KR20190143058A - Method of predicting prognosis of brain tumors - Google Patents

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Abstract

The present invention relates to a method for predicting the prognosis of a brain tumor based on molecular characteristics by comparing expression levels of cancer genes. A composition for predicting the prognosis of a brain tumor comprises primers complementary to one or more biomarkers selected from the group consisting of: MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11.

Description

뇌 종양의 예후 예측 방법{METHOD OF PREDICTING PROGNOSIS OF BRAIN TUMORS}METHOOD OF PREDICTING PROGNOSIS OF BRAIN TUMORS

본 발명은 암 유전자의 발현 수준을 확인하여 뇌 종양의 예후를 예측하는 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a method for predicting the prognosis of brain tumors by identifying expression levels of cancer genes.

신경교종(glioma)은 원발성 뇌종양(primary brain tumor)의 60%를 차지하는 종양으로서, 발생빈도가 높고 치료가 어렵다. 현재까지도 방사선 치료 외엔 특별한 치료법이 없는 악성 종양에 해당한다. 그 중 가장 악성으로 분류되고 있는 교모세포종(glioblastoma, GBM)의 경우, 다른 암과 비교하였을 때 방사선 및 항암제 치료에 대한 저항성이 매우 높아 일단 진단되면 생존기간이 1년 내외 밖에 되지 않는다. 진단 후 평균 생존 기간은 어떤 치료 없이 3개월이며, 현재 이용되는 완전한 요법으로 약 1년이다. 단지 1/5만이 최신의 광범위한 치료 후에 2년 동안 생존한다. 연령이 증가할수록(> 60세) 더 심각한 예후의 위험을 보인다. 사망 원인은 대개 대뇌 부종 및/또는 두개내압의 증가이며, 추가적으로 혈액 순환을 손상시키고 뇌 탈출증을 일으키는 종괴 효과이다. Glioma is a tumor that accounts for 60% of primary brain tumors. It is still a malignant tumor with no specific treatment other than radiation. Glioblastoma (GBM), which is classified as the most malignant, has a very high resistance to radiation and chemotherapy compared to other cancers. Once diagnosed, survival is only about 1 year. The average survival time after diagnosis is 3 months without any treatment and is about 1 year with the complete therapy currently in use. Only one fifth survive for two years after the latest extensive treatment. As age increases (> 60 years), there is a greater risk of prognosis. The cause of death is usually an increase in cerebral edema and / or intracranial pressure, and additionally a mass effect that impairs blood circulation and causes brain prolapse.

따라서, 개선되거나 최적화된 GBM 종양 치료법 또는 예후에 대한 예측 인자에 대한 필요성을 오랫동안 통감하고 있는 실정이다. Thus, there is a long-standing need for improved or optimized GBM tumor therapies or predictors of prognosis.

이에 대응하여, 면역화학적 및 면역조직화학적 연구로 항분비 인자(AF) 단백질은 체내 대부분의 조직과 기관에 존재하며 합성될 수도 있다는 것이 밝혀졌다. 항설사 서열을 포함하는 합성 펩티드가 앞서 특성화되었다(WO 97/08202호; WO 05/030246호). In response, immunochemical and immunohistochemical studies have shown that anti-secretory factor (AF) proteins are present in most tissues and organs in the body and may be synthesized. Synthetic peptides comprising antidiarrheal sequences have been previously characterized (WO 97/08202; WO 05/030246).

한편, 상기 뇌 종양의 경우, 뇌혈관 장벽(Brain Blood Barrier)이 존재하기 때문에 치료를 위한 약물 전달이 목적하는 뇌 부위로 전달되기 어려울 뿐만 아니라, 상대적으로 뇌신경 생물학에 대한 이해가 부족하여 치료제 개발이 활발하지 못한 것이 현실이다. 더욱이, 교모세포종은 다른 뇌 종양과 비교해볼 때 공격적 변이(aggressive variant)를 나타내어, 이를 빠른 시일 내에 치료하지 않으면 몇 주 이내에 치명적인 결과를 초래할 수 있다. On the other hand, in the case of the brain tumor, because the brain blood barrier (Brain Blood Barrier) is present, the drug delivery for the treatment is difficult to be delivered to the target brain area, relatively relatively lack of understanding of the neurological biology of the development of therapeutics The reality is that it is not active. Moreover, glioblastomas exhibit aggressive variants when compared to other brain tumors, which can lead to fatal consequences within a few weeks if not treated sooner.

따라서, 교모세포종의 치료에는 외과적 처치 이외에 방사선 치료 및 화학 약물 치료가 함께 수행되고 있으나, 상기 치료는 내성 변이의 발생, 종양줄기세포에 의한 재발 등의 원인으로 인하여 완벽한 치료법이 없다. 따라서, 초기 진단을 할 수 있는 분자적 특성에 기반한 새로운 예후 예측법을 개발하여야 할 필요성이 요구되고 있는 실정이다.Therefore, in addition to surgical treatment, glioblastoma is treated with radiotherapy and chemotherapy, but there is no complete treatment due to the occurrence of resistance mutations and recurrence by tumor stem cells. Therefore, there is a need for developing a new prognostic prediction method based on molecular characteristics capable of initial diagnosis.

본 발명의 일 목적은 암 유전자의 발현 수준을 비교하여 분자적 특성에 기반한 뇌 종양의 예후 예측 방법에 관한 것이다.One object of the present invention relates to a method for predicting prognosis of brain tumors based on molecular characteristics by comparing expression levels of cancer genes.

본 발명의 다른 목적은 암 유전자의 발현 수준을 비교하여 분자적 특성에 기반하여 뇌 종양의 예후가 좋음 및 나쁨으로 예측 및 분류하여 뇌 종양을 효과적으로 치료할 수 있는 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.Another object of the present invention relates to a method of comparing the expression levels of cancer genes to predict and classify the prognosis of brain tumors as good and bad based on molecular characteristics to provide information that can effectively treat brain tumors.

그러나, 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.However, the technical problem to be achieved by the present invention is not limited to the above-mentioned problem, another task not mentioned will be clearly understood by those skilled in the art from the following description.

이하, 본원에 기재된 다양한 구현예가 도면을 참조로 기재된다. 하기 설명에서, 본 발명의 완전한 이해를 위해서, 다양한 특이적 상세사항, 예컨대, 특이적 형태, 조성물 및 공정 등이 기재되어 있다. 그러나, 특정의 구현예는 이들 특이적 상세 사항 중 하나 이상 없이, 또는 다른 공지된 방법 및 형태와 함께 실행될 수 있다. 다른 예에서, 공지된 공정 및 제조 기술은 본 발명을 불필요하게 모호하게 하지 않게 하기 위해서, 특정의 상세사항으로 기재되지 않는다. "한 가지 구현예" 또는 "구현예"에 대한 본 명세서 전체를 통한 참조는 구현예와 결부되어 기재된 특별한 특징, 형태, 조성 또는 특성이 본 발명의 하나 이상의 구현예에 포함됨을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전체에 걸친 다양한 위치에서 표현된 "한 가지 구현예에서" 또는 "구현예"의 상황은 반드시 본 발명의 동일한 구현예를 나타내지는 않는다. 추가로, 특별한 특징, 형태, 조성, 또는 특성은 하나 이상의 구현예에서 어떠한 적합한 방법으로 조합될 수 있다.Hereinafter, various embodiments described herein are described with reference to the drawings. In the following description, for a thorough understanding of the present invention, various specific details are set forth, such as specific forms, compositions, processes and the like. However, certain embodiments may be practiced without one or more of these specific details, or in conjunction with other known methods and forms. In other instances, well known processes and manufacturing techniques have not been described in particular detail in order to not unnecessarily obscure the present invention. Reference throughout this specification to "one embodiment" or "embodiment" means that a particular feature, form, composition or characteristic described in connection with the embodiment is included in one or more embodiments of the invention. Thus, the context of "in one embodiment" or "embodiment", represented at various places throughout this specification, does not necessarily represent the same embodiment of the invention. In addition, particular features, forms, compositions, or properties may be combined in any suitable manner in one or more embodiments.

본 발명 내 특별한 정의가 없으면 본 명세서에 사용된 모든 과학적 및 기술적인 용어는 본 발명이 속하는 기술분야에서 당 업자에 의하여 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다.Unless otherwise defined in the present invention, all scientific and technical terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs.

본 발명에서, "교모세포종(Glioblastoma, GBM)"은 난치성 뇌 종양의 일종으로, 진단 후 평균 총 생존기간이 15개월 정도에 불과하다. 교모세포종은 정상적으로 뇌조직에 풍부하게 존재하고 있는 신경교세포에서 기원한 종양을 통틀어 일컫는다. 종래에는, 교모세포종의 조직학적 악성도를 4개의 등급으로 분류할 수 있었다. 조직학적 기준으로는 핵의 비정형성, 유사분열성, 혈관내피세포의 증식, 괴사 등을 기준으로 한다. 이러한 기준들이 충족되면 신경교종 중 가장 악성인 4등급의 교모세포종으로 진단내리게 된다.In the present invention, "glioblastoma (GBM)" is a type of refractory brain tumor, and the average total survival after diagnosis is only about 15 months. Glioblastoma refers to tumors originating from glial cells normally present in abundant brain tissue. Conventionally, histological malignancies of glioblastomas can be classified into four grades. Histological criteria are based on nuclear atherosclerosis, mitosis, proliferation of vascular endothelial cells and necrosis. When these criteria are met, they are diagnosed as grade 4 glioblastoma, the most malignant of glioma.

또한, 교모세포종의 종양 자체 유전자를 선별해 분석함으로써 3종류의 아형 (proneural, classical, mesenchymal)으로 새로운 분류법을 제시하였다(Nature Genetics, IF 27.959). In addition, by selecting and analyzing tumor tumor genes of glioblastomas, a new classification method was proposed for three types of subtypes (proneural, classical, and mesenchymal) (Nature Genetics, IF 27.959).

한편, 본원에서는 교모세포종의 예후 예측에 대한 아형을 통하여, 예후가 좋은 것과 나쁜 것으로 분류하는 방법을 제시하고 있다. 이를 통해 생존률이 가장 안좋은 암인 교모세포종을 앓는 환자의 예후를 예측하고 적절한 치료법을 제시하기 위한 것이다. 본 발명에서는 고전적인 조직병리학적 분류를 뛰어넘어, 전사체 분석을 통해 교모세포종의 예후를 가장 잘 반영하는 아형 분류 방법을 제시하고 있다. Oncopression과 TCGA 데이터베이스를 통해 교모세포종 환자의 생존 기간(overall survival, OS)과 각각의 유전자 발현양에 대한 피어슨 상관관계(Pearson correlation)를 계산하였다. 그 후에, 두 개의 데이터베이스에서 공통적으로 예후에 연관이 높은(Pearson 상관계수가 높은) 유전자 80개를 선별하였다. 이 80개의 유전자 집합의 발현양으로 교모세포종 환자를 3개의 그룹으로 분류하였을 때, oncopression, TCGA 데이터베이스는 물론, REMBRANDT, Severance 데이터베이스에서도 환자의 예후를 잘 반영한다는 것을 검증하였다. 또한 과-발현 분석(over-representation analysis)를 통해 각 교모세포종 아형에서 발현이 우세한 유전자 그룹을 분석하였고, 이에 따라 각각의 아형을 유사분열성 아형(mitotic), 중간성 아형(intermediate), 침윤성 아형(invasive)의 그룹으로 명명하였다.On the other hand, the present application suggests a method for classifying prognosis as good and bad through subtypes for prognostic prediction of glioblastoma. The purpose of this study is to predict the prognosis of patients with glioblastoma, the worst survival cancer, and to suggest appropriate treatments. The present invention goes beyond classical histopathological classification and proposes a subtype classification method that best reflects the prognosis of glioblastoma through transcriptome analysis. Oncopression and TCGA databases were used to calculate the Pearson correlations for the overall survival (OS) and individual gene expression in glioblastoma patients. Thereafter, 80 genes with high prognostic association (high Pearson correlation coefficient) were selected from both databases. When the glioblastoma patients were classified into three groups by the expression amount of the 80 gene sets, it was verified that the patients' prognosis was well reflected in the oncopression and TCGA databases as well as the REMBRANDT and Severance databases. In addition, the gene group predominantly expressed in each glioblastoma subtype was analyzed by over-representation analysis. Accordingly, each subtype was classified into mitotic, intermediate, and invasive subtypes. invasive).

본 발명에서 상기 "목적하는 개체", “검사 대상체” 또는 “대상체”란 뇌 종양이 발병하였거나 그 발병이 의심되는 환자로, 뇌 종양의 적절한 치료가 필요하거나 예상되는 환자를 의미하는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. In the present invention, the "target object", "test subject" or "subject" is a patient with or suspected of having a brain tumor, and may mean a patient who needs or is expected to appropriately treat a brain tumor. It is not limited to this.

본 발명에서 상기 조직 기원을 예측하는 대상이 되는 "뇌 종양"은 신경교종(glioma)일 수 있고, 보다 바람직하게는 교모세포종(glioblastoma)일 수 있으며, 가장 바람직하게는 이소시트레이트 디하이드로제네이즈(isocitrate dehydrogenase, IDH)-야생형의 1차 교모세포종(primary glioblastoma)일 수 있다. In the present invention, the "brain tumor" which is a target for predicting the tissue origin may be glioma, more preferably glioblastoma, and most preferably isocitrate dehydrogenase. (isocitrate dehydrogenase (IDH) -wild type primary glioblastoma).

본 발명에서 상기 "교모세포종(gliblastoma; GBM)" 이란, 뇌 척수 조직이나 이를 싸고 있는 막 영역으로부터 발생되는 원발성 종양으로, 정상적으로 뇌조직에 풍부하게 존재하고 있는 신경교세포(neuroglia cell)에서 시작된 종양이다. 본 발명에서 상기 교모세포종의 대다수(>90%)는 이전에 전구 질환(precursor disease)이 없이 새로이 발생하는 1차 종양에 해당하는 반면, 2차 교모세포종(secondary glioblastoma)은 흔하지 않은 질환으로 저등급성상세포종(low-grade astrocytoma)에서 진행되어 발병할 수 있다. 대부분의 2차 교모세포종은 IDH 돌연변이를 가지고 있지만, 이러한 IDH 돌연변이는 1차 교모세포종에서는 거의 존재하지 않는다. In the present invention, the "gliblastoma (GBM)" is a primary tumor originating from the cerebrospinal cord tissue or the membrane region surrounding it, and is a tumor originated from glioma cells (neuroglia cells) normally abundantly present in the brain tissue. . In the present invention, the majority of glioblastomas (> 90%) correspond to newly developing primary tumors without precursor disease, whereas secondary glioblastoma is a low grade disease, which is not common. It can develop and develop in low-grade astrocytoma. Most secondary glioblastomas have IDH mutations, but these IDH mutations are rarely present in primary glioblastomas.

본 발명의 상기 “프라이머(primer)”란, 짧은 자유 3말단 수산화기(Free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(Template)와 염기쌍(Base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 상기 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 바람직하게는, 발명에서 마이크로 RNA 폴리뉴클레오타이드의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 생성물의 생성 여부를 통해 질병의 발병 여부를 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.The "primer" of the present invention is a nucleic acid sequence having a short free 3 'hydroxyl group, which can form complementary templates and base pairs, and provides template strand copying. By a short nucleic acid sequence that serves as a starting point for. The primers can initiate DNA synthesis in the presence of four different nucleoside triphosphates and reagents for polymerization (ie, DNA polymerase or reverse transcriptase) at appropriate buffers and temperatures. Preferably, in the present invention, PCR amplification may be performed using the sense and antisense primers of the microRNA polynucleotide to predict the onset of the disease through the generation of the product. PCR conditions, sense and antisense primer lengths can be modified based on what is known in the art.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커에 상보적인 프라이머를 포함하는, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention, MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1 TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 It provides a composition for predicting the prognosis of brain tumor, comprising a primer complementary to the above biomarkers.

본 발명의 일 구체예에서, 상기 바이오마커는 PDPN 바이오마커에 대한 상보적인 프라이머를 추가로 포함한다. 본 발명의 다른 구체예에서, 상기 바이오마커는 뇌 종양의 나쁜 예후를 예측하는 바이오마커이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 나쁜 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 침윤성 아형이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)이다. In one embodiment of the invention, the biomarker further comprises a primer complementary to the PDPN biomarker. In another embodiment of the invention, the biomarker is a biomarker that predicts a poor prognosis of brain tumors. In another embodiment of the invention, said poor prognostic biomarker is an invasive subtype of brain tumor. In another embodiment of the invention, the brain tumor is glioblastoma.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, 및 AMELY로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커에 상보적인 프라이머를 포함하는, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention is DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TB, HIST1H4 One or more biomarkers selected from the group consisting of DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, and AMELY Provided is a composition for predicting prognosis of brain tumor, comprising a complementary primer.

본 발명의 일 구체예에서, 상기 바이오마커는 TMEM100 바이오마커에 대한 상보적인 프라이머를 추가로 포함한다. 본 발명의 다른 구체예에서, 상기 바이오마커는 뇌 종양의 좋은 예후를 예측하는 바이오마커이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 좋은 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 유사분열성 아형이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)이다.In one embodiment of the invention, the biomarker further comprises a primer complementary to the TMEM100 biomarker. In another embodiment of the invention, the biomarker is a biomarker that predicts a good prognosis of brain tumors. In another embodiment of the invention, said good prognostic biomarker is a mitotic subtype of brain tumor. In another embodiment of the invention, the brain tumor is glioblastoma.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 검사 대상체 유래의 생물학적 시료로부터 MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계; 상기 생물학적 시료의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 비교하는 단계; 및 상기 비교하는 단계에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 나쁠 것으로 예측하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention, MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3 from biological samples from test subjects to provide information for predicting the prognosis for treatment of brain tumors. , PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHCNN, S3 Determining the presence or absence of a nucleic acid or protein of at least one biomarker selected from the group consisting of TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11; Comparing the level of nucleic acid or protein in the biological sample with that of a normal person; And when there is a change in the level of the nucleic acid or protein in the comparing step, the subject predicts that the prognosis for the brain tumor is bad, thereby providing a method for providing information for predicting the prognosis for the treatment of the brain tumor. .

본 발명의 일 구체예에서, 상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계는 PDPN의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 본 발명의 다른 구체예에서, 상기 나쁜 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 침윤성 아형이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함한다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 바이오마커의 단백질의 수준은 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함한다.In one embodiment of the invention, the step of determining the presence of the nucleic acid or protein of the biomarker further comprises the step of determining the presence of the nucleic acid or protein of the biomarker of the PDPN. In another embodiment of the invention, said poor prognostic biomarker is an invasive subtype of brain tumor. In another embodiment of the invention, the brain tumor is glioblastoma. In another embodiment of the present invention, the level of the nucleic acid of the biomarker is polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in situ hybridization method, And using the reagent used in the nucleic acid microarray or the northern blot as the detection reagent. In another embodiment of the invention, the level of the protein of the biomarker is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, mass spectrometry, And using a reagent for MRM analysis or protein microarray as detection reagent.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 검사 대상체 유래의 생물학적 시료로부터 DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, 및 AMELY로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계; 상기 생물학적 시료의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 비교하는 단계; 및 상기 비교하는 단계에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 좋을 것으로 예측하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention provides DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP from biological samples from test subjects to provide information for predicting prognosis for brain tumor treatment. , TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLDH53E5 Determining the presence or absence of a nucleic acid or protein of at least one biomarker selected from the group consisting of PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, and AMELY; Comparing the level of nucleic acid or protein in the biological sample with that of a normal person; And when there is a change in the level of the nucleic acid or protein in the comparing step, the subject predicts that the prognosis for the brain tumor is good, thereby providing a method for providing information for predicting the prognosis for the treatment of the brain tumor. .

본 발명의 일 구체예에서, 상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계는 TMEM100의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 본 발명의 다른 구체예에서, 상기 좋은 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 유사분열성 아형이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함한다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 바이오마커의 단백질의 수준은 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함한다.In one embodiment of the present invention, the step of determining the presence of the nucleic acid or protein of the biomarker further comprises the step of determining the presence of the nucleic acid or protein of the biomarker of TMEM100. In another embodiment of the invention, said good prognostic biomarker is a mitotic subtype of brain tumor. In another embodiment of the invention, the brain tumor is glioblastoma. In another embodiment of the present invention, the level of the nucleic acid of the biomarker is polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in situ hybridization method, And using the reagent used in the nucleic acid microarray or the northern blot as the detection reagent. In another embodiment of the invention, the level of the protein of the biomarker is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, mass spectrometry, And using a reagent for MRM analysis or protein microarray as detection reagent.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 a) 검사 대상체로부터 분리된 생물학적 시료를 입력하는 입력부; b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 검출 및 결정하는 검출부; c) 상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 추출하는 추출부; d) 상기 수득된 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 대조 연산하는 대조 연산부; e) 상기 연산부에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 나쁠 것으로 예측 연산하는 예측 연산부; 및 f) 상기 예측 연산 결과를 출력하는 출력부를 포함하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 진단 기기를 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention comprises: a) an input unit for inputting a biological sample separated from the test subject; b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNABJC10 Of a nucleic acid or protein of one or more biomarkers selected from the group consisting of EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 A detector for detecting and determining the presence; c) an extraction unit for extracting the level of the nucleic acid or protein of the biomarker; d) a control unit which controls the level of nucleic acid or protein of the obtained biomarker with that of a normal person; e) when the level of the nucleic acid or protein changes in the calculation unit, the subject predictive calculation unit for predicting that the prognosis for the brain tumor is bad; And f) an output unit for outputting the predictive arithmetic result, the diagnostic device providing information for predicting prognosis for brain tumor treatment.

본 발명의 일 구체예에서, 상기 검출부에서 PDPN의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 본 발명의 다른 구체예에서, 상기 진단 기기는 상기 나쁜 예후의 바이오마커가 뇌 종양의 침윤성 아형으로 연산하여 결정하는 연산결정부를 추가로 포함한다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 추출부에서, 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출한다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 추출부에서, 바이오마커의 단백질의 농도는 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출한다.In one embodiment of the present invention, the detection unit further comprises the step of determining the presence of a nucleic acid or protein of the biomarker of PDPN. In another embodiment of the present invention, the diagnostic device further includes an operation determining unit for determining the poor prognosis biomarker by calculating the invasive subtype of the brain tumor. In another embodiment of the invention, the brain tumor is glioblastoma. In another embodiment of the present invention, the nucleic acid level of the biomarker in the extraction unit, polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in Reagents used in situ hybridization, nucleic acid microarrays or Northern blots are extracted using detection reagents. In another embodiment of the present invention, the concentration of the protein of the biomarker in the extraction unit, Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion method, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS Extract using reagents for mass spectrometry, MRM analysis or protein microarrays as detection reagents.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 a) 검사 대상체로부터 분리된 생물학적 시료를 입력하는 입력부; b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 검출 및 결정하는 검출부; c) 상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 추출하는 추출부; d) 상기 수득된 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 대조 연산하는 대조 연산부; e) 상기 연산부에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 좋을 것으로 예측 연산하는 예측 연산부; 및 f) 상기 예측 연산 결과를 출력하는 출력부를 포함하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 진단 기기를 제공한다. In order to achieve the above object, the present invention comprises: a) an input unit for inputting a biological sample separated from the test subject; b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNABJC10 Of a nucleic acid or protein of one or more biomarkers selected from the group consisting of EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 A detector for detecting and determining the presence; c) an extraction unit for extracting the level of the nucleic acid or protein of the biomarker; d) a control unit which controls the level of nucleic acid or protein of the obtained biomarker with that of a normal person; e) when the level of the nucleic acid or protein is changed in the calculation unit, the subject predictive calculation unit for predicting a good prediction for brain tumor; And f) an output unit for outputting the predictive arithmetic result, the diagnostic device providing information for predicting prognosis for brain tumor treatment.

본 발명의 일 구체예에서, 상기 검출부에서 TMEM100의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 본 발명의 다른 구체예에서, 상기 진단 기기는 상기 좋은 예후의 바이오마커가 뇌 종양의 유사분열성 아형으로 연산하여 결정하는 연산결정부를 추가로 포함한다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)이다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 추출부에서, 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출한다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 추출부에서, 바이오마커의 단백질의 농도는 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출한다.In one embodiment of the present invention, the detection unit further comprises the step of determining the presence of a nucleic acid or protein of the biomarker of TMEM100. In another embodiment of the present invention, the diagnostic device further comprises an arithmetic decision unit which the good prognostic biomarker computes and determines as a mitotic subtype of brain tumor. In another embodiment of the invention, the brain tumor is glioblastoma. In another embodiment of the present invention, the nucleic acid level of the biomarker in the extraction unit, polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in Reagents used in situ hybridization, nucleic acid microarrays or Northern blots are extracted using detection reagents. In another embodiment of the present invention, the concentration of the protein of the biomarker in the extraction unit, Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion method, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS Extract using reagents for mass spectrometry, MRM analysis or protein microarrays as detection reagents.

이하, 본 발명을 하기 실시예로 구체적으로 설명한다. 다만, 하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 것으로, 이에 의해 본 발명의 범위가 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in detail by the following examples. However, the following examples are provided to help the understanding of the present invention, and the scope of the present invention is not limited thereto.

본 발명은 암 유전자의 발현 수준을 비교하여 분자적 특성에 기반한 뇌 종양의 예후를 예측할 수 있고, 이에 따라 상기 뇌 종양의 치료 효과를 극대화시킬 수 있어 적절한 치료 전략을 수립할 수 있도록 한다.The present invention can predict the prognosis of the brain tumor based on the molecular characteristics by comparing the expression level of the cancer gene, thereby maximizing the therapeutic effect of the brain tumor, it is possible to establish an appropriate treatment strategy.

도 1은 GBM 예후 아형의 분리를 보여주는 흐름도이다.
도 2의 a는 낮은 OS 및 높은 OS인 환자에서 80개의 예후 관련 유전자의 발현 정도를 나타내는 이미지이고, 도 2의 b는 정상 시료와 GBM 시료 간의 비교를 80개의 예후 관련 유전자의 발현 정도로 보여주는 이미지이다.
도 3은 GBM 예후 아형의 분리를 보여주는 그래프이다. 도 3의 a에서 각 점은 각 GBM 시표의 예후 스코어와 OS를 나타낸다. 수직 점선은 아형 지정을 위한 임계 값(-1 및 1)을 나타낸다. 선형 회귀선은 검은 색으로 표시한다. 도 3의 b에서는 각 예후 아형에 대한 생존 확률을 나타내고, Kaplan-Meier 곡선을 바탕으로 추정하였다. 도 3의 c에서는 GBM 분자 아형의 분포를 히트맵으로 나타낸 것이다. P는 나쁜 예후인 아형을 나타내고, I는 중간성 아형을 나타내며, F는 좋은 예후인 아형을 나타낸다. 또한, C는 고전성 아형이고, M은 중간엽성 아형이며, N은 신경성 아형이며, P는 전신경성 아형을 나타낸다.
도 4는 본 발명에 따른 GBM 예후 아형의 기능적 주석을 설명하는 도면이다.
도 5는 GBM에서 반복적으로 변형된 유전자에 체세포 돌연변이 분포를 나타내는 도면이다. 예후 아형에 따라 개별적으로 분류하였고, 히트맵은 각 표본의 예후 점수 또는 G-CIMP 상태를 나타내는 것이다.
도 6a는 각각의 예후 아형에서 PDPN 및 TMEM100의 발현 수준을 나타내는 그래프이다.
도 6b는 2-4등급인 신경교종에서의 PDPN 및 TMEM100의 발현 수준을 나타내는 그래프이다.
도 6c는 PDPN과 TMEM100의 발현 수준을 나타내는 이미지이다.1 is a flow chart showing separation of GBM prognostic subtypes.
FIG. 2A is an image showing the expression level of 80 prognostic related genes in patients with low OS and high OS, and FIG. 2B is an image showing the expression level of 80 prognostic related genes in comparison between a normal sample and a GBM sample. .
3 is a graph showing separation of GBM prognostic subtypes. Each point in a of FIG. 3 represents the prognostic score and OS of each GBM target. Vertical dotted lines represent thresholds (-1 and 1) for subtype designation. Linear regression lines are shown in black. In Figure 3b, the survival probabilities for each prognostic subtype are shown and estimated based on the Kaplan-Meier curve. In Figure 3c, the distribution of GBM molecular subtypes is shown by heat map. P represents a subtype with poor prognosis, I represents an intermediate subtype, and F represents a subtype with good prognosis. C is a classical subtype, M is a mesenchymal subtype, N is a neurogenic subtype, and P represents a systemic hard subtype.
4 is a diagram illustrating functional annotation of GBM prognostic subtypes according to the present invention.
5 is a diagram showing the distribution of somatic mutations in genes that are repeatedly modified in GBM. Individually classified according to prognostic subtypes, heat map indicates prognostic score or G-CIMP status for each sample.
6A is a graph showing the expression levels of PDPN and TMEM100 in each prognostic subtype.
Figure 6b is a graph showing the expression level of PDPN and TMEM100 in glioma grade 2-4.
Figure 6c is an image showing the expression level of PDPN and TMEM100.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. These examples are only for illustrating the present invention in more detail, and it will be apparent to those skilled in the art that the scope of the present invention is not limited by these examples according to the gist of the present invention. .

실시예 Example

준비예 1: 데이트세트Preparation Example 1: Date Set

시료는 Oncopression(http://oncopression.com), TCGA 및 REMBRANDT 데이터베이스에서 제공받았다. Oncopression에서 마이크로어레이를 사용하여 전처리된 유전자 발현 데이터를 검색하였다(정상 뇌, n = 723, 2등급 성상세포종, n = 133, 3등급 성상세포종, n = 132, GBM, n = 865). 또한, 174명의 GBM 환자에 대한 생존 정보를 얻었다. TCGA에서는 GBM 환자 496명의 생존 정보로 cBioPortal을 통해 전처리된 멀티-오믹스 프라이머리 GBM 데이터세트를 얻었다(U133 마이크로 어레이, n = 497; RNA-seq, n = 166; 전체 엑솜 시퀀싱으로부터의 체세포 돌연변이 데이터, n = 491; 메틸화, HM27의 경우 n = 254, HM450의 경우 n = 84; GISTIC 2.0의 CNA, n = 478). GBM 환자 187명의 생존 정보로 ArrayExpress로부터 REMBRANDT 유전자 발현 데이타세트(E-MTAB-3073)를 얻었다(2등급 성상세포종, n = 65, 3등급 성상세포종, n = 58, GBM, n = 228).Samples were provided from Oncopression (http://oncopression.com), TCGA and REMBRANDT databases. Prearranged gene expression data was retrieved using microarrays in oncopression (normal brain, n = 723, Grade 2 astrocytoma, n = 133, Grade 3 astrocytoma, n = 132, GBM, n = 865). In addition, survival information was obtained for 174 GBM patients. TCGA obtained a multi-omic primary GBM dataset preprocessed via cBioPortal with survival information from 496 GBM patients (U133 microarray, n = 497; RNA-seq, n = 166; somatic mutation data from full exome sequencing) , n = 491; methylated, n = 254 for HM27, n = 84 for HM450; CNA of GISTIC 2.0, n = 478). Survival information of 187 GBM patients obtained the REMBRANDT gene expression dataset (E-MTAB-3073) from ArrayExpress (grade 2 astrocytoma, n = 65, grade 3 astrocytoma, n = 58, GBM, n = 228).

준비예 2: 대상집단Preparation Example 2: Target Group

본 실시예에 따른 대상체의 시료는 연세대학교 의과대학 세브란스 병원에서 치료 중인 52명의 1차 GBM 환자로부터 얻었고, 이들의 임상 특징은 하기 표 1에 나타내었다. 마이크로 어레이를 사용하여 유전자 발현 프로파일을 얻기 위해, Qiagen RNeasy Plus Mini 키트를 사용하여 각각의 조직 시료에서 전체 RNA를 추출하고 Illumina HumanHT-12 v4 Expression BeadChip(Illumina, San Diego, CA, 미국) 상에 로딩하였다. 모든 데이터의 전가공 및 이후의 데이터 분석은 R/Bioconductor packages를 이용하여 수행하였다. 각각의 뇌종양 제거 전 7 일 이내에 Achieva 3.0T 시스템(Philips Medical Systems, Best, Netherlands)을 사용하여 모든 환자의 MR 영상을 촬영하였다. 축상 영상은 전두골의 앞과 뒤 사지와 평행하게 촬영한 것이다. 이 연구는 연세대학교 세브란스 병원의 기관 검토위원회(Institutional Review Board)(4-2012-0212, 4-2014-0649)에서 승인되었으며, 모든 참가자 또는 보호자는 서면 동의를 받았다. 모든 절차 및 프로토콜은 관련 지침 및 규정에 따라 수행되었다.Samples of the subjects according to this Example were obtained from 52 primary GBM patients being treated at Yonsei University College of Medicine Severance Hospital, and their clinical characteristics are shown in Table 1 below. To obtain gene expression profiles using a microarray, extract total RNA from each tissue sample using the Qiagen RNeasy Plus Mini kit and load it onto Illumina HumanHT-12 v4 Expression BeadChip (Illumina, San Diego, CA, USA). It was. Preprocessing and subsequent data analysis of all data were performed using R / Bioconductor packages. MR images of all patients were taken using the Achieva 3.0T system (Philips Medical Systems, Best, Netherlands) within 7 days prior to removal of each brain tumor. The axial image is taken parallel to the front and back limbs of the frontal bone. The study was approved by the Institutional Review Board of Yonsei University Severance Hospital (4-2012-0212, 4-2014-0649), and all participants or guardians received written consent. All procedures and protocols were performed in accordance with the relevant guidelines and regulations.

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실시예: 예후 아형 분리 개요Example: Prognosis Subtype Separation Overview

(1) Oncopression 및 TCGA(cancer genome atlas) 데이터베이스를 사용하여 각 유전자의 발현 수준과 환자 OS 간의 상관 관계를 계산하였다. (2) GBM의 예후가 좋지 않은 40건과 예후가 좋은 40건을 선택하였다. (3) GBM 시료는 이러한 예후 관련 유전자(PGs; prognosis-associated genes)를 사용하여 ssGSEA(single sample gene set enrichment analysis) 분석을 실시하고, (4) 예후 아형을 분리하였다. Oncopression 및 TCGA 외에도, REMBRANDT(분자 뇌종양 데이터 저장소) 및 Severance 데이터 세트를 유효성 검사에 사용하였다. (5) 예후 아형은 과-발현 분석ojver-representation analysis; ORA)을 사용하여 분리하였다(도 1). 그로 인해 예후가 좋지 않은 아형에 대해서는 "침윤성"이라고 명명하고, 예후가 좋은 아형에 대해서는 "유사분열성"이라고 각각 명명하기로 하였다.(1) Oncopression and TCGA (cancer genome atlas) databases were used to calculate the correlation between the expression level of each gene and the patient OS. (2) 40 cases with poor prognosis and 40 cases with good prognosis were selected. (3) GBM samples were subjected to single sample gene set enrichment analysis (ssGSEA) analysis using these prognosis-associated genes (PGs), and (4) prognostic subtypes. In addition to Oncopression and TCGA, REMBRANDT (Molecular Brain Tumor Data Repository) and Severance data sets were used for validation. (5) prognostic subtypes include: over-representation analysis; ORA) (Figure 1). Therefore, subtypes with poor prognosis were named "invasiveness", and subtypes with good prognosis were named "mitotic".

실시예 1: 전사체(transcriptome) 분석을 이용한 GBM에서의 예후 관련 유전자(PG)의 동정Example 1 Identification of Prognostic Related Genes (PG) in GBM Using Transcriptome Analysis

GBM 시료에 대해서는 가장 많이 사용되는 유전자 발현 기반 분류법인 Verhaak에 따라 아형을 분류하였다. Kaplan-Meier 방법에 의해 이들 아형의 OS를 비교하였다. 예후 관련 유전자를 확인하기 위해 Pearson 상관계수(PCC)를 계산하였다. 그 중 oncopression과 TCGA 모두에서 가장 높은 Pearson 상관계수를 갖는 유전자를 예후 관련 유전자로 분류하였다(표 2). 예상대로, 나쁜 예후 관련 유전자 40개는 OS가 보다 짧은 환자에서 더 높은 발현 수준을 나타내지만, 좋은 예후 관련 유전자 40개는 OS가 보다 높은 환자에서 더 높은 발현 수준을 나타내었다(도 2의 a). 특히, 대부분의 나쁜 예후 관련 유전자는 정상 시료에서보다 GBM에서 더 높은 발현을 나타내었다(도 2의 b).For GBM samples, subtypes were classified according to Verhaak, the most commonly used gene expression based classification. The OS of these subtypes was compared by Kaplan-Meier method. Pearson correlation coefficient (PCC) was calculated to identify prognostic genes. Among them, genes with the highest Pearson correlation coefficient in both oncopression and TCGA were classified as prognostic related genes (Table 2). As expected, 40 bad prognostic genes showed higher expression levels in patients with shorter OS, while 40 good prognostic genes showed higher expression levels in patients with higher OS (FIG. 2A). . In particular, most of the poor prognostic related genes showed higher expression in GBM than in normal samples (FIG. 2B).

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실시예 2: GBM 예후 아형의 분리Example 2: Isolation of GBM Prognostic Subtypes

이들 예후 관련 유전자들을 사용하여, GBM 시료에 대해서 ssGSEA를 실시하여 아형 분리 기준인 예후 스코어를 평가하였다. 또한, 예후 스코어가 -1 이하, 1 이상, 그리고 -1 내지 1 사이인 환자를 각각 나쁜 예후(침윤성), 좋은 예후(유사분열성) 및 중간 아형으로 분류하였다. 4개의 독립적인 데이터 세트(Oncopression, TCGA, REMBRANDT 및 Severance 데이터 세트)에 대한 선형 회귀 분석 결과, 예후 스코어는 GBM 환자의 OS와 유의미한 상관 관계가 있음이 밝혔다(도 3의 a). 유사한 패턴을 RNA-시퀀싱 데이터(TCGA)에서 관찰하고, 이 두 실험에서 일치하는 환자의 예후 스코어는 유의한 상관 관계를 나타냈다. 이 방법이 마이크로 어레이와 RNA-시퀀싱 모두에 적용 가능함을 의미하였다. 본 발명자들은 또한 낮은 등급의 신경교종 시료(2등급 및 3등급)에서 예후 스코어를 평가하였다. 예후 스코어는 종양 등급이 증가함에 따라 유의하게 감소함을 확인하였으며, 이는 이 방법이 저등급 신경교종 시료를 포함하는 데이터 세트에 적용 가능함을 시사하였다.Using these prognostic related genes, ssGSEA was performed on GBM samples to evaluate prognostic scores, which are subtype separation criteria. In addition, patients with a prognosis score of -1 or less, 1 or more, and -1 to 1 were classified into poor prognosis (invasiveness), good prognosis (mitotic) and median subtypes, respectively. Linear regression analysis on four independent data sets (Oncopression, TCGA, REMBRANDT and Severance data sets) revealed that the prognostic scores correlated significantly with the OS of GBM patients (FIG. 3A). Similar patterns were observed in RNA-sequencing data (TCGA), and the prognostic scores of matching patients in these two experiments showed a significant correlation. This method was applicable to both microarrays and RNA-sequencing. We also evaluated prognostic scores on low grade glioma samples (grades 2 and 3). The prognostic score was found to decrease significantly with increasing tumor grade, suggesting that this method is applicable to data sets containing low grade glioma samples.

각 GBM 데이터 세트를 예후 스코어에 따라 세 그룹으로 나누고, Kaplan-Meier 방법을 사용하여 OS를 비교하였다. 모든 데이터 세트에서 OS는 예후가 나쁜 그룹보다 좋은 그룹에서 더 오랜 수명을 나타냈다. 이는 전사체에 의거한 GBM의 아형 분류가 환자의 OS를 반영한다는 것을 확인하였다(도 3의 b). 이 분류와 Verhaak 분자 아형의 관계를 조사한 결과, 중간엽(mesenchymal)의 아형이 예후 좋은 그룹보다 나쁜 그룹에서 더 풍부해지는 반면, 전신경(proneural)의 아형이 예후 나쁜 그룹보다 좋은 그룹에서 보다 풍부해지는 것을 발견하였다(도 3의 c).Each GBM data set was divided into three groups according to prognostic scores, and the OS was compared using the Kaplan-Meier method. In all datasets, the OS had a longer life in the good group than the poor prognosis group. This confirmed that the subtype classification of GBM based on the transcript reflects the OS of the patient (FIG. 3B). The relationship between this classification and the Verhaak molecular subtypes revealed that the mesenchymal subtypes were more abundant in the poorer group than the good prognosis, while the proneural subtypes were more abundant in the better group than the poorer group. Was found (FIG. 3C).

실시예 3: GBM 예후 아형의 기능적 주석Example 3: Functional Annotation of GBM Prognostic Subtypes

각 예후 아형의 생물학적 특성을 결정하기 위해 본 발명자들은 oncopression과 TCGA 데이터 세트에서 예후가 나쁜 그룹과 좋은 그룹 간의 차별적으로 발현된 유전자(DEG; differentially expressed genes)를 확인하였다(도 4의 A). 차별적으로 발현된 유전자(DEG)는 기능적 주석을 위해 ORA를 실시하였다. ORA는 4개의 유전자 세트 데이터베이스를 사용하여 침윤 관련 유전자 및 면역 관련 유전자 세트가 나쁜 예후 그룹에서 유의하게 풍부하게 나타났다. 반면에, 세포주기 관련 유전자 세트는 예후가 좋은 그룹에서 상당히 풍부하게 나타났다(도 4의 B).To determine the biological properties of each prognostic subtype, we identified differentially expressed genes (DEGs) between oncopression and TCGA datasets between the poor and good groups (FIG. 4A). Differentially expressed genes (DEGs) were subjected to ORA for functional annotation. ORA was significantly enriched in prognostic groups with poor invasion related and immune related gene sets using four gene set databases. On the other hand, cell cycle related gene sets were significantly abundant in the group with good prognosis (FIG. 4B).

예후가 나쁜 그룹은 "침윤성" 아형이라고 하고, 예후가 좋은 그룹은 "유사분열성" 아형이라고 하였다. GBM 환자의 MR 그래프(도 4의 C) 및 환자에서 유래된 1차 GBM 종양구(TS)의 콜라겐 기반 생체외 3D 침투 분석(도 4의 D)에서 나타내는 바와 같이, 예후 스코어는 GBM 시료의 침윤 특성과 유의한 상관관계가 있었다. 2개의 아형의 대표적인 이미지를 도 4의 E에 나타내었다. 또한, MGMT 메틸화는 유사분열성 아형에서 유의적으로 많았다. 이들 두 예후 아형을 가진 환자를 치료하는데 상이한 치료 전략이 필요하다는 것을 나타낸 것이었다(도 4의 F). Groups with poor prognosis were called "invasive" subtypes, and those with good prognosis were called "mitotic" subtypes. As shown in the MR graph of GBM patients (FIG. 4C) and collagen-based ex vivo 3D infiltration analysis (TS of FIG. 4) of primary GBM tumor cells (TS) derived from the patients, the prognostic score is infiltration of GBM samples. There was a significant correlation with the characteristics. Representative images of two subtypes are shown in E of FIG. 4. MGMT methylation was also significantly higher in mitotic subtypes. It was shown that different treatment strategies are needed to treat patients with these two prognostic subtypes (FIG. 4F).

또한, Ki-67 발현은 2가지 아형인 침윤성과 유사분열성 아형에서 유의미한 차이가 없었다. 이는 증식이 암의 보편적인 특징이기 때문일 수 있었다. 연령과 성별을 포함한 환자의 임상적 특징을 분석한 결과, 아형 분류에 영향을 미치지 않은 것을 확인하였다. 종합적으로, 이들을 통해, 특히 침윤 특성이 상이한 것과 같이, 예후 아형에 따라 생물학적 표현형이 구분됨을 시사한다.Ki-67 expression was also not significantly different between the two subtypes, invasive and mitotic subtypes. This could be because proliferation is a universal feature of cancer. The clinical characteristics of patients, including age and gender, were analyzed and found to have no effect on subtype classification. Collectively, these suggest that biological phenotypes are distinguished by prognostic subtypes, particularly with different invasive properties.

실시예 4: GBM 예후 아형의 게놈 특징Example 4: Genomic Features of GBM Prognostic Subtypes

각각의 예후 아형에 대해 다중 OMICS 특징을 조사하였다. 돌연변이가 재발된 유전자에서의 게놈 변이의 분포(TCGA)를 관찰해보니, 여러 유전자에서의 돌연변이가 침윤성 또는 유사분열성으로만 발생한다는 것을 확인하였다. CDH18, WNT2, COL1A2 및 TGFA의 돌연변이는 침윤성 아형에서만 관찰되었다. 대조적으로 좋은 예후와 관련된 IDH1과 ATRX의 돌연변이는 예후 아형 분류와 일치하는 유사분열성 아형에서만 관찰되었다. 도 5에 나타나 있는 바와 같이, 좋은 예후와 관련이 있는 신경교종-CpG섬 메틸화 인자 표현형(G-CIMP; glioma-CpG island methylator phenotype)은 유사분열성 아형에서만 관찰되었다. G-CIMP 이외의 DNA 메틸화 상태는 침윤성 및 유사분열성 아형에서 명백한 패턴을 보였다.Multiple prognostic features were examined for each prognostic subtype. Observation of the distribution of genomic variations (TCGA) in the recurrent genes confirmed that mutations in several genes occurred only invasive or mitotic. Mutations of CDH18, WNT2, COL1A2 and TGFA were observed only in invasive subtypes. In contrast, mutations in IDH1 and ATRX associated with good prognosis were observed only in mitotic subtypes consistent with the prognostic subtype classification. As shown in FIG. 5, glioma-CpG island methylator phenotype (G-CIMP) associated with good prognosis was observed only in mitotic subtypes. DNA methylation states other than G-CIMP showed clear patterns in invasive and mitotic subtypes.

실시예 5: GBM 아형의 마커Example 5: Markers of GBM Subtypes

표 1에 열거된 바와 같은 예후 관련 유전자들이 침윤성 아형 및 유사분열성 아형에서 가장 큰 차이를 보이는 것으로 확인하였다. 예를 들어, 확인된 48개의 유전자 중 PDPN과 TMEM100은 분비된 단백질을 암호화하는 유전자를 제외하고, 2가지 예후 아형 중에서 가장 큰 차등 발현을 보였다. 4가지 독립적인 데이터 세트에서 PDPN은 침윤성 아형에서 유의하게 더 높은 발현 수준을 보인 반면, TMEM100은 유사분열성 아형에서 매우 큰 발현을 나타냈다(도 6a). 또한, PDPN의 발현 수준은 신경교종의 증가와 유의한 상관 관계를 보였으나, TMEM100의 경우 반대의 패턴을 보였다(도 6b). 저등급 신경교종의 경우에도 두 마커 모두 예후와 관련이 있음을 보여 주었다. 면역조직화학법을 통해, 침윤성 아형에서는 PDPN의 발현 수준이 더 높았고, 유사분열성 아형에서는 TMEM100의 발현 수준이 높은 것을 확인하였다(도 6c). 이러한 결과는 PDPN이 침윤성 아형의 표지이고, TMEM100이 유사분열성 아형의 표지임을 시사하는 것이다.Prognostic related genes as listed in Table 1 were found to show the largest difference between invasive and mitotic subtypes. For example, of the 48 genes identified, PDPN and TMEM100 showed the largest differential expression of the two prognostic subtypes, with the exception of the gene encoding the secreted protein. In four independent data sets, PDPN showed significantly higher expression levels in invasive subtypes, whereas TMEM100 showed very large expression in mitotic subtypes (FIG. 6A). In addition, the expression level of PDPN showed a significant correlation with the increase of glioma, but in the case of TMEM100 showed the opposite pattern (Fig. 6b). For low grade gliomas, both markers have been shown to be associated with prognosis. By immunohistochemistry, it was confirmed that the expression level of PDPN was higher in the invasive subtype and the expression level of TMEM100 was higher in the mitotic subtype (FIG. 6C). These results suggest that PDPN is a label for invasive subtypes and TMEM100 is a label for mitotic subtypes.

상기한 바와 같은 과정을 통해 얻은 결과를 표 2에 정리하였다. MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11은 나쁜 예후를 나타내는 침윤성 아형에 해당하였다. 추가로, PDPN, CDH18, WNT2, COL1A2, 및 TGFA는 나쁜 예후를 나타내는 침윤성 아형에 해당하였다. 또한, DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, TMEM100, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, 및 AMELY는 좋은 예후를 나타내는 유사분열성 아형에 해당하였다. 추가로, IDH1, ATRX, G-CIMP, 및 TMEM100은 좋은 예후를 나타내는 유사분열성 아형에 해당하였다.The results obtained through the process as described above are summarized in Table 2. MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNABJFE10, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 corresponded to invasive subtypes with poor prognosis. In addition, PDPN, CDH18, WNT2, COL1A2, and TGFA corresponded to invasive subtypes with poor prognosis. In addition, DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, TMEM100, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, HDDX6 NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, and AMELY corresponded to mitotic subtypes with good prognosis. In addition, IDH1, ATRX, G-CIMP, and TMEM100 corresponded to mitotic subtypes with good prognosis.

Claims (34)

MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커에 상보적인 프라이머를 포함하는, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNABJFE10, Primers complementary to one or more biomarkers selected from the group consisting of DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 , Composition for predicting prognosis of brain tumor. 제 1항에 있어서,
상기 바이오마커는 PDPN 바이오마커에 대한 상보적인 프라이머를 추가로 포함하는, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method of claim 1,
The biomarker further comprises a primer complementary to the PDPN biomarker, the composition for predicting the prognosis of the brain tumor. 제 1항 또는 제 2항에 있어서,
상기 바이오마커는 뇌 종양의 나쁜 예후를 예측하는 바이오마커인, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method according to claim 1 or 2,
The biomarker is a biomarker for predicting a poor prognosis of the brain tumor, the composition for predicting the prognosis of the brain tumor. 제 3항에 있어서,
상기 나쁜 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 침윤성 아형인, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method of claim 3, wherein
The biomarker of the poor prognosis is an invasive subtype of the brain tumor, the composition for predicting the prognosis of the brain tumor. 제 1항 또는 제 2항에 있어서,
상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)인, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method according to claim 1 or 2,
The brain tumor is glioblastoma, the composition for predicting the prognosis of the brain tumor. DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, 및 AMELY로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커에 상보적인 프라이머를 포함하는, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, ZP9, CDH2 Brain tumors, including primers complementary to one or more biomarkers selected from the group consisting of GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, and AMELY Prognostic Predictive Composition. 제 6항에 있어서,
상기 바이오마커는 TMEM100 바이오마커에 대한 상보적인 프라이머를 추가로 포함하는, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method of claim 6,
The biomarker further comprises a primer complementary to the TMEM100 biomarker, composition for predicting prognosis of brain tumors. 제 6항 또는 제 7항에 있어서,
상기 바이오마커는 뇌 종양의 좋은 예후를 예측하는 바이오마커인, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method according to claim 6 or 7,
The biomarker is a biomarker for predicting a good prognosis of the brain tumor, the composition for predicting the prognosis of the brain tumor. 제 8항에 있어서,
상기 좋은 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 유사분열성 아형인, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method of claim 8,
The good prognosis biomarkers are mitotic subtypes of brain tumors, compositions for predicting prognosis of brain tumors. 제 6항 또는 제 7항에 있어서,
상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)인, 뇌 종양의 예후 예측용 조성물.The method according to claim 6 or 7,
The brain tumor is glioblastoma, the composition for predicting the prognosis of the brain tumor. 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여,
검사 대상체 유래의 생물학적 시료로부터 MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계;
상기 생물학적 시료의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 비교하는 단계; 및
상기 비교하는 단계에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 나쁠 것으로 예측하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법. To provide information for predicting prognosis for treatment of brain tumors,
From biological samples from test subjects, MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC One or more biomarkers selected from the group consisting of: CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 Determining whether a nucleic acid or protein is present;
Comparing the level of nucleic acid or protein in the biological sample with that of a normal person; And
Wherein if the level of the nucleic acid or protein changes in the comparing step, the subject predicts a poor prognosis for brain tumors. 제 11항에 있어서,
상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계는 PDPN의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.The method of claim 11,
Determining the presence of the nucleic acid or protein of the biomarker further comprises determining the presence of the nucleic acid or protein of the biomarker of the PDPN. 제 11항에 있어서,
상기 나쁜 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 침윤성 아형인, 방법.The method of claim 11,
Wherein said biomarker of bad prognosis is an invasive subtype of brain tumor. 제 11항에 있어서,
상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)인, 방법.The method of claim 11,
The brain tumor is a glioblastoma. 제 11항에 있어서,
상기 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.The method of claim 11,
The level of nucleic acid in the biomarker is used in polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in situ hybridization, nucleic acid microarray or Northern blot. And using the reagent as the detection reagent. 제 11항에 있어서,
상기 바이오마커의 단백질의 수준은 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.The method of claim 11,
The protein level of the biomarker is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, mass spectrometry, MRM analysis or protein microarray reagents. Further comprising using as a detection reagent. 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여,
검사 대상체 유래의 생물학적 시료로부터 DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HIST1H4B, DDX6, CDH9, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, 및 AMELY로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계;
상기 생물학적 시료의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 비교하는 단계; 및
상기 비교하는 단계에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 좋을 것으로 예측하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법. To provide information for predicting prognosis for treatment of brain tumors,
DHRS2, LUZP2, LBP, SMAD9, HPR, AKAP3, IGFBP1, H2AFY2, RFXAP, TRIM48, POU1F1, P2RY14, AKAP6, SEC61A2, CDHR1, DACH1, REST, MSTN, TAT, HISTXH9BH9 Nucleic acid or protein of at least one biomarker selected from the group consisting of, SSX3, NDUFA13, ZP2, GFRA1, F5, DLL3, SGCG, HSF2BP, SLC35E2, ALDH1A2, TP53TG5, CPB1, PDZD7, THNSL1, LIN28A, IL5, and AMELY Determining the presence of;
Comparing the level of nucleic acid or protein in the biological sample with that of a normal person; And
And when the level of the nucleic acid or protein changes in the comparing step, the subject predicts a good prognosis for brain tumors. 제 17항에 있어서,
상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계는 TMEM100의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.The method of claim 17,
Determining the presence of a nucleic acid or protein of the biomarker further comprises determining the presence of a nucleic acid or protein of the biomarker of TMEM100. 제 17항에 있어서,
상기 좋은 예후의 바이오마커는 뇌 종양의 유사분열성 아형인, 방법.The method of claim 17,
The good prognosis biomarker is a mitotic subtype of brain tumor. 제 17항에 있어서,
상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)인, 방법.The method of claim 17,
The brain tumor is a glioblastoma. 제 17항에 있어서,
상기 바이오마커의 단백질의 수준은 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.The method of claim 17,
The protein level of the biomarker is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, mass spectrometry, MRM analysis or protein microarray reagents. Further comprising using as a detection reagent. 제 17항에 있어서,
상기 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.The method of claim 17,
The level of nucleic acid in the biomarker is used in polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in situ hybridization, nucleic acid microarray or Northern blot. And using the reagent as the detection reagent. a) 검사 대상체로부터 분리된 생물학적 시료를 입력하는 입력부;
b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 검출 및 결정하는 검출부;
c) 상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 추출하는 추출부;
d) 상기 수득된 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 대조 연산하는 대조 연산부;
e) 상기 연산부에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 나쁠 것으로 예측 연산하는 예측 연산부; 및
f) 상기 예측 연산 결과를 출력하는 출력부를 포함하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 진단 기기.a) an input unit for inputting a biological sample separated from the test object;
b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNABJC10 Of a nucleic acid or protein of at least one biomarker selected from the group consisting of EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 A detector for detecting and determining the presence;
c) an extraction unit for extracting the level of the nucleic acid or protein of the biomarker;
d) a control unit which controls the level of nucleic acid or protein of the obtained biomarker with that of a normal person;
e) when the level of the nucleic acid or protein is changed in the calculation unit, the subject predictive calculation unit for predicting that the prognosis for the brain tumor is bad; And
f) a diagnostic device for providing information for predicting prognosis for brain tumor treatment, comprising an output for outputting the predictive arithmetic result. 제 23항에 있어서,
상기 검출부에서 PDPN의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 진단 기기.The method of claim 23, wherein
And determining, by the detection unit, the presence or absence of a nucleic acid or protein of a biomarker of PDPN. 제 23항에 있어서,
상기 진단 기기는 상기 나쁜 예후의 바이오마커가 뇌 종양의 침윤성 아형으로 연산하여 결정하는 연산결정부를 추가로 포함하는, 진단 기기.The method of claim 23, wherein
The diagnostic device further comprises an arithmetic decision unit which the biomarker of bad prognosis calculates and determines the invasive subtype of the brain tumor. 제 23항에 있어서,
상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)인, 진단 기기.The method of claim 23, wherein
The brain tumor is a glioblastoma. 제 23항에 있어서,
상기 추출부에서, 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출하는, 진단 기기.The method of claim 23, wherein
In the extraction section, the level of the nucleic acid of the biomarker is polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in situ hybridization, nucleic acid microarray or northern A diagnostic instrument for extracting using a reagent used in the blot as a detection reagent. 제 23항에 있어서,
상기 추출부에서, 바이오마커의 단백질의 농도는 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출하는, 진단 기기.The method of claim 23, wherein
In the extraction unit, the concentration of the protein of the biomarker is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, mass spectrometry, MRM analysis or protein micro A diagnostic apparatus for extracting using an array reagent as a detection reagent. a) 검사 대상체로부터 분리된 생물학적 시료를 입력하는 입력부;
b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNAJC10, CYB561, LOXL1, EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, 및 S100A11로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 검출 및 결정하는 검출부;
c) 상기 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 추출하는 추출부;
d) 상기 수득된 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 정상인의 수준과 대조 연산하는 대조 연산부;
e) 상기 연산부에서 상기 핵산 또는 단백질의 수준이 변화가 있는 경우, 상기 대상체는 뇌 종양에 대한 예후가 좋을 것으로 예측 연산하는 예측 연산부; 및
f) 상기 예측 연산 결과를 출력하는 출력부를 포함하는, 뇌 종양 치료에 대한 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 진단 기기.a) an input unit for inputting a biological sample separated from the test object;
b) MSN, SERPINB6, DYNLT3, DRG2, LGALS8, CBR1, S100A10, GPRASP1, LGALS3, PDPN, LRRFIP1, SDF4, DCTD, FRMD4B, TMBIM1, GSN, EMP3, ABCA1, LITAF, WDR1, TFRC, DNABJC10 Of a nucleic acid or protein of one or more biomarkers selected from the group consisting of EFEMP2, DNTTIP2, F3, ANXA1, TP73-AS1, KHNYN, SLC12A7, ARL4C, NOL3, TMF1, PLOD2, CPQ, OSBPL9, DIRAS3, TRIP4, and S100A11 A detector for detecting and determining the presence;
c) an extraction unit for extracting the level of the nucleic acid or protein of the biomarker;
d) a control unit which controls the level of nucleic acid or protein of the obtained biomarker with that of a normal person;
e) when the level of the nucleic acid or protein is changed in the calculation unit, the subject predictive calculation unit for predicting a good prediction for brain tumor; And
f) a diagnostic device for providing information for predicting prognosis for brain tumor treatment, comprising an output for outputting the predictive arithmetic result. 제 29항에 있어서,
상기 검출부에서 TMEM100의 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 존재 여부를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 진단 기기.The method of claim 29,
And detecting the presence or absence of a nucleic acid or protein of a biomarker of TMEM100 by the detection unit. 제 29항에 있어서,
상기 진단 기기는 상기 좋은 예후의 바이오마커가 뇌 종양의 유사분열성 아형으로 연산하여 결정하는 연산결정부를 추가로 포함하는, 진단 기기.The method of claim 29,
The diagnostic device further comprises an arithmetic decision unit for determining by the good prognostic biomarker a mitotic subtype of the brain tumor. 제 29항에 있어서,
상기 뇌 종양은 교모세포종(glioblastoma)인, 진단 기기.The method of claim 29,
The brain tumor is a glioblastoma. 제 29항에 있어서,
상기 추출부에서, 바이오마커의 핵산의 수준은 중합효소연쇄반응, 역전사 중합효소연쇄반응, 경쟁적 중합효소연쇄반응, Nuclease 보호 분석(RNase, S1 nuclease assay), in situ 교잡법, 핵산 마이크로어레이 또는 노던블랏에 사용되는 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출하는, 진단 기기.The method of claim 29,
In the extraction section, the level of the nucleic acid of the biomarker is polymerase chain reaction, reverse transcription polymerase chain reaction, competitive polymerase chain reaction, Nuclease protection assay (RNase, S1 nuclease assay), in situ hybridization, nucleic acid microarray or northern A diagnostic instrument for extracting using a reagent used in the blot as a detection reagent. 제 29항에 있어서,
상기 추출부에서, 바이오마커의 단백질의 농도는 웨스턴블랏, ELISA, 방사선면역분석, 면역확산법, 면역 전기영동, 조직 면역염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 질량분석, MRM 분석 또는 단백질 마이크로어레이용 시약을 검출 시약으로 사용하여 추출하는, 진단 기기.The method of claim 29,
In the extraction unit, the concentration of the protein of the biomarker is Western blot, ELISA, radioimmunoassay, immunodiffusion, immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, mass spectrometry, MRM analysis or protein micro A diagnostic apparatus for extracting using an array reagent as a detection reagent.
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