KR20200131768A - 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널 - Google Patents
간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널 Download PDFInfo
- Publication number
- KR20200131768A KR20200131768A KR1020200057735A KR20200057735A KR20200131768A KR 20200131768 A KR20200131768 A KR 20200131768A KR 1020200057735 A KR1020200057735 A KR 1020200057735A KR 20200057735 A KR20200057735 A KR 20200057735A KR 20200131768 A KR20200131768 A KR 20200131768A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- cancer
- liver cancer
- panel
- specific gene
- detecting
- Prior art date
Links
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 90
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 90
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 title description 7
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 title description 7
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 claims abstract description 119
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 119
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 claims abstract description 57
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 46
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 claims abstract description 17
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 59
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 30
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 30
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 25
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 20
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 20
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 20
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 19
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 18
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 17
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 claims description 15
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 claims description 15
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 claims description 13
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 13
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 11
- -1 RPS5KA3 Proteins 0.000 claims description 10
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 claims description 8
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 claims description 8
- 102100028914 Catenin beta-1 Human genes 0.000 claims description 7
- 101000916173 Homo sapiens Catenin beta-1 Proteins 0.000 claims description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 7
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 claims description 6
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 claims description 6
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 6
- 102100034580 AT-rich interactive domain-containing protein 1A Human genes 0.000 claims description 5
- 102100023157 AT-rich interactive domain-containing protein 2 Human genes 0.000 claims description 5
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims description 5
- 102100040202 Apolipoprotein B-100 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100035682 Axin-1 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100033825 Collagen alpha-1(XI) chain Human genes 0.000 claims description 5
- 102100027755 Histone-lysine N-methyltransferase 2C Human genes 0.000 claims description 5
- 102100027768 Histone-lysine N-methyltransferase 2D Human genes 0.000 claims description 5
- 102100032742 Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 Human genes 0.000 claims description 5
- 101000924266 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 1A Proteins 0.000 claims description 5
- 101000685261 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 2 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000889953 Homo sapiens Apolipoprotein B-100 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000874566 Homo sapiens Axin-1 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000710623 Homo sapiens Collagen alpha-1(XI) chain Proteins 0.000 claims description 5
- 101001008892 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2C Proteins 0.000 claims description 5
- 101001008894 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2D Proteins 0.000 claims description 5
- 101000654725 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000984620 Homo sapiens Low-density lipoprotein receptor-related protein 1B Proteins 0.000 claims description 5
- 101000741978 Homo sapiens Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein Proteins 0.000 claims description 5
- 101000609959 Homo sapiens Protein piccolo Proteins 0.000 claims description 5
- 101000848199 Homo sapiens Protocadherin Fat 4 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000742859 Homo sapiens Retinoblastoma-associated protein Proteins 0.000 claims description 5
- 101000707567 Homo sapiens Splicing factor 3B subunit 1 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000997835 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK1 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000804908 Homo sapiens Xin actin-binding repeat-containing protein 2 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100027121 Low-density lipoprotein receptor-related protein 1B Human genes 0.000 claims description 5
- 102100038633 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein Human genes 0.000 claims description 5
- 102100039154 Protein piccolo Human genes 0.000 claims description 5
- 102100034547 Protocadherin Fat 4 Human genes 0.000 claims description 5
- 102000004912 RYR2 Human genes 0.000 claims description 5
- 108060007241 RYR2 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100038042 Retinoblastoma-associated protein Human genes 0.000 claims description 5
- 102100031711 Splicing factor 3B subunit 1 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100033438 Tyrosine-protein kinase JAK1 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100036955 Xin actin-binding repeat-containing protein 2 Human genes 0.000 claims description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 5
- 102000000872 ATM Human genes 0.000 claims description 4
- 102100021886 Activin receptor type-2A Human genes 0.000 claims description 4
- 102100034540 Adenomatous polyposis coli protein Human genes 0.000 claims description 4
- 101000783817 Agaricus bisporus lectin Proteins 0.000 claims description 4
- 102100034044 All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH1B Human genes 0.000 claims description 4
- 108010004586 Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins Proteins 0.000 claims description 4
- 102100029897 Bromodomain-containing protein 7 Human genes 0.000 claims description 4
- 101100206208 Camellia sinensis TCS2 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 108091007854 Cdh1/Fizzy-related Proteins 0.000 claims description 4
- 102000038594 Cdh1/Fizzy-related Human genes 0.000 claims description 4
- 108010016788 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p21 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100033270 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 108010001202 Cytochrome P-450 CYP2E1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100024889 Cytochrome P450 2E1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100023275 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100026353 F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100031510 Fibrillin-2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100031561 Hamartin Human genes 0.000 claims description 4
- 102100031880 Helicase SRCAP Human genes 0.000 claims description 4
- 102100022057 Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035616 Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 Human genes 0.000 claims description 4
- 101000970954 Homo sapiens Activin receptor type-2A Proteins 0.000 claims description 4
- 101000924577 Homo sapiens Adenomatous polyposis coli protein Proteins 0.000 claims description 4
- 101000780453 Homo sapiens All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH1B Proteins 0.000 claims description 4
- 101000794019 Homo sapiens Bromodomain-containing protein 7 Proteins 0.000 claims description 4
- 101001115394 Homo sapiens Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000835675 Homo sapiens F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000846890 Homo sapiens Fibrillin-2 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000795643 Homo sapiens Hamartin Proteins 0.000 claims description 4
- 101000704158 Homo sapiens Helicase SRCAP Proteins 0.000 claims description 4
- 101001045751 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Proteins 0.000 claims description 4
- 101000854026 Homo sapiens Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000588130 Homo sapiens Microsomal triglyceride transfer protein large subunit Proteins 0.000 claims description 4
- 101000974340 Homo sapiens Nuclear receptor corepressor 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 claims description 4
- 101001028804 Homo sapiens Protein eyes shut homolog Proteins 0.000 claims description 4
- 101000601770 Homo sapiens Protein polybromo-1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000703463 Homo sapiens Rho GTPase-activating protein 35 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000823316 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase ABL1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102000004034 Kelch-Like ECH-Associated Protein 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000484 Kelch-Like ECH-Associated Protein 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100025725 Mothers against decapentaplegic homolog 4 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710143112 Mothers against decapentaplegic homolog 4 Proteins 0.000 claims description 4
- 108010071382 NF-E2-Related Factor 2 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100031701 Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100022935 Nuclear receptor corepressor 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 claims description 4
- 102000014160 PTEN Phosphohydrolase Human genes 0.000 claims description 4
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 claims description 4
- 102100037166 Protein eyes shut homolog Human genes 0.000 claims description 4
- 102100037516 Protein polybromo-1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100030676 Rho GTPase-activating protein 35 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100022596 Tyrosine-protein kinase ABL1 Human genes 0.000 claims description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 4
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 4
- 102100034571 AT-rich interactive domain-containing protein 1B Human genes 0.000 claims description 3
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 claims description 3
- 101000924255 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 1B Proteins 0.000 claims description 3
- 101000599886 Homo sapiens Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial Proteins 0.000 claims description 3
- 101000932478 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000997832 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK2 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100037845 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial Human genes 0.000 claims description 3
- 102100020718 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100033444 Tyrosine-protein kinase JAK2 Human genes 0.000 claims description 3
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 3
- 101710191461 F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 claims description 2
- 102100035172 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase Human genes 0.000 claims description 2
- 101710155861 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase Proteins 0.000 claims description 2
- 101710174622 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase, chloroplastic Proteins 0.000 claims description 2
- 101710137456 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase, cytoplasmic isoform Proteins 0.000 claims description 2
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 claims description 2
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 2
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 2
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 abstract description 20
- 238000011282 treatment Methods 0.000 abstract description 8
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 abstract description 6
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 abstract description 4
- 238000011528 liquid biopsy Methods 0.000 abstract description 4
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 abstract description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 24
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 10
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 8
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 7
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 7
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 7
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 102000013529 alpha-Fetoproteins Human genes 0.000 description 5
- 108010026331 alpha-Fetoproteins Proteins 0.000 description 5
- JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N carbonyl sulfide Chemical compound O=C=S JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 4
- 229960004679 doxorubicin Drugs 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 101150020330 ATRX gene Proteins 0.000 description 3
- 102100021975 CREB-binding protein Human genes 0.000 description 3
- 101000896987 Homo sapiens CREB-binding protein Proteins 0.000 description 3
- 101100495925 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) chr3 gene Proteins 0.000 description 3
- 102000056014 X-linked Nuclear Human genes 0.000 description 3
- 108700042462 X-linked Nuclear Proteins 0.000 description 3
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L cisplatin Chemical compound N[Pt](N)(Cl)Cl DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 3
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 3
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 3
- 239000010421 standard material Substances 0.000 description 3
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 3
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 3
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 description 2
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- VJJPUSNTGOMMGY-MRVIYFEKSA-N etoposide Chemical compound COC1=C(O)C(OC)=CC([C@@H]2C3=CC=4OCOC=4C=C3[C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@@H]4O[C@H](C)OC[C@H]4O3)O)[C@@H]3[C@@H]2C(OC3)=O)=C1 VJJPUSNTGOMMGY-MRVIYFEKSA-N 0.000 description 2
- 229960005420 etoposide Drugs 0.000 description 2
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 102200085639 rs104886003 Human genes 0.000 description 2
- 102200085789 rs121913279 Human genes 0.000 description 2
- 102200044886 rs121913409 Human genes 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 2
- VZSRBBMJRBPUNF-UHFFFAOYSA-N 2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylamino)-N-[3-oxo-3-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide Chemical compound C1C(CC2=CC=CC=C12)NC1=NC=C(C=N1)C(=O)NCCC(N1CC2=C(CC1)NN=N2)=O VZSRBBMJRBPUNF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150060295 58 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 101100002343 Arabidopsis thaliana ARID1 gene Proteins 0.000 description 1
- 190000008236 Carboplatin Chemical compound 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 102100023593 Fibroblast growth factor receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 1
- 101000827746 Homo sapiens Fibroblast growth factor receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000851018 Homo sapiens Vascular endothelial growth factor receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 239000002144 L01XE18 - Ruxolitinib Substances 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- AFCARXCZXQIEQB-UHFFFAOYSA-N N-[3-oxo-3-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)propyl]-2-[[3-(trifluoromethoxy)phenyl]methylamino]pyrimidine-5-carboxamide Chemical compound O=C(CCNC(=O)C=1C=NC(=NC=1)NCC1=CC(=CC=C1)OC(F)(F)F)N1CC2=C(CC1)NN=N2 AFCARXCZXQIEQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 108700005075 Regulator Genes Proteins 0.000 description 1
- 102100033178 Vascular endothelial growth factor receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- OJDXPBWKOFNPDR-YTQOOTMVSA-N [(z,2s)-5-[[(2r,3r,5s,6s)-6-[(2e,4e)-5-[(3r,4r,5r,7s)-7-[2-[6-[6-[5-[(3as,4s,6ar)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]hexanoylamino]hexanoylamino]ethoxy]-4-hydroxy-7-methyl-1,6-dioxaspiro[2.5]octan-5-yl]-3-methylpenta-2, Chemical compound O1[C@H](C)[C@H](NC(=O)\C=C/[C@@H](OC(C)=O)C)C[C@H](C)[C@@H]1C\C=C(/C)\C=C\[C@@H]1[C@@H](O)[C@@]2(OC2)C[C@@](C)(OCCNC(=O)CCCCCNC(=O)CCCCCNC(=O)CCCC[C@H]2[C@H]3NC(=O)N[C@H]3CS2)O1 OJDXPBWKOFNPDR-YTQOOTMVSA-N 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 210000000013 bile duct Anatomy 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 230000005907 cancer growth Effects 0.000 description 1
- 229960004562 carboplatin Drugs 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000001364 causal effect Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000005266 circulating tumour cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000005713 exacerbation Effects 0.000 description 1
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- YKLIKGKUANLGSB-HNNXBMFYSA-N idelalisib Chemical compound C1([C@@H](NC=2[C]3N=CN=C3N=CN=2)CC)=NC2=CC=CC(F)=C2C(=O)N1C1=CC=CC=C1 YKLIKGKUANLGSB-HNNXBMFYSA-N 0.000 description 1
- 229960003445 idelalisib Drugs 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 229960001972 panitumumab Drugs 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 229950004941 pictilisib Drugs 0.000 description 1
- LHNIIDJUOCFXAP-UHFFFAOYSA-N pictrelisib Chemical compound C1CN(S(=O)(=O)C)CCN1CC1=CC2=NC(C=3C=4C=NNC=4C=CC=3)=NC(N3CCOCC3)=C2S1 LHNIIDJUOCFXAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 1
- 230000008844 regulatory mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 102200006539 rs121913529 Human genes 0.000 description 1
- HFNKQEVNSGCOJV-OAHLLOKOSA-N ruxolitinib Chemical compound C1([C@@H](CC#N)N2N=CC(=C2)C=2C=3C=CNC=3N=CN=2)CCCC1 HFNKQEVNSGCOJV-OAHLLOKOSA-N 0.000 description 1
- 229960000215 ruxolitinib Drugs 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널에 관한 것이다. 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널은 총 35.61kb에 해당하는 유전자 부위에 대해 증폭 및 시퀀싱이 가능하고, 조직 시료뿐만 아니라 혈중 종양 세포(Circulating Tumor Cell, CTC) 또는 세포-유리 DNA(Cell-free DNA)와 같은 액체 생검 시료를 사용해서도 간암 특이적 유전자 변이를 높은 정확도 및 민감도로 분석할 수 있어, 이러한 분석 결과를 바탕으로 간암 특이적 조기진단 및 개인 맞춤형 치료에 유용하게 이용될 수 있다.
Description
본 발명은 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널에 관한 것이다.
간암이란 간에 생기는 원발성 암을 통칭한다. 간세포에서 기원하는 암을 간세포암종, 담관세포에서 기원하는 암을 담관세포암종이라 하며, 이 외에도 여러 종류의 암이 있으나, 간세포암종이 원발성 간암의 대부분(약 80%)을 차지하기 때문에 일반적으로 "간암"은 간세포암종을 의미한다.
간암은 현재 전 세계적으로 암에 의한 사망 원인 중 3위에 해당하며, 특히 서아시아와 아프리카에서의 발병률이 높고 서양 국가에서도 점점 증가하고 있는 추세이다. 우리나라의 경우 2017년 통계청이 발표한 사망원인통계에 따르면 암에 의한 사망 원인 중 간암이 2위에 해당하였다. 간암의 발병 원인은 B형간염 바이러스와 C형간염 바이러스 감염에 의한 원인이 가장 흔하게 알려져 있으나, 그 외 다양한 원인이 관련되어 있기 때문에 유전적 변이와 유전자 발현의 변화 양상이 매우 다양한 형태를 나타내는 특징이 있다.
현재 간암의 확진을 위해서는 조직 생검을 시행해야 하며, 간세포암 진료가이드라인에 따라 간세포암종과 관련된 종양 표지자 검사들 중 혈청 알파태아단백(alpha-fetoprotein, AFP)이 널리 사용되어 왔으나, AFP 수치의 상승은 간세포암 이외에 간염의 악화 또는 간세포의 활발한 재생시기 등 비특이적인 경우에도 나타나 민감도가 낮은 문제점이 있다. 대표적인 혈중 간암 표지자인 alpha-fetoprotein (AFP)의 경우 민감도가 낮은 문제점이 있다고 알려져 있다.
이에, 최근 다양한 유전자들과 조절 기작이 복합적으로 연관된 간암 진단에 있어서 전장 유전체 해독(Whole Genome Sequencing) 또는 엑솜시퀀싱(Whole-Exome Sequencing)을 통해 간암에서의 유전적 변이 및 구조적인 변이에 대한 연구 및 차세대 염기서열 분석(Next Generation Sequencing, NGS)을 통한 암 패널이 앞다투어 개발되고 있다. 그러나, 지금까지의 암유전자 검사는 간암 특이적 패널이 아니거나, 비교적 크기가 큰 암 패널로 비용적 부담이 과도하거나, 조직 시료만을 대상으로 검사가 가능하다는 한계가 있다.
이에, 조직 시료뿐만 아니라 액체 생검 시료에서도 적용이 가능하면서도, 정확도와 민감도가 높은 간암 조기진단 및 예후 예측 모델에 대한 요구가 점점 증가하는 실정이다.
이에, 본 발명자들은 간암 특이적 암 패널 개발을 위해 노력한 결과, 간암에서 고빈도로 발견되는 변이를 우선적으로 검사하여 환자가 보유하고 있는 암 유전체의 변이 프로파일을 통해 암 발생의 원인 유전 변이의 유무를 검색하고, 검출된 원인 유전자 변이의 검출 여부를 추적 관찰함으로써 간암에 대한 맞춤형 치료제를 제공하고, 그에 따른 효과 및 예후를 예측할 수 있음을 확인하고 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 목적은 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널, 간암 진단에 대한 정보제공방법 및 간암특이적 유전자 변이에 따른 맞춤 항암제 정보제공방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 TP53, CTNNB1, ABL, APOB, RYR2, PCLO, LRP1B, ARID1A, XIRP2, AXIN1, ARID2, COL11A1, KMT2D, RB1, KMT2C, FAT4 및 PREX2로 이루어진 군으로부터 선택되는 2종 이상의 유전자의 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물을 제공한다.
이때, 상기 조성물은 KEAP1, SETD2, ARID1B, JAK1, RPS5KA3, NFE2L2, PIK3CA, APC, TCS2, ACVR2A, KIT, PTEN, SF3B1, ARHGAP35, ATM, PBRM1, TSC1, HNF1A, ATRX, CDH1, CREBBP, EGFR, KRAS, PDGFRA, ERBB2, FLT3, IDH2, JAK2, SMAD4, TBL1XR1, EYS, FBN2, BRD7, CDKN1A, NCOR1, ADH1B, SRCAP, HNRNPA2B1, CYP2E1, MAP2K3 및 G6PD로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 연속 뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 더 포함하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명의 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 일 예로 프라이머 또는 프로브일 수 있다.
한편, 본 발명은 상기한 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물을 포함하는 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널을 제공한다. 이때, 상기 암 패널은 바람직하게 간암환자의 혈액, 타액, 뇨, 분변, 기관, 조직, 세포 및 생검물로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 시료로부터 간암 특이적 유전자 변이를 검출하는 것이 좋은데, 더욱 바람직하게는 혈중 종양 세포(circulating tumor cell) 또는 세포-유리 DNA(cell-free DNA)로부터 간암 특이적 유전자 변이를 검출하는 것이 좋다.
본 발명의 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널에 있어서, 상기 암 패널은 바람직하게 앰플리콘 크기가 140~160bp인 것이 좋다.
또한, 본 발명의 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널에 있어서, 상기 암 패널은 바람직하게 하기 표 6에서 선택되는 1종 이상의 간암 특이적 핫스팟 변이 검출용인 것이 좋다.
한편, 본 발명은 본 발명의 암 패널에 시료를 처리하여 간암특이적 유전자 변이를 검출하는 단계;를 포함하는 간암 진단에 대한 정보제공방법을 제공한다.
한편, 본 발명은 본 발명의 암 패널에 시료를 처리하여 간암특이적 유전자 변이를 검출하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계에서 검출된 간암특이적 유전자 변이 대응 치료제를 선별하는 단계;를 포함하는 간암특이적 유전자 변이에 따른 맞춤 항암제 정보제공방법을 제공한다.
본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널은 총 35.61kb에 해당하는 유전자 부위에 대해 증폭 및 시퀀싱이 가능하고, 조직 시료뿐만 아니라 혈중 종양 세포(Circulating Tumor Cell, CTC) 또는 세포-유리 DNA(Cell-free DNA)와 같은 액체 생검 시료를 사용해서도 간암 특이적 유전자 변이를 높은 정확도 및 민감도로 분석할 수 있어, 이러한 분석 결과를 바탕으로 간암 특이적 조기진단 및 개인 맞춤형 치료에 유용하게 이용될 수 있다.
도 1은 혈중 종양 세포(Circulating Tumor Cell, CTC) 모델 표준 물질 제작 및 변이 검출능 검증 실험 프로토콜을 나타낸 도이다.
도 2는 CTC 모델 표준 물질 대상으로 수행한 변이 검출능 검증 실험의 결과를 나타낸 도이다.
도 3은 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널을 사용하여 외부 유전자검사 기관에서 수행한 변이 검출능 검증 실험 프로토콜을 나타낸 도이다.
도 4는 외부 유전자검사 기관에서 수행한 변이 검출능 검증 실험의 결과를 나타낸 도이다.
도 5는 암 패널의 임상 검체 변이 검출 유전자를 나타낸 도이다(상부패널: TCGA 간암 검출 변이 빈도 상위 20개 유전자, 중부패널: 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널 검출 유전자, 하부패널: 비교예 1의 범용 암 패널 검출 유전자).
도 6은 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널에서 검출된 변이 분포를 나타낸 도이다.
도 7은 범용 암 패널과 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널의 변이 검출률을 비교한 도이다.
도 2는 CTC 모델 표준 물질 대상으로 수행한 변이 검출능 검증 실험의 결과를 나타낸 도이다.
도 3은 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널을 사용하여 외부 유전자검사 기관에서 수행한 변이 검출능 검증 실험 프로토콜을 나타낸 도이다.
도 4는 외부 유전자검사 기관에서 수행한 변이 검출능 검증 실험의 결과를 나타낸 도이다.
도 5는 암 패널의 임상 검체 변이 검출 유전자를 나타낸 도이다(상부패널: TCGA 간암 검출 변이 빈도 상위 20개 유전자, 중부패널: 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널 검출 유전자, 하부패널: 비교예 1의 범용 암 패널 검출 유전자).
도 6은 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널에서 검출된 변이 분포를 나타낸 도이다.
도 7은 범용 암 패널과 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널의 변이 검출률을 비교한 도이다.
본 발명은 TP53, CTNNB1, ABL, APOB, RYR2, PCLO, LRP1B, ARID1A, XIRP2, AXIN1, ARID2, COL11A1, KMT2D, RB1, KMT2C, FAT4 및 PREX2로 이루어진 군으로부터 선택되는 2종 이상의 유전자의 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물을 제공한다.
이때, 상기 조성물은 KEAP1, SETD2, ARID1B, JAK1, RPS5KA3, NFE2L2, PIK3CA, APC, TCS2, ACVR2A, KIT, PTEN, SF3B1, ARHGAP35, ATM, PBRM1, TSC1, HNF1A, ATRX, CDH1, CREBBP, EGFR, KRAS, PDGFRA, ERBB2, FLT3, IDH2, JAK2, SMAD4, TBL1XR1, EYS, FBN2, BRD7, CDKN1A, NCOR1, ADH1B, SRCAP, HNRNPA2B1, CYP2E1, MAP2K3 및 G6PD로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 연속 뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 더 포함하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 명세서에서, 용어 "폴리뉴클레오티드"는 임의의 길이를 지닌 뉴클레오티드 폴리머를 의미하는 것으로, 본 명세서에서 폴리뉴클레오티드는 핵산 또는 올리고뉴클레오티드와 상호교환적으로 사용할 수 있다.
본 명세서에서, 용어 "유전자"는 유전정보를 결정하는 구조단위를 의미하는 것으로, 단백질의 아미노산 서열 또는 기능 RNA(tRNA, rRNA 등)의 염기 배열을 결정하는 정보를 가지는 구조 유전자, 및/또는 구조유전자의 발현을 제어하는 조절유전자(예를 들면, 프로모터, 억제자(repressor), 작동유전자(operator) 등)를 포함한다. 본 명세서에서 용어 "유전자"는 유전자의 산물을 생성하기 위해 전사되는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 단일가닥 쪽을 의미하는 것으로 이해된다. 예를 들면 "유전자의 뉴클레오티드 서열"은 유전자의 산물을 생성하기 위해 전사되는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 단일가닥에 포함된 기능을 코딩하는 뉴클레오티드 서열 및/또는 구조유전자의 발현을 제어하는 뉴클레오티드 서열을 의미할 수 있다.
본 명세서에서, 용어 "연속 뉴클레오티드 서열(contiguous nucleotide sequence)"은 인접한 2개 이상의 뉴클레오티드 서열을 의미한다.
본 명세서에서, 용어 "상보적(complementary)"은 어떤 특정한 혼성화(hybridization) 또는 어닐링 조건 하에서 상술한 뉴클레오티드 서열에 선택적으로 혼성화할 수 있을 정도의 상보성을 갖는 것을 의미한다. 상기 용어 "상보적"은 실질적 상보적(substantially complementary) 및 완전 상보적(perfectly complementary)인 것을 모두 포괄할 수 있으며, 구체적으로는 완전히 상보적인 것을 의미할 수 있다.
본 명세서에서, 용어 "변이"는 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자의 카피수의 변이 또는 뉴클레오티드 서열의 변이를 포함할 수 있다. 상기 유전자의 카피수의 변이는 예를 들면 복제수변이(CNV)일 수 있다. 상기 뉴클레오티드 서열의 변이는 표준 유전체 DNA에 대하여 하나 이상의 뉴클레오티드 서열의 치환, 삽입, 결실, 또는 전좌를 포함할 수 있다. 상기 하나 이상의 뉴클레오티드 서열의 치환은 예를 들면 단일 뉴클레오티드 변이(SNV)일 수 있다. 또한 상기 암 세포의 유전체 DNA의 변이는 더욱 구체적으로 단일 뉴클레오티드 변이, 삽입-결실 변이, 복제수 변이 및 전좌로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있다. 또한 상기 유전체 변이는 가장 구체적으로 단일 뉴클레오티드 변이, 삽입-결실변이, 복제수변이 및 전좌일 수 있다.
본 발명의 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는, 일 예로 프라이머 또는 프로브일 수 있다.
본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드는 표적 유전자의 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 이러한 폴리뉴클레오티드의 특이적 결합 특성을 이용하여, 혼합 시료로부터 표적 유전자 또는 그의 단편을 효과적으로 혼합물로부터 분리할 수 있다. 따라서 상기 폴리뉴클레오티드를 프라이머 또는 프로브로 명명할 수 있다. 본 발명에서 용어 "프라이머"는 짧은 자유 3 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 핵산의 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 핵산 주형의 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 용어 "프로브"는 특정 물질, 부위, 상태 등을 특이적으로 검출하는 물질을 의미한다. 본 발명의 구현예에서는 핫스팟 변이 검출을 위해 약 400개의 프라이머를 포함하는 암패널을 이용하였다.
본 발명에 있어서, 상기 조성물은 암세포의 생존능을 감소시키는데 효과적인 항암제를 탐색하는데 사용하기 위한 것일 수 있다. 상기 암세포의 생존능의 감소는 암세포의 제거, 암세포의 전이 또는 성장의 억제 또는 지연 등을 포함하는 것으로 이해된다. 또한 상기 조성물은 암세포를 가진 환자에서 암을 치료하는데 효과적인 항암제를 탐색하는데 사용하기 위한 것일 수 있다. 상기 효과적인 항암제는 상기 조성물을 이용하지 않고 선택되는 항암제와 비교하였을 때 생존능 감소 또는 암 치료 효과가 우수한 항암제를 의미할 수 있다.
본 발명에 따른 조성물은 키트의 형태일 수 있다. 상기 키트는 상기 폴리뉴클레오티드가 유전체 핵산과 혼성화하는데 요구되는 알려진 물질, 예를 들면 상기 핵산의 혼성화에 필요한 시약, 버퍼, 보조인자 및/또는 기질을 더 포함할 수 있다. 또한, 상기 키트가 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소, DNA 중합효소보조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있으며, 상기 키트가 면역 분석에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, 이차항체 및 표지의 기질을 포함할 수 있다. 또한, 상기 키트는 표적핵산을 증폭하기 위하여 사용하기 위한 설명서를 더 포함할 수 있으며, 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.
한편, 본 발명은 상기한 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물을 포함하는 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널을 제공한다. 이때, 상기 암 패널은, 바람직하게 앰플리콘 크기가 140 내지 160bp인 것이 좋고, 바람직하게 표 6에서 선택되는 1종 이상의 간암 특이적 핫스팟 변이 검출용인 것이 좋다.
현재 대부분의 상용화된 고형암 범용 암 패널의 경우 타암종에서 높은 변이로 검출되는 유전자 위주로 구성되어 있어, 간암 검체로 시퀀싱을 진행하여도 간암 관련 변이 검출률이 낮은 한계가 있어왔다. 본 발명에서는 이를 극복하기 위하여, 간암 검체에서 고빈도로 검출되는 58개의 유전자 변이를 타겟으로 선정하였고, 이를 기반으로 선정된 간암 특이적인 핫스팟 변이 부위만을 선정하여 만들어진 본 발명의 암 패널은 구조적인 측면에서 시판중인 범용 암 패널에 비하여 패널 사이즈를 1/3이하로 줄일 수 있었다. 이에 따라, 본 발명의 간암 특이적 암 패널은 한 번에 시퀀싱할 수 있는 검체의 개수를 늘려 검사비용 및 시간을 절감할 수 있는 장점이 있다.
본 발명에 따른 암 패널은 암 환자로부터 비침습적으로 수득한 생물학적 시료로부터 분리된 유전체 DNA 또는 그의 단편에 적용될 수 있다. 예를 들면, 상기 시료는 혈액, 타액, 뇨, 분변, 조직, 세포 및 생검물로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있다. 시료는 보관된 생물학적 시료 또는 그로부터 분리된 유전체 DNA를 포함하는 것일 수 있다. 상기 보관은 알려진 방법에 의하여 보관된 것일 수 있다. 상기 유전체 DNA는 냉동 보관 또는 포르말린 고정된 파라핀 임베디드된 조직을 상온에서 보관한 조직으로부터 유래된 DNA 또는 RNA일 수 있다. 생물학적 시료로부터 유전체 DNA를 분리하는 방법은 잘 알려져 있다. 상기 암 세포는 암 환자로부터 분리된 것일 수 있다. 따라서 상기 시료는 암 환자의 세포, 조직, 기관, 체액으로부터 분리한 것일 수 있으며, 이 경우, 상기 시료는 통상적인 방법, 예를 들면 관련 의학 기법에서 당업자에 의해 잘 공지된 방법을 이용하는 생검에 의해 수득될 수 있다.
본 발명에 있어서, 뉴클레오티드 서열의 확인은 예를 들면 시퀀싱(sequencing) 방법을 통해 확인할 수 있으며, 구체적으로는 차세대 염기서열 분석(Next Generation Sequencing, NGS)에 의해 확인할 수 있다. 차세대 염기서열 분석은 칩(Chip) 기반 그리고 PCR기반 페어드엔드(paired end) 형식으로 전장유전체를 조각내고, 상기 조각을 화학적인 반응(hybridization)에 기초하여 초고속으로 시퀀싱을 수행하는 기술을 의미한다. 차세대 염기서열 분석에 의해 짧은 시간 내에 분석대상이 되는 시료에 대해 대량의 염기서열 데이터를 생성할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 본 발명에서 제작한 암 패널은 조직 시료뿐만 아니라 혈중 종양 세포 (Circulating tumor cell, CTC)와 cell-free DNA와 같은 액체 생검 시료에도 적용 가능하여 효율적으로 간암 환자에 관한 조기진단 및 치료 모니터링에 유용하게 이용될 수 있음을 확인하였다.
한편, 본 발명은 본 발명의 암 패널에 시료를 처리하여 간암특이적 유전자 변이를 검출하는 단계;를 포함하는 간암 진단에 대한 정보제공방법을 제공한다. 본 발명의 간암 진단에 대한 정보제공방법은, 간암특이적 핫스팟 변이를 높은 빈도로 확인 가능하고, 이에 따라 정확한 간암진단이 가능한 특징이 있다.
한편, 본 발명은 본 발명의 암 패널에 시료를 처리하여 간암특이적 유전자 변이를 검출하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계에서 검출된 간암특이적 유전자 변이 대응 치료제를 선별하는 단계;를 포함하는 간암특이적 유전자 변이에 따른 맞춤 항암제 정보제공방법을 제공한다. 본 발명의 간암특이적 유전자 변이에 따른 맞춤 항암제 정보제공방법은, 데이터베이스에 기록된 변이 대응 유전자와 대응 항암제 선택이 가능하고, 이에 따라 환자 맞춤형 간암치료제의 제공이 가능한 특징이 있다.
예컨대 본 발명의 암패널을 통해 핫스팟 변이가 검출되면, 핫스팟 변이에 관한 맞춤 치료제 정보를 포함하고 있는 데이터 베이스인 CIViC 데이터 베이스에서 해당 변이에 대한 맞춤형 항암제를 선별하여 간암 특이적 유전자 변이에 따른 맞춤 항암제에 관한 정보를 제공하고, 환자에게 맞춤형 항암 치료를 수행할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 간암 특이적 유전자 변이의 선정
1-1. 간암 특이적 유전자 마커의 선정
간암 특이적 유전자 마커 후보 선정을 위해, 기존의 데이터베이스에서 밝혀진 간암 특이적인 마커를 스크리닝 하고, 마커 후보군 중에서 변이빈도를 기준으로 3개의 공개 데이터베이스에서 변이 빈도 1% 이상을 나타내는 58개 유전자를 선정하였다. 본 발명의 후보 유전자군 스크리닝을 위해 사용한 데이터베이스는 TCGA (https://tcga-data.nci.nih.gov), COSMIC (https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic) 및 Intogen (https://www.intogen.org/)이며, TP53, CTNNB1, ABL, APOB, RYR2, PCLO, LRP1B, ARID1A, XIRP2, AXIN1, ARID2, COL11A1, KMT2D, RB1, KMT2C, FAT4, PREX2, KEAP1, SETD2, ARID1B, JAK1, RPS5KA3, NFE2L2, PIK3CA, APC, TCS2, ACVR2A, KIT, PTEN, SF3B1, ARHGAP35, ATM, PBRM1, TSC1, HNF1A, ATRX, CDH1, CREBBP, EGFR, KRAS, PDGFRA, ERBB2, FLT3, IDH2, JAK2, SMAD4, TBL1XR1, EYS, FBN2, BRD7, CDKN1A, NCOR1, ADH1B, SRCAP, HNRNPA2B1, CYP2E1, MAP2K3, G6PD를 포함하는 총 58개의 유전자를 선정하였다.
1-2. 간암 특이적 핫스팟 돌연변이의 확인
상기 실시예 1-1에서 선정한 총 58개 유전자에 대하여, COSMIC 데이터 베이스를 이용하여 간암 샘플에서 확인된 핫스팟 돌연변이를 탐색하였다. 탐색 결과, 총 58개 유전자에 대해 544개의 핫스팟 변이를 확인하였다. 이를 하기 표 1에 나타내었다. 또한, 상기 간암 관련 핫스팟 변이 중 변이 빈도가 가장 높은 변이를 대상으로 우선적으로 검사할 타겟 핫스팟 변이 총 17개를 선정하고 이를 하기 표 2에 나타내었다. 그 후, 선정된 544개의 간암 관련 핫스팟 변이 중에서 맞춤 치료제 정보를 CIViC 데이터 베이스에서 검색하고, 그 결과 총 12개 핫스팟 변이에 대해서 맞춤치료제가 검색되었으며, 이를 하기 표 3에 나타내었다.
[표 1]
| Gene | Cytoband | Gene size (Nucleotides) | # Mutations | # Mutations / Nucleotide | Freq | # of designed hotspot |
| TP53 | 17p13.1 | 3924 | 118 | 0.0301 | 30.83% | 56 |
| CTNNB1 | 3p21 | 6606 | 103 | 0.0156 | 26.01% | 36 |
| ALB | 4q13.3 | 3373 | 52 | 0.0154 | 11.53% | 5 |
| APOB | 2p24-p23 | 14828 | 44 | 2.97E-03 | 10.46% | 15 |
| RYR2 | 1q43 | 17668 | 44 | 2.49E-03 | 10.46% | 30 |
| PCLO | 7q21.11 | 18757 | 45 | 2.40E-03 | 9.38% | 29 |
| LRP1B | 2q21.2 | 17040 | 33 | 1.94E-03 | 8.85% | 22 |
| ARID1A | 1p35.3 | 9246 | 34 | 3.68E-03 | 8.58% | 17 |
| XIRP2 | 2q24.3 | 13023 | 32 | 2.46E-03 | 7.77% | 13 |
| AXIN1 | 16p13.3 | 7487 | 26 | 3.47E-03 | 6.43% | 14 |
| ARID2 | 12q12 | 12127 | 24 | 1.98E-03 | 5.90% | 13 |
| COL11A1 | 1p21 | 8265 | 22 | 2.66E-03 | 5.63% | 22 |
| KMT2D | 12q13.12 | 20476 | 24 | 1.17E-03 | 5.63% | 14 |
| RB1 | 13q14.2 | 6169 | 26 | 4.22E-03 | 5.63% | 8 |
| KMT2C | 7q36.1 | 22650 | 20 | 8.83E-04 | 5.36% | 10 |
| FAT4 | 4q28.1 | 16439 | 23 | 1.40E-03 | 5.09% | 15 |
| PREX2 | 8q13.2 | 12058 | 19 | 1.58E-03 | 5.09% | 13 |
| 이름 | 염색체 | 유전자 | CIViC(NA) | CIViC(AA) | 약물 |
| COSM10735 | chr17 | TP53 | 7578211G>C | R213P | EAP protocol(combination of doxorubicin, etoposide and cisplatin) |
| COSM10758 | chr17 | TP53 | 7578190A>G | Y220C | EAP protocol(combination of doxorubicin, etoposide and cisplatin) |
| COSM10718 | chr17 | TP53 | 7578406G>A | R175H | Dexorubicin |
| COSM43871 | chr17 | TP53 | 7577535G>C | R249 | Doxorubicin |
| COSM43665 | chr17 | TP53 | 7577535G>C | R249 | Doxorubicin |
| COSM10725 | chr17 | TP53 | 7577580A>G | Y234C | Carboplatin,Cisplatin |
| COSM305942 | chr1 | JAK1 | 65311203G>T | S703I | Ruxolitinib |
| COSM775 | chr3 | PIK3CA | 178952085A>G | H1047R | Panitumumab,Cetuximab |
| COSM763 | chr3 | PIK3CA | 178936091G>A | E545K | MK-2206,Pictilisib |
| COSM136387 | chr3 | PIK3CA | 178928226C>T | P471L | Idelalisib |
| COSM132937 | chr2 | SF3B1 | 198267359G>T | K666N | Spliceostatin A |
| COSM521 | chr12 | KRAS | 25398280:85 | G12/G13 | Cetuximab |
실시예 2. 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널의 제작
상기 실시예 1-2에서 선정한 544개의 핫스팟 변이에 대하여 변이의 위치정보를 포함하는 BED 파일을 UCSC genome browser (http://genome.ucsc.edu/)를 통해 생성한 후, 생성된 BED 파일 및 http://ampliSeq.com(Thermofisher Scientific 사) 홈페이지를 통해 맞춤형 핫스팟 패널을 디자인 하였다. 패널 디자인은 검사 시간 및 비용 절감을 위해 단일-풀(single-pool)로 디자인하였으며, 세포-유리 DNA(cfDNA) 및 FFPE(formalin-fixed paraffin embedded) 검체에서도 호환이 가능하도록 앰플리콘(amplicon) 크기를 125 내지 140bp가 되도록 디자인하였다. 제작된 암 패널은 Ion AmpliSeq Library Kit 2.0(Ion Torrent, Thermofisher Scientific 사)을 사용하여 제조사의 가이드에 따라 라이브러리를 제작한 후, Ion torrent 기반의 시퀀싱 장비를 통해 시퀀싱이 가능하다. 상기 암 패널은 총 406개의 프라이머 세트로 이루어져 있으며, 총 35.61kb 에 해당하는 유전자 부위에 대해 증폭 및 시퀀싱이 가능하다.
한편, 하기 실험에서 이용된 비교예 1은 범용 암 패널(Actionable panel)로, Onco-C Actionable Panel(주식회사 클리노믹스 사)를 이용하였다. 하기 표 4에는 비교예 1과 실시예 2의 암 패널 디자인을 비교하여 나타내었다. 본 발명 실시예 2의 간암 특이적 암 패널을 비교예 1의 범용 암 패널과 구조적인 측면에서 비교하였을 때, 본 발명 간암 특이적 암 패널의 경우 상기 실시예 1을 통해 선정된 간암 특이적인 핫스팟 변이 부위만을 선정하여 패널 사이즈를 1/3 이하로 작게 디자인이 가능하여, 한 번에 시퀀싱할 수 있는 검체의 개수를 늘려 검사 비용 및 시간을 절감할 수 있도록 설계되었다.
[표 4]
실시예
3. 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널의
검출능
검증
3-1. CTC 표준 물질을 사용한 분석
상기 실시예 2에서 제작한 암 패널의 변이 검출능을 검증하기 위하여 세포주를 이용하여 혈중 종양 세포(Circulating Tumor Cell, CTC) 모델 표준 물질을 제작하였다. 정상세포주에 암세포주의 개수를 점차 감소시키면서 혼합하여 변이 빈도 100%, 10%, 5%, 1% 및 0.1% 에 해당하는 CTC 모델 표준 물질을 제작한 후, 각각의 표준 물질을 3회 반복 실험을 통해 검출능 검증실험을 진행하였다. 실험 프로토콜을 도 1에, 실험 결과는 도 2에 나타내었다.
도 2에 나타낸 바와 같이, 제작한 CTC 모델 표준물질을 대상으로 변이 검출능 검증 실험을 수행한 결과, 5개 변이(TP53 p.R248Q, TP53 p.R248L, CTNNB1 p.S45F, TP53 p.G262D 및 PIK3CA p.H1047R)에 대해 변이 빈도가 모두 5% 이하인 샘플에 대해서 기대된 대립유전자 발현빈도(expected Allele frequency)와 관찰된 대립유전자 발현빈도(observed allele frequency)의 비례 커브 분석 결과, R2값이 0.95 이상을 나타내었으며, 그 중에서도 CTNNB1 p.S45F 변이 및 TP53 p.G262D 변이의 비례 커브 분석 결과 R2 값이 0.99 이상으로 상관관계가 매우 높음을 확인하였다.
3-2. cfDNA 표준 물질을 사용한 분석
그 다음으로, 상기 실시예 2에서 제작한 암 패널의 변이 검출능을 검증하기 위하여 상용화된 cfDNA 표준 물질인 Multiplex I cell free DNA reference standard set(HD780)(Horizon 사)를 외부 유전자검사 기관(테라젠이텍스 바이오 연구소)에 의뢰하여 4회 반복의 시퀀싱 검증 시험을 수행하였다. 상기 Multiplex I cell free DNA reference standard set 에 포함된 8개 변이 중 간암 패널 내에 포함된 변이는 KRAS G12D 및 PIK3CA E545K 2개의 변이였으며, 해당 2개 변이에 대하여 5%, 1% 및 0.1% 변이 빈도를 갖는 샘플에 대해 검출능 검증실험을 진행하고 실험 프로토콜은 도 3에, 실험 결과는 도 4에 나타내었다.
도 4에 나타낸 바와 같이, 4회 반복의 검출능 검증실험 결과 변이 빈도 0.1%까지 검출 가능한 것으로 나타나, 본 발명에 따른 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널은 우수한 민감도를 나타냄을 확인하였다.
상기 결과를 통해, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널은 총 35.61kb 에 해당하는 유전자 부위에 대해 증폭 및 시퀀싱이 가능하고, 앰플리콘 크기를 평균 150bp가 되도록 디자인하여 혈중 종양 세포(Circulating Tumor Cell, CTC) 또는 세포-유리 DNA(Cell-free DNA)와 같은 생검 시료를 사용해서도 간암 특이적 유전자 변이를 높은 정확도 및 민감도로 분석할 수 있어, 이러한 분석 결과를 바탕으로 환자 맞춤형 암 치료제 및 그에 따른 효과 및 예후 예측 정보를 효율적으로 제공할 수 있음을 확인하였다.
실시예
4. 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널의 임상적 성능 검증
본 발명에서 개발한 간암 특이적 암 패널의 임상적 효용성을 검증하기 위하여, 10건의 임상 검체를 대상으로 비교예 1의 범용 암 패널과 실시예 2의 간암 특이적인 암 패널로 각각 시퀀싱을 진행하여 변이 검출률을 비교하였다. 이를 위하여, 간암 환자의 FFPE 검체 10건으로부터 DNA를 추출한 후, 10ng의 DNA를 사용하여 각각 비교예 1의 범용 암 패널과 실시예 2의 간암 특이적인 암 패널로 라이브러리를 제작한 후 시퀀싱을 진행하였고, 시퀀싱 커버리지(coverage) 분석 결과를 하기 표 5에 나타내었다. 실험결과는 도 5 내지 도 9에 나타내었다.
[표 5]
표 5에 나타낸 바와 같이, 실시예 2의 간암 특이적 암 패널의 시퀀싱 커버리지 분석 결과 평균 뎁스(Depth)가 1829, 검출률(On Target ratio)이 98.1%, 균일성(Uniformity)이 96.57%로 나타났다. 이처럼 실시예 2의 간암 특이적 암 패널은 비교예 1의 범용 암 패널의 결과와 비교하여, 적은 평균 대프로 시퀀싱을 진행하여도 높은 검출률 및 균일성을 나타내어, 시퀀싱이 높은 효율로 진행되었음을 확인하였다.
또한, 도 5에 나타낸 바와 같이, 간암 FFPE 검체 10건에서 간암 특이적 암 패널로 시퀀싱 한 결과, 총 44개의 유전자에서 최소 1개 이상의 체세포(somatic) 변이가 검출되었으며, 이 중 10개의 유전자(22.7%, 중부패널 상에 빨간색으로 표시)는 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 데이터베이스의 1,609 케이스(case)의 간암 검체를 대상으로 한 변이 데이터와 비교하였을 때, 변이 빈도 상위 20위의 유전자에 포함이 되어 있음을 확인하였다.
반면에, 비교예 1의 범용 암 패널을 이용하여 동일한 간암 FFPE 검체를 시퀀싱한 결과, 최소 1개 이상의 변이가 검출된 유전자는 총 22개였으며, 이중에서 TCGA의 간암 변이 빈도 상위 20위의 유전자 내에 포함되는 유전자는 1개 (4.5%, 하부패널 상의 빨간색으로 표시)에 그친 것을 확인하였다.
한편, 도 6에 나타낸 바와 같이, 실시예 2의 간암 특이적인 유전자 변이 검출용 암 패널로 간암 임상검체 10건의 시퀀싱 진행 결과, 검출된 전체 유전자 변이 중에서 Cosmic DB에 보고된 변이 중 22개 유전자 70개의 변이가 검출되었으며, 10건의 검체에서 모두 최소 1개의 Cosmic 변이가 검출되었다.
상기 결과를 기준으로, 도 7에 나타낸 바와 같이, 간암 특이적 암 패널 시퀀싱한 결과를 범용 암 패널로 시퀀싱 결과와 비교하였을 때, 임상 검체 10건 중 최소 1개 이상의 Comic DB 보고 변이가 검출된 환자의 수는 전체 9명(90%)에서 10명(100%)으로 향상되었으며, 특히 이중에서도 최소 1개 이상의 간암에서 보고된 핫스팟 변이가 검출된 환자의 수는 2명(20%)에서 8명(80%)으로 향상된 것을 확인하였다.
상기 결과를 통해, 본 발명에서 개발한 간암 특이적 암 패널이 범용 암 패널과 비교하여 실제 간암 시료에서 간암 관련 변이 검출률을 향상시킴으로써, 임상적 효용성을 증대시킬 수 있음을 확인하였다.
비록 본 발명이 상기에 언급된 바람직한 실시예로서 설명되었으나, 발명의 요지와 범위로부터 벗어남이 없이 다양한 수정이나 변형을 하는 것이 가능하다. 또한 첨부된 청구 범위는 본 발명의 요지에 속하는 이러한 수정이나 변형을 포함한다.
Claims (10)
- TP53, CTNNB1, ABL, APOB, RYR2, PCLO, LRP1B, ARID1A, XIRP2, AXIN1, ARID2, COL11A1, KMT2D, RB1, KMT2C, FAT4 및 PREX2로 이루어진 군으로부터 선택되는 2종 이상의 유전자의 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물.
- 제1항에 있어서, 상기 조성물은 KEAP1, SETD2, ARID1B, JAK1, RPS5KA3, NFE2L2, PIK3CA, APC, TCS2, ACVR2A, KIT, PTEN, SF3B1, ARHGAP35, ATM, PBRM1, TSC1, HNF1A, ATRX, CDH1, CREBBP, EGFR, KRAS, PDGFRA, ERBB2, FLT3, IDH2, JAK2, SMAD4, TBL1XR1, EYS, FBN2, BRD7, CDKN1A, NCOR1, ADH1B, SRCAP, HNRNPA2B1, CYP2E1, MAP2K3 및 G6PD로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 연속 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드, 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물.
- 제1항 또는 제2항의 간암 특이적 유전자 변이 검출용 조성물을 포함하는 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널.
- 제4항에 있어서, 상기 암 패널은 간암환자의 혈액, 타액, 뇨, 분변, 기관, 조직, 세포 및 생검물로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 시료로부터 간암 특이적 유전자 변이를 검출하는 것을 특징으로 하는, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널.
- 제4항에 있어서, 상기 암 패널은 혈중 종양 세포(circulating tumor cell) 또는 세포-유리 DNA(cell-free DNA)로부터 간암 특이적 유전자 변이를 검출하는 것을 특징으로 하는, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널.
- 제4항에 있어서, 상기 암 패널은 앰플리콘 크기가 140~160bp인 것을 특징으로 하는, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널.
- 제4항에 있어서, 상기 암 패널은 하기 표 6에서 선택되는 1종 이상의 간암 특이적 핫스팟 변이 검출용인 것을 특징으로 하는, 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널.
[표 6]
- 제4항의 암 패널에 시료를 처리하여 간암특이적 유전자 변이를 검출하는 단계;를 포함하는 간암 진단에 대한 정보제공방법.
- (a) 제4항의 암 패널에 시료를 처리하여 간암특이적 유전자 변이를 검출하는 단계; 및
(b) 상기 (a) 단계에서 검출된 간암특이적 유전자 변이 대응 치료제를 선별하는 단계;를 포함하는 간암특이적 유전자 변이에 따른 맞춤 항암제 정보제공방법.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR20190056268 | 2019-05-14 | ||
| KR1020190056268 | 2019-05-14 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20200131768A true KR20200131768A (ko) | 2020-11-24 |
Family
ID=73679906
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020200057735A KR20200131768A (ko) | 2019-05-14 | 2020-05-14 | 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR20200131768A (ko) |
-
2020
- 2020-05-14 KR KR1020200057735A patent/KR20200131768A/ko not_active Application Discontinuation
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6664025B2 (ja) | まれな変異およびコピー数多型を検出するためのシステムおよび方法 | |
| Greytak et al. | Accuracy of molecular data generated with FFPE biospecimens: lessons from the literature | |
| US20190153535A1 (en) | Varietal counting of nucleic acids for obtaining genomic copy number information | |
| Farragher et al. | RNA expression analysis from formalin fixed paraffin embedded tissues | |
| Hadd et al. | Targeted, high-depth, next-generation sequencing of cancer genes in formalin-fixed, paraffin-embedded and fine-needle aspiration tumor specimens | |
| CN105518151B (zh) | 循环核酸肿瘤标志物的鉴别和用途 | |
| US20160340725A1 (en) | Method to increase sensitivity of next generation sequencing | |
| CN103797120B (zh) | 前列腺癌的生物学标志物、治疗靶点及其用途 | |
| Roschewski et al. | Circulating tumor DNA in lymphoma: principles and future directions | |
| EP3034624A1 (en) | Method for the prognosis of hepatocellular carcinoma | |
| EP2121988B1 (en) | Prostate cancer survival and recurrence | |
| Overdevest et al. | Utilizing the molecular gateway: the path to personalized cancer management | |
| EP2982986B1 (en) | Method for manufacturing gastric cancer prognosis prediction model | |
| JP2024020392A (ja) | 特定の遺伝子のｃｐｇメチル化変化を利用した肝癌診断用組成物およびその使用 | |
| Belder et al. | From RNA isolation to microarray analysis: comparison of methods in FFPE tissues | |
| EP2971178A1 (en) | Bladder cancer detection and monitoring | |
| Pang et al. | Appraisal of the technologies and review of the genomic landscape of ductal carcinoma in situ of the breast | |
| KR20200131768A (ko) | 간암 특이적 유전자 변이 검출용 암 패널 | |
| El-Heliebi et al. | State of the art and future direction for the analysis of cell-free circulating DNA | |
| KR102353064B1 (ko) | Her2 복제수 변이 검출용 조성물 및 이를 포함하는 키트 | |
| Dimitrov et al. | Potential of circulating tumour DNA as a biomarker in liquid biopsy | |
| Chambliss et al. | Applications of molecular techniques in the clinical laboratory | |
| Kinde | Rational Cancer Diagnostics Using Rare Mutation Detection Technology With Massively Parallel Sequencing | |
| Boutros | Molecular Prediction of Patient Prognosis | |
| WO2014160359A1 (en) | Mast cell cancer-associated germ-line risk markers and uses thereof |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| E902 | Notification of reason for refusal |