KR20130045888A - Composition for diagnosing and /or treating cancer and the kit - Google Patents

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Abstract

PURPOSE: A composition and a kit for diagnosing and/or treating cancer are provided to reduce telomerase activity which is enhanced by HCCR-1 in RKO cells. CONSTITUTION: A composition for treating colon cancer contains an amino acid sequence of sequence number 3 as an active ingredient. A composition for diagnosing cancer contains a protein containing an amino acid of sequence number 1 or 2 as a marker for diagnosing cancer. The composition contains a monoclonal antibody which binds to an amino acid residue of sequence number 1 or 2. A kit for diagnosing cancer contains the protein. A kit for diagnosing cancer contains the monoclonal antibody.

Description

암 진단 및/또는 치료용 조성물 및 키트{COMPOSITION FOR DIAGNOSING AND /OR TREATING CANCER AND THE KIT}Composition and kit for diagnosis and/or treatment of cancer {COMPOSITION FOR DIAGNOSING AND /OR TREATING CANCER AND THE KIT}

본 발명은 암 진단 및/또는 치료용 조성물 및 그 키트에 관한 것이다. The present invention relates to a composition for diagnosis and/or treatment of cancer and a kit thereof.

암 억제 유전자(tumor suppressor gene) 산물은 정상 세포로부터 암 세포로의 형질전환을 억제하며, 이 기능이 상실되면 세포는 악성 형질전환에 이르게 된다(Klein, G., FASEB J., 7, 821-825 (1993)). 암세포가 암을 형성하기 위해서는 암 억제 유전자의 정상 카피수 기능이 상실되어야 한다. p53 암 억제 유전자의 코딩 서열내 변형이 인간 암에서 가장 일반적인 유전적 변화로 밝혀졌다(Bishop, J.M., Cell, 64, 235-248 (1991); 및 Weinberg, R.A., Science, 254, 1138-1146 (1991)). 그러나 자궁경부암에서 보고된 p53 변이는 2 % 내지 11 %의 범위에 불과하여(Crook, T. et al., Lancet, 339, 1070-1073 (1992); 및 Busby-Earle, R.M.C. et al., Br . j. Cancer, 69, 732-737 (1994)), 자궁경부암 조직의 일부만이 이러한 p53 변이를 보이는 것으로 생각된다. 이에 본 발명자들은, 정상 자궁경부 조직과 자궁경부암 사이에 차별적으로 발현되는 유전자를 보다 효율적으로 나타내는 mRNA 감별 전개법(differential display(DD) method)을 사용하여, 정상 자궁경부 조직에서 새로운 암 억제 유전자를 분리하고자 예의 연구하였다.  The product of the tumor suppressor gene inhibits transformation from normal cells to cancer cells, and when this function is lost, the cell leads to malignant transformation (Klein, G., FASEB J. , 7 , 821- 825 (1993)). In order for cancer cells to form cancer, the normal copy number function of the cancer suppressor gene must be lost. Modifications in the coding sequence of the p53 cancer suppressor gene were found to be the most common genetic changes in human cancer (Bishop, JM, Cell , 64 , 235-248 (1991); and Weinberg, RA, Science , 254 , 1138-1146 ( 1991)). However, the p53 mutation reported in cervical cancer is only in the range of 2% to 11% (Crook, T. et al., Lancet , 339 , 1070-1073 (1992); And Busby-Earle, RMC et al., Br, Br. j. Cancer , 69 , 732-737 (1994)), only a portion of cervical cancer tissues are thought to exhibit this p53 mutation. Therefore, the present inventors use the mRNA differential display (DD) method, which more efficiently expresses genes differentially expressed between normal cervical tissue and cervical cancer, to create new cancer suppressor genes in normal cervical tissue. It was studied carefully to separate.

암유전자(Oncogene) HCCR-1은 p53의 네가티브 조절자로 작용하고 대장을 포함한 여러 장기의 종양형성에 작용한다는 것이 알려졌다(Ko, J. et al. Oncogene 22, 4679-4689 (2003); Ko, J. et al . . Oncogene 23, 1950-1953 (2004); Yoon, S. K. et al . Cancer Res . 64, 5434-5441 (2004)) HCCR-1의 종양형성 경로를 이해하기 위해서, 본 발명자들은 효모 투-하이브리드(two-hybrid) 스크린을 수행하였고, HCCR-1이 DP1 (Deleted in polyposis 1) 유전자와 상호작용한다는 것을 밝혔다. DP1 내의 HCCR-1 상호작용 도메인은 61-120 잔기이다. 이 두 단백질들은 미토콘드리아에 같이 존재하나 HCCR-1의 발현은 대장암에서 DP1의 발현과 네가티브 상관관계를 보인다. 본 발명자들은 샌드위치 ELISA 방법을 사용하여 대장암 환자에서 혈청 HCCR-1의 유용성을 조사하였다. 대장암을 검출에 대한 HCCR-1의 민감성(76.0%)은 CA19-9의 민감성(32.0%)보다 매우 크며 특히 대장암 초기단계에서 더욱 효과적이다. DP1 유전자에서 이형접합성(heterozygosity) 상실은 대장암에서 종종 관찰된다(57.1%). 연구들은 DP1이 대장 종양형성에서 종양 억제인자 역할; 즉 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들은 성장 억제, 에팝토시스, 감소된 텔로머레이즈 활성 및 p53, p21, MDM2 및 Bax의 업-레귤레이션을 나타내었다. 이러한 현상은 HCCR-1이 과발현된 경우에 역전되었다. 또한 본 발명은 DP1이 특히 대장암에서 종양억제자 역할을 수행하고 과발현된 HCCR-1은 상호작용에 의하여 DP1의 종양 억제 작용을 저해한다는 것을 기재한다.Oncogene It is known that HCCR-1 acts as a negative regulator of p53 and acts on tumorigenesis in various organs, including the large intestine (Ko, J. et al . Oncogene 22, 4679-4689 (2003); Ko, J. et al . . Oncogene 23, 1950-1953 (2004); Yoon, SK et al . Cancer Res . 64, 5434-5441 (2004)) To understand the tumorigenic pathway of HCCR-1, the present inventors performed a yeast two-hybrid screen, and HCCR-1 is the DP1 (Deleted in polyposis 1) gene. Revealed that it interacts with. The HCCR-1 interacting domain in DP1 is 61-120 residues. These two proteins coexist in mitochondria, but the expression of HCCR-1 shows a negative correlation with the expression of DP1 in colon cancer. The present inventors investigated the usefulness of serum HCCR-1 in colon cancer patients using a sandwich ELISA method. The sensitivity of HCCR-1 to detect colon cancer (76.0%) is much greater than that of CA19-9 (32.0%), and is particularly effective in the early stages of colon cancer. Loss of heterozygosity in the DP1 gene is often observed in colorectal cancer (57.1%). Studies show that DP1 plays a role as a tumor suppressor in colon tumorigenesis; That is, DP1-transfected RKO cells showed growth inhibition, epitosis, reduced telomerase activity, and up-regulation of p53, p21, MDM2 and Bax. This phenomenon was reversed when HCCR-1 was overexpressed. In addition, the present invention describes that DP1 plays a role of a tumor suppressor, particularly in colorectal cancer, and that overexpressed HCCR-1 inhibits the tumor suppressor action of DP1 by interaction.

암 유전자나 종양억제 유전자들의 변이는 종양 형성의 주된 기작 중에 하나이다. 따라서 새로운 종양 관련 유전자들 및 그들의 작용 기작을 밝히는 것은 악성 종양 질환들을 극복하는데 있어서 중요하다. 최근에 본 발명자들은 새로운 암유전자 HCCR을 발견하였고 이것은 HCCR-1 (GenBank accession number AF 195651) 및 HCCR-2 (GenBank accession number AF 315598)의 두 타입으로 분류된다(Ko, J. et al. Oncogene 22, 4679-4689 (2003)). HCCR-1 또는 HCCR-2 과발현된 세포는 누드 마우스에서 종양을 형성하였고 HCCR 형질전환 마우스들은 유방암과 전이를 일으켰다(Ko, J. et al. Oncogene 22, 4679-4689 (2003); Ko, J. et al . . Oncogene 23, 1950-1953 (2004)). 또 HCCR은 p53 종양 억제 유전자를 네가티브하게 조절하는 것을 밝혔다(Ko, J. et al. Oncogene 22, 4679-4689 (2003); Ko, J. et al . . Oncogene 23, 1950-1953 (2004)). Mutation of cancer genes or tumor suppressor genes is one of the main mechanisms of tumor formation. Therefore, revealing new tumor-associated genes and their mechanisms of action is important in overcoming malignant tumor diseases. Recently, the present inventors discovered a new oncogene HCCR, which is HCCR-1 (GenBank accession number AF 195651) and HCCR-2 It is classified into two types (GenBank accession number AF 315598) (Ko, J.et al.Oncogene 22, 4679-4689 (2003)). Cells overexpressing HCCR-1 or HCCR-2 formed tumors in nude mice, and HCCR transgenic mice developed breast cancer and metastasis (Ko, J.et al.Oncogene 22, 4679-4689 (2003); Ko, J.et al . .Oncogene 23, 1950-1953 (2004)). In addition, HCCR was found to negatively regulate the p53 tumor suppressor gene (Ko, J.et al.Oncogene 22, 4679-4689 (2003); Ko, J.et al . .Oncogene 23, 1950-1953 (2004)).

HCCR-1은 대장암을 포함한 여러 타입의 인간 악성 종양에서 과발현된다(Ko, J. et al. Oncogene 22, 4679-4689 (2003)). HCCR-1 종양형성 기작을 이해하기 위해서는 본 발명자들은 효모 투-하이브리드(two-hybrid) 스크린을 수행하였고, C5orf18 (GenBank accession number NM_005669) 유전자에 의하여 코딩되고 HCCR-1과 상호작용을 하는 DP1 단백질을 동정하였다. 특히 DP1 유전자는 선종성 용종증(adenomatous polyposis coli;APC)유전자 근처에 위치한다. APC는 주지된 종양 억제 유전자 중 하나로 가족성 선종성 용종증(FAP)를 갖는 환자들의 생식세포 DNA에서는 돌연변이 되어 있고, APC의 체세포 돌연변이들 또는 대립유전자 결손은 우발적인 결장암들에서 알려졌다. 중증 FAP에서, 5q22 염색체상의 약 100 kb-크기의 지역이 일반적으로 결손되었다. APC 유전자외에도 DP1은 이 준현미경적(submicroscopic) 결손 지역에 위치하나, 또 다른 대장암(MCC)에서 돌연변이된 추정적인 종양 억제유전자는 이 통상적인 결손 지역 외부에 존재한다. 중증의 FAP형태와 대비하여, 경증의 FAP 환자들은 염색체 결손이 없는 이 지역의 APC 및 MCC 돌연변이를 보인다. 그 데이터들은 본 발명자들로 하여금 HCCR-1이 상호작용을 통하여 DP1의 네가티브 조절에 의한 대장 종양 형성에 기여할 수 있다는 가능성을 연구하게 하였다.HCCR-1 is overexpressed in several types of human malignancies, including colorectal cancer (Ko, J. et al. al . Oncogene 22, 4679-4689 (2003)). In order to understand the HCCR-1 tumorigenic mechanism, the present inventors performed a yeast two-hybrid screen, and the DP1 protein encoded by the C5orf18 (GenBank accession number NM_005669) gene and interacting with HCCR-1 was identified. I sympathized. In particular, the DP1 gene is located near the adenomatous polyposis coli (APC) gene. APC One of the well-known tumor suppressor genes is mutated in the germ cell DNA of patients with familial adenomatous polyposis (FAP), and somatic mutations or allele deletions of APC are known in accidental colon cancers. In severe FAP, a region of about 100 kb-sized on the 5q22 chromosome was generally deleted. In addition to the APC gene, DP1 is located in this submicroscopic region of the defect, but a putative tumor suppressor gene mutated from another colon cancer (MCC) exists outside this common region of the defect. In contrast to the severe form of FAP, patients with mild FAP show APC and MCC mutations in this region with no chromosomal defects. The data led the inventors to study the possibility that HCCR-1 could contribute to colon tumor formation by negative regulation of DP1 through interaction.

본 발명의 목적은 암 진단 및/또는 치료용 조성물을 제공하는 것이다.It is an object of the present invention to provide a composition for diagnosis and/or treatment of cancer.

본 발명의 다른 목적은 암 진단용 키트를 제공하는 것이다. Another object of the present invention is to provide a kit for diagnosing cancer.

상기의 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 서열번호: 1 또는 서열번호: 2의 아미노산 서열을 포함하는 단백질을 암 진단을 위한 마커(marker)로써 포함하는 암 진단용 조성물을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention provides a composition for cancer diagnosis comprising a protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2 as a marker for cancer diagnosis.

또 본 발명은 서열번호: 1 또는 서열번호: 2의 아미노산 잔기들에 결합하는 모노클로날 항체를 포함하는 암 진단용 조성물을 제공한다.In addition, the present invention provides a composition for diagnosis of cancer comprising a monoclonal antibody that binds to the amino acid residues of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2.

또 본 발명은 서열번호: 1 또는 서열번호: 2의 아미노산 서열을 갖는 단백질을 암 진단을 위한 마커(marker)로써 포함하는 암 진단용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a cancer diagnostic kit comprising a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2 as a marker for cancer diagnosis.

또한 본 발명은 서열번호: 1 또는 서열번호: 2의 아미노산 잔기들에 결합하는 모노클로날 항체를 포함하는 암 진단용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for diagnosis of cancer comprising a monoclonal antibody that binds to the amino acid residues of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2.

또한 본 발명에서 진단 가능한 암은 대장암, 뇌암, 혈액암, 신장암, 또는 간암이 바람직하고, 대장암이 가장 바람직하다.In addition, the cancer that can be diagnosed in the present invention is preferably colon cancer, brain cancer, blood cancer, kidney cancer, or liver cancer, and colon cancer is most preferred.

또 본 발명은 서열번호: 3의 아미노산 서열을 갖는 DP1 단백질을 포함하는 암 치료용 조성물을 제공한다.In addition, the present invention provides a composition for treating cancer comprising the DP1 protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3.

이하 본 발명을 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described.

본 발명에서 효모 투 하이브리드 스크린에 의한 HCCR-1 및 DP1 상호작용은 인 비트로에서 글루타치온 -S-트랜스퍼레이즈(GST) 풀-다운 실험 및 면역침전 연구에 의하여 확인하였다. DP1 및 HCCR-1 사이의 상호작용의 도메인을 조사하기 위하여 본 발명자들은 풀-DP1p, DP1p1-165, DP1p1-60, DP1p61-185, DP1p61-165 및 DP1p121-185의 여섯 개의 GST 융합 컨스트럭트를 제조하였다. 결과적으로 HCCR-1에 대한 DP1 결합 자리는 아미노산 잔기61-120인 것으로 묘사되었다(도 1a) 이 지역은 이 상호작용에서 중요한 역할을 할 수 있는 DP1의 TB2-DP1-HVA22 도메인에 포함된다. 그러나 TB2-DP1-HVA22 도메인의 생물학적 의미는 아직 불명확하다. HCCR-1 및 DP1 사이의 상호작용을 확인하기 위하여 본 발명자들은 DP1-Myc 융합 단백질을 제조하고 V5(Invitrogen)에 융합된 HCCR-1으로 트랜스팩션된 293세포로부터 추출한 단백질 추출물과 그 융합 단백질을 배양하였다. HCCR-1 단백질은 특별하게 DP1과 동시침전된다(도1b). 이 결과들은 DP1이 HCCR-1 암유전자와 자연스럽게 상호작용한다는 것을 나타낸다.In the present invention, the interaction of HCCR-1 and DP1 by the yeast two-hybrid screen was confirmed by glutathione-S-transferase (GST) pull-down experiments and immunoprecipitation studies in vitro. In order to investigate the domain of the interaction between DP1 and HCCR-1, the present inventors developed six GST fusion constructs of full-DP1p, DP1p1-165, DP1p1-60, DP1p61-185, DP1p61-165 and DP1p121-185. Was prepared. As a result, the DP1 binding site for HCCR-1 was depicted as amino acid residues 61-120 (FIG. 1A ). This region is included in the TB2-DP1-HVA22 domain of DP1, which may play an important role in this interaction. However, the biological significance of the TB2-DP1-HVA22 domain is still unclear. In order to confirm the interaction between HCCR-1 and DP1, the present inventors prepared a DP1-Myc fusion protein and cultured the protein extract and the fusion protein extracted from 293 cells transfected with HCCR-1 fused to V5 (Invitrogen). I did. The HCCR-1 protein is specifically coprecipitated with DP1 (Figure 1B). These results indicate that DP1 naturally interacts with the HCCR-1 oncogene.

본 발명자들은 세포분획화 분석을 실시하고 HEK293 세포에서 HCCR-1의 미토콘드리아 위치를 확인하였다(도 1c). HCCR-1 및 DP1 동시 발현된 RKO 대장암 세포들의 준세포 분획화는 이 두 단백질이 미토콘드리아에서만 동시 존재한다는 것을 나타낸다(도 1d). HCCR-1 및 DP1이 각각 V5 (위쪽 패널) 및 myc (아랫 쪽 패널)에 태크된 cDNA 컨스트럭트가 제조되었다. RKO 세포에서 안정적으로 발현된 HCCR-1 단백질은 단지 미토콘드리아 분획(위쪽 패널)에서만 검출되고 DP1 단백질도 미토콘드리아 분획에서 주로 발견되는 반면에 소량이 원형질과 핵(하부 패널)에서 발견된다. 이 결과는 또한 그들의 상호작용을 설명하고 DP1과 상호작용을 할 때 HCCR-1의 위치는 변화하지 않고 유사하게 DP1의 위치는 그 단백질이 결합 단백질 HCCR-1과 동시 발현될 때 변하지 않는다.The present inventors performed cell differentiation analysis and confirmed the mitochondrial location of HCCR-1 in HEK293 cells (Fig. 1c). Subcellular fractionation of RKO colorectal cancer cells co-expressed with HCCR-1 and DP1 indicates that these two proteins coexist only in mitochondria (Fig. 1D). CDNA constructs were prepared in which HCCR-1 and DP1 were tagged to V5 (top panel) and myc (bottom panel), respectively. The HCCR-1 protein stably expressed in RKO cells is only detected in the mitochondrial fraction (upper panel), and the DP1 protein is also mainly found in the mitochondrial fraction, while a small amount is found in the protoplasm and nucleus (lower panel). These results also explain their interactions and when interacting with DP1 the position of HCCR-1 does not change and similarly the position of DP1 does not change when the protein is co-expressed with the binding protein HCCR-1.

대장 조직과 세포주들에서 HCCR-1의 발현을 조사하기 위하여 노던 블럿 분석이 수행되었다. HCCR-1 (~2.1 kb) 및 HCCR-2 (~2.0 kb) mRNA들은 대장암 세포주(RKO 및 HT-29 세포들) 및 그들의 정상 조직과 비교하여 일차 대장암 조직들에서 과발현되었다(도 2a).Northern blot analysis was performed to investigate the expression of HCCR-1 in colon tissues and cell lines. HCCR-1 (∼2.1 kb) and HCCR-2 (∼2.0 kb) mRNAs were overexpressed in primary colon cancer tissues compared to colon cancer cell lines (RKO and HT-29 cells) and their normal tissues (Fig. 2a). .

인간 대장 암발생에 HCCR-1 발현이 관여하는지를 확인하기 위하여 HCCR-1의 167-360 아미노산에 대한 모노클로날 항체인 JE33 및 I87을 생성하였다. JE33 및 I87 mAb에 대한 HCCR-1 상의 결합 지역들은 질량 분광기를 사용하여 HCCR-1의 시간 의존적인 트립신 절편 패턴 분석을 통하여 결정하였다. 구조적으로 숨어있는 지역들은 트립신으로부터 보호되므로 트립신 처리는 종종 처리의 시작 단계에서 부분적인 절단 절편을 생성한다. 유사하게 단백질 복합체들은 접촉 지역에서 트립신 절단으로부터 서로 서로를 보호한다. 잘 보호된 지역들은 절단되지 아니하거나 노출된 지역과 비교하여 천천히 절단된다. 이러한 개념에 기초하여 시간에 따른 절단된 절편들의 패턴은 구조 또는 다른 상호작용 분자들에 의하여 접근할 수 없거나 숨어 있는 지역들을 결정하는데 사용될 수 있다. 말토스 결합 단백질(MBP)-HCCR-1 홀로 (대조군) 및 mAb들과 복합체화된 것의 트립신 처리는 일부 절편들의 늦은 출현(appearance) 속도를 제외하곤 유사한 절편 패턴을 나타낸다. 대조군과 비교하여 천천히 절단된 절편들은 상대 단백질과 상호작용하는 지역의 일부일 수 있으므로 천천히 절단된 절편들로 간주되는 두 절편들 즉 아미노산 잔기들 169-187 및 아미노산 잔기들 291-310은 각각 JE33 및 I87 mAb들과 상호작용하는 HCCR-1의 에피토프일 것이다. 두 절편들은 서열 HFWTPKQQTDFLDIYHAFR(서열번호1) 및 AKLGIGQLTAQEVKSACYLR(서열번호2)에 해당한다.In order to confirm whether HCCR-1 expression is involved in human colon cancer, JE33 and I87, which are monoclonal antibodies to amino acids 167-360 of HCCR-1, were generated. Binding regions on HCCR-1 for JE33 and I87 mAb were determined through time-dependent trypsin fragmentation pattern analysis of HCCR-1 using mass spectrometry. As structurally hidden areas are protected from trypsin, trypsin treatment often produces partial cut sections at the beginning of the treatment. Similarly, protein complexes protect each other from trypsin cleavage in the contact area. Well protected areas are not cut or are cut slowly compared to exposed areas. Based on this concept, the pattern of truncated fragments over time can be used to determine areas that are inaccessible or hidden by structures or other interacting molecules. Trypsin treatment of maltose binding protein (MBP)-HCCR-1 alone (control) and complexed with mAbs exhibited a similar fragmentation pattern except for the late appearance rate of some fragments. Compared to the control, the slowly cleaved fragments may be part of the region interacting with the counterpart protein, so the two fragments considered to be slowly cleaved fragments, namely amino acid residues 169-187 and amino acid residues 291-310, are JE33 and I87, respectively It will be an epitope of HCCR-1 that interacts with mAbs. The two fragments correspond to the sequences HFWTPKQQTDFLDIYHAFR (SEQ ID NO: 1) and AKLGIGQLTAQEVKSACYLR (SEQ ID NO: 2).

JE33 mAb을 사용하여, 21명의 환자들로부터 온 대장암 및 정상 대장 조직들을 면역염색 실험을 수행하였다. 결과적으로 HCCR-1은 21명의 대장암 조직들에서 과발현되었다. 면역반응은 원형질 우세(dominant) 형태로 주로 암 세포들에서 관찰된다(도 2b; 왼쪽 패널). 해당 정상 대장 조직에서는 HCCR-1의 발현이 없다(도 2b; 오른쪽 패널). 더 많은 수의 샘플 조사가 필요할 수 있으나 이들 결과들은 HCCR-1의 증가된 발현이 인간 대장암 발생과 관련이 있다는 것을 나타낸다.Using JE33 mAb, immunostaining experiments were performed on colon cancer and normal colon tissues from 21 patients. As a result, HCCR-1 was overexpressed in 21 colon cancer tissues. The immune response is mainly observed in cancer cells in a dominant form (Fig. 2B; left panel). There is no expression of HCCR-1 in the normal colon tissue (Fig. 2B; right panel). A larger number of samples may need to be investigated, but these results indicate that increased expression of HCCR-1 is associated with the incidence of human colorectal cancer.

결장직장암 및 다른 위장관 종양의 마커로 알려진 첫번째 종양 관련 항원(TAAs) 중 하나가 당단백질 칼시노엠브리오닉 항원(CEA)이다. CEA는 폐, 유방, 난소 및 방광암과 같은 여러 장외(extra-intestinal) 종양에서도 발현된다.암들 검출을 위한 혈청 CEA 레벨을 결정하는 것은 정확성, 재생성 및 경제성과 같은 뛰어난 효과를 가질 것으로 생각되었다. 이것은 CEA가 초기 결장직장암(CRC) 검출에 대한 혈청학적 스크리닝 방법으로 사용될 수 있을 것이라고 다수에게 믿게 하였다. 그러나 그 이후의 연구들에서 이러한 능력에 유용한 민감성이나 특이성을 가지지 못하였다(Pokorny, R. M., Hunt, L. & Galandiuk, S. Dig. Surg. 17, 209-15 (2000); Crawford , N. P., Colliver , D. W. & Galandiuk , S. J. Surg . Oncol . 84, 239-48 (2003)). 특히 단계 I CRC에서, 그 민감성/특이성은 매우 낮았다. 여러 인간 암들에서 발현되는 고분자량 뮤신 유사 당단백질인 종양 관련 당단백질-72 (TAG-72); 루이스 A 혈액 그룹 물질과 관련된 올리고사카라이드인 탄수화물 항원 19.9; 및 지질-관련 사이릭산과 같은 다른 세 TAA들은 또한 CRC 마커들로 사용되었다. CEA와 같이 이들 종양 마커들은 CRC에서 낮은 민감성 및 특이성을 보였고 스크리닝 및 진단 방법들로서는 비효율적이라는 것이 밝혀졌다(Pokorny, R. M., Hunt, L. & Galandiuk, S. Dig. Surg. 17, 209-15 (2000); Crawford , N. P., Colliver , D. W. & Galandiuk , S. J. Surg . Oncol . 84, 239-48 (2003)) 상기의 결과로 대장암의 초기 발견 및 치료 결과의 예측을 위한 임상적으로 적용가능한 바이오마커는 아직 CRC에서 개발되지 않았다.One of the first tumor-associated antigens (TAAs) known as markers for colorectal cancer and other gastrointestinal tumors is the glycoprotein calcinoembryonic antigen (CEA). CEA is also expressed in several extra-intestinal tumors such as lung, breast, ovarian and bladder cancer. Determining serum CEA levels for detection of cancers was thought to have excellent effects such as accuracy, regeneration and economy. This has led many to believe that CEA could be used as a serological screening method for early colorectal cancer (CRC) detection. However, subsequent studies did not have useful sensitivity or specificity for this ability (Pokorny, RM, Hunt, L. & Galandiuk, S. Dig. Surg. 17, 209-15 (2000); Crawford , N. P. ., Colliver , D. W. & Galandiuk , S. J. Surg . Oncol . 84, 239-48 (2003)). Especially in the stage I CRC, its sensitivity/specificity was very low. Tumor-associated glycoprotein-72 (TAG-72), a high molecular weight mucin-like glycoprotein expressed in several human cancers; Carbohydrate antigen 19.9, an oligosaccharide associated with Lewis A blood group substances; And the other three TAAs, such as lipid-related cyclic acid, were also used as CRC markers. Like CEA, these tumor markers showed low sensitivity and specificity in CRC and were found to be ineffective as screening and diagnostic methods (Pokorny, RM, Hunt, L. & Galandiuk, S. Dig. Surg. 17, 209-15 ( 2000); Crawford , N. P. , Colliver , D. W. & Galandiuk , S. J. Surg . Oncol . 84, 239-48 (2003)) Early detection of colon cancer and prediction of treatment results based on the above results. Clinically applicable biomarkers for biomarkers have not yet been developed at CRC.

HCCR-1가 대장암에 대한 바이오마커로 사용될 수 있는 가능성을 확인하기 위하여 혈청 HCCR-1 레벨을 대장암 환자들에서 조사하였고 종양 단계 및 CA19-9와 같은 임상병리학적 특성과의 관련성을 조사하였다. 대장암에서 HCCR-1의 혈청 레벨(평균± S.D., 8.0 ±4.5 ㎍/ml)은 정상 대조군(4.7 ±0.7 ㎍/ml)보다 매우 높았다(P < 0.0001). 비록 수용체 작동 특성(ROC) 곡선 분석은 임의로 선택한 100개체에서 가장 효율적인 컷-오프로 간주되는 민감성, 특이성 및 전체 정확성으로 5.77 ㎍/ml의 값을 보였지만 본 발명자들은 임상 관점에서 더 편리한 컷-오프로 6 ㎍/ml을 선택하였다(도 2c). 6 ㎍/ml의 컷-오프 값을 사용하여 HCCR-1에 의하여서는 50명의 환자들 중 38명(76.0%)이 검출되었으나 CA19-9(컷-오프, 37 U/ml)에 의해서는 단지 16명만이(32.0%) 검출되었다. 이들 결과들은 상당히 달랐다(P < 0.0001). 특이성은 양 마커 모두 100%였다. CA19-9에 의하여 음성으로 진단된 34명이 환자들의 24명(70.6%)이 HCCR-1에 의하여도 정확하게 일치하였다(표 1). 각 단계들에 따른 HCCR-1 레벨들 및 CA19-9와 비교한 진단 결과를 표2에서 요약하였다. HCCR-1 레벨의 평균 값들은 여러 단계들에서 유의있게 다르지 않았다. HCCR-1 마커에 의한 CRC 단계 I에 대한 민감도는 CA19-9의 것과 비교하여 현저하게 높았다. HCCR-1에 대한 양성 응답 속도는 단계 I에서는 68% 이상이었으나 CA19-9에 대한 속도는 고작 5%였다. HCCR-1에 대한 모든 양성 응답 속도들은 단계 II를 제외한 각 단계들에서 CA19-9에 대한 속도보다 매우 높았다(표 2). 암전(precancerou) 대장 질환에서 HCCR-1의 민감도를 확인하기 위하여 본 발명자들은 양성 대장 질환을 갖는 4명의 아데노마와 16명의 대장염을 갖는 20명의 환자들을 분석하였다. 양성 대장 질환들의 혈청 레벨의 평균값은 3.46 ±2.45 ㎍/ml이었고 모든 환자들은 대장염을 갖는 한 환자(6.23 ㎍/ml)를 제외하곤 모두 5.35 ㎍/ml 및 그 이하의 결과를 보였다.To confirm the possibility that HCCR-1 could be used as a biomarker for colorectal cancer, serum HCCR-1 levels were investigated in colorectal cancer patients, and the relationship between tumor stage and clinical pathological characteristics such as CA19-9 was investigated. . In colon cancer, the serum level of HCCR-1 (mean ± S.D., 8.0 ± 4.5 µg/ml) was much higher than that of the normal control group (4.7 ± 0.7 µg/ml) (P <0.0001). Although the receptor activating characteristic (ROC) curve analysis showed a value of 5.77 μg/ml with sensitivity, specificity and overall accuracy considered to be the most efficient cut-off in 100 randomly selected subjects, the present inventors showed a more convenient cut-off from a clinical point of view. 6 μg/ml was selected (Fig. 2c). Using a cut-off value of 6 μg/ml, 38 of 50 patients (76.0%) were detected by HCCR-1, but only 16 by CA19-9 (cut-off, 37 U/ml). Only people (32.0%) were detected. These results were quite different (P <0.0001). The specificity was 100% for both markers. Of the 34 patients diagnosed as negative by CA19-9, 24 patients (70.6%) were also accurately matched by HCCR-1 (Table 1). The HCCR-1 levels according to each step and the diagnostic results compared to CA19-9 are summarized in Table 2. The mean values of HCCR-1 levels did not differ significantly at different stages. The sensitivity to CRC stage I by the HCCR-1 marker was significantly higher compared to that of CA19-9. The rate of positive response to HCCR-1 was over 68% in stage I, but the rate to CA19-9 was only 5%. All positive response rates for HCCR-1 were much higher than rates for CA19-9 in each stage except stage II (Table 2). In order to confirm the sensitivity of HCCR-1 in precancerou colon disease, the present inventors analyzed 4 adenomas with benign bowel disease and 20 patients with 16 colitis. The mean serum level of benign colon diseases was 3.46 ± 2.45 µg/ml, and all patients showed 5.35 µg/ml and less, except for one patient with colitis (6.23 µg/ml).

Figure pat00001
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<HCCR-1 및 CA19-9의 진단 결과><Diagnostic results of HCCR-1 and CA19-9>

Figure pat00002
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<각 단계의 HCCR-1 레벨 및 CA19-9와 비교한 진단 결과>
<Diagnostic results compared to HCCR-1 levels and CA19-9 at each stage>

HCCR-1 분석은 질환 진행에 따라 그 레벨이 증가하고 그것은 초기 대장암을 갖는 환자들에서 더욱 양성이라는 면에서 CA19-9 분석에 비하여 잇점을 가질 수 있다. 이들 결과들은 HCCR-1이 분자적 단계화 및 CRC의 초기 진단에 유용한 바이오마커일 수 있다는 것을 나타낸다.The HCCR-1 assay may have an advantage over the CA19-9 assay in that its level increases with disease progression and it is more benign in patients with early colorectal cancer. These results indicate that HCCR-1 may be a useful biomarker for molecular staging and early diagnosis of CRC.

HCCR-1의 과발현과 대비적으로, DP1의 발현은 정상 조직에 비교하여 대장암에서는 크게 감소하였다(도 2d). DP1 유전자는 각각 두 전사체 즉 3.0 kb, 및 1.0 kb를 가지고 여러 정상 조직들에서 광범위하게 발현되지만(도 2e), DP1의 발현은 여러 인간 암 세포주에서는 일반적으로 다운-레굴레이트된다(도 2f). 이 데이터들은 추정적인 종양 억제자인 DP1 유전자가 대장암을 포함한 여러 인간 암 세포주들에서 다운-레굴레이트되었다는 것을 보였다. 그것은 DP1이 복수 인체 기관에서 기본적인 종양 억제제로 작용할 수 있다는 것을 암시한다.In contrast to the overexpression of HCCR-1, the expression of DP1 was significantly reduced in colon cancer compared to normal tissues (FIG. 2D). The DP1 gene has two transcripts, 3.0 kb and 1.0 kb, respectively, and is widely expressed in several normal tissues (Fig. 2e), but the expression of DP1 is generally down-regulated in several human cancer cell lines (Fig. 2f). . These data showed that the putative tumor suppressor, the DP1 gene, was down-regulated in several human cancer cell lines, including colorectal cancer. It suggests that DP1 may act as a basic tumor suppressor in multiple human organs.

본 발명자들은 DP1 로커스에서 대립유전자(allelic) 결손의 빈도를 조사하였다. 이러한 조사를 위하여 DP1 유전자 내에 위치한 D5S346 마커를 DP1 유전자 근처 및 먼곳에 있는 다른 두 마커(D5S519, D5S409)와 함께 조사하였다.LOH는 모든 세 DP1 주위의 위치에서 종종 검출되었다. 대장암에서 세 마이크로세트라이트 마커들의 LOH의 예들을 기재하였다(도 3a). 대체로 21개의 일차 대장암들의 66.6% (21 중의 14)가 DP1 유전자 주위에 LOH를 보였다(도 3b). 정확한 DP1 로커스(D5S346)의 LOH는 또한 아주 높았다(57.1%).The present inventors investigated the frequency of allelic deletions in the DP1 locus. For this investigation, the D5S346 marker located within the DP1 gene was investigated together with two other markers (D5S519, D5S409) located near and far from the DP1 gene. LOH was often detected at locations around all three DP1s. Examples of LOH of the three microsetlite markers in colorectal cancer were described (FIG. 3A). In general, 66.6% (14 of 21) of 21 primary colorectal cancers showed LOH around the DP1 gene (FIG. 3B ). The LOH of the correct DP1 locus (D5S346) was also very high (57.1%).

DP1의 성장 저해 기능을 확인하기 위하여, DP1을 RKO 대장암 세포들에 트랜스팩션하였다. DP1 트랜스팩션은 야생형 또는 벡터 트랜스팩션된 RKO 세포에서 7일간 약 32% 성장 저해를 유도하였다(도 3c). 반면 HCCR-1-트랜스팩션된 RKO 세포 성장의 속도는 벡터만 트랜스팩션된 세포들과 비교하여 7일간 약 88% 증가하였다(도 3d). 그러나 HCCR-1-트랜스팩션된 RKO 세포 성장의 DP1-트랜스팩션 유도된 성장 저해는 7일간 약 63%이었다(도 3d).In order to confirm the growth inhibitory function of DP1, DP1 was transfected into RKO colon cancer cells. DP1 transfection induced about 32% growth inhibition for 7 days in wild type or vector transfected RKO cells (FIG. 3C ). On the other hand, the rate of growth of HCCR-1-transfected RKO cells increased by about 88% for 7 days compared to cells transfected with only the vector (Fig. 3D). However, DP1-transfection-induced growth inhibition of HCCR-1-transfected RKO cell growth was about 63% for 7 days (Fig. 3D).

대장암 세포들의 성장에 대한 DP1의 이 저해 효과는 DNA 절편화를 포함하는 에팝토시스 과정과 관련되었다. DNA가 올리고뉴크레오좀 래더 형태로 분절화는 야생형 또는 벡터만 트랜스팩션된 세포들과 비교하여 시간-의존적으로 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들에서 관찰되었다(도 3e). HCCR-1-트랜스팩션된 RKO 세포들에서는 DNA 분절화가 관찰되지 않았다(도 3e).This inhibitory effect of DP1 on the growth of colorectal cancer cells was associated with an apoptosis process involving DNA fragmentation. Segmentation of DNA in the form of an oligonucleotide ladder was observed in DP1-transfected RKO cells in a time-dependent manner compared to cells transfected with wild-type or vector only (Fig. 3e). No DNA fragmentation was observed in HCCR-1-transfected RKO cells (Fig. 3e).

에팝토시스 형성은 안넥신(annexin) V/프로피디움-요오드(PI)에 의해서도 검출하였다(도 3f). 안넥신(annexin) V/프로피디움-요오드(PI) 유동 사이토메트리 결과는 성장 곡선 분석과 DNA 절편화와 상관관계가 있었다. 안넥신(annexin) V/프로피디움-요오드(PI) 분석의 이중 계수 밀도 도트 도는 DP1 트랜스팩션에 대한 RKO 세포들의 민감성을 나타낸다. 3.8%의 벡터 트랜스팩션된 RKO 세포들과 비교하여 약 17.6% 의 전체 DP1-트랜스팩션된 세포들이 초기 에팝토시스 과정에 있었다(도 3f). DP1 트랜스팩션은 또한 벡터 만 또는 HCCR-1 트랜스팩션된 RKO 세포들과 비교하여 후기 에팝토시스 과정을 유도하였다(도 3f). 본 발명의 안넥신 V-FITC/PI 유동 사이토메트리 결과들은 DP1 트랜스팩션에 대한 RKO 세포들에서 안넥신 V/PI 동시 레이블링에 의하여 더 큰 에팝토시스 속도를 얻었다. 이 결과는 DP1 유도된 에팝토시스 관련 원형질 막 지질이 안넥신 V에 의하여 변하였다는 것을 의미한다.Epoptosis formation was also detected by annexin V/propidium-iodine (PI) (FIG. 3F). Annexin V/propidium-iodine (PI) flow cytometry results correlated with growth curve analysis and DNA fragmentation. The double count density dot plot of the annexin V/propidium-iodine (PI) assay shows the sensitivity of RKO cells to DP1 transfection. Compared to 3.8% of the vector transfected RKO cells, about 17.6% of the total DP1-transfected cells were in the initial process of epitosis (FIG. 3F). DP1 transfection also induced a late epoptosis process compared to vector only or HCCR-1 transfected RKO cells (FIG. 3F ). The annexin V-FITC/PI flow cytometry results of the present invention obtained a greater apoptosis rate by simultaneous annexin V/PI labeling in RKO cells for DP1 transfection. This result implies that DP1 induced epitosis-related plasma membrane lipids were changed by Annexin V.

많은 화학요법제 및 이온화 방사선은 에팝토시스를 유도하여 항암 세포독성을 나타낸다는 것이 알려졌다(Thompson, C. B. Science 267, 1456-1462 (1995)).UVC에 포유류 세포들 노출은 DNA 복구하거나 에팝토시스를 일으켜서 DNA 손상의 해로운 효과를 중화한다. DP1 트랜스팩션된 RKO 세포들에서 단파장 광(UVC)촉발 에팝토시스를 측정하기 위하여 세포들에 각각 UVC (0, 50 및 100 J/m2)를 처리하였다. DP1 트랜스팩션된 RKO 세포들의 FACS분석은 세포주기의 에팝토시스 서브 G0/G1-분획이 크게 집중되어 있다(도 3g). DP1 트랜스팩션된 RKO 세포들의 FACS분석은 세포주기의 에팝토시스 서브 G0/G1-분획의 세포 수는 0, 50 및 100 J/m2 UVC 처리 후에 야생형 또는 벡터-트랜스팩션된 RKO 세포들과 비교하여 각각 약 17, 32 및 60% 증가하였다. 그러나 0, 50 및 100 J/m2 UVC 처리 후에 HCCR -1-트랜스팩션된 RKO 세포들에서 각각 약 3, 19 및 30%의 세포들이 에팝토시스 서브 G0/G1-분획에 남아 있었다. 이 유동 사이토메트릭 결과는 야생형 또는 벡터-트랜스팩션된 RKO 세포들과 비교할 때 DP1 트랜스팩션된 RKO 세포들에서 UVC 노출이 용량 의존적으로 에팝토시스양을 증가시킨다는 것을 나타낸다. 이들 결과는 DP1 유도된 RKO 세포들이 UVC광 촉발 에팝토시스에 더 민감하다는 것을 나타낸다. 반대로 HCCR-1 유도된 세포들은 UVC에 더 저항적이다.It has been shown that many chemotherapeutic agents and ionizing radiation induce epoptosis, resulting in anticancer cytotoxicity (Thompson, CB Science 267, 1456-1462 (1995)). Exposure of mammalian cells to UVC can repair DNA or epoptosis. To neutralize the harmful effects of DNA damage. In order to measure short-wavelength light (UVC)-triggered apoptosis in DP1 transfected RKO cells, the cells were treated with UVC (0, 50 and 100 J/m 2 ), respectively. In the FACS analysis of DP1 transfected RKO cells, the apoptosis sub G 0 /G 1 -fraction of the cell cycle is largely concentrated (Fig. 3G). FACS analysis of DP1 transfected RKO cells showed that the cell cycle epitosis sub G 0 /G 1 -the number of cells in the fraction was 0, 50 and 100 J/m 2 After UVC treatment, wild-type or vector-transfected RKO cells Compared with, it increased by about 17, 32 and 60%, respectively. However, in HCCR- 1 -transfected RKO cells after 0, 50 and 100 J/m 2 UVC treatment, about 3, 19 and 30% of cells, respectively, remained in the epitosis sub G 0 /G 1 -fraction. This flow cytometric result indicates that UVC exposure dose-dependently increases the amount of epitosis in DP1 transfected RKO cells when compared to wild-type or vector-transfected RKO cells. These results indicate that DP1 induced RKO cells are more sensitive to UVC light-triggered epitosis. Conversely, HCCR-1 induced cells are more resistant to UVC.

CRC에서 자주 일어나는 LOH, DP1 발현의 다운-레굴레이션 및 DP1 트랜스팩션된 세포에서 성장 저해 효과 또는 UVC 민감성은 DP1이 CRC에서 종양 억제작용을 한다는 것을 나타낸다.
Down-regulation of LOH, DP1 expression, which occurs frequently in CRC, and a growth inhibitory effect or UVC sensitivity in DP1 transfected cells indicate that DP1 has a tumor suppressor effect in CRC.

*p53 종양 억제 유전자의 코딩 서열의 변경이 인간 암들에서 가장 일반적인 유전적 변화이다. 따라서 본 발명자들은 p53발현이 DP1 과 발현에 의하여 영향을 받는지를 조사하였다. 본 발명에서 DP1 트랜스팩션은 야생형 RKO 세포들뿐 아니라 HCCR-1 동시 트랜스팩션된 RKO 세포들에서도 p53 RNA 수준을 증가시켰다(도 4a). HCCR-1 트랜스팩션된 세포들과 다르게 p21, MDM2Bax 유전자들은 DP1 트랜스팩션된 세포에서 P53 의존적으로 업-레귤레이트되었다. DP1 및 HCCR-1 동시 트랜스팩션된 세포들에서 HCCR-1 효과는 DP1에 의하여 절충된다. 면역침전 분석은 p53이 HCCR-1 (도 4b) 및 DP1 (도 4c) 모두와 상호작용을 한다는 것을 나타낸다.Changes in the coding sequence of the *p53 tumor suppressor gene are the most common genetic changes in human cancers. Therefore, the present inventors investigated whether p53 expression is affected by DP1 and expression. In the present invention, DP1 transfection increased p53 RNA levels in wild-type RKO cells as well as in HCCR-1 co-transfected RKO cells (FIG. 4A). Unlike HCCR-1 transfected cells, p21 , MDM2 and Bax genes were P53 dependent up-regulated in DP1 transfected cells. In cells transfected with DP1 and HCCR-1 co-transfected, the HCCR-1 effect is compromised by DP1. Immunoprecipitation analysis indicates that p53 interacts with both HCCR-1 (Figure 4b) and DP1 (Figure 4c).

텔로메어 생물학의 변화가 유전자 안정성 및 세포 수명을 조절하여 악성 종양을 억제 및 촉진한다. 본 발명에서 본 발명자들은 HCCR -1 또는 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들에서 텔로머레이즈 활성을 측정하였다. 생각한 것과 같이 암 단백질 HCCR-1은 텔로머레이즈 활성의 레벨을 증가하였다. 반면에 DP1 트랜스팩션은 야생형 RKO 세포들 뿐 아니라 HCCR -1-트랜스팩션된 RKO 세포들에서 텔로머레이즈 활성을 감소시킨다(도 4d). 이러한 결과들은 종양 억제자 후보 DP1이 RKO 세포에서 HCCR-1에 의하여 증가된 텔로머레이즈 활성을 크게 감소시킨다는 것을 보여준다.
Changes in telomere biology control gene stability and cell lifespan to inhibit and promote malignant tumors. In the present invention, the present inventors measured telomerase activity in HCCR- 1 or DP1 -transfected RKO cells. As expected, the cancer protein HCCR-1 increased the level of telomerase activity. On the other hand, DP1 transfection decreases telomerase activity in wild-type RKO cells as well as HCCR- 1 -transfected RKO cells (Fig. 4D). These results show that the tumor suppressor candidate DP1 significantly reduces the telomerase activity increased by HCCR-1 in RKO cells.

상기와 같은 구성에서 알 수 있듯이 본 발명의 결과들은 DP1이 대장암에서 종양억제자 역할을 한다는 것을 나타낸다. 이 결과들은 과잉 발현된 HCCR-1이 DP1과 상호작용을 하여 추정되는 종양 억제 유전자 DP1을 저해하여 결장암 종양형성을 유도한다는 것을 나타낸다. 새로운 종양형성 경로 및 새로운 종양 억제자 DP1은 결장암에 대한 치료전략을 개발하는 타겟이고 대장암 초기 진단 또는 치료결과의 예후에 대한 유용한 바이오 마커일 수 있다.As can be seen from the above configuration, the results of the present invention indicate that DP1 acts as a tumor suppressor in colon cancer. These results indicate that overexpressed HCCR-1 interacts with DP1 to inhibit the putative tumor suppressor gene DP1, thereby inducing colon cancer tumorigenesis. New tumorigenic pathway and new tumor suppressor DP1 is a target for developing a treatment strategy for colon cancer and may be a useful biomarker for early diagnosis of colon cancer or prognosis of treatment outcome.

도 1은 HCCR-1 및 DP1의 관련성을 나타낸다. (a)는 DP1의 HCCR-1 결합 도메인 지도화이다. 여섯 GST 융합 컨스트럭트인 풀-DP1p, DP1p1-165, DP1p1-60, DP1p61-185, DP1p61-165 및 DP1p121-185은 주형 DNA로 DP1 cDNA를 사용하여 제조하였다. GST 풀-다운 분석은 네 GST-DP1 컨스트럭트인 풀-DP1, DP1p1-165, DP1p61-185 및 DP1p61-165은 HCCR-1에 결합하나 DP1p1-60 및 DP1p121-185은 결합하지 않는 것을 나타낸다. HCCR-1의 DP1 결합 자리는 잔기 61-120인 것으로 묘사된다. 선영(Hatched) 박스는 추정적인 막횡단 도메인(TMD)을 나타내고 검은 박스는 DP1의 B2-DP1-HVA22 도메인을 나타낸다. (b) HCCR-1의 단백질 상호작용을 나타냄. HCCR-1 은 DP1에 결합(위 패널)한다. HCCR-1 및 DP1 단백질을 생성하는 트랜스팩션된 HEK 293 세포로부터 동시-면역침전을 수행하였다. 면역침전은 항-V5 mAb 또는 항-Myc mAb로 수행되었다. 펠렛 내의 단백질은 각각 항-Myc 및 항-V5 mAb로 검출하였다. DP1은 HCCR-1에 결합하였다(아래 패널). (c) HEK 293 세포에서 HCCR-1의 세포내 위치를 나타냄. (d) RKO 대장암 세포에서 HCCR-1 및 DP1의 동시-위치화를 나타냄. HCCR-1 (위 패널) 및 그것의 결합 단백질인 DP1 (아래 패널)의 세포내 위치이다. cDNA 컨스트럭트는 HCCR-1 및 DP1이 각각 V5 및 c-Myc으로 태크화되었다. VDAC1 (Voltage Dependant Anion Channel 1)을 미토콘드리아 마커로 사용하였다.
도 2는 인간 조직, 세포주 및 혈청에서 HCCR-1 또는 DP1의 발현 패턴이다. (a) 대장암 세포주(RKO 및 HT-29), 및 신선한 일차 대장암 조직 및 그들의 해당 정상 조직에서 HCCR -1 mRNA 발현 비교이다. N은 정상 대장 조직을 C는 일차 대장암 조직을 나타낸다. 인간 베타 액틴 cDNA를 대조군 프로브로 사용하였다(아래 패널). (b) 인간 대장암(왼쪽 패널) 및 정상 대장 조직(오른쪽 패널)의 HCCR-1 발현에 대한 면역염색, 원래 배율 x 200. (c) 컷-오프 값 결정이다. 100명에 대한 ROC 곡선. 비록 높은 민감성을 5.77 ㎍/ml에 의해서 얻을 수 있지만, 본 발명자들은 실제 편의를 위하여 6 ㎍/ml를 컷-오프로 사용하였다. (d) 대장암 세포주, 및 신선한 일차 대장암 조직 및 그들의 해당 정상 조직에서 DP-1 mRNA 발현 비교이다. (e,f) 여러 정상 인간 조직 및 암 조직에서 DP1 발현을 나타낸다. 정상 12 레인 멀티플 조직 노던 블럿(e) 또는 인간 암 세포주 멀티플 노던 블럿(f)은 방사선 동위원소 표지된 DP1 cDNA (위 패널) 또는 인간 베타 액틴 cDNA 대조군 프로브(아래 패널)로 프로브하였다.
도 3은 종양 억제자로 DP1의 역할을 보여주는 그림. (a,b)는 일차 대장암에서 DP1 유전자 주위의 LOH 빈도수를 보여줌. (a)는 DP1 유전자 주위의 LOH의 대표적인 예. 화살표는 LOH를 나타내는 대립유전자를 나타낸다. D5S346는 DP1 유전자 내에 위치하고 , D5S409 및 D5S519는 DP1 인접 및 먼곳에 각각 위치한다. (b)는 조사된 21명의 결장암의 LOH 프로화일이다. 각 박스는 개별적인 대장암을 나타낸다. 닫힌 박스는 LOH 양성; 열린 박스는 LOH 음성; N, 넌 인포메이티브; *, 마이크로세틀라이드 불안정성을 나타낸다. LOH 빈도수는 아래 식으로 계산하였다. LOH의 수 + 케이스/인포메이티브 케이스의 수. (c) RKO 대장암 세포에서 DP1의 성장 저해 효과를 나타냄. DP1, pcDNA3.1 벡터 만 또는 DP1으로 각각 트랜스팩션 후 RKO 세포의 생존률이다. 그 데이터는 배양에서 10일 동안 성장한 생존 세포의 수이고 3회 결정의 평균±S.D를 나타낸다. (d) 트랜스팩션된 대장암 세포에 대한 DP1의 저해 효과이다. DP1, pcDNA3.1 벡터 만, DP1, HCCR-1, 또는 동시-트랜스팩션 후 RKO 세포의 생존률이다. (e) DP1 cDNA로 트랜스팩션은 대장암 세포들에서 에팝토시스를 유도한다. 야생형 RKO 세포들, 벡터만 트랜스팩션된 세포들, HCCR-1 트랜스팩션된 세포들, 동시 트랜스팩션된 세포 또는 DP1 트랜스팩션된 세포들로부터 DNA들의 전기영동 분석이다. 벡터 또는 유전자와 트랜스팩션한 세포들을 3-, 5-, 7- 및 9-일간 배양하였다. DNA들을 2% 아가로스 젤 상에서 에티디움 브로마이드로 염색하여 분석하였다. (f) 안넥신 V-FITC 및 PI를 사용하여 HCCR-1- 또는 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들을 분석한 것. pcDNA3.1, HCCR-1, HCCR-1 및 DP1, 및 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들의 도트 블럿이다. 그림은 생존(R1; 아래 왼쪽 4분면), 안넥신 V-FITC 양성 초기 에팝토시스(R2; 아래 오른쪽 4분면), 및 후기 에팝토시스 또는 괴사(R3; 위 오른쪽 4분면) 세포들을 나타낸다. (g) 세포주기 프로화일상에 대한 UVC 효과를 나타낸다. 야생형 세포들, HCCR-1-트랜스팩션된 세포들, 동시트랜스팩션된 세포들 또는 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들을 각각 0, 50 또는 100 J/m2의 UVC에 노출하였다. 24시간 노출 후 처리된 세포를 실시예에 기재된 방법에 따라 분석하였다.
도 4는 HCCR -1- 또는 DP1-트랜스팩션된 대장암 세포에서 분자적 변경을 나타냄. (a) p53, p21WAF1, MDM2 및 bax 단백질 발현. 야생형 RKO 세포들, HCCR-1-트랜스팩션된 RKO 세포들(클론 A 및 B), 및 DP1-트랜스팩션된 RKO 세포들(클론 A 및 B)로부터 온 세포 파쇄액의 면역블럿 분석을 수행하였다. 동일한 블럿들을 항-인간 마우스 베타-액틴 항체로 배양하였다. (b,c) 면역침전 분석. P53은 HCCR-1 (b) 또는 DP1(c)에 각각 결합하였다. HEK 293 세포들을 각각 HCCR-1-V5-His 융합 단백질(b) 또는 DP1-Myc-His 융합 단백질(c)을 코딩하는 pcDNA3.1을 갖는 p53 단백질을 코딩하는 pcDNA3.1로 트랜스팩션하였다. RKO 세포들을 대조군 세포로 사용하였다. (d) 텔로머레이즈 활성의 결정. 인간 텔로머레이즈-양성 293 세포들, 텔로머레이즈 음성 대조군으로 RNase (+RNase)처리된 293 세포, 야생형 RKO 세포들, HCCR-1 또는 DP1으로 트랜스팩션된 세포들을 텔로머레이즈 PCR ELISA에 의하여 분석하였다. 분석은 1 x 103 세포들과 동량의 추출물로 키트 프로토콜에 따라 수행하였다. 양성 대조군으로 사용된 293 세포에서 텔로머레이즈 활성은 RNase로 전처리하여 파괴하였다. 결과들은 4회의 분리 실험을 통한 평균 흡광도값이다(평균 및 95% 신뢰 구간).
1 shows the relationship between HCCR-1 and DP1. (a) is a mapping of the HCCR-1 binding domain of DP1. Six GST fusion constructs, full-DP1p, DP1p1-165, DP1p1-60, DP1p61-185, DP1p61-165, and DP1p121-185 were prepared using DP1 cDNA as template DNA. GST pull-down analysis shows that the four GST-DP1 constructs, pull-DP1, DP1p1-165, DP1p61-185 and DP1p61-165 bind to HCCR-1, but not DP1p1-60 and DP1p121-185. The DP1 binding site of HCCR-1 is depicted as residues 61-120. The hatched box represents the putative transmembrane domain (TMD) and the black box represents the B2-DP1-HVA22 domain of DP1. (b) shows the protein interaction of HCCR-1. HCCR-1 binds to DP1 (top panel). Co-immunoprecipitation was performed from transfected HEK 293 cells producing HCCR-1 and DP1 proteins. Immunoprecipitation was performed with anti-V5 mAb or anti-Myc mAb. Proteins in the pellet were detected with anti-Myc and anti-V5 mAb, respectively. DP1 bound to HCCR-1 (bottom panel). (c) It shows the intracellular location of HCCR-1 in HEK 293 cells. (d) Shows the co-localization of HCCR-1 and DP1 in RKO colorectal cancer cells. It is the intracellular location of HCCR-1 (top panel) and its binding protein, DP1 (bottom panel). The cDNA construct was tagged with HCCR-1 and DP1 as V5 and c-Myc, respectively. VDAC1 (Voltage Dependant Anion Channel 1) was used as a mitochondrial marker.
2 is an expression pattern of HCCR-1 or DP1 in human tissues, cell lines and serum. (a) Comparison of HCCR- 1 mRNA expression in colon cancer cell lines (RKO and HT-29), and fresh primary colon cancer tissues and their corresponding normal tissues. N represents normal colon tissue and C represents primary colon cancer tissue. Human beta actin cDNA was used as a control probe (bottom panel). (b) Immunostaining for HCCR-1 expression in human colon cancer (left panel) and normal colon tissue (right panel), original magnification x 200. (c) Cut-off value determination. ROC curve for 100 people. Although high sensitivity can be obtained by 5.77 μg/ml, the present inventors used 6 μg/ml as a cut-off for practical convenience. (d) DP-1 in colon cancer cell lines, and fresh primary colon cancer tissues and their corresponding normal tissues mRNA expression comparison. (e,f) DP1 expression in several normal human and cancer tissues. Normal 12 lane multiple tissue Northern blot (e) or human cancer cell line multiple Northern blot (f ) was probed with radioisotope labeled DP1 cDNA (top panel) or human beta actin cDNA control probe (bottom panel).
3 is a diagram showing the role of DP1 as a tumor suppressor. (a,b) shows the frequency of LOH around the DP1 gene in primary colorectal cancer. (a) is a representative example of LOH around the DP1 gene. Arrows indicate alleles representing LOH. D5S346 is located within the DP1 gene, and D5S409 and D5S519 are located adjacent to and far from DP1, respectively. (b) is the LOH profile of the colon cancer of 21 investigated. Each box represents an individual colon cancer. Closed box is LOH positive; The open box is LOH negative; N, you are informative; *, indicates microsetlide instability. The LOH frequency was calculated by the following equation. Number of LOH + number of cases/informative cases. (c) It shows the growth inhibitory effect of DP1 in RKO colorectal cancer cells. It is the survival rate of RKO cells after transfection with DP1, pcDNA3.1 vector alone or DP1, respectively. The data are the number of viable cells grown for 10 days in culture and represent the mean±SD of 3 crystals. (d) It is the inhibitory effect of DP1 on transfected colorectal cancer cells. The survival rate of RKO cells after DP1, pcDNA3.1 vector only, DP1, HCCR-1, or co-transfection. (e) Transfection with DP1 cDNA induces apoptosis in colon cancer cells. Electrophoretic analysis of DNAs from wild-type RKO cells, vector only transfected cells, HCCR-1 transfected cells, co-transfected cells or DP1 transfected cells. Cells transfected with the vector or gene were cultured for 3-, 5-, 7- and 9-day. DNAs were analyzed by staining with ethidium bromide on a 2% agarose gel. (f) Analysis of HCCR-1- or DP1-transfected RKO cells using Annexin V-FITC and PI. It is a dot blot of pcDNA3.1, HCCR-1, HCCR-1 and DP1, and DP1-transfected RKO cells. The figure shows surviving (R1; lower left quadrant), annexin V-FITC positive early epitosis (R2; lower right quadrant), and late apoptosis or necrosis (R3; upper right quadrant) cells. (g) It shows the UVC effect on the cell cycle profile phase. Wild type cells, HCCR-1-transfected cells, cotransfected cells or DP1-transfected RKO cells were exposed to UVC of 0, 50 or 100 J/m 2, respectively. After 24 hours of exposure, the treated cells were analyzed according to the method described in the Examples.
4 shows molecular alterations in HCCR- 1 -or DP1 -transfected colorectal cancer cells. (a) p53, p21 WAF1 , MDM2 and bax protein expression. Immunoblot analysis of cell lysate from wild type RKO cells, HCCR-1-transfected RKO cells (clone A and B), and DP1-transfected RKO cells (clone A and B) was performed. The same blots were incubated with anti-human mouse beta-actin antibody. (b,c) immunoprecipitation assay. P53 bound to HCCR-1 (b) or DP1 (c), respectively. HEK 293 cells were transfected with pcDNA3.1 encoding p53 protein with pcDNA3.1 encoding HCCR-1-V5-His fusion protein (b) or DP1-Myc-His fusion protein (c), respectively. RKO cells were used as control cells. (d) Determination of telomerase activity. Human telomerase-positive 293 cells, RNase (+RNase) treated 293 cells as a telomerase negative control, wild type RKO cells, cells transfected with HCCR-1 or DP1 were analyzed by telomerase PCR ELISA I did. Assays were performed according to the kit protocol with the same amount of extract as 1 x 10 3 cells. Telomerase activity in 293 cells used as a positive control was destroyed by pretreatment with RNase. Results are average absorbance values from 4 separate experiments (mean and 95% confidence interval).

이하, 비한정적인 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail through non-limiting examples.

[실시예][Example]

본 발명에 사용된 인간의 정상 및 종양 조직들은 수술 과정에서 얻었다. 모든 환자들은 이러한 연구에 개별적으로 동의를 표시하였다. 조직 샘플의 사용을 병원의 윤리 위원회로부터 승인을 받았다. 인간 배아 신장(HEK) 293, RKO (ATCC No.; DRL-2577) 및 HT-29 세포는 American Type Culture Collection (ATCC; Manassas, VA)으로부터 구입하였다. 세포들은 10% FBS를 갖는 최소 필수 배지 이글(MEM)에서 배양하였다. Human normal and tumor tissues used in the present invention were obtained in the course of surgery. All patients individually expressed consent to this study. The use of tissue samples has been approved by the hospital's ethics committee. Human Embryonic Kidney (HEK) 293, RKO (ATCC No.; DRL-2577) and HT-29 cells were purchased from the American Type Culture Collection (ATCC; Manassas, VA). Cells were cultured in minimal essential medium Eagle (MEM) with 10% FBS.

실시예Example 1: 발현 벡터의 설계 및 1: design of expression vector and DNADNA 트랜스팩션Transfection

HCCR-1 또는 DP1의 코딩 지역을 함유하는 발현 벡터는 다음과 같이 설계되었다. 먼저 HCCR-1 또는 DP1 cDNA를 포함하는 원핵생물 발현벡터인 pCEV-LAC로부터 SalI 절편을 분리하였다. 다음 pcDNA3.1-V5-His(Invitrogen, CA) 또는 pcDNA3.1-Myc-His를 XhoI로 처리하여 SalI와 양립할 수 있는 말단을 제조하였다. HCCR-1 또는 DP1의 코딩 지역을 함유하는 SalI 절편을 XhoI-처리한 pcDNA3.1 속으로 삽입하였다. 리포펙타민 2000 (Gibco BRL, Rockville, MD)를 HEK 293 또는 RKO 세포들에 HCCR -1 또는 DP1 발현 벡터를 삽입하기 위하여 사용하였다. 간단하게 2 x 105 세포들을 60 -mm 조직 배양 디쉬(Costar, Cambridge, MA)에 시딩하였다. 습도 있는 5% CO2 배양기에서 밤샘 배양 후 세포들을 15 ml 리포펙타민과 5 mg의 DNA를 포함하는 150 ml 리포펙타민-DNA 복합체로 처리하였다. 배양 10시간 후 그 세포들을 1:5의 비로 나누고 G418 (Gibco BRL, Gaithersburg, MD)을 포함하는 완전 배지 상에서 배양하였다. 0.6 mg/ml G418에 대한 저항성으로 각각 세포들을 선택하였다. 선택된 트랜스팩턴트들은 웰 당 0.5 세포에서 클론하였고, 0.4 mg/ml G418을 포함하는 배지에서 유지하였으며, 웨스턴 블럿 분석에 의하여 HCCR -1 또는 DP1 발현을 스크리닝하였다. 또 다른 군의 세포들은 실험 대조군으로 사용하기 위하여 발현 벡터 pcDNA3.1만으로 트랜스팩션하고 유사하게 G418 저항성에 대하여 선택하였다.The expression vector containing the coding region of HCCR-1 or DP1 was designed as follows. First, a Sal I fragment was isolated from pCEV-LAC, a prokaryotic expression vector containing HCCR-1 or DP1 cDNA. Next, pcDNA3.1-V5-His (Invitrogen, CA) or pcDNA3.1-Myc-His was treated with Xho I to prepare a terminal compatible with Sal I. The Sal I fragment containing the coding region of HCCR-1 or DP1 was inserted into Xho I-treated pcDNA3.1. Lipofectamine 2000 (Gibco BRL, Rockville, MD) was used to insert the HCCR- 1 or DP1 expression vector into HEK 293 or RKO cells. Briefly 2 x 10 5 cells were seeded in 60 -mm tissue culture dishes (Costar, Cambridge, MA). After overnight culture in a humidified 5% CO 2 incubator, cells were treated with 150 ml lipofectamine-DNA complex containing 15 ml lipofectamine and 5 mg of DNA. After 10 hours of incubation, the cells were divided into a ratio of 1:5 and cultured on complete medium containing G418 (Gibco BRL, Gaithersburg, MD). Each cell was selected for resistance to 0.6 mg/ml G418. Selected transfectants were cloned at 0.5 cells per well, maintained in medium containing 0.4 mg/ml G418, and HCCR- 1 or DP1 expression screened by Western blot analysis. Another group of cells were transfected only with the expression vector pcDNA3.1 for use as an experimental control and similarly selected for G418 resistance.

실시예 2: 이스트 투-하이브리드 스크리닝 및 베타-갈락토시데이즈 분석Example 2: Yeast two-hybrid screening and beta-galactosidase analysis

MATCHMAKER LexA 투-하이브리드 시스템을 HCCR-1 융합 단백질(Clontech, Palo Alto, CA)에 결합할 수 있는 인간 태아 뇌 MATCHMAKER cDNA 라이브러리로부터 단백질을 동정하는데 사용하였다. 모든 실험들은 리포터로 lacZ 및 leu를 발현하는 p8op-lacZ (Clontech)로 형질전환된 효모 균주 EGY48에서 수행되었다. 본 발명자들은 LexA DNA-결합 도메인을 함유한 이스트 투-하이브리드 벡터(pLexA) (Clontech)에 HCCR-1 cDNA 절편을 삽입하였다. LexA-HCCR-1를 발현하는 효모 세포들은 B42AD 융합 단백질을 발현하는 인간 태아 뇌 cDNA 라이브러리(Invitrogen)으로 형질전환하였다. 라이브러리 형질전환 후에 세포들을 AD 융합 단백질 검출 기회를 증가시키기 위하여 베이트(HCCR-1) 및 AD/라이브러리 플라스미드 모두에 대하여 선택적인 최소 합성 드롭아웃 비-유도 배지(시그마)에 플레이트하였다. HCCR-1 및 결합 단백질 DP1 사이의 상호작용을 확인하기 위하여, HCCR-1 및 DP1을 발현하는 플라즈미드를 효모 세포들에 동시 형질전환하였다. 베타-갈락토시데이즈 여과 리프트 분석를 Trp-, Leu-, His- 선택 플레이트 상에서 HCCR-1 및 DP1을 발현하는 동시-형질전환체를 리프리카 플레이팅하여 수행하였다. 본 발명자들은 위 양성 상호작용을 제거하기 위하여 효모 메이팅 분석을 사용하였다. The MATCHMAKER LexA two-hybrid system was used to identify proteins from the human fetal brain MATCHMAKER cDNA library capable of binding to the HCCR-1 fusion protein (Clontech, Palo Alto, CA). All experiments were performed in yeast strain EGY48 transformed with p8op-lacZ (Clontech) expressing lacZ and leu as reporters. The present inventors inserted the HCCR-1 cDNA fragment into a yeast two-hybrid vector (pLexA) (Clontech) containing a LexA DNA-binding domain. Yeast cells expressing LexA-HCCR-1 were transformed with human fetal brain cDNA library (Invitrogen) expressing the B42AD fusion protein. After library transformation, cells were plated in minimal synthetic dropout non-inducing medium (Sigma) selective for both bait (HCCR-1) and AD/library plasmids to increase the chance of AD fusion protein detection. In order to confirm the interaction between HCCR-1 and the binding protein DP1, plasmids expressing HCCR-1 and DP1 were co-transformed into yeast cells. Beta was performed by putting a transformant leaf Rica play-galactosidase during Days filtered lift bunseokreul Trp -, Leu -, His - the PIP expressing HCCR-1 and DP1 on the plate. We used yeast mating assay to eliminate false positive interactions.

실시예 3:동시-트랜스팩션 및 면역침전Example 3: Simultaneous-transfection and immunoprecipitation

세포들을 HCCR -1-V5-His (Invitrogen) 융합 단백질 및 DP1-Myc-His (Invitrogen)을 코딩하는 pcDNA3.1 (Invitrogen, Carlsbad, CA)로 트랜스팩션하였다. 48 시간 후, 그 세포들을 모아서 라이시스 버퍼(20 mM Hepes, pH 7.2, 1% Triton X-100, 1% sodium deoxycholate, 0.2% SDS, 150 mM NaCl, 1 mM Na3VO4, 1 mM NaF, 10% glycerol, 10 mg/ml leupeptin, 10 mg/ml aprotinin, 1 mM phenymethylsulfonyl fluoride)로 라이시스하였다. 그 파쇄액을 전면역(preimmune) 혈청(마우스) 및 단백질 A-Sepharose로 4℃에서 30 분간 전청결(preclear)하였다. 단백질 농도는 스탠다드로 소 혈청 알부민을 사용한 BCA 단백질 분석 시약 키트(PIERCE, Rockford, IL)를 사용하여 결정하였다. 전청결된 세포 파쇄액 앨리쿼트(1mg)를 1:500 희석액의 항-V5 (Invitrogen) 또는 1:250 희석액의 항-Myc (Invitrogen) mAb 및 40 ml의 PBS내의 1:1 슬러리의 단백질 A-Sepharose 비드들로 4℃ 에서 16시간 배양하였다. 상기 면역 복합체들을 원심분리(2,000 g 4℃에서 5 분)하여 모으고, 버퍼(20 mM Tris, pH 7.5, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 150 mM NaCl, 2 mM Na3VO4, 10% glycerol 및 1 % Nonidet P-40)로 4회 세척하고, SDS-PAGE 및 Tris-buffered saline (TBS)내의 1:1000 희석액의 항-Myc 또는 1:3000 희석액의 항-V5 항체로 웨스턴 블럿을 수행하였다. Cells were transfected with pcDNA3.1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) encoding the HCCR- 1 -V5-His (Invitrogen) fusion protein and DP1-Myc-His (Invitrogen). After 48 hours, the cells were collected and lysed buffer (20 mM Hepes, pH 7.2, 1% Triton X-100, 1% sodium deoxycholate, 0.2% SDS, 150 mM). NaCl, 1 mM Na 3 VO 4 , 1 mM NaF, 10% glycerol, 10 mg/ml leupeptin, 10 mg/ml aprotinin, 1 mM phenymethylsulfonyl fluoride). The lysate was pre-cleaned with preimmune serum (mouse) and protein A-Sepharose at 4° C. for 30 minutes. Protein concentration was determined using a BCA protein assay reagent kit (PIERCE, Rockford, IL) using bovine serum albumin as a standard. Precleaned cell lysate aliquot (1 mg) was added to 1:500 dilution of anti-V5 (Invitrogen) or 1:250 dilution of anti-Myc (Invitrogen) mAb and 1:1 slurry of Protein A- in 40 ml PBS. Sepharose beads were incubated for 16 hours at 4°C. Collect the immune complexes by centrifugation (2,000 g at 4°C for 5 minutes), and buffer (20 mM Tris, pH 7.5, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 150 mM NaCl, 2 mM) Na 3 VO 4 , 10% glycerol and 1% Nonidet P-40), washed 4 times, SDS-PAGE and anti-Myc of 1:1000 dilution in Tris-buffered saline (TBS) or 1:3000 dilution of anti- Western blot was performed with the V5 antibody.

실시예 4:GST 융합단백질 발현 및 풀 다운 실험Example 4: GST fusion protein expression and pull-down experiment

GST 융합 단백질은 발현되고 제조업자(Amersham Pharmacia Biotech)에 의하여 추천한 것에 따라 추출액을 제조하였다. GST, GST-DP1 결손 돌연변이체를 포함하는 Escherichia coli (균주 BL21) 추출액을 30㎕의 글루타치온-세파로스로 500 ㎕의 라이시스 버퍼(1 mM phenylmethylsulfonyl fluoride, 5 mM dithiothreitol, 1 ㎍/ml leupeptin, 1 ㎍/ml aprotinin, 및 1.5 ㎍/ml pepstatin을 포함하는 20 mM Tris-HCl [pH 6.8], 50 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 0.1% Triton X-100)에서 4℃에서 12시간 배양하였다. 세파로스 비드에 결합된 융합 단백질들을 SDS 폴리아크릴아마이드 젤 상에서 코마시 블루 염색에 의하여 정량하였다. 그 융합 단백질-결합된 비드들을 500㎕의 TEN 버퍼(20 mM Tris HCl [pH 7.4], 0.1 mM EDTA, 100 mM NaCl)로 3회 세척하였다. GST 풀 다운 실험을 위해서 비드에 결합된 융합 단백질을 HCCR-1을 발현하는 HEK 293 전체 세포 추출물에서 온 단백질로 4℃에서 12시간 배양하였다. 그 비드들을 NETN 버퍼(0.5% Nonidet P-40, 0.1 mM EDTA, 20 mM Tris HCl [pH 7.4], 300 mM NaCl)를 사용하여 세척하였고, 30㎕의 SDS 샘플 버퍼(75 mM Tris-HCl, pH 6.8, 0.5% glycerol, 1% SDS, 4% mercaptoethanol, 0.01% bromophenol blue)로 일루트하고, 10% SDS-폴리아크릴아마이드 겔 상에서 분리하기 전에 3분 가열하였다. 분리된 단백질ㄷ르을 웨스턴 분석을 수행하였다. The GST fusion protein was expressed and an extract was prepared as recommended by the manufacturer (Amersham Pharmacia Biotech). Escherichia containing GST, GST-DP1 deletion mutants coli (strain BL21) extract with 30 µl of glutathione-sepharose and 500 µl of Lysis buffer (1 mM phenylmethylsulfonyl fluoride, 5 mM dithiothreitol, 1 µg/ml leupeptin, 1 µg/ml aprotinin, and 1.5 µg/ml pepstatin) 20 mM Tris-HCl [pH 6.8], 50 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 0.1% Triton X-100) was incubated at 4° C. for 12 hours. Fusion proteins bound to Sepharose beads were quantified by Coomassie blue staining on SDS polyacrylamide gel. The fusion protein-bound beads were washed 3 times with 500 μl of TEN buffer (20 mM Tris HCl [pH 7.4], 0.1 mM EDTA, 100 mM NaCl). For the GST pull-down experiment, the fusion protein bound to the beads was incubated at 4° C. for 12 hours with a protein from HEK 293 whole cell extract expressing HCCR-1. The beads were washed with NETN buffer (0.5% Nonidet P-40, 0.1 mM EDTA, 20 mM Tris HCl [pH 7.4], 300 mM NaCl), and 30 μl of SDS sample buffer (75 mM Tris-HCl, pH 6.8, 0.5% glycerol, 1% SDS, 4% mercaptoethanol, 0.01% bromophenol blue) and heated for 3 minutes before separation on a 10% SDS-polyacrylamide gel. The separated protein was subjected to Western analysis.

실시예 5:세포내 위치Example 5: Intracellular location

세포들의 세포 내 분획화는 미토콘드리아 추출 (Pierce, Rockford, IL)에 따라 수행하였다. 간단하게 설명하면 세포들을 850 g 에서 2분간 원심분리하여 모으고 그 펠렛을 800 ㎕의 시약 A로 현탁한 후, 얼음에서 정확히 2분간 배양하였다. 10㎕의 시약 B를 그 현탁된 용액에 첨가하고 5분간 최대 스피드로 매분간 볼텍스하면서 배양하였다. 800 ㎕의 시약 C를 그 용액에 첨가하고 혼합하기 위하여 수회 전회invert)시켰다. 그 용액을 700 x g, 4℃에서 10 분간 원심분리하고, 그 펠렛을 조 핵 분획에 사용하였다 그 상등액은 12,000 x g, 에서 4℃에서 15 분간 원심분리하고, 원형질 분획을 위해서 새로운 튜브에 옮겼다. 그 펠렛은 500 ㎕ 의 시약 C로 세척하고, 분리된 미토콘드리아 분획용으로 사용하였다. 각 분획은 BCA 단백질 분석 시약 키트(Pierce)로 정량화하였다. 샘플 버퍼내의 가열된 추출물을 SDS-PAGE에서 전기영동을 수행하였고 표준 방법에 의하여 나이트로셀룰로오스로 옮겼다. 막을 0.05% Tween 20을 갖는 트리스 버퍼 식염수(TBS; pH7.4) 내의 5% 탈지우유로 블럭하고 미토콘드리아 위치 마커를 위하여 일차 항체인 항-V5 (Invitrogen, Carlsbad, CA), 항-c-Myc (Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA) 또는 항-VDAC1 (Santa Cruz Biotechnology)로 배양하였다. TBS내의 0.05% Tween 20으로 세척 후 면역블럿을 호스래디쉬-퍼옥시데이즈 결합 염소-항-마우스-IgG, 또는 염소-항-토끼-IgG로 배양하고 단백질들을 제조업자(Pierce)의 지시에 따라 증가된 케미루미네센스를 사용하여 보았다. Intracellular fractionation of cells was performed according to mitochondrial extraction (Pierce, Rockford, IL). Briefly, cells were collected by centrifugation at 850 g for 2 minutes, and the pellet was suspended with 800 µl of reagent A, and then incubated on ice for exactly 2 minutes. 10 μl of reagent B was added to the suspended solution and incubated with vortexing for 5 minutes each minute at maximum speed. 800 [mu]l of reagent C was added to the solution and inverted several times for mixing. The solution was centrifuged at 700 xg at 4°C for 10 minutes, and the pellet was used for crude nuclear fractionation. The supernatant was centrifuged at 12,000 xg at 4°C for 15 minutes, and transferred to a new tube for protoplasmic fractionation. The pellet was washed with 500 μl of reagent C and used for the isolated mitochondrial fraction. Each fraction was quantified with the BCA Protein Analysis Reagent Kit (Pierce). The heated extract in the sample buffer was subjected to electrophoresis on SDS-PAGE and transferred to nitrocellulose by standard methods. Block the membrane with 5% skim milk in Tris buffer saline (TBS; pH 7.4) with 0.05% Tween 20 and anti-V5 (Invitrogen, Carlsbad, CA), anti-c-Myc ( Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA) or anti-VDAC1 (Santa Cruz Biotechnology). After washing with 0.05% Tween 20 in TBS, the immunoblot was incubated with horseradish-peroxidase-conjugated goat-anti-mouse-IgG, or goat-anti-rabbit-IgG, and proteins were incubated according to the manufacturer's instructions (Pierce). Saw using increased chemilaminesense.

실시예 6: 노던블럿 분석Example 6: Northern blot analysis

노던블럿 분석은 HCCR-1 cDNA 또는 534-bp 부분적인 DP1 cDNA를 사용하여 여러 인간 조직들에서 HCCR-1 또는 DP1 발현을 조사하기 위하여 수행되었다. mRNA 발현 레벨은 베타-액틴의 발현 레벨과 비교하여 정량화하였다. Northern blot analysis was performed to investigate HCCR-1 or DP1 expression in several human tissues using either the HCCR-1 cDNA or the 534-bp partial DP1 cDNA. The mRNA expression level was quantified by comparison with the expression level of beta-actin.

실시예 7: 항체 생산 및 정제Example 7: Antibody production and purification

167th에서 360th 아미노산 잔기들인 폴리펩타이드를 코딩하는 인간 HCCR-1 cDNA의 C-말단부위를 pMALTM-p2X (New England Biolabs, MA) 벡터에 클로닝하고, 그것을 E. coli 균주BL21 DE3에서 발현하였다. 재조합 HCCR-1 단백질을 아밀로스 수지를 사용하여 박테리아로부터 정제하였다. 그 융합 단백질을 인자 Xa 프로테이즈로 절단하고 결과물인 HCCR-1 단백질을 mAbs를 제조하기 위하여 사용하였다. mAb 제조를 위하여 2달된 Balb/c 마우스들을 Freund 어쥬번트와 에멀젼으로 제조된 HCCR-1 항원으로 면역화하였다. 면역반응을 면역화의 여러 시간에서 ELISA 및 동물로부터 얻은 항혈청을 사용하여 웨스턴블럿에 의하여 모니터하였다. 항원에 대하여 높은 면역반응성을 나타내는 마우스들을 하이브리도마 세포주 제조를 위하여 선택하였다. 항원으로 전-융합(pre-fusion) 부스트 후 3일에 마우스를 희생하여 지라로부터 림프구들을 폴리에틸렌 글리콜을 사용하여 SP 2/0 마에로마 세포들과 ㅇ유융합하였다. 항체를 생성하는 생존한 융합 클론을 선택하기 위하여 그 융합된 세포들을 hypoxanthine-minopterin-hymidine을 포함하는 Dulbecco 최소 필수 배지에서 10일간 성장시켰다. 그 생존한 융합 클론들을 포함하는 배지를 항원에 대한 특정한 면역반응성을 확인하기 위하여 ELISA 및 웨스턴 블럿을 테스트하였다. 일차 스크리닝으로부터 선택된 그 융합 클론들은 동일한 접근을 사용하여 더 단일-세포 서브클론하였고 최종 하이브리드 세포주들은 단일 세포 서브클론으로부터 선택되었다. 복수(ascite)들을 생성하기 위하여, HCCR-1-특이적 mAb을 생성하는 하미브리도마 세포를 프리스타틴-처리된 숫 balb/c 마우스의 복강에 마우스당 5x106 세포 주사하였다. 10일 후 복수를 마우스로부터 추출하여 세포 및 혈액 찌꺼기를 제거하기 위하여 원심분리하였다. 다음 그 복수를 지질단백질들을 침전하기 위하여 소디움 덱스트란 설페이트 및 CaCl2로 배양하였다. 복수내에 특정 IgG를 50% 암모늄 설페이트로 침전하였다. 167 th to 360 th The C-terminal portion of human HCCR-1 cDNA encoding a polypeptide, which is amino acid residues, was cloned into a pMAL TM -p2X (New England Biolabs, MA) vector, and it was expressed in E. coli strain BL21 DE3. Recombinant HCCR-1 protein was purified from bacteria using amylose resin. The fusion protein was digested with factor Xa proteinase, and the resulting HCCR-1 protein was used to prepare mAbs. For mAb production, 2 month-old Balb/c mice were immunized with HCCR-1 antigen prepared as an emulsion with Freund's adjuvant. Immune responses were monitored by Western blot using ELISA and antisera obtained from animals at different times of immunization. Mice exhibiting high immunoreactivity to the antigen were selected for the production of hybridoma cell lines. Three days after the pre-fusion boost with antigen, the mice were sacrificed, and lymphocytes from spleen were fused with SP 2/0 Maeroma cells using polyethylene glycol. In order to select the surviving fusion clones producing antibodies, the fused cells were grown for 10 days in Dulbecco's minimum essential medium containing hypoxanthine-minopterin-hymidine. The medium containing the surviving fusion clones was tested for ELISA and Western blot to confirm specific immunoreactivity to the antigen. Those fusion clones selected from primary screening were more single-cell subclones using the same approach and final hybrid cell lines were selected from single cell subclones. To generate ascites, HCCR-1-specific mAb-producing hemibridoma cells were injected 5×10 6 cells per mouse into the peritoneal cavity of prestatin-treated male balb/c mice. After 10 days, ascites were extracted from mice and centrifuged to remove cells and blood debris. Then, the ascites were incubated with sodium dextran sulfate and CaCl 2 to precipitate lipoproteins. Certain IgG was precipitated with 50% ammonium sulfate in the ascites.

실시예 8: 샌드위치 ELISA에 의한 혈청내 HCCR-1 검출Example 8: Detection of HCCR-1 in serum by sandwich ELISA

HCCR-1 레벨을 샌드위치 ELISA를 사용하여 측정하였다. 계대 희석된 정제된 HCCR-1167-360 을 100 ㎕의 10 mM 인산 버퍼 내의 96-웰 맥시소릅(maxisorp) 마이크로타이터 플레이트상에 코팅하고 배양하였다. 표준 곡선은 20에서 320 ng/ml 범위의 계대 희석된 정제된 HCCR-1167- 360 로 만들었다. 20, 40, 80, 160, 및 320 ng/ml HCCR-1167-360 단백질을 사용하여, 보정 곡선을 제조하였다. 그 후에 그 마이크로타이터 플레이트를 2 mg/ml BSA를 포함하는 PBS로 포화시켰다. 각 HCCR-1 분자에 대한 다른 에피토프를 인지하는 선택된 쌍의 항체(JE33 및 I87 mAbs)를 샌드위치 ELISA를 제제화하는데 사용하였다. 정제된 일차 mAb JE33 (웰 당 100 ng/ml)을 0.1% BSA 및 0.05% Tween 20을 함유하는 PBS에서 제조하였다. 1:100으로 희석된 혈청 샘플을 이중으로 분석하였다. 100㎕의 샘플을 웰에 도말한 후 0.05% Tween 20을 함유하는 PBS로 세척하였다. 세척 후 2 ㎍/ml으로 제조된 퍼옥시데이즈 부착된 검출자 mAb (I87)를 37℃에서 1시간 반응하였다. 492 nm에서 흡광도를 분광기로 측정하였다. 표준 곡선을 만들어서 레퍼런스 샘플을 각 테스트 런에 포함시켰다. 각 혈청 샘플에서 HCCR-1 농도는 표준 곡선에 대한 레퍼런스에 의하여 계산되었고 혈청 ml당 HCCR-1 나노그램으로 표시하였다. 레퍼런스 범위는 리시버 오퍼레이팅 특징(ROC) 곡선 분석에 의하여 얻어졌다: 6 ㎍/ml의 값을 대장암에 대한 컷-오프로 사용하였다. CA19-9는 상업적으로 구입할 수 있는 키트 (CA19-9 IRMA 키트, Fujirebio Diagnostics, Inc., Malvern, PA)를 사용하여 2단계 샌드위치 면역래디어메트릭 분석에 의하여 측정하였다. HCCR-1 levels were measured using a sandwich ELISA. Passage -diluted purified HCCR-1 167-360 was coated on a 96-well maxisorp microtiter plate in 100 μl of 10 mM phosphate buffer and cultured. A standard curve was made from the passage 20 to the purified HCCR-1 167- 360 dilution of the 320 ng / ml range. Calibration curves were prepared using 20, 40, 80, 160, and 320 ng/ml HCCR-1 167-360 protein. The microtiter plate was then saturated with PBS containing 2 mg/ml BSA. Selected pairs of antibodies (JE33 and I87 mAbs) that recognize a different epitope for each HCCR-1 molecule were used to formulate a sandwich ELISA. Purified primary mAb JE33 (100 ng/ml per well) was prepared in PBS containing 0.1% BSA and 0.05% Tween 20. Serum samples diluted 1:100 were analyzed in duplicate. 100 µl of the sample was plated on the wells and washed with PBS containing 0.05% Tween 20. After washing, a peroxidase-attached detector mAb (I87) prepared at 2 μg/ml was reacted at 37° C. for 1 hour. The absorbance at 492 nm was measured with a spectrometer. A standard curve was created and reference samples were included in each test run. The HCCR-1 concentration in each serum sample was calculated by reference to a standard curve and expressed as HCCR-1 nanograms per ml of serum. The reference range was obtained by receiver operating characteristic (ROC) curve analysis: a value of 6 μg/ml was used as the cut-off for colorectal cancer. CA19-9 was measured by a two-step sandwich immunoradiametric analysis using a commercially available kit (CA19-9 IRMA kit, Fujirebio Diagnostics, Inc., Malvern, PA).

실시예 9:ELISA에 대한 대상Example 9: Subjects for ELISA

2003년 12월에서 2004년 12월까지의 연구 기간 동안 전체 100 명이 대한민국 카톨릭 대학교 강남 성모병원에 등록하였다. 50명(평균 연령=55세, 25에서 78세 범위)은 조직학적으로 입증되거나 임상적으로 대장암을 진단받은 사람이고 50명은 통상적인 건강 검진을 수행하여 정상인 지원자(평균 연령=46세, 18-82세 범위)였다. 그 환자들 중 아무도 다른 종양이나 활성 폐질환을 가지지 않았다. 임상병리 인자들을 초기 수술병리 자료로부터 발췌하였다. 단계는 암에 대한 미국 조인트 커뮤니티에 따른 대장암의 종양-결절-전이(TNM) 단계 시스템에 따라 결정하였다. 새롭게 대장암으로 진단된 50명의 환자로부터 혈청을 치료 전에 얻었다. 모든 환자들 및 대조군을 연구의 개별적 동의를 얻어서 분석을 수행하였다. 혈액 샘플의 사용은 본 재단의 윤리위원회의 승인을 얻었다. During the study period from December 2003 to December 2004, a total of 100 people enrolled in the Catholic University of Korea in Gangnam St. Mary's Hospital. 50 (average age = 55 years old, ranging from 25 to 78 years old) were histologically proven or clinically diagnosed with colorectal cancer, and 50 were normal volunteers (average age = 46 years old, 18 years old) -82 years old). None of those patients had other tumors or active lung disease. Clinical pathologic factors were extracted from initial surgical pathology data. Stage was determined according to the Tumor-Nodule-Metastases (TNM) Stage System of Colorectal Cancer according to the American Joint Community for Cancer. Serum was obtained prior to treatment from 50 patients newly diagnosed with colorectal cancer. Analysis was performed for all patients and controls with the individual consent of the study. The use of blood samples was approved by the Foundation's Ethics Committee.

실시예 10: 시간 의존적인 트립신 처리 절편 패턴의 분석에 의한 에피토프 지도화Example 10: Epitope mapping by analysis of time-dependent trypsin-treated section patterns

MBP-HCCR-1 융합 단백질(10μM) 믹 각 mAb (5μM)을 3㎕의 PBS에서 혼합하고 동일한 농도의 MBP-HCCR-1만을 PBS에서 역시 제조하였다. 전 배양 샘플에 30분 동안 8 μM 트립신을 첨가하여 소화 반응을 시작하였고 특정 시점에서 각 용액의 0.5 ㎕을 뽑아서 절단 반응을 완료하기 위하여 매트릭스 용액[매트릭스,alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA)을 함유한 70% 아세토나이트릴 내의 0.5% TFA]와 혼합하였다.종료된 샘플들을 직접 MALDI 플레이트에 로딩하거나 추후 분석때까지 -20℃에서 유지하였다. Amersham Ettan pro MALDI-TOF (Amersham Bioscience, Piscataway, NJ)을 처리된 절편들의 스펙트럼을 수집하는데 사용하였다. 수집된 모든 스펙트럼을 양이온 레플렉터 모드에서 얻었다. 전형적으로 스펙트럼 당 400-500 파워를 갖는 500개의 삿을 첨가하였다. 스펙트럼 분석을 위해서 MBP-HCCR-1의 이론적인 트립신 절편들을 ProteinProspector(www.prospector.ucsf.edu)에 의하여 계산하였다.MBP-HCCR-1 fusion protein (10 μM) Mic Each mAb (5 μM) was mixed in 3 μl of PBS, and only MBP-HCCR-1 of the same concentration was also prepared in PBS. Digestion reaction was initiated by adding 8 μM trypsin to the pre-culture sample for 30 minutes. At a specific time point, 0.5 μM of each solution was extracted to complete the cleavage reaction with a matrix solution [matrix, alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA) 0.5% TFA in 70% acetonitrile] containing [0104]. The finished samples were either loaded directly into the MALDI plate or kept at -20°C until further analysis. Amersham Ettan pro MALDI-TOF (Amersham Bioscience, Piscataway, NJ) was used to collect spectra of the treated sections. All spectra collected were obtained in the cationic reflector mode. 500, typically with 400-500 power per spectrum Sat was added. For spectral analysis, theoretical trypsin fragments of MBP-HCCR-1 were calculated by ProteinProspector (www.prospector.ucsf.edu).

실시예 11:LOH에 대한 견본Example 11: Sample for LOH

동결 조직들은 대한민국 천안에 있는 단국대학교 병원에서 수술을 한 결장암을 갖는 21명의 환자로부터 무작위로 수집하였다. 조직 수집 및 유전 분석의 전체 과정은 대한민국 카톨릭 대학교 강남 성모병원의 평가위원회의 승인하에서 수행되었다. 각 케이스에 대하여 종양 세포 풍부 지역(60% 이상의 종양 세포)을 미세절제하였고 절제된 세포들(50-80 세포/㎕)을 50mM Tris-HCl (pH 8.5), 0.5% tween 20, 및 0.2 mg/ml proteinase K를 함유하는 소화 버퍼 하에서 유지하였다. 그 미세절제 버퍼를 50℃에서 18-24 시간 배양하였고 DNA 정제 키트(Solgent, Korea)를 사용하여 정제하였다. Frozen tissues were randomly collected from 21 patients with colon cancer who underwent surgery at Dankook University Hospital in Cheonan, Korea. The entire process of tissue collection and genetic analysis was performed under the approval of the evaluation committee of the Catholic University of Korea, Gangnam St. Mary's Hospital. For each case, the tumor cell-rich area (more than 60% tumor cells) was microdissected and the excised cells (50-80 cells/μL) were 50mM Tris-HCl (pH 8.5), 0.5% tween 20, and 0.2 mg/ml. Maintained under digestion buffer containing proteinase K. The microdissection buffer was incubated at 50° C. for 18-24 hours and purified using a DNA purification kit (Solgent, Korea).

실시예 12:마이크로세틀라이트 마커로 DP1 주위의 LOH 분석Example 12: Analysis of LOH around DP1 with microsatellite marker

주위의 세 마이크로세틀라이트 위치를 5번 염색체 상의 다음의 마커들인 D5S519, D5S409, 및 D5S346를 사용하여 LOH에 대하여 조사하였다. D5S346 (112.2 Mb)는 DP1 유전자에 위치하고, D5S409 (102.7 Mb)는 DP1의 9.5 Mb 윗 쪽에 존재하고, D5S519 (149.9 Mb)는 DP1의 37.7 Mb 아래 쪽에 존재한다. 미세절제된 유전자 DNA는 10㎕ PCR 혼합물에서 1μCi 32p-표지된 dCTP로 증폭하였다. 32라운드의 증폭 반응을 다음의 조건으로 수행하였다;94℃에서 30초, 55℃에서 1분 및 72℃에서 1분. 그 증폭된 산물을 95% 포름알데히드를 함유한 젤-로딩 버퍼로 희석하고 5분간 가열하여 완전하게 변성한 후 얼음 냉각을 수행하였다. 샘플을 6% 변성 아크릴아마이드 젤에서 전기영동하고 오토래이오그래피로 시각화하였다. The surrounding three microsatellite locations were investigated for LOH using the following markers on chromosome 5, D5S519, D5S409, and D5S346. D5S346 (112.2 Mb) is located in the DP1 gene, D5S409 (102.7 Mb) is located above 9.5 Mb of DP1, and D5S519 (149.9 Mb) is located below 37.7 Mb of DP1. Microdissected genetic DNA was amplified with 1 μCi 32p-labeled dCTP in a 10 μl PCR mixture. 32 rounds of amplification reactions were carried out under the following conditions: 94°C for 30 seconds, 55°C for 1 minute and 72°C for 1 minute. The amplified product was diluted with a gel-loading buffer containing 95% formaldehyde, heated for 5 minutes, and completely denatured, followed by ice cooling. Samples were electrophoresed on a 6% modified acrylamide gel and visualized by autorography.

실시예 13: LOH의 해석 Example 13: Analysis of LOH

각 대립 유전자 밴드의 신호 강도를 덴시토미터를 사용하여 측정하였다. LOH는 인포메이티브(이종성) 로커스에서만 측정하였다. 넌인포메이티브 로커스는 로커스의 양 대립 유전자가 동종이어서 LOH를 해석하기에 이용할 수 없다는 것을 의미한다. 종양 세포의 두 대립 유전자 사이의 밴드 강도 비율이 정상 세포의 강도 비율보다 20% 이상 차이가 있을 때 이 종양은 조사된 마이크로세틀라이트 로커스에서 LOH를 가지고 있다고 결정하였다. LOH 양성 로커스 다음의 넌인포메이티브 로커스를 LOH 양성으로 결정하였고 LOH 음성 로커스 다음의 넌인포메이티브 로커스를 LOH 음성으로 해석하였다.The signal intensity of each allele band was measured using a densitometer. LOH was measured only in the Informative (heterologous) locus. Non-informational locus means that both alleles of the locus are homologous and cannot be used to interpret LOH. When the band intensity ratio between the two alleles of tumor cells differed by more than 20% than that of normal cells, it was determined that this tumor had LOH in the microsatellite locus investigated. The non-informational locus after the LOH-positive locus was determined as LOH positive, and the non-informational locus after the LOH-negative locus was interpreted as LOH-negative.

실시예 14:소디움 바이설페이트에 의한 DNA 변형Example 14: DNA modification by sodium bisulfate

90㎕의 조직 파쇄액을 10㎕의 3 M NaOH로 37℃에서 15분간 변성하였다. 그 혼합액을 1040㎕의 2.3 M 소디움 바이설페이트 및 60㎕의 10 mM 하이드로퀴논으로 50℃에서 12시간 변형하였고 제조업자의 지시에 따라 위자드 DNA 정제 레진(Promega, Madison, WI)을 사용하여 정제하였다. 그 변형된 DNA를 최종적으로 2.5 부피의 100% 에탄올 및 1㎕의 연어 테스티스 DNA (5 mg/ml, Sigma-Aldrich, St. Louis, MO)을 첨가하여 침전하였다. 그 펠렛을 70% 에탄올로 세척하고 건조하고 35㎕의 5 mM Tris 버퍼(pH 8.0) 내에 용해하였다. 반복되는 동결 및 해동을 피하기 위하여 1㎕ 앨리쿼트의 변형된 DNA 용액을 PCR 튜브에 넣어서 -20℃에서 저장하였다.90 [mu]l of the tissue lysate was denatured with 10 [mu]l of 3 M NaOH at 37[deg.] C. for 15 minutes. The mixture was modified with 1040 μl of 2.3 M sodium bisulfate and 60 μl of 10 mM hydroquinone for 12 hours at 50° C. and purified using Wizard DNA purification resin (Promega, Madison, WI) according to the manufacturer's instructions. The modified DNA was finally precipitated by adding 2.5 volume of 100% ethanol and 1 µl of salmon testis DNA (5 mg/ml, Sigma-Aldrich, St. Louis, MO). The pellet was washed with 70% ethanol, dried and dissolved in 35 μl of 5 mM Tris buffer (pH 8.0). To avoid repeated freezing and thawing, 1 µl aliquot of the modified DNA solution was placed in a PCR tube and stored at -20°C.

실시예 15:메틸화 및 탈메틸화-특이적 PCR 및 바이설페이트 시퀀싱Example 15: Methylation and demethylation-specific PCR and bisulfate sequencing

MSP 프라이머 세트는 MethPrimer 소프트웨어(http://www.urogene.org/methprimer/)를 사용하여 고안하였고 BLAST 서치에 의하여 서열 리던던시를 체크하였다. 프라이머들은 다음과 같이 DP1MF: 5'-AGTTTTTTTCGTGTAGGAATCGGTC-3'(서열번호:4), DP1MR: 5'-CAATCGCCGCTCCAATC-TATCCG-3'(서열번호:5), DP1UF: 5'-AGTTTTTTTGTGTAGGAATTGGTT-3'(서열번호:6), DP1UR: 5'-CAATCACCACTCCAATCTATCCA-3'(서열번호:7)이다. DNA 메틸레이즈에 의하여 보편적으로 메틸화된 유전자 DNA(CpGenome Universal Methylated DNA, Chemicon, Temecula, CA, USA) 를 메틸화 대조군 DNA로 사용하였다. 유니버설 프라이머(5'-CCGACTCGAGNN NNNNATGTGG-3')(서열번호:8)에 의하여 증폭된 PCR DNA를 탈메틸화 대조군 DNA로 사용하였다. 유니버설 PCR을 다음과 같이 수행하였다: 1 사이클의 94℃에서 3분간 변성화, 10 사이클의 94℃에서 1.5 분간, 30℃에서 2.5분간, 72℃에서 3분간 및 30 사이클의 94℃에서 1분간, 62℃에서 1.5분간, 72℃에서 2분간 및 72℃에서 8분의 연장이다. 메틸화 특이적 및 탈메틸화 특이적 증폭을 확인한 후 21쌍의 정상 및 대장암을 이 조건하에서 분석하였다.The MSP primer set was designed using MethPrimer software (http://www.urogene.org/methprimer/) and sequence redundancy was checked by BLAST search. Primers are as follows: DP1MF: 5'-AGTTTTTTTCGTGTAGGAATCGGTC-3' (SEQ ID NO: 4), DP1MR: 5'-CAATCGCCGCTCCAATC-TATCCG-3' (SEQ ID NO: 5), DP1UF: 5'-AGTTTTTTTGTGTAGGAATTGGTT-3' (sequence Number:6), DP1UR: 5'-CAATCACCACTCCAATCTATCCA-3' (SEQ ID NO:7). Genetic DNA (CpGenome Universal Methylated DNA, Chemicon, Temecula, CA, USA) universally methylated by DNA methylase was used as the methylation control DNA. PCR DNA amplified by the universal primer (5'-CCGACTCGAGNN NNNNATGTGG-3') (SEQ ID NO: 8) was used as the demethylation control DNA. Universal PCR was performed as follows: 1 cycle of denaturation at 94°C for 3 minutes, 10 cycles of 94°C for 1.5 minutes, 30°C for 2.5 minutes, 72°C for 3 minutes and 30 cycles of 94°C for 1 minute, It is an extension of 1.5 minutes at 62°C, 2 minutes at 72°C and 8 minutes at 72°C. After confirming the methylation-specific and demethylation-specific amplification, 21 pairs of normal and colon cancer were analyzed under these conditions.

실시예 16:DNA 절편화 분석Example 16: DNA fragmentation analysis

HCCR -1- 또는 DP1-트랜스팩션된 대장암 세포들, pcDNA3.1만으로 트랜스팩션된 세포들 및 야생형 세포들 각 각을 3,5,7 및 9일간 배양한 후에 수집하였다. 그 세포들을 파쇄하고 100㎍/ml의 프로티네이즈 K를 함유하는 파쇄 버퍼[10 mM Tris-HCl (pH 7.4), 10 mM EDTA, 10 mM NaCl, 및 0.5% SDS]에서 48℃에서 오버나잇하였다. 1/5 부피의 5 M NaCl 및 동 부피의 이소프로필 알콜을 DNA를 침전시키기 위하여 첨가하였다. 그 DNA 펠렛을 TE 버퍼[10 mM Tris-HCl (pH 7.8) 및 1 mM EDTA]에서 재용해하였고 0.1 mg/ml의 RNase A로 37℃에서 1시간 처리하였다. 각 샘플에 대해서 10 ㎍ DNA를 2% 아가로스 젤에서 분획화하고 에티디움 브로마이드로 염색하고 UV 광으로 시각화하였다. HCCR- 1 -or DP1 -transfected colorectal cancer cells, cells transfected with pcDNA3.1 alone, and wild-type cells, respectively, were collected after culturing for 3, 5, 7 and 9 days. The cells were disrupted and overnight at 48° C. in a disruption buffer containing 100 μg/ml of Proteinase K [10 mM Tris-HCl (pH 7.4), 10 mM EDTA, 10 mM NaCl, and 0.5% SDS] . 1/5 volume of 5 M NaCl and an equal volume of isopropyl alcohol were added to precipitate the DNA. The DNA pellet was redissolved in TE buffer [10 mM Tris-HCl (pH 7.8) and 1 mM EDTA] and treated with 0.1 mg/ml of RNase A at 37° C. for 1 hour. For each sample, 10 μg DNA was fractionated on a 2% agarose gel, stained with ethidium bromide and visualized with UV light.

실시예 17:안넥신 V/PI 염색에 의한 에팝토시스의 검출Example 17: Detection of apoptosis by Annexin V/PI staining

세포들을 콜드 PBS로 세척하고 Aubry, J-P 등 Cytometry 37, 197-204 (1999)에 기재된 것에 따라서 안넥신 V/PI로 염색한 후 BRYTE HS 유동 사이토미터(Bio-rad, Herts, England) 상에서 분석하였다. 간단하게 설명하면 PBS로 세척 후 1 × 107 세포들을 10 ㎕의 10 × 결합 버퍼[100 mM HEPES (pH 7.4), 1.5 M NaCl, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2 및 18 mM CaCl2]로 희석한 후 1 ㎕ 안넥신 V-컨주게이트 및 10 ㎕ PI를 에팝토시스 키트(TACSTM Annexin V-FITC, Trevigen, Inc., Gaithersburg, MD) 제조자의 지시에 따라 첨가하였다. 세포 현탁액을 상온 암실에서 15분간 배양하고, 400 ㎕의 1 × 결합 버퍼를 유동 사이토미터 분석 전에 첨가하였다. Cells were washed with cold PBS and stained with Annexin V/PI according to Aubry, JP et al. Cytometry 37, 197-204 (1999) and analyzed on a BRYTE HS flow cytometer (Bio-rad, Herts, England). . Briefly, after washing with PBS, 1 × 10 7 cells were diluted with 10 μl of 10 × binding buffer [100 mM HEPES (pH 7.4), 1.5 M NaCl, 50 mM KCl, 10 mM MgCl 2 and 18 mM CaCl 2] Afterwards, 1 μl Annexin V-conjugate and 10 μl PI were added according to the manufacturer's instructions for an epitosis kit (TACSTM Annexin V-FITC, Trevigen, Inc., Gaithersburg, MD). The cell suspension was incubated for 15 minutes in a dark room at room temperature, and 400 μl of 1 × binding buffer was added before flow cytometric analysis.

실시예 18:텔로머레이즈 활성 분석Example 18: Telomerase activity assay

텔로머레이즈 활성은 텔로머레이즈 PCR-ELISA 키트(Boehringer Mannheim, Germany)를 사용하여 결정하였다. 음성 대조군을 RNase로 전처리된 인간 293 세포에 대하여 제공하였다. Telomerase activity was determined using a telomerase PCR-ELISA kit (Boehringer Mannheim, Germany). A negative control was provided for human 293 cells pretreated with RNase.

실시예 19: 통계 분석Example 19: Statistical Analysis

양 그룹 및 임상병리 인자의 각 단계에서 HCCR-1의 혈청 레벨(로그 값, ㎍/ml)은 평균±S.D로 나타내고 Wilcoxon 랭크 섬 테스트 및 Kruskal-Wallis 테스트를 사용하여 비교하였다. 양성 반응을 결정하기 위하여 본 발명자들은 CA19-9에 대한 컷-오프로서 37 U/ml 값을 사용하였고 HCCR-1에 대한 컷-오프 값은 ROC 곡선 분석에 의하여 결정하였다. CA19-9 및 HCCR-1에 대한 양성 반응 비율은 마지널 비율로 나타내고 McNemar 테스트에 의하여 비교하였다. HCCR-1의 전체 정확성 및 민감성을 측정하였고 그들의 95 % 신뢰 간격을 나타내었다. 각 단계 내의 CA19-9 및 HCCR-1 양성 비율은 McNemar 테스트에 의하여 비교하였다. 투 테일드, 0.05 유의 수준, 및 SAS 릴리스 8.1을 모든 통계 분석에 사용하였다.Serum levels (log values, μg/ml) of HCCR-1 in both groups and at each stage of the pathologic factor were expressed as mean±S.D and compared using Wilcoxon rank sum test and Kruskal-Wallis test. To determine the positive response, we used a value of 37 U/ml as the cut-off for CA19-9 and the cut-off value for HCCR-1 was determined by ROC curve analysis. Positive reaction rates for CA19-9 and HCCR-1 were expressed as marginal rates and compared by McNemar test. The overall accuracy and sensitivity of HCCR-1 were measured and their 95% confidence interval was indicated. CA19-9 and HCCR-1 positive rates in each step were compared by McNemar test. Two-tailed, 0.05 level of significance, and SAS release 8.1 were used for all statistical analyses.

<110> KIM, HYUN KEE <120> COMPOSITION FOR DIAGNOSING AND/OR TREATING CANCER AND THE KIT <160> 8 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> 169-187 amino acid residue of HCCR-1 <400> 1 His Phe Trp Thr Pro Lys Gln Gln Thr Asp Phe Leu Asp Ile Tyr His 1 5 10 15 Ala Phe Arg <210> 2 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> 291-310 amino acid residue of HCCR-1 <400> 2 Ala Lys Leu Gly Ile Gly Gln Leu Thr Ala Gln Glu Val Lys Ser Ala 1 5 10 15 Cys Tyr Leu Arg 20 <210> 3 <211> 185 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> DP1 <400> 3 Met Arg Glu Arg Phe Asp Arg Phe Leu His Glu Lys Asn Cys Met Thr 1 5 10 15 Asp Leu Leu Ala Lys Leu Glu Ala Lys Thr Gly Ala Asn Arg Ser Phe 20 25 30 Ile Ala Leu Gly Val Ile Gly Leu Val Ala Leu Tyr Leu Val Phe Gly 35 40 45 Tyr Gly Ala Ser Leu Leu Cys Asn Leu Ile Gly Phe Gly Tyr Pro Ala 50 55 60 Tyr Ile Ser Ile Lys Ala Ile Glu Ser Pro Asn Lys Glu Asp Asp Thr 65 70 75 80 Gln Trp Leu Thr Tyr Trp Val Val Tyr Gly Val Phe Ser Ile Ala Glu 85 90 95 Phe Phe Ser Asp Ile Phe Leu Ser Trp Phe Pro Phe Tyr Tyr Met Leu 100 105 110 Lys Cys Gly Phe Leu Leu Trp Cys Met Ala Pro Ser Pro Ser Asn Gly 115 120 125 Ala Glu Leu Leu Tyr Lys Arg Ile Ile Arg Pro Phe Phe Leu Lys His 130 135 140 Glu Ser Gln Met Asp Ser Val Val Lys Asp Leu Lys Asp Lys Ala Lys 145 150 155 160 Glu Thr Ala Asp Ala Ile Thr Lys Glu Ala Lys Lys Ala Thr Val Asn 165 170 175 Leu Leu Gly Glu Glu Lys Lys Ser Thr 180 185 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1MF <400> 4 agtttttttc gtgtaggaat cggtc 25 <210> 5 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1MR <400> 5 caatcgccgc tccaatctat ccg 23 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1UF <400> 6 agtttttttg tgtaggaatt ggtt 24 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1UR <400> 7 caatcaccac tccaatctat cca 23 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Universal primer <400> 8 ccgactcgag nnnnnnatgt gg 22 <110> KIM, HYUN KEE <120> COMPOSITION FOR DIAGNOSING AND/OR TREATING CANCER AND THE KIT <160> 8 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> 169-187 amino acid residue of HCCR-1 <400> 1 His Phe Trp Thr Pro Lys Gln Gln Thr Asp Phe Leu Asp Ile Tyr His 1 5 10 15 Ala Phe Arg <210> 2 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> 291-310 amino acid residue of HCCR-1 <400> 2 Ala Lys Leu Gly Ile Gly Gln Leu Thr Ala Gln Glu Val Lys Ser Ala 1 5 10 15 Cys Tyr Leu Arg 20 <210> 3 <211> 185 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> DP1 <400> 3 Met Arg Glu Arg Phe Asp Arg Phe Leu His Glu Lys Asn Cys Met Thr 1 5 10 15 Asp Leu Leu Ala Lys Leu Glu Ala Lys Thr Gly Ala Asn Arg Ser Phe 20 25 30 Ile Ala Leu Gly Val Ile Gly Leu Val Ala Leu Tyr Leu Val Phe Gly 35 40 45 Tyr Gly Ala Ser Leu Leu Cys Asn Leu Ile Gly Phe Gly Tyr Pro Ala 50 55 60 Tyr Ile Ser Ile Lys Ala Ile Glu Ser Pro Asn Lys Glu Asp Asp Thr 65 70 75 80 Gln Trp Leu Thr Tyr Trp Val Val Tyr Gly Val Phe Ser Ile Ala Glu 85 90 95 Phe Phe Ser Asp Ile Phe Leu Ser Trp Phe Pro Phe Tyr Tyr Met Leu 100 105 110 Lys Cys Gly Phe Leu Leu Trp Cys Met Ala Pro Ser Pro Ser Asn Gly 115 120 125 Ala Glu Leu Leu Tyr Lys Arg Ile Ile Arg Pro Phe Phe Leu Lys His 130 135 140 Glu Ser Gln Met Asp Ser Val Val Lys Asp Leu Lys Asp Lys Ala Lys 145 150 155 160 Glu Thr Ala Asp Ala Ile Thr Lys Glu Ala Lys Lys Ala Thr Val Asn 165 170 175 Leu Leu Gly Glu Glu Lys Lys Ser Thr 180 185 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1MF <400> 4 agtttttttc gtgtaggaat cggtc 25 <210> 5 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1MR <400> 5 caatcgccgc tccaatctat ccg 23 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1UF <400> 6 agtttttttg tgtaggaatt ggtt 24 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer DP1UR <400> 7 caatcaccac tccaatctat cca 23 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Universal primer <400> 8 ccgactcgag nnnnnnatgt gg 22

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서열번호 3의 아미노산을 유효성분으로 포함하는 대장암 치료용 조성물.A composition for treating colorectal cancer comprising the amino acid of SEQ ID NO: 3 as an active ingredient.
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