KR20210107492A - 복제수 변이 검출용 표준화 유전자의 선별 방법 및 상기 방법에 의해서 선별된 c-Met 복제수 변이 검출용 조성물 - Google Patents

복제수 변이 검출용 표준화 유전자의 선별 방법 및 상기 방법에 의해서 선별된 c-Met 복제수 변이 검출용 조성물 Download PDF

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Abstract

본 발명은 c-Met 유전자의 CNV 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물과 이를 포함하는 키트에 관한 것이다. 본 발명에 따른 CNV 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 이용하여 c-Met이 발현되는 암 환자의 예후 또는 돌연변이 발생 위험도 예측이 가능하며, 암의 표적 치료에 필요한 정보를 제공할 수 있어 항암치료제의 투여 필요성 판단을 비롯하여 향후 치료의 방향에 대한 단서를 제시하는 목적 및 암의 전이 또는 재발에 대한 모니터링 하는 데에 유용하게 이용될 수 있다.

Description

복제수 변이 검출용 표준화 유전자의 선별 방법 및 상기 방법에 의해서 선별된 c-Met 복제수 변이 검출용 조성물{Method for seleting genes for normalization for detecting copy number variation and composition for detecting copy number variation of c-Met by using the same}
본 발명은 복제수 변이 검출용 표준화 유전자의 선별 방법 및 상기 방법에 의해서 선별된 c-Met 복제수 변이 검출용 조성물에 관한 것으로, 보다 상세하게는 표준화 유전자 후보군에서 복제수 변이 검출을 위하여 3 내지 6개의 표준화 유전자를 선별하는 방법 및 이 방법을 이용한 c-Met 복제수 변이 검출용 프라이머, 프로브 세트 조성물, 상기 조성물을 포함하는 c-Met 복제수 변이 검출용 키트, 상기 조성물을 이용한 암의 예후 평가, 돌연변이 발생 위험도 예측 또는 표적치료에 필요한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
유전체(genome)란 한 생물이 가지는 모든 유전 정보를 말한다. 어느 한 개인의 유전체의 시퀀싱(sequencing)을 위하여, DNA 칩 및 차세대 서열화(Next Generation Sequencing) 기술, 차차세대 서열화(Next Next Generation Sequencing) 기술 등 여러 기술들이 개발되고 있다. 핵산 서열, 단백질 등과 같은 유전 정보들은 분석은 당뇨병, 암과 같은 질병을 발현시키는 유전자를 찾거나, 유전적 다양성과 개체의 발현 특성 간의 상관관계 등을 파악하기 위하여 폭넓게 활용된다. 특히, 개인으로부터 수집된 유전 데이터는 서로 다른 증상이나 질병의 진행과 관련된 개인의 유전적인 특징을 규명하는데 있어서 중요하다. 따라서, 개인의 핵산 서열, 단백질 등과 같은 유전 데이터는 현재와 미래의 질병 관련 정보를 파악하여 질병을 예방하거나 질병의 초기 단계에서 최적의 치료 방법을 선택할 수 있도록 하는 핵심적인 데이터이다. 생물의 유전 정보들로서 SNP(Single Nucleotide Polymorphism), CNV(Copy Number Variation) 등을 검출하는 유전체 검출 장비를 활용하여 개인의 유전 데이터를 정확히 분석하고, 개인의 질병을 진단하는 기술들이 연구 중에 있다.
상기 복제수 변이(copy number variation, CNV)는 인간 유전체의 개인별 변이에서 구조 변이에 해당하는 것으로, 인간 유전자의 다형성의 주요 부분에 대해 설명하고 일반적인 질병에 대한 유전적 민감성에 중요한 역할을 한다는 것이 예측되어왔다. 복제수 변이는 오직 하나의 염기에만 영향을 주는 단일 염기 다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)을 넘어서는 유망한 구조적 변형의 한 종류이다. 복제수 변이는 사이즈 면에서 ~1 키로베이스(kilobase) 내지 여러 메가베이스(megabase)로 다양하다.
현재 다양한 유전자들의 CNV 검출을 통한 질병의 진단방법 개발이 널리 연구되고 있으나 아직 뚜렷한 성과를 얻지 못하고 있다. 그 중 한가지 이유는 복제수 변이를 검출하기 위한 표준화 방법이 정확하지 않다는 점에 있다.
일부 문헌 (Cancer res(2007) mar 1:67(5):2081-8)에서는 lung cancer cell line에서 MET amplification 확인할 ?? qPCR reference gene으로 사용된 바는 있으나, 이러한 표준 유전자는 단순히 실험의 정상적인 진행의 확인에 그쳐 복제수를 정량적으로 분석하려는 데에는 한계가 있었다.
이에 본 발명의 발명자들은 많은 종류의 암에서 발생되는 복제수 변이를 신속하게 정량적으로 산출할 수 있는 방법을 연구하던 중, 기존에 흔히 사용되는 표준화 유전자 군에서 특정 유전자에 대한 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 표준 유전자를 선별하는 방법을 개발하고, 이를 과발현되는 c-Met 유전자의 CNV를 신속하게 검출할 수 있는 것으로 실증하여 이에 적합한 키트 및 이를 이용한 암의 예후 평가, 돌연변이 발생 위험도 예측 또는 표적치료에 필요한 정보 제공 방법을 개발함으로써 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 목적은 표준화 유전자 후보군에서 3 내지 6개의 표준화 유전자를 선별하여 복제수 변이 검출용 표준화 유전자로 선별하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 c-Met 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 제공하는 것이다.
또한 본 발명의 또다른 목적은 c-Met CNV 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 유효성분으로 포함하는 c-Met CNV 검출용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 c-Met 복제수 변이 검출용 프라이머, 프로브 세트 조성물을 이용한 암의 예후 평가 또는 돌연변이 발생 위험도 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 c-Met 복제수 변이 검출용 프라이머, 프로브 세트 조성물을 이용한 암의 표적치료에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
상기와 같은 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 표준화 유전자 후보군에서 3 내지 6개의 표준화 유전자를 선별하여 복제수 변이 검출용 표준화 유전자로 선별하는 방법을 제공한다.
본 발명의 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 c-Met 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 제공한다.
본 발명의 또다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 c-Met CNV 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 유효성분으로 포함하는 c-Met CNV 검출용 키트를 제공한다.
본 발명의 또다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 c-Met 복제수 변이 검출용 프라이머, 프로브 세트 조성물을 이용한 암의 예후 평가 또는 돌연변이 발생 위험도 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 c-Met 복제수 변이 검출용 프라이머, 프로브 세트 조성물을 이용한 암의 표적치료에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
다른 정의가 없는 한, 본 명세서에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 당업자들에 의해 통상적으로 이해되는 동일한 의미를 가진다. 다음의 참고문헌은 본 발명의 명세서에 사용된 여러 용어들의 일반적인 정의를 갖는 기술(skill)의 하나를 제공한다: Singleton et al., DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOTY(2th ed. 1994); THE CAMBRIDGE DICTIONARY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY(Walkered., 1988); 및 Hale & Marham, THE HARPER COLLINS DICTIONARY OF BIOLOGY.
이하 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은
(a) 표준화 유전자 후보군을 선별하는 단계;
(b) 후보군 내의 대상 유전자 내의 변이 정보를 수득하고, 병원성 변이 여부를 판별하는 단계;
(c) 병원성 변이의 변이율을 산출하여 0.001 미만의 변이율을 가지는 대상 유전자를 선별하는 단계;
(d) 후보군 내의 대상 유전자에서 하기 기준에 해당하는 유전자를 제외시키는 단계; 및
(i) deep deletion, truncating mutation, missense mutation의 존재
(ii) 암 세포에서 유전자 증폭 (gene amplification)이 존재
(e) 상기 (b) 내지 (d) 단계에서 선별된 표준화 유전자 군에서 3 내지 6개의 표준화 유전자를 선별하여 복제수 변이 검출용 표준화 유전자로 선별하는 단계를 포함하며,
상기 복제수 변이 검출용 표준화 유전자 중 하나이상은 복제수 변이를 검출할 대상 유전자와 동일한 염색체에 위치하는 것을 특징으로 하는 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 표준 유전자 선별 방법을 제공한다.
본 발명에서 “유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV)”는 2개 이상의 유전체를 비교하여 발견된 복제수의 차이를 보이는 DNA 조각을 의미하며, 새로 생기기도 하고 유전되기도 한다. 인간 유전체에서 약 35만개의 CVN loci가 보고되어 있으며, 40 내지 100 kb 정도의 크기로 존재하며 CNV 영역(region)은 인간 유전체에서 약 600 Mb(~2%)정도 차지한다. 이러한 CNV(삽입(Insertion), 제거(Deletion), 중복(Duplication))은 표현형에 영향을 주며, 암의 발생에 영향을 준다. 암이 발생하는 과정에서 특정 유전자의 변이는 한번에 오지 않고 여러 단계에 걸쳐서 온다. 예를 들어 대장암이 일어나는 단계에 있어서, 정상 세포에서부터 여러 유전자의 변이들이 생겨 점막의 과증식 및 용종(adenoma)이 생기고, 다시 주요 암 억제 유전자의 변이를 거쳐서 최종적으로 대장암이 발병하게 된다. 각 암종마다 주요 유전자가 관여하는데 이들 유전자의 변이만 알면 암의 진행단계를 알 수 있다. 이 뿐만 아니라, 같은 장기의 암이어도 유전자의 변이가 모두 다르므로(heterogeneity) 이런 차이에 따라 암의 예후, 치료, 재발 등을 다르게 적용할 수 있다.
본 발명의 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 표준 유전자 선별 방법을 각 단계별로 설명하면 다음과 같다.
(a) 단계 : 표준화 유전자 후보군을 선별하는 단계;
본 발명에서 표준화 유전자 후보군은 종래에 연구 또는 진단 목적에서 사용되는 다른 표준화 유전자 들을 포함할 수 있다. 예를 들어, GAPDH 또는 ACTB는 분자생물학 실험에서 널리 사용되는 표준화 유전자이므로 본 발명에서 표준화 유전자 후보군에 포함될 수 있다. 바람직하게, 표준화 유전자 후보군은 18S, ACTB, ALDOA, ARHGDIA, AP3B1, B2M, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, HSPCB, IPO8, LDHA, NONO, PGK1, POLR2A, PPIA, RPL11, RPL19, RPL32, PLP0, RPS18, RPS27A, ElF2C1, SFRS9, TBP, TFRC, UBC, YWHAZ, RNaseP, TERT, LINE-1, MTHFR, RPPH1, HBB, TUBB, PPIH로 이루어진 군에서 선택된 10개 내지 37개의 유전자로 이루어진 군, 한층 더 바람직하게는 20개 내지 37개, 30개 내지 35개의 유전자로 이루어진 군, 가장 바람직하게는 상기 37개의 유전자로 이루어진 군일 수 있다.
상기 표준화 유전자 후보군에 포함되는 각각의 유전자에 대한 정보는 하기 표 1과 같다.
염색체 위치 유전자 명칭 설명
13,14,15,21,22
(5 clusters)		 18S 18S ribosomal RNA
Chr7.p22.1 ACTB actin, beta
16 ALDOA aldolase A,fructose-bisphosphate
17 ARHGDIA Rho GDP dissociation inhibitor (GDI) alpha
5 AP3B1 adaptor related protein complex 3 subunit beta 1
15 B2M beta-2-microglobulin
12 GAPDH glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
7 GUSB glucuronidase, beta
11 HMBS hydroxymethylbilane synthase
X HPRT1 hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1
12 HSPCB heat shock 90kDa protein 1, beta
12 IPO8 importin 8
11 LDHA lactate dehydrogenase A
X NONO non-POU domain containing, octamer-binding
X PGK1 phosphoglycerate kinase 1
17 POLR2A polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide A
7 PPIA peptidylprolyl isomerase A (cyclophilin A)
1 RPL11 ribosomal protein L11
17 RPL19 ribosomal protein L19
3 RPL32 ribosomal protein L32
12 RPLP0 ribosomal protein, large, P0
6 RPS18 ribosomal protein S18
2 RPS27A ribosomal protein S27a
1 ElF2C1 Anti-Eukaryotic translation initiation factor 2C
12 SFRS9 splicing factor, arginine/serine-rich 9
6 TBP TATA box binding protein
3 TFRC transferrin receptor
12 UBC ubiquitin C
8 YWHAZ 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide
14 RNaseP Ribonuclease P
5 TERT telomerase reverse transcriptase
7 LINE-1 Retrotransposon
1 MTHFR methylenetetrahydrofolate reductase
14 RPPH1 Ribonuclease P RNA component H1 (H1RNA) gene (RPPH1)
11 HBB Beta-globin
6 TUBB Beta-tubulin
1 PPIH Cyclophilin H
(b) 단계 : 후보군 내의 대상 유전자 내의 변이 정보를 수득하고, 병원성 변이 여부를 판별하는 단계;
(c) 단계 : 병원성 변이의 변이율을 산출하여 0.001 미만의 변이율을 가지는 대상 유전자를 선별하는 단계;
(b) 단계 및 (c) 단계는 표준화 유전자 후보군 내에 유전자의 병원성 변이를 판별하여 병원성 변이에 해당하는 유전자를 제외시키고, 병원성 변이가 없거나 적은 유전자를 선별하는 단계이다.
병원성 변이는 원래 지니고 있던 병원성에 변화가 일어나는 현상으로서 병원성 변이의 판단은 예를 들어, Ensembl (http://ensembl.org) 에서 제공하는 각 유전자의 임상정보(Clin. Sig.)가 “pathogenic”, “likely pathogenic”, “likely benign~pathogenic” 에 해당하는지 여부를 판단하며, 그에 해당하는 변이가 0.01 이상의 frequency (gmaf_freq) 를 가질 경우를 병원성 변이로 판정한다.
한편, 병원성 변이에 대한 근거가 없는 유전자의 경우 병원성 변이에 해당하지 않는 것으로 판정한다. 병원성 변이가 많은 경우 유전성 암이 발생할 가능성이 매우 높게 된다.
(d) 단계 : 후보군 내의 대상 유전자에서 하기 기준에 해당하는 유전자를 제외시키는 단계;
본 단계는 복제수 변이 검출용 표준화 유전자로 부적절한 유전자들을 제외시키는 단계로, (i) deep deletion, truncating mutation, missense mutation의 존재, (ii) 암 세포에서 유전자 증폭 (gene amplification)이 존재하는 경우 복제수 변이 검출용 표준화 유전자에서 제외한다.
본 발명에서 Deep deletion은 상동 유전자 모두에서 해당 유전자 또는 유전자 좌위에 결실 돌연변이 (deletion)이 일어난 것을 나타내며, 다시 말하면, 유전자의 특정 영역의 복제율 (copy-ratio, log2 (copy number))을 계산한 값이 -2 (Homozygous deletion)으로 나타나는 것을 말한다.
상기와 같은 deep deletion, truncating mutation, missense mutation의 돌연변이가 표준유전자에서 나타나는 경우, 표준유전자 검출을 위한 프라이머 및 프로브가 비특이적으로 결합되거나 또는 결합이 되지 않아 정상적인 유전자 증폭이 일어나지 않게 되고, 이로 인하여 정확한 복제수 검출이 불가능하게 된다.
또한 표준 유전자의 비정상적 과증폭이 존재 하는 경우, 항상 일정하게 발현 되는 표준 유전자의 특징 (예컨대, 세포 1개당 2개 표준유전자 사본수 존재)을 가지고 있다고 할 수 없어 타겟 유전자의 복제수 변이 검출이 불가능하게 된다. 즉실제 타겟 유전자의 복제수가 비정상적이더라도, 이를 표준 유전자와 대비하는 것이므로 표준 유전자의 사본수가 비정상적인 경우 타겟 유전자의 정확한 복제수 변이 검출이 불가능하게 된다.
(e) 단계 : 상기 (b) 내지 (d) 단계에서 선별된 표준화 유전자 군에서 3 내지 6개의 표준화 유전자를 선별하여 복제수 변이 검출용 표준화 유전자로 선별하는 단계;
상기 (b), (c) 단계에서 선별하고, (d) 단계에서 부적절한 유전자를 제외한 표준화 유전자 군에서 표준화에 사용할 표준화 유전자로 3개 내지 6개의 유전자를 각각 선별하는 단계이다. 유전자 분석을 진행하는 기관마다 세부적인 분석 조건이 다를 수 있을 뿐만 아니라 분석의 대상이 되는 시료의 상태 및 품질의 차이가 분석 결과에 영향을 줄 수 있기 때문에 이러한 변수들을 최소화하고자 분석 대상 시료의 품질을 정량화하여 표준화할 수 있다. 아울러, CNV의 수준, 즉 복제수 변이에서 어느 정도로 복제수가 증폭 또는 감소되었는지를 정량화한 결과를 표준화를 통해 얻을 수 있다.
표준화 결과는 선별된 3 내지 6개의 각각의 유전자의 측정치의 평균값으로 산출되며, 평균은 산술 평균 (Arithmetic mean), 기하 평균 (Geometric mean), 조화 평균 (Harmonic mean), 멱 평균 (power mean), 가중 산술 평균 또는 이들의 조합에 의해서 산출될 수 있다. 바람직하게는 산술 평균에 의해서 산출될 수 있다.
또한, 상기 복제수 변이 검출용 표준화 유전자 중 하나이상은 복제수 변이를 검출할 대상 유전자와 동일한 염색체에 위치한다. 이렇게 함으로써 염색체 수의 이상에 따른 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV)도 아울러 검출할 수 있다.
CNV는 바람직하게는 특정 질환과 관련된 CNV일 수 있으며, 상기 특정 질환은 암 또는 종양성 질환일 수 있다. 따라서, 본 발명에서 CNV 검출의 대상 유전자는 바람직하게는 암 또는 종양과 관련된 대상 유전자일 수도 있다. 본 발명에서 대상 유전자는 c-Met, HER2, HER3, HER4, EGFR, KRAS, NRAS, ALK, RAC1, NTRK1~3, NOTCH1~3, HRAS, HOXA3, DDR2, FGF3, AXIN1, INHBA, RET, FGFR3, MAP2K2, EPHA5, c-Myc, ABL1, ACTN4, AKT1, AKT2, AKT3, APC, ARAF, ARID1A, ARID2, ATM, AXIN1, AXL, BAP1, BARD1, BCL2L11, NRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CDK4, CDKN2A, CDK4, CRKL, CREBBP, CTNNB, CUL3, ENO1, EP300, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1~4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, ODH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IL7R, JAK1~3, KDM6A, KEAP1, KIT, MDM2, MDM4, MLH1, MTOR, MSH2, NF1, NFE2L2, NRG1, NT5C2, PALB2, PBRM1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3R1, PIK3R2, POLD1, PTCH1, PTEN, RAC1, RAD51C, RAF1, RB1, RET, RHOA, ROS1, SETBP1, SETD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, STAT3, STK11, TP53, TSC1, VHL일 수 있으며, 바람직하게는 c-Met 일 수 있다.
한편, 본 발명은 상기 방법에 의해서 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 표준 유전자 세트를 제공한다. 본 발명의 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트는 18S, ACTB, ALDOA, ARHGDIA, AP3B1, B2M, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, HSPCB, IPO8, LDHA, NONO, PGK1, POLR2A, PPIA, RPL11, RPL19, RPL32, PLP0, RPS18, RPS27A, ElF2C1, SFRS9, TBP, TFRC, UBC, YWHAZ, RNaseP, TERT, LINE-1, MTHFR, RPPH1, HBB, TUBB, PPIH로 이루어진 군에서 선택되며, 3 내지 6개의 유전자로 이루어진 것이 바람직하나, 2개 내지 8개의 유전자, 3개 내지 8개, 3개 내지 7개, 3개 내지 6개, 3개 내지 5개, 3개 내지 4개의 유전자로 이루어질 수 있다.
본 발명의 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트는 하나이상의 하우스키핑 유전자(house keeping gene)를 추가로 포함할 수 있다. 하우스키핑 유전자는 당업계에 알려진 하우스키핑 유전자일 수 있으며, 예를 들어, 공개 CGAP 사이트(The Cancer Genome Project, //cgap.nci.nih.gov/)로부터 EST(expressed sequence tag) 및 SAGE 인간 유전자 발현데이터와 Affymetrix Human 어레이 세트의 자료를 참고하여 기재된 대한민국특허 공개공보 제10-2008-0063156호에 기재된 PRDX6, SULT1A1, BZRP, ATP5G3, CSTB, HNRPF, MAPK3, SNRPC, TGFB1, TCFL1, ALDH9A1, LDHA, PCBP1, KARS, MRPL23, G3BP, ADFP, STOML2, FUSIP1, PLXNB2, KLF6, GPAA1, DKC1, FAM32A, CCNL1, RBM23, TMOD3, TM4SF8, MGC10433, DNCL1, ILK, FLJ20643, MAGED1, ZDHHC4, ADIPOR1, UBA52, C2orf25, RNPEPL1, GNB2L1, CREG1, CNAP1, FBXO7, RAB8A, JTB, RGS19IP1, GPR172A, ATP6AP1, SFRS6, ANAPC5, NOSIP, ATP6V0B, DKFZP566E144, NDUFV1, CALU, FIBP, PNRC2, RYBP, HIG1, RPS20, UQCR, WDR6, TMEM4, DDX42, CANT1, CYR61, FLJ13868, MGC52000, C14orf120, NIFIE14, NME4, C2orf28, SEC11L1, ABCF1, UBQLN1, NDFIP1, CGI-128, DCXR, COPE, RAN, BMS1L, SPCS1, UBE2R2, IDH1, TMPO, UMP-CMPK, ABCE1, TUFM, SNX3, BC-2, WDR39, KIAA1033, SRPRB, BECN1, ADAR, NUP133, NSFL1C, MGC5508, NOLA3, FLJ10349, C10orf9, POLR2G, SLC7A1, TGOLN2, C16orf33, COPS6, RAB7, HSPC009, E2-230K, KIAA0431, FLJ11730, MGC4767, FUCA2, FLJ12892, PPM1G, LGMN, C20orf44, MRPL15, MAF1, P29, KNS2, CDK5RAP3, HRMT1L2, LOC127262, IGF1R, TIMM17A, DENR, UBE3A, CYBASC3, KIAA0664, LOC92912, FARSLA, SAFB, POLR2E, TRAPPC1, FBLN1, RGS5, NET1, SLC29A1, MTVR1, PFKP, FOXJ3, MGC14156, MAN2C1, GSTZ1, TM4SF7, NOLA2, SAT, APRT, GBL, CLSTN1, MGC2963, HSPC182, TRAP1, PMVK, CKAP1, C20orf14, DKFZP564J0123, CDCA4, TAX1BP1, BLOC1S2, TEGT, MARK3, PPP1R7, HSPH1, STRA13, DPP7, Cab45, MTPN, POLR2I, NDUFA4, HIP2, TEBP, HSPBP1, FAM50A, CD81, MAT2B, RY1, EIF3S7, MRPL51, CTNNAL1, SMC4L1, HSDL2, PTPN12, DDX27, RNF40, BPY2IP1, C22orf16, SFRS1, HEXB, RNF126, UNR, SQLE, MRPS7, CSNK2B, APEX1, GNAI3, SFRS2, ETFB, FVT1, TMP21, DVL1, YWHAQ, GJA1, OAZ2, SSR2, GDI1, TIMM13, MARCKSL1, TSN, FASTK, ILF2, TFAM, ARFIP2, DAP, NDUFA9, BRD2, ARL6IP, IRF3, TUBA1, PSME1, QDPR, ADSL, COPB2, C20orf111, C12orf8, MBTPS1, RNP24, DAG1, ECHS1, UBL4, ZDHHC16, GPX1, GANAB, PSMB6, GNAI2, CDK10, PLP2, HMGN3, USP9X, CSK, SF3A3, HLA-B, DKFZp761I2123, PSMD8, UROD, PGK1, ILVBL, DBI, ADH5, DHPS, PPP1CC, RCN2, CCNG1, NCL, QARS, SMARCD1, PSMC5, POLR2C, RPA2, C20orf149, RPL37, SYPL, ATP5G1, NFKBIA, SUMO1, RAD21, SEC24C, CSNK2A2, GSS, MGC21416, PSMB3, PPP1R11, DAD1, CCT6A, AMPD2, FASN, AAMP, PRDX4, STX4A, SNRPB, DHFR, NDUFA5, GABARAP, FLJ12442, ZFP36L1, ERBP, DERPC, FADD, MSN, PSMB4, TKT, EPHX1, UBTF, SKIV2L, PGRMC1, HSPA4, ADRM1, NDUFS8, KHSRP, MLLT6, ERP70, LOC54499, CDK4, COX11, FLJ21128, HNRPA0, SH3GL1, RCN1, FUBP3, ACTR1B, MCTS1, PSMA1, ARL6IP4, MGC5576, TIMP2, NPDC1, RALGDS, ATP6V0D1, ANAPC13, CCNB1IP1, FLJ31031, C7orf20, C3orf4, SH3BGRL, CSRP1, E2F4, APH-1A, RPS27L, PTD008, SH3BGRL3, C14orf2, SIAT7F, C6orf48, SF3B5, ESRRA, MRPS11, ITM2C, ARS2, SIVA, TOMM7, NUDT5, SSR1, CD9, TXNL1, RFC3, EXOSC7, GLS, PABPN1, ST5, BST2, FSCN1, PNPLA2, NME1, FUT8, p66alpha, GSDMDC1, ARF3, H2AFZ, UQCRC1, AP2S1, RPL3, DNAPTP6, NUP153, CDIPT, WIPI-2, SND1, ARPC1A, FBXL11, C10orf119, BBX, CCT8, EVL, GNAS, AEBP2, RAMP, NAPA, DHX38, EAP30, MAMDC2, RAB5C, CTSC, SEPT11, WDR1, CINP, EIF4A1, TRIO, DDX23, CROP, TM9SF2, BNIP3L, PRNPIP, 132513 HSD17B12, TPM1, SLC35E1, PSMD13, CEBPZ, UREB1, RALY, NCOR2, ARHGAP1, MAEA, M6PRBP1, HP1-BP74, DDX49, DRPLA, S100A10, EBSP, MGC3234, EEF1G, VTI1B, MUF1, ZNF313, SCAMP4, PLEKHM2, MAP2K1, UBL3, TPM3, HERPUD1, QP-C, SPIN, CUL1, PCNA, RBAF600, CCM2, ARF4, PTPRG, RHOBTB1, FBXO31, RPS6KA1, PEX14, BIRC6, BC002942, SUI1, TXNDC5, OXA1L, KIAA0992, GMFB, U5-116KD, p44S10, RPS28, TXNDC4, SLC35B1, ZFPL1, HNRPUL1, NFE2L2, KIAA0676, PSMC6, RPS29, KIAA1536, MRPS34, PTD004, H2AFV, HAGH, PRPF4B, AMD1, RAF1, ARHGDIA, FBXO21, THRAP2, CDC37, PDHB, HBP1, CHD4, PACSIN2, MOCS2, UBE2J1, PICALM, VAPA, CTNND1, PHF1, HNRPU, SEC13L1, SFRS5, SRP54, TRPC4AP, METTL3, DIABLO, CNN2, UQCRFS1, NFIC, CNOT7, CFL1, SKP1A, PTBP1, BRP44L, COL1A1, NYREN18, NOC4, DPYSL2, FKBP8, NDUFS2, LOC401152, CKB, EDF1, IFITM2, AK1, YT521, ATP5E, PARP1, RPL8, MBD3, FLOT1, CFL2, MRPS16, HSPA8, H3F3B, 384D8-2, PRDX1, CXXC1, DUSP3, MED4, HMGN2, HLA-A, PRPF8, TMEM9, NHP2L1, C22orf5, SLC35B2, EIF4G2, ADD1, RANGAP1, DCTD, PPP1CA, C20orf24, PMPCB, HSPA9B, ELAVL1, GNB2, SPG7, MALAT1, RPS15A, BRD4, SDFR1, SLC20A1, PAFAH1B2, PLEKHA5, RBM6, NUDT3, PTK9, CXXC5, SMURF1, NDUFAB1, CCT2, GSTO1, MRCL3, RAP1A, COPS4, HSPC142, STRN4, TTC17, SEPT7, DHX9, UBE2J2, CDC2L1, TRA1, EIF3S8, RAI17, BIN1, TUBB6, TCEAL4, ZNF265, FLNA, C17orf27, SSFA2, PKM2, RANBP2, HAX1, HDAC7A, SCAMP3, SDCBP, ch-TOG, WDR45L, GLG1, GK001, VDAC1, HNRPH1, SMN2, KIAA0261, SGTA, AHSA1, MEP50, MRPL3, CTTN, MGC71993, CTBP1, STMN1, ELMO2, KIAA0141, DNM2, PSMC4, NDUFS7, TXNDC7, CIZ1, NUCKS, PSMB7, KIAA0460, SUPT16H, FBXO9, FOXO3A, SLC38A2, DAZAP1, DDX21, SDC1, RDH11, H1F0, YWHAH, ATAD3A, TOMM70A, PTP4A1, PC4, PITPNC1, HSPC023, KIAA0174, PDCD4, NFYC, CDC2L5, PSMA7, MAPKAPK3, SMARCC2, MGC20781, XTP3TPA, SCYL1, MGC2731, ATPIF1, POLDIP2, ARIH2, GNPTG, DERL1, SERPINH1, SPG21, DGKI, ASCC3L1, ATP5J, CPNE1, FBXO11, RHOA, FBS1, HSPD1, MPST, TAF9, DLGAP4, ARL10C, SUPT6H, PSMC3, HSBP1, LOC51234, PSMA4, MVD, TTC15, DKFZp566C0424, PAPOLA, STOM, BAT1, VPS24, PFKL, XRN2, BTG1, CRI1, MGC13170, NUBP2, PLD3, SAV1, SH3BP5, DNPEP, FEZ2, C10orf86, PALM2-AKAP2, PIP5K2B, FLJ10326, ITGA3, KIAA1185, GPS1, C13orf12, GLO1, MATR3, MAK3, PTPRA, GNAQ, MTCH2, ACTN4, SUCLG1, LASS5, ZNF410, ATP5C1, NOB1P, PTPRF, TDE1, ATP6V1D, SEC23A, TMEM14B, TFE3, C15orf15, CARS, S100A6, SEPP1, PCNP, NUP93, MGLL, C11orf2, ARHGEF1, MEA, PDAP1, C9orf78, GNPDA1, SNX17, CD59, SLC39A7, C17orf25, TACC1, PCMT1, POLD1, PX19, DREV1, SEPX1, TPR, MRPL4, TUBG1, SUMF2, DDX5, COMMD9, YWHAB, TMED9, SBF1, PRKAR1A, SNRPB2, CALM1, SPCS2, RNPC2, RBM9, C14orf124, BNIP2, RHEB, APG4B, IDI1, UBQLN4, ANKRD25, HMOX2, MRPS24, PDXK, MAX, LASS2, ARF1, MYO1C, KPNA4, PFDN5, HSCARG, C6orf68, COTL1, DCTN2, CYC1, GBF1, SLC25A3, DDB1, ARID1B, EIF4E2, EIF4B, LARP, ZMYND11, 292457, G22P1, CCNH, PTDSS1, FLJ12666, ATP6V1B2, TIMP3, CKLFSF3, ATP5A1, DUSP6, FBL, GDI2, RPL39, RCP9, TPM2, 300816 RAB1B, GALNT2, RBM3, Ufc1, MRPS6, UBE2I, G3BP2, DSTN, CST3, MAGEF1, RANBP9, ZA20D3, IBTK, ITPK1, NUP188, GRP58, SFRS7, C6orf153, RNF11, STARD3NL, C14orf159, TOMM40, RAB1A, MRPS35, CMAS, DDX39, RPS27A, ADAM15, TXNDC11, BAZ2A, EIF3S12, IFRD2, GC20, NASP, MGC4549, RAB11A, APG9L1, FLJ20758, NDUFB2, VKORC1, EHD2, MORF4L2, CORO1C, SCC-112, EEF1D, HSPC152, PSMA2, MRPL13, K-ALPHA-1, TRAF7, GNS, RBPMS, BMSC-UbP, LASP1, PPP2R5E, ANKRD11, SEPT2, KIAA1102, FDPS, STIP1, TXNRD1, COPB, COX7A2L, GRINA, EI24, KCMF1, EBNA1BP2, DR1, SCARB2, ZMAT2, CASC3, IRF2BP2, C9orf10OS, SLC25A6, FLJ10241, LOC51035, TM4SF1, PAQR4, COX6C, STCH, GHITM, PSMB1, POR, TNIP1, MGC23909, RNPS1, FLJ20507, MGC5306, DKFZp586M1819, MARS, VDAC2, SFPQ, BZW1, MAP1LC3B, FLJ10350, UBB, SDHD, HMGN1, PPIA, RPS2, RPL28, LOC149603, MGC2747, PHF6, RPLP1, SNRPD3, NUTF2, SNX6, PSMC1, MAN2B1, SOX4, SEP15, U2AF1, LRPPRC, CCT7, PYGB, DYRK1A, PPP2R5C, SRPR, LOC51337, EXT2, PDLIM1, LEREPO4, MGC40157, TRIP12, RAB2, SELT, DNCLI2, PSMD14, DKFZP434B168, MLL5, CPSF6, GAK, COPS2, FLJ20551, DAZAP2, MGC2749, RAP1B, SEC31L1, APLP2, BCCIP, FNTA, COMT, CAP1, XPO1, CDKN1A, RPN2, PRO1855, TAPBP, EIF3S9, CARM1, RAB14, DKFZP547E1010, ATP1A1, C9orf10, SMAP-5, CUL3, SPTAN1, KBTBD2, ARL1, NDRG1, TGIF, HM13, HNRPR, CAMTA2, VGLL4, ASXL1, SIAT4A, CKS1B, EWSR1, MORF4L1, RPL17, TPT1, IFITM3, PRPF4, TLN1, CD24, RNF31, BTN3A2, GUK1, LYRIC, RPS5, HBS1L, eIF2A, PCGF4, DDX3X, RPL38, SUMO2, HLA-E, KIAA0146, PPIF, RPL21, RPS14, CBX3, 381219, GLTP, MRPS2, NCOA3, ANP32E, UBE2B, ANXA7, CHERP, USP7, FAU, PABPC1, RXRB, ATP6V1G1, RPL11, XRCC5, YY1, C19orf22, MCM3APAS, ATP6V0C, PINK1, DDX48, TCEAL8, CHCHD2, GSTK1, ACTR2, PTK2, PAIP2, NIP30, SLC9A3R1, RPS16, AKAP8L, RPL30, RBM10, COX5A, RPL10, STK24, EIF3S1, GARS, SFRS3, OGT, LOC284058, EIF3S6, MRPS21, LOC339229, NDUFA11, UBE2M, ZA20D2, SF3A1, RPL23, SF3B2, ATP5B, LOC389541, HMG20B, PGR1, RPS10, RPS15, RAB18, SLC35A4, C19orf13, PKP4, MIF, RPL36, RPS6, TXNL5, NDUFS6, KAB, FLJ10769, CHES1, SVIL, GOLPH3, ATP5O, SSR4, AGPAT1, PHPT1, IDH3G, HAN11, RPL13, AUP1, EIF4EBP1, MAPK6, EFHA1, ANXA6, ESRRBL1, AIP, KLHDC3, C10orf7, WBSCR22, C21orf33, SCOTIN, KIAA1049, TNPO2, TRIM50A, S100A11, DERP6, CTSL, VPS28, MRPL24, MRPL11, BUB3, ATP5D, PARK7, COL6A2, H2AFY, RPL7, CCT4, ZNF511, RDBP, TTC11, SERF2, LSM5, UBE2L6, C10orf104, DKFZp564J157, ITGB1, SEPN1, RTN4, PITPNA, MGC23908, GNB1, IQGAP1, CS, ARF5, CLNS1A, GNG12, C6orf55, FOXP1, MAP4K4, COX6B1, MAPK1, PPP5C, NFKB1, PRDX2, EML4, ESD, SLC39A9, CAPZB, RPL4, NR1H2, PLSCR3, CDK2AP1, NPC2, ARD1, BCKDHA, SRRM2, 433345, COX4I1, ACTR3, RPS11, DNAJC8, Bles03, TUBB2, RPL37A, KIAA1967, CLK1, EIF4G1, BANF1, SHC1, PBP, COX8A, GPX4, HMGB1, HARS2, ANKHD1, ZNF638, PPIB, HMGB2, APP, TBC1D22A, KIAA1608, KIF1C, TXN, LBR, ZFR, UBXD1, ACTL6A, PPP3CA, ZNF395, WAC, GCSH, THAP4, API5, TNRC15, LYPLA1, PHF10, ATAD1, CDK5RAP1, MTHFD1, TUBA6, BAT2, ZNF289, EMP1, IDH3B, ALDH2, ARMET, DBNL, CD74, POLR2F, CLU, SET, VBP1, SUPT5H, CYCS, ANXA2, ACADVL, GRINL1A, MGAT4B, GBAS, PIGT, PP, RPLP2, XBP1, C11orf10, C14orf32, UNC84A, GPS2, RPS19, TALDO1, MCM7, TBL1XR1, CUTL1, RBM5, SUPT4H1, FLJ22875, 439552, HBXIP, RFP, CLIC4, DDX1, PSMD7, TTYH3, SEPT9, RAD23A, CAST, POLR2L, C20orf22, IRS2, RNF10, GBA2, PSMD11, NPEPPS, SOD1, DKFZp761C169, GRB2, CTDSP1, SDHC, VMP1, CRR9, AZI2, CGGBP1, CRSP6, C2orf4, METAP2, NS5ATP13TP2, LGALS1, VPS29, SKIIP, RIOK3, CD63, DC2, KHDRBS1, GTF3A, WSB1, WTAP, CAPZA2, LDHB, PSMA6, PXN, FTH1, CD47, OAZ1, YIF1, ITM2B, TMSB10, RPS13, HNRPL, RPS4X, ARAF, EIF3S6IP, ST13, PGAM1, VPS35, RPLP0, NGFRAP1, RPL27A, HNRPC, HNRPK, USF2, IL6ST, PKD1-like, FLJ10597, DC12, TSPYL1, IFITM1, C19orf27, ANP32A, OAZIN, BTBD1, FLJ23790, AKAP13, MPG, CLCN7, PTMA, LITAF, SH3GLB2, ALS4, GGA2, XPO6, ATXN2L, LOC124446, CNOT1, GOT2, APPBP1, G6PD, CYB5-M, CFDP1, GABARAPL2, HSPC176, PCOLN3, CRK, RPA1, UBE2G1, RIP, UBE2S, TTC19, USP22, PIGS, PPARBP, IGFBP4, SMARCE1, FKBP10, RERE, STAT3, CDC27, AKAP1, BCAS3, C1orf33, PGD, ACOX1, SYNGR2, P4HB, AGTRAP, MRLC2, PPP4R1, TNFSF5IP1, P15RS, NARS, EFHD2, TXNL4A, MIDN, BTBD2, MAP2K2, C19orf10, HNRPM, PIN1, SDHB, PKN1, TPM4, NR2F6, GPI, SIRT2, LTBP4, SNRPA, EIF4G3, SNRP70, PPP2R1A, LENG4, RPS9, TRIM28, CDC42, HPCAL1, ODC1, LAPTM4A, PUM2, RAB10, PPP1CB, PIGF, CALM2, AFTIPHILIN, DGUOK, DKFZP564D0478, STARD7, RALB, YWHAZ, FLJ14346, SFRS4, YWHAE, ARL5, 470417, PTP4A2, EIF2S2, KPNA6, STAT1, SF3B1, NOP5/NOP58, NDUFS1, PSMB2, ACSL3, CAB39, MGC4796, M11S1, HDLBP, DTYMK, FKBP1A, C20orf116, PRNP, C20orf30, UBE2D3, CGI-94, SYNCRIP, MKKS, NDUFS5, RRBP1, C20orf3, MACF1, AKIP, SDBCAG84, BLCAP, TOP1, TPD52L2, NSEP1, GART, SLC2A1, RTN3, OTUB1, SUMO3, PTTG1IP, COL6A1, B4GALT2, UFD1L, AKR1A1, HSPC117, MYH9, CSNK1E, RUTBC3, SLC25A17, RBX1, ACO2, ATXN10, LRRFIP2, FLJ22405, LOC55831, RAB5A, TOP2B, SIMP, CTNNB1, TLP19, SMARCC1, IHPK2, IMPDH2, ALAS1, SCP2, FLNB, MRPL37, DKFZP564O123, DULLARD, ATP1B3, GYG, MBNL1, PA2G4, EIF4A2, FBXL5, LAP3, SLC30A9, SFRS11, GAPD, BCAR1, POLR2B, HNRPD, PDLIM5, SCYE1, ANXA5, UQCRH, MYO10, KAT3, RPL26, SLC30A5, TINP1, KIAA0372, PJA2, C5orf13, HINT1, PPP2CA, CNN3, JMJD1B, FBXW11, ATP6V0E, ETEA, DDX41, RNF130, CPM, DEK, RPL35, SORT1, PSMA5, MTCH1, AHCYL1, DST, BCLAF1, VIL2, TCP1, BZW2, HNRPA2B1, KIAA1068, OGDH, DKFZP564K0822, FLJ10099, BAZ1B, ASNS, ARPC1B, CPSF4, SYAP1, PBEF1, CALD1, SSBP1, ZYX, DNAJB6, CHR2SYT, MTX1, ELP3, LMNA, PPP2CB, CCT3, VDAC3, UBE2V2, TCEA1, TRAM1, WDR42A, LAPTM4B, EDD, EIF3S3, CGI-07, AK3L1, WDR40A, ANXA1, LAMP1, NINJ1, ANP32B, XTP2, PFN1, CDW92, FBXW2, NDUFA8, KIAA0515, PMPCA, CD99, MGC4825, ATP6AP2, PCTK1, DKFZp761A052, 496271, ATF4, IL13RA1, LAMP2, IVNS1ABP, WARS, C1orf48, ENAH, FH, ADSS, PNAS-4, KIAA0217, RBM17, DHCR24, YME1L1, GGA1, TIMM23, C10orf74, HNRPH3, VPS26, SARA1, PPP3CB, VCL, ENTPD6, GLUD1, IDE, SMBP, ZNF207, MGEA5, CUEDC2, ADD3, MXI1, TIAL1, BSG, CIRBP, PLEKHJ1, UROS, NCLN, IER2, NAP1L4, STIM1, C11orf15, USP47, MLSTD2, CAT, CD44, DGKZ, NDUFS3, C11orf31, RHOC, PRP19, FADS2, SLC3A2, MTCBP-1, PRDX5, SF1, ARL2, CAPN1, MAP3K11, RHOB, ZFP36L2, RAB6A, PME-1, HSPC148, PORIMIN, MGC2714, DARS, ITM1, RPS27, PTMS, REA, MYL9, DDX47, STRAP, KRAS2, PSMD4, C12orf10, COPZ1, CIP29, MYL6, PBXIP1, CGI-51, RARS, NUDT4, ATP2A2, DDX54, KIAA0152, FLJ12750, MGC9850, PFAAP5, PGRMC2, TGFB1I4, FNDC3A, FLJ10154, KIAA1181, FKBP3, KLHDC2, KTN1, RGL2, HSPCB, ERH, NUMB, ENSA, DDX24, MCP, FLJ10579, DKFZP564G2022, SNAP23, SRP9, TCF12, 511862, CBX6, ARPC3, SURF4, RPS17, MIR16, PRKCSH, KIAA1160, 512676, FLJ20859, THAP7, AP3D1, CD151, H63, ARPP-19, C15orf12, REC14, RANBP5, TMED3, MESDC1, RPL9, IDH2, NEUGRIN, FURIN, MRPL28, RHOT2, C16orf34, NDUFB10, NFATC2IP, MVP, ALDOA, BCKDK, FUS, ARL2BP, DPH2L1, FLII, MAP2K3, SDF2, FLOT2, JUP, RPL27, MGC4251, CGI-69, GRN, FLJ13855, PHB, SF3B3, WBP2, LGALS3BP, ACTG1, HGS, AP2B1, ATP5F1, NDP52, CAPZA1, C19orf6, STK11, GNA13, AES, EEF2, CLPP, MGC2803, CALR, GADD45GIP1, DNAJB1, LSM4, RENT1, SFRS14, RPL22, CAPNS1, AKT2, EGLN2, DEDD2, SNRPD2, SYMPK, CALM3, SLC1A5, SAE1, KDELR1, RPL18, NUCB1, PTOV1, LOC284361, PRPF31, PPP1R12C, GPSN2, BLVRB, RUVBL2, HADHB, YPEL5, TIA1, FLJ14668, TEX261, DCTN1, WBP1, MAT2A, FLJ20297, FLJ21919, HNRPA3, UBE2Q, NCKAP1, CHPF, ARHGEF2, STK25, TRIB3, CENPB, SLC35C2, CEBPB, C20orf43, ENO1, TAGLN2, PEA15, PEX19, IFNGR2, SON, F11R, ATP6V1E1, DEDD, COL18A1, DGCR2, PCQAP, ASCC2, EP300, PES1, MCM5, UNC84B, L3MBTL2, DIA1, PP2447, DKFZP564B167, C3orf10, MGC3222, 517821, CRTAP, DHX30, MAP4, APEH, TUSC2, ARL6IP5, TFG, SEC61A1, RPN1, ZNF9, COPG, H41, SERP1, SSR3, QSCN6, NDUFB5, AP2M1, PSMD2, GLUL, RPL31, PP784, ARPC5, OCIAD1, HMGA1, CCNI, MAPKAPK2, PELO, ERBB2IP, SFRS12, RPS25, SERPINB6, TMEM14C, TTC1, STK10, MGAT1, MARCKS, C6orf62, VARS2, HSPA1A, NEU1, C6orf82, SRF, ELOVL5, EIF2AK1, KDELR2, C6orf111, CD164, STX7, PERP, GTF2I, C7orf27, ACTB, SCRN1, YKT6, CTSB, WBSCR1, MDH2, HSPB1, YWHAG, ZNF655, FLJ22301, REPIN1, MGC8721, RAD23B, COBRA1, LY6E, SIAHBP1, NDUFB11, WDR13, DSIPI, CREB3, CLTA, NANS, GSN, HSPA5, EEF1A1, FBXW5, TMSB4X, EIF1AX, TIMP1, MAGED2, FLJ12525, PSMD10, BCAP31, IRAK1, EMD, NCOA4, EIF4EBP2, PSAP, DDIT4, SMP1, TRAPPC3, DDOST, NDUFB8, NOLC1, C1orf8, EIF3S10, PRDX3, HSPCA, SSRP1, TncRNA, POLD4, GSTP1, CCND1, INPPL1, AASDHPPT, DPAGT1, RNF26, RSU1, RAD52, FKBP4, ARHGAP21, MLF2, TPI1, PHC2, CBARA1, TUBA3, ATP5G2, RNF41, CTDSP2, RAB21, NAP1L1, PPIE, RAB35, RSN, SAP18, ZFP91, Ufm1, FLJ20277, ANKRD10, LRP10, C14orf119, ARF6, FLJ20580, RER1, PACS1L, C6orf49, PML, MDH1, HNRPDL, RPS23, AKAP9, ASAH1, OS-9, PKD1, DUT, HARS, NDUFS4, PITRM1, DDX17, SCAM-1, RPL6, GSPT1, UQCRC2, EIF3S4, SEPW1, NCK2, ANAPC7, ARPC2, AFAP, IFNAR1, UBE2G2, TLOC1, TFRC, RPL35A, VCP, BTF3, CSNK1A1, CANX, SQSTM1, SEC63, EIF3S2, LUC7L2, ANXA11, SSNA1, PDHA1, PIM3, PAI-RBP1, STXBP3, PMF1, RNH, MRPL16, FLJ20625, COPS7A, PRKAG1, LGALS3, PSMA3, SARS, CBWD1, BTBD14B, RANBP3, GAS5, DNCL2A, RAD1, RPL5, KIAA0663, GTL3, NMT1, KPNB1, HN1, MCL1, NDUFB7, HRIHFB2122, TUBB, SFRS10, LRPAP1, TOMM20, HSA9761, DDX46, NONO, PPP2R5D, VIM, TCEB1, WWP1, PPP1R8, LYPLA2, ATRX, H3F3A, RBM4, SRP14, STUB1, KRT8, TXNIP, EXOC7, ZNF258, HLA-C, NDUFA1, SEC22L1, B2M, CCND3, EIF5A, ITGB4BP, PPP4C, RPS7, SMARCB1, GRIM19, ANAPC11, C14orf166, TOMM22, MGC2941, PACS1, NDUFB9, CTSD, DNCI2, FDFT1, HNRPA1, RPL10A, PCBP2, RPS3, RPS12, RPS18, NET-5, SMAP, RPL13A, HSPC016, SSBP3, C9orf86, HTF9C, PGM3, C3F, NUP88, SREBF1, FLJ12953, MGC11257, FAM36A, C1QBP, HNRPAB, IDH3A, PSMC2, RBBP4, RBM8A, RIC8, PP1201, MRPS25, LONP, FBXL10, NDUFV2, PAICS, NPM1, ACP1, COX6A1, EEF1B2, EIF5, FKBP5, FTL, HSPE1, IK, LAMR1, NDUFB4, NME2, NUMA1, RAC1, RNU65, RPL15, RPL18A, RPL19, RPL23A, RPL34, RPS3A, RPS8, RPS24, RPS26, SCD, CSDA, EIF3S5, G10, RPL14, PDCD6IP, TXNL2, ATP5L, NUDC, COPS8, C18orf10, 8D6A, PSARL, C2orf33, ORMDL1, PDE4DIP, CD2BP2, C1orf43, ATP2C1 및 HCNGP로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자 일 수 있다.
한편, 본 발명에서의 복제수 변이 여부의 판별은 시료 (바람직하게는 인간으로부터 분리된 시료)에서 복제수 변이 검출 대상 유전자 및 본 발명에서의 표준 유전자 세트의 카피수를 측정하고, 이를 배율을 비교함으로서 이루어 질 수 있다.
따라서, 본 발명은
(a) 샘플에서 복제수 변이 검출 대상 유전자 및 표준 유전자 세트의 카피수를 측정하는 단계;
(b) 표준 유전자 세트의 각 유전자의 카피수의 평균값을 산출하는 단계; 및
(c) 복제수 변이 검출 대상 유전자의 카피수를 상기 (b) 단계에서 산출된 평균값으로 나누어 값을 산출하는 단계를 포함하며,
상기 (c) 단계에서 산출된 값을 2와 비교하여 복제수 변이 여부를 판별하는 것을 특징으로 하는 복제수 변이 검출 대상 유전자의 복제수 변이 여부를 판별하는 방법을 제공한다.
상기 방법에서 (b) 단계의 평균값은 산술 평균값인 것이 바람직하며, 표준 유전자 세트의 각 유전자의 전체 측정값에 대한 산술 평균값이며, 측정시 미측정 또는 측정오류는 평균 계산시 배제될 수 있다.
복제수 변이 여부를 판별하는 것은 상기 (c) 단계의 산출값이 2보다 큰 경우에 복제수 변이가 있는 것으로 판별하고, 2 이하인 경우 복제수 변이가 없는 것으로 판별할 수 있다.
또한, 상기 표준 유전자 세트에 복제수 변이 검출 대상 유전자와 동일한 염색체 내에 위치하는 유전자가 포함되어 있는 경우 다배체 염색체 (다염색체성, polysomy)에 의한 부정확한 판별을 막을 수 있도록 복제수 변이 검출 대상 유전자와 동일한 염색체 내에 위치하는 유전자 및 동일하지 않은 염색체 내에 위치하는 유전자를 각각 포함하여, 복제수 변이 검출 대상 유전자의 카피수를 동일한 염색체 내에 위치하는 유전자의 카피수로 나눈 값은 1.5 내지 2.5이며, 복제수 변이 검출 대상 유전자의 카피수를 동일하지 않은 염색체 내에 위치하는 유전자의 카피수로 나눈 값은 2보다 큰 경우 복제수 변이가 있는 것으로 판별하며, 2 이하인 경우 복제수 변이가 없는 것으로 판별할 수 있다.
한편, 본 발명은 c-Met 유전자의 복제수 변이 검출을 위하여, ⅰ) 서열번호 7의 프라이머, 서열번호 8의 프라이머 및 서열 번호 1의 프로브로 이루어진 c-Met 검출용 폴리뉴클레오티드 세트; ii) 서열번호 9의 프라이머, 서열번호 10의 프라이머 및 서열번호 2의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 11의 프라이머, 서열번호 12의 프라이머 및 서열번호 3의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 13의 프라이머, 서열번호 14의 프라이머 및 서열번호 4의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 15의 프라이머, 서열번호 16의 프라이머 및 서열번호 5의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 17의 프라이머, 서열번호 18의 프라이머 및 서열번호 6의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트;로 이루어진 군에서 선택된 하나이상의 폴리뉴클레오티드 세트를 유효성분으로 포함하는 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 제공한다.
본 발명에서 “c-Met”은 세포 표면에 존재하는 대표적인 RTK(Receptor Tyrosine Kinase)로써, 그 리간드인 HGF/SF(Hepatocyte Growth Factor/Scattering Factor)와 결합하여 세포 내 신호전달을 촉진시켜 세포의 성장을 촉진할 뿐 아니라 많은 종류의 암세포에 과 발현되어 암 발생, 암 전이, 암세포 이동, 암세포 침투, 신생 혈관 형성에도 광범위하게 관여한다. 또한 리간드의 이름이 의미하듯, HGF/SF를 통한 c-Met signaling은 거의 모든 종류의 epithelial tumor의 cell-cell contact를 약화시켜 scattering을 야기하는 대표적인 암 전이 초기단계의 단백질이다(Nat Rev Cancer. 2012 Jan 24;12(2):89-103).
따라서 상기 c-Met 유전자의 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV)를 검출할 수 있는 본 발명의 조성물은 이에 제한되지는 않으나, c-Met이 발현되는 암의 예후 평가 또는 돌연변이 발생 위험도 예측에 필요한 정보를 제공하는데 활용될 수 있다. 또한 본 발명의 조성물은 c-Met이 발현되는 암의 표적 치료에 필요한 정보를 제공하기 위하여 활용될 수 있다.
본 발명의 복제수 검출용 조성물에서 ‘암(cancer)’은 c-Met이 발현되는 암을 의미하며, 방광암, 유방암, 자궁경부암, 담관암종, 결장직장암, 대장암, 자궁내막암, 식도암, 위암, 두경부암, 신장암, 간암, 폐암, 비인두암, 난소암, 췌장암, 담낭암, 전립선암, 갑상선암, 골육종, 횡문근육종, 윤활막 육종, 카포시(Kaposi) 육종, 평활근육종, 악성 섬유성 조직구종, 섬유육종, 급성 골수성 백혈병, 성인 T 세포 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 림프종, 다발성 골수종, 교모세포종, 성상세포종, 흑색종, 중피종, 윌름 종양, 및 투명 세포 육종(CCS), 포상 연부 육종(ASPS) 및 전위-연관 신세포 암종을 포함하는 MiT 종양으로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 “프라이머”는 올리고뉴클레오타이드를 의미하는 것으로, 핵산쇄(주형)에 상보적인 프라이머 연장 산물의 합성이 유도되는 조건, 즉, 뉴클레오타이드와 DNA 중합효소와 같은 중합제의 존재, 그리고 적합한 온도와 pH의 조건에서 합성의 개시점으로 작용할 수 있다. 바람직하게는, 프라이머는 디옥시리보뉴클레오타이드이며 단일쇄이다. 본 발명에서 이용되는 프라이머는 자연(naturally occurring) dNMP(즉, dAMP, dGMP, dCMP 및 dTMP), 변형 뉴클레오타이드 또는 비-자연 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 또한, 프라이머는 리보뉴클레오타이드도 포함할 수 있다.
프라이머는, 중합제의 존재 하에서 연장 산물의 합성을 프라이밍시킬 수 있을 정도로 충분히 길어야 한다. 프라이머의 적합한 길이는 다수의 요소, 예컨대, 온도, 응용분야 및 프라이머의 소스(source)에 따라 결정되지만 전형적으로 15-30 뉴클레오타이드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다. 용어 “어닐링” 또는 “프라이밍”은 주형 핵산에 올리고디옥시뉴클레오타이드 또는 핵산이 병치(apposition)되는 것을 의미하며, 상기 병치는 중합효소가 뉴클레오타이드를 중합시켜 주형 핵산 또는 그의 일부분에 상보적인 핵산 분자를 형성하게 한다.
본 발명에서 “프로브”는 정량적 PCR에 이용되는 taqman probe의 일종으로 디자인된 것이다. 바람직하게는 프로브에는 형광 물질(HEX, VIC, FAM dye)를 부착하였으며, 모든 프로브의 3'쪽에는 ??쳐(quencher)로 BHQ1이 이용될 수 있다. TaqMan probe는 일반적으로 5‘ 말단을 형광 물질로, 3’ 말단을 quencher 물질로 tagging한 oligonucleotide이며, TaqMan probe는 annealing step에서 template DNA에 특이적으로 hybridization하지만, probe의 3‘ 말단에 quencher가 있기 때문에 빛을 주어도 형광을 발하지 못하지만, 다음 과정인 extension step에서 Taq DNA polymerase가 가지고 있는 5’→3‘ exonuclease 활성에 의해, 주형에 hybridization한 TaqMan probe가 분해되면 형광물질이 probe로부터 분리되어 quencher에 의한 억제가 해제되고 형광을 발하게 되는 원리에 의해서 PCR 반응에 따른 형광이 정량적으로 발하게 된다.
본 발명에서 프로브는 형광물질과 결합되어 있는 것을 특징으로 하며, 보다 바람직하게는 HEX(hexachlorofluorescein), FAM(fluorescein amidite), EverGreen 형광염료가 결합되는 것을 특징으로 한다.
구체적으로 프로브에 FAM, HEX 형광염료(형광물질) 또는 EvaGreen 형광염료가 결합된 형태를 사용하였으므로 이들에 대한 형광을 측정하는 것에 의해서 수행될 수 있다. 이와 같은 과정은 상용의 검출장치(예를 들어, biorad사의 Droplet Reader)에 의해서 수행될 수 있으며, 해당 장치내에서 각각의 샘플의 droplet 형광 신호를 각각 감지 및 positive와 negative droplet의 수를 세어 자동으로 분석까지 완료될 수 있다.
이 때 검출을 위해서 PCR 반응 용액에 첨가되는 프로브 및 표준 PCR 반응 용액에 첨가되는 프로브는 각각 상이한 형광물질과 결합되어 있을 수 있다.
본 발명은 본 발명의 프라이머 및 프로브 세트를 포함하는 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 키트를 제공한다.
본 발명은 ⅰ) 서열번호 7의 프라이머, 서열번호 8의 프라이머 및 서열 번호 1의 프로브로 이루어진 c-Met 검출용 폴리뉴클레오티드 세트; ii) 서열번호 9의 프라이머, 서열번호 10의 프라이머 및 서열번호 2의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 11의 프라이머, 서열번호 12의 프라이머 및 서열번호 3의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 13의 프라이머, 서열번호 14의 프라이머 및 서열번호 4의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 15의 프라이머, 서열번호 16의 프라이머 및 서열번호 5의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 17의 프라이머, 서열번호 18의 프라이머 및 서열번호 6의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트;로 이루어진 군에서 선택된 하나이상의 폴리뉴클레오티드 세트를 유효성분으로 포함하는 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 바람직하게는 본 발명의 프라이머/프로브 세트를 이용한 PCR 반응에 의한 c-Met 유전자의 CNV 검출에 이용될 수 있다. 본 발명의 키트는 PCR 이나 이의 검출에 사용되는 당 업계에 공지된 도구 및/또는 시약을 추가로 포함할 수 있다. 본 발명의 키트는 필요에 따라 각 성분들을 혼합하는데 사용될 튜브, 웰 플레이트, 사용방법을 기재한 지시자료 등을 추가로 포함할 수 있다.
아울러, 본 발명의 키트는 RUO(research use only) 또는 IVD(in vitro diagnostics) 키트일 수 있다. IVD 키트에는 IVD-CDx(in vitro companion diagnostics) 키트도 포함된다.
본 발명의 키트는 qPCR (quantitative PCR) 또는 droplet digital PCR 방법에 사용되는 것이다.
본 발명의 키트에 적용 가능한 주형은 c-Met 유전자의 CNV 검출이 필요하며, PCR 반응이 가능한 것이라면 제한 없이 사용될 수 있으나, 바람직하게는 혈액에서 분리된 무세포 DNA(cell-free DNA, cfDNA), 순환종양세포 (circulating tumor cell, CTC)로부터 유래된 ctDNA (circulating tumor DNA) 또는 포르말린 고정 파라핀 포매(formalin fixed paraffin embedded. FFPE) 조직에서 분리된 DNA 또는 상기 조직 유래의 RNA로부터 역전사 반응에 의해 합성된 cDNA(complementary DNA)를 주형으로 하는 것을 특징으로 한다.
인간 혈장에서 순환하는 cfDNA는 염증성 장애, 산화 스트레스 및 악성 종양 등의 다양한 생리학적 및 병리학적 병태들에서 연구되고 있다. cfDNA의 혈류 방출과 관련된 정확한 기전은 불확실하지만, 아마도 세포자살, 세포괴사 및 세포로부터의 능동적인 방출이 종합적으로 작용하는 것으로 보인다. 혈관을 통해 순환하는 cfDNA는 잠재적으로 유용한 바이오마커이다. DNA 수준과 단편화 패턴은 진단 및 예후 예측 목적으로 흥미로운 가능성을 제시한다. 특히 환자의 혈액에서 간단히 검출할 수 있다는 점에서 삶의 질을 크게 훼손하지 않고 간편하고 신속하게 바이오마커를 검출할 수 있다는 유용성이 있다.
아울러, 본 발명의 키트는 혈액에서 분리된 CTC(circulating tumor cell)에서 분리된 DNA 또는 상기 CTC 유래의 RNA로부터 역전사 반응에 의해 합성된 cDNA를 주형으로 할 수 있다. CTC는 악성 종양 환자의 말초혈액에서 발견되는 종양세포이다. CTC가 암전이 과정에서 중요한 역할을 하기 때문에 CTC는 암의 연구, 진단 등에 있어서 매우 중요하게 여겨지고 있으나, 말초혈액 내 순환종양세포 존재 수가 매우 드물어, 수백만 개 이상의 정상 혈구세포에 섞여 있는 수십 개 이하의 종양세포를 검출할 수 있는 정도의 민감도가 요구되는 검출 시스템이 필요하다.
생검 후 환자에게서 얻은 조직은 통상적으로 포르말린(포름알데히드) 등에 의해서 고정화한다. 고정화한 생물학적 샘플은 일반적으로 탈수시키고, 파라핀 등의 고체 지지체에 포매하며, 이렇게 제조된 시료를 FFPE 시료라고 한다. FFPE 시료 상의 핵산, 특히 DNA는 고정된 세포에 존재하고, 단편화 되어 있거나 포르말린에 의해 교차 결합되어 있으므로 파라핀을 제거하고 고정된 세포를 용해하여 DNA를 비롯한 핵산을 세포 내에서 용출시킬 필요가 있다.
본 발명에 있어서 용어 “파라핀”은 형태학적, 면역조직화학적 및 효소조직화학적인 해석을 포함하는 모든 해석에 있어서 사용되는 생체시료의 포매 매체를 포괄적으로 말하는 것이다. 즉, 본 발명에 있어서의 파라핀은 석유계 파라핀 왁스 단체(單體)여도 되고, 당해 석유계 파라핀 왁스를 기제(基劑)로 하여, 포매 매체의 품질향상 등의 목적으로 첨가될 수 있는 모든 다른 성분을 포함한 것이어도 된다. 여기서, 석유계 파라핀 왁스는 석유에 유래하는 상온에서 고형인 탄화수소류의 혼합물을 말한다.
일반적으로 FFPE 처리된 암 환자의 검체 시료를 회전식 미세톱(rotary microtome)으로 5~10μm 의 두께로 절단한 다음 상용의 FFPE 용 핵산 분리 키트 또는 이를 활용하는 장치를 통해 DNA를 포함하는 핵산을 분리할 수 있다. FFPE에서 핵산을 분리하는 키트/장치는 예를 들어 지멘스사의 Tissue Preparation System 및 이와 관련된 시약 (VERSANT tissue preparation reagents)을 들 수 있다.
본 발명의 시료에서 분리되는 핵산은 게놈 DNA인 것이 바람직하며, 더 바람직하게는 CNV를 보유하고 있을 것으로 추정되는 게놈 DNA이다.
본 발명의 조성물 또는 키트는 바람직하게는 자동화 또는 반자동화된 방법의 c-Met 유전자의 CNV 검출에 이용될 수 있다. 상기에서 자동화는 샘플(시료)의 투입; 추출, 분리, 반응이 완료된 기재(예를 들어, 튜브, 플레이트)의 재배치 또는 이동; 시약, 버퍼의 스톡(stock)에의 투입, 보충; 장비의 유지관리를 제외한 전부 또는 대부분 과정이 인간 이외의 수단(예를 들어, 로봇)을 통해서 이루어지는 것을 의미한다.
참고로, 상기에서 언급한 뉴클레오티드 작업에는 다음의 문헌을 참조할 수 있다(Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.(1982); Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989); Deutscher, M., Guide to Protein Purification Methods Enzymology, vol. 182. Academic Press. Inc., San Diego, CA(1990); Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons(1997); Rupp and Locker, Lab Invest. 56: A67(1987); De Andres et al., BioTechniques 18: 42044(1995); Held et al., Genome Research 6:986-994(1996); T.E. Godfrey et al. J. Molec. Diagnostics 2: 84-91(2000); K. Specht et al., Am. J. Pathol. 158: 419-29(2001)).
본 발명의 상기 ‘시료’는 혈액 및 생물학적 기원의 기타 액상 시료, 생검 표본，조직 배양과 같은 고형 조직 시료 또는 이로부터 유래된 세포가 포함된다. 보다 구체적으로 예를 들면 이에 한정되지는 않으나 조직, 추출물，세포 용해물，전혈，혈장, 혈청，침，안구액，뇌척수액, 땀, 뇨，젖，복수액, 활액，복막액 등일 수 있다. 상기 시료는 동물, 바람직하게는 포유동물로부터 수득될 수 있으며，가장 바람직하게는 인간으로부터 수득될 수 있다. 또한 상기 시료는 검출에 사용하기 전에 전처리할 수 있다. 예를 들어，여과，증류，추출，농축，방해 성분의 불활성화，시약의 첨가 등을 포함할 수 있다. 바람직하게는 환자로부터 획득한 CTC(circulating tumor cell), 혈액, FFPE(formalin fixed paraffin embedded), cfDNA(cell-free DNA), 신선한 표본(fresh sample) 등일 수 있으며, 가장 바람직하게는 환자로부터 획득한 혈액 또는 FFPE(formalin fixed paraffin embedded)일 수 있고, 전술한 바와 같이 상기 시료로부터 게놈 DNA 또는 CNV를 보유하고 있을 것으로 추정되는 DNA를 분리하여 c-Met 유전자의 CNV 검출에 사용할 수 있다.
본 발명의 검출방법은 앞서 설명한 바와 같이, qPCR(quantitative PCR) 또는 digital PCR 방법으로 c-Met 유전자의 CNV를 검출할 수 있다.
따라서, 본 발명은 c-Met 유전자의 CNV 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물과 이를 포함하는 키트를 제공한다. 본 발명의 방법은 c-Met이 발현되는 암 환자의 예후 또는 돌연변이 발생 위험도 예측이 가능하며, 암의 표적 치료에 필요한 정보를 제공할 수 있어 항암치료제의 투여 필요성 판단을 비롯하여 향후 치료의 방향에 대한 단서를 제시하는 목적 및 암의 전이 또는 재발에 대한 모니터링 하는 데에 유용하게 이용될 수 있다.
도 1은 c-Met 유전자의 CNV 검출을 위하여 레퍼런스(Reference) 유전자를 재확립한 결과로, 레퍼런스별로 진폭(amplitude) 값을 기준으로 그룹화한 후, Met 타겟 엑손 2와 15에 대하여 수행한 결과이다(c-Met exon2(좌), exon15(우)).
도 2는 한계점(Threshold)을 설정하고 카피수를 분석한 후, 각 레퍼런스 그룹에 대하여 평균을 산출한 값에 대한 CNV 값을 산출한 결과이다.
도 3 내지 도 5는 c-Met CNV가 있다고 알려진 패널 중 CNV가 검출된 패널(MMX1, MMX2 또는 MMX3라 명명)에 대해 사전 분석 검증(pre-analytical validation)을 시행하고, 교차 반응을 통해 간섭반응의 유무를 확인한 결과이다.
도 6은 패널별 간섭반응 실험 결과에 따른 카피수 및 CNV 값을 나타낸 결과로, 도 6 중 (a)는 패널 MMX1의 카피수를 나타낸 결과이고, 도 6 중 (b)는 패널 MMX2의 카피수를 나타낸 결과이며, 도 6 중 (c)는 패널 MMX3의 카피수를 나타낸 결과이고, 도 6 중 (d)는 패널들의 CNV 값을 나타낸 결과이다.
도 7은 표준물질과 human gDNA 검체에서 간섭반응을 반복실험한 후 CNV값을 확인하여 LOB 값을 측정한 결과로, 도 7 중 (a)는 10번 반복실험한 결과이고, 도 7 중 (b)는 20개의 FFPE Sample에 따른 LOB 값을 나타낸 결과이다.
도 8은 human gDNA와 표준물질의 input DNA양을 연속희석하여(serial dilution) 검출되는 최소 농도를 알아보기 위하여 LOD 실험을 반복 수행한 결과이다.
도 9는 혈액에 있는 cfDNA에서 CNV 검출이 가능한지 확인한 결과로, 패널별 절단된 DNA에서 c-Met CNV 검출을 확인하여 나타낸 결과이다.
도 10은 혈액에 있는 cfDNA에서 CNV 검출이 가능한지 확인한 결과로, 패널별 절단된 DAN에서 c-Met 카피수 및 CNV값을 나타낸 결과이다.
도 11은 CNV가 있는 것으로 알려진 세포주에서 CNV 검출 가능 최소 농도를 확인한 결과로, 도 11 중 (a)는 최소 20%까지 human gDNA를 혼합한 후 확인한 결과이고, 도 11 중 (b)는 최소 1%까지 human gDNA를 혼합한 후 확인한 결과이다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 이에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 하우스키핑 유전자에 대한 데이터 세트의 구성
본 발명은 인체의 여러 조직에서 비슷한 수준으로 발현하는 유지 유전자(housekeeping gene, HKG) 탐색을 위해, 먼저, 데이터 세트를 구성하고자 공개 CGAP 사이트(The Cancer Genome Project, //cgap.nci.nih.gov/)로부터 EST(expressed sequence tag) 및 SAGE 인간 유전자 발현데이터와 Affymetrix Human Genome U133(HG-U133) 어레이 세트를 기반으로 제작된 Gene Logic 사의 GeneExpress Oncology DatasuiteTM으로부터 마이크로어레이 유전자 발현 자료를 참고하였다. 상기 선별된 후보 표준 발현 유전자는 Accession No. Hs 120(PRDX6), Accession No. Hs 142(SULT1A1), Accession No. Hs 202(BZRP), Accession No. Hs 429(ATP5G3), Accession No. Hs 695(CSTB), Accession No. Hs 808(HNRPF), Accession No. Hs 861(MAPK3), Accession No. Hs 1063(SNRPC), Accession No. Hs 1103(TGFB1), Accession No. Hs 2430(TCFL1), Accession No. Hs 2533(ALDH9A1), Accession No. Hs 2795(LDHA), Accession No. Hs 2853(PCBP1), Accession No. Hs 3100(KARS), Accession No. Hs 3254(MRPL23), Accession No. Hs 3353(G3BP), Accession No. Hs 3416(ADFP), Accession No. Hs 439(STOML2), Accession No. Hs 3530(FUSIP1), Accession No. Hs 3989(PLXNB2), Accession No. Hs 4055(KLF6), Accession No. Hs 4742(GPAA1), Accession No. Hs 4747(DKC1), Accession No. Hs 4766(FAM32A), Accession No. Hs 4859(CCNL1), Accession No. Hs 4997(RBM23), Accession No. Hs 4998(TMOD3), Accession No. Hs 5062(TM4SF8), Accession No. Hs 5086(MGC10433), Accession No. Hs 5120(DNCL1), Accession No. Hs 5158(ILK), Accession No. Hs 5245(FLJ20643), Accession No. Hs 5258(MAGED1), Accession No. Hs 5268(ZDHHC4), Accession No. Hs 5298(ADIPOR1), Accession No. Hs 5308(UBA52), Accession No. Hs 5324(C2orf25), Accession No. Hs 5345(RNPEPL1), Accession No. Hs 5662(GNB2L1), Accession No. Hs 5710(CREG1), Accession No. Hs 5719(CNAP1), Accession No. Hs 5912(FBXO7), Accession No. Hs 5947(RAB8A), Accession No. Hs 6396(JTB), Accession No. Hs 6454(RGS19IP1), Accession No. Hs 6459(GPR172A), Accession No. Hs 6551(ATP6AP1), Accession No. Hs 6891(SFRS6), Accession No. Hs 7101(ANAPC5), Accession No. Hs 7236(NOSIP), Accession No. Hs 7476(ATP6V0B), Accession No. Hs 7527(DKFZP566E144), Accession No. Hs 7744(NDUFV1), Accession No. Hs 7753(CALU), Accession No. Hs 7768(FIBP), Accession No. Hs 7862(PNRC2), Accession No. Hs 7910(RYBP), Accession No. Hs 7917(HIG1), Accession No. Hs 8102(RPS20), Accession No. Hs 8372(UQCR), Accession No. Hs 8737(WDR6), Accession No. Hs 8752(TMEM4), Accession No. Hs 8765(DDX42), Accession No. Hs 8859(CANT1), Accession No. Hs 8867(CYR61), Accession No. Hs 9003(FLJ13868), Accession No. Hs 9015(MGC52000), Accession No. Hs 9043(C14orf120), Accession No. Hs 9234(NIFIE14), Accession No. Hs 9235(NME4), Accession No. Hs 9527(C2orf28), Accession No. Hs 9534(SEC11L1), Accession No. Hs 9573(ABCF1), Accession No. Hs 9589(UBQLN1), Accession No. Hs 9788(NDFIP1), Accession No. Hs 9825(CGI-128), Accession No. Hs 9857(DCXR), Accession No. Hs 10326(COPE), Accession No. Hs 10842(RAN), Accession No. Hs 10848(BMS1L), Accession No. Hs 11125(SPCS1), Accession No. Hs 11184(UBE2R2), Accession No. Hs 11223(IDH1), Accession No. Hs 11355(TMPO), Accession No. Hs 11463(UMP-CMPK), Accession No. Hs 12013(ABCE1), Accession No. Hs 12084(TUFM), Accession No. Hs 12102(SNX3), Accession No. Hs 12107(BC-2), Accession No. Hs 12109(WDR39), Accession No. Hs 12144(KIAA1033), Accession No. Hs 12152(SRPRB), Accession No. Hs 12272(BECN1), Accession No. Hs 12341(ADAR), Accession No. Hs 12457(NUP133), Accession No. Hs 12865(NSFL1C), Accession No. Hs 13662(MGC5508), Accession No. Hs 14317(NOLA3), Accession No. Hs 14333(FLJ10349), Accession No. Hs 14745(C10orf9), Accession No. Hs 14839(POLR2G), Accession No. Hs 14846(SLC7A1), Accession No. Hs 14894(TGOLN2), Accession No. Hs 15277(C16orf33), Accession No. Hs 15591(COPS6), Accession No. Hs 15738(RAB7), Accession No. Hs 16059(HSPC009), Accession No. Hs 16130(E2-230K), Accession No. Hs 16349(KIAA0431), Accession No. Hs 17118(FLJ11730), Accession No. Hs 17250(MGC4767), Accession No. Hs 17680(FUCA2), Accession No. Hs 17731(FLJ12892), Accession No. Hs 17883(PPM1G), Accession No. Hs 18069(LGMN), Accession No. Hs 18128(C20orf44), Accession No. Hs 18349(MRPL15), Accession No. Hs 19673(MAF1), Accession No. Hs 20013(P29), Accession No. Hs 20107(KNS2), Accession No. Hs 20157(CDK5RAP3), Accession No. Hs 20521(HRMT1L2), Accession No. Hs 20529(LOC127262), Accession No. Hs 20573(IGF1R), Accession No. Hs 20716(TIMM17A), Accession No. Hs 22393(DENR), Accession No. Hs 22543(UBE3A), Accession No. Hs 22546(CYBASC3), Accession No. Hs 22616(KIAA0664), Accession No. Hs 23033(LOC92912), Accession No. Hs 23111(FARSLA), Accession No. Hs 23978(SAFB), Accession No. Hs 24301(POLR2E), Accession No. Hs 24379(TRAPPC1), Accession No. Hs 24601(FBLN1), Accession No. Hs 24950(RGS5), Accession No. Hs 25155(NET1), Accession No. Hs 25450(SLC29A1), Accession No. Hs 25723(MTVR1), Accession No. Hs 26010(PFKP), Accession No. Hs 26023(FOXJ3), Accession No. Hs 26136(MGC14156), Accession No. Hs 26232(MAN2C1), Accession No. Hs 26403(GSTZ1), Accession No. Hs 26518(TM4SF7), Accession No. Hs 27222(NOLA2), Accession No. Hs 28491(SAT), Accession No. Hs 28914(APRT), Accession No. Hs 29203(GBL), Accession No. Hs 29665(CLSTN1), Accession No. Hs 30011(MGC2963), Accession No. Hs 30026(HSPC182), Accession No. Hs 30345(TRAP1), Accession No. Hs 30954(PMVK), Accession No. Hs 31053(CKAP1), Accession No. Hs 31334(C20orf14), Accession No. Hs 31387(DKFZP564J0123), Accession No. Hs 34045(CDCA4), Accession No. Hs 34576(TAX1BP1), Accession No. Hs 34906(BLOC1S2), Accession No. Hs 35052(TEGT), Accession No. Hs 35828(MARK3), Accession No. Hs 36587(PPP1R7), Accession No. Hs 36927(HSPH1), Accession No. Hs 37616(STRA13), Accession No. Hs 37916(DPP7), Accession No. Hs 42806(Cab45), Accession No. Hs 43297(MTPN), Accession No. Hs 47062(POLR2I), Accession No. Hs 50098(NDUFA4), Accession No. Hs 50308(HIP2), Accession No. Hs 50425(TEBP), Accession No. Hs 53066(HSPBP1), Accession No. Hs 54277(FAM50A), Accession No. Hs 54457(CD81), Accession No. Hs 54642(MAT2B), Accession No. Hs 54649(RY1), Accession No. Hs 55682(EIF3S7), Accession No. Hs 55847(MRPL51), Accession No. Hs 58488(CTNNAL1), Accession No. Hs 58992(SMC4L1), Accession No. Hs 59486(HSDL2), Accession No. Hs 61812(PTPN12), Accession No. Hs 65234(DDX27), Accession No. Hs 65238(RNF40), Accession No. Hs 66048(BPY2IP1), Accession No. Hs 66915(C22orf16), Accession No. Hs 68714(SFRS1), Accession No. Hs 9293(HEXB), Accession No. Hs 69554(RNF126), Accession No. Hs 69855(UNR), Accession No. Hs 71465(SQLE), Accession No. Hs 71787(MRPS7), Accession No. Hs 73527(CSNK2B), Accession No. Hs 73722(APEX1), Accession No. Hs 73799(GNAI3), Accession No. Hs 73965(SFRS2), Accession No. Hs 74047(ETFB), Accession No. Hs 74050(FVT1), Accession No. Hs 74137(TMP21), Accession No. Hs 74375(DVL1), Accession No. Hs 74405(YWHAQ), Accession No. Hs 74471(GJA1), Accession No. Hs 74563(OAZ2), Accession No. Hs 74564(SSR2), Accession No. Hs 74576(GDI1), Accession No. Hs 75056(TIMM13), Accession No. Hs 75061(MARCKSL1), Accession No. Hs 75066(TSN), Accession No. Hs 75087(FASTK), Accession No. Hs 75117(ILF2), Accession No. Hs 75133(TFAM), Accession No. Hs 75139(ARFIP2), Accession No. Hs 75189(DAP), Accession No. Hs 75227(NDUFA9), Accession No. Hs 75243(BRD2), Accession No. Hs 75249(ARL6IP), Accession No. Hs 75254(IRF3), Accession No. Hs 75318(TUBA1), Accession No. Hs 75348(PSME1), Accession No. Hs 75438(QDPR), Accession No. Hs 75527(ADSL), Accession No. Hs 75724(COPB2), Accession No. Hs 75798(C20orf111), Accession No. Hs 75841(C12orf8), Accession No. Hs 75890(MBTPS1), Accession No. Hs 75914(RNP24), Accession No. Hs 76111(DAG1), Accession No. Hs 76394(ECHS1), Accession No. Hs 76480(UBL4), Accession No. Hs 76662(ZDHHC16), Accession No. Hs 76686(GPX1), Accession No. Hs 76847(GANAB), Accession No. Hs 77060(PSMB6), Accession No. Hs 77269(GNAI2), Accession No. Hs 77313(CDK10), Accession No. Hs 77422(PLP2), Accession No. Hs 77558(HMGN3), Accession No. Hs 77578(USP9X), Accession No. Hs 77793(CSK), Accession No. Hs 77897(SF3A3), Accession No. Hs 77961(HLA-B), Accession No. Hs 77978(DKFZp761I2123), Accession No. Hs 78466(PSMD8), Accession No. Hs 78601(UROD), Accession No. Hs 78771(PGK1), Accession No. Hs 78880(ILVBL), Accession No. Hs 78888(DBI), Accession No. Hs 78989(ADH5), Accession No. Hs 79064(DHPS), Accession No. Hs 79081(PPP1CC), Accession No. Hs 79088(RCN2), Accession No. Hs 79101(CCNG1), Accession No. Hs 79110(NCL), Accession No. Hs 79322(QARS), Accession No. Hs 79335(SMARCD1), Accession No. Hs 79387(PSMC5), Accession No. Hs 79402(POLR2C), Accession No. Hs 79411(RPA2), Accession No. Hs 79625(C20orf149), Accession No. Hs 80545(RPL37), Accession No. Hs 80919(SYPL), Accession No. Hs 80986(ATP5G1), Accession No. Hs 81328(NFKBIA), Accession No. Hs 81424(SUMO1), Accession No. Hs 81848(RAD21), Accession No. Hs 81964(SEC24C), Accession No. Hs 82201(CSNK2A2), Accession No. Hs 82327(GSS), Accession No. Hs 82719(MGC21416), Accession No. Hs 82793(PSMB3), Accession No. Hs 82887(PPP1R11), Accession No. Hs 82890(DAD1), Accession No. Hs 82916(CCT6A), Accession No. Hs 82927(AMPD2), Accession No. Hs 83190(FASN), Accession No. Hs 83347(AAMP), Accession No. Hs 83383(PRDX4), Accession No. Hs 83734(STX4A), Accession No. Hs 83753(SNRPB), Accession No. Hs 83765(DHFR), Accession No. Hs 83916(NDUFA5), Accession No. Hs 84359(GABARAP), Accession No. Hs 84753(FLJ12442), Accession No. Hs 85155(ZFP36L1), Accession No. Hs 85769(ERBP), Accession No. Hs 85962(DERPC), Accession No. Hs 86131(FADD), Accession No. Hs 87752(MSN), Accession No. Hs 89545(PSMB4), Accession No. Hs 89643(TKT), Accession No. Hs 89649(EPHX1), Accession No. Hs 89781(UBTF), Accession No. Hs 89864(SKIV2L), Accession No. Hs 90061(PGRMC1), Accession No. Hs 90093(HSPA4), Accession No. Hs 90107(ADRM1), Accession No. Hs 90443(NDUFS8), Accession No. Hs 91142(KHSRP), Accession No. Hs 91531(MLLT6), Accession No. Hs 93659(ERP70), Accession No. Hs 93832(LOC54499), Accession No. Hs 95577(CDK4), Accession No. Hs 96530(COX11), Accession No. Hs 96852(FLJ21128), Accession No. Hs 96996(HNRPA0), Accession No. Hs 97616(SH3GL1), Accession No. Hs 97887(RCN1), Accession No. Hs 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No. Hs 534457(C14orf166), Accession No. Hs 534473(TOMM22), Accession No. Hs 534483(MGC2941), Accession No. Hs 536275(PACS1), Accession No. Hs 541269(NDUFB9), Accession No. Hs 546248(CTSD), Accession No. Hs 546250(DNCI2), Accession No. Hs 546253(FDFT1), Accession No. Hs 546261(HNRPA1), Accession No. Hs 546269(RPL10A), Accession No. Hs 546271(PCBP2), Accession No. Hs 546286(RPS3), Accession No. Hs 546289(RPS12), Accession No. Hs 546290(RPS18), Accession No. Hs 546291(NET-5), Accession No. Hs 546339(SMAP), Accession No. Hs 546356(RPL13A), Accession No. Hs 546394(HSPC016), Accession No. Hs 547759(SSBP3), Accession No. Hs 549178(C9orf86), Accession No. Hs 552590(HTF9C), Accession No. Hs 553496(PGM3), Accession No. Hs 553512(C3F), Accession No. Hs 554767(NUP88), Accession No. Hs 554776(SREBF1), Accession No. Hs 554894(FLJ12953), Accession No. Hs 554896(MGC11257), Accession No. Hs 555194(FAM36A), Accession No. Hs 555866(C1QBP), Accession No. Hs 555873(HNRPAB), Accession No. Hs 555875(IDH3A), Accession No. Hs 555889(PSMC2), Accession No. Hs 555890(RBBP4), Accession No. Hs 555911(RBM8A), Accession No. Hs 555969(RIC8), Accession No. Hs 555971(PP1201), Accession No. Hs 555973(MRPS25), Accession No. Hs 555994(LONP), Accession No. Hs 556267(FBXL10), Accession No. Hs 556461(NDUFV2), Accession No. Hs 556795(PAICS), Accession No. Hs 557550(NPM1), Accession No. Hs 558296(ACP1), Accession No. Hs 558313(COX6A1), Accession No. Hs 558322(EEF1B2), Accession No. Hs 558325(EIF5), Accession No. Hs 558328(FKBP5), Accession No. Hs 558330(FTL), Accession No. Hs 558338(HSPE1), Accession No. Hs 558345(IK), Accession No. Hs 558354(LAMR1), Accession No. Hs 558360(NDUFB4), Accession No. Hs 558361(NME2), Accession No. Hs 558362(NUMA1), Accession No. Hs 558376(RAC1), Accession No. Hs 558381(RNU65), Accession No. Hs 558382(RPL15), Accession No. Hs 558383(RPL18A), Accession No. Hs 558384(RPL19), Accession No. Hs 558385(RPL23A), Accession No. Hs 558386(RPL34), Accession No. Hs 558388(RPS3A), Accession No. Hs 558389(RPS8), Accession No. Hs 558390(RPS24), Accession No. Hs 558391(RPS26), Accession No. Hs 558396(SCD), Accession No. Hs 558424(CSDA), Accession No. Hs 558426(EIF3S5), Accession No. Hs 558429(G10), Accession No. Hs 558431(RPL14), Accession No. Hs 558442(PDCD6IP), Accession No. Hs 558448(TXNL2), Accession No. Hs 558453(ATP5L), Accession No. Hs 558454(NUDC), Accession No. Hs 558458(COPS8), Accession No. Hs 558473(C18orf10), Accession No. Hs 558499(8D6A), Accession No. Hs 558511(PSARL), Accession No. Hs 558521(C2orf33), Accession No. Hs 558591(ORMDL1), Accession No. Hs 558825(PDE4DIP), Accession No. Hs 558995, Accession No. Hs 567260(CD2BP2), Accession No. Hs 567263(C1orf43), Accession No. Hs 567267(ATP2C1) 및 Accession No. Hs 567279(HCNGP) 로 이루어진 군으로부 터 선택된 유전자 인 것을 특징으로 한다. 또한, 보정을 위해 사용되어지는 AP3B1, IPO8, PLP0, ElF2C1, SFRS9, UBC과 Internal Amplification Control(IAC)로 사용되어 지는 RNaseP, TERT, LINE-1, MTHFR, RPPH1, HBB, PPIH로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자 인 것을 특징으로 한다. 상기 후보 표준 발현 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머쌍 및/또는 프로브인 것을 특징으로 한다.
실시예 2 : c-Met 유전자의 CNV 검출을 위한 레퍼런스(Reference) 유전자 검증
c-Met 유전자의 CNV 검출을 위해 확립된 총 8개의 레퍼런스 유전자에 대해서 TCGA(The Cancer Genome Atlas) 데이터베이스를 사용하여 완전성(Integrity, 무결성, 실제 레퍼런스로의 적합성 조사)조사를 수행하였다. 이때 RNase P(Ribonuclease P)와 LINE-1(Long Interspersed Element-1)은 TCGA 데이터베이스에 없어서 분석에서 제외하였다.
보다 상세하게는 심층 제거(Deep deletion), 절단형 돌연변이(Truncating mutation), 과오돌연변이(missense mutation)의 존재에 대하여 분석하였다.
분석 결과 TERT(telomerase reverse transcriptase)와 GUSB(canine beta-glucuronidase gene)을 제외하고 나머지 유전자들은 11개의 대표 암 종에서 안정적으로 발현되는 것을 확인하였다. 이를 기반으로 선정된 레퍼런스 유전자의 정보는 하기와 같다.
레퍼런스 유전자 1은 공지된 문헌 1(PLOS ONE DOI:10.1371/journal.pone.0146784 January 14, 2016)에서 발췌하여 선정된 레퍼런스 유전자로, 유전자 복제 변이에 사용되는 유전자이다. 또한 본 발명에 따른 키트에 대한 실험기법에 알맞은 레퍼런스 유전자로 알려져 있다.
레퍼런스 유전자 2는 공지된 문헌 2(British Journal of Cancer (2012) 107, 325-333)에서 발췌하여 선정된 레퍼런스 유전자로 IAC(Internal amplification control) 리스트에 기재되어 있다. 또한 본 발명에 따른 키트에 대한 실험기법에 알맞은 레퍼런스 유전자로 알려져 있다.
레퍼런스 유전자 3은 공지된 문헌 3(Annals of Oncology 28: 1508-1516, 2017)에서 발췌하여 선정된 레퍼런스 유전자로 본 발명에 따른 키트에 대한 실험기법에 알맞은 레퍼런스 유전자로 알려져 있다. 레퍼런스 유전자 5와 같은 유전자이고 Type만 다른 유전자이다.
레퍼런스 유전자 4는 공지된 문헌 4(Cancer Sci 105 (2014) 1032-1039)에서 선정된 유전자로 레퍼런스 유전자 2와 마찬가지로 IAC 리스트에 기재되어 있다.
레퍼런스 유전자 6은 공지된 문헌 5(BMC Molecular Biology. 2009)에 기재된 하우스키핑 유전자(house keeping gene) 후보군 중 하나로 c-Met과 같은 염색체 위치에 있는 것으로 선별하여 선택하였다. 또한 상기 유전자는 표준화(Normalization)에 사용되는 것으로 알려져 있다.
실시예 3 : c-Met 유전자의 CNV 검출을 위한 레퍼런스 유전자 재검증
레퍼런스 유전자 각각을 이용한 CNV 관찰은 세포주 실험 및 표준물질을 이용한 LOB(Lateral organ boundary), 검출한계(limit of detection, LOD) 실험을 통하여 검증하였다.
표준화를 위하여 8개의 레퍼런스 유전자 중, TCGA 데이터베이스 분석을 통하여 확인한 불안정한 레퍼런스 유전자인 TERT와 문헌조사를 통해 확인한 유전자 GUSB를 제외한 6개를 각각 3개씩 혼합하여 이의 평균을 산출하였다. 레퍼런스별 진폭(Amplitude) 값을 기준으로 그룹화 하여 2개 그룹으로 선별하였다(표 1).
유전자 이름 진폭 값
레퍼런스 유전자 1 RnaseP 3500-4000
레퍼런스 유전자 2 PPIA 4000-4500
레퍼런스 유전자 3 AP3B1 Type1 4000-4500
레퍼런스 유전자 4 RPP30 2500-3000
레퍼런스 유전자 5 AP3B1 Type2 4000-4500
레퍼런스 유전자 6 EIF2C1 4000-4500
선별한 2개 그룹에 대하여 Met 타겟 엑손 2(target exon 2)와 15에 대하여 실험을 수행한 결과 도 1과 같이, 레퍼런스를 혼합하였을 경우 프로브 기준선(baseline)이 올라가면서 HEX(5`Hexachloro -Fluorescein) 채널의 타겟 시그널(Target signal)과 구분이 어려워지는 현상이 발생하였다.
따라서 한계점(Threshold)을 설정하고 카피수 분석한 후, 각 레퍼런스 그룹에 대한 평균을 산출한 값(ref mix/3)에 대하여 CNV를 산출한 결과 도 2와 같이, CNV 2 fold에 근접하게 나타난 것을 확인하였다.
또한 프로브 백그라운드(Probe background)와 타겟의 분리 정도를 늘리기 위하여 3가지 혼합의 프로브 농도를 1/2 로 줄여서 재 실험을 실시하였지만 도 1의 결과보다 분리가 더 안되는 경향성을 확인하였다. 더불어 레퍼런스 유전자 6개에 대하여 2개씩 혼합하여 다시 실험을 진행하였으나, 기준선과 분리가 안됨은 물론, 레퍼런스 유전자의 카피수도 절반 수준으로 도출되었다.
따라서, 레퍼런스 유전자를 혼합하여 표준화하는 방법은 바람직하지 않은 방법으로 판단되었다.
실시예 4 : c-Met 유전자 CNV 검출을 위한 패널의 확정
레퍼런스 유전자 혼합실험 및 간섭반응을 통해 c-MET 유전자의 CNV 검출을 할 수 있는 안정적인 패널을 완성하였다(표 2, 패널은 MMX라 명명). 레퍼런스 유전자를 5개로 선별하고 타겟 c-MET은 exon15로 결정하였다. 이때 exon2을 c-MET의 타겟으로 했을 경우 실험 결과로는 exon15와 차이가 없었지만 exon15에서 높은 진폭값을 나타내었기 때문에 exon15를 선택하였다. 이때 CNV 검출을 위하여 하기 표 3 및 표 4의 프로브 및 프라이머를 사용하였다.
패널 검출 채널
MMX 1 c-Met Target(ch.7) FAM
레퍼런스 유전자 1 HEX
MMX 2 레퍼런스 유전자 2 FAM
레퍼런스 유전자 3 HEX
MMX 3 레퍼런스 유전자 4 FAM
레퍼런스 유전자 5(ch.7) HEX
패널 유전자(exon) 프로브 이름 서열 서열번호
MMX 1 c-Met 엑손 15+레퍼런스 c-Met Target(ch.7) CCATCCTAACTAGTGGGGACTCTGA 1
레퍼런스 유전자 1 CACAGTTTGTCAGCCCTTGGA 2
MMX 2 레퍼런스 레퍼런스 유전자 2 ACGGCCAGCGAAGTGAGTTC 3
레퍼런스 유전자 3 TCCAACCTCTGCCTCAAGATC 4
MMX 3 레퍼런스 레퍼런스 유전자 4 GGAATTGTCAAACTGACTCCTTTTCC 5
레퍼런스 유전자 5(ch.7) TTGGATGGCAAGCATGTGGT 6
패널 유전자(exon) 프라이머 이름 서열 서열번호
MMX 1 c-Met 엑손 15+레퍼런스 c-Met 타겟 F1 AAGTGCAGTATCCTCTGACAGACA 7
c-Met 타겟 R1 TGGACAGTATTTTGCAGTAATGG 8
레퍼런스 유전자 1 F1 CCACATGCTAACTCGATATGC 9
레퍼런스 유전자 1 R1 GTGGAAGACTGTTCAACACTTACC 10
MMX 2 레퍼런스 레퍼런스 유전자 2 F1 TGCCGGAGCTTGGAACAG 11
레퍼런스 유전자 2 R1 AAAATGGGCGGAGGAGAGTAG 12
레퍼런스 유전자 3 F3 CAGTGTGTGCAGGTGAAGAA 13
레퍼런스 유전자 3 R2 TGTTAATGCCACCAAGTTTGAC 14
MMX 3 레퍼런스 레퍼런스 유전자 4 F1 ATTTTAGGATGTTTTTCGCATCTG 15
레퍼런스 유전자 4 R1 TGGCAGAATTTGTTCCTATGC 16
레퍼런스 유전자 5 F3 GTTGCCAGTCATAGTGATTGTTC 17
레퍼런스 유전자 5 R3 GGCCTCCACAATATTCATGC 18
CNV 표준화는 5개의 레퍼런스 유전자의 평균 copy수를 기준으로 계산하였다(수학식 1). 이때 CNV가 2이상일 경우 CNV가 있다고 판단하였다.
검증된 다수의 레퍼런스 유전자의 copy 평균값을 통한 CNV 산출값을 통해 기본적인 하나의 유전자로 계산되어지는 CNV 산출값의 신뢰도보다 더 나은 신뢰성을 가진 CNV값을 산출 할 수 있다. 또한 염색체의 위치가 다른 레퍼런스 유전자의 조합으로 인해 기존에 알려진 레퍼런스 유전자의 신빙성을 최소화 할 수 있다고 판단되었다.
[수학식 1]
레퍼런스 유전자를 활용한 판단방법
Figure pat00001
인 경우, c-Met에 CNV가 있는 것으로 판단
더불어 c-Met의 다염색체성(polysomy)을 확인하기 위해 추가 계산법을 도입하였다(수학식 2). 같은 염색체(Chromosome)에 위치하고 있는 레퍼런스 유전자 (레퍼런스 유전자 5)를 기준으로 CNV를 계산하였을 시 CNV값이 2에 근접할 경우와 나머지 4개의 레퍼런스 유전자의 CNV값이 2이상일 경우 다염색체성이 있다고 판단하였다.
[수학식 2]
다염색체성 확인할 때의 레퍼런스 유전자를 활용한 판단방법
Figure pat00002
일 경우, c-Met에 CNV가 있는 것으로 판단
c-MET CNV가 있다고 알려진 3개의 세포주 DNA에서 확정된 패널을 이용하여 실험한 결과 각각의 cell pellet에서 qiagen DNA Prep kit를 이용하여 DNA를 추출 후 3.3ng을 넣어서 개발된 ddPCR c-MET CNV KIT로 확인하였다. 나온 copy수에 근거하여 CNV fold값을 계산하였고, 양성의 값이 나오는 것을 확인하였다(표 5).
상기 3개의 세포주는 위암세포주인 SNU5, HS746T, MKN45이며, 한국세포주은행 (Korea Cell Line Bank)에서 구입하였다.
sample ddMET(CNV fold)
gDNA 2.1
SNU5 17.3
HS746T 22.4
MKN45 19.3
실시예 5 : 확정된 패널에 대한 검증
각각의 확정된 MMx 패널에 대해 사전 분석 검증을 시행하였으며 우선적으로 교차반응을 통해 간섭반응의 유무를 확인하였다. 검체들은 표준물질 및 세포주로 확인하였다.
패널별 간섭반응 유무에 대한 결과는 도 3 내지 도 5에 나타내었다.
더불어 패널별 간섭반응 실험 결과에 따른 카피 수와 CNV 값은 도 6에 나타내었다.
각 패널에 대한 프라이머와 프로브간의 간섭반응을 확인하기 위해 표준물질(HD683)과 CNV가 있다고 알려진 cell line(SNU5, MKN45, HS746T)을 Template로 하여 간섭반응을 확인하였다.
아울러, 각 MMX에 포함되어 있는 FAM 프로브에 매치되는 프라이머와 HEX 프라이머를 MIX하였을 때 FAM 프로브가 HEX 프라이머에 간섭반응을 보이는지 확인하였고, HEX 프로브도 마찬가지로 FAM 프라이머에 간섭반응을 보이는지 확인하였는데, 도 6 (a),(b),(c)에 있는 표의 copy수를 확인하였을 시 각 MMX마다 copy수의 차이가 없는 것을 확인하여 서로 간섭이 일어나지 않음을 확인하였다.
또한, gDNA와 표준물질(HD683)에서 10반복이상 실험을 하여 도출한 CNV값이 안정적으로 검출이 되는지도 확인하였고, 또한 정상 FFPE 샘플에서도 마찬가지로 20개의 FFPE샘플에서 CNV값을 검출하여 CNV가 없음을 확인하여 3.3ng DNA에서 CNV가 안정적인 LOB값이 검출됨을 확인하였다.
또한 표준물질과 공지된 human gDNA 검체에서 10번 이상 반복 실험한 결과, 도 7 중 (a)와 같이 CNV 값이 2 fold로 안정적인 LOB 값이 검출되는 것을 확인하였다.
더불어 도 7 중 (b)와 같이 Normal FFPE Sample (N=20)을 통해 CNV값이 2> 값으로 LOB값이 검출되는 것을 확인하였다.
human gDNA와 표준물질(HD683)의 input DNA양을 연속희석하여 검출되는 최소 농도를 알아보기 위한 LOD 실험을 진행하였다.
Human gDNA와 표준물질(HD683)을 이용하여 각 DNA농도를 순차적으로 희석을 하여 0.99ng부터 12포인트를 잡아 0.00165ng까지 희석을 하였다. 개발된 키트를 이용하여 각 희석된 샘플에서 CNV값을 도출한 후 CNV값의 흔들리는 정도를 확인한 후 최소검출농도를 확인하였고, LOD 는 0.2ng로 결정되었다. 3번 반복실험을 통해서 도출된 각각의 카피수를 평균을 내어 CNV값은 검출하였으며 CNV값은 2를 기준으로 하였고, 그 결과는 도 8에 나타내었다.
4개의 레퍼런스 유전자에 대한 CNV값(노란색), 같은 염색체에 위치하고 있는 레퍼런스 유전자에 대한 CNV값(검정색), 5개의 레퍼런스 유전자에 대한 CNV값(보라색)을 검출한 결과 안정적으로 검출되는 최소 농도(LOD)는 0.2ng/well로 확인되었다. 더불어 각각의 copy수에 대한 R^2값은 0.98로 확인되었다.
실시예 6 : 임상 적용 가능성 평가
임상 검체 적용 가능성 평가를 위해 200bp 크기에서도 본 발명에 따른 c-MET 유전자 CNV 검출 키트가 실제 CNV를 검출할 수 있을지 확인하였다. 이를 통해 혈액에 있는 cfDNA에서 CNV 검출이 가능한지 간접적으로 확인하였다. 검체는 c-Met CNV 양성 세포주(SNU5, HS746T)으로 하였으며 음성 검체로 HD683을 사용하였다. DNA의 단편화는 Ultra Focused sonicator(Covaris)로 진행하였다. 단편화된 DNA에서 c-Met CNV를 검출한 결과는 도 9에 나타내었고, 단편화된 DNA에서 c-Met 카피수 및 CNV 값은 도 10에 나타내었다.
위와 같은 실험으로 Ultra Focused sonicator를 이용하여 200bp로 자른 표준물질(HD683)과 Cell line에서 c-MET CNV검출이 가능한지 확인하였다. 그 결과 cfDNA 크기로 단편화된 DNA에서도 마찬가지로 c-Met CNV가 성공적으로 관찰되었다. 따라서 추후 혈액의 cfDNA에서도 본 발명에 따른 c-Met 유전자 CNV 검출 키트를 이용하여 c-Met CNV를 검출할 수 있음을 확인하였다.
더불어 CNV가 있는 것으로 알려진 세포주(SNU5, MKN45)와 human gDNA를 섞었을 때 어느 농도까지 CNV를 검출할 수 있는지 확인하였다. 각 DNA양을 3.3ng을 기준으로 하여 3.3ng=100%라고 가정했을 시 실험을 진행하였다. CNV가 있다고 알려진 세포주에서 DNA를 추출하여 각 %에 맞게 농도를 넣어주고 human gDNA를 넣어줌으로써 농도고정을 하여 진행하였다. 그 결과 도 11과 같이, CNV(CNV>5)가 있다고 판단되는 정도는 3.3ng input DNA양을 넣어주었을 시 20-25%까지 검출이 가능함을 확인하였다.
이상 살펴본 바와 같이 본 발명에 따른 c-Met 유전자 CNV 검출용 조성물 및 키트는 c-Met 유전자의 CNV를 검출할 수 있을 뿐만 아니라, 이를 통해 암 환자 예후 또는 돌연변이 발생 위험도 예측이 가능하며, 암의 표적 치료에 필요한 정보를 제공할 수 있어 항암치료제 투여 필요성 판단을 비롯하여 향후 치료의 방향에 대한 단서를 제시하는 목적 및 암의 전이 또는 재발에 대한 모니터링 하는 데에 유용하게 이용될 수 있다.
<110> Logone Bio Convergence Research Foundation ABION Inc. <120> Method for seleting genes for normalization for detecting copy number variation and composition for detecting copy number variation of c-Met by using the same <130> NP19-0050 <160> 18 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> c-Met target(ch.7) <400> 1 ccatcctaac tagtggggac tctga 25 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 1 <400> 2 cacagtttgt cagcccttgg a 21 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 2 <400> 3 acggccagcg aagtgagttc 20 <210> 4 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 3 <400> 4 tccaacctct gcctcaagat c 21 <210> 5 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 4 <400> 5 ggaattgtca aactgactcc ttttcc 26 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 5(ch.7) <400> 6 ttggatggca agcatgtggt 20 <210> 7 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> c-Met target F1 <400> 7 aagtgcagta tcctctgaca gaca 24 <210> 8 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> c-Met target R1 <400> 8 tggacagtat tttgcagtaa tgg 23 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 1 F1 <400> 9 ccacatgcta actcgatatg c 21 <210> 10 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 1 R1 <400> 10 gtggaagact gttcaacact tacc 24 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 2 F1 <400> 11 tgccggagct tggaacag 18 <210> 12 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 2 R1 <400> 12 aaaatgggcg gaggagagta g 21 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 3 F3 <400> 13 cagtgtgtgc aggtgaagaa 20 <210> 14 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 3 R2 <400> 14 tgttaatgcc accaagtttg ac 22 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 4 F1 <400> 15 attttaggat gtttttcgca tctg 24 <210> 16 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 4 R1 <400> 16 tggcagaatt tgttcctatg c 21 <210> 17 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 5 F3 <400> 17 gttgccagtc atagtgattg ttc 23 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> probe of reference gene 5 R3 <400> 18 ggcctccaca atattcatgc 20

Claims (25)

  1. (a) 표준화 유전자 후보군을 선별하는 단계;
    (b) 후보군 내의 대상 유전자 내의 변이 정보를 수득하고, 병원성 변이 여부를 판별하는 단계;
    (c) 병원성 변이의 변이율을 산출하여 0.001 미만의 변이율을 가지는 대상 유전자를 선별하는 단계;
    (d) 후보군 내 대상 유전자에서 하기 기준에 해당하는 유전자를 제외시키는 단계; 및
    (i) deep deletion, truncating mutation, missense mutation의 존재
    (ii) 암 세포에서 유전자 증폭 (gene amplification)이 존재
    (e) 상기 (b) 내지 (d) 단계에서 선별된 표준화 유전자 군에서 3 내지 6개의 표준화 유전자를 선별하여 복제수 변이 검출용 표준화 유전자로 선별하는 단계를 포함하며,
    상기 복제수 변이 검출용 표준화 유전자 중 하나이상은 복제수 변이를 검출할 대상 유전자와 동일한 염색체에 위치하는 것을 특징으로 하는 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 표준 유전자 선별 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 표준화 유전자 군은 18S, ACTB, ALDOA, ARHGDIA, AP3B1, B2M, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, HSPCB, IPO8, LDHA, NONO, PGK1, POLR2A, PPIA, RPL11, RPL19, RPL32, PLP0, RPS18, RPS27A, ElF2C1, SFRS9, TBP, TFRC, UBC, YWHAZ, RNaseP, TERT, LINE-1, MTHFR, RPPH1, HBB, TUBB, 및 PPIH의 유전자 군인 것을 특징으로 하는 방법.
  3. 제1항에 있어서, 상기 대상 유전자는 c-Met, HER2, HER3, HER4, EGFR, KRAS, NRAS, ALK, RAC1, NTRK1~3, NOTCH1~3, HRAS, HOXA3, DDR2, FGF3, AXIN1, INHBA, RET, FGFR3, MAP2K2, EPHA5, c-Myc, ABL1, ACTN4, AKT1, AKT2, AKT3, APC, ARAF, ARID1A, ARID2, ATM, AXIN1, AXL, BAP1, BARD1, BCL2L11, NRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CDK4, CDKN2A, CDK4, CRKL, CREBBP, CTNNB, CUL3, ENO1, EP300, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1~4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, ODH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IL7R, JAK1~3, KDM6A, KEAP1, KIT, MDM2, MDM4, MLH1, MTOR, MSH2, NF1, NFE2L2, NRG1, NT5C2, PALB2, PBRM1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3R1, PIK3R2, POLD1, PTCH1, PTEN, RAC1, RAD51C, RAF1, RB1, RET, RHOA, ROS1, SETBP1, SETD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, STAT3, STK11, TP53, TSC1 및 VHL로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나의 유전자인 것을 특징으로 하는 방법.
  4. 제1항의 방법에 의해서 선별된 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 표준 유전자 세트.
  5. 제4항에 있어서, 상기 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트는 3 내지 6개의 유전자로 이루어진 것을 특징으로 하는 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트.
  6. 제4항에 있어서, 상기 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트는 하나이상의 하우스키핑 유전자(house keeping gene)을 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트.
  7. 제4항에 있어서, 상기 하우스키핑 유전자는 PRDX6, SULT1A1, BZRP, ATP5G3, CSTB, HNRPF, MAPK3, SNRPC, TGFB1, TCFL1, ALDH9A1, LDHA, PCBP1, KARS, MRPL23, G3BP, ADFP, STOML2, FUSIP1, PLXNB2, KLF6, GPAA1, DKC1, FAM32A, CCNL1, RBM23, TMOD3, TM4SF8, MGC10433, DNCL1, ILK, FLJ20643, MAGED1, ZDHHC4, ADIPOR1, UBA52, C2orf25, RNPEPL1, GNB2L1, CREG1, CNAP1, FBXO7, RAB8A, JTB, RGS19IP1, GPR172A, ATP6AP1, SFRS6, ANAPC5, NOSIP, ATP6V0B, DKFZP566E144, NDUFV1, CALU, FIBP, PNRC2, RYBP, HIG1, RPS20, UQCR, WDR6, TMEM4, DDX42, CANT1, CYR61, FLJ13868, MGC52000, C14orf120, NIFIE14, NME4, C2orf28, SEC11L1, ABCF1, UBQLN1, NDFIP1, CGI-128, DCXR, COPE, RAN, BMS1L, SPCS1, UBE2R2, IDH1, TMPO, UMP-CMPK, ABCE1, TUFM, SNX3, BC-2, WDR39, KIAA1033, SRPRB, BECN1, ADAR, NUP133, NSFL1C, MGC5508, NOLA3, FLJ10349, C10orf9, POLR2G, SLC7A1, TGOLN2, C16orf33, COPS6, RAB7, HSPC009, E2-230K, KIAA0431, FLJ11730, MGC4767, FUCA2, FLJ12892, PPM1G, LGMN, C20orf44, MRPL15, MAF1, P29, KNS2, CDK5RAP3, HRMT1L2, LOC127262, IGF1R, TIMM17A, DENR, UBE3A, CYBASC3, KIAA0664, LOC92912, FARSLA, SAFB, POLR2E, TRAPPC1, FBLN1, RGS5, NET1, SLC29A1, MTVR1, PFKP, FOXJ3, MGC14156, MAN2C1, GSTZ1, TM4SF7, NOLA2, SAT, APRT, GBL, CLSTN1, MGC2963, HSPC182, TRAP1, PMVK, CKAP1, C20orf14, DKFZP564J0123, CDCA4, TAX1BP1, BLOC1S2, TEGT, MARK3, PPP1R7, HSPH1, STRA13, DPP7, Cab45, MTPN, POLR2I, NDUFA4, HIP2, TEBP, HSPBP1, FAM50A, CD81, MAT2B, RY1, EIF3S7, MRPL51, CTNNAL1, SMC4L1, HSDL2, PTPN12, DDX27, RNF40, BPY2IP1, C22orf16, SFRS1, HEXB, RNF126, UNR, SQLE, MRPS7, CSNK2B, APEX1, GNAI3, SFRS2, ETFB, FVT1, TMP21, DVL1, YWHAQ, GJA1, OAZ2, SSR2, GDI1, TIMM13, MARCKSL1, TSN, FASTK, ILF2, TFAM, ARFIP2, DAP, NDUFA9, BRD2, ARL6IP, IRF3, TUBA1, PSME1, QDPR, ADSL, COPB2, C20orf111, C12orf8, MBTPS1, RNP24, DAG1, ECHS1, UBL4, ZDHHC16, GPX1, GANAB, PSMB6, GNAI2, CDK10, PLP2, HMGN3, USP9X, CSK, SF3A3, HLA-B, DKFZp761I2123, PSMD8, UROD, PGK1, ILVBL, DBI, ADH5, DHPS, PPP1CC, RCN2, CCNG1, NCL, QARS, SMARCD1, PSMC5, POLR2C, RPA2, C20orf149, RPL37, SYPL, ATP5G1, NFKBIA, SUMO1, RAD21, SEC24C, CSNK2A2, GSS, MGC21416, PSMB3, PPP1R11, DAD1, CCT6A, AMPD2, FASN, AAMP, PRDX4, STX4A, SNRPB, DHFR, NDUFA5, GABARAP, FLJ12442, ZFP36L1, ERBP, DERPC, FADD, MSN, PSMB4, TKT, EPHX1, UBTF, SKIV2L, PGRMC1, HSPA4, ADRM1, NDUFS8, KHSRP, MLLT6, ERP70, LOC54499, CDK4, COX11, FLJ21128, HNRPA0, SH3GL1, RCN1, FUBP3, ACTR1B, MCTS1, PSMA1, ARL6IP4, MGC5576, TIMP2, NPDC1, RALGDS, ATP6V0D1, ANAPC13, CCNB1IP1, FLJ31031, C7orf20, C3orf4, SH3BGRL, CSRP1, E2F4, APH-1A, RPS27L, PTD008, SH3BGRL3, C14orf2, SIAT7F, C6orf48, SF3B5, ESRRA, MRPS11, ITM2C, ARS2, SIVA, TOMM7, NUDT5, SSR1, CD9, TXNL1, RFC3, EXOSC7, GLS, PABPN1, ST5, BST2, FSCN1, PNPLA2, NME1, FUT8, p66alpha, GSDMDC1, ARF3, H2AFZ, UQCRC1, AP2S1, RPL3, DNAPTP6, NUP153, CDIPT, WIPI-2, SND1, ARPC1A, FBXL11, C10orf119, BBX, CCT8, EVL, GNAS, AEBP2, RAMP, NAPA, DHX38, EAP30, MAMDC2, RAB5C, CTSC, SEPT11, WDR1, CINP, EIF4A1, TRIO, DDX23, CROP, TM9SF2, BNIP3L, PRNPIP, 132513 HSD17B12, TPM1, SLC35E1, PSMD13, CEBPZ, UREB1, RALY, NCOR2, ARHGAP1, MAEA, M6PRBP1, HP1-BP74, DDX49, DRPLA, S100A10, EBSP, MGC3234, EEF1G, VTI1B, MUF1, ZNF313, SCAMP4, PLEKHM2, MAP2K1, UBL3, TPM3, HERPUD1, QP-C, SPIN, CUL1, PCNA, RBAF600, CCM2, ARF4, PTPRG, RHOBTB1, FBXO31, RPS6KA1, PEX14, BIRC6, BC002942, SUI1, TXNDC5, OXA1L, KIAA0992, GMFB, U5-116KD, p44S10, RPS28, TXNDC4, SLC35B1, ZFPL1, HNRPUL1, NFE2L2, KIAA0676, PSMC6, RPS29, KIAA1536, MRPS34, PTD004, H2AFV, HAGH, PRPF4B, AMD1, RAF1, ARHGDIA, FBXO21, THRAP2, CDC37, PDHB, HBP1, CHD4, PACSIN2, MOCS2, UBE2J1, PICALM, VAPA, CTNND1, PHF1, HNRPU, SEC13L1, SFRS5, SRP54, TRPC4AP, METTL3, DIABLO, CNN2, UQCRFS1, NFIC, CNOT7, CFL1, SKP1A, PTBP1, BRP44L, COL1A1, NYREN18, NOC4, DPYSL2, FKBP8, NDUFS2, LOC401152, CKB, EDF1, IFITM2, AK1, YT521, ATP5E, PARP1, RPL8, MBD3, FLOT1, CFL2, MRPS16, HSPA8, H3F3B, 384D8-2, PRDX1, CXXC1, DUSP3, MED4, HMGN2, HLA-A, PRPF8, TMEM9, NHP2L1, C22orf5, SLC35B2, EIF4G2, ADD1, RANGAP1, DCTD, PPP1CA, C20orf24, PMPCB, HSPA9B, ELAVL1, GNB2, SPG7, MALAT1, RPS15A, BRD4, SDFR1, SLC20A1, PAFAH1B2, PLEKHA5, RBM6, NUDT3, PTK9, CXXC5, SMURF1, NDUFAB1, CCT2, GSTO1, MRCL3, RAP1A, COPS4, HSPC142, STRN4, TTC17, SEPT7, DHX9, UBE2J2, CDC2L1, TRA1, EIF3S8, RAI17, BIN1, TUBB6, TCEAL4, ZNF265, FLNA, C17orf27, SSFA2, PKM2, RANBP2, HAX1, HDAC7A, SCAMP3, SDCBP, ch-TOG, WDR45L, GLG1, GK001, VDAC1, HNRPH1, SMN2, KIAA0261, SGTA, AHSA1, MEP50, MRPL3, CTTN, MGC71993, CTBP1, STMN1, ELMO2, KIAA0141, DNM2, PSMC4, NDUFS7, TXNDC7, CIZ1, NUCKS, PSMB7, KIAA0460, SUPT16H, FBXO9, FOXO3A, SLC38A2, DAZAP1, DDX21, SDC1, RDH11, H1F0, YWHAH, ATAD3A, TOMM70A, PTP4A1, PC4, PITPNC1, HSPC023, KIAA0174, PDCD4, NFYC, CDC2L5, PSMA7, MAPKAPK3, SMARCC2, MGC20781, XTP3TPA, SCYL1, MGC2731, ATPIF1, POLDIP2, ARIH2, GNPTG, DERL1, SERPINH1, SPG21, DGKI, ASCC3L1, ATP5J, CPNE1, FBXO11, RHOA, FBS1, HSPD1, MPST, TAF9, DLGAP4, ARL10C, SUPT6H, PSMC3, HSBP1, LOC51234, PSMA4, MVD, TTC15, DKFZp566C0424, PAPOLA, STOM, BAT1, VPS24, PFKL, XRN2, BTG1, CRI1, MGC13170, NUBP2, PLD3, SAV1, SH3BP5, DNPEP, FEZ2, C10orf86, PALM2-AKAP2, PIP5K2B, FLJ10326, ITGA3, KIAA1185, GPS1, C13orf12, GLO1, MATR3, MAK3, PTPRA, GNAQ, MTCH2, ACTN4, SUCLG1, LASS5, ZNF410, ATP5C1, NOB1P, PTPRF, TDE1, ATP6V1D, SEC23A, TMEM14B, TFE3, C15orf15, CARS, S100A6, SEPP1, PCNP, NUP93, MGLL, C11orf2, ARHGEF1, MEA, PDAP1, C9orf78, GNPDA1, SNX17, CD59, SLC39A7, C17orf25, TACC1, PCMT1, POLD1, PX19, DREV1, SEPX1, TPR, MRPL4, TUBG1, SUMF2, DDX5, COMMD9, YWHAB, TMED9, SBF1, PRKAR1A, SNRPB2, CALM1, SPCS2, RNPC2, RBM9, C14orf124, BNIP2, RHEB, APG4B, IDI1, UBQLN4, ANKRD25, HMOX2, MRPS24, PDXK, MAX, LASS2, ARF1, MYO1C, KPNA4, PFDN5, HSCARG, C6orf68, COTL1, DCTN2, CYC1, GBF1, SLC25A3, DDB1, ARID1B, EIF4E2, EIF4B, LARP, ZMYND11, 292457, G22P1, CCNH, PTDSS1, FLJ12666, ATP6V1B2, TIMP3, CKLFSF3, ATP5A1, DUSP6, FBL, GDI2, RPL39, RCP9, TPM2, 300816 RAB1B, GALNT2, RBM3, Ufc1, MRPS6, UBE2I, G3BP2, DSTN, CST3, MAGEF1, RANBP9, ZA20D3, IBTK, ITPK1, NUP188, GRP58, SFRS7, C6orf153, RNF11, STARD3NL, C14orf159, TOMM40, RAB1A, MRPS35, CMAS, DDX39, RPS27A, ADAM15, TXNDC11, BAZ2A, EIF3S12, IFRD2, GC20, NASP, MGC4549, RAB11A, APG9L1, FLJ20758, NDUFB2, VKORC1, EHD2, MORF4L2, CORO1C, SCC-112, EEF1D, HSPC152, PSMA2, MRPL13, K-ALPHA-1, TRAF7, GNS, RBPMS, BMSC-UbP, LASP1, PPP2R5E, ANKRD11, SEPT2, KIAA1102, FDPS, STIP1, TXNRD1, COPB, COX7A2L, GRINA, EI24, KCMF1, EBNA1BP2, DR1, SCARB2, ZMAT2, CASC3, IRF2BP2, C9orf10OS, SLC25A6, FLJ10241, LOC51035, TM4SF1, PAQR4, COX6C, STCH, GHITM, PSMB1, POR, TNIP1, MGC23909, RNPS1, FLJ20507, MGC5306, DKFZp586M1819, MARS, VDAC2, SFPQ, BZW1, MAP1LC3B, FLJ10350, UBB, SDHD, HMGN1, PPIA, RPS2, RPL28, LOC149603, MGC2747, PHF6, RPLP1, SNRPD3, NUTF2, SNX6, PSMC1, MAN2B1, SOX4, SEP15, U2AF1, LRPPRC, CCT7, PYGB, DYRK1A, PPP2R5C, SRPR, LOC51337, EXT2, PDLIM1, LEREPO4, MGC40157, TRIP12, RAB2, SELT, DNCLI2, PSMD14, DKFZP434B168, MLL5, CPSF6, GAK, COPS2, FLJ20551, DAZAP2, MGC2749, RAP1B, SEC31L1, APLP2, BCCIP, FNTA, COMT, CAP1, XPO1, CDKN1A, RPN2, PRO1855, TAPBP, EIF3S9, CARM1, RAB14, DKFZP547E1010, ATP1A1, C9orf10, SMAP-5, CUL3, SPTAN1, KBTBD2, ARL1, NDRG1, TGIF, HM13, HNRPR, CAMTA2, VGLL4, ASXL1, SIAT4A, CKS1B, EWSR1, MORF4L1, RPL17, TPT1, IFITM3, PRPF4, TLN1, CD24, RNF31, BTN3A2, GUK1, LYRIC, RPS5, HBS1L, eIF2A, PCGF4, DDX3X, RPL38, SUMO2, HLA-E, KIAA0146, PPIF, RPL21, RPS14, CBX3, 381219, GLTP, MRPS2, NCOA3, ANP32E, UBE2B, ANXA7, CHERP, USP7, FAU, PABPC1, RXRB, ATP6V1G1, RPL11, XRCC5, YY1, C19orf22, MCM3APAS, ATP6V0C, PINK1, DDX48, TCEAL8, CHCHD2, GSTK1, ACTR2, PTK2, PAIP2, NIP30, SLC9A3R1, RPS16, AKAP8L, RPL30, RBM10, COX5A, RPL10, STK24, EIF3S1, GARS, SFRS3, OGT, LOC284058, EIF3S6, MRPS21, LOC339229, NDUFA11, UBE2M, ZA20D2, SF3A1, RPL23, SF3B2, ATP5B, LOC389541, HMG20B, PGR1, RPS10, RPS15, RAB18, SLC35A4, C19orf13, PKP4, MIF, RPL36, RPS6, TXNL5, NDUFS6, KAB, FLJ10769, CHES1, SVIL, GOLPH3, ATP5O, SSR4, AGPAT1, PHPT1, IDH3G, HAN11, RPL13, AUP1, EIF4EBP1, MAPK6, EFHA1, ANXA6, ESRRBL1, AIP, KLHDC3, C10orf7, WBSCR22, C21orf33, SCOTIN, KIAA1049, TNPO2, TRIM50A, S100A11, DERP6, CTSL, VPS28, MRPL24, MRPL11, BUB3, ATP5D, PARK7, COL6A2, H2AFY, RPL7, CCT4, ZNF511, RDBP, TTC11, SERF2, LSM5, UBE2L6, C10orf104, DKFZp564J157, ITGB1, SEPN1, RTN4, PITPNA, MGC23908, GNB1, IQGAP1, CS, ARF5, CLNS1A, GNG12, C6orf55, FOXP1, MAP4K4, COX6B1, MAPK1, PPP5C, NFKB1, PRDX2, EML4, ESD, SLC39A9, CAPZB, RPL4, NR1H2, PLSCR3, CDK2AP1, NPC2, ARD1, BCKDHA, SRRM2, 433345, COX4I1, ACTR3, RPS11, DNAJC8, Bles03, TUBB2, RPL37A, KIAA1967, CLK1, EIF4G1, BANF1, SHC1, PBP, COX8A, GPX4, HMGB1, HARS2, ANKHD1, ZNF638, PPIB, HMGB2, APP, TBC1D22A, KIAA1608, KIF1C, TXN, LBR, ZFR, UBXD1, ACTL6A, PPP3CA, ZNF395, WAC, GCSH, THAP4, API5, TNRC15, LYPLA1, PHF10, ATAD1, CDK5RAP1, MTHFD1, TUBA6, BAT2, ZNF289, EMP1, IDH3B, ALDH2, ARMET, DBNL, CD74, POLR2F, CLU, SET, VBP1, SUPT5H, CYCS, ANXA2, ACADVL, GRINL1A, MGAT4B, GBAS, PIGT, PP, RPLP2, XBP1, C11orf10, C14orf32, UNC84A, GPS2, RPS19, TALDO1, MCM7, TBL1XR1, CUTL1, RBM5, SUPT4H1, FLJ22875, 439552, HBXIP, RFP, CLIC4, DDX1, PSMD7, TTYH3, SEPT9, RAD23A, CAST, POLR2L, C20orf22, IRS2, RNF10, GBA2, PSMD11, NPEPPS, SOD1, DKFZp761C169, GRB2, CTDSP1, SDHC, VMP1, CRR9, AZI2, CGGBP1, CRSP6, C2orf4, METAP2, NS5ATP13TP2, LGALS1, VPS29, SKIIP, RIOK3, CD63, DC2, KHDRBS1, GTF3A, WSB1, WTAP, CAPZA2, LDHB, PSMA6, PXN, FTH1, CD47, OAZ1, YIF1, ITM2B, TMSB10, RPS13, HNRPL, RPS4X, ARAF, EIF3S6IP, ST13, PGAM1, VPS35, RPLP0, NGFRAP1, RPL27A, HNRPC, HNRPK, USF2, IL6ST, PKD1-like, FLJ10597, DC12, TSPYL1, IFITM1, C19orf27, ANP32A, OAZIN, BTBD1, FLJ23790, AKAP13, MPG, CLCN7, PTMA, LITAF, SH3GLB2, ALS4, GGA2, XPO6, ATXN2L, LOC124446, CNOT1, GOT2, APPBP1, G6PD, CYB5-M, CFDP1, GABARAPL2, HSPC176, PCOLN3, CRK, RPA1, UBE2G1, RIP, UBE2S, TTC19, USP22, PIGS, PPARBP, IGFBP4, SMARCE1, FKBP10, RERE, STAT3, CDC27, AKAP1, BCAS3, C1orf33, PGD, ACOX1, SYNGR2, P4HB, AGTRAP, MRLC2, PPP4R1, TNFSF5IP1, P15RS, NARS, EFHD2, TXNL4A, MIDN, BTBD2, MAP2K2, C19orf10, HNRPM, PIN1, SDHB, PKN1, TPM4, NR2F6, GPI, SIRT2, LTBP4, SNRPA, EIF4G3, SNRP70, PPP2R1A, LENG4, RPS9, TRIM28, CDC42, HPCAL1, ODC1, LAPTM4A, PUM2, RAB10, PPP1CB, PIGF, CALM2, AFTIPHILIN, DGUOK, DKFZP564D0478, STARD7, RALB, YWHAZ, FLJ14346, SFRS4, YWHAE, ARL5, 470417, PTP4A2, EIF2S2, KPNA6, STAT1, SF3B1, NOP5/NOP58, NDUFS1, PSMB2, ACSL3, CAB39, MGC4796, M11S1, HDLBP, DTYMK, FKBP1A, C20orf116, PRNP, C20orf30, UBE2D3, CGI-94, SYNCRIP, MKKS, NDUFS5, RRBP1, C20orf3, MACF1, AKIP, SDBCAG84, BLCAP, TOP1, TPD52L2, NSEP1, GART, SLC2A1, RTN3, OTUB1, SUMO3, PTTG1IP, COL6A1, B4GALT2, UFD1L, AKR1A1, HSPC117, MYH9, CSNK1E, RUTBC3, SLC25A17, RBX1, ACO2, ATXN10, LRRFIP2, FLJ22405, LOC55831, RAB5A, TOP2B, SIMP, CTNNB1, TLP19, SMARCC1, IHPK2, IMPDH2, ALAS1, SCP2, FLNB, MRPL37, DKFZP564O123, DULLARD, ATP1B3, GYG, MBNL1, PA2G4, EIF4A2, FBXL5, LAP3, SLC30A9, SFRS11, GAPD, BCAR1, POLR2B, HNRPD, PDLIM5, SCYE1, ANXA5, UQCRH, MYO10, KAT3, RPL26, SLC30A5, TINP1, KIAA0372, PJA2, C5orf13, HINT1, PPP2CA, CNN3, JMJD1B, FBXW11, ATP6V0E, ETEA, DDX41, RNF130, CPM, DEK, RPL35, SORT1, PSMA5, MTCH1, AHCYL1, DST, BCLAF1, VIL2, TCP1, BZW2, HNRPA2B1, KIAA1068, OGDH, DKFZP564K0822, FLJ10099, BAZ1B, ASNS, ARPC1B, CPSF4, SYAP1, PBEF1, CALD1, SSBP1, ZYX, DNAJB6, CHR2SYT, MTX1, ELP3, LMNA, PPP2CB, CCT3, VDAC3, UBE2V2, TCEA1, TRAM1, WDR42A, LAPTM4B, EDD, EIF3S3, CGI-07, AK3L1, WDR40A, ANXA1, LAMP1, NINJ1, ANP32B, XTP2, PFN1, CDW92, FBXW2, NDUFA8, KIAA0515, PMPCA, CD99, MGC4825, ATP6AP2, PCTK1, DKFZp761A052, 496271, ATF4, IL13RA1, LAMP2, IVNS1ABP, WARS, C1orf48, ENAH, FH, ADSS, PNAS-4, KIAA0217, RBM17, DHCR24, YME1L1, GGA1, TIMM23, C10orf74, HNRPH3, VPS26, SARA1, PPP3CB, VCL, ENTPD6, GLUD1, IDE, SMBP, ZNF207, MGEA5, CUEDC2, ADD3, MXI1, TIAL1, BSG, CIRBP, PLEKHJ1, UROS, NCLN, IER2, NAP1L4, STIM1, C11orf15, USP47, MLSTD2, CAT, CD44, DGKZ, NDUFS3, C11orf31, RHOC, PRP19, FADS2, SLC3A2, MTCBP-1, PRDX5, SF1, ARL2, CAPN1, MAP3K11, RHOB, ZFP36L2, RAB6A, PME-1, HSPC148, PORIMIN, MGC2714, DARS, ITM1, RPS27, PTMS, REA, MYL9, DDX47, STRAP, KRAS2, PSMD4, C12orf10, COPZ1, CIP29, MYL6, PBXIP1, CGI-51, RARS, NUDT4, ATP2A2, DDX54, KIAA0152, FLJ12750, MGC9850, PFAAP5, PGRMC2, TGFB1I4, FNDC3A, FLJ10154, KIAA1181, FKBP3, KLHDC2, KTN1, RGL2, HSPCB, ERH, NUMB, ENSA, DDX24, MCP, FLJ10579, DKFZP564G2022, SNAP23, SRP9, TCF12, 511862, CBX6, ARPC3, SURF4, RPS17, MIR16, PRKCSH, KIAA1160, 512676, FLJ20859, THAP7, AP3D1, CD151, H63, ARPP-19, C15orf12, REC14, RANBP5, TMED3, MESDC1, RPL9, IDH2, NEUGRIN, FURIN, MRPL28, RHOT2, C16orf34, NDUFB10, NFATC2IP, MVP, ALDOA, BCKDK, FUS, ARL2BP, DPH2L1, FLII, MAP2K3, SDF2, FLOT2, JUP, RPL27, MGC4251, CGI-69, GRN, FLJ13855, PHB, SF3B3, WBP2, LGALS3BP, ACTG1, HGS, AP2B1, ATP5F1, NDP52, CAPZA1, C19orf6, STK11, GNA13, AES, EEF2, CLPP, MGC2803, CALR, GADD45GIP1, DNAJB1, LSM4, RENT1, SFRS14, RPL22, CAPNS1, AKT2, EGLN2, DEDD2, SNRPD2, SYMPK, CALM3, SLC1A5, SAE1, KDELR1, RPL18, NUCB1, PTOV1, LOC284361, PRPF31, PPP1R12C, GPSN2, BLVRB, RUVBL2, HADHB, YPEL5, TIA1, FLJ14668, TEX261, DCTN1, WBP1, MAT2A, FLJ20297, FLJ21919, HNRPA3, UBE2Q, NCKAP1, CHPF, ARHGEF2, STK25, TRIB3, CENPB, SLC35C2, CEBPB, C20orf43, ENO1, TAGLN2, PEA15, PEX19, IFNGR2, SON, F11R, ATP6V1E1, DEDD, COL18A1, DGCR2, PCQAP, ASCC2, EP300, PES1, MCM5, UNC84B, L3MBTL2, DIA1, PP2447, DKFZP564B167, C3orf10, MGC3222, 517821, CRTAP, DHX30, MAP4, APEH, TUSC2, ARL6IP5, TFG, SEC61A1, RPN1, ZNF9, COPG, H41, SERP1, SSR3, QSCN6, NDUFB5, AP2M1, PSMD2, GLUL, RPL31, PP784, ARPC5, OCIAD1, HMGA1, CCNI, MAPKAPK2, PELO, ERBB2IP, SFRS12, RPS25, SERPINB6, TMEM14C, TTC1, STK10, MGAT1, MARCKS, C6orf62, VARS2, HSPA1A, NEU1, C6orf82, SRF, ELOVL5, EIF2AK1, KDELR2, C6orf111, CD164, STX7, PERP, GTF2I, C7orf27, ACTB, SCRN1, YKT6, CTSB, WBSCR1, MDH2, HSPB1, YWHAG, ZNF655, FLJ22301, REPIN1, MGC8721, RAD23B, COBRA1, LY6E, SIAHBP1, NDUFB11, WDR13, DSIPI, CREB3, CLTA, NANS, GSN, HSPA5, EEF1A1, FBXW5, TMSB4X, EIF1AX, TIMP1, MAGED2, FLJ12525, PSMD10, BCAP31, IRAK1, EMD, NCOA4, EIF4EBP2, PSAP, DDIT4, SMP1, TRAPPC3, DDOST, NDUFB8, NOLC1, C1orf8, EIF3S10, PRDX3, HSPCA, SSRP1, TncRNA, POLD4, GSTP1, CCND1, INPPL1, AASDHPPT, DPAGT1, RNF26, RSU1, RAD52, FKBP4, ARHGAP21, MLF2, TPI1, PHC2, CBARA1, TUBA3, ATP5G2, RNF41, CTDSP2, RAB21, NAP1L1, PPIE, RAB35, RSN, SAP18, ZFP91, Ufm1, FLJ20277, ANKRD10, LRP10, C14orf119, ARF6, FLJ20580, RER1, PACS1L, C6orf49, PML, MDH1, HNRPDL, RPS23, AKAP9, ASAH1, OS-9, PKD1, DUT, HARS, NDUFS4, PITRM1, DDX17, SCAM-1, RPL6, GSPT1, UQCRC2, EIF3S4, SEPW1, NCK2, ANAPC7, ARPC2, AFAP, IFNAR1, UBE2G2, TLOC1, TFRC, RPL35A, VCP, BTF3, CSNK1A1, CANX, SQSTM1, SEC63, EIF3S2, LUC7L2, ANXA11, SSNA1, PDHA1, PIM3, PAI-RBP1, STXBP3, PMF1, RNH, MRPL16, FLJ20625, COPS7A, PRKAG1, LGALS3, PSMA3, SARS, CBWD1, BTBD14B, RANBP3, GAS5, DNCL2A, RAD1, RPL5, KIAA0663, GTL3, NMT1, KPNB1, HN1, MCL1, NDUFB7, HRIHFB2122, TUBB, SFRS10, LRPAP1, TOMM20, HSA9761, DDX46, NONO, PPP2R5D, VIM, TCEB1, WWP1, PPP1R8, LYPLA2, ATRX, H3F3A, RBM4, SRP14, STUB1, KRT8, TXNIP, EXOC7, ZNF258, HLA-C, NDUFA1, SEC22L1, B2M, CCND3, EIF5A, ITGB4BP, PPP4C, RPS7, SMARCB1, GRIM19, ANAPC11, C14orf166, TOMM22, MGC2941, PACS1, NDUFB9, CTSD, DNCI2, FDFT1, HNRPA1, RPL10A, PCBP2, RPS3, RPS12, RPS18, NET-5, SMAP, RPL13A, HSPC016, SSBP3, C9orf86, HTF9C, PGM3, C3F, NUP88, SREBF1, FLJ12953, MGC11257, FAM36A, C1QBP, HNRPAB, IDH3A, PSMC2, RBBP4, RBM8A, RIC8, PP1201, MRPS25, LONP, FBXL10, NDUFV2, PAICS, NPM1, ACP1, COX6A1, EEF1B2, EIF5, FKBP5, FTL, HSPE1, IK, LAMR1, NDUFB4, NME2, NUMA1, RAC1, RNU65, RPL15, RPL18A, RPL19, RPL23A, RPL34, RPS3A, RPS8, RPS24, RPS26, SCD, CSDA, EIF3S5, G10, RPL14, PDCD6IP, TXNL2, ATP5L, NUDC, COPS8, C18orf10, 8D6A, PSARL, C2orf33, ORMDL1, PDE4DIP, CD2BP2, C1orf43, ATP2C1 및 HCNGP로부터 이루어진 군에서 선택되는 것임을 특징으로 하는 복제수 변이 검출용 표준 유전자 세트.
  8. (a) 시료에서 복제수 변이 검출 대상 유전자 및 제4항의 표준 유전자 세트의 카피수를 측정하는 단계;
    (b) 표준 유전자 세트의 각 유전자의 카피수의 평균값을 산출하는 단계; 및
    (c) 복제수 변이 검출 대상 유전자의 카피수를 상기 (b) 단계에서 산출된 평균값으로 나누어 값을 산출하는 단계를 포함하며,
    상기 (c) 단계에서 산출된 값을 2와 비교하여 복제수 변이 여부를 판별하는 것을 특징으로 하는 복제수 변이 검출 대상 유전자의 복제수 변이 여부를 판별하는 방법.
  9. 제8항에 있어서, 상기 복제수 변이 검출 대상 유전자는 c-Met, HER2, HER3, HER4, EGFR, KRAS, NRAS, ALK, RAC1, NTRK1~3, NOTCH1~3, HRAS, HOXA3, DDR2, FGF3, AXIN1, INHBA, RET, FGFR3, MAP2K2, EPHA5, c-Myc, ABL1, ACTN4, AKT1, AKT2, AKT3, APC, ARAF, ARID1A, ARID2, ATM, AXIN1, AXL, BAP1, BARD1, BCL2L11, NRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CDK4, CDKN2A, CDK4, CRKL, CREBBP, CTNNB, CUL3, ENO1, EP300, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1~4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, ODH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IL7R, JAK1~3, KDM6A, KEAP1, KIT, MDM2, MDM4, MLH1, MTOR, MSH2, NF1, NFE2L2, NRG1, NT5C2, PALB2, PBRM1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3R1, PIK3R2, POLD1, PTCH1, PTEN, RAC1, RAD51C, RAF1, RB1, RET, RHOA, ROS1, SETBP1, SETD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, STAT3, STK11, TP53, TSC1 및 VHL로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나인 것을 특징으로 하는 방법.
  10. 제8항에 있어서, 상기 (b) 단계의 평균값은 산술 평균값인 것을 특징으로 하는 방법.
  11. 제8항에 있어서, 상기 복제수 변이 여부를 판별하는 것은 상기 (c) 단계의 산출값이 2보다 큰 경우에 복제수 변이가 있는 것으로 판별하고, 2 이하인 경우 복제수 변이가 없는 것으로 판별하는 것임을 특징으로 하는 방법.
  12. 제8항에 있어서, 상기 표준 유전자 세트는 복제수 변이 검출 대상 유전자와 동일한 염색체 내에 위치하는 유전자 및 동일하지 않은 염색체 내에 위치하는 유전자를 각각 포함하며,
    복제수 변이 검출 대상 유전자의 카피수를 동일한 염색체 내에 위치하는 유전자의 카피수로 나눈 값은 1.5 내지 2.5이며, 복제수 변이 검출 대상 유전자의 카피수를 동일하지 않은 염색체 내에 위치하는 유전자의 카피수로 나눈 값은 2보다 큰 경우 복제수 변이가 있는 것으로 판별하며, 2 이하인 경우 복제수 변이가 없는 것으로 판별하는 것임을 특징으로 하는 방법.
  13. ⅰ) 서열번호 7의 프라이머, 서열번호 8의 프라이머 및 서열 번호 1의 프로브로 이루어진 c-Met 검출용 폴리뉴클레오티드 세트;
    ii) 서열번호 9의 프라이머, 서열번호 10의 프라이머 및 서열번호 2의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 11의 프라이머, 서열번호 12의 프라이머 및 서열번호 3의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 13의 프라이머, 서열번호 14의 프라이머 및 서열번호 4의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 15의 프라이머, 서열번호 16의 프라이머 및 서열번호 5의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 17의 프라이머, 서열번호 18의 프라이머 및 서열번호 6의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트;로 이루어진 군에서 선택된 하나이상의 폴리뉴클레오티드 세트를 유효성분으로 포함하는 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 프라이머 및 프로브 세트 조성물.
  14. 제13항에 있어서, 상기 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출은 암의 예후 평가 또는 돌연변이 발생 위험도를 예측하기 위한 것임을 특징으로 하는 프라이머 및 프로브 세트 조성물.
  15. 제13항에 있어서, 상기 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출은 암의 표적 치료에 필요한 정보를 제공하기 위한 것임을 특징으로 하는 프라이머 및 프로브 세트 조성물.
  16. 제14항 또는 제15항에 있어서, 상기 암은 방광암, 유방암, 자궁경부암, 담관암종, 결장직장암, 대장암, 자궁내막암, 식도암, 위암, 두경부암, 신장암, 간암, 폐암, 비인두암, 난소암, 췌장암, 담낭암, 전립선암, 갑상선암, 골육종, 횡문근육종, 윤활막 육종, 카포시(Kaposi) 육종, 평활근육종, 악성 섬유성 조직구종, 섬유육종, 급성 골수성 백혈병, 성인 T 세포 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 림프종, 다발성 골수종, 교모세포종, 성상세포종, 흑색종, 중피종, 윌름 종양, 및 투명 세포 육종(CCS), 포상 연부 육종(ASPS) 및 전위-연관 신세포 암종을 포함하는 MiT 종양으로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상인 것을 특징으로 하는 프라이머 및 프로브 세트 조성물.
  17. 제13항에 있어서, 상기 프로브는 형광물질과 결합되어 있는 것을 특징으로 하는 프라이머 및 프로브 세트 조성물.
  18. 제17항에 있어서, 상기 형광물질은 VIC, HEX, FAM, EverGreen dye로 이루어진 군에서 선택된 하나이상인 것임을 특징으로 하는 프라이머 및 프로브 세트 조성물.
  19. 제13항에 따른 프라이머 및 프로브 세트 조성물을 유효성분으로 포함하는 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 키트.
  20. 제19항에 있어서, 상기 키트는 RUO (research use only) 또는 IVD (in vitro diagnostic) 키트인 것을 특징으로 하는 키트.
  21. ⅰ) 서열번호 7의 프라이머, 서열번호 8의 프라이머 및 서열 번호 1의 프로브로 이루어진 c-Met 검출용 폴리뉴클레오티드 세트;
    ii) 서열번호 9의 프라이머, 서열번호 10의 프라이머 및 서열번호 2의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 11의 프라이머, 서열번호 12의 프라이머 및 서열번호 3의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 13의 프라이머, 서열번호 14의 프라이머 및 서열번호 4의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 서열번호 15의 프라이머, 서열번호 16의 프라이머 및 서열번호 5의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트; 및 서열번호 17의 프라이머, 서열번호 18의 프라이머 및 서열번호 6의 프로브로 이루어진 폴리뉴클레오티드 세트;로 이루어진 군에서 선택된 하나이상의 폴리뉴클레오티드 세트를 유효성분으로 포함하는 c-Met 유전자 복제수 변이(Copy Number Variation, CNV) 검출용 키트.
  22. 제21항에 있어서, 상기 키트는 qPCR (quantitative PCR) 또는 digital PCR 방법에 사용되는 것임을 특징으로 하는 키트.
  23. 제21항에 있어서, 상기 키트는 혈액에서 분리된 cfDNA(cell-free DNA)를 주형으로 하는 것을 특징으로 하는 키트.
  24. 제21항에 있어서, 상기 키트는 FFPE (formalin fixed parafin embedded) 조직에서 분리된 DNA 또는 상기 조직 유래의 RNA로부터 역전사 반응에 의해 합성된 cDNA (complementary DNA)를 주형으로 하는 것을 특징으로 하는 키트.
  25. 제21항에 있어서, 상기 키트는 혈액에서 분리된 CTC (circulating tumor cell)에서 분리된 DNA 또는 상기 CTC 유래의 RNA로부터 역전사 반응에 의해 합성된 cDNA (complementary DNA)를 주형으로 하는 것을 특징으로 하는 키트.
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