KR20030083541A - Recombinant spectinomycin biosynthesis enzyme, gene sequences coding for the same and transformants thereof - Google Patents

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KR20030083541A
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서주원
양영열
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주식회사 바이오홀딩스
서주원
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Abstract

PURPOSE: Spectinomycin biosynthesis enzyme, the nucleotide sequence thereof and transformants thereof are provided. The spectinomycin biosynthesis enzyme produced from the transformant has improved spectinomycin biosynthesis activity. CONSTITUTION: A gene encoding DTDP-glucose synthase(SpcD) isolated from Streptomyces spectabilis(ATCC 27741) has the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1. A gene encoding DTDP-glucose-4,6-dihydratase(SpcE) isolated from Streptomyces spectabilis(ATCC 27741) has the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3. A gene encoding myo-inositol monophosphatase(SpeA) isolated from Streptomyces spectabilis(ATCC 27741) has the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5. A gene encoding myo-inositol-dehydrogenase(SpcB) isolated from Streptomyces spectabilis(ATCC 27741) has the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3. The transformants of E. coli BL21 are produced by transforming E. coli BL21 with pETSpcD(KACC95003) containing spcD gene, pETSpcE(KACC95004) containing spcE gene, pETSpeA(KACC95001) containing speA gene, and pETSpeB(KACC95002) containing speB gene.

Description

재조합 스펙티노마이신 생합성 효소와 이를 코딩하는 유전자 염기서열 및 그 형질전환체 {Recombinant spectinomycin biosynthesis enzyme, gene sequences coding for the same and transformants thereof}Recombinant spectinomycin biosynthesis enzyme, gene sequences coding for the same and transformants according}

본 발명은 재조합 스펙티노마이신 생합성 효소와 이를 코딩하는 유전자 염기서열 및 그 형질전환체에 관한 것이다. 더욱 상세하게는, 본 발명은 항생제 스펙티노마이신을 생합성 하기 위한 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 디티디피-글루코스 신타아제, 디티디피 글루코스-4,6-디하이드라타제, 미오-이노시톨 모노포스파테이스, 미오-이노시톨 디하이드로게네이스의 유전자 염기서열 및 아미노산 서열을 밝히고 상기 유전자를 함유한 형질전환체를 제조한 후 이를 발현시켜 스펙티노마이신을 생합성하는 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a recombinant spectinomycin biosynthetic enzyme, a gene sequence encoding the same, and a transformant thereof. More specifically, the present invention relates to a Ditipi-glucose synthase, Ditidipi glucose-4,6-dihydratase from Streptomyces spectabilis ATCC 27741 for biosynthesis of the antibiotic spectinomycin. , A gene sequence and amino acid sequence of myo-inositol monophosphate, myo-inositol dihydrogenase, and a transformant containing the gene are prepared and expressed to express biotinylated spectinomycin. .

항생제의 무분별한 남용은 기존 항생제에 대해 내성을 갖는 세균, 곰팡이균, 바이러스 암세포 등의 출현을 야기시켜 실제로 미국 방역센터(CDC, USA)의 보고에 의하면 1992년 한해에 1만3천3백명의 입원환자가 항생제 내성이 강한 세균성 질병으로 사망하였다고 보고하였으며 이로 인해 이들과 대항하기 위한 신기능 항생물질의 요구는 더욱 증대되고 있다. 현재까지 약 10,000여종에 이르는 항생물질들이 미생물에서 분리되고 그 중 100여개만이 상품화되고 있는 실정이고, 시간이 지날수록 신기능 항생물질의 탐색 성공률과 상품화 비율이 현저히 감소되고 있다. 이러한 문제를 해결하기 위한 한가지 방편으로 아미노글라이코사이드계 항생제인 경우, 기존의 항생물질 구조에 인위적(unnatural)인 사이드 체인(side chain)을 합성하여 붙여줌으로서 내성세균의 내성기작을 무력화시키는 방법이 널리 수행되어왔다. 따라서 nexstar와 amplimed사에서 개발한 아미카신(amikacin), 일본 meiji Seika의 데베카신(debekacin)과 아르베카신(arbekacin), Schering-Plough사의 이세파마이신(isepamicin)등과 같은 반합성품이 아미노글라이코사이드계 항생제 시장을 주도해 오고 있다. 그러나 이들 반합성품들은 그 대상(target) 항생제, 예를 들면 아미카신(amikacin)인 경우 카나마이신(kanamycin)만, 이세파마이신(isepamicin)인 경우 겐타마이신(gentamicin)만을 그 대상으로 하기 때문에 그 수가 한정적이고, 천연발효물이 아닌 합성제품으로 인한 공정상에서 단가가 높아질 수밖에 없는 단점이 있다. 따라서, 상기 문제점을 극복하기 위해 사이드 체인(side chain)을 합성하는 것이 아니라 유전공학 기법과 방선균 벡터를 이용하여, 유용한 유전자를 도입시켜 기존의 항생물질의 구조를 변형한 신물질 개발에 초점이 모아지고 있는 시점에서 이러한 연구의 바탕이 되는 항생제 생합성 연구는 그 중요성이 더해지고 있다.Indiscriminate abuse of antibiotics has led to the emergence of bacteria, fungi, and viral cancer cells that are resistant to conventional antibiotics, and actually reported by the US Centers for Disease Control and Prevention (CDC, USA) in 1,300 hospitals in 1992. Patients were reported to have died from bacterial diseases that were highly resistant to antibiotics, which further increased the demand for renal antibiotics to combat them. To date, about 10,000 antibiotics are separated from microorganisms, and only about 100 of them are commercialized. Over time, the success rate and commercialization rate of new functional antibiotics have been significantly reduced. In order to solve this problem, in the case of aminoglycoside antibiotics, a method of neutralizing resistance mechanisms of resistant bacteria by synthesizing and attaching an artificial side chain to an existing antibiotic structure This has been widely done. Therefore, semi-synthetic products such as amikacin developed by nexstar and amplimed, debekacin and arbekacin from meiji Seika, Japan, and ispamycin from Schering-Plough, etc. It has led the market for lycoside antibiotics. However, since these semisynthetic products are targeted only to the target antibiotic, for example kanamycin for amikacin, and gentamicin for ispamicin, It is limited and has a disadvantage in that the unit price is high in the process due to the synthetic product rather than the natural fermentation product. Therefore, in order to overcome the above problems, instead of synthesizing side chains, the focus is on the development of new materials that modify the structure of existing antibiotics by introducing useful genes using genetic engineering techniques and actinomycetes vectors. At some point, antibiotic biosynthesis studies, which underlie these studies, are becoming increasingly important.

본 발명의 목적은 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (streptomyces spectabilis ATCC 27741) 유래의 스펙티노마이신 생합성 유전자 집단이 삽입된 코스미드 클론안에 일부분으로 삽입된 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (streptomycesspectabilis ATCC 27741) 유래의 디티디피-글루코스 신테이즈(dTDP-glucose synthase)인 SpcD를 암호화하는 유전자, 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제 (dTDP-glucose-4,6-dehydratase)인 SpcE를 암호화하는 유전자, 미오-이노시톨 모노포스파타아제(myo-Inositol monophosphatase)인 SpeA를 암호화하는 유전자 및 미오 이노시톨 디하이드로게네이즈(myo-Inositol dehydrogenase)인 SpeB를 암호화하는 유전자의 염기서열과 이로부터 번역되는 아미노산 서열을 제공하는데 있다. 본 발명의 또 다른 목적은 상기 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (streptomyces spectabilis ATCC 27741) 유래의 스펙티노마이신 생합성 유전자를 플라스미드에 연결시킨 후 대장균에 도입하여 제조된 형질전환체를 제공하는데 있다. 본 발명의 또 다른 목적은 상기 형질전환체를 배양하여 생산된 재조합 단백질 SpcD, SpcE, SpeA, SpcB를 제공하는데 있다.An object of the present invention is derived from Streptomyces specabibilis (STreptomyces specabibilis ATCC 27741), which is partly inserted into the cosmid clone into which a population of spectinomycin biosynthetic genes derived from Streptomyces spectabilis (ATCC 27741) A gene encoding SpcD, which is dTDP-glucose synthase, and a gene encoding SpcE, which is dTDP-glucose-4,6-dehydratase , The nucleotide sequence of a gene encoding SpeA, a myo-Inositol monophosphatase, and a gene encoding SpeB, a myo-Inositol dehydrogenase, and an amino acid sequence translated therefrom To provide. Still another object of the present invention is to provide a transformant prepared by connecting a spectinomycin biosynthetic gene derived from Streptomyces spectabilis ATCC 27741 to a plasmid and then introducing into E. coli. Another object of the present invention to provide a recombinant protein SpcD, SpcE, SpeA, SpcB produced by culturing the transformant.

본 발명의 상기 목적은 스펙티노마이신 생산균주인 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)의 게놈을 이용하여 유전자 도서관을 작성하고, AG3과 AG4 프라이머를 사용하여 PCR로 증폭한 후 PCR 산물중 예상되는 크기의 밴드로 양성반응을 보이는 두 개의 코스미드 pHCG121과 pHCG171가 포함된 클론을 분리하고, 이들 두 개의 코스미드로 스펙티노마이신에 민감한 스트렙토마이세스 리비단스를 형질전환시킨 후 이 형질전환체의 스펙티노마이신에 대한 내성을 확인하고, 상기 두개의 코스미드에 들어있는 모든BamHI단편을 대장균 플라스미드pBluescript KS(+)에 서브클로닝한 후 양방향 염기서열 분석으로 약 16 kb의 염기서열을 결정한 후 SpcD와 SpcE, SpeA와 SpeB의 코딩지역이 존재함을 확인하고 이 유전자의 아미노산 서열을 비교 분석하여 SpcD는 디티디피-디-글루코스 신타아제와 SpcE는 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제, SpeA는 미오-이노시톨-모노포스파타제 그리고 SpeA는 미오-이노시톨 디하이드로게나제와 타 미생물과의 상동성이 있음을 밝히고 그 활성을 확인함으로써 달성하였다.The above object of the present invention is to create a gene library using the genome of S. spectabilis ATCC 27741, a spectinomycin producing strain, amplified by PCR using AG3 and AG4 primers and then PCR Isolates clones containing two cosmids, pHCG121 and pHCG171, that respond positively to the expected size band in the product, and transforms the streptomyces lividans sensitive to spectinomycin with these two cosmids. After confirming the resistance of the transformant to spectinomycin and subcloning all BamHI fragments contained in the two cosmids into the E. coli plasmid pBluescript KS (+), a sequential sequence of about 16 kb was determined by bidirectional sequencing. After confirming that the coding regions of SpcD and SpcE, SpeA and SpeB exist, and comparing the amino acid sequence of this gene, SpcD -Di-glucose synthase and SpcE are ditipid-glucose-4,6-dihydrase, SpeA is myo-inositol-monophosphatase, and SpeA is homologous to myo-inositol dehydrogenase and other microorganisms It was achieved by revealing and confirming its activity.

도 1은 스펙티노마이신 생합성 유전자집단이 삽입된 코스미드 pHCG121, pHCG124, pHCG125, pHCG171을 제한효소BamHI으로 절단한 전기영동 사진과 서던 하이브리디제이션(Southern hybridization)의 결과를 나타낸다.Figure 1 shows the results of electrophoresis and Southern hybridization of the cosmid pHCG121, pHCG124, pHCG125, pHCG171 into which the spectinomycin biosynthetic gene group was inserted with restriction enzyme Bam HI.

도 2는 30 kb 상당의 스펙티노마이신 생합성 유전자집단과 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)의 디티디피-글루코스 신테이즈(SpcD), 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타아제(SpcE), 미오-이노시톨 모노포스파타아제(SpcA) 및 미오-이노시톨 디하이드로게나아제(SpeB)의 유전자 지도를 나타낸다.Figure 2 shows 30 kb of spectinomycin biosynthetic gene group and the present invention D. typti-glucose synthase (SpcD), Dtidpi-glucose-4,6- of Streptomyces spectabilis ( S. spectabilis ATCC 27741) Gene maps of dehydratase (SpcE), myo-inositol monophosphatase (SpcA) and myo-inositol dehydrogenase (SpeB) are shown.

도 3은 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 디티디피-글루코스 신타아제(SpcD) 아미노산 서열을 기초로 하여 미국 진뱅크 데이터와 비교한 상동성 검색 결과를 나타낸다.FIG. 3 shows the results of homology searches compared to US GenBank data based on the D. tidpi-glucose synthase (SpcD) amino acid sequence derived from S. spectabilis ATCC 27741 of the present invention.

도 4는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 디티디피-글루코스-4,6-디하이드로타아제(SpcE) 아미노산 서열을 기초로 하여 미국 진뱅크 데이터와 비교한 상동성 검색 결과를 나타낸다.FIG. 4 compares US GenBank data based on the D.T.D.-glucose-4,6-dihydrotase (SpcE) amino acid sequence from S. spectabilis ATCC 27741 of the present invention. FIG. Show homology search results.

도 5는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 미오-이노시톨 모노포스파타아제(SpeA) 아미노산 서열을 기초로 하여 미국 진뱅크 데이터와 비교한 상동성 검색 결과를 나타낸다.FIG. 5 shows the results of homology searches compared to US Genbank data based on the myo-inositol monophosphatase (SpeA) amino acid sequence derived from S. spectabilis ATCC 27741 of the present invention. .

도 6는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 미오-이노시톨 디하이드로게나아제(SpeB) 아미노산 서열을 기초로 하여 미국 진뱅크 데이터와 비교한 상동성 검색 결과를 나타낸다.FIG. 6 shows the homology search results compared to US GenBank data based on myo-inositol dehydrogenase (SpeB) amino acid sequence derived from S. spectabilis ATCC 27741 of the present invention. FIG. .

도 7는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 디티디피-글루코스 신타아제(SpcD)를 암호화하는 유전자를 대장균에 발현시켜 생산된 효소의 반응물을 HPLC(High Performance Liquid Chromatography)로 분석한 결과를 나타낸다.Figure 7 shows the reaction of the enzyme produced by expressing a gene encoding D. typti-glucose synthase (SpcD) derived from S. spectabilis ATCC 27741 of the present invention in E. coli HPLC (High Performance Liquid) Chromatography) shows the results.

도 8는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타아제(SpcE)를 암호화하는 유전자를 대장균에 발현시켜 생산된 효소의 반응물을 HPLC(High Performance Liquid Chromatography)로 분석한 결과를 나타낸다.Figure 8 is an enzyme produced by expressing a gene encoding E. coli Ditipi-glucose-4,6-dihydratase (SpcE) derived from the present invention Streptomyces spectabilis ( S. spectabilis ATCC 27741) The reaction product is analyzed by HPLC (High Performance Liquid Chromatography).

도 9는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 미오-이노시톨 모노포스파타아제(SpeA)를 암호화하는 유전자를 대장균에 발현시켜 생산된 효소의 반응물을 HPLC(High Performance Liquid Chromatography)로 분석한 결과를 나타낸다.Figure 9 shows the reaction of the enzyme produced by expressing a gene encoding myo-inositol monophosphatase (SpeA) derived from S. spectabilis ATCC 27741 of the present invention in Escherichia coli HPLC (High Performance) Liquid Chromatography) shows the result.

도 10는 본 발명 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC27741)유래의 미오-이노시톨 디하이드로게나아제(SpeB)를 암호화하는 유전자를 대장균에 발현시켜 생산된 효소의 반응물을 HPLC(High Performance Liquid Chromatography)로 분석한 결과를 나타낸다.10 is a HPLC (High Performance Liquid) product of the enzyme produced by expressing a gene encoding myo-inositol dehydrogenase (SpeB) derived from S. spectabilis ATCC27741 of the present invention in Escherichia coli. Chromatography) shows the results.

본 발명은 스펙티노마이신 생산균주인 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)의 게놈을 이용하여 유전자 도서관을 제작하는 단계; 스펙티노마이신의 6-데옥시헥소스인 당 엑티노스펙토오즈의 생합성을 위해 반드시 존재하는 디티디피-글루코스 신타아제를 효과적으로 증폭시키 위해 프라이머 AG3 (5'-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC-3')과 AG4 (5'-RYGTCSGTGATCTCSAGCTCGCCSCG-3')를 사용하여 PCR로 증폭하고 예상되는 크기의 밴드로 양성반응을 보이는 두 개의 코스미드 클론 pHCG121, pHCG171를 포함하는 클론을 분리한 후, 분리된 두 개의 코스미드 pHCG121, pHCG171로 스펙티노마이신에 민감한 스트렙토마이세스 리비단스를 형질전환시킨 후 pHCG171이 형질전환체가 스펙티노마이신에 내성이 있음을 확인하고 pHCG121은 공통부위가 있음을 확인함으로써 상기 두개의 코스미드 pHCG121, pHCG171이 스펙티노마이신 생합성에 관여함을 조사하는 단계; 상기 두개의 코스미드 pHCG121, pHCG171에 들어있는 모든 BamHI 단편을 대장균 플라스미드 pBluescripKS(+)에 서브클로닝한 후 양방향 염기서열 분석으로 약 16 kb 단편의 염기서열을 결정하고 상기 유전자집단 중 SpcD, SpcE, SpeA 및 SpeB를 코딩하는 지역이 존재함을 확인한 후 상기 결정된 염기서열로부터 번역된 아미노산 서열을 비교하여 SpcD는 디티디피-글루코스 신타아제와, SpcE는 디티디피-글루코스-4,6-디하이드로타아제와, SpeA는 미오-이노시톨-모오포스파타제와 그리고 SpeB는 미오-이노시톨 디하이드로게나아제와 타미생물과의 상동성을 밝히는 단계; 밝혀진 상동성을 바탕으로spcDspcE,speAspeB유전자를 대장균으로 형질전환시켜 과대발현하게 한 다음 효소반응을 통해 그 생성물을 HPLC로 확인하는 단계로 구성된다.The present invention comprises the steps of preparing a gene library using the genome of S. spectabilis ATCC 27741, a spectinomycin producing strain; Primer AG3 (5'-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC-3 ') and AG4 (5) to effectively amplify DTI-DIP-glucose synthase, which is essential for the biosynthesis of the sugar actinectose, the 6-deoxyhexose of spectinomycin. '-RYGTCSGTGATCTCSAGCTCGCCSCG-3') was used to amplify by PCR and isolate the two cosmid clones pHCG121, pHCG171 which showed positive reaction with a band of expected size, and then separated the two cosmid pHCG121, pHCG171 The two cosmids pHCG121 and pHCG171 were specified by transforming Streptomyces lividans sensitive to spectinomycin and confirming that the pHCG171 was resistant to spectinomycin and that the pHCG121 had a common site. Investigating the involvement in thyomycin biosynthesis; After subcloning all BamHI fragments contained in the two cosmids, pHCG121 and pHCG171, into the E. coli plasmid pBluescripKS (+), the nucleotide sequence of about 16 kb fragments was determined by bidirectional sequencing and the SpcD, SpcE, and SpeA of the gene group were determined. And after confirming that the region encoding SpeB exists, comparing the amino acid sequence translated from the determined nucleotide sequence, SpcD is a Dtytipi-glucose synthase, and SpcE is a Dtyti-glucose-4,6-dihydrotase. , SpeA is myo-inositol-mophosphatase and SpeB is a homology of myo-inositol dehydrogenase and Tami organism; Based on the identified homology, the spcD , spcE , speA and speB genes were transformed into Escherichia coli and overexpressed, followed by enzymatic reaction to confirm the product by HPLC.

이하, 본 발명을 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.

본 발명은 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)의 유전자 도서관을 작성하기 위하여 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)를 배양하고 염색체 DNA를 순수분리한 다음, 순수분리한 염색체 DNA를 제한효소로 부분절단하고, 이것을 유전자 도서관 제작용 코스미드 벡터에 연결하여 유전자 도서관을 작성한다.The present invention is to cultivate S. spectabilis ATCC 27741, to prepare a genetic library of S. spectabilis ATCC 27741, culturing the chromosome DNA pure, and then purified The separated chromosomal DNA is partially cut with a restriction enzyme and linked to a cosmid vector for producing a gene library to prepare a gene library.

또한, PCR을 이용하여 스펙티노마이신 생합성 유전자를 함유하는 재조합 코스미드 클론을 선별하고, 스트렙토마이세스 리비단스(streptomyces lividansATCC 1326)에 형질전환시켜 스펙티노마시이신에 대한 내성을 확인한다. 이때 PCR 프라이머는 항생제 구조의 6-데옥시헥소스로부터 유래한 당을 가지는 모든 항생제의 생합성 유전자 분리를 위해 당 합성 초기에 관여하는 디티디피-글루코스 신타아제를 목표로 하는 프라이머 AG3 (5'-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC-3')과 AG4 (5'-RYGTCSGTGATCTCSAGCTCGCCSCG-3')를 사용하는 것이 유리하다. PCR 반응결과 예상크기인 PCR 밴드를 확인하고, 확인된 2개의 원 시료에서 플라스미드를 추출하고 재차 PCR을 행하여 2개의 재조합 코스미드 클론 pHCG121과 pHCG171을 선별한다. 분리한 재조합 코스미드를 이용하여 아미노글라이코시드계 항생제에 대하여 내성능력이 없는 스트렙토마이세스 리비단스(streptomyces lividansATCC 1326)를 형질전환시킨 후 pDW103의 항생제 마커인 티오스트렙톤(thiostrepton) 20g/mL과 스펙티노마이신 60g/mL이 포함된 고체배지에서 티오스트렙톤과 스펙티노마이신 내성을 갖는 형질전환체를 선별함으로써 생합성 유전자를 포함하고 있음을 간접적으로 확인하고, 따라서 pHCG171 재조합 코스미드가 상기 두 항생제에 내성능력을 가지고 있음을 확인할 수 있다.Recombinant cosmid clones containing spectinomycin biosynthetic genes are also selected using PCR and transformed into streptomyces lividans ATCC 1326 to confirm resistance to spectinomycin. At this time, the PCR primer is a primer AG3 (5'-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC), which targets D.T.-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC for the biosynthesis of all antibiotics having sugars derived from 6-deoxyhexose of antibiotic structure. -3 ') and AG4 (5'-RYGTCSGTGATCTCSAGCTCGCCSCG-3') are advantageous. As a result of the PCR reaction, the PCR bands of the expected size were identified, plasmids were extracted from the two identified original samples, and PCR was again performed to select two recombinant cosmid clones pHCG121 and pHCG171. The recombinant recombinant cosmid was used to transform streptomyces lividans ATCC 1326, which is not resistant to aminoglycoside antibiotics, and then 20 g / mL thiostrepton, an antibiotic marker of pDW103. Indirectly confirming that the biotin gene was included by selecting transformants having thiostrepton and spectinomycin resistance in a solid medium containing 60 g / mL of spectinomycin, and thus, the pHCG171 recombinant cosmid It can be confirmed that it has the ability to resist.

본 발명 디티디피-글루코스 신타아제를 암호화하는 유전자spcD,디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제를 암호화하는 유전자spcE,미오-이노시톨 모노포스파타제를 암호화하는 유전자speA 미오-이노시톨 디하이드로게나아제를 암호화하는 유전자speB의 염기서열과 아미노산 서열을 결정하기 위하여, 상기 2개의 재조합 코스미드를 제한효소BamHI으로 절단하고 절단된 단편을 플라스미드에 서브클론하고 양방향 염기서열 분석을 수행하여 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (S. spectabilisATCC 27741)유래의 SpcD, SpcE, SpcA 및 SpcB의 전체 유전자서열을 결정한다. 프레임플랏 2.3.2(FramePlot 2.3.2) 프로그램을 이용하여 상기 유전자 서열로부터 단백질을 코드하는 부분을 검색하고 오픈리딩프레임의 존재를 확인할 수 있다. 상기 유전자 서열과 아미노산 서열은 서열목록 1에서 8까지 나타내었다.SpcD는 dTDP-D-글루코스 신테이즈인 스트렙토미아세스 네트롭시스(Streptomyces netropsis)의 SpcK(spectinomycin)와 78%, 스트렙토마이세스 리쉬리엔시스(Streptomyces rishiriensis)의 CouV(coumermycin A1)와 73%(Wang et al., 2000), 그리고 스트렙토마이세스 스페로이즈(Streptomyces spheroides)의 NovV (novobiocin)와 72%의 상동성을 갖으며(Steffensky et al., 2000), SpcE는 스트렙토미아세스 네트롭시스의 SpcJ와 77%, 스트렙토마이세스 글로비스포러스(Streptomyces globisporus)의 SgcA와 69%, 스트렙토마이세스 스페로이즈의 NovT와 65%의 상동성을 보이며, 그 밖의 다른 방선균의 dTDP-glucose-4,6-dehydratase를 암호화하는 유전자와 60% 이상의 상동성을 보인다. SpeA는 이노시톨 모노포스페테이즈(inositol monophosphatase)를 암호화하는 유전자인 미코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis) CDC1551의 MT2775와 34%, 메조히조비움 로티(Mesorhizobium loti)의 Mlr4874와 37%, 스트렙토마이세스 네트롭시스(Streptomyces netropsis)의 SpcA와 50%의 상동성을 보인다. SpeB는 같은 스펙티노마이신 생산균주인 스트렙토마이세스 네트롭시스의 spcB가 암호화하는 미오-이노시톨 디하이드로지네이즈와 74%의 상동성을, 메조히조비움 로티의 mlr2436이 암호화하는 NADH-디펜던트 디하이드로게네이즈(NADH-dependent dyhydrogenase)와 30%의 상동성을 보인다.Gene encoding the present invention Didipid-glucose synthasespcD,Gene encoding Dytidipi-glucose-4,6-dihydratasespcE,Genes encoding myo-inositol monophosphatasespeAAnd Genes encoding myo-inositol dehydrogenasespeBIn order to determine the nucleotide sequence and the amino acid sequence of the two recombinant cosmid restriction enzymeBamHICleaved and subcloned the plasmid into a plasmid and subjected to bidirectional sequencing to obtain Streptomyces spectabilis (S. spectabilisATCC 27741) determine the overall gene sequence of SpcD, SpcE, SpcA and SpcB. The FramePlot 2.3.2 program can be used to search for the portion of the gene encoding the protein and to confirm the presence of an open reading frame. The gene sequence and amino acid sequence are shown in SEQ ID NO: 1 to 8. SpcD is a streptomymias network, dTDP-D-glucose synthase (Streptomyces netropsisSpcK (spectinomycin) and 78% of StreptomycesStreptomyces rishiriensisCouV (coumermycin A1) and 73% (Wang et al., 2000), and Streptomyces spheroidsStreptomyces spheroides)Has 72% homology with NovV (novobiocin) (Steffensky et al., 2000), and SpcE is 77% with SpcJ from Streptomyces necrosis,Streptomyces globisporus) And 69% homologous to SgcA and 65% to Streptomyces spheroids NovT. SpeA is a MT2775 of Mycobacterium tuberculosis CDC1551, a gene encoding inositol monophosphatase, 34%, and mesohibium rotiMesorhizobium loti37% of Mlr4874) and 50% homology with SpcA of Streptomyces netropsis. SpeB is 74% homologous to myo-inositol dehydrogenase, which is encoded by spcB of the same spectinomycin producing strain Streptomyces neuropsis, and NADH-dependent dehydro, which is encoded by mlr2436 of mesohizobiloti. 30% homology with genase (NADH-dependent dyhydrogenase).

spcE, spcD, speAspeB유전자를 발현시키고 그 활성을 확인하기 위하여, 상기 재조합 코스미드 pHCG121로부터spcDspcE분리하고 pETB21a+에 연결시켜 pETSpcD와 pETSpcE를 구축하고, pHCG171로부터speAspeB을 분리하고 pETB21a+에연결시켜 pETSpeA와 pETSpeB을 구축한 후, 각각을 대장균 BL21에 삽입하여 형질전환시킨다. 상기 재조합 벡터는 농업생명공학연구원에 2002년 4월 12일자 pETSpcD는 KACC95003, pETSpcE는 KACC95004, pETSpeA는 KACC95001, pETSpeB는 KACC95002로 기탁되었다. 이 대장균 형질전환체를 배양하여 발현을 유도한다. 세포들을 수확하고 분쇄한 후 세포추출물들을 분리·정제한다. 이러한 SpcD, SpcE, SpcA, SpcB 각각의 효소 반응 생성물을 HPLC분석을 통하여 아래와 같은 활성을 확인할 수 있다. SpcD반응의 기질로 사용된 dTTP의 피크가 30분 반응 후 현저히 줄어들고 새로운 디티디피-디-글루코스(dTDP-D-glucose)의 피크가 생겨난 것을 알 수 있으며, 이 피크의 보유시간으로부터 SpcD는 디티디피-디-글루코스를 생합성하는 기능을 가지고 있음을 확인할 수 있다. 또한 SpcE 반응에서 반응시간이 지남에 따라 NAD의 피크는 줄어들고 NADH의 피크는 늘어남을 확인할 수 있으며, 7분대의 보유시간에 디티디피-4-케토-6-데옥시-디-글루코스로 추정되는 새로운 피크가 생성됨을 확인할 수 있다. 또한 세포추출물을 이용한 효소반응 후의 흡광도 실험에서도 SpcE의 그 기능이 확인되었는데 유전자가 들어가지 않고 벡터만 들어간 대장균과 비교한 결과 디티디피-디-글루코스-4,6-디하이드라타제의 생성물인 NADH의 양이 약 3배정도 높았다. 그러므로 이러한 실험을 통해 SpcE가 디티디피-디-글루코스-4,6-디하이드라타제의 기능을 수행하는 것으로 확인되었다. 또한, SpeB 분석결과 대조군인 벡터만 들어있는 형질전환체에서는 반응시간이 지나도 새로운 피크가 전혀 생성되지 않았으나 SpeB 효소반응물에서는 시판효소인 미오-이노시톨 디하이드로게네이즈 (myo-inositol dehydrogenase)의 효소반응생성물과 같은 10분대의 보유시간에 새로운 피크가 형성됨을 알 수 있다. 그러므로 이 SpeB는 미오-이노시톨 디하이드로지네이즈의 기능을 수행하는 것을 확인할 수 있다. SpeA의 분석결과 반응시간이 지남에 따라 표준시약인 미오-이노시톨과 같은 보유시간 (3.1분)에서 새로운 피크가 생성됨을 알 수 있으며, 그러므로 SpeA는 미오-이노시톨-1-포스페이트를 미오-이노시톨로 전환시켜주는 미오-이노시톨 모노포스페테이즈의 기능을 수행함을 확인할 수 있다.To express the spcE, spcD, speA and speB genes and confirm their activity, spcD and spcE were isolated from the recombinant cosmid pHCG121 and linked to pETB21a + to construct pETSpcD and pETSpcE , and speA and speB were isolated from pHCG171 and to pETB21a +. After connecting to construct pETSpeA and pETSpeB, each is inserted into E. coli BL21 and transformed. The recombinant vector was deposited on April 12, 2002 by the Institute of Agricultural Biotechnology, pETSpcD as KACC95003, pETSpcE as KACC95004, pETSpeA as KACC95001, pETSpeB as KACC95002. E. coli transformants are cultured to induce expression. After harvesting and grinding the cells, the cell extracts are separated and purified. The enzyme activity of each of these SpcD, SpcE, SpcA, SpcB can be identified through HPLC analysis. It can be seen that the peak of dTTP used as the substrate for the SpcD reaction decreased significantly after 30 minutes and a new peak of dTDP-D-glucose was formed. It can be seen that it has the function of biosynthesizing di-glucose. In the SpcE reaction, the peak of NAD decreases and the peak of NADH increases as the reaction time elapses, and the new estimated Dtidipi-4-keto-6-deoxy-di-glucose at the retention time of 7 minutes. It can be seen that the peak is generated. In the absorbance experiment after the enzyme reaction using the cell extract, the function of SpcE was also confirmed. When compared with E. coli, which contains only the vector without the gene, NADH, the product of DtiDypi-di-glucose-4,6-dihydratase. The amount of was about three times higher. Therefore, these experiments confirmed that SpcE performs the function of D Tiffy-Di-glucose-4,6-dihydratase. In addition, SpeB analysis showed that the transformants containing only the control vector did not produce any new peaks even after the reaction time. However, the SpeB enzyme reactant produced the enzyme reaction product of myo-inositol dehydrogenase, a commercial enzyme. It can be seen that a new peak is formed at the retention time of 10 minutes. Therefore, it can be seen that this SpeB performs the function of myo-inositol dihydrogenase. As a result of the analysis of SpeA, it can be seen that as the reaction time elapses, a new peak is generated at the same retention time as the standard reagent myo-inositol (3.1 min), so SpeA converts myo-inositol-1-phosphate to myo-inositol It can be seen that it performs the function of myo-inositol monophosphate.

이하, 본 발명의 구체적인 방법을 실시예를 들어 상세히 설명하고자 하지만 본 발명의 권리범위는 이들 실시예에만 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the specific method of the present invention will be described in detail with reference to Examples, but the scope of the present invention is not limited only to these Examples.

실시예 1: 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (Example 1: Streptomyces spectabilis ( Streptomyces spectabilisStreptomyces spectabilis ATCC 27741)의 유전자도서관 작성Gene library of ATCC 27741)

스트렙토마이세스 스펙타빌리스 (streptomyces spectabilis ATCC 27741)를 R2YE배지에서 배양하고, 홉우드(Hopwood)의 방법에 따라 염색체 DNA를 순수분리한 다음, 분리한 염색체 DNA를 제한효소 Sau3A로 부분절단하고, 부분절단한 30-40 kb 상당의 염색체 DNA를 BamHI과 HpaI으로 이중절단한 대장균과 방선균에서 복제가 가능한 유전자 도서관 제작용 코스미드 벡터에 T4 DNA연결효소로 연결한 후 스프라타진(STRATAGENE)회사의 람다 패키징 키트 (λpackaging kit)를 이용하여 스트랩토마이세스 스펙타빌리스 유전자 도서관을 작성하였다.Streptomyces spectabilis ATCC 27741 was incubated in R2YE medium, the chromosomal DNA was purified according to the method of Hopwood, and the chromosomal DNA was partially cut with restriction enzyme Sau3A, A 30-40 kb fragment of chromosomal DNA doubled with BamHI and HpaI to cosmid vectors for replication in E. coli and actinomycetes. The Streptomyces spectabilis gene library was prepared using a lambda packaging kit.

실시예 2: 스펙티노마이신 생합성 유전자의 클로닝 및 스트렙토마이세스 리비단스에서 스펙티노마이신에서 내성 검색Example 2: Cloning of Spectinomycin Biosynthesis Genes and Screening for Resistance in Spectinomycin in Streptomyces Lividans

상기 실시예 1에서 작성한 스트렙토마이세스 스펙타빌리스 유전자 도서관중 1000개의 콜로니를 각각 500μL의 LBA 액체 배지가 들어있는 1.5 mL 에펜도르프 튜브에 엘로우 팁을 이용하여 접종하고 하룻동안 배양기에서 배양함으로써 만들어진 1000개의 시료를 50개 시료에서 배양액을 30μL씩 새로운 에펜도르프 튜브에 옮겼다. 결국 50개 시료가 하나의 에펜도르푸 튜브에 옮겨져 새 튜브에 옮긴 시료의 수는 처음의 1000개에서 20개로 줄어들었다. 모아진 20개 시료에서 플라스미드를 추출하고, 20개 시료의 DNA를 가지고 PCR반응을 수행하였다. 이때 사용한 PCR 프라이머는 스펙티노마이신과 같은 6-데옥시헥소스(6-deoxyhexose)로부터 유래한 당을 가지는 모든 항생제의 생합성 유전자 분리를 위해 당 합성 초기에 관여하는 티디피-글루코스 신테이즈 (TDP-glucose synthase)를 목표로 하여 개발한 AG3 (5'-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC-3')과 AG4 (5'-RYGTCSGTGATCTCSAGCTCGCCSCG-3')프라이머를 이용하였다. PCR 반응결과 20개의 시료중 2개의 시료에서 예상 크기인 PCR 밴드를 확인하였고, 2개의 시료를 제작하는데 사용한 100개의 시료(470μL)에서 플라스미드를 추출하고 재차 PCR를 수행하여 각각 1개씩, 최종 2개의 재조합 코스미드 클론 pHCG171, pHCG121을 선별하였다. 분리한 2개의 재조합 코스미드를 아미노글라이코시드계 항생제에 대하여 내성능력이 없는 스트렙토마이세스 리비단스(streptomyces lividansATCC 1326)에 홉우드(Hopwood)의 방법을 이용하여 형질전환시킨 다음 pDW103의 항생제 마아커인 티오스트렙톤(thiostrepton) 20g/mL과 스펙티노마이신 60g/mL이 포함된 고체배지에서 배양하였다. 티오스트렙톤과 스펙티노마이신 내성을 갖는 형질전환체를 선별함으로써 생합성 유전자를 포함하고 있음을 간접적으로 확인하였으며 pHCG171 재조합 코스미드가 상기 두 항생제에 내성능력을 가지고 있음을 확인하였다. 도 1은 내성을 보이는 pHCG171과 내성은 보이지 않지만 AG3, AG4 프라이머를 이용한 PCR 반응시에 양성을 보이는 코스미드 pHCG121클론을 제한효소 BamHI으로 처리하여 전기영동한 결과를 나타낸 것으로, pHCG121이 스펙티노마이신 내성은 보이지 않지만 두 개의 클론이 서로 겹쳐서 존재하였다.1000 colonies of the Streptomyces spectabilis gene library prepared in Example 1 were inoculated using a yellow tip into a 1.5 mL Eppendorf tube containing 500 μL of LBA liquid medium and incubated in an incubator for one day. Samples were transferred to a new Eppendorf tube in 30 μL cultures from 50 samples. Eventually 50 samples were transferred to one Eppendorf tube and the number of samples transferred to the new tube was reduced from the first 1000 to 20. Plasmids were extracted from the collected 20 samples, and PCR reactions were performed using the DNA of 20 samples. The PCR primer used was TDP-glucose synthase (TDP-) involved in the initial synthesis of sugars for biosynthesis of all antibiotics with sugars derived from 6-deoxyhexose such as spectinomycin. AG3 (5'-CTSGCSGGCGGCWSSGGSACSMGSCTSYACCC-3 ') and AG4 (5'-RYGTCSGTGATCTCSAGCTCGCCSCG-3') primers developed for glucose synthase) were used. As a result of the PCR reaction, PCR bands of two sizes among 20 samples were identified, plasmids were extracted from 100 samples (470 μL) used to prepare two samples, and PCR was performed again. Recombinant cosmid clones pHCG171, pHCG121 were selected. Two isolated cosmids were transformed into streptomyces lividans ATCC 1326, which is not resistant to aminoglycoside antibiotics, using the method of Hopwood, followed by antibiotics of pDW103. It was incubated in a solid medium containing 20 g / mL of the archer thiostrepton and 60 g / mL of spectinomycin. By selecting the transformants having the resistance to thiostrepton and spectinomycin, the indirect confirmation of the inclusion of biosynthetic genes was confirmed that the pHCG171 recombinant cosmid was resistant to the two antibiotics. Figure 1 shows the result of electrophoresis of the pHCG171 resistance and the cosmid pHCG121 clone that shows positive in PCR reaction using AG3, AG4 primers but not resistant to the restriction enzyme BamHI, pHCG121 is spectinomycin resistance Is not visible, but the two clones overlapped each other.

실시예 3: 본 발명Example 3: Invention spcDspcD Wow spcEspcE 의 유전자와 아미노산 염기서열의 결정과 유사성 검색Genetic and Amino Acid Sequence Determination and Similarity Search

항생물질의 생합성에 관여하는 효소들이 일반적으로 게놈의 일정지역에 모여서 존재하므로 스펙티노마이신 생합성 유전자 집단이 존재하는 두개의 코스미드 클론 pHCG171, pHCG121의 30-40 kb의 삽입단편에도 아미노글라이코사이드계 항생물질 생산에 이용되는 디티디피-글루코스 신테이즈(dTDP-glucose synthase) 유전자가 존재할 것이므로 상기의 두 개의 코스미드 클론을 제한효소 BamHI으로 절단 후 모든 단편을 대장균 플라스미드 pBluescript KS(+)에 서브클로닝하고 800 bp 씩 양방향 염기서열 분석을 수행하여 pHCG171로 부터의 SpcD와 SpcE, pHCG121로 부터의 SpeA와 SpeB의 전체 유전자서열을 결정할 수 있었다.Since enzymes involved in antibiotic biosynthesis generally exist in a certain region of the genome, aminoglycosides also exist in the insertion fragments of 30-40 kb of two cosmid clones pHCG171 and pHCG121 where spectinomycin biosynthetic gene populations exist. Since there will be a dTDP-glucose synthase gene used for antibiotic production, the two cosmid clones were digested with restriction enzyme BamHI, and then all fragments were subcloned into E. coli plasmid pBluescript KS (+). Bidirectional sequence analysis was performed at 800 bp to determine the overall sequence of SpcD and SpcE from pHCG171 and SpeA and SpeB from pHCG121.

SpcD, SpcE, SpeA 및 SpeB 유전자의 염기서열 및 이 유전자 염기서열부터 번역되는 아미노산 서열을 서열목록 1~8에 나타내었다. FramePlot 2.3.2프로그램(ishikawa, J. and Hotta, K. FEMS Microbiol. Lett. 174:251-253, 1999)을 이용하여 일차적인 DNA염기서열 결과를 기초로 단백질을 코드하는 부분을 검색하였다. 실험결과 이 지역에 단백질을 코드하는 오픈 리딩 프레임(open reading frame)이 존재함을 확인하였다.The base sequences of the SpcD, SpcE, SpeA and SpeB genes and the amino acid sequences translated from the base sequences are shown in SEQ ID NOs: 1-8. Using the FramePlot 2.3.2 program (ishikawa, J. and Hotta, K. FEMS Microbiol. Lett. 174: 251-253, 1999), the portion encoding the protein was searched based on the primary DNA sequence results. Experimental results show that there is an open reading frame encoding proteins in this region.

SpcD라 명명한 단백질은 시작코돈 ATG로 시작하여 정지코돈 TGA로 끝나는 291 개의 아미노산으로 구성되어 있고 SpcE 는 ATG로 시작하여 정지코톤 TGA로 끝나는 330개의 아미노산으로 구성되어 있으며 SpeA는 ATG로 시작하여 정지코돈 TGA로 끝나는 265 개의 아미노산으로 구성되어있고 SpeB는 GTG로 시작하여 정지코돈 TAA로 끝나는 374개의 아미노산으로 구성되어있다. 또한, 데이터베이스를 통하여 아미노산 상동성 검색을 한 결과, SpcD는 디티디피-디-글루코스 신테이즈인 스트렙토미아세스 네트롭시스(Streptomyces netropsis)의 SpcK(spectinomycin)와 78%, 스트렙토마이세스 리쉬리엔시스(Streptomyces rishiriensis)의 CouV(coumermycin A1)와 73%(Wang et al., 2000), 그리고 스트렙토마이세스 스페로이즈(Streptomyces spheroides)의 NovV (novobiocin)와 72%의 상동성을 갖으며(Steffensky et al., 2000), SpcE는 스트렙토미아세스 네트롭시스의 SpcJ와 77%, 스트렙토마이세스 글로비스포러스(Streptomyces globisporus)의 SgcA와 69%, 스트렙토마이세스 스페로이즈의 NovT와 65%의 상동성을 보였으며, 그 밖의 다른 방선균의 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제를 암호화하는 유전자와 최소 60% 이상의 상동성을 보였다. SpeA는 이노시톨 모노포스페테이즈(inositol monophosphatase)를 암호화하는 유전자인 미코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis) CDC1551의 MT2775와 34%, 메조히조비움 로티(Mesorhizobium loti)의 Mlr4874와 37%, 스트렙토마이세스 네트롭시스(Streptomyces netropsis)의 SpcA와 50%의 높은 상동성을 보였다. SpeB는 같은 스펙티노마이신 생산균주인 스트렙토마이세스 네트롭시스의spcB가 암호화하는 미오-이노시톨 디하이드로지네이즈와 74%의 상동성을 얻었으며, 메조히조비움 로티의 mlr2436이 암호화하는 NADH-디펜던트 디하이드로게나아제(NADH-dependent dyhydrogenase) 30%의 상동성을 보였다.The protein named SpcD consists of 291 amino acids starting with start codon ATG and ending with stop codon TGA, SpcE consists of 330 amino acids starting with ATG and ending with stop coton TGA, and SpeA starts with ATG and stop codon It consists of 265 amino acids ending in TGA and SpeB consists of 374 amino acids starting with GTG and ending with stop codon TAA. In addition, as a result of amino acid homology search through the database, SpcD was 78% of SpcK (spectinomycin) of Streptomyces netropsis , a streptomyces netropsis, It has a homology of 72% with CouV (coumermycin A1) of Streptomyces rishiriensis and 73% (Wang et al., 2000) and NovV (novobiocin) of Streptomyces spheroides (Steffensky et al. , 2000), SpcE showed 77% homology with SpcJ of Streptomyces necrosis, 69% with SgcA of Streptomyces globisporus , and 65% with NovT of Streptomyces spheroids. At least 60% homology with other genes encoding D. tidypi-glucose-4,6-dihydratase. SpeA is MT2775 and 34% of Mycobacterium tuberculosis CDC1551, a gene encoding inositol monophosphatase, Mlr4874 and 37% of Mesorhizobium loti , streptomycin High homology with SpcA of Streptomyces netropsis was 50%. SpeB obtained 74% homology with myo-inositol dihydrogenase, which is encoded by spc B of the same spectinomycin-producing strain Streptomyces neuropsis, and NADH-D, which is encoded by mlr2436 of mesozozium loti. A homology of 30% was observed with NADH-dependent dyhydrogenase.

실시예 4: 본 발명 유전자Example 4 Gene of the Invention spcspc D와D and spcspc E,E, spespe A,A, spespe B을 도입한 형질전환체 제작, 발현, 발현된 효소 활성의 확인Preparation, Expression, and Confirmation of Enzyme Activity Expressed with B

PCR를 이용하여 pHCG121로부터spcDspcE유전자를 분리한 후 EcoRI-XhoI으로 절단하고 같은 종류의 효소로 절단된 pET21a+에 연결하여 pETSpcD와 pETSpcE를 구축하였으며, PCR를 이용하여 pHCG171로부터speAspeB유전자는 분리된 후 EcoRI-XhoI으로 절단하고 같은 종류의 효소로 절단된 pET21a+에 연결하여 pETSpeA와 pETSpeB를 구축하였다. 이는 농업생명공학연구원에 2002년 4월 12일자 pETSpcD는 KACC95003, pETSpcE는 KACC95004, pETSpeA는 KACC95001, pETSpeB는 KACC95002로 기탁되었다. pETSpcD, pETSpcE, pETSpeA 및 pETSpeB는 E.coli BL21에 형질전환되었고 50 g/mL 앰피실린(ampicillin) 이 포함된 3 mL LB 배지에 14시간 배양되었다. 배양된 각각의 E.coli 형질전환체는 250 mL LB 배지 (50 g/mL 앰피실린)에 1% 접종되어 600nm에서 OD 0.5까지 배양한 후 IPTG 농도가 1 mM이 되도록 첨가하여 발현을 유도하였다. 세포성장(Cell growth)이 600nm에서 OD 1이 될 때까지 키운 후5,000 rpm으로 15분 동안 원심분리시켜 배양된 세포를 수집하였다. 수집된 세포들은 초음파로 분쇄하였으며 원심분리를 통해 세포추출물(cell free extract)를 분리한 뒤 SpcD와 SpcE 그리고 SpeA 및 SpeB의 단백질은 히스-레진 컬럼(his-resin colunm)을 통하여 정제하였다. SpcD의 기능확인을 위한 효소반응은 정제된 SpcD와 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 12 mM MgCl2, 24 mM 디-글루코스-1-포스페이트, 6 mM dTTP, 1.8 U의 inorganic pyrophosphatase를 함유하는 반응혼합물에 전체부피가 300L가 되도록하여 37℃에서 0분, 30분, 60분간 반응시키고 1 mL의 50 mM 인산완충용액 (pH 3.0)을 가하여 반응을 종결시킨 후 -20℃ 에서 분석 전까지 보관하였다. SpcE의 기능확인을 위한 효소반응은 전체 반응혼합물 300 μL에 160 mM Tris-HCl (pH7.9), 8 mM NAD+, 1.6 mM 디티드피-글루코스와 SpcE 세포추출물을 넣고 잘 혼합하여 37℃에서 0분, 30분, 60분동안 반응시킨 뒤, 즉시 -20℃에 분석 전까지 보관하였다. SpeA의 기능확인을 위한 효소반응은 전체 반응혼합물 300μL에 20 mM Tris-HCl (pH 7.5), 3 mM MgCl2, 0.7 mM 미오-이노시톨-1-포스페이트와 SpeA 세포 추출물을 혼합하여 37℃에서 0분, 30분, 60분 동안 반응시킨 뒤, 즉시 -20℃에 분석전까지 보관하였다. SpeB의 기능확인을 위한 효소반응은 전체 반응혼합물 300μL에 200 mM 미오-이노시톨, 4 mM NAD+, 50 mM Tris-HCl (pH 9.5)와 SpeB 세포추출물을 혼합하여 30℃에서 0분, 30분, 60분 동안 반응시킨 뒤, 즉시 -20℃에 분석 전까지 보관하였으며 시판효소(Sigma I0255)역시 같은 조건으로 반응시켰다. SpcD, SpcE, SpeA, SpeB 각각의 효소반응생성물을 HPLC를 통하여 확인하였다. SpcD의 분석조건은 음이온교환수지인 N(CH3)2-1101-N column (0.46 x 10 cm)를 사용하였으며 용매는 프로우 레이트(flow rate) 1.5 mL/min으로 이동상은 50 mM 포타슘 포스페이트 (pH 4.0) (용액 A)과 600 mM 포타슘 포스페이트 (pH 4.0)(용액 B)를 20분 동안 농도구배로 흘려보냈다. 농도구배 조건은 처음 1분 동안은 A 용매만 흘려주다가 15분 동안 B 용매가 100%가 되도록 농도구배를 시켰으며, 다시 5분 동안 A용매가 100%가 되도록 농도구배 후, A용매만으로 1분 동안 더 흘려주어 컬럼을 안정화시켰다. 검출기는 UV 검출기를 사용하였으며 효소반응 생성물의 분석은 자외선파장 254 nm에서 실시하였다. 표준시약으로는 디티티피와 디티디피-글루코스(시그마 사)를 사용하였다. 그 결과 SpcD반응의 기질로 사용된 디티티피의 피크가 30분 반응 후 현저히 줄어들고 새로운 디티디피-디-글루코스 피크가 생겨난 것을 알 수 있었으며, 이 피크는 시그마 사로부터 구입한 표준시약 디티디피-디-글루코스와 같은 보유시간을 갖기 때문에 SpcD는 디티디피-디-글루코스를 생합성하는 기능을 가지고 있음을 확인하였다. SpcE와 SpeB의 분석조건은 SpcD와 동일하나 플로우 레이트(flow rate)를 1.0 mL/min으로 하였고 농도구배조건에 있어 다음과 같이 약간의 차이가 있다. 처음 2 분동안은 A 용매만 흘려주다가 10분동안 B 용매가 50%가 되도록 농도구배를 시켰으며, 다시 5분동안 A용매가 100%가 되도록 농도구배 후, A 용매만으로 3분동안 더 흘려주어 컬럼을 안정화시켰다. 분석결과 SpcE 반응에서 반응시간이 지남에 따라 NAD의 피크는 줄어들고 NADH의 피크는 늘어남을 확인할 수 있었으며, 7분대의 보유시간에 디티니피-4-케토-6-데옥시-D-글루코스로 추정되는 새로운 피크가 생성됨을 확인할 수 있었다. 또한 세포추출물을 이용한 효소반응 후의 흡광도 실험에서도 SpcE의 그 기능이 확인되었는데 유전자가 들어가지 않고 벡터만 들어간 대장균과 비교한 결과 디티디피-디-글루코스-4,6-디하이드라타제의 생성물인 NADH의 양이 약 3배정도 높았다. 그러므로 이러한 실험을 통해 SpcE가 디티디피-디-글루코스-4,6-디하이드라타제의 기능을 수행하는 것으로 확인되었다. 또한, SpeB 분석결과 대조군인 벡터만 들어있는 형질전환체에서는 반응시간이 지나도 새로운 피크가 전혀 생성되지 않았으나 SpeB 효소반응물에서는 시판효소인 미오-이노시톨 디하이드로게나아제 (myo-inositol dehydrogenase)의 효소반응생성물과 같은 10분대의 보유시간에 새로운 피크가 형성됨을 알 수 있었다. 그러므로 이 SpeB는 미오-이노시톨 디하이드로게나아제의 기능을 수행하는 것을 확인되었다. 그리고 SpeA의 분석조건은 역상컬럼인 Bondapak TMC18 (3.9 × 300 mm, Waters)컬럼을 사용하였으며 254 nm에서 0.8 mL/min의 속도로 이동상으로는 20% 아세토나이트릴(acetonitrile)만을 사용하여 효소반응 생성물을 분석하였다. 표준시약으로 미오-이노시톨(myo-inositol)(시그마 사)을 사용하였다. 분석결과 반응시간이 지남에 따라 표준시약인 미오-이노시톨과 같은 보유시간 (3.1분)에서 새로운 피크가 생성됨을 알 수 있었으며, 그러므로 SpeA는 미오-이노시톨-1-포스페이트를 미오-이노시톨로 전환시켜주는 미오-이노시톨 모노포스파타아제의 기능이 있음을 알 수 있다.The spcD and spcE genes were separated from pHCG121 by PCR, and then digested with EcoRI-XhoI and connected to pET21a + digested with the same enzymes to construct pETSpcD and pETSpcE.SpE and speB genes were separated from pHCG171 by PCR. Then, it was digested with EcoRI-XhoI and connected to pET21a + digested with the same type of enzyme to construct pETSpeA and pETSpeB. PETSpcD as KACC95003, pETSpcE as KACC95004, pETSpeA as KACC95001 and pETSpeB as KACC95002 dated April 12, 2002. pETSpcD, pETSpcE, pETSpeA and pETSpeB were transformed into E. coli BL21 and incubated for 14 hours in 3 mL LB medium containing 50 g / mL ampicillin. Each cultured E. coli transformant was inoculated 1% in 250 mL LB medium (50 g / mL ampicillin), incubated at 600 nm to OD 0.5, and then added to a concentration of 1 mM IPTG to induce expression. Cultured cells were collected by growing until cell growth became OD 1 at 600 nm and centrifuging for 15 minutes at 5,000 rpm. The collected cells were pulverized by ultrasonication and the cell free extracts were separated by centrifugation, and the proteins of SpcD, SpcE, and SpeA and SpeB were purified through his-resin colunm. Enzymatic reactions to confirm the function of SpcD were carried out with purified SpcD containing 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 12 mM MgCl 2 , 24 mM di-glucose-1-phosphate, 6 mM dTTP, 1.8 U inorganic pyrophosphatase. The total volume of the reaction mixture was adjusted to 300 L for 0 minutes, 30 minutes, and 60 minutes at 37 ° C. 1 mL of 50 mM phosphate buffer solution (pH 3.0) was added to terminate the reaction. The reaction mixture was stored at -20 ° C until analysis. . Enzyme reaction to confirm the function of SpcE was carried out by adding 160 mM Tris-HCl (pH7.9), 8 mM NAD +, 1.6 mM Didepi-glucose and SpcE cell extract to 300 μL of the total reaction mixture and mixing well at 37 ° C. After reacting for 30 minutes, 60 minutes, immediately stored at −20 ° C. until analysis. Enzyme reaction to confirm the function of SpeA was performed by mixing 20 mM Tris-HCl (pH 7.5), 3 mM MgCl 2 , 0.7 mM myo-inositol-1-phosphate and SpeA cell extract in 300 μL of the whole reaction mixture. After reacting for 30 minutes and 60 minutes, immediately stored at -20 ° C until analysis. Enzyme reaction to confirm the function of SpeB was performed by mixing 200 mM myo-inositol, 4 mM NAD +, 50 mM Tris-HCl (pH 9.5) and SpeB cell extract in 300μL of the whole reaction mixture. After reacting for a minute, immediately stored at −20 ° C. until analysis, and commercial enzyme (Sigma I0255) was also reacted under the same conditions. Enzyme reaction products of SpcD, SpcE, SpeA, and SpeB were identified through HPLC. Analytical conditions for SpcD were anion exchange resin N (CH3) 2-1101-N column (0.46 x 10 cm), solvent at flow rate 1.5 mL / min and mobile phase 50 mM potassium phosphate (pH). 4.0) (solution A) and 600 mM potassium phosphate (pH 4.0) (solution B) were run in a concentration gradient for 20 minutes. Concentration gradient was carried out so that only A solvent was flowed for the first 1 minute, and then B concentration was 100% for 15 minutes, and again, concentration gradient was made to be 100% A solvent for 5 minutes, followed by 1 minute solvent A only. More flow to stabilize the column. The detector was a UV detector and the analysis of the enzyme reaction product was carried out at 254 nm ultraviolet wavelength. Dititipi and Ditipi-Glucose (Sigma) were used as standard reagents. As a result, it can be seen that the peak of Dititi used as a substrate for the SpcD reaction was significantly reduced after 30 minutes and a new Ditipi-di-glucose peak was formed, which was the standard reagent Dtidipi-di- purchased from Sigma. Because of the same retention time as glucose, SpcD was found to have the function of biosynthesis of Dtyti-di-glucose. The analysis conditions of SpcE and SpeB are the same as SpcD, but the flow rate was 1.0 mL / min, and there are slight differences in concentration gradient conditions as follows. In the first 2 minutes, only A solvent was flowed, and the concentration gradient was adjusted so that B solvent became 50% for 10 minutes. Then, the concentration gradient was adjusted so that A solvent became 100% for 5 minutes. The column was stabilized. As a result, it was confirmed that the peak of NAD decreases and the peak of NADH increases as the reaction time elapses in SpcE reaction, and it is estimated to be Dinipi-4-keto-6-deoxy-D-glucose at the retention time of 7 minutes. It was confirmed that a new peak was generated. In the absorbance experiment after the enzyme reaction using the cell extract, the function of SpcE was also confirmed. When compared with E. coli, which contains only the vector without the gene, NADH, the product of DtiDypi-di-glucose-4,6-dihydratase. The amount of was about three times higher. Therefore, these experiments confirmed that SpcE performs the function of D Tiffy-Di-glucose-4,6-dihydratase. In addition, SpeB analysis showed that the transformants containing only the control vector did not produce any new peaks even after the reaction time. However, the SpeB enzyme reactant produced a commercial enzyme, myo-inositol dehydrogenase. It can be seen that a new peak is formed at the retention time of 10 minutes. Therefore, this SpeB was found to perform the function of myo-inositol dehydrogenase. The SpeA analysis was performed using the reverse phase Bondapak TMC18 (3.9 × 300 mm, Waters) column and 20% acetonitrile as the mobile phase at 0.8 mL / min at 254 nm. Analyzed. A standard reagent of myo-inositol was used (myo -inositol) (Sigma). As a result, it was found that as the reaction time elapsed, a new peak was generated at the same retention time as the standard reagent myo-inositol (3.1 min). Therefore, SpeA converts myo-inositol-1-phosphate to myo-inositol. It can be seen that there is a function of myo-inositol monophosphatase.

BlmE 효소 실험의 흡광도 분석 결과Absorbance Assay of BlmE Enzyme Experiment 유전자구조Gene structure 디티디피-디-글루코스-4,6-디하이드라타제 SpcE의 생성물 NADH(nmol/min/mg of protein)Product of Didipid-di-glucose-4,6-dihydratase SpcE NADH (nmol / min / mg of protein) -IPTGIPTG +IPTG+ IPTG pET21a+(벡터)pET21a + (vector) 9.63 ±1.929.63 ± 1.92 10.25 ±0.64210.25 ± 0.642 pETBlmE(spcE가 삽입된 벡터)pETBlmE (vector with spc E inserted) 11.54 ±1.2511.54 ± 1.25 32.1 ±1.28332.1 ± 1.283

이상, 설명한 바와 같이 본 발명에 의해 제조된 SpcD, SpcE, SpeA 및 SpeB는 스펙티노마이신 항생제뿐만 아니라 다른 아미노글라이코사이계 항생제 생합성에도 공통적으로 관여하는 중요한 효소로써 뛰어난 효과가 있고, 그 생성물인 디티디피-글루코스와 미오-이노시톨 디하이드로게나아제는 항생제 생합성연구에 중요한 기질과 효소로 사용되는 뛰어난 효과가 있을 뿐만 아니라, 제약관계 기업에서 고가의 시약으로 판매되는 등 경제적 가치도 있으므로, 생물 및 의약 산업상 매우 유용한 발명인 것이다.As described above, SpcD, SpcE, SpeA, and SpeB prepared by the present invention have an excellent effect as an important enzyme commonly involved in not only spectinomycin antibiotics but also other aminoglycoside antibiotic biosynthesis, and its product, Diff-glucose and myo-inositol dehydrogenase are not only excellent for their use as substrates and enzymes important for antibiotic biosynthesis research, but also because of their economic value, such as being sold as expensive reagents by pharmaceutical companies. It is a very useful invention.

Claims (12)

스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 디티디피-글루코스 신타아제(SpcD)를 암호화하는 서열 1에 기재된 유전자 염기서열.The gene base sequence set forth in SEQ ID NO: 1 encoding Dytipid-glucose synthase (SpcD) from Streptomyces spectabilis ATCC 27741. 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제(SpcE)를 암호화하는 서열 3에 기재된 유전자 염기서열.The gene base sequence set forth in SEQ ID NO: 3 encoding Dytipid-glucose-4,6-dihydratase (SpcE) from Streptomyces spectabilis ATCC 27741. 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 미오-이노시톨 모노포스파타제(SpeA)를 암호화하는 서열 5에 기재된 유전자 염기서열.The gene base sequence set forth in SEQ ID NO: 5 encoding myo-inositol monophosphatase (SpeA) from Streptomyces spectabilis ATCC 27741. 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 미오-이노시톨-디하이드로게나아제(SpcB)를 암호화하는 서열 3에 기재된 유전자 염기서열.The gene base set forth in SEQ ID NO: 3 encoding myo-inositol-dehydrogenase (SpcB) from Streptomyces spectabilis ATCC 27741. 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 디티디피-글루코스 신타아제(SpcD)를 암호화하는 유전자spcD를 pET21a+에 연결시킨 pETSpcD(KACC95003)를 E.coli BL21에 도입하여 제조된 형질전환체.Transformation prepared by introducing pETSpcD (KACC95003), which was linked to pET21a +, by integrating the gene spcD encoding StiD-glucose synthase (SpcD) from Streptomyces spectabilis ATCC 27741 into E. coli BL21 sieve. 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제(SpcE)를 암호화하는 유전자spcE를 pET21a+에 연결시킨 pETSpcE(KACC95004)를 E.coli BL21에 도입하여 제조된 형질전환체.E. coli BL21 was linked to pETSpcE (KACC95004), which was linked to pET21a + by the gene spcE , which encodes Dtipid -glucose-4,6-dihydratase (SpcE) from Streptomyces spectabilis ATCC 27741. Transformants prepared by introduction into. 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 미오-이노시톨 모노포스파타제(SpeA)를 암호화하는 유전자speA를 pET21a+에 연결시킨 pETSpeA(KACC95001)를 E.coli BL21에 도입하여 제조된 형질전환체.Transformants prepared by introducing pETSpeA (KACC95001) in which the gene speA encoding myo-inositol monophosphatase (SpeA) derived from Streptomyces spectabilis ATCC 27741 to pET21a + was introduced into E. coli BL21. . 스트렙토마이세스 스펙타빌리스(Streptomyces spectabilisATCC 27741) 유래의 미오-이노시톨-디하이드로게나아제(SpcB)를 암호화하는 유전자speB를 pET21a+에 연결시킨 pETSpeB(KACC95002)를 E.coli BL21에 도입하여 제조된 형질전환체.PETSpeB (KACC95002) linking gene speB encoding myo-inositol-dihydrogenase (SpcB) derived from Streptomyces spectabilis ATCC 27741 to pET21a + was introduced into E. coli BL21. Transformants. 제 5항 기재의 형질전환된 대장균을 배양하여 생산된 재조합 단백질 디티디피-글루코스 신타아제(SpcD).Recombinant protein Dtyti-glucose synthase (SpcD) produced by culturing the transformed Escherichia coli according to claim 5. 제 6항 기재의 형질전환된 대장균을 배양하여 생산된 재조합 단백질 디티디피-글루코스-4,6-디하이드라타제(SpcE).Recombinant protein Dtyti-glucose-4,6-dihydratase (SpcE) produced by culturing the transformed Escherichia coli according to claim 6. 제 7항 기재의 형질전환된 대장균을 배양하여 생산된 재조합 단백질 미오-이노시톨 모노포스파타아제(SpeA).Recombinant protein myo-inositol monophosphatase (SpeA) produced by culturing the transformed Escherichia coli according to claim 7. 제 8항 기재의 형질전환된 대장균을 배양하여 생산된 재조합 단백질 미오-이노시톨-디하이드로게나아제(SpcB).Recombinant protein myo-inositol-dehydrogenase (SpcB) produced by culturing the transformed Escherichia coli according to claim 8.
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