KR20130080968A - Pcr primers for detecting viruses occurring on cucurbitaceae and method for detceting cucurbitaceae viruses - Google Patents

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Abstract

PURPOSE: PCR primers for detecting cucurbit viruses is provided to accurately and quickly detect 6 kind virus which causes disease on cucurbit by performing one polymerase chain reaction (PCR), thereby conveniently detecting infection by the virus. CONSTITUTION: A primer set for detecting 6 kind virus generated in cucurbit comprises; a primer pair represented by sequence number 1 and 2; a primer pair represented by sequence number 3 and 4; a primer pair represented by sequence number 5 and 6; a primer pair represented by sequence number 7 and 8, which are combination of primers capable of concurrently detecting 6 kind virus of ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -Sq and CMV (cucumber mosaic virus) -P1, CMV (cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV (kyuri green mottle virus), ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -A. The method of concurrently detecting 6 kind virus of CMV-P1, CMV-II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A and ZYMV-Sq generated in cucurbit includes a step of performing PCR by using the primer set.

Description

박과 작물 바이러스 검출용 프라이머 및 이를 이용한 박과 작물 바이러스 검출 방법{PCR primers for detecting viruses occurring on cucurbitaceae and method for detceting cucurbitaceae viruses}PCR primers for detecting viruses occurring on cucurbitaceae and method for detceting cucurbitaceae viruses}

본 발명은 박과 작물에 병을 일으키는 6종의 주요 바이러스, 즉 CMV-CI, CMV II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A 및 ZYMV-Sq를 특이적으로 검출할 수 있는 PCR용 프라이머 세트 및 이를 이용한 박과 작물의 바이러스 감염 여부를 검출하는 방법에 관한 것이다.The present invention provides a primer set for PCR capable of specifically detecting six major viruses causing diseases in gourds and crops, namely CMV-CI, CMV II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A and ZYMV-Sq, and using the same The present invention relates to a method for detecting a viral infection of watermelon and crops.

식물 바이러스 병은 감염 작물의 수량 및 품질을 급격히 감소시키므로 생산량 감소 등 경제적으로 큰 손실을 가져온다. 최근에도 민간업체에서 보급한 종서에서 걀쭉바이러스의 감염 사실이 뒤늦게 발견되어 종서 수거 및 감염 우려 지역에 5년간의 재배를 제한하는 등 큰 문제를 야기한 바 있다. 그럼에도 우리나라의 한해 수출입 물품의 검역이 3,500 ~ 4,200천 건에 이르고 있고, 또한 바이러스 병은 기주범위가 매우 넓고 접촉, 매개 또는 감염된 종서의 사용 등의 다양한 경로를 통해서 2차 감염이 가능하며, 효과적인 방제법이나 약제가 거의 없기 때문에 진단이나 방제가 어려운 실정이다. 따라서 식물 바이러스 병에 대한 조기진단 및 오염원 제거 시스템을 갖추는 것이 가장 효율적인 방제법이며 그 중요성이 점점 높아지고 있다.Plant viral diseases dramatically reduce the yield and quality of infected crops, resulting in economic losses such as reduced production. In recent years, the late-season infection of eggs has been discovered lately by private companies, which has caused major problems, such as limiting the five-year cultivation in areas where the seed collection and infection are concerned. Nevertheless, the quarantine of Korea's import and export goods ranges from 3,500 to 4,200 thousand a year, and the viral disease has a very wide host range, and is capable of secondary infection through various routes such as contact, mediation or the use of infected species. Since there are few drugs, it is difficult to diagnose or control them. Therefore, having early diagnosis and contaminant removal system for plant virus disease is the most effective control method, and its importance is increasing.

국내의 경우 식물에 감염을 유발하는 바이러스의 분리 및 동정에 대한 연구는 대부분 식물바이러스 유전자 은행(www.virusbank.org)과 고령지 농업시험장을 중심으로 1960년대 이후로 이루어지고 있다. 바이러스 병에 의한 대표적인 피해사례로는 PLAV에 의한 잎말림병, PVX와 PVY에 의한 모자이크병(mild mosaic 과 rugose mosaic 증상)에 의한 피해 등이 있었다. 그리고 1977년에는 걀쭉바이로이드(potato spindle tuber viroid, PSTVd)가 발생하여 종자를 전량 폐기 후 일본에서 수입한 사례도 있었다. 이러한 바이러스에 의한 피해는 바이러스의 종류에 따라 약 20~50%의 생산량 감소를 초래 하였다. 이와 같이 바이러스에 감염되면 생산체계의 이상을 복구하는데 최소 5년의 기간이 소모되므로 바이러스의 조기 진단시스템 구축이 우량종서 생산 및 종자 산업에 절실하다. In Korea, studies on the isolation and identification of viruses that cause plant infections have been conducted since the 1960s, mainly on plant virus gene banks (www.virusbank.org) and old agricultural test sites. Representative damages caused by viral diseases include leaf curling disease by PLAV and mosaic disease (mild mosaic and rugose mosaic) by PVX and PVY. And in 1977, there was a case of potato spindle tuber viroid (PSTVd), which was discarded entirely and imported from Japan. The damage caused by these viruses resulted in about 20-50% reduction in production, depending on the type of virus. As a result of the virus infection, at least five years are required to repair the abnormality of the production system. Therefore, the early diagnosis system of the virus is urgently needed for the production of good seed and the seed industry.

한편, 일반적으로 바이러스에 의하여 발생하는 식물병에 직접 작용하는 약제방제법은 현재까지 개발되어 있지 않은 실정이기 때문에, 바이러스에 의한 식물병을 관리하기 위해서는 먼저 식물체에 바이러스가 발생하였는지 여부와, 어떠한 바이러스가 발생하였는지 여부를 정밀하고 신속하게 진단하여야 한다. 그러나 바이러스는 크기가 1㎛ 보다 작은 병원체로 광학현미경으로도 그 실체를 관찰할 수 없고, 전자현미경을 필요로 하기 때문에, 육안으로 식물체에 발생한 바이러스를 진단하는 것은 곤란하다. 이에 따라 바이러스를 진단하기 위한 다양한 방법들이 개발되어 사용되고 있다. On the other hand, in general, pharmaceutical control methods that directly affect plant diseases caused by viruses have not been developed so far. Therefore, in order to manage plant diseases caused by viruses, whether a virus has occurred in a plant or not, It should be diagnosed precisely and quickly whether it occurred. However, since the virus is a pathogen smaller than 1 µm in size, the reality cannot be observed even under an optical microscope, and an electron microscope is required. Therefore, it is difficult to diagnose the virus occurring in the plant with the naked eye. Accordingly, various methods for diagnosing viruses have been developed and used.

지금까지 바이러스를 진단하기 위하여 ELISA와 같은 혈청학적 진단법이 많이 사용되어왔다. 그러나 혈청학적 진단법은 많은 시료를 일반적인 정밀도에서 진단하는데 사용하는 경우에는 큰 무리가 없었으나, 진단대상 바이러스와 혈청학적 유연관계가 있는 바이러스가 존재할 경우에는 식물체에 발생한 바이러스를 잘못 동정하게 된다거나, 바이러스에 감염된 식물체의 종류에 따라 기주유래 물질이 달라지면서, 이 물질과 비특이적 반응으로 인하여 바이러스를 잘못 진단하게되는 문제가 발생하였다. 또한 2종 이상의 바이러스가 복합 감염된 경우에 이를 진단하기 위해서는 다른 종류의 항체를 사용해서 여러 번 진단해야 한다는 문제점이 있었다. So far, serological diagnostic methods such as ELISA have been used to diagnose viruses. However, the serological diagnostic method was not overwhelming when a large number of samples were used to diagnose at a general precision, but when a virus having a serologically flexible relationship with the virus to be diagnosed existed, a virus generated in a plant was misidentified or a virus was detected. As the host-derived substance is changed according to the type of plant infected with the virus, a nonspecific reaction with the substance causes a problem of incorrectly diagnosing the virus. In addition, when two or more viruses are combined, there is a problem in that multiple diagnosis using different kinds of antibodies is required to diagnose them.

최근에는 식물체에 발생하는 바이러스를 정밀진단하기 위하여 역전사-중합효소연쇄반응(RT-PCR)법이 사용되고 있다. RT-PCR법에서는 사용하는 프라이머가 진단의 특이성과 정밀도를 결정짓는데, RT-PCR법에서 사용하는 프라이머는 일반적으로 바이러스의 유전자 클로닝을 목적으로 설계되기 때문에 종특이적이지 못하다는 문제가 있었다. 따라서 식물 원인 바이러스에 대한 종 특이적인 검출 프라이머가 개발된다면 식물 바이러스의 감염 여부를 매우 간편하고 신속하게 검출할 수 있을 것이다.Recently, reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) has been used to precisely diagnose viruses occurring in plants. In the RT-PCR method, the primer used determines the specificity and precision of the diagnosis. The primer used in the RT-PCR method is generally not designed to be species specific because it is designed for gene cloning of the virus. Therefore, if species-specific detection primers for plant-causing viruses are developed, it will be possible to detect whether plant viruses are infected very easily and quickly.

한편, 박과에는 오이, 참외, 멜론, 수박 등 주요 경제작물이 포함되어 있으며, 대부분 시설재배로 생산되기 때문에 바이러스 병에 대한 조기 진단에 의한 피해 예방이 중요하며, 박과의 주요 바이러스 병으로는 CMV (cucumber mosaic virus), CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV (kyuri green mottle virus), WMV2 (watermelon mosaic virus2), ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) 등 5종이 있다. 그러나 이러한 경제성이 우수한 박과 작물 역시 위와 같은 바이러스에 의해 감염되는 경우, 많은 경제적 손실이 초래된다.On the other hand, the fruits and vegetables contain major economic crops such as cucumbers, melons, melons, and watermelons, and since most of them are produced by plant cultivation, it is important to prevent damage by early diagnosis of viral diseases. There are five species: CMV (cucumber mosaic virus), CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV (kyuri green mottle virus), WMV2 (watermelon mosaic virus2) and ZYMV (zucchini yellow mosaic virus). However, these economical gourds and crops also suffer a great deal of economic loss if they are infected by these viruses.

이에 박과 작물이 바이러스에 의해 감염되었는지를 조기에 진단할 수 있는 방법으로 대한민국공개특허 제2009-0038732호에는 박과 식물 감염성 바이러스 검출용 올리고뉴클레오타이드에 대한 기술이 개발된 바 있으나, 개발된 이러한 기술은 박과 주요 바이러스들을 각기 구별할 수 있는 기술에는 미치지 못하고 있어 감염 원인 바이러스를 정확히 규명하지 못하는 문제점이 있다.Thus, as a method for early diagnosis of the infection of gourds and crops by the virus, Korean Patent Publication No. 2009-0038732 describes the technology for oligonucleotides for detecting gourd and plant infectious virus, but such a technology There is a shortage of technology that can distinguish silver foil and major viruses from each other.

따라서 박과 작물에 감염을 일으키는 원인 바이러스를 각 종별로 특이적으로 검출할 수 있는 방법의 개발이 필요한 실정이다.Therefore, there is a need for the development of a method that can specifically detect the viruses causing the infection of gourds and crops.

따라서 본 발명의 목적은 6종의 박과 작물 바이러스를 각 종별 특이적으로 한 번의 PCR 방법으로 검출할 수 있는 프라이머 세트를 제공하는 것이다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a primer set capable of detecting six kinds of gourd and crop viruses by one PCR method for each species.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 프라이머 세트를 이용하여 박과 작물의 바이러스병 감염 여부를 진단할 수 있는 방법을 제공하는 것이다.Still another object of the present invention is to provide a method for diagnosing viral infection of gourd and crop using the primer set.

또한, 본 발명의 다른 목적은 상기 프라이머 세트를 포함하는 박과 작물의 바이러스병 진단용 키트를 제공하는 것이다.In addition, another object of the present invention is to provide a kit for diagnosing viral diseases of gourds and crops comprising the primer set.

상기한 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq의 6종 바이러스를 동시에 진단할 수 있는 프라이머 조합으로서, 서열번호 1 및 2; 서열번호 3 및 4; 서열번호 5 및 6; 및 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍을 포함하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 프라이머 세트를 제공한다. In order to achieve the above object, the present invention is a cucumber mosaic virus (CMV) -P1, cucumber mosaic virus (CMV) -II, cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), kyuri green mottle virus (KGMMV), zucchini yellow (ZYMV) As a primer combination capable of simultaneously diagnosing six viruses of mosaic virus) -A and zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -Sq, SEQ ID NOs: 1 and 2; SEQ ID NOs: 3 and 4; SEQ ID NOs: 5 and 6; And it provides a set of primers for detecting the six kinds of viruses occurring in gourd and crops comprising the primer pair of SEQ ID NO: 7 and 8.

본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 서열번호 1 및 2의 프라이머 쌍은 CMV(cucumber mosaic virus)-P1과 CMV(cucumber mosaic virus)-II을 특이적으로 검출하고, 상기 서열번호 3 및 4의 프라이머 쌍은 CGMMV(cucumber green mottle mosaic virus)를 특이적으로 검출하고, 상기 서열번호 5 및 6의 프라이머 쌍은 KGMMV(kyuri green mottle virus)를 특이적으로 검출하고, 상기 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍은 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A와 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq를 특이적으로 검출할 수 있다.In one embodiment of the present invention, the primer pairs of SEQ ID NOS: 1 and 2 specifically detect cucumber mosaic virus (CMV) -P1 and cucumber mosaic virus (CMV) -II, The primer pair specifically detects cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), and the primer pairs of SEQ ID NOs: 5 and 6 specifically detect kyuri green mottle virus (KGMMV), and the primers of SEQ ID NOs: 7 and 8 The pair can specifically detect zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -A and zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -Sq.

본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 박과 작물은 오이, 참외, 멜론 또는 수박일 수 있다. In one embodiment of the present invention, the gourd and crop may be cucumber, melon, melon or watermelon.

또한, 본 발명은 본 발명에 따른 상기 프라이머 세트를 포함하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for detecting six kinds of viruses that occur in gourds and crops comprising the primer set according to the present invention.

또한, 본 발명은 본 발명에 따른 상기 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계를 포함하는, 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스인 CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq을 동시에 검출하는 방법을 제공한다.In addition, the present invention, including the step of performing PCR using the primer set according to the present invention, CMV (cucumber mosaic virus)-CM1 (cucumber mosaic virus)-CMV (cucumber mosaic virus)-six kinds of viruses occurring in the crops II, a method for simultaneously detecting cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), kyuri green mottle virus (KGMMV), zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -A and zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -Sq.

본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 PCR은 미지의 바이러스 게놈을 주형으로 하여, 94℃에서 3~5분간 변성반응 시킨 후, 94℃에서 30초~50초, 55℃에서 30초~50초 및 72℃에서 45초~50초를 한 사이클로 하여 30회~35회 사이클을 반복 실시한 다음, 72℃에서 7분간 연장 반응을 수행하는 1번의 PCR 반응으로 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스인 CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq을 동시에 검출할 수 있다.In one embodiment of the present invention, the PCR is a denaturation reaction of the unknown viral genome as a template, 3 to 5 minutes at 94 ℃, 30 seconds to 50 seconds at 94 ℃, 30 seconds to 50 seconds at 55 ℃ CMV, which is 6 kinds of viruses that occur in gourds and crops by one PCR reaction that repeats 30 to 35 cycles with one cycle of 45 seconds to 50 seconds at 72 ° C., and then extends the reaction for 7 minutes at 72 ° C. (cucumber mosaic virus) -P1, cucumber mosaic virus (CMV) -II, cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), kyuri green mottle virus (KGMMV), zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -A and zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) ) -Sq can be detected simultaneously.

본 발명의 프라이머 세트는 한 번의 PCR 반응을 수행하여 박과 작물에 병을 일으키는 주요 바이러스인 CMV P1, CMVⅡ, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A 및 ZYMV-Sq의 6종 바이러스를 특이적으로 신속하고 정확하게 검출할 수 있어, 박과 작물의 바이러스에 의한 감염 여부를 쉽게 진단할 수 있는 효과가 있다.The primer set of the present invention performs a single PCR reaction to specifically and quickly and accurately detects six viruses of CMV P1, CMVII, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A and ZYMV-Sq, which are the main viruses that cause diseases in gourds and crops. Can be detected, there is an effect that can easily diagnose the infection by the virus of gourds and crops.

도 1은 CMV-C1 특이적 마커를 사용한 PCR 결과(위), 및 BLASTN 결과(아래)이다.
도 2는 CMV II 특이적 마커를 사용한 PCR 결과(위), 및 BLASTN 결과(아래)이다.
도 3은 CGMMV-C 특이적 마커를 사용한 PCR 결과(좌), 및 BLASTN 결과(우)이다.
도 4는 KGMMV-C1 특이적 마커를 사용한 PCR 결과(좌), BLASTN 결과(우)이다.
도 5는 ZYMV-A, ZYMV-Sq 특이적 마커를 사용한 PCR 결과이다.
도 6은 본 발명의 프라이머 세트를 이용한 multiplex PCR 분석결과이다.
도 7은 본 발명의 프라이머 세트를 이용한 오이 작물에서의 바이러스 감염 여부 진단결과이다.
1 is a PCR result (above) and a BLASTN result (bottom) using a CMV-C1 specific marker.
FIG. 2 shows PCR results (top), and BLASTN results (bottom) using CMV II specific markers.
3 shows PCR results (left) and CLASTN results (right) using CGMMV-C specific markers.
Fig. 4 shows PCR results (left) and BLASTN results (right) using KGMMV-C1 specific markers.
5 shows PCR results using ZYMV-A and ZYMV-Sq specific markers.
6 is a result of multiplex PCR analysis using the primer set of the present invention.
7 is a diagnostic result of the virus infection in cucumber crops using the primer set of the present invention.

본 발명은 박과 작물에 병을 일으키는 여러 종의 바이러스를 특이적으로 한 번에 검출할 수 있는 PCR용 프라이머 세트에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 박과 작물 감염원인의 주요 바이러스인 CMV-PI, CMV II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A, 및 ZYMV-Sq의 6종 바이러스를 한 번의 PCR로 검출할 수 있는 프라이머 조합인 서열번호 1 및 2; 서열번호 3 및 4; 서열번호 5 및 6; 및 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍으로 이루어진 프라이머 세트를 제공함을 특징으로 한다.The present invention relates to a primer set for PCR that can specifically detect a variety of viruses causing diseases in gourds and crops, and more specifically, CMV-PI, CMV, which are the main viruses of infecting gourds and crops. SEQ ID NOs: 1 and 2, which are primer combinations capable of detecting six viruses of II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A, and ZYMV-Sq by one PCR; SEQ ID NOs: 3 and 4; SEQ ID NOs: 5 and 6; And a primer set consisting of primer pairs of SEQ ID NOs: 7 and 8.

특히 본 발명자들은 본 발명의 일실시예를 통해 박과 작물에 병을 일으키는 주요 바이러스인 상기 6종에 대한 데이터베이스 상의 서열정보를 바탕으로 이들을 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머를 설계하였고, 설계한 프라이머들을 대상으로 6종 바이러스를 특이적으로 검출할 수 있는 후보 프라이머들을 이용하여 바이러스에 감염된 작물을 대상으로 바이러스 검출을 수행한 결과, 서열번호 1 및 2; 서열번호 3 및 4; 서열번호 5 및 6; 및 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍으로 이루어진 프라이머 세트를 사용한 경우, 6종의 바이러스 특이 유전자를 서로 다른 크기로 동시에 탐지할 수 있으며, 단 한번의 PCR 반응으로 각 바이러스를 검출할 수 있다는 것을 확인하였다.In particular, the present inventors have designed a primer that can specifically detect them based on the sequence information on the database of the six kinds of viruses that cause diseases in gourds and crops through one embodiment of the present invention, designed primers As a result of performing virus detection on virus-infected crops using candidate primers capable of specifically detecting six viruses, the SEQ ID NOs: 1 and 2; SEQ ID NOs: 3 and 4; SEQ ID NOs: 5 and 6; And when using a primer set consisting of primer pairs of SEQ ID NO: 7 and 8, it was confirmed that six virus-specific genes can be detected at different sizes at the same time, each virus can be detected by a single PCR reaction .

또한, 본 발명에서 제공하는 상기 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 프라이머 세트에 포함되는 상기 프라이머 쌍들 중, 서열번호 1 및 2의 프라이머 쌍은 CMV(cucumber mosaic virus)-P1과 CMV(cucumber mosaic virus)-II을 특이적으로 검출할 수 있고, 서열번호 3 및 4의 프라이머 쌍은 CGMMV(cucumber green mottle mosaic virus)를 특이적으로 검출할 수 있으며, 서열번호 5 및 6의 프라이머 쌍은 KGMMV(kyuri green mottle virus)를 특이적으로 검출하고, 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍은 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A와 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq를 특이적으로 검출할 수 있는 특징이 있다. In addition, among the primer pairs included in the primer set for detecting six kinds of viruses occurring in the gourd and crop provided by the present invention, the primer pairs of SEQ ID NOs: 1 and 2 are CMV (cucumber mosaic virus) -P1 and CMV (cucumber). mosaic virus) -II can be specifically detected, primer pairs of SEQ ID NOs: 3 and 4 can specifically detect cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), and primer pairs of SEQ ID NOs: 5 and 6 are KGMMV (kyuri green mottle virus) specifically detects, and primer pairs of SEQ ID NOs: 7 and 8 are capable of specifically detecting ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -A and ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -Sq There is this.

그러므로 본 발명에서 제공하는 상기 프라이머 세트는 박과 작물에 발생하는 상기 6종의 바이러스를 검출하는데 매우 용이하게 사용할 수 있으며, 또한 본 발명은 상기 본 발명의 프라이머 세트를 포함하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 키트를 제공할 수 있다. Therefore, the primer set provided in the present invention can be used very easily to detect the six kinds of viruses that occur in gourds and crops, and the present invention also occurs in gourds and crops comprising the primer set of the present invention. Six kinds of virus detection kits can be provided.

여기서 상기 본 발명에서 사용한프라이머란 용어는 적합한 온도 및 적합한 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일-가닥 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 요소, 예컨대, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변화가 있을 수 있다. 또한, 프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 따라서 본 발명에서의 프라이머는 주형인 유전자의 뉴클레오타이드 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 이 유전자 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 또한, 본 발명에 따른 프라이머는 유전자 증폭 반응에 이용될 수 있는 것이 바람직하다.The term primer, as used herein, herein refers to a single that can serve as an initiation point for template-directed DNA synthesis under suitable conditions (ie, four different nucleoside triphosphates and polymerases) in suitable buffers. -Refers to stranded oligonucleotides. The appropriate length of the primer may vary depending on various factors, such as temperature and use of the primer. In addition, the sequence of the primer does not need to have a sequence completely complementary to a partial sequence of the template, and it is sufficient that the primer has sufficient complementarity within a range capable of hybridizing with the template and acting as a primer. Therefore, the primer of the present invention does not need to have a perfectly complementary sequence to the nucleotide sequence of the gene that is the template, and it is sufficient that the primer has sufficient complementarity within the range capable of hybridizing with the gene sequence to perform the primer action. In addition, it is preferable that the primer according to the present invention can be used for gene amplification reaction.

또한, 상기 증폭 반응은 핵산 분자를 증폭하는 반응을 말하며, 이러한 유전자의 증폭 반응들에 대해서는 당업계에 잘 알려져 있고, 예컨대, 중합효소 연쇄반응(PCR), 역전사 중합효소 연쇄반응(RT-PCR), 리가아제 연쇄반응(LCR), 전자 중재 증폭(TMA), 핵산 염기서열 기판 증폭(NASBA) 등이 포함될 수 있다. In addition, the amplification reaction refers to a reaction for amplifying a nucleic acid molecule, and the amplification reactions of such genes are well known in the art, for example, polymerase chain reaction (PCR), reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). , Ligase chain reaction (LCR), electron mediated amplification (TMA), nucleic acid sequence substrate amplification (NASBA), and the like.

나아가 본 발명에서 제공하는 상기 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 키트가 만일 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소(예컨대, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus(Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있으며, 본 발명의 진단용 키트가 면역 분석에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, 이차항체 및 표지의 기질을 포함할 수 있다. Furthermore, if the six kinds of virus detection kits generated in the gourd and crop provided by the present invention are applied to a PCR amplification process, the kit of the present invention may optionally include reagents required for PCR amplification, such as buffers and DNA polymerases. (Eg, thermally stable DNA polymerases obtained from Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis or Pyrococcus furiosus (Pfu)), DNA polymerase cofactors and dNTPs In the case where the diagnostic kit of the present invention is applied to an immunoassay, the kit of the present invention may optionally include a substrate of a secondary antibody and a label.

나아가, 본 발명에 따른 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있으며, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 진단용 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.Furthermore, the kit according to the present invention may be manufactured in a number of separate packaging or compartments containing the reagent components described above, and the kit of the present invention may be a diagnostic kit including essential elements necessary for carrying out a DNA chip. have. The DNA chip kit may include a substrate on which a cDNA corresponding to a gene or a fragment thereof is attached as a probe, and reagents, preparations, enzymes, and the like for producing a fluorescent-labeled probe. In addition, the substrate may contain a cDNA corresponding to a quantitative control gene or a fragment thereof.

이 외에도 본 발명은 상기 본 발명에 따른 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계를 포함하는, 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스인 CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq을 동시에 검출하는 방법을 제공할 수 있으며, 특히 본 발명에서 제공하는 상기 검출 방법은 미지의 바이러스 게놈을 주형으로 하여, 94℃에서 3~5분간 변성반응 시킨 후, 94℃에서 30초~50초, 55℃에서 30초~50초 및 72℃에서 45초~50초를 한 사이클로 하여 30회~35회 사이클을 반복 실시한 다음, 72℃에서 7분간 연장 반응을 수행하는 1번의 PCR 반응으로 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스를 동시에 검출할 수 있다. In addition, the present invention includes PCR, which comprises the steps of performing PCR using the primer set according to the present invention, CMV (cucumber mosaic virus) -P1, CMV (cucumber mosaic virus)- II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV (kyuri green mottle virus), ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -A and ZYMV (zucchini yellow mosaic virus)-can provide a method for detecting at the same time, in particular In the detection method provided by the present invention, after denaturation of an unknown viral genome as a template for 3 to 5 minutes at 94 ° C, 30 seconds to 50 seconds at 94 ° C, 30 seconds to 50 seconds and 72 ° C at 55 ° C In one cycle of 45 seconds to 50 seconds, 30 cycles to 35 cycles were repeated, and one PCR reaction was performed at 72 ° C. for 7 minutes to detect 6 kinds of viruses occurring at night. have.

일반적으로 PCR 반응은 사용하는 주형 DNA 및 프라이머의 염기서열 종류와 수에 따라 PCR 반응의 시간 및 온도 조건이 각기 달리 최적화 되어지는데, 본 발명의 경우, 6종 박과 감염 바이러스에 대해 종 특이적인 프라이머들을 가지고 한 번의 PCR 반응 만으로 감염 여부를 진단할 수 있다. In general, the PCR reaction is optimized according to the time and temperature conditions of the PCR reaction according to the type and number of nucleotide sequences of the template DNA and primers used in the present invention. With a single PCR reaction, you can diagnose the infection.

또한, 본 발명에서 상기 바이러스들이 감염시킬 수 있는 박과 작물로는 이에 제한되지는 않으나 오이,참외, 멜론 또는 수박일 수 있다.
In addition, in the present invention, the viruses and crops that can infect the virus may be, but are not limited to, cucumbers, melons, melons or watermelons.

이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명하기로 한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to examples. However, these examples are intended to illustrate the present invention in more detail, and the scope of the present invention is not limited to these examples.

<< 실시예Example 1> 1>

박과 작물에 바이러스의 접종 및 감염 확인Checking for Inoculation and Infection of Viruses in Parks and Crops

박과에 병을 일으키는 바이러스들을 각각의 기주식물체에 접종한 후 감염 여부를 확인하였다. 사용한 바이러스는 발명자들이 보유하던 균주와 식물 바이러스 유전자은행에서 분양받은 것을 사용하였는데, 즉, CMV-PI, CMV II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A, 및 ZYMV-Sq을 사용하였다. 식물체에 바이러스의 접종을 위해 먼저 막자사발을 이용하여 접종 대상인 식물체 0.01g을 4㎕의 0.01M K2HPO4(제2인산칼륨)에 섞어 마쇄한 후, 잘 소독된 철사에 묻혀 상기 바이러스들을 기주식물에 접종하였다. 또한, 바이러스 접종에 의한 식물병 발병조건을 위해 상기 바이러스를 기주식물의 본엽 1기에 접종한 후 온도는 22℃, 습도는 80% 이상으로 유지하였고, 본엽 3기 이후에 접종한 잎이 아닌 새잎을 육안으로 확인하고, ELISA 및 항체 여과지 진단키트(기산바이오)를 사용하여 발병 여부를 확인하였다. 또한 진단키트로 검정이 어려운 경우, PCR 산물(product)을 시퀀싱(sequencing)한 후 BLASTN을 실시하여 각 바이러스에 대한 감염 여부의 유의성을 검정하였다(도 1 내지 도 5 참조).
After inoculating each host plant with viruses that cause disease of the fruit, it was checked for infection. Viruses used were those obtained by the inventors of the strain and plant virus gene bank, that is, CMV-PI, CMV II, CGMMV, KGMMV, ZYMV-A, and ZYMV-Sq. For inoculation of the virus to plants, first mix 0.01 g of the plant to be inoculated using a mortar with 4 μl of 0.01MK 2 HPO 4 (dipotassium phosphate), and then crush it. Was inoculated. In addition, after inoculation of the virus to the first leaf of the host plant for the development of plant diseases caused by the virus inoculation, the temperature was maintained at 22 ℃, humidity of 80% or more, after the third leaf of the leaves not inoculated Visually confirmed, the onset was confirmed using ELISA and antibody filter paper diagnostic kit (kisan bio). In addition, when the assay kit is difficult to assay, PCR products (sequence) after sequencing (sequencing) and performed BLASTN to test the significance of the infection for each virus (see FIGS. 1 to 5).

<< 실시예Example 2> 2>

바이러스 검출용 For virus detection 프라이머의Primer 설계 design

<2-1> 바이러스 염기서열의 <2-1> Viral Sequence InIn SilicoSilico 분석 analysis

상기 기주식물에 접종한 바이러스의 염기서열을 확보하기 위해 상기 6종의 박과 바이러스들에 대해 NCBI 데이터베이스에 등록된 바이러스 시퀀스(sequence)를 탐색하고, 각 바이러스의 형태적 특징에 따라 위 시퀀스를 분류하여 정리하였다. 그리고 바이러스 웹사이트(http://tree.bio.ed.ac.uk/rnavirusdb)를 활용하여 바이러스 구조를 확인한 후, CLC Sequence viewer program을 이용하여 정리된 서열을 정렬(alignment)하고, 계통수(phylogenetic tree)를 프로그램을 이용하여 작성하여 서열을 그룹화하였다.
In order to secure the nucleotide sequence of the virus inoculated into the host plant, the virus sequence registered in the NCBI database is searched for the six kinds of gourds and viruses, and the above sequence is classified according to the morphological characteristics of each virus. It was arranged by. After confirming the virus structure by using the virus website (http://tree.bio.ed.ac.uk/rnavirusdb), the CLC Sequence viewer program is used to align the arranged sequences and phylogenetic tree (phylogenetic). The sequence was grouped by constructing a tree).

<2-2> 특이적 <2-2> specific 프라이머primer 조합 설계 Combination design

각 식물 바이러스에서 그룹화된 서열정보를 바탕으로 프로그램(Primer 3)을 이용하여 아래 표 1과 같이 각 바이러스를 특이적으로 탐지할 수 있는 후보 프라이머 조합을 설계하였다.Based on the sequence information grouped in each plant virus, using the program (Primer 3) was designed a candidate primer combination that can specifically detect each virus as shown in Table 1 below.

Figure pat00001
Figure pat00001

<실시예 3><Example 3>

PCR 반응을 이용한 바이러스 병 진단Virus disease diagnosis using PCR reaction

<3-1> 바이러스 RNA 추출(Trizol method)<3-1> Viral RNA Extraction (Trizol method)

상기 실시예에서 바이러를 감염시킨 기주식물체의 잎 100㎎에 액체질소를 첨가하고, 비드(bead)를 이용하여 잎을 파쇄한 후, 트리졸(Trizol) 시약 1,000㎕를 첨가하고 볼텍싱(vortexing)한 후, 상온에서 5분간 방치하였고, 다시 200㎕의 클로로포름(chloroform)을 각 튜브에 넣고 15초간 볼텍싱한 다음, 상온에 15분간 방치하였다. 12,000rpm, 4℃에서 10분간 원심분리한 후, 상층액 500㎕를 새로운 튜브로 옮기고, 400㎕의 아이소프로판올(isopropanol)을 첨가하여 인버팅(inverting)하였다. 12,000rpm, 4℃에서 10분간 원심분리한 다음, 상층액을 버리고 70% 에탄올 1㎖로 세척하였다. 12,000rpm에서 4℃의 온도로 2분간 원심분리한 후, 상층액을 버리고 상온에서 5분간 건조한 다음 DEPC 40㎕를 첨가하고 65℃에서 10분간 배양(incubation)하고 잘 섞은 후 -70℃에 보관하였다.
In the above embodiment, liquid nitrogen was added to 100 mg of the leaves of the host plant infected with the virus, and the leaves were crushed using beads, and then 1,000 μl of Trizol reagent was added and vortexed. After 5 minutes, the mixture was allowed to stand at room temperature for 5 minutes, and 200 μl of chloroform was added to each tube and vortexed for 15 seconds, and then allowed to stand at room temperature for 15 minutes. After centrifugation at 12,000 rpm for 10 minutes at 4 ° C., 500 μl of the supernatant was transferred to a new tube and inverted by adding 400 μl of isopropanol. After centrifugation at 12,000 rpm for 10 minutes at 4 ° C, the supernatant was discarded and washed with 1 ml of 70% ethanol. After centrifugation for 2 minutes at 12,000rpm at a temperature of 4 ℃, discard the supernatant, and dried at room temperature for 5 minutes, 40 μl of DEPC was added, incubated at 65 ℃ for 10 minutes (mixed well) and stored at -70 ℃ .

<3-2> 바이러스 cDNA 합성(SuperScript, invitrogen)<3-2> Virus cDNA Synthesis (SuperScript, invitrogen)

실시예 <3-1>에서 수득한 각 바이러스의 RNA을 대상으로 cDNA의 합성을 위해 RT-PCR을 수행하였는데, 반응 조성물로는 추출한 RNA 10ng, Oligo DT 1㎕, dNTPs 1㎕, DEPC 1㎕을 혼합하고 총 부피(volume)가 11㎕가 되도록 조정한 다음, 65℃에서 5분, 4℃에서 1분간 반응시켰다. 이후, 10X RT 2㎕, 25mM Mgcl2 4㎕, 0.1M DTT 2㎕, RNase Out 1㎕ 혼합하고 총 부피를 20㎕로 조정하고, 42℃에서 2분간 반응시켰다. 이후, SSⅡ 1㎕ 첨가 후, 총 부피 21㎕로 조정하여 42℃에서 50분, 70℃에서 15분 반응시키고 RNase H 1㎕ 넣고 37℃에서 20분간 처리하고 -20℃에서 보관하였다.
RT-PCR was performed on the RNA of each virus obtained in Example <3-1> for the synthesis of cDNA. As a reaction composition, 10 ng of extracted RNA, 1 μl of Oligo DT, 1 μl of dNTPs, and 1 μl of DEPC were used. After mixing and adjusting the total volume to 11 μl, the reaction was carried out at 65 ° C. for 5 minutes and at 4 ° C. for 1 minute. Thereafter, 2 µl of 10X RT, 4 µl of 25mM Mgcl2, 2 µl of 0.1M DTT, and 1 µl of RNase Out were adjusted, and the total volume was adjusted to 20 µl and reacted at 42 ° C. for 2 minutes. Thereafter, after adding 1 μl of SSII, the total volume was adjusted to 21 μl, reacted at 42 ° C. for 50 minutes and at 70 ° C. for 15 minutes. 1 μl of RNase H was added and treated at 37 ° C. for 20 minutes and stored at −20 ° C.

<3-3> 바이러스 cDNA에 대한 본 발명의 프라이머를 사용한 PCR 분석<3-3> PCR analysis using primers of the present invention for viral cDNA

상기 실시예 <3-2>의 실험을 통해 각 바이러스의 cDNA를 수득한 후, 이들 바이러스를 검출할 수 있다고 예상되는 프라이머들로서 상기 표 1에 기재된 프라이머들을 대상으로, 각 6종의 바이러스를 각각 검출할 수 있는 프라이머쌍을 선택하여 각각의 조합을 만든 후, PCR 반응을 수행하여, 6종의 바이러스를 검출할 수 있는 프라이머 조합을 찾아내었는데, 먼저 이를 위한 PCR 반응 조성물로 바이러스 cDNA 10ng, 10× buffer(1.0mM MgCl2포함), dNTPs 200 μM, taq polymerase 0.1 Unit, Primer 0.25uM 를 혼합하여 총 부피가 25 ㎕가 되도록 조절한 후, 94℃에서 5분간 변성, 94℃에서 45초, 55℃에서 45초, 72℃에서 45초를 한 사이클(cycle)로 하여 총 35회 반복 실시한 후, 72℃에서 7분간 반응시켰다.After obtaining the cDNA of each virus through the experiment of Example <3-2>, each of the six viruses are detected in each of the primers listed in Table 1 above as primers expected to detect these viruses. After selecting each primer pair to make each combination, PCR reaction was performed to find primer combinations that can detect six viruses. First, the PCR reaction composition for the virus cDNA 10ng, 10 × buffer (containing 1.0mM MgCl 2 ), dNTPs 200 μM, taq polymerase 0.1 Unit, Primer 0.25 uM, adjusted to a total volume of 25 μl, and then denatured at 94 ° C. for 5 minutes, 45 seconds at 94 ° C., 55 ° C. After a total of 35 repetitions of 45 seconds at 45 ℃, 45 seconds at one cycle (cycle), the reaction was carried out at 72 ℃ for 7 minutes.

그 결과, 6종의 바이러스를 한 번에 검출할 수 있는 특이 프라이머 조합으로서, 하기 표 2의 프라이머 세트를 사용할 수 있다는 것을 확인할 수 있었다. 또한, 여기서 CMV-PI과 CMV II의 2종 바이러스는 한 쌍의 프라이머로 검출할 수 있으며, ZYMV-A와 ZYMV-Sq의 2종 바이러스도 한 쌍의 프라이머로 검출할 수 있다는 것을 알 수 있었다(도 6 참조). As a result, it was confirmed that the primer sets shown in Table 2 below can be used as specific primer combinations capable of detecting six viruses at once. In addition, two viruses of CMV-PI and CMV II can be detected with a pair of primers, and two viruses of ZYMV-A and ZYMV-Sq can be detected with a pair of primers ( 6).

최적 조건을 구성하는 바이러스별 프라이머 조합Combination of primers for each virus that constitute optimal conditions 바이러스명Virus name 프라이머명Primer name 프라이머서열(5'→3')Primer sequence (5 '→ 3') 산물길이Product length 서열번호SEQ ID NO: CMV-PI & CMV IICMV-PI & CMV II FPCMVR2A-FFPCMVR2A-F YWCVACTCTGCCYACNCAYRDYWCVACTCTGCCYACNCAYRD 240240 1One FPCMVR2A-R FPCMVR2A-R AGCTCWGGRACRTCRGCRTTWAGCTCWGGRACRTCRGCRTTW 22 CGMMVCGMMV FPCGMMV_7-FFPCGMMV_7-F TCCTAGCAATCCGACGACTGTCCTAGCAATCCGACGACTG 214214 33 FPCGMMV_7-R FPCGMMV_7-R ACCACCGTCAGAAGACCCTCACCACCGTCAGAAGACCCTC 44 KGMMVKGMMV FPKGMMV_6-F FPKGMMV_6-F CCAACGCTGCGACAAATAATCCAACGCTGCGACAAATAAT 106106 55 FPKGMMV_6-R FPKGMMV_6-R ACCATTTTGCGTTTGCAGAGACCATTTTGCGTTTGCAGAG 66 ZYMV-A & ZYMV-SqZYMV-A & ZYMV-Sq FPZYMV_6FFPZYMV_6F CCAACGCTGCGACAAATAAT CCAACGCTGCGACAAATAAT 276276 77 FPZYMV_6RFPZYMV_6R GTCTTCGCTAGTGGTGGCAAGTCTTCGCTAGTGGTGGCAA 88

<< 실시예Example 4> 4>

본 발명의 프라이머 쌍을 이용한 박과 바이러스 검출Park and virus detection using primer pairs of the present invention

나아가 본 발명자들은 상기 실시예 3을 통해 6종의 박과 바이러스를 검출할 수 있는 바이러스 특이 프라이머 조합을 사용하여 실제 박과 작물에 감염된 바이러스를 종별 검출가능한지 확인하기 위해, 상기 바이러스들에 감염된 오이 개체 16개를 선별하여 PCR 분석으로 병 발생 여부를 진단하였다. 이를 위해 상기 표 2의 프라이머 조합을 모두 사용하였는데, 상기 프라이머 6개 세트를 Speed Vac. 기기를 사용하여 30분간 농축시킨 다음, 이것을 시중에 판매되고 있는 Premixture와 함께 혼합한 다음, PCR 반응으로서 94℃에서 5분간 변성, 94℃에서 30초, 55℃에서 30초, 72℃에서 50초를 한 사이클로 하여 총 35회 사이클을 반복 실시한 후, 72℃에서 7분간 반응시켜 합성하였다.
Furthermore, the inventors of the present invention used the virus-specific primer combinations capable of detecting six kinds of watermelons and viruses through Example 3 to identify whether the virus infected with the actual watermelons and crops could be detected. Sixteen were selected and diagnosed as disease by PCR analysis. To this end, all of the primer combinations shown in Table 2 were used. Six sets of the primers were used in Speed Vac. Concentrate using the instrument for 30 minutes, then mix it with commercially available Premixture, and then denature for 5 minutes at 94 ° C, 30 seconds at 94 ° C, 30 seconds at 55 ° C, 50 seconds at 72 ° C as a PCR reaction. After repeating a total of 35 cycles in a cycle, it was synthesized by reacting for 7 minutes at 72 ℃.

그 결과, 도 7에 나타낸 바와 같이, 본 발명에서 규명한 프라이머 조합을 사용하여 단 한번의 PCR 방법을 통해 6종의 박과 바이러스의 감염 여부를 신속하고 정확하게 검출할 수 있다는 것을 알 수 있었다.
As a result, as shown in Figure 7, using the primer combination identified in the present invention it can be seen that it is possible to quickly and accurately detect the infection of six kinds of gourds and viruses through a single PCR method.

이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 설명이 아니라 특허청구범위에 나타나 있으며, 그와 동등한 범위 내에 있는 모든 차이점은 본 발명에 포함된 것으로 해석되어야 할 것이다.So far I looked at the center of the preferred embodiment for the present invention. It will be understood by those skilled in the art that various changes in form and details may be made therein without departing from the spirit and scope of the invention as defined by the appended claims. Therefore, the disclosed embodiments should be considered in an illustrative rather than a restrictive sense. The scope of the present invention is defined by the appended claims rather than by the foregoing description, and all differences within the scope of equivalents thereof should be construed as being included in the present invention.

<110> FNP,inc. <120> PCR primers for detecting viruses occurring on cucurbitaceae and method for detceting cucurbitaceae viruses <160> 8 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCMVR2A-F primer <400> 1 ywcvactctg ccyacncayr d 21 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCMVR2A-R primer <400> 2 agctcwggra crtcrgcrtt w 21 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCGMMV_7-F primer <400> 3 tcctagcaat ccgacgactg 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCGMMV_7-R primer <400> 4 accaccgtca gaagaccctc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPKGMMV_6-F primer <400> 5 ccaacgctgc gacaaataat 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPKGMMV_6-R primer <400> 6 accattttgc gtttgcagag 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPZYMV_6F primer <400> 7 ccaacgctgc gacaaataat 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPZYMV_6R primer <400> 8 gtcttcgcta gtggtggcaa 20 <110> FNP, inc. <120> PCR primers for detecting viruses occurring on cucurbitaceae and          method for detceting cucurbitaceae viruses <160> 8 <170> Kopatentin 2.0 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCMVR2A-F primer <400> 1 ywcvactctg ccyacncayr d 21 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCMVR2A-R primer <400> 2 agctcwggra crtcrgcrtt w 21 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCGMMV_7-F primer <400> 3 tcctagcaat ccgacgactg 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPCGMMV_7-R primer <400> 4 accaccgtca gaagaccctc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPKGMMV_6-F primer <400> 5 ccaacgctgc gacaaataat 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPKGMMV_6-R primer <400> 6 accattttgc gtttgcagag 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPZYMV_6F primer <400> 7 ccaacgctgc gacaaataat 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FPZYMV_6R primer <400> 8 gtcttcgcta gtggtggcaa 20

Claims (6)

CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq의 6종 바이러스를 동시에 진단할 수 있는 프라이머 조합으로서, 서열번호 1 및 2; 서열번호 3 및 4; 서열번호 5 및 6; 및 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍을 포함하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 프라이머 세트. Cucumber mosaic virus (CMV) -P1, cucumber mosaic virus (CMV) -II, cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), kyuri green mottle virus (KGMMV), zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -A and zucchini yellow mosaic (ZYMV) As a primer combination that can simultaneously diagnose six viruses of virus) -Sq, SEQ ID NOs: 1 and 2; SEQ ID NOs: 3 and 4; SEQ ID NOs: 5 and 6; And a primer set for detecting six kinds of viruses occurring in a gourd and a crop comprising primer pairs of SEQ ID NOs: 7 and 8. 제1항에 있어서,
상기 서열번호 1 및 2의 프라이머 쌍은 CMV(cucumber mosaic virus)-P1과 CMV(cucumber mosaic virus)-II을 특이적으로 검출하고,
상기 서열번호 3 및 4의 프라이머 쌍은 CGMMV(cucumber green mottle mosaic virus)를 특이적으로 검출하고,
상기 서열번호 5 및 6의 프라이머 쌍은 KGMMV(kyuri green mottle virus)를 특이적으로 검출하고,
상기 서열번호 7 및 8의 프라이머 쌍은 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A와 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq를 특이적으로 검출하는 것을 특징으로 하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 프라이머 세트.
The method of claim 1,
The primer pairs of SEQ ID NOs: 1 and 2 specifically detect cucumber mosaic virus (CMV) -P1 and cucumber mosaic virus (CMV) -II,
The primer pairs of SEQ ID NOs: 3 and 4 specifically detect CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus),
The primer pairs of SEQ ID NO: 5 and 6 specifically detects KMMV (kyuri green mottle virus),
The primer pairs of SEQ ID NOs: 7 and 8 are for detecting six viruses occurring in gourds and crops, characterized by specifically detecting ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -A and ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) -Sq. Primer set.
제1항에 있어서,
상기 박과 작물은 오이, 참외, 멜론 또는 수박인 것을 특징으로 하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 프라이머 세트.
The method of claim 1,
The gourd crop is a primer set for detecting 6 kinds of viruses occurring in the gourd crop, characterized in that cucumber, melon, melon or watermelon.
제1항의 프라이머 세트를 포함하는 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스 검출용 키트.Six kinds of virus detection kits that occur in gourd and crops comprising the primer set of claim 1. 제1항의 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계를 포함하는, 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스인 CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq을 동시에 검출하는 방법.6 kinds of viruses that occur in gourd and crops, including the step of performing PCR using the primer set of claim 1, CMV (cucumber mosaic virus) -P1, CMV (cucumber mosaic virus) -II, CGMMV (cucumber green mottle) mosaic virus), kyuri green mottle virus (KGMMV), zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -A and zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -Sq. 제5항에 있어서,
상기 PCR은 미지의 바이러스 게놈을 주형으로 하여, 94℃에서 3~5분간 변성반응 시킨 후, 94℃에서 30초~50초, 55℃에서 30초~50초 및 72℃에서 45초~50초를 한 사이클로 하여 30회~35회 사이클을 반복 실시한 다음, 72℃에서 7분간 연장 반응을 수행하는 1번의 PCR 반응으로 박과 작물에 발생하는 6종 바이러스인 CMV(cucumber mosaic virus)-P1, CMV(cucumber mosaic virus)-II, CGMMV (cucumber green mottle mosaic virus), KGMMV(kyuri green mottle virus), ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-A 및 ZYMV(zucchini yellow mosaic virus)-Sq를 동시에 검출하는 방법.
The method of claim 5,
The PCR is based on an unknown viral genome as a template, after denaturation at 94 ° C. for 3 to 5 minutes, 30 seconds to 50 seconds at 94 ° C., 30 seconds to 50 seconds at 55 ° C., and 45 seconds to 50 seconds at 72 ° C. After repeated cycles of 30 to 35 cycles in one cycle, CMV (cucumber mosaic virus) -P1, CMV, six kinds of viruses that occur in gourds and crops in one PCR reaction for 7 minutes extension reaction at 72 ° C. (cucumber mosaic virus) -II, cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), kyuri green mottle virus (KGMMV), zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -A and zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) -Sq.
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