를 표적화할 수 있는 더 많은 T 세포의 수를 포함한다.

일부 구현예에서, 인간 대상체로부터 수득된 T 세포는 종양 침윤 림프구(TIL)이다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 풍부화된 T 세포 집단을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 종양의 치료를 필요로 하는 대상체에서 종양을 치료하는 방법에 관한 것이다.

본 개시내용의 특정 측면은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 펩티드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암에 걸린 대상체에서 암 세포의 세포독성 T 세포-매개 표적화를 향상시키는 방법에 관한 것이다.

본 개시내용의 특정 측면은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 펩티드를 포함하는 암 백신에 관한 것이다.

본 개시내용의 특정 측면은 펩티드를 시험관 내에서 단리된 T 세포 집단과 접촉시키는 단계를 포함하는, 종양 세포를 표적화할 수 있는 T 세포를 선택하는 방법에 관한 것이며, 여기서 펩티드는 서열번호: 11에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진다. 일부 구현예에서, T 세포는 종양 침윤 림프구(TIL)이다.

도 1은 중첩 펩티드로 펄스된 인공 APC로 자극 후 흑색종 TIL에서 B*40:01/gp100 T 세포의 수를 예시하는 막대 그래프이다. gp100의 전체 단백질을 다루기 위해 중첩 펩티드로 펄스된 B*40:01-인공 APC로 1 회 자극된 TIL을 IFN-γ ELISPOT 분석에서 응답자 세포로 이용하였다. gp100-유래 중첩 펩티드로 펄스된 B*40:01-인공 APC를 자극자 세포로 사용하였다. 1 회 제어된 펩티드-특이적 자극 후, TIL은 공유 서열 ₄₄₆STESITGSLGPLLDG₄₆₀을 갖는 2 개의 인접한 펩티드에 대해 양성 반응을 나타내었다(또한 표 5 참조).
도 2a-2d는 흑색종 TIL의 B*40:01/gp100_448-458 다량체 염색의 그래프 표현이다. TIL을 gp100₄₄₈ESITGSLGPLL₄₅₈ 펩티드로 펄스된 B*40:01-인공 APC로 1 회 자극하였다. B*40:01/gp100_448-458(도 2a-2b) 또는 대조군 B*40:01/HIV nef_92-100(도 2c-2d) 다량체 염색에 대한 자극 전(0 일; 도 2a 및 2c) 및 자극 후 14 일(14 일; 도 2b 및 2d)의 데이터가 제시되어 있다. CD8⁺ T 세포에서 다량체⁺ 세포의 백분율이 제시되어 있다.
도 3은 B*40:01/gp100_448-458다량체-양성 흑색종 TIL의 기능적 평가를 예시하는 막대 그래프이다. 1 회 펩티드-특이적 자극 후 B*40:01/gp100_448-458-특이적 방식으로 TIL에 의한 IFN-γ 생산. gp100_448-458 펩티드로 펄스된 B*40:01-인공 APC로 1 번 자극된 TIL을 IFN-γ ELISPOT 분석에서 응답자 세포로 이용하였다. 나타낸 펩티드로 펄스된 B*40:01-인공 APC를 자극자 세포로 사용하였다. HIV nef_92-100 및 gp100_448-458 펩티드를 대조군으로 이용하였다. 실험은 삼중으로 수행하였고, 오차 막대는 SD를 나타낸다. *P < 0.05
도 4a-4i는 동족 다량체를 갖는 B*40:01/gp100_448-458TCR 유전자로 형질도입된 Jurkat 76/CD8 세포의 양성 염색의 그래프 표현이다. B*40:01/gp100_448-458 TCR(도 4b, 4e, 및 4h)로 형질도입된 Jurkat 76/CD8 세포를 B*40:01/gp100_448-458 다량체(도 4b)로 염색하였다. B*40:01/NY-ESO-1_125-133 다량체(도 4d, 4e, 및 4f), B*40:01/비교환 다량체(도 4g, 4h, 및 4i), 및 B*40:01/NY-ESO-1_125-133 TCR로 형질도입되고 형질도입되지 않는 Jurkat 76/CD8 세포는 (도 4a, 4d, 및 4g) 대조군으로 이용하였다. 다량체⁺ CD8⁺ 세포의 백분율이 제시되어 있다.
도 5a-5d는 동족 다량체를 갖는 B*40:01/gp100_448-458TCR 유전자(도 5b 및 5d)로 형질도입된 인간 1차 T 세포의 양성 염색의 그래프 표현이다. B*40:01/gp100_448-458 TCR로 형질도입된 1차 T 세포를 B*40:01/gp100_448-458(도 5b) 또는 B*40:01/HIV nef_92-100 대조군 다량체(도 5d)로 염색하였다. 형질도입되지 않은 1차 T 세포를 음성 대조군으로 이용하였다(도 5a 및 5c). 다량체⁺ CD8⁺ T 세포의 백분율이 제시되어 있다.
도 6은 B*40:01/gp100_448-458 TCR 유전자로 형질도입된 인간 1차 T 세포가 표적 클래스 I 분자에 의해 제시된 동족 펩티드와 강하게 반응함을 예시하는 막대 그래프이다. B*40:01/gp100_448-458TCR 유전자로 형질도입된 1차 T 세포 또는 형질도입되지 않은 1차 T 세포를 IFN-γ ELISPOT 분석에서 응답자 세포로 사용하였다. HLA-B*40:01-형질도입된 T2 세포(T2-B*40:01)가 생성되었다. gp100_448-458 또는 HIV nef_92-100 펩티드(대조군)로 펄스된 T2 또는 T2-B*40:01 세포를 자극 세포로 사용하였다. 실험은 삼중으로 수행하였고, 오차 막대는 SD를 나타낸다. *P < 0.05, **P < 0.01.
도 7a는 B*40:01/gp100_448-458 TCR 유전자로 형질도입된 1차 T 세포가 종양 세포를 인식함을 예시하는 그래프 표현이다. B*40:01/gp100_448-458 TCR 유전자로 형질도입된 1차 T 세포 또는 형질도입되지 않은 1차 T 세포를 IFN-γ ELISPOT 분석에서 응답자 세포로 이용하였다. 도 7b(도 7a에 대한 범례)에 나타낸 바와 같이, 형질도입되지 않거나 HLA-B*40:01 및/또는 gp100으로 형질도입된 SK-MEL-28 및 SK-MEL-37 세포를 48시간 동안 100 ng/ml IFNγ로 처리한 후 자극 세포로 사용하였다. 실험은 삼중으로 수행하였고, 오차 막대는 SD를 나타낸다. *P < 0.05, **P < 0.01.
도 8a-8d는 내인성 또는 형질도입된 전장 유전자로부터 유래된 gp100의 발현을 그래프로 표현한다. 표적 세포에서 내인성 또는 형질도입된 전장 유전자로부터 유래된 gp100의 발현을 항-gp100 mAb(열린 곡선) 및 이소형 대조군(채워진 곡선)으로 염색 후 세포내 유세포 분석을 통해 분석하였다.
도 9a-9b는 ΔNGFR로 태그된 전장 HLA-B*40:01 유전자로 형질도입된 표적 세포에서 ΔNGFR의 발현을 그래프로 표현한다(도 9b). ΔNGFR로 태그된 전장 HLA-B*40:01 유전자로 형질도입된 표적 세포에서 ΔNGFR의 표면 발현을 항-NGFR mAb(열린 곡선) 및 이소형 대조군(채워진 곡선)으로 염색 후 유세포 분석에 의해 분석하였다. ΔNGFR 단독을 대조군으로 사용하였다(도 9a).

본 개시내용은 gp100 상의 에피토프에 특이적으로 결합하는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분, 이를 암호화하는 핵산 분자, 및 TCR 또는 핵산 분자를 포함하는 세포에 관한 것이다. 본 개시내용의 일부 측면은 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법에 관한 것이다. 본 개시내용의 다른 측면은 gp100의 에피토프를 포함하는 펩티드에 복합체화된 HLA 클래스 I 분자에 관한 것이다.

I. 용어

본 개시내용을 보다 용이하게 이해할 수 있도록 하기 위해, 특정 용어가 먼저 정의된다. 본 출원에 사용된 바와 같이, 본원에 달리 명시적으로 제공된 경우를 제외하고, 하기 용어 각각은 아래에 제시된 의미를 가질 것이다. 추가의 정의는 출원 전반에 제시되어 있다.

용어 단수형 독립체는 해당 독립체의 하나 이상을 지칭하며; 예를 들어, "뉴클레오티드 서열"은 하나 이상의 뉴클레오티드 서열을 나타내는 것으로 이해됨을 유의하여야 한다. 이와 같이, 용어 단수형, "하나 이상," 및 "적어도 하나"는 본원에서 상호교환가능하게 사용될 수 있다.

또한, 본원에서 사용된 경우 "및/또는"은 다른 명시된 특징 또는 구성요소가 있거나 또는 없이 2 개의 명시된 특징 또는 구성요소 각각의 특정 개시내용으로 취해져야 한다. 따라서, 본원에서 "A 및/또는 B"와 같은 어구에서 사용된 바와 같은 용어 "및/또는"은 "A 및 B," "A 또는 B," "A"(단독), 및 "B"(단독)를 포함하는 것으로 의도된다. 마찬가지로, "A, B, 및/또는 C"와 같은 어구에서 사용된 바와 같은 용어 "및/또는"은 다음 측면 각각을 포함하는 것으로 의도된다: A, B, 및 C; A, B, 또는 C; A 또는 C; A 또는 B; B 또는 C; A 및 C; A 및 B; B 및 C; A(단독); B(단독); 및 C(단독).

용어 "약"은 대략적으로, 거의, 정도, 또는 부근의를 의미하기 위해 본원에서 사용된다. 용어 "약"이 수치 범위와 함께 사용되는 경우, 제시된 수치 값 위아래 경계를 확장함으로써 해당 범위를 수식한다. 일반적으로, 용어 "약"은 위 또는 아래로(더 높거나 또는 더 낮은) 10 퍼센트의 변동에 의해 명시된 값 위아래의 수치 값을 수식하기 위해 본원에서 사용된다.

측면이 언어 "포함하는"으로 본원에 기재되어 있는 곳마다, 달리 "로 이루어진" 및/또는 "로 본질적으로 이루어진"과 관련하여 기재된 유사한 측면이 또한 제공됨이 이해된다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 개시내용이 관련된 기술 분야의 숙련자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 예를 들어, Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press; The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press; 및 the Oxford Dictionary Of Biochemistry and Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Press는 본 개시내용에 사용되는 많은 용어의 일반 사전을 숙련자에게 제공한다.

단위, 접두사, 및 기호는 국제단위계(Systeme International de Unites)(SI) 채택 형식으로 표시된다. 숫자 범위는 범위를 정의하는 숫자를 포함한다. 달리 나타내지 않는 한, 뉴클레오티드 서열은 5'에서 3' 방향으로 왼쪽에서 오른쪽으로 기재되어 있다. 아미노산 서열은 아미노에서 카복시 방향으로 왼쪽으로 오른쪽으로 기재되어 있다. 본원에 제공된 표제는 개시내용의 다양한 측면을 제한하지 않으며, 명세서 전체를 참조할 수 있다. 따라서, 바로 아래에 정의된 용어는 전부 명세서를 참조하여 보다 완전히 정의된다.

"투여하는"은 당업자에게 알려진 임의의 다양한 방법 및 전달 시스템을 사용하여, 대상체에게 제제를 물리적으로 도입하는 것을 지칭한다. 본원에 개시된 제형에 대한 예시적인 투여 경로는 예를 들어 주사 또는 주입에 의한 정맥내, 근육내, 피하, 복강내, 척추 또는 다른 비경구 투여 경로를 포함한다. 본원에 사용된 바와 같은 어구 "비경구 투여"는 일반적으로 주입에 의한 장내 및 국소 투여 이외의 투여 방식을 의미하며, 정맥내, 근육내, 동맥내, 척추강내, 림프내, 병변내, 피막내, 안와내, 심장내, 피내, 복강내, 기관경유, 피하, 표피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척추내, 경막외 및 흉골내 주사 및 주입, 뿐만 아니라 생체내 전기천공을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 제형은 비경구가 아닌 경로, 예를 들어, 경구를 통해 투여된다. 다른 비경구가 아닌 경로는 국소, 표피 또는 점막 투여 경로, 예를 들어, 비강내, 질, 직장, 설하 또는 국소 경로를 포함한다. 투여는 또한 예를 들어, 1 회, 여러 번, 및/또는 하나 이상의 연장된 기간에 걸쳐 수행될 수 있다.

본원에 사용된 바와 같은 용어 "T 세포 수용체"(TCR)는 표적 항원과 특이적으로 상호작용할 수 있는 이종 세포-표면 수용체를 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같이, "TCR"은 자연 발생 및 비-자연 발생 TCR; 전장 TCR 및 이의 항원 결합 부분; 키메라 TCR; TCR 융합 작제물; 및 합성 TCR을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 인간에서, TCR은 T 세포의 표면 상에서 발현되고, 이들은 T 세포 인식 및 항원 제시 세포의 표적화를 담당한다. 항원 제시 세포(APC)는 주요 조직접합성 복합체(MHC; 또한 HLA 분자, 예를 들어, HLA 클래스 1 분자로 복합체화된 것으로 본원에 지칭됨)로 복합체화된 외래 단백질(항원)의 단편을 나타낸다. TCR은 항원:HLA 복합체를 인식하고 이에 결합하며 CD3(T 세포에 의해 발현됨)을 동원하여, TCR를 활성화시킨다. 활성화된 TCR은 EPC의 파괴를 포함한 다운스트림 신호전달 및 면역 반응을 개시한다.

일반적으로, TCR은 디술피드 결합에 의해 상호연결된 2 개의 쇄인 알파 쇄 및 베타 쇄(또는 덜 통상적으로 감마 쇄 및 델타 쇄)를 포함할 수 있다. 각 쇄는 가변 도메인(알파 쇄 가변 도메인 및 베타 쇄 가변 도메인) 및 불변 영역(알파 쇄 불변 영역 및 베타 쇄 불변 영역)을 포함한다. 가변 도메인은 세포막의 원위부에 위치하고, 가변 도메인은 항원과 상호작용한다. 불변 영역은 세포막의 근위부에 위치한다. TCR은 막횡단 영역 및 짧은 세포질 꼬리를 추가로 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "불변 영역"은 존재하는 경우 막횡단 영역 및 세포질 꼬리, 뿐만 아니라 전통적인 "불변 영역"을 포괄한다.

가변 도메인은 프레임워크 영역(FR)이라고 불리는 보다 보존된 영역이 산재되어 있는 상보성 결정 영역(CDR)이라고 불리는 초가변성 영역으로 추가로 세분될 수 있다. 각 알파 쇄 가변 도메인 및 베타 쇄 가변 도메인은 3 개의 CDR 및 4 개의 FR을 포함한다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. 각 가변 도메인은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 함유한다. 각 쇄 상의 3 개의 모든 CDR이 항원 결합에 수반되지만, CDR3은 1차 항원 결합 영역인 것으로 여겨진다. CDR1은 또한 항원과 상호작용하는 반면, CD2는 주로 HLA 복합체를 인식하는 것으로 여겨진다.

명시적으로 언급되지 않은 경우, 및 문맥상 달리 나타내지 않는 한, 용어 "TCR"은 또한 본원에 개시된 임의의 TCR의 항원-결합 단편 또는 항원-결합 부분을 포함하고, 1가 및 2가 단편 또는 부분, 및 단일 쇄 TCR을 포함한다. 용어 "TCR"은 T 세포의 표면에 결합된 자연 발생 TCR로 제한되지 않는다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "TCR"은 T 세포 이외의 세포(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이, 자연적으로 발현하거나 또는 CD3을 발현하도록 변형된 세포)의 표면 상에서 발현된 본원에 기재된 TCR, 또는 세포막이 없는 본원에 기재된 TCR(예를 들어, 단리된 TCR 또는 가용성 TCR)을 추가로 지칭한다.

"항원 결합 분자," "TCR의 부분," 또는 "TCR 단편"은 전체보다 적은 TCR의 임의의 부분을 지칭한다. 항원 결합 분자는 항원성 상보성 결정 영역(CDR)을 포함할 수 있다.

"항원"은 면역 반응을 유발하거나 또는 TCR에 의해 결합될 수 있는 임의의 분자, 예를 들어, 펩티드를 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같은 "에피토프"는 면역 반응을 유발하거나 또는 TCR에 의해 결합될 수 있는 폴리펩티드의 일부를 지칭한다. 면역 반응은 항체 생산, 또는 특정 면역학적으로 적격 세포의 활성화, 또는 둘 다를 수반할 수 있다. 당업자는 사실상 모든 단백질 또는 펩티드를 포함한 임의의 거대분자가 항원으로 역할을 할 수 있음을 용이하게 이해할 것이다. 항원 및/또는 에피토프는 내인성으로 발현될 수 있거나, 즉, 게놈 DNA에 의해 발현될 수 있거나, 또는 재조합적으로 발현될 수 있다. 항원 및/또는 에피토프는 암 세포와 같은 특정 조직에 특이적일 수 있거나, 또는 광범위하게 발현될 수 있다. 또한, 더 큰 분자의 단편은 항원으로 작용할 수 있다. 일 구현예에서, 항원은 종양 항원이다. 에피토프는 더 긴 폴리펩티드(예를 들어, 단백질)에 존재할 수 있거나, 또는 에피토프는 더 긴 폴리펩티드의 단편으로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 에피토프는 주요 조직접합성 복합체(MHC; 또한 본원에서 HLA 분자, 예를 들어, HLA 클래스 1 분자로 복합체화된 것으로 지칭됨)로 복합체화된다.

본원에 사용된 바와 같은 "gp100," "당단백질 100," "멜라닌세포 단백질 PMEL," 또는 "ME20M"은 예를 들어, 흑색종에서 발현되는 종양 항원을 지칭한다. gp100은 70 kD의 분자 질량을 갖는 661 개 아미노산의 소수성 단백질이다(GenBank Acc No. NM_006928). 예를 들어, Eisenberg 등, Cell Imunol. 266(1):98-103 (2010)을 참조한다. 생체내에서, gp100은 단계 I에서 단계 II로 멜라노솜의 성숙에 수반된다. 본원에 사용된 바와 같이, gp100은 전장 정규 서열뿐만 아니라, 이의 변이체 및 단편을 지칭한다. gp100의 알려진 변이체는 www.uniprot.org(UniProtKB - P40967; 2019년 3월 1일 마지막 접속)에서 제공된다.

표 1. gp100 아미노산 서열

본원에 사용된 바와 같은 용어 "HLA"는 인간 백혈구 항원을 지칭한다. HLA 유전자는 인간에서 주요 조직접합성 복합체(MHC) 단백질을 암호화한다. MHC 단백질은 세포 표면 상에서 발현되며, 면역 반응의 활성화에 수반된다. HLA 클래스 I 유전자는 MHC 클래스 I 분자를 암호화하며, 자기 또는 비-자기 단백질의 펩티드 단편(항원)과의 복합체로 세포 표면 상에서 발현된다. TCR 및 CD3을 발현하는 T 세포는 항원:MHC 클래스 I 복합체를 인식하고 비-자기 단백질을 나타내는 항원 제시 세포를 표적하고 파괴하기 위한 면역 반응을 개시한다.

본원에 사용된 바와 같이, "HLA 클래스 I 분자" 또는 "HLA 클래스 I 분자"는 MHC 클래스 I 분자를 암호화하는 야생형 또는 변이체 HLA 클래스 I 유전자의 단백질 생성물을 지칭한다. 따라서, "HLA 클래스 I 분자" 및 "MHC 클래스 I 분자"는 본원에서 상호교환가능하게 사용된다.

MHC 클래스 I 분자는 2 개의 단백질 쇄를 포함한다: 알파 쇄 및 β2-마이크로글로불린(β2m) 쇄. 인간 β2m은 B2M 유전자에 의해 암호화된다. β2m의 아미노산 서열은 서열번호: 16에 제시되어 있다(표 2). MHC 클래스 I 분자의 알파 쇄는 HLA 유전자 복합체에 의해 암호화된다. HLA 복합체는 인간 염색체 6의 짧은 아암 상의 6p21.3 영역 내에 위치하고 다양한 기능의 220 개 초과의 유전자를 함유한다. HLA 유전자는 20,000 개 초과의 HLA 대립유전자, 및 10,000 개 초과의 HLA 클래스 I 단백질을 포함한 수천 개의 HLA 단백을 암호화하는 당업계에 알려진 15,000 개 초과의 HLA 클래스 I 대립유전자를 포함한 관련 대립유전자를 갖는 고도로 변이체이다(예를 들어, hla.alleles.org, 2019년 2월 27일 마지막 방문 참조). HLA 복합체에는 MHC 클래스 I 알파 쇄 단백질을 암호화하는 적어도 3 개의 유전자가 있다: HLA-A, HLA-B, 및 HLA-C. 또한, HLA-E, HLA-F, 및 HLA-G는 MHC 클래스 I 분자와 회합하는 단백질을 암호화한다.

표 2. 인간 β2m의 아미노산 서열

용어 "자가"는 나중에 재도입될 동일한 개체로부터 유래된 임의의 물질을 지칭한다. 예를 들어, 자가 T 세포 요법은 동일한 대상체로부터 단리된 T 세포를 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 용어 "동족이계"는 하나의 개체로부터 유래된 다음 동일한 종의 또 다른 개체에 도입되는 임의의 물질을 지칭한다. 예를 들어, 동족이계 T 세포 이식은 대상체 이외의 공여자로부터 수득된 T 세포를 대상체에게 투여하는 것을 포함한다.

"암"은 신체에서 비정상적인 세포의 제어되지 않은 성장을 특징으로 하는 다양한 질환의 광범위한 그룹을 지칭한다. 조절되지 않은 세포 분열 및 성장은 이웃 조직을 침범하는 악성 종양의 형성을 초래하고 또한 림프계 또는 혈류를 통해 신체의 원위 부분으로 전이될 수 있다. "암" 또는 "암 조직"은 종양을 포함할 수 있다. 본 발명의 방법에 의해 치료될 수 있는 암의 예는 림프종, 백혈병, 및 다른 백혈구 악성종양을 포함한 면역계의 암을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 예를 들어, 골암, 신장암, 전립선암, 유방암, 결장암, 폐암, 피부 또는 안내 악성 흑색종, 췌장암, 피부암, 두경부암, 피부 또는 안내 악성 흑색종, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문부의 암, 위암, 고환암, 자궁암, 나팔관 암종, 자궁내막 암종, 자궁경부 암종, 질 암종, 음문 암종, 호지킨병, 비호지킨 림프종(NHL), 원발성 종격 거대 B 세포 림프종(PMBC), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종(FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종(SMZL), 식도암, 소장암, 내분비계의 암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병(AML), 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병(ALL)(비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 소아의 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장 또는 요관의 암, 신우 암종, 중추신경계(CNS)의 신생물, 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관형성, 척추 종양, 뇌간 신경교종, 뇌하수체 선종, 카포시 육종, 유표피암, 편평세포암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것들을 포함한 환경적으로 유도된 암, 다른 B 세포 악성종양, 및 상기 암의 조합으로부터 유래된 종양의 종양 크기를 줄이는 데 사용될 수 있다. 특정 암은 화학- 또는 방사선 요법에 반응할 수 있거나 또는 암은 난치성일 수 있다. 난치성 암은 외과 수술로 고칠 수 없는 암을 지칭하며, 암은 초기에 화학- 또는 방사선 요법에 반응성하지 않거나 또는 암은 시간 경과에 따라 반응하지 않게 된다.

본원에 사용된 바와 같은 "항종양 효과"는 종양 부피 감소, 종양 세포 수 감소, 종양 세포 증식 감소, 전이 수 감소, 전체 또는 무진행 생존 증가, 기대 수명 증가, 또는 종양과 연관된 다양한 생리학적 증상 개선으로 제시될 수 있는 생물학적 효과를 지칭한다. 항종양 효과는 또한 종양 발생의 예방, 예를 들어, 백신을 지칭할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이, PFS로 약칭될 수 있는 용어 "무진행 생존"은 개정된 악성 림프종에 대한 IWG 반응 기준 또는 임의의 원인으로 인한 사망에 따라 치료 날짜부터 질환 진행까지의 시간을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 PD로 약칭될 수 있는 "질환 진행" 또는 "진행성 질환"은 특정 질환과 연관된 하나 이상 증상의 악화를 지칭한다. 예를 들어, 암에 걸린 대상체에 대한 질환 진행은 하나 이상의 악성 병변의 수 또는 크기 증가, 종양 전이, 및 사망을 포함할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 DOR로 약칭될 수 있는 "반응 지속기간"은 개정된 악성 림프종에 대한 IWG 반응 기준, 또는 사망에 따라 대상체의 첫번째 객관적 반응과 확인된 질환 진행 날짜 사이의 기간을 지칭한다.

OS로 약칭될 수 있는 용어 "전체 생존"은 치료 날짜부터 사망 날짜까지의 시간으로 정의된다.

본원에 사용된 바와 같은 "사이토카인"은 특이적 항원과의 접촉에 반응하여 하나의 세포에 의해 방출되는 비-항체 단백질을 지칭하며, 여기서 사이토카인은 제2 세포와 상호작용하여 제2 세포에서의 반응을 매개한다. 사이토카인은 세포에 의해 내인성으로 발현되거나 또는 대상체에게 투여될 수 있다. 사이토카인은 대식세포, B 세포, T 세포, 및 비만 세포를 포함한 면역 세포에 의해 방출되어 면역 반응을 전파할 수 있다. 사이토카인은 수용 세포에서 다양한 반응을 유도할 수 있다. 사이토카인은 항상성 사이토카인, 케모카인, 전염증성 사이토카인, 효과기, 및 급성기 단백질을 포함할 수 있다. 예를 들어, 인터류킨(IL) 7 및 IL-15를 포함한 항상성 사이토카인은 면역 세포 생존 및 증식을 촉진하고, 전염증성 사이토카인은 염증 반응을 촉진할 수 있다. 항상성 사이토카인의 예는 IL-2, IL-4, IL-5, IL-7, IL-10, IL-12p40, IL-12p70, IL-15, 및 인터페론(IFN) 감마를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 전염증성 사이토카인의 예는 IL-1a, IL-1b, IL-6, IL-13, IL-17a, 종양 괴사 인자(TNF)-알파, TNF-베타, 섬유모세포 성장 인자(FGF) 2, 과립구 대식세포 콜로니-자극 인자(GM-CSF), 가용성 세포간 접착 분자 1(sICAM-1), 가용성 혈관 접착 분자 1(sVCAM-1), 혈관 내피 성장 인자(VEGF), VEGF-C, VEGF-D, 및 태반 성장 인자(PLGF)를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 효과기의 예는 그랜자임 A, 그랜자임 B, 가용성 Fas 리간드(sFasL), 및 퍼포린을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 급성기-단백질의 예는 C-반응성 단백질(CRP) 및 혈청 아밀로이드 A(SAA)를 포함하나 이에 제한되지 않는다.

"케모카인"은 세포 주화성, 또는 지향성 운동을 매개하는 사이토카인 유형이다. 케모카인의 예는 IL-8, IL-16, 에오탁신, 에오탁신-3, 대식세포-유래 케모카인(MDC 또는 CCL22), 단핵구 화학주성 단백질 1(MCP-1 또는 CCL2), MCP-4, 대식세포 염증성 단백질 1α(MIP-1α, MIP-1a), MIP-1β(MIP-1b), 감마-유도 단백질 10(IP-10), 및 흉선 및 활성화 조절 케모카인(TARC 또는 CCL17)을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 분석물 및 사이토카인의 다른 예는 케모카인(C-C 모티프) 리간드(CCL) 1, CCL5, 단핵구-특이적 케모카인 3(MCP3 또는 CCL7), 단핵구 화학유인 단백질 2(MCP-2 또는 CCL8), CCL13, IL-1, IL-3, IL-9, IL-11, IL-12, IL-14, IL-17, IL-20, IL-21, 과립구 콜로니-자극 인자(G-CSF), 백혈병 억제 인자(LIF), 온코스타틴 M(OSM), CD154, 림포톡신(LT) 베타, 4-1BB 리간드(4-1BBL), 증식-유도 리간드(APRIL), CD70, CD153, CD178, 글루코코르티코이드-유도 TNFR-관련 리간드(GITRL), 종양 괴사 인자 슈퍼패밀리 구성원 14(TNFSF14), OX40L, TNF- 및 ApoL-관련 백혈구-발현 리간드 1(TALL-1), 또는 TNF-관련 세포자멸-유도 리간드(TRAIL)를 포함하나 이에 제한되지 않는다.

약물 또는 치료제의 "치료 유효량," "유효 용량," "유효량" 또는 "치료 유효 투여량"은 단독으로 또는 또 다른 치료제와 조합하여 사용되는 경우, 질환 개시로부터 대상체를 보호하거나 또는 질환 증상의 중증도 감소, 질환 무증상 기간의 빈도 및 지속기간 증가, 또는 질환 고통으로 인한 손상 또는 장애 예방에 의해 입증된 질환 퇴행을 촉진하는 약물의 임의의 양이다. 질환 퇴행을 촉진하는 치료제의 능력은 임상 시험 동안 인간 대상체에서, 인간에서 효능을 예측하는 동물 모델 시스템에서와 같이 숙련된 의사에게 알려진 다양한 방법을 사용하거나, 또는 시험관내 검정에서 제제의 활성을 검정함으로써 평가될 수 있다.

본원에 사용된 바와 같은 용어 "림프구"는 자연 살해(NK) 세포, T 세포, 또는 B 세포를 포함한다. NK 세포는 고유 면역계의 주요 구성요소를 나타내는 세포독성(세포 독성) 림프구 유형이다. NK 세포는 종양 및 바이러스에 의해 감염된 세포를 거부한다. 이는 세포자멸사 또는 프로그래밍된 세포 사멸 과정을 통해 작동한다. 이들은 세포를 사멸하기 위해 활성화를 필요로 하지 않기 때문에 "자연 살해"라고 명명되었다. T-세포는 세포 매개 면역에서 중요한 역할을 한다(항체 수반 없음). T-세포 수용체(TCR)는 T 세포를 다른 림프구 유형과 구별한다. 면역계의 특수 기관인 흉선은 주로 T 세포의 성숙을 담당한다. 6 개 유형의 T-세포가 있으며, 즉 다음과 같다: 헬퍼 T-세포(예를 들어, CD4+ 세포), 세포독성 T-세포(또한 TC, 세포독성 T 림프구, CTL, T-살해 세포, 세포용해 T 세포, CD8+ T-세포 또는 살해 T 세포로 알려짐), 기억 T-세포((i) 미접촉(naive) 세포와 같은 줄기 기억 T_SCM 세포는 CD45RO-, CCR7+, CD45RA+, CD62L+(L-셀렉틴), CD27+, CD28+ 및 IL-7Rα+이지만, 이들은 또한 다량의 CD95, IL-2Rβ, CXCR3, 및 LFA-1을 발현하고, 기억 세포의 독특한 수많은 기능적 속성을 나타내고); (ii) 중추 기억 T_CM 세포는 L-셀렉틴 및 CCR7을 발현하고, 이들은 IL-2를 분비하지만, IFNγ 또는 IL-4를 분비하지 않고, (iii) 효과기 기억 T_EM 세포는 그러나 L-셀렉틴 또는 CCR7을 발현하지 않지만 IFNγ 및 IL-4와 같은 효과기 사이토카인을 생성함), 조절 T-세포(Treg, 억제인자 T 세포, 또는 CD4+CD25+ 조절 T 세포), 자연 살해 T-세포(NKT) 및 감마 델타 T-세포. 반면에, B-세포는 체액성 면역에 주요한 역할을 한다(항체 수반). B 세포는 항체 및 항원을 만들고 항원-제시 세포(APC)의 역할을 수행하고 항원 상호작용에 의한 활성화 후 기억 B-세포로 바뀐다. 포유동물에서, 미성숙 B-세포는 골수에서 형성되며, 여기서 이름이 유래된다.

용어 "유전적으로 조작된" 또는 "조작된"은 코딩 또는 비-코딩 영역 또는 이의 일부를 결실시키거나 또는 코딩 영역 또는 이의 일부의 삽입하는 것을 포함하나 이에 제한되지 않는 세포의 게놈을 변형하는 방법을 지칭한다. 일부 구현예에서, 변형된 세포는 림프구, 예를 들어, 환자 또는 공여자로부터 수득될 수 있는 CD3을 발현하는 T 세포 또는 변형된 세포이다. 세포는 예를 들어, 세포의 게놈으로 혼입되는 본원에 개시된 T 세포 수용체(TCR)과 같은 외인성 작제물을 발현하도록 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 CD3을 발현하도록 변형된다.

"면역 반응"은 척추동물의 몸체에서 침입한 병원체, 병원체로 감염된 세포 또는 조직, 암성 또는 다른 비정상적 세포, 또는, 자가면역 또는 병리학적 염증의 경우 정상 인간 세포 또는 조직에 대한 선택적 표적화, 결합, 손상, 파괴 및/또는 제거를 초래하는 면역계의 세포(예를 들어, T 림프구, B 림프구, 자연 살해(NK) 세포, 대식세포, 호산구, 비만 세포, 수지상 세포 및 호중구) 및 이들 세포 중 임의의 것 또는 간에 의해 생성된 가용성 거대분자(Ab, 사이토카인, 및 보체 포함)의 작용을 지칭한다.

용어 "면역요법"은 면역 반응의 유도, 향상, 억제 또는 달리 변형시키는 것을 포함하는 방법에 의해 질환에 걸리거나, 또는 질환에 걸릴 위험 또는 재발할 위험이 있는 대상체의 치료를 지칭한다. 면역요법의 예는 T 세포 요법을 포함하나 이에 제한되지 않는다. T 세포 요법은 입양 T 세포 요법, 종양-침윤 림프구(TIL) 면역요법, 자가 세포 요법, 조작된 자가 세포 요법(eACT), 및 동족이계 T 세포 이식을 포함할 수 있다.

본원에 기재된 면역요법에 사용되는 세포는 당업계에 알려진 임의의 공급원으로부터 유래할 수 있다. 예를 들어, T 세포는 조혈 줄기 세포 집단으로부터 시험관 내에서 분화될 수 있거나, 또는 T 세포는 대상체로부터 수득될 수 있다. T 세포는 예를 들어, 말초 혈관 단핵 세포, 골수, 림프절 조직, 제대혈, 흉선 조직, 감염 부위의 조직, 복수, 흉막 삼출액, 비장 조직, 및 종양으로부터 수득될 수 있다. 또한, T 세포는 당업계에서 이용가능한 하나 이상의 T 세포주로부터 유래될 수 있다. T 세포는 또한 FICOLL™ 분리 및/또는 성분채집술과 같은 당업자에게 알려진 많은 기술을 사용하여 대상체로부터 수집된 혈액 단위로부터 수득될 수 있다. T 세포 요법을 위해 T 세포를 단리하는 추가의 방법은 미국 특허 공개 번호 제2013/0287748호에 개시되어 있으며, 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 면역요법은 또한 대상체에게 변형된 세포를 투여하는 것을 포함할 수 있으며, 여기서 변형된 세포는 CD3 및 본원에 개시된 TCR을 발현한다. 일부 구현예에서, 변형된 세포는 T 세포가 아니다.

본원에 사용된 바와 같은 "환자"는 암(예를 들어, 림프종 또는 백혈병)에 걸린 임의의 인간을 포함한다. 용어 "대상체" 및 "환자"는 본원에서 상호교환가능하게 사용된다.

용어 "펩티드," "폴리펩티드," 및 "단백질"은 상호교환가능하게 사용되고, 펩티드 결합에 의해 공유적으로 연결된 아미노산 잔기로 구성된 화합물을 지칭한다. 단백질 또는 펩티드는 적어도 2 개의 아미노산을 함유해야 하며, 단백질 또는 펩티드의 서열을 포함할 수 있는 최대 아미노산 수에는 제한이 없다. 폴리펩티드는 펩티드 결합에 의해 서로에 연결된 2 개 이상의 아미노산을 포함하는 임의의 펩티드 또는 단백질을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같이, 상기 용어는 또한 예를 들어, 펩티드, 올리고펩티드 및 올리고머로서 당업계에서 통상적으로 지칭되는 짧은 쇄, 및 많은 유형이 있는 단백질로서 당업계에서 일반적으로 지칭되는 긴 쇄 둘 다를 지칭한다. "폴리펩티드"는 그 중에서도 예를 들어, 생물학적으로 활성 단편, 실질적으로 상동 폴리펩티드, 올리고펩티드, 동종이량체, 이종이량체, 폴리펩티드의 변이체, 변형된 폴리펩티드, 유도체, 유사체, 융합 단백질을 포함한다. 폴리펩티드는 천연 펩티드, 재조합 펩티드, 합성 펩티드, 또는 이의 조합을 포함한다.

본원에 사용된 바와 같은 "자극"은 자극 분자와 이의 동족 리간드의 결합에 의해 유도된 1차 반응을 지칭하며, 여기서 결합은 신호 전달 이벤트를 매개한다. "자극 분자"는 항원 제시 세포 상에 존재하는 동족 자극 리간드와 특이적으로 결합하는 T 세포, 예를 들어, T 세포 수용체(TCR)/CD3 복합체 상의 분자이다. "자극 리간드"는 항원 제시 세포(예를 들어, aAPC, 수지상 세포, B-세포 등) 상에 존재할 때 T 세포 상의 자극 분자와 특이적으로 결합하여, 활성화, 면역 반응 개시, 증식 등을 포함하나 이에 제한되지 않는 T 세포에 의한 1차 반응을 매개할 수 있는 리간드이다. 자극 리간드는 펩티드가 로딩된 MHC 클래스 I 분자, 항-CD3 항체, 초작용제 항-CD28 항체, 및 초작용제 항-CD2 항체를 포함하나 이에 제한되지 않는다.

용어 "조건화" 및 "예비조건화"는 본원에서 상호교환가능하게 사용되며 적합한 조건에 대한 T 세포 요법을 필요로 하는 환자를 준비하는 것을 나타낸다. 본원에 사용된 바와 같은 조건화는 T 세포 요법 이전에 내인성 림프구 수 감소, 사이토카인 싱크 제거, 하나 이상의 항상성 사이토카인 또는 전염증성 인자의 혈청 수준 증가, 조건화 후 투여된 T 세포의 효과기 기능 향상, 항원 제시 세포 활성화 및/또는 이용가능성 향상, 또는 이의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 일 구현예에서, "조건화"는 하나 이상의 사이토카인, 예를 들어, 인터류킨 7(IL-7), 인터류킨 15(IL-15), 인터류킨 10(IL-10), 인터류킨 5(IL-5), 감마-유도 단백질 10(IP-10), 인터류킨 8(IL-8), 단핵구 화학주성 단백질 1(MCP-1), 태반 성장 인자(PLGF), C-반응성 단백질(CRP), 가용성 세포간 접착 분자 1(sICAM-1), 가용성 혈관 접착 분자 1(sVCAM-1), 또는 이의 임의의 조합의 혈청 수준을 증가시키는 것을 포함한다. 또 다른 구현예에서, "조건화"는 IL-7, IL-15, IP-10, MCP-1, PLGF, CRP, 또는 이의 임의의 조합의 혈청 수준을 증가시키는 것을 포함한다.

대상체의 "치료" 또는 "치료하는"은 증상, 합병증 또는 상태, 또는 질환과 연관된 생화학적 징후의 발병, 진행, 발달, 중증도 또는 재발을 역전시키거나, 완화하거나, 개선시키거나, 억제하거나, 늦추거나 또는 예방할 목적으로 대상체에 대해 수행되는 임의의 유형의 개입 또는 과정, 또는 활성제의 투여를 지칭한다. 일 구현예에서, "치료" 또는 "치료하는"은 부분 관해를 포함한다. 또 다른 구현예에서, "치료" 또는 "치료하는"은 완전 관해를 포함한다.

대안(예를 들어, "또는")의 사용은 대안 중 하나, 둘 다, 또는 이의 임의의 조합을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. 본원에 사용된 바와 같이, 부정관사는 임의의 인용되거나 또는 열거된 구성요소의 "하나 이상"을 지칭하는 것으로 이해되어야 한다.

용어 "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 당업자에 의해 결정된 바와 같은 특정 값 또는 조성물에 대해 허용가능한 오차 범위 내에 있는 값 또는 조성물을 지칭하며, 이는 값 또는 조성물이 측정되거나 또는 결정되는 방법, 즉, 측정 시스템의 한계에 부분적으로 의존할 것이다. 예를 들어, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"는 당업계의 관행에 따라 1 개 또는 1 개 초과의 표준 편차 이내를 의미할 수 있다. 대안적으로, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 최대 10%(즉, ±10%)의 범위를 의미할 수 있다. 예를 들어, 약 3mg은 2.7 mg 및 3.3 mg(10%의 경우) 사이의 임의의 숫자를 포함할 수 있다. 또한, 특히 생물학적 시스템 또는 공정과 관련하여, 용어는 값의 최대 자릿수 또는 최대 5-배를 의미할 수 있다. 특정 값 또는 조성물이 출원 및 청구범위에 제공되는 경우, 달리 언급되지 않는 한, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"의 의미는 해당 특정 값 또는 조성물에 대해 허용가능한 오차 범위 이내인 것으로 가정되어야 한다.

본원에 기재된 바와 같이, 임의의 농도 범위, 백분율 범위, 비율 범위 또는 정수 범위는 달리 나타내지 않는 한, 인용된 범위 내의 임의의 정수 값 및, 적절한 경우, 이의 분율(예컨대 정수의 10 분의 1 및 100 분의 1)을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.

본 발명의 다양한 측면은 하기 하위섹션에서 추가로 상세히 기재된다.

II. 본 개시내용의 조성물

본 개시내용은 gp100 상의 에피토프에 특이적으로 결합하는 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분, 이를 암호화하는 핵산 분자, 및 TCR 또는 핵산 분자를 포함하는 세포에 관한 것이다. 본 개시내용의 일부 측면은 본원에 기재된 TCR을 포함하는 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법에 관한 것이다. 본 개시내용의 다른 측면은 TCR이 결합하는 gp100의 에피토프 및 gp100의 에피토프를 포함하는 펩티드에 복합체화된 HLA 클래스 I 분자에 관한 것이다.

T-세포 수용체, 또는 TCR은 주요 조직접합성 복합체 (MHC) 분자에 결합된 펩티드로서 항원의 단편을 인식하는 것을 담당하는, T 세포, 또는 T 림프구의 표면 상에서 발견되는 분자이다. TCR 및 항원 펩티드 사이의 결합은 상대적으로 낮은 친화도로 있으며 퇴화하고: 즉, 많은 TCR은 동일한 항원 펩티드를 인식하고 많은 항원 펩티드가 동일한 TCR에 의해 인식된다.

TCR은 2 개의 상이한 단백질 쇄로 구성된다(즉, 이종이량체임). 인간에서, T 세포의 95%에서 TCR은 알파(α) 쇄 및 베타(β) 쇄(각각 TRA 및 TRB에 의해 암호화됨)로 이루어지는 반면, T 세포의 5%에서, TCR은 감마 및 델타(γ/δ) 쇄(각각 TRG 및 TRD에 의해 암호화됨)로 이루어진다. 이 비율은 개체발생 동안 및 병에 걸린 상태(예컨대 백혈병)에서 변경된다. 또한 이는 종마다 상이하다. 4 개 유전자좌의 상동유전자는 다양한 종에서 맵핑되었다. 각 유전자좌는 불변 및 가변 영역이 있는 다양한 폴리펩티드를 생성할 수 있다.

TCR이 항원성 펩티드 및 MHC(펩티드/MHC)에 관여하는 경우, T 림프구는 신호 전달, 즉, 연관된 효소, 공-수용체, 특수 어댑터 분자, 및 활성화 또는 방출된 전사 인자에 의해 매개된 일련의 생화학적 이벤트를 통해 활성화된다.

II.A. 핵산 분자

본 개시내용의 특정 측면은 (i) 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 TCR 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")을 암호화하는 제1 뉴클레오티드 서열; 및 (ii) 제2 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자에 관한 것이며, 여기서 제2 뉴클레오티드 서열 또는 제2 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드는 내인성 TCR의 발현을 억제한다. 일부 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 비-자연 발생 서열이다. 다른 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 합성이다. 또한 다른 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 내인성 TCR을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 표적하는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 참조 TCR과 인간 gp100에 대한 결합에 대해 교차 경쟁한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 참조 TCR과 동일한 에피토프 또는 인간 gp100의 중첩 에피토프에 결합한다.

일부 구현예에서, 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며; 여기서 알파 쇄는 상보성 결정 영역 1(CDR1), CDR2, 및 CDR3을 포함하고; 여기서 베타 쇄는 CDR1, CDR2, 및 CDR3을 포함하고; 여기서 참조 TCR은 서열번호: 7에 제시된 알파 쇄 CDR3 및 서열번호: 10에 제시된 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 알파 쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3 서열, 및 참조 TCR은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 베타 쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

3. 알파 쇄 및 베타 쇄 TCR 서열

II.A.1. 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 TCR

본 개시내용은 본원에 기재된 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 TCR에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하고; 여기서 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 7(CAEGDTGRRALTF)에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 10(CASSPGASYEQYF)에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 알파 쇄 및/또는 베타 쇄에서 비-CDR 영역은 예를 들어, 1 개 아미노산, 2 개 아미노산, 3 개 아미노산, 4 개 아미노산, 5 개 아미노산, 또는 6 개 아미노산의 치환 또는 돌연변이에 의해 추가로 변형되며, 이에 의해 알파 쇄 및/또는 베타 쇄는 자연 발생하지 않는다. 일부 구현예에서, 치환 또는 돌연변이는 다양한 방식, 예를 들어, 결합 친화도, 결합 특이성, 안정성, 점도, 또는 이의 임의의 조합으로 본원에 기재된 TCR을 개선시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄 CDR1을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR1은 서열번호: 5(DSSSTY)에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 베타 쇄 CDR1을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR1은 서열번호: 8(IFSNMDM)에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄 CDR2를 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR2는 서열번호: 6(MGHRA)에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 베타 쇄 CDR2를 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR2는 서열번호: 9(YSYEKL)에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 가변 도메인을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열에 존재하는 알파 쇄 가변 도메인을 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 가변 도메인을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 베타 쇄 가변 도메인을 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 알파 쇄 불변 영역 및 베타 쇄 불변 영역 둘 다를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 불변 영역을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열에 존재하는 알파 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄의 내인성, 예를 들어, 자연 발생 불변 영역과 상이한 알파 불변 영역을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 불변 영역의 아미노산 서열에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 불변 영역을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 베타 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 베타 쇄의 내인성, 예를 들어, 자연 발생 불변 영역과 상이한 베타 불변 영역을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 불변 영역의 아미노산 서열에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.

특정 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄를 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄를 포함한다.

특정 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄를 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄를 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 둘 다를 포함하며; 여기서 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 둘 다는 내인성 TCR의 상응하는 아미노산 서열에 비해 표적 서열 내에 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

II.A.2. 에피토프

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 참조 TCR과 동일한 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 13(ESITGSLGPLL)에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 gp100의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 gp100의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 에피토프는 gp100의 아미노산 잔기 448-458(서열번호: 52), 예를 들어, "gp100_448-458"로 이루어진다.

특정 구현예에서, 에피토프는 HLA 클래스 I 분자로 복합체화된다. 인간 백혈구 항원(HLA) 시스템(인간에서 주요 조직접합성 복합체[MHC])은 면역계의 중요한 부분이며 염색체 6에 위치한 유전자에 의해 제어된다. 이는 T 세포 상의 T-세포 수용체(TCR)에 항원성 펩티드를 제시하도록 전문화된 세포 표면 분자를 암호화한다. (또한 면역계의 개요 참조.) 항원(Ag)을 제시하는 MHC 분자는 2 개의 주요 클래스로 나눠진다: 클래스 I MHC 분자 및 클래스 II MHC 분자.

클래스 I MHC 분자는 모든 유핵 세포의 표면 상의 막횡단 당단백질로 존재한다. 온전한 클래스 I 분자는 베타-2 마이크로글로불린 분자에 결합된 알파 중쇄로 이루어진다. 중쇄는 2 개의 펩티드-결합 도메인, Ig-유사 도메인, 및 세포질 꼬리가 있는 막횡단 영역으로 이루어진다. 클래스 I 분자의 중쇄는 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-C 유전자좌에서 유전자에 의해 암호화된다. CD8 분자를 발현하는 T 세포는 클래스 I MHC 분자와 반응한다. 이들 림프구는 종종 세포독성 기능을 가지며, 임의의 감염된 세포를 인식할 수 있어야 한다. 모든 유핵 세포가 클래스 I MHC 분자를 발현하기 때문에, 모든 감염된 세포는 CD8 T 세포에 대한 항원-제시 세포로 작용할 수 있다(CD8은 클래스 I 중쇄의 비다형성 부분에 결합함). 일부 클래스 I MHC 유전자는 HLA-G(모체 면역 반응으로부터 태아를 보호하는 역할을 할 수 있음) 및 HLA-E(자연 살해[NK] 세포에 대한 특정 수용체에 펩티드를 제시함)과 같은 비고전적 MHC 분자를 암호화한다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-C 대립유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-E, HLA-F, 및 HLA-G 대립유전자로부터 선택된다. 특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-A 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-B 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-C 대립유전자이다.

많은 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-C 대립유전자가 당업계에 알려져 있고, 알려진 대립유전자 중 임의의 것이 본 개시내용에 사용될 수 있다. HLA 대립유전자의 업데이트된 목록은 hla.alleles.org/(2019년 2월 27일 마지막 방문)에서 이용가능하다. 일부 구현예에서,HLA 클래스 1 분자는 HLA-B*07, HLA-B*08, HLA-B*13, HLA-B*14, HLA-B*15, HLA-B*18, HLA-B*27, HLA-B*35, HLA-B*37, HLA-B*38, HLA-B*39, HLA-B*40, HLA-B*41, HLA-B*42, HLA-B*44, HLA-B*45, HLA-B*46, HLA-B*47, HLA-B*48, HLA-B*49, HLA-B*50, HLA-B*51, HLA-B*52, HLA-B*53, HLA-B*54, HLA-B*55, HLA-B*56, HLA-B*57, HLA-B*58, HLA-B*59, HLA-B*67, HLA-B*73, HLA-B*78, HLA-B*79, HLA-B*81, HLA-B*82, 및 HLA-B*83으로부터 선택된 HLA-B 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:01 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:02 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:03 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:04 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:05 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:06 대립유전자이다.

특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 HLA-B 대립유전자이다: HLA-B*40:01:01, HLA-B*40:01:02:01, HLA-B*40:01:02:02, HLA-B*40:01:02:03, HLA-B*40:01:02:04, HLA-B*40:01:02:05, HLA-B*40:01:02:06, HLA-B*40:01:02:07, HLA-B*40:01:02:08, HLA-B*40:01:02:09, HLA-B*40:01:03, HLA-B*40:01:04, HLA-B*40:01:05, HLA-B*40:01:06, HLA-B*40:01:07, HLA-B*40:01:08, HLA-B*40:01:09, HLA-B*40:01:10, HLA-B*40:01:11, HLA-B*40:01:12, HLA-B*40:01:13, HLA-B*40:01:14, HLA-B*40:01:15, HLA-B*40:01:16, HLA-B*40:01:17, HLA-B*40:01:18, HLA-B*40:01:19, HLA-B*40:01:20, HLA-B*40:01:21, HLA-B*40:01:22, HLA-B*40:01:23, HLA-B*40:01:24, HLA-B*40:01:25, HLA-B*40:01:26, HLA-B*40:01:27, HLA-B*40:01:28, HLA-B*40:01:29, HLA-B*40:01:30, HLA-B*40:01:31, HLA-B*40:01:32, HLA-B*40:01:33, HLA-B*40:01:34, HLA-B*40:01:35, HLA-B*40:01:36, HLA-B*40:01:37, HLA-B*40:01:38, HLA-B*40:01:39, HLA-B*40:01:40, HLA-B*40:01:41, HLA-B*40:01:42, HLA-B*40:01:43, HLA-B*40:01:44, HLA-B*40:01:45, HLA-B*40:01:46, HLA-B*40:01:47, HLA-B*40:01:48, HLA-B*40:01:49, HLA-B*40:01:50, HLA-B*40:01:51, HLA-B*40:01:52, HLA-B*40:01:53, HLA-B*40:01:54, HLA-B*40:01:55, HLA-B*40:01:56, HLA-B*40:01:57, HLA-B*40:01:58, HLA-B*40:01:59, 및 HLA-B*40:01:60. 일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 HLA-B 대립유전자이다: HLA-B*40:02:01:01, HLA-B*40:02:01:02, HLA-B*40:02:01:03, HLA-B*40:02:01:04, HLA-B*40:02:01:05, HLA-B*40:02:01:06, HLA-B*40:02:01:07, HLA-B*40:02:01:08, HLA-B*40:02:02, HLA-B*40:02:03, HLA-B*40:02:04, HLA-B*40:02:05, HLA-B*40:02:06, HLA-B*40:02:07, HLA-B*40:02:08, HLA-B*40:02:09, HLA-B*40:02:10, HLA-B*40:02:11, HLA-B*40:02:12, HLA-B*40:02:13, HLA-B*40:02:14, HLA-B*40:02:15, HLA-B*40:02:16, HLA-B*40:02:17, HLA-B*40:02:18, HLA-B*40:02:19, HLA-B*40:02:20, HLA-B*40:02:21, HLA-B*40:02:22, HLA-B*40:02:23, HLA-B*40:02:24, HLA-B*40:02:25, HLA-B*40:02:26, HLA-B*40:03:01:01, HLA-B*40:03:01:02, HLA-B*40:04:01, HLA-B*40:04:02, HLA-B*40:05:01:01, HLA-B*40:05:01:02, HLA-B*40:06:01:01, HLA-B*40:06:01:02, HLA-B*40:06:02, HLA-B*40:06:03, HLA-B*40:06:04:01, HLA-B*40:06:04:02, HLA-B*40:06:05, HLA-B*40:06:06, HLA-B*40:06:07, HLA-B*40:06:08, HLA-B*40:06:09, HLA-B*40:06:10, HLA-B*40:06:11, HLA-B*40:06:12, HLA-B*40:06:13, HLA-B*40:06:14, HLA-B*40:06:15, HLA-B*40:06:16, HLA-B*40:06:17, HLA-B*40:06:18, HLA-B*40:07, HLA-B*40:08, HLA-B*40:09, HLA-B*40:100, HLA-B*40:101, HLA-B*40:102, HLA-B*40:103, HLA-B*40:104, HLA-B*40:105, HLA-B*40:106, HLA-B*40:107, HLA-B*40:108, HLA-B*40:109, HLA-B*40:10:01:01, HLA-B*40:10:01:02, HLA-B*40:10:02, HLA-B*40:110, HLA-B*40:111, HLA-B*40:112, HLA-B*40:113, HLA-B*40:114:01, HLA-B*40:114:02, HLA-B*40:115, HLA-B*40:116, HLA-B*40:117, HLA-B*40:118, HLA-B*40:119, HLA-B*40:11:01, HLA-B*40:11:02, HLA-B*40:12, HLA-B*40:120, HLA-B*40:121, HLA-B*40:122, HLA-B*40:123, HLA-B*40:124:01, HLA-B*40:124:02, HLA-B*40:125:01, HLA-B*40:125:02, HLA-B*40:126, HLA-B*40:127, HLA-B*40:128, HLA-B*40:129, HLA-B*40:13, HLA-B*40:130:01, HLA-B*40:130:02, HLA-B*40:131, HLA-B*40:132, HLA-B*40:133, HLA-B*40:134, HLA-B*40:135, HLA-B*40:136, HLA-B*40:137, HLA-B*40:138, HLA-B*40:139, HLA-B*40:140, HLA-B*40:141, HLA-B*40:142, HLA-B*40:143, HLA-B*40:144, HLA-B*40:145, HLA-B*40:146, HLA-B*40:147, HLA-B*40:148, HLA-B*40:149, HLA-B*40:14:01, HLA-B*40:14:02, HLA-B*40:14:03, HLA-B*40:15, HLA-B*40:150, HLA-B*40:151, HLA-B*40:152, HLA-B*40:153, HLA-B*40:154, HLA-B*40:155:01, HLA-B*40:155:02, HLA-B*40:156, HLA-B*40:157, HLA-B*40:158, HLA-B*40:159, HLA-B*40:16, HLA-B*40:160:01, HLA-B*40:160:02, HLA-B*40:161, HLA-B*40:162, HLA-B*40:163, HLA-B*40:164, HLA-B*40:165, HLA-B*40:166, HLA-B*40:167, HLA-B*40:168, HLA-B*40:169, HLA-B*40:170, HLA-B*40:171, HLA-B*40:172, HLA-B*40:173, HLA-B*40:174, HLA-B*40:175, HLA-B*40:176, HLA-B*40:177, HLA-B*40:178, HLA-B*40:179, HLA-B*40:18, HLA-B*40:180, HLA-B*40:181, HLA-B*40:182, HLA-B*40:183, HLA-B*40:184, HLA-B*40:185, HLA-B*40:186:01, HLA-B*40:186:02, HLA-B*40:187, HLA-B*40:188, HLA-B*40:189, HLA-B*40:19, HLA-B*40:190, HLA-B*40:191, HLA-B*40:192, HLA-B*40:193, HLA-B*40:194, HLA-B*40:195, HLA-B*40:196, HLA-B*40:197, HLA-B*40:198, HLA-B*40:199, HLA-B*40:200, HLA-B*40:201, HLA-B*40:202, HLA-B*40:203, HLA-B*40:204, HLA-B*40:205, HLA-B*40:206, HLA-B*40:207, HLA-B*40:208, HLA-B*40:209, HLA-B*40:20:01:01, HLA-B*40:20:01:02, HLA-B*40:21, HLA-B*40:210, HLA-B*40:211, HLA-B*40:212, HLA-B*40:213, HLA-B*40:214, HLA-B*40:215, HLA-B*40:216, HLA-B*40:217, HLA-B*40:218, HLA-B*40:219, HLA-B*40:220, HLA-B*40:221, HLA-B*40:222, HLA-B*40:223, HLA-B*40:224, HLA-B*40:225, HLA-B*40:226, HLA-B*40:227, HLA-B*40:228, HLA-B*40:229, HLA-B*40:22 57, HLA-B*40:23, HLA-B*40:230, HLA-B*40:231, HLA-B*40:232, HLA-B*40:233, HLA-B*40:234, HLA-B*40:235, HLA-B*40:236, HLA-B*40:237, HLA-B*40:238, HLA-B*40:239, HLA-B*40:24, HLA-B*40:240, HLA-B*40:241, HLA-B*40:242, HLA-B*40:243, HLA-B*40:244, HLA-B*40:245, HLA-B*40:246, HLA-B*40:247, HLA-B*40:248, HLA-B*40:249, HLA-B*40:25, HLA-B*40:250, HLA-B*40:251, HLA-B*40:252, HLA-B*40:253, HLA-B*40:254, HLA-B*40:255, HLA-B*40:256, HLA-B*40:257, HLA-B*40:258, HLA-B*40:259, HLA-B*40:26, HLA-B*40:260, HLA-B*40:261, HLA-B*40:262, HLA-B*40:263, HLA-B*40:264, HLA-B*40:265, HLA-B*40:266, HLA-B*40:267, HLA-B*40:268, HLA-B*40:269, HLA-B*40:270, HLA-B*40:271, HLA-B*40:272, HLA-B*40:273, HLA-B*40:274, HLA-B*40:275, HLA-B*40:276, HLA-B*40:277, HLA-B*40:278, HLA-B*40:279, HLA-B*40:27:01, HLA-B*40:27:02, HLA-B*40:28, HLA-B*40:280, HLA-B*40:281, HLA-B*40:282, HLA-B*40:283, HLA-B*40:284, HLA-B*40:285, HLA-B*40:286, HLA-B*40:287, HLA-B*40:288, HLA-B*40:289, HLA-B*40:29, HLA-B*40:290, HLA-B*40:291, HLA-B*40:292, HLA-B*40:293, HLA-B*40:294, HLA-B*40:295, HLA-B*40:296, HLA-B*40:297, HLA-B*40:298:01, HLA-B*40:298:02, HLA-B*40:299, HLA-B*40:30, HLA-B*40:300, HLA-B*40:301, HLA-B*40:302, HLA-B*40:303, HLA-B*40:304, HLA-B*40:305, HLA-B*40:306, HLA-B*40:307, HLA-B*40:308, HLA-B*40:309, HLA-B*40:31, HLA-B*40:310, HLA-B*40:311, HLA-B*40:312, HLA-B*40:313, HLA-B*40:314, HLA-B*40:315, HLA-B*40:316, HLA-B*40:317, HLA-B*40:318, HLA-B*40:319, HLA-B*40:32, HLA-B*40:320, HLA-B*40:321, HLA-B*40:322, HLA-B*40:323, HLA-B*40:324, HLA-B*40:325, HLA-B*40:326, HLA-B*40:327, HLA-B*40:328, HLA-B*40:329, HLA-B*40:33, HLA-B*40:330, HLA-B*40:331, HLA-B*40:332, HLA-B*40:333, HLA-B*40:334, HLA-B*40:335, HLA-B*40:336, HLA-B*40:337 98, HLA-B*40:338, HLA-B*40:339, HLA-B*40:34, HLA-B*40:340, HLA-B*40:341, HLA-B*40:342, HLA-B*40:343, HLA-B*40:344, HLA-B*40:345, HLA-B*40:346, HLA-B*40:347, HLA-B*40:348, HLA-B*40:349, HLA-B*40:350, HLA-B*40:351, HLA-B*40:352, HLA-B*40:353, HLA-B*40:354, HLA-B*40:355, HLA-B*40:356, HLA-B*40:357, HLA-B*40:358, HLA-B*40:359, HLA-B*40:35:01, HLA-B*40:35:02, HLA-B*40:36, HLA-B*40:360, HLA-B*40:361 86, HLA-B*40:362, HLA-B*40:363, HLA-B*40:364, HLA-B*40:365, HLA-B*40:366, HLA-B*40:367, HLA-B*40:368, HLA-B*40:369, HLA-B*40:37, HLA-B*40:370, HLA-B*40:371, HLA-B*40:372, HLA-B*40:373, HLA-B*40:374, HLA-B*40:375, HLA-B*40:376, HLA-B*40:377, HLA-B*40:378, HLA-B*40:379, HLA-B*40:38, HLA-B*40:380, HLA-B*40:381, HLA-B*40:382, HLA-B*40:383, HLA-B*40:384, HLA-B*40:385, HLA-B*40:386, HLA-B*40:387, HLA-B*40:388, HLA-B*40:389, HLA-B*40:39, HLA-B*40:390, HLA-B*40:391, HLA-B*40:392, HLA-B*40:393, HLA-B*40:394, HLA-B*40:395, HLA-B*40:396, HLA-B*40:397, HLA-B*40:398, HLA-B*40:399 57, HLA-B*40:40, HLA-B*40:400, HLA-B*40:401, HLA-B*40:402, HLA-B*40:403, HLA-B*40:404, HLA-B*40:406, HLA-B*40:407, HLA-B*40:408, HLA-B*40:409, HLA-B*40:410, HLA-B*40:411, HLA-B*40:412, HLA-B*40:413, HLA-B*40:414, HLA-B*40:42, HLA-B*40:43, HLA-B*40:44, HLA-B*40:45, HLA-B*40:46, HLA-B*40:47, HLA-B*40:48, HLA-B*40:49, HLA-B*40:50, HLA-B*40:51, HLA-B*40:52, HLA-B*40:53, HLA-B*40:54, HLA-B*40:55, HLA-B*40:56, HLA-B*40:57, HLA-B*40:58, HLA-B*40:59, HLA-B*40:60, HLA-B*40:61, HLA-B*40:62, HLA-B*40:63, HLA-B*40:64:01:01, HLA-B*40:64:01:02, HLA-B*40:65, HLA-B*40:66, HLA-B*40:67, HLA-B*40:68, HLA-B*40:69, HLA-B*40:70:01, HLA-B*40:70:02, HLA-B*40:71, HLA-B*40:72:01, HLA-B*40:72:02, HLA-B*40:73, HLA-B*40:74, HLA-B*40:75, HLA-B*40:76, HLA-B*40:77, HLA-B*40:78, HLA-B*40:79, HLA-B*40:80, HLA-B*40:81, HLA-B*40:82, HLA-B*40:83, HLA-B*40:84, HLA-B*40:85, HLA-B*40:86, HLA-B*40:87:01, HLA-B*40:87:02, HLA-B*40:88, HLA-B*40:89, HLA-B*40:90, HLA-B*40:91, HLA-B*40:92, HLA-B*40:93, HLA-B*40:94, HLA-B*40:95, HLA-B*40:96, HLA-B*40:97, HLA-B*40:98, 및 HLA-B*40:99.

II.A.3 제2 뉴클레오티드 서열

본원에 개시된 핵산 분자의 제2 뉴클레오티드 서열은 임의의 서열일 수 있거나 또는 내인성 TCR의 발현을 억제할 수 있는 임의의 폴리펩티드를 암호화할 수 있다. 일부 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 하나 이상의 siRNA이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 내인성 TCR의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 야생형 인간 TCR의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 야생형 TCR의 알파 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 야생형 TCR의 베타 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 (i) 야생형 TCR의 알파 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적인 하나 이상의 siRNA 및 (ii) 야생형 TCR의 베타 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적인 하나 이상의 siRNA를 포함한다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 서열번호: 53-56으로 이루어진 군으로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함한다(표 4). 일부 구현예에서, 핵산 분자의 제2 뉴클레오티드 서열은 하나 이상의 siRNA를 암호화하며, 여기서 하나 이상의 siRNA는 야생형 TCR의 알파 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이고, 여기서 하나 이상의 siRNA는 서열번호: 53 및 54에 제시된 핵산 서열을 포함한다.

표 4. siRNA 서열

일부 구현예에서, 핵산 분자의 제2 뉴클레오티드 서열은 하나 이상의 siRNA를 암호화하며, 여기서 하나 이상의 siRNA는 야생형 TCR의 베타 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적이고, 여기서 하나 이상의 siRNA는 서열번호: 55 및 56에 제시된 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 분자의 제2 뉴클레오티드 서열은 하나 이상의 siRNA를 암호화하며, 여기서 하나 이상의 siRNA는 (i) 야생형 TCR의 알파 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적인 하나 이상의 siRNA로, 여기서 하나 이상의 siRNA는 서열번호: 53 및 54에 제시된 핵산 서열을 포함하는 것; 및 (ii) 야생형 TCR의 베타 쇄의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적인 하나 이상의 siRNA로, 여기서 하나 이상의 siRNA는 서열번호: 55 및 56에 제시된 핵산 서열을 포함하는 것을 포함한다.

일부 구현예에서, 핵산 분자의 제2 뉴클레오티드 서열은 서열번호: 53-56을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 서열번호: 53-56을 포함하며, 여기서 서열번호: 53-56 중 하나 이상은 siRNA를 암호화하지 않는 하나 이상의 핵산에 의해 분리된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 siRNA는 미국 공개 번호 제2010/0273213 A1호에 개시된 siRNA로부터 선택되며, 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

일부 구현예에서, 핵산 분자의 제2 뉴클레오티드 서열은 단백질을 암호화하며, 여기서 단백질은 내인성, 예를 들어, 야생형 TCR의 발현을 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 제2 뉴클레오티드 서열은 Cas9를 암호화한다.

II.A.3 벡터

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 핵산 분자를 포함하는 벡터에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 바이러스 입자 또는 바이러스이다. 일부 구현예에서, 벡터는 포유동물 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 박테리아 벡터이다.

특정 구현예에서, 벡터는 레트로바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 아데노바이러스 벡터, 렌티바이러스, 센다이 바이러스, 배큘로바이러스 벡터, 엡스타인 바 바이러스 벡터, 파포바바이러스 벡터, 우두 바이러스 벡터, 단순 포진 바이러스 벡터, 및 아데노 연관 바이러스(AAV) 벡터로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 벡터는 AAV 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 렌티바이러스이다. 특정 구현예에서, 벡터는 AAV 벡터이다. 일부 구현예에서, 벡터는 센다이 바이러스이다. 일부 구현예에서, 벡터는 하이브리드 벡터이다. 본 개시내용에 사용될 수 있는 하이브리드 벡터의 예는 Huang 및 Kamihira, Biotechnol. Adv. 31(2):208-23 (2103)에서 찾을 수 있으며, 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

II.B. 재조합 T 세포 수용체(TCR)

본 개시내용의 특정 측면은 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 본원에 개시된 핵산 분자에 의해 암호화된다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 참조 TCR과 인간 gp100에 대한 결합에 대해 교차 경쟁한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 참조 TCR과 동일한 에피토프 또는 인간 gp100의 중첩 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하고, 참조 TCR로 구성된 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 참조 TCR의 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 여기서 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며; 여기서 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄의 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 여기서 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며; 여기서 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄의 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 여기서 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 여기서 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며; 여기서 (i) 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄의 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하고; (ii) 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄의 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하고; 항-gp100 TCR의 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR1은 서열번호: 5에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR1은 서열번호: 8에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR2는 서열번호: 6에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR2는 서열번호: 9에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 가변 도메인을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열에 존재하는 알파 쇄 가변 도메인을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 가변 도메인과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 가변 도메인을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열에 존재하는 베타 쇄 가변 도메인을 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 알파 쇄 불변 영역 및 베타 쇄 불변 영역 둘 다를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄 불변 영역을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열에 존재하는 알파 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 알파 쇄의 내인성, 예를 들어, 자연 발생 불변 영역과 상이한 알파 불변 영역을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열의 불변 영역의 아미노산 서열에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 불변 영역과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄 불변 영역을 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열에 존재하는 베타 쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 뉴클레오티드에 의해 암호화된 항-gp100 TCR은 베타 쇄의 내인성, 예를 들어, 자연 발생 불변 영역과 상이한 베타 불변 영역을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열의 불변 영역의 아미노산 서열에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.

특정 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 알파 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 알파 쇄를 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 알파 쇄를 포함한다.

특정 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 베타 쇄 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 베타 쇄를 포함하며, 여기서 항-gp100 TCR은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄 CDR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 베타 쇄를 포함한다.

II.B.2. 에피토프

일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 참조 TCR과 동일한 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 13에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 gp100의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 항-gp100 TCR은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 gp100의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 에피토프는 gp100의 아미노산 잔기 448-458 (서열번호: 52), 예를 들어, "gp100_448-458"로 이루어진다.

특정 구현예에서, 에피토프는 HLA 클래스 I 분자로 복합체화된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-C 대립유전자로부터 선택된다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-E, HLA-F, 및 HLA-G 대립유전자로부터 선택된다. 특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-A 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-B 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-C 대립유전자이다.

많은 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-C 대립유전자가 당업계에 알려져 있으며, 알려진 대립유전자 중 임의의 것이 본 개시내용에 사용될 수 있다. HLA 대립유전자의 업데이트된 목록은 hla.alleles.org/(2019년 2월 27일 마지막 방문)에서 이용가능하다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-B*07, HLA-B*08, HLA-B*13, HLA-B*14, HLA-B*15, HLA-B*18, HLA-B*27, HLA-B*35, HLA-B*37, HLA-B*38, HLA-B*39, HLA-B*40, HLA-B*41, HLA-B*42, HLA-B*44, HLA-B*45, HLA-B*46, HLA-B*47, HLA-B*48, HLA-B*49, HLA-B*50, HLA-B*51, HLA-B*52, HLA-B*53, HLA-B*54, HLA-B*55, HLA-B*56, HLA-B*57, HLA-B*58, HLA-B*59, HLA-B*67, HLA-B*73, HLA-B*78, HLA-B*79, HLA-B*81, HLA-B*82, 및 HLA-B*83으로부터 선택된 HLA-B 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:01 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:02 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:03 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:04 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:05 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:06 대립유전자이다.

II.B.3. 이중특이적 T 세포 수용체(TCR)

본 개시내용의 특정 측면은 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인을 포함하는 이중특이적 TCR에 관한 것이며, 여기서 제1 항원-결합 도메인은 본원에 개시된 TCR 또는 이의 항원-결합 부분을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 항원-결합 도메인은 단일 쇄 가변 단편("scFv")을 포함한다.

일부 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질에 특이적으로 결합한다. T 세포의 표면 상에서 발현된 임의의 단백질은 본원에 개시된 이중특이적 항체에 의해 표적화될 수 있다. 특정 구현예에서, T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질은 다른 세포에 의해 발현되지 않는다. 일부 구현예에서, T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질은 하나 이상의 다른 인간 면역 세포의 표면 상에서 발현된다. 일부 구현예에서, T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질은 하나 이상의 다른 인간 면역 세포의 표면 상에서 발현되지만, 인간 비-면역 세포의 표면 상에서 발현되지 않는다. 일부 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 CD3, CD2, CD5, CD6, CD8, CD11a(LFA-1α), CD43, CD45, 및 CD53으로부터 선택된 T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질에 특이적으로 결합한다. 특정 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 CD3에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 제2 항원-결합 도메인은 scFv를 포함한다.

일부 구현예에서, 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인은 공유 결합에 의해 연결되거나 또는 회합된다. 일부 구현예에서, 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인은 펩티드 결합에 의해 연결된다.

II.C. TCR을 발현하는 세포

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 핵산 분자, 본원에 개시된 벡터, 본원에 개시된 재조합 TCR, 본원에 개시된 이중특이적 TCR, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 세포에 관한 것이다. 임의의 세포가 본 개시내용에 사용될 수 있다.

특정 구현예에서, 세포는 CD3을 발현한다. CD3 발현은 자연 발생일 수 있으며, 예를 들어, CD3은 세포에 의해 내인성으로 발현된 핵산 서열로부터 발현된다. 예를 들어, T 세포 및 자연 살해(NK) 세포는 CD3을 자연적으로 발현한다. 따라서, 일부 구현예에서, 세포는 T 세포 또는 자연 살해 세포이다. 특정 구현예에서, 세포는 자연 살해 T(NKT) 세포 및 선천적 림프계 세포(ILC)로부터 선택된 T 세포이다.

일부 구현예에서, T 세포는 인간 대상체로부터 단리된다. 일부 구현예에서, 인간 대상체는 궁극적으로 T 세포 요법을 받을 동일한 대상체이다. 다른 구현예에서, 대상체는 공여자 대상체이며, 여기서 공여자 대상체는 T 세포 요법을 받을 동일한 대상체가 아니다.

일부 구현예에서, 세포는 CD3을 자연적으로 발현하지 않는 세포이며, 여기서 세포는 CD3을 발현하도록 변형되었다. 일부 구현예에서, 세포는 CD3을 암호화하는 이식유전자를 포함하며, 여기서 이식유전자는 세포에 의해 발현된다. 일부 구현예에서, 세포는 세포에 의한 내인성 CD3의 발현을 활성화하는 단백질을 암호화하는 이식유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포는 세포에서 CD3 발현의 억제제를 억제하는 단백질 또는 siRNA를 암호화하는 이식유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 이식유전자는 세포의 게놈에 혼입된다. 일부 구현예에서, 이식유전자는 세포의 게놈에 혼입되지 않는다.

일부 구현예에서, CD3을 발현하도록 변형된 세포는 인간 대상체로부터 단리된다. 일부 구현예에서, 인간 대상체는 궁극적으로 세포 요법을 받을 동일한 대상체이다. 다른 구현예에서, 대상체는 공여자 대상체이며, 여기서 공여자 대상체는 세포 요법을 받을 동일한 대상체가 아니다.

II.D. HLA 클래스 I 분자

본 개시내용의 특정 측면은 펩티드에 복합체화된 HLA 클래스 I 분자에 관한 것이며, 여기서 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 아미노산 서열로 이루어진다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-A, HLA-B, 또는 HLA-C이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 1 분자는 HLA-B*07, HLA-B*08, HLA-B*13, HLA-B*14, HLA-B*15, HLA-B*18, HLA-B*27, HLA-B*35, HLA-B*37, HLA-B*38, HLA-B*39, HLA-B*40, HLA-B*41, HLA-B*42, HLA-B*44, HLA-B*45, HLA-B*46, HLA-B*47, HLA-B*48, HLA-B*49, HLA-B*50, HLA-B*51, HLA-B*52, HLA-B*53, HLA-B*54, HLA-B*55, HLA-B*56, HLA-B*57, HLA-B*58, HLA-B*59, HLA-B*67, HLA-B*73, HLA-B*78, HLA-B*79, HLA-B*81, HLA-B*82, 및 HLA-B*83로부터 선택된 HLA-B 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:01 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:02 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:03 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:04 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:05 대립유전자이다. 특정 구현예에서, HLA-B 대립유전자는 HLA-B*40:06 대립유전자이다. 일부 구현예에서, HLA 대립유전자는 본원, 예를 들어, 상기에 개시된 임의의 HLA 대립유전자이다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 알파 쇄 및 β2m을 포함한다. 일부 구현예에서, 알파 쇄는 α1 도메인, α2 도메인, α3 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, β2m은 서열번호: 16에 제시된 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97% 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 약 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 알파 쇄의 서열은 hla.alleles.org(2019년 2월 27일 마지막 방문)에서 이용가능한 HLA 단백질 서열 중 임의의 것으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 단량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 이량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 다량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 삼량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 사량체이다. 일부 구현예에서, HLA 클래스 I 분자는 오량체이다.

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 임의의 HLA 클래스 I 분자를 포함하는 항원 제시 세포(APC)에 관한 것이다. 특정 구현예에서, APC는 APC의 표면 상에서 HLA 클래스 I 분자를 발현하였다. 특정 구현예에서, APC는 본원에 개시된 하나 초과의 HLA 클래스 I 분자를 포함한다.

II.D. 백신

본 개시내용의 특정 측면은 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 펩티드를 포함하는 암 백신에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 암 백신은 서열번호: 13에 제시된 아미노산 서열로 이루어진 펩티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 백신은 하나 이상의 부형제를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 백신은 하나 이상의 추가의 펩티드를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가의 펩티드는 하나 이상의 추가의 에피토프를 포함한다.

III. 본 개시내용의 방법

본 개시내용의 특정 측면은 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법에 관한 것이다. 본 개시내용의 다른 측면은 항원-표적화 세포를 조작하는 방법에 관한 것이다. 본 개시내용이 다른 측면은 인간 대상체로부터 수득된 T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법에 관한 것이다.

III.A. 암을 치료하는 방법

본 개시내용의 특정 측면은 본원에 개시된 핵산 분자, 본원에 개시된 재조합 TCR, 본원에 개시된 이중특이적 TCR, 본원에 개시된 에피토프, 또는 본원에 개시된 HLA 클래스 I 분자, 또는 상기 중 임의의 것을 포함하는 벡터 또는 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법에 관한 것이다.

일부 구현예에서, 암은 흑색종, 골암, 신장암, 전립선암, 유방암, 결장암, 폐암, 피부 또는 안내 악성 흑색종, 췌장암, 피부암, 두경부암, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문부의 암, 위암, 고환암, 자궁암, 나팔관 암종, 자궁내막 암종, 자궁경부 암종, 질 암종, 음문 암종, 호지킨병, 비호지킨 림프종(NHL), 원발성 종격 거대 B 세포 림프종(PMBC), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종(FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종(SMZL), 식도암, 소장암, 내분비계의 암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병(AML), 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병(ALL)(비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 소아의 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장 또는 요관의 암, 신우 암종, 중추신경계(CNS)의 신생물, 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관형성, 척추 종양, 뇌간 신경교종, 뇌하수체 선종, 카포시 육종, 유표피암, 편평세포암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것들을 포함한 환경적으로 유도된 암, 다른 B 세포 악성종양, 및 상기 암의 조합으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종이다.

일부 구현예에서, 암은 재발성이다. 일부 구현예에서, 암은 난치성이다. 일부 구현예에서, 암은 진행성이다. 일부 구현예에서, 암은 전이성이다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 대상체에서 암을 치료한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 암의 하나 이상의 증상의 중증도를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 암으로부터 유래된 종양의 크기 또는 수를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 본원에 개시된 방법이 제공되지 않은 대상체에 비해, 대상체의 전체 생존을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 본원에 개시된 방법이 제공되지 않은 대상체에 비해, 대상체의 무진행 생존을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 대상체에서 부분 반응을 유발한다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 대상체에서 완전 반응을 유발한다.

일부 구현예에서, 본원에 개시된 방법은 본원에 기재된 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 것을 포함하며, 여기서 세포는 본원에 개시된 핵산 분자, 본원에 개시된 벡터, 본원에 개시된 재조합 TCR, 및/또는 본원에 개시된 이중특이적 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포는 T 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 CD3을 발현하도록 조작된 세포이다.

일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, T 세포는 대상체로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, T 세포는 대상체 이외의 공여자로부터 수득된다.

일부 구현예에서, 대상체는 세포를 투여하기 전에 예비조건화된다. 예비조건화는 T 세포 기능 및/또는 생존을 촉진하는 임의의 물질을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 화학요법, 사이토카인, 단백질, 소분자, 또는 이의 임의의 조합을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 인터류킨을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 IL-2, , IL-4, IL-7, IL-9, IL-15, IL-21, 또는 이의 임의의 조합을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 또는 둘 다를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 예비조건화는 비타민 C, AKT 억제제, ATRA(베사노이드, 트레티노인), 라파마이신, 또는 이의 임의의 조합을 투여하는 것을 포함한다.

III.B. 항원-표적화 세포를 조작하는 방법

본 개시내용의 특정 측면은 항원-표적화 세포를 조작하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 항원은 gp100 항원이다. 일부 구현예에서, 방법은 본원에 개시된 핵산 분자 또는 본원에 개시된 벡터로 세포를 형질도입하는 단계를 포함한다. 세포는 본원에 기재된 임의의 세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 본원에 기재된 T 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 본원에 기재된 바와 같이, CD3을 발현하도록 변형된 세포이다. 일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, T 세포는 T 세포 요법을 필요로 하는 대상체로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 세포는 T 세포 요법을 필요로 하는 대상체 이외의 공여자로부터 수득된다. 일부 구현예에서, 세포는 T 세포 또는 자연 살해 세포이다.

III.C. T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법

본 개시내용의 특정 측면은 인간 대상체로부터 수득된 T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 방법은 본원에 개시된 HLA 클래스 I 분자를 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 본원에 개시된 APC를 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 접촉 후, 풍부화된 T 세포 집단은 접촉 전에 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포의 수에 비해 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 더 많은 T 세포의 수를 포함한다.

일부 구현예에서, 방법은 펩티드를 시험관 내에서 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함하며, 여기서 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 펩티드를 시험관 내에서 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함하며, 여기서 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 아미노산 서열로 이루어진다. 일부 구현예에서, 접촉 후, 풍부화된 T 세포 집단은 접촉 전에 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포의 수에 비해 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 더 많은 T 세포의 수를 포함한다.

본 개시내용의 일부 측면은 종양 세포를 표적화할 수 있는 T 세포를 선택하는 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 방법은 펩티드를 시험관 내에서 단리된 T 세포의 집단과 접촉시키는 단계를 포함하며, 여기서 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진다. 일부 구현예에서, T 세포는 인간 대상체로부터 수득된다.

인간 대상체로부터 수득된 T 세포는 본원에 개시된 임의의 T 세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 인간 대상체로부터 수득된 T 세포는 종양 침윤 림프구(TIL)이다.

일부 구현예에서, 방법은 풍부화된 T 세포를 인간 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 본원에 기재된 바와 같이, T 세포를 받기 전에 예비조건화된다.

본원에 기재된 모든 다양한 측면, 구현예, 및 옵션은 임의의 및 모든 변이로 조합될 수 있다.

본 명세서에 언급된 모든 간행물, 특허, 및 특허 출원은 각각의 개별 간행물, 특허, 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 구체적으로 및 개별적으로 나타난 것과 동일한 정도로 본원에 참조로 포함된다.

본 개시내용이 일반적으로 기재되어 있으며, 본원에 제공된 실시예를 참조하여 추가의 이해가 수득될 수 있다. 이들 실시예는 단지 예시를 위한 것이며 제한하려는 것으로 의도되지 않는다.

실시예

실시예 1

TIL을 전이성 흑색종 환자로부터 단리한 다음, 시험관 내에서 다클론적으로 확장시키고, HLA-B*40:01 대립유전자에 대한 gp100 항원 특이성을 조사하였다. 펩티드/HLA(pHLA) 다량체를 사용한 구조-기반 분석 및 기능적 분석의 조합을 사용하여 Ag-특이적 T 세포 반응을 측정하였다.

pHLA 다량체 생산은 알려진 정확한 서열을 갖는 펩티드의 사용을 필요로 하므로, pHLA 다량체-기반 전략을 사용하여 새로운 에피토프 펩티드에 대한 고처리량 스크리닝을 수행하는 것은 간단하거나 또는 실용적이지 않다. pHLA 다량체를 사용한 구조-기반 분석 이외에, 기능적 분석을 적용하여 T 세포의 항원 특이성을 결정할 수 있다. 본 발명자들은 더 긴 펩티드를 취하고 처리하여 클래스 I 분자를 통해 에피토프 펩티드를 제시할 수 있는 인공 항원-제시 세포(APC)를 자극자 세포로 사용하여 기능적 검정을 수행하였다. B*40:01-인공 APC를 gp100의 전체 단백질을 다루기 위해 중첩 펩티드로 펄스하고(표 5) 사이토카인 ELISPOT 검정에서 자극인자로 사용하였다. gp100-유래 중첩 펩티드로 펄스된 B*40:01-인공 APC로 1 회 제어된 자극 후, B*40:01⁺ 흑색종 TIL은 IFN-γ ELISPOT 분석에서 공유 서열 ₄₄₆STESITGSLGPLLDG₄₆₀을 갖는 2 개의 인접한 펩티드에 대해 양성 반응을 보였다(도 1). 일련의 돌연변이체 결실 펩티드를 사용하여, 본 발명자들은 B*40:01 분자에 의해 제시된 최소로 필요한 펩티드 에피토프 ₄₄₈ESITGSLGPLL₄₅₈을 결정하였다. 본 발명자들은 HLA-B*40:01/gp100_448-458 T 세포를 식별하였으며, 이는 다클론적으로 확장된 TIL 중에서 CD8⁺ T 세포의 0.11%를 차지하였다(도 2). B*40:01-인공 APC로 1 회 제어된 펩티드-특이적 자극 후, B*40:01/gp100_448-458 T 세포의 빈도는 낮은 염색 백분율이 위양성을 나타낼 가능성을 제외하고, 1.8%로 증가하였다(도 2). 다량체-양성 T 세포는 ELISPOT 분석에 따라 HLA-제한 펩티드-특이적 방식으로 검출가능한 IFN-γ를 분비하였다(도 3).

표 5. gp100 중첩 펩티드.

다량체-양성 항종양 T 세포를 수집하였고 이의 TCR 유전자를 분자적으로 클로닝하였다(도 4, 서열번호: 1 및 2). 클로닝된 TCR의 항원 특이성 및 기능적 반응성을 TCR-재구성된 T 세포의 다량체 염색 및 ELISPOT 검정에 의해 확인하였다. 1차 T 세포 상에 재구성되는 경우, B*40:01/gp100_448-458TCR-형질도입된 T 세포는 동족 다량체로 성공적으로 염색되었고(도 5) 표면 B*40:01 분자에 의해 제시된 gp100_448-458 펩티드와 강하게 반응하였다(도 6). 중요하게는, 이러한 세포는 gp100 유전자를 자연적으로 발현하는 B*40:01-일치 및 펩티드-비펄스 종양 세포를 인식할 수 있었다(도 7). B*40:01 및 gp100 둘 다의 내인성 발현이 결여된 SK-MEL-37 흑색종 세포는 B*40:01 및 gp100 유전자 둘 다(그러나 단일 유전자 중 어느 것도 아님)가 형질도입되었을 경우에만 B*40:01/gp100_448-458 TCR-형질도입된 T 세포에 대해 반응성이 되었다(도 7-9). 이러한 결과는 B*40:01/gp100_448-458 TCR-형질도입된 T 세포가 종양 세포를 인식하기에 충분히 광적이었고 클로닝된 B*40:01/gp100_448-458 TCR이 종양-반응성이었음을 명확하게 입증한다.

Gp100은 이중특이적 T 세포 관여(BiTE) 요법에서 유망하고 광범위하게 연구된 공유 항원 중 하나이며, gp100을 표적화하는 임상 시험이 HLA-A*02:01 분자의 맥락에서 gp100을 발현하는 흑색종 세포의 T 세포 용해를 재지시하는 scFV 항-CD3에 융합된 gp100 항원을 인식하는 가용성 TCR로 구성된 이중특이적 생물제제인 IMCgp100을 사용하여, 전이성 포도막 흑색종 환자에서 진행중이다. 새롭게 클로닝된 종양-반응성 B*40:01-제한 gp100 TCR 유전자의 사용은 HLA-A*02:01-양성 암 환자를 넘어 gp100을 표적화하는 BiTE 요법의 적용가능성을 넓힐 수 있다.

방법

세포 샘플

말초 혈액 샘플을 기관 검토 위원회(Institutional Review Board) 승인 후 건강한 공여자로부터 수득하였다. 단핵 세포를 밀도 구배 원심분리(Ficoll-Paque PLUS; GE Healthcare)를 통해 수득하였다. K562는 HLA 발현에 결함이 있는 적백혈병 세포주이다. T2는 HLA-A*02:01⁺ T 세포 백혈병/B-LCL 하이브리드 세포주이다. Jurkat 76은 TCR 및 CD8 발현이 결여된 T 세포 백혈병 세포주이다. SK-MEL-28 및 A375 세포주는 10% FBS 및 50 μg/ml 겐타마이신(Invitrogen)이 보충된 DMEM에서 성장시켰다. K562, T2 및 Jurkat 76 세포주를 10% FBS 및 50 μg/ml 젠타마이신이 보충된 RPMI 1640에서 배양하였다. 전이성 흑색종 환자로부터 단리된 TIL을 시험관 내에서 성장시켰다.

펩티드

합성 펩티드를 DMSO에 50 μg/ml로 용해시켰다. 사용된 펩티드는 gp100의 전체 단백질을 덮는 20-mer 중첩 펩타이드(표 1) 및 B*40:01-제한 gp100_448-458 (ESITGSLGPLL; 서열번호: 13), gp100_449-458 (SITGSLGPLL; 서열번호: 194), NY-ESO-1_125-133 (EFTVSGNIL; 서열번호: 195), 및 HIV nef_92-100 (KEKGGLEGL; 서열번호: 63) 펩티드였다. gp100_449-458, NY-ESO-1_125-133,및HIV nef_92-100 펩티드를 음성 대조군으로 활용하였다.

유전자

HLA-B*40:01 유전자를 내부 리보솜 진입 부위를 통해 인간 신경 성장 인자 수용체의 절두된 버전(ΔNGFR)과 융합하였다. ΔNGFR-형질도입된 세포를 항-NGFR 단클론 항체(mAb)를 사용하여 단리하였다. TCR 유전자를 SMARTer RACE cDNA 증폭 키트(Takara Bio)를 사용하여 cDNA 말단의 5'-신속 증폭(RACE) PCR에 의해 클로닝하였다. 5'-RACE PCR 생성물을 레트로바이러스 벡터에 클로닝하고 서열분석하였다. 모든 유전자를 pMX 레트로바이러스 벡터에 클로닝하고 293GPG 세포-기반 레트로바이러스 시스템을 사용하여 형질도입하였다.

형질감염체

Jurkat 76/CD8 세포를 이전에 보고된 바와 같이 개별 TCRα 및 TCRβ 유전자로 형질도입하였다^42-44. Jurkat 76/CD8-유래 TCR 형질감염체를 CD3 마이크로비드(Miltenyi Biotec)를 사용하여 정제하였다(>95% 순도). CD80 및 CD83과 함께 단일 HLA 대립유전자로서 다양한 HLA 클래스 I 유전자를 개별적으로 발현하는 K562-기반 인공 APC는 이전에 보고되었다(Butler 및 Hirano, Immunol. Rev. 257:191-209 (2014); Hirano 등, Clin. Cancer Res. 12:2967-75 (2006)). PG13-유래 레트로바이러스 상청액을 사용하여 TCR 유전자를 인간 1차 T 세포로 형질도입하였다. TransIT293(Mirus Bio)을 사용하여 TCR 유전자를 293GPG 세포주로 형질감염시켰다. Gp100^- SK-MEL-37 세포를 전장 gp100 유전자와 함께 레트로바이러스로 형질도입하여 SK-MEL-37/gp100을 생성하였다. 형질도입된 gp100의 발현을 항-gp100 mAb(클론 7E3; LifeSpan Biosciences)로 염색한 후 유세포 분석에 의해 평가하였다. HLA-B*40:01^- SK-MEL-37 세포를 HLA-B*40:01과 함께 레트로바이러스로 형질도입하여 SK-MEL-37/B*40:01 세포를 생성하였다. HLA-B*40:01 유전자를 상기 기재된 바와 같은 ΔNGFR 유전자로 태그하였고, ΔNGFR⁺ 세포를 정제하고(>95% 순도) 후속 실험에 사용하였다. ΔNGFR 유전자 단독을 대조군으로 레트로바이러스로 형질도입하였다.

유세포 분석 및 세포 분류

세포 표면 분자를 PC5-접합된 항-CD8 mAb(클론 B9.11; Beckman Coulter), FITC-접합된 항-NGFR(클론 ME20.4; Biolegend), 및 APC/Cy7-접합된 항-CD3(클론 UCHT1; Biolegend)으로 염색하였다. 죽은 세포는 LIVE/DEAD 고정용 아쿠아 죽은 세포 염색 키트(Life Technologies)를 사용하여 구별하였다. 세포내 염색을 위해, 세포를 Cytofix/Cytoperm 키트(BD Biosciences)를 사용하여 고정 및 투과시켰다. 염색된 세포는 유세포 분석기(BD Biosciences)로 분석하였고, 데이터 분석은 FlowJo(Tree Star)를 사용하여 수행하였다. 세포 분류는 FACS Aria II(BD Bioscience)를 사용하여 수행하였다.

사이토카인 ELISPOT 분석

IFN-γ ELISPOT 검정을 수행하였다. PVDF 플레이트(Millipore, 매사추세츠주 베드포드 소재)를 포획 mAb(1-D1K; MABTECH, 오하이오주 마리몬트 소재)로 코팅하였고, T 세포를 37℃에서 20-24 시간 동안 펩티드의 존재 또는 부재 하에 웰 당 2 x 10⁴ 개 표적 세포로 인큐베이션하였다. 이후에 플레이트를 세척하고 비오틴-접합된 검출 mAb(7-B6-1; MABTECH)와 함께 인큐베이션하였다. 그런 다음, HRP-접합된 SA(Jackson ImmunoResearch)를 첨가하고, IFN-γ 스폿을 현상하였다. 차가운 수돗물로 철저하게 헹구어 반응을 중단시켰다. ELISPOT 플레이트를 ImmunoSpot 플레이트 판독기 및 ImmunoSpot 버전 5.0 소프트웨어(Cellular Technology Limited, 오하이오주 셰이커하이츠 소재)를 사용하여 스캐닝 및 계수하였다.

HLA-제한 펩티드-특이적 방식으로 CD8 ⁺ TIL의 확장

CD8⁺ TIL을 CD8⁺ T 세포 단리 키트(Miltenyi Biotec)를 사용하여 음성 자기 선택을 통해 정제하였다. B*40:01-인공 APC를 10 μg/mL gp100 펩티드로 6 시간 동안 펄스하였다. 그런 다음 인공 APC를 200 Gy로 조사하고, 세척하고, 20:1의 효과기 대 표적(E:T) 비로 TIL에 첨가하였다. 다음 날부터 시작하여, 10 IU/ml IL-2(Novartis), 10 ng/ml IL-15(Peprotech), 및 30 ng/ml IL-21(Peprotech)을 3 일마다 배양물에 첨가하였다.

클로닝된 TCR로 형질도입된 1차 CD8 ⁺ T 세포의 확장

CD3⁺ T 세포를 Pan T 세포 단리 키트(Miltenyi Biotec)를 사용하여 음성 자기 선택을 통해 정제하였다. 정제된 T 세포를 20:1의 E:T 비에서 200 Gy로 조사된 인공 APC/mOKT3으로 자극하였다. 다음 날부터 시작하여, 활성화된 T 세포를 연속 3 일 동안 32℃에서 1,000 g로 1 시간 동안 원심분리를 통해 클로닝된 TCR 유전자로 레트로바이러스로 형질도입하였다. 다음 날에, 100 IU/ml IL-2 및 10 ng/ml IL-15를 TCR-형질도입된 T 세포에 첨가하였다. 배양 배지를 2-3 일마다 재보충하였다.

인간 세포-기반 pHLA 다량체의 생산

친화성-성숙 HLA 클래스 I 유전자를 α2 도메인의 위치 115에서 Gln(Q) 잔기 대신에 Glu(E) 잔기 및 HLA 클래스 I α3 도메인 대신 마우스 K^b 유전자-유래 α3 도메인을 보유하도록 조작하였다. 친화성-성숙 HLA 클래스 I 유전자의 세포외 도메인을 Gly-Ser(GS) 유연한 링커와 융합한 후 6x His 태그와 융합함으로써, 본 발명자들은 가요성 HLA 클래스 I^Q115E-K^b 유전자를 생성하였다. HEK293T 세포를 293GPG 세포-기반 레트로바이러스 시스템을 사용하여 β2m 유전자와 함께 다양한 가용성 HLA 클래스 I^Q115E-K^b 유전자로 개별적으로 형질도입하였다. 가용성 친화성-성숙 클래스 I^Q115E-K^b를 이소성으로 발현하는 안정한 HEK293T 세포를 합류까지 성장시킨 다음, 배지를 교환하였다. 48 시간 후, 조건화 배지를 수확하고 즉시 사용하거나 또는 사용할 때까지 동결시켰다. HEK293T 형질감염체에 의해 생성된 가용성 HLA 클래스 I^Q115E-K^b-함유 상청액을 시험관내 펩티드 교환을 위해 37℃에서 밤새도록 100-1000 μg/ml의 관심 클래스 I-제한 펩티드와 혼합하였다. 펩티드가 로딩된 가용성 단량체성 클래스 I^Q115E-K^b를 실온에서 2 시간 동안 또는 4℃에서 밤새도록 2:1 몰비로 피코에리트린(PE)과 같은 형광 색소에 접합된 항-His mAb(클론 AD1.1.10; Abcam)를 사용하여 이량체화하였다. 기능적 가용성 HLA 클래스 I^Q115E-K^b 분자의 농도를 각각 포획 및 검출 Ab로서 항-pan 클래스 I mAb(클론 W6/32, 내부용) 및 항-His 태그 비오티닐화 mAb(클론 AD1.1.10, R&D systems)를 사용하여 특이적 ELISA에 의해 측정하였다.

pHLA 다량체 염색

T 세포(1 x 10⁵)를 50 nM 다사티닙(dasatinib)(LC laboratories)의 존재 하에 37℃에서 30 분 동안 인큐베이션하였다. 그런 다음 세포를 세척하고 5-10 μg/ml의 다량체와 실온에서 30 분 동안 인큐베이션하고, R-피코에리트린-접합된 AffiniPure Fab 단편 염소 항-마우스 IgG1(Jackson ImmunoResearch Laboratories)을 4℃에서 15 분 동안 첨가하였다. 다음으로, 세포를 3 번 세척하고 항-CD8 mAb로 4℃에서 15 분 동안 공동염색하였다. 마지막으로 LIVE/DEAD 고정용 죽은 세포 염색 키트를 사용하여 죽은 세포를 구별하였다.

통계 분석

GraphPad Prism 5.0e를 사용하여 통계 분석을 수행하였다. 두 그룹이 주어진 변수에 대해 유의하게 상이하였는지를 결정하기 위해, 본 발명자들은 웰치(Welch)의 t 검정(양측)을 사용하여 분석을 수행하였다. P 값 < 0.05를 유의한 것으로 간주하였다.

SEQUENCE LISTING <110> UNIVERSITY HEALTH NETWORK <120> T CELL RECEPTORS AND METHODS OF USE THEREOF <130> 4285.004PC01/C-K/BMD <150> US 62/813,645 <151> 2019-03-04 <160> 195 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 274 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> alpha chain amino acid sequence <400> 1 Met Lys Thr Phe Ala Gly Phe Ser Phe Leu Phe Leu Trp Leu Gln Leu 1 5 10 15 Asp Cys Met Ser Arg Gly Glu Asp Val Glu Gln Ser Leu Phe Leu Ser 20 25 30 Val Arg Glu Gly Asp Ser Ser Val Ile Asn Cys Thr Tyr Thr Asp Ser 35 40 45 Ser Ser Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Lys Gln Glu Pro Gly Ala Gly Leu 50 55 60 Gln Leu Leu Thr Tyr Ile Phe Ser Asn Met Asp Met Lys Gln Asp Gln 65 70 75 80 Arg Leu Thr Val Leu Leu Asn Lys Lys Asp Lys His Leu Ser Leu Arg 85 90 95 Ile Ala Asp Thr Gln Thr Gly Asp Ser Ala Ile Tyr Phe Cys Ala Glu 100 105 110 Gly Asp Thr Gly Arg Arg Ala Leu Thr Phe Gly Ser Gly Thr Arg Leu 115 120 125 Gln Val Gln Pro Asn Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val Tyr Gln Leu 130 135 140 Arg Asp Ser Lys Ser Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe Thr Asp Phe 145 150 155 160 Asp Ser Gln Thr Asn Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp Val Tyr Ile 165 170 175 Thr Asp Lys Thr Val Leu Asp Met Arg Ser Met Asp Phe Lys Ser Asn 180 185 190 Ser Ala Val Ala Trp Ser Asn Lys Ser Asp Phe Ala Cys Ala Asn Ala 195 200 205 Phe Asn Asn Ser Ile Ile Pro Glu Asp Thr Phe Phe Pro Ser Pro Glu 210 215 220 Ser Ser Cys Asp Val Lys Leu Val Glu Lys Ser Phe Glu Thr Asp Thr 225 230 235 240 Asn Leu Asn Phe Gln Asn Leu Ser Val Ile Gly Phe Arg Ile Leu Leu 245 250 255 Leu Lys Val Ala Gly Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg Leu Trp Ser 260 265 270 Ser Glx <210> 2 <211> 311 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> beta chain amino acid sequence <400> 2 Met Gly Cys Arg Leu Leu Cys Cys Ala Val Leu Cys Leu Leu Gly Ala 1 5 10 15 Val Pro Ile Asp Thr Glu Val Thr Gln Thr Pro Lys His Leu Val Met 20 25 30 Gly Met Thr Asn Lys Lys Ser Leu Lys Cys Glu Gln His Met Gly His 35 40 45 Arg Ala Met Tyr Trp Tyr Lys Gln Lys Ala Lys Lys Pro Pro Glu Leu 50 55 60 Met Phe Val Tyr Ser Tyr Glu Lys Leu Ser Ile Asn Glu Ser Val Pro 65 70 75 80 Ser Arg Phe Ser Pro Glu Cys Pro Asn Ser Ser Leu Leu Asn Leu His 85 90 95 Leu His Ala Leu Gln Pro Glu Asp Ser Ala Leu Tyr Leu Cys Ala Ser 100 105 110 Ser Pro Gly Ala Ser Tyr Glu Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu 115 120 125 Thr Val Thr Glu Asp Leu Lys Asn Val Phe Pro Pro Glu Val Ala Val 130 135 140 Phe Glu Pro Ser Glu Ala Glu Ile Ser His Thr Gln Lys Ala Thr Leu 145 150 155 160 Val Cys Leu Ala Thr Gly Phe Tyr Pro Asp His Val Glu Leu Ser Trp 165 170 175 Trp Val Asn Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr Asp Pro Gln 180 185 190 Pro Leu Lys Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg Tyr Cys Leu Ser 195 200 205 Ser Arg Leu Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn Pro Arg Asn His 210 215 220 Phe Arg Cys Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu Asn Asp Glu Trp 225 230 235 240 Thr Gln Asp Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val Ser Ala Glu Ala 245 250 255 Trp Gly Arg Ala Asp Cys Gly Phe Thr Ser Glu Ser Tyr Gln Gln Gly 260 265 270 Val Leu Ser Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu Gly Lys Ala Thr 275 280 285 Leu Tyr Ala Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met Ala Met Val Lys 290 295 300 Arg Lys Asp Ser Arg Gly Glx 305 310 <210> 3 <400> 3 000 <210> 4 <400> 4 000 <210> 5 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> alpha CDR1 <400> 5 Asp Ser Ser Ser Thr Tyr 1 5 <210> 6 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> alpha CDR2 <400> 6 Met Gly His Arg Ala 1 5 <210> 7 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> alpha CDR3 <400> 7 Cys Ala Glu Gly Asp Thr Gly Arg Arg Ala Leu Thr Phe 1 5 10 <210> 8 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> beta CDR1 <400> 8 Ile Phe Ser Asn Met Asp Met 1 5 <210> 9 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> beta CDR2 <400> 9 Tyr Ser Tyr Glu Lys Leu 1 5 <210> 10 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> beta CDR3 <400> 10 Cys Ala Ser Ser Pro Gly Ala Ser Tyr Glu Gln Tyr Phe 1 5 10 <210> 11 <400> 11 000 <210> 12 <400> 12 000 <210> 13 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> epitope <400> 13 Glu Ser Ile Thr Gly Ser Leu Gly Pro Leu Leu 1 5 10 <210> 14 <400> 14 000 <210> 15 <400> 15 000 <210> 16 <211> 119 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> B2m amino acid sequence <400> 16 Met Ser Arg Ser Val Ala Leu Ala Val Leu Ala Leu Leu Ser Leu Ser 1 5 10 15 Gly Leu Glu Ala Ile Gln Arg Thr Pro Lys Ile Gln Val Tyr Ser Arg 20 25 30 His Pro Ala Glu Asn Gly Lys Ser Asn Phe Leu Asn Cys Tyr Val Ser 35 40 45 Gly Phe His Pro Ser Asp Ile Glu Val Asp Leu Leu Lys Asn Gly Glu 50 55 60 Arg Ile Glu Lys Val Glu His Ser Asp Leu Ser Phe Ser Lys Asp Trp 65 70 75 80 Ser Phe Tyr Leu Leu Tyr Tyr Thr Glu Phe Thr Pro Thr Glu Lys Asp 85 90 95 Glu Tyr Ala Cys Arg Val Asn His Val Thr Leu Ser Gln Pro Lys Ile 100 105 110 Val Lys Trp Asp Arg Asp Met 115 <210> 17 <211> 822 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> alpha chain nucleotide sequence <400> 17 atgaagacat ttgctggatt ttcgttcctg tttttgtggc tgcagctgga ctgtatgagt 60 agaggagagg atgtggagca gagtcttttc ctgagtgtcc gagagggaga cagctccgtt 120 ataaactgca cttacacaga cagctcctcc acctacttat actggtataa gcaagaacct 180 ggagcaggtc tccagttgct gacgtatatt ttttcaaata tggacatgaa acaagaccaa 240 agactcactg ttctattgaa taaaaaggat aaacatctgt ctctgcgcat tgcagacacc 300 cagactgggg actcagctat ctacttctgt gcagaggggg acacgggcag gagagcactt 360 acttttggga gtggaacaag actccaagtg caaccaaata tccagaaccc tgaccctgcc 420 gtgtaccagc tgagagactc taaatccagt gacaagtctg tctgcctatt caccgatttt 480 gattctcaaa caaatgtgtc acaaagtaag gattctgatg tgtatatcac agacaaaact 540 gtgctagaca tgaggtctat ggacttcaag agcaacagtg ctgtggcctg gagcaacaaa 600 tctgactttg catgtgcaaa cgccttcaac aacagcatta ttccagaaga caccttcttc 660 cccagcccag aaagttcctg tgatgtcaag ctggtcgaga aaagctttga aacagatacg 720 aacctaaact ttcaaaacct gtcagtgatt gggttccgaa tcctcctcct gaaagtggcc 780 gggtttaatc tgctcatgac gctgcggctg tggtccagct ga 822 <210> 18 <211> 933 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> beta chain nucleotide sequence <400> 18 atgggctgca ggctgctctg ctgtgcggtt ctctgtctcc tgggagcagt tcccatagac 60 actgaagtta cccagacacc aaaacacctg gtcatgggaa tgacaaataa gaagtctttg 120 aaatgtgaac aacatatggg gcacagggct atgtattggt acaagcagaa agctaagaag 180 ccaccggagc tcatgtttgt ctacagctat gagaaactct ctataaatga aagtgtgcca 240 agtcgcttct cacctgaatg ccccaacagc tctctcttaa accttcacct acacgccctg 300 cagccagaag actcagccct gtatctctgc gccagcagcc caggggcatc ctacgagcag 360 tacttcgggc cgggcaccag gctcacggtc acagaggacc tgaaaaacgt gttcccaccc 420 gaggtcgctg tgtttgagcc atcagaagca gagatctccc acacccaaaa ggccacactg 480 gtatgcctgg ccacaggctt ctaccccgac cacgtggagc tgagctggtg ggtgaatggg 540 aaggaggtgc acagtggggt cagcacagac ccgcagcccc tcaaggagca gcccgccctc 600 aatgactcca gatactgcct gagcagccgc ctgagggtct cggccacctt ctggcagaac 660 ccccgcaacc acttccgctg tcaagtccag ttctacgggc tctcggagaa tgacgagtgg 720 acccaggata gggccaaacc tgtcacccag atcgtcagcg ccgaggcctg gggtagagca 780 gactgtggct tcacctccga gtcttaccag caaggggtcc tgtctgccac catcctctat 840 gagatcttgc tagggaaggc caccttgtat gccgtgctgg tcagtgccct cgtgctgatg 900 gccatggtca agagaaagga ttccagaggc tag 933 <210> 19 <400> 19 000 <210> 20 <400> 20 000 <210> 21 <400> 21 000 <210> 22 <400> 22 000 <210> 23 <400> 23 000 <210> 24 <400> 24 000 <210> 25 <400> 25 000 <210> 26 <400> 26 000 <210> 27 <400> 27 000 <210> 28 <400> 28 000 <210> 29 <400> 29 000 <210> 30 <400> 30 000 <210> 31 <400> 31 000 <210> 32 <400> 32 000 <210> 33 <400> 33 000 <210> 34 <400> 34 000 <210> 35 <400> 35 000 <210> 36 <400> 36 000 <210> 37 <400> 37 000 <210> 38 <400> 38 000 <210> 39 <400> 39 000 <210> 40 <400> 40 000 <210> 41 <400> 41 000 <210> 42 <400> 42 000 <210> 43 <400> 43 000 <210> 44 <400> 44 000 <210> 45 <400> 45 000 <210> 46 <400> 46 000 <210> 47 <400> 47 000 <210> 48 <400> 48 000 <210> 49 <400> 49 000 <210> 50 <400> 50 000 <210> 51 <400> 51 000 <210> 52 <211> 661 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> gp100 Amino Acid Sequence <400> 52 Met Asp Leu Val Leu Lys Arg Cys Leu Leu His Leu Ala Val Ile Gly 1 5 10 15 Ala Leu Leu Ala Val Gly Ala Thr Lys Val Pro Arg Asn Gln Asp Trp 20 25 30 Leu Gly Val Ser Arg Gln Leu Arg Thr Lys Ala Trp Asn Arg Gln Leu 35 40 45 Tyr Pro Glu Trp Thr Glu Ala Gln Arg Leu Asp Cys Trp Arg Gly Gly 50 55 60 Gln Val Ser Leu Lys Val Ser Asn Asp Gly Pro Thr Leu Ile Gly Ala 65 70 75 80 Asn Ala Ser Phe Ser Ile Ala Leu Asn Phe Pro Gly Ser Gln Lys Val 85 90 95 Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Trp Val Asn Asn Thr Ile Ile Asn Gly 100 105 110 Ser Gln Val Trp Gly Gly Gln Pro Val Tyr Pro Gln Glu Thr Asp Asp 115 120 125 Ala Cys Ile Phe Pro Asp Gly Gly Pro Cys Pro Ser Gly Ser Trp Ser 130 135 140 Gln Lys Arg Ser Phe Val Tyr Val Trp Lys Thr Trp Gly Gln Tyr Trp 145 150 155 160 Gln Val Leu Gly Gly Pro Val Ser Gly Leu Ser Ile Gly Thr Gly Arg 165 170 175 Ala Met Leu Gly Thr His Thr Met Glu Val Thr Val Tyr His Arg Arg 180 185 190 Gly Ser Arg Ser Tyr Val Pro Leu Ala His Ser Ser Ser Ala Phe Thr 195 200 205 Ile Thr Asp Gln Val Pro Phe Ser Val Ser Val Ser Gln Leu Arg Ala 210 215 220 Leu Asp Gly Gly Asn Lys His Phe Leu Arg Asn Gln Pro Leu Thr Phe 225 230 235 240 Ala Leu Gln Leu His Asp Pro Ser Gly Tyr Leu Ala Glu Ala Asp Leu 245 250 255 Ser Tyr Thr Trp Asp Phe Gly Asp Ser Ser Gly Thr Leu Ile Ser Arg 260 265 270 Ala Leu Val Val Thr His Thr Tyr Leu Glu Pro Gly Pro Val Thr Ala 275 280 285 Gln Val Val Leu Gln Ala Ala Ile Pro Leu Thr Ser Cys Gly Ser Ser 290 295 300 Pro Val Pro Gly Thr Thr Asp Gly His Arg Pro Thr Ala Glu Ala Pro 305 310 315 320 Asn Thr Thr Ala Gly Gln Val Pro Thr Thr Glu Val Val Gly Thr Thr 325 330 335 Pro Gly Gln Ala Pro Thr Ala Glu Pro Ser Gly Thr Thr Ser Val Gln 340 345 350 Val Pro Thr Thr Glu Val Ile Ser Thr Ala Pro Val Gln Met Pro Thr 355 360 365 Ala Glu Ser Thr Gly Met Thr Pro Glu Lys Val Pro Val Ser Glu Val 370 375 380 Met Gly Thr Thr Leu Ala Glu Met Ser Thr Pro Glu Ala Thr Gly Met 385 390 395 400 Thr Pro Ala Glu Val Ser Ile Val Val Leu Ser Gly Thr Thr Ala Ala 405 410 415 Gln Val Thr Thr Thr Glu Trp Val Glu Thr Thr Ala Arg Glu Leu Pro 420 425 430 Ile Pro Glu Pro Glu Gly Pro Asp Ala Ser Ser Ile Met Ser Thr Glu 435 440 445 Ser Ile Thr Gly Ser Leu Gly Pro Leu Leu Asp Gly Thr Ala Thr Leu 450 455 460 Arg Leu Val Lys Arg Gln Val Pro Leu Asp Cys Val Leu Tyr Arg Tyr 465 470 475 480 Gly Ser Phe Ser Val Thr Leu Asp Ile Val Gln Gly Ile Glu Ser Ala 485 490 495 Glu Ile Leu Gln Ala Val Pro Ser Gly Glu Gly Asp Ala Phe Glu Leu 500 505 510 Thr Val Ser Cys Gln Gly Gly Leu Pro Lys Glu Ala Cys Met Glu Ile 515 520 525 Ser Ser Pro Gly Cys Gln Pro Pro Ala Gln Arg Leu Cys Gln Pro Val 530 535 540 Leu Pro Ser Pro Ala Cys Gln Leu Val Leu His Gln Ile Leu Lys Gly 545 550 555 560 Gly Ser Gly Thr Tyr Cys Leu Asn Val Ser Leu Ala Asp Thr Asn Ser 565 570 575 Leu Ala Val Val Ser Thr Gln Leu Ile Met Pro Gly Gln Glu Ala Gly 580 585 590 Leu Gly Gln Val Pro Leu Ile Val Gly Ile Leu Leu Val Leu Met Ala 595 600 605 Val Val Leu Ala Ser Leu Ile Tyr Arg Arg Arg Leu Met Lys Gln Asp 610 615 620 Phe Ser Val Pro Gln Leu Pro His Ser Ser Ser His Trp Leu Arg Leu 625 630 635 640 Pro Arg Ile Phe Cys Ser Cys Pro Ile Gly Glu Asn Ser Pro Leu Leu 645 650 655 Ser Gly Gln Gln Val 660 <210> 53 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> siRNA-TCRa-1 <400> 53 guaaggauuc ugauguguat t 21 <210> 54 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> siRNA-TCRa-2 <400> 54 uacacaucag aauccuuact t 21 <210> 55 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> siRNA TCRb 1 <400> 55 ccaccauccu cuaugagaut t 21 <210> 56 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> siRNA TCRb 2 <400> 56 aucucauaga ggaugguggt t 21 <210> 57 <400> 57 000 <210> 58 <400> 58 000 <210> 59 <400> 59 000 <210> 60 <400> 60 000 <210> 61 <400> 61 000 <210> 62 <400> 62 000 <210> 63 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> HIV nef92-100 <400> 63 Lys Glu Lys Gly Gly Leu Glu Gly Leu 1 5 <210> 64 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 64 Met Asp Leu Val Leu Lys Arg Cys Leu Leu His Leu Ala Val Ile Gly 1 5 10 15 Ala Leu Leu Ala 20 <210> 65 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 65 Lys Arg Cys Leu Leu His Leu Ala Val Ile Gly Ala Leu Leu Ala Val 1 5 10 15 Gly Ala Thr Lys 20 <210> 66 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 66 His Leu Ala Val Ile Gly Ala Leu Leu Ala Val Gly Ala Thr Lys Val 1 5 10 15 Pro Arg Asn Gln 20 <210> 67 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 67 Gly Ala Leu Leu Ala Val Gly Ala Thr Lys Val Pro Arg Asn Gln Asp 1 5 10 15 Trp Leu Gly Val 20 <210> 68 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 68 Val Gly Ala Thr Lys Val Pro Arg Asn Gln Asp Trp Leu Gly Val Ser 1 5 10 15 Arg Gln Leu Arg 20 <210> 69 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 69 Val Pro Arg Asn Gln Asp Trp Leu Gly Val Ser Arg Gln Leu Arg Thr 1 5 10 15 Lys Ala Trp Asn 20 <210> 70 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 70 Asp Trp Leu Gly Val Ser Arg Gln Leu Arg Thr Lys Ala Trp Asn Arg 1 5 10 15 Gln Leu Tyr Pro 20 <210> 71 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 71 Ser Arg Gln Leu Arg Thr Lys Ala Trp Asn Arg Gln Leu Tyr Pro Glu 1 5 10 15 Trp Thr Glu Ala 20 <210> 72 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 72 Thr Lys Ala Trp Asn Arg Gln Leu Tyr Pro Glu Trp Thr Glu Ala Gln 1 5 10 15 Arg Leu Asp Cys 20 <210> 73 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 73 Arg Gln Leu Tyr Pro Glu Trp Thr Glu Ala Gln Arg Leu Asp Cys Trp 1 5 10 15 Arg Gly Gly Gln 20 <210> 74 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 74 Glu Trp Thr Glu Ala Gln Arg Leu Asp Cys Trp Arg Gly Gly Gln Val 1 5 10 15 Ser Leu Lys Val 20 <210> 75 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 75 Gln Arg Leu Asp Cys Trp Arg Gly Gly Gln Val Ser Leu Lys Val Ser 1 5 10 15 Asn Asp Gly Pro 20 <210> 76 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 76 Trp Arg Gly Gly Gln Val Ser Leu Lys Val Ser Asn Asp Gly Pro Thr 1 5 10 15 Leu Ile Gly Ala 20 <210> 77 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 77 Val Ser Leu Lys Val Ser Asn Asp Gly Pro Thr Leu Ile Gly Ala Asn 1 5 10 15 Ala Ser Phe Ser 20 <210> 78 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 78 Ser Asn Asp Gly Pro Thr Leu Ile Gly Ala Asn Ala Ser Phe Ser Ile 1 5 10 15 Ala Leu Asn Phe 20 <210> 79 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 79 Thr Leu Ile Gly Ala Asn Ala Ser Phe Ser Ile Ala Leu Asn Phe Pro 1 5 10 15 Gly Ser Gln Lys 20 <210> 80 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 80 Asn Ala Ser Phe Ser Ile Ala Leu Asn Phe Pro Gly Ser Gln Lys Val 1 5 10 15 Leu Pro Asp Gly 20 <210> 81 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 81 Ile Ala Leu Asn Phe Pro Gly Ser Gln Lys Val Leu Pro Asp Gly Gln 1 5 10 15 Val Ile Trp Val 20 <210> 82 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 82 Pro Gly Ser Gln Lys Val Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Trp Val Asn 1 5 10 15 Asn Thr Ile Ile 20 <210> 83 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 83 Val Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Trp Val Asn Asn Thr Ile Ile Asn 1 5 10 15 Gly Ser Gln Val 20 <210> 84 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 84 Gln Val Ile Trp Val Asn Asn Thr Ile Ile Asn Gly Ser Gln Val Trp 1 5 10 15 Gly Gly Gln Pro 20 <210> 85 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 85 Asn Asn Thr Ile Ile Asn Gly Ser Gln Val Trp Gly Gly Gln Pro Val 1 5 10 15 Tyr Pro Gln Glu 20 <210> 86 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 86 Asn Gly Ser Gln Val Trp Gly Gly Gln Pro Val Tyr Pro Gln Glu Thr 1 5 10 15 Asp Asp Ala Cys 20 <210> 87 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 87 Trp Gly Gly Gln Pro Val Tyr Pro Gln Glu Thr Asp Asp Ala Cys Ile 1 5 10 15 Phe Pro Asp Gly 20 <210> 88 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 88 Val Tyr Pro Gln Glu Thr Asp Asp Ala Cys Ile Phe Pro Asp Gly Gly 1 5 10 15 Pro Cys Pro Ser 20 <210> 89 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 89 Thr Asp Asp Ala Cys Ile Phe Pro Asp Gly Gly Pro Cys Pro Ser Gly 1 5 10 15 Ser Trp Ser Gln 20 <210> 90 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 90 Ile Phe Pro Asp Gly Gly Pro Cys Pro Ser Gly Ser Trp Ser Gln Lys 1 5 10 15 Arg Ser Phe Val 20 <210> 91 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 91 Gly Pro Cys Pro Ser Gly Ser Trp Ser Gln Lys Arg Ser Phe Val Tyr 1 5 10 15 Val Trp Lys Thr 20 <210> 92 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 92 Gly Ser Trp Ser Gln Lys Arg Ser Phe Val Tyr Val Trp Lys Thr Trp 1 5 10 15 Gly Gln Tyr Trp 20 <210> 93 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 93 Lys Arg Ser Phe Val Tyr Val Trp Lys Thr Trp Gly Gln Tyr Trp Gln 1 5 10 15 Val Leu Gly Gly 20 <210> 94 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 94 Tyr Val Trp Lys Thr Trp Gly Gln Tyr Trp Gln Val Leu Gly Gly Pro 1 5 10 15 Val Ser Gly Leu 20 <210> 95 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 95 Trp Gly Gln Tyr Trp Gln Val Leu Gly Gly Pro Val Ser Gly Leu Ser 1 5 10 15 Ile Gly Thr Gly 20 <210> 96 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 96 Gln Val Leu Gly Gly Pro Val Ser Gly Leu Ser Ile Gly Thr Gly Arg 1 5 10 15 Ala Met Leu Gly 20 <210> 97 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 97 Pro Val Ser Gly Leu Ser Ile Gly Thr Gly Arg Ala Met Leu Gly Thr 1 5 10 15 His Thr Met Glu 20 <210> 98 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 98 Ser Ile Gly Thr Gly Arg Ala Met Leu Gly Thr His Thr Met Glu Val 1 5 10 15 Thr Val Tyr His 20 <210> 99 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 99 Arg Ala Met Leu Gly Thr His Thr Met Glu Val Thr Val Tyr His Arg 1 5 10 15 Arg Gly Ser Arg 20 <210> 100 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 100 Thr His Thr Met Glu Val Thr Val Tyr His Arg Arg Gly Ser Arg Ser 1 5 10 15 Tyr Val Pro Leu 20 <210> 101 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 101 Val Thr Val Tyr His Arg Arg Gly Ser Arg Ser Tyr Val Pro Leu Ala 1 5 10 15 His Ser Ser Ser 20 <210> 102 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 102 Arg Arg Gly Ser Arg Ser Tyr Val Pro Leu Ala His Ser Ser Ser Ala 1 5 10 15 Phe Thr Ile Thr 20 <210> 103 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 103 Ser Tyr Val Pro Leu Ala His Ser Ser Ser Ala Phe Thr Ile Thr Asp 1 5 10 15 Gln Val Pro Phe 20 <210> 104 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 104 Ala His Ser Ser Ser Ala Phe Thr Ile Thr Asp Gln Val Pro Phe Ser 1 5 10 15 Val Ser Val Ser 20 <210> 105 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 105 Ala Phe Thr Ile Thr Asp Gln Val Pro Phe Ser Val Ser Val Ser Gln 1 5 10 15 Leu Arg Ala Leu 20 <210> 106 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 106 Asp Gln Val Pro Phe Ser Val Ser Val Ser Gln Leu Arg Ala Leu Asp 1 5 10 15 Gly Gly Asn Lys 20 <210> 107 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 107 Ser Val Ser Val Ser Gln Leu Arg Ala Leu Asp Gly Gly Asn Lys His 1 5 10 15 Phe Leu Arg Asn 20 <210> 108 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 108 Gln Leu Arg Ala Leu Asp Gly Gly Asn Lys His Phe Leu Arg Asn Gln 1 5 10 15 Pro Leu Thr Phe 20 <210> 109 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 109 Asp Gly Gly Asn Lys His Phe Leu Arg Asn Gln Pro Leu Thr Phe Ala 1 5 10 15 Leu Gln Leu His 20 <210> 110 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 110 His Phe Leu Arg Asn Gln Pro Leu Thr Phe Ala Leu Gln Leu His Asp 1 5 10 15 Pro Ser Gly Tyr 20 <210> 111 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 111 Gln Pro Leu Thr Phe Ala Leu Gln Leu His Asp Pro Ser Gly Tyr Leu 1 5 10 15 Ala Glu Ala Asp 20 <210> 112 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 112 Ala Leu Gln Leu His Asp Pro Ser Gly Tyr Leu Ala Glu Ala Asp Leu 1 5 10 15 Ser Tyr Thr Trp 20 <210> 113 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 113 Asp Pro Ser Gly Tyr Leu Ala Glu Ala Asp Leu Ser Tyr Thr Trp Asp 1 5 10 15 Phe Gly Asp Ser 20 <210> 114 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 114 Leu Ala Glu Ala Asp Leu Ser Tyr Thr Trp Asp Phe Gly Asp Ser Ser 1 5 10 15 Gly Thr Leu Ile 20 <210> 115 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 115 Leu Ser Tyr Thr Trp Asp Phe Gly Asp Ser Ser Gly Thr Leu Ile Ser 1 5 10 15 Arg Ala Leu Val 20 <210> 116 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 116 Asp Phe Gly Asp Ser Ser Gly Thr Leu Ile Ser Arg Ala Leu Val Val 1 5 10 15 Thr His Thr Tyr 20 <210> 117 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 117 Ser Gly Thr Leu Ile Ser Arg Ala Leu Val Val Thr His Thr Tyr Leu 1 5 10 15 Glu Pro Gly Pro 20 <210> 118 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 118 Ser Arg Ala Leu Val Val Thr His Thr Tyr Leu Glu Pro Gly Pro Val 1 5 10 15 Thr Ala Gln Val 20 <210> 119 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 119 Val Thr His Thr Tyr Leu Glu Pro Gly Pro Val Thr Ala Gln Val Val 1 5 10 15 Leu Gln Ala Ala 20 <210> 120 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 120 Leu Glu Pro Gly Pro Val Thr Ala Gln Val Val Leu Gln Ala Ala Ile 1 5 10 15 Pro Leu Thr Ser 20 <210> 121 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 121 Val Thr Ala Gln Val Val Leu Gln Ala Ala Ile Pro Leu Thr Ser Cys 1 5 10 15 Gly Ser Ser Pro 20 <210> 122 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 122 Val Leu Gln Ala Ala Ile Pro Leu Thr Ser Cys Gly Ser Ser Pro Val 1 5 10 15 Pro Gly Thr Thr 20 <210> 123 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 123 Ile Pro Leu Thr Ser Cys Gly Ser Ser Pro Val Pro Gly Thr Thr Asp 1 5 10 15 Gly His Arg Pro 20 <210> 124 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 124 Cys Gly Ser Ser Pro Val Pro Gly Thr Thr Asp Gly His Arg Pro Thr 1 5 10 15 Ala Glu Ala Pro 20 <210> 125 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 125 Val Pro Gly Thr Thr Asp Gly His Arg Pro Thr Ala Glu Ala Pro Asn 1 5 10 15 Thr Thr Ala Gly 20 <210> 126 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 126 Asp Gly His Arg Pro Thr Ala Glu Ala Pro Asn Thr Thr Ala Gly Gln 1 5 10 15 Val Pro Thr Thr 20 <210> 127 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 127 Thr Ala Glu Ala Pro Asn Thr Thr Ala Gly Gln Val Pro Thr Thr Glu 1 5 10 15 Val Val Gly Thr 20 <210> 128 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 128 Asn Thr Thr Ala Gly Gln Val Pro Thr Thr Glu Val Val Gly Thr Thr 1 5 10 15 Pro Gly Gln Ala 20 <210> 129 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 129 Gln Val Pro Thr Thr Glu Val Val Gly Thr Thr Pro Gly Gln Ala Pro 1 5 10 15 Thr Ala Glu Pro 20 <210> 130 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 130 Glu Val Val Gly Thr Thr Pro Gly Gln Ala Pro Thr Ala Glu Pro Ser 1 5 10 15 Gly Thr Thr Ser 20 <210> 131 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 131 Thr Pro Gly Gln Ala Pro Thr Ala Glu Pro Ser Gly Thr Thr Ser Val 1 5 10 15 Gln Val Pro Thr 20 <210> 132 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 132 Pro Thr Ala Glu Pro Ser Gly Thr Thr Ser Val Gln Val Pro Thr Thr 1 5 10 15 Glu Val Ile Ser 20 <210> 133 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 133 Ser Gly Thr Thr Ser Val Gln Val Pro Thr Thr Glu Val Ile Ser Thr 1 5 10 15 Ala Pro Val Gln 20 <210> 134 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 134 Val Gln Val Pro Thr Thr Glu Val Ile Ser Thr Ala Pro Val Gln Met 1 5 10 15 Pro Thr Ala Glu 20 <210> 135 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 135 Thr Glu Val Ile Ser Thr Ala Pro Val Gln Met Pro Thr Ala Glu Ser 1 5 10 15 Thr Gly Met Thr 20 <210> 136 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 136 Thr Ala Pro Val Gln Met Pro Thr Ala Glu Ser Thr Gly Met Thr Pro 1 5 10 15 Glu Lys Val Pro 20 <210> 137 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 137 Met Pro Thr Ala Glu Ser Thr Gly Met Thr Pro Glu Lys Val Pro Val 1 5 10 15 Ser Glu Val Met 20 <210> 138 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 138 Ser Thr Gly Met Thr Pro Glu Lys Val Pro Val Ser Glu Val Met Gly 1 5 10 15 Thr Thr Leu Ala 20 <210> 139 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 139 Pro Glu Lys Val Pro Val Ser Glu Val Met Gly Thr Thr Leu Ala Glu 1 5 10 15 Met Ser Thr Pro 20 <210> 140 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 140 Val Ser Glu Val Met Gly Thr Thr Leu Ala Glu Met Ser Thr Pro Glu 1 5 10 15 Ala Thr Gly Met 20 <210> 141 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 141 Gly Thr Thr Leu Ala Glu Met Ser Thr Pro Glu Ala Thr Gly Met Thr 1 5 10 15 Pro Ala Glu Val 20 <210> 142 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 142 Glu Met Ser Thr Pro Glu Ala Thr Gly Met Thr Pro Ala Glu Val Ser 1 5 10 15 Ile Val Val Leu 20 <210> 143 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 143 Glu Ala Thr Gly Met Thr Pro Ala Glu Val Ser Ile Val Val Leu Ser 1 5 10 15 Gly Thr Thr Ala 20 <210> 144 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 144 Thr Pro Ala Glu Val Ser Ile Val Val Leu Ser Gly Thr Thr Ala Ala 1 5 10 15 Gln Val Thr Thr 20 <210> 145 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 145 Ser Ile Val Val Leu Ser Gly Thr Thr Ala Ala Gln Val Thr Thr Thr 1 5 10 15 Glu Trp Val Glu 20 <210> 146 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 146 Ser Gly Thr Thr Ala Ala Gln Val Thr Thr Thr Glu Trp Val Glu Thr 1 5 10 15 Thr Ala Arg Glu 20 <210> 147 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 147 Ala Gln Val Thr Thr Thr Glu Trp Val Glu Thr Thr Ala Arg Glu Leu 1 5 10 15 Pro Ile Pro Glu 20 <210> 148 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 148 Thr Glu Trp Val Glu Thr Thr Ala Arg Glu Leu Pro Ile Pro Glu Pro 1 5 10 15 Glu Gly Pro Asp 20 <210> 149 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 149 Thr Thr Ala Arg Glu Leu Pro Ile Pro Glu Pro Glu Gly Pro Asp Ala 1 5 10 15 Ser Ser Ile Met 20 <210> 150 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 150 Leu Pro Ile Pro Glu Pro Glu Gly Pro Asp Ala Ser Ser Ile Met Ser 1 5 10 15 Thr Glu Ser Ile 20 <210> 151 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 151 Pro Glu Gly Pro Asp Ala Ser Ser Ile Met Ser Thr Glu Ser Ile Thr 1 5 10 15 Gly Ser Leu Gly 20 <210> 152 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 152 Ala Ser Ser Ile Met Ser Thr Glu Ser Ile Thr Gly Ser Leu Gly Pro 1 5 10 15 Leu Leu Asp Gly 20 <210> 153 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 153 Ser Thr Glu Ser Ile Thr Gly Ser Leu Gly Pro Leu Leu Asp Gly Thr 1 5 10 15 Ala Thr Leu Arg 20 <210> 154 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 154 Thr Gly Ser Leu Gly Pro Leu Leu Asp Gly Thr Ala Thr Leu Arg Leu 1 5 10 15 Val Lys Arg Gln 20 <210> 155 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 155 Pro Leu Leu Asp Gly Thr Ala Thr Leu Arg Leu Val Lys Arg Gln Val 1 5 10 15 Pro Leu Asp Cys 20 <210> 156 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 156 Thr Ala Thr Leu Arg Leu Val Lys Arg Gln Val Pro Leu Asp Cys Val 1 5 10 15 Leu Tyr Arg Tyr 20 <210> 157 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 157 Leu Val Lys Arg Gln Val Pro Leu Asp Cys Val Leu Tyr Arg Tyr Gly 1 5 10 15 Ser Phe Ser Val 20 <210> 158 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 158 Val Pro Leu Asp Cys Val Leu Tyr Arg Tyr Gly Ser Phe Ser Val Thr 1 5 10 15 Leu Asp Ile Val 20 <210> 159 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 159 Val Leu Tyr Arg Tyr Gly Ser Phe Ser Val Thr Leu Asp Ile Val Gln 1 5 10 15 Gly Ile Glu Ser 20 <210> 160 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 160 Gly Ser Phe Ser Val Thr Leu Asp Ile Val Gln Gly Ile Glu Ser Ala 1 5 10 15 Glu Ile Leu Gln 20 <210> 161 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 161 Thr Leu Asp Ile Val Gln Gly Ile Glu Ser Ala Glu Ile Leu Gln Ala 1 5 10 15 Val Pro Ser Gly 20 <210> 162 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 162 Gln Gly Ile Glu Ser Ala Glu Ile Leu Gln Ala Val Pro Ser Gly Glu 1 5 10 15 Gly Asp Ala Phe 20 <210> 163 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 163 Ala Glu Ile Leu Gln Ala Val Pro Ser Gly Glu Gly Asp Ala Phe Glu 1 5 10 15 Leu Thr Val Ser 20 <210> 164 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 164 Ala Val Pro Ser Gly Glu Gly Asp Ala Phe Glu Leu Thr Val Ser Cys 1 5 10 15 Gln Gly Gly Leu 20 <210> 165 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 165 Glu Gly Asp Ala Phe Glu Leu Thr Val Ser Cys Gln Gly Gly Leu Pro 1 5 10 15 Lys Glu Ala Cys 20 <210> 166 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 166 Glu Leu Thr Val Ser Cys Gln Gly Gly Leu Pro Lys Glu Ala Cys Met 1 5 10 15 Glu Ile Ser Ser 20 <210> 167 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 167 Cys Gln Gly Gly Leu Pro Lys Glu Ala Cys Met Glu Ile Ser Ser Pro 1 5 10 15 Gly Cys Gln Pro 20 <210> 168 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 168 Pro Lys Glu Ala Cys Met Glu Ile Ser Ser Pro Gly Cys Gln Pro Pro 1 5 10 15 Ala Gln Arg Leu 20 <210> 169 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 169 Met Glu Ile Ser Ser Pro Gly Cys Gln Pro Pro Ala Gln Arg Leu Cys 1 5 10 15 Gln Pro Val Leu 20 <210> 170 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 170 Pro Gly Cys Gln Pro Pro Ala Gln Arg Leu Cys Gln Pro Val Leu Pro 1 5 10 15 Ser Pro Ala Cys 20 <210> 171 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 171 Pro Ala Gln Arg Leu Cys Gln Pro Val Leu Pro Ser Pro Ala Cys Gln 1 5 10 15 Leu Val Leu His 20 <210> 172 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 172 Cys Gln Pro Val Leu Pro Ser Pro Ala Cys Gln Leu Val Leu His Gln 1 5 10 15 Ile Leu Lys Gly 20 <210> 173 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 173 Pro Ser Pro Ala Cys Gln Leu Val Leu His Gln Ile Leu Lys Gly Gly 1 5 10 15 Ser Gly Thr Tyr 20 <210> 174 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 174 Gln Leu Val Leu His Gln Ile Leu Lys Gly Gly Ser Gly Thr Tyr Cys 1 5 10 15 Leu Asn Val Ser 20 <210> 175 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 175 Gln Ile Leu Lys Gly Gly Ser Gly Thr Tyr Cys Leu Asn Val Ser Leu 1 5 10 15 Ala Asp Thr Asn 20 <210> 176 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 176 Gly Ser Gly Thr Tyr Cys Leu Asn Val Ser Leu Ala Asp Thr Asn Ser 1 5 10 15 Leu Ala Val Val 20 <210> 177 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 177 Cys Leu Asn Val Ser Leu Ala Asp Thr Asn Ser Leu Ala Val Val Ser 1 5 10 15 Thr Gln Leu Ile 20 <210> 178 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 178 Leu Ala Asp Thr Asn Ser Leu Ala Val Val Ser Thr Gln Leu Ile Met 1 5 10 15 Pro Gly Gln Glu 20 <210> 179 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 179 Ser Leu Ala Val Val Ser Thr Gln Leu Ile Met Pro Gly Gln Glu Ala 1 5 10 15 Gly Leu Gly Gln 20 <210> 180 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 180 Ser Thr Gln Leu Ile Met Pro Gly Gln Glu Ala Gly Leu Gly Gln Val 1 5 10 15 Pro Leu Ile Val 20 <210> 181 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 181 Met Pro Gly Gln Glu Ala Gly Leu Gly Gln Val Pro Leu Ile Val Gly 1 5 10 15 Ile Leu Leu Val 20 <210> 182 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 182 Ala Gly Leu Gly Gln Val Pro Leu Ile Val Gly Ile Leu Leu Val Leu 1 5 10 15 Met Ala Val Val 20 <210> 183 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 183 Val Pro Leu Ile Val Gly Ile Leu Leu Val Leu Met Ala Val Val Leu 1 5 10 15 Ala Ser Leu Ile 20 <210> 184 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 184 Gly Ile Leu Leu Val Leu Met Ala Val Val Leu Ala Ser Leu Ile Tyr 1 5 10 15 Arg Arg Arg Leu 20 <210> 185 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 185 Leu Met Ala Val Val Leu Ala Ser Leu Ile Tyr Arg Arg Arg Leu Met 1 5 10 15 Lys Gln Asp Phe 20 <210> 186 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 186 Leu Ala Ser Leu Ile Tyr Arg Arg Arg Leu Met Lys Gln Asp Phe Ser 1 5 10 15 Val Pro Gln Leu 20 <210> 187 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 187 Tyr Arg Arg Arg Leu Met Lys Gln Asp Phe Ser Val Pro Gln Leu Pro 1 5 10 15 His Ser Ser Ser 20 <210> 188 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 188 Met Lys Gln Asp Phe Ser Val Pro Gln Leu Pro His Ser Ser Ser His 1 5 10 15 Trp Leu Arg Leu 20 <210> 189 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 189 Ser Val Pro Gln Leu Pro His Ser Ser Ser His Trp Leu Arg Leu Pro 1 5 10 15 Arg Ile Phe Cys 20 <210> 190 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 190 Pro His Ser Ser Ser His Trp Leu Arg Leu Pro Arg Ile Phe Cys Ser 1 5 10 15 Cys Pro Ile Gly 20 <210> 191 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 191 His Trp Leu Arg Leu Pro Arg Ile Phe Cys Ser Cys Pro Ile Gly Glu 1 5 10 15 Asn Ser Pro Leu 20 <210> 192 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 192 Pro Arg Ile Phe Cys Ser Cys Pro Ile Gly Glu Asn Ser Pro Leu Leu 1 5 10 15 Ser Gly Gln Gln 20 <210> 193 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic Peptide fragment <400> 193 Arg Ile Phe Cys Ser Cys Pro Ile Gly Glu Asn Ser Pro Leu Leu Ser 1 5 10 15 Gly Gln Gln Val 20 <210> 194 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> gp100449-458 <400> 194 Ser Ile Thr Gly Ser Leu Gly Pro Leu Leu 1 5 10 <210> 195 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> NY-ESO-1125-133 <400> 195 Glu Phe Thr Val Ser Gly Asn Ile Leu 1 5

Claims

핵산 분자로서, (i) 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")을 암호화하는 제1 뉴클레오티드 서열; 및 (ii) 제2 뉴클레오티드 서열을 포함하되, 상기 제2 뉴클레오티드 서열 또는 제2 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드는 내인성 TCR의 발현을 억제하며,
상기 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하는 참조 TCR과 인간 gp100에 대한 결합에 대해 교차 경쟁하고, 상기 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
핵산 분자로서, (i) 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")을 암호화하는 제1 뉴클레오티드 서열; 및 (ii) 제2 뉴클레오티드 서열을 포함하되, 상기 제2 뉴클레오티드 서열 또는 제2 뉴클레오티드 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드는 내인성 TCR의 발현을 억제하며,
상기 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하는 참조 TCR과 동일한 에피토프 또는 인간 gp100의 중첩 에피토프에 결합하며, 상기 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 상기 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR이 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 gp100의 에피토프에 결합하는 것인, 핵산 분자.
제2항 또는 제3항에 있어서, 상기 에피토프가 HLA 클래스 I 분자로 복합체화되는 것인, 핵산 분자.
제4항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G 대립유전자인, 핵산 분자.
제4항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40 대립유전자인, 핵산 분자.
제4항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:01 대립유전자, HLA-B*40:02 대립유전자, HLA-B*40:03 대립유전자, HLA-B*40:04 대립유전자, HLA-B*40:05 대립유전자, 및 HLA-B*40:06 대립유전자로부터 선택되는 것인, 핵산 분자.
제4항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:01 대립유전자인, 핵산 분자.
제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR이 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며,
상기 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 영역을 포함하고;
상기 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며;
상기 알파 쇄 CDR3은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3이 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR이 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 상기 알파 쇄는 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 영역을 포함하고;
상기 베타 쇄는 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며;
상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제11항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR3이 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR1이 서열번호: 5에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR1이 서열번호: 8에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR2가 서열번호: 6에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR2가 서열번호: 9에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 가변 도메인이 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 가변 도메인의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 가변 도메인이 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 가변 도메인의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄가 불변 영역을 추가로 포함하며, 상기 불변 영역은 알파 쇄의 내인성 불변 영역과 상이한 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄가 불변 영역을 추가로 포함하며, 상기 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제19항 또는 제20항에 있어서, 상기 알파 쇄 불변 영역이 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄가 불변 영역을 추가로 포함하며, 상기 불변 영역은 베타 쇄의 내인성 불변 영역과 상이한 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄가 불변 영역을 추가로 포함하며, 상기 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제22항 또는 제23항에 있어서, 상기 베타 쇄 불변 영역이 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄가 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제9항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄가 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 뉴클레오티드 서열이 내인성 TCR의 발현을 감소시키는 하나 이상의 siRNA인, 핵산 분자.
제27항에 있어서, 상기 하나 이상의 siRNA가 내인성 TCR의 불변 영역을 암호화하는 뉴클레오티드 서열 내의 표적 서열에 상보적인, 핵산 분자.
제27항 또는 제28항에 있어서, 상기 하나 이상의 siRNA가 서열번호: 53-56으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 뉴클레오티드 서열이 Cas9를 암호화하는 것인, 핵산 분자.
제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR이 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 둘 다를 포함하고; 상기 알파 쇄 불변 영역, 베타 쇄 불변 영역, 또는 둘 다는 내인성 TCR의 상응하는 아미노산 서열에 비해 표적 서열 내에 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
제1항 내지 제31항 중 어느 한 항의 핵산 분자를 포함하는 벡터.
제32항에 있어서, 바이러스 벡터, 포유동물 벡터, 또는 박테리아 벡터인, 벡터.
제32항 또는 제33항에 있어서, 레트로바이러스 벡터인, 벡터.
제32항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노바이러스 벡터, 렌티바이러스, 센다이 바이러스 벡터, 배큘로바이러스 벡터, 엡스타인 바(Epstein Barr) 바이러스 벡터, 파포바바이러스 벡터, 우두 바이러스 벡터, 단순 포진 바이러스 벡터, 하이브리드 벡터, 및 아데노 연관 바이러스(AAV) 벡터로 이루어진 군으로부터 선택된 것인, 벡터.
제32항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 렌티바이러스인, 벡터.
제9항 내지 제31항 중 어느 한 항의 항-gp100 TCR의 알파 쇄 가변 도메인 및 제9항 내지 제31항 중 어느 한 항의 항-gp100 TCR의 베타 쇄 가변 도메인을 포함하는 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분.
참조 TCR과 인간 gp100에 대한 결합에 대해 교차 경쟁하는, 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")으로서,
상기 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하고, 상기 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 상기 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고;
상기 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 상기 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 상기 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며; 상기
(i) 상기 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 또는
(ii) 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2의 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
참조 TCR과 동일한 에피토프 또는 인간 gp100의 중첩 에피토프에 결합하는 인간 gp100에 특이적으로 결합하는 재조합 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분("항-gp100 TCR")으로서,
상기 참조 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하고, 상기 알파 쇄는 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고 베타 쇄는 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하고;
상기 항-gp100 TCR은 알파 쇄 및 베타 쇄를 포함하며, 상기 알파 쇄는 불변 영역을 포함하고, 상기 베타 쇄는 불변 영역을 포함하며;
(i) 상기 알파 쇄 불변 영역은 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 또는
(ii) 상기 베타 쇄 불변 영역은 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역에 비해 적어도 1 개, 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 또는 적어도 5 개 아미노산 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제38항 또는 제39항에 있어서, 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 gp100의 에피토프에 결합하는 것인, 항-gp100 TCR.
제39항 또는 제40항에 있어서, 상기 에피토프가 HLA 클래스 I 분자로 복합체화되는 것인, 항-gp100 TCR.
제41항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G 대립유전자인, 항-gp100 TCR.
제41항 또는 제42항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40 대립유전자인, 항-gp100 TCR.
제41항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:01 대립유전자, HLA-B*40:02 대립유전자, HLA-B*40:03 대립유전자, HLA-B*40:04 대립유전자, HLA-B*40:05 대립유전자, 및 HLA-B*40:06 대립유전자로부터 선택되는 것인, 항-gp100 TCR.
제41항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:01 대립유전자인, 항-gp100 TCR.
제38항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄가 알파 쇄 CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하고;
상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄가 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며;
상기 항-gp100의 알파 쇄 CDR3은 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제46항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3이 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제38항 내지 제45항 중 어느 한 한에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄가 알파 쇄CDR1, 알파 쇄 CDR2, 및 알파 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하고;
상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄가 베타 쇄 CDR1, 베타 쇄 CDR2, 및 베타 쇄 CDR3을 포함하는 가변 도메인을 포함하며;
상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR3은 서열번호: 10에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제48항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR3이 서열번호: 7에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제49항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR1이 서열번호: 5에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제46항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR1이 서열번호: 8에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제46항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 CDR2가 서열번호: 6에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제46항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 CDR2가 서열번호: 9에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제46항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄 가변 도메인이 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 가변 도메인의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제46항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄 가변 도메인이 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 가변 도메인의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제38항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 알파 쇄 불변 영역이 서열번호: 1에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역의 아미노산 서열에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제38항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 베타 쇄 불변 영역이 서열번호: 2에 제시된 아미노산 서열에 존재하는 불변 영역의 아미노산 서열에 대해 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제38항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 알파 쇄가 서열번호: 1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제38항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-gp100 TCR의 베타 쇄가 서열번호: 2에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인, 항-gp100 TCR.
제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인을 포함하는 이중특이적 TCR로서, 상기 제1 항원-결합 도메인은 제37항의 TCR 또는 이의 항원-결합 부분 또는 제38항 내지 제59항 중 어느 한 항의 TCR 또는 이의 항원-결합 부분을 포함하는 것인, 이중특이적 TCR.
제60항에 있어서, 상기 제1 항원-결합 도메인이 단일 쇄 가변 단편("scFv")을 포함하는 것인, 이중특이적 TCR.
제60항 또는 제61항에 있어서, 상기 제2 항원-결합 도메인이 T 세포의 표면 상에서 발현된 단백질에 특이적으로 결합하는 것인, 이중특이적 TCR.
제60항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 항원-결합 도메인이 CD3에 특이적으로 결합하는 것인, 이중특이적 TCR.
제60항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 항원-결합 도메인이 scFv를 포함하는 것인, 이중특이적 TCR.
제60항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인이 공유 결합에 의해 연결되거나 또는 회합되는 것인, 이중특이적 TCR.
제60항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 항원-결합 도메인 및 제2 항원-결합 도메인이 펩티드 결합에 의해 연결되는 것인, 이중특이적 TCR.
제1항 내지 제31항 중 어느 한 항의 핵산 분자, 제32항 내지 제36항 중 어느 한 항의 벡터, 제37항의 TCR, 제38항 내지 제59항 중 어느 한 항의 재조합 TCR, 또는 제60항 내지 제66항 중 어느 한 항의 이중특이적 TCR을 포함하는 세포.
제67항에 있어서, CD3을 추가로 발현하는, 세포.
제67항 또는 제68항에 있어서, T 세포, 자연 살해(NK) 세포, 자연 살해 T(NKT) 세포, 또는 ILC 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는, 세포.
제67항 내지 제69항 중 어느 한 항의 세포를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법.
제70항에 있어서, 상기 암이 흑색종, 골암, 췌장암, 피부암, 두경부암, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문부의 암, 위암, 고환암, 자궁암, 나팔관 암종, 자궁내막 암종, 자궁경부 암종, 질 암종, 음문 암종, 호지킨병, 비호지킨 림프종(NHL), 원발성 종격 거대 B 세포 림프종(PMBC), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종(FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종(SMZL), 식도암, 소장암, 내분비계의 암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병(ALL)(비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 소아의 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장 또는 요관의 암, 신우 암종, 중추신경계(CNS)의 신생물, 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관형성, 척추 종양, 뇌간 신경교종, 뇌하수체 선종, 카포시 육종, 유표피암, 편평세포암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것들을 포함한 환경적으로 유도된 암, 다른 B 세포 악성종양, 및 상기 암의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 방법.
제70항 또는 제71항에 있어서, 상기 암이 재발성 또는 난치성인, 방법.
제70항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암이 국소 진행성인, 방법.
제70항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암이 진행성인, 방법.
제70항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암이 전이성인, 방법.
제70항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세포가 대상체로부터 수득되는 것인, 방법.
제70항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세포가 대상체 이외의 공여자로부터 수득되는 것인, 방법.
제70항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 세포의 투여 전에 예비조건화되는 것인, 방법.
제68항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 예비조건화가 화학요법, 사이토카인, 단백질, 소분자, 또는 이의 임의의 조합을 대상체에게 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
제78항 또는 제79항에 있어서, 상기 예비조건화가 인터류킨을 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
제78항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 예비조건화가 IL-2, , IL-4, IL-7, IL-9, IL-15, IL-21, 또는 이의 임의의 조합을 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
제78항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 예비조건화가 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 비타민 C, AKT 억제제, ATRA, 라파마이신, 또는 이의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 예비조건화제를 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
제78항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 예비조건화가 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 또는 둘 다를 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
제1항 내지 제31항 중 어느 한 항의 핵산 분자 또는 제32항 내지 제36항 중 어느 한 항의 벡터로 T 세포 요법을 필요로 하는 대상체로부터 수집된 세포를 형질도입하는 단계를 포함하는, 항원-표적화 세포를 조작하는 방법.
제84항에 있어서, 상기 항원-표적화 세포가 CD3을 추가로 발현하는 것인, 방법.
제84항 또는 제85항에 있어서, 상기 세포가 T 세포 또는 자연 살해(NK) 세포인, 방법.
펩티드에 복합체화된 HLA 클래스 I 분자로서, 상기 HLA 클래스 I 분자는 α1 도메인, α2 도메인, α3 도메인 및 β2m을 포함하고, 상기 펩티드는 서열번호: 14에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 것인, HLA 클래스 I 분자.
제87항에 있어서, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, 또는 HLA-G인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 또는 제88항에 있어서, HLA-B인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, HLA-B*40 대립유전자인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:01 대립유전자, HLA-B*40:02 대립유전자, HLA-B*40:03 대립유전자, HLA-B*40:04 대립유전자, HLA-B*40:05 대립유전자, 및 HLA-B*40:06 대립유전자로부터 선택되는 것인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:01 대립유전자인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 HLA-B*40:02 대립유전자인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 단량체인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 이량체인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 삼량체인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 사량체인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 오량체인, HLA 클래스 I 분자.
제87항 내지 제98항 중 어느 한 항의 HLA 클래스 I 분자를 포함하는, 항원 제시 세포(APC).
제99항에 있어서, 상기 HLA 클래스 I 분자가 APC의 표면 상에서 발현되는 것인, APC.
인간 대상체로부터 수득된 T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법으로서, 제87항 내지 제98항 중 어느 한 항의 HLA 클래스 I 분자 또는 제99항 또는 제100항의 APC를 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함하며, 상기 접촉시키는 단계 이후, 상기 풍부화된 T 세포 집단은 접촉시키는 단계 이전에 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포의 수에 비해 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 더 많은 T 세포의 수를 포함하는 것인, 방법.
인간 대상체로부터 수득된 T 세포의 표적 집단을 풍부화하는 방법으로서, 펩티드를 시험관 내에서 T 세포와 접촉시키는 단계를 포함하며, 상기 펩티드는 서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어지며, 상기 접촉시키는 단계 이후, 상기 풍부화된 T 세포 집단은 상기 접촉시키는 단계 전에 종양 세포를 표적화할 수 있는 T 세포의 수에 비해 종양 세포를 표적화할 수 있는 더 많은 T 세포의 수를 포함하는 것인, 방법.
제101항 또는 제102항에 있어서, 상기 인간 대상체로부터 수득된 T 세포가 종양 침윤 림프구(TIL)인, 방법.
제101항 또는 제102항의 풍부화된 T 세포를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법.
서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 펩티드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암에 걸린 대상체에서 암 세포의 세포독성 T 세포-매개 표적화를 향상시키는 방법.
서열번호: 13에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 펩티드를 포함하는 암 백신.
종양 세포를 표적화할 수 있는 T 세포를 선택하는 방법으로서, 펩티드를 시험관 내에서 단리된 T 세포의 집단과 접촉시키는 단계를 포함하며, 상기 펩티드는 서열번호: 11에 제시된 바와 같은 아미노산 서열로 이루어진 것인, 방법.
제107항에 있어서, 상기 T 세포가 종양 침윤 림프구(TIL)인, 방법.