KR20160025597A - 데이터 품질을 시각화하기 위한 방법 및 시스템 - Google Patents

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Abstract

데이터 시각화를 생성하는 방법이 제공된다. 상기 방법은 복수의 반응 부위로부터의 형광 방출값과 관련된 복수의 데이터 점을 수신하는 단계를 포함한다. 형광 방출값은 제1 유형의 염료 및 제2 유형의 염료에 대한 정보를 포함한다. 상기 방법은 복수의 반응 부위의 위치의 표시에 제1 유형의 염료와 관련된 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하는 단계, 및 상기 표시에 제2 유형의 염료와 관련된 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하는 단계를 추가로 포함한다. 상기 방법은 산란 도표 디스플레이에 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하는 단계를 추가로 포함한다. 산란 도표는 y축 상에 제1 염료와 관련된 형광값들을 그리고 x축 상에 제2 염료와 관련된 형광값들을 나타낸다. 상기 방법은 산란 도표 디스플레이에 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하는 단계를 포함한다.

Description

데이터 품질을 시각화하기 위한 방법 및 시스템{METHODS AND SYSTEMS FOR VISUALIZING DATA QUALITY}
생물 반응 및 생화학 반응을 위한 시스템은 이러한 반응을 실시간으로 모니터링하고/하거나, 측정하고/하거나, 분석하기 위해 사용된다. 이러한 시스템은 서열분석, 유전자형분석, 중합효소 사슬 반응(polymerase chain reaction: PCR), 및 진행을 모니터링하고 정량적 데이터를 제공하기 위한 다른 생화학 반응에서 흔히 사용된다.
현재, 훨씬 더 많은 수의 반응을 동시에 수행할 수 있는 장비를 발생시키는, 시험 또는 실험마다 더 많은 수의 반응을 제공하기 위한 요구가 증가하고 있다. 시험 또는 실험에서의 샘플 부위의 수의 증가는 훨씬 더 작은 샘플 용적을 제공하는 미량적정 플레이트 및 다른 샘플 포맷을 발생시켰다. 또한, 디지털 PCR(dPCR)과 같은 기법은 모든 또는 대부분의 많은 수의 시험 샘플에서 0개 또는 1개의 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하는 더 작은 샘플 용적에 대한 요구를 증가시켰다.
디지털 PCR은 희귀 대립유전자의 농도를 검출하고 정량화하고, 핵산 샘플의 절대 정량화를 제공하고, 핵산 농도의 낮은 배수 변화를 측정하기 위해 사용될 수 있다. 일반적으로, 복제물의 수의 증가는 dPCR 결과의 정확성 및 재현성을 증가시킨다.
dPCR에서, 비교적 적은 수의 표적 폴리뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 서열을 함유하는 용액은 다수의 작은 시험 샘플로 세분될 수 있어서, 각각의 샘플은 일반적으로 표적 뉴클레오타이드 서열의 하나의 분자를 함유하거나 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하지 않는다. PCR 프로토콜, 절차 또는 실험에서 샘플이 후속하여 열 사이클처리될 때, 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하는 샘플은 증폭되고 양의 검출 신호를 생성하지만, 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하지 않는 샘플은 증폭되지 않고 검출 신호를 생성하지 않는다.
추가의 분석을 위해, dPCR 실험으로부터 데이터가 수집한 엄청난 수의 데이터 점은 사용자에게 유용한 방식으로 조직화하고 시각화하는 데 도전과제이다.
예시적인 일 실시형태에서, 데이터 시각화를 생성하는 방법이 제공된다. 상기 방법은 복수의 반응 부위로부터의 형광 방출값과 관련된 복수의 데이터 점을 수신하는 단계를 포함한다. 형광 방출값은 제1 유형의 염료 및 제2 유형의 염료에 대한 정보를 포함한다. 상기 방법은 복수의 반응 부위의 위치의 표시(representation)에 제1 유형의 염료와 관련된 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하는 단계, 및 상기 표시에 제2 유형의 염료와 관련된 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하는 단계를 추가로 포함한다. 상기 방법은 산란 도표 디스플레이(scatter plot display)에서 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하는 단계를 추가로 포함한다. 산란 도표는 y축에서 제1 염료와 관련된 형광값 및 x축에서 제2 염료와 관련된 형광값을 나타낸다. 상기 방법은 산란 도표 디스플레이에 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하는 단계를 포함한다.
도 1은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태가 실행될 수 있는 예시적인 컴퓨팅 시스템을 예시한다.
도 2는 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 히스토그램(histogram)을 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 3은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 히스토그램을 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 4는 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 히스토그램을 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 5는 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 슬라이더 막대를 예시한다.
도 6은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 히스토그램을 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 7은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 8은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 9는 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 10은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 칩 표시 및 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 11은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 12는 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
도 13은 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따른 산란 도표를 포함하는 데이터 시각화를 예시한다.
본 발명의 더 완전한 이해를 제공하기 위해, 하기 설명은 다양한 특정한 세부사항, 예컨대 특정한 구성, 매개변수, 실시예 등을 기술한다. 그러나, 이러한 설명이 본 발명의 범위에 대한 제한으로서 의도되지 않지만, 예시적인 실시형태의 최고의 설명을 제공하는 것으로 의도되는 것으로 인식되어야 한다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 장치, 장비, 시스템 및 방법은 하나 이상의 유형의 관심 있는 생물학적 성분을 검출하기 위해 사용될 수 있다. 이러한 관심 있는 생물학적 성분은 DNA 서열(무세포 DNA 포함), RNA 서열, 유전자, 올리고뉴클레오타이드, 분자, 단백질, 바이오마커, 세포(예를 들어, 순환 종양 세포) 또는 임의의 다른 적합한 표적 바이오분자(이들로 제한되지는 않음)를 포함하는 임의의 적합한 생물학적 표적일 수 있다.
다양한 실시형태에서, 이러한 생물학적 성분은 태아 진단, 다중 dPCR, 바이러스 검출 및 정량화 규격, 유전자형분석, 서열분석, 검증, 돌연변이 검출, 유전적으로 돌연변이된 유기체의 검출, 희귀 대립유전자 검출 및 복제수 변이와 같은 분야에서 다양한 PCR, qPCR 및/또는 dPCR 방법 및 시스템과 함께 사용될 수 있다. 본 개시내용의 실시형태는 일반적으로 다수의 작은 용적 샘플에 대한 생물학적 반응을 모니터링하거나 측정하기 위한 장치, 장비, 시스템 및 방법에 관한 것이다. 본 명세서에 사용되는 바와 같이, 샘플은 예를 들어 샘플 용적 또는 반응 용적이라 칭해질 수 있다.
다수의 샘플이 처리되는 정량적 중합효소 사슬 반응(qPCR)에 일반적으로 적용되면서, 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따라 임의의 적합한 PCR 방법이 이용될 수 있는 것으로 인식되어야 한다. 적합한 PCR 방법은 예를 들어 디지털 PCR, 대립유전자 특이적 PCR, 비대칭 PCR, 결찰 매기 PCR, 다중 PCR, 네스티드 PCR(nested PCR), qPCR, 게놈 이동(genome walking) 및 브릿지 PCR을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.
하기 기재된 바대로, 본 명세서에 기재된 다양한 실시형태에 따라, 반응 부위는 예를 들어 관통 홀, 웰(well), 압입, 스팟(spot), 동공, 샘플 보유 구역 및 반응 챔버를 포함할 수 있지만, 이들로 제한되지는 않는다.
더욱이, 본 명세서에 사용되는 바와 같이, 열 사이클링은 예를 들어 유전자증폭기(thermal cycler), 등온 증폭, 열 대류, 적외선 매개 열 사이클링 또는 헬리카제 의존적 증폭을 이용하는 것을 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 칩은 빌트인 가열 부재와 통합될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 칩은 반도체와 통합될 수 있다.
다양한 실시형태에 따르면, 표적의 검출은 예를 들어, 단독의 또는 조합된, 형광 검출, 양이온 또는 음이온의 검출, pH 검출, 전압 검출 또는 전류 검출일 수 있지만, 이들로 제한되지는 않는다.
본 명세서에 기재된 다양한 실시형태는 디지털 PCR(dPCR)에 특히 적합하다. 디지털 PCR에서, 비교적 적은 수의 표적 폴리뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 서열을 함유하는 용액은 다수의 작은 시험 샘플로 세분될 수 있어서, 각각의 샘플은 일반적으로 표적 뉴클레오타이드 서열의 하나의 분자를 함유하거나 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하지 않는다. PCR 프로토콜, 절차 또는 실험에서 샘플이 후속하여 열 사이클처리될 때, 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하는 샘플은 증폭되고 양의 검출 신호를 생성하지만, 표적 뉴클레오타이드 서열을 함유하지 않는 샘플은 증폭되지 않고 검출 신호를 생성하지 않는다. 푸아송(Poisson) 통계를 이용하여, 원래 용액 중의 표적 뉴클레오타이드 서열의 수는 양의 검출 신호를 생성하는 샘플의 수와 상관될 수 있다.
통상적인 dPCR 프로토콜, 절차 또는 실험을 수행하기 위해, 초기 샘플 용액을, 간단하고 비용 효과적인 방식으로, 각각 수 나노미터, 1나노미터 또는 약 1나노미터, 또는 1나노미터 미만의 용적을 각각 갖는 수만 개 또는 수십만 개의 시험 샘플로 분할할 수 있는 것이 유리하다. 표적 뉴클레오타이드 서열의 수가 매우 적을 수 있으므로, 초기 용액의 전체 함량이 복수의 반응 부위를 차지하고 이에 함유되는 것이 이러한 상황에서 또한 중요할 수 있다.
본 명세서에 기재된 실시형태는, 샘플 용액의 전부 또는 본질적으로 전부를 차지하는 방식으로, 초기 샘플 용액을 복수의 반응 부위로 분포시킴으로써 이들 및 다른 dPCR 설계 제약을 해결한다.
다양한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 장치, 장비, 시스템 및 방법은 하나 이상의 유형의 관심 있는 생물학적 성분을 검출하기 위해 사용될 수 있다. 이러한 관심 있는 생물학적 성분은 DNA 서열, RNA 서열, 유전자, 올리고뉴클레오타이드 또는 세포(예를 들어, 순환 종양 세포)(이들로 제한되지는 않음)를 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 이러한 생물학적 성분은 태아 진단, 다중 dPCR, 바이러스 검출 및 정량화 규격, 유전자형분석, 서열분석, 검증, 돌연변이 검출, 유전적으로 돌연변이된 유기체의 검출, 희귀 대립유전자 검출 및 복제수 변이와 같은 분야에서 다양한 PCR, qPCR 및/또는 dPCR 방법 및 시스템과 함께 사용될 수 있다.
상기 기재된 바대로, 디지털 PCR 기술은 수천 개의 데이터 점을 생성한다. 유용한 데이터 또는 우수한 품질 데이터의 예비 지표(indication)와 같은 실험에 대한 정보를 신속히 및 용이하게 알기 위해 사용자가 데이터를 시각화할 수 있는 것이 유용하다. 새로운 그래프 기법은 사람이 데이터를 검토하고 조작하게 하는 데 필요하다.
본 교시내용의 다양한 실시형태에서, 데이터는 특별한 위치에서 디스플레이될 수 있다. 예를 들어, 데이터는 2차원(x,y 좌표)으로 사용자에게 디스플레이될 수 있다. 품질값이 사용자에게 명확하여 우수하거나 불량한 품질 데이터를 나타내도록, 데이터가 또한 디스플레이될 수 있다. 훨씬 다른 실시형태에서, 데이터와 연관된 상이한 염료가 디스플레이될 수 있다. 예를 들어, FAM 염료와 연관된 데이터 및 VIC 염료와 연관된 데이터는 사용자가 결과를 시각화할 수 있도록 표시될 수 있다. 다른 실시형태에서, 데이터 점과 연관된, 프로세싱 시스템이 결정한, 양 및 음의 호출(call)을 시각화할 수 있다.
당해 분야의 당업자는 다양한 실시형태의 조작이, 적절한 바대로, 하드웨어, 소프트웨어, 펌웨어(firmware), 또는 이들의 조합을 이용하여 실행될 수 있다는 것을 인식할 것이다. 예를 들어, 일부 프로세스는 소프트웨어, 펌웨어 또는 포선 논리(hard-wired logic)의 제어 하에 프로세서 또는 다른 디지털 회로를 이용하여 수행될 수 있다. (본 명세서에서 용어 "논리"는, 언급된 기능을 수행하기 위해 당해 분야의 당업자가 인식하는 것처럼, 고정 하드웨어, 프로그램 가능한 논리 및/또는 이들의 적절한 조합을 의미한다.) 소프트웨어 및 펌웨어는 컴퓨터 판독 가능한 매체에 저장될 수 있다. 일부 다른 프로세스는 당해 분야의 당업자에게 널리 공지된 것처럼 아날로그 회로를 이용하여 실행될 수 있다. 추가로, 메모리 또는 다른 저장, 및 통신 부품이 본 발명의 실시형태에서 사용될 수 있다.
도 1은, 유전자증폭기 시스템(비도시)의 실시형태가 이용할 수 있는, 다양한 실시형태에 따른, 프로세싱 기능을 수행하기 위해 사용될 수 있는 컴퓨터 시스템(100)을 예시하는 블록 다이어그램이다. 컴퓨팅 시스템(100)은 하나 이상의 프로세서, 예컨대 프로세서(104)를 포함할 수 있다. 프로세서(104)는 예를 들어 마이크로프로세서, 컨트롤러 또는 다른 제어 논리와 같은 범용 또는 특수 목적 프로세싱 엔진을 사용하여 실행될 수 있다. 이 예에서, 프로세서(104)는 버스(bus)(102) 또는 다른 통신 매체에 연결된다.
추가로, 소정의 분야 또는 환경에 바람직하거나 적절할 수 있는 것처럼, 도 1의 컴퓨팅 시스템(100), 예컨대 랙 실장 컴퓨터, 본체, 슈퍼컴퓨터, 서버, 클라이언트, 데스크탑 컴퓨터, 랩탑 컴퓨터, 태블릿 컴퓨터, 휴대용 컴퓨팅 장치(예를 들어, PDA, 휴대폰, 스마트폰, 팜탑(palmtop) 등), 클러스터 그리드, 넷북, 내장형 시스템, 또는 임의의 다른 유형의 특수 또는 범용 목적 컴퓨팅 장치가 임의의 다수의 형태로 구현될 수 있는 것으로 이해되어야 한다. 추가로, 컴퓨팅 시스템(100)은 클라이언트/서버 환경 및 하나 이상의 데이터베이스 서버를 포함하는 종래의 통신망 시스템, 또는 LIS/LIMS 기반구조(infrastructure)의 통합을 포함할 수 있다. 근거리 통신망(local area network: LAN) 또는 광역 통신망(wide area network: WAN), 및 무선 및/또는 유선 부품을 포함하는 다수의 종래의 통신망 시스템이 당해 분야에 공지되어 있다. 추가로, 클라이언트/서버 환경, 데이터베이스 서버 및 통신망은 당해 분야에 훌륭히 보고되어 있다.
컴퓨팅 시스템(100)은 정보를 통신하기 위한 버스(102) 또는 다른 통신 기전, 및 정보를 처리하기 위한 버스(102)와 커플링된 프로세서(104)를 포함할 수 있다.
컴퓨팅 시스템(100)은 프로세서(104)가 실행하고자 하는 명령어를 저장하기 위한 버스(102)에 커플링된 임의 접근 메모리(random access memory: RAM) 또는 다른 동적 메모리일 수 있는 메모리(106)를 또한 포함한다. 메모리(106)는 프로세서(104)가 실행하고자 하는 명령어의 실행 동안 일시적 변수 또는 다른 중간 정보를 저장하기 위해 또한 사용될 수 있다. 컴퓨팅 시스템(100)은 프로세서(104)에 대한 정적 정보 및 명령어를 저장하기 위한 버스(102)에 커플링된 읽기 전용 메모리(read only memory: ROM)(108) 또는 다른 정적 저장 장치를 추가로 포함한다.
컴퓨팅 시스템(100)은 정보 및 명령어를 저장하기 위해 제공되고 버스(102)에 커플링된 저장 장치(110), 예컨대 자기 디스크, 광학 디스크 또는 솔리드 스테이트 드라이브(solid state drive: SSD)를 또한 포함할 수 있다. 저장 장치(110)는 매체 드라이브 및 제거 가능한 저장 인터페이스를 포함할 수 있다. 매체 드라이브는 고정 또는 제거 가능한 저장 매체를 지원하기 위한 드라이브 또는 다른 기전, 예컨대 하드 디스크 드라이브, 플로피 디스크 드라이브, 자기 테이프 드라이브, 광학 디스크 드라이브, CD 또는 DVD 드라이브(R 또는 RW), 플래시 드라이브, 또는 다른 제거 가능한 또는 고정 매체 드라이브를 포함할 수 있다. 이 예가 예시하는 것처럼, 저장 매체는 특정한 컴퓨터 소프트웨어, 명령어 또는 데이터가 내부에 저장된 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체를 포함할 수 있다.
대안적인 실시형태에서, 저장 장치(110)는 컴퓨터 프로그램 또는 다른 명령어 또는 데이터가 컴퓨팅 시스템(100)으로 로딩되게 하는 다른 유사한 방편(instrumentality)을 포함할 수 있다. 이러한 방편은 예를 들어 제거 가능한 저장 유닛 및 인터페이스, 예컨대 프로그램 카트리지 및 카트리지 인터페이스, 제거 가능한 메모리(예를 들어, 플래시 메모리 또는 다른 제거 가능한 메모리 모듈) 및 메모리 슬롯, 및 저장 장치(110)로부터 컴퓨팅 시스템(100)으로 소프트웨어 및 데이터가 전송되게 하는 다른 제거 가능한 저장 유닛 및 인터페이스를 포함할 수 있다.
컴퓨팅 시스템(100)은 통신 인터페이스(118)를 또한 포함할 수 있다. 통신 인터페이스(118)는 컴퓨팅 시스템(100)과 외부 장치 사이에 소프트웨어 및 데이터가 전송되게 하도록 사용될 수 있다. 통신 인터페이스(118)의 예는 모뎀, 통신망 인터페이스(예컨대, 이더넷(Ethernet) 또는 다른 NIC 카드), 통신 포트(예컨대, USB 포트, RS-232C 시리얼 포트 등), PCMCIA 슬롯 및 카드, 블루투스 등을 포함할 수 있다. 통신 인터페이스(118)를 통해 전송된 소프트웨어 및 데이터는 통신 인터페이스(118)가 수신할 수 있는 전자, 전자기, 광학 또는 다른 신호일 수 있는 신호의 형태이다. 이 신호는 무선 매체, 와이어 또는 케이블, 광섬유 또는 다른 통신 매체와 같은 채널을 통해 통신 인터페이스(118)에 의해 송신되고 수신될 수 있다. 채널의 일부 예는 전화선, 휴대폰 링크, RF 링크, 통신망 인터페이스, 근거리 또는 광역 통신망 및 다른 통신 채널을 포함한다.
컴퓨팅 시스템(100)은 컴퓨터 사용자에게 정보를 디스플레이하기 위해 버스(102)를 통해 디스플레이(112), 예컨대 음극선관(cathode ray tube: CRT) 또는 액정 디스플레이(LCD)에 커플링될 수 있다. 문자숫자식 및 다른 키를 포함하는 입력 장치(114)는 예를 들어 정보 및 명령어 선택을 프로세서(104)에 통신하기 위해 버스(102)에 커플링된다. 입력 장치는 또한 터치스크린 입력 능력에 의해 구성된 디스플레이, 예컨대 LCD 디스플레이일 수 있다. 또 다른 유형의 사용자 입력 장치는 방향 정보 및 명령어 선택을 프로세서(104)에 통신하고 디스플레이(112)에서 커서 이동을 제어하기 위한 커서 제어(116), 예컨대 마우스, 트랙볼(trackball) 또는 커서 방향키이다. 이 입력 장치는 통상적으로 제1 축(예를 들어, x축) 및 제2 축(예를 들어, y축)인 2개의 축에서 2의 자유도를 갖고, 이는 장치가 면에서 위치를 기술하게 한다. 컴퓨팅 시스템(100)은 데이터 프로세싱을 제공하고, 이러한 데이터에 신뢰 수준을 제공한다. 본 교시내용의 실시형태의 소정의 실행과 일치하게, 데이터 프로세싱 및 신뢰 값은 메모리(106)에 함유된 하나 이상의 명령어의 하나 이상의 순서를 실행하는 프로세서(104)에 응답하여 컴퓨팅 시스템(100)에 의해 제공된다. 이러한 명령어는 또 다른 컴퓨터 판독 가능한 매체, 예컨대 저장 장치(110)로부터 메모리(106)로 판독될 수 있다. 메모리(106)에 함유된 명령어의 순서의 실행은 프로세서(104)가 본 명세서에 기재된 프로세스 상태를 수행하게 한다. 대안적으로, 포선 회로는 본 교시내용의 실시형태를 실행하기 위해 소프트웨어 명령어 대신에 또는 이것과 조합되어 사용될 수 있다. 따라서, 본 교시내용의 실시형태의 실행은 하드웨어 회로 및 소프트웨어의 임의의 특정한 조합으로 제한되지 않는다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "컴퓨터 판독 가능한 매체" 및 "컴퓨터 프로그램 제품"은 일반적으로 실행을 위해 프로세서(104)에 하나 이상의 순서 또는 하나 이상의 명령어를 제공하는 데 관여하는 임의의 매체를 의미한다. "컴퓨터 프로그램 코드"(컴퓨터 프로그램의 형태 또는 다른 집단으로 그룹화될 수 있음)라 일반적으로 칭하는 이러한 명령어는, 실행될 때, 컴퓨팅 시스템(100)이 본 발명의 실시형태의 특징 또는 기능을 수행하게 한다. 컴퓨터 판독 가능한 매체의 이런 형태 및 다른 형태는 비휘발성 매체, 휘발성 매체 및 전송 매체(이들로 제한되지는 않음)를 포함하는 많은 형태를 취할 수 있다. 비휘발성 매체는 예를 들어 솔리드 스테이트, 광학 또는 자기 디스크, 예컨대 저장 장치(110)를 포함한다. 휘발성 매체는 동적 메모리, 예컨대 메모리(106)를 포함한다. 전송 매체는, 버스(102)를 포함하는 와이어를 포함하는, 동축 케이블, 구리 와이어 및 광섬유를 포함한다.
컴퓨터 판독 가능한 매체의 흔한 형태는 예를 들어 플로피 디스크, 플렉시블 디스크, 하드 디스크, 자기 테이프, 또는 임의의 다른 자기 매체, CD-ROM, 임의의 다른 광학 매체, 펀치 카드(punch card), 페이퍼 테이프, 홀의 패턴을 갖는 임의의 다른 물리적 매체, RAM, PROM, 및 EPROM, 플래시-EPROM, 임의의 다른 메모리 칩 또는 카트리지, 하기 기재된 바와 같은 반송파, 또는 컴퓨터가 판독할 수 있는 임의의 다른 매체를 포함한다.
컴퓨터 판독 가능한 매체의 다양한 형태는 실행을 위해 프로세서(104)에 하나 이상의 명령어의 하나 이상의 순서를 수행하는 데 관여할 수 있다. 예를 들어, 명령어는 초기에 원격 컴퓨터의 자기 디스크에 보유될 수 있다. 원격 컴퓨터는 이의 동적 메모리로 명령어를 로딩하고 모뎀을 이용하여 전화선에 걸쳐 명령어를 송신할 수 있다. 컴퓨팅 시스템(100)에 근거리의 모뎀은 전화선에서 데이터를 수신하고 데이터를 적외선 신호로 변환하기 위해 적외선 송신기를 이용할 수 있다. 버스(102)에 커플링된 적외선 검출기는 적외선 신호에서 운반된 데이터를 수신하고 버스(102)에 데이터를 위치시킬 수 있다. 버스(102)는 데이터를 메모리(106)로 운반하고, 이 메모리로부터 프로세서(104)는 명령어를 검색하고 실행한다. 메모리(106)가 수신한 명령어는 프로세서(104)에 의한 실행 전에 또는 후에 저장 장치(110)에 임의로 저장될 수 있다.
명확성의 목적을 위해, 상기 설명은 상이한 기능 유닛 및 프로세서와 관련하여 본 발명의 기재된 실시형태를 갖는 것으로 이해될 것이다. 그러나, 상이한 기능 유닛, 프로세서 또는 도메인 사이의 기능성의 임의의 적합한 분포는 본 발명으로부터 손상됨이 없이 사용될 수 있다는 것이 명확할 것이다. 예를 들어, 별개의 프로세서 또는 컨트롤러가 수행하고자 하는 예시된 기능성은 동일한 프로세서 또는 컨트롤러에 의해 수행될 수 있다. 그러므로, 특정한 기능 유닛에 대한 언급은, 엄격한 논리적 또는 물리적 구조 또는 조직화를 표시하기보다는, 기재된 기능성을 제공하기에 적합한 수단에 대한 언급으로서 보일 뿐이다.
연속 변수에 의한 색상 코딩
본 교시내용의 다양한 실시형태에 따르면, 사용자는 예를 들어 FAM 및 VIC의 통계 분포를 조사하기 위해 품질값에 의해 데이터의 공간 분포를 산출할 수 있다. 이후, 사용자는 품질값의 방식으로 데이터를 선택할 수 있다.
품질값은 프로세서에 의해 결정된 숫자 값일 수 있어서, 데이터의 품질을 나타낸다. 품질값은 사용자가 실험이 성공적인지를 결정하기 위해 의지하도록 사용할 수 있는 신뢰 값을 나타낼 수 있다. 예를 들어, 반응에서 명확하게 증폭된 표적 핵산은 성공적인 증폭에 기대되는 신호를 생성할 수 있다. 이 반응으로부터의 데이터는 우수한 품질값이 배정될 수 있어서, 데이터가 신뢰할만하다고 사용자가 확신을 가질 수 있다는 것을 나타낸다. 반면, 불량한 품질을 나타내는 품질값은 증폭이 발생하는지를 프로세서가 결정할 수 있다는 것을 나타낼 수 있지만, 오류가 있을 수 있다는 것을 나타낼 수 있는 다른 지표가 존재할 수 있다. 그러므로, 불량한 품질을 나타내는 품질값은 데이터가 신뢰할만하지 않을 수 있다는 것을 사용자에게 나타낼 수 있다.
다양한 실시형태에 따르면, 품질값은 지시자(indicator)에 의해 표시될 수 있다. 지시자는 다양한 실시형태에서 색상일 수 있다. 예로서, 우수한 품질값은 녹색 색상으로 표시될 수 있고, 불량한 품질값은 적색 색상으로 표시될 수 있고, 녹색 및 적색의 상이한 음영은 품질값의 범위를 나타낸다.
상기 시스템은 공간 포맷에서 품질값 및 연관된 지시자를 디스플레이할 수 있다. 예를 들어, 도 2에 예시된 것처럼, 공간 포맷은 칩(200)의 표시에 데이터를 디스플레이할 수 있다. 따라서, 각각의 데이터 점은 칩에서 신호가 얻어진 상대 위치에서 디스플레이된다. 이후, 사용자는 전체 칩에 걸쳐 데이터 품질을 시각화할 수 있다.
도 2의 예에서, 칩 표시(200)는 색상이 품질값에 배정된 2차원 그리드에서 위치를 색상표시한다. 칩 표시(200) 아래의 색상 막대는 고품질 데이터(210)의 지시자 및 저품질 데이터(214)의 지시자를 나타낸다. 우수한 품질 데이터(212)는 칩 표시(200)에서 녹색 색상에 의해 표시된다. 불량한 품질 데이터(216)는 칩 표시(200)에서 적색 색상에 의해 표시된다. 사용자는, 품질값 한계치(212)를 초과하는 품질값을 갖는 데이터만을 나타내도록 데이터의 디스플레이를 변경하는, 품질값 한계치(212)를 설정할 수 있다. 도 2에 예시된 예에서, 0.02를 초과하는 품질값을 갖는 데이터가 디스플레이될 것이다. 0.02 아래의 품질값을 갖는 데이터는 디스플레이되지 않고, 칩 표시(200)에서 흰색 배경으로 보인다.
도 2는 또한 다양한 실시형태에서 사용자에게 디스플레이될 수 있는 히스토그램 도면(202)을 예시한다. 히스토그램 도면은 독립적으로 또는 칩 표시(200)와 함께 보일 수 있다. FAM 히스토그램 도면(220)은 데이터의 품질값, 및 호출을 예시한다. 데이터의 호출은 데이터가 표적 핵산의 양 또는 음의 증폭을 나타내는지를 시스템이 결정하는 경우를 의미한다. FAM 히스토그램 도면(220)은 FAM과 연관된 표적 핵산의 복수의 반응 부위로부터의 데이터의 양 또는 음의 호출을 나타내지만, VIC 히스토그램 도면(230)은 VIC와 연관된 표적 핵산의 복수의 반응 부위로부터의 데이터의 양 또는 음의 호출을 나타낸다. FAM 히스토그램 도면(220) 및 VIC 히스토그램 도면(230)의 x축은 반응 부위의 형광값을 나타내고, y축은 특정한 형광값을 갖는 반응 부위의 수를 나타낸다. 음의 호출은 낮은 형광값을 가질 것이지만, 양의 호출은 더 높은 형광값을 가질 것이다. 따라서, 2개의 피크(1개의 음의 호출 및 1개의 양의 호출)은 사용자에 의해 일반적으로 시각화될 수 있다.
FAM 히스토그램 도면(220) 및 VIC 히스토그램 도면(230)은 또한 데이터의 품질값을 사용자에게 표시할 수 있다. 우수한 품질 데이터는 녹색 색상 지시자에 의해 표시될 수 있고, 불량한 품질 데이터는 적색 색상 지시자에 의해 표시될 수 있다.
상기 언급된 바대로, FAM 히스토그램 도면(220) 및 VIC 히스토그램 도면(230)과 함께 칩 표시(200)를 디스플레이하는 것은 정보를 계산하기 위해 사용된 데이터의 세트를 사용자가 조정할 수 있도록 사용자에게 데이터의 품질 및 양 및 음의 호출에 관한 정보를 제공할 수 있다. 예를 들어, 사용자는 이의 실험으로부터 불량한 품질 데이터를 제거하면서 동시에 데이터의 품질을 양 및 음의 호출과 균형화할 수 있다. 이러한 방식으로, 사용자는 데이터 세트의 신뢰 및 신뢰도와 관련된 판단을 할 수 있다. 칩 표시(200), FAM 히스토그램 도면(220) 및 VIC 히스토그램 도면(230)은 품질 한계치(212)의 사용자의 조정을 나타내도록 동적으로 변경될 수 있다.
도 3은 품질 한계치(312)가 0.38로 오를 때 도 2에서 시각화된 동일한 데이터를 보여준다. 0.38보다 낮은 품질값을 갖는 데이터가 더 이상 디스플레이되지 않으므로, 더 많은 데이터 점이 흰색 배경 색상이 배정된다는 것이 관찰될 수 있다. 이 배정의 결과는 더 진한 적색인 점(더 낮은 품질)이 그래프에서 제거된다는 것이다.
다시 도 2를 참조하여, FAM 및 VIC 히스토그램 도면(220, 230)은 FAM 및 VIC의 통계 분포를 나타낸다. 히스토그램에 도시된 색상은 품질값을 암호화한다. FAM 히스토그램 도면(220)에서의 소정의 빈(bin)의 경우, 그 빈에 대한 FAM 간격 내의 점, 더 높은 품질값을 갖는 점의 계수치는 빈의 그래프 열에서 더 낮게 표시되어 있고, 더 낮은 품질값을 갖는 점의 계수수는 빈의 그래프 열에서 더 높게 표시되어 있다. 이렇게 함으로써, 품질 한계치가 변하면서, FAM의 통계 분포에 대한 영향을 관찰하는 것이 쉽다. 예를 들어, 품질 한계치를 올림으로써, 도 2의 히스토그램의 상부에 달려 있는 적색의 띠(fringe)가 제거되어, 도 3에 도시된 상부에서의 황색의 띠만이 남는다.
별개의 변수에 의한 색상 코딩
다양한 실시형태에 따르면, 도 4는 양 및 음의 호출의 공간 분포, 및 FAM 및 VIC 데이터 중에서 양 및 음의 호출의 통계 분포의 디스플레이를 예시한다. 이 예에서, 반응 부위로부터의 데이터 점의 호출을 사용자에게 디스플레이하도록 지시자가 사용된다. 예를 들어, 색상 지시자는 공간 포맷(칩 표시(400)) 및 FAM 히스토그램 도면(420) 및 VIC 히스토그램 도면(430)에서 호출에 디스플레이된다. 칩 표시(400), FAM 히스토그램 도면(420) 및 VIC 히스토그램 도면(430)은 개별적으로 또는 서로에 따라 디스플레이될 수 있다.
도 4에서, FAM 호출은 제1 지표자(402)에 의해 표시되고, VIC 호출은 제2 지표자(404)에 의해 표시되고, FAM 및 VIC 신호 둘 다를 포함하는 반응 부위는 제3 지시자(406)에 의해 표시되고, 음의 호출은 제4 지시자(408)에 의해 표시된다. 몇몇 실시형태에서 지시자는 상이한 색상일 수 있다.
도 4의 예에서, 칩 표시(400)는 칩 표시(400)의 영역(412)에서 FAM 및 VIC 신호를 갖는 몇몇 데이터 점이 존재한다는 것을 보여준다. 영역(412)은 칩 표시(400)의 중앙에서 스트립(strip)인 것으로 보인다. 추가로, 대부분의 VIC 호출은 칩 표시(400)의 영역(410)에서 보인다. 영역(414)은 몇몇 음의 호출을 보여준다. dPCR에서, 이들 유형의 호출(VIC의 경우 양, FAM의 경우 양, VIC 및 FAM의 경우 양, 및 음의 호출) 모두가 도 4에 도시된 다양한 영역에서 무리짓기보다는 기질(substrate)에 걸쳐 균일하게 분포되어야 하는 것이 기대된다. 이러한 방식으로, 사용자는 호출의 유형을 시각화하고 아마도 이 데이터 세트에 의해 잘못된 것이 있다는 결론에 도달할 수 있다. 추가로, 사용자는 이후 FAM 히스토그램 도면(420) 및 VIC 히스토그램(430)을 검토하고 이 데이터 내에 몇몇 오류가 있다는 이들의 결론을 확신할 수 있다. FAM 및 VIC 히스토그램 도면(420 및 430)은 사용자에 의해 조정 가능한 슬라이더 버튼(slider button)(432)을 또한 포함한다. 사용자는, 도 4의 디스플레이를 볼 때, 양 및 음의 호출을 결정하기 위해 사용되는 프로세서의 형광 한계치가 정확하지 않는다는 것을 깨달을 수 있다. 이후, 사용자는 이들이 형광 한계치가 있어야 한다고 믿는 곳에 슬라이더 버튼을 조정할 수 있고, 프로세서는 이후 결과를 재계산할 것이다. 슬라이더 버튼(432)은 도 5에 예시되어 있다.
다시 도 4를 참조하여, VIC 히스토그램 도면(430)에서 슬라이더 버튼(432)은 부정확한 위치인 것으로 보인다. 사용자는 슬라이더 버튼(432)을 선택하고, 양 및 음의 호출을 결정하기 위한 형광 한계치가 이전에 설정된 것보다 낮은 형광 수준에 있도록 이것을 왼쪽으로 조정할 수 있다. 도 6은 더 정확한 형광 한계치를 예시한다.
산란 도표 도면
본 교시내용의 다양한 실시형태에 따르면, 데이터의 통계 특징은 또한 산란 도표를 사용하여 나타날 수 있다. 예를 들어, 산란 도표에 의해, 품질값, 및 VIC 및 FAM 형광 호출이 시각화될 수 있다. 도 7은 칩 표시(700) 및 산란 도표(720)를 예시한다. 칩 표시(700) 및 산란 도표(720)는 별도로 및 서로와 함께 디스플레이될 수 있다.
산란 도표(720)는 FAM 형광값을 나타내는 y축 및 VIC 형광값을 나타내는 x축을 갖는다. 반응 부위로부터의 데이터가 증폭을 나타내지 않는 경우, FAM 및 VIC 형광은 최소 값이어야 한다. 그러므로, 데이터 점은 산란 도표(720)의 하부 왼쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 데이터 점 클러스터(722)는 음의 호출이거나, 이의 각각의 반응 부위에 대한 증폭을 갖지 않는 것으로 결정될 수 있는 데이터를 나타낸다.
반응 부위가 FAM 염료에 의해 표지된 오직 표적 핵산의 증폭을 갖는 경우, FAM의 형광값(y축)이 존재할 것이지만, VIC 신호(x축)는 최소일 것이다. 따라서, FAM 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점은 산란 도표(720)의 상부 왼쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 데이터 클러스터(724)는 FAM 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점을 나타낸다.
유사하게, 반응 부위가 VIC에 의해 표지된 오직 표적 핵산의 증폭을 갖는 경우, FAM 형광값(y축)은 최소일 것이지만, VIC 형광값(x축)은 상당할 것이다. 따라서, VIC 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점은 산란 도표(720)의 하부 오른쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 데이터 클러스터(726)는 VIC 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점을 나타낸다.
반응 부위가 FAM과 연관된 표적 핵산 및 VIC와 연관된 표적 핵산 둘 다를 함유하는 경우, FAM 및 VIC 형광 신호 둘 다가 상당할 것이다. 그러므로, FAM 및 VIC 둘 다를 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점은 산란 도표(720)의 상부 오른쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 그러므로, 데이터 클러스터(728)는 FAM 및 VIC 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점을 나타낸다.
도 7은 디스플레이된 데이터가 0의 품질 수준보다 높다는 것을 또한 예시한다. 품질 한계치는 사용자에 의해 변경될 수 있다. 도 8은 품질 한계치(802)가 0.38에서 설정되므로 0.38을 초과하는 품질값을 갖는 데이터 점을 보여둔다. 품질 한계치(802) 아래의 데이터 점은 칩 표시(800) 및 또한 산란 도표(820)로부터 제거된다.
도 9는 칩 도면(800) 및 산란 도표(820)에서 디스플레이된 동일한 데이터를 보여주지만, 지시자가 각각의 데이터 점의 양 또는 음의 호출을 나타내도록 변경된다. 도 9에서, FAM 호출은 제1 지표자(902)에 의해 표시되고, VIC 호출은 제2 지표자(904)에 의해 표시되고, FAM 및 VIC 신호 둘 다를 포함하는 반응 부위는 제3 지시자(906)에 의해 표시되고, 음의 호출은 제4 지시자(908)에 의해 표시되고, 호출이 프로세서에 의해 결정될 수 없는 반응 부위는 제5 지시자(910)에 의해 표시된다. 몇몇 실시형태에서 지시자는 상이한 색상일 수 있다.
산란 도표(920)는 FAM 형광값을 나타내는 y축 및 VIC 형광값을 나타내는 x축을 갖는다. 반응 부위로부터의 데이터가 증폭을 나타내지 않는 경우, FAM 및 VIC 형광은 최소 값이어야 한다. 그러므로, 데이터 점은 산란 도표(920)의 하부 왼쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 데이터 점 클러스터(922)는 음의 호출이거나, 이의 각각의 반응 부위에 대한 증폭을 갖지 않는 것으로 결정될 수 있는 데이터를 나타낸다. 데이터 클러스터(922)에서의 데이터 점은 대부분 제4 지시자(908)를 나타낸다.
반응 부위가 FAM 염료에 의해 표지된 오직 표적 핵산의 증폭을 갖는 경우, FAM의 형광값(y축)이 존재할 것이지만, VIC 신호(x축)는 최소일 것이다. 따라서, FAM 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점은 산란 도표(920)의 상부 왼쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 데이터 클러스터(924)는 FAM 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점을 나타낸다. 데이터 클러스터(924)에서의 데이터 점은 대부분 제1 지표자(902)를 나타낸다.
유사하게, 반응 부위가 VIC에 의해 표지된 오직 표적 핵산의 증폭을 갖는 경우, FAM 형광값(y축)은 최소일 것이지만, VIC 형광값(x축)은 상당할 것이다. 따라서, VIC 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점은 산란 도표(920)의 하부 오른쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 데이터 클러스터(926)는 VIC 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점을 나타낸다. 데이터 클러스터(926)에서의 데이터 점은 대부분 제2 지표자(904)를 나타낸다.
반응 부위가 FAM과 연관된 표적 핵산 및 VIC와 연관된 표적 핵산 둘 다를 함유하는 경우, FAM 및 VIC 형광 신호 둘 다가 상당할 것이다. 그러므로, FAM 및 VIC 둘 다를 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점은 산란 도표(920)의 상부 오른쪽 코너에 디스플레이될 것이다. 그러므로, 데이터 클러스터(928)는 FAM 및 VIC 형광을 방출하는 반응 부위와 연관된 데이터 점을 나타낸다. 데이터 클러스터(928)에서의 데이터 점은 제3 지시자(908)를 대부분 나타낸다.
산란 도표(920)를 이용하는 사용자는 호출이 정확하게 배정되는지를 결정할 수 있다.
도 10은 호출에 의한 색상을 나타내고, 여기서 호출이 부정확하게 배정되었다는 것이 명확하다. 도면에서 점의 각각의 클러스터는 호출이 정확하게 배정되는 경우 하나의 지시자 유형을 대부분 나타내야 한다. 클러스터(1002)에서, 적어도 2개의 상이한 지시자가 현저하다. 그러므로, 사용자는 디스플레이된 데이터 세트에 문제점이 있을 수 있다는 것을 결정할 수 있다.
도 11은 또 다른 산란 도표(1100)를 또한 예시한다. 데이터 클러스터(1102) 및 데이터 클러스터(1104) 둘 다는 적어도 2개의 지시자의 상당한 양을 갖는다. 산란 도표(1100)를 보는 사용자는 호출이 정확한지 또는 데이터를 생성한 실험에서 오류가 있는지를 결정할 것이다.
본 개시내용의 다양한 실시형태는 데이터에서 이상치를 신속히 발견하는 능력을 사용자에게 제공한다. 예를 들어, 예를 들어, 도 2에서, 낮은 품질값이 히스토그램에 걸쳐 분포되지 않지만, 칩 표시(200)의 하나의 영역 또는 히스토그램 도면(220 및 230)의 하나의 영역에 국소화되는 경우, 사용자는 이의 실험 절차에 의해 시스템 문제가 있는지를 경고받을 것이다. 유사하게, 도 3에 예시된 바와 같은 호출 분포는 데이터 또는 실험에서 일부 오류 없이 있을 것 같지 않다. 그러므로, 본 개시내용의 실시형태는 많은 분량의 데이터 점의 시각화를 허용하고, 사용자가 데이터로부터 유용한 정보를 신속히 및 용이하게 결정하게 한다.
추가로, 본 개시내용의 실시형태는 품질값에 기초하여 사용자가 데이터를 산출하게 한다. 이러한 방식으로, 품질에 기초하여 데이터를 불합격시키는 것의 결과가 예상되고 신속히 관찰될 수 있다.
조밀한 2차원 산란 도표를 보는 것의 하나의 불리한 면은 서로의 상부에 점이 작도된다는 것이다. 이는 배정된 하나의 값을 갖는 점이 배정된 또 다른 부정확한 값을 갖는 점을 완전히 가릴 수 있다는 것을 의미한다. 도 11은 명확히 분리된 점의 4개의 클러스터가 존재해야 하는 경우를 나타내고, 각각의 클러스터는 균일한 색상을 갖는다. 도면의 상부에서의 컨트롤은 감춰진 점 문제를 처리하기 위한 기전을 제공한다. 도 11에서, "모든" 옵션(1106)이 선택된다. 이는 모든 데이터 점이 포어그라운드(foreground)에 있고, 점에 배정된 호출을 둘러싸고 무효로 하는 데 사용된 그래프 도구에 의해 영향을 받을 것이라는 것을 의미한다.
도 12는 "Amp 무" 옵션(1202)이 선택되는 경우 디스플레이되는 데이터 점을 예시한다. 음의 호출이 결정되거나, 표적 핵산의 증폭이 검출되지 않는 점만이 디스플레이된다.
도 13은 "FAM" 옵션(1302)이 선택되는 동일한 데이터를 나타낸다. 도 12 및 도 13을 비교하면, 많은 "Amp 무" 점이 도 12에서 가려진다는 것이 명확하다. 모든 "Amp 무" 점을 포어그라운드에 가져옴으로써, 이들 모두는 노출되고 그래프 도구를 이용하여 호출 배정을 무효로 하도록 활성화된다. 사용자는 초기에 "Amp 무" 호출이 배정된 모든 점이 보정된다(사용자가 그렇게 일단 하면)는 것이 보장될 수 있다. 이후, 사용자는 필요한 경우 다른 호출 및 정확한 호출을 계속해서 선택할 것이다. 모든 호출 유형을 통해 이동한 후, 사용자는 모든 호출이 정확하다는 것이 보장될 수 있다.
다양한 실시형태에 따른 방법 및 시스템은 다른 방법을 이용하여 모든 데이터 점을 분석하는 데 필요한 시간 및 노력 없이 품질 및 호출을 사용자가 신속히 및 용이하게 산출하도록 할 수 있다. 사용자가 "모든" 옵션이 선택되는 도 11에 도시된 옵션을 가져야 할 뿐인 경우, 사용자는 점의 각각의 구역(구역에서 부정확한 호출인 것으로 보이는지 아니든지)을 둘러싸고 그 구역에 정확한 호출 값을 배정할 의무가 있다. 포어그라운드에 한번에 하나의 호출을 가져올 뿐인 옵션을 가짐으로써, 사용자는 그래프의 작은 부분에 수동 보정을 수행할 필요가 있을 뿐이다. 도 13은, "FAM" 호출의 경우에, 점의 오직 2개의 작은 영역이 보정될 필요가 있다는 것을 보여준다.
본 발명이 소정의 예시적인 실시형태, 실시예 및 적용과 관련하여 기재되어 있지만, 본 발명으로부터 손상됨이 없이 다양한 변형 및 변화가 이루어질 수 있다는 것이 당해 분야의 당업자에게 명확할 것이다.

Claims (30)

  1. 데이터 시각화를 생성하는 방법으로서,
    제1 지표에 의해 제1 데이터 품질 수준의 복수의 데이터 점의 제1 부분을 생성하는 단계;
    제2 지표에 의해 품질 한계치(quality threshold)에 의해 결정된 제2 데이터 품질 수준의 상기 복수의 데이터 점의 제2 부분을 생성하는 단계;
    상기 복수의 데이터 점이 얻어진 위치의 표시(representation)에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분을 디스플레이하는 단계;
    상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분을 포함하는 상기 표시와 함께 히스토그램(histogram)을 디스플레이하는 단계를 포함하는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 품질 한계치가 조정되어, 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분이 조정되게 하는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  3. 제1항에 있어서, 상기 제1 지표는 제1 색상이고, 상기 제2 지표는 제2 색상인, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  4. 제1항에 있어서, 상기 제1 데이터 품질 수준 및 제2 데이터 품질 수준은 각각 데이터 품질값의 범위를 포함하는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  5. 제1항에 있어서, 상기 복수의 데이터 점은 기질 내 복수의 반응 부위로부터의 형광 방출을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  6. 제5항에 있어서, 상기 형광 방출은 표적 핵산의 양의 또는 음의 증폭을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  7. 제1항에 있어서, 상기 히스토그램은 형광 방출값들에 의해 분류된(binned) 많은 데이터 점을 디스플레이하는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  8. 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템으로서,
    메모리; 및
    프로세서를 포함하되,
    상기 프로세서는,
    제1 지표에 의해 제1 데이터 품질 수준의 복수의 데이터 점의 제1 부분을 생성하고;
    제2 지표에 의해 품질 한계치에 의해 결정된 제2 데이터 품질 수준의 복수의 데이터 점의 제2 부분을 생성하고;
    상기 복수의 데이터 점이 얻어지는 위치의 표시에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분을 디스플레이하고;
    상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분을 포함하는 상기 표시와 함께 히스토그램을 디스플레이하기 위한 것인, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  9. 제8항에 있어서, 상기 품질 한계치가 조정되어, 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분이 조정되게 하는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  10. 제8항에 있어서, 상기 제1 지표는 제1 색상이고, 상기 제2 지표는 제2 색상인, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  11. 제8항에 있어서, 상기 제1 데이터 품질 수준 및 제2 데이터 품질 수준은 각각 데이터 품질값의 범위를 포함하는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  12. 제8항에 있어서, 상기 복수의 데이터 점은 기질 내 복수의 반응 부위로부터의 형광 방출을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  13. 제12항에 있어서, 상기 형광 방출은 표적 핵산의 양의 또는 음의 증폭을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  14. 제8항에 있어서, 상기 히스토그램은 형광 방출값들에 의해 분류된 많은 데이터 점을 디스플레이하는, 시스템.
  15. 데이터 시각화를 생성하기 위하여, 프로세서에 의해 실행 가능한, 명령어들에 의해 암호화된 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체로서, 상기 명령어들은,
    제1 지표에 의해 제1 데이터 품질 수준의 복수의 데이터 점의 제1 부분을 생성하기 위한 명령어;
    제2 지표에 의해 품질 한계치에 의해 결정된 제2 데이터 품질 수준의 복수의 데이터 점의 제2 부분을 생성하기 위한 명령어;
    상기 복수의 데이터 점이 얻어지는 위치의 표시에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분을 디스플레이하기 위한 명령어; 및
    상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분을 포함하는 상기 표시와 함께 히스토그램을 디스플레이하기 위한 명령어를 포함하는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  16. 제15항에 있어서, 상기 품질 한계치가 조정되어, 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분 및 상기 제2 부분이 조정되게 하는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  17. 제15항에 있어서, 상기 제1 지표는 제1 색상이고, 상기 제2 지표는 제2 색상인, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  18. 제15항에 있어서, 상기 제1 데이터 품질 수준 및 제2 데이터 품질 수준은 각각 데이터 품질값의 범위를 포함하는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  19. 제15항에 있어서, 상기 복수의 데이터 점은 기질 내 복수의 반응 부위로부터의 형광 방출을 나타내는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  20. 제19항에 있어서, 상기 형광 방출은 표적 핵산의 양의 또는 음의 증폭을 나타내는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  21. 제15항에 있어서, 상기 히스토그램은 형광 방출값들에 의해 분류된 많은 데이터 점을 디스플레이하는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  22. 데이터 시각화를 생성하는 방법으로서,
    복수의 반응 부위로부터, 제1 유형의 염료 및 제2 유형의 염료에 대한 정보를 포함하는 형광 방출값들과 관련된 복수의 데이터 점을 수신하는 단계;
    상기 복수의 반응 부위의 위치의 표시에 상기 제1 유형의 염료와 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하는 단계;
    상기 표시에 상기 제2 유형의 염료와 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하는 단계;
    산란 도표 디스플레이(scatter plot display)에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분을 디스플레이하는 단계; 및
    상기 산란 도표 디스플레이에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제2 부분을 디스플레이하는 단계를 포함하되,
    상기 산란 도표는 y축 상에 상기 제1 염료와 관련된 형광값들을 그리고 x축 상에 상기 제2 염료와 관련된 형광값들을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  23. 제22항에 있어서, 상기 제1 유형의 염료로부터의 형광 방출의 존재는 제1 표적 핵산의 증폭을 나타내고, 상기 제2 유형의 염료로부터의 형광 방출의 존재는 제2 표적 핵산의 증폭을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  24. 제23항에 있어서, 상기 제1 유형의 염료 및 상기 제2 유형의 염료의 검출과 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제3 부분을 디스플레이하는 단계를 추가로 포함하되, 상기 제1 유형의 염료 및 상기 제2 유형의 염료와 관련된 데이터 점들은 상기 제1 표적 핵산 및 상기 제2 표적 핵산의 증폭을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하는 방법.
  25. 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템으로서,
    메모리; 및
    프로세서를 포함하되,
    상기 프로세서는,
    복수의 반응 부위로부터, 제1 유형의 염료 및 제2 유형의 염료에 대한 정보를 포함하는 형광 방출값들과 관련된 복수의 데이터 점을 수신하고;
    상기 복수의 반응 부위의 위치의 표시에 상기 제1 유형의 염료와 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하고;
    상기 표시에 상기 제2 유형의 염료와 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하고;
    산란 도표 디스플레이에 상기 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하고; 그리고
    상기 산란 도표 디스플레이에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제2 부분을 디스플레이하기 위한 것이며,
    상기 산란 도표는 y축 상에 상기 제1 염료와 관련된 형광값을 그리고 x축 상에 상기 제2 염료와 관련된 형광값을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  26. 제25항에 있어서, 상기 제1 유형의 염료로부터의 형광 방출의 존재는 제1 표적 핵산의 증폭을 나타내고, 상기 제2 유형의 염료로부터의 형광 방출의 존재는 제2 표적 핵산의 증폭을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  27. 제26항에 있어서, 상기 제1 유형의 염료 및 상기 제2 유형의 염료의 검출과 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제3 부분을 디스플레이하는 단계를 추가로 포함하고, 상기 제1 유형의 염료 및 상기 제2 유형의 염료와 관련된 데이터 점들은 상기 제1 표적 핵산 및 상기 제2 표적 핵산의 증폭을 나타내는, 데이터 시각화를 생성하기 위한 시스템.
  28. 데이터 시각화를 생성하기 위하여, 프로세서에 의해 실행 가능한, 명령어들에 의해 암호화된 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체로서, 상기 명령어들은,
    복수의 반응 부위로부터, 제1 유형의 염료 및 제2 유형의 염료에 대한 정보를 포함하는 형광 방출값들과 관련된 복수의 데이터 점을 수신하기 위한 명령어;
    상기 복수의 반응 부위의 위치의 표시에 상기 제1 유형의 염료와 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제1 부분을 디스플레이하기 위한 명령어;
    상기 표시에 상기 제2 유형의 염료와 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제2 부분을 디스플레이하기 위한 명령어;
    산란 도표 디스플레이에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제1 부분을 디스플레이하기 위한 명령어; 및
    상기 산란 도표 디스플레이에 상기 복수의 데이터 점의 상기 제2 부분을 디스플레이하기 위한 명령어를 포함하며,
    상기 산란 도표는 y축 상에 상기 제1 염료와 관련된 형광값을 그리고 x축 상에 상기 제2 염료와 관련된 형광값들을 나타내는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  29. 제28항에 있어서, 상기 제1 유형의 염료로부터의 형광 방출의 존재는 제1 표적 핵산의 증폭을 나타내고, 상기 제2 유형의 염료로부터의 형광 방출의 존재는 제2 표적 핵산의 증폭을 나타내는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
  30. 제29항에 있어서, 상기 제1 유형의 염료 및 상기 제2 유형의 염료의 검출과 관련된 상기 복수의 데이터 점의 제3 부분을 디스플레이하기 위한 명령어를 추가로 포함하되, 상기 제1 유형의 염료 및 상기 제2 유형의 염료와 관련된 데이터 점들은 상기 제1 표적 핵산 및 상기 제2 표적 핵산의 증폭을 나타내는, 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체.
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