KR20150019027A - Multiplex assay kit for analyzing personal genome SNP and method using the same - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 개인 유전체 SNP(single nucleotide polymorphism) 를 다중 분석하는 기술에 관한 것으로, 상기 분석에 사용되는 프라이머 세트와 프로브 세트, 및 이들을 포함하는 키트에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 개인 유전체 SNP 분석용 키트를 활용하여 특정 유전자들을 분석함으로써, 유전형에 따른 질병감수성, 약물반응성, 유전질환 또는 신체특성에 대한 예측 등을 용이하게 분석하는 방법에 관한 것이다.TECHNICAL FIELD The present invention relates to a technique for multiple analysis of a single genome SNP (single nucleotide polymorphism), a primer set and a probe set used in the analysis, and a kit containing the same. The present invention also relates to a method for easily analyzing disease susceptibility, drug reactivity, genetic disease, or physical characteristics according to genotypes by analyzing specific genes using a kit for analyzing SNPs of individual genomes.
인간유전체 염기서열 전체가 모두 해독된 후, 질병과의 연관성을 밝히기 위하여, 개인별 및 인종별 다양성을 기반으로 나타나는 단일 염기쌍의 차이에 대한 SNP(single nucleotide polymorphism) 연구가 활발히 진행되고 있다. 인간 유전자의 99.9%는 일치하나, 0.1~0.5%의 SNP 및 CNV(copy number variation) 등의 차이로 인해 체질, 외모, 질병 등 개인별 및 인종별 유전적 특성이 나타나며, 사람마다 동일한 약을 사용해도 약의 효능과 약효, 반응 등이 다르게 나타나는 것도 SNP, CNV 등의 차이 때문으로 알려져 있다.After all the human genome sequences have been decoded, research on single nucleotide polymorphism (SNP) has been actively conducted on differences in single base pairs based on individual and racial diversity in order to clarify the relationship with disease. 99.9% of the human genes are identical, but genetic characteristics such as constitution, appearance, and disease are shown by individual and ethnic genetic characteristics due to differences in SNP and copy number variation (CNV) of 0.1-0.5% It is known that drug efficacy, drug efficacy, and reaction are different due to differences in SNP and CNV.
따라서, 축적된 SNP 연구결과를 통해 개인별 신체 특성의 차이는 물론 약물 반응 차이, 특정 질환에 대한 감수성, 민족의 이동경로 등 역사적 문제까지 넓은 분야에 활용 가능하다.Therefore, it is possible to apply the accumulated SNP study results to various fields such as differences in physical characteristics of individuals, historical differences such as differences in drug response, susceptibility to specific diseases, and migration routes of ethnic groups.
또한, 유전체 분석 기술의 비약적인 발달과 분석 비용의 하락으로 인해 개인유전체 분석 산업은 연구 수준을 넘어 일반인을 상대로 한 비즈니스 영역으로 확대되고 있다. 이미 선진국에서는 23andMe, Knome, deCODEme, Navigenics, Counsyl 및 Pathway Genomics 등 다양한 회사들이 개인 유전체 분석 서비스를 제공하여 DCT(Direct to Consumer Genetic Test)로써 상업화와 대중화가 가속화되고 있다. 이러한 개인 맞춤(personalized)제품 및 서비스의 등장으로 단순히 치료 효과를 극대화시킬 뿐만 아니라 질병의 예측이나 예방 측면에서 일반 소비자가 주체가 되는 헬스케어 활동이 직접적으로 가능하게 되고 있다.In addition, due to the breakthrough of genome analysis technology and the drop in analysis cost, the individual genome analysis industry has been extended beyond the research level to business areas for the general public. Already in developed countries, various companies such as 23andMe, Knome, deCODEme, Navigenics, Counsyl and Pathway Genomics provide personal genome analysis service, and commercialization and popularization as DCT (Direct to Consumer Genetic Test) is accelerating. With the advent of personalized products and services, it is possible not only to maximize the therapeutic effects, but also to directly enable healthcare activities that are subject to general consumers in terms of disease prediction and prevention.
그러나, 종래의 개인 맞춤형 다중 분자 진단 기술은 플랫폼 기술개발 위주로 이루어져있어, 소프트웨어에 해당하는 바이오마커 내지는 플랫폼 기술과 연계된 컨텐츠의 개발이 절실히 요구되고 있는 상황이다.However, the conventional personalized multimolecular diagnostic technology is mainly focused on development of platform technology, and development of contents linked with biomarker or platform technology corresponding to software is desperately required.
이러한 상황 하에, 본 발명은 다중 PCR 기술을 접목하여 개인 유전체 SNP들의 동시 검출이 가능한 다중진단 키트를 제공하여, 실제 진단 목적으로의 산업화가 가능하도록 개발되었다. 보다 상세하게, 본 발명은 개인 유전체 SNP 의 다중 분석에 사용되는 프라이머 세트와 프로브 세트, 및 이들을 포함하는 키트를 제공하며, 실제 진단 현장에서 이용될 수 있는 다중 SNP 분석 방법을 제공한다. Under such circumstances, the present invention has been developed to provide a multi-diagnostic kit capable of simultaneous detection of individual genome SNPs by combining multiple PCR techniques, enabling industrialization for actual diagnostic purposes. More specifically, the present invention provides primer sets and probe sets used in multiple assays of individual genomic SNPs, and kits containing them, and provides a method for multiple SNP analysis methods that can be used in actual diagnostic sites.
본 발명의 하나의 목적은 개인 유전체 SNP 분석을 위한 다중 중합효소연쇄반응(multiplex PCR)용 프라이머 세트를 제공하는 것이다.One object of the present invention is to provide a set of primers for multiplex PCR for the analysis of individual genomic SNPs.
본 발명의 또 하나의 목적은 개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 프로브 세트를 제공하는 것이다.It is another object of the present invention to provide a set of probes for multiple analysis of a personal genomic SNP.
본 발명의 또 하나의 목적은 상기 프라이머 세트 및 프로브 세트를 포함하는, 개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 키트를 제공하는 것이다.It is another object of the present invention to provide a kit for multiplex analysis of a personal genomic SNP comprising the primer set and the probe set.
본 발명의 또 하나의 목적은 상기 프라이머 세트 및 프로브 세트를 이용한 다중 PCR 기반의 개인 유전체 SNP 의 다중 분석 방법을 제공하는 것이다.It is another object of the present invention to provide a method for multiplex analysis of a multiple genomic PCR-based individual genome SNP using the primer set and the probe set.
본 발명은 개인 유전체 SNP 를 다중 분석하는 기술에 관한 것으로, 상기 분석에 사용되는 프라이머 세트와 프로브 세트, 및 이들을 포함하는 키트에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 개인 유전체 SNP 분석용 키트를 활용하여 특정 유전자들을 분석함으로써, 유전형에 따른 질병감수성, 약물반응성, 유전질환 또는 신체특성에 대한 예측 등을 용이하게 분석하는 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a technique for multiple analysis of individual genomic SNPs, a primer set and a probe set used in the analysis, and a kit comprising the same. The present invention also relates to a method for easily analyzing disease susceptibility, drug reactivity, genetic disease, or physical characteristics according to genotypes by analyzing specific genes using a kit for analyzing SNPs of individual genomes.
본 발명에서는 다중 분석 대상이 되는 표적 SNP 마커로서 과학적으로 널리 인정되며 질병감수성, 약물반응성, 유전질환 및 신체특성에 대한 예측이 가능한 총 32종의 SNP 마커를 선정하고, 이들 SNP 마커들의 동시 검출이 가능한 플랫폼을 구성하고, 최적화 과정을 통해 분석 조건을 확립하였다. 또한, 분석 결과를 통해 확보한 유전형과 질병감수성, 약물반응성, 유전질환, 신체 특성에 대한 예측 정보를 매칭시켜서 한국인에게 최적화된 독창적인 분석 결과를 제공하도록 컨텐츠를 확보하였다. 최종 선별한 32 종의 유전자들의 기능별 분류와 특징은 실시예의 표 1에 나타내었다.In the present invention, a total of 32 SNP markers, which are scientifically widely recognized as target SNP markers to be subjected to multiple analysis and capable of predicting disease susceptibility, drug reactivity, genetic diseases and physical characteristics, are selected and the simultaneous detection of these SNP markers A possible platform was constructed, and analysis conditions were established through optimization process. In addition, the contents were acquired to provide unique analysis results optimized for Koreans by matching predicted information on genotype, disease susceptibility, drug reactivity, genetic disease and physical characteristics obtained from the analysis results. The functional classification and characteristics of the 32 selected genes are shown in Table 1 of the examples.
하나의 양태로서, 본 발명은 상기 32종의 유전자들을 동시에 증폭하기 위한 프라이머 세트를 제공한다. In one embodiment, the present invention provides a set of primers for simultaneously amplifying the 32 genes.
바람직하게, 상기 프라이머 세트는,Preferably, the primer set includes:
서열번호 1 및 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 3 및 서열번호 4의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 5 및 서열번호 6의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 7 및 서열번호 8의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 9 및 서열번호 10의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 11 및 서열번호 12의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트;A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, A primer set comprising a primer pair consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, a pair of primers consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, and a pair of primers consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12;
서열번호 13 및 서열번호 14의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 15 및 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 17 및 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 19 및 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 21 및 서열번호 22의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 23 및 서열번호 24의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트;A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 16, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17 and SEQ ID NO: 18, A pair of primers consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 20, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 21 and SEQ ID NO: 22, and a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO:
서열번호 25 및 서열번호 26의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 27 및 서열번호 28의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 29 및 서열번호 30의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 31 및 서열번호 32의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 33 및 서열번호 34의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 35 및 서열번호 36의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 37 및 서열번호 38의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트;A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 33 and SEQ ID NO: 34, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 35 and SEQ ID NO: 36, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: A primer set comprising a primer pair consisting of a sequence;
서열번호 39 및 서열번호 40의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 41 및 서열번호 42의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 43 및 서열번호 44의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 45 및 서열번호 46의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 47 및 서열번호 48의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 49 및 서열번호 50의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트; 및A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 39 and SEQ ID NO: 40, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 41 and SEQ ID NO: 42, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 43 and SEQ ID NO: A primer set comprising a primer pair consisting of a base sequence of SEQ ID NO: 46, a primer pair consisting of a base sequence of SEQ ID NO: 47 and SEQ ID NO: 48, and a pair of primers consisting of a base sequence of SEQ ID NO: 49 and SEQ ID NO: 50; And
서열번호 51 및 서열번호 52의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 53 및 서열번호 54의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 55 및 서열번호 56의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 57 및 서열번호 58의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 59 및 서열번호 60의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 61 및 서열번호 62의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 63 및 서열번호 64의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는, 다중 중합효소연쇄반응(multiplex PCR)용 프라이머 세트일 수 있다.A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 51 and SEQ ID NO: 52, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 53 and SEQ ID NO: 54, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 55 and SEQ ID NO: 56, A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 59 and SEQ ID NO: 60, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 61 and SEQ ID NO: 62 and a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: And a primer set comprising a pair of primers consisting of a sequence selected from the group consisting of primers set for multiplex PCR.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 32종의 유전자 상의 SNP를 검출하기 위한 프로브 세트를 제공한다.In another aspect, the present invention provides a probe set for detecting SNPs on 32 kinds of genes.
바람직하게, 상기 프로브 세트는,Preferably, the probe set includes:
서열번호 65 내지 서열번호 78의 염기서열로 이루어진 프로브 세트;A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 65 to SEQ ID NO: 78;
서열번호 79 내지 서열번호 92의 염기서열로 이루어진 프로브 세트;A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 79 to SEQ ID NO: 92;
서열번호 93 내지 서열번호 106의 염기서열로 이루어진 프로브 세트;A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 93 to SEQ ID NO: 106;
서열번호 107 내지 서열번호 120의 염기서열로 이루어진 프로브 세트; 및A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 107 to SEQ ID NO: 120; And
서열번호 121 내지 서열번호 134의 염기서열로 이루어진 프로브 세트로 이루어진 군에서 선택되는,A probe set consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 121 to SEQ ID NO: 134,
개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 프로브 세트일 수 있다.Or may be a set of probes for multiple analysis of individual genomic SNPs.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 프라이머 세트 및 프로브 세트를 포함하는, 다중 PCR 기반의 개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 키트를 제공한다.In another aspect, the present invention provides a kit for multiplex analysis of a multi-PCR-based individual genomic SNP comprising the primer set and the probe set.
또 하나의 양태로서, 본 발명은In another aspect,
(a) 개인의 시료로부터 추출된 핵산에 제1항의 프라이머 세트를 처리하여 다중 중합효소연쇄반응을 수행하는 단계,(a) treating a nucleic acid extracted from an individual sample with the primer set of
(b) 상기 다중 중합효소연쇄반응 결과 증폭된 산물을 제2항의 프로브 세트와 혼성화 반응을 수행하는 단계,(b) hybridizing the amplified product with the probe set of
(c) 상기 혼성화 반응 결과 반응물을 형광물질과 반응시키는 단계; 및(c) reacting the reactant with the fluorescent material as a result of the hybridization reaction; And
(d) 형광값을 측정하여 개인 유전체 SNP 타입을 확인하는 단계를 포함하는,(d) measuring the fluorescence value to identify the individual genomic SNP type.
개인 유전체 SNP 의 다중 분석 방법을 제공한다.Provides a method for multiple analysis of individual genomic SNPs.
상기 방법에 있어서, 바람직하게 프라이머 세트를 구성하는 프라이머 쌍 중 어느 한 쪽의 프라이머의 말단에 검출가능한 표지가 결합되어 있을 수 있다.In this method, preferably, a detectable label may be bonded to the end of either one of the primer pairs constituting the primer set.
이러한 검출 가능한 표지는 화학적 표지, 효소 표지, 방사능 표지, 형광 표지, 발광 표지, 화학발광 표지, FRET(fluorescence resonance energy transfer) 표지 또는 금속 표지를 사용할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.Such detectable labels may be, but are not limited to, chemical labels, enzyme labels, radioactive labels, fluorescent labels, luminescent labels, chemiluminescent labels, FRET (fluorescence resonance energy transfer) labels or metal labels.
보다 상세하게, 상기 검출 가능한 표지는 비오틴, Cy3, Cy5, 플루오레신, 피코에리트린, 로다민, 리사민, TAMRA, HEX, TET, Dabsyl 또는 FAM 를 예시할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.More specifically, the detectable label may include, but is not limited to, biotin, Cy3, Cy5, fluorescein, phycoerythrin, rhodamine, lisamine, TAMRA, HEX, TET, Dabsyl or FAM.
상기 방법에 있어서, 바람직하게 프로브는 비드에 결합된 것일 수 있다. In the above method, preferably, the probe may be bonded to the bead.
이 때, 상기 비드는 카르복시(carboxyl)기가 결합된 마이크로비드인 것이 바람직하다. 이러한 카르복시 비드에 프로브가 보다 용이하게 결합하기 위하여, 상기 프로브는, 예컨대, 5'-말단에 아민기 및 12-폴리 사이토신(poly-cytosine) 또는 12-폴리 티민(poly-thymine)이 결합되도록 개질될 수 있다.At this time, it is preferable that the bead is a microbead to which a carboxyl group is bonded. In order for the probes to bind more easily to such carboxybids, the probes should be designed such that, for example, an amine group and a 12-poly-cytosine or a 12-poly-thymine are attached at the 5'- Can be modified.
상기 방법에 있어서, 바람직하게, 상기 형광물질이 플루오레신, 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리트린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈데히드 또는 플루오레스카민일 수 있다. 예를 들어, 상기 프로브와 증폭된 시료와의 혼성화 반응정도를 스트렙타아비딘과 결합된 형광물질을 처리하여 형광으로 확인할 수 있다. 예를 들어, 스트렙트아비딘은 비오틴과 특이적으로 결합하므로 시료 중 존재하는 유전자를 형광으로 측정가능하다.In the above method, preferably, the fluorescent substance may be fluorescein, isothiocyanate, rhodamine, picoerythrine, picocyanin, allophycocyanin, o-phthaldehyde or fluorescamine. For example, the degree of hybridization between the probe and the amplified sample can be confirmed by fluorescence by treating the fluorescer combined with streptavidin. For example, streptavidin is specifically bound to biotin, so that the gene present in a sample can be measured by fluorescence.
본 발명의 용어, '프라이머' 란 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로, 상보적인 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약(DNA 중합효소 또는 역전사효소) 및 상이한 4 가지 NTP(nucleoside triphospate)의 존재 하에 DNA 합성을 개시할 수 있다. The term " primer " of the present invention is a nucleic acid sequence having a short free 3 'hydroxyl group, which can form a base pair with a complementary template, Refers to a short nucleic acid sequence that functions as a starting point. Primers can initiate DNA synthesis in the presence of reagents (DNA polymerase or reverse transcriptase) for polymerisation and four different nucleoside triphosphates (NTPs) at appropriate buffer solutions and temperatures.
본 발명의 프라이머 세트는 프라이머의 크기, Tm값, 프라이머의 GC 함량, 프라이머 내의 자가-상보적 서열(self-complementary sequence)에 의한 프라이머의 복합체(dimer) 형성 방지, 같은 염기 서열의 3회 이상 반복 금지 등을 충분히 고려하고, 개인 유전체의 증폭과 SNP 검출의 민감도와 특이도를 최대화할 수 있도록 세심하게 디자인된 것이다.The primer set of the present invention is characterized in that the size of the primer, the Tm value, the GC content of the primer, the formation of a dimer of the primer by a self-complementary sequence in the primer, Inhibition, etc., and are carefully designed to maximize the sensitivity and specificity of amplification of individual genomes and SNP detection.
또한, 본 발명의 프라이머 세트를 구성하는 프라이머 쌍은, 각각 특정 유전자 조각만을 증폭시키고, 각각의 유전자 조각의 증폭이 다음 단계의 분석에 충분할 만큼 이루어지며, PCR 반응시 프라이머 간의 방해가 없이 각 유전자 부위를 동시에 증폭시킬 수 있다. 또한, 상기 프라이머 쌍은 서로 다른 크기의 PCR 증폭 산물을 형성함으로써, 각 유전자의 SNP를 보다 용이하게 확인할 수 있다.In addition, the primer pair constituting the primer set of the present invention amplifies only a specific gene fragment, and amplification of each gene fragment is sufficient for the analysis of the next step. In the PCR reaction, Can be simultaneously amplified. In addition, SNPs of respective genes can be more easily confirmed by forming PCR amplification products having different sizes of the primer pairs.
본 발명의 프라이머는 기본 성질을 변화시키지 않은 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 즉 핵산 서열이 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형될 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 뉴클레오타이드의 하나 이상의 동족체로의 치환 및 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트 또는 카바메이트 등의 하전되지 않은 연결체나 포스포로티오에이트 또는 포스포로디티오에이트 등의 하전된 연결체로의 뉴클레오타이드의 변형이 가능하다. 또한 본 발명의 프라이머 핵산 서열은 검출 가능한 시그날을 직접적 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다.The primers of the present invention may incorporate additional features that do not alter the basic properties. I.e. the nucleic acid sequence can be modified using many means known in the art. Examples of such modifications include, but are not limited to, methylation, capping, substitution of one or more nucleotides into nucleotides, and uncharged linkages such as phosphonates, phosphotriesters, phosphoramidates or carbamates, phosphorothioates or phosphorodithioates Or the like can be transformed into a charged nucleus. The primer nucleic acid sequence of the present invention can also be modified using a label that can directly or indirectly provide a detectable signal.
본 발명의 용어, '프로브' 란 각 SNP 마커의 특이적인 검출이 가능한 짧은 핵산 서열로 수 내지 수십 염기에 해당하는 핵산분자를 의미한다The term " probe " of the present invention means a nucleic acid molecule corresponding to several to several tens bases, which is a short nucleic acid sequence capable of specifically detecting each SNP marker
본 발명에서 제공하는 프로브는 바람직하게는 비드에 결합된 비드어레이 형태로 제공된다. 프로브와 결합되는 비드의 종류는 특별히 제한되지 않으며 비드 어레이의 제조는 당 분야에 공지된 일반적인 방법에 따른다.The probe provided in the present invention is preferably provided in the form of a bead array bonded to beads. The kind of the beads to be combined with the probe is not particularly limited, and the manufacture of the bead array is according to a general method known in the art.
바람직하게, 상기 프로브는 Carboxyl기가 붙어 있는 xMAP microsphere에 결합시키기 위해 5' 말단에 비드의 카르복실기와 공유결합할 수 있는 아민기를 가질 수 있다. 아민기는 바람직하게는 (CH2)n사슬을 통하여 연결된다. 이 때, n은 5 내지 10, 보다 바람직하게는 5 내지 7이다. 또한, 상기 프로브는 PCR 산물과의 결합을 쉽게 하기 위해 5 내지 20개의 사이토신 또는 티민 서열 (예컨대, C12 spacer arm)을 추가로 포함할 수 있다. 본 발명에서는 다형성 검출을 위해 다형성 위치의 염기만 다르고 나머지는 모두 동일한 두 개의 프로브로 하나의 유전자에 대한 유전형을 검출하도록 하였다. 32개 유전자에 대해 모두 64개의 프로브를 디자인하였으며, 그 길이는 18~24 bp까지 조건에 따라 상이하게 제작하였다.Preferably, the probe may have an amine group capable of covalently bonding to the carboxyl group of the bead at the 5 'terminus for binding to xMAP microspheres attached with a carboxyl group. Amine groups are connected through a preferably (CH 2) n chain. In this case, n is 5 to 10, more preferably 5 to 7. In addition, the probe may further comprise 5-20 cytosine or thymine sequences (e. G., A C12 spacer arm) to facilitate binding to the PCR product. In the present invention, for detection of polymorphism, the genotype of one gene was detected by two probes which are different only in the polymorphic position of the base and the rest are all the same. Sixty - four probes were designed for all 32 genes, and their lengths varied from 18 to 24 bp depending on the conditions.
본 발명의 용어, '개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 키트' 란, 상기 프라이머 세트 및 프로브 세트를 포함하며, 다중 PCR 을 통해 특정 유전자 상의 SNP 마커를 동시에 검출함으로써 유전형에 따른 질병감수성, 약물반응성, 유전질환 또는 신체특성에 대한 예측 등을 용이하게 분석하는데 사용할 수 있는 키트를 말한다.The term " kit for multiplex analysis of individual genomic SNPs " of the present invention includes the primer set and the probe set, and simultaneously detects SNP markers on a specific gene through multiplex PCR to detect disease susceptibility, drug reactivity, A kit that can be used to easily analyze a disease or a prediction of body characteristics.
본 발명의 키트는 상기 프라이머 및 프로브 세트 외에 통상적으로 PCR 반응 및 염기서열 분석에 필요한 물질들을 더 포함시킬 수 있다. 예를 들어, DNA 중합효소 (예컨대, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus (Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), dNTP(dATP, dCTP, dGTP, dTTP), 반응 완충액, 증류수 등으로 구성된 PCR 반응 혼합물을 포함할 수 있으며, PCR 산물의 검출 여부를 확인할 수 있는 아가로스 및 전기영동 완충액을 추가로 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.The kit of the present invention may further include substances necessary for PCR reaction and base sequence analysis in addition to the primer and the probe set. Thermostable DNA polymerase obtained from DNA polymerase (e.g., Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis or Pyrococcus furiosus (Pfu)), dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), a reaction buffer, distilled water, and the like, and may further include an agarose and an electrophoresis buffer to confirm the detection of the PCR product. In addition, the kit of the present invention can be made from a number of separate packaging or compartments containing the reagent components described above.
본 발명에서 분석 가능한 '개인의 시료' 란 각 개인에서 유래한 핵 및/또는 미토콘드리아를 포함하여 유전자 분석이 가능한 모든 생물-유래 시료로서, 세포, 조직, 기관, 체액, 혈액 등의 시료일 수 있다. 또한, 상기 개인의 시료로부터 추출된 핵산은, 검출하고자 하는 SNP 마커가 존재하는 표적 유전자의 전체 또는 일부를 포함하는 핵산으로서, DNA 또는 RNA 일 수 있다.The 'individual sample' that can be analyzed in the present invention is any bio-derived sample capable of gene analysis including nuclear and / or mitochondria derived from each individual, and may be a sample of cells, tissues, organs, body fluids, blood, etc. . In addition, the nucleic acid extracted from the individual sample may be DNA or RNA, which contains all or part of the target gene in which the SNP marker to be detected exists.
본 발명에서 다중 PCR은 상기에서 추출한 핵산을 주형으로 하고 본 발명의 프라이머 세트를 사용하여 변성, 어닐링 및 합성 반응의 과정을 반복함으로써 표적 핵산을 증폭하는 과정을 말한다. 바람직하게, 다중 PCR은 개인의 시료에서 추출한 핵산을 주형으로 하여, 본 발명의 프라이머 세트, DNA 중합효소, dNTP, 반응 완충액, 증류수 등으로 구성된 PCR 반응 혼합물을 처리하여 수행할 수 있다. 본 발명의 프라이머 세트를 구성하는 프라이머 쌍들은 공통의 PCR 조건을 갖고 있어 한번의 PCR 반응에 동시에 적용하는 것이 가능하다. In the present invention, multiplex PCR refers to a process of amplifying a target nucleic acid by repeating the steps of denaturation, annealing, and synthesis using the nucleic acid extracted from the above as a template and using the primer set of the present invention. Preferably, the multiplex PCR can be performed by treating the PCR reaction mixture composed of the primer set of the present invention, DNA polymerase, dNTP, reaction buffer, distilled water and the like using the nucleic acid extracted from the individual sample as a template. The primer pairs constituting the primer set of the present invention have common PCR conditions and can be simultaneously applied to one PCR reaction.
본 발명은 하나의 키트에서 개인 유전체 SNP(single nucleotide polymorphism) 를 다중 분석하여, 유전형에 따른 질병감수성, 약물반응성, 유전질환 또는 신체특성에 대한 예측 등을 용이하게 분석할 수 있다.The present invention can easily analyze disease susceptibility, drug reactivity, genetic disease or body characteristics according to genotype by multiplex analysis of individual nucleotide polymorphism (SNP) in one kit.
도 1은 단일 PCR과 다중 PCR에 의한 프라이머 검증 결과를 나타낸다.
도 2는 Bioanalyzer 2100 기기를 사용한 다중 PCR 정량 및 정성분석 결과를 나타낸다.
도 3은 표준염기서열분석법과 MassARRAY에 의한 유전형 분석 결과를 나타낸다.
도 4는 유전형별 단일 PCR 결과물(2% agarose gel)을 나타낸다.
도 5는 Luminex를 이용한 단일 PCR 결과에 대한 Net MFI를 나타낸다 (Net MFI = MFI - Background).
도 6은 Luminex를 이용한 단일 PCR 결과에 대한 Allelic ratio 를 나타낸다 (allelic ratio = MFIa1(MFIa1 + MFIa2 ... + MFIan), Homozygote ≒ 1.0, Heterozygote ≒ 0.5)
도 7 및 도 8은 프라이머 세트 1에 대한 direct hybridization 결과를 나타낸다 (allelic ratio).
도 9 및 도 10은 프라이머 세트 2에 대한 direct hybridization 결과를 나타낸다 (allelic ratio).
도 11 및 도 12는 프라이머 세트 3에 대한 direct hybridization 결과를 나타낸다 (allelic ratio).
도 13 및 도 14는 프라이머 세트 4에 대한 direct hybridization 결과를 나타낸다 (allelic ratio).
도 15 및 도 16은 프라이머 세트 5에 대한 direct hybridization 결과를 나타낸다 (allelic ratio).Figure 1 shows primer validation results by single PCR and multiplex PCR.
Figure 2 shows the results of multiple PCR quantitation and qualitative analysis using a Bioanalyzer 2100 instrument.
Fig. 3 shows the result of genotype analysis by standard nucleotide sequence analysis and MassARRAY.
Figure 4 shows a single PCR result (2% agarose gel) by genotype.
Figure 5 shows the Net MFI for a single PCR result using Luminex (Net MFI = MFI - Background).
6 shows allelic ratios for single PCR results using Luminex (allelic ratio = MFIa1 (MFIa1 + MFIa2 ... + MFIan), Homozygote≈1.0, Heterozygote≈0.5)
Figures 7 and 8 show direct hybridization results for primer set 1 (allelic ratio).
Figures 9 and 10 show direct hybridization results for primer set 2 (allelic ratio).
Figures 11 and 12 show direct hybridization results for primer set 3 (allelic ratio).
Figures 13 and 14 show direct hybridization results for primer set 4 (allelic ratio).
Figures 15 and 16 show direct hybridization results for primer set 5 (allelic ratio).
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of examples. However, the following examples are illustrative of the present invention, and the present invention is not limited by the following examples.
실시예Example 1. 표적 1. Target 마커Marker 선정 selection
질환 또는 개인 특성과 관련한 개인유전체 분석용 컨텐츠 선별을 위해 다양한 질환을 대상으로 대규모의 연구들을 수행한 결과들이 수집되어 있는 미국 국립유전체연구소의 GWAS 데이터베이스(A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies)를 활용하였다. 2013년 6월 기준으로, GWAS 데이터베이스에는 등록된 연구의 수는 총 1,640개이며 모두 10,876개의 SNP 마커들이 특정 표현형들과 연관되어 있는 것으로 보고되어 있다.Using the GWAS database (A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies) of the US National Institutes of Health, which collected large-scale studies on various diseases for screening content for individual genome analysis related to diseases or personal characteristics Respectively. As of June 2013, there are a total of 1,640 studies in the GWAS database, with 10,876 SNP markers reported to be associated with specific phenotypes.
이들 SNP 마커들 중 과학적으로 널리 인정된 질병감수성, 약물반응성, 유전질환, 신체특성에 대해 예측 가능한 유전자들을 선별하였다. 이 때, 서양인에 대한 연구 결과만 있는 경우는 지양하고, 아시아인에 대한 연구결과를 포함하는 컨텐츠를 대상으로 유전자 32종을 선별하였다. 최종 선별한 유전자들의 기능별 분류와 특징은 다음의 표와 같다.Among these SNP markers, genes that can be predicted for scientifically recognized disease susceptibility, drug reactivity, genetic diseases, and body characteristics were selected. At this time, 32 cases of genes were selected for contents including the results of research on Asians, while avoiding the case of Westerners only. Functional classification and characteristics of the final screened genes are shown in the following table.
실시예Example 2. 개인 유전체 분석용 유전자 증폭을 위한 2. For gene amplification for individual genome analysis 프라이머primer 및 And 프로브의Of the probe 제조 Produce
상기 표 1 에 기재된 선별 유전자들을 증폭 및 검출할 수 있는 프라이머 및 프로브를 디자인하기 위해 Premiere Biosoft사의 PrimerPlex 2.60을 구매하여 이용하였다. 프라이머를 디자인하기 위한 파라미터들은 다음 표와 같다.PrimerPlex 2.60 of Premiere Biosoft was purchased and used to design primers and probes capable of amplifying and detecting the selection genes listed in Table 1 above. The parameters for designing the primer are shown in the following table.
제조된 프라이머들은 다중 PCR이 가능하도록 6~7개씩 세트화하였으며, 센스 가닥 프라이머의 5' 부위는 Streptavidin-Phycoerythrin(SA-PE)와의 반응을 위해 비오틴(biotin)을 부착하였다. 프로브의 Tm 값은 프라이머와 같으며, 그 길이는 18~24 bp의 범위 내에서 디자인하였다. 디자인된 프라이머와 프로브는 단일 PCR과 다중 PCR을 수행한 후, 특정 프로브 검증을 위한 luminex 단일 시험과 다중 시험을 거친 뒤 디자인을 수정 및 보완하여 최종적으로 완성하였다. 프로브는 Carboxyl기가 붙어 있는 xMAP microsphere에 결합시키기 위해 5'-amino modifier를 포함시키고, PCR 산물과의 결합을 쉽게 하기 위해 C12 spacer arm을 추가하였다. 다형성 검출을 위해 다형성 위치의 염기만 다르고 나머지는 모두 동일한 두 개의 프로브로 하나의 유전자에 대한 유전형을 검출하도록 하였다. 32개 유전자에 대해 모두 64개의 프로브를 디자인하였으며, 그 길이는 18~24 bp까지 조건에 따라 상이하게 제작하였다.Biotin was attached to the 5 'region of the sense strand primer for reaction with Streptavidin-Phycoerythrin (SA-PE). The Tm value of the probe is the same as that of the primer, and its length is designed within a range of 18 to 24 bp. Designed primers and probes were subjected to single PCR and multiplex PCR, followed by luminex single and multiple tests for specific probe verification, and then finalized by modifying and complementing the design. The probe included a 5'-amino modifier to bind to the xMAP microsphere with a carboxyl group attached, and a C12 spacer arm was added to facilitate coupling with the PCR product. For detection of polymorphism, the genotype of one gene was detected with two probes which differ only in the base at the polymorphic position and all in the other. Sixty - four probes were designed for all 32 genes, and their lengths varied from 18 to 24 bp depending on the conditions.
아래 표 3 내지 표 7은 다중 마커 동시 증폭용 프라이머 세트를 나타낸다.Tables 3 to 7 below show primer sets for simultaneous amplification of multiple markers.
AntiAnti
--
SenseSense
PrimerPrimer
LengthLength
번호number
AntiAnti
--
SenseSense
PrimerPrimer
Length
번호number
AntiAnti
--
SenseSense
PrimerPrimer
LengthLength
번호number
AntiAnti
--
SenseSense
PrimerPrimer
LengthLength
번호number
AntiAnti
--
SenseSense
PrimerPrimer
LengthLength
아래 표 8 내지 표 12는 다중 마커 동시 검출용 프로브 세트를 나타낸다.Tables 8 to 12 below show probe sets for simultaneous detection of multiple markers.
번호number
번호number
번호number
번호number
번호number
실시예Example 3. 다중 3. Multiple 마커Marker 동시 검출용 For simultaneous detection PCRPCR 의 최적 조건 확립Establishment of optimum condition of
디자인된 프라이머의 성능을 확인하기 위해 Qiagen사의 multiplex PCR kit를 사용한 단일 PCR과 다중 PCR을 수행한 후 agarose gel 전기영동으로 PCR 증폭 산물을 확인하였다. PCR 기기는 Bio-Rad사의 S1000(48 block), MJ mini(48 block), AB사의 GeneAmp PCR System 9700(96-well aluminum block)에서 각각 실시하였다 (도 1). 정확한 증폭 크기와 증폭량을 확인하기 위해 Agilent 사의 Bioanalyzer 2100 기기와 DNA 1000 kit를 사용한 정량,정성 분석을 실시하여, 프라이머 디자인시 예상한 크기와 비교하였으며, 최적의 PCR 조건과 시약조성을 확립하였다 (도 2).To verify the performance of the designed primers, single PCR and multiplex PCR using Qiagen multiplex PCR kit were performed, and PCR amplification products were confirmed by agarose gel electrophoresis. The PCR devices were performed on S1000 (48 blocks), MJ mini (48 blocks), and GeneAmp PCR System 9700 (96-well aluminum block) from Bio-Rad. Quantitative and qualitative analysis was performed using Agilent's Bioanalyzer 2100 instrument and
표 13은 Qiagen PCR master mix 조성을 나타내고, 표 14는 단일 및 다중 PCR 증폭 조건을 나타낸다.Table 13 shows the Qiagen PCR master mix composition, and Table 14 shows single and multiplex PCR amplification conditions.
실시예Example 4. 표준기법( 4. Standard techniques ( DirectDirect SequencingSequencing , , SequenomSequenom MassARRAYMassARRAY )과의 비교 평가)
다중 PCR에 의해 생성된 산물이 정확한 유전형을 제대로 표시하는지 확인하기 위해 표준기법인 직접 염기서열분석법과 Sequenom 사의 MassARRAY 분석 결과를 확보하여 정확도 비교를 위한 자료로 활용하였다 (도 3).
In order to confirm whether the products generated by multiplex PCR correctly displayed correct genotypes, direct sequence sequencing method and Sequenom's MassARRAY analysis method were secured and used as data for accuracy comparison (Fig. 3).
실시예Example 5. 5. 프로브와Probe and 비드의Bead 결합 Combination
다중 마커 동시 검출용 PCR을 통해 증폭된 산물은 자성을 띤 xMAP microsphere(bead)에 붙어 있는 프로브와의 혼성화 과정(hybridization)을 거친 후 Luminex 분석기를 통해 형광의 세기로 상대적 증폭량이 결정되도록 하였다.The amplified products were amplified by PCR using multiple markers and hybridized with a probe attached to a magnetic xMAP microsphere (bead). The relative amplification was determined by the intensity of fluorescence through a Luminex analyzer.
프로브가 결합되는 xMAP microsphere는 자성을 띤 물질로서, 각각의 비드는 100가지의 고유한 형광으로 서로 다르게 염색되어 비드마다 특정 프로브를 붙인 후 시료와의 반응 결과를 동시에 측정하게 된다. Carboxyl기가 붙어 있는 비드는 1-Ethyl-3-[3-dimethylaminopropyl]carbodiimide hydrochloride (EDC or EDAC)를 이용해 특정 프로브의 아미노 그룹과 공유결합을 형성하여 반응에 사용하였다. 프로브와 비드의 커플링은 0.2 nmole(200pmol)과 0.1M 2-[N-morpholino]ethanesulfonic acid(MES, pH 4.5)로 희석된 1×106 개의 비드 50ul를 함께 섞은 후 EDC 2.5ul(10mg/ml)를 첨가해 어두운 상온에 30분간 반응시켰다. EDC 2.5ul(10mg/ml)를 다시 첨가한 후 다시 어두운 상온에서 30분간 재반응시켰다. 반응이 끝나면 500ul의 0.02% Tween-20과 0.1% Sodium Dodecyl Sulfate(SDS)으로 세척한 후 상등액을 조심스럽게 떠내고, 25ul의 TE buffer(pH 8.0)에 희석해서 어두운 4℃에 보관하였다.The probe-coupled xMAP microsphere is a magnetic material, and each bead is stained differently with 100 unique fluorescences, and a specific probe is attached to each bead, and the result of the reaction with the sample is measured at the same time. The bead with the carboxyl group was used for the reaction by forming a covalent bond with the amino group of the specific probe using 1-Ethyl-3- [3-dimethylaminopropyl] carbodiimide hydrochloride (EDC or EDAC). The coupling of the probe and the beads was carried out by mixing 0.2 nmole (200 pmol) and 50 μl of 1 × 10 6 beads diluted in 0.1 M 2- [N-morpholino] ethanesulfonic acid (MES, pH 4.5) ml) was added and reacted at a dark room temperature for 30 minutes. 2.5 μl of EDC (10 mg / ml) was added again and reacted again in the dark at room temperature for 30 minutes. After completion of the reaction, the cells were washed with 500 μl of 0.02% Tween-20 and 0.1% Sodium Dodecyl Sulfate (SDS), and the supernatant was carefully drained and diluted in 25 μl of TE buffer (pH 8.0)
프로브가 결합된 비드는 TE buffer(pH 8.0)로 100배 희석한 후 hemocytometer를 이용해서 현미경으로 카운팅하였다. 카운팅한 개수를 바탕으로 하여 최종 농도가 2,000 비드/ul가 되도록 희석해서 실험에 사용하였다.
The probe-bound beads were diluted 100 times with TE buffer (pH 8.0) and counted with a microscope using a hemocytometer. Based on the counted number, it was diluted to a final concentration of 2,000 beads / ul and used in the experiment.
실시예Example 6. 다중 6. Multiple PCRPCR 증폭 산물과 Amplification products 프로브의Of the probe 혼성화Hybridization
5'-biotin으로 표지된 프라이머를 사용하여 증폭한 다중 PCR 산물은 변성 후 프로브가 커플링된 비드 세트들과 혼성화 과정을 수행하였다. 최종 2,000비드/ul가 되도록 1.5×TMAC(Tetramethyl Ammonium Chloride) 버퍼를 사용하여 세트별 프로브-비드 합성혼합물을 만들었다. 이 혼합물 33ul를 96-well plate에 샘플 수량만큼 나누어 담고, blank 하나와 negative 하나에도 나누어 담았다. Blank well에는 17ul의 TE buffer(pH 8.0)를 채워 넣고, 나머지 well에는 다중 PCR 산물이 들어가는 양(2~5ul)을 제외한 12~15ul의 TE buffer(pH 8.0)를 채워 넣은 후 피펫 또는 PCR plate vortexer로 골고루 섞어주었다. PCR 기기를 활용하여 95℃에서 5분간 변성하고, 이어서 51℃에서 혼성 20분을 실시하였다. 혼성이 끝나고 나면, 96-well PCR plate를 magnetic separator block에 30초~1분간 방치한 후 뒤집어서 well 안의 반응액을 털어내었다. 신선한 streptavidin-R-phycoerythrin을 2~4ug/ml이 되도록 1×TMAC 혼성화 용액으로 희석시켰다. PCR 기기에서 51℃, 5분간 반응시킨 후 Luminex 분석기를 활용하여 반응 정도를 살폈다. Luminex 분석기 사용방법은 제조회사가 제시한 설명서에 따랐다.
The multiplex PCR products amplified with 5'-biotin labeled primers were hybridized with the probe sets-coupled bead sets after denaturation. A set of probe-bead synthesis mixtures was made using 1.5 x TMAC (Tetramethyl Ammonium Chloride) buffer to a final 2,000 beads / ul. 33ul of this mixture was divided into a 96-well plate and divided into blank one and negative one. Blank wells were filled with 17 μl of TE buffer (pH 8.0), and the remaining wells were filled with 12 to 15 μl of TE buffer (pH 8.0) except for the amount (2 to 5 μl) containing the multiple PCR products. Pipette or PCR plate vortexer . Denatured at 95 ° C for 5 minutes using a PCR instrument, followed by hybridization at 51 ° C for 20 minutes. After hybridization, the 96-well PCR plate was left in a magnetic separator block for 30 seconds to 1 minute, and then the reaction solution in the well was removed. Fresh streptavidin-R-phycoerythrin was diluted with 1 x TMAC hybridization solution to 2 to 4 ug / ml. The reaction was carried out at 51 ° C for 5 minutes in a PCR instrument, and the degree of reaction was monitored using a Luminex analyzer. The instructions for using the Luminex analyzer were in accordance with the manufacturer's instructions.
실시예Example 7. 데이터 분석 7. Data Analysis
Luminex 분석기는 두 가지 종류의 서로 다른 파장을 가진 레이저를 사용하여 비드의 종류와 혼성화한 샘플을 분석하였다. 먼저, 635nm의 적색 파장으로 비드의 종류를 파악한 뒤, 532nm의 녹색 파장으로 비드에 붙어 있는 프로브와 반응한 핵산을 측정하였다.
The Luminex analyzer analyzed samples hybridized with bead types using two types of laser with different wavelengths. First, the kind of beads was identified with a red wavelength of 635 nm, and nucleic acid reacted with a probe attached to the bead with a green wavelength of 532 nm was measured.
실험결과Experiment result
1. 단일 1. Single PCRPCR 산물을 사용한 Product directdirect hybridizationhybridization 결과 result
유전형을 이미 알고 있는 다수의 positive control을 사용하여 프라이머와 프로브의 성능을 테스트하였다. 단일 PCR 결과 각 유전형별로 정확학 크기의 PCR 산물이 증폭되었음을 확인할 수 있었다 (도 4)We tested the performance of primers and probes using multiple positive controls that already knew the genotype. As a result of the single PCR, it was confirmed that the PCR product of the correct size was amplified for each genotype (FIG. 4)
Net MFI(Median Fluorescent Intensity) 는, 마커별로 최소 평균 105.5, 최대 평균 1643.8의 MFI 값을 나타냈으며, 두 번 반복 실험에서 비슷한 경향의 결과를 얻었으나, 상대적인 값들의 차이로 인해 allelic discrimination이 힘든 마커도 발생하였다 (도 5).Net MFI (Median Fluorescent Intensity) showed a minimum average of 105.5 and a maximum MFI of 1643.8 for each marker. Similar results were obtained in two repeated experiments, but the marker with a difficult allelic discrimination due to the difference in relative values (Fig. 5).
따라서, Signal이 낮거나, 상대적으로 다른 마커들과의 MFI 값이 차이가 많이 날 경우 allelic ratio 값을 통해 homozygote/heterozygote 구분을 쉽게 하였다. 마커에 따라 기본적인 background 값이 어느 정도 발생하고 있으며, 충분한 임상 검체의 테스트를 통해 이에 대한 마커별 기준을 마련하여 유전형 구별에 문제가 발생하지 않도록 하였다 (도 6).
Therefore, homozygote / heterozygote discrimination was facilitated by the allelic ratio value when the MFI value of the marker was low or relatively different from that of other markers. The basic background values were generated according to the markers, and sufficient clinical samples were tested to establish marker-specific criteria to prevent genotype discrimination problems (FIG. 6).
2. 다중 2. Multiple 마커Marker 검출용 For detection 키트를Kit 이용한 임상 테스트 결과 Clinical test results
표준염기서열분석과 MassARRAY를 통해 이미 그 유전형을 알고 있는 Control 5개 샘플과, 제품 개발을 위해 자원한 일반 시민 40명을 대상으로 하여, 본 발명의 프라이머 세트 및 프로브 세트를 이용하여 개인 유전체 SNP 를 분석하였다. 개인 유전체 분석용 컨텐츠 32개를 사용하여 다중 마커 동시 검출용 PCR을 실시한 후 Luminex 분석기로 분석하였다. 유전형 구별을 위해 allelic ratio를 구하여 homozygote와 heterozygote를 결정하였다. 도 7 내지 도 16은 각각의 컨텐츠 세트별 allelic ratio를 나타낸 그림이고, 표 15 내지 표 19는 세트별 MFI에 대한 raw data이다.Using 5 primers and 40 primers for product development, the primer sets and probe sets of the present invention were used for the
<110> D & P Biotech Ltd.
<120> Multiplex assay kit for analyzing personal genome SNP and method
using the same
<160> 134
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs10965235-S primer
<400> 1
gttgcccctt ctgtcttttc ct 22
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs10965235-AS primer
<400> 2
tcagcctaac tttaagccac caa 23
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs13429458-S primer
<400> 3
agcggtatga tttcgtagtg gtta 24
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs13429458-AS primer
<400> 4
ttagtggcag ggtataggtg tatg 24
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs236114-S primer
<400> 5
gcaggtaagt ggcagaactg a 21
<210> 6
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs236114-AS primer
<400> 6
ggtaagattc ctctacagca aagc 24
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs3847153-S primer
<400> 7
ccaagaagag gaccacacct t 21
<210> 8
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs3847153-AS primer
<400> 8
aatctgccta gaagacactc acat 24
<210> 9
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7913069-S primer
<400> 9
gaccagaacc tctcctgatt acta 24
<210> 10
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7913069-AS primer
<400> 10
tctcccctaa ccgatgtcta aatt 24
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 11
ctgtagggag agaagggcat ac 22
<210> 12
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs9318086-AS primer
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gtcaacacat tattggtcca tctg 24
<210> 13
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 13
gatgtggacg atcaatgcaa tagg 24
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs1047781-AS primer
<400> 14
cggaggtggt ggtagaaggt 20
<210> 15
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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cccatatccc gtcgtttaac ctaa 24
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs12988934-AS primer
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attccttcct ctttccccac ttg 23
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gagaccagcc accagtataa gc 22
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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cgaactcctg acctcaagtg at 22
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 20
cagcagggtg atgttgtctt ct 22
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 21
tcactttctc tattgctcct cctt 24
<210> 22
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7677751-AS primer
<400> 22
agttgcttgg gttggggtaa a 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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gcagagcagg agagaagtag g 21
<210> 24
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs855791-AS primer
<400> 24
ttcttgccct tgcggtagc 19
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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aggcaactag aagagggaga gat 23
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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aacaacccag gtatgctggt atta 24
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gcaaacactc cttcacacct tt 22
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gttggaatct gaactgctgc ttt 23
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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cggaagacta cgagaaggaa gag 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> rs2233434-AS primer
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tgtaggtgag cgaggaggag 20
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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tcagttagtc atccatgaat gc 22
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs2709736-AS primer
<400> 34
gctttacatc tacacaggct act 23
<210> 35
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 35
acatcataac agtggtggta gaca 24
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs34778348-AS primer
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tctattcaga ggcagaaagg aaga 24
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7776725-AS primer
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs1000597-AS primer
<400> 40
ctgaccctga ggagtgctat taa 23
<210> 41
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs10762058-S primer
<400> 41
gcagctcaga cttgtccata ga 22
<210> 42
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs10762058-AS primer
<400> 42
acattattgg ttctcctggg ttct 24
<210> 43
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs2273017-S primer
<400> 43
tctggtggat agtaagaggt gatc 24
<210> 44
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs2273017-AS primer
<400> 44
gctgtttgat gagtgagatg aact 24
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 45
gaggagggtg ctgtaaagag tc 22
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs4795519-AS primer
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agagcgtggg ttagataaca agg 23
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 47
agccaattta ccaccctgta ctac 24
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 51
cagaggacag ccacggagaa 20
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs2254546-AS primer
<400> 52
gcagcaagca acagcagtaa g 21
<210> 53
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs2736100-S primer
<400> 53
agttctatct caggcatctt gaca 24
<210> 54
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs2736100-AS primer
<400> 54
tcctcgtgag tctccacatc t 21
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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taagactgct ctgaaggtag gatg 24
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs6565681-AS primer
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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ttggagccca gtcacccttt 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs671-AS primer
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cgcccagcag accctaaatc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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tcatgcaatt ggtctaccta gtct 24
<210> 60
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7504990-AS primer
<400> 60
ccacttagag agaaagccag aatg 24
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ggacagatga cagatggcaa gt 22
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs873549-AS primer
<400> 62
attcagagga catcacaagg agac 24
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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cctcgcccat ttgtctataa gc 22
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<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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acatccagga tacagcagag taa 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gctgtagaga tatgtcag 18
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<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gctgtagagc tatgtcag 18
<210> 67
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<213> Artificial Sequence
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<210> 68
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 68
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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cctcgaatac gttggtaaga 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ggcacagaat ctaggtcagg 20
<210> 72
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ggcacagaat gtaggtcagg 20
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<210> 75
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 75
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 77
acttctgtca acttaagt 18
<210> 78
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 78
acttctgtca gcttaagt 18
<210> 79
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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ccgggatgtg gcggtatt 18
<210> 80
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs1047781-MA probe
<400> 80
ccgggaagtg gcggtatt 18
<210> 81
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs12988934-WC probe
<400> 81
tctcaatgtc tcagatttgt gac 23
<210> 82
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs12988934-MT probe
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tctcaatgtc ttagatttgt gac 23
<210> 83
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs17036350-WT probe
<400> 83
atcagattcc atccatccaa taa 23
<210> 84
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs17036350-MC probe
<400> 84
atcagattcc acccatccaa taa 23
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> rs4328821-WA probe
<400> 85
tgcacccaat tttagagat 19
<210> 86
<211> 19
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 86
tgcacccagt tttagagat 19
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs4794822-WT probe
<400> 87
cctttgaagg tagagagagg tg 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 88
cctttgaagg cagagagagg tg 22
<210> 89
<211> 19
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7677751-WT probe
<400> 89
taaatgacat acattgttg 19
<210> 90
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs7677751-MC probe
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<212> DNA
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gagtgtttct ttagctttgc 20
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<212> DNA
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gagtgtttct gtagctttgc 20
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<211> 20
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ccactgatgc ggcccatcac 20
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ccactgatgc agcccatcac 20
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> rs671-WG probe
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aggcatacac tgaagtgaaa ac 22
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aggcatacac taaagtgaaa ac 22
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<211> 20
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attggcagat cgaagggcgt 20
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attggcagat tgaagggcgt 20
<210> 133
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> rs9271366-WA probe
<400> 133
tggctctttc agtacaaact 20
<210> 134
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs9271366-MA probe
<400> 134
tggctctttc ggtacaaact 20
≪ 110 > D & P Biotech Ltd.
<120> Multiplex assay kit for analyzing personal genome SNP and method
using the same
<160> 134
<170> Kopatentin 1.71
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs10965235-S primer
<400> 1
gttgcccctt ctgtcttttc ct 22
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs10965235-AS primer
<400> 2
tcagcctaac tttaagccac caa 23
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs13429458-S primer
<400> 3
agcggtatga tttcgtagtg gtta 24
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> rs13429458-AS primer
<400> 4
Claims (11)
서열번호 13 및 서열번호 14의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 15 및 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 17 및 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 19 및 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 21 및 서열번호 22의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 23 및 서열번호 24의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트;
서열번호 25 및 서열번호 26의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 27 및 서열번호 28의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 29 및 서열번호 30의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 31 및 서열번호 32의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 33 및 서열번호 34의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 35 및 서열번호 36의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 37 및 서열번호 38의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트;
서열번호 39 및 서열번호 40의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 41 및 서열번호 42의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 43 및 서열번호 44의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 45 및 서열번호 46의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 47 및 서열번호 48의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 49 및 서열번호 50의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트; 및
서열번호 51 및 서열번호 52의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 53 및 서열번호 54의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 55 및 서열번호 56의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 57 및 서열번호 58의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 59 및 서열번호 60의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 서열번호 61 및 서열번호 62의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍, 및 서열번호 63 및 서열번호 64의 염기서열로 이루어진 프라이머 쌍을 포함하는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는,
개인 유전체 SNP (single nucleotide polymorphism) 분석을 위한 다중 중합효소연쇄반응(multiplex PCR)용 프라이머 세트.
A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, A primer set comprising a primer pair consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, a pair of primers consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, and a pair of primers consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12;
A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 16, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17 and SEQ ID NO: 18, A pair of primers consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 20, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 21 and SEQ ID NO: 22, and a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO:
A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 33 and SEQ ID NO: 34, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 35 and SEQ ID NO: 36, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: A primer set comprising a primer pair consisting of a sequence;
A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 39 and SEQ ID NO: 40, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 41 and SEQ ID NO: 42, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 43 and SEQ ID NO: A primer set comprising a primer pair consisting of a base sequence of SEQ ID NO: 46, a primer pair consisting of a base sequence of SEQ ID NO: 47 and SEQ ID NO: 48, and a pair of primers consisting of a base sequence of SEQ ID NO: 49 and SEQ ID NO: 50; And
A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 51 and SEQ ID NO: 52, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 53 and SEQ ID NO: 54, a primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 55 and SEQ ID NO: 56, A primer pair consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 59 and SEQ ID NO: 60, a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 61 and SEQ ID NO: 62 and a pair of primers consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: And a primer set comprising a pair of primers consisting of a sequence.
A set of primers for multiplex polymerase chain reaction (PCR) for the analysis of individual genomic SNPs (single nucleotide polymorphism).
서열번호 79 내지 서열번호 92의 염기서열로 이루어진 프로브 세트;
서열번호 93 내지 서열번호 106의 염기서열로 이루어진 프로브 세트;
서열번호 107 내지 서열번호 120의 염기서열로 이루어진 프로브 세트; 및
서열번호 121 내지 서열번호 134의 염기서열로 이루어진 프로브 세트로 이루어진 군에서 선택되는,
개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 프로브 세트.
A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 65 to SEQ ID NO: 78;
A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 79 to SEQ ID NO: 92;
A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 93 to SEQ ID NO: 106;
A probe set consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 107 to SEQ ID NO: 120; And
A probe set consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 121 to SEQ ID NO: 134,
A set of probes for multiple analysis of individual genomic SNPs.
개인 유전체 SNP 의 다중 분석용 키트.
11. A method of detecting a cancer, comprising the primer set of claim 1 and the probe set of claim 2,
Multiple analysis kits for individual genomic SNPs.
(b) 상기 다중 중합효소연쇄반응 결과 증폭된 산물을 제2항의 프로브 세트와 혼성화 반응을 수행하는 단계,
(c) 상기 혼성화 반응 결과 반응물을 형광물질과 반응시키는 단계; 및
(d) 형광값을 측정하여 개인 유전체 SNP 타입을 확인하는 단계를 포함하는,
개인 유전체 SNP 의 다중 분석 방법.
(a) treating a nucleic acid extracted from an individual sample with the primer set of claim 1 to perform a multiple polymerase chain reaction,
(b) hybridizing the amplified product with the probe set of claim 2 as a result of the multiple polymerase chain reaction,
(c) reacting the reactant with the fluorescent material as a result of the hybridization reaction; And
(d) measuring the fluorescence value to identify the individual genomic SNP type.
Multiple analysis of individual genomic SNPs.
5. The method according to claim 4, wherein a detectable label is bound to the end of either one of the primer pairs constituting the primer set.
6. The method of claim 5, wherein the detectable label is a chemical label, an enzyme label, a radioactive label, a fluorescent label, a luminescent label, a chemiluminescent label, a fluorescence resonance energy transfer (FRET) label or a metal label.
7. The method of claim 6, wherein said detectable label is biotin, Cy3, Cy5, fluorescein, picoeritrin, rhodamine, lysamine, TAMRA, HEX, TET, Dabsyl or FAM.
5. The method of claim 4, wherein the probe is bonded to the bead.
9. The method of claim 8, wherein the bead is a microbead having a carboxyl group attached thereto.
9. The method according to claim 8, wherein the probe has an amine group at the 5'-end and a poly-cytosine or a 12-poly-thymine.
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