KR20180027670A - A programmable nuclease targeting hepatitis B virus and a composition for treating HBV infection comprising the same - Google Patents

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Abstract

The present invention relates to a gene scissor targeting hepatitis B virus (HBV). Specifically, the present invention relates to a polynucleotide encoding a guide RNA targeting HBV, an expression vector containing the same, and a vaccine composition for treating HBV infection comprising the expression vector. The present invention also relates to a method for treating HBV infection using the vaccine composition. The HBV-specific gene scissors of the present invention can effectively remove HBV in the human body, and it is not necessary to additionally take a reverse transcriptase inhibitor which has been previously used for a lifetime after the virus is eradicated. Therefore, the gene scissor can be useful as agents for treating HBV infection.

Description

HBV를 표적으로 하는 유전자 가위 및 이를 포함하는 HBV 감염 치료용 조성물 {A programmable nuclease targeting hepatitis B virus and a composition for treating HBV infection comprising the same}[0001] The present invention relates to a gene scissor targeting HBV and a composition for treating HBV infection comprising the same,

본 발명은 HBV (hepatitis B virus)를 표적으로 하는 유전자 가위에 관한 것으로, 구체적으로 HBV를 표적으로 하는 가이드 RNA를 암호화하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 발현 벡터, 상기 발현 벡터를 포함하는 HBV 감염 치료용 백신 조성물에 관한 것이다. 또한, 상기 백신 조성물을 이용한 HBV 감염의 치료 방법에 관한 것이다.The present invention relates to gene scissors that target HBV (hepatitis B virus), and more particularly to a polynucleotide encoding a guide RNA that targets HBV, an expression vector containing the same, Vaccine compositions. The present invention also relates to a method of treating HBV infection using the vaccine composition.

우리나라는 OECD 국가 중 간암 사망률 1 위로, 간암으로 인한 경제적 손실이 5.5 조에 달해 국가 의료비용 부담이 급증하고 있다. 국내 간암의 약 70 %는 B형 간염 바이러스 (Hepatitis B virus, HBV)가 주요 원인으로, 전 세계적으로 매해 200 만명 이상이 HBV에 감염되는 것으로 알려져 있다. HBV 백신이 개발됨에 따라, HBV 보유율이 3 % 정도로 감소하였으나, 여전히 국내 보균자수는 약 125 만명에 달하고 있다. B형 간염 환자 치료의 가장 큰 걸림돌은 HBV 치료제에 대한 빈번한 제내성 출현이며, 특히 우리나라에서 높은 B형 간염 치료제 내성을 보이는 실정이다. 이에 HBV 감염에 대한 새로운 치료제 개발이 지속적으로 요구되고 있다.Korea has the highest mortality rate of liver cancer among OECD countries and the economic loss due to liver cancer is 5.5 trillion, so the burden of national medical expenses is increasing rapidly. About 70% of domestic liver cancer is caused by hepatitis B virus (HBV), and it is known that more than 2 million people worldwide are infected with HBV every year. With the development of HBV vaccine, the HBV retention rate has been reduced to about 3%, but the number of carriers still reaches about 1.25 million. The major obstacle to the treatment of patients with hepatitis B is the frequent occurrence of antimicrobial resistance to HBV therapy, especially in Korea, which is highly resistant to hepatitis B treatment. Therefore, there is a continuing need to develop new therapeutic agents for HBV infection.

현재 HBV 치료용 제제는 역전사 효소 억제제로서, 간염 바이러스의 복제를 억제함으로써 약제 효과를 나타낸다. 하지만, HBV의 감염 자체를 박멸시키지는 못하기 때문에, 간 세포에서 생존한 잔여 간염 바이러스가 새롭게 증식되는 것을 막기 위해서 평생 복용해야 하는 불편함이 있다. 또한, 장기간의 간염 바이러스 제제의 복용은 약제 내성을 갖는 새로운 돌연변이 바이러스가 출현하여 치료 효과를 떨어뜨리고 약제 사용의 제한을 일으킬 수 있다. 따라서, HBV의 박멸 (eradication)을 위해서는 HBV의 잔존 형태인 cccDNA (covalently closed circular DNA)를 억제할 수 있는 방안이 절실히 요구된다.Currently, HBV therapeutic agents are reverse transcriptase inhibitors and exhibit drug effects by inhibiting the replication of hepatitis virus. However, since HBV infection itself can not be eradicated, it is inconvenient to take a lifetime to prevent new hepatitis virus survival in hepatocytes. In addition, the long-term use of hepatitis virus drugs may result in the emergence of new mutant viruses with drug resistance, which may impair therapeutic effects and limit drug use. Therefore, in order to eradicate HBV, there is a desperate need for a covalently closed circular DNA (cccDNA) which is a residual form of HBV.

한편, 유전자 가위 (programmable nuclease)는 염색체 내 원하는 위치에 돌연변이를 유발할 수 있을 뿐만 아니라, 돌연변이가 있는 유전자를 정상으로 교정하거나, 또는 원하는 위치에 필요한 유전자를 삽입할 수 있는 기술이다. 이를 이용해 돌연변이를 교정함으로써, 질환을 치료하기 위한 연구가 시작되고 있다.On the other hand, programmable nuclease is a technique that not only can induce a mutation at a desired position in a chromosome, but also corrects a gene having a mutation to normal or inserts a necessary gene at a desired position. Studies are underway to treat the disease by correcting mutations using it.

상기 유전자 가위는, 1 세대의 ZFN (Zinc finger nuclease)와 2 세대의 TALEN (Transcription activator-like effector nucleases)을 지나, 현재는 3 세대 유전자 가위인 CRISPR/Cas9, 즉 RGEN (RNA guided endonuclease)의 시대로 매우 빠른 속도로 발전하고 있다. RGEN은 사용의 용이성과 효율성 그리고, 동시에 여러 유전자를 표적화할 수 있는 등 많은 장점을 가져, 빠른 속도로 기술력이 전파 되고 있다. 특히, RGEN의 높은 효율성과 안전성은 생명공학 분야에 큰 발전을 가져왔으며, 현재 RGEN 기술을 질병의 치료 방법으로 활용하고자 하는 움직임이 시작되고 있는 실정이다. The gene scissors are divided into three groups: the first generation ZFN (Zinc finger nuclease) and the second generation TALEN (transcription activator-like effector nucleases), and now the third generation gene scissors CRISPR / Cas9, that is, the RNA guided endonuclease Is developing at a very rapid rate. RGEN has many advantages such as ease of use and efficiency, and the ability to target multiple genes at the same time, and technology is rapidly spreading. In particular, the high efficiency and safety of RGEN has made great progress in the field of biotechnology, and it is in the process of starting to use RGEN technology as a treatment method of diseases.

이러한 배경 하에, 본 발명자들은 HBV 감염을 치료할 수 있는 신규 제제를 개발하기 위해 예의 노력한 결과, 전 세계 유전자 데이터 베이스에 공개된 5,000 여개의 HBV 염기서열을 모두 분석하여, HBV 특이적으로 유전자 가위를 적용할 수 있는 염기 서열을 규명하였다. 이에, 상기 서열을 기반으로 CRISPR/Cas9 기술을 이용하여 HBV를 표적으로 절단하여 제거할 수 있음을 확인하고 본 발명을 완성하였다.Under these circumstances, the present inventors have made intensive efforts to develop new agents capable of treating HBV infection. As a result, they have analyzed all over 5,000 HBV nucleotide sequences published in global gene databases and applied HBV-specific gene scissors The nucleotide sequence that can be identified was identified. Based on the above sequence, it was confirmed that HBV can be cleaved to target using CRISPR / Cas9 technology, and the present invention has been completed.

본 발명의 하나의 목적은, 서열번호 1 내지 21로 이루어진 군에서 선택된 염기서열 또는 이와 상보적인 염기 서열로 이루어진, 가이드 RNA를 암호화하는 분리된 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것이다.One object of the present invention is to provide a separated polynucleotide encoding a guide RNA comprising a base sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 1 to 21 or a complementary base sequence thereof.

본 발명의 다른 목적은, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 발현 벡터를 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide an expression vector comprising the polynucleotide.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 발현 벡터, 및 Cas9 뉴클레아제 또는 Cas9 니케이즈를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 발현 벡터를 포함하는, HBV 감염 치료용 백신 조성물을 제공하는 것이다.Yet another object of the present invention is to provide a vaccine composition for the treatment of HBV infection, which comprises an expression vector comprising said expression vector and a polynucleotide encoding Cas9 nuclease or Cas9 nicase.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 가이드 RNA, 및 Cas9 뉴클레아제 또는 Cas9 니케이즈를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 발현 벡터를 포함하는, HBV 감염 치료용 백신 조성물을 제공하는 것이다.Yet another object of the present invention is to provide a vaccine composition for the treatment of HBV infection, which comprises an expression vector comprising the guide RNA and a polynucleotide encoding Cas9 nuclease or Cas9 nicase.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 HBV 감염 치료용 백신 조성물을 동물에 투여하는 단계를 포함하는, HBV 감염의 치료 방법을 제공하는 것이다.It is still another object of the present invention to provide a method for treating HBV infection comprising the step of administering the vaccine composition for treating HBV infection to an animal.

본 발명자들은 유전자 가위 (programmable nuclease)를 이용하여 HBV (hepatitis B virus) 감염을 치료하기 위해, 유전자 가위의 표적이 될 수 있는 14 개의 가이드 RNA 표적 위치를 규명하였다. 이에, 상기 가이드 RNA 표적 위치를 유전자 가위로 절단함으로써 HBV 감염을 효과적으로 치료할 수 있다.The present inventors have identified 14 guide RNA target positions that can be targets of gene scissors to treat HBV (hepatitis B virus) infection using a programmable nuclease. Thus, HBV infection can be effectively treated by cutting the guide RNA target position with gene scissors.

이를 구체적으로 설명하면 다음과 같다. 한편, 본 발명에서 개시된 각각의 설명 및 실시형태는 각각의 다른 설명 및 실시 형태에도 적용될 수 있다. 즉, 본 발명에서 개시된 다양한 요소들의 모든 조합이 본 발명의 범주에 속한다. 또한, 하기 기술된 구체적인 서술에 의하여 본 발명의 범주가 제한된다고 볼 수 없다.This will be described in detail as follows. On the other hand, each description and embodiment disclosed in the present invention can be applied to each other description and embodiment. That is, all combinations of various elements disclosed in the present invention fall within the scope of the present invention. Further, the scope of the present invention is not limited by the detailed description described below.

상기 목적을 달성하기 위한 본 발명의 하나의 양태는, 서열번호 1 내지 21로 이루어진 군에서 선택된 염기 서열 또는 이와 상보적인 염기 서열로 이루어진, 가이드 RNA를 암호화하는 분리된 폴리뉴클레오티드이다.One aspect of the present invention for achieving the above object is an isolated polynucleotide encoding a guide RNA comprising a nucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 1 to 21 or a complementary nucleotide sequence thereof.

본 발명에서 용어 “RNA-가이드 뉴클레아제”는 목적하는 유전체 상의 특정 위치를 인식하여 절단할 수 있는 뉴클레아제로서, 특히 가이드 RNA에 의해 표적 특이성을 갖는 뉴클레아제를 말한다. 상기 RNA-가이드 뉴클레아제는 이에 제한되는 것은 아니나, 구체적으로 미생물 면역체계인 CRISPR에서 유래한 Cas 단백질일 수 있고, 더 구체적으로 Cas9 (CRISPR-Associated Protein 9) 뉴클레아제 (nuclease) 및 이의 변이체인 Cas9 니케이즈 (nickase)를 포함할 수 있다. The term " RNA-guided nuclease " in the present invention refers to a nuclease capable of recognizing and cleaving a specific position on a desired genome, particularly a nuclease having a target specificity by a guide RNA. The RNA-guided nuclease may be, but is not limited to, Cas protein derived from CRISPR, specifically the microbial immune system, and more specifically, Cas 9 (CRISPR-Associated Protein 9) nuclease and its variant Which may include a Cas9 nickase.

본 발명에서 용어, "Cas 단백질"은 CRISPR/Cas 시스템의 주요 단백질 구성 요소로, 활성화된 엔도뉴클레아제로 작용할 수 있는 단백질이다. 상기 Cas 단백질은 crRNA (CRISPR RNA) 및 tracrRNA (trans-activating crRNA)와 복합체를 형성하여 이의 활성을 나타낼 수 있다.As used herein, the term "Cas protein" is a major protein component of the CRISPR / Cas system and is a protein that can act as an activated endonuclease. The Cas protein can express its activity by forming a complex with crRNA (CRISPR RNA) and tracrRNA (trans-activating crRNA).

상기 Cas9 뉴클레아제는 인간 세포를 비롯한 동식물 세포의 유전체에서 특정 염기서열을 인식해 이중나선절단 (double strand break, DSB)을 일으킨다. 상기 이중나선절단은 DNA의 이중 나선을 잘라 둔단 (blunt end) 또는 점착종단 (cohesive end)을 만드는 것을 모두 포함한다. DSB는 세포 내에서 상동재조합 (homologous recombination) 또는 비상동재접합 (non-homologous end-joining, NHEJ) 기작에 의해 효율적으로 수선되는데 이 과정에 연구자가 원하는 변이를 표적 장소에 도입할 수 있다. 상기 RNA-가이드 뉴클레아제는 인공적인, 혹은 조작된 비자연적으로 발생된 (non-naturally occurring)것일 수 있다.The Cas9 nuclease recognizes a specific nucleotide sequence in the genome of animal and plant cells including human cells, resulting in a double strand break (DSB). The double helix cleavage includes both the blunt end or the cohesive end of the double helix of DNA. DSBs are efficiently repaired by homologous recombination or non-homologous end-joining (NHEJ) mechanisms within the cell, which allows the researcher to introduce desired mutations into the target site. The RNA-guided nuclease may be artificial or engineered non-naturally occurring.

상기 Cas9 니케이즈는 Cas9 뉴클레아제의 촉매적 도메인들 중 1 개에 돌연변이 1 개 이상을 포함하는데, 여기서 상기 돌연변이 1 개 이상은 RuvC 도메인 내 D10A, E762A 및 D986A로 이루어진 군으로부터 선택되거나, 또는 상기 돌연변이 1 개 이상은 HNH 도메인 내 H840A, N854A 및 N863A로 이루어진 군으로부터 선택된다. 본 발명에서 상기 Cas9 니케이즈는 D10A 돌연변이를 가지는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 Cas9 니케이즈는 Cas9 뉴클레아제와는 달리 단일가닥절단 (single strand break)을 일으킨다. 따라서, Cas9 니케이즈가 작동하기 위해서는 두 개의 가이드 RNA를 필요로 하며, 쌍 (pair)으로서 기능한다. 상기 두 개의 가이드 RNA는 각각의 표적 서열에 대해 CRISPR 복합체의 서열 특이적 결합을 지시하고, 각 표적 서열 근처의 DNA 듀플렉스의 한 가닥의 절단을 지시하여, 서로 다른 DNA 가닥에 두 개의 틈 (nick)을 유도할 수 있다. Wherein the Cas9 nicase comprises at least one mutation in one of the catalytic domains of Cas9 nuclease wherein at least one of the mutations is selected from the group consisting of D10A, E762A and D986A in the RuvC domain, One or more mutations are selected from the group consisting of H840A, N854A and N863A in the HNH domain. In the present invention, the Cas9 niche may have a D10A mutation, but is not limited thereto. Unlike Cas9 nuclease, Cas9 nicase causes a single strand break. Thus, Cas9 niches require two guide RNAs to function and function as a pair. The two guide RNAs direct sequence specific binding of the CRISPR complex to each target sequence and direct the cleavage of one strand of the DNA duplex near each target sequence to create two nicks in the different strands of DNA, Lt; / RTI >

Cas 단백질 또는 유전자 정보는 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 GenBank와 같은 공지의 데이터 베이스에서 얻을 수 있다. 구체적으로, 상기 Cas 단백질은 Cas9 단백질일 수 있다. 또한, 상기 Cas 단백질은 이에 제한되는 것은 아니나, 스타필로코커스 (Staphylococcus) 속, 스트렙토코커스 (Streptococcus) 속, 네이세리아 (Neisseria) 속, 파스테우렐라 (Pasteurella) 속, 프란시셀라 (Francisella) 속, 캄필로박터 속 (Campylobacter) 속 유래의 Cas 단백질일 수 있고, 보다 구체적으로 스타필로코커스 속 Cas9 단백질일 수 있다. 그러나, 상기 기술된 예에 본 발명이 제한되는 것은 아니다. 본 발명에서 상기 Cas 단백질은 재조합 단백질일 수 있다. Cas protein or gene information can be obtained from known databases such as GenBank of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Specifically, the Cas protein may be a Cas9 protein. In addition, the Cas proteins include, but are not limited to, Staphylococcus spp ., Streptococcus spp ., Neisseria spp ., Pasteurella spp., Francisella spp. May be a Cas protein derived from Campylobacter spp., More specifically, a Staphylococcus sp. Cas9 protein. However, the present invention is not limited to the examples described above. In the present invention, the Cas protein may be a recombinant protein.

본 발명자들은 상기 Cas 단백질을 이용하여 HBV (hepatitis B virus) 감염을 치료하기 위해, 먼저 HBV 유전체 서열을 이용하여 유전형 A 내지 H에서 고도로 보존된, Cas 단백질에 대한 잠재적 표적 위치를 규명하였다 (도 2). 본 발명에서 규명된 표적 위치는 Cas9 뉴클레아제에 대해 7 개 (각각 ST1 내지 ST7으로 명명되며, 순서대로 서열번호 1 내지 서열번호 7의 염기 서열을 가진다.), Cas9 니케이즈에 대해 7 개 (각각 PT1 내지 PT7으로 명명되며, 센스 방향 및 안티-센스 방향으로 두 개의 표적 서열이 존재한다. PT1은 서열번호 8 및 9, PT2는 서열번호 10 및 11, PT3는 서열번호 12 및 13, PT4는 서열번호 14 및 15, PT5는 서열번호 16 및 17, PT6는 서열번호 18 및 19, PT7은 서열번호 20 및 21의 염기서열을 가진다.)이다 (표 1 및 표 2). 이에, 상기 서열번호 1 내지 서열번호 21의 염기서열 또는 이와 상보적인 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드는 가이드 RNA를 암호화하는 것일 수 있으며, 상기 폴리뉴클레오티드를 이용하여 가이드 RNA를 제조할 수 있다.In order to treat HBV (hepatitis B virus) infection using the Cas protein, the present inventors first used a HBV genome sequence to identify a potential target site for Cas protein highly conserved in genotypes A to H (Fig. 2 ). The target positions identified in the present invention are 7 positions for Cas9 nucleases (named ST1 to ST7, respectively, having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 7, respectively), 7 for Cas9 nicase SEQ ID NOs: 8 and 9, PT2 for SEQ ID NOs: 10 and 11, PT3 for SEQ ID NOs: 12 and 13, PT4 for PT1 to PT7, PT1 for SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 14 and 15, PT5 has SEQ ID NOs: 16 and 17, PT6 has SEQ ID NOs: 18 and 19, and PT7 has a nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 20 and 21) (Table 1 and Table 2). The polynucleotide comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO. 1 to SEQ ID NO: 21 or a complementary nucleotide sequence may encode the guide RNA, and the guide RNA may be prepared using the polynucleotide.

본 발명의 다른 양태는, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 발현 벡터이다. 상기 폴리뉴클레오티드를 발현 벡터에 삽입된 형태로 제조한 벡터 컨스트럭트를 이용하여, 이를 세포 내에서 발현시킬 수 있다.Another aspect of the invention is an expression vector comprising the polynucleotide. The polynucleotide can be expressed in a cell using a vector construct prepared in the form of being inserted into an expression vector.

폴리뉴클레오티드에 대해서는 상기 설명한 바와 같다.The polynucleotides have been described above.

상기 발현 벡터는 추가적으로 Cas9 뉴클레아제 또는 Cas9 니케이즈를 암호화하는 것일 수 있다. 즉, Cas9 단백질과 가이드 RNA가 함께 존재하는 경우에 HBV의 DNA를 절단할 수 있으므로, Cas9 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드가 가이드 RNA와 하나의 벡터에 포함되는 형태로 이용될 수 있고, 또는 Cas9 단백질을 암호화하는 별개의 발현 벡터를 이용할 수도 있다. 상기 벡터는 바이러스 벡터, 플라스미드 벡터, 또는 아그로박테리움 (agrobacterium) 벡터일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 가이드 RNA를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 및/또는 Cas9 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 발현 벡터는 당업계에 공지된 클로닝 (clonning) 방법을 수행하여 제조될 수 있으며, 그 방법에 특별히 제한되는 것은 아니다.The expression vector may additionally encode Cas9 nuclease or Cas9 nicase. That is, when the Cas9 protein and the guide RNA are present together, the DNA of the HBV can be cleaved, so that a polynucleotide encoding the Cas9 protein can be used as a vector containing the guide RNA and the Cas9 protein A separate expression vector encoding may be used. The vector may be a viral vector, a plasmid vector, or an agrobacterium vector, but is not limited thereto. An expression vector comprising a polynucleotide encoding the guide RNA and / or a polynucleotide encoding the Cas9 protein can be prepared by performing a cloning method known in the art, and there is no particular limitation on the method .

본 발명의 또 다른 양태는, 상기 발현 벡터를 포함하는, HBV 감염 치료용 백신 조성물이다.Another aspect of the present invention is a vaccine composition for the treatment of HBV infection comprising the above expression vector.

발현 벡터에 대해서는 상기 설명한 바와 같다.Expression vectors are as described above.

본 발명에서 용어 “HBV (hepatitis B virus)”는 B형 간염을 유발하는 바이러스를 말한다. HBV 감염에 대하여 역전사 효소 제제가 백신으로 사용되고 있으나, 근본적으로 HBV 자체를 박멸시키지 못하고 약제 내성 바이러스가 출현하여 새로운 HBV 감염 치료용 제제가 필요한 실정이다.The term " HBV (hepatitis B virus) " in the present invention refers to a virus that causes hepatitis B infection. Although a reverse transcriptase preparation is used as a vaccine against HBV infection, a drug for HBV infection is needed due to the appearance of drug resistant virus without fundamentally eradicating HBV itself.

본 발명에서 용어, “B형 간염”은 HBV에 감염된 경우, 이로 인한 면역 반응으로 인하여 간에 염증이 생기는 질환을 말하고, 상기 “치료”는 본 발명의 조성물을 동물에 투여함으로써 HBV 감염에 의한 증세가 호전되거나 이롭게 변경되는 모든 행위를 의미할 수 있다.The term " hepatitis B " in the present invention refers to a disease in which HBV infection causes an inflammation in the liver due to the immune response resulting from the HBV infection. It may mean any act that is improved or beneficially changed.

가이드 RNA 및 Cas9 단백질을 발현하는 벡터, 또는 이를 각각 발현하는 벡터들을 HBV가 감염된 세포에 도입하는 경우, Cas9 단백질이 표적 서열을 절단할 수 있으므로, HBV 감염을 치료할 수 있다.When the vector expressing the guide RNA and the Cas9 protein, or the vectors expressing the respective vectors, are introduced into the cells infected with HBV, the Cas9 protein can cleave the target sequence and thus HBV infection can be treated.

상기 도입은 당업계에 공지된 형질전환 방법을 적절히 선택하여 수행될 수 있으며, 도입되는 벡터의 종류 및 도입 목적 등에 따라 달라질 수 있고, 그 방법에 특별히 제한되지 않는다.The introduction may be carried out by appropriately selecting a transformation method known in the art, and may be varied depending on the type of vector to be introduced, the purpose of introduction, and the method is not particularly limited.

상기 백신 조성물은 당업자에 공지된 기술에 따라 약리학적으로 허용가능한 담체, 희석제, 보존제 및 면역 보조제로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상을 추가로 포함할 수 있다.The vaccine composition may further comprise at least one member selected from the group consisting of a pharmacologically acceptable carrier, a diluent, a preservative and an adjuvant according to techniques known to those skilled in the art.

상기 약제학적으로 허용 가능한 담체는 활성 성분의 생물학적 활성의 유효성을 방해하지 않고, 화학적으로 불활성이며, 투여되는 피험체에게 독성을 띠지 않는 담체 매질을 의미한다. 각종 담체들이 당 기술분야에 공지되어 있으며, 증류수, 염수 또는 미네랄수 등이 포함될 수 있고, 보존제로는, 예컨데, EDTA염, 메티올레이트 등이 포함될 수 있으며, 면역 보조제로, 예컨데, 수산화알루미늄과 같은 광물겔, 리조레시틴과 같은 계면활성제, 사포닌이나 사포닌 유도체와 같은 글리코시드, 란티딘, 아브리딘 (avridine), 카보폴 (carbopol), 폴리포스파젠, DDA (dimethyldioctadecylammonium bromide), 퀼 에이 (quil A), 암피겐, 광물유 등이 포함될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The pharmaceutically acceptable carrier means a carrier medium that does not interfere with the effectiveness of the biological activity of the active ingredient, is chemically inert, and is not toxic to the subject to which it is administered. Various carriers are known in the art and may include distilled water, brine or mineral water. Examples of the preservative include EDTA salt, methiolate and the like, and examples of the adjuvant include aluminum hydroxide Such as mineralogels, surfactants such as lysolecithin, glycosides such as saponin and saponin derivatives, lanthidine, avridine, carbopol, polyphosphazene, dimethyldioctadecylammonium bromide (DDA), quil A), ammonogen, mineral oil, and the like, but are not limited thereto.

본 발명의 구체적인 일 실시예에서는 상기 서열번호 1 내지 서열번호 21의 가이드 RNA 서열이 동물 세포 내에서 SaCas9 뉴클레아제 또는 SaCas9 니케이즈에 의해 절단될 수 있는지 확인하기 위해 리포터 분석 (도 5의 A 및 6의 A), 및 T7E1 분석 (도 5의 B 및 6의 B)을 수행하여, 각각 최대 80 % 및 34 % 수준으로 Indel (Insertion and deletion)이 일어나는 것을 확인하였다.In a specific embodiment of the present invention, in order to confirm whether the guide RNA sequence of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 21 can be cleaved by SaCas9 nuclease or SaCas9 nicase in animal cells, reporter analysis (A) and T7E1 analysis (B and B in FIG. 5) were performed to confirm that Indel (insertion and deletion) occurred at a maximum level of 80% and 34%, respectively.

본 발명의 또 다른 양태는 상기 백신 조성물을 동물에 투여하는 단계를 포함하는, HBV (hepatitis B virus) 감염의 치료 방법이다.Another aspect of the invention is a method of treating a hepatitis B virus (HBV) infection, comprising administering the vaccine composition to an animal.

백신 조성물 및 HBV 감염의 치료에 대해서는 상기 설명한 바와 같다.The vaccine composition and the treatment of HBV infection are as described above.

본 발명의 백신 조성물은 제약기술 분야 및 수의학 기술분야의 당업자에게 잘 알려진 표준기술에 따라 제조될 수 있다. 이러한 백신의 함량은 의학기술분야 및 수의학 기술분야의 당업자들이 투여 대상 개체의 연령, 성별, 체중, 종족 및 상태와 같은 인자 및 투여 경로를 고려하여 결정할 수 있다. 이 조성물은 단독으로 투여하거나 또는 다른 면역학적 항원, 백신 조성물 또는 치료제 조성물과 함께 투여하거나 후속투여를 할 수 있다.The vaccine compositions of the present invention can be prepared according to standard techniques well known to those skilled in the pharmaceutical and veterinary arts. The content of such a vaccine may be determined by those skilled in the medical and veterinary arts, taking into consideration such factors as the age, sex, weight, race and condition of the subject to be administered and the route of administration. The composition may be administered alone or in combination with other immunological antigens, vaccine compositions or therapeutic compositions, or subsequent administration.

상기 동물은 개, 소, 말, 토끼, 마우스, 래트, 닭 또는 인간을 포함하는 포유류 전체를 의미하나, 상기 예에 의해 본 발명의 동물이 한정되는 것은 아니다. The animal refers to a whole mammal including dogs, cows, horses, rabbits, mice, rats, chickens or humans, but the animal of the present invention is not limited by the above examples.

본 발명의 백신 조성물이 사용될 수 있는 제형의 예로는 구강, 비강, 항문, 질, 위 내 투여용의 현탁액 또는 시럽 등과 같은 액상 제제 및 피하, 내피, 근육 내, 또는 정맥 내 투여용의 멸균 현탁 또는 에멀션 제제를 포함할 수 있다.Examples of formulations in which the vaccine compositions of the present invention may be used include liquid preparations such as oral, nasal, anal, vaginal, topical, or syrup, and sterile suspensions for subcutaneous, intradermal, intramuscular, Emulsion formulations.

또한, 사용 전에 약제학적으로 허용 가능한 희석제에 재현탁되는 가용성 성분 또는 미립자의 고체 제제일 수 있다. 가용성 성분 또는 미립자는 코아세르베이션, 바이아세르베이션, 응고, 분무건조, 기포건조, 침전, 동결건조 등 약제학 분야 및 수의학 분야의 당업자에게 공지된 기술에 따라 제조할 수 있다.It may also be a solid component of a particulate or soluble ingredient resuspended in a pharmaceutically acceptable diluent prior to use. Soluble ingredients or microparticles may be prepared according to techniques known to those skilled in the art of pharmacy and veterinary medicine, such as coacervation, baia sablation, coagulation, spray drying, bubble drying, precipitation, lyophilization and the like.

본 발명의 HBV 특이적 유전자 가위는 효과적으로 HBV를 인체 내에서 제거할 수 있어, 바이러스 박멸 후에는 기존에 평생 복용해야만 했던 역전사효소 억제제를 추가적으로 복용하지 않을 수 있다는 장점이 있다. 따라서, 상기 유전자 가위는 HBV 감염의 치료용 제제로 매우 유용하게 사용될 수 있다.The HBV-specific gene scissors of the present invention can effectively remove HBV from the human body, so that it is not necessary to additionally use a reverse transcriptase inhibitor which has been previously used for a lifetime. Therefore, the gene scissors can be very usefully used as agents for the treatment of HBV infection.

도 1의 A 및 B는 HBV 유전체에 관한 것으로, 도 1의 A는 HBV 유전체의 모식도이고, 도 1의 B는 HBV 유전체의 지형적 분포를 나타낸 것이다.
도 2는 HBV에 대한 잠재적 표적 위치의 기능적 평가를 모식적으로 나타낸 것이다.
도 3의 A 및 B는 HBV 유전형 A 및 C에서 SaCas9 뉴클레아제 (A) 및 SaCas9 니케이즈 (B)의 가이드 RNA 표적 위치 중 고도로 보존된 위치를 나타낸 것이다.
도 4는 Cas 단백질의 활성을 검출할 수 있는 리포터 시스템을 모식적으로 나타낸 것이다.
도 5의 A 내지 C는 HEK293 세포주에서 SaCas9 뉴클레아제 표적 위치의 활성을 평가한 것이다. 도 5의 A는 리포터 분석의 형광 사진을 나타낸 것이고, 도 5의 B는 T7E1 분석 결과를 나타낸 것이며, 도 5의 C는 리포터 분석 결과를 그래프로 나타낸 것이다.
도 6의 A 내지 C는 HEK293 세포주에서 SaCas9 니케이즈 표적 위치의 활성을 평가한 것이다. 도 6의 A는 리포터 분석의 형광 사진을 나타낸 것이고, 도 6의 B는 T7E1 분석 결과를 나타낸 것이며, 도 6의 C는 리포터 분석 결과를 그래프로 나타낸 것이다.
Figures 1 A and B relate to an HBV dielectric, wherein A in Figure 1 is a schematic diagram of an HBV dielectric, and B in Figure 1 is a topographical distribution of an HBV dielectric.
Figure 2 is a schematic representation of a functional assessment of the potential target location for HBV.
Figures 3 A and B show the highly conserved positions of the guide RNA target sites of SaCas9 nuclease (A) and SaCas9 nicase (B) in HBV genotypes A and C.
FIG. 4 schematically shows a reporter system capable of detecting the activity of Cas protein.
Figures 5A-C depict activity of the SaCas9 nuclease target site in the HEK293 cell line. FIG. 5A shows the fluorescence photograph of the reporter analysis, FIG. 5B shows the T7E1 analysis result, and FIG. 5C shows the reporter analysis result.
FIGS. 6A to 6C are the results of evaluating the activity of the SaCas9 niche target position in the HEK293 cell line. FIG. 6A shows the fluorescence photograph of the reporter analysis, FIG. 6B shows the T7E1 analysis result, and FIG. 6C shows the reporter analysis result.

이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 국한되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to examples. However, these examples are intended to illustrate the present invention, and the scope of the present invention is not limited to these examples.

실시예 1: 리포터 벡터 제조Example 1: Reporter Vector Production

SaCas9 또는 SaCas9n 표적 서열을 포함하는 리포터 플라스미드는 다음과 같이 제조하였다. 구체적으로, 표적 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 (표 1 및 표 2)를 합성하고 (바이오니아), PCR을 이용하여 in vitro에서 어닐링 (annealing)시켰다 (95 ℃에서 5 분, 25 ℃까지 분 당 5 ℃씩 온도 감소). 상기 어닐링된 올리고뉴클레오티드를 EcoR1 및 BamH1으로 절단한 리포터 벡터에 라이게이션시켰다.Reporter plasmids containing SaCas9 or SaCas9n target sequences were prepared as follows. Specifically, oligonucleotides containing the target sequences (Table 1 and Table 2) were synthesized (bioneer) and annealed in vitro using PCR (5 min at 95 ° C, 5 ° C per minute to 25 ° C Respectively. The annealed oligonucleotides were ligated to a reporter vector digested with EcoRl and BamHl.

실시예 2: 세포 배양Example 2: Cell culture

HEK293T (human embryonic kidney 293T) 세포는 ATCC (American Type Culture Collection, Manassas, VA)에서 구입하였다. HEK293T 및 NIH3T3 세포는 100 유닛/ml 페니실린, 100 ㎍/ml 스트렙토마이신 및 10 % FBS를 함유하는 DMEM (Invitrogen, Carlsbad, CA)으로 배양하였다.HEK293T (human embryonic kidney 293T) cells were purchased from ATCC (American Type Culture Collection, Manassas, Va.). HEK293T and NIH3T3 cells were cultured in DMEM (Invitrogen, Carlsbad, Calif.) Containing 100 units / ml penicillin, 100 [mu] g / ml streptomycin and 10% FBS.

실시예 3: 형질전환Example 3: Transformation

제조사의 지침에 따라 리포펙타민 2000 (linear, MW~25,000; Polysciences, Warrington, PA)을 이용하여 SaCas9n (또는 SaCas9)을 암호화하는 플라스미드 혼합물로 HEK293T 세포를 형질전환시켰다. 형질전환 3 일 후 세포를 분석하였다.HEK293T cells were transformed with a plasmid mixture encoding SaCas9n (or SaCas9) using Lipofectamine 2000 (linear, MW ~ 25,000; Polysciences, Warrington, PA) according to the manufacturer's instructions. Cells were analyzed 3 days after transfection.

실시예 4: 대리 (surrogate) 리포터 분석Example 4: Surrogate reporter assay

에피좀 리포터 분석을 다음과 같이 수행하였다. SaCas9 또는 SaCas9n/sgRNA를 암호화하는 플라스미드 및 리포터 플라스미드를 1 : 1 질량비로 HEK293T 세포에 형질전환시켰다. 형질전환 3 일 후, 유세포 분석기 (FACSAria II; BD Biosciences)를 이용하여 상기 세포를 분석하였다. 리포터만으로 형질전환한 세포를 분석 대조군으로 사용하였다. The episomal reporter assay was performed as follows. Plasmids and reporter plasmids encoding SaCas9 or SaCas9n / sgRNA were transformed into HEK293T cells at a 1: 1 mass ratio. Three days after the transformation, the cells were analyzed using a flow cytometer (FACSAria II; BD Biosciences). Cells transformed with the reporter alone were used as an analytical control.

실시예 5: 유세포 분석Example 5: Flow cytometry

형질전환 3 일 후, 트립신을 처리하여 세포를 회수하고, 2 % FBS를 함유하는 PBS에 현탁시켰다. 그 다음, FACSAria II cell sorter (BD Biosciences, San Jose, CA)를 이용하여 상기 세포를 분석하였다. Three days after the transformation, the cells were recovered by treatment with trypsin and suspended in PBS containing 2% FBS. The cells were then analyzed using a FACSAria II cell sorter (BD Biosciences, San Jose, Calif.).

실시예 6: T7E1 분석Example 6: T7E1 assay

T7E1 분석은 다음과 같이 수행하였다. 구체적으로, 제조사의 지침에 따라 Wizard Genomic DNA purification Kit (Promega, Madison, WI)를 이용하여 유전체 DNA를 분리하였다. SaCas9 니케이즈 또는 SaCas9 뉴클레아제 표적 위치를 포함하는 영역을 적절한 프라이머를 이용해 nested PCR로 증폭시켰다. 상기 증폭 산물을 가열하여 변성시키고, 이형이중가닥 DNA를 형성하도록 어닐링시킨 뒤, 37 ℃에서 20 분 동안 5 유닛의 T7 엔도뉴클레아제 1 (New England Biolabs)으로 처리하고 2 % 아가로스겔 전기영동으로 분석하였다. Image J 소프트웨어 및 다음 공식을 이용하여 밴드 강도를 기초로 변이 빈도를 계산하였다: T7E1 assay was performed as follows. Specifically, genomic DNA was isolated using the Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega, Madison, Wis.) According to the manufacturer's instructions. SaCas9 nicase or SaCas9 nuclease target regions were amplified by nested PCR using appropriate primers. The amplification product was heated to denature, annealed to form heterologous double stranded DNA, treated with 5 units of T7 endonuclease 1 (New England Biolabs) for 20 minutes at 37 ° C and resuspended in 2% agarose gel electrophoresis Respectively. The variation frequency was calculated based on the band intensity using Image J software and the following formula:

변이 빈도 (%) = 100 x (1 - (1 - 절단 비율)1/2), Variation frequency (%) = 100 x (1 - (1 - cut ratio) 1/2 )

절단 비율은 절단된 밴드의 총 상대적 밀도를 절단된 밴드 및 절단되지 않은 밴드의 상대적 밀도의 합으로 나눈 것임.The cut rate is the total relative density of the cut bands divided by the sum of the relative densities of the cut and uncut bands.

실험예 1: HBV 유전형 A 및 C에서 보존된 잠재적 표적 위치의 확인Experimental Example 1: Identification of potential target positions conserved in HBV genotypes A and C

HBV는 전 세계적으로 분포되어 있는 것으로 잘 알려진 8 가지 유전형인 A 내지 H의 HBV 유전체 서열을 기반으로 다양한 유전형으로 구별된다 (도 1). SaCas9 또는 SaCas9n에 대하여, HBV의 보존된 잠재적 표적 위치를 규명하기 위해, 본 발명자들은 먼저 HBV 유전형 A 및 C의 바이러스 유전체에서 보존된 서열을 규명하였다. 구체적으로, 공지된 HBV의 유전체 서열을 이용하여 서열 보존을 분석하였다 (도 2). 먼저, 총 1,931의 유전형 A 서열을 이용하여, 정렬 데이터세트 (alignments dataset)에 따라 고보존값 (high conservation values, > 99.9%)을 가지는 최소 50 뉴클레오티드 길이의 영역을 찾기 위해, HBV 유전체를 분석하였다. HBV 유전체의 ORF (open reading frame) S 에 존재하는 두 보존 영역을 규명하였다 (도 1A에서 가위 표시로 나타냄). 상기 보존 서열 각각에서, 고도로 보존된 단일 가이드 RNA (sgRNA) SaCas9 또는 SaCas9n 표적 서열 (도 3)과 PAM (proto-spacer adjacent motifs) 서열 쌍을 규명하였으며 (각각 ST1 내지 ST7, 또는 PT1 내지 PT7으로 명명함), 이를 하기 표 1 및 표 2에 나타내었다.HBV is divided into various genotypes based on HBV genomic sequences of the eight genotypes A to H which are known to be distributed worldwide (Fig. 1). For SaCas9 or SaCas9n, to identify the conserved potential target positions of HBV, we first identified conserved sequences in the viral genomes of HBV genotypes A and C. Specifically, sequence conservation was analyzed using the known HBV genomic sequence (Figure 2). First, using a total of 1,931 genotyped A sequences, the HBV genome was analyzed to find a region of at least 50 nucleotides in length with high conservation values (> 99.9%) according to the alignment dataset . Two conserved regions present in the ORF (open reading frame) S of the HBV genome were identified (indicated by scissors in FIG. 1A). In each of the conserved sequences, a highly conserved single guide RNA (sgRNA) SaCas9 or SaCas9n target sequence (Fig. 3) and a proto-spacer adjacent motifs (PAM) sequence pair were identified (ST1 to ST7 or PT1 to PT7 Table 1 < tb > < TABLE >

HBV 유전형 A 및 C에 대한 SaCas9 뉴클레아제 표적 sgRNASaCas9 nuclease targeting HBV genotypes A and C Target sgRNA 순위ranking 이름name sgRNA 서열 (5' - 3')The sgRNA sequence (5'-3 ') 방향direction 커버리지Coverage sgRNA 표적 여부sgRNA target status 유전형 CGenotype C 유전형 AGenotype A 1One ST1ST1 AGAAAATTGAGAGAAGTCCACC (서열번호 1)AGAAAATTGAGAGAAGTCCACC (SEQ ID NO: 1) 안티-센스Anti-sense 93.8 %93.8% OO OO 22 ST2ST2 GTTCAAGCCTCCAAGCTGTGCC (서열번호 2)GTTCAAGCCTCCAAGCTGTGCC (SEQ ID NO: 2) 센스sense 93.7 %93.7% OO OO 33 ST3ST3 CTGTAACACGAGCAGGGGTCCT (서열번호 3)CTGTAACACGAGCAGGGGTCCT (SEQ ID NO: 3) 안티-센스Anti-sense 88.5 %88.5% OO OO 44 ST4ST4 AAACCCCGCCTGTAACACGAGC (서열번호 4)AAACCCCGCCTGTAACACGAGC (SEQ ID NO: 4) 안티-센스Anti-sense 85.7 %85.7% OO OO 55 ST5ST5 GGACCCCTGCTCGTGTTACAGG (서열번호 5)GGACCCCTGCTCGTGTTACAGG (SEQ ID NO: 5) 센스sense 85.6 %85.6% OO OO 66 ST6ST6 ACAAGAAGATGAGGCATAGCAG (서열번호 6)ACAAGAAGATGAGGCATAGCAG (SEQ ID NO: 6) 안티-센스Anti-sense 82.4 %82.4% OO XX 77 ST7ST7 CGTCGCAGAAGATCTCAATCTC (서열번호 7)CGTCGCAGAAGATCTCAATCTC (SEQ ID NO: 7) 센스sense 76.7 %76.7% OO OO

HBV 유전형 A 및 C에 대한 SaCas9 뉴클레아제 표적 sgRNASaCas9 nuclease targeting HBV genotypes A and C Target sgRNA 순위ranking 이름name sgRNA 서열 (5' - 3')
센스 방향
The sgRNA sequence (5'-3 ')
Sense direction
sgRNA 서열 (5' - 3')
안티-센스 방향
The sgRNA sequence (5'-3 ')
Anti-sense direction
커버리지Coverage sgRNA 표적 여부sgRNA target status
유전형 CGenotype C 유전형 AGenotype A 1One PT1PT1 GAGACCTTCGTCTGCGAGGCGA (서열번호 8)GAGACCTTCGTCTGCGAGGCGA (SEQ ID NO: 8) CGTCGCAGAAGATCTCAATCTC (서열번호 9)CGTCGCAGAAGATCTCAATCTC (SEQ ID NO: 9) 55.0 %55.0% OO XX 22 PT2PT2 AAACCCCGCCTGTAACACGAGC (서열번호 10)AAACCCCGCCTGTAACACGAGC (SEQ ID NO: 10) GACAAGAATCCTCACAATACCG (서열번호 11)GACAAGAATCCTCACAATACCG (SEQ ID NO: 11) 31.0 %31.0% XX OO 33 PT3PT3 CTGTAACACGAGCAGGGGTCCT (서열번호 12)CTGTAACACGAGCAGGGGTCCT (SEQ ID NO: 12) GACAAGAATCCTCACAATACCG (서열번호 13)GACAAGAATCCTCACAATACCG (SEQ ID NO: 13) 30.0 %30.0% XX OO 44 PT4PT4 CTGTAACACGAGCAGGGGTCCT (서열번호 14)CTGTAACACGAGCAGGGGTCCT (SEQ ID NO: 14) GACAAGAATCCTCACAATACCA (서열번호 15)GACAAGAATCCTCACAATACCA (SEQ ID NO: 15) 27.0 %27.0% OO XX 55 PT5PT5 AAACCCCGCCTGTAACACGAGC (서열번호 16)AAACCCCGCCTGTAACACGAGC (SEQ ID NO: 16) GACAAGAATCCTCACAATACCA
(서열번호 17)
GACAAGAATCCTCACAATACCA
(SEQ ID NO: 17)
27.0 %27.0% OO XX
66 PT6PT6 GAGTGATTGGAGGTTGGGGACT (서열번호 18)GAGTGATTGGAGGTTGGGGACT (SEQ ID NO: 18) CTCCAATTTGTCCTGGCTATCG (서열번호 19)CTCCAATTTGTCCTGGCTATCG (SEQ ID NO: 19) 23.0 %23.0% OO XX 77 PT7PT7 CCATGCTGTAGCTCTTGTTCCC (서열번호 20)CCATGCTGTAGCTCTTGTTCCC (SEQ ID NO: 20) CAAACCTCGACAAGGCATGGGG (서열번호 21)CAAACCTCGACAAGGCATGGGG (SEQ ID NO: 21) 19.0 %19.0% OO XX

이들은 모두 필터링 기준을 만족한다. 즉, 상기 서열 쌍은 1,931 개의 유전형 A 중 22 뉴클레오티드 (nt) 전체 서열에서 94 % 이상의 보존을 보이는 것이다 (자세한 사항은 실시예 및 도 1B 참조). 다음으로, B, C, D, E, F 및 G 유전형에서 각각의 23 nt 표적 서열의 보존을 계산하여, 다른 유전형을 불활성화시키는 목적으로 상기 보존된 영역을 사용할 가능성을 평가하였다. ST1 내지 ST7, 및 PT1 내지 PT7의 sgRNA 표적 서열은 분석된 B, C 및 E 유전형에서 23 nt의 전체 서열에 대해 각각 93 % 또는 55 % 이상의 보존을 나타냈고, D 유전형 서열에 대해 89 % 이상의 보존을 나타났는데, 이는 지리적 분포에 따라 달라지는 HBV 유전형 사이에서 고도의 서열 보존이 있음을 시사한다 (도 1의 B).They all meet the filtering criteria. That is, the sequence pairs show more than 94% conservation in the entire 22 nucleotides (nt) out of 1,931 genotypes A (see Examples and FIG. 1B for details). The conservation of each 23 nt target sequence in the B, C, D, E, F, and G genotypes was then calculated to assess the likelihood of using the conserved region for the purpose of inactivating other genotypes. The sgRNA target sequences of ST1 to ST7 and PT1 to PT7 showed 93% or 55% conservation respectively over the entire sequence of 23 nt in the analyzed B, C and E genotypes, and over 89% conservation of the D genotype sequence , Suggesting that there is a high degree of sequence conservation between HBV genotypes depending on geographical distribution (FIG. 1B).

실험예Experimental Example 2: 모든  2: All ORFORF (open reading frame)에 위치한 보존된 표적 위치의 기능적 평가 Functional evaluation of preserved target location in open reading frame

기능적 분석을 위해, 선별된 상위의 보존된 22 bp gRNA 서열을 sgRNA (single guide RNA) 발현을 유도하는 pol III (U6) 프로모터를 가지며, 인간 코돈-최적화된 SaCas9 또는 SaCas9n (D10A)을 발현하는 발현 벡터에 20 nt gRNA 및 tracrRNA (trans-activating CRISPR RNA) 융합 형태로 각각 클로닝하였다. 잠재적인 sgRNA 표적 서열을 규명한 뒤 (표 1, 표 2 및 도 3), 선별된 표적에 대한 SaCas9 또는 SaCas9n 활성을 검출하기 위해 pRG-HBV 이중 형광 리포터 컨스트럭트를 제조하였다. For functional analysis, the selected conserved 22 bp gRNA sequence was amplified with expression of human codon-optimized SaCas9 or SaCas9n (D10A) with a pol III (U6) promoter to induce sgRNA (single guide RNA) The vector was cloned in the form of 20 nt gRNA and trans-activating CRISPR RNA (TracRNA) fusion, respectively. After identifying the potential sgRNA target sequences (Table 1, Table 2 and Figure 3), the pRG-HBV dual fluorescent reporter construct was constructed to detect SaCas9 or SaCas9n activity on the selected target.

상기 pRG-HBV 리포터 플라스미드는 RFP를 발현하고, 또한 대응하는 HBV 유전형 A 및 C 유전자 표적 서열 (34 bp 또는 79 bp 길이)을 포함하고, RFP 서열의 바깥쪽에 위치하는 eGFP를 암호화하는 유전자를 가진다 (도 4). 상기 서열은 gRNA 결합 및 그 후의 SaCas9 또는 SaCas9n-매개 이중 닉킹 (nicking)에 필요한 인접 PAM 서열과 두 개의 20 bp 영역을 포함한다. 따라서, 두 개의 적절히 떨어진 sgRNA에 의해 대응하는 HBV-특이적 표적 서열에 SaCas9 또는 SaCas9n 활성이 작용하여 이중 사슬 절단이 일어나며 (도 4에서 빨간색 화살표로 나타냄), NHEJ 수선 기전에 의해 인델 (insertion or deletion)을 야기한다. 코돈 트리플렛 사용때문에, 통계적으로 3 분의 1의 수선이, 절단 위치의 상류에 위치하는 mRFP 유전자와 eGFP 유전자가 "in frame" 융합을 일으킨다. 따라서, RFP 단독 신호로 리포터의 존재를 검출하고, 뉴클레아제 활성은 GFP 및 RFP 형광이 동시에 발현되는 것으로 시각화할 수 있다.The pRG-HBV reporter plasmid expresses RFP and also has a gene encoding the eGFP located outside the RFP sequence, including the corresponding HBV genotype A and C gene target sequences (34 bp or 79 bp in length) 4). The sequence includes the adjacent PAM sequence and two 20 bp regions required for gRNA binding and subsequent SaCas9 or SaCas9n-mediated double nicking. Thus, SaCas9 or SaCas9n activity acts on the corresponding HBV-specific target sequence by two appropriately spaced sgRNAs, resulting in double-strand breaks (indicated by the red arrow in Figure 4) and insertion or deletion by the NHEJ repair mechanism ). Because of the use of codon triplets, a statistically one-third of the repairs lead to an "in frame" fusion of the mRFP gene and the eGFP gene located upstream of the cleavage site. Thus, the presence of a reporter can be detected with the RFP alone signal, and the nuclease activity can be visualized as the simultaneous expression of GFP and RFP fluorescence.

적절한 SaCas9n/sgRNA 발현 플라스미드와 함께 pRG-HBV-ST 또는 pRG-HBV-PT 표적 리포터 컨스트럭트를 포함하는 두 개의 플라스미드 세트를 이용하여, 인간 HEK293 세포에서 대응하는 HBV 서열에 대한 SaCas9 또는 SaCas9n의 활성을 확인하였다. 형질전환 48 시간 후, 형질전환된 HEK293 세포에서 SaCas9 또는 SaCas9n 활성이 검출되었다 (도 5의 A 및 6의 A). 기대했던 대로, SaCas9 또는 SaCas9n, 및 매칭되는 HBV 리포터와 함께 sgRNA를 발현하는 벡터를 공동 형질전환시킨 세포에서 GFP 신호가 검출되었다 (도 5 및 6). 상기 결과는 GFP를 암호화하는 서열 및 RFP를 암호화하는 서열이 프레임 내에 위치하여, 대응하는 표적 서열에서 SaCas9 또는 SaCas9n/sgRNA-매개 절단 이후의 NHEJ 수선이 일어났다는 것을 의미한다.Using two sets of plasmids containing the pRG-HBV-ST or pRG-HBV-PT target reporter construct with appropriate SaCas9n / sgRNA expression plasmids, the activity of SaCas9 or SaCas9n on the corresponding HBV sequences in human HEK293 cells Respectively. After 48 hours of transformation, SaCas9 or SaCas9n activity was detected in the transfected HEK293 cells (Fig. 5A and 6A). As expected, GFP signals were detected in cells cotransfected with SaCas9 or SaCas9n, and a vector expressing sgRNA with a matching HBV reporter (Figures 5 and 6). The result implies that the sequence encoding GFP and the sequence encoding RFP are located within the frame, resulting in NHEJ repair following SaCas9 or SaCas9n / sgRNA-mediated cleavage in the corresponding target sequence.

다음으로, 본 발명자들은 형질전환된 세포 집단으로부터 리포터 플라스미드를 분리하여, T7E1 분석을 수행해 표적 위치에서 인델 빈도를 평가하였다(도 5의 B 및 6의 B). 동일한 방법으로, 본 발명자들은 3 회의 실험을 수행하여, 모든 실험에서 유사한 경향을 확인하였다 (도 5의 C 및 6의 C).Next, the reporter plasmids were separated from the transformed cell population and T7E1 analysis was performed to evaluate the indelite frequency at the target position (B in Fig. 5 and B in Fig. 5). In the same way, the inventors performed three experiments, confirming similar trends in all experiments (C in FIGS. 5 and 6).

이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.From the above description, it will be understood by those skilled in the art that the present invention may be embodied in other specific forms without departing from the spirit or essential characteristics thereof. In this regard, it should be understood that the embodiments described above are illustrative in all aspects and not restrictive. The scope of the present invention should be construed as being included in the scope of the present invention without departing from the scope of the present invention as defined by the appended claims.

<110> Industry-Academic Cooperation Foundation, Yonsei University <120> A programmable nuclease targeting hepatitis B virus and a composition for treating HBV infection comprising the same <130> KPA160058-KR <160> 21 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST1 <400> 1 agaaaattga gagaagtcca cc 22 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST2 <400> 2 gttcaagcct ccaagctgtg cc 22 <210> 3 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST3 <400> 3 ctgtaacacg agcaggggtc ct 22 <210> 4 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST4 <400> 4 aaaccccgcc tgtaacacga gc 22 <210> 5 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST5 <400> 5 ggacccctgc tcgtgttaca gg 22 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST6 <400> 6 acaagaagat gaggcatagc ag 22 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ST7 <400> 7 cgtcgcagaa gatctcaatc tc 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT1 sense <400> 8 gagaccttcg tctgcgaggc ga 22 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT1 anti-sense <400> 9 cgtcgcagaa gatctcaatc tc 22 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT2 sense <400> 10 aaaccccgcc tgtaacacga gc 22 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT2 anti-sense <400> 11 gacaagaatc ctcacaatac cg 22 <210> 12 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT3 sense <400> 12 ctgtaacacg agcaggggtc ct 22 <210> 13 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT3 anti-sense <400> 13 gacaagaatc ctcacaatac cg 22 <210> 14 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT4 sense <400> 14 ctgtaacacg agcaggggtc ct 22 <210> 15 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT4 anti-sense <400> 15 gacaagaatc ctcacaatac ca 22 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT5 sense <400> 16 aaaccccgcc tgtaacacga 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Sequence <220> <223> PT7 sense <400> 20 ccatgctgta gctcttgttc cc 22 <210> 21 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PT7 anti-sense <400> 21 caaacctcga caaggcatgg gg 22

Claims (8)

서열번호 1 내지 21로 이루어진 군에서 선택된 염기 서열 또는 이와 상보적인 염기 서열로 이루어진, 가이드 RNA를 암호화하는 분리된 폴리뉴클레오티드.
Wherein the polynucleotide comprises a nucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 1 to 21, or a complementary base sequence thereof.
제1항에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는 가이드 RNA를 제조하기 위한 것인, 분리된 폴리뉴클레오티드.
2. The isolated polynucleotide of claim 1, wherein the polynucleotide is for producing a guide RNA.
제1항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 발현 벡터.
An expression vector comprising the polynucleotide of claim 1.
제3항에 있어서, 상기 발현 벡터는 Cas9 뉴클레아제 (nuclease) 또는 Cas9 니케이즈 (nickase)를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인, 발현 벡터.
4. The expression vector of claim 3, wherein the expression vector comprises a polynucleotide encoding Cas9 nuclease or Cas9 nickase.
제4항에 있어서, 상기 Cas9 뉴클레아제 또는 Cas9 니케이즈는 스타필로코커스 (Staphylococcus) 속 유래인 것인, 발현 벡터.
5. The expression vector according to claim 4, wherein the Cas9 nuclease or Cas9 nicase is derived from Staphylococcus sp.
제4항의 발현 벡터, 및 Cas9 뉴클레아제 또는 Cas9 니케이즈를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 발현 벡터를 포함하는, HBV (hepatitis B virus) 감염 치료용 백신 조성물.
A vaccine composition for treating hepatitis B virus (HBV) infection, comprising an expression vector according to claim 4, and an expression vector comprising a Cas9 nuclease or a polynucleotide encoding Cas9 nicase.
제5항의 발현 벡터를 포함하는, HBV (hepatitis B virus) 감염 치료용 백신 조성물.
A vaccine composition for the treatment of hepatitis B virus (HBV) infection, comprising the expression vector of claim 5.
제6항 또는 제7항의 백신 조성물을 인간을 제외한 동물에 투여하는 단계를 포함하는, HBV (hepatitis B virus) 감염의 치료 방법.A method for treating a hepatitis B virus (HBV) infection, comprising administering the vaccine composition of claim 6 or 7 to an animal other than a human.
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