KR20200059228A - iPSC의 HLA-매칭된 뱅크를 사용하는 동종이계 CAR-T 플랫폼, 및 이와 관련된 조성물, 시스템, 및 방법 - Google Patents
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Abstract
본원에는 하나 이상의 개체에게 투여되는 암 치료에 적합한 "범용" 및/또는 "기성품" CAR-T 조성물을 생성하는 시스템 및 방법이 제공된다. CAR-T 조성물은 하나 이상의 유형의 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T)를 포함하는 조성물이다. iPSC 및/또는 세포주, 및 이로부터 유래된 임의의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 적합성을 나타내는 세포 유형(예를 들어, HLA 매칭 및/또는 ABO 혈액 매칭 및/또는 RHD 혈액 매칭)의 식별을 사용하여 하나 이상의 개체에 적합한 것으로서 식별된다. 이후, 적합한 세포는 관리되는 HLA-인덱싱된(및/또는 달리 인덱싱된) 저장소로부터 리트리빙되거나 공여자의 생물학적 샘플로부터 유도된다. 이후, 리트리빙된 적합한 세포는 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 유도하는데 사용되며, 여기서 유도된 조성물은 하나 이상의 개체의 치료에 적합하다.
Description
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2017년 9월 1일자로 출원된 미국 가출원 제62/553,550호의 이익을 주장하며, 그 내용은 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
발명의 분야
본 발명은 일반적으로 유도 만능 줄기 세포(induced pluripotent stem cell)(iPSC)의 HLA-인덱싱된 뱅크(HLA-indexed bank)를 사용하는 동종이계 CAR-T에 관한 장치, 시스템 및 방법에 관한 것이다.
배경
키메라 항원 수용체 T 세포(Chimeric antigen receptors T cell)(CAR-T)는 공여자(예를 들어, 환자)로부터 생성되고 암(예를 들어, 혈액 암) 치료에 사용될 수 있다. CAR-T 세포 치료제 생산에는 여러 단계가 포함된다. 먼저, T 세포가 공여자(예를 들어, 환자)로부터 수집된 후, T 세포 표면 상에 키메라 항원 수용체(CAR)를 생성하도록 조작되는 실험실로 보내진다. 이후, CAR-T 세포는 환자의 체내에서 계속 증식하면서 표적 항원을 발현하는 암성 세포의 인식 및 사멸을 위해 동일한 공여자(예를 들어, 환자) 또는 다수의 환자에게 다시 주입된다. 현재, 최근의 임상 시험에서 단백질 CD19를 갖는 CAR이 효과적이었다.
CAR-T 세포 치료를 위한 2 가지 전략, 즉, 자가 및 동종이계 전략이 있다.
"자가" 전략은 환자 자신의 T 세포를 사용하여 CAR-T 세포를 조작하는 것을 포함한다. 이 전략은 각 환자마다 수행되어야 하므로 비용과 시간이 많이 소요된다. 일부 환자는 림프구 수가 적거나 림프구 질이 좋지 않고 따라서 자가 요법이 선택 사항은 아니다.
"동종이계" 전략은 한명 이상의 환자에게 주입된 단일(건강한) 공여자로부터의 T 세포를 사용하는 것을 포함한다. 동종이계 세포는 다수의 개체의 그룹을 위해 제조되고 저장될 수 있으며 미리 만들어질 수 있다. 또한, 모집단을 제공하는데 더 적은 동종이계 라인이 필요하다. 결과적으로, 동종이계 전략은 자가 전략에 필요한 비용 및 시간이 많이 드는 제조를 감소시키고 조직 적합성 장벽(histocompatibility barrier)을 넘어 세포 이동을 제공한다.
동종이계 CAR-T 세포 치료제를 생성하는데 있어서의 과제는 동종이계 T 세포상의 내인성 T 세포 수용체(TCR)가 수령자의 동종이계 항원을 인식하여 이식편 대 숙주병(graft-versus-host disease)(GVHD)을 초래할 수 있다는 것이다. 결과적으로, 동종이계 T 세포의 표면 상의 HLA의 발현은 숙주 면역계에 의한 빠른 거부반응을 유발할 수 있다. 따라서, 동종이계 CAR-T 세포 치료제의 거부반응 가능성을 감소시키기 위해, 환자는 조직 적합성(또는 "HLA-매칭된") 세포를 수용하고 동종이계 CAR-T 세포를 "자가"로 "보는(see)" 것이 중요하다.
용어 "슈퍼 공여자(super donor)"는 강한 거부 반응을 유발하지 않는 인간 백혈구 항원(HLA) 유형(또는 HLA 유형을 갖는 세포주 또는 개체)을 지칭한다. 슈퍼 공여자는 모집단에 공통적이고, 특정 모집단의 상당 부분과 매칭되는 HLA 일배체형(haplotype)을 갖는다. 이는 모든 혈액형의 환자에게 용인될 수 있는 혈액형 음성 O형을 갖는 공여자로부터 수혈을 뱅킹하는 것과 유사하다.
인간은 특정 HLA 유전자에 대해 거의 항상 이형접합성(heterozygous)이다. 즉, 인간은 일반적으로 2개의 상이한 대립 유전자를 발현한다. 성공적인 매칭을 위해, 매칭에 여덟(8)개의 HLA 대립 유전자가 가장 적합하다(공여자 및 수령자 염색체 각각에 대해 4개의 대립 유전자). 동형접합성 공여자의 경우, 4개의 대립 유전자만 매칭될 것이 요구되고, 이에 따라 공여자에 매칭되는 수령자의 수가 증가한다. 거부 반응을 관장하는 3가지 주요 HLA 대립 유전자 모두에 대해 동형접합성인 개체는 6개의 유전자 대신 3개의 유전자만 매칭되어야 한다는 것을 의미한다. 따라서, 이들 소위 "슈퍼 공여자"로부터 유래된 iPSC 라인은 면역원성을 감소시키는 데 사용될 수 있다. 약 200개의 이러한 iPSC 라인은 높은 비율(예를 들어, 적어도 90%, 적어도 95% 이상)의 미국 및/또는 유럽 인구를 커버할 수 있고, 약 90 내지 100개의 이러한 iPSC 라인은 높은 비율(예를 들어, 적어도 90%, 적어도 95% 이상)의 일본 인구를 커버할 수 있는 것으로 여겨진다.
공여자 등록은 등록된 공여자를 동종이계 이식이 필요한 환자와 매칭시키려는 서비스이다. 인간 백혈구 항원(HLA) 형별 분석에 기초한 매칭은 전형적으로 적합한 공여자를 찾기 위해 수행된다. 많은 상이한 HLA 유형이 있기 때문에, 특히 환자의 가족 구성원 중 HLA-완전 매칭인 구성원이 없는 경우에는 종종 적합한 매칭을 찾기가 어렵다. 이것이 동종이계 CAR-T 전략이 아직 신뢰할 수 있는 암 치료법이 되지 못한 많은 이유 중 하나이다.
이들 과제를 해결하려는 시도에서, HLA-매칭된 T 세포를 조작하는 방법이 나타났다. 일반적인 방법은 숙주 세포 게놈의 일부가 되는, 레트로바이러스, 렌티바이러스 또는 트랜스포손과 같은 바이러스 벡터를 사용하는 것이다. 일부 적용에서, 비통합 벡터가 숙주 게놈을 방해할 가능성이 적기 때문에 바람직하다. 대안적으로, 다수의 세포 분열로 희석되고 손실될 플라스미드 또는 mRNA가 사용될 수 있다. 세 번째 가능성은 T 세포에서 안정적으로 유지되는 벡터를 사용하는 것이다. 대안적으로, 조직 적합성 장벽을 넘어 전이할 수 있는 보편적인 CAR-T 세포 치료제 생산에 대한 기대로 내인성 TCR 및 HLA 클래스 I의 발현에서 결핍된 CAR-T 세포를 생성하기 위한 다중화된 유전자 편집(예를 들어, TCR의 편집, 예를 들어, B2M의 편집, 예를 들어 PD1의 편집)을 위해 CRISPR/Cas9를 사용하는 몇몇 방법이 나타났다(참조: Ren et al. "Multiplex Genome Editing to Generate Universal CAR T Cells Resistant to PD1 Inhibition", Clinical Cancer Research, published online November 4, 2016, 이 내용은 본원에 그 전체가 참고로 포함됨).
따라서, 매칭된 HLA 뱅크를 사용하여 공여자로부터 적합한 세포를 소싱(sourcing)하는 시스템 및 방법이 필요하다. 이러한 플랫폼은 필요할 때 환자에게 이용 가능한 "범용" 및 "기성품(off-the-shelf)" CAR-T 세포를 제공할 것이다.
요약
본원에는 특정 개체 및/또는 특정 개체의 그룹에 투여될 암(예를 들어, 혈액 암) 치료에 적합한 "범용" 및/또는 "기성품" 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 시스템 및 방법이 제공된다. CAR-T 조성물은 하나 이상의 유형의 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T)를 포함하는 조성물이다. iPS 세포 및/또는 세포주 및 이로부터 유래된 임의의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 HLA 매칭 및/또는 ABO 혈액 매칭 및/또는 RHD 혈액 그룹 매칭과 같은 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 사용하여 특정 개체 또는 특정 개체의 그룹에 적합할 수 있는 것으로 식별된다. 이후, 적합한 iPS 세포 또는 세포주는 관리되는 HLA-인덱싱된(및/또는 달리 인덱싱된) 저장소로부터 리트리빙(retrieving)되거나 적합한 공여자의 생물학적 샘플로부터 유래된다. 이후, 리트리빙된 적합한 세포는 "범용" 및/또는 "기성품" iPSC-유래 CAR-T 조성물을 유도하는데 사용되며, 여기서 "범용" 및/또는 "기성품" iPSC-유래 CAR-T 조성물은 특정 개체 및/또는 특정 개체의 그룹의 치료에 적합하다.
본원에 기재된 기술은 CAR-T 조성물을 특정 개체 또는 특정 개체의 그룹에 맞춰지게 함으로써, 예를 들어 요망하는 CAR-T 조성물이 유래된 세포와 특정 개체 또는 개체의 그룹의 향상된 적합성으로 인해 CAR-T 기반 치료의 개선된 방법을 가능하게 한다. 또한, 특정 모집단의 많은 부분에 적합한 동종이계 iPS 세포 및/또는 세포주, 예를 들어 슈퍼 공여자는 대규모 개체의 그룹을 위해 미리 준비하여 보관할 수 있다. 이후, 이러한 슈퍼 공여자-유래 CAR-T 조성물은 이를 필요로 하는 사람들에게 즉시 이용 가능하게 되어, iPSC-유래 CAR-T 조성물의 생산 시간을 감소시킨다.
일 양태에서, 본 발명은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법으로서, 상기 방법은 (a) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포(예를 들어, 하나 이상의 유도 만능 줄기 세포(iPSC)[용어 "세포"는 세포 및 세포주 모두를 포함함])를 식별하는 단계; (b) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 적합한 세포를 리트리빙하는 단계; 및 (c) 상기 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 제조하는 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 적합한 세포는 iPSC, 줄기 세포, 혈액 전구체, iPSC, 조혈 줄기 세포(hematopoietic stem cell)(HSC), 중간엽 줄기 세포(mesenchymal stem cell)(MSC), 망막 색소 상피(Retinal Pigment Epithelium)(RPE) 및 배아체로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 구성원을 포함한다.
특정 구체예에서, 단계(b)는 공여자의 생물학적 샘플로부터 적합한 세포를 유도하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 공여자는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 구성원이 아니다.
특정 구체예에서, 단계(b)는 물리적 저장소로부터 적합한 세포를 얻는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 단계(b)는 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 사용자로부터 프로세서 기반 질의를 사용하여 적합한 세포에 상응하는 하나 이상의 데이터 엔트리를 리트리빙하는 것을 포함하며, 질의는 대상체와의 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 포함한다.
특정 구체예에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹과의 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별은 (i) 내지 (iii): (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭 중 하나 이상을 포함한다.
특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 리트리빙된 적합한 세포를 포함한다.
특정 구체예에서, 방법은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC, 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포로부터 T 세포를 생성하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 적합한 세포는 CRISPR/Cas9 기술을 사용하여 조작된다. 특정 구체예에서, 방법은 조작된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 것을 포함한다.
다른 양태에서, 본 발명은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법으로서, 상기 방법은 (a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 물리적 저장소의 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스를 저장하는 단계로서, 특징화된 세포는 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 포함하는 단계; (b) 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 세포 유형의 식별을 포함하는 사용자로부터 질의를 수신하는 단계; (c) 프로세서에 의해, 데이터베이스의 하나 이상의 데이터 엔트리에 질의를 매칭시키고, 매칭되는 데이터 엔트리 각각은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 세포 유형을 갖는 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하고, 이로써 대상체에 적합한 것으로서 하나 이상의 특징화된 세포를 식별하는 단계; (d) 물리적 저장소로부터, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합할 수 있는 것으로서 식별된 하나 이상의 특징화된 세포에 상응하는 적합한 세포를 리트리빙하는 단계; 및 (e) 상기 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 데이터 엔트리는 세포에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 포함하고, 질의는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 대해 질의된 HLA 유전자좌 세트를 포함하고, 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리는 각각 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포를 나타낸다.
특정 구체예에서, 물리적 저장소의 복수의 특징화된 세포는 불멸화된다.
특정 구체예에서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트는 적어도 3개의 HLA 유전자좌 세트를 포함하고, 적어도 3개의 HLA 유전자좌는 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DRB이다.
특정 구체예에서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트는 적어도 9개의 주어진 유전자좌 세트를 포함하며, 적어도 9개의 주어진 유전자좌는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, HLA-DPB1이다.
특정 구체예에서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 3개의 주어진 유전자좌를 포함한다.
특정 구체예에서, 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리 각각은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 대해 질의된 HLA 유전자좌 세트와 정확하게 매칭되거나 부분적으로 매칭된다.
특정 구체예에서, 방법은 리트리빙된 매칭되는 데이터 엔트리 각각에 상응하는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포에 대해 상응하는 바코드 또는 다른 식별자를 결정함으로써 물리적 저장소로부터 요망하는 세포의 리트리벌(retrieval) 및/또는 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포에 상응하는 식별 정보의 리트리벌을 가능하게 하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 복수의 특징화된 세포 각각에 대한 데이터 엔트리는 ABO 혈액형을 추가로 포함하고, 질의는 ABO 혈액형을 추가로 포함하며, 하나 이상의 특징화된 적합한 세포를 나타내는 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리는 질의된 HLA 유전자좌 및 질의된 ABO 혈액형에 매칭된다.
특정 구체예에서, 복수의 특징화된 세포 각각에 대한 데이터 엔트리는 RHD 혈액 그룹을 추가로 포함하고, 질의는 RHD 혈액 그룹을 추가로 포함하며, 하나 이상의 특징화된 적합한 세포를 나타내는 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리는 질의된 RHD 혈액 그룹 및 질의된 HLA 유전자좌에 매칭된다.
특정 구체예에서, 질의된 HLA 유전자좌는 HLA 매칭된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 필요로 하는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 상응한다[예를 들어, 데이터베이스에 나타낸 하나 이상의 샘플(예를 들어, 세포, 예를 들어 iPS 세포 및/또는 배아체 및/또는 혈액 전구체 및/또는 HSC를 포함하는 각각의 샘플)에 상응하는 HLA 매칭은 대상체의 HLA 유전자좌와 적합한 것(예를 들어, 적합한 HLA 유형) 등으로서 식별된, 정확하게 매칭되거나, 부분적으로 매칭됨].
특정 구체예에서, 하나 이상의 질의된 HLA 유전자좌는 HLA 매칭을 필요로 하는 특정 대상체로부터의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 결정된다.
특정 구체예에서, 질의된 ABO 혈액형은 ABO 매칭을 필요로 하는 특정 대상체로부터의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 결정된다.
특정 구체예에서, 질의된 RHD 혈액 그룹은 RHD 혈액 그룹 매칭을 필요로 하는 특정 대상체로부터의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 결정된다.
특정 구체예에서, 물리적 저장소는 하나 이상의 액체 질소 저장 탱크(예를 들어, 및/또는 다른 냉동고 시스템)를 포함한다.
특정 구체예에서, 방법은 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 하나 이상의 데이터 엔트리에 상응하는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포 각각으로부터 T 세포를 생성하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 방법은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
특정 구체예에서, 투여 단계는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 기지의 질병 또는 병태를 치료하기 위해 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 기지의 질병 또는 병태는 암이다. 특정 구체예에서, 기지의 질병 또는 병태는 급성 골수성 백혈병, 급성 림프모구 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 골수 증식성 장애, 골수 이형성 증후군, 다발성 골수종, 비호지킨 림프종, 호지킨 질환, 재생 불량성 빈혈, 순수 적혈구 무형성증, 발작성 야행성 혈색소뇨증, 판코니 빈혈, 지중해성 빈혈, 겸상 적혈구 빈혈, 중증 복합 면역 결핍증(SCID), 위스코트-알드리치(Wiskott-Aldrich) 증후군, 혈구탐식성 림프조직구증, 선천 대사 장애, 수포성 표피 박리증, 선천성 호중구 감소증, 슈와크만-다이아몬드(Shwachman-Diamond) 증후군, 다이아몬등-블랙판(Diamond-Blackfan) 빈혈 및 백혈구 부착 결핍증으로 이루어진 군으로부터 선택된 구성원을 포함하는 암이다.
특정 구체예에서, 데이터베이스는 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하며, 각각의 슈퍼 공여자 세포주에 대한 데이터 엔트리는 슈퍼 공여자 세포주에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 포함한다.
특정 구체예에서, 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주 각각은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 의한 면역 거부 반응의 위험이 보다 낮은, 매칭되는 HLA 유전자좌를 갖는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료에 사용될 수 있다.
특정 구체예에서, 방법은 하나 이상의 슈퍼 공여자 개체 각각으로부터 수집된 하나 이상의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 결정하는 것을 추가로 포함한다.
특정 구체예에서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 결정하는 단계는 적어도 3개의 HLA 유전자좌 세트를 식별하는 것을 포함하며, 적어도 3개의 HLA 유전자좌는 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DRB이다.
특정 구체예에서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 결정하는 단계는 적어도 9개의 HLA 유전자좌 세트를 식별하는 것을 포함하며, 적어도 9개의 HLA 유전자좌는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1이다.
특정 구체예에서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 3개의 HLA 유전자좌를 포함한다.
특정 구체예에서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트는 HLA-A, HLA-B, 및 DRB-1에 대해 동형접합성이다.
특정 구체예에서, 특징화된 HLA 유전자좌의 동형접합성 세트는 주어진 모집단의 대부분과 매칭되는 주어진 모집단에 대해 가장 일반적인 HLA 유전자좌 세트에 속한다.
특정 구체예에서, 특징화된 HLA 유전자좌의 동형접합성 세트는 적어도 3개의 주요 부위(예를 들어, 또는 적어도 4개, 또는 적어도 5개, 또는 적어도 6개, 또는 적어도 7개, 또는 적어도 8개, 또는 적어도 9개의 주요 부위)에서 동형접합성 HLA 유전자좌를 포함하고, 주요 부위는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1로 이루어진 군으로부터 선택된 구성원이다.
특정 구체예에서, 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주는 특정 대상체가 기원하는 모집단의 적어도 70%(예를 들어, 또는 적어도 75%, 또는 적어도 80%, 또는 적어도 85%, 또는 적어도 90%, 또는 적어도 95%)와 매칭된다.
특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주 중 하나를 사용하여 제조된다.
특정 구체예에서, 방법은 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 제조하는데 사용된 iPSC 슈퍼 공여자 세포주를 배양 배지에 노출시키는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 복수의 적합한 T 세포주 또는 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주를 포함한다.
특정 구체예에서, 적합한 세포는 CRISPR/Cas9 기술을 사용하여 조작된다. 특정 구체예에서, 방법은 조작된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 것을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하나 이상의 요망하는 T 세포를 포함하는 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 포함하는 물질의 조성물로서, 조성물이 본원에 기재된 양태 및 구체예 중 어느 하나의 방법에 의해 생성되는 조성물에 관한 것이다.
특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 특정 대상체의 생물학적 샘플로부터 유래된 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 포함한다. 특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 대상체의 생물학적 샘플로부터 유래된 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 사용하여 생성된다.
특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 물리적 저장소로부터의 적합한 세포를 포함하고, 적합한 세포는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된다.
특정 구체예에서, 적합한 세포는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 사용하여 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별되고, 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별은 (i) 내지 (iii) 중 하나 이상을 포함한다: 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹과 동일한 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹을 갖는, (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭.
또 다른 양태에서, 본 발명은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 저장하는 방법으로서, 상기 방법은 (a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 적합한 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 식별하는 단계; (b) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 표지로 표지하는 단계로서, 표지가 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 관한 정보 및 iPSC-유래 CAR-T 조성물이 유도되는 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포의 분류를 포함하는 단계; 및 (c) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 물리적 저장소의 각 표지에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스를 저장하는 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 하나 이상의 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포의 분류는 (i) 내지 (iii) 중 하나 이상을 포함한다: (i) HLA 유전자좌, (ii) ABO 혈액형, 및 (iii) RHD 혈액 그룹.
특정 구체예에서, 표지는 물리적 표지 및/또는 디지털 표지이다.
특정 구체예에서, 표지는 다음과 같은 (i) 내지 (iii): (i) iPSC-유래 CAR-T 조성물이 유도되는, 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포; (ii) 표지된 iPSC-유래 CAR-T 조성물에 적합한 하나 이상의 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹; 및 (iii) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 물리적 저장소에 저장된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물 중 하나 이상과 관련된 정보를 포함하며, 여기서 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물의 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹은 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포의 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹과 동일하거나 매칭된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 생성되고, 표지되고, 저장된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 방법으로서, 상기 방법은 (a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 식별하는 단계; (b) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 하나 이상의 적합한 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 물리적 저장소로부터 리트리빙하는 단계; 및 (c) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스를 업데이트하는 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 리트리빙된 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 치료제로서 투여된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 방법으로서, 상기 방법은 (a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 림프구 수가 낮거나 림프구 질이 불량한 것으로서 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹을 식별하는 단계; (b) 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 식별하는 단계; (c) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 적합한 세포를 리트리빙하는 단계; (d) 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 단계; 및 (e) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 단계(c)는 물리적 저장소로부터 적합한 세포를 얻는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 단계(c)는 사용자로부터 프로세서-기반 질의를 사용하여 적합한 세포를 리트리빙하는 것을 포함하며, 질의는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 포함한다.
특정 구체예에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별은 (i) 내지 (iii): (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭 중 하나 이상을 포함한다.
특정 구체예에서, 단계(b)는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 사용하여 물리적 저장소 내의 하나 이상의 저장되고 표지된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 식별하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 단계(c)는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPS 세포 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 하나 이상의 식별된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 적합한 세포는 CRISPR/Cas9 기술을 사용하여 조작된다.
특정 구체예에서, 단계(d)는 조작된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 것을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 복수의 특징화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 포함하는 저장소로서, 저장소가 iPSC-유래 CAR-T 조성물의 수집, 처리, 저장 및/또는 분배를 위한 바이오저장소인 저장소에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 저장소는 저장소의 바이오시편의 식별, 위치추적 및/또는 인벤토링(inventorying)을 위해 프로그래밍된 하나 이상의 프로세서와 소통한다.
특정 구체예에서, 저장소에는 자동화된 샘플 처리를 위한 하드웨어 및/또는 로보틱스(robotics)가 갖추어져 있다.
특정 구체예에서, 복수의 iPSC-유래 CAR-T 조성물 각각은 (i) 내지 (iii): (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭 중 하나 이상에 의해 특징화된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 본원에 기재된 양태 및 구체예 중 어느 하나의 저장소를 사용하는 방법으로서, 방법은 (a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 줄기 세포 및/또는 하나 이상의 세포주를 사용하여 유도된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별하고; (b) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 줄기 세포 및/또는 세포주에 상응하는 하나 이상의 적합한 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 것을 포함하는 방법에 관한 것이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 임상 절차를 위한, 본원에 기재된 양태 및 구체예 중 어느 하나의 저장소의 용도에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 임상 절차는 iPSC-유래 CAR-T 세포 치료이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 임상전 연구를 위한, 본원에 기재된 양태 및 구체예 중 어느 하나의 저장소의 용도에 관한 것이다.
특정 구체예에서, 전임상 연구는 시험관내 스크린, 생체내 스크린, 약물 효능 시험, 약물 독성 시험 및 맞춤 의학(personalized medicine)에 사용하기 위한 시험으로 이루어진 군으로부터 선택된 구성원이다.
본 발명의 일 양태를 포함하는 구체예의 요소(예를 들어, 방법)는 본 발명의 본 발명의 다른 양태를 포함하는 구체예(예를 들어, 시스템)에 적용될 수 있으며, 그 역도 마찬가지이다.
정의
본 개시가 보다 용이하게 이해되도록 하기 위해, 특정 용어가 먼저 하기에서 정의된다. 이하의 용어 및 다른 용어에 대한 추가 정의는 본 명세서 전반에 걸쳐 기재되어 있다.
본 출원에서, "또는"의 사용은 달리 명시되지 않는 한 "및/또는"을 의미한다. 본 출원에서 사용되는 용어 "포함하다", 및 이 용어의 변형, 예컨대 "포함하는" 및 "포함한다"는 다른 첨가제, 성분, 정수 또는 단계를 배제하도록 의도되지 않는다. 본 출원에서 사용되는 용어 "약" 및 "대략"은 동등한 것으로 사용된다. 본 출원에서 약/대략의 유무에 관계없이 사용되는 임의의 숫자는 관련 기술 분야의 통상의 기술자에 의해 이해되는 임의의 정상적인 변동을 포함하도록 의도된다.
"샘플" 또는 "생물학적 샘플": 본원에 사용되는 용어 "샘플" 또는 "생물학적 샘플"은 본원에 기술된 바와 같이 관심의 공급원으로부터 얻거나 유래된 생물학적 샘플을 지칭한다. 특정 구체예에서, 관심의 공급원은 유기체, 예컨대 미생물, 식물, 동물 또는 인간을 포함한다. 특정 구체예에서, 생물학적 샘플은 생물학적 조직 또는 유체이거나, 이를 포함한다. 특정 구체예에서, 생물학적 샘플은 골수; 혈액; 혈액 세포; 복수; 조직 또는 미세 바늘 생검 샘플; 세포 함유 체액; 유리 부유 핵산(예를 들어, 세포 유리 DNA); 담; 타액; 오줌; 뇌척수액, 복막액; 흉막액; 림프; 부인과 유체; 피부 면봉; 질 면봉; 구강 면봉; 코 면봉; 세척 또는 세정, 예컨대 유관 세정 또는 기관지폐포 세정; 흡인물; 스크래핑; 골수 표본; 조직 생검 표본; 수술 표본; 대변, 기타 체액, 분비물 및/또는 배설물; 및/또는 이로부터의 세포 등이거나 이를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 생물학적 샘플은 개체로부터 수득된 세포이거나 이를 포함한다. 특정 구체예에서, 얻어진 세포는 샘플이 얻어진 개체로부터의 세포이거나 이를 포함한다. 특정 구체예에서, 샘플은 임의의 적절한 수단에 의해 관심의 공급원으로부터 직접 얻어진 "1차 샘플"이다. 예를 들어, 특정 구체예에서, 1차 생물학적 샘플은 면봉, 생검(예를 들어, 미세 바늘 흡인 또는 조직 생검), 수술, 체액(예를 들어, 혈액, 림프, 대변 등) 수집 등으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법에 의해 얻어진다. 특정 구체예에서, 문맥으로부터 명백한 바와 같이, 용어 "샘플"은 1차 샘플을 처리함으로써(예를 들어, 하나 이상의 성분을 제거함으로써 및/또는 하나 이상의 작용제를 첨가함으로써) 얻어지는 제제를 지칭한다. 예를 들어, 반투과성 막을 사용하여 여과한다. 이러한 처리된 "샘플"은 예를 들어 샘플로부터 추출되거나, 1차 샘플을 mRNA의 증폭 또는 역전사, 특정 성분 등의 분리 및/또는 정제 등과 같은 기술에 적용함으로써 얻어진 핵산 또는 단백질을 포함할 수 있다.
"유전형 분석 데이터(Genotyping data)": 본원에 사용되는 용어 "유전형 분석 데이터"는 유전자형(genotype)의 측정으로부터 얻은 데이터를 지칭한다. 특정 구체예에서, 유전형 분석 데이터는 개체의 표현형을 기술한다. 유전형 분석 데이터는 특정 유전자(예를 들어, 개체의 유전자 서열의 일부, 예를 들어 DNA 서열), SNP 또는 SNP의 변이형의 측정일 수 있다. 특정 구체예에서, 유전형 분석 데이터는 다중 유전자 패널로부터 얻어진다. 특정 구체예에서, 유전형 분석 데이터는 개인에 의한 구매 또는 요청에 응답하여 생성된다. 특정 구체예에서, 유전형 분석 데이터는 유전자형(예를 들어, 개체)의 일부에 대한 데이터를 포함한다. 특정 구체예에서, 유전형 분석 데이터는 유전자형(예를 들어, 개체)의 모든 이용 가능한 측정을 포함한다.
"부분적으로 미분화된/분화된": 본원에서 사용되는 용어 "부분적으로 미분화된/분화된"은 줄기 세포의 상태와 같이 특정 유형의 세포로 분화하려는 경향이 있지만, 줄기 세포보다 이미 더 특정되고, "표적" 세포로 분화되도록 추진되는 생물학적 세포를 기술한 것이다. 예를 들어, 줄기 세포와 전구 세포의 차이는 줄기 세포가 무한하게 복제될 수 있는 반면, 전구 세포는 제한된 횟수만 분할될 수 있다는 것이다. 부분적으로 미분화된/분화된 세포의 예는 전구 세포이다.
"대상체" 또는 "개체": 본원에서 사용되는 용어 "대상체" 또는 "개체"는 인간 또는 다른 동물, 또는 식물을 지칭한다. 특정 구체예에서, 대상체는 인간 및 포유 동물(예를 들어, 마우스, 래트, 돼지, 고양이, 개, 말 및 영장류)이다. 일부 구체예에서, 대상체는 가축, 예컨대 소, 양, 염소, 젖소, 돼지 등; 가금류, 예컨대 닭, 오리, 거위, 칠면조 등; 길 들여진 동물, 특히 개 및 고양이와 같은 애완 동물이다. 일부 구체예에서(예를 들어, 특히 연구 상황에서), 대상 포유 동물은 예를 들어 설치류(예를 들어, 마우스, 래트, 햄스터), 토끼, 영장류 또는 돼지, 예를 들어 근친 돼지 등이다.
"뱅크": 본원에서 사용되는 용어 "뱅크"는 유전자 물질 및/또는 생물학적 샘플이 저장되는 시스템, 장치 또는 위치를 지칭한다. 유전자 물질은 개인이 뱅크를 소유 및/또는 운영하는 조직에 제공한 생물학적 샘플로부터 유래(예를 들어, 추출)될 수 있다. 특정 구체예에서, 생물학적 샘플은 이로부터 추출된 유전자 물질을 저장하는 뱅크와 별개의 뱅크에 저장된다.
"비축물": 본원에서 사용되는 용어 "비축물"은 뱅크에 저장된 일정량의 생물학적 물질(예를 들어, 세포 및/또는 세포주)을 지칭한다.
"변이체": 본원에서 사용되는 용어 "변이체"는 유기체의 게놈에서 발생하는 특정 SNP의 특정 변이를 지칭한다. 특정 구체예에서, 변이체는 이배체 유기체(예를 들어, 인간)에서 발생하는 것과 같은, 개체의 유전자 물질의 제1 복제체의 제1 대립 유전자(예를 들어, 개체의 부계 DNA에 상응하는)와 개체의 유전자 물질의 제2 복제체의 제2 대립 유전자(예를 들어, 개체의 모계 DNA에 상응하는)의 특정 조합이다.
"세포" 또는 "세포주": 본원에서 사용되는 용어 "세포" 또는 "세포주"는 인간 및/또는 비인간 샘플로부터 유래된 세포를 지칭한다. 특정 구체예에서, 세포는 iPSC-유래 세포와 같은 시험관내 배양 세포를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 세포는 세포주를 포함할 수 있다. 예를 들어, 세포는 iPSC 및/또는 조혈 줄기 세포(HSC), 및/또는 혈액 전구 세포, 및/또는 중간엽 줄기 세포(MSC) 및/또는 망막 색소 상피(RPE) 및/또는 연골 세포, 및/또는 배아체, 및/또는 임의의 다른 iPSC-유래 세포, 및/또는 iPSC 라인, 및/또는 HSC 라인, 및/또는 혈액 전구 세포 라인 및/또는 MSC 라인, 및/또는 RPE 라인, 및/또는 연골 세포주 및/또는 iPSC 라인의 배아체 및/또는 임의의 다른 iPSC-유래 세포주를 포함할 수 있다. 세포 및/또는 세포주는 불멸화되거나 그렇지 않을 수 있다.
본 명세서 전체에 걸쳐, 조성물이 특정 성분을 갖거나, 포함하거나, 함유하는 것으로 기술되거나, 방법이 특정 단계를 갖거나, 포함하거나, 함유하는 것으로 기술되는 경우, 추가로, 언급된 구성 요소를 필수적으로 포함하거나, 이로 이루어지는 본 발명의 조성물이 존재하고, 언급된 처리 단계를 필수적으로 포함하거나, 이로 이루어지는 본 발명에 따른 방법이 존재함이 고려된다.
단계의 순서 또는 특정 동작을 수행하기 위한 순서는 본 발명이 작업 가능한 한 중요하지 않은 것으로 이해해야 한다. 또한, 둘 이상의 단계 또는 동작이 동시에 수행될 수 있다.
예를 들어, 배경 섹션에서 임의의 간행물에 대한 본원의 언급은 그 간행물이 본 명세서에 제시된 임의의 청구 범위와 관련하여 종래 기술로서 기능한다는 것을 인정하는 것은 아니다. 배경 섹션은 명확성의 목적을 위해 제시되며 임의의 청구항에 대한 종래 기술의 설명으로 의도되지 않는다. 머리글은 독자의 편의를 위해 제공되며 제한하려는 것이 아니다.
적어도 하기 도들로 구성된 도면은 단지 예시 목적을 위한 것이고 제한하기 위한 것은 아니다.
도 1은 본원에 기술된 방법 및 시스템에 사용하기 위한 예시적인 네트워크 환경(100)을 나타낸다.
도 2는 본 개시에 기술된 방법 및 시스템에 사용될 수 있는 컴퓨팅 장치(200) 및 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 예를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법의 블록도이다.
도 4는 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 저장하는 방법의 블록도이다.
도 5는 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 물리적 저장소로부터 하나 이상의 생성되고, 표지되고, 저장된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 방법의 블록도이다.
도 6은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 방법의 블록도이다.
도 7은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법의 블록 흐름도이다.
도 1은 본원에 기술된 방법 및 시스템에 사용하기 위한 예시적인 네트워크 환경(100)을 나타낸다.
도 2는 본 개시에 기술된 방법 및 시스템에 사용될 수 있는 컴퓨팅 장치(200) 및 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 예를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법의 블록도이다.
도 4는 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 저장하는 방법의 블록도이다.
도 5는 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 물리적 저장소로부터 하나 이상의 생성되고, 표지되고, 저장된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 방법의 블록도이다.
도 6은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 방법의 블록도이다.
도 7은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법의 블록 흐름도이다.
본 개시의 특징 및 이점은 도면과 관련하여 후술될 상세한 설명으로부터 보다 명백해질 것이며, 도면에서 유사한 참조 문자는 전체에 걸쳐 상응하는 요소를 식별한다. 도면에서, 유사한 참조 번호는 일반적으로 동일하고, 기능적으로 유사하고/거나 구조적으로 유사한 요소를 나타낸다.
상세한 설명
특정 개체 및/또는 특정 개체의 그룹에 투여되는 암(예를 들어, 혈액 암) 치료에 적합한 "범용" 및/또는 "기성품" CAR-T 조성물을 생성하는 시스템 및 방법이 본원에 제공된다. CAR-T 조성물은 하나 이상의 유형의 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T)를 포함하는 조성물이다. iPS 세포 및/또는 세포주 및 이로부터 유도된 임의의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 HLA 매칭 및/또는 ABO 혈액형 매칭 및/또는 RHD 혈액 그룹 매칭과 같은 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 사용하여 특정 개체 또는 특정 개체의 그룹에 적합한 것으로 식별된다. 이후, 적합한 iPS 세포 또는 세포주는 저장소로부터 관리된 HLA-인덱싱된(및/또는 달리 인덱싱된) 저장소로부터 리트리빙되거나, 적합한 공여자의 생물학적 샘플로부터 유도된다. 이후, 리트리빙된 적합한 세포는 "범용" 및/또는 "기성품" iPSC-유래 CAR-T 조성물을 유도하는데 사용되며, 여기서 "범용" 및/또는 "기성품" iPSC-유래 CAR-T 조성물은 특정 개체 및/또는 특정 개체의 그룹의 치료에 적합하다.
본원에 기술된 기술은 CAR-T 조성물의 제조가 특정 개체 또는 특정 개체의 그룹에게 전달될 수 있게 함으로써, 예를 들어 요망하는 CAR-T 조성물이 유래된 세포를 갖는 특정 개체 또는 특정 개체의 그룹의 향상된 적합성으로 인해 개선된 암 치료 방법을 가능하게 한다. 또한, 특정 모집단, 예를 들어 슈퍼 공여자의 대부분에 적합한 동종이계 iPS 세포 및/또는 세포주는 대규모 개체의 그룹을 위해 미리 준비되고 저장될 수 있다. 이러한 슈퍼 공여자-유래 CAR-T 조성물은 이를 필요로 하는 사람들에게 즉시 이용 가능하게 되어, iPSC-유래 CAR-T 조성물의 제조 시간을 감소시킨다.
도 3은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 제조하는 방법(300)을 나타내는 블록도이다. 단계(302)에서, 유도 만능 줄기(iPS) 세포 및/또는 iPSC-유래 세포는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된다. 특정 구체예에서, iPS 및/또는 iPSC-유래 세포는 하나 이상의 세포 유형(예를 들어, HLA 유형)에 속할 수 있으며, 이들 각각은 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합하다. 특정 구체예에서, 하나 이상의 iPS 세포주 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포주가 또한 식별될 수 있으며, 상기 세포주는 각각이 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 하나 이상의 유형(예를 들어, HLA 유형)이다. 특정 구체예에서, 적합한 세포 및/또는 세포주는 대상체로부터 유래될 수 있다(예를 들어, 자가). 특정 구체예에서, 적합한 세포 및/또는 세포주는 대상체가 아닌 개체로부터 유래될 수 있다(예를 들어, 동종이계). 단계(304)에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 세포 및/또는 세포주에 상응하는 적합한 세포가 리트리빙된다. 이후, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 생성된다(306). 특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 대상체의 치료에 적합한 적합한 세포를 포함한다.
도 7은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만응 줄기 세포(iPSC)-유래 CAR-T 조성물을 제조하는 방법(700)을 나타내는 블록도이다. 단계(702)에서, 컴퓨팅 장치의 프로세서를 사용하여, 물리적 저장소의 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스가 저장된다. 특정 구체예에서, 특징화된 세포는 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포(예를 들어, HSC, MSC, RPE, 연골 세포, 뉴런, 배아체 등)를 포함한다. 단계(704)에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 세포 유형(예를 들어, HLA 유형, 및/또는 ABO 혈액 그룹, 및/또는 RHD 혈액형)의 식별을 포함하는 사용자로부터의 질의가 프로세서에 의해 수신된다. 특정 구체예에서, 질의는 추가로 ABO 혈액 그룹, 및/또는 RHD 혈액형을 포함할 수 있다. 이후, 질의가 프로세서에 의해 데이터베이스의 하나 이상의 데이터 엔트리에 매칭된다(706). 매칭되는 데이터 엔트리 각각은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 세포 유형을 갖는 복수의 특징화된 세포 각각(예를 들어, iPSC, 및/또는 iPSC-유래 세포(예를 들어, HSC, MSC, RPE, 혈액 전구체, 연골 세포, 뉴런 및 배아체)), 및/또는 iPSC 라인, 및/또는 iPSC-유래 세포주)에 상응한다. 매칭되는 데이터 엔트리에 상응하는 복수의 특징화된 세포 각각은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된다. 단계(708)에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 특징화된 세포에 상응하는 적합한 세포는 물리적 저장소로부터 리트리빙된다. 이후, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 제조된다(710). 특정 구체예에서, iPSC-유래 CAR-T 조성물은 대상체의 치료에 적합한 적합한 세포를 포함한다.
특정 구체예에서, 본 개시는 iPSC로부터 유도된 CAR-T 조성물의 관리된 저장소로서, CAR-T 조성물 및/또는 iPSC 라인 각각은 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 포함하는 상응하는 데이터를 가지며, 상기 상응하는 데이터는 질의시 하나 이상의 매칭되는 물리적 세포주 및/또는 CAR-T 조성물의 리트리벌을 위한 검색가능한 데이터베이스에 저장되는 저장소에 관한 것이다. 저장소는 기존의 적합한 iPSC-유래 CAR-T 조성물의 식별 및 제공을 위한 각각의 HLA 유형 세트에 대한 iPSC-유래 CAR-T 조성물의 뱅크, 및 암 및/또는 다른 병태의 치료를 위한 CAR-T 조성물을 유도하기에 적합한 동종이계 세포주를 포함한다.
인간 백혈구 항원(Human Leukocyte Antigen)
저장소에 저장된 특징화된 iPS 세포 및/또는 세포주는 인간 백혈구 항원(HLA)을 사용하여 인덱싱된다. 특정 구체예에서, iPS 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포는 HLA 맵핑(예를 들어, HLA 형별 분석 및/또는 매칭)을 통해 슈퍼 공여자 세포주로서 특징화되고 인덱싱된다. 특정 구체예에서, 다수의 HLA 유전자좌는 다양한 iPS 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물 각각에 대해 특성화되고 인덱싱될 수 있다.
인간의 HLA는 면역 시스템을 조절하는 기능을 하는 주요 조직 적합성 복합체(major histocompatibility complex)(MHC) 단백질이다. HLA 유전자는 고도로 다형성이며, 클래스 I 및 클래스 II로 광범위하게 나뉠 수 있다. 예를 들어, 인간에서 클래스 I은 모든 유핵 세포 및 혈소판에서 발견될 수 있다. 한편, HLA 클래스 II(구성적 표현)는, 예를 들어, 면역계의 특수 세포(예를 들어, 대식세포, B 세포 등)로 제한될 수 있다.
HLA 클래스 I은, 예를 들어, HLA-A, B, 및 C 유전자를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, HLA 클래스 I은 세포 표면 상에서 공우성 발현될 수 있고, 내부 세포 단백질로부터 유래된 펩티드를 CD8 T 세포의 T 세포 수용체에 제공할 수 있다. 예를 들어, 이들 단백질은 세포내 기생충, 바이러스 및 암에 대한 면역 반응에 관여할 수 있다.
특정 구체예에서, HLA 클래스 I은 다형성 알파 사슬 및 일반적인 베타-2 마이크로글로불린을 갖는 이종이량체 단백질 구조를 가질 수 있다. 특정 구체예에서, 알파 체인은 α1, α2, 및 α3의 3개의 세포외 도메인으로 구성될 수 있다.
HLA 클래스 II는, 예를 들어, DR, DQ 및 DP 유전자를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, HLA 클래스 II는 공우성 발현될 수 있다. 특정 구체예에서, HLA 클래스 II는 다형성 베타 사슬 및 훨씬 적은 다형성 알파 사슬을 갖는 이종이량체 단백질 구조를 가질 수 있다. 특정 구체예에서, 두 사슬은 두(2)개 세포외 도메인(α1, α2, 및 β1, β2)으로 구성될 수 있다. 예를 들어, α1 및 β1 도메인은 세포외 단백질로부터 처리된 펩티드를 CD4+ T 세포에 제공하는 펩티드 결합 틈새를 생성할 수 있다. 특정 구체예에서, HLA 클래스 II는 세포외 감염제 및 비-자가 HLA 분자에 대한 면역 반응에 관여할 수 있다.
특정 구체예에서, 각각의 HLA 대립 유전자는 "유전자좌"를 나타내는 문자(예를 들어, A, B, C, DR, DQ 및 DP)로 식별될 수 있고, 개별 특이성은 유전자좌 다음의 숫자(예를 들어, A1, B27, DR8 등)에 의해 정의될 수 있다. 항혈청(항체)을 사용하여 특이성이 정의될 수 있다. 특정 구체예에서, HLA 특이성은 또한 HLA 단백질을 코딩하는 유전자의 존재/부재를 식별함으로써 유전자 분석을 사용하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 클래스 II 분자 특이성은 특정 사슬(α 또는 β)을 엔코딩하는 유전자의 수준에서 식별될 수 있다.
HLA 형별 분석
물리적 저장소에 저장된 줄기 세포 및/또는 줄기 세포주(예를 들어, iPSC) 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 샘플(예를 들어, 세포)의 다양한 특성을 사용하여 특징화되고 인덱싱될 수 있다. 특정 구체예에서, 줄기 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 HLA 유형을 사용하여 특징화되고 인덱싱될 수 있다. 특정 구체예에서, 줄기 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 ABO 혈액 그룹을 사용하여 특징화되고 인덱싱될 수 있다. 특정 구체예에서, 줄기 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 RHD 혈액형을 사용하여 특징화되고 인덱싱될 수 있다. 예를 들어, 줄기 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 HLA 유형, 및/또는 ABO 혈액 그룹, 및/또는 RHD 유형을 사용하여 물리적 저장소에서 특징화되고 인덱싱될 수 있다.
HLA 형별 분석 또는 HLA 매칭은 개체의 HLA 유형을 결정하는데 사용된다. 개체의 HLA 유형은 각각 HLA 유전자 세트(예를 들어, HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DR 유전자)에 상응하는 한 쌍의 공발현된 일배체형을 포함한다. 특정 구체예에서, 유전자 재조합 및 환경 요인은 HLA 유전자 조합의 유전과 관련하여 연관 불균형(linkage disequilibrium)을 초래한다. 예를 들어, HLA 대립 유전자의 특정 조합(예를 들어, HLA-A, -B 및 -DR 유전자의 조합)이 선호되는 반면, 다른 조합은 존재하지 않는다.
HLA 형별 분석은 단백질 수준에서 수행될 수 있지만 또한 예를 들어, 중합 효소 연쇄 반응(PCR) 또는 다른 DNA 식별 및 증폭 기술을 통해 DNA를 증폭시킴으로써 DNA 수준에서 수행될 수 있다. 예를 들어, HLA 형별 분석은 서열 특이적 올리고 뉴클레오티드(SSO)를 사용하여 수행될 수 있다. 특정 구체예에서, SSO-기반 HLA 형별 분석은 PCR 또는 다른 DNA 증폭 기술을 통해 다량의 HLA 대립 유전자, 예를 들어 HLA-A를 증폭시키기 위해 일반 프라이머를 사용할 수 있다. dsDNA는 단일 가닥으로 분리되고 단일 가닥 특이적 올리고 뉴클레오티드 프로브와 상호 작용하게 된다. 특정 구체예에서, 이러한 프로브는 고체 매트릭스에 결합될 수 있다. 예를 들어, 결합된 프로브의 패턴이 사용되어 시편의 HLA 유형을 결정할 수 있다. 특정 구체예에서, HLA 형별 분석은 서열 특이적 프라이머(SSP)를 사용하여 수행될 수 있다. 예를 들어, SSP 기반 HLA 형별 분석에서 프라이머에 매칭되는 DNA를 증폭시킨다. 항체는 또한 HLA 형별 분석에 사용될 수 있지만, 다수의 HLA 에피토프(예를 들어, HLA-A2, A9 및 A28)와의 교차 반응의 단점을 가질 수 있다.
HLA 형별 분석의 적용
샘플의 HLA 유형(예를 들어, 세포, 기관 및/또는 조직)은 기관 공여자와 수령자 사이의 적합성을 결정하는데 사용될 수 있다. 수령자(예를 들어, 환자)의 HLA 유형과 매칭되는 샘플은 수령자에게 샘플을 이식한 후 면역 반응(예를 들어, 거부반응)을 부정적이지 않을 가능성이 더 높다. 특정 구체예에서, 이식 후 수령자의 강한 면역 반응을 방지하기 위해 HLA 유전자에 대해 3개 이상의 유전자좌에 기초하여 매칭이 수행된다. 특정 실시 양태에서, 이식 후 수령자의 강한 면역 반응을 방지하기 위해 공여자와 수령자 사이의 매칭에 적어도 3개의 HLA 유전자좌가 필요하다. 특정 구체예에서, 이식 후 수령자의 강한 면역 반응을 방지하기 위해 공여자와 수령자 사이의 매칭에 적어도 3개, 또는 적어도 4개, 또는 적어도 5개, 또는 적어도 6개, 또는 적어도 7개, 또는 적어도 8개, 또는 적어도 9개의 주요 부위(예를 들어, 유전자좌)가 필요하다.
많은 등록 공여자가 혈청학적(예를 들어, 항원을 사용한 HLA 맵핑) 방법에 의해 시험되었지만, 어느 항원이 시험되었는 지에 대한 문서가 없는 경우가 많았다. 조혈 전구 세포 이식 후보의 대부분은 분자(DNA 기반) 방법론에 의해 시험되었지만, 항원(혈청학) 및 대립유전자(DNA)의 명명법이 일부 경우에 일치하지 않는다. 따라서, 본원에 기술된, 특징화되고 인덱싱된(예를 들어, HLA 인덱싱된(예를 들어, 표준 명명법을 사용하여)) iPS 세포 및/또는 이로부터 유래된 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물이 이식에 적합한 HLS 샘플을 신속하게 찾는데 상응하는 데이터베이스를 사용하여 효율적이고 정확하게 검색하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, HLA 인덱싱된 및 매칭된 iPS 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 다양한 질병의 치료에 사용될 수 있다. 특정 구체예에서, 이들 세포 및/또는 세포주는 암(예를 들어, 백혈병, 림프종, 골암 등)의 치료에 사용될 수 있다. 특정 구체예에서, 이들 세포 및/또는 세포주는 조혈 줄기 세포 이식에 사용될 수 있다.
HLA-인덱싱된 저장소는 또한 다양한 목적으로 사용될 수 있다. 예를 들어, HLA 형별 분석의 다른 임상 적용은 질병 위험 평가, 약리유전학, 면역 요법, 감염성 질병 백신 및 종양 백신을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 저장소에 저장되고 인덱싱된 세포 및/또는 세포주는 미용 수술, 예를 들어 연골 이식편에 사용될 수 있다. 장기간 이식 및 이식편 생존은 고형 기관 및 골수 이식 둘 모두에 대한 HLA 항원 미스매칭 정도와 상관 관계가 있다.
HLA 매칭된 세포 및/또는 세포주는 또한 다양한 질병의 치료에 사용될 수 있다. 특정 질병은 특정 특이적 HLA 유형과 밀접한 관련이 있을 수 있다. 예를 들어, 질병과의 HLA 연관은 강직성 척추염 및 급성 전방 포도막염(HLA-B27); 조류 망막 병증(HLA-A29); 베체트병(HLA-B51); 건선(HLA-Cw6); 체강 질병(HLA-DQ2,8); 기면증(HLA-DR15, DQ6); 당뇨병(HLA-DR3,4-DQ2,8); 및 류마티스 관절염(HLA-DR4)을 포함한다. 특정 구체예에서, 특정 샘플(예를 들어, 물리적 저장소의 세포 및/또는 세포주)에 상응하는 HLA 데이터베이스의 데이터 엔트리는 특정 질병과의 강한 연관성을 인식하기 위해 이들의 특정 HLA 유형에 관한 정보를 포함할 수 있다.
HLA 유형은 또한 약물에 대한 알레르기 또는 과민증과 관련될 수 있다. 예를 들어, 스티븐 존슨 증후군(Stevens-Johnson Syndrome)(SJS) 및 독성 표피 괴사(TEN)에서 약물에 대한 심한 알레르기 또는 과민 반응은 HLA 유형과 관련될 수 있다. 세포 및/또는 세포주의 물리적 저장소 및 상응하는 데이터베이스는 환자의 알레르기 및 민감성을 식별하기 위해 사용될 수 있다(예를 들어, 때때로 환자에게 알려지지 않음). 특정 구체예에서, HLA 형별 분석은 환자의 위험 계층화를 허용한다. 특정 구체예에서, 과민 반응과 관련된 약물(예를 들어, 항간질제, 알로푸리놀, 네비라핀, 옥시캄 패밀리의 항염증제 및 설폰아미드)은 저장소에 저장된 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포를 사용하여 연구될 수 있다. 또한, 이들 연구는 이식 전에 시험관내 및/또는 생체외에서 수행될 수 있다.
HLA 형별 분석은 백신 개발에 사용될 수 있다. 본원에 기재된 HLA-인덱싱된 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포 및/또는 이로부터 유래된 조성물은 이러한 백신을 개발하는데 사용될 수 있다. 특정 구체예에서, 세포 면역을 생성하는 백신은 펩티드 HLA 결합을 필요로 한다. 예를 들어, 백신 시험은 일반적인 HLA 대립유전자에 결합하는 펩티드를 사용한다. 원리 검증 후, 시험은 다른 HLA 대립유전자에 결합하는 펩티드를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 공통 HLA 대립 유전자를 갖는 세포 및 다른 HLA 대립 유전자를 갖는 세포는 저장소에 저장된 줄기 세포 및/또는 세포주의 백(back)으로부터 선택될 수 있다.
HLA 형별 분석은 또한 개체의 적합성을 위해 유익할 수 있다. 예를 들어, 연구에 따르면 남편과 아내는 예상보다 적은 HLA 매칭을 갖는다. HLA 유전자(HLA-A, HLA-B 및 HLA-DRB1)는 면역계를 조절하여 면역계가 공격하는 미생물을 결정한다. 비제한적인 예로서, HLA 유전자는 이에 따라 대상체와 관련된 비인간 미생물을 지배함으로써 대상체의 냄새를 조절하므로, 무엇보다도 냄새에 기초하여 대상체 사이의 끌림에 영향을 줄 수 있다. HLA 유형과 장기적 적합성 사이의 연관성을 고려하면 두 개체 간의 친교 가능성을 예측할 수 있다. 일부 구체예에서, 본 개시는 다른 개체와의 주어진 대상체에 대한 적합성 또는 친교를 위해 질의된 HLA 유전자좌와 매칭되는 데이터베이스의 데이터 엔트리를 질의하고, 리트리빙하는 방법을 교시한다.
HLA-인덱싱된 뱅크
iPS 세포 및/또는 세포주 및/또는 이로부터 유래된 세포(예를 들어, HSC 및/또는 혈액 전구체) 및/또는 이로부터 유래된 조성물의 뱅크는 HLA 유형 및/또는 ABO 그룹 및/또는 RHD 유형에 의해 인덱싱된, 주어진 집단의 상당한 비율(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90% 또는 적어도 95%)을 다루는 다양한 HLA 유형을 포함한다는 점에서 포괄적 저장소이다. 특정 구체예에서, 뱅크의 HSC 라인 및/또는 혈액 전구체(및/또는 HSC 및/또는 혈액 전구체가 유래된 iPS 세포주 및/또는 배아체)는 슈퍼 공여자 세포주로서 특징화될 수 있다(예를 들어, HLA 매핑을 통해). 따라서, 매칭되는 혈액 골수 기증자를 식별하는 어렵고 시간이 걸리는 과정 없이, 이식에 적합한 세포가 신속하게 식별되고, 요구에 따라 주어진 모집단의 넓은 범위에 걸쳐 환자에게 이용 가능하게 될 수 있기 때문에 골수 등록소 및/또는 다른 공여자 등록소에 대한 필요성을 제거할 수 있다. 적합한 세포주의 식별은 HLA 유형 외에, 환자의 ABO 혈액형 및/또는 RHD 혈액 그룹을 HSC, 혈액 전구체 세포, 배아체 및/또는 iPSC 라인의 것과 매칭하는 것을 포함할 수 있다.
뱅크는 HSC 및/또는 혈액 전구체가 유래될 수 있는 불멸화된 iPSC의 비축물에 접근하게 할 수 있어, HSC 및/또는 혈액 전구체는, 세포가 필요시 즉시 이용 가능할 수 있도록 일반적으로 사용되는/매칭되는 HLA 유형(예를 들어, 보다 높은 비율의 모집단에 매칭되는 HLA 슈퍼공여자)이 미리 준비될 수 있다. HSC는 또한 매칭되는 iPSC 라인의 식별시 특정 환자에 대해 생성될 수 있다. 또한, 특정 구체예에서, 특징화된 iPSC 라인에 상응하는 배아체의 비축물이 뱅크에 저장된다. 특정 구체예에서, HLA 슈퍼 공여자 라인은 배아체(HLA 슈퍼공여자 라인으로 특징화됨)에 의해 뱅크에서 물리적으로 표현된다. 이들 배아체는 HSC 및/또는 혈액 전구체를 제조하는데 사용될 수 있다.
도 4는 본 발명의 예시적인 구체예에 따라 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 저장하는 방법(400)을 나타내는 블록도이다. 단계(402)에서, 적합한 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로 식별된다. 특정 구체예에서, 적합한 세포는 하나 이상의 iPS(또는 iPSC-유래(예를 들어, MSC, HSC, RPE 등)) 세포 및/또는 세포주에 상응하고, 상기 세포 및/또는 세포주는 각각이 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 것으로 식별되는 하나 이상의 유형(예를 들어, HLA 유형)이다. 단계(404)에서, 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해 표지로 표지된다. 특정 구체예에서, 표지는 디지털 표지일 수 있으며, 여기서 표지는 iPSC-유래 CAR-T 조성물이 유래되는, iPS 및/또는 iPSC-유래 세포 및/또는 세포주에 관한 정보, 및/또는 iPS 세포 및/또는 세포주의 분류(예를 들어, HLA 유전자좌 및/또는 ABO 혈액형 및/또는 RHD 혈액 그룹)를 포함한다. 이후, 하나 이상의 표지된 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해 다수의 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스에 저장된다(406). 데이터베이스 내의 하나 이상의 데이터 엔트리는 물리적 저장소에 저장된 각각의 표지된 iPSC-유래 CAR-T 조성물(예를 들어, 또는 세포, 세포주, 다른 조성물 등과 같은 다른 표지된 엔트리)에 상응한다.
도 5는 본 발명의 예시적인 구체예에 따라, 하나 이상의 생성되고, 표지되고 저장된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 방법(500)을 나타내는 블록도이다. 단계(502)에서, 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된다. 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 다음과 같이 (i) 및 (ii) 중 하나 또는 둘 모두를 사용하여 유도된다: (i) 하나 이상의 iPS 세포 및/또는 iPSC-유래 세포로서, 상기 세포는 각각이 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 것으로 식별되는 하나 이상의 유형(예를 들어, HLA 유형)임, 및 (ii) 하나 이상의 iPS 세포주 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포주로서, 상기 세포주는 각각이 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 것으로 식별되는 하나 이상의 유형임. 단계(504)에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPS 및/또는 iPSC-유래 세포 및/또는 세포주에 상응하는 하나 이상의 적합한 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 리트리빙된다(예를 들어, 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물이 저장되는 물리적 저장소로부터). 대상체의 그룹의 각 대상체의 데이터베이스 데이터 엔트리는 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해 업데이트된다(506). 각각의 대상체에 상응하는 데이터 엔트리에 대한 업데이트는 각 대상체가 적합한 물리적 저장소 내의 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물에 관한 식별 정보(예를 들어, 표지 정보)를 포함할 수 있다.
유도 인간 만능 줄기 세포(iPSC)는 혈액 샘플과 같은 생물학적 샘플로부터 생성될 수 있다. 조건에 따라, 시험관내 iPSC는 다능성을 보유할 수 있거나 광범위한 특수한 세포 유형 및 조직으로 분화되도록 유도될 수 있다. 이러한 세포 유형 및 조직은 외상, 당뇨병, 퇴행성 신경계 장애, 심혈관 질환 및 대사 결핍과 같은 병태의 환자에서 질환 또는 손상된 조직의 대체를 포함하는 용도에 사용될 수 있다.
본원에 참조로 포함되는 문헌(Taylor et al., Cell Stem Cell 11, August 3, 2012, pp. 147-152)에 논의된 바와 같이, HLA-미스매칭된 iPSC는 면역학적 거부 반응을 유발할 수 있고, 이에 따라 치료 가능성을 제한할 수 있다. 환자로부터 직접 유도된 iPSC(자가 iPSC)는 매칭되는 HLA 유형을 초래하고 이식 거부 위험을 줄일 수 있다. 그러나, 개별 환자를 위한 자가 iPSC의 생성은 많은 비용과 시간이 소요된다. 대안적으로, 강한 반응을 유발하지 않는 HLA 유형을 갖는 동종이계 iPSC 세포주는 대규모 그룹의 개체에 대해 제조 및 사용될 수 있다.
용어 "슈퍼 공여자"는 강한 거부 반응을 유발하지 않는 HLA 유형을 설명하기 위해 사용되는 용어이다. 이러한 동종이계(환자 이외의 공여자로부터 유래) iPSC 라인은 미리 만들어질 수 있으며 필요할 때 바로 사용할 수 있다. 모집단에 제공하는데 보다 적은 동종이계 라인이 필요하다. iPSC는 HLA 매칭의 기회를 최대화하기 위해 선택된 O형 혈액 그룹의 건강한 지원자 공여자로부터 얻을 수 있다. 임상 등급의 iPSC 라인은 많은 대상체에서 사용하기 위해 확장되고 차별화될 수 있다. 본원에 참고로 포함되는 문헌(Nakajima et al., Stem Cells 25, 2007, pp. 983-985)은 일본인 모집단에서 인간 배아 줄기 세포주의 가상 뱅크에서 HLA 매칭 추정을 논의하고, 많은 비율의 환자가 이식 치료를 위해 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DR의 3개 유전자좌에서 적어도 하나의 HLA 매칭된 공여자를 찾을 수 있는 것으로 계산하였다. iPSC 라인은 HLA 유형에 의해 특징화되기 때문에, iPSC 라인은 적합한 세포-유래 CAR-T 조성물 거부 반응의 가능성이 낮거나, 감소되거나, 제로인, 적합한 HLA 유형을 갖는 주어진 환자(또는 다수의 환자)에 적합한 것으로 식별될 수 있다. 특정 구체예에서, iPSC의 뱅크는 제시된 모집단의 상당한 비율(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90% 또는 적어도 95%)을 포괄하는 다양한 HLA 유형을 포함한다는 점에서 포괄적이다. 특정 구체예에서, 뱅크에서의 CAR-T 조성물 및/또는 CAR-T 조성물이 유래되는 iPS 세포주에서의 CAR-T 조성물은 (예를 들어, HLA 맵핑을 통한) 슈퍼공여자 세포주로 특징된다. 따라서, 치료를 위한 적합한 세포, 세포주 및/또는 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 매칭되는 공여자를 식별하는 어렵고 시간이 많이 걸리는 과정없이 요구에 따라 주어진 모집단의 넓은 범위에 걸쳐 신속하게 식별되고, 환자에게 이용 가능할 수 있다. 적합한 세포주 및/또는 iPSC-유래 CAR-T 조성물의 식별은 HLA 유형 외에 환자의 ABO 혈액형 및/또는 RHD 혈액 그룹을 iPSC 라인 및/또는 CAR-T 조성물의 것과 매칭시키는 것을 포함할 수 있다.
뱅크는 CAR-T 조성물이 유래될 수 있는 불멸화된 iPSC의 비축물에 접근하게 할 수 있다. 특정 구체예에서, MSC, HSC, 혈액 전구체, 배아체 및/또는 다른 면역원성 세포 유형은 CAR-T 조성물을 필요에 따라 즉시 이용할 수 있도록 일반적으로 사용되는/매칭되는 HLA 유형(예를 들어, 모집단의 보다 높은 비율과 매칭되는 HLA 슈퍼공여자)에 대해 미리 제조될 수 있다. CAR-T 조성물은 또한 매칭되는 iPSC 라인의 식별시 특정 환자 또는 특정 환자의 그룹을 위해 제조될 수 있다. 나아가, 특정 구체예에서, 특징화된 iPSC 라인에 상응하는 배아체의 비축물이 뱅크에 저장된다. 특정 구체예에서, HLA 슈퍼 공여자 라인은 배아체(HLA 슈퍼 공여자 라인으로서 특징화된)에 의해 뱅크에서 물리적으로 표현된다. 이들 배아체는 CAR-T 조성물을 포뮬레이션하는데 사용되는 면역 세포(예를 들어, T 세포)를 제조하는데 사용될 수 있다.
배아 줄기 세포(예를 들어, 미분화된 만능 세포)를 포함하는 특징화된 iPSC 및/또는 배아체는 적절한 배양 배지의 존재 하에서 대식세포, B 림프구, T 림프구 등과 같은 면역 세포로 분화될 수 있다. 특정 구체예에서, 물리적 뱅크에 함유된 특징화된 세포 유형은 iPSC, 배아체, MSC, HSC, 혈액 전구체 세포 및/또는 성숙 조혈 세포 중 임의의 하나 이상을 포함한다.
매칭 HLA 유형은 예를 들어, 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 데이터베이스의 데이터 엔트리를 질의하고 리트리빙하는 것을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 이는 컴퓨팅 장치(예를 들어, 서버)의 프로세서에 의해, 매칭되는 iPSC 및/또는 HSC 라인, 및/또는 iPSC-유래 CAR-T 조성물이 요망되는 개체에 대한, 개체에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 포함하는 데이터 엔트리[예를 들어, 적어도 3개의 주어진 유전자좌(예를 들어, HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DRB(예를 들어, HLA-DRB1)), 예를 들어, 적어도 9개의 주어진 유전자좌(예를 들어, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4), HLA-DRB5, HLA-DQB1, HLA-DPB1), 예를 들어, 이 9개의 유전자좌 군으로부터 선택된 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9개의 구성원 세트 각각의 식별(예를 들어, 개체로부터의 샘플(예를 들어, 혈액 샘플)을 처리하고 분석함으로써(예를 들어, 혈청학, PCR에 의해))]을 수신하고; 프로세서에 의해, 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는(예를 들어, (예를 들어, 적합한 HLA 유형) 등에 적합한 것으로서 정확히 매칭되거나, 부분적으로 매칭되거나, 식별된) 세포(예를 들어, 물리적 저장소의 iPS 세포 및/또는 iPSC로부터 유래된 세포주로부터 배아체) 및/또는 CAR-T 조성물을 나타내는 데이터베이스의 하나 이상의 데이터 엔트리를 리트리빙하고(예를 들어, 데이터 엔트리에 상응하는 iPSC 및/또는 배아체에 대한 상응하는 바코드 또는 다른 식별자를 결정하고), 이에 의해, 저장소로부터 요망하는 줄기 세포 및/또는 CAR-T 조성물의 리트리벌 및/또는 질의된 HLA 유전자좌와 매칭되는 요망하는 iPSC 세포주에 상응하는 식별 정보의 리트리벌을 가능하게 한다. iPSC-유래 CAR-T 조성물은 불멸화된 iPSC 라인에서 원하는 대로 생산할 수 있으며 필요할 때 즉시 접근 가능하고, 추가적인 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 제조하기 위해 샘플을 추가로 채취할 필요가 없다.
세포 및 조성물의 저장소/뱅크는 일정 기간 동안 세포(예를 들어, iPSC), 및 CAR-T 조성물(예를 들어, iPSC로부터 유도됨)를 저장하기에 적합한 환경 제어 시스템(온도, 습도, 압력 등을 제어하기 위해)이 장착된 절연 용기를 포함하는 저장 시스템을 포함할 수 있다. 저장소/뱅크는 또한 인벤토리를 관리하기 위한 하나 이상의 프로세서(예를 들어, 서버) 및/또는 관련 소프트웨어, 및 매칭되는 세포주로부터의 세포 및/또는 특정 CAR-T 조성물의 식별/리트리벌을 위한 샘플 위치 시스템 및/또는 리트리벌 시스템을 포함할 수 있다. iPSC는 혈액 샘플(또는 다른 생물학적 물질 샘플, 예를 들어 타액, 혈청, 조직, 뺨 세포, 협측 면봉, 소변 및/또는 모발을 통해 수집된 세포)에서 생성된 후 표지되고(물리적으로 및/또는 디지털식으로), 인벤토리 데이터베이스에 기록되고, 진행 중에 및/또는 나중에 사용하기 위해 저장소에 저장된다. iPSC-유래 세포 및/또는 CAR-T 조성물은 또한 표지되고(물리적으로 및/또는 디지털식으로), 인벤토리 데이터베이스에 기록되고, 진행 중에 및/또는 나중에 사용하기 위해 저장소에 저장될 수 있다.
세포 저장소/뱅크는 암(예를 들어, 혈액 암) 치료를 필요로 하는 대상체의 재생, 치료를 위한 시스템 및 방법에 사용될 수 있다. 예를 들어, 세포 저장소/뱅크는 iPSC 라인 및/또는 iPSC 라인으로부터 상응하여 생성된 배아체를 포함하고, CAR-T 조성물은 iPSC 및/또는 배아체로부터 유래되고/생성되고, CAR-T 조성물은 하기 중 어느 하나와 같은 질병 및/또는 병태의 위험에 있고/거나 이를 지닌 대상체에 투여된다: 급성 골수성 백혈병, 급성 림프모구 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 골수 증식성 장애, 골수 이형성 증후군, 다발성 골수종, 비호지킨 림프종, 호지킨병, 재생 불량성 빈혈, 순수 적혈구 무형성증, 발작성 야행성 혈색소뇨 증, 판코니 빈혈, 지중해성 빈혈, 겸상 적혈구 빈혈, 중증 복합 면역 결핍증(SCID), 위스코트-알드리치 증후군, 혈구탐식성 림프조직구증, 선천 대사 장애, 수포성 표피 박리증, 중증 선천성 호중구 감소증, 슈와크만-다이아몬드 증후군, 다이아몬드-블랙판 빈혈 및 백혈구 부착 결핍증.
예를 들어, 도 6은 본 발명의 예시적인 구체예에 따라 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 방법(600)을 나타내는 블록도이다. 단계(602)에서, 낮은 림프구 수 또는 불량한 림프구 질을 갖는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹이 식별된다. 두번째 단계(604)에서, (i) 하나 이상의 유도 만능 줄기(iPS) 세포 및/또는 iPSC-유래 세포로서, 상기 세포는 각각이 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 하나 이상의 유형인 세포, 및 (ii) 하나 이상의 iPS 세포주 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포주로서, 각각이 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 하나 이상의 유형인 세포주 중 하나 또는 둘 모두가 특정 대상체 또는 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된다. 식별 후, 단계(606)에서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 iPS 및/또는 iPSC-유래 세포 및/또는 세포주에 상응하는 적합한 세포(예를 들어, 물리적 저장소로부터)가 리트리빙된다. 이어서, 리트리빙된 적합한 세포를 이용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 제조한다(608). 제조된 iPSC-유래 CAR-T 조성물은 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 결핍을 상쇄하도록 조작되고/선택된다. 이후, PSC-유래 CAR-T 조성물이 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에게 투여된다(610).
불멸화된 iPSC에 대한 생성 및 차별화 프로토콜
유도 만능 줄기 세포(iPSC) 생성 프로토콜은 예를 들어, 그 내용이 전부 본원에 참조로 포함되는 https://www.thermofisher.com/us/en/home/references/protocols/cell-culture/stem-cell-protocols/ipsc-protocols.html에 기술되어 있다. 유도 만능 줄기 세포(iPSC) 생성 및 분화 프로토콜은 예를 들어, 그 내용이 전부 본원에 참조로 포함되는, http://www.sigmaaldrich.com/life-science/stem-cell-biology/ipsc/ipsc-protocols.html에 기술되어 있다. iPSC의 분화는 예를 들어 그 내용이 전부 본원에 참조로 포함되는 문헌("Induction of Pluripotent Stem Cells from Adult Human Fibroblasts by Defined Factors"; Takahashi K., Tanabe K., Ohnuki M., Narita M., Ichisaka T., Tomoda K., Yamanaka S.; Cell Vol. 131, 861-872, November 2007")에서 찾아볼 수 있다.
조작된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 T 림프구(또는 T 세포)는 암 치료를위한 "기성품" 조직 적합성 세포 치료 제품의 생성을 돕기 위해 사용되어 왔다. 예를 들어, 각각의 내용이 본원에 참고로 포함되는 문헌("New Cell Sources for T Cell Engineering and Adoptive Immunotherapy", Cell Stem Cell. 2015 April; 16(4); 357-366)을 참조하라. 또한, 최근에, 대상체의 생물학적 샘플(예를 들어, 혈액 세포)로부터 수집된 세포로부터 iPSC의 생산에 상당한 진보가 있었다. 예를 들어, iPSC는 줄기 세포 관련 유전자(예를 들어, Oct 3/4, Sox 2, Klf4 및 c-Myc(또는 Oct 3/4, Sox 2, Nanog 및 Lin28))의 복제체를 바이러스 벡터를 사용하여 생물학적 샘플로부터 수집된 세포에 삽입하여 제조될 수 있다. 예를 들어, 각각의 내용이 본원에 참고로 포함하는 문헌(K. Okita, T. Ichisaka, and S. Yamanaka, "Generation of germline-competent induced pluripotent stem cells," Nature, vol. 448, no. 7151, pp. 313-317, 2007; K. Okita, Y. Matsumura, Y. Sato et al., "A more efficient method to generate integration-free human iPS cells," Nature Methods, vol. 8, no. 5, pp. 409-412, 2011; Themeli et al., "Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy", Nature Biotechnology, 31, 928-933(2013년 8월 11일 온라인 공개)을 참조하라.
불멸화된 iPSC의 저장
생물학적 샘플 물질(예를 들어, 세포, 예를 들어, 핵산)을 저장하기 위한 저장소(290)(예를 들어, 세포 저장소, 예를 들어, 핵산 저장소)는 액체 질소 저장 탱크 및/또는 다른 냉동 시스템을 포함할 수 있다. 액체 질소 탱크는 온도(예를 들어, 약 -195℃) 및/또는 습도 제어를 제공하고, 예를 들어 불멸화된 세포주(예를 들어, 불멸화된 iPSC)를 장기간에 걸쳐 저장하는데 사용될 수 있다. 대안적으로, 생물학적 물질(예를 들어, 핵산)은 보다 높은 온도(예를 들어, 약 -80℃ 내지 약 -20℃)에서 냉동 시스템에 저장될 수 있다. 저장소에 저장된 생물학적 샘플 물질의 보관 및/또는 유지를 위해 추가 장비, 백업 시스템, 소프트웨어/인벤토리 제어 시스템, 샘플 위치 시스템, 자동 샘플 리트리벌 등이 사용될 수 있다. 기술된 설정은 주어진 탱크 및/또는 냉동실 온도 제어 시스템 및/또는 습도 제어 시스템이 오작동하는 경우 백업 시스템(예를 들어, 추가 저장소)을 사용할 수 있도록 한다.
또한, 제공된 시스템 및 방법은 예를 들어, 그 내용 전체가 본원에 참고로 포함되는 문헌(2017년 4월 14일자 출원되고, 발명의 명칭이 "Chain Of Custody For Biological Samples And Biological Material Used In Genotyping Tests"인 U.S. 출원 제62/485,778호, 2017년 12월 19일자 출원되고, 발명의 명칭이 "Chain Of Custody For Biological Samples And Biological Material Used In Genotyping Tests"인 U.S. 출원 제15/846,659호, 2017년 12월 19일자 출원되고, 발명의 명칭이 "Chain of Custody for Biological Samples and Biological Material Used in Genotyping Tests"인 국제 출원 PCT/US17/67272)에 기술된 바와 같이 유전자형 데이터를 생성하는데 사용된 생물학적 샘플(및 이로부터 추출된 생물학적 물질)을 그래픽 사용자 인터페이스를 통해 기록 및 추적할 수 있다.
예를 들어, 생물학적 샘플이 생물학적 물질을 추출하고 유전자형 분석 시험을 수행하기 위해 여러 단계로 처리될 때, ID가 샘플 및 시험을 구성하기 위해 생물학적 샘플 물질을 처리하는 동안 사용되는 웰 플레이트뿐만 아니라 개체를 위한 생물학적 샘플 물질에 할당된다. 생물학적 샘플 물질은 생물학적 물질 추출에 사용하기 위해 웰 플레이트에 할당된다. 생물학적 샘플 물질은 유전자형 시험을 수행하는데 사용하기 위해 유전자형 분석 플레이트에 할당된다. 생물학적 샘플 물질에 상응하는 ID를 웰 플레이트 또는 유전자형 플레이트에 대한 ID와 각각 연관시킴으로써, 사용자는 어느 추출 및/또는 시험이 수행되어야 하는 지를 추적할 수 있을 뿐만 아니라 어떤 생물학적 샘플이 수신되었는지 또는 어느 유전자형 플레이트가 그래픽 사용자 인터페이스를 통해 분석되었는 지를 기록할 수 있다.
예시적인 컴퓨터 네트워크 환경
도 1은 본원에 기술된 방법 및 시스템에 사용하기 위한 예시적인 네트워크 환경(100)을 나타낸다. 간략한 개요에서, 이제 도 1을 참조하면, 예시적인 클라우드 컴퓨팅 환경(100)의 블록도가 도시되고 기술된다. 클라우드 컴퓨팅 환경(100)은 하나 이상의 리소스 제공자(102a, 102b, 102c)(통칭하여 102)를 포함할 수 있다. 각각의 리소스 제공자(102)는 컴퓨팅 리소스를 포함할 수 있다. 일부 구현에서, 컴퓨팅 리소스는 데이터를 처리하는데 사용되는 임의의 하드웨어 및/또는 소프트웨어를 포함할 수 있다. 예를 들어, 컴퓨팅 리소스는 알고리즘, 컴퓨터 프로그램 및/또는 컴퓨터 애플리케이션을 실행할 수 있는 하드웨어 및/또는 소프트웨어를 포함할 수 있다. 일부 구현에서, 예시적인 컴퓨팅 리소스는 저장 및 리트리벌 능력을 갖는 애플리케이션 서버 및/또는 데이터베이스를 포함할 수 있다. 각각의 리소스 제공자(102)는 클라우드 컴퓨팅 환경(100)에서 임의의 다른 리소스 제공자(102)에 연결될 수 있다. 일부 구현에서, 리소스 제공자(102)는 컴퓨터 네트워크(108)를 통해 연결될 수 있다. 각 리소스 제공자(102)는 컴퓨터 네트워크(108)를 통해 하나 이상의 컴퓨팅 장치(104a, 104b, 104c)(통칭하여, 104)에 연결될 수 있다.
클라우드 컴퓨팅 환경(100)은 리소스 관리자(106)를 포함할 수 있다. 리소스 관리자(106)는 컴퓨터 네트워크(108)를 통해 리소스 제공자(102) 및 컴퓨팅 장치(104)에 연결될 수 있다. 일부 구현에서, 리소스 관리자(106)는 컴퓨팅 리소스를 하나 이상의 리소스 제공자(102)에 의해 하나 이상의 컴퓨팅 장치(104)로의 제공을 용이하게 할 수 있다. 리소스 관리자(106)는 특정 컴퓨팅 장치(104)로부터 컴퓨팅 리소스에 대한 요청을 수신할 수 있다. 리소스 관리자(106)는 컴퓨팅 장치(104)에 의해 요청된 컴퓨팅 리소스를 제공할 수 있는 하나 이상의 리소스 공급자(102)를 식별할 수 있다. 리소스 관리자(106)는 컴퓨팅 리소스를 제공하기 위해 리소스 제공자(102)를 선택할 수 있다. 리소스 관리자(106)는 리소스 제공자(102)와 특정 컴퓨팅 장치(104) 사이의 연결을 용이하게 할 수 있다. 일부 구현에서, 리소스 관리자(106)는 특정 리소스 제공자(102)와 특정 컴퓨팅 장치(104) 사이의 연결을 달성할 수 있다. 일부 구현에서, 리소스 관리자(106)는 요청된 컴퓨팅 리소스를 이용하여 특정 컴퓨팅 장치(104)를 특정 리소스 제공자(102)로 다시 보내질 수 있다.
도 2는 본 개시에 기술된 방법 및 시스템에 사용될 수 있는 컴퓨팅 장치(200) 및 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 예를 나타낸다. 컴퓨팅 장치(200)는 랩탑, 데스크탑, 워크 스테이션, 개인용 디지털 어시스턴트, 서버, 블레이드 서버, 메인 프레임 및 그 밖의 적합한 컴퓨터와 같은 다양한 형태의 디지털 컴퓨터를 나타내도록 의도된다. 모바일 컴퓨팅 장치(250)는 개인용 디지털 어시스턴트, 휴대폰, 스마트폰 및 다른 유사한 컴퓨팅 장치와 같은 다양한 형태의 모바일 장치를 나타내도록 의도된다. 여기에 표시된 구성 요소, 이들의 연결 및 관계 및 이들의 기능은 예일 뿐 제한적인 것은 아닌 것으로 여겨진다.
컴퓨팅 장치(200)는 프로세서(202), 메모리(204), 저장 장치(206), 메모리(204)에 연결되는 고속 인터페이스(208) 및 다수의 고속 확장 포트(210), 및 저속 확장 포트(214)에 연결되는 저속 인터페이스(212), 및 저장 장치(206)를 포함한다. 프로세서(202), 메모리(204), 저장 장치(206), 고속 인터페이스(208), 고속 확장 포트(210) 및 저속 인터페이스(212) 각각은 다양한 버스를 사용하여 상호 연결되고, 공통 마더보드(common motherboard) 상에 또는 경우에 따라 다른 적절한 방식으로 장착될 수 있다. 프로세서(202)는 메모리(204) 또는 저장 장치(206)에 저장된 명령을 포함하는 컴퓨팅 장치(200) 내의 실행을 위한 명령을 처리하여, 외부 입력/출력 장치, 예컨대 고속 인터페이스(208)에 커플링된 디스플레이(216) 상의 GUI에 대한 그래픽 정보를 나타낸다. 다른 구현에서, 다수의 프로세서들 및/또는 다수의 버스들이 적절하게 다수의 메모리 및 메모리 유형과 함께 사용될 수 있다. 또한, 다수의 컴퓨팅 장치가 연결될 수 있으며, 각각의 장치는 필요한 작동(예를 들어, 서버 뱅크, 블레이드 서버 그룹, 또는 다중 프로세서 시스템으로서)의 일부를 제공한다.
메모리(204)는 컴퓨팅 장치(200) 내에 정보를 저장한다. 일부 구현에서, 메모리(204)는 휘발성 메모리 유닛 또는 유닛들이다. 일부 구현들에서, 메모리(204)는 비휘발성 메모리 유닛 또는 유닛들이다. 메모리(204)는 또한 자기 또는 광 디스크와 같은 다른 형태의 컴퓨터 판독 가능 매체일 수 있다.
저장 장치(206)는 컴퓨팅 장치(200)에 대용량 저장 장치를 제공할 수 있다. 일부 구현에서, 저장 장치(206)는 컴퓨터 판독 가능한 매체, 예컨대 플로피 디스크 장치, 하드 디스크 장치, 광 디스크 장치, 또는 테이프 장치, 플래시 메모리 또는 다른 유사한 솔리드 스테이트 메모리 장치, 또는 저장 영역 네트워크 또는 다른 구성의 장치를 포함하는 장치의 어레이일 수 있거나, 이를 함유할 수 있다. 명령은 정보 캐리어에 저장될 수 있다. 명령은 하나 이상의 처리 장치(예를 들어, 프로세서(202))에 의해 실행될 때, 전술한 것과 같은 하나 이상의 방법을 수행한다. 명령은 또한 컴퓨터 판독 가능 매체 또는 기계 판독 가능 매체(예를 들어, 메모리(204), 저장 장치(206), 또는 프로세서(202)에 대한 메모리)와 같은 하나 이상의 저장 장치에 의해 저장될 수 있다.
고속 인터페이스(208)는 컴퓨팅 장치(200)에 대한 대역폭 집약적 작업을 관리하는 반면, 저속 인터페이스(212)는 보다 낮은 대역폭 집약적 작업을 관리한다. 이러한 기능 할당은 단지 예이다. 일부 구현에서, 고속 인터페이스(208)는 메모리(204), 디스플레이(216)(예를 들어, 그래픽 프로세서 또는 가속기를 통해) 및 다양한 확장 카드(도시되지 않음)를 수용할 수 있는 고속 확장 포트(210)에 연결된다. 구현에서, 저속 인터페이스(212)는 저장 장치(206) 및 저속 확장 포트(214)에 연결된다. 다양한 통신 포트(예를 들어, USB, Bluetooth®, 이더넷, 무선 이더넷)를 포함할 수 있는 저속 확장 포트(214)는 예를 들어 네트워크 어댑터를 통해 하나 이상의 입력/출력 장치, 예컨대 키보드, 포인팅 장치, 스캐너, 또는 네트워킹 장치, 예컨대 스위치 또는 라우터에 연결될 수 있다.
컴퓨팅 장치(200)는 도면에 도시된 바와 같이 다수의 상이한 형태로 구현될 수 있다. 예를 들어, 표준 서버(220)로서, 또는 이러한 서버 군에서 여러 번 구현될 수 있다. 또한, 랩탑 컴퓨터(222)와 같은 개인용 컴퓨터에서 구현될 수 있다. 또한 랙 서버 시스템(224)의 일부로서 구현될 수 있다. 대안적으로, 컴퓨팅 장치(200)의 구성 요소는 모바일 장치(도시되지 않음), 예컨대 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 다른 구성 요소와 결합될 수 있다. 이러한 각각의 장치는 컴퓨팅 장치(200) 및 모바일 컴퓨팅 장치(250) 중 하나 이상을 함유할 수 있고, 전체 시스템은 서로 통신하는 다수의 컴퓨팅 장치로 구성될 수 있다.
모바일 컴퓨팅 장치(250)는 다른 구성 요소 중에서, 프로세서(252), 메모리(264), 디스플레이(254)와 같은 입력/출력 장치, 통신 인터페이스(266) 및 트랜시버(268)를 포함한다. 모바일 컴퓨팅 장치(250)에는 또한 추가적인 저장을 제공하기 위해 마이크로 드라이브 또는 다른 장치와 같은 저장 장치가 제공될 수 있다. 프로세서(252), 메모리(264), 디스플레이(254), 통신 인터페이스(266) 및 트랜시버(268) 각각은 다양한 버스를 사용하여 상호 연결되고, 몇몇 구성 요소는 공통 마더보드 상에 또는 다른 방식으로 적절히 장착될 수 있다.
프로세서(252)는 메모리(264)에 저장된 명령을 포함하여 모바일 컴퓨팅 장치(250) 내에서 명령을 실행할 수 있다. 프로세서(252)는 개별 및 다수의 아날로그 및 디지털 프로세서를 포함하는 칩의 칩셋으로서 구현될 수 있다. 프로세서(252)는, 사용자 인터페이스, 모바일 컴퓨팅 장치(250)에 의해 실행되는 애플리케이션, 및 모바일 컴퓨팅 장치(250)에 의한 무선 통신의 제어와 같은, 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 다른 구성 요소의 조정을 제공할 수 있다.
프로세서(252)는 제어 인터페이스(258) 및 디스플레이(254)에 연결된 디스플레이 인터페이스(256)를 통해 사용자와 통신할 수 있다. 디스플레이(254)는 예를 들어, TFT(Thin-Film-Transistor Liquid Crystal Display) 디스플레이이거나 OLED(Organic Light Emitting Diode) 디스플레이 또는 그 밖의 적절한 디스플레이 기술일 수 있다. 디스플레이 인터페이스(256)는 그래픽 및 다른 정보를 사용자에게 제시하기 위해 디스플레이(254)를 구동하기 위한 적절한 회로를 포함할 수 있다. 제어 인터페이스(258)는 사용자로부터 명령을 수신하고 프로세서(252)에 제출하기 위해 이들을 변환할 수 있다. 또한, 외부 인터페이스(262)는 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 다른 장치과의 근접 통신을 가능하게 하도록, 프로세서(252)와의 통신을 제공할 수 있다. 외부 인터페이스(262)는 예를 들어 일부 구현에서, 유선 통신 또는 다른 구현에서 무선 통신을 제공할 수 있고, 다수의 인터페이스가 또한 사용될 수 있다.
메모리(264)는 모바일 컴퓨팅 장치(250) 내에 정보를 저장한다. 메모리(264)는 컴퓨터 판독 가능 매체 또는 매체들, 휘발성 메모리 유닛 또는 유닛들, 또는 하나 이상의 비휘발성 메모리 유닛 또는 유닛들로서 구현될 수 있다. 확장 메모리(274)가 또한 제공되고 확장 인터페이스(272)를 통해 모바일 컴퓨팅 장치(250)에 연결될 수 있으며, 이는 예를 들어 SIMM(Single In Line Memory Module) 카드 인터페이스를 포함할 수 있다. 확장 메모리(274)는 모바일 컴퓨팅 장치(250)를 위한 추가 저장 공간을 제공할 수 있거나, 모바일 컴퓨팅 장치(250)를 위한 애플리케이션 또는 다른 정보를 저장할 수도 있다. 구체적으로, 확장 메모리(274)는 전술한 프로세스를 수행하거나 보충하기 위한 명령을 포함할 수 있으며, 보안 정보도 포함할 수 있다. 따라서, 예를 들어, 확장 메모리(274)는 모바일 컴퓨팅 장치(250)를 위한 보안 모듈로서 제공될 수 있고, 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 안전한 사용을 허용하는 명령으로 프로그램될 수 있다. 또한, SIMM 카드를 통한 식별 정보를 해킹 불가능한 방식으로 배치하는 것과 같은 추가 정보와 함께 SIMM 카드를 통해 보안 애플리케이션이 제공될 수 있다.
메모리는 예를 들어, 후술하는 바와 같이 플래시 메모리 및/또는 NVRAM 메모리(비휘발성 랜덤 액세스 메모리)를 포함할 수 있다. 일부 구현에서, 명령이 정보 캐리어에 저장되고, 하나 이상의 처리 장치(예를 들어, 프로세서(252))에 의해 실행될 때, 전술한 것들과 같은 하나 이상의 방법들을 수행한다. 명령은 또한 하나 이상의 컴퓨터 또는 기계 판독 가능 매체(예를 들어, 메모리(264), 확장 메모리(274), 또는 프로세서(252)에 대한 메모리)와 같은 하나 이상의 저장 장치에 의해 저장될 수 있다. 일부 구현에서, 명령은 예를 들어 트랜시버(268) 또는 외부 인터페이스(262)를 통해 전파된 신호로 수신될 수 있다.
모바일 컴퓨팅 장치(250)는 필요한 경우 디지털 신호 처리 회로를 포함할 수 있는 통신 인터페이스(266)를 통해 무선으로 통신할 수 있다. 통신 인터페이스(266)는 무엇보다도 GSM 음성 호출(Global System for Mobile communication), SMS(Short Message Service), EMS(Enhanced Messaging Service) 또는 MMS 메시징(Multimedia Messaging Service), CDMA(code division multiple access), TDMA(time division multiple access), PDC(Personal Digital Cellular), WCDMA(Wideband Code Division Multiple Access), CDMA2000 또는 GPRS(General Packet Radio Service)와 같은 다양한 모드 또는 프로토콜 하에서 통신을 제공할 수 있다. 이러한 통신은 예를 들어 무선 주파수를 사용하는 트랜시버(268)를 통해 발생할 수 있다. 또한, Bluetooth®, Wi-Fi™ 또는 그 밖의 이러한 트랜시버(도시되지 않음)를 사용하는 것과 같은 단거리 통신이 발생할 수 있다. 또한, GPS(Global Positioning System) 수신기 모듈(270)은 추가적인 내비게이션 및 위치 관련 무선 데이터를 모바일 컴퓨팅 장치(250)에 제공할 수 있으며, 이는 모바일 컴퓨팅 장치(250) 상에서 실행되는 애플리케이션에 의해 적절하게 사용될 수 있다.
모바일 컴퓨팅 장치(250)는 또한 오디오 코덱(260)을 사용하여 청각적으로 통신할 수 있으며, 이는 오디오 코덱(260)을 사용하여 사용자로부터 음성 정보를 수신하고 이를 사용 가능한 디지털 정보로 변환할 수 있다. 오디오 코덱(260)은 마찬가지로 예를 들어 모바일 컴퓨팅 장치(250)의 핸드셋에서 스피커를 통해와 같이 사용자를 위해 가청 사운드를 생성할 수 있다. 이러한 사운드는 음성 전화 호출로부터의 사운드를 포함할 수 있고, 녹음된 사운드(예를 들어, 음성 메시지, 음악 파일 등)를 포함할 수 있으며, 모바일 컴퓨팅 장치(250)에서 작동하는 애플리케이션에 의해 생성된 사운드를 포함할 수도 있다.
모바일 컴퓨팅 장치(250)는 도면에 도시된 바와 같이 다수의 상이한 형태로 구현될 수 있다. 예를 들어, 그것은 휴대폰(280)으로서 구현될 수 있다. 또한, 스마트폰(282), 개인용 디지털 어시스턴트 또는 다른 유사한 모바일 장치의 일부로서 구현될 수 있다.
여기에 기술된 시스템 및 기술의 다양한 구현은 디지털 전자 회로, 집적 회로, 특수 설계된 ASIC(응용 특정 집적 회로), 컴퓨터 하드웨어, 펌웨어, 소프트웨어 및/또는 이들의 조합으로 실현될 수 있다. 이러한 다양한 구현은 특수하거나 범용일 수 있고, 데이터 및 명령을 수신하고, 데이터 및 명령을 저장 시스템, 적어도 하나의 입력 장치 및 적어도 하나의 출력 장치에 전송하기 위해 결합된, 적어도 하나의 프로그램 가능 프로세서를 포함하는 프로그램 가능 시스템으로의 실행 및/또는 해석 가능한 하나 이상의 컴퓨터 프로그램으로의 구현을 포함할 수 있다.
이들 컴퓨터 프로그램(프로그램, 소프트웨어, 소프트웨어 애플리케이션 또는 코드로도 알려져 있음)은 프로그램 가능 프로세서를 위한 기계 명령어를 포함하고, 고급 절차 및/또는 객체 지향 프로그래밍 언어, 및/또는 어셈블리/기계 언어로 구현될 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 기계 판독 가능 매체 및 컴퓨터 판독 가능 매체는 기계 명령 및/또는 기계 판독 가능 신호로서 기계 명령을 수신하는 기계 판독 가능 매체를 포함하는 프로그램 가능 프로세서로 데이터를 제공하는데 사용되는 임의의 컴퓨터 프로그램 제품, 장치 및/또는 디바이스(예를 들어, 자기 디스크, 광 디스크, 메모리, 프로그램 가능 논리 디바이스(PLD))를 지칭한다. 용어 기계 판독 가능 신호는 기계 명령 및/또는 데이터를 프로그램 가능 프로세서에 제공하는데 사용되는 임의의 신호를 지칭한다.
사용자와의 상호 작용을 제공하기 위해, 여기에 기술된 시스템 및 기술은 사용자에게 정보를 디스플레이하기 위한 디스플레이 장치(예를 들어, CRT(음극선 관) 또는 LCD(액정 디스플레이) 모니터), 및 키보드, 및 사용자가 컴퓨터에 입력을 제공할 수 있는 포인팅 장치(예를 들어, 마우스 또는 트랙볼)를 갖는 컴퓨터에서 구현될 수 있다. 사용자와의 상호 작용을 제공하기 위해 다른 종류의 장치가 사용될 수도 있다. 예를 들어, 사용자에게 제공되는 피드백은 임의의 형태의 감각 피드백(예를 들어, 시각적 피드백, 청각 피드백 또는 촉각 피드백)일 수 있으며; 사용자로부터의 입력은 음향, 음성 또는 촉각 입력을 포함하는 임의의 형태로 수신될 수 있다.
본원에서 기술된 시스템 및 기술은 백 엔드 구성 요소(back end component)(예를 들어, 데이터 서버)를 포함하거나, 미들웨어 구성 요소(예를 들어, 애플리케이션 서버)를 포함하거나, 프론트엔드 구성 요소(예를 들어, 그래픽 사용자 인터페이스, 또는 사용자가 본원에서 기술된 시스템 및 기술의 구현과 상호 작용할 수 있는 웹 브라우저를 갖는 클라이언트 컴퓨터)를 포함하는 컴퓨팅 시스템, 또는 이러한 백엔드, 미들웨어 또는 프론트 엔드 구성 요소의 임의의 조합으로 구현될 수 있다. 시스템의 구성 요소는 임의의 형태 또는 매체의 디지털 데이터 통신(예를 들어, 통신 네트워크)에 의해 상호 연결될 수 있다. 통신 네트워크의 예는 근거리 통신망(LAN), 광역 통신망(WAN) 및 인터넷을 포함한다.
컴퓨팅 시스템은 클라이언트 및 서버를 포함할 수 있다. 클라이언트 및 서버는 일반적으로 서로 멀리 떨어져 있으며 일반적으로 통신 네트워크를 통해 상호 작용한다. 클라이언트와 서버의 관계는 각 컴퓨터에서 실행되고 서로 클라이언트-서버 관계를 갖는 컴퓨터 프로그램으로 인해 발생한다.
특정 구체예에서, 시스템은 도 1 또는 도 2의 임의의 컴퓨터 시스템 장치와 통신하는 물리적 생물저장소(290)(하나 이상의 세포 저장 용기를 포함함)를 포함한다.
청구된 발명의 시스템, 아키텍처, 장치, 방법 및 공정은 본원에 기술된 구체예로부터의 정보를 사용하여 개발된 변형 및 적응을 포함하는 것으로 고려된다. 본 명세서에 의해 고려되는 바와 같이, 본원에서 기술된 시스템, 아키텍처, 장치, 방법 및 공정의 적응 및/또는 수정이 수행될 수 있다.
본 명세서 전반에 걸쳐, 물품, 장치, 시스템 및 아키텍처가 특정 구성 요소를 지니거나, 함유하거나, 포함하는 것으로 기술되는 경우, 또는 공정 및 방법이 특정 단계를 지니거나, 함유하거나, 포함하는 것으로 기술되는 경우, 추가로, 인용된 구성 요소를 필수적으로 포함하는 본 발명의 물품, 장치, 시스템 및 아키덱쳐가 존재하며, 인용된 처리 단계를 필수적으로 포함하는 본 발명의 공정 및 방법이 존재하는 것으로 고려된다.
단계들의 순서 또는 특정 조치를 수행하기 위한 순서는 본 발명이 작동 가능한한 중요하지 않은 것으로 이해해야 한다. 또한, 둘 이상의 단계 또는 조치가 동시에 수행될 수 있다.
예를 들어, 배경 섹션에서 임의의 간행물에 대한 본원의 언급은 그 간행물이 본원에 제시된 청구항들 중 어느 것과 관련하여 종래 기술로서 기능한다는 것을 인정하는 것은 아니다. 배경 섹션은 명확성의 목적을 위해 제시되며 임의의 청구항에 대한 종래 기술의 설명으로서 의도되지 않는다. 머리글은 독자의 편의를 위해 제공되며 청구된 주제와 관련하여 제한되도록 의도되지 않는다.
문헌들은 언급된 바와 같이 본원에 참고로 포함된다. 특정 용어의 의미에 차이가 있는 경우, 상기 정의 섹션에 제공된 의미가 통제한다.
본 발명의 특정 구체예가 본원에 기재되어 있다. 그러나, 본 발명은 이들 구체예로 제한되지 않으며, 오히려 본원에서 명시적으로 기술된 것에 대한 추가 및 수정 또한 본 발명의 범위 내에 포함되는 것으로 의도됨이 명시적으로 주지된다. 더욱이, 본원에 기술된 다양한 구체예의 특징은 상호 배타적이지 않으며, 본 발명의 사상 및 범위에서 벗어나지 않고, 이러한 조합 및 순열이 본원에 표현되어 있지 않더라도, 다양한 조합 및 순열로 존재할 수 있음을 이해해야 한다. 실제로, 본원에 기술된 것의 변형, 수정 및 다른 구현은 본 발명의 사상 및 범위를 벗어나지 않고 당업자에게 일어날 것이다. 이와 같이, 본 발명은 전술한 예시적인 기술에 의해서만 정의되지는 않는다. 그러므로, 본 개시는 특정 구현으로 제한되지 않아야 하고, 그 보다는 청구 범위의 사상 및 범위에 의해서만 제한되어야 한다.
등가물
본 발명은 이의 상세한 설명과 관련하여 설명되었지만, 전술한 설명은 첨부된 청구 범위의 범위에 의해 정의된 본 발명의 범위를 예시하려는 것이지 제한하려는 것이 아님을 이해해야 한다. 그 밖의 양태들, 이점들 및 수정들은 다음의 청구범위의 범위 내에 있다.
Claims (61)
- 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(induced pluripotent stem cell)(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(Chimeric antigen receptors T cell)(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법으로서, 상기 방법이,
(a) 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 식별하는 단계;
(b) 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 상기 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 적합한 세포를 리트리빙(retrieving)하는 단계; 및
(c) 상기 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 상기 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 단계를 포함하는 방법. - 제1항에 있어서, 적합한 세포가 iPSC, 줄기 세포, 혈액 전구체, iPSC, 조혈 줄기 세포(hematopoietic stem cell)(HSC), 중간엽 줄기 세포(mesenchymal stem cell)(MSC), 망막 색소 상피(Retinal Pigment Epithelium)(RPE) 및 배아체로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 구성원을 포함하는 방법.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 단계(b)가 공여자의 생물학적 샘플로부터 적합한 세포를 유도하는 것을 포함하는 방법.
- 제2항에 있어서, 공여자가 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 구성원이 아닌 방법.
- 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 단계(b)가 물리적 저장소로부터 적합한 세포를 얻는 것을 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 단계(b)가 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 사용자로부터 프로세서 기반 질의를 사용하여 적합한 세포에 상응하는 하나 이상의 데이터 엔트리를 리트리빙하는 것을 포함하며, 상기 질의는 대상체와의 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 포함하는 방법.
- 제6항에 있어서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별이 (i) 내지 (iii): (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭 중 하나 이상을 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 리트리빙된 적합한 세포를 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC, 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포로부터 T 세포를 생성하는 것을 포함하는 방법.
- 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 유도 만능 줄기 세포(iPSC)-유래 키메라 항원 수용체 T 세포(CAR-T) 조성물을 제조하는 방법으로서, 상기 방법이
(a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 물리적 저장소의 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스를 저장하는 단계로서, 상기 특징화된 세포는 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 포함하는 단계;
(b) 상기 프로세서에 의해, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 세포 유형의 식별을 포함하는 사용자로부터 질의를 수신하는 단계;
(c) 상기 프로세서에 의해, 상기 데이터베이스의 하나 이상의 데이터 엔트리에 질의를 매칭시키고, 상기 매칭되는 데이터 엔트리 각각은 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 세포 유형을 갖는 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하고, 이로써 상기 대상체에 적합한 것으로서 상기 하나 이상의 특징화된 세포를 식별하는 단계;
(d) 물리적 저장소로부터, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합할 수 있는 것으로서 식별된 상기 하나 이상의 특징화된 세포에 상응하는 적합한 세포를 리트리빙하는 단계; 및
(e) 상기 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 상기 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 단계를 포함하는 방법. - 제11항에 있어서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 데이터 엔트리가 세포에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 포함하고,
질의가 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 대해 질의된 HLA 유전자좌 세트를 포함하고,
데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리가 각각 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포를 나타내는 방법. - 제11항에 있어서, 물리적 저장소의 복수의 특징화된 세포가 불멸화되는 방법.
- 제11항 또는 제12항에 있어서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트가 적어도 3개의 HLA 유전자좌 세트를 포함하고, 상기 적어도 3개의 HLA 유전자좌가 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DRB인 방법.
- 제11항 또는 제12항에 있어서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트가 적어도 9개의 주어진 유전자좌 세트를 포함하며, 상기 적어도 9개의 주어진 유전자좌가 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, HLA-DPB1인 방법.
- 제13항에 있어서, 복수의 특징화된 세포 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트가 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 3개의 주어진 유전자좌를 포함하는 방법.
- 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리 각각이 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 대해 질의된 HLA 유전자좌 세트와 정확하게 매칭되거나 부분적으로 매칭되는 방법.
- 제11항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 리트리빙된 매칭되는 데이터 엔트리 각각에 상응하는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포에 대해 상응하는 바코드 또는 다른 식별자를 결정함으로써 물리적 저장소로부터 요망하는 세포의 리트리벌(retrieval) 및/또는 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 상기 하나 이상의 특징화된 적합한 세포에 상응하는 식별 정보의 리트리벌을 가능하게 하는 것을 포함하는 방법.
- 제11항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 특징화된 세포 각각에 대한 데이터 엔트리가 ABO 혈액형을 추가로 포함하고, 질의가 ABO 혈액형을 추가로 포함하며, 하나 이상의 특징화된 적합한 세포를 나타내는 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리가 질의된 HLA 유전자좌 및 질의된 ABO 혈액형에 매칭되는 방법.
- 제11항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 특징화된 세포 각각에 대한 데이터 엔트리가 RHD 혈액 그룹을 추가로 포함하고, 질의가 RHD 혈액 그룹을 추가로 포함하며, 하나 이상의 특징화된 적합한 세포를 나타내는 데이터베이스의 하나 이상의 매칭되는 데이터 엔트리가 질의된 RHD 혈액 그룹 및 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 방법.
- 제11항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 질의된 HLA 유전자좌가 HLA 매칭된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 필요로 하는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 상응하는 방법.
- 제9항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 질의된 HLA 유전자좌가 HLA 매칭을 필요로 하는 특정 대상체로부터의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 결정되는 방법.
- 제18항에 있어서, 질의된 ABO 혈액형이 ABO 매칭을 필요로 하는 특정 대상체로부터의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 결정되는 방법.
- 제19항에 있어서, 질의된 RHD 혈액 그룹이 RHD 혈액 그룹 매칭을 필요로 하는 특정 대상체로부터의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 결정되는 방법.
- 제10항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 물리적 저장소가 하나 이상의 액체 질소 저장 탱크를 포함하는 방법.
- 제11항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 질의된 HLA 유전자좌에 매칭되는 하나 이상의 데이터 엔트리에 상응하는 하나 이상의 특징화된 적합한 세포 각각으로부터 T 세포를 생성하는 것을 포함하는 방법.
- 제10항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제26항에 있어서, 투여 단계가 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 기지의 질병 또는 병태를 치료하기 위해 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 것을 포함하는 방법.
- 제27항에 있어서, 기지의 질병 또는 병태가 암인 방법.
- 제28항에 있어서, 기지의 질병 또는 병태는 급성 골수성 백혈병, 급성 림프모구 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 골수 증식성 장애, 골수 이형성 증후군, 다발성 골수종, 비호지킨 림프종, 호지킨 질환, 재생 불량성 빈혈, 순수 적혈구 무형성증, 발작성 야행성 혈색소뇨증, 판코니 빈혈, 지중해성 빈혈, 겸상 적혈구 빈혈, 중증 복합 면역 결핍증(SCID), 위스코트-알드리치(Wiskott-Aldrich) 증후군, 혈구탐식성 림프조직구증, 선천 대사 장애, 수포성 표피 박리증, 선천성 호중구 감소증, 슈와크만-다이아몬드(Shwachman-Diamond) 증후군, 다이아몬등-블랙판(Diamond-Blackfan) 빈혈 및 백혈구 부착 결핍증으로 이루어진 군으로부터 선택된 구성원을 포함하는 암인 방법.
- 제11항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 데이터베이스는 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하며, 각각의 슈퍼 공여자 세포주에 대한 상기 데이터 엔트리가 상기 슈퍼 공여자 세포주에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 포함하는 방법.
- 제30항에 있어서, 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주 각각이 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 의한 면역 거부 반응의 위험이 보다 낮은, 매칭되는 HLA 유전자좌를 갖는 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료에 사용될 수 있는 방법.
- 제30항 또는 제31항에 있어서, 하나 이상의 슈퍼 공여자 개체 각각으로부터 수집된 하나 이상의 생물학적 샘플을 처리하고 분석함으로써 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제32항에 있어서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 결정하는 단계가 적어도 3개의 HLA 유전자좌 세트를 식별하는 것을 포함하며, 상기 적어도 3개의 HLA 유전자좌는 HLA-A, HLA-B, 및 HLA-DRB인 방법.
- 제32항에 있어서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트를 결정하는 단계가 적어도 9개의 HLA 유전자좌 세트를 식별하는 것을 포함하며, 상기 적어도 9개의 HLA 유전자좌는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1인 방법.
- 제34항에 있어서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트가 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 3개의 HLA 유전자좌를 포함하는 방법.
- 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 슈퍼 공여자 세포주 각각에 상응하는 특징화된 HLA 유전자좌 세트가 HLA-A, HLA-B, 및 DRB-1에 대해 동형접합성인 방법.
- 제36항에 있어서, 특징화된 HLA 유전자좌의 동형접합성 세트가 주어진 모집단의 대부분과 매칭되는 주어진 모집단에 대해 가장 일반적인 HLA 유전자좌 세트에 속하는 방법.
- 제30항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 특징화된 HLA 유전자좌의 동형접합성 세트가 적어도 3개의 주요 부위에서 동형접합성 HLA 유전자좌를 포함하고, 싱기 주요 부위는 HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4, HLA-DRB5, HLA-DQB1, 및 HLA-DPB1로 이루어진 군으로부터 선택된 구성원인 방법.
- 제30항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주가 특정 대상체가 기원하는 모집단의 적어도 70%와 매칭되는 방법.
- 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주 중 하나를 사용하여 생성되는 방법.
- 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는데 사용된 iPSC 슈퍼 공여자 세포주를 배양 배지에 노출시키는 것을 포함하는 방법.
- 제41항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 복수의 적합한 T 세포주 또는 복수의 iPSC 슈퍼 공여자 세포주를 포함하는 방법.
- 하나 이상의 요망하는 T 세포를 포함하는 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 포함하는 물질의 조성물로서, 상기 조성물이 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 방법에 의해 생성되는 조성물.
- 제43항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 특정 대상체의 생물학적 샘플로부터 유래된 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 포함하는 조성물.
- 제44항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 대상체의 생물학적 샘플로부터 유래된 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 사용하여 생성되는 조성물.
- 제43항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, iPSC-유래 CAR-T 조성물이 물리적 저장소로부터의 적합한 세포를 포함하고, 상기 적합한 세포는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별되는 조성물.
- 제46항에 있어서, 적합한 세포가 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 사용하여 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별되고, 상기 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별이, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹과 동일한 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹을 갖는, (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭의 i) 내지 (iii) 중 하나 이상을 포함하는 조성물.
- 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 저장하는 방법으로서, 상기 방법이
(a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 적합한 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 식별하는 단계;
(b) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 상기 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 표지로 표지하는 단계로서, 상기 표지가 상기 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 관한 정보 및 상기 iPSC-유래 CAR-T 조성물이 유도되는 상기 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포의 분류를 포함하는 단계; 및
(c) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 물리적 저장소의 각 표지에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스를 저장하는 단계를 포함하는 방법. - 제48항에 있어서, 하나 이상의 iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포의 분류가 (i) HLA 유전자좌, (ii) ABO 혈액형, 및 (iii) RHD 혈액 그룹의 (i) 내지 (iii) 중 하나 이상을 포함하는 방법.
- 제48항 또는 제49항에 있어서, 표지가 물리적 표지 및/또는 디지털 표지인 방법.
- 제48항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 표지가
(i) iPSC-유래 CAR-T 조성물이 유도되는, 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포;
(ii) 표지된 iPSC-유래 CAR-T 조성물에 적합한 하나 이상의 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹; 및
(iii) 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 물리적 저장소에 저장된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물의, (i) 내지 (iii) 중 하나 이상과 관련된 정보를 포함하며; 상기 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물의 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹은 상기 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포의 상기 HLA 유전자좌, 및/또는 ABO 혈액형, 및/또는 RHD 혈액 그룹과 동일하거나 매칭되는 방법. - iPSC 및/또는 iPSC-유래 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 생성되고, 표지되고, 저장된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 방법으로서, 상기 방법은
(a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 사용하여 유도된 하나 이상의 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 식별하는 단계;
(b) 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 상기 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 상기 하나 이상의 적합한 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 물리적 저장소로부터 리트리빙하는 단계; 및
(c) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 상응하는 데이터 엔트리를 포함하는 데이터베이스를 업데이트하는 단계를 포함하는 방법. - 제52항에 있어서, 리트리빙된 iPSC-유래 CAR-T 조성물이 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 치료제로서 투여되는 방법.
- 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹의 치료를 위해 맞춤화된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 방법으로서, 상기 방법은
(a) 컴퓨팅 장치의 프로세서에 의해, 림프구 수가 낮거나 림프구 질이 불량한 것으로서 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹을 식별하는 단계;
(b) 프로세서에 의해, 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서, 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 식별하는 단계;
(c) 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 상기 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 적합한 세포를 리트리빙하는 단계;
(d) 리트리빙된 적합한 세포를 사용하여 상기 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 단계; 및
(e) 상기 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 상기 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법. - 제54항에 있어서, 단계(c)가 물리적 저장소로부터 적합한 세포를 얻는 것을 포함하는 방법.
- 제54항 또는 제55항에 있어서, 단계(c)가 사용자로부터 프로세서-기반 질의를 사용하여 적합한 세포를 리트리빙하는 것을 포함하며, 상기 질의는 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형의 식별을 포함하는 방법.
- 제56항에 있어서, 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합성을 나타내는 세포 유형을 식별이 (i) 내지 (iii): (i) HLA 매칭, (ii) ABO 혈액형 매칭, 및 (iii) RHD 혈액 그룹 매칭 중 하나 이상을 포함하는 방법.
- 제54항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 단계(b)가 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPSC 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포를 사용하여 물리적 저장소 내의 하나 이상의 저장되고 표지된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 식별하는 것을 포함하는 방법.
- 제54항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 단계(c)가 특정 대상체 또는 특정 대상체의 그룹에 적합한 것으로서 식별된 하나 이상의 iPS 세포 및/또는 하나 이상의 iPSC-유래 세포에 상응하는 하나 이상의 식별된 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 리트리빙하는 것을 포함하는 방법.
- 제54항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 적합한 세포가 CRISPR/Cas9 기술을 사용하여 조작되는 방법.
- 제60항에 있어서, 단계(d)가 조작된 적합한 세포를 사용하여 iPSC-유래 CAR-T 조성물을 생성하는 것을 포함하는 방법.
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