KR20210052348A - Composition for Differential Diagnosis of Thyroid Follicular Neoplasm and Differential Diagnosis Method Using the Same - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물, 이를 포함하는 감별진단용 키트 및 이를 이용한 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법 등에 관한 것이다.The present invention relates to a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, a differential diagnosis kit including the same, and a method of providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumor using the same.
갑상선 여포암(follicular thyroid carcinoma, FTC)은 전체 갑상선암의 약 20% 정도를 차지하며 예후가 좋은 분화 갑상선암에 속한다. 갑상선 여포암은 갑상선암 중 대부분을 차지하는 갑상선 유두암(papillary thyroid carcinoma)과 비교하여 나이가 든 연령에 주로 나타나며, 갑상선 유두암이 주로 림프절을 통해 전이가 이루어지는 데 반해, 갑상선 여포암은 혈관을 통해 전이가 이루어진다는 차이점이 있다. 한편, 갑상선 유두암은 미세침흡인검사로 특징적인 핵의 형태를 관찰하여 비교적 쉽게 진단이 가능하지만, 갑상선 여포암은 수술 후 검체에서 피막 침범 여부에 따라 양성 종양인 여포선종(follicular adenoma, FA)과 구별되기 때문에 수술 전 미세침흡인검사 또는 중심부바늘생검에 의한 진단은 불가능하다.Follicular thyroid carcinoma (FTC) accounts for about 20% of all thyroid cancers and belongs to differentiated thyroid cancer with a good prognosis. Thyroid follicular cancer is mainly present at an older age compared to papillary thyroid carcinoma, which accounts for the majority of thyroid cancer, whereas thyroid follicular cancer metastases mainly through lymph nodes, thyroid follicular cancer metastases through blood vessels There is a difference. On the other hand, thyroid papillary cancer can be diagnosed relatively easily by observing the characteristic nucleus morphology with a fine needle aspiration test. However, thyroid follicular cancer is a benign tumor of follicular adenoma (FA) depending on whether the specimen has encapsulated after surgery. Because they are distinguished, it is impossible to diagnose by microneedle aspiration test or central needle biopsy before surgery.
따라서 현재 갑상선 여포암을 확진하기 위하여서는 수술을 통하여 갑상선 절제술을 시행한 후 조직을 채취하여 조직 내 병리를 확인하는 방법이 유일하다. 이처럼 수술을 포함하는 병리 검사는 우선 결절이 발견된 갑상선의 절반을 수술로 절제하여 조직 검사를 실시하고, 이후 갑상선 여포암으로 진단되면 예후가 좋은 초기 암을 제외하고는 다시 수술을 통해 나머지 절반을 다시 제거해내야 하기 때문에 매우 번거로운 방법이다. 따라서, 미세침흡인검사 또는 중심부바늘생검 시 수득되는 갑상선 조직 또는 혈액에서 갑상선 여포암과 여포선종을 구별하고 갑상선 여포암을 확진할 수 있는 바이오마커의 개발이 필요하다. 특히, 단백질 기반의 바이오마커를 개발하게 되면, 항체 등을 이용하여 해당 마커의 발현 수준을 측정하여 신속하게 진단에 필요한 정보를 도출할 수 있으며, 병리 검사를 위한 수술을 할 필요가 없다.Therefore, currently, the only method to confirm thyroid follicular cancer is to perform a thyroidectomy through surgery and then collect tissue to confirm the pathology within the tissue. In this pathology test including surgery, first half of the thyroid gland in which nodules were found is surgically resected and a biopsy is performed. Afterwards, if thyroid follicular cancer is diagnosed, except for the early cancer with a good prognosis, the other half through surgery is performed again. This is a very cumbersome method because it has to be removed again. Therefore, there is a need to develop a biomarker capable of distinguishing between thyroid follicular cancer and follicular adenoma and confirming thyroid follicular cancer in thyroid tissue or blood obtained during fine needle aspiration test or central needle biopsy. In particular, when a protein-based biomarker is developed, information necessary for diagnosis can be quickly derived by measuring the expression level of the corresponding marker using an antibody or the like, and there is no need to perform surgery for pathology examination.
갑상선 여포암의 바이오마커로 제안된 바 있는 BRAF, RET/PTC, RAS, PAX8/PPAR gamma, P53 등의 유전자들의 돌연변이 중 발생 비율이 비교적 높은 RAS 변이는 여포선종에서도 빈번히 발견되고, 이외는 그 발생 비율이 높지 않아 진단에 실제로 활용되지 못하고 있다. 또한 ELMO1, EMCN, ITIH5, KCNAB1, SLCO2A1 등 5개 유전자의 발현 수준이 여포선종 조직과 비교하여 갑상선 여포암 조직에서 감소한 것을 확인한 연구는 갑상선 여포암과 여포선종을 구별할 수 있는 마커로 개발될 가능성을 제시하였으나, 이는 조직으로부터 mRNA를 추출해 내는 과정을 거쳐야하는 등 마커로 활용하는데 제한이 많다. 갑상선암을 판별하는 단백질 마커들이 조직면역염색법(immunohistochemistry)으로 활용되고 있으나, 갑상선 여포암과 여포선종을 구분하는 데는 활용 가능성이 거의 없을 정도로 특이성이 낮다.Among the mutations of genes such as BRAF, RET/PTC, RAS, PAX8/PPAR gamma, and P53, which have been proposed as biomarkers of thyroid follicular cancer, RAS mutations, which have a relatively high incidence rate, are frequently found in follicular adenoma. Because the ratio is not high, it is not actually used for diagnosis. In addition, a study confirming that the expression levels of five genes, such as ELMO1, EMCN, ITIH5, KCNAB1, and SLCO2A1, decreased in thyroid follicular cancer tissue compared to follicular adenoma tissue, the possibility of being developed as a marker that can distinguish between thyroid follicular cancer and follicular adenoma. However, it has many limitations in its use as a marker, such as having to go through the process of extracting mRNA from tissues. Protein markers that discriminate thyroid cancer are being used as immunostaining methods (immunohistochemistry), but their specificity is so low that there is little possibility of using them to distinguish between thyroid follicular cancer and follicular adenoma.
이에 따라, 갑상선 여포암을 갑상선 과증식결절과 같은 양성 종양이나 여포선종과 같은 전암성 병변으로부터 명확하게 구분할 수 있는 바이오마커의 개발이 시급한 실정이다.Accordingly, there is an urgent need to develop a biomarker that can clearly distinguish thyroid follicular cancer from benign tumors such as thyroid hyperproliferative nodules or precancerous lesions such as follicular adenoma.
이에 본 발명자들은 갑상선 여포암(follicular thyroid cancer, FTC)과 갑상선 과증식결절(nodular hyperplasia, NH) 및 갑상선 여포선종(follicular adenoma, FA) 조직을 이용하여 광범위한 정량, 정성적 단백체 분석을 수행한 결과, 갑상선 여포암 조직에서 특이적으로 발현되는 단백질을 발견하여 본 발명을 완성하게 되었다.Accordingly, the present inventors performed extensive quantitative and qualitative proteomic analysis using follicular thyroid cancer (FTC), nodular hyperplasia (NH) and thyroid follicular adenoma (FA) tissues. The present invention was completed by discovering a protein specifically expressed in thyroid follicular cancer tissue.
따라서, 본 발명의 목적은 하기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 유효성분으로 포함하는, 갑상선 여포 종양(thyroid follicular neoplasm)의 감별진단용 조성물을 제공하는 것이다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a composition for differential diagnosis of thyroid follicular neoplasm, comprising, as an active ingredient, an agent for measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of proteins described in Table 2 below or mRNA expression level thereof. To provide.
[표 2][Table 2]
본 발명의 다른 목적은 본 발명에 따른 조성물을 포함하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 키트를 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a kit for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising the composition according to the present invention.
본 발명의 또 다른 목적은 피검체로부터 분리된 생물학적 시료에서 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.Another object of the present invention is required for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising the step of measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 2 or mRNA expression levels in a biological sample isolated from a subject. It is to provide a way to provide information.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.However, the technical problem to be achieved by the present invention is not limited to the problems mentioned above, and other problems that are not mentioned will be clearly understood by those skilled in the art from the following description.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 하기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 유효성분으로 포함하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물을 제공한다:In order to achieve the object of the present invention, the present invention provides a composition for differential diagnosis of thyroid follicle tumor, comprising as an active ingredient one or more proteins selected from the group consisting of proteins described in Table 2 below or an agent for measuring the mRNA expression level thereof. to provide:
[표 2][Table 2]
본 발명의 일 구현예에서, 상기 조성물은 하기 표 3에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 더 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다:In one embodiment of the present invention, the composition may further include an agent for measuring the mRNA expression level of one or more proteins selected from the group consisting of proteins shown in Table 3 below, but is not limited thereto:
[표 3][Table 3]
본 발명의 다른 구현예에서, 상기 갑상선 여포 종양은 갑상선 여포암, 갑상선 여포선종 및 갑상선 과증식결절로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상일 수 있다.In another embodiment of the present invention, the thyroid follicular tumor may be one or more selected from the group consisting of thyroid follicular cancer, thyroid follicular adenoma, and thyroid hyperproliferative nodule.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 조성물은 갑상선 여포암을 갑상선 여포선종 또는 갑상선 과증식결절과 구별하여 진단할 수 있다.In another embodiment of the present invention, the composition may diagnose thyroid follicular cancer by distinguishing it from thyroid follicular adenoma or thyroid hyperproliferative nodule.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 mRNA의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트 또는 프로브일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the agent for measuring the expression level of the mRNA may be a primer set or probe that specifically binds to the mRNA, but is not limited thereto.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체 또는 앱타머일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the agent for measuring the expression level of the protein may be an antibody or aptamer specific for the protein, but is not limited thereto.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 조성물은 갑상선 여포 종양의 수술 여부 및 수술 범위를 결정하기 위한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the composition may be used to determine whether or not a thyroid follicular tumor is operated and a range of surgery, but is not limited thereto.
또한, 본 발명은 본 발명에 따른 조성물을 포함하는 갑상선 여포 종양의 감별진단용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for differential diagnosis of thyroid follicular tumor comprising the composition according to the present invention.
또한, 본 발명은 피검체로부터 분리된 생물학적 시료에서 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.In addition, the present invention provides information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 2 or mRNA expression levels in a biological sample isolated from a subject. Provides a way to provide.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 방법은 상기 표 3에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In one embodiment of the present invention, the method may further include measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins shown in Table 3 or mRNA expression levels thereof, but is not limited thereto.
본 발명의 다른 구현예에서, 상기 방법은 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA의 발현이 검출되거나 또는 증가된 경우, 갑상선 여포암으로 판정하는 단계를 더 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the method may further include determining as thyroid follicular cancer when the expression of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 2 or mRNA thereof is detected or increased. However, it is not limited thereto.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 피검체는 갑상선 여포 종양이 의심되는 환자일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the subject may be a patient suspected of having a thyroid follicular tumor, but is not limited thereto.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 생물학적 시료는 혈액, 전혈, 혈장, 소변, 조직, 세포, 기관, 골수, 미세침흡인검체, 미세침세척액, 중심부바늘생검(core needle biopsy) 검체 및 타액으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the biological sample is blood, whole blood, plasma, urine, tissue, cells, organs, bone marrow, microneedle aspiration sample, microneedle washing fluid, core needle biopsy sample and saliva. It may be one or more selected from the group consisting of, but is not limited thereto.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 단백질 발현 수준은 웨스턴 블랏, ELISA, 방사선면역분석, 방사선 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(Rocket immunoelectrophoresis), 면역염색법, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, 질량분석법(Mass spectrometry), FACS 및 단백질칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법으로 측정될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the protein expression level is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, radioimmunoassay, Ouchterlony immunodiffusion, Rocket immunoelectrophoresis, immunostaining, It may be measured by one or more methods selected from the group consisting of immunoprecipitation assay, complement fixation assay, mass spectrometry, FACS, and protein chip, but is not limited thereto.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 상기 mRNA 발현 수준은 PCR, RNase 보호 분석법, 노던 블랏팅(northern blotting), 서던 블랏팅(southern blotting), In situ 교잡법 및 DNA 칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법으로 측정될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In another embodiment of the present invention, the mRNA expression level is at least one selected from the group consisting of PCR, RNase protection assay, northern blotting, southern blotting, in situ hybridization, and DNA chip. It can be measured by a method, but is not limited thereto.
또한, 본 발명은 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제의, 갑상선 여포 종양의 감별진단 용도를 제공한다.In addition, the present invention provides a use of an agent for measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 2 or mRNA expression levels thereof, for differential diagnosis of thyroid follicular tumors.
또한, 본 발명은 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단 방법을 제공한다.In addition, the present invention provides a method for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising the step of measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins described in Table 2 or mRNA thereof.
본 발명은 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물 및 이를 이용한 갑상선 여포 종양의 감별진단 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 단백질 마커를 검출할 수 있는 조성물을 이용하여 수술 전 갑상선 여포암을 진단하는 방법을 확립함으로써, 수술 없이 갑상선 여포암을 다른 양성 갑상선 종양인 갑상선 과증식결절 또는 갑상선 여포선종과 구별하여 진단할 수 있는 효과가 있다. 이에 따라 불필요한 수술 및 환자의 고통을 줄일 수 있을 것으로 기대된다.The present invention relates to a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor and a method for differential diagnosis of thyroid follicular tumor using the same, and establishing a method for diagnosing thyroid follicular cancer before surgery using the composition capable of detecting a protein marker according to the present invention By doing so, there is an effect of being able to distinguish and diagnose thyroid follicular cancer from other benign thyroid tumors such as thyroid hyperproliferative nodules or thyroid follicular adenoma without surgery. Accordingly, it is expected that unnecessary surgery and patient pain can be reduced.
도 1은 갑상선 FFPE(Formalin-fixed, Paraffin-embedded) 조직을 이용한 정량적 단백체 분석의 시계열적 흐름도를 나타낸 것이다.
도 2a는 갑상선 여포암, 갑상선 과증식결절, 및 갑상선 여포선종 조직 시료에 대한 펩타이드 스펙트럼 어번던스 디스트리뷰션(Peptide spectrum abundance distribution)을 나타낸 것이다.
도 2b는 PCA(principal component analysis)를 수행한 결과를 나타낸 것이다(FA, 갑상선 여포선종; FTC, 갑상선 여포암; NH, 갑상선 과증식결절).
도 3a는 벤다이어그램 분석을 이용하여 FTC, FA 및 NH 세 그룹에 대한 정성적 단백체 분석 결과를 나타낸 것이다.
도 3b 및 도 3c는 볼케이노 플롯(volcano plot) 분석을 이용하여 FTC, FA 및 NH 세 그룹에 대한 정량적 단백체 분석 결과를 나타낸 것으로서, 도 3b는 FTC/NH를, 도 3c는 FA/NH를 분석한 것이다.
도 4는 갑상선 여포암(FTC) 특이적 단백질의 선별 작업 흐름도를 나타낸 도이다.1 shows a time series flow chart of quantitative proteomic analysis using thyroid FFPE (Formalin-fixed, Paraffin-embedded) tissue.
Figure 2a shows a peptide spectrum abundance distribution for thyroid follicular cancer, thyroid hyperproliferative nodules, and thyroid follicular adenoma tissue samples.
Figure 2b shows the results of PCA (principal component analysis) (FA, thyroid follicular adenoma; FTC, thyroid follicular cancer; NH, thyroid hyperproliferative nodule).
Figure 3a shows the results of qualitative proteomic analysis for three groups FTC, FA, and NH using Venn diagram analysis.
3b and 3c show quantitative proteomic analysis results for three groups FTC, FA, and NH using a volcano plot analysis.FIG. 3B is an analysis of FTC/NH, and FIG. 3C is an analysis of FA/NH. will be.
4 is a diagram showing a flow chart of a thyroid follicular cancer (FTC) specific protein screening process.
본 발명은 하기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 유효성분으로 포함하는 갑상선 여포 종양(thyroid follicular neoplasm)의 감별진단용 조성물 및 이를 이용한 감별진단 방법 등을 제공한다.The present invention is a composition for differential diagnosis of thyroid follicular neoplasm comprising, as an active ingredient, an agent for measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of proteins described in Table 2 below or mRNA expression level thereof, and a differential diagnosis method using the same Etc.
이하, 본 발명에 대해 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명은 하기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 유효성분으로 포함하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물에 관한 것이다:The present invention relates to a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising as an active ingredient an agent for measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of proteins described in Table 2 below or mRNA expression level thereof:
[표 2][Table 2]
본 발명에 있어서, 상기 조성물은 하기 표 3에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 더 포함할 수 있다:In the present invention, the composition may further include an agent for measuring the mRNA expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins shown in Table 3 below:
[표 3][Table 3]
본 명세서에서 사용된 용어, “갑상선 여포 종양(thyroid follicular neoplasm)”은 갑상선에 발생할 수 있는 모든 소포 신생물을 의미하는 것으로서, 용어 “여포성 갑상선 종양(follicular thyroid neoplasm)”과 상호 교환적으로 사용될 수 있다. 상기 “갑상선 여포 종양”은 수술 전 갑상선 검사를 통해 예비적으로 내리는 임상 진단명으로서, 본 명세서 전체에 걸쳐 양성인 선종(adenoma), 과증식결절(nodular hyperplasia) 및 악성인 암종(carcinoma)을 모두 포함하는 개념으로 사용되었다.As used herein, the term “thyroid follicular neoplasm” refers to any follicular neoplasm that may occur in the thyroid gland, and is used interchangeably with the term “follicular thyroid neoplasm”. I can. The “thyroid follicular tumor” is a clinical diagnosis preliminarily given through a thyroid examination before surgery, and includes all benign adenoma, nodular hyperplasia, and malignant carcinoma throughout the present specification. Was used as.
본 명세서에서 사용된 용어, “단백질”은 “폴리펩타이드(polypeptide)”또는 “펩타이드(peptide)”와 호환성 있게 사용되며, 예컨대, 자연 상태의 단백질에서 일반적으로 발견되는 바와 같이 아미노산 잔기의 중합체를 말한다.As used herein, the term “protein” is used interchangeably with “polypeptide” or “peptide”, for example, refers to a polymer of amino acid residues as commonly found in proteins in their natural state. .
본 명세서에서 사용된 용어, “발현(expression)”은 세포에서 단백질 또는 핵산이 생성되는 것을 의미한다.As used herein, the term “expression” means that a protein or nucleic acid is produced in a cell.
본 명세서에서 사용된 용어, “단백질”은 “폴리펩타이드(polypeptide)” 또는 “펩타이드(peptide)”와 호환성 있게 사용되며, 예컨대, 자연 상태의 단백질에서 일반적으로 발견되는 바와 같이 아미노산 잔기의 중합체를 말한다. “폴리뉴클레오티드(polynucleotide)” 또는 “핵산”은 단일-또는 이중-가닥의 형태로 된 데옥시리보뉴클레오티드(DNA) 또는 리보뉴클레오티드(RNA)를 말한다. 다른 제한이 없는 한, 자연적으로 생성되는 뉴클레오티드와 비슷한 방법으로 핵산에 혼성화되는 자연적 뉴클레오티드의 공지된 아날로그도 포함된다. “mRNA”는 단백질 합성 과정에서 특정 유전자로부터 아미노산 서열을 특정하게 되는 리보솜으로 유전 정보(유전자 특이적 염기 서열)를 전달하는 RNA를 의미한다.As used herein, the term “protein” is used interchangeably with “polypeptide” or “peptide”, for example, refers to a polymer of amino acid residues as commonly found in proteins in their natural state. . “Polynucleotide” or “nucleic acid” refers to deoxyribonucleotides (DNA) or ribonucleotides (RNA) in the form of single- or double-stranded. Unless otherwise limited, known analogues of natural nucleotides that hybridize to nucleic acids in a manner similar to those of naturally occurring nucleotides are also included. “MRNA” refers to RNA that transfers genetic information (gene-specific nucleotide sequence) to ribosomes that specify amino acid sequences from a specific gene in the process of protein synthesis.
본 명세서에서 사용된 용어, “감별진단(differential diagnosis)”은 특정한 질환 또는 상태를 유사한 증상을 나타내는 다른 것으로부터 구별하는 것을 지칭한다. 감별진단 방법은 다중 대안이 가능한 상태의 존재를 확인하는데 사용되는 체계적 진단 방법이다. 이러한 방법은 본질적으로 후보 상태의 확률을 무시할만한 수준으로 축소시키는 제거 프로세스 또는 정보 수득 프로세스이다. 해당 용어는 또한 갑상선 여포 종양이 갑상선 여포암인지, 양성 여포성 종양 - 예를 들어, 여포선종 또는 과증식결절 - 인지 여부를 결정하는 것을 언급하기 위해 사용된다.As used herein, the term “differential diagnosis” refers to distinguishing a particular disease or condition from others exhibiting similar symptoms. The differential diagnosis method is a systematic diagnosis method used to confirm the existence of a state in which multiple alternatives are possible. This method is essentially a removal process or an information acquisition process that reduces the probability of a candidate state to a negligible level. The term is also used to refer to determining whether a thyroid follicular tumor is a thyroid follicular cancer, a benign follicular tumor-for example a follicular adenoma or a hyperproliferative nodule.
본 발명에 있어서, 상기 갑상선 여포 종양은 갑상선 여포암, 갑상선 여포선종 및 갑상선 과증식결절로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상일 수 있다.In the present invention, the thyroid follicular tumor may be one or more selected from the group consisting of thyroid follicular cancer, thyroid follicular adenoma, and thyroid hyperproliferative nodules.
본 명세서에서 사용된 용어 “갑상선 여포암(follicular thyroid carcinoma, FTC)”이란, 갑상선 유두암(papillary thyroid carcinoma, PTC) 다음으로 흔한 갑상선암으로 약 10% 정도에서 발생하고 있고, 요오드 결핍지역에서 발생율이 높은 경향이 있다. 여포암은 유두암과 같은 고분화 갑상선암(well-differentiated thyroid cancer)으로 분류되고 있지만 유두암보다 고령에서 발생하고 좀 더 공격적인 성향을 보이는 등 다른 임상병리학적 특징을 보이고 있다. 여포암은 갑상선 상피에서 발생하는 악성 종양으로 피막, 조직 내 림프관, 혈관 또는 주위 조직으로의 침윤 및 원격전이 여부 등으로 조직학적 진단이 가능하므로 유두암과 달리 수술 전 세침흡인검사(fine needle aspiration cytology, FNA)나 수술 중 동결절편 검사만으로 정확한 진단이 거의 불가능하다. 여포암, 여포선종 등이 수술 전 세포흡인검사상 여포성 종양(follicular neoplasm)으로 진단될 수 있다. 여포암은 보통 종양 내 국한된 피막 또는 혈관 침범 또는 두 가지 모두를 침범하는 미세 침윤형(minimally invasive type)과 육안적으로 피막침범 소견이 보이거나 갑상선 주변 조직으로의 침범을 특징으로 하는 광범위 침윤형(widely invasive type)으로 분류한다. 이 중 미세 침윤형 여포암 중에서도 피막이나 혈관 침윤에 따라 서로 다른 예후를 갖는다는 보고들도 있고, 피막침범에 관계없이 혈관침범이 있는 미세 침윤형 여포암을 중등도 침윤형으로 추가로 분류하는 경우도 있다. 그러나 갑상선 여포암은 현재까지 수술 전 진단 할 수 있는 방법이 없어 임상적으로 의심되는 경우 수술을 통해 진단하게 되나, 진단적 수술에서 여포암으로 확인되는 경우는 10~40%에 불과하다. 더욱이, 수술 후 여포암이 진단되지 않은 환자들 중 상당수는 불필요한 수술 이후 평생 동안 갑상선 호르몬제 보충이 필요하며, 수술 후 여포암이 진단된 환자들은 병기/재발 위험도에 따라 추가적인 잔존 갑상선 절제술 및 동위원소 치료가 필요하게 된다는 단점이 있다. 다양한 면역염색 및 유전자 분석이 수술 전 진단에 적용되고 있으나, 현재까지도 명확하게 입증된 방법은 없으며, 최근 연구에 따르면, 크기의 변화로도 악성과 양성의 구별이 불가능한 실정이다.The term "follicular thyroid carcinoma (FTC)" as used herein is the second most common thyroid cancer after papillary thyroid carcinoma (PTC), which occurs in about 10%, and has a high incidence in iodine deficient areas. There is a tendency. Although follicular cancer is classified as a well-differentiated thyroid cancer, such as papillary cancer, it develops at an older age and shows other clinical pathological characteristics, such as a more aggressive tendency than papillary cancer. Follicular cancer is a malignant tumor arising from the epithelium of the thyroid gland, and it is possible to diagnose histologically based on the presence of infiltration and distant metastasis into the capsule, lymphatic vessels, blood vessels or surrounding tissues, unlike papillary cancer. FNA) or a frozen section test during surgery is almost impossible to make an accurate diagnosis. Follicular cancer, follicular adenoma, etc. can be diagnosed as follicular neoplasm by a preoperative cell aspiration test. Follicular cancer is usually a minimally invasive type that involves localized encapsulation or vascular invasion within the tumor, or both, and a broadly invasive type characterized by gross encapsulation or invasion into the surrounding tissues of the thyroid gland ( widely invasive type). Among these, there are reports that microinvasive follicular cancers have different prognosis depending on film or vascular invasion, and microinvasive follicular cancers with vascular invasion are further classified as moderately invasive, regardless of the encapsulation. have. However, there is no method to diagnose thyroid follicular cancer before surgery, so if it is clinically suspected, it is diagnosed through surgery, but only 10-40% of cases are confirmed as follicular cancer in diagnostic surgery. Moreover, many of the patients who have not been diagnosed with follicular cancer after surgery require supplementation with thyroid hormones for life after unnecessary surgery, and patients diagnosed with follicular cancer after surgery have additional residual thyroidectomy and isotopes depending on the stage/recurrence risk. The disadvantage is that treatment is required. Various immunostaining and genetic analysis have been applied to preoperative diagnosis, but there is no clearly proven method until now, and according to recent studies, it is impossible to distinguish between malignant and benign even with a change in size.
상기, “갑상선 유두암”이란 갑상선 암 중에서 가장 흔한 종류로써 전체 갑상선암 중 70% 정도를 차지하며 중년 여성에게 많이 발생하고, 비교적 치료에 잘 반응하며 예후도 좋은 것으로 알려져 있다. 유두암은 일반적으로 매우 천천히 자라며 예후도 좋은 편이다. 유두암은 갑상선의 한쪽엽(葉)에만 생길 수도 있지만 전체 유두암의 20~45%에서 양쪽 엽을 다 침범한 형태로 나타나고(다발성), 갑상선 주변 림프절(림프샘)로 번진 경우도 많게는 약 40%에서 관찰된다. 이런 경우 조기에 적절한 치료를 받으면 대부분 잘 치유되지만, 드물게는 폐나 뼈 등 다른 부위로 원격전이를 하는 예가 있으므로 조기 발견과 치료가 중요하다. 유두암의 경우, 갑상선의 한쪽 엽에서만 암이 발견되었더라도 수술전 초음파검사에서 피막침범이나 림프절 전이가 의심될 때에는 갑상선 전체를 제거하는 갑상선전절제술을 시행하며, 암이 중앙경부림프절을 침범하는 경우가 많기 때문에 갑상선전절제술을 시행할 때 대체로 갑상선과 중앙경부림프절을 함께 제거한다.As mentioned above, "papillary thyroid cancer" is the most common type of thyroid cancer, accounting for about 70% of all thyroid cancers, and occurs in middle-aged women. It is known that it responds relatively well to treatment and has a good prognosis. Papillary cancer generally grows very slowly and has a good prognosis. Papillary cancer may occur only in one lobe of the thyroid gland, but in 20 to 45% of all papillary cancers, both lobes are invaded (multiple), and spread to lymph nodes (lymph glands) around the thyroid gland is also observed in as many as 40%. do. In this case, if appropriate treatment is received early, most of them heal well, but in rare cases, there are cases of distant metastasis to other parts such as lungs or bones, so early detection and treatment are important. In the case of papillary cancer, even if cancer is found in only one lobe of the thyroid gland, when encapsulation or lymph node metastasis is suspected on preoperative ultrasound, total thyroidectomy is performed to remove the entire thyroid gland, and the cancer often invades the central cervical lymph node. Therefore, when performing a total thyroidectomy, the thyroid gland and the central cervical lymph node are usually removed together.
본 발명의 조성물은 갑상선 여포암을 갑상선 여포선종 또는 갑상선 과증식결절과 구별하여 진단할 수 있다.The composition of the present invention can diagnose thyroid follicular cancer by distinguishing it from thyroid follicular adenoma or thyroid hyperproliferative nodule.
본 발명의 조성물이 mRNA의 발현 수준을 측정하기 위한 것인 경우에 mRNA의 발현 수준을 측정하는 제제는 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트 또는 프로브일 수 있다.When the composition of the present invention is for measuring the expression level of mRNA, the agent for measuring the expression level of mRNA may be a primer set or probe that specifically binds to the mRNA.
상기 표 2 또는 표 3에 기재된 단백질의 mRNA에 특이적인 프라이머 세트 또는 프로브를 포함하는 본 발명의 조성물은 공지된 RNA를 감지하는 방법에 필요한 제제를 추가로 포함할 수 있다. 본 발명의 조성물을 이용하여 공지된 RNA를 감지하는 방법을 제한없이 사용함으로써 피검체에서 상기 단백질 마커들의 mRNA의 수준을 측정할 수 있다.The composition of the present invention comprising a primer set or probe specific for the mRNA of the protein described in Table 2 or Table 3 may further include an agent required for a known method of detecting RNA. By using a known method for detecting RNA using the composition of the present invention without limitation, the level of mRNA of the protein markers in a subject can be measured.
본 명세서에서 사용된 용어, “프라이머”는 짧은 자유 3말단 수산화기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오시드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다.As used herein, the term “primer” refers to a short nucleic acid sequence that can form a base pair with a complementary template as a nucleic acid sequence having a short free three-terminal hydroxyl group and serves as a starting point for template strand copying. . Primers can initiate DNA synthesis in the presence of a reagent for polymerization (ie, DNA polymerase or reverse transcriptase) and four different nucleoside triphosphates at an appropriate buffer and temperature.
본 명세서에서 사용된 용어, “프로브”란 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 표지(labelling)되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고 뉴클레오티드 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.As used herein, the term “probe” refers to a nucleic acid fragment such as RNA or DNA corresponding to a few bases or hundreds of bases that can achieve specific binding to mRNA, and is labeled so that a specific mRNA You can check the presence or absence of. The probe may be manufactured in the form of an oligonucleotide probe, a single stranded DNA probe, a double stranded DNA probe, an RNA probe, or the like. Selection of suitable probes and conditions for hybridization can be modified based on those known in the art.
상기 “프라이머” 또는 “프로브”는 포스포아미다이트(phosphoramidite) 고체지지체 합성법이나 기타 널리 공지된 방법을 이용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 또한 프라이머 또는 프로브는 mRNA와의 혼성화를 방해하지 않는 범위에서 당해 기술 분야에 공지된 방법에 따라 다양하게 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등), 그리고 형광 또는 효소를 이용한 표지물질(labeling material)의 결합 등이 있다.The “primer” or “probe” can be chemically synthesized using a method for synthesizing a phosphoramidite solid support or other well-known methods. In addition, primers or probes can be variously modified according to methods known in the art within a range that does not interfere with hybridization with mRNA. Examples of such modifications include methylation, encapsulation, substitution of one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkers (e.g. methyl phosphonate, phosphotriester, phosphoroamidate, carbamate, etc.). ) Or charged linkers (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.), and binding of a labeling material using fluorescence or enzymes.
한편, 본 발명에서 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머일 수 있다.Meanwhile, the agent for measuring the expression level of the protein in the present invention may be an antibody or aptamer that specifically binds to the protein.
본 명세서에서 사용된 용어, “항체”는 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 마커 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다. 또한 항원-항체 결합성을 갖는 것이면 전체 항체의 일부도 본 발명의 항체에 포함되며, 본 발명 단백질에 특이적으로 결합하는 모든 종류의 면역글로불린 항체가 포함된다. 예를 들어 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 갖는 완전한 형태의 항체뿐 아니라 항체 분자의 기능적인 단편, 즉 항원 결합 기능을 갖는 Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등을 포함한다. 나아가 본 발명의 항체에는 본 발명 단백질에 특이적으로 결합할 수 있는 것이라면 인간화 항체, 키메릭 항체 등의 특수 항체와 재조합 항체도 포함된다.As used herein, the term “antibody” refers to a specific protein molecule directed against an antigenic site. For the purposes of the present invention, an antibody refers to an antibody that specifically binds to a marker protein, and includes all of polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, and recombinant antibodies. In addition, as long as it has antigen-antibody binding, a part of the whole antibody is also included in the antibody of the present invention, and all kinds of immunoglobulin antibodies that specifically bind to the protein of the present invention are included. For example, a complete antibody having two full-length light chains and two full-length heavy chains, as well as functional fragments of antibody molecules, i.e., Fab, F(ab'), F(ab') with antigen-binding
본 명세서에서 사용된 용어, “앱타머(aptamer)”는 시료 내의 검출하고자 하는 분석물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질로 그 자체로 안정된 삼차 구조를 가지는 단일 가닥 핵산(DNA, RNA, 또는 변형 핵산)을 의미하는 것으로, 특이적으로 시료 내의 표적 단백질의 존재를 확인할 수 있다. 앱타머의 제조는 일반적인 앱타머의 제조 방법에 따라, 확인하고자 하는 표적 단백질에 대해 선택적이고 높은 결합력을 가지는 올리고뉴클레오티드의 서열을 결정하여 합성한 후, 올리고뉴클레오티드의 5' 말단이나 3' 말단을 앱타머 칩의 관능기에 결합할 수 있도록, -SH, -COOH, -OH 또는 -NH2로 변형을 시킴으로써 이루어질 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.As used herein, the term “aptamer” is a substance capable of specifically binding to an analyte to be detected in a sample, and a single-stranded nucleic acid (DNA, RNA, or modified Nucleic acid), and specifically, the presence of a target protein in a sample can be confirmed. The production of aptamer is synthesized by determining the sequence of an oligonucleotide having a high binding ability and selective to the target protein to be identified according to a general production method of aptamer, and then the 5'or 3'end of the oligonucleotide In order to bind to the functional group of the timer chip, it may be made by modifying it with -SH, -COOH, -OH or -NH 2 , but is not limited thereto.
상기 표 2 또는 표 3에 기재된 단백질에 특이적인 항체를 포함하는 본 발명의 조성물은 공지된 단백질을 감지하는 방법에 필요한 제제를 추가적으로 포함할 수 있으며, 본 조성물을 이용하여 공지된 단백질을 감지하는 방법을 제한없이 사용하여 피검체(본 발명에서는 피검체로부터 수득한 생물학적 시료)에서 단백질의 발현 수준을 측정할 수 있다.The composition of the present invention comprising an antibody specific to the protein described in Table 2 or Table 3 may additionally contain an agent required for a method for detecting a known protein, and a method for detecting a known protein using the present composition Without limitation, the expression level of the protein in the subject (in the present invention, a biological sample obtained from the subject) can be measured.
본 발명에서, 상기 단백질 마커를 코딩하는 유전자는 그 핵산 서열이 유전자 은행에 등록되어 있으므로 당업자는 상기 서열을 바탕으로 이들 유전자의 특정 영역을 특이적으로 증폭하는 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 쌍 또는 프로브를 디자인할 수 있다.In the present invention, since the nucleic acid sequence of the gene encoding the protein marker is registered in the gene bank, those skilled in the art design antisense oligonucleotides, primer pairs, or probes that specifically amplify specific regions of these genes based on the sequence. can do.
상기 안티센스 올리고뉴클레오티드는 포스포르아미다이트 고체지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있으며, 모든 기능적 등가물을 포함한다. 또한, 전술한 “프라이머” 또는 “프로브”에 관한 내용이 동일하게 적용될 수 있다.The antisense oligonucleotide can be chemically synthesized using a phosphoramidite solid support method, or other well-known methods, and includes all functional equivalents. In addition, the above-described “primer” or “probe” may be applied in the same manner.
상기 “기능적 등가물”이라는 용어는 예를 들어, 기준(reference) 서열로부터 하나 또는 그 이상의 치환, 결실 또는 부가, 기준(reference) 서열과 실험(subject) 서열 사이의 다양한 기능적 비유사성을 낳지 않는 실제 효과(net effect) 등 변화된 돌연변이 서열의 뉴클레오티드와 핵산서열 모두를 의미한다. 통상적으로, 그런 실질적 등가물인 서열은 단지 약 35%(즉, 실질적으로 등가적인 서열에서의 각 잔기 치환, 부가 및 결실의 숫자는 상응하는 기준 서열과 비교하고 실질적으로 등가적인 서열에서의 나머지 전체 숫자로 나누었을 때 약 0.35 또는 그 이하이다) 정도로 본 명세서에 나열된 것에서부터 다양하다. 그런 서열은 나열된 서열과 65%의 서열 동일성을 갖는다. 본 발명에 따른 실질적 등가물인, 예를 들어 돌연변이, 아미노산 서열은 나열된 아미노산 서열과 바람직하게는 최소한 80%의 서열 동일성, 보다 바람직하게는 최소한 90%의 서열 동일성을 갖는다. 실질적 등가물인 본 발명의 뉴클레오티드 서열은 예를 들어, 유전자 암호의 중복(redundancy) 또는 축퇴(degeneracy)를 고려할 때, 더 낮은 백분율의 서열 동일성을 가질 수 있다. 바람직하게는, 뉴클레오티드 서열은 최소한 약 65%의 동일성, 보다 바람직하게는 최소한 약 75%의 동일성, 가장 바람직하게는 약 95%의 동일성을 가져야 한다. 본 발명의 목적을 위해서는, 실질적으로 등가적인 생물학적 활성과 실질적으로 등가적인 합성 특징을 가지는 서열들은 실질적 등가물로 취급된다. 등가물을 결정하기 위해, 성숙 서열(예를 들어, 위(spurious) 종결코돈(stop codon)을 제조하는 돌연변이를 통한)의 절단(truncation)은 무시되어야 한다.The term "functional equivalent" refers to, for example, one or more substitutions, deletions or additions from the reference sequence, the actual effect that does not result in various functional dissimilarities between the reference sequence and the subject sequence. It refers to both nucleotide and nucleic acid sequences of mutant sequences that have been changed, such as (net effect). Typically, such a substantially equivalent sequence is only about 35% (i.e., the number of substitutions, additions, and deletions of each residue in the substantially equivalent sequence is compared to the corresponding reference sequence and the remaining total number in the substantially equivalent sequence. Divided by about 0.35 or less), it varies from those listed in this specification. Such sequences have 65% sequence identity with the listed sequence. Substantially equivalents according to the invention, for example mutant, amino acid sequences have preferably at least 80% sequence identity, more preferably at least 90% sequence identity with the listed amino acid sequence. Substantially equivalent nucleotide sequences of the invention may have a lower percentage of sequence identity, for example, taking into account the redundancy or degeneracy of the genetic code. Preferably, the nucleotide sequence should have at least about 65% identity, more preferably at least about 75% identity, and most preferably about 95% identity. For the purposes of the present invention, sequences having substantially equivalent biological activity and substantially equivalent synthetic characteristics are treated as substantial equivalents. In order to determine the equivalent, the truncation of the mature sequence (eg, through a mutation producing a spurious stop codon) should be ignored.
본 발명에 있어서, 상기 조성물은 갑상선 여포 종양의 수술 여부 및 수술 범위를 결정하기 위한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In the present invention, the composition may be used to determine whether or not a thyroid follicle tumor is operated and a surgical range, but is not limited thereto.
본 발명의 다른 양태로서, 본 발명은 본 발명에 따른 조성물을 포함하는 갑상선 여포 종양의 감별진단용 키트를 제공할 수 있다.As another aspect of the present invention, the present invention can provide a kit for differential diagnosis of thyroid follicular tumor comprising the composition according to the present invention.
상기 본 발명의 키트에는 표적 단백질을 마커로 인식하는 항체 또는 mRNA를 마커로 인식하는 프라이머 세트, 프로브뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.The kit of the present invention may include an antibody that recognizes a target protein as a marker or a primer set that recognizes an mRNA as a marker, a probe, as well as one or more other constituent compositions, solutions, or devices suitable for an analysis method.
구체적인 양태로서 상기 진단 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단용 키트일 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 세트를 포함한다. 프라이머는 각 마커 유전자의 핵산서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오티드로서, 약 7bp 내지 50bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10bp 내지 30bp의 길이이다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그 외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. As a specific embodiment, the diagnostic kit may be a diagnostic kit comprising essential elements necessary to perform a reverse transcription polymerase reaction. The reverse transcription polymerase reaction kit contains each set of primers specific for a marker gene. The primer is a nucleotide having a sequence specific to the nucleic acid sequence of each marker gene, and is about 7 bp to 50 bp in length, more preferably about 10 bp to 30 bp in length. In addition, a primer specific to the nucleic acid sequence of the control gene may be included. Other reverse transcription polymerase reaction kits include test tubes or other suitable containers, reaction buffers (various in pH and magnesium concentration), deoxynucleotides (dNTPs), enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNAse, RNAse inhibitors DEPC. -May include DEPC-water, sterilized water, etc.
다른 구체적인 양태로는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.In another specific aspect, it may be a diagnostic kit comprising essential elements necessary to perform a DNA chip. The DNA chip kit may include a substrate to which cDNA or oligonucleotide corresponding to a gene or fragment thereof is attached, and reagents, agents, enzymes, etc. for preparing a fluorescently labeled probe. In addition, the substrate may include a cDNA or oligonucleotide corresponding to a control gene or a fragment thereof.
본 발명의 또 다른 양태로서, 본 발명은 피검체로부터 분리된 생물학적 시료에서 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공할 수 있다.In another aspect of the present invention, the present invention is characterized by the step of measuring the mRNA expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 2 in a biological sample isolated from a subject or differentiation of thyroid follicular tumors. It can provide a method of providing information necessary for diagnosis.
본 발명에 있어서, 상기 방법은 상기 표 3에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.In the present invention, the method may further include measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins shown in Table 3 or mRNA expression levels thereof, but is not limited thereto.
본 발명에 있어서, 상기 방법은 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA의 발현이 검출되거나 또는 증가된 경우, 갑상선 여포암으로 판정하는 단계를 더 포함할 수 있다.In the present invention, the method may further include determining as thyroid follicular cancer when the expression of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 2 or mRNA thereof is detected or increased.
본 명세서에서 사용된 용어, “검출”은 목적하는 물질(본 발명에서의 마커 단백질)의 존재(발현) 여부를 측정 및 확인하는 것, 또는 목적하는 물질의 존재 수준(발현 수준)의 변화를 측정 및 확인하는 것을 모두 포함하는 의미이다. 같은 맥락에서, 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 것은 발현 여부를 측정하는 것(즉, 발현 유무를 측정하는 것), 또는 상기 단백질의 질적, 양적 변화 수준을 측정하는 것을 의미한다. 상기 측정은 정성적인 방법(분석)과 정량적인 방법을 모두 포함하여 제한 없이 수행될 수 있다. 단백질 수준의 측정에 있어서 정성적 방법과 정량적 방법의 종류는 당업계에 잘 알려져 있으며, 본 명세서에서 기술한 실험법들이 이에 포함된다. 각 방법 별로 구체적 단백질 수준 비교 방식은 당업계에 잘 알려져 있다. 따라서 상기 목적 단백질 검출은 표 2 또는 표 3에 기재된 단백질의 존재 여부의 검출, 또는 상기 단백질 발현량의 증가(상향 조절) 또는 감소(하향 조절)를 확인하는 것을 포함하는 의미이다.As used herein, the term “detection” is to measure and confirm the presence (expression) of a target substance (marker protein in the present invention), or to measure a change in the abundance level (expression level) of a target substance. And it means to include all things to confirm. In the same context, measuring the expression level of the protein refers to measuring the expression or not (ie, measuring the presence or absence of expression), or measuring the level of qualitative or quantitative change of the protein. The measurement may be performed without limitation, including both a qualitative method (analysis) and a quantitative method. The types of qualitative and quantitative methods for measuring protein levels are well known in the art, and the experimental methods described herein are included therein. Specific protein level comparison methods for each method are well known in the art. Therefore, the detection of the target protein is meant to include detection of the presence or absence of the protein shown in Table 2 or Table 3, or confirming an increase (up-regulation) or decrease (down-regulation) of the protein expression level.
또한, 본 명세서에서 사용된 용어 “진단”은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)를 판정하는 것, 또는 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것)를 포함한다.In addition, the term “diagnosis” as used herein refers to determining the susceptibility of a subject to a specific disease or disease, determining whether a subject currently has a specific disease or disease, or a specific disease. Or determining the prognosis of the diseased subject, or therametrics (eg, monitoring the condition of the subject to provide information on treatment efficacy).
본 발명에 있어서, 상기 피검체는 갑상선 여포 종양이 의심되는 환자일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 예를 들어, 상기 피검체는 갑상선 종양이 의심되는 환자일 수 있으며, 본 발명에 따른 방법에서의 피검체는 여포성 종양으로 예비적 임상 진단 되었으나, 갑상선 여포암 또는 갑상선 여포선종이 모두 의심되는 환자일 수 있다. 즉, 갑상선에 종양이나 결절이 발견되어 종양이나 결절이 악성인 갑상선 여포암인지, 양성인 갑상선 과증식결절 또는 여포선종인지를 구별해야 하는 환자가 피검체가 된다. 상기 환자는 처음 갑상선 종양이 발생된 환자 및 이전에 갑상선 종양으로 진단된 환자를 포함한다.In the present invention, the subject may be a patient suspected of having a thyroid follicular tumor, but is not limited thereto. For example, the subject may be a patient suspected of a thyroid tumor, and the subject in the method according to the present invention was preliminarily diagnosed as a follicular tumor, but a patient suspected of all thyroid follicular cancer or thyroid follicular adenoma Can be In other words, the subject is a patient who has a tumor or nodule in the thyroid gland and needs to distinguish whether the tumor or nodule is malignant thyroid follicular cancer, a benign thyroid hyperproliferative nodule or follicular adenoma. Such patients include those who initially developed a thyroid tumor and those who were previously diagnosed with a thyroid tumor.
본 발명에 있어서, 상기 생물학적 시료는 갑상선 종양의 감별진단을 실시하고자 하는 피검체에서 채취된 것이라면 제한 없이 사용될 수 있으며, 예를 들어, 생검 등으로 얻어진 조직, 세포, 혈액, 혈장, 혈청, 타액, 비액, 객담, 관절낭액, 양수, 복수, 자궁경부 분비물, 질 분비물, 소변, 뇌척수액 등 생체 시료뿐만 아니라 미세침흡인검체 및 미세침세척액 또한 포함한다. 바람직하게는 생물학적 액체 시료, 예를 들어 혈액, 전혈, 혈장, 소변, 조직, 세포, 기관, 골수, 미세침흡인검체, 미세침세척액, 중심부바늘생검(core needle biopsy) 검체 및 타액으로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상에서 측정될 수 있다. 본 발명은 갑상선 종양 또는 결절이 발생된 직접적 갑상선 병변조직 외의 체액시료(일례로, 혈장)를 통해 진단이 가능하여, 진단의 효용성, 신속성, 편이성 및 안전성 등이 증가된다는 점에서 기술적 의의가 크다.In the present invention, the biological sample may be used without limitation as long as it is collected from a subject for differential diagnosis of a thyroid tumor, and for example, tissue, cells, blood, plasma, serum, saliva, etc. obtained by biopsy, etc. It includes not only biological samples such as nasal fluid, sputum, joint capsule fluid, amniotic fluid, ascites, cervical secretion, vaginal secretion, urine, cerebrospinal fluid, etc., as well as microneedle aspiration samples and microneedle wash solutions. Preferably, in the group consisting of biological liquid samples, such as blood, whole blood, plasma, urine, tissues, cells, organs, bone marrow, microneedle aspiration samples, microneedle wash solutions, core needle biopsy samples, and saliva. It can be measured in one or more selected. The present invention can be diagnosed through a body fluid sample (e.g., plasma) other than a thyroid tumor or a direct thyroid lesion where a nodule has occurred, and thus the effectiveness, rapidity, convenience, and safety of diagnosis are increased.
상기 생물학적 시료는 검출 또는 진단에 사용하기 전에 전처리할 수 있다. 예를 들어, 균질화(homogenization), 여과, 증류, 추출, 농축, 방해 성분의 불활성화, 시약의 첨가 등을 포함할 수 있다. 상기 시료는 단백질 마커의 탐지 감도를 증가시키도록 준비될 수 있는데 예를 들어 환자로부터 수득한 혈청 시료는 음이온 교환 크로마토그래피, 친화도 크로마토그래피, 크기별 배제 크로마토그래피(size exclusion chromatography), 액체 크로마토그래피, 연속추출(sequential extraction) 또는 젤 전기영동 등의 방법을 이용하여 전처리될 수 있다.The biological sample can be pretreated prior to use for detection or diagnosis. For example, it may include homogenization, filtration, distillation, extraction, concentration, inactivation of interfering components, addition of reagents, and the like. The sample may be prepared to increase the detection sensitivity of the protein marker. For example, a serum sample obtained from a patient is anion exchange chromatography, affinity chromatography, size exclusion chromatography, liquid chromatography, It can be pretreated using a method such as sequential extraction or gel electrophoresis.
본 명세서에서 사용된 용어, “갑상선 미세침흡인검사(FNAC; fine needle aspiration cytology)”란 초음파를 보면서 의심되는 갑상선(경부) 종양 또는 결절을 미세한 주사바늘로 찔러 소량의 세포를 얻은 후 양성 혹은 악성의 세포 진단을 목적으로 시행되며, 가느다란 주사 바늘로 결절을 찔러 세포를 흡인함으로써 갑상선 수술의 진행 여부, 수술 범위 및 림프절 절제 범위 등을 결정하는 기준이 된다.As used herein, the term “fine needle aspiration cytology (FNAC)” refers to a benign or malignant thyroid tumor or a nodule that is suspected of being observed with a microscopic needle to obtain a small amount of cells while viewing ultrasound. It is performed for the purpose of diagnosing the cells of the patient, and is a criterion for determining the progression of thyroid surgery, the extent of surgery, and the extent of lymph node resection by aspirating cells by stabbing the nodule with a thin injection needle.
상기 단백질 발현 수준 측정은 당업계에 공지된 단백질 발현 측정 방법에 의한 것이라면 측정 방법이 특별히 제한되지 않으나, 예를 들어 웨스턴 블랏, ELISA, 방사선면역분석, 방사선 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(Rocket immunoelectrophoresis), 면역염색법, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, 질량분석법(Mass spectrometry), FACS 및 단백질칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상일 수 있다.The measurement of the protein expression level is not particularly limited as long as it is by a protein expression measurement method known in the art.For example, Western blot, ELISA, radioimmunoassay, radioimmune diffusion method, Ouchterlony immune diffusion method (Ouchterlony immunodiffusion), rocket immunoelectrophoresis, immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, mass spectrometry, FACS, and protein chip.
상기 유전자 발현 수준 측정은 당업계에 공지된 유전자 발현 측정 방법에 의한 PCR, RNase 보호 분석법, 노던 블랏팅(northern blotting), 사우던 블랏팅(southern blotting), In situ 교잡법 및 DNA 칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상일 수 있다.The gene expression level measurement is a group consisting of PCR, RNase protection assay, northern blotting, southern blotting, in situ hybridization, and DNA chip according to a gene expression measurement method known in the art. It may be one or more selected from.
본 명세서에서 사용된 용어, '분석'은 바람직하게는 '측정'을 의미하는 것일 수 있고, 상기 정성분석은 목적하는 물질의 존재 여부를 측정 및 확인하는 것을 의미하는 것일 수 있으며, 상기 정량분석은 목적하는 물질의 존재 수준(발현 수준) 또는 양의 변화를 측정 및 확인하는 것을 의미하는 것일 수 있다. 본 발명에서 분석 또는 측정은 정성적인 방법과 정량적인 방법을 모두 포함하여 제한없이 수행될 수 있으며, 바람직하게는 정량적인 측정이 수행되는 것일 수 있다.As used herein, the term'analysis' may preferably mean'measurement', and the qualitative analysis may mean measuring and confirming the presence or absence of a target substance, and the quantitative analysis It may mean measuring and confirming a change in the presence level (expression level) or amount of a target substance. In the present invention, the analysis or measurement may be performed without limitation, including both a qualitative method and a quantitative method, and preferably, a quantitative measurement may be performed.
본 발명에서 사용되는 용어는 본 발명에서의 기능을 고려하면서 가능한 현재 널리 사용되는 일반적인 용어들을 선택하였으나, 이는 당 분야에 종사하는 기술자의 의도 또는 판례, 새로운 기술의 출현 등에 따라 달라질 수 있다. 또한, 특정한 경우는 출원인이 임의로 선정한 용어도 있으며, 이 경우 해당되는 발명의 설명 부분에서 상세히 그 의미를 기재할 것이다. 따라서 본 발명에서 사용되는 용어는 단순한 용어의 명칭이 아닌, 그 용어가 가지는 의미와 본 발명의 전반에 걸친 내용을 토대로 정의되어야 한다.Terms used in the present invention have selected general terms that are currently widely used as possible while taking functions of the present invention into consideration, but this may vary according to the intention or precedent of a technician working in the field, the emergence of new technologies, and the like. In addition, in certain cases, there are terms arbitrarily selected by the applicant, and in this case, the meaning of the terms will be described in detail in the description of the corresponding invention. Therefore, the terms used in the present invention should be defined based on the meaning of the term and the overall contents of the present invention, not a simple name of the term.
본 발명의 명세서 전체에서, 어떤 부분이 어떤 구성 요소를 “포함” 한다고 할 때, 이는 특별히 반대되는 기재가 없는 한 다른 구성 요소를 제외하는 것이 아니라 다른 구성 요소를 더 포함할 수 있는 것을 의미한다. 본 발명의 명세서 전체에서 사용되는 정도의 용어 “약”, “실질적으로” 등은 언급된 의미에 고유한 제조 및 물질 허용오차가 제시될 때 그 수치에서 또는 그 수치에 근접한 의미로 사용되고, 본 발명의 이해를 돕기 위해 정확하거나 절대적인 수치가 언급된 개시 내용을 비양심적인 침해자가 부당하게 이용하는 것을 방지하기 위해 사용된다.Throughout the specification of the present invention, when a certain part “includes” a certain constituent element, it means that other constituent elements may be further included rather than excluding other constituent elements unless otherwise stated. The terms "about", "substantially", etc. of the degree used throughout the specification of the present invention are used at or close to the numerical value when manufacturing and material tolerances specific to the stated meaning are presented, and the present invention To aid in understanding of, accurate or absolute figures are used to prevent unreasonable use of the stated disclosure by unscrupulous infringers.
본 발명의 명세서 전체에서, 마쿠시 형식의 표현에 포함된 “이들의 조합”의 용어는 마쿠시 형식의 표현에 기재된 구성 요소들로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 혼합 또는 조합을 의미하는 것으로서, 상기 구성 요소들로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상을 포함하는 것을 의미한다.Throughout the specification of the present invention, the term "combination of these" included in the expression of the Makushi format refers to one or more mixtures or combinations selected from the group consisting of the constituent elements described in the expression of the Makushi format. It means to include at least one selected from the group consisting of constituent elements.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, a preferred embodiment is presented to aid the understanding of the present invention. However, the following examples are provided for easier understanding of the present invention, and the contents of the present invention are not limited by the examples.
[실시예][Example]
실험 준비Preparation for experiment
1. 시료 준비1. Sample preparation
갑상선 종양 조직은 각각 갑상선 여포암, 갑상선 여포선종, 및 갑상선 과증식결절 환자로부터 수득한 것으로, 수술 후 파라핀화 한 조직을 이용하여 단백질체 분석을 수행하였다.Thyroid tumor tissue was obtained from patients with thyroid follicular cancer, thyroid follicular adenoma, and thyroid hyperproliferative nodule, respectively, and proteomic analysis was performed using paraffinized tissue after surgery.
도 1의 흐름도에 나타난 바와 같이, 갑상선 FFPE(Formalin-fixed, Paraffin-embedded) 조직을 헵테인/메탄올을 이용하여 파라핀을 제거하고, 단백질을 추출하였다. 이후 아세톤을 이용하여 침전시키고, BCA(bicinchoninic acid) 단백질 정량분석법으로 단백질을 정량하였다.As shown in the flowchart of FIG. 1, the thyroid FFPE (Formalin-fixed, Paraffin-embedded) tissue was removed from paraffin using heptane/methanol, and proteins were extracted. Thereafter, precipitation was performed using acetone, and the protein was quantified by a quantitative analysis of BCA (bicinchoninic acid) protein.
300μg의 단백질을 250mM TCEP가 첨가된 8M urea를 이용해 변성(denaturation) 및 환원(reducing)을 하고, 이어서 55mM IAA로 알킬화(alkylation)을 수행하였다. 그 후, 트립신이 함유된 LysC로 단백질을 분해하고, C18 역상 크로마토그래피(reverse phase chromatography)를 이용하여 탈염(desalting)시켰다.300 μg of protein was denatured and reduced using 8M urea to which 250mM TCEP was added, followed by alkylation with 55mM IAA. Then, the protein was digested with LysC containing trypsin, and desalted using C18 reverse phase chromatography.
상기와 같이 수득한 시료를 건조하여 LC-HRMS로 분석하였다.The sample obtained as described above was dried and analyzed by LC-HRMS.
2. LC-MS 분석2. LC-MS analysis
질량 분석(Mass spectrometry, 이하 'MS'라 함) 장비는 Q-Exactive Plus BioPharm version (ThermoFisher, USA)을, 액체 크로마토그래피(liquid chromatography, 이하 'LC'라 함)는 UltiMate™3000 RSLCnano System (ThermoFisher, USA)을 사용하였다. 펩타이드 시료는 5ul씩 injection하여 350nl/min의 유속으로 NanoLC와 연동된 Ion trap mass spectrometer로 분석을 수행하였다.Mass spectrometry (hereinafter referred to as'MS') equipment is Q-Exactive Plus BioPharm version (ThermoFisher, USA), and liquid chromatography (hereinafter referred to as'LC') is UltiMate™3000 RSLCnano System (ThermoFisher). , USA) was used. Peptide samples were injected 5ul each and analyzed with an ion trap mass spectrometer linked to NanoLC at a flow rate of 350nl/min.
액체 크로마토그래피(Liquid chromatography)에 사용한 컬럼은 길이 50cm, 내직경 75um, 외직경 360um의 fused silica capillary column C18을 사용하였다. 시료는 200분 동안 360nl/min의 유속으로 분석하였으며, 농도 구배는 5% 솔루션 A (0.1% formic acid w/ 5% DMSO) 에서 50% 솔루션 B (80% acetonitrile, 0.1% formic acid w/ 5% DMSO)로 150분 동안 분리하였다.The column used for liquid chromatography was a fused silica capillary column C18 having a length of 50 cm, an inner diameter of 75 μm, and an outer diameter of 360 μm. Samples were analyzed at a flow rate of 360 nl/min for 200 minutes, and the concentration gradient was from 5% Solution A (0.1% formic acid w/ 5% DMSO) to 50% Solution B (80% acetonitrile, 0.1% formic acid w/ 5%). DMSO) for 150 minutes.
분리된 펩타이드는 2000V의 Electrospray ionization voltage을 이용하여 이온 분사하며 이온방출기(ion emitter)는 내직경 20um tappered ion spray emitter를 통해 질량분석기로 주입하여 스펙트럼 데이터를 획득하였다.The separated peptide was ion-sprayed using an electrospray ionization voltage of 2000V, and the ion emitter was injected into a mass spectrometer through a 20um inner diameter tappered ion spray emitter to obtain spectral data.
질량 분석(Mass spectrometry)을 위한 파라미터는 MS1 resolution 70000, MS1 maximum fill time 20msec, DDA(data dependent acquisition) 방법(상위 20)을 사용하였고, MS2 resolution 17500, MS2 maximum fill time 100msec, AGC(auto gain control) 1e6으로 수행하였다.The parameters for mass spectrometry were MS1 resolution 70000, MS1 maximum fill time 20msec, DDA (data dependent acquisition) method (top 20), MS2 resolution 17500, MS2 maximum fill time 100msec, AGC (auto gain control). ) Carried out with 1e6.
실시예 1. 갑상선 여포암, 갑상선 여포선종 및 갑상선 과증식결절 조직에서의 단백질체 분석Example 1. Analysis of proteomic bodies in thyroid follicular cancer, thyroid follicular adenoma, and thyroid hyperproliferative nodule tissue
갑상선 과증식결절(NH), 갑상선 여포선종(FA), 및 갑상선 여포암(FTC) 조직 시료(각각 10개씩 총 30개)에 대한 단백질체 분석을 수행하였다. 그 결과 도 2a에 나타난 바와 같이 각 시료로부터 획득한 스펙트럼 내의 펩타이드 강도(intensity)의 분포(distribution)는 30개 시료 모두에 대하여 재현성 있게 분석되었다.Proteomic analysis was performed on thyroid hyperproliferative nodules (NH), thyroid follicular adenoma (FA), and thyroid follicular cancer (FTC) tissue samples (a total of 30 pieces of 10 pieces each). As a result, as shown in FIG. 2A, distribution of peptide intensity within the spectrum obtained from each sample was analyzed reproducibly for all 30 samples.
또한, 상기 각 30개 시료의 단백체의 정량적 정보를 이용하여 PCA(Principal component analysis)를 수행하였다. 그 결과 도 2b에 나타난 바와 같이, 갑상선 과증식결절, 갑상선 여포암 및 갑상선 여포선종의 각 10개의 조직은 잘 구분되는 것으로 나타났다.In addition, a principal component analysis (PCA) was performed using quantitative information on the proteomics of each of the 30 samples. As a result, as shown in Fig. 2b, each of the ten tissues of the thyroid hyperproliferative nodule, thyroid follicular cancer, and thyroid follicular adenoma was found to be well distinguished.
실시예 2. 단백체 분석 및 이를 통한 갑상선 여포암 특이적인 단백질의 도출Example 2. Proteomic analysis and derivation of thyroid follicular cancer-specific protein through it
2.1. 벤다이어그램(Venn diagram) 분석을 이용한 정성적 단백체 분석2.1. Qualitative protein analysis using Venn diagram analysis
벤다이어그램을 이용한 단백체의 정성적 분석 결과, 도 3a의 그래프(Size of each list)에 나타낸 바와 같이 10개의 갑상선 과증식결절(NH, 도 3a에서 초록색으로 표시) 조직에서는 3,579개의 단백질들이, 10개의 갑상선 여포암(FTC, 도 3a에서 파란색으로 표시) 조직에서는 3,867개의 단백질들이, 그리고 10개의 갑상선 여포선종 조직(FA, 도 3a에서 붉은색으로 표시)에서는 3,672개의 단백질들이 동정되었다.As a result of qualitative analysis of the protein using a Venn diagram, as shown in the graph (Size of each list) in FIG. 3A, 10 thyroid hyperproliferative nodules (NH, indicated in green in FIG. 3A) tissues contained 3,579 proteins, and 10 thyroid glands. In follicular cancer (FTC, shown in blue in FIG. 3A) tissue, 3,867 proteins were identified, and in 10 thyroid follicular adenoma tissues (FA, indicated in red in FIG. 3A), 3,672 proteins were identified.
또한, 도 3a의 벤다이이어그램에서 나타낸 바와 같이, 본 발명의 바이오마커인 갑상선 여포암 특이적 단백질은 총 174개가 동정되었고, 갑상선 여포선종 특이적 단백질은 총 34개가 동정되었다.In addition, as shown in the Venn diagram of FIG. 3A, a total of 174 thyroid follicular cancer-specific proteins, which are biomarkers of the present invention, were identified, and a total of 34 thyroid follicular adenoma-specific proteins were identified.
갑상선 과증식결절에서는 동정되지 않았으나, 갑상선 여포암 및 갑상선 여포선종에서 공통적으로 동정된 단백질은 총 147개로 나타났다.Although not identified in thyroid hyperproliferative nodules, a total of 147 proteins were commonly identified in thyroid follicular cancer and thyroid follicular adenoma.
2.2. 볼케이노 플롯(Volcano plot) 분석을 이용한 정량적 단백체 분석2.2. Quantitative proteomic analysis using Volcano plot analysis
볼케이노 플롯 분석을 통한 단백체의 정량적 분석 결과, 도 3b에 나타난 바와 같이 갑상선 과증식결절 그룹에 비해 갑상선 여포암 그룹에서 P 값이 0.05 이하로 나타나면서 2배 이상 증가하는 단백질은 총 432개로 확인되었으며, 2배 이하로 감소하는 단백질은 78개 단백질로 확인되었다.As a result of quantitative analysis of the protein through volcano plot analysis, as shown in FIG. 3b, a total of 432 proteins were identified as having a P value of 0.05 or less in the thyroid follicular cancer group compared to the thyroid hyperproliferative nodule group, increasing more than two times, and 2 Proteins that decrease by less than a fold were identified as 78 proteins.
또한, 도 3c에 나타난 바와 같이 갑상선 과증식결절 그룹에 비해 갑상선 여포선종 그룹에서 P 값이 0.05 이하로 나타나면서 2배 이상 증가하는 단백질은 총 331개로 확인되었으며, 2배 이하로 감소하는 단백질은 203개로 확인되었다.In addition, as shown in Figure 3c, compared with the thyroid hyperproliferative nodule group, the P value in the thyroid follicular adenoma group was found to be 0.05 or less, and the number of proteins that increased more than two times was confirmed to be a total of 331, and the number of proteins that decreased by 2 times or less was 203. Confirmed.
2.3. 갑상선 여포암 특이적인 단백질의 도출2.3. Derivation of thyroid follicular cancer-specific protein
상기 결과들을 종합하여, 갑상선 여포선종 그룹 및 갑상선 과증식결절 그룹에서는 검출되지 않은 갑상선 여포암 특이적인 단백질을 하기 표 1에 나타내었다. 하기 표 1에 기재된 단백질들을 이용하면 갑상선 여포암을 수술 전에도 진단할 수 있게 되므로, 이를 갑상선 여포암 감별진단용 바이오마커로서 활용할 수 있다.In summary, the thyroid follicular cancer-specific proteins that were not detected in the thyroid follicular adenoma group and the thyroid hyperproliferative nodule group are shown in Table 1 below. When using the proteins shown in Table 1 below, since it is possible to diagnose thyroid follicular cancer even before surgery, it can be utilized as a biomarker for differential diagnosis of thyroid follicular cancer.
상기에서 살펴본 바와 같이, 갑상선 여포 종양으로부터 갑상선 여포암을 감별진단하기 위하여 상기 표 1에 개시한 단백질(들)을 이용할 수 있다.As described above, in order to differentially diagnose thyroid follicular cancer from thyroid follicular tumor, the protein(s) disclosed in Table 1 may be used.
실시예 3. 갑상선 여포암의 감별진단을 위한 최종 마커 단백질 선별Example 3. Selection of final marker protein for differential diagnosis of thyroid follicular cancer
상기 표 1에 열거한 마커 단백질 중 실험적 유의성, 다양한 검체에서의 검출 가능성, 검출의 용이성 등을 고려하여 최종적으로 13개의 단백질 마커를 선별하였다.Of the marker proteins listed in Table 1, 13 protein markers were finally selected in consideration of experimental significance, detection possibility in various specimens, and ease of detection.
구체적으로, 상기 실시예 1 및 2에 따라 갑상선 여포선종 그룹 및 갑상선 과증식결절 그룹에서는 검출되지 않고 갑상선 여포암 그룹에서만 높은 유의성으로 동정되는 단백질을 1차 선별하였다. 1차 선별된 단백질 중 하기 4개의 기준을 모두 만족하는 단백질을 2차 선별하였다:Specifically, according to Examples 1 and 2, proteins that were not detected in the thyroid follicular adenoma group and the thyroid hyperproliferative nodule group but were identified with high significance only in the thyroid follicular cancer group were first selected. Among the first-selected proteins, proteins that satisfy all of the following four criteria were secondarily selected:
① 혈장 단백질체 데이터베이스(plasma proteome database)에 등록된 단백질;① Proteins registered in the plasma proteome database;
② 엑소좀 단백질체 데이터베이스(exosome proteome database)에 등록된 단백질;② proteins registered in the exosome proteome database;
③ LS-MS 데이터에서 측정된 풍부도 등급(scaled abundance)이 50 이상; 및③ The scaled abundance measured in LS-MS data is 50 or higher; And
④ LS-MS 데이터에서 일치하는 펩타이드 스펙트럼(peptide spectrum matched, PSM)이 2 이상.④ Peptide spectrum matched (PSM) of 2 or more in LS-MS data.
상기 기준 ① 및 ②는 1차 선별된 단백질 마커들 중 혈장, 혈액, 종양 조직 또는 세포로부터 분비된 엑소좀 등에 존재하는 단백질을 추가 선별함으로써 조직, 미세침흡인으로 수득한 종양 세포에서뿐만 아니라, 비교적 검체의 수득이 용이한 혈장, 혈액, 전혈, 소변, 미세침세척액, 타액 및 이들에 포함된 엑소좀 등에서도 본 발명에 따른 단백질 마커를 이용하여 갑상선 여포암을 감별진단하기 위함이다.
또한, 상기 기준 ③ 및 ④는 1차 선별된 단백질 마커들 중 상대적으로 더 풍부하게 존재하여 검출이 용이하고, 일치하는 펩타이드 스펙트럼의 수가 최소 2 이상으로서 발굴이 용이하도록 하기 위함이다.In addition, the
상기 1차 및 2차 선별 과정을 통해 최종 선택된 단백질 마커는 하기 표 2에 나타내었다.Protein markers finally selected through the first and second selection processes are shown in Table 2 below.
1)One) PPD, Plasma Proteome Database; PPD, Plasma Proteome Database; 2)2) EPD, Exosome Proteome Database; EPD, Exosome Proteome Database; 3)3) SA, Scaled Abundance; SA, Scaled Abundance; 4)4) #P, Number of Peptide; #P, Number of Peptide; 5)5) PSM, Peptide Spectrum Matched PSM, Peptide Spectrum Matched
이상의 실시예를 종합하면, 본 발명의 단백질 마커는 갑상선에 발생된 여포성 종양을 수술 전이라도 갑상선 과증식결절 또는 갑상선 여포선종으로부터 갑상선 여포암을 빠르고 쉽게 감별진단할 수 있어, 기존에는 수술 전 감별이 불가능하였던 갑상선 여포암을 정확하게 진단하여 불필요한 수술을 줄이고 수술이 꼭 필요한 갑상선 여포암만을 치료할 수 있을 것으로 기대된다.In summary, the protein marker of the present invention can quickly and easily differentiate and diagnose thyroid follicular cancer from thyroid hyperproliferative nodules or thyroid follicular adenoma even before surgery for follicular tumors in the thyroid gland. By accurately diagnosing thyroid follicular cancer, which was impossible, it is expected that unnecessary surgery can be reduced and only thyroid follicular cancer that requires surgery can be treated.
아울러 본 발명에 따른 조성물은 키트로 제작되어 환자 샘플로부터 갑상선 종양의 수술 진행 여부를 빠르게 검토함에 이용될 수 있을 것으로 기대된다.In addition, the composition according to the present invention is produced as a kit, and is expected to be used to quickly examine whether a thyroid tumor is undergoing surgery from a patient sample.
전술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.The above description of the present invention is for illustrative purposes only, and those of ordinary skill in the art to which the present invention pertains will be able to understand that other specific forms can be easily modified without changing the technical spirit or essential features of the present invention. will be. Therefore, it should be understood that the embodiments described above are illustrative in all respects and are not limiting.
Claims (15)
[표 2]
A composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising as an active ingredient an agent for measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of proteins described in Table 2 below or mRNA expression level thereof:
[Table 2]
상기 조성물은 하기 표 3에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물:
[표 3]
The method of claim 1,
The composition is a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, characterized in that it further comprises an agent for measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins shown in Table 3 or mRNA thereof:
[Table 3]
상기 갑상선 여포 종양은 갑상선 여포암, 갑상선 여포선종 및 갑상선 과증식결절로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상인 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물.
The method of claim 1,
The thyroid follicular tumor is a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, characterized in that at least one selected from the group consisting of thyroid follicular cancer, thyroid follicular adenoma, and thyroid hyperproliferative nodule.
상기 조성물은 갑상선 여포암을 갑상선 여포선종 또는 갑상선 과증식결절과 구별하여 진단할 수 있는 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물.
The method of claim 1,
The composition is a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, characterized in that the thyroid follicular cancer can be diagnosed by distinguishing it from thyroid follicular adenoma or thyroid hyperproliferative nodule.
상기 mRNA의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물.
The method of claim 1,
The agent for measuring the expression level of the mRNA is characterized in that the primer set or probe that specifically binds to the mRNA, a composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor.
상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체 또는 앱타머인 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물.
The method of claim 1,
The composition for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, characterized in that the agent for measuring the expression level of the protein is an antibody or aptamer specific for the protein.
상기 조성물은 갑상선 여포 종양의 수술 여부 및 수술 범위를 결정하기 위한 것인, 갑상선 여포 종양의 감별진단용 조성물.
The method of claim 1,
The composition is for determining whether or not a thyroid follicle tumor is operated and a surgical range, a composition for differential diagnosis of a thyroid follicle tumor.
A kit for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising the composition of any one of claims 1 to 7.
[표 2]
A method of providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, comprising measuring the mRNA expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins shown in Table 2 below in a biological sample isolated from a subject:
[Table 2]
상기 방법은 하기 표 3에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법:
[표 3]
The method of claim 9,
The method further comprises the step of measuring the expression level of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins listed in Table 3 below, or mRNA expression level thereof, a method of providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumors:
[Table 3]
상기 방법은 상기 표 2에 기재된 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 단백질 또는 이의 mRNA의 발현이 검출되거나 또는 증가된 경우, 갑상선 여포암으로 판정하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.
The method of claim 9,
The method further comprises the step of determining as thyroid follicular cancer when the expression of one or more proteins selected from the group consisting of the proteins described in Table 2 or mRNA thereof is detected or increased. How to provide the necessary information for differential diagnosis.
상기 피검체는 갑상선 여포 종양이 의심되는 환자인 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.
The method of claim 9,
The method for providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, characterized in that the subject is a patient suspected of having a thyroid follicular tumor.
상기 생물학적 시료는 혈액, 전혈, 혈장, 소변, 조직, 세포, 기관, 골수, 미세침흡인검체, 미세침세척액, 중심부바늘생검(core needle biopsy) 검체 및 타액으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.
The method of claim 9,
The biological sample is at least one selected from the group consisting of blood, whole blood, plasma, urine, tissue, cells, organs, bone marrow, microneedle aspiration samples, microneedle wash solutions, core needle biopsy samples, and saliva. A method of providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumor.
상기 단백질 발현 수준은 웨스턴 블랏, ELISA, 방사선면역분석, 방사선 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(Rocket immunoelectrophoresis), 면역염색법, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, 질량분석법(Mass spectrometry), FACS 및 단백질칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법으로 측정되는 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.
The method of claim 9,
The protein expression level was Western blot, ELISA, radioimmunoassay, radioimmunoassay, Ouchterlony immunodiffusion, Rocket immunoelectrophoresis, immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, mass Method for providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumor, characterized in that it is measured by one or more methods selected from the group consisting of mass spectrometry, FACS, and protein chips.
상기 mRNA 발현 수준은 PCR, RNase 보호 분석법, 노던 블랏팅(northern blotting), 서던 블랏팅(southern blotting), In situ 교잡법 및 DNA 칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법으로 측정되는 것을 특징으로 하는, 갑상선 여포 종양의 감별진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.The method of claim 9,
The mRNA expression level is characterized in that it is measured by one or more methods selected from the group consisting of PCR, RNase protection assay, northern blotting, southern blotting, in situ hybridization, and DNA chip. A method of providing information necessary for differential diagnosis of thyroid follicular tumors.
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