KR20080109266A - 분자 시뮬레이션 그리드 시스템을 위한 로컬 자원 관리인터페이스 방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 MGrid 작업 매니저로부터 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스하기 위한 것으로, 이를 위한 본 발명은, 새로운 시뮬레이션 작업이 요청되는지를 판단하는 단계와, 새로운 시뮬레이션 작업이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트를 생성하는 단계와, 생성된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 작업을 할당하도록 JEA를 기동시켜 시뮬레이션 작업을 등록하는 단계를 포함한다. 따라서, 두 컴포넌트간을 연결 및 통합시킬 수 있으며, 또한, 자원 관리기관의 자원 할당 정책에 맞춰 자원을 사용할 수 있다.
MGrid, 로컬, 자원, 인터페이스

Description

분자 시뮬레이션 그리드 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법{LOCAL RESOURCE MANAGEMENT INTERFACE METHOD FOR MOLECULAR COMPUTING GRID SYSTEM}
도 1은 본 발명의 바람직한 실시예에 따른 MGrid 시스템의 아키텍처 구조를 도시한 전체 블록 구성도,
도 2는 본 발명의 바람직한 실시예에 따른 MGrid 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법에 대한 상세 흐름도,
도 3은 본 발명에 따른 OpenPBS를 통한 JEA 기동 스크립트를 도시한 도면.
본 발명은 분자 시뮬레이션 그리드(Molecular Computing Grid, MGrid) 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스하는 방법에 관한 것이다.
주지된 바와 같이, 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 다양한 바이오 및 나노 실험들 에 대하여 효율적으로 분석을 수행할 수 있다. 하지만, 이러한 장점에도 불구하고 바이오 및 나노 실험 중 분자모사는 대량의 연산을 요구하기 때문에 일반 컴퓨터로의 분석이 거의 불가능함에 따라 초대형 컴퓨터 혹은 클러스터를 보유한 일부 연구기관에서만 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 분석을 수행한다.
이로 인해 연구된 기술이 그리드(Grid) 컴퓨팅 기술이다. 여기서, 그리드는 지리적으로 분산된 각 기관의 자원(예컨대, 컴퓨팅 자원, 데이터, 실험장비, 센서 등)을 네트워크로 묶는 분산 컴퓨팅 하부구조를 이용한 서비스로서, 대용량 컴퓨팅 자원을 공유하고, 시뮬레이션 실험을 통한 데이터베이스 구축을 지원하고 있다.
종래의 그리드 컴퓨팅 기술을 이용한 MGrid의 경우, 연구자가 연구실 단위의 소규모 클러스터를 원격지 터미널(telnet, ssh)을 통해 수행할 작업의 입력파일을 수작업으로 제작한 후, 특정 레거시 소프트웨어(분자 시뮬레이션 소프트웨어(e.g. CHARMM, Gaussian, AMBER등)) 명령을 수행하고 그에 대한 결과 파일을 로컬 상에서 텍스트 형태로 분석하였다.
그러나, 상술한 바와 같이 종래 기술에 의한 MGrid 작업에서 클러스터나 슈퍼컴퓨터 등 컴퓨터 자원은 각 기관마다 상이한 자원 할당 정책과 소프트웨어를 갖는 기술적 특징을 가지고 있지만, 현재와 같이 반도체 및 정보 통신 기술이 급격하게 발달하는 환경을 고려할 때, MGrid를 통해 작업을 수행하고자 할 경우 MGrid 작업 매니저로부터 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스하도록 하는 방법을 추가 개발해야 할 필요성이 있다.
이에, 본 발명의 기술적 과제는 상술한 필요성에 의해 안출된 것으로, 본 발명의 목적은 MGrid 작업 매니저로부터 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스하는 MGrid 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법을 제공함에 있다.
상술한 목적을 달성하기 위한 본 발명에서 MGrid 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법은 새로운 시뮬레이션 작업이 요청되는지를 판단하는 단계와, 새로운 시뮬레이션 작업이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트를 생성하는 단계와, 생성된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 작업을 할당하도록 JEA를 기동시켜 시뮬레이션 작업을 등록하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 한다.
이하, 본 발명의 실시 예는 다수개가 존재할 수 있으며, 이하에서 첨부한 도면을 참조하여 바람직한 실시 예에 대하여 상세히 설명한다. 이 기술 분야의 숙련자라면 이 실시 예를 통해 본 발명의 목적, 특징 및 이점들을 잘 이해하게 될 것이다.
도 1은 본 발명에 따른 MGrid 시스템의 아키텍처 구조를 도시한 전체 블록 구성도로서, MGrid PSE/MGrid 포털(Portal)(102)과, Globus GridFTP(104)와, GRAM(Globus Resource Allocation Management)(106)과, 공유된 시뮬레이션 저장 소(Shared Simulation Repository, SSR)(108)와, MGrid 작업 매니저(Job Manager)(110)와, 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)와, MGrid 이벤트 매니저(112)와, 로컬 자원 매니저(Local Resource Manager)(114)와, JEA(Job Execution Agent)(116)와, 레거시 드라이버(Legacy Driver)(118)를 포함하며, 제어 정보에 대한 흐름은 MGrid PSE/MGrid 포털(102), GRAM(106), MGrid 작업/이벤트 매니저(110, 112), 로컬 자원 매니저(114), JEA(116), 레거시 드라이버(118)순으로 상호 이루어진다.
이러한 구조는 호출(invocation)과 제어 명령들에 대한 통신을 반영하며, 시뮬레이션 작업에 대해서, 중간 결과물이나 최종 데이터와 공유 이벤트 큐(Shared Event Queue)상의 이벤트에 대한 정보는 SSR(108)에 의해 관리된다. 이러한 SSR(108)과 공유 이벤트 큐는 로컬 및 원격 사이트(PSE 혹은 그리드 포털)와 같이 어떠한 시스템 컴포넌트에 의해서도 접근이 가능하다.
MGrid PSE/MGrid 포털(102)은 사용자에 의해 동작되어 XML(eXtensible Markup Language) 기반으로 그리드 미들웨어인 Globus GridFTP(104) 및 GRAM(106)을 통해 MGrid 작업 매니저(110)에 접근하여 시뮬레이션 작업 등록을 요청한다. 이후, MGrid PSE/MGrid 포털(102)은 Globus GridFTP(104) 및 GRAM(106)을 통해 MGrid 작업 매니저(110)에 접근하여 시뮬레이션 태스크 추가 시작을 요청한다.
Globus GridFTP(104) 및 GRAM(106)은 그리드를 가능하게 하는 기반구조인 미들웨어로서, Globus GridFTP(104)는 그리드 자원에 대한 보안적인 데이터 접근을 가능하게 하고, 데이터에 접근하기 위한 데이터 전송 프로토콜을 정의함으로써, 다 양한 데이터 종류와 저장 시스템에 관계없이 분산된 데이터에 대한 효율적인 데이터 관리 환경을 제공하며, GRAM(106)는 그리드 자원의 통합적인 관리 및 할당/제어를 수행한다.
SSR(108)은 MGrid 작업 매니저(110)에 의해 수행된 결과들에 대하여 Globus GridFTP(104)를 통해 임의의 위치에 접근하여 검색 및 다운로드를 수행하는 것으로서, 공유된 디렉토리 구조를 가지고 있다.
MGrid 작업 매니저(110)는 시뮬레이션 작업 서버로서 MGrid PSE/MGrid 포털(102)로부터 새로운 시뮬레이션 작업이 요청될 때마다 시뮬레이션 작업을 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)에 제공한다. 또한, MGrid 작업 매니저(110)는 MGrid PSE/MGrid 포털(102)로부터 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)에 시뮬레이션 태스크 추가 시작 요청 명령을 전달한다.
로컬 자원 관리자 인터페이스(111)는 MGrid 작업 매니저(110)로부터 새로운 시뮬레이션 작업이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저(114)의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트(예컨대, 도 3에 도시된 바와 같이 OpenPBS를 통한 JEA 기동 스크립트)를 생성하고, 이 생성된 자원 할당 스크립트를 로컬 자원 매니저(114)에 제출한다. 또한, 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)는 MGrid 작업 매니저(110)로부터 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저(114)의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트(예컨대, 도 3에 도시된 바와 같이 OpenPBS를 통한 JEA 기동 스크립트)를 생성하고, 이 생성된 자원 할당 스크립트를 로컬 자원 매니저(114)에 제출한다.
MGrid 이벤트 매니저(112)는 작업이 끝났을 때 사용자에게 작업의 완료를 알리는 이벤트 통지를 담당하는 블록으로 사용자에 의해 요청된 원하는 작업에 대해 이벤트를 정의하고, MGrid 작업 매니저(110)에 등록하게 되면 해당 이벤트의 발생을 조사한 후 사용자에게 이를 통지한다.
로컬 자원 매니저(114)는 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)로부터 제출된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 작업의 할당을 수행하도록 JEA(116)를 기동한다. 또한, 로컬 자원 매니저(114)는 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)로부터 제출된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 태스크 추가 시작 요청 명령을 JEA(116)에 제공한다.
JEA(116)는 응용 그리드 시스템인 MGrid 시스템의 코어 컴포넌트로 레거시 드라이버(Legacy Driver)(CHARMM/GAMESS/Gaussian)(118)를 포함하며, 새로운 분자 시뮬레이션 소프트웨어가 추가될 때마다 적절한 드라이버를 만들어 넣고 사용할 수 있는 플러그인 구조로 설계된 블록으로서, 로컬 자원 매니저(114)에 의해 기동되면, 로컬 자원 매니저(114)를 통해 MGrid 작업 매니저(110)에 시뮬레이션 작업을 등록한다. 또한, JEA(116)내 래거시 드라이버 상에서 시뮬레이션 태스크 추가 시작 요청 명령에 따라 시뮬레이션 태스크, 즉 특정 시뮬레이션 소프트웨어를 구동한다.
따라서, 본 실시 예에 따른 MGrid 시스템은 MGrid 작업 매니저로부터 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스함으로써, 자원 관리기관의 자원 할당 정책에 맞춰 자원을 사용할 수 있다.
다음에, 상술한 바와 같은 구성을 갖는 본 실시 예에서 MGrid 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 과정에 대하여 설명한다.
도 2는 본 발명의 실시예에 따른 MGrid 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법에 대한 상세 흐름도이다.
먼저, MGrid 작업 매니저(110)는 MGrid PSE/MGrid 포털(102)로부터 Globus GridFTP(104) 및 GRAM(106)을 통해 새로운 시뮬레이션 작업이 요청되는지, 아니면 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청되는지를 판단한다(S201).
상기 판단(S201)결과, 새로운 시뮬레이션 작업이 요청되면(S203), 이 작업이 요청될 때마다 시뮬레이션 작업을 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)에 제공한다(S205).
로컬 자원 관리자 인터페이스(111)는 MGrid 작업 매니저(110)로부터 새로운 시뮬레이션 작업이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저(114)의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트, 예컨대, 도 3에 도시된 바와 같이 OpenPBS를 통한 JEA 기동 스크립트를 생성하고(S207), 이 생성된 자원 할당 스크립트를 로컬 자원 매니저(114)에 제출(S209)한다.
로컬 자원 매니저(114)는 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)로부터 제출된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 작업의 할당을 수행하도록 JEA(116)를 기동(S211)한다.
JEA(116)는 로컬 자원 매니저(114)에 의해 기동되면, 로컬 자원 매니저(114)를 통해 MGrid 작업 매니저(110)에 시뮬레이션 작업을 등록(S213)한다.
상기 판단(S201)결과, 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청(S215)되면, 이 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)에 시뮬레이션 태스크 추가 시작 요청 명령을 전달(S217)한다.
로컬 자원 관리자 인터페이스(111)는 MGrid 작업 매니저(110)로부터 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저(114)의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트, 예컨대, 도 3에 도시된 바와 같이 OpenPBS를 통한 JEA 기동 스크립트를 생성(S219)하고, 이 생성된 자원 할당 스크립트를 로컬 자원 매니저(114)에 제출(S221)한다.
로컬 자원 매니저(114)는 로컬 자원 관리자 인터페이스(111)로부터 제출된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 태스크 추가 시작 요청 명령을 JEA(116)에 제공(S223)한다.
JEA(116)는 내부의 래거시 드라이버를 구동시킨 다음에 시뮬레이션 태스크 추가 시작 요청 명령에 따라 시뮬레이션 태스크, 즉 특정 시뮬레이션 소프트웨어를 구동(S225)한다.
따라서, 본 발명은 MGrid 작업 매니저로부터 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스함으로써, 두 컴포넌트간을 연결 및 통합시킬 수 있다.
또한, 본 발명의 사상 및 특허청구범위 내에서 권리로서 개시하고 있으므로, 본원 발명은 일반적인 원리들을 이용한 임의의 변형, 이용 및/또는 개작을 포함할 수도 있으며, 본 명세서의 설명으로부터 벗어나는 사항으로서 본 발명이 속하는 업계에서 공지 또는 관습적 실시의 범위에 해당하고 또한 첨부된 특허청구범위의 제한 범위 내에 포함되는 모든 사항을 포함한다.
이상에서 설명한 바와 같이, 본 발명은 MGrid 작업 매니저로부터 새로운 시뮬레이션 작업 혹은 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 적절한 자원 할당 스크립트를 만들어 로컬 자원 매니저에 제출하도록 인터페이스함으로써, 두 컴포넌트간을 연결 및 통합시킬 수 있다.
또한, 본 발명은 자원 관리기관의 자원 할당 정책에 맞춰 자원을 사용할 수 있는 효과가 있다.

Claims (3)

  1. (a) 새로운 시뮬레이션 작업이 요청되는지, 아니면 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청되는지를 판단하는 단계와,
    (b) 상기 (a)단계에서 새로운 시뮬레이션 작업이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트를 생성하는 단계와,
    (c) 상기 (b)단계에서 생성된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 작업을 할당하도록 JEA를 기동시켜 시뮬레이션 작업을 등록하는 단계
    를 포함하는 분자 시뮬레이션 그리드 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법.
  2. 제 1 항에 있어서,
    상기 방법은,
    (d) 상기 (a)단계에서 시뮬레이션 태스크 추가 시작이 요청될 때마다 로컬 자원 매니저의 형식에 맞춰 자원 할당 스크립트를 생성하는 단계와,
    (e) 상기 (d)단계에서 생성된 자원 할당 스크립트에 따라 시뮬레이션 태스크를 구동하는 단계
    를 더 포함하는 분자 시뮬레이션 그리드 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법.
  3. 제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
    상기 자원 할당 스크립트는, OpenPBS를 통해 JEA를 기동하는 것을 것을 특징으로 하는 분자 시뮬레이션 그리드 시스템을 위한 로컬 자원 관리 인터페이스 방법.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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CN101719933B (zh) * 2009-11-25 2012-06-27 北京航空航天大学 一种支持语义的面向全生命周期的制造网格资源服务组合方法
US8768680B2 (en) 2010-03-03 2014-07-01 Samsung Electronics Co., Ltd. Simulator of multi-core system employing reconfigurable processor cores and method of simulating multi-core system employing reconfigurable processor cores

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