KR20210097160A

KR20210097160A - 여포성 림프종의 치료 방법

Info

Publication number: KR20210097160A
Application number: KR1020217020004A
Authority: KR
Inventors: 스리람 발라수브라마니안
Original assignee: 얀센 바이오테크 인코포레이티드
Priority date: 2018-11-30
Filing date: 2019-11-26
Publication date: 2021-08-06
Also published as: JP2022513666A; MA54292A; CA3120960A1; WO2020112761A1; EP3886992A1; CN113164782A; AU2019388899A1; BR112021009978A2; MX2021006368A; PH12021551140A1; IL283365A; US20200171034A1; SG11202105309YA; EA202191509A1

Abstract

여포성 림프종(FL)의 치료 방법 및 이브루티닙에 의한 여포성 림프종의 치료에 대한 대상의 비반응성을 예측하기 위해 사용될 수 있는 유전자 돌연변이가 본 명세서에 제공된다.

Description

여포성 림프종의 치료 방법

관련 출원과의 상호 참조

본 출원은 2018년 11월 30일자로 출원된 미국 가특허 출원 제62/773,678호에 대한 우선권을 주장하며, 그의 개시내용은 전체적으로 본 명세서에 참고로 포함된다.

기술분야

여포성 림프종의 유전적 지형도는 복잡하다. BCL2 과발현을 유발하는 홀마크(hallmark) t(14;18) 전좌에 부가하여, 분자 유전적 연구는 또한 다수의 유전자에서 반복 체세포 돌연변이를 식별하였다. 그러한 돌연변이는 요법에 대한 대상의 반응성을 감소시킬 수 있다.

본 명세서에는, 이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 FL을 치료하는 단계를 포함하며, 여기서 대상은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는, 대상에서 여포성 림프종(FL)을 치료하는 방법이 제공된다.

AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내의 표 2에 한정된 바와 같은 돌연변이 중 하나 이상에 대해 대상으로부터의 샘플을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서 하나 이상의 유전자 내의 돌연변이 중 하나 이상은 이브루티닙에 대한 비반응성을 나타내는, 여포성 림프종을 갖는 대상에서 이브루티닙에 대한 비반응성의 가능성을 예측하는 방법이 또한 제공된다.

발명의 내용뿐만 아니라, 이에 뒤따르는 발명을 실시하기 위한 구체적인 내용은 첨부된 도면과 함께 읽을 때 더 이해된다. 개시된 방법을 예시하는 목적을 위해, 본 방법의 예시적인 실시 형태를 도면에 나타내지만, 본 방법은 개시된 특이적 실시 형태로 제한되지 않는다. 도면에서:
도 1은 반응자 데이터(N= 83)와 함께 DAWN 연구 환자에서의 돌연변이된 유전자의 수를 예시한다.
도 2는 DAWN 연구로부터 10% 초과의 샘플에서 돌연변이된 유전자(75개 유전자)의 히트맵을 예시한다.
도 3은 DAWN 연구로부터 순위화된 비반응자 유전자 돌연변이의 히트맵을 예시한다.
도 4는 교차-검증 연구에 기초하여 예측 반응자의 평균 ORR을 예시한다.
도 5는 DAWN 환자에서 ATP6AP1 유전자 내의 체세포 돌연변이의 예시적인 플롯이다.
도 6은 DAWN 환자에서 EP400 유전자 내의 체세포 돌연변이의 예시적인 플롯이다.
도 7은 DAWN 환자에서 ARID1A 유전자 내의 체세포 돌연변이의 예시적인 플롯이다.
도 8은 DAWN 환자에서 SOCS1 유전자 내의 체세포 돌연변이의 예시적인 플롯이다.
도 9는 DAWN 환자에서 TBL1XR1 유전자 내의 체세포 돌연변이의 예시적인 플롯이다.

본 개시된 방법은 본 명세서의 일부를 형성하는 첨부 도면과 관련하여 취해지는 하기 상세한 설명을 참조하여 더욱 용이하게 이해될 수 있다. 본 개시된 방법은 본 명세서에 기재되고/되거나 보여준 구체적인 방법으로 제한되지 않으며, 본 명세서에 사용된 용어는 특정 실시 형태를 단지 예로서 기술하기 위한 것이고 청구된 방법을 제한하려는 의도가 아님을 이해하여야 한다.

달리 구체적으로 명시되지 않는 한, 가능한 작용 기전 또는 방식 또는 개선 이유에 대한 임의의 설명은 단지 예시적인 것으로 의미되며, 개시된 방법은 임의의 그러한 제시된 작용 기전 또는 방식 또는 개선 이유의 정확함 또는 부정확함에 의해 구속되어서는 안 된다.

본 명세서에서 수치 값의 범위가 언급되거나 확립되는 경우, 범위는 그의 종점 및 범위 내의 모든 개별 정수 및 분수를 포함하며, 그들 종점 및 내부 정수 및 분수의 모든 가능한 다양한 조합에 의해 형성된 그 안의 더 좁은 범위 각각을 또한 포함하여, 그들 더 좁은 범위 각각이 명시적으로 언급된 것과 동일한 정도로 언급된 범위 이내의 값의 더 큰 군의 하위군을 형성한다. 범위를 한정할 때 언급된 특이적 값으로 본 방법의 범주를 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 모든 범위는 포괄적이며 조합가능하다.

값이 선행사 "약"의 사용에 의해 근사치로서 표현될 때, 특정 값은 다른 실시 형태를 형성한다는 것이 이해될 것이다. 문맥이 명확하게 달리 지시하지 않는 한, 특정 수치 값에 대한 언급은 적어도 이러한 특정 값을 포함한다.

명확함을 위해 별도의 실시 형태와 관련하여 본 명세서에 기재된 개시된 방법의 소정의 특징은 또한 단일 실시 형태로 조합되어 제공될 수 있다는 것이 인정되어야 한다. 역으로, 간결함을 위해 단일 실시 형태와 관련하여 기재된 개시된 방법의 다양한 특징은 또한 별도로 또는 임의의 하위조합으로 제공될 수 있다.

본 명세서에 사용되는 바와 같이, 단수형("a," "an" 및 "the")은 복수형을 포함한다.

상세한 설명의 태양과 관련된 다양한 용어가 본 명세서 및 청구범위 전체에 걸쳐 사용된다. 이러한 용어는 달리 지시되지 않으면 본 기술 분야에서의 그의 통상적인 의미로 주어져야 한다. 다른 구체적으로 정의된 용어는 본 명세서에 제공된 정의와 일치하는 방식으로 해석된다.

수치 범위, 컷오프(cutoff) 또는 특정 값과 관련하여 사용되는 용어 "약"은 언급된 값이 열거된 값의 최대 10%까지 달라질 수 있음을 나타내기 위해 사용된다. 따라서, 용어 "약"은 특정된 값으로부터 ± 10% 이하의 변동, ± 5% 이하의 변동, ± 1% 이하의 변동, ± 0.5% 이하의 변동 또는 ± 0.1% 이하의 변동을 포함하기 위해 사용된다.

용어 "포함하는"은 용어 "본질적으로 이루어진" 및 "이루어진"에 의해 망라되는 예를 포함하는 것으로 의도되며; 유사하게, 용어 "~로 본질적으로 이루어진"은 용어 "~로 이루어진"에 의해 망라되는 예를 포함하고자 의도된다.

미국 및 다른 국가에서 몇몇 B-세포 악성종양에 대해 승인된 혁신 신약, 브루톤 티로신 키나제(BTK: Bruton's tyrosine kinase)의 경구 공유결합 억제제인 이브루티닙은 악성 B 세포의 접착, 증식, 귀소(homing), 및 생존에 본질적인 신호전달 경로를 방해한다.

"치료하다", "치료", 및 유사한 용어는 증상의 중증도 및/또는 빈도를 감소시키는 것, 증상 및/또는 증상의 기저 원인을 제거하는 것, 증상 및/또는 이들의 기저 원인의 빈도 또는 가능성을 감소시키는 것, 및 여포성 림프종에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 야기된 손상을 개선하거나 교정하는 것을 포함한다. 치료는 투여된 제제(이브루티닙)에 대한 완전 반응 및 부분 반응을 포함한다. "치료"는 또한 치료를 받지 않는 대상의 예상되는 생존에 비교하여 생존을 연장하는 것을 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바와 같이, 어구 "치료적 유효량"은 본 명세서에 개시되거나, 기재되거나, 예시된 생물학적 결과 또는 치료적 결과와 같지만 이로 제한되지 않는 특정 생물학적 결과 또는 치료적 결과를 달성하기에 효과적인, 본 명세서에 기재된 바와 같은 이브루티닙의 양을 지칭한다. 치료적 유효량은 개체의 질환 상태, 연령, 성별, 및 체중, 및 조성물이 대상에서 원하는 반응을 야기하는 능력과 같은 인자들에 따라 변동될 수 있다. 치료적 유효량의 예시적인 지표는, 예를 들어, 환자의 개선된 웰빙(well-being), 종양 부하(tumor burden)의 감소, 여포성 림프종의 정지되거나 지연된 성장, 및/또는 체내의 다른 위치로의 여포성 림프종 세포의 전이의 부재를 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어 "대상"은 인간을 의미하는 것으로 의도된다. 본 명세서에서 "환자" 및 "대상"은 상호교환적으로 사용된다.

하기 약어가 본 명세서에서 사용된다: 브루톤 티로신 키나제(BTK); 재발성 또는 불응성(R/R); 전체 반응률(ORR); 전체 생존(OS); 여포성 림프종(FL); 완전 반응(CR); 및 부분 반응(PR).

여포성 림프종의 치료 방법 및 용도

본 명세서에는, 이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하며, 여기서 대상은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는, 대상에서 FL을 치료하는 방법이 제공된다.

본 명세서에 개시된 바와 같이, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1 중 하나 이상 내의 표 2에 제공된 돌연변이는 이브루티닙 치료에 대한 비반응성과 관련된다. 따라서, 본 방법은 이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하며, 여기서 대상은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는다. 본 방법은 표 2에 제공된 바와 같은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1 및 이들의 다양한 조합 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16개, 또는 17개 전부 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에 대해 수행될 수 있다.

여포성 림프종(FL)을 가지며 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에게 이브루티닙의 치료적 유효량을 투여함으로써 FL을 치료하는 단계를 포함하는, 대상에서 FL을 치료하는 방법이 또한 개시된다.

이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하는, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 FL을 치료하는 방법이 또한 제공된다.

이브루티닙의 치료적 유효량은 약 420 mg 내지 약 840 mg을 포함할 수 있다. 예를 들어, 이브루티닙의 치료적 유효량은 약 420 mg, 440 mg, 460 mg, 480 mg, 500 mg, 520 mg, 540 mg, 560 mg, 580 mg, 600 mg, 620 mg, 640 mg, 660 mg, 680 mg, 700 mg, 720 mg, 740 mg, 760 mg, 780 mg, 800 mg, 820 mg, 또는 840 mg을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이브루티닙의 치료적 유효량은 560 mg이다.

일부 실시 형태에서, FL은 재발성/불응성(R/R) FL이다.

치료에 적합한 대상은 투여 전에,

등급 1, 2, 또는 3a 비형질전환 FL의 진단을 받았거나;

2회 이상의 이전 요법 차수(prior line of therapy)로 치료 받았거나;

항-CD20 단클론 항체-함유 화학면역요법 계획을 이용한 마지막 이전 요법 차수에 대해 R/R이었거나; 또는

이들의 임의의 조합인 대상을 포함한다.

일부 실시 형태에서, 대상은 부분 반응을 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대상은 완전 반응을 가질 수 있다.

AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 여포성 림프종(FL)의 치료를 위한 의약의 제조에서의 이브루티닙의 용도가 추가로 제공된다.

AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 여포성 림프종(FL)의 치료에 사용하기 위한 이브루티닙이 또한 제공된다.

여포성 림프종을 갖는 대상에서 이브루티닙에 대한 비반응성의 가능성을 예측하는 방법

AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내의 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상으로부터의 샘플을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서 하나 이상의 유전자 내의 돌연변이는 이브루티닙에 대한 비반응성을 나타내는, 여포성 림프종을 갖는 대상에서 이브루티닙에 대한 비반응성의 가능성을 예측하는 방법이 제공된다.

본 명세서에 개시된 바와 같이, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1 중 하나 이상 내의 표 2에 제공된 돌연변이는 이브루티닙 치료에 대한 비반응성을 나타낸다. 표 2에 제공된 바와 같은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1 및 이들의 다양한 조합 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16개, 또는 17개 전부 내의 돌연변이는 이브루티닙 치료에 대한 비반응성을 나타낼 수 있다.

일부 실시 형태에서 본 방법은, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내의 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상으로부터의 샘플을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서 하나 이상의 유전자 내의 하나 이상의 돌연변이의 결여는 이브루티닙에 대한 반응성을 나타낸다.

일부 실시 형태에서, 여포성 림프종을 갖는 대상에서 이브루티닙에 대한 비반응성의 가능성을 예측하는 방법은 여포성 림프종의 후속 치료와 조합된다. 따라서, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내의 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상으로부터의 샘플을 분석하며, 여기서 하나 이상의 유전자 내의 하나 이상의 돌연변이는 이브루티닙에 대한 비반응성을 나타내는 단계, 및

대상이 하나 이상의 유전자 내에 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 경우에 이브루티닙의 치료적 유효량을 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하는, 대상에서 FL을 치료하는 방법이 제공된다.

대상으로부터의 적합한 샘플은 전혈 샘플 및 종양 생검 샘플을 포함하지만 이로 제한되지 않는 관심 유전자를 함유하는 임의의 생물학적 샘플을 포함한다.

실시예

하기 실시예는 본 명세서에 개시된 실시 형태들 중 일부를 추가로 설명하기 위해 제공된다. 실시예는 개시된 실시 형태를 예시하고자 하는 것으로서, 이를 한정하고자 하는 것은 아니다.

재발성/불응성 여포성 림프종(FL)에서 이브루티닙에 대한 반응에 대해 풍부화되는 유전자 시그니처의 식별

DAWN 연구(NCT01779791)는 재발성/불응성(R/R) 여포성 림프종(FL)을 갖는 환자에서 이브루티닙 단일요법의 효능 및 안전성을 평가하였다.

이브루티닙에 대한 전체 반응률(ORR: overall response rate)은 1차 종점을 충족시키지 않는 20.9%(95% 신뢰 구간[CI], 13.7 내지 29.7)였다. 그러나, 반응자는 장기간의 반응(중위 19.4 개월)을 경험하였다. DAWN 연구로부터의 샘플에 대해 유전적 조사를 수행하여, 이브루티닙에 반응하거나 반응하지 않을 FL 환자를 식별하기 위해 체세포 돌연변이가 사용될 수 있는지 여부를 결정하였다.

연구 설계 및 환자

DAWN 시험에 대한 상세한 방법론은 문헌[Gopal AK, et al. J Clin Oncol. 2018;36:2405-2412]에 공개되어 있다. 약술하면, DAWN은 2회 이상의 이전 요법 차수로 치료 받았고 항-CD20 단클론 항체-함유 화학면역요법 계획을 이용한 이들의 마지막 이전 요법 차수에 대해 R/R이었던 등급 1, 2, 또는 3a 비형질전환 FL의 진단을 갖는 연령 18세 이상의 환자에서의 이브루티닙(매일 1회 560 mg)의 다기관 단일-아암 2 상 연구였다. 일차 종점은 악성 림프종에 대한 국제 실무 그룹 개정 반응 기준(International Working Group Revised Response Criteria for Malignant Lymphoma)을 사용하여 독립적인 검토 위원회에 의해 평가된 전체 반응률(ORR = 완전 반응[CR] + 부분 반응[PR])이었다.

이브루티닙 치료 후 반응자 또는 비반응자로부터의 88개의 포르말린-고정 파라핀-포매 종양 샘플(미국 노스캐롤라이나주 벌링턴 소재의 LabCorp)에 대해 전체 엑솜 서열분석을 수행하였다. 다중 필터를 적용하여 잠재적인 생식세포계열 변이체를 배제하고, 암에 관여하는 것으로 알려진 1216개 유전자의 맞춤 패널을 추가의 분석에 사용하였다. 피셔 정확 검정(Fisher's exact test)을 사용하여 반응자 또는 비반응자에 풍부화된 변이체를 식별하였다. 변이체는 비동의성 단일 뉴클레오티드 다형성 기능 예측에 대한 데이터베이스(dbNSFP) 내의 메타-분석 지지 벡터 기계(metaSVM: meta-analytic support vector machine) 주석(Annotation)에 기초하여 "유해함"으로 표시되었다. 각각의 반복에서 반응자의 제거에 무거운 벌점을 부과하면서 환자 풀로부터 가장 많은 수의 비반응자의 제거를 가능하게 할 유전자를 선택한 탐욕 알고리즘(greedy algorithm)으로 순위화된 가변적인 수의 유전자로 분류기를 구축하였다. 이어서, DAWN 데이터세트 내에서 10-배 교차-검증으로 분류 결과를 먼저 평가하였다(문헌[Bartlett NL, et al. Blood. 2018;131:182-190] 참조).

샘플 수집 및 처리

전혈 샘플 및 종양 생검 샘플을 수집하고, 전혈 및 혈장 분획을 유전자 분석에 사용하였다.

각각 상이한 대상으로부터, FL을 가진 88 명의 대상의 FFPE 샘플로부터 엑솜 데이터가 생성되었다. 이들 대상 중 83 명을 이브루티닙 치료 후 "반응자"(CR + PR) 또는 "비반응자"(SD + PD)로 나타냈다.

엑솜 서열분석

Nimblegen 키트를 사용하여 전체-엑솜 데이터를 생성하였고, KAPA 작제 키트를 사용하여 서열분석 라이브러리를 제조하였다. 각각의 샘플에 대해 100× 커버리지의 목표를 갖는 Illumina HiSeq2500 플랫폼을 사용하여 서열분석을 수행하였다.

변이체 호출(Calling)/주석

총 88개의 FFPE FL 샘플은 수행된 완전 엑솜 서열분석을 가졌고, 먼저 LabCorp에 의해 분석되었다. (a) 체세포 대 생식세포계열 변이체가 데이터 내에 존재하는 정도 및 (b) 낮은 변이체 대립유전자 빈도(VAF) 변이체가 호출의 세트 내에 적절하게 나타내어졌는지 여부를 정성적으로 평가하기 위한 VAF 히스토그램을 생성함으로써 LabCorp 분석의 결과를 조사하였다. VAF = 0.5 및 VAF = 1.0 부근에서 큰 피크가 나타났으므로, 변이체의 대부분이 이형접합성 또는 동형접합성 생식세포계열 변이체일 가능성이 있는 것으로 추론되었으며; VAF 히스토그램의 하단부에서 매우 적은 변이체가 나타났으므로, 낮은 VAF 변이체에 대해 특이적으로 풍부화하기 위한 절차가 사용되어야 하는 것으로 결정되었다.

LabCorp 데이터에서 나타나는 잠재적인 문제에 대해 보정하기 위해, 원시(raw) FASTQ 서열 데이터 파일을 사용하여 DNAnexus 상에서 인-하우스(in-house) 엑솜 분석 파이프라인을 실행하였다. FastQC 1.0.0을 사용하여 품질을 평가하였고, BWA 소프트웨어 패키지 0.5.9 내의 BWA-MEM 알고리즘을 사용하여 hs37d5 게놈 구축물에 대해 서열을 정렬하였으며, GATK 3.5 엑솜 파이프라인으로 정렬을 재보정하였고, MuTect 1.1.7, SnpEff 4.2(GRCh37.75 데이터베이스를 사용함), 및 GEMINI 0.20.0(비-TCGA gnomAD 및 ExAC 기준을 사용하여 변형됨)으로 변이체에 주석을 표기하였다. 비동의성 코딩 변이체(R에서 _코딩="1" 및 임팩트!="동의성_ 변이체"로 한정됨)를 여과하여, 서열분석 아티팩트(artifact) 및 생식세포계열 변이체가 연관 분석(association analysis)에 포함될 가능성을 감소시켰다. 변이체는 (a) dbNSFP 내의 MetaSVM 주석에 기초하여 "유해함"으로 표시되고/되거나 (b) Bartlett CTEP 연구에 사용된 Personalis 암 패널에서 발견되는 유전자 내에 이들이 존재하는지 여부에 기초하여 "Personalis 유전자" 변이체로 표시되었다.

이러한 엑솜 서열분석 평가의 주요 목표는 체세포 돌연변이로부터 반응자/비반응자를 식별하는 것이었다. 이를 완수하기 위하여, "Personalis 유전자"만으로 분석을 실행하고, Bartlett CTEP 데이터세트(FL 데이터에 대한 Personalis ACE 확장암 패널(ExtendedCancer Panel)을 사용하여 생성된 데이터세트)에서 시험하였다. 더 제한된 데이터세트("Personalis 유전자") 및 완전 전체-엑솜 데이터세트 둘 모두에서, 유해한 것으로 추론된 유전자 변이체뿐만 아니라 모든 가능한 체세포 변이체에 대해 통계적 분석이 실행되었다. 유전자 돌연변이 상태를 사용하는 반응자/비반응자 비닝 및 탐욕 알고리즘(오분류 벌점이 있음)에 기초하는 비반응자 유전자 순위화를 이용하여 가변적인 유전자 수를 사용하는 다중 분류기를 개발하였다. 데이터세트 내에서 10-배 교차-검증으로 분류 결과를 먼저 평가하였고; 이어서, Bartlett CTEP FL 대상 연구에서의 예측 반응자 군의 전체 이브루티닙 반응률에 기초하여 분류기의 서브세트를 평가하였다.

변이체의 요약

88 명의 환자로부터의 파라핀-포매 종양 샘플로부터 엑솜 데이터를 생성하였다. 총 974,686개의 비동의성 변이체를 식별하였다. 잠재적인 오류 및 가능성 있는 생식세포계열 돌연변이를 여과한 후에 변이체의 수가 13,554개로 감소되었다. 반응 데이터는 17 명의 반응자 및 66 명의 비반응자를 포함하는 83 명의 환자에 대해 이용가능하였다.

여과된 변이체에 대한 최종 VAF 히스토그램은, LabCorp에 의한 원래 세트의 변이체 복귀(variant return)에서 관찰된 0.5 및 1.0에서의 피크의 유의한 감소를 나타냈으며, 이는 체세포 대 생식세포계열 변이체의 훨씬 더 높은 비를 나타낸다. 알려진 체세포 FL-관련 돌연변이인 EZH2-Y646 및 STAT6-D419에 대한 VAF 값은 0.4 미만으로 하락했으며, 이는 이러한 역치 미만이 아닌 변이체가 dbSNP 내에 있지만 COSMIC 내에는 없는 경우에 이들을 배제하는 것이 합리적일 것임을 나타낸다. dbSNP 비-COSMIC 세트 내의 변이체는 대체로 0.5 및 1.0 부근의 구역에 들어갔으며, 이는 이들 중 다수가 생식세포계열 돌연변이일 가능성이 있음을 나타낸다. 여과된 변이체의 최종 분포의 점검으로서, 데이터세트 내에서 발견되는 COSMIC("알려진 체세포") 변이체의 VAF 분포를 조사하였으며 유사한 분포를 갖는 것으로 발견되었다(그러나, 거의 전적으로 생식세포계열일 가능성이 있는 COSMIC에는 알려진 오염 변이체가 존재하며, 이는 0.5 주위의 작은 피크를 설명함에 유의). 각각의 샘플 내의 돌연변이된 유전자의 수는 100 미만 내지 500 초과로 변동되었고, 변동은 비반응자 NR 대상에 걸쳐 더 컸으며, 이는 더 큰 샘플 크기로 인한 것일 가능성이 있다.

전체 엑솜 서열분석으로부터 식별된 변이체 빈도의 전체 패턴이 도 2에 제공되어 있다. 이전에 FL에 연루된 것들 중 많은 것(예를 들어, CREBBP, BCL2, 및 KMT2D) 중 많은 것을 포함하는, 10% 초과의 환자에서 추정 돌연변이를 갖는 75개의 유전자가 있었다. 도 2의 좌측 패널은 각각의 유전자 내에 돌연변이를 갖는 개체의 백분율을 나타내는 반면에, 우측 패널은 반응자 데이터가 이용가능한 83 명의 환자에서의 이들 유전자 내의 돌연변이의 분포를 나타낸다.

반응자에 비해 비반응자로부터의 샘플의 수가 더 많음으로 인해, 단변량 분석은 주로 이브루티닙 반응자에서 유의하게 풍부화되었지만 수가 매우 적은 변이체, 예를 들어, FANCA, HISTH1B, ANXA6, 및 PARP10을 산출하였다(표 1). 흥미롭게, 종양 억제자인 BTG1 내의 변이체를 갖는 2 명의 환자는 또한 이브루티닙에 반응하였다. NBPF1, ATP6AP1, EP400, 및 CNOT1(이들 유전자 내의 돌연변이는 mTOR 및 JAK/STAT 경로를 포함하는 BTK를 우회하는 경로를 활성화시킬 수 있음)을 포함하는 소수의 비반응자 유전자가 단변량 분석에서 식별되었다.

[표 1]

교차-검증 분석

반응자를 한정한 유전자는 소수였으므로, 분류기 개발을 위해 더 많은 비반응자 환자에서 돌연변이된 유전자를 표적화하였다. 모든 비반응자가 포함될 때까지 각각의 반복에서 가장 많은 부가적 비반응자의 추론을 가능하게 한 유전자를 선택함으로써 유전자의 패널을 선택하고 순위화하였다. 선택된 패널로부터, ATP6AP1, EP400, ARID1A, SOCS1, TBL1XR1, CNOT1, 및 KDM2B 내의 변이체를 포함하는 17개의 분류기 모델을 개발하였다(도 3).

도 4에 실선("예측 반응자의 평균 ORR")에 의해 나타낸 예측 반응자의 평균 ORR은 17개의 상이한 반응자/비반응자 분류 모델에 대한 10-배 교차-검증에 기초하며, 이는 더 많은 유전자가 첨가됨에 따른 예측 ORR의 증가를 나타낸다. 도 3에 나타낸 바와 같이, 각각의 모델은 그것을 구축하기 위해 사용된 유전자의 수에 의해 한정되었으며, 유전자는 새로운 정보 함량이 감소하는 순서로 첨가된다. 도 4에서 점선("ORR")은 분류와 무관하게 전체 환자 코호트의 ORR을 나타낸다.

비반응자에서의 관심 유전자

상위 5개 순위의 유전자(ATP6AP1, EP400, ARID1A, SOCS1, 및 TBL1XR1)의 돌연변이 상태는 반응의 결여를 예측함에 있어서 가장 유익했다. 이들 유전자 내의 돌연변이는 전적으로 비반응자에서 발견되었고, 하기 기재된다.

ATP6AP1 - ATP6AP1 유전자에서 나타나는 돌연변이의 대부분은 ATP-신타제 S1 영역에서 발견되었다(도 5).

EP400 - 7 명의 비반응자 환자는 EP400 유전자 내에 체세포 돌연변이를 가졌고, 이들 환자 중 5 명은 metaSVM에 의해 "유해함"으로 표시된 돌연변이를 가졌다(도 6). EP400은 히스톤 아세틸라제 복합체 성분을 인코딩한다.

ARID1A - DAWN 데이터세트에서 추정 종양 억제자 ARID1A 내에 5개의 돌연변이가 발생하였으며, 이들 중 2개는 조기 종결 코돈의 형성을 야기하였다(도 7).

SOCS1 - DAWN 연구에서 관찰된 6개의 SOCS1 돌연변이의 대부분은 metaSVM에 의해 유해한 것으로 예측되었으며, SH2 도메인 내에 존재한다(도 8).

TBL1XR1 - TBLXR1 유전자 내의 5개의 추정 체세포 돌연변이 중 4개는 metaSVM에 의해 유해한 것으로 예측되었고; 나머지 변이체는 조기 종결 코돈의 획득을 나타낸다(도 9).

CARD11 - CARD11은 6 명의 환자에서 발견된 8개의 변이체를 함유하였다. 이러한 분석에서 CARD11이 상위 순위의 유전자는 아니었지만, CARD11 변이체 각각을 개별적으로 식별하였다. 여기에 적용된 여과 후에 2 명의 환자로부터 총 4개의 변이체가 남았으며(T117P, D230N, C351S, 및 S352P), 이들은 metaSVM에 의해 유해한 것으로 식별되지 않았지만, 유해할 수 있었다. 여과된 변이체 중에서, 1개는 0.05 미만의 변이체 대립유전자 빈도(VAF)를 가졌고(VAF = 0.04672897), 1개는 0.4 미만의 VAF 필터(VAF = 0.49371981)를 적용한 암에서의 체세포 돌연변이의 카탈로그(COSMIC: Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer)가 아닌 dbSNP 군 내에 있었으며, 다른 것들은 dbSNP에서 "생식세포계열 단독(germline only)"으로 표시되었고, 이는 CARD11에서의 경향 중 많은 것이 생식세포계열 변이체로 인한 것임을 제시한다.

체세포 돌연변이

반응자 및 비반응자에서 식별된 체세포 돌연변이가 표 2에 제공되어 있다.

[표 2]

결론

2 상 DAWN 시험으로부터의 환자에서 유전자의 돌연변이 분석은 이브루티닙 반응 및 R/R FL에서의 내성의 기전에 대한 이해를 산출하였다.

당업자는 다수의 변화 및 변형이 본 발명의 바람직한 실시 형태에 대해 이루어질 수 있으며, 그러한 변화 및 변형은 본 발명의 사상을 벗어나지 않고서 이루어질 수 있음을 인식할 것이다. 따라서, 첨부된 청구범위는 모든 그러한 동등한 변형을 본 발명의 사상 및 범주 내에 포함시키고자 한다.

이 문서에 인용되거나 기재된 각각의 특허, 특허 출원, 및 간행물의 개시내용은 전체적으로 본 명세서에 참고로 포함된다.

실시 형태

하기 목록의 실시 형태는 이전의 설명을 대신하거나 교체하기 보다는 보완하도록 의도된다.

실시 형태 1. AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 여포성 림프종(FL)의 치료를 위한 의약의 제조에서의 이브루티닙의 용도.

실시 형태 2. AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 여포성 림프종(FL)의 치료에 사용하기 위한 이브루티닙.

실시 형태 3. 이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하며, 여기서 대상은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는, 대상에서 FL을 치료하는 방법.

실시 형태 4. 이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하는, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 FL을 치료하는 방법.

실시 형태 5. 실시 형태 2 내지 실시 형태 4 중 어느 한 실시 형태에 있어서, 이브루티닙의 치료적 유효량이 약 420 mg 내지 약 840 mg을 포함하는 용도 또는 방법.

실시 형태 6. 실시 형태 5에 있어서, 이브루티닙의 치료적 유효량이 560 mg을 포함하는 용도 또는 방법.

실시 형태 7. 실시 형태 1 내지 실시 형태 6 중 어느 한 실시 형태에 있어서, FL이 재발성/불응성(R/R) FL인 용도 또는 방법.

실시 형태 8. 실시 형태 1 내지 실시 형태 7 중 어느 한 실시 형태에 있어서, 대상이 투여 전에 등급 1, 2, 또는 3a 비형질전환 FL의 진단을 받은 용도 또는 방법.

실시 형태 9. 실시 형태 8에 있어서, 대상이 투여 전에 2회 이상의 이전 요법 차수로 치료 받은 용도 또는 방법.

실시 형태 10. 실시 형태 9에 있어서, 대상이 투여 전에 항-CD20 단클론 항체-함유 화학면역요법 계획을 이용한 마지막 이전 요법 차수에 대해 R/R인 용도 또는 방법.

실시 형태 11. 실시 형태 1 내지 실시 형태 10 중 어느 한 실시 형태에 있어서, 대상이 부분 반응 또는 완전 반응을 갖는 용도 또는 방법.

실시 형태 12. AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내의 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상으로부터의 샘플을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서 하나 이상의 유전자 내의 하나 이상의 돌연변이는 이브루티닙에 대한 비반응성을 나타내는, 여포성 림프종을 갖는 대상에서 이브루티닙에 대한 비반응성의 가능성을 예측하는 방법.

실시 형태 13. 실시 형태 12에 있어서, 대상이 하나 이상의 유전자 내에 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 경우에 이브루티닙의 치료적 유효량을 투여함으로써 FL을 치료하는 단계를 추가로 포함하는 방법.

Claims

AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 여포성 림프종(FL)의 치료를 위한 의약의 제조에서의 이브루티닙의 용도.
AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 여포성 림프종(FL)의 치료에 사용하기 위한 이브루티닙.
이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하며, 여기서 대상은 AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는, 대상에서 FL을 치료하는 방법.
이브루티닙의 치료적 유효량을 대상에게 투여함으로써 여포성 림프종(FL)을 치료하는 단계를 포함하는, AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내에 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 대상에서 FL을 치료하는 방법.
제2항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 이브루티닙의 치료적 유효량이 약 420 mg 내지 약 840 mg을 포함하는 용도 또는 방법.
제5항에 있어서, 이브루티닙의 치료적 유효량이 560 mg을 포함하는 용도 또는 방법.
제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, FL이 재발성/불응성(R/R) FL인 용도 또는 방법.
제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 대상이 투여 전에 등급 1, 2, 또는 3a 비형질전환 FL의 진단을 받은 용도 또는 방법.
제8항에 있어서, 대상이 투여 전에 2회 이상의 이전 요법 차수(prior line of therapy)로 치료받은 용도 또는 방법.
제9항에 있어서, 대상이 투여 전에 항-CD20 단클론 항체-함유 화학면역요법 계획을 이용한 마지막 이전 요법 차수에 대해 R/R인 용도 또는 방법.
제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 대상이 부분 반응 또는 완전 반응을 갖는 용도 또는 방법.
AHNAK, ARID1A, ATP6AP1, BCL9L, CLTC, CNOT1, EP400, KDM2B, MYBBP1A, NACA, NBPF1, NBPF10, NCOA4, NEDD4L, PRDM16, SOCS1, 및 TBL1XR1로부터 선택된 하나 이상의 유전자 내의 표 2에 한정된 바와 같은 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상으로부터의 샘플을 분석하는 단계를 포함하며, 여기서 하나 이상의 유전자 내의 하나 이상의 돌연변이는 이브루티닙에 대한 비반응성을 나타내는, 여포성 림프종을 갖는 대상에서 이브루티닙에 대한 비반응성의 가능성을 예측하는 방법.
제12항에 있어서, 대상이 하나 이상의 유전자 내에 하나 이상의 돌연변이를 갖지 않는 경우에 이브루티닙의 치료적 유효량을 투여함으로써 FL을 치료하는 단계를 추가로 포함하는 방법.